Vasp作業(yè)調度系統及其獲取作業(yè)能量變化趨勢的方法
【專利摘要】本發(fā)明披露了VASP作業(yè)調度系統及其獲取作業(yè)能量變化趨勢的方法，其中方法包括：VASP作業(yè)調度系統在資源空閑時調度執(zhí)行該VASP作業(yè)；VASP作業(yè)將在作業(yè)運行過程中實時的能量數據輸出至輸出文件；VASP作業(yè)調度系統提取輸出文件中的能量數據，并將其轉換為可擴展標記語言數據格式后發(fā)送給用戶終端。本發(fā)明對VASP計算過程中輸出的數據進行分析，得到每一步計算的能量數據，并將其繪制成動態(tài)曲線，曲線的橫坐標、縱坐標分別取計算步數和計算體系能量，由此供用戶隨時直接調用獲取查看VASP計算過程中的能量變化趨勢。
【專利說明】VASP作業(yè)調度系統及其獲取作業(yè)能量變化趨勢的方法
【技術領域】
[0001]本發(fā)明涉及計算機高性能計算與應用結合的技術，尤其涉及VASP (ViennaAb-1nitio Simulation Package)計算過程中獲取能量變化趨勢的方法。
【背景技術】
[0002]VASP是一個進行從頭量子力學分子動力學計算的軟件包，采用周期性邊界條件處理原子、分子、團簇、納米線、薄膜、晶體和無定型材料等，常用來計算材料體系的結構參數和構型以及電子結構和光學特性等。VASP已在材料計算領域得到廣泛應用，其計算結果也被國際相關領域權威雜志認可。
[0003]目前，由于受計算資源的限制以及VASP本身并行化問題，一個大體系的VASP作業(yè)通常需要運行較長時間(如I個月)才能完成。如此長時間的作業(yè)運行會造成以下不便:由于VASP作業(yè)的輸出為數據文字，長時間運行積累下來的數據量是非常大的，用戶很難從一長串的數據中發(fā)現VASP作業(yè)整體的運行趨勢，從而無法及時優(yōu)化參數和糾正錯誤。當發(fā)現問題出現時已經給用戶造成極大的時間及資源浪費。
[0004]因此，需要提供一種VASP作業(yè)調度系統，能夠讓用戶方便地通過WEB頁面展現出作業(yè)當前能量的變化趨勢，以便于及時了解當前作業(yè)的運行情況，評估作業(yè)運行的合理性，并估算作業(yè)剩余計算時間，從而能夠及時優(yōu)化作業(yè)運行參數和糾正作業(yè)運行錯誤。

【發(fā)明內容】

[0005]本發(fā)明所要解決的技術問題是提供一種VASP作業(yè)調度系統及其獲取作業(yè)能量變化趨勢的方法，能夠讓用戶方便地獲知作業(yè)當前能量的變化趨勢。
[0006]為了解決上述技術問題，本發(fā)明提供了一種VASP作業(yè)調度中獲取能量變化趨勢的方法，包括:
[0007]VASP作業(yè)調度系統在資源空閑時調度執(zhí)行該VASP作業(yè)；
[0008]VASP作業(yè)將在作業(yè)運行過程中實時的能量數據輸出至輸出文件；
[0009]VASP作業(yè)調度系統提取輸出文件中的能量數據，并將其轉換為可擴展標記語言數據格式后發(fā)送給用戶終端。
[0010]進一步地，該方法還包括:
[0011]用戶終端通過顯示頁面將接收的可擴展標記語言格式的能量數據繪制成變化曲線顯示出來。
[0012]進一步地，實時數據包含每一步計算的能量數據；輸出文件為OSZICAR。
[0013]進一步地，VASP作業(yè)調度系統提取輸出文件中的能量數據，并將其轉換為可擴展標記語言數據格式后發(fā)送給用戶終端，具體包括:
[0014]VASP作業(yè)調度系統通過Shell腳本定時提取每一步計算的能量數據，通過編寫的Java程序將所述每一步計算能量數據轉換為可擴展標記語言數據格式后，定期打包發(fā)送給用戶終端的Flex頁面。[0015]進一步地，用戶終端通過顯示頁面將接收的可擴展標記語言格式的能量數據繪制成變化曲線顯示出來。具體包括:
[0016]用戶終端通過VASP作業(yè)調度系統將接收到的數據包拆解成能量數據，在Flex頁面上以計算步數為單位顯示能量數據，形成VASP作業(yè)的能量變化曲線；該曲線的橫坐標為計算步數，該曲線的縱坐標為計算體系能量。
[0017]為了解決上述技術問題，本發(fā)明提供了一種VASP作業(yè)調度系統，包括作業(yè)調度模塊、相互連接的數據提取模塊和數據轉換模塊，其中:
[0018]作業(yè)調度模塊，用于在資源空閑時調度執(zhí)行用戶終端提交的VASP作業(yè)；
[0019]數據提取模塊，用于提取VASP作業(yè)的輸出文件中的能量數據，并將提取的能量數據輸出給數據格式轉換模塊；
[0020]數據格式轉換模塊，用于將輸入的能量數據轉換為擴展標記語言數據格式后發(fā)送給用戶終端。
[0021]進一步地，該系統還包括下載在用戶終端上的能量變化形成模塊，用于將接收到的擴展標記語言數據格式的能量數據顯示在用戶終端上。
[0022]進一步地，
[0023]數據提取模塊定時提取VASP作業(yè)的OSZICAR輸出文件中每一步計算的能量數據，并將提取的每一步能量數據輸出給所述數據格式轉換模塊；
[0024]數據格式轉換模塊將輸入的每一步計算的能量數據轉換為擴展標記語言數據格式，并定期打包發(fā)送給用戶終端上的能量變化形成模塊；
[0025]能量變化形成模塊將接收到的數據包拆解成能量數據，在Flex頁面上以計算步數為單位顯示能量數據，形成VASP作業(yè)能量變化曲線。
[0026]本發(fā)明通過Java編程對VASP計算過程中輸出的數據進行分析，得到每一步計算的能量數據，使用Flex頁面程序將得到的能量數據繪制成動態(tài)曲線，曲線的橫坐標、縱坐標分別取計算步數和計算體系能量，由此供用戶隨時直接調用獲取查看VASP計算過程中的能量變化趨勢。
【專利附圖】

【附圖說明】
[0027]圖1是用戶使用本發(fā)明的VASP作業(yè)調度系統獲取VASP作業(yè)中能量變化趨勢的方法實施例的流程圖；
[0028]圖2a是本發(fā)明用Flex頁面繪制成的VASP計算過程中能量變化趨勢:電子步曲線示意圖；
[0029]圖2b是本發(fā)明用Flex頁面繪制成的VASP計算過程中能量變化趨勢:離子步曲線示意圖；
[0030]圖3是本發(fā)明的VASP作業(yè)調度系統實施例的結構框圖。
【具體實施方式】
[0031]以下結合附圖和優(yōu)選實施例對本發(fā)明的技術方案進行詳細地闡述。應該理解，以下列舉的實施例僅用于說明和解釋本發(fā)明，而不構成對本發(fā)明技術方案的限制。
[0032]如圖1所示，是本發(fā)明的獲取VASP作業(yè)中能量變化趨勢的方法實施例的流程，是用戶向作業(yè)調度系統提交VASP作業(yè)時啟動的，包括如下步驟:
[0033]110 =VASP作業(yè)調度系統在資源空閑時調度執(zhí)行該VASP作業(yè)；
[0034]120 =VASP作業(yè)將在作業(yè)運行過程中實時的能量數據輸出至輸出文件；
[0035]上述實時數據包含每一步計算的能量數據。
[0036]輸出文件為OSZICAR。
[0037]130:VASP作業(yè)調度系統提取該輸出文件中的能量數據，并將其轉換為可擴展標記語言(XML, extensible Markup Language)數據格式后發(fā)送給用戶終端；
[0038]VASP作業(yè)調度系統通過Shell腳本定時提取每一步計算的能量數據，通過編寫的Java程序將每一步計算能量數據轉換為XML數據格式后，定期打包發(fā)送給用戶終端的Flex頁面。
[0039]140:用戶終端通過顯示頁面將接收的XML格式的能量數據繪制成變化曲線顯示出來。
[0040]用戶終端通過VASP作業(yè)調度系統將接收到的數據包拆解成能量數據，在Flex頁面上以計算步數為單位顯示能量數據，形成VASP作業(yè)能量變化曲線。該曲線橫坐標為計算步數，縱坐標為計算體系能量。用戶需要可以直接調用VASP作業(yè)調度系統查看該曲線。
[0041]用戶通過查看此能量變化曲線，即可直觀了解整個VASP計算周期的能量變化趨勢，從而了解作業(yè)當前運行狀態(tài)。在作業(yè)發(fā)生異常時，能夠及時對計算進行糾錯更新處理。
[0042]圖2a表示了在用戶終端的Flex頁面上顯示的VASP作業(yè)能量變化曲線，以計算的電子步為橫坐標，以計算體系能量為縱坐標；圖2b表示該VASP作業(yè)能量變化曲線以計算的離子步為橫坐標，以計算體系能量為縱坐標。
[0043]圖3表示了本發(fā)明的VASP作業(yè)調度系統實施例的結構，它是對現有的VASP作業(yè)調度系統進行改進實現的。該系統包括作業(yè)調度模塊、相互連接的數據提取模塊和數據轉換模塊，其中:
[0044]作業(yè)調度模塊，用于在資源空閑時調度執(zhí)行用戶終端提交的VASP作業(yè)；
[0045]數據提取模塊，用于提取VASP作業(yè)的輸出文件中的能量數據，并將提取的能量數據輸出給數據格式轉換模塊；
[0046]數據格式轉換模塊，用于將輸入的能量數據轉換為XML數據格式后發(fā)送給用戶終端。
[0047]上述系統實施例還包括下載在用戶終端上的能量變化形成模塊，用于將接收到的XML數據格式能量數據顯示在用戶終端上。
[0048]在上述系統實施例中，
[0049]數據提取模塊定時提取VASP作業(yè)的OSZICAR輸出文件中每一步計算的能量數據，并將提取的每一步能量數據輸出給數據格式轉換模塊；
[0050]數據格式轉換模塊將輸入的每一步計算的能量數據轉換為XML數據格式，并定期打包發(fā)送給用戶終端上的能量變化形成模塊；
[0051]能量變化形成模塊將接收到的數據包拆解成能量數據，在Flex頁面上以計算步數為單位顯示能量數據，形成VASP作業(yè)能量變化曲線。
【權利要求】
1.一種VASP作業(yè)調度中獲取能量變化趨勢的方法，包括: VASP作業(yè)調度系統在資源空閑時調度執(zhí)行該VASP作業(yè)； 所述VASP作業(yè)將在作業(yè)運行過程中實時的能量數據輸出至輸出文件； 所述VASP作業(yè)調度系統提取所述輸出文件中的能量數據，并將其轉換為可擴展標記語言數據格式后發(fā)送給用戶終端。
2.按照權利要求1所述的方法，其特征在于，還包括: 所述用戶終端通過顯示頁面將接收的可擴展標記語言格式的能量數據繪制成變化曲線顯示出來。
3.按照權利要求2所述的方法，其特征在于，所述實時數據包含每一步計算的能量數據；所述輸出文件為OSZICAR。
4.按照權利要求3所述的方法，其特征在于，所述VASP作業(yè)調度系統提取所述輸出文件中的能量數據，并將其轉換為可擴展標記語言數據格式后發(fā)送給用戶終端，具體包括: 所述VASP作業(yè)調度系統通過Shell腳本定時提取所述每一步計算的能量數據，通過編寫的Java程序將所述每一步計算能量數據轉換為所述可擴展標記語言數據格式后，定期打包發(fā)送給所述用戶終端的Flex頁面。
5.按照權利要求4所述的方法，其特征在于，所述用戶終端通過顯示頁面將接收的可擴展標記語言格式的能量數據繪制成變化曲線顯示出來，具體包括: 所述用戶終端通過所述VASP作業(yè)調度系統將接收到的數據包拆解成能量數據，在所述Flex頁面上以計算步數為單位顯示能量數據，形成所述VASP作業(yè)的能量變化曲線；所述曲線的橫坐標為計算步數，所述曲線的縱坐標為計算體系能量。
6.一種VASP作業(yè)調度系統，其特征在于，包括作業(yè)調度模塊、相互連接的數據提取模塊和數據轉換模塊，其中: 作業(yè)調度模塊，用于在資源空閑時調度執(zhí)行用戶終端提交的VASP作業(yè)； 數據提取模塊，用于提取所述VASP作業(yè)的輸出文件中的能量數據，并將提取的能量數據輸出給數據格式轉換模塊； 數據格式轉換模塊，用于將輸入的所述能量數據轉換為擴展標記語言數據格式后發(fā)送給所述用戶終端。
7.按照權利要求6所述的系統，其特征在于，還包括下載在用戶終端上的能量變化形成模塊，用于將接收到的所述擴展標記語言數據格式的能量數據顯示在所述用戶終端上。
8.按照權利要求7所述的系統，其特征在于， 所述數據提取模塊定時提取所述VASP作業(yè)的OSZICAR輸出文件中每一步計算的能量數據，并將提取的每一步能量數據輸出給所述數據格式轉換模塊； 所述數據格式轉換模塊將輸入的所述每一步計算的能量數據轉換為所述擴展標記語言數據格式，并定期打包發(fā)送給所述用戶終端上的能量變化形成模塊； 所述能量變化形成模塊將接收到的數據包拆解成能量數據，在Flex頁面上以計算步數為單位顯示能量數據，形成VASP作業(yè)能量變化曲線。
【文檔編號】G06F11/32GK103577303SQ201310581587
【公開日】2014年2月12日 申請日期:2013年11月18日 優(yōu)先權日:2013年11月18日
【發(fā)明者】張云 申請人:浪潮(北京)電子信息產業(yè)有限公司