Dirigent基因EG261及其直系同源物和旁系同源物以及它們?cè)谥参镏杏糜诓≡w抗性的用途相關(guān)申請(qǐng)的交叉引用本申請(qǐng)要求在2013年3月15日提交的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)?zhí)?1/789,463以及2012年5月25日提交的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)?zhí)?1/652,029的優(yōu)先權(quán)，上述的每一項(xiàng)在此處以通過(guò)引用整體并入用于各種用途。電子提交的文本文件的描述電子提交的文本文件內(nèi)容此處以其全文通過(guò)引用合并入本文：序列表的計(jì)算機(jī)可讀形式拷貝(文件名：EVOL_004_01WO_SeqList_ST25.txt，記錄日期：2013年5月22日，文件大小85kb)。
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本發(fā)明涉及植物中用于病原體抗性的核酸序列的鑒定和用途。發(fā)明背景“Dirigent”指分別作為基因或蛋白質(zhì)家族(已在很多植物中鑒定其成員)成員的基因或蛋白質(zhì)。Dirigent涉及在一系列不同的(且有時(shí)為遠(yuǎn)親的)植物中對(duì)多種類型的病原體的抗性。Dirigent蛋白質(zhì)在眾多植物品種中賦予對(duì)多種病原體的廣泛應(yīng)答，包括對(duì)松柏類植物(Ralph等，PlantMolecularBiology(2006)60:21–40)；棉(L.Zhu,X.Zhang,L.Tu,F.Zeng,Y.NieandX.GuoJournalofPlantPathology.2007.89(1),41-45)；大麥(Ralph等，PlantMolecularBiology,2006,60:21–40_DOI10.1007/s11103-005-2226-y)，大麥，(Kristensen等，PlantPhysiology,June1999,Vol.120,pp.501–512)；甜橙樹(“GeneexpressioninCitrussinensis(L.)OsbeckfollowinginfectionwiththebacterialpathogenCandidatusLiberibacterasiaticuscausingHuanglongbinginFlorida”Albrecht等，PlantScience,Volume175,Issue3,September2008,Pages291–306)；小麥(posterpresentation:“CloningandTranscriptionalProfilingofaDirigent-likeGenefromWheatRespondingtoHessianFyInfestation”,C.Williams,PosterPO910,PlantandAnimalGenome20)；以及豌豆(“TransgeniccanolalinesexpressingpeadefensegeneDRR206haveresistancetoaggressiveblacklegisolatesandtoRhizoctoniasolaniI.”,WangandFristensky,MolecularBreedingVolume8,Number3(2001),263-271,DOI:10.1023/A:1013706400168)。因此Dirigent在許多植物中已涉及病原體反應(yīng)，且已表明這種反應(yīng)可針對(duì)多種不同病原體，包括但不局限于真菌、細(xì)菌、昆蟲和線蟲。“Dirigent”的鑒定和用途對(duì)于園林管理和作物生產(chǎn)至關(guān)重要，特別是對(duì)于農(nóng)藝學(xué)和園藝學(xué)中的商業(yè)化作物生產(chǎn)。發(fā)明概述本發(fā)明提供了EG261、EG261同源物(homolog)、EG261直系同源物(ortholog)、EG261旁系同源物(paralog)及其片段和變異的鑒定和用途，以供改變，例如，賦予或增加植物中的病原體耐受和/或抗性。重要的是，這種改變的，例如，增加的病原體耐受和/或抗性可利用常規(guī)植物育種方法獲得，其中這些方法還選擇性地包括利用任何不同生物技術(shù)方法來(lái)驗(yàn)證在所得的雜交品種和后代中預(yù)期EG261、EG261同源物、EG261直系同源物、EG261旁系同源物及其片段和變異存在。在實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了分離的編碼EG261、EG261同源物、EG261直系同源物、EG261旁系同源物及其片段和變異的核酸序列。本發(fā)明還提供了包含這些核酸序列的嵌合基因、構(gòu)建體、重組DNA、載體、植物細(xì)胞、植物組織、植物部分、植物組織培養(yǎng)物和/或全植物。在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供用于改變和/或增加病原體耐受和/或抗性的多核苷酸，其包含與編碼EG261、EG261同源物、EG261直系同源物、EG261旁系同源物及其片段和變異的核酸分享至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、至少99.1％、至少99.2％、至少99.3％、至少99.4％、至少99.5％、至少99.6％、至少99.7％、至少99.8％，或至少99.9％同一性的核酸序列。本發(fā)明進(jìn)一步提供分離的氨基酸序列(例如，肽、多肽及其類似物)，其包含由EG261、EG261同源物、EG261直系同源物、EG261旁系同源物及其片段和變異的核酸序列編碼的氨基酸序列。在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供分離的氨基酸序列，其形成的蛋白質(zhì)分享與由EG261、EG261同源物、EG261直系同源物、EG261旁系同源物及其片段和變異的核酸序列編碼的氨基酸序列具有至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、至少99.1％、至少99.2％、至少99.3％、至少99.4％、至少99.5％、至少99.6％、至少99.7％、至少99.8％，或至少99.9％同一性的氨基酸序列。在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供分離的氨基酸序列，其形成的蛋白質(zhì)分享與由EG261、EG261同源物、EG261直系同源物、EG261旁系同源物及其片段和變異的核酸序列編碼的氨基酸序列具有至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、至少99.1％、至少99.2％、至少99.3％、至少99.4％、至少99.5％、至少99.6％、至少99.7％、至少99.8％，或至少99.9％同一性的氨基酸序列。本發(fā)明還提供嵌合基因，其包含可操作地與適當(dāng)?shù)恼{(diào)控序列連接的任一上述多核苷酸的分離的核酸序列。本發(fā)明還提供包含如上所述的嵌合基因的重組構(gòu)建體。本發(fā)明進(jìn)一步包含基于本發(fā)明核酸序列表達(dá)的干擾RNA(RNAi)，其中這些RNAi包括但不局限于可被用于基因沉默構(gòu)建體的微小RNA(miRNA)和小干擾RNA(siRNA)。本發(fā)明還提供轉(zhuǎn)化的宿主細(xì)胞，其包含如上所述的嵌合基因。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述宿主細(xì)胞選自：細(xì)菌、酵母、絲狀真菌、藻類、動(dòng)物和植物。本發(fā)明在另一方面還提供植物，其基因組中包含如本文所述的一個(gè)或多個(gè)基因、如本文所述的一個(gè)或多個(gè)具有突變的基因，或如本文所述的嵌合基因。在一些實(shí)施方案中，所述植物源自對(duì)大豆包囊線蟲(SCN)敏感的大豆品種，且其中所述基因包括編碼衍生于G.pescadrensis的EG261直系同源物的核酸序列。本發(fā)明在另一方面提供由本文描述的植物獲得的植物種子，其中所述產(chǎn)生這些種子的植物在其基因組中包含一個(gè)或多個(gè)如本文所述的基因、一個(gè)或多個(gè)如本文所述的具有突變的基因，或如本文所述的嵌合基因。在一些實(shí)施方案中，所述方法包括在一個(gè)或多個(gè)關(guān)于EG261、EG261同源物、EG261直系同源物、EG261旁系同源物及其片段和變異的核酸序列中引入突變。一方面，本發(fā)明提供植物育種方法來(lái)改變，例如，賦予或增加，病原體耐受和/或抗性。在一個(gè)實(shí)施方案中，這些方法包括將包含EG261、EG261同源物、EG261直系同源物、EG261旁系同源物及其片段和變異的一個(gè)或多個(gè)核酸序列的第一植物與相同或不同種的第二植物進(jìn)行雜交來(lái)產(chǎn)生F1植物；將F1植物與第二植物回交；并重復(fù)所述回交步驟來(lái)生成近等基因系，其中所述EG261、EG261同源物、EG261直系同源物、EG261旁系同源物及其片段和變異的一個(gè)或多個(gè)核酸序列整合至第二植物的基因組中；其中所述源自第二植物的近等基因系具有改變的，例如，增加的，病原體耐受和/或抗性。選擇性地，這些方法可通過(guò)利用用來(lái)驗(yàn)證第二植物中包含EG261、EG261同源物、EG261直系同源物、EG261旁系同源物及其片段和變異的核酸序列的各種生物技術(shù)方法來(lái)加以輔助。在一些實(shí)施方案中，所述第一植物包含編碼衍生于G.pescadrensis的EG261直系同源物的核酸序列。在一些實(shí)施方案中，所述第二植物為對(duì)大豆胞囊線蟲(SCN)敏感的大豆品種。本發(fā)明提供分離的多核苷酸，其包括選自下組的核酸序列：(a)與編碼EG261的核酸序列具有至少95％相同核苷酸的核酸序列；(b)與編碼EG261同源物的核酸序列具有至少95％相同核苷酸的核酸序列；(c)與編碼EG261直系同源物的核酸序列具有至少95％相同核苷酸的核酸序列；(d)與編碼EG261旁系同源物的核酸序列具有至少95％相同核苷酸的核酸序列；(e)(a)、(b)、(c)或(d)核酸序列的互補(bǔ)序列(complement)；(f)(a)、(b)、(c)或(d)核酸序列的反向互補(bǔ)序列；(g)(a)、(b)、(c)或(d)核酸序列的反向序列；(h)(a)、(b)、(c)或(d)核酸序列的mRNA序列；以及，(i)(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)和(h)核酸序列的片段和變異。本發(fā)明提供載體，其包含本文所述的一個(gè)或多個(gè)多核苷酸。本發(fā)明還提供遺傳構(gòu)建體，其包含本文所述的一個(gè)或多個(gè)分離的多核苷酸。本發(fā)明還提供遺傳構(gòu)建體，其按5′-3′方向包含：(a)啟動(dòng)子序列，(b)本文所述的一個(gè)或多個(gè)分離的多核苷酸；以及(c)基因終止序列。在本發(fā)明的一些實(shí)施方案中，所述遺傳構(gòu)建體包含編碼能夠改變病原體耐受和/或抗性的多肽的開放閱讀框。在本發(fā)明的一些實(shí)施方案中，所述病原體耐受和/或抗性被賦予或增強(qiáng)。在本發(fā)明的一些實(shí)施方案中，所述病原體是大豆包囊線蟲。本發(fā)明還進(jìn)一步提供轉(zhuǎn)基因細(xì)胞，其包含本文所述的遺傳構(gòu)建體。本發(fā)明還提供生物體，其包含本文所述的轉(zhuǎn)基因細(xì)胞。在本發(fā)明的一些實(shí)施方案中，所述生物體是植物。在本發(fā)明的一些具體實(shí)施方案中，所述植物是大豆植物。本發(fā)明提供因?yàn)檫z傳本文所述的多核苷酸而具有改變的病原體耐受和/或抗性的植物及其子代植物。本發(fā)明提供產(chǎn)生雜交種子的方法，其包括將本文所述的植物和子代植物與同種的不同植物雜交，并收獲所得種子。本發(fā)明還提供用于在靶生物體中修飾基因表達(dá)的方法，其包括將本文所述的遺傳構(gòu)建體穩(wěn)定合并至所述生物體的基因組中。在一些這樣的本發(fā)明實(shí)施方案中，所述生物體是植物。在一些具體的實(shí)施方案中，所述植物是大豆(soybean)植物、菜豆(gardenbean)或豇豆(cowpea)植物。本發(fā)明提供用于產(chǎn)生具有改變的病原體耐受和/或抗性的植物的方法，其包括：(a)將遺傳構(gòu)建體轉(zhuǎn)化至植物細(xì)胞來(lái)提供轉(zhuǎn)基因細(xì)胞，其中所述遺傳構(gòu)建體包含：(i)啟動(dòng)子序列；(ii)如本文所述的本發(fā)明的分離的多核苷酸序列；以及(iii)基因終止序列；以及(b)在有益于具有改變的病原體耐受和/或抗性的植物再生和成熟植物生長(zhǎng)的條件下培養(yǎng)所述轉(zhuǎn)基因細(xì)胞。在一些這樣的實(shí)施方案中，所述植物細(xì)胞是大豆植物細(xì)胞、菜豆植物細(xì)胞或豇豆植物細(xì)胞。本發(fā)明還提供用于修飾靶生物體表型的方法，其包括將遺傳構(gòu)建體穩(wěn)定合并至靶生物體的基因組中，所述遺傳構(gòu)建體包括：(a)啟動(dòng)子序列；(b)如本文所述的本發(fā)明的分離的多核苷酸序列；以及(c)基因終止序列。在一些這樣的實(shí)施方案中，所述靶生物體是植物。在一些具體的實(shí)施方案中，所述植物是大豆植物、菜豆植物或豇豆植物。本發(fā)明提供判斷在植物中有無(wú)編碼EG261、EG261同源物、EG261直系同源物、EG261旁系同源物及其片段和變異的多核苷酸存在的方法，其中所述方法至少包括下列之一：(a)從所述植物中分離核酸分子并擴(kuò)增與所述多核苷酸同源的序列；(b)從所述植物中分離核酸分子并實(shí)施Southern雜交來(lái)檢測(cè)所述多核苷酸；(c)從所述植物中分離蛋白質(zhì)并利用所述多核苷酸編碼的蛋白質(zhì)的抗體實(shí)施蛋白質(zhì)印跡分析；和/或(d)證實(shí)衍生于多核苷酸mRNA轉(zhuǎn)錄物并且為所述多核苷酸獨(dú)有的mRNA序列的存在。本發(fā)明提供產(chǎn)生改變的病原體耐受和/或抗性的植物的育種方法，其包括：i)將具有權(quán)利要求1的分離的多核苷酸序列的第一植物與第二植物進(jìn)行雜交來(lái)產(chǎn)生F1植物；ii)將所述F1植物與所述第二植物回交；并iii)重復(fù)所述回交步驟來(lái)生成近等基因或等基因系，其中所述權(quán)利要求1的分離的多核苷酸序列被整合至第二植物的基因組中，且所述源自第二植物的具有所述分離的多核苷酸序列的近等基因或等基因系具有與無(wú)所述分離的多核苷酸序列的第二植物相比被賦予的或增強(qiáng)的病原體耐受和/或抗性。在本發(fā)明一些這樣的實(shí)施方案中，所述植物為大豆。在本發(fā)明一些這樣的實(shí)施方案中，所述病原體是大豆包囊線蟲。在一些實(shí)施方案中，所述第一植物包含編碼衍生于G.pescadrensis的EG261直系同源物的核酸序列。在一些實(shí)施方案中，所述第二植物為對(duì)大豆胞囊線蟲(SCN)敏感的大豆品種。本發(fā)明提供產(chǎn)生具有賦予的或增強(qiáng)的病原體耐受和/或抗性的植物的方法，該方法包括：(a)將包含編碼EG261、EG261同源物、EG261直系同源物、EG261旁系同源物及其片段和變異的多核苷酸序列的第一植物與第二植物雜交，并收獲所得種子；(b)判斷所得種子或由所得種子生長(zhǎng)的植物細(xì)胞或組織中存在所述多核苷酸；其中所述判斷包括至少下列之一：(i)從所得種子或由所得種子生長(zhǎng)的植物細(xì)胞或組織中分離核酸分子并擴(kuò)增與所述多核苷酸同源的序列；(ii)從所得種子或由所得種子生長(zhǎng)的植物細(xì)胞或組織中分離核酸分子并實(shí)施Southern雜交來(lái)檢測(cè)所述多核苷酸；(iii)從所得種子或由所得種子生長(zhǎng)的植物細(xì)胞或組織中分離蛋白質(zhì)并利用所述多核苷酸編碼的蛋白質(zhì)的抗體實(shí)施蛋白質(zhì)免疫印跡分析；和/或(iv)證實(shí)所得種子或由所得種子生長(zhǎng)的植物細(xì)胞或組織中源自多核苷酸mRNA轉(zhuǎn)錄物并且為所述多核苷酸獨(dú)有的mRNA序列的存在。在一些這樣的實(shí)施方案中，所述方法進(jìn)一步包括確認(rèn)所得種子或由所得種子生長(zhǎng)的植物細(xì)胞或組織中包含所述多核苷酸。在一些這樣的實(shí)施方案中，所述方法進(jìn)一步包括在植物育種方案中采用包含所述多核苷酸的所得植物。在一些這樣的實(shí)施方案中，所述方法進(jìn)一步包括將包含所述多核苷酸的所得植物與同種的另一植物雜交。在一些實(shí)施方案中，所述第一植物包括編碼衍生于G.pescadrensis的EG261直系同源物的核酸序列。在一些實(shí)施方案中，所述第二植物為對(duì)大豆胞囊線蟲(SCN)敏感的大豆品種。本發(fā)明還提供將根據(jù)本發(fā)明分離的賦予線蟲抗性的EG261直系同源物引入至同種或不同種的線蟲易感植物中以增加所述植物的線蟲抗性的方法，以及通過(guò)這種方法產(chǎn)生的植物。本發(fā)明還提供將本發(fā)明的EG261直系同源物引入至同種或不同種的抗線蟲植物中以進(jìn)一步增強(qiáng)植物的線蟲抗性的方法，以及通過(guò)這種方法產(chǎn)生的植物。舉例來(lái)說(shuō)，根據(jù)本發(fā)明，編碼下列任一蛋白質(zhì)的基因：SEQIDNOs:9-15、25、26、27、28、29、30、31、32、33、37、38、39、43、44、45、51、52、53、54、55、57、59、61、63、64或65可被引入至包含任何抗線蟲性狀如rhg1、rhg4或任何其他已知的數(shù)量性狀基因(QTL)(如列于Concibido等，2004(AdecadeofQTLmappingforcystnematoderesistanceinsoybean,CropSci.44:1121-1131)；Shannon等，(2004)Breedingforresistanceandtolerance,In:Biologyandmanagementofsoybeancystnematode,2nded,P.Schmitt,J.A.Wrather,andR.D.Riggs,(editors).Pg155-180以及Klink等，(2013)EngineeredSoybeanCystNematodeResistance,In:Soybean-PestResistance,HanyA.El-Shemy(editor),pg-139-172中的那些)的抗線蟲植物中。