本發(fā)明屬于msi檢測(cè)，具體地，涉及一種構(gòu)建標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)穩(wěn)定性預(yù)測(cè)模型的方法。

背景技術(shù)：

1、微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(microsatellite?instability，msi)，是指由于在dna復(fù)制時(shí)插入或缺失突變引起的微衛(wèi)星(microsatellite，ms)序列長(zhǎng)度改變的現(xiàn)象，常由錯(cuò)配修復(fù)功能(mismatch?repair，mmr)缺陷引起。ms序列，是一些短而重復(fù)的dna序列，一般由1～6個(gè)核苷酸組成，串聯(lián)重復(fù)排列，常見(jiàn)類型為雙堿基ca/ga/gt或單堿基a/t等。ms序列可以位于基因的重要非編碼區(qū)，也可以位于基因的編碼區(qū)，多態(tài)性分布于整個(gè)基因組，個(gè)體差異大。細(xì)胞可以通過(guò)錯(cuò)配修復(fù)元件修復(fù)在基因組復(fù)制過(guò)程中發(fā)生錯(cuò)配的區(qū)域。在某些情況下，錯(cuò)配修復(fù)元件失去了原本的功能，如mlh1、msh2、msh6等發(fā)生變異，導(dǎo)致細(xì)胞無(wú)法修復(fù)錯(cuò)配，細(xì)胞會(huì)出現(xiàn)msi表型。這種表型體現(xiàn)在微衛(wèi)星的單元重復(fù)數(shù)的改變，有可能變長(zhǎng)，也有可能變短。

2、在腫瘤中，微衛(wèi)星不穩(wěn)定是一個(gè)比較常見(jiàn)的現(xiàn)象。微衛(wèi)星不穩(wěn)定的狀態(tài)預(yù)示著腫瘤的成因與發(fā)展，也能在不同癌種中起到重要的輔助診斷、用藥指導(dǎo)作用。一般，微衛(wèi)星不穩(wěn)定的狀態(tài)可以分為微衛(wèi)星高度不穩(wěn)定(msi-h)，微衛(wèi)星低度不穩(wěn)定(msi-l)和微衛(wèi)星穩(wěn)定(mss)。在結(jié)直腸癌、子宮內(nèi)膜癌、胃癌等癌種中，msi-h狀態(tài)的患者與其余二者具有顯著的生存期、用藥偏好、姑息治療預(yù)后的差異。進(jìn)行msi檢測(cè)，能夠幫助醫(yī)生充分認(rèn)識(shí)癌種，并提出正確的診療方案。

3、msi檢測(cè)的另外一個(gè)重要作用是輔助篩查林奇綜合征(lynch?syndrome)，即錯(cuò)配修復(fù)基因發(fā)生胚系突變的一種遺傳性綜合征，其特征為結(jié)直腸癌、子宮內(nèi)膜癌、胃癌，在較年輕時(shí)發(fā)生，家系中也有相關(guān)癌種等。msi狀態(tài)與林奇綜合征具有一定的相關(guān)性，微衛(wèi)星穩(wěn)定的絕大多數(shù)患者皆非林奇綜合征。傳統(tǒng)上，如果患者具有上述癥狀，醫(yī)生通常會(huì)考慮詳細(xì)檢測(cè)。如果使用免疫組化的方法，需要兩位經(jīng)驗(yàn)豐富的病理醫(yī)生共同檢測(cè)，且準(zhǔn)確率較低。如果使用msi檢測(cè)，則更為方便，準(zhǔn)確率也更高。當(dāng)判斷病人為msi-h時(shí)，可繼續(xù)進(jìn)行全面的遺傳診斷，確定是否為林奇綜合征。

