標(biāo)簽、標(biāo)簽引物、試劑盒及其用途
【專利摘要】本發(fā)明提供了一組標(biāo)簽、一組標(biāo)簽引物、一種試劑盒及其用途。一組標(biāo)簽，包括SEQ ID NO：27～124所示序列的至少2個。利用本發(fā)明提供的標(biāo)簽、標(biāo)簽引物引進標(biāo)簽標(biāo)記樣本，和/或者利用本發(fā)明的試劑盒，標(biāo)記區(qū)分大于等于或者遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于標(biāo)簽數(shù)的樣本數(shù)目，使多個樣本的數(shù)據(jù)能夠混合在一起處理而且最終又有辦法區(qū)分開。
【專利說明】標(biāo)簽、標(biāo)簽引物、試劑盒及其用途

【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明涉及混合數(shù)據(jù)處理技術(shù)，特別是能夠?qū)⒒旌蠝y序數(shù)據(jù)對應(yīng)至源樣本的一組 標(biāo)簽及其相關(guān)序列。

【背景技術(shù)】
[0002] Sanger測序是確定基因分型的金標(biāo)準(zhǔn)，飛行時間質(zhì)譜檢測能夠?qū)崿F(xiàn)定點檢測基因 分型，比如深圳華大基因推出的一款產(chǎn)品針對四個耳聾常見突變基因的20個位點進行質(zhì) 譜檢測，這20個位點在我國耳聾人群的致病因素中占據(jù)主要作用，還有全基因組測序，三 種方法都具有各自的局限性，比如Sanger和質(zhì)譜法通量低、成本高，而全基因組測序則不 能有效利用全部測序數(shù)據(jù)。
[0003] 先天性耳聾是一類常見疾病，在我國新生兒中的發(fā)病率高于1%。，其中60%以上 是遺傳因素導(dǎo)致的。因此，除了常規(guī)的醫(yī)學(xué)診斷方法，通過測定相關(guān)基因的基因分型、判斷 是否發(fā)生基因突變，可以輔助醫(yī)生診斷新生兒是否患有耳聾。
[0004] 根據(jù)國內(nèi)研究人員針對我國人群中耳聾基因突變進行分子流行病學(xué)調(diào)查的結(jié)果， GJB2、GJB3、SLC26A4和12sRNA的突變最為常見，在人群中的突變比例高達40%，在這四個 基因上的突變位點是導(dǎo)致遺傳性耳聾發(fā)生的常見突變。