本發(fā)明還提供通過(guò)非轉(zhuǎn)基因(即，傳統(tǒng)的)方法如植物育種將線蟲抗性合并至植物中，以及利用這種方法產(chǎn)生的植物。舉例而言，根據(jù)本發(fā)明，可將具有天然存在或轉(zhuǎn)基因的賦予線蟲抗性的EG261基因拷貝的第一植物與第二植物雜交來(lái)產(chǎn)生F1植物。隨后使該F1植物經(jīng)受多次回交來(lái)生成近等基因或等基因系，其中所述的EG261抗線蟲拷貝被整合至所述第二植物的基因組中。本發(fā)明所述EG261、EG261同源物、EG261直系同源物、EG261旁系同源物，和/或其片段和變異在許多遠(yuǎn)親植物種中提供廣泛的病原體抗性。舉例而言，EG261直系同源物可在眾多商業(yè)上至關(guān)重要的作物物種中有效，包括，例如，大豆、菜豆、豇豆和棉。附圖簡(jiǎn)述圖1描述的結(jié)果表明EG261的沉默降低了“Fayette”，一種抗SCN大豆品種，的SCN抗性。圖2描述由SEQIDNOs9-15的Dirigent基因編碼的Dirigent蛋白質(zhì)的序列比對(duì)。圖3描述由茄科(Solanaceaefamily)植物物種的Dirigent基因編碼的Dirigent蛋白質(zhì)的序列比對(duì)。圖4描述由單子葉植物物種的Dirigent基因編碼的Dirigent蛋白質(zhì)的序列比對(duì)。發(fā)明詳述定義術(shù)語(yǔ)“一個(gè)”或“一種”指該實(shí)體的一個(gè)或多個(gè)/一種或多種；舉例而言，“一個(gè)/一種基因”指一個(gè)或多個(gè)基因或至少一個(gè)基因。同樣地，術(shù)語(yǔ)“一個(gè)”(或“一種”)，“一個(gè)或多個(gè)”以及“至少一個(gè)”在本文中可交替使用。此外，參考不定冠詞修飾的“元素”，除非上下文清楚要求有一種或僅一種所述元素，“一個(gè)”或“一種”并不排除多于一種所述元素存在的可能性，。本文所使用的動(dòng)詞“包含”在說(shuō)明書及權(quán)利要求書中的使用和以其非限制性時(shí)態(tài)使用的詞形變化意為該詞隨后的項(xiàng)目被包括在內(nèi)，但沒(méi)有具體提到的項(xiàng)目并非排除在外。本文所用術(shù)語(yǔ)“植物”指屬于植物界的任何有生命的生物體(即，植物界的任何屬/種)，包括但不局限于大豆屬(Glycinespp.)(例如，大豆)、茄科種(Solanaceaespecies)(例如，番茄(Solanumlycopersicum)、克梅留斯基番茄(Solanumchmielewskii)、多毛番茄(Solanumhabrochaites)、Solanumcorneliomulleri、辣椒(Capsicumannuum)、茄子(Solanummelongena)、馬鈴薯(Solanumtuberosum)、菜豆(Phaseolusvulgaris)、豇豆(Vignaunguiculata)、阿拉比卡咖啡(Coffeearabica)、玉米(Zeamays)、高粱屬的種(Sorghumspp.)、水稻(Oryzasativa)、小麥屬的種(Triticumspp.)、大麥屬的種(Hordeumspp.)、陸地棉(Gossypiumhirsutum)和Heliotropiumcurassavicum。本文所用術(shù)語(yǔ)“植物部分”指植物的任何部分，其包括但不局限于芽、根、莖、種子、果實(shí)、托葉、葉、花瓣、花、胚珠、苞片、枝條、葉柄、節(jié)間、樹皮、柔毛、分蘗、根莖、復(fù)葉(frond)、葉片、花粉、雄蕊、主根(rootstock)、接穗等。生長(zhǎng)于某些培養(yǎng)基，如土壤，的植物的兩個(gè)主要部分通常指作為“地上”或“空氣中”的部分，也經(jīng)常指作為“芽”，以及“地下”的部分，也經(jīng)常指“根”。當(dāng)談到植物時(shí)，本文所用術(shù)語(yǔ)“胚珠”指雌配子體，而術(shù)語(yǔ)“花粉”意為雄配子體。本文所用術(shù)語(yǔ)“植物組織”指植物的任何部分。植物器官的實(shí)例包括，但不局限于，葉、莖(stem)、根、塊莖、種子、枝、柔毛、結(jié)節(jié)、葉腋、花、花粉、雄蕊、雌蕊、花瓣、花序梗、莖(stalk)、柱頭、花柱、苞片、果實(shí)、主干、心皮、萼片、花藥、胚珠、花梗、針、錐、根莖、匍匐莖、幼苗、果皮、胚乳、胎盤、漿果、雄蕊和葉鞘。本文所用術(shù)語(yǔ)“表型”指由個(gè)體的基因組成(即，基因型)和環(huán)境相互作用所致的個(gè)體細(xì)胞、細(xì)胞培養(yǎng)物、生物體(例如，植物)或生物體組的可觀察特征。本文所用的術(shù)語(yǔ)“核酸”指任何長(zhǎng)度核苷酸(或?yàn)楹颂呛塑账峄驗(yàn)槊撗鹾颂呛怂?，或其類似物的聚合形式。該術(shù)語(yǔ)指分子的初級(jí)結(jié)構(gòu)，且因此包括雙鏈和單鏈DNA，以及雙鏈和單鏈RNA。其還包括被修飾的核酸，如甲基化的和/或帶帽的核酸、包含經(jīng)修飾的堿基的核酸、骨架修飾等。術(shù)語(yǔ)“核酸”及“核苷酸序列”可交替使用。本文所用術(shù)語(yǔ)“核苷酸變化”或“核苷酸修飾”指被本領(lǐng)域熟知的變化修飾，例如，核苷酸取代、缺失、和/或插入。舉例而言，這些核苷酸變化/修飾包括含有產(chǎn)生沉默的取代、添加或缺失，但不改變編碼蛋白質(zhì)的性質(zhì)或活性或所述蛋白質(zhì)如何生成的改變的突變。作為另一實(shí)例，這些核苷酸變化/修飾包括含有產(chǎn)生改變編碼蛋白質(zhì)的性質(zhì)或活性或所述蛋白質(zhì)如何生成的替代性取代、添加或缺失的改變的突變。本文所用術(shù)語(yǔ)“多肽”、“肽”以及“蛋白質(zhì)”在本文中可交替使用來(lái)指代任何長(zhǎng)度的氨基酸聚合物。這些術(shù)語(yǔ)還包括被通過(guò)包括糖基化、乙?；约傲姿峄姆磻?yīng)進(jìn)行的翻譯后修飾的蛋白質(zhì)。本文所用術(shù)語(yǔ)“蛋白質(zhì)修飾”指被本領(lǐng)域熟知的修飾，例如，氨基酸取代、氨基酸修飾、缺失，和/或插入。本文所用術(shù)語(yǔ)“衍生于/源自”指起源或來(lái)源，且可包括天然存在的、重組、未純化的或純化的分子。衍生于一個(gè)起源或來(lái)源的核酸或氨基酸可具有如本文別處定義的所有種類的核苷酸變化或蛋白質(zhì)修飾。本文所用術(shù)語(yǔ)“病原體”指引起疾病的作用劑，特別是有生命的微生物，如昆蟲、細(xì)菌、病毒、線蟲或真菌。本文所用術(shù)語(yǔ)“線蟲”指具有未分段的、圓柱形身體、每一端通常變窄的線蟲動(dòng)物門的多種蠕蟲中的任一種，且包括如鉤蟲和蟯蟲的寄生形式。其在某些上下文中指“蛔蟲”。已有多于28000種線蟲品種被描述，但其非常難于區(qū)分。植物寄生線蟲包括導(dǎo)致嚴(yán)重農(nóng)作物損失的多種類型。最常見的屬為葉芽線蟲屬(Aphelenchoides)(福利亞線蟲(foliarnematode))、莖線蟲屬(Ditylenchus)、球形胞囊線蟲屬(Globodera)(馬鈴薯包囊線蟲)、異皮線蟲屬(Heterodera)(大豆包囊線蟲)、針線蟲屬(Longidorus)、根結(jié)線蟲屬(Meloidogyne)(根結(jié)線蟲)、珍珠線蟲屬(Nacobbus)、根腐線蟲屬(Pratylenchus)(病變線蟲)、毛刺線蟲屬(Trichodorus)和劍線蟲屬(Xiphinema)(匕首線蟲)。多種寄生植物線蟲物種可導(dǎo)致對(duì)根的組織學(xué)損傷，包括可見癭的形成(舉例而言，由于根結(jié)線蟲)，其成為在田間對(duì)它們的診斷有用的特征。一些線蟲種通過(guò)其在根部的進(jìn)食活動(dòng)將病毒傳播至植物。其中之一是標(biāo)準(zhǔn)劍線蟲(Xiphinemaindex)，是葡萄扇葉病毒(葡萄的一種重要疾病)的載體。其他線蟲攻擊樹皮和樹林中的樹。該類型最重要的代表是松材線蟲(Bursaphelenchusxylophilus)，即松木線蟲，出現(xiàn)于亞洲和美洲且近來(lái)被發(fā)現(xiàn)于歐洲。本文所用詞組“大豆包囊線蟲”以及術(shù)語(yǔ)“SCN”各指大豆包囊線蟲(Heteroderaglycines)，一種植物寄生線蟲且是全球范圍的大豆，包括Glycinemax大豆，的毀滅性的害蟲。線蟲感染大豆的根，且雌性線蟲最終變成包囊。感染導(dǎo)致多種癥狀，其可包括葉和莖的萎黃病、根壞死、種子收率損失以及根和芽的生長(zhǎng)抑制。SCN從1950年代開始威脅美國(guó)農(nóng)作物，每年可減少500萬(wàn)美金的大豆種植回報(bào)且使收率降低百分之75之多。其也是全球大豆種植區(qū)域，包括南美和亞洲，的顯著問(wèn)題。本文所用術(shù)語(yǔ)“抗”或“抗性”用于描述植物、品系或栽培品種與易感(或更易感)植物相比對(duì)于生物害蟲或病原體表現(xiàn)出較少或減輕的癥狀。這些術(shù)語(yǔ)多方面地用于描述沒(méi)有表現(xiàn)出癥狀以及表現(xiàn)出一些癥狀但仍能夠產(chǎn)生具有可接受產(chǎn)量的可銷售產(chǎn)品的植物。一些稱為有抗性的品系指其僅處于即使植物看起來(lái)外表發(fā)育不良但仍能夠產(chǎn)生農(nóng)作物且與未感染植物相比產(chǎn)量下降的狀態(tài)。如國(guó)際種子聯(lián)盟(ISF)，一個(gè)代表種子產(chǎn)業(yè)的非政府管理的非盈利性組織(見“DefinitionoftheTermsDescribingtheReactionofPlantstoPestsorPathogensandtoAbioticStressesfortheVegetableSeedIndustry”,May2005)，所界定，認(rèn)可一種植物是否被或受一種害蟲或病原體影響依賴于所用分析方法?？剐员籌SF定義為，與在相似的環(huán)境條件以及害蟲或病原體壓力下的易感植物品種相比，植物類型制特定害蟲或病原體生長(zhǎng)和發(fā)育和/或其導(dǎo)致的損害的能力?？剐灾参镱愋涂扇员憩F(xiàn)出一些病狀或損傷。對(duì)抗性的兩種水平進(jìn)行了限定。術(shù)語(yǔ)“高/標(biāo)準(zhǔn)抗性”用于指與易感品種相比在一般害蟲或病原體壓力下高度限制特定害蟲或病原體生長(zhǎng)及發(fā)育的植物?！皽睾?中度抗性”用于指限制特定害蟲或病原體生長(zhǎng)及發(fā)育的植物類型，但其與具有高度抗性的植物相比仍表現(xiàn)出較大范圍的癥狀或損傷。具有中度抗性的植物類型在相似田間條件和病原體壓力下將表現(xiàn)出與易感植物品種相比比較不嚴(yán)重的癥狀。評(píng)估抗性的方法為本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知。這些評(píng)估可通過(guò)對(duì)植物或植物部分(舉例而言，葉、根、花、果實(shí)等)的視覺(jué)觀察來(lái)對(duì)癥狀的嚴(yán)重程度進(jìn)行判定。舉例而言，當(dāng)每個(gè)植物基于反應(yīng)或癥狀的嚴(yán)重性被給與1至5級(jí)別內(nèi)的抗性分?jǐn)?shù)，其中1為適用于抗性最強(qiáng)的植物的抗性分?jǐn)?shù)(例如，無(wú)癥狀，或具有最少癥狀)，而5是適用于具有最嚴(yán)重癥狀的植物的分?jǐn)?shù)，然則當(dāng)至少75％的植物打分在1、2或3水平時(shí)將某個(gè)品系評(píng)委抗性的，同時(shí)易感品系為那些具有多于25％的植物打分在4或5水平的品系。如果可以進(jìn)行更加詳細(xì)的視覺(jué)評(píng)估，那么可利用由1至10的級(jí)別使得分?jǐn)?shù)具有更寬的范圍，且因此有望在被評(píng)估的植物中提供分布更廣的分?jǐn)?shù)。另一計(jì)分系統(tǒng)是基于接種后壞死發(fā)展以及其相對(duì)于子葉的位置的根部接種測(cè)試(如源自Bosland等，1991的測(cè)試)，其中0代表感染后無(wú)癥狀；1代表感染后在胚軸處的小壞死；2代表感染后在子葉以下的壞死；3代表感染后子葉以上的壞死；4代表感染后子葉以上的壞死伴隨植物枯萎；同時(shí)最終，5代表植物死亡。除這些視覺(jué)評(píng)估以外，疾病評(píng)估可通過(guò)利用電子顯微鏡和/或通過(guò)分子生物學(xué)的方法判斷病原體在植物或植物部分中的生物密度來(lái)確定，如蛋白質(zhì)雜交(例如，ELISA，測(cè)量病原體蛋白質(zhì)密度)和/或核酸雜交(例如，RT-PCR，測(cè)量病原體RNA密度)。取決于特定病原體/植物組合，舉例而言，如果其具有的病原體RNA/DNA和/或蛋白質(zhì)密度為易感植物中的RNA/DNA和/或蛋白質(zhì)的約50％、或約40％、或約30％、或約20％、或約10％或約5％、或約2％、或約1％、或約0.1％、或約0.01％、或約0.001％、或約0.0001％，可能將某個(gè)植物確定為對(duì)病原體是抗性的。用于培育植物的疾病抗性的方法與那些用于針對(duì)其他特征育種的方法相似。有必要了解盡可能多的宿主植物的抗性特征的遺傳本質(zhì)以及病原體的生理小種或株的存在。本文所用術(shù)語(yǔ)“完全抗性”指病原體在感染后徹底不能發(fā)展，且可能因病原體不能進(jìn)入細(xì)胞(無(wú)初始感染)而導(dǎo)致或可能因病原體在細(xì)胞中不能增殖進(jìn)而感染子代細(xì)胞而導(dǎo)致(無(wú)限下感染，無(wú)傳播)。完全抗性的存在可以通過(guò)在植物細(xì)胞中確定無(wú)病原體蛋白質(zhì)或RNA、以及在所述植物暴露于感染劑量的病原體后(即‘感染’后)在所述植物中無(wú)任何疾病癥狀來(lái)確定。在育種者中，這些表型通常被稱為“免疫”。因此“免疫”在本文中用于指特征為甚至當(dāng)病原體通過(guò)例如電穿孔被主動(dòng)轉(zhuǎn)移至細(xì)胞中時(shí)病原體不存在復(fù)制的抗性形式。如本文所用的術(shù)語(yǔ)“部分抗性”指細(xì)胞中降低的病原體增殖，以及減弱的(系統(tǒng)的)病原體運(yùn)動(dòng)，和/或感染后減緩的癥狀發(fā)展。部分抗性的存在可通過(guò)確定植物中低濃度的病原體蛋白質(zhì)或病原體RNA的系統(tǒng)性存在以及當(dāng)所述植物暴露于感染劑量的病原體時(shí)在所述植物中存在減弱或延遲的疾病癥狀來(lái)確定。蛋白質(zhì)濃度可利用量化檢測(cè)方法判定(例如，酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)(ELISA)方法或定量逆轉(zhuǎn)錄酶聚合酶鏈反應(yīng)(RT-PCR))。在育種者中，這些表型通常被指為“中度抗性”。本文所用術(shù)語(yǔ)“耐受”被用于表明植物的表型，其中當(dāng)所述植物暴露于感染劑量的病原體時(shí)，即使病原體感染存在于系統(tǒng)或局部、病原體增殖、至少病原體基因組序列在所述植物中存在和/或其基因組整合可被確定，疾病癥狀并不存在。耐受植物因此可抵抗癥狀的表達(dá)但卻是病原體的無(wú)癥狀攜帶體。有些時(shí)候，病原體序列可在不引發(fā)疾病癥狀的情況下在植物中存在甚至增殖。這種現(xiàn)象也被稱為“潛伏感染”。在潛伏感染中，病原體能夠以真正潛伏非感染的隱匿形式存在，其可作為整合的基因組或附加體(因此不能在細(xì)胞質(zhì)中發(fā)現(xiàn)病原體蛋白質(zhì)，但PCR方案可表明病原體核酸序列的存在)或作為傳染性的連續(xù)復(fù)制體。重新活化的病原體可以在易感接觸中傳播并起始傳染性疾病?！皾摲腥尽钡拇嬖谂c“耐受”表型在植物中難以區(qū)分。本文所用術(shù)語(yǔ)“易感”指植物不具有或本質(zhì)上沒(méi)有對(duì)于病原體的抗性，導(dǎo)致病原體進(jìn)入植物中并增殖以及病原體系統(tǒng)性傳播，引起疾病癥狀。術(shù)語(yǔ)“易感”因此等同于“非抗”。本文所用術(shù)語(yǔ)“后代”指任何來(lái)自源于一個(gè)或多個(gè)親本植物或其后代的無(wú)性或有性繁殖所獲得的子代植物。例如后代植物可通過(guò)克隆或親本植物自交或通過(guò)兩個(gè)親本植物的雜交獲得，并包括自交后代以及F1或F2或更進(jìn)一步的后代。F1是由至少其中之一的親本為第一次用于某個(gè)性狀的供體的親本所產(chǎn)生的第一代后代，同時(shí)第二代(F2)的后代或接下來(lái)的逐代(F3、F4等)是由F1代、F2代等自交所產(chǎn)生的樣本。F1因此可以由(且通常是)兩種純系親本(純系親本就某個(gè)性狀是純合的)之間進(jìn)行雜交獲得，同時(shí)F2可以是(且通常是)由所屬F1雜交體自交所獲得的后代。本文所用術(shù)語(yǔ)“雜交”、“進(jìn)行雜交”、“異體授粉”或“雜交育種”指通過(guò)該過(guò)程，一株植物上一朵花的花粉被施用于(人工或自然地)另一植物上的花的胚珠(柱頭)。本文所用術(shù)語(yǔ)“栽培種”指通過(guò)園藝或農(nóng)藝技術(shù)產(chǎn)生的植物品種、株(strain)或種(race)，并且其在野生種群中通常不存在。本文所用術(shù)語(yǔ)“雙子葉植物”、“雙子葉”以及“雙子葉的”指具有包含兩個(gè)一半種子或子葉的胚的有花植物。實(shí)例包括煙草；番茄；豆類植物，包括豌豆、苜蓿、三葉草和大豆；橡樹；楓樹；薔薇；薄荷；南瓜；雛菊；核桃；仙人掌；紫羅蘭和毛茛。本文所用術(shù)語(yǔ)“單子葉植物”、“單子葉”或“單子葉的”指任何具有包含唯一一個(gè)子葉的胚且通常具有平行葉脈的葉、三倍數(shù)花部且莖和根中無(wú)次級(jí)生長(zhǎng)的有花植物。實(shí)例包括百合；蘭花；水稻；玉米，禾本科植物，如高羊茅、山羊草、早熟禾(Kentuckybluegrass)；谷物，如小麥、燕麥和大麥；鳶尾；洋蔥和棕櫚。本文所用術(shù)語(yǔ)“基因”指任何與生物學(xué)功能相關(guān)的DNA片段。因此，基因包括，但不局限于，編碼序列和/或其表達(dá)所需的調(diào)控序列?；蜻€可以包括非表達(dá)DNA片段，舉例而言，其形成供其他蛋白質(zhì)用的識(shí)別序列。基因可由多種來(lái)源獲得，包括從感興趣的來(lái)源克隆或由已知或預(yù)測(cè)的序列信息來(lái)合成，還可以包括具有預(yù)期參數(shù)的設(shè)計(jì)序列。本文所用術(shù)語(yǔ)“基因型”指?jìng)€(gè)體細(xì)胞、細(xì)胞培養(yǎng)物、組織、生物體(例如，植物)，或生物體組的基因組成。本文所用術(shù)語(yǔ)“等位基因”意為任何基因的一個(gè)或多個(gè)可選形式，所有這些等位基因涉及至少一個(gè)性狀或特征。在二倍體細(xì)胞中，給定基因的兩個(gè)等位基團(tuán)在一對(duì)同源染色體上占據(jù)相應(yīng)的基因座。由于本發(fā)明涉及QTL，即可能包括一個(gè)或多個(gè)基因或調(diào)控序列的基因組區(qū)域，在某些情況下其更精確地可指“單元型”(即染色體片段的等位基因)而非“等位基因”，然而，在那些情況下，術(shù)語(yǔ)“等位基因”應(yīng)該被理解為包含術(shù)語(yǔ)“單元型”。在表達(dá)相似表型時(shí)可認(rèn)為等位基因完全相同。只要沒(méi)有重要到影響表型，序列可存在不同。本文所用術(shù)語(yǔ)“基因座”(復(fù)數(shù)：“基因座”)指任何在基因水平被定義的位點(diǎn)?；蜃梢允腔?，或基因的一部分，或具有某種調(diào)控功能的DNA序列，且可被不同序列占據(jù)。本文所用術(shù)語(yǔ)“分子標(biāo)記”或“遺傳標(biāo)記”指在將核酸序列特征區(qū)別形象化的方法中所用的指示物。這些指示物的實(shí)例包括限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(RFLP)標(biāo)記、擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性(AFLP)標(biāo)記、單核苷酸多態(tài)性(SNP)、插入突變、微衛(wèi)星標(biāo)記(SSR)、序列特征性擴(kuò)增區(qū)域(SCAR)、切割擴(kuò)增多態(tài)性序列(CAPS)標(biāo)記或同工酶標(biāo)記或可以限定基因和染色體位置的本文所述標(biāo)記的組合。等位基因附近分子標(biāo)記的定位是分子生物學(xué)