4、由于msi位點(diǎn)的序列特性，單一位點(diǎn)的測(cè)序可靠性較低，基于二代測(cè)序的msi檢測(cè)通常會(huì)對(duì)成百上千的msi位點(diǎn)進(jìn)行檢測(cè)，可以使用多位點(diǎn)克隆檢測(cè)與基因組測(cè)序的方法檢測(cè)微衛(wèi)星狀態(tài)。多位點(diǎn)克隆法常見(jiàn)于目前的msi檢測(cè)，通過(guò)判斷與msi狀態(tài)高度相關(guān)的5個(gè)-幾十個(gè)微衛(wèi)星區(qū)域的長(zhǎng)度是否發(fā)生改變，按照改變的程度判斷該位點(diǎn)是否不穩(wěn)定，不穩(wěn)定位點(diǎn)的比例越高，說(shuō)明細(xì)胞越有可能處于msi狀態(tài)。這種方法價(jià)格便宜，實(shí)驗(yàn)流程較短。然而，目前很多通過(guò)ngs方法預(yù)測(cè)msi狀態(tài)的檢測(cè)工具需要正常樣本配對(duì)，如msings、mantis等。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、本發(fā)明的主要目的在于針對(duì)液相捕獲二代測(cè)序微衛(wèi)星位點(diǎn)數(shù)據(jù)，提供一種無(wú)需正常樣本配對(duì)即可預(yù)測(cè)msi總體狀態(tài)的方法，該方法計(jì)算方便，穩(wěn)定快捷，結(jié)果準(zhǔn)確，可重復(fù)性高，減少了檢測(cè)的局限性。

2、為實(shí)現(xiàn)上述目的，本發(fā)明提供的技術(shù)方案如下：

3、本發(fā)明第一方面提供一種用于確定待測(cè)樣本msi總體狀態(tài)的標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)，所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)包括：

4、

5、

6、微衛(wèi)星(microsatellite，ms)是指人類基因組中的短串聯(lián)重復(fù)序列(shorttandem?repeat，str)，或稱重復(fù)堿基序列，包括單核苷酸的重復(fù)、雙核苷酸的重復(fù)，甚至更多核苷酸的重復(fù)。微衛(wèi)星不穩(wěn)定(microsatellite?instability，msi)是指相對(duì)于正常組織，腫瘤組織的微衛(wèi)星由于重復(fù)單元的插入或缺失而造成微衛(wèi)星任意長(zhǎng)度的改變。在本發(fā)明中，所述msi總體狀態(tài)是指待測(cè)樣本中全部微衛(wèi)星的狀態(tài)；所述微衛(wèi)星位點(diǎn)即是指具體的微衛(wèi)星位點(diǎn)，所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)是指用來(lái)判斷待測(cè)樣本msi總體狀態(tài)的微衛(wèi)星。

7、在本發(fā)明中，還可以選擇或者包含其他單核苷酸重復(fù)序列和/或二核苷酸重復(fù)序列的微衛(wèi)星作為標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)。

8、在本發(fā)明中，重復(fù)次數(shù)即是標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度的標(biāo)準(zhǔn)值(γ)，即上述表格中的重復(fù)次數(shù)(標(biāo)準(zhǔn)重復(fù)次數(shù))。

9、在本發(fā)明中，由于微衛(wèi)星由于重復(fù)單元的插入或缺失而造成微衛(wèi)星任意長(zhǎng)度的改變，微衛(wèi)星的長(zhǎng)度即為重復(fù)單元的具體重復(fù)次數(shù)，即重復(fù)多少次長(zhǎng)度就是多少。例如，即使重復(fù)單元的堿基數(shù)量為2，重復(fù)了10次，堿基長(zhǎng)度為20，但仍認(rèn)為微衛(wèi)星位點(diǎn)的長(zhǎng)度為10。

10、對(duì)于微衛(wèi)星位點(diǎn)，每一個(gè)重復(fù)單元都存在缺失、不變和插入3種狀態(tài)，即每個(gè)重復(fù)單元的數(shù)量可以是0個(gè)、1個(gè)、2個(gè)。基于此，對(duì)于每一個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)，長(zhǎng)度的取值范圍為[0，2γ]。

11、本發(fā)明第二方面提供本發(fā)明第一方面所述的標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)的檢測(cè)試劑在制備用于確定待測(cè)樣本msi總體狀態(tài)的試劑盒中的應(yīng)用。

12、本發(fā)明第三方面提供一種用于確定待測(cè)樣本的msi總體狀態(tài)的系統(tǒng)，包括以下模塊：

13、標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)數(shù)據(jù)輸入模塊，用于接收待測(cè)樣本的本發(fā)明第一方面所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)的穩(wěn)定性數(shù)據(jù)，所述穩(wěn)定性包括穩(wěn)定和不穩(wěn)定；

14、msi總體狀態(tài)存儲(chǔ)模塊，用于存儲(chǔ)第二群體樣本的所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)的穩(wěn)定性數(shù)據(jù)和msi總體狀態(tài)數(shù)據(jù)，所述msi總體狀態(tài)包括msi-h、msi-l和mss；