【發(fā)明內(nèi)容】

[0005] 本發(fā)明的一方面提供了一組標(biāo)簽，其包括SEQ ID N0 :27?124所示序列的至少2 個。
[0006] 本發(fā)明的另一方面提供了一組標(biāo)簽引物，其包括1對標(biāo)簽引物，所述標(biāo)簽引物的 S' X - Y 結(jié)構(gòu)式為1 ，其中，X和X'均選自本發(fā)明一方面提供的標(biāo)簽中的同一個序列或者不同 3 Λ. - Y 序列，Y 選自 SEQ ID N0 :1，SEQ ID N0 :3, SEQ ID N0 :5, SEQ ID N0 :7, SEQ ID N0 :9, SEQ ID NO ：11, SEQ ID NO ：13, SEQ ID NO ：15, SEQ ID NO ：17, SEQ ID NO ：19, SEQ ID NO ：21, SEQ ID NO :23以及SEQ ID NO :25所示的任一序列，Y'與Y對應(yīng)，所說的對應(yīng)指：當(dāng)Y為 SEQ ID N0 :1 時，Y' 為 SEQ ID N0 :2,當(dāng) Y 為 SEQ ID N0 :3 時，Y' 為 SEQ ID N0 :4,當(dāng) Y 為 SEQ ID N0 :5 時，Y' 為 SEQ ID N0 :6,當(dāng) Y 為 SEQ ID N0 :7 時，Y' 為 SEQ ID N0 :8,當(dāng) Y 為 SEQ ID N0 :9 時，Y' 為 SEQ ID N0 :10,當(dāng) Y 為 SEQ ID N0 :11 時，Y' 為 SEQ ID N0 :12,當(dāng) Y 為 SEQ ID N0 :13 時，Y' 為 SEQ ID N0 :14,當(dāng) Y 為 SEQ ID N0 :15 時，Y' 為 SEQ ID N0 :16， 當(dāng) Y 為 SEQ ID NO :17 時，Y' 為 SEQ ID NO : 18,當(dāng) Y 為 SEQ ID NO :19 時，Y' 為 SEQ ID NO : 20,當(dāng) Y 為 SEQ ID NO :21 時，Y' 為 SEQ ID NO :22,當(dāng) Y 為 SEQ ID NO :23 時，Y' 為 SEQ ID NO :24,當(dāng) Y 為 SEQ ID NO :25 時，Y' 為 SEQ ID NO :26。
[0007] 本發(fā)明的再一方面提供一種試劑盒，其包括本發(fā)明一方面提供的一組標(biāo)簽，和/ 或包括本發(fā)明另一方面提供的標(biāo)簽引物。
[0008] 本發(fā)明的又一方面提供前述試劑盒在標(biāo)記混合核酸樣本，和/或多個核酸樣本混 合測序，和/或在確定混合測序數(shù)據(jù)中的數(shù)據(jù)對應(yīng)的樣本源，和/或在檢測耳聾相關(guān)基因突 變中的用途。
[0009] 利用本發(fā)明提供的標(biāo)簽引物引進標(biāo)簽標(biāo)記樣本或者利用本發(fā)明的試劑盒，能夠區(qū) 分大于等于標(biāo)簽數(shù)的樣本，比如利用一對上下游引物序列都帶同一個標(biāo)簽的引物對標(biāo)記一 個樣本，使該樣本的核酸擴增產(chǎn)物帶一個特定標(biāo)簽序列以區(qū)別其它樣本，再比如利用一對 上下游引物序列帶不同標(biāo)簽的引物對來標(biāo)記一個樣本，使該樣本的核酸擴增產(chǎn)物帶兩個標(biāo) 簽序列，這樣只要所帶的兩個標(biāo)簽的任一個與其它樣本的不同就能夠區(qū)分其它樣本核酸， 再再比如利用多對引物標(biāo)記一個樣本，各對引物的上下游序列都帶同一個標(biāo)簽或不同標(biāo) 簽，各對引物之間帶一樣或不同標(biāo)簽，使該樣本核酸擴增產(chǎn)物帶一個或多個特定排列的標(biāo) 簽，其中任一標(biāo)簽或者標(biāo)簽位置的不同足以區(qū)分不同樣本。本發(fā)明提供的這組標(biāo)簽或者標(biāo) 簽引物，是發(fā)明人通過多次試驗、創(chuàng)造性勞動，設(shè)計考慮篩查各序列本身堿基組成、各種堿 基比例以及序列間關(guān)系比如標(biāo)簽與標(biāo)簽之間、標(biāo)簽與引物之間、引物與引物之間、標(biāo)簽連接 到引物后不同標(biāo)簽引物之間等等的關(guān)系，使這些序列的全部或者任一部分都能夠在同一個 反應(yīng)體系中使用發(fā)揮作用。本發(fā)明提供的標(biāo)簽引物中的引物，利用全部13對引物可以捕 獲、混合擴增我國人群中常見的耳聾相關(guān)基因，檢測耳聾相關(guān)基因的突變情況，輔助臨床檢 測診斷耳聾疾病。

【專利附圖】

【附圖說明】
[0010] 本發(fā)明的上述和/或附加的方面和優(yōu)點從結(jié)合下面附圖對實施方式的描述中將 變得明顯和容易理解，其中：
[0011] 圖1是本發(fā)明的一個【具體實施方式】中的文庫構(gòu)建示意圖。