技術(shù)領(lǐng)域：
常規(guī)技術(shù)人員能夠輕松實(shí)施的步驟，例如，該技術(shù)被詳述于LefebvreandChevre,1995；LorezandWenzel,2007，SrivastavaandNarula,2004，MeksemandKahl,2005，PhillipsandVasil,2001中。關(guān)于AFLP技術(shù)的常規(guī)信息可在Vos等(1995,AFLP:anewtechniqueforDNAfingerprinting,NucleicAcidsRes.1995November11；23(21):4407–4414)中找到。本文所用術(shù)語(yǔ)“半合子”指其中某個(gè)基因僅以某種基因型出現(xiàn)一次的細(xì)胞、組織或生物體，如在單倍體細(xì)胞或生物體中的基因、在異配性別中的伴性基因，或在其中其配偶片段已被刪除的二倍體細(xì)胞或生物體中的染色體片段中的基因。本文所用術(shù)語(yǔ)“雜合體”指具有在至少一個(gè)基因座存在的不同等位基因(給定基因的形式)的二倍體或多倍體個(gè)體細(xì)胞或植物。本文所用術(shù)語(yǔ)“雜合的”指在某一特定基因座的不同等位基團(tuán)(給定基因的形式)的存在。本文所用術(shù)語(yǔ)“純合體”指具有在一個(gè)或多個(gè)基因座的相同等位基因的個(gè)體細(xì)胞或植物。本文所用術(shù)語(yǔ)“純合的”指同源染色體片段中的一個(gè)或多個(gè)基因座的相同等位基因的存在。本文所用術(shù)語(yǔ)“同源的”或“同源物”為本領(lǐng)域公知且其指享有共同祖先或家族成員的相關(guān)序列，并基于序列同一性的程度進(jìn)行確定。本文中術(shù)語(yǔ)“同源性”、“同源的”、“基本上相似”以及“基本上對(duì)應(yīng)”可交替使用。同源物通常控制、調(diào)節(jié)或影響相同或相似的生化途徑，但特定的同源物可導(dǎo)致不同表型。因此可被理解的是，正如本領(lǐng)域技術(shù)人員會(huì)理解的，本發(fā)明覆蓋比特定例舉的序列更多的內(nèi)容。這些術(shù)語(yǔ)描述了發(fā)現(xiàn)于一個(gè)種、亞種、品種、栽培種或株系的基因與在其他種、亞種、品種、栽培種或株系中的相應(yīng)的或等同的基因之間的關(guān)系。為此本發(fā)明對(duì)同源序列進(jìn)行了比較。術(shù)語(yǔ)“同源物”在某些情況下也被應(yīng)用于由物種形成事件分離的基因之間的關(guān)系(見“直系同源物”)或引用于由基因復(fù)制事件分離的基因之間的關(guān)系。術(shù)語(yǔ)“直系同源物”指從共同祖先由于物種形成在不同種中進(jìn)化出的基因。通常情況下，直系同源物在進(jìn)化的過(guò)程中保持相同功能。在新測(cè)序基因組中直系同源物的鑒別對(duì)于可靠的預(yù)測(cè)基因功能至關(guān)重要。術(shù)語(yǔ)“旁系同源物”指在基因組內(nèi)由于復(fù)制而相關(guān)的基因。盡管直系同源物通常在進(jìn)化的過(guò)程中保持相同功能，旁系同源物卻能夠進(jìn)化出新的功能，即使它們與同一原始基因相關(guān)?！巴葱蛄小被颉巴次铩被颉爸毕低次铩北徽J(rèn)為、確信或已知功能上相關(guān)。功能性關(guān)系可由眾多方式中的一種表明，包括，但不局限于：(a)序列同一性的程度和/或(b)相同或相似的生物學(xué)功能。優(yōu)選地，表明(a)和(b)兩者。序列同一性的程度可以發(fā)生變化，但在一個(gè)實(shí)施方案中，為至少50％(當(dāng)采用本領(lǐng)域所知的標(biāo)準(zhǔn)序列比對(duì)軟件)、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、或至少98.5％、或至少99％、或至少99.5％、或至少99.8％、或至少99.9％。同源性可利用本領(lǐng)域已有的軟件程序進(jìn)行確定，如那些CurrentProtocolsinMolecularBiology(F.M.Ausubel等，eds.,1987)Supplement30,section7.718,Table7.71中討論的。一些比對(duì)軟件是MacVector(OxfordMolecularLtd,Oxford,U.K.)和ALIGNPlus(ScientificandEducationalSoftware,Pennsylvania)。其他非限制性比對(duì)程序包括Sequencher(GeneCodes,AnnArbor,Michigan)、AlignX和VectorNTI(Invitrogen,Carlsbad,CA)。本文所用術(shù)語(yǔ)“雜種/雜交體”指任何從具有一個(gè)或多個(gè)不同基因的親本之間雜交所得的個(gè)體細(xì)胞、組織或植物。本文所用術(shù)語(yǔ)“近交體”或“近交系”指相對(duì)純種的株系。本文所用術(shù)語(yǔ)“單等位基因轉(zhuǎn)化植物”指那些通過(guò)稱為回交的植物育種技術(shù)發(fā)育的植物，其中通過(guò)回交技術(shù)除單等位基因被轉(zhuǎn)移至近交體外基本所有近交體預(yù)期的形態(tài)和生理特征得到恢復(fù)。本文中，術(shù)語(yǔ)“品系(line)”被廣泛使用，其包括但不局限于，來(lái)自單親本植物通過(guò)組織培養(yǎng)技術(shù)無(wú)性繁殖的植物組或由來(lái)自共同親本譜系因此基因水平非常相似的近交體的植物組。植物被稱為“屬于”特定的品系如果其(a)為從該品系材料再生的初代轉(zhuǎn)化(T0)植物；(b)具有包含該品系T0植物的譜系(pedigree)；或(c)由于共同祖先因此在基因水平非常相似(例如，通過(guò)近交或自交)。在該背景下，術(shù)語(yǔ)“譜系”指代植物的世系，例如，就受影響的有性雜交而言，使得基因或基因的組合(在雜合(半雜合)或純合情況下)將期望的形狀賦予植物。本文所用術(shù)語(yǔ)“基因滲入”、“基因滲入的”以及“進(jìn)行基因滲入”指一個(gè)種、品種或栽培種的基因通過(guò)雜交這些種而轉(zhuǎn)移至另一個(gè)種、品種或栽培種的基因組。所述雜交可以是天然的人工的。該過(guò)程可任選地通過(guò)與輪回親本回交來(lái)完成，在這種情況下基因滲入指一個(gè)種的基因通過(guò)中間雜合體與其親本之一進(jìn)行重復(fù)回交而滲透至另一基因池中?；驖B入也可形容為雜合基因材料穩(wěn)定整合至受體植物的基因組中。本文所用術(shù)語(yǔ)“群體”意為享有共同的遺傳起源的在基因水平均勻或不均勻的植物集合。本文所用術(shù)語(yǔ)“品種”或“栽培種”意為通過(guò)結(jié)構(gòu)特征和表現(xiàn)可與來(lái)自同一種的其他品種鑒別開的相似植物群。術(shù)語(yǔ)“品種”在本文中與1961年12月2日產(chǎn)生，并在日內(nèi)瓦于1972年11月10日、1978年10月23日、1991年3月19日修訂的保護(hù)植物新品種國(guó)際公約(UPOV條約)中相應(yīng)定義一致。因此，“品種”意為已知最低等級(jí)的單一植物類群中的植物分組，該分組，無(wú)論賦予育種人權(quán)利的條件是否充分滿足，可以i)通過(guò)給定基因型或基因型組合導(dǎo)致的特征的表達(dá)來(lái)限定，ii)通過(guò)至少一個(gè)所述特征的表達(dá)與任何其他植物分組區(qū)分，以及iii)就其對(duì)于維持不變地繁殖的適用性而被視作一個(gè)單元。本文所用術(shù)語(yǔ)“混合選擇(massselection)”指選擇的一種形式，其中選擇個(gè)體植物且下一代從其種子集合來(lái)繁殖?；旌线x擇的更多細(xì)節(jié)在說(shuō)明書中進(jìn)行描述。本文所用術(shù)語(yǔ)“開放授粉”指自由暴露于一些基因流的植物種群，其與對(duì)基因流存在有效屏障的封閉種群相反。本文所用術(shù)語(yǔ)“開放授粉種群”或“開放授粉品種”指通常至少能夠一定程度交叉受精的植物，選擇標(biāo)準(zhǔn)是其表現(xiàn)出變異仍具有一個(gè)或多個(gè)基因型或表型特征，通過(guò)該特征所述種群或品種可與其他進(jìn)行區(qū)分。對(duì)于交叉授粉沒(méi)有障礙的雜交體是開放授粉種群或開放授粉品種。本文所用術(shù)語(yǔ)“自交”，“自花授粉”或“自我傳粉”指一株植物的一朵花的花粉被應(yīng)用(人工或天然)于相同植物的相同或不同的花的胚珠(柱頭)。本文所用術(shù)語(yǔ)“雜交”、“進(jìn)行雜交”、“異花授粉”或“雜交育種”指將一株植物的一朵花的花粉應(yīng)用(人工或天然)于另一植物的花的胚珠(柱頭)的過(guò)程。本文所用術(shù)語(yǔ)“衍生于/源自”指起源或來(lái)源，也可包括天然存在的、重組的、未純化或純化的分子。衍生于一種起源或來(lái)源的核酸或氨基酸可以具有如本文別處定義的所有種類的核苷酸變化或蛋白質(zhì)修飾本文所用術(shù)語(yǔ)核酸或多肽的“至少一部分”指具有代表這些序列特征的最小尺寸的部分，或全長(zhǎng)分子的任何更大的片段，至多包括該分子全長(zhǎng)。舉例而言，核酸的一部分可以是12個(gè)核苷酸、13個(gè)核苷酸、14個(gè)核苷酸、15個(gè)核苷酸、16個(gè)核苷酸、17個(gè)核苷酸、18個(gè)核苷酸、19個(gè)核苷酸、20個(gè)核苷酸、22個(gè)核苷酸、24個(gè)核苷酸、26個(gè)核苷酸、28個(gè)核苷酸、30個(gè)核苷酸、32個(gè)核苷酸、34個(gè)核苷酸、36個(gè)核苷酸、38個(gè)核苷酸、40個(gè)核苷酸、45個(gè)核苷酸、50個(gè)核苷酸、55個(gè)核苷酸，依此類推，直至全長(zhǎng)核酸。類似地，多肽的一部分可以是4個(gè)氨基酸、5個(gè)氨基酸、6個(gè)氨基酸、7個(gè)氨基酸，依此類推，直至全長(zhǎng)多肽。所用部分的長(zhǎng)度將依賴于具體的應(yīng)用。應(yīng)用為雜交探針的核酸部分可短至12個(gè)核苷酸；在一個(gè)實(shí)施方案中，其為20個(gè)核苷酸。應(yīng)用為表位作用的多肽部分可以短至4個(gè)氨基酸。執(zhí)行全長(zhǎng)多肽的功能的多肽部分通常會(huì)超過(guò)4個(gè)氨基酸。如本文中所用，在兩個(gè)核酸或多肽序列的語(yǔ)境下“序列同一性”或“同一性”包括在指定的比較窗口內(nèi)就最大對(duì)應(yīng)性比對(duì)時(shí)指代兩個(gè)相同序列中的殘基。當(dāng)序列同一性百分比被用于指蛋白質(zhì)時(shí)，公認(rèn)的是，不相同的殘基位置差別往往在于保守的氨基酸取代，其中氨基酸殘基被其他具有相似化學(xué)性質(zhì)(例如，電荷或疏水性)的氨基酸殘基取代，并因此不改變?cè)摲肿拥墓δ苄再|(zhì)。其中，當(dāng)序列區(qū)別在于保守取代時(shí)，序列同一性百分比可被上調(diào)以校正取代的保守性質(zhì)。區(qū)別在于這些保守取代的序列被認(rèn)為具有“序列相似性”或“相似性”。用于進(jìn)行這種調(diào)整的方式為本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知。通常，其涉及將保守取代作為部分而不是全部錯(cuò)配進(jìn)行評(píng)分，由此增加序列同一性的百分比。因此，舉例來(lái)說(shuō)，如果將完全相同的氨基酸的得分給定為1，而非保守取代被給定分?jǐn)?shù)為零，則保守取代給定分?jǐn)?shù)為0至1之間。保守取代的分?jǐn)?shù)計(jì)算，例如，根據(jù)Meyers和Miller的算法，ComputerApplic.Biol.Sci.,4:11-17(1988)。本文所用術(shù)語(yǔ)調(diào)控的“抑制”或“破壞”指調(diào)節(jié)蛋白的活性降低，且這種降低的活性可通過(guò)多種機(jī)制，包括反義，突變敲除或RNAi來(lái)實(shí)現(xiàn)。反義RNA會(huì)降低表達(dá)的蛋白質(zhì)的水平，導(dǎo)致相比于野生型活性水平降低的蛋白質(zhì)活性。編碼蛋白質(zhì)的基因中的突變可能降低表達(dá)的蛋白的水平和/或干擾表達(dá)的蛋白質(zhì)的功能進(jìn)而導(dǎo)致降低的蛋白的活性。本文所用術(shù)語(yǔ)“多核苷酸”、“多核苷酸序列”、“核酸序列”、“核酸片段”和“分離的核酸片段”在本文中可交替使用。這些術(shù)語(yǔ)涵蓋核苷酸序列等。多核苷酸可以是RNA或DNA的單鏈或雙鏈的聚合物，選擇性含有合成的、非天然的或改變的核苷酸堿基。DNA聚合物形式的多核苷酸可包括一個(gè)或多個(gè)片段的cDNA、基因組DNA、合成DNA，或它們的混合物。核苷酸(通常以其5'-單磷酸形式存在)由單個(gè)字母指代命名如下：“A”為腺苷酸或脫氧腺苷酸(分別對(duì)于RNA或DNA)，“C”代表胞苷酸或脫氧胞苷酸、“G”的為鳥苷酸或脫氧鳥苷酸、“U”代表尿苷酸、“T”脫氧胸苷酸、“R”代表嘌呤(A或G)、“Y”代表嘧啶(C或T)、“K”代表G或T、“H”代表A或C或T、“I”代表肌苷、“W”代表A或T、“S”代表G或C，而“N”為任何核苷酸。信使RNA(mRNA)是基因編碼的多核苷酸序列，傳統(tǒng)表示為字母串來(lái)標(biāo)記每個(gè)核糖核酸的位置：“A”為腺苷酸、“C”為胞苷酸、“G”為鳥苷酸、而“U”為尿苷酸。mRNA基因的序列通常以5'單磷酸到3'羥基方向?qū)懗?，并且還可以通過(guò)其互補(bǔ)DNA(cDNA)序列通過(guò)將“U”尿苷酸核糖核苷酸用“T”胸苷酸代替來(lái)表示。cDNA和mRNA序列之間這種交替使用的實(shí)例示于本申請(qǐng)中來(lái)自Glycinepescadrensis的EG261(SEQIDNo.5)的cDNA序列和其相應(yīng)的mRNA序列(SEQIDNO：66)的之間的比較。本文所用“編碼序列”指編碼特定的氨基酸序列的DNA序列?！罢{(diào)控序列”指位于在編碼序列上游(5’非編碼序列)、之內(nèi)或下游(3’非編碼序列)的核苷酸序列，并且其影響轉(zhuǎn)錄、RNA加工或穩(wěn)定性，或相關(guān)聯(lián)的編碼序列的翻譯。本文所用“調(diào)控序列”可以包括，但不限于，啟動(dòng)子、翻譯前導(dǎo)序列、內(nèi)含子和多腺苷酸化識(shí)別序列。本文所用“啟動(dòng)子”指能夠控制編碼序列或功能性RNA表達(dá)的DNA序列。啟動(dòng)子序列包括近端和更遠(yuǎn)端的上游元件，后者的元件通常稱作增強(qiáng)子。相應(yīng)地，“增強(qiáng)子”是能夠刺激啟動(dòng)子活性的DNA序列，且可以是啟動(dòng)子的固有元素或通過(guò)插入以增強(qiáng)啟動(dòng)子水平或組織特異性的異源元件。啟動(dòng)子可整體來(lái)源于天然基因，或由源于自然界發(fā)現(xiàn)的不同啟動(dòng)子的不同元件組成，或者甚至包含合成的DNA片段。本領(lǐng)域的技術(shù)人員所熟知的是，不同的啟動(dòng)子可指導(dǎo)不同組織或細(xì)胞類型中，或在不同的發(fā)育階段，或響應(yīng)不同環(huán)境條件的基因的表達(dá)。進(jìn)一步認(rèn)識(shí)的是，由于在大多數(shù)情況下調(diào)控序列的確切邊界尚未完全確定，一些變異的DNA片段可能具有相同的啟動(dòng)子活性。導(dǎo)致基因在大多數(shù)細(xì)胞類型中表達(dá)的啟動(dòng)子通常被稱為“組成型啟動(dòng)子”。在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明使用Gmubi啟動(dòng)子在根組織中表達(dá)EG261基因。在其他實(shí)施方案中，利用替代性啟動(dòng)子包括，但不限于：花椰菜花葉病毒(CaMV)35S啟動(dòng)子和增強(qiáng)的35S(E35S)啟動(dòng)子、木薯葉脈花葉病毒(CsVMV)啟動(dòng)子、玄參花葉病毒(FMV)啟動(dòng)子和草莓鑲脈病毒(SVBV2)啟動(dòng)子(還可參見Hernandez-Garcia等，2010(Highleveltransgenicexpressionofsoybean(Glycinemax)GmERFandGmubigenepromotersisolatedbyanovelpromoteranalysispipeline.BMCPlantBiol.2010Nov4；10:237)，以及Tucker等，2011(GeneExpressionandSharedPromoterMotifforCellWall-ModifyingProteinsExpressedinSoybeanCystNematode-InfectedRoots.PlantPhys.Vol156pp319-329)。本文所用的“3’非編碼序列”或“3’UTR(非翻譯區(qū))序列”指位于編碼序列下游的DNA序列，并包括多腺苷酸化識(shí)別序列以及其他編碼能夠影響mRNA加工或基因表達(dá)的調(diào)控信號(hào)的序列。所述多腺苷酸化信號(hào)通常的特征在于影響多腺苷酸片段添加到mRNA前體的3'末端。