本發(fā)明屬于snp分子標記，具體涉及一種與綿羊胸寬性狀相關的snp分子標記、引物組、試劑盒及其應用。

背景技術：

1、胸寬為評價綿羊體型和生產性能的重要指標之一，在育種工作中，識別和利用影響綿羊胸寬性狀的基因非常重要，這對于提高育種效率和改良綿羊品種具有重要意義。目前，大多數(shù)綿羊品種體型較小、生長速度緩慢。近年來，隨著肉羊市場需求量加大，人民群眾對羊肉需求量日益增加和肉羊生產效率不高的矛盾日益凸顯，肉羊企業(yè)采用各種方法來提升肉羊生產效益，其中分子標記輔助選擇技術可以有效加快綿羊遺傳進展。

2、ppp2r5e基因位于綿羊7號染色體上，包含14個外顯子，編碼區(qū)總長1562bp，編碼蛋白含467個氨基酸。該基因主要在動物的白細胞、大腦、結腸、骨骼肌等組織中表達，ppp2r5e基因的b調節(jié)亞基可能調節(jié)底物的選擇性和催化活性，在消化系統(tǒng)及腦發(fā)育中發(fā)揮著重要作用，但是目前關于ppp2r5e基因序列多態(tài)性在國內外綿羊胸寬中的具體作用未見報道，尚未發(fā)現(xiàn)ppp2r5e基因中存在與綿羊胸寬相關的snp位點。

技術實現(xiàn)思路

1、本發(fā)明的目的在于提供一種與綿羊胸寬性狀相關的snp分子標記、引物組、試劑盒及其應用，所述snp分子標記與綿羊胸寬性狀具有顯著的相關性，豐富綿羊胸寬分子標記數(shù)據(jù)庫。

2、本發(fā)明提供了一種與綿羊胸寬性狀相關的snp分子標記，所述snp分子標記位于綿羊基因組第7號染色體上第73842000bp位點，所述snp分子標記存在g/a堿基突變。

3、本發(fā)明還提供了一種檢測上述技術方案所述snp分子標記的引物組，所述引物組包括上游引物、下游引物和延伸引物；所述上游引物、下游引物和延伸引物的核苷酸序列分別如seq?id?no.3、seq?id?no.4和seq?id?no.5所示。

4、本發(fā)明還提供了一種試劑盒，所述試劑盒包括上述技術方案所述的引物組和pcr擴增試劑。

5、優(yōu)選的，所述pcr擴增試劑包括dntps、taqdna聚合酶、mgcl2陽性模板dna、蝦堿性磷酸酶和iplex反應試劑；所述試劑盒還包括標準陽性模板dna。

6、本發(fā)明還提供了上述技術方案所述snp分子標記或上述技術方案所述引物組或上述技術方案所述試劑盒在綿羊胸寬分子標記輔助育種中的應用。

7、優(yōu)選的，所述綿羊胸寬分子標記輔助育種包括成年綿羊胸寬性狀優(yōu)勢的預測。

8、本發(fā)明還提供了一種預測綿羊成年胸寬是否具有優(yōu)勢的方法，包括如下步驟：

9、以待測綿羊的基因組dna為模板，利用上述技術方案所述引物組中的上游引物和下游引物進行pcr擴增反應，得到pcr擴增產物；

10、對所述pcr擴增產物進行消化反應，得到消化后的pcr擴增產物；

11、以所述消化后的pcr擴增產物為模板，利用上述技術方案所述引物組中的延伸引物進行延伸反應，得到延伸產物；

12、對所述延伸產物進行基因分型，得到基因型結果；

13、依據(jù)所述基因型結果對所述待測綿羊的成年胸寬進行預測：當綿羊基因組第7號染色體上第73842000bp位點的基因型為aa基因型時，所述待測綿羊成年后為高胸寬型，具有胸寬優(yōu)勢；

14、當綿羊基因組第7號染色體上第73842000bp位點的基因型為ag基因型時，所述待測綿羊成年后為中胸寬型，具有胸寬優(yōu)勢；

15、當綿羊基因組第7號染色體上第73842000bp位點的基因型為gg基因型時，所述待測綿羊成年后為低胸寬型，不具有胸寬優(yōu)勢。

16、優(yōu)選的，所述pcr擴增反應的反應體系以5μl計，包括如下組分：20～50ng/μl基因組dna?1μl、pcr反應緩沖液0.5μl、25mmol/lmgcl20.4μl、25μmol/l?dntps?0.1μl、0.5μmol/lpcr引物混合物1μl、5u/μltaq?dna聚合酶0.2μl和去離子水1.8μl；

17、所述pcr擴增反應的程序為95℃預變性2min；95℃變性30s，56℃退火30s，72℃延伸60s，共45個循環(huán)；72℃保持5min。

18、優(yōu)選的，所述消化反應的消化體系以2μl計包括：蝦堿性磷酸酶buffer0.17μl、1.7u/μl蝦堿性磷酸酶0.3μl和去離子水1.53μl；

19、所述消化反應的程序為：37℃40min，85℃5min。

20、優(yōu)選的，所述延伸反應的延伸體系以2μl計包括：iplex?bufferplus?0.2μl、iplexterminator?0.2μl、延伸引物0.94μl、iplex酶0.041μl和去離子水0.619μl；