15、msi總體狀態(tài)確定模塊，分別與所述數(shù)據(jù)輸入模塊和所述msi總體狀態(tài)存儲(chǔ)模塊連接，用于利用所述第二群體樣本的所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)的穩(wěn)定性數(shù)據(jù)構(gòu)建預(yù)測(cè)模型，并基于從所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)穩(wěn)定性預(yù)測(cè)模塊獲得的待測(cè)樣本的所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)的穩(wěn)定性數(shù)據(jù)，確定待測(cè)樣本的msi總體狀態(tài)。

16、在本發(fā)明的一些實(shí)施方案中，所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)的穩(wěn)定性數(shù)據(jù)是指所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)的長(zhǎng)度是否存在變化，若某個(gè)標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)發(fā)生顯著變化，即由于重復(fù)單元的插入或缺失而造成該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度的顯著變化，則該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)不穩(wěn)定；反之，若某個(gè)標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)未發(fā)生變化，即不存在由于重復(fù)單元的插入或缺失而造成該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度的變化或即使存在重復(fù)單元的插入或缺失但長(zhǎng)度變化不顯著，則該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)穩(wěn)定。

17、在本發(fā)明中，所述msi-h、msi-l和mss的含義如下：

18、(1)mss：microsatellite?stability，微衛(wèi)星穩(wěn)定性，即所有微衛(wèi)星位點(diǎn)均為穩(wěn)定狀態(tài)。

19、(2)msi-l：low-frequency?msi，低頻微衛(wèi)星不穩(wěn)定性，即小于預(yù)設(shè)閾值的微衛(wèi)星位點(diǎn)為不穩(wěn)定狀態(tài)。

20、(3)msi-h：high-frequency?msi，高頻微衛(wèi)星不穩(wěn)定性，即不小于預(yù)設(shè)閾值的微衛(wèi)星位點(diǎn)為不穩(wěn)定狀態(tài)。

21、在本發(fā)明的一些實(shí)施方案中，所述預(yù)設(shè)閾值可以是數(shù)量的絕對(duì)值，也可以是比例，例如30％。

22、在本發(fā)明的一些實(shí)施方案中，所述msi總體狀態(tài)確定模塊中，所述利用所述群體樣本的所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)的穩(wěn)定性數(shù)據(jù)構(gòu)建預(yù)測(cè)模型包括以下步驟：

23、s21，將第二群體樣本的所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)的穩(wěn)定性數(shù)據(jù)隨機(jī)分為兩組，一組為第二訓(xùn)練集，一組為第二測(cè)試集，每個(gè)組中均包括msi-h樣本、msi-l樣本和mss樣本的所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)的穩(wěn)定性數(shù)據(jù)；

24、s22，利用第二訓(xùn)練集數(shù)據(jù)，基于機(jī)器學(xué)習(xí)算法構(gòu)建msi總體狀態(tài)預(yù)測(cè)模型；

25、s23，在第二測(cè)試集中，對(duì)得到的msi總體狀態(tài)預(yù)測(cè)模型進(jìn)行驗(yàn)證。

26、在本發(fā)明的一些實(shí)施方案中，所述機(jī)器學(xué)習(xí)算法選自以下算法中的任一種：

27、隨機(jī)森林算法、神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)算法、支持向量機(jī)算法、貝葉斯分類算法、梯度提升算法、k近鄰算法和決策樹(shù)算法。

28、在本發(fā)明的一些優(yōu)選實(shí)施方案中，利用隨機(jī)森林模型進(jìn)行訓(xùn)練得到所述msi總體狀態(tài)預(yù)測(cè)模型。

29、在本發(fā)明的一些實(shí)施方案中，所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)數(shù)據(jù)輸入模塊中獲得的所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)的穩(wěn)定性數(shù)據(jù)是基于pcr的方法得到的。

30、進(jìn)一步地，所述系統(tǒng)還包括：

31、測(cè)序數(shù)據(jù)輸入模塊，用于輸入所述待測(cè)樣本中包含所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)的目標(biāo)區(qū)域的捕獲測(cè)序數(shù)據(jù)，并獲得所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度的峰數(shù)、峰度、偏度、標(biāo)準(zhǔn)差和標(biāo)準(zhǔn)偏移；