不同3’非編碼序列的使用由Ingelbrecht,I.L.,等(1989)PlantCell1:671-680例證。本文所用術(shù)語(yǔ)“可操作地連接”指將多個(gè)核苷酸序列關(guān)聯(lián)到在單一核酸片段上，由此一個(gè)的功能由另一個(gè)調(diào)控。舉例而言，當(dāng)啟動(dòng)子能夠調(diào)節(jié)編碼序列的表達(dá)時(shí)，該啟動(dòng)子與編碼序列可操作地連接(即，所述編碼序列在所述啟動(dòng)子的轉(zhuǎn)錄控制下)。編碼序列可以有義或反義的方向與調(diào)控序列可操作的連接。在另一實(shí)例中，本發(fā)明的互補(bǔ)RNA區(qū)域可直接或間接地在靶mRNA的5’、或在靶mRNA的3’、或在靶mRNA之內(nèi)可操作地連接，或第一互補(bǔ)區(qū)域在靶mRNA的5’而其互補(bǔ)序列在靶mRNA的3’。本文所用術(shù)語(yǔ)“載體”、“質(zhì)?！被颉皹?gòu)建體”廣義上指任何編碼外源核酸的質(zhì)?；虿《?。該術(shù)語(yǔ)也應(yīng)理解為包括非質(zhì)粒和非病毒的化合物，其促進(jìn)核酸向病毒體或細(xì)胞中的轉(zhuǎn)移，如，舉例而言，聚賴氨酸化合物等。該載體可以是作為用于遞送核酸或其突變體至細(xì)胞的遞送運(yùn)載體適合的病毒載體，或所述載體可為適用于相同目的的非病毒性載體。用于遞送DNA至細(xì)胞和組織的病毒和非病毒載體的實(shí)例為本領(lǐng)域公知且被描述于，舉例而言，Ma等(1997,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.94:12744-12746)。病毒載體的實(shí)例包括，但不局限于，重組植物病毒。植物病毒的非限制性實(shí)例包括，TMV介導(dǎo)的(瞬時(shí))至煙草中的轉(zhuǎn)染(Tuipe,T-Hetal(1993),J.VirologyMeth,42:227-239)，ssDNA基因組病毒(例如，聯(lián)體病毒科家族(Geminiviridae))，反轉(zhuǎn)錄病毒(例如，花椰菜病毒科(Caulimoviridae)、假病毒科(Pseudoviridae)和轉(zhuǎn)座病毒科(Metaviridae))，dsNRA病毒(例如，呼腸弧病毒科(Reoviridae)和分體病毒科(Partitiviridae))，(-)ssRNA病毒(例如，彈狀病毒科(Rhabdoviridae)和布尼亞病毒科(Bunyaviridae))，(+)ssRNA病毒(例如，雀麥花葉病毒科(Bromoviridae)、修道院病毒科(Closteroviridae)、豇豆鑲嵌病毒科(Comoviridae)、黃癥病毒科(Luteoviridae)、馬鈴薯Y病毒科(Potyviridae)、隨伴病毒科(Sequiviridae)和番茄叢矮病毒科(Tombusviridae))以及類病毒(例如，馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒科(Pospiviroldae)和鱷梨白斑類病毒科(Avsunviroidae))。植物病毒的詳細(xì)分類信息可以在Fauquet等(2008,"Geminivirusstraindemarcationandnomenclature".ArchivesofVirology153:783–821，全文作為參考文獻(xiàn)并入本文)以及Khan等(Plantvirusesasmolecularpathogens；PublisherRoutledge,2002,ISBN1560228954,9781560228950)中找到。非病毒載體的實(shí)例包括，但不局限于，脂質(zhì)體、DNA的聚胺衍生物等。本發(fā)明提供了一種分離的核酸序列，其包含選自EG261、EG261同源物、EG261直系同源物、EG261旁系同源物及其片段和變異的序列。在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了編碼由所述EG261核酸序列產(chǎn)生的Dirigent蛋白的分離的多核苷酸，其包括與EG261共享至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、至少99.1％、至少99.2％、至少99.3％、至少99.4％、至少99.5％、至少99.6％、至少99.7％、至少99.8％、或至少99.9％同一性的核酸序列。用于比較的序列比對(duì)方法為本領(lǐng)域公知。多種程序和比對(duì)算法被描述于：SmithandWaterman(Adv.Appl.Math.,2:482,1981)；NeedlemanandWunsch(J.Mol.Biol.,48:443,1970)；PearsonandLipman(Proc.Natl.Acad.Sci.,85:2444,1988)；HigginsandSharp(Gene,73:237-44,1988)；Higgins和Sharp(CABIOS,5:151-53,1989)；Corpet等(Nuc.AcidsRes.,16:10881-90,1988)；Huang等(Comp.ApplsBiosci.,8:155-65,1992)；以及Pearson等(Meth.Mol.Biol.,24:307-31,1994)。Altschul等(NatureGenet.,6:119-29,1994)提出了詳細(xì)的關(guān)于序列比對(duì)方法和同源性計(jì)算的思考。本發(fā)明還提供了嵌合基因，其包括如上所述的與適合的調(diào)控序列可操作連接的任一多核苷酸的分離的核酸序列。本發(fā)明還提供重組構(gòu)建體，其包含如上所述的嵌合基因。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述重組構(gòu)建體是基因沉默構(gòu)建體，如用于RNAi基因沉默。本發(fā)明的表達(dá)載體優(yōu)選包括至少一種可選擇標(biāo)記。這樣的標(biāo)記包括用于真核細(xì)胞培養(yǎng)的二氫葉酸還原酶、G418或新霉素抗性和用于在大腸桿菌(E.coli)和其它細(xì)菌培養(yǎng)的四環(huán)素、卡那霉素或氨芐青霉素抗性基因。本發(fā)明還提供轉(zhuǎn)化的宿主細(xì)胞，其包含如上所述的嵌合基因。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述宿主細(xì)胞選自下組：細(xì)菌、酵母、絲狀真菌、藻類、動(dòng)物和植物。這些序列允許針對(duì)EG261、EG261同源物、EG261直系同源物、EG261旁系同源物及其片段和變異設(shè)計(jì)基因特異性引物和探針。本文所用術(shù)語(yǔ)“引物”指當(dāng)被置于誘導(dǎo)引物擴(kuò)增產(chǎn)物合成的條件下時(shí)，即在核苷酸和用于多聚化的作用劑如DNA聚合酶存在下并在合適的溫度和pH值下，能夠退火到擴(kuò)增靶物使DNA聚合酶能夠附著，進(jìn)而充當(dāng)DNA合成的初始位點(diǎn)的寡核苷酸。在擴(kuò)增中，為最大化擴(kuò)增效率，所述(擴(kuò)增)引物優(yōu)選地為單鏈。優(yōu)選地，引物是寡脫氧核糖核苷酸。所述引物必須足夠長(zhǎng)以使得在多聚化作用劑存在下能夠引發(fā)延伸產(chǎn)物的合成。引物的精確長(zhǎng)度會(huì)取決于許多因素，包括引物的溫度和組成(A/T以及G/C含量)。一對(duì)常用于DNA擴(kuò)增如PCR擴(kuò)增領(lǐng)域的雙向引物由一個(gè)正向和一個(gè)反向引物組成。探針包括識(shí)別靶核酸序列的可鑒定的、分離的核酸。探針包括附著于可定位位點(diǎn)的核酸、可檢測(cè)的標(biāo)記物或其他與靶序列雜交的報(bào)告分子。典型的標(biāo)記物包括放射性同位素、酶底物、輔因子、配體、化學(xué)發(fā)光或熒光劑、半抗原和酶。已討論用于標(biāo)記的方法以及適合于各種用途的標(biāo)記物的選擇的指導(dǎo)，例如，Sambrook等(ed.),MolecularCloning:ALaboratoryManual,2nded.,vol.1-3,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NY,1989andAusubel等ShortProtocolsinMolecularBiology,4thed.,JohnWiley&Sons,Inc.,1999。制備和使用核酸探針和引物的方法被描述于，例如，Sambrook等(ed.),MolecularCloning:ALaboratoryManual,2nded.,vol.1-3,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NY,1989；Ausubel等ShortProtocolsinMolecularBiology,4thed.,JohnWiley&Sons,Inc.,1999；和Innis等，PCRProtocols,AGuidetoMethodsandApplications,AcademicPress,Inc.,SanDiego,CA,1990。擴(kuò)增引物對(duì)可來(lái)源于已知序列，舉例而言，通過(guò)利用旨在達(dá)到該目的計(jì)算機(jī)程序如PRIMER(Version0.5,1991,WhiteheadInstituteforBiomedicalResearch,Cambridge,MA)。本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員會(huì)理解特定探針或引物的特異性隨其長(zhǎng)度增加。因此，為了獲得更大的特異性，探針和引物可以選擇包含靶核苷酸序列中的至少20、25、30、35、40、45、50或更多個(gè)連續(xù)核苷酸。本文所用術(shù)語(yǔ)“大豆”指大豆(Glycine)屬植物，包括但不限于以下種類：G.clandestine、G.facata，G.latifolia、G.latrobeana、G.canescens、G.tabacina、G.tomentella、G.soja、G.max、G.Arenaria、G.argyrea、G.canescens、G.clandestine、G.curvata、G.cyrtoloba、G.microphylla、G.pescadrensis、G.pindanica、G.rubiginosa、G.soja以及G.Stenophita(見例如美國(guó)專利8389798，和Verma等，(1996)Soybean:genetics,molecularbiologyandbiotechnology,Verma,D.P.S.；Shoemaker,R.C.(編輯))。本文所用術(shù)語(yǔ)“菜豆”或“豆”是指菜豆屬植物，包括但不局限于以下種類：P.acutifolius、P.aegypticus、P.amblyosepalus、P.angustissimus、P.coccineus、P.filiformis、P.lunatus、P.Maculates以及P.Vulgaris(見例如Turley等，1999(PhylogeneticAnalysisoftheCultivatedandWildSpeciesofPhaseolus(Fabaceae),SystematicBotanyVol.24,No.3(Jul.–Sep.,199)pp438-460))。本文所用術(shù)語(yǔ)“豇豆”指豇豆屬植物，包括但不局限于以下種類：V.aconitifolia、V.angularis、V.caracalla、V.lanceolota、V.o-wahuensis、V.umbellata、V.subterranea以及V.Unguiculata(見例如SyllaBa等，2004(Geneticdiversityincowpea[Vignaunguiculata(L.)Walp.]asrevealedbyRAPDmarkersGeneticResourcesandCropEvolution51:539–550,2004,以及Pasquet等，(2001)Cowpea.In:TropicalPlantBreeding.CharrierA.,JacquotM.,HamonS.andNicolasD.(editors),Sciencepublishers,Enfield,pp.177–198.))。EG261蛋白質(zhì)本發(fā)明還提供了多肽和氨基酸序列，其包含由EG261、EG261同源物、EG261直系同源物、EG261旁系同源物及其片段和變異的核苷酸序列編碼的分離的蛋白質(zhì)的至少一部分。本發(fā)明還提供由EG261、EG261同源物、EG261直系同源物、EG261旁系同源物和/或其片段和變異的核酸序列編碼的分離的氨基酸序列。在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供分離的多肽，其包括與由EG261、EG261同源物、EG261直系同源物、EG261旁系同源物和/或其片段和變異的核酸序列編碼的氨基酸序列共享至少約90％、約91％、約92％、約93％、約94％、約95％、約96％、約97％、約98％、約99％、約99.1％、約99.2％、約99.3％、約99.4％、約99.5％、約99.6％、約99.7％、約99.8％或約99.9％同一性的氨基酸序列。在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供分離的多肽，其包含的氨基酸序列編碼與由EG261、EG261同源物、EG261直系同源物、EG261旁系同源物和/或其片段和變異的核酸序列編碼的氨基酸序列共享至少約85％、約86％、約87％、約88％、約89％、約90％、約91％、約92％、約93％、約94％、約95％、約96％、約97％、約98％、約99％、約99.1％、約99.2％、約99.3％、約99.4％、約99.5％、約99.6％、約99.7％、約99.8％或約99.9％同一性的氨基酸序列。本發(fā)明還包括由EG261、EG261同源物、EG261直系同源物和/或EG261旁系同源物的核酸序列編碼的氨基酸序列的蛋白質(zhì)的變體和片段。所述變體在組分蛋白質(zhì)的氨基酸序列中可包含變化。關(guān)于多肽的術(shù)語(yǔ)“變體”指相對(duì)于參考序列改變了一個(gè)或多個(gè)氨基酸的氨基酸序列。變體可具有“保守的”改變，或“非保守”改變，例如，類似的微小變異也可以包括氨基酸缺失或插入，或兩者。多肽的功能性片段和變異包括那些保持親本多肽一個(gè)或多個(gè)功能的片段和變體。公認(rèn)編碼多肽的基因或cDNA能夠在不實(shí)質(zhì)改變所述的多肽的一個(gè)或多個(gè)功能的情況下進(jìn)行相當(dāng)大的突變。首先，公知遺傳密碼是簡(jiǎn)并的，因此不同的密碼子可編碼相同的氨基酸。第二，即使引入氨基酸取代，所述突變可以是保守的且對(duì)蛋白質(zhì)的(多個(gè))基本功能無(wú)實(shí)質(zhì)性影響。見，例如，StryerBiochemistry3rdEd.,1988。第三，部分多肽鏈可在不損害或消除其全部功能的情況下被刪除。第四，可在多肽鏈中進(jìn)行插入或添加，例如，添加表位標(biāo)簽，而不損害或消除其功能(Ausubel等J.Immunol.159(5):2502-12,1997)。在不實(shí)質(zhì)性損害多肽的一種或多種功能的情況下可進(jìn)行的其他修飾可以包括，例如，體內(nèi)或體外的化學(xué)和生化修飾或非常規(guī)氨基酸的并入。這樣的修飾包括，但不局限于，例如，乙?；?、羧化、磷酸化、糖基化、泛素化、標(biāo)記(例如，采用放射性核苷酸)以及多種酶的修飾，其可被本領(lǐng)域技術(shù)人員輕易理解。多種用于標(biāo)記多肽的方法以及用于該目的的標(biāo)簽為本領(lǐng)域公知，其包括放射性同位素如32P、結(jié)合至帶標(biāo)記的特定結(jié)合配偶體或被帶標(biāo)記的特定結(jié)合配偶體結(jié)合的配體(例如，抗體)、熒光團(tuán)、化學(xué)發(fā)光劑，酶和抗配體。功能性片段和變體可為不同長(zhǎng)度。舉例而言，某些片段具有至少10、25、50、75、100、200或甚至更多的氨基酸殘基。這些突變可以是天然的或目的性改變的。在一些實(shí)施方案中，進(jìn)行含有產(chǎn)生沉默取代但不改變蛋白質(zhì)性質(zhì)或活性或所述蛋白質(zhì)如何產(chǎn)生的變化的突變，其為本發(fā)明的實(shí)施方案。保守的氨基酸取代是那些當(dāng)生成時(shí)干擾原始蛋白質(zhì)的性質(zhì)最少的取代，即蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)且特別是功能被保留且未被這樣的取代顯著改變。保守取代一般維持(a)取代的區(qū)域中多肽骨架的結(jié)構(gòu)，例如，作為片層或螺旋的構(gòu)象，(b)分子在靶位點(diǎn)的電荷或疏水性，或(c)側(cè)鏈容積。關(guān)于保守取代的進(jìn)一步信息可見，例如，BenBassat等(J.Bacteriol.,169:751-757,1987),O’Regan等(Gene,77:237-251,1989),Sahin-Toth等(ProteinSci.,3:240-247,1994),Hochuli等(Bio/Technology,6:1321-1325,1988)以及廣泛使用的遺傳學(xué)和分子生物學(xué)教科書中。Blosum矩陣通常被用于確定多肽序列的相關(guān)性。Blosum矩陣?yán)每尚疟葘?duì)的大型數(shù)據(jù)庫(kù)(BLOCKS數(shù)據(jù)庫(kù))生成，其中計(jì)數(shù)通過(guò)小于某同一性百分比閾值而關(guān)聯(lián)起來(lái)的配對(duì)序列比對(duì)(Henikoff等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89:10915-10919,1992)。BLOSUM90矩陣的高度保守靶頻率采用90％同一性的閾值。BLOSUM65矩陣采用65％同一性的閾值。BLOSUM矩陣中，對(duì)于選定的百分比同一性，零及其以上的分?jǐn)?shù)被認(rèn)為是“保守取代”。下表顯示了示例性保守氨基酸取代。在一些實(shí)例中，變體可以具有不超過(guò)3、5、10、15、20、25、30、40、50或100個(gè)保守氨基酸改變(如非常高度保守或高度保守的氨基酸取代)。在其它實(shí)例中，變體序列中的一個(gè)或若干個(gè)疏水殘基(如Leu、Ile、Val、Met、Phe或Trp)可被替換為不同的疏水性殘基(如Leu、Ile、Val、Met、Phe或Trp)來(lái)產(chǎn)生功能上與公開的由EG261、EG261同源物、EG261直系同源物、EG261旁系同源物和/或其片段和變異的核酸序列編碼的氨基酸序列功能上相似的變體。