21、所述延伸反應的程序為：94℃30s；

22、[94℃5s，(52℃5s，80℃5s)]，其中所述(52℃5s，80℃5s)進行5個循環(huán)，所述[94℃5s，(52℃5s，80℃5s)]進行40個循環(huán)；72℃3min。

23、有益效果：

24、本發(fā)明提供了一種與綿羊胸寬性狀相關的snp分子標記，所述snp分子標記位于綿羊基因組第7號染色體上第73842000bp位點，所述snp分子標記存在g/a堿基突變。本發(fā)明所述snp分子標記與綿羊胸寬性狀具有顯著的相關性，豐富了綿羊胸寬分子標記數(shù)據(jù)庫，且經過研究發(fā)現(xiàn)，具有aa基因型和ag基因型綿羊個體的胸寬顯著高于基因型為gg基因型的綿羊個體，在綿羊育種過程中，可將成年胸寬具有優(yōu)勢的aa基因型和ag基因型個體選留下來，尤其在羔羊階段選留胸寬有優(yōu)勢的個體，對綿羊大規(guī)模分子育種具有潛在的應用價值。

25、在此基礎上，本發(fā)明還提供了檢測所述snp分子標記的引物組、試劑盒以及檢測綿羊胸寬性狀的方法，基于所述引物組或試劑盒對所述snp位點分型即可預測待測綿羊的成年胸寬性狀，方法準確性、性價比以及靈敏度均較高，可對所述snp位點實現(xiàn)自動化檢測，能同時對數(shù)百至數(shù)千份樣本中數(shù)十到數(shù)百個snp位點進行檢測，為綿羊胸寬分子輔助育種提供技術支持。

技術特征：

1.一種與綿羊胸寬性狀相關的snp分子標記，其特征在于，所述snp分子標記位于綿羊基因組第7號染色體上第73842000bp位點，所述snp分子標記存在g/a堿基突變。

2.一種檢測權利要求1所述snp分子標記的引物組，其特征在于，所述引物組包括上游引物、下游引物和延伸引物；所述上游引物、下游引物和延伸引物的核苷酸序列分別如seqid?no.3、seq?id?no.4和seq?id?no.5所示。

3.一種試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包括權利要求2所述的引物組和pcr擴增試劑。

4.根據(jù)權利要求3所述的試劑盒，其特征在于，所述pcr擴增試劑包括dntps、taq?dna聚合酶、mgcl2、pcr反應緩沖液、蝦堿性磷酸酶和iplex反應試劑；所述試劑盒還包括標準陽性模板dna。

5.權利要求1所述snp分子標記或權利要求2所述引物組或權利要求3或4所述試劑盒在綿羊胸寬分子標記輔助育種中的應用。

6.根據(jù)權利要求5所述的應用，其特征在于，所述綿羊胸寬分子標記輔助育種包括綿羊成年胸寬性狀優(yōu)勢的預測。

7.一種預測綿羊成年胸寬是否具有優(yōu)勢的方法，其特征在于，包括如下步驟：

8.根據(jù)權利要求7所述的方法，其特征在于，所述pcr擴增反應的反應體系以5μl計，包括如下組分：20～50ng/μl基因組dna?1μl、pcr反應緩沖液0.5μl、25mmol/lmgcl20.4μl、25μmol/ldntps?0.1μl、0.5μmol/lpcr引物混合物1μl、5u/μltaq?dna聚合酶0.2μl和去離子水1.8μl；

9.根據(jù)權利要求7所述的方法，其特征在于，所述消化反應的消化體系以2μl計包括：蝦堿性磷酸酶buffer?0.17μl、1.7u/μl蝦堿性磷酸酶0.3μl和去離子水1.53μl；

10.根據(jù)權利要求7所述的方法，其特征在于，所述延伸反應的延伸體系以2μl計包括：iplex?bufferplus?0.2μl、iplex?terminator?0.2μl、延伸引物0.94μl、iplex酶0.041μl和去離子水0.619μl；

技術總結
本發(fā)明屬于SNP分子標記技術領域，具體涉及一種與綿羊胸寬性狀相關的SNP分子標記、引物組、試劑盒及其應用。本發(fā)明所述SNP分子標記位于綿羊基因組第7號染色體上第73842000bp位點，所述SNP分子標記存在G/A堿基突變。本發(fā)明所述SNP分子標記與綿羊胸寬性狀具有顯著的相關性，豐富了綿羊胸寬分子標記數(shù)據(jù)庫，且經過研究發(fā)現(xiàn)，具有AA基因型和AG基因型的成年綿羊個體的胸寬顯著高于基因型為GG基因型的綿羊個體，在綿羊育種過程中，可將具有成年胸寬優(yōu)勢的AA基因型和AG基因型個體選留下來，尤其在羔羊階段選留胸寬有優(yōu)勢的個體，對綿羊大規(guī)模分子育種具有潛在的應用價值。

技術研發(fā)人員：儲明星,狄冉,王翔宇,賀小云,劉玉芳,龔一鳴
受保護的技術使用者：中國農業(yè)科學院北京畜牧獸醫(yī)研究所
技術研發(fā)日：
技術公布日：2024/10/10