32、微衛(wèi)星位點(diǎn)存儲(chǔ)模塊，用于存儲(chǔ)第一群體樣本已知微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度的峰數(shù)、峰度、偏度、標(biāo)準(zhǔn)差和標(biāo)準(zhǔn)偏移以及穩(wěn)定性數(shù)據(jù)；

33、標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)穩(wěn)定性預(yù)測(cè)模塊，分別與所述測(cè)序數(shù)據(jù)輸入模塊、所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)存儲(chǔ)模塊和所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)數(shù)據(jù)輸入模塊連接，用于利用所述第一群體樣本已知微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度的峰數(shù)、峰度、偏度、標(biāo)準(zhǔn)差和標(biāo)準(zhǔn)偏移以及穩(wěn)定性數(shù)據(jù)構(gòu)建標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)穩(wěn)定性預(yù)測(cè)模型，并基于從測(cè)序數(shù)據(jù)輸入模塊獲得的所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度的峰數(shù)、峰度、偏度、標(biāo)準(zhǔn)差和標(biāo)準(zhǔn)偏移，預(yù)測(cè)所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)的穩(wěn)定性，并用于將所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)的穩(wěn)定性數(shù)據(jù)輸出至所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)數(shù)據(jù)輸入模塊。

34、在本發(fā)明的一些實(shí)施方案中，所述已知微衛(wèi)星位點(diǎn)包括：

35、

36、

37、在本發(fā)明的一些實(shí)施方案中，所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)穩(wěn)定性預(yù)測(cè)模塊中，所述利用所述已知微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度的峰數(shù)、峰度、偏度、標(biāo)準(zhǔn)差和標(biāo)準(zhǔn)偏移以及穩(wěn)定性數(shù)據(jù)構(gòu)建標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)穩(wěn)定性預(yù)測(cè)模型包括以下步驟：

38、s11，將第一群體樣本的已知微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度的峰數(shù)、峰度、偏度、標(biāo)準(zhǔn)差和標(biāo)準(zhǔn)偏移以及穩(wěn)定性數(shù)據(jù)隨機(jī)分為兩組，一組為第一訓(xùn)練集，一組為第一測(cè)試集；

39、s12，利用第一訓(xùn)練集數(shù)據(jù)，基于回歸算法構(gòu)建標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)穩(wěn)定性預(yù)測(cè)模型；

40、s13，在第一測(cè)試集中，對(duì)得到的所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)穩(wěn)定性預(yù)測(cè)模型進(jìn)行驗(yàn)證。

41、在本發(fā)明的一些實(shí)施方案中，所述回歸算法選自以下算法中的任一種：邏輯回歸算法、線性回歸算法。

42、在本發(fā)明的一些實(shí)施方案，對(duì)于任意一個(gè)所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)，首先根據(jù)尋峰算法統(tǒng)計(jì)該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度的峰數(shù)，再分別計(jì)算該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度的偏度skew、峰度kurt、標(biāo)準(zhǔn)差s和標(biāo)準(zhǔn)偏移p：

43、偏度衡量隨機(jī)變量概率分布的不對(duì)稱性，是相對(duì)于平均值不對(duì)稱程度的度量，通過(guò)對(duì)偏度系數(shù)的測(cè)量，夠判定該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度分布的不對(duì)稱程度以及方向。偏度的衡量是相對(duì)于正態(tài)分布來(lái)說(shuō)，正態(tài)分布的偏度為0，即若該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度分布是對(duì)稱的，偏度為0。若偏度大于0，則分布右偏，即分布有一條長(zhǎng)尾在右；若偏度小于0，則分布為左偏，即分布有一條長(zhǎng)尾在左；同時(shí)，偏度的絕對(duì)值越大，說(shuō)明分布的偏移程度越嚴(yán)重。

44、偏度計(jì)算公式為：

45、

46、其中，xi為該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度為i時(shí)的reads數(shù)，i＝[1，n]；為該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)不同長(zhǎng)度的reads數(shù)的均值；n為該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)的長(zhǎng)度種類數(shù)，即具有多少種不同的長(zhǎng)度，n＝2γ；γ為該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度的標(biāo)準(zhǔn)值。