在一些實(shí)施方案中，由于改變編碼區(qū)以配合將要引入所述分子的特定生物體的密碼子使用偏好的變體可不同于所公開的序列。在其他實(shí)施方案中，可以通過(guò)利用遺傳密碼簡(jiǎn)并性來(lái)改變編碼區(qū)，使得在所述核苷酸序列大幅度改變的同時(shí)，其仍編碼具有與由EG261、EG261同源物、EG261直系同源物、EG261旁系同源物和/或其片段和變異的核酸序列編碼的公開的氨基酸序列基本上相似的氨基酸序列的蛋白質(zhì)。在一些實(shí)施方案中，提供了由本發(fā)明的EG261直系同源物衍生的功能性片段。所述功能性片段在植物中表達(dá)時(shí)仍可以賦予病原體抗性。在一些實(shí)施方案中，所述功能性片段至少包含野生型EG261直系同源物的Dirigent域或其功能性變體。在一些實(shí)施方案中，所述功能性片段包含一個(gè)或多個(gè)由兩個(gè)或更多個(gè)EG261直系同源物共享、由相同植物屬的兩個(gè)或更多個(gè)EG261直系同源物共享、由兩個(gè)或更多個(gè)雙子葉EG261直系同源物共享，和/或由兩個(gè)或更多個(gè)單子葉EG261直系同源物共享的保守區(qū)域。非限制性的保守區(qū)實(shí)例示于圖2至4。Dirigent域或保守的區(qū)域可通過(guò)任何合適的計(jì)算機(jī)程序確定，如NCBI蛋白質(zhì)BLAST程序和NCBI比對(duì)程序或等同的程序。在一些實(shí)施方案中，功能性片段與本發(fā)明EG261直系同源物相比短1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50或更多個(gè)氨基酸。在一些實(shí)施方案中，通過(guò)缺失本發(fā)明EG261直系同源物的一個(gè)或多個(gè)氨基酸來(lái)生成功能性片段。在一些實(shí)施方案中，功能性片段與本發(fā)明的EG261直系同源物共享至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或更多同一性。在一些實(shí)施方案中，提供了衍生于本發(fā)明EG261直系同源物的功能嵌合或合成多肽。所述功能嵌合或合成的多肽在植物中表達(dá)時(shí)仍然可以賦予對(duì)病原體的抗性。在一些實(shí)施方案中，所述功能嵌合或合成的多肽至少含有EG261直系同源物的Dirigent域或其功能性變體。在一些實(shí)施方案中，所述功能嵌合或合成的多肽包含一個(gè)或多個(gè)由兩個(gè)或更多個(gè)EG261直系同源物共享、由相同植物屬中的兩個(gè)或更多個(gè)EG261直系同源物共享、由兩個(gè)或更多個(gè)雙子葉EG261直系同源物共享，和/或由兩個(gè)或更多個(gè)單子葉EG261直系同源物共享的保守區(qū)域。非限制性的保守區(qū)實(shí)施例示于圖2至4。Dirigent域或保守的區(qū)域可通過(guò)任何合適的計(jì)算機(jī)程序確定，如NCBI蛋白質(zhì)BLAST程序和NCBI比對(duì)程序或?qū)Φ鹊某绦?。在一些?shí)施方案中，功能嵌合或合成的多肽與本發(fā)明的EG261直系同源物共享至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或更多同一性。保守區(qū)域的序列也可以用來(lái)敲低(knock-down)一個(gè)或多個(gè)EG261直系同源物的水平。在一些實(shí)施方案中，保守區(qū)域的序列可用于生成基因沉默分子來(lái)靶向一個(gè)或多個(gè)EG261直系同源物。在一些實(shí)施方案中，所述基因沉默分子選自雙鏈多核苷酸、單鏈多核苷酸或混合雙鏈體寡核苷酸。在一些實(shí)施方案中，基因沉默分子包含約10bp、15bp、19bp、20bp、21bp、25bp、30bp、40bp、50bp、60bp、70bp、80bp、90bp、100bp、150bp、200bp、250bp、300bp、350bp、400bp、500bp、600bp、700bp、800bp、900bp、1000bp或更多個(gè)多核苷酸的DNA/RNA片段，其中所述DNA/RNA片段與本發(fā)明的EG261直系同源物序列的保守區(qū)域或其互補(bǔ)序列共享至少90％、95％、99％或更多的同一性。植物轉(zhuǎn)化可將編碼EG261、EG261同源物、EG261直系同源物和/或EG261旁系同源物的本發(fā)明的多核苷酸，和/或其片段和變異轉(zhuǎn)化至大豆或其他植物屬中。產(chǎn)生轉(zhuǎn)基因植物的方法為本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員所熟知。轉(zhuǎn)基因植物現(xiàn)在可以通過(guò)各種不同的轉(zhuǎn)化方法生成，包括，但不局限于，電穿孔；顯微注射；微粒轟擊，也稱為粒子加速或生物射彈轟擊；病毒介導(dǎo)的轉(zhuǎn)化；以及農(nóng)桿菌介導(dǎo)的轉(zhuǎn)化。參見，例如，美國(guó)專利號(hào)5405765；5472869；5538877；5538880；5550318；5641664；5736369和5736369；國(guó)際專利申請(qǐng)公開號(hào)WO2002/038779和WO/2009/117555。Lu等，(PlantCellReports,2008,27:273-278)；Watson等，RecombinantDNA,ScientificAmericanBooks(1992)；Hinchee等，Bio/Tech.6:915-922(1988)；McCabe等，Bio/Tech.6:923-926(1988)；Toriyama等，Bio/Tech.6:1072-1074(1988)；Fromm等，Bio/Tech.8:833-839(1990)；Mullins等，Bio/Tech.8:833-839(1990)；Hiei等，PlantMolecularBiology35:205-218(1997)；Ishida等，NatureBiotechnology14:745-750(1996)；Zhang等，MolecularBiotechnology8:223-231(1997)；Ku等，NatureBiotechnology17:76-80(1999)；和Raineri等，Bio/Tech.8:33-38(1990))，其全部明確以全文作為參考并入本文。根癌農(nóng)桿菌(Agrobacteriumtumefaciens)是一種天然存在的能夠?qū)⑵涞腄NA(遺傳信息)插入植物并引起一種被稱為冠癭的植物損傷的細(xì)菌。大多數(shù)植物物種現(xiàn)可采用該方法進(jìn)行轉(zhuǎn)化，包括葫蘆科植物。微粒轟擊也稱為粒子加速，生物射彈轟擊，以及基因槍(基因槍)?；驑層脕?lái)將覆蓋有基因(例如，用于期望的性狀)的小球沖射入植物種子或植物組織，從而使植物細(xì)胞隨后表達(dá)該新基因。基因槍使用實(shí)際爆炸(0.22口徑坯料)來(lái)推動(dòng)材料。也可以使用壓縮空氣或蒸汽作為推進(jìn)劑。該基因槍于1983年至1984年由美國(guó)康乃爾大學(xué)JohnSanford,EdwardWolf和NelsonAllen發(fā)明。它和它的注冊(cè)商標(biāo)現(xiàn)在被杜邦公司(E.I.duPontdeNemoursandCompany)擁有。大多數(shù)植物種已用該方法進(jìn)行轉(zhuǎn)化。將新的遺傳物質(zhì)引入植物基因組中最常見的方法包括使用細(xì)菌病原體根癌農(nóng)桿菌的活細(xì)胞來(lái)實(shí)際注入一段DNA(稱為轉(zhuǎn)移或T-DNA)至單個(gè)植物細(xì)胞(通常伴隨組織損傷)，其中其靶向植物細(xì)胞核進(jìn)行染色體整合。已有眾多專利是關(guān)于農(nóng)桿菌介導(dǎo)的轉(zhuǎn)化以及特別設(shè)計(jì)與農(nóng)桿菌一起使用的特定DNA遞送質(zhì)?！e例而言，US4536475、EP0265556、EP0270822、WO8504899、WO8603516、US5591616、EP0604662、EP0672752、WO8603776、WO9209696、WO9419930、WO9967357、US4399216、WO8303259、US5731179、EP068730、WO9516031、US5693512、US6051757和EP904362A1。農(nóng)桿菌介導(dǎo)的植物轉(zhuǎn)化涉及第一步將克隆在質(zhì)粒上的DNA片段置入活農(nóng)桿菌細(xì)胞，隨后將其轉(zhuǎn)化至單個(gè)植物細(xì)胞中。農(nóng)桿菌介導(dǎo)的植物轉(zhuǎn)化因此是一種間接的植物轉(zhuǎn)化方法。涉及使用無(wú)T-DNA載體的農(nóng)桿菌介導(dǎo)的植物轉(zhuǎn)化的方法也為本領(lǐng)域技術(shù)人員公知，且在本發(fā)明中可具有適用性。參見，舉例而言，美國(guó)專利號(hào)7250554，其在轉(zhuǎn)化載體中利用P-DNA而非T-DNA。使用農(nóng)桿菌轉(zhuǎn)化方法形成的轉(zhuǎn)基因植物通常在一條染色體上含有單個(gè)基因，盡管多個(gè)拷貝是可能的。這樣的轉(zhuǎn)基因植物就所添加的基因而言可被稱為半合子。因?yàn)槊總€(gè)轉(zhuǎn)化植物代表一個(gè)獨(dú)特的T-DNA整合事件，這樣的轉(zhuǎn)基因植物更準(zhǔn)確的名稱是獨(dú)立分離子(美國(guó)專利號(hào)6156953)。轉(zhuǎn)基因基因座一般由所述轉(zhuǎn)基因的存在和/或不存表征。在其中一個(gè)等位基因?qū)?yīng)于不存在所述轉(zhuǎn)基因的雜合基因型也被稱為半合子(美國(guó)專利號(hào)6008437)。采用DNA直接轉(zhuǎn)化植物的方法也有報(bào)道。歷史上第一個(gè)被報(bào)道的這類方法是電穿孔，其利用施加到含有植物細(xì)胞的溶液的電流(M.E.Fromm等，Nature,319,791(1986)；H.Jones等，PlantMol.Biol.,13,501(1989)andH.Yang等，PlantCellReports,7,421(1988)。另一種直接的方法被稱為“生物射彈轟擊”，其使用覆蓋有DNA的超細(xì)粒子，通常為鎢或金，隨后以足夠的力噴灑至植物組織表面進(jìn)而導(dǎo)致所述粒子穿透植物細(xì)胞，包括厚的細(xì)胞壁、細(xì)胞膜和核膜，但并未殺死至少其中的一些細(xì)胞(US5204253、US5015580)。第三種直接方法利用纖維形式的金屬或陶瓷構(gòu)成尖銳、多孔或中空的針狀突起，其實(shí)際刺穿細(xì)胞以及細(xì)胞核膜。碳化硅和硼酸鋁晶須均已用于植物轉(zhuǎn)化(Mizuno等，2004；Petolino等，2000；US5302523USApplication20040197909)以及用于細(xì)菌和動(dòng)物轉(zhuǎn)化(Kaepler等，1992；Raloff,1990；Wang,1995)。已有其他方法被報(bào)道，且毫無(wú)疑問(wèn)將開發(fā)出更多的方法。然而，所有這些間接或直接來(lái)引入外源DNA至植物細(xì)胞中的方法效率是總是非常低，因此有必要采用一些方法用于只選擇那些已被轉(zhuǎn)化的細(xì)胞，且進(jìn)一步僅允許那些已經(jīng)被轉(zhuǎn)化了的細(xì)胞生長(zhǎng)和再生成植物。關(guān)于高效植物轉(zhuǎn)化，必須采用選擇方法使得整個(gè)植物從單個(gè)轉(zhuǎn)化細(xì)胞再生且轉(zhuǎn)化植物的每個(gè)細(xì)胞都攜帶感興趣的DNA。這些方法可利用陽(yáng)性選擇，其中外源基因被提供給植物細(xì)胞，這允許其利用若非如此則不能利用的存在于培養(yǎng)基中的底物，如甘露糖或木糖(舉例而言，參考美國(guó)5767378；US5994629)。然而，更典型地，由于更加有效而利用陰性選擇，其采用殺死或抑制未轉(zhuǎn)化的植物細(xì)胞的生長(zhǎng)并減少嵌合體的可能性的選擇作用劑如除草劑或抗生素。可在引入的用于植物轉(zhuǎn)化的外來(lái)DNA中提供針對(duì)陰性選擇作用劑有效的抗性基因。舉例而言，最流行使用的選擇作用劑之一是抗生素卡那霉素，連同抗性基因新霉素磷酸轉(zhuǎn)移酶(NPTII)，其賦予卡那霉素和相關(guān)抗生素抗性(見，舉例而言，Messing&Vierra,Gene19:259-268(1982)；Bevan等，Nature304:184-187(1983))。然而，許多不同的抗生素和抗生素抗性基因可用于轉(zhuǎn)化目的(參見US5034322、US6174724和US6255560)。此外，多種除草劑和除草劑抗性基因已被用于轉(zhuǎn)化目的，包括bar基因，其賦予針對(duì)除草劑膦絲菌素的抗性(White等，NuclAcidsRes18:1062(1990),Spencer等，TheorApplGenet79:625-631(1990),US4795855,US5378824andUS6107549)。此外，賦予針對(duì)抗癌劑甲氨蝶呤的抗性的dhfr基因已被用于選擇(Bourouis等，EMBOJ.2(7):1099-1104(1983)。適于大豆物種轉(zhuǎn)化的二元載體和轉(zhuǎn)化方法的非限制性實(shí)例被描述于Yi等2006(Transformationofmultiplesoybeancultivarsbyinfectingcotyledonary-nodewithAgrobacteriumtumefaciens,AfricanJournalofBiotechnologyVol.5(20),pp.1989-1993,16October2006)，Paz等，2004(AssessmentofconditionsaffectingAgrobacterium-mediatedsoybeantransformationusingthecotyledonarynodeexplant,Euphytica136:167–179,2004)、美國(guó)專利號(hào)5376543、5416011、5968830和5569834，或通過(guò)本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知的類似實(shí)驗(yàn)步驟。大豆植物可通過(guò)使用上述參考文獻(xiàn)中描述的任何方法來(lái)轉(zhuǎn)化。用于調(diào)節(jié)給定蛋白質(zhì)表達(dá)的表達(dá)控制元件可以是通常被發(fā)現(xiàn)與編碼序列(同源表達(dá)元件)相關(guān)聯(lián)的表達(dá)控制元件或者是異源表達(dá)控制元件。本領(lǐng)域已經(jīng)知曉多種同源和異源表達(dá)控制元件并且其可輕易用于生成本發(fā)明使用的表達(dá)單元。轉(zhuǎn)錄起始區(qū)域，舉例而言，可包括多種冠癭堿啟動(dòng)區(qū)中的任何一種，如章魚堿、甘露堿、胭脂堿等，其發(fā)現(xiàn)于根癌農(nóng)桿菌Ti質(zhì)粒中?；蛘?，也可使用植物病毒啟動(dòng)子來(lái)控制基因在植物中的表達(dá)，如花椰菜花葉病毒19S和35S啟動(dòng)子(分別為CaMV啟動(dòng)19S和CaMV35S啟動(dòng)子)(例如，美國(guó)專利號(hào)5352605；5530196和5858742)。也可采用衍生于CaMV的增強(qiáng)子序列(例如，美國(guó)專利號(hào)5164316；5196525；5322938；5530196；5352605；5359142和5858742)。最后，也可使用植物啟動(dòng)子如苔子啟動(dòng)子(proliferapromoter)、果實(shí)特異性啟動(dòng)子、Ap3啟動(dòng)子、熱休克啟動(dòng)子、種子特異性啟動(dòng)子等。配子特異性啟動(dòng)子、組成型啟動(dòng)子(如CaMV或Nos啟動(dòng)子)、器官特異性啟動(dòng)子(例如來(lái)自番茄的E8啟動(dòng)子)或誘導(dǎo)型啟動(dòng)子采用本領(lǐng)域已知的標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)通常與蛋白質(zhì)或反義編碼區(qū)連接。表達(dá)單元可以通過(guò)采用補(bǔ)充元件如轉(zhuǎn)錄終止子和/或增強(qiáng)子元件來(lái)進(jìn)一步優(yōu)化。因此，對(duì)于在植物中表達(dá)，除了蛋白質(zhì)序列外，所述表達(dá)單元通常含有植物啟動(dòng)子區(qū)域、轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)和轉(zhuǎn)錄終止序列。通常包括位于表達(dá)單元5'和3'端的獨(dú)特的限制性酶位點(diǎn)以允許向預(yù)先存在的載體中的簡(jiǎn)單插入。異源啟動(dòng)子/結(jié)構(gòu)基因或反義組合的構(gòu)建中，優(yōu)選將啟動(dòng)子置于與其天然設(shè)置中與轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)的距離大致相同的與異源轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)的距離處。然而，如本領(lǐng)域所知，可在不喪失啟動(dòng)子功能的情況下對(duì)該距離適用一些變化。除了啟動(dòng)子序列外，表達(dá)盒還可以包含結(jié)構(gòu)基因下游的轉(zhuǎn)錄終止區(qū)以提供有效終止。該終止區(qū)可獲得自與啟動(dòng)子序列相同的基因或獲得于不同基因。如果由結(jié)構(gòu)基因編碼的mRNA將被有效加工，指導(dǎo)RNA多腺苷酸化的DNA序列也經(jīng)常被添加到載體構(gòu)建體中。多腺苷酸化序列包括，但不局限于農(nóng)桿菌章魚堿合酶信號(hào)(Gielen等，EMBOJ3:835-846(1984))或膽脂堿合酶信號(hào)(Depicker等，Mol.andAppl.Genet.1:561-573(1982))。所得表達(dá)單元被連接至或以其他方式構(gòu)建納入至適用于高等植物轉(zhuǎn)化的載體中。相同載體中可以包括一個(gè)或多個(gè)表達(dá)單元。所述載體通常包含可選擇的標(biāo)記基因表達(dá)單元，由此轉(zhuǎn)化植物細(xì)胞可在培養(yǎng)物中得到鑒定。通常，所述標(biāo)記基因會(huì)編碼針對(duì)抗生素的抗性，如G418、潮霉素、博萊霉素、卡那霉素或慶大霉素，或針對(duì)除草劑的抗性，如草甘膦(Round-up)或草銨膦(BASTA)或阿特拉津。