【具體實施方式】
[0012] 根據(jù)本發(fā)明的一種實施方式，提供了一組標(biāo)簽，其包括SEQ ID N0 :27?124所示 序列的至少2個。
[0013] 根據(jù)本發(fā)明的一個【具體實施方式】，提供的標(biāo)簽包括SEQ ID N0 :27?124所示序列 的至少5個；根據(jù)本發(fā)明的一個【具體實施方式】，所說的標(biāo)簽包括SEQ ID N0 :27?124所示 序列的至少10個；根據(jù)本發(fā)明的一個【具體實施方式】，所用的標(biāo)簽包括SEQ ID N0 :27?124 所示序列的至少20個；根據(jù)本發(fā)明的一個【具體實施方式】，所使用的標(biāo)簽包括SEQ ID N0: 27?124所示序列的至少30個；根據(jù)本發(fā)明的一個【具體實施方式】，所使用的標(biāo)簽包括SEQ ID NO :27?124所示序列的至少40個；根據(jù)本發(fā)明的一個【具體實施方式】，所使用的標(biāo)簽包 括SEQ ID N0 :27?124所示序列的至少50個；根據(jù)本發(fā)明的一個【具體實施方式】，所使用的 標(biāo)簽包括SEQ ID N0 :27?124所示序列的至少60個；根據(jù)本發(fā)明的一個【具體實施方式】，所 使用的標(biāo)簽包括SEQ ID N0 :27?124所示序列的至少70個；根據(jù)本發(fā)明的一個具體實施 方式，所使用的標(biāo)簽包括SEQ ID N0 :27?124所示序列的至少80個；根據(jù)本發(fā)明的一個具 體實施方式，所使用的標(biāo)簽包括SEQ ID N0 :27?124所示序列的至少90個；根據(jù)本發(fā)明的 一個【具體實施方式】，所使用的標(biāo)簽包括SEQ ID N0 :27?124所示序列的全部98個。序列 SEQ ID N0 :27 ?124 見表 1。
[0014] 表 1
[0015]