47、峰度是研究數(shù)據(jù)分布陡峭或者平滑的統(tǒng)計(jì)量，通過(guò)對(duì)峰度系數(shù)的測(cè)量，能夠判定該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度相對(duì)于正態(tài)分布而言是更陡峭還是更平緩。若峰度＝3，該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度分布的峰態(tài)服從正態(tài)分布；若峰度>3，該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度分布的峰態(tài)陡峭(高尖)；若峰度<3，該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度分布的峰態(tài)平緩(矮胖)。峰度計(jì)算公式為：

48、

49、其中，xi為該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度為i時(shí)的reads數(shù)，i＝[1，n]；為該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)不同長(zhǎng)度的reads數(shù)的均值；n為該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)的長(zhǎng)度種類數(shù)，n＝2γ，γ為該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度的標(biāo)準(zhǔn)值。

50、標(biāo)準(zhǔn)差反映的是該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度的離散程度，值越大，越離散，即該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)不同長(zhǎng)度間差異越大。

51、標(biāo)準(zhǔn)差計(jì)算公式為：

52、

53、其中，xi為該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度為i時(shí)的reads數(shù)，i＝[1，n]；為該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)不同長(zhǎng)度的reads數(shù)的均值；xi′為微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度為i時(shí)的reads數(shù)的歸一化值，為xi′的均值；n為該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)的長(zhǎng)度種類，n＝2γ，γ為該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度的標(biāo)準(zhǔn)值。

54、標(biāo)準(zhǔn)偏移是指該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度偏移該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度標(biāo)準(zhǔn)值的水平。

55、標(biāo)準(zhǔn)偏移計(jì)算公式為：

56、

57、其中，xi為該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度為i時(shí)的reads數(shù)，i＝[1，n]；xi′為微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度為i時(shí)的reads數(shù)的歸一化值，n為該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)的長(zhǎng)度種類數(shù)；γ為該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度標(biāo)準(zhǔn)值，n＝2γ，γ為該標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度的標(biāo)準(zhǔn)值。

58、在本發(fā)明的一些實(shí)施方案中，在測(cè)序數(shù)據(jù)輸入模塊中，只有當(dāng)所述目標(biāo)區(qū)域的捕獲測(cè)序的深度達(dá)到400×，才計(jì)算所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)的峰數(shù)、峰度、偏度、標(biāo)準(zhǔn)差和標(biāo)準(zhǔn)偏移。具體地，利用msisensor2的結(jié)果文件，計(jì)算標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)不同長(zhǎng)度的reads數(shù)。

59、本發(fā)明第四方面提供一種用于確定待測(cè)樣本msi總體狀態(tài)的試劑盒，包括本發(fā)明第一方面所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)的檢測(cè)試劑。

60、在本發(fā)明中，所述“第一群體樣本”和所述“第二群體樣本”僅是形式上的區(qū)域，其中第一群體樣本的數(shù)據(jù)包括各樣本已知微衛(wèi)星位點(diǎn)長(zhǎng)度的峰數(shù)、峰度、偏度、標(biāo)準(zhǔn)差和標(biāo)準(zhǔn)偏移以及穩(wěn)定性數(shù)據(jù)，用于基于回歸算法構(gòu)建標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)穩(wěn)定性預(yù)測(cè)模型；第二群體樣本的數(shù)據(jù)包括所述標(biāo)記微衛(wèi)星位點(diǎn)的穩(wěn)定性數(shù)據(jù)和msi總體狀態(tài)數(shù)據(jù)，用于構(gòu)建msi總體狀態(tài)預(yù)測(cè)模型。

61、在本發(fā)明中，所述待測(cè)樣本來(lái)源于人類，優(yōu)選為腫瘤樣本，如新鮮組織、組織石蠟塊(ffpe)等。

62、本發(fā)明的有益效果

63、相對(duì)于現(xiàn)有技術(shù)，本發(fā)明具有以下有益效果：

64、利用本發(fā)明，通過(guò)對(duì)二代測(cè)序數(shù)據(jù)的分析可在不同ngs檢測(cè)平臺(tái)、不同癌種中，無(wú)需正常樣本配對(duì)即可進(jìn)行msi總體狀態(tài)預(yù)測(cè)。

65、利用本發(fā)明預(yù)測(cè)msi總體狀態(tài)，穩(wěn)定快捷，結(jié)果準(zhǔn)確，可重復(fù)性高，減少了檢測(cè)的局限性。