細(xì)菌或病毒來(lái)源的復(fù)制序列通常也被包括在內(nèi)以允許該載體在細(xì)菌或噬菌體宿主中克??；優(yōu)選地，納入原核生物復(fù)制起點(diǎn)的寬宿主范圍。用于細(xì)菌的可選擇標(biāo)記也可以包括在內(nèi)以允許帶有所需構(gòu)建體的細(xì)菌細(xì)胞的選擇。合適的原核生物可選擇標(biāo)記包括抗生素抗性如氨芐青霉素、卡那霉素或四環(huán)素。如本領(lǐng)域已知，編碼附加功能的其它DNA序列也可以存在于載體中。例如，在農(nóng)桿菌轉(zhuǎn)化的情況下，T-DNA序列也可被包括在內(nèi)用于向植物染色體的下一步轉(zhuǎn)移。通過(guò)常規(guī)方法引入所需基因或全套基因需要兩個(gè)品系之間的有性雜交，和隨后在雜交后代與親本之一之間重復(fù)回交直到獲得具有預(yù)期特性的植物。然而，該方法只限于可有性雜交的植物，且除預(yù)期基因以外的基因也被轉(zhuǎn)移。重組DNA技術(shù)通過(guò)使植物遺傳學(xué)家能夠鑒定和克隆關(guān)于理想性狀的特定基因，如改進(jìn)的脂肪酸組成，并將這些基因引入至已經(jīng)可用的植物品種來(lái)允許植物研究人員規(guī)避這些限制。一旦外來(lái)基因被導(dǎo)入植物，該植物便可進(jìn)一步被用于常規(guī)植物育種方案(如，譜系育種，單種子血統(tǒng)育種方案，交互反復(fù)選擇)以產(chǎn)生同樣包含感興趣基因的后代?；蚩梢园次稽c(diǎn)定向的方式利用同源重組被引入。同源重組允許內(nèi)源基因中的位點(diǎn)特異性修飾并因此可以修正遺傳的或獲得的突變，和/或可將新的變化工程化到基因組中。植物中的同源重組和定點(diǎn)整合被討論于，例如，美國(guó)專利號(hào)5451513；5501967和5527695。育種方法開放授粉種群。農(nóng)作物如黑麥、多種玉米和甜菜、草本草類、豆類如苜蓿和三葉草、和熱帶樹類作物如可可、椰子、油棕櫚和橡膠的開放授粉種群的改進(jìn)本質(zhì)上依賴于向固定有利等位基因的方向改變基因頻率，同時(shí)維持高度(但遠(yuǎn)不至于最大化)雜合性的程度。一致性在這類種群中并不可能且開放授粉種群中的純粹類型(trueness-to-type)是將種群作為整體的統(tǒng)計(jì)學(xué)特征，而非個(gè)體植物的特性。因此，開放授粉種群的異質(zhì)性與近交系、克隆和雜交體的同質(zhì)性(或?qū)嵸|(zhì)上的同質(zhì)性)相反。群體改良方法自然地落入兩組，即基于純粹表型選擇的方法，通常稱為混合選擇，以及基于采用后代測(cè)試的選擇的方法。種群間的改良采用開放育種種群的概念；允許基因從一個(gè)種群流至另一個(gè)。一個(gè)種群內(nèi)的植物(栽培種，株系，生態(tài)型，或任何種質(zhì)源)自然地(例如，通過(guò)風(fēng))或通過(guò)人工或通過(guò)蜜蜂(通常ApismelliferaL.或苜蓿切葉蜂(MegachilerotundataF.))與來(lái)自其他種群的植物雜交。可通過(guò)隔離兩種來(lái)源具有預(yù)期性狀的植物來(lái)應(yīng)用選擇進(jìn)而改善一個(gè)(或有時(shí)兩個(gè))種群?；旧嫌袃煞N主要方法進(jìn)行開放授粉種群改良。首先，已有情況是其中種群由于選取的選擇流程而被全體改變。其結(jié)果是改進(jìn)的種群，該種群在隔離狀態(tài)中通過(guò)其自身隨機(jī)雜交而可以無(wú)限繁殖。其次，合成的品種獲得與種群改良相同的最終結(jié)果但其自身不能繁殖；其必須從親本系或克隆重建。這些用于改善開放授粉種群的植物育種過(guò)程是本領(lǐng)域的技術(shù)人員所知，且常規(guī)用于提高異花授粉植物育種流程的全面綜述被提供于許多文本和文章中，包括：Allard,PrinciplesofPlantBreeding,JohnWiley&Sons,Inc.(1960)；Simmonds,PrinciplesofCropImprovement,LongmanGroupLimited(1979)；HallauerandMiranda,QuantitativeGeneticsinMaizeBreeding,IowaStateUniversityPress(1981)；和Jensen,PlantBreedingMethodology,JohnWiley&Sons,Inc.(1988)。對(duì)于具體針對(duì)大豆的種群改良方法見，例如，J.R.Wilcox,editor(1987)SOYBEANS:Improvement,Production,andUses,第2版,AmericanSocietyofAgronomy,Inc.,CropScienceSocietyofAmerica,Inc.和SoilScienceSocietyofAmerica,Inc.，出版社，888頁(yè)?；旌线x擇。在混合選擇中，選擇理想的個(gè)體植物，收獲，并在無(wú)后代測(cè)試的情況下以復(fù)合種子產(chǎn)生下一代。由于選擇僅基于母本，且對(duì)授粉并無(wú)控制，混合選擇接近于帶有選擇的隨機(jī)雜交形式。如上所述，混合選擇的目的是為了增加優(yōu)良基因型在種群中比例。合成體。通過(guò)對(duì)全部可能的雜交組合中選擇具有良好結(jié)合能力(combiningability)的多種基因型進(jìn)行彼此雜交來(lái)產(chǎn)生合成品種，伴隨后續(xù)的通過(guò)開放授粉來(lái)維持所述品種。親本是否為(或多或少近交的)種子繁殖系(如在一些甜菜和豆類(蠶豆))或克隆(如在牧草、三葉草和紫花苜蓿中)在原則上并無(wú)區(qū)別?；谝话愕慕Y(jié)合能力來(lái)對(duì)親本進(jìn)行選擇，有時(shí)通過(guò)測(cè)試雜交或頂交，更普遍的是通過(guò)多向雜交。可以有意使親本種子系為近交系(例如，通過(guò)自交或近親雜交)。但是，即使親本并非有意的近交系，品系維持過(guò)程中的系內(nèi)選擇將確保一定近交出現(xiàn)。當(dāng)然，克隆的親本將保持不變且高度雜合。合成體是否可以由從親本種子生產(chǎn)地點(diǎn)直接至農(nóng)戶或必須先經(jīng)過(guò)一輪或兩輪增殖取決于種子生產(chǎn)以及對(duì)種子的需求規(guī)模。在實(shí)踐中，草和三葉草通常增殖一次或兩次且由此被大幅度從原始合成體中除去。雖然有時(shí)使用混合選擇，對(duì)于多向雜交通常優(yōu)選進(jìn)行后代測(cè)試，因?yàn)槠湓诓僮魃虾?jiǎn)便且與目標(biāo)明顯相關(guān)，即合成體中一般結(jié)合能力的利用。親本系或克隆進(jìn)入合成體的數(shù)量差別很大。在實(shí)踐中，親本系的數(shù)量范圍為10至幾百，以100-200為平均值。從100或更多克隆所形成的廣基合成體在種子繁殖中預(yù)期比基礎(chǔ)較窄的合成體更穩(wěn)定。雜種。雜種是不同基因型的親本之間雜交獲得的個(gè)體植物。商業(yè)化雜種現(xiàn)已廣泛用于多種作物，包括玉米(玉蜀黍)、高粱、糖用甜菜、向日葵和花椰菜。雜種可以多種不同的方式形成，包括通過(guò)兩親本直接雜交(單交雜種)、由單交雜種與另一個(gè)親本雜交(三路或三交雜種)，或通過(guò)雜交兩種不同的雜種(四通或雙交雜種)。嚴(yán)格來(lái)講，大多數(shù)外部育種(outbreeding)(即開放授粉)的種群為雜種，但該術(shù)語(yǔ)通常留給其中親本的基因組足夠鮮明使得它們被認(rèn)為是不同的物種或亞種的個(gè)體的情況。雜種可以是可育或不育，取決于兩親本基因組性質(zhì)和/或數(shù)量的差異。雜種優(yōu)勢(shì)或雜種活力通常是與增加的雜合性相關(guān)，所述增加的雜合性導(dǎo)致與用于形成該雜種的親本系相比雜種具有的增加的生長(zhǎng)活力、存活和生育力。最大雜種優(yōu)勢(shì)通常由兩種遺傳上不同的高度近交系雜交獲得。雜種的生產(chǎn)是發(fā)達(dá)產(chǎn)業(yè)，其涉及單獨(dú)生產(chǎn)兩個(gè)親本系和由雜交這些品系獲得的雜種。對(duì)于雜種生產(chǎn)過(guò)程的詳細(xì)討論，參見，例如，Wright,CommercialHybridSeedProduction8:161-176,InHybridizationofCropPlants。群體分離分析(BSA)。BSA，又名大量分離分析(bulkedsegregationanalysis)，或群體分離分析，是一種由Michelmore等(Michelmore等，1991,Identificationofmarkerslinkedtodisease-resistancegenesbybulkedsegregantanalysis:arapidmethodtodetectmarkersinspecificgenomicregionsbyusingsegregatingpopulations.ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,USA,99:9828-9832)以及Quarrie等(Quarrie等，Bulksegregantanalysiswithmolecularmarkersanditsuseforimprovingdroughtresistanceinmaize,1999,JournalofExperimentalBotany,50(337):1299-1306)描述的方法。對(duì)于感興趣的性狀的BSA，選擇具有某些不同表型的親本系并進(jìn)行雜交以產(chǎn)生F2、加倍的單倍體或重組近交種群并進(jìn)行QTL分析。之后分析種群表型以鑒定具有性狀的高或低表達(dá)的單個(gè)植物或品系。制備兩種DNA群體(bulk)，一種來(lái)自具有一種表型(例如，抵抗病原體)的個(gè)體，而另一種選自具有相反表型(例如，對(duì)病原體易感)的個(gè)體，并采用分子標(biāo)記對(duì)等位基因頻率進(jìn)行分析。如果標(biāo)記物為顯性(例如，RAPD)，每個(gè)群體只需要少量個(gè)體(例如，各10株植物)。當(dāng)標(biāo)記為共顯性時(shí)(例如，RFLP)則需要更多個(gè)體?？设b定與表型連鎖的標(biāo)記并用于育種或QTL定位?；蚓酆?genepyramiding)。將在不同親本中鑒定的一系列靶基因結(jié)合至單一基因型的方法通常稱為基因聚合?；蚓酆戏椒ǖ姆窍拗菩詫?shí)例示于圖3?；蚓酆嫌N的第一部分被稱為譜系且其目的在于累積所有靶基因的一個(gè)拷貝至一個(gè)單獨(dú)的基因型中(稱為根基因型)。第二部分稱為固定步驟且其目的在于固定靶基因至純合狀態(tài)，也就是說(shuō)，從根基因型中得到理想基因型(理想型)?；蚓酆峡膳c標(biāo)記物輔助選擇(MAS，見Hospital等，1992,1997a和1997b，和Moreau等，1998)或基于標(biāo)記物的反復(fù)選擇(MBRS，見Hospital等，2000)結(jié)合。RNA干擾(RNAi)RNA干擾(RNAi)為動(dòng)物和植物中的序列特異性、轉(zhuǎn)錄后基因沉默或轉(zhuǎn)錄基因沉默過(guò)程，其通過(guò)與被沉默基因中的序列同源的雙鏈RNA(dsRNA)發(fā)起。在本發(fā)明中有用的優(yōu)選RNA效應(yīng)分子必須在序列上充分不同于任何宿主多核苷酸序列，旨在實(shí)施本發(fā)明的任何方法之后不會(huì)影響所述宿主多核苷酸序列的功能。可以利用計(jì)算機(jī)算法來(lái)定義RNA分子多核苷酸序列與宿主的必須正常序列之間基本的同源性缺乏。術(shù)語(yǔ)“dsRNA”或“dsRNA分子”或“雙鏈RNA效應(yīng)分子”指至少部分為雙鏈的核糖核酸分子，其包含至少約19或更多個(gè)呈雙鏈構(gòu)象的核苷酸的區(qū)域。所述雙鏈RNA效應(yīng)分子可以是由兩個(gè)單獨(dú)的RNA鏈形成的雙鏈體雙鏈RNA或其可以是具有能夠形成至少部分為雙鏈發(fā)夾構(gòu)象的自互補(bǔ)區(qū)的單RNA鏈(即發(fā)夾dsRNA或莖環(huán)dsRNA)。在不同實(shí)施方案中，所述dsRNA完全由核糖核苷酸組成或由核糖核苷酸與脫氧核苷酸的混合物組成，如RNA/DNA混合體。所述dsRNA可以是具有自互補(bǔ)區(qū)的單個(gè)分子，如此分子的一個(gè)片段中的核苷酸和分子的另一片段的核苷酸堿基配對(duì)。一方面，自互補(bǔ)區(qū)通過(guò)至少約3-4個(gè)核苷酸的區(qū)域，或約5、6、7、9至15個(gè)核苷酸或更多個(gè)核苷酸的區(qū)域連接，其缺乏與分子中的另一部分的互補(bǔ)性且因此保持單鏈(即“環(huán)區(qū)”)。這種分子將形成部分雙鏈莖環(huán)結(jié)構(gòu)，任選地，具有短的單鏈5'和/或3'端。一方面，發(fā)夾dsRNA的自互補(bǔ)區(qū)或雙鏈體dsRNA的雙鏈區(qū)將包括效應(yīng)序列和效應(yīng)補(bǔ)體(例如，在發(fā)夾dsRNA中通過(guò)單鏈環(huán)區(qū)連接)。所述效應(yīng)序列或效應(yīng)鏈?zhǔn)请p鏈區(qū)或雙鏈體中合并入RISC或與RISC相關(guān)聯(lián)的鏈。一方面，雙鏈RNA效應(yīng)分子會(huì)包括至少19個(gè)連續(xù)核苷酸的效應(yīng)序列，優(yōu)選19至29，19至27，或19至21個(gè)核苷酸，其與編碼EG261、EG261同源物、EG261直系同源物和/或EG261旁系同源物的核酸序列，和/或其片段和變異的RNA反向互補(bǔ)，或是相反鏈復(fù)制中間體。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述雙鏈RNA效應(yīng)分子通過(guò)為大豆或其他植物、植物組織或植物細(xì)胞提供包含一個(gè)或多個(gè)雙鏈RNA效應(yīng)分子的表達(dá)構(gòu)建體來(lái)提供。在一個(gè)實(shí)施方案中，表達(dá)構(gòu)建體包含衍生于編碼EG261、EG261同源物、EG261直系同源物和/或EG261旁系同源物和/或其片段和變異的核酸序列中任一的雙鏈RNA。在其它實(shí)施方案中，表達(dá)構(gòu)建體包含衍生于編碼EG261、EG261同源物、EG261直系同源物和/或EG261旁系同源物和/或其片段和變異的核酸序列中多于一種序列的雙鏈RNA。在進(jìn)一步的實(shí)施方案中，所述表達(dá)構(gòu)建體包含衍生于編碼EG261、EG261同源物、EG261直系同源物和/或EG261旁系同源物和/或其片段和變異的核酸序列中多于一種序列，以及一種或多種其他參與病原體抗性的基因的雙鏈RNA。本領(lǐng)域的技術(shù)人員將能夠基于本發(fā)明中編碼EG261、EG261同源物、EG261直系同源物和/或EG261旁系同源物和/或其片段和變異的核酸序列的核苷酸序列設(shè)計(jì)適合的雙鏈RNA效應(yīng)分子。在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明的dsRNA效應(yīng)分子是“發(fā)夾dsRNA”，“dsRNA發(fā)夾”，“短發(fā)夾RNA”或“shRNA”，即，小于約400至500個(gè)核苷酸(nt)，或小于100到200nt的RNA分子，其中至少有一段至少15至100個(gè)核苷酸(例如，17至50nt，19至29nt)與位于同一RNA分子(單RNA鏈)上的互補(bǔ)序列進(jìn)行堿基配對(duì)，并且其中所述序列與互補(bǔ)序列通過(guò)至少約4至7個(gè)核苷酸的未配對(duì)區(qū)(或約9至約15nt，約15至約100nt，約100至約1000nt)隔開，其形成通過(guò)堿基互補(bǔ)的兩區(qū)生成的莖狀結(jié)構(gòu)之上的單鏈環(huán)。shRNA分子包括至少一個(gè)莖環(huán)結(jié)構(gòu)，其含有約17至約500bp；約17至約50bp；約40至約100bp；約18至約40bp；或約19至約29bp的雙鏈莖區(qū)；其與要抑制的靶序列同源和互補(bǔ)；以及至少約4至7個(gè)核苷酸、或約9至約15個(gè)核苷酸、約15至約100nt、約250-500bp、約100至約1000nt的未配對(duì)環(huán)區(qū)，其形成通過(guò)堿基互補(bǔ)的兩區(qū)生成的莖狀結(jié)構(gòu)之上的單鏈環(huán)。然而，應(yīng)當(dāng)認(rèn)識(shí)到的是，包括一個(gè)“環(huán)區(qū)”或“環(huán)狀序列”并非絕對(duì)必要，這是因?yàn)榧词箾](méi)有由不相關(guān)的“填充”序列隔開，包含某個(gè)序列和緊隨其后的該序列的反向補(bǔ)體的RNA分子會(huì)傾向于形成莖環(huán)構(gòu)象。本發(fā)明包括可被轉(zhuǎn)錄成一個(gè)或多個(gè)雙鏈RNA效應(yīng)分子的DNA序列的表達(dá)構(gòu)建體可轉(zhuǎn)化至植物中，其中經(jīng)轉(zhuǎn)化的植物與未轉(zhuǎn)化植物相比產(chǎn)生不同的脂肪酸組成。通過(guò)dsRNA效應(yīng)分子抑制的靶序列包括，但不局限于，脂肪酸合成基因的編碼區(qū)、5’UTR區(qū)、3’UTR區(qū)。在一些實(shí)施方案中，靶序列來(lái)自一個(gè)或多個(gè)編碼EG261同源物、EG261直系同源物和/或EG261旁系同源物和/或其片段和變異的核酸序列。RNAi的效果在植物中可以是系統(tǒng)性和可遺傳的。在植物中，RNAi被認(rèn)為通過(guò)siRNA經(jīng)由胞間連絲在細(xì)胞之間轉(zhuǎn)移而傳播。遺傳性來(lái)自通過(guò)RNAi靶向的啟動(dòng)子甲基化；新的甲基化模式在細(xì)胞的每一個(gè)新的世代被復(fù)制。植物和動(dòng)物之間的寬泛整體區(qū)別在于內(nèi)源性產(chǎn)生的miRNA的靶向；在植物中，miRNA通常完全或幾乎完全互補(bǔ)于其靶基因且誘導(dǎo)由RISC進(jìn)行的直接mRNA切割，而動(dòng)物的miRNA往往在序列上更加趨異并誘導(dǎo)翻譯抑制。關(guān)于RNAi在植物中的詳細(xì)方法描述于DavidAllis等(Epigenetics,CSHLPress,2007,ISBN0879697245,9780879697242)，Sohail等(GenesilencingbyRNAinterference:technologyandapplication,CRCPress,2005,ISBN0849321417,9780849321412)，Engelke等(RANInterference,AcademicPress,2005,ISBN0121827976,9780121827977)和Doran等(RNAInterference:MethodsforPlantsandAnimals,CABI,2009,ISBN1845934105,9781845934101)中，其以其全文作為參考并入本文用于各種目的。