【權(quán)利要求】
1. 一組標(biāo)簽，其包括SEQ ID NO :27?124所示序列的至少2個。
2. 權(quán)利要求1的標(biāo)簽，其包括SEQ ID NO :27?124所示序列的至少5個； 任選的，其包括SEQ ID NO :27?124所示序列的至少10個； 任選的，其包括SEQ ID NO :27?124所示序列的至少20個； 任選的，其包括SEQ ID NO :27?124所示序列的至少30個； 任選的，其包括SEQ ID NO :27?124所示序列的至少40個； 任選的，其包括SEQ ID NO :27?124所示序列的至少50個； 任選的，其包括SEQ ID NO :27?124所示序列的至少60個； 任選的，其包括SEQ ID NO :27?124所示序列的至少70個； 任選的，其包括SEQ ID NO :27?124所示序列的至少80個 任選的，其包括SEQ ID NO :27?124所示序列的至少90個； 任選的，其包括SEQ ID NO : 27?124所示序列的全部98個。 5 * ^ - γ
3. -組標(biāo)簽引物，其包括1對標(biāo)簽引物，所述標(biāo)簽引物的結(jié)構(gòu)式為；；， ，其中，X和 3 X _ / X'均選自權(quán)利要求1或2的標(biāo)簽，Y選自SEQ ID NO :1，SEQ ID NO :3, SEQ ID NO :5, SEQ ID NO ：7, SEQ ID NO ：9, SEQ ID N0：11,SEQ ID N0：13,SEQ ID N0：15,SEQ ID N0：17,SEQ ID NO : 19, SEQ ID NO :21，SEQ ID NO :23 以及 SEQ ID NO :25 所示的任一序列，Y' 與 Y 對 應(yīng)，所述對應(yīng)為：當(dāng)Y為SEQ ID NO :1時，Y'為SEQ ID NO :2， 當(dāng) Y 為 SEQ ID NO :3 時，Y' 為 SEQ ID NO :4， 當(dāng) Y 為 SEQ ID NO :5 時，Y' 為 SEQ ID NO :6， 當(dāng) Y 為 SEQ ID NO :7 時，Y' 為 SEQ ID NO :8， 當(dāng) Y 為 SEQ ID NO :9 時，Y' 為 SEQ ID NO :10， 當(dāng) Y 為 SEQ ID NO :11 時，Y' 為 SEQ ID NO :12， 當(dāng) Y 為 SEQ ID NO :13 時，Y' 為 SEQ ID NO : 14， 當(dāng) Y 為 SEQ ID NO :15 時，Y' 為 SEQ ID NO :16, 當(dāng) Y 為 SEQ ID NO :17 時，Y' 為 SEQ ID NO :18, 當(dāng) Y 為 SEQ ID NO :19 時，Y' 為 SEQ ID NO :20, 當(dāng) Y 為 SEQ ID NO :21 時，Y' 為 SEQ ID NO :22, 當(dāng) Y 為 SEQ ID NO :23 時，Y' 為 SEQ ID NO :24, 當(dāng) Y 為 SEQ ID NO :25 時，Y' 為 SEQ ID NO :26。
4. 權(quán)利要求3的標(biāo)簽引物，其包括2對標(biāo)簽引物，所述2對標(biāo)簽引物的Y選自SEQ ID NO :1，SEQ ID NO :3, SEQ ID NO :5, SEQ ID NO :7, SEQ ID NO :9, SEQ ID NO: 11，SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO : 15, SEQ ID NO : 17, SEQ ID NO : 19, SEQ ID NO :21，SEQ ID NO :23 以及 SEQ ID NO :25所示的任2個序列。
5. 權(quán)利要求3的標(biāo)簽引物，其包括5對標(biāo)簽引物，所述5對標(biāo)簽引物的Y選自SEQ ID NO :1，SEQ ID NO :3, SEQ ID NO :5, SEQ ID NO :7, SEQ ID NO :9, SEQ ID NO: 11，SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO : 15, SEQ ID NO : 17, SEQ ID NO : 19, SEQ ID NO :21，SEQ ID NO :23 以及 SEQ ID NO :25所示的任5個序列。
6. 權(quán)利要求3的標(biāo)簽引物，其包括10對標(biāo)簽引物，所述10對標(biāo)簽引物的Y選自SEQ ID NO ：1, SEQ ID NO ：3, SEQ ID NO ：5, SEQ ID NO ：7, SEQ ID NO ：9, SEQ ID NO ：11, SEQ ID NO :13, SEQ ID NO :15, SEQ ID NO :17, SEQ ID NO :19, SEQ ID NO :21，SEQ ID NO :23 以及 SEQ ID NO :25所示的任10個序列。
7. 權(quán)利要求3的標(biāo)簽引物，其包括13對標(biāo)簽引物，所述13對標(biāo)簽引物的Y分別為SEQ ID NO ：1, SEQ ID NO ：3, SEQ ID NO ：5, SEQ ID NO ：7, SEQ ID NO ：9, SEQ ID NO ：11, SEQ ID NO : 13, SEQ ID NO : 15, SEQ ID NO : 17, SEQ ID NO : 19, SEQ ID NO :21，SEQ ID NO :23 以及 SEQ ID NO :25所示的序列。
8. 試劑盒，其包括權(quán)利要求1或2的標(biāo)簽。
9. 權(quán)利要求8的試劑盒，其還包括權(quán)利要求3-7任一的標(biāo)簽引物。
10. 權(quán)利要求8或9的試劑盒在標(biāo)記混合核酸樣本，和/或多個核酸樣本混合測序，和 /或在確定混合測序數(shù)據(jù)中的數(shù)據(jù)對應(yīng)的樣本源，和/或在檢測耳聾相關(guān)基因突變中的用 途。
【文檔編號】C12N15/11GK104232631SQ201410424662
【公開日】2014年12月24日 申請日期:2014年8月26日 優(yōu)先權(quán)日:2014年8月26日
【發(fā)明者】馮大飛, 程秀, 陳祖煜, 鄒婧, 張俊清, 朱紅梅, 易鑫 申請人:深圳華大基因醫(yī)學(xué)有限公司