本發(fā)明提供了生產(chǎn)含有改變和/或增加水平的病原體耐受和/或抗性的大豆或其它植物的方法。這樣的方法包括利用包含如上所述嵌合基因的大豆或其他植物。本發(fā)明還提供了培育生產(chǎn)改變和/或增加水平的病原體耐受和/或抗性的大豆和其他植物的方法。在一個(gè)實(shí)施方案中，這種方法包括：i)在如上所述的具有編碼EG261、EG261同源物、EG261直系同源物和/或EG261旁系同源物和/或其片段和變異的核酸序列的大豆或其它植物物種與第二大豆或其它植物物種之間進(jìn)行雜交來(lái)生成F1植物；ii)將所述F1植物分別與所述第二大豆或植物物種回交；iii)重復(fù)回交步驟直到所述核酸序列分別被整合到所述第二大豆或其它植物物種的基因組中。任選地，這些方法可以通過(guò)分子標(biāo)記物來(lái)輔助。本發(fā)明提供了培育接近大豆(Glycinemax)的種的方法，其中所述種產(chǎn)生改變和/或升高水平的病原體耐受和/或抗性。在一個(gè)實(shí)施方案中，這樣的方法包括：i)在如上所述的包含編碼EG261、EG261同源物、EG261直系同源物和/或EG261旁系同源物和/或其片段和變異的的核酸序列的非大豆種與大豆之間進(jìn)行雜交來(lái)生成F1植物；ii)將所述F1植物與大豆回交；iii)重復(fù)回交步驟直到所述核酸序列被整合到大豆的基因組中。特殊技術(shù)(例如，體細(xì)胞雜交)可能是必要的以便將基因從非大豆的種成功轉(zhuǎn)移至大豆。任選地，這些方法可以通過(guò)分子標(biāo)記物來(lái)輔助。通過(guò)下列實(shí)施例進(jìn)一步說(shuō)明本發(fā)明，不應(yīng)將這些實(shí)施例理解為限制性的。貫穿本申請(qǐng)全文引用的所有參考文獻(xiàn)、專利和公開的專利申請(qǐng)的內(nèi)容，以及附圖，以其全文作為參考文獻(xiàn)并入本文用于各種目的。實(shí)施例實(shí)施例1.馴化大豆(大豆(Glycinemax))中EG261的鑒定和表征本發(fā)明包括本文中稱為“EG261”的、編碼賦予病原體抗性包括線蟲類抗性的Dirigent蛋白的大豆基因的發(fā)現(xiàn)。在大豆中EG261存在兩個(gè)拷貝，但僅有一個(gè)基因拷貝被陽(yáng)性選擇，本文稱為“拷貝A”。第二個(gè)拷貝，本文稱為“拷貝B”為高度保守且沒(méi)有證據(jù)表明其在線蟲抗性中(或在任何其他具有農(nóng)業(yè)利益的性狀中)起任何作用。除非本文另外闡明，所有對(duì)EG261的涉及均指該基因的拷貝A。EG261在根中相當(dāng)高表達(dá)，正如對(duì)于賦予SCN抗性的基因所預(yù)期的，因?yàn)檫@是SCN進(jìn)入植物的主要途徑?？雌饋?lái)EG261位于大豆染色體1的預(yù)測(cè)位置(即，QTL)用于SCN抗性。該QTL由兩組不同研究支持(VergelC.Concibido,BrianW.Diers,andPrakashR.Arelli,CropScience,VOL.44,JULY–AUGUST2004,1121-1131,和PinYue,DavidA.SleperandPrakashR.Arelli,CropScience,VOL.41,SEPTEMBER–OCTOBER2001,1589-1595)。但是，該QTL是寬泛的，且可能包括數(shù)百基因，因此之前并未分離精確的感興趣的基因。陽(yáng)性選擇的EG261看起來(lái)落入該QTL之內(nèi)，這與我們推測(cè)的EG控制并賦予SCN抗性相一致。(然而，應(yīng)該注意到的是由于繪圖種群大小和結(jié)構(gòu)的差異、DNA標(biāo)記平臺(tái)、以及DNA標(biāo)記可用性的局限，對(duì)QTL的位置的定位仍僅僅是試驗(yàn)性的。)EG261大豆序列如下。起始密碼子以下劃線小寫字母字體顯示。終止密碼子以黑體小寫字母字體顯示。UTR序列以小寫字母顯示。衍生于栽培的大豆(Glycinemax)的EG261cDNA序列(SEQIDNO:1)如下：5’-agcaagagatgctcaaacccaaattcacctacttcgatgcttcccccaccttataaattcttgcattaatttaccactttcatcacccaatccacttcctctaattgacacccacctaaaccatgGCTTCCCACTTCCTCAAATCCCTCCTTCTCCTCTCCACCTATGCCCTCACCATCTCAGCAGAATACACAGGCTTCGTGGGAACACTAGACCCAAAGTCCATAGGCATACACCACAAGAAAACCCTAAGCCACTTCAGGTTCTACTGGCACGAAGTCTTCAGCGGAGAAAACCCCACATCGGTTAGAATCATTCCCTCACTCCCCAAATACAACGCAACCACAACCTTCGGCTCCGTTGGAATCTTTGACACCCCTTTAACCGTGGGACCTGAGGTGTACTCCAAGGTTGTCGGAAAAGCCGAGGGCTTGTTTGCCTCCACGTCACAAACGCAGTTTGACCTGTTACTGATTTACAACTTCGCGTTGACCCAAGGGAAGTACAACGGCAGCACCATCACGTTCACGGGGAGGAGCCCCCTCTCGGAGAAGGTGAGGGAGCTGCCCATTGTTGGTGGTAGTGGGGTCTTCAAATTTGCCACTGGGTATGTTGAGTCTAGGACGCTAAGTTTTGATCCCCAAACAAGGAATAACACGGTTCAGTTCGACGTGTATATTTACTATtgattattgaatgtgtttttttcatgttgatgcgttatcgctttggtctgtctcacctagtttctaEG261編碼序列(栽培的大豆；Glycinemax，SEQIDNO:2)：atgGCTTCCCACTTCCTCAAATCCCTCCTTCTCCTCTCCACCTATGCCCTCACCATCTCAGCAGAATACACAGGCTTCGTGGGAACACTAGACCCAAAGTCCATAGGCATACACCACAAGAAAACCCTAAGCCACTTCAGGTTCTACTGGCACGAAGTCTTCAGCGGAGAAAACCCCACATCGGTTAGAATCATTCCCTCACTCCCCAAATACAACGCAACCACAACCTTCGGCTCCGTTGGAATCTTTGACACCCCTTTAACCGTGGGACCTGAGGTGTACTCCAAGGTTGTCGGAAAAGCCGAGGGCTTGTTTGCCTCCACGTCACAAACGCAGTTTGACCTGTTACTGATTTACAACTTCGCGTTGACCCAAGGGAAGTACAACGGCAGCACCATCACGTTCACGGGGAGGAGCCCCCTCTCGGAGAAGGTGAGGGAGCTGCCCATTGTTGGTGGTAGTGGGGTCTTCAAATTTGCCACTGGGTATGTTGAGTCTAGGACGCTAAGTTTTGATCCCCAAACAAGGAATAACACGGTTCAGTTCGACGTGTATATTTACTATEG261cDNA序列與美國(guó)專利號(hào)7569389中的序列65260和33011(兩者彼此相同)(SEQIDNO:3)超過(guò)99％的相同：1atcacccaatccacttcctctaattgacacccacctaaaccatggcttcccacttcctca61aatccctccttctcctctccacctatgccctcaccatctcagcagaatacacaggcttcg121tgggaacactagacccaaagtccataggcatacaccacaagaaaaccctaagccacttca181ggttctactggcacgaagtcttcagcggagaaaaccccacatcggttagaatcattccct241cactccccaaatacaacgcaaccacaaccttcggctccgttggaatctttgacacccctt301taaccgtgggacctgaggtgtactccaaggttgtcggaaaagccgagggcttgtttgcct361ccacgtcacaaacgcagtttgacctgttactgatttacaacttcgcgttgacccaaggga421agtacaacggcagcaccatcacgttcacggggaggagccccctctcggagaaggtgaggg481agctgcccattgttggtggtagtggggtcttcaaatttgccactgggtatgttgagtcta541ggacgctaagttttgatccccaaacaaggaataacacggttcagttcgacgtgtatattt601actattgattattgaaagtgtttttttcatgttgatgcgttatcgctttggtctgtc661tcacctagtttctacataagtttcctcttttgagggcatgtggtgtcatggaataaagtc721atctttgggcaaaaaaaaaaaaaaaaaa實(shí)施例2.野生大豆種中EG261直系同源物的鑒定利用衍生于分子進(jìn)化生物學(xué)的分析技術(shù)，將來(lái)自栽培(即，馴化)大豆即Glycinemax的基因序列與來(lái)自與G.max為親緣植物且被推測(cè)抵抗大豆胞囊線蟲(SCN)攻擊的野生型大豆種的直系同源物進(jìn)行比較。該分析以高通量的方式，采用進(jìn)化基因組學(xué)的專業(yè)軟件和專利方法進(jìn)行。見，例如，美國(guó)專利號(hào)6228586；美國(guó)專利號(hào)6274319以及美國(guó)專利號(hào)6280953。栽培大豆的大多品種對(duì)一種或多種SCN易感(目前更常稱為HG組)，且即使那些為SCN抗性培育的大豆栽培種，目前由于包囊線蟲進(jìn)化出躲避當(dāng)前抗性機(jī)制的能力，經(jīng)常會(huì)失去所述抗性?，F(xiàn)有的抗性機(jī)制都僅依賴于一個(gè)或兩個(gè)基因，因此對(duì)于抗性進(jìn)化是相對(duì)簡(jiǎn)單的靶。野生型大豆親緣植物經(jīng)常被選擇用于分析；這些種是科學(xué)文獻(xiàn)中表明對(duì)一種或多種SCN種類耐受的那些。隨后對(duì)這些推定的抗SCN種在標(biāo)準(zhǔn)試驗(yàn)中針對(duì)SCN易感性/抗性進(jìn)行測(cè)試。采用多個(gè)種類(HG組)以測(cè)試每個(gè)野生型大豆登錄(accession)。在多重重復(fù)中，用SCN挑戰(zhàn)每個(gè)野生型大豆種的多個(gè)植物；每次挑戰(zhàn)包含多個(gè)SCN種類/HG組。在證明多個(gè)野生種確實(shí)抵抗SCN后，將這些種培育至成熟以收集RNA。從每5個(gè)抗SCN種的個(gè)體植物中制備總RNA。RNA從每個(gè)個(gè)體植物的多種組織中匯集進(jìn)而最大化對(duì)該種的轉(zhuǎn)錄子組進(jìn)行取樣的全面程度。利用RNA生成用于測(cè)序所述種的轉(zhuǎn)錄子組的cDNA的文庫(kù)。通過(guò)Roche454高通量下一代測(cè)序完成測(cè)序，盡管可使用任何適當(dāng)?shù)腄NA測(cè)序方法?；谥饌€(gè)基因?qū)λ肊ST0進(jìn)行比較。分析同源序列來(lái)鑒定在兩個(gè)種間具有核酸序列差異的那些EST。隨后進(jìn)行分子進(jìn)化分析以逐對(duì)地定性和定量評(píng)估衍生自栽培大豆(G.max)以及每個(gè)野生種(舉例而言，Glycinetabacina)的直系同源基因之間的差異的進(jìn)化顯著性。每個(gè)野生種還以成對(duì)的方式與每個(gè)另外的野生大豆種進(jìn)行比較。隨后對(duì)每個(gè)成對(duì)比較采用自動(dòng)化生物信息學(xué)分析且只保留那些包含產(chǎn)生進(jìn)化上顯著性差異的核苷酸變化(或多個(gè)變化)的序列用于進(jìn)一步分析。這使得能夠鑒定經(jīng)進(jìn)化而賦予某種進(jìn)化優(yōu)勢(shì)的基因以及鑒定特定的進(jìn)化出的改變。多個(gè)不同分子進(jìn)化分析或Ka/Ks型方法中的任一種可被用于定性和定量評(píng)估來(lái)自相關(guān)的種的同源基因序列之間鑒定出的核苷酸變化的進(jìn)化顯著性。KreitmanandAkashi(1995)Annu.Rev.Ecol.Syst.26:403422；Li,MolecularEvolution,SinauerAssociates,Sunderland,Mass.,1997。舉例而言，蛋白質(zhì)的陽(yáng)性選擇(即分子水平適應(yīng)性進(jìn)化)可在蛋白質(zhì)編碼基因中通過(guò)每個(gè)非同義位點(diǎn)的非同義核苷酸取代(Ka)與每個(gè)同義位點(diǎn)的同義取代(Ks)的比率的成對(duì)比較來(lái)檢測(cè)(Li等，1985；Li,1993)。雖然將這兩種變量作為比例比較特別方便且最為有效，但可使用Ka和Ks的任何比較。利用標(biāo)準(zhǔn)的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法通過(guò)展示Ka和Ks之間的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著差異來(lái)鑒定序列。雖然可使用其他能夠檢測(cè)種間陽(yáng)性選擇基因的分析程序，優(yōu)選地，采用Li等的Ka/Ks分析來(lái)實(shí)施本發(fā)明。Li等(1985)Mol.Biol.Evol.2:150174；Li(1993)；同樣參見J.Mol.Evol.36:9699；MessierandStewart(1997)Nature385:151154；Nei(1987)MolecularEvolutionaryGenetics(NewYork,ColumbiaUniversityPress)。Ka/Ks方法，其包括根據(jù)比例比較基因的同源蛋白質(zhì)編碼區(qū)域之間每個(gè)非有義位點(diǎn)的非有義取代的比例與每個(gè)有義位點(diǎn)的有義取代的比例，將該比較用以確定可能由在進(jìn)化中與中立選擇相反的適應(yīng)性選擇所驅(qū)動(dòng)的序列取代。有義(“沉默”)取代是一種由于遺傳密碼的簡(jiǎn)并性造成的取代，其對(duì)編碼的氨基酸序列不造成改變；非同義取代導(dǎo)致氨基酸的替換。每個(gè)變化類型的程度可以分別由Ka和Ks估算，即每個(gè)同義位點(diǎn)的同義取代數(shù)和每個(gè)非同義位點(diǎn)的非同義取代數(shù)。Ka/Ks的計(jì)算可人工或通過(guò)利用軟件實(shí)施。合適的程序的實(shí)例是MEGA(MolecularGeneticsInstitute,PennsylvaniaStateUniversity)。為達(dá)到估算Ka和Ks的目的，完整或部分蛋白質(zhì)編碼序列被用于計(jì)算同義和非同義取代以及非同義和同義位點(diǎn)的總數(shù)。分析的多核苷酸序列的長(zhǎng)度可以為任何合適的長(zhǎng)度。優(yōu)選地，比較整個(gè)編碼序列，進(jìn)而確定任何以及全部的顯著變化。公共可用的計(jì)算機(jī)程序，如Li93(Li(1993)J.Mol.Evol.36:9699)或INA，可用于為所有成對(duì)比較計(jì)算Ka和Ks值。該分析可進(jìn)一步調(diào)適用于以“滑動(dòng)窗”方式檢測(cè)序列，由此使得小數(shù)目的重要改變不被全序列掩蔽?！盎瑒?dòng)窗”指檢測(cè)連續(xù)的、重疊的基因亞區(qū)(所述亞區(qū)可以是任何長(zhǎng)度)。非同義和同義取代率的比較通常由Ka/Ks比來(lái)表示。Ka/Ks已表明可反映所研究的序列中已經(jīng)起作用的適應(yīng)性進(jìn)化的程度。編碼序列的全長(zhǎng)或部分片段可被用于Ka/Ks分析。Ka/Ks比越高，序列更有可能經(jīng)歷適應(yīng)性進(jìn)化且非同義取代在進(jìn)化上顯著。見，舉例而言，MessierandStewart(1997)。Ka/Ks比顯著高于一(unity)強(qiáng)烈表明陽(yáng)性選擇與僅作為偶然的結(jié)果所能夠預(yù)期的相比具有固定的更大數(shù)目的氨基酸取代，且與通常觀察到的比例少于或等于一的模式相反。Nei(1987)；HughesandNei(1988)Nature335:167170；MessierandStewart(1994)CurrentBiol.4:911913；KreitmanandAkashi(1995)Ann.Rev.Ecol.Syst.26:403422；MessierandStewart(1997)。少于一的比例通常意味著陰性或純化選擇(purifyingselection)：對(duì)于有功能的、有效的蛋白質(zhì)的一級(jí)結(jié)構(gòu)保持不變化存在強(qiáng)大壓力。所有用于計(jì)算Ka/Ks比例的方法都基于對(duì)來(lái)自親緣種的同源基因的蛋白質(zhì)編碼區(qū)的每個(gè)非同義位點(diǎn)的非同義取代數(shù)目與每個(gè)同義位點(diǎn)的同義取代數(shù)目的逐對(duì)比較。每種方法對(duì)于估算“多重命中”(即，在相同位點(diǎn)多于一個(gè)核苷酸取代)執(zhí)行不同的矯正。每種方法還針對(duì)進(jìn)化過(guò)程中DNA序列如何變化采用不同的模型。因此，優(yōu)選地，來(lái)自不同算法的結(jié)果的組合被用于增加檢測(cè)陽(yáng)性選擇基因的敏感性水平和結(jié)果的置信度水平。應(yīng)該理解的是本文描述方法可以使功能上與大豆蛋白質(zhì)編碼序列相關(guān)的的大豆多核苷酸序列得以鑒定。這些序列可以包括，但不局限于，非編碼序列或不編碼蛋白質(zhì)的編碼序列。這些相關(guān)序列可以，舉例來(lái)說(shuō)，在大豆基因組中物理上臨近大豆蛋白質(zhì)編碼序列，如內(nèi)含子或5’-和3’-旁側(cè)序列(包括控制元件如啟動(dòng)子和增強(qiáng)子)。這些相關(guān)序列可以通過(guò)在公共基因組數(shù)據(jù)庫(kù)如GenBank搜索獲得，或者通過(guò)對(duì)適當(dāng)?shù)幕蚪M文庫(kù)利用蛋白質(zhì)編碼序列作為探針進(jìn)行篩選和測(cè)序獲得。采用相關(guān)編碼序列用于獲得非編碼序列的方法和技術(shù)為本領(lǐng)域熟知。在鑒定候選基因后，每個(gè)直系同源基因?qū)χ谢虻暮塑账嵝蛄型ㄟ^(guò)標(biāo)準(zhǔn)DNA測(cè)序技術(shù)被仔細(xì)驗(yàn)證且隨后對(duì)每個(gè)仔細(xì)測(cè)序的候選基因?qū)χ貜?fù)KA/Ks分析。對(duì)于本實(shí)施例更具體的是，軟件運(yùn)行經(jīng)過(guò)來(lái)自栽培大豆G.max的每個(gè)基因的推定直系同源物之間所有可能的成對(duì)比較，其與來(lái)自野生種的可能直系同源物比較，尋找高Ka/Ks比。軟件相對(duì)于從野生親緣植物(舉例而言，G.pescadrensis)測(cè)序得到的轉(zhuǎn)錄子組中的每一個(gè)序列BLAST比對(duì)(以自動(dòng)的方式)每一個(gè)來(lái)自栽培大豆的mRNA序列。隨后軟件對(duì)每一個(gè)基因(即，每一套“直系同源物”)對(duì)實(shí)施Ka/Ks分析，對(duì)具有高Ka/Ks分?jǐn)?shù)的基因?qū)M(jìn)行標(biāo)記。軟件隨后將每一個(gè)Gmax序列相對(duì)于另一野生親緣植物(舉例而言，G.tabacina)的每一序列進(jìn)行比較，再次是通過(guò)進(jìn)行一系列BLAST比對(duì)，且隨后徹底篩選高Ka/Ks分?jǐn)?shù)。如此連續(xù)地對(duì)所有野生種的轉(zhuǎn)錄子組序列進(jìn)行該過(guò)程。其提供用于后續(xù)分析的一組候選者(見下文)。軟件接下來(lái)將G.pescadrensis轉(zhuǎn)錄子組中的每一基因序列相對(duì)于G.tabacina的每一序列進(jìn)行了比較，再次進(jìn)行BLAST比對(duì)等。因此最終將使用的每個(gè)大豆種的cDNA文庫(kù)中所示的得到表達(dá)的全部基因相對(duì)于每一個(gè)其他大豆種的全部基因(野生型和栽培種兩者)進(jìn)行了比較，目的是找到表明陽(yáng)性選擇證據(jù)的每一個(gè)基因。盡管使用軟件來(lái)完成該分析，其可以由本領(lǐng)域的技術(shù)人員利用計(jì)算器完成，即，其可以“手動(dòng)完成”——軟件僅僅使速度提升。然后對(duì)出現(xiàn)的被標(biāo)記的基因?qū)υ趯?shí)驗(yàn)室中單獨(dú)并仔細(xì)地進(jìn)行重新測(cè)序來(lái)檢查原始的高通量讀數(shù)的精確度；如此去除假陽(yáng)性。接下來(lái)，對(duì)每一個(gè)余下的具有高Ka/Ks分?jǐn)?shù)的候選基因?qū)M(jìn)行檢驗(yàn)來(lái)確定是否該比較為真正直系同源的，或只是由旁系同源比較導(dǎo)致的人為假陽(yáng)性。接下來(lái)提供基于這種分析確定地陽(yáng)性選擇的直系同源基因的核苷酸序列。關(guān)于原始收集每個(gè)登錄物的地理位置的信息，以及關(guān)于每一個(gè)登錄物的任何其他可用數(shù)據(jù)也在下文中給出。Glycinemicrophylla(SEQIDNO:4):ttaattcatcactttcatcacccaatccact:cctctaattaacacccaccaacaccatgGCTTCCCACTTCCTCAAATCCCTCCTTCTCCTCTCCACCTATGCCCTCACCATCTCAGCAGAATACACAGGCTTCGTGGGGACACTAGACCCAAAGTCCATAGGCATACACCACAAGAAAACCCTAAGCCACTTCAGGTTCTACTGGCACGAAGTCTTCAGCGGAGAAAACCCCACAACGGTTAGAATCATTCCCTCACTCCCCAAATACAACACAACCACAACCTTCGGTTCCGTTGGAATCTTTGACAACACTTTAACCGTGGGACCTGAGGTGTACTCCAAGGTTGCCGGAAAAGCCGAGGGCTTGTTTGCCTCCACGTCACAAACGCAGTTTAACCTGTTACTGATTTACAGCTTCGCGTTGACCCAAGGGAAGTACAACGGCAGCACCATCACGTTCACGGGGAGGAGCCCCCTCTCGGAGAAGGTGAGGGAGCTGCCCATTGTTGGTGGCAGTGGGGTCTTCAAATTTGCCACTGGGTATGTTGAGTCTAGGACGCTAAGTTTTGATCCCCAAACGAGGAATAACACGGTTCAGTTCGACGTGTATATTTACTATtgattattgaatgtgttttttacatgttgatgtgttagagctttggtgtgtgtcacttagtttcta該序列來(lái)自1983年7月30日澳大利亞昆士蘭收集的登錄號(hào)PI505196。位置：向Tumoulin距Evelyn路口5.4公里。緯度：17度32分S(-17.53333333)，經(jīng)度：145度26分E(145.43333333)海拔：900米。經(jīng)證明對(duì)SCN種類3有抗性(Bauer,S.,T.Hymowitz,andG.R.Noel.2007.SoybeancystnematoderesistancederivedfromGlycinetomentellainamphiploid(G.maxxG.tomentella)hybridlines.Nematropica37:277-285)。Glycinepescadrensis(SEQIDNO:5):ataaattcttgcattaattcatcactttcatcacccaatccatttcctctaattaacacccaccaaaaccatgGCTTCCCACTTCCTCAAATCCCTCCTTCTCCTCTCCACCTATGCCCTCACCATCTCAGCAGAATACACAGGCTTCGTGGGCACACTAGACCCAAAGTCCATAGGCATACACCACAAGAAAACCCTAAACCACTTCAGGTTCTACTGGCACGAAGTCTTCAGCGGAGAAAACCCCACATCGGTTAGAATCATTCCCTCACTCCCCAAATACAACACAACCACAACCTTCGGTTCCGTTGGAATCTCTGACAACGCTTTAACCGTGGGACCTGAGGTGTACTCCAAGGTTGTCGGAAAAGCCGAGGGCTTGTTTGTCTCCACGTCACAAACGCAGTTTGACCTGTTACTGATTTACAACTTCGCGTTGACCCAAGGGAAGTACAACGGCAGCACCATCACGTTCACGGGGAGGAGCCCCCTCTCGGAGAAGGTGAGGGAGCTGCCCATTGTAGGTGGCAGTGGGGTCTTCAAATTTTCCACTGGGTATGTTGAGTCTAGGACGCTAAGTTTTGATCCCCAAACGAGGAATAACACGGTTCAGTTCGACGTGTATATTTACTATtgattattgaatgtgttttttccatgttgatgtgttatagctttggtatgtgtcacttagtttcta該序列來(lái)自登錄號(hào)PI537287，于1988年4月7日收集自臺(tái)灣。位置：軍事區(qū)，跨海(澎湖大橋)，拍沙島，澎湖列島。緯度：23度40分0秒N(23.66666667)，經(jīng)度：119度34分48秒E(119.58)。海拔：5米。Glycinetabacina(新南威爾士，澳大利亞，SEQIDNO:6):catcacccaatccact:cctctaattaacacccaccaacaccatgGCTTCCCACTTCCTCAAATCCCTCCTTCTCCTCTCCACCTATGCCCTCACCATCTCAGCAGAATACACAGGCTTCGTGGGGACACTAGACCCAAAGTCCATAGGCATACACCACAAGAAAACCCTAAGCCACTTCAGGTTCTACTGGCACGAAGTCTTCAGCGGAGAAAACCCCACAACGGTTAGAATCATTCCCTCACTCCCCAAATACAACACAACCACAACCTTCGGTTCCGTTGGAATCTTTGACAACACTTTAACCGTGGGACCTGAGGTGTACTCTAAGGTTGCCGGAAAAGCCGAGGGCTTGTTTGCCTCCACGTCACAAACGCAGTTTAACCTGTTACTGATTTACAGCTTCGCGTTGACCCAAGGGAAGTACAACGGCAGCACCATCACGTTCACGGGGAGGAGCCCCCTCTCGGAGAAGGTGAGGGAGCTGCCCATTGTTGGTGGCAGTGGGGTCTTCAAATTTGCCACTGGGTATGTTGAGTCTAGGACGCTAAGTTTTGATCCCCAAACGAGGAATAACACGGTTCAGTTCGACGTGTATATTTACTATtgattattgaatgtgttttttacatgttgatgtgttagagctttggtgtgtgtcacttagtttcta該序列來(lái)自G.Tabacina登錄號(hào)PI446968，收集于：新南威爾士，澳大利亞，且在早于1980年的某個(gè)時(shí)間。地點(diǎn)：Wyalong向西，距康多博林35公里。緯度：33度20分S(-33.33333333)，經(jīng)度：147度8分E(147.13333333)海拔：260米。經(jīng)證明對(duì)SCN種類3有抗性(Bauer,S.,T.Hymowitz,andG.R.Noel.2007.SoybeancystnematoderesistancederivedfromGlycinetomentellainamphiploid(G.maxxG.tomentella)hybridlines.Nematropica37:277-285)。Glycinetabacina(臺(tái)灣，SEQIDNO:7):cctacttcgatgcttcccccaccttataaattcttgcattaattcatcactttcatcacccaatccatttcctctaattaacacccaccaaaaccatgGCTTCCCACTTCCTCAAATCCCTCCTTCTCCTCTCCACCTATGCCCTCACCATCTCAGCAGAATACACAGGCTTCGTGGGCACACTAGACCCAAAGTCCATAGGCATACACCACAAGAAAACCCTAAACCACTTCAGGTTCTACTGGCACGAAGTCTTCAGCGGAGAAAACCCCACATCGGTTAGAATCATTCCCTCACTCCCCAAATACAACACAACCACAACCTTCGGTTCCGTTGGAATCTCTGACAACGCTTTAACCGTGGGACCTGAGGTGTACTCCAAGGTTGTCGGAAAAGCCGAGGGCTTGTTTGTCTCCACGTCACAAACGCAGTTTGACCTGTTACTGATTTACAACTTCGCGTTGACCCAAGGGAAGTACAACGGCAGCACCATCACGTTCACGGGGAGGAGCCCCCTCTCGGAGAAGGTGAGGGAGCTGCCCATTGTAGGTGGCAGTGGGGTCTTCAAATTTTCCACTGGGTATGTTGAGTCTAGGACGCTAAGTTTTGATCCCCAAACGAGGAATAACACGGTTCAGTTCGACGTGTATATTTACTATtgattattgaatgtgttttttccatgttgatgtgttatagctttggtatgtgtcacttagtttcta該序列來(lái)自G.tabacina登錄號(hào)PI559281，1988年4月8日收集自澎湖，臺(tái)灣。地點(diǎn)：奇美島上的機(jī)場(chǎng)(NE)。緯度：23度33分48秒N(23.5633577)，經(jīng)度：119度37分41秒E(119.628067)。經(jīng)證明其對(duì)SCN種類3有抗性(Bauer,S.,T.Hymowitz,andG.R.Noel.2007.SoybeancystnematoderesistancederivedfromGlycinetomentellainamphiploid(G.maxxG.tomentella)hybridlines.Nematropica37:277-285.)。Glycinetomentella(該種用于一些文獻(xiàn)中的別名是G.latifolia。)(澳大利亞，SEQIDNO:8):cacctacttcgatgcttccccccaccttataaattcttgcattaattcatcactttcatcacccaatccatttcctctaattaacacccaccaaaaccatgGCTTCCCACTTCCTCAAATCCCTCCTTCTCCTCTCCACCTATGCCCTCACCATCTCAGCAGAATACACAGGCTTCGTGGGCACACTAGACCCAAAGTCCATAGGCATACACCACAAGAAAACCCTAAACCACTTCAGGTTCTACTGGCACGAAGTCTTCAGCGGAGAAAACCCCACATCGGTTAGAATCATTCCCTCACTCCCCAAATACAACACAACCACAACCTTCGGTTCCGTTGGAATCTCTGACAACGCTTTAACCGTGGGACCTGAGGTGTACTCCAAGGTTGTCGGAAAAGCCGAGGGCTTGTTTGTCTCCACGTCACAAACGCAGTTTGACCTGTTACTGATTTACAACTTCGCGTTGACCCAAGGGAAGTACAACGGCAGCACCATCACGTTCACGGGGAGGAGCCCCCTCTCGGAGAAGGTGAGGGAGCTGCCCATTGTAGGTGGCAGTGGGGTCTTCAAATTTTCCACTGGGTATGTTGAGTCTAGGATGCTAAGTTTTGATCCCCAAACGAGGAATAACACGGTTCAGTTCGACGTGTATATTTACTATtgattattgaatgtgttttttccatgttgatgtgttatagctttggtatgtgtcacttagtttctatataagtttccama該序列來(lái)自G.tomentella登錄號(hào)PI499946，收集于新南威爾士，澳大利亞。地區(qū)：德朗格拉。緯度：29度39分0秒S(-29.65)，經(jīng)度：150度50分E(150.83333333)海拔：600米。經(jīng)證明其對(duì)SCN種類3有抗性(Bauer,S.,T.Hymowitz,andG.R.Noel.2007.SoybeancystnematoderesistancederivedfromGlycinetomentellainamphiploid(G.maxxG.tomentella)hybridlines.Nematropica37:277-285)。所有以上來(lái)自大豆(G.max)野生親緣植物的EG261序列全部為“拷貝A”(如以上關(guān)于G.max給出的)。來(lái)自每一個(gè)野生種的拷貝A已經(jīng)與G.max的拷貝A比較進(jìn)行了強(qiáng)陽(yáng)性選擇。此外，當(dāng)彼此進(jìn)行比較時(shí)(即，不僅與栽培大豆進(jìn)行比較)，來(lái)自每個(gè)野生種的被檢測(cè)的EG261拷貝A已經(jīng)相對(duì)于每一種其他野生種進(jìn)行了強(qiáng)陽(yáng)性選擇。這表明每一種野生種很可能已遭遇過(guò)多種不同SCN種類以及不同種甚至不同類型的病原體(如細(xì)菌、真菌、昆蟲和線蟲)，使得每一種大豆野生種因此很可能進(jìn)化出/實(shí)現(xiàn)了對(duì)多個(gè)SCN種類的抗性。我們所證明的在野生大豆種中相對(duì)于每一種其他野生種的陽(yáng)性選擇的清晰情節(jié)，強(qiáng)烈表明來(lái)自這些野生種中每一種的EG261的直系同源物對(duì)于在栽培大豆中生成SCN抗性都是有價(jià)值的。實(shí)施例3.野生型大豆種中EG261直系同源物的表征對(duì)根據(jù)實(shí)施例2鑒定的包含直系同源物的來(lái)自野生親緣植物種的植物就其賦予抗性的真正能力進(jìn)行了測(cè)試。在本實(shí)施例中，對(duì)大豆屬(genusGlycine)的野生大豆種就其抗大豆包囊線蟲(SCN)挑戰(zhàn)的天然能力進(jìn)行了測(cè)試。種質(zhì)登錄物自NationalPlantGermplasmSystem(NPGS)獲得。萌發(fā)種子，并在圓錐形的容器(cone-tainers)中對(duì)幼苗的SCN抗性進(jìn)行測(cè)試。(Niblack,T.,Tylka,G.L.,Arelli,P.,Bond,J.,Diers,B.,Donald,P.,Faghihi,J.,Ferris,V.R.,Gallo,K.,Heinz,R.D.,Lopez-Nicora,H.,VonQualen,R.,Welacky,T.,andWilcox,J.2009.Astandardgreenhousemethodforassessingsoybeancystnematoderesistanceinsoybean:SCE08(standardizedcystevaluation2008).Online.PlantHealthProgressdoi:10.1094/PHP-2009-0513-01-RV.)對(duì)于那些被確認(rèn)具有天生抗SCN能力的種，將來(lái)自多種組織(包括根、莖和葉)的RNA快速冷凍并從冷凍的組織制備基因組DNA和RNA兩者。然后聚集來(lái)自每個(gè)植物的多個(gè)組織的RNA用于后續(xù)的cDNA文庫(kù)構(gòu)建(每個(gè)種一個(gè)文庫(kù))。對(duì)于每個(gè)cDNA文庫(kù)實(shí)施高通量454Titanium測(cè)序。然而，應(yīng)該注意的是，可接受任何適當(dāng)?shù)母咄繙y(cè)序形式且利用該特定方法對(duì)于這些實(shí)驗(yàn)的成功并非關(guān)鍵。利用EvolutionaryGenomics,Inc.專有的分析軟件對(duì)每個(gè)種所得的轉(zhuǎn)錄子組序列數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析以鑒定任何陽(yáng)性選擇的轉(zhuǎn)錄物。利用在轉(zhuǎn)基因大豆植物中檢測(cè)保護(hù)經(jīng)轉(zhuǎn)化大豆植物免受SCN生物體以及疫霉屬(Phytophthora)真菌攻擊的有效性的方案對(duì)候選基因進(jìn)行驗(yàn)證。我們?cè)诖藞?bào)道了來(lái)自實(shí)驗(yàn)的結(jié)果，在該實(shí)驗(yàn)中將RNAi用于敲除抗SCN系(Fayette)中的EG261。敲除后，正常的抗Fayette系成為SCN敏感的。用于本實(shí)驗(yàn)的對(duì)照是在SCN敏感的Williams82中RNAi沉默EG261：在該品系中沉默EG261后未觀察到敏感性差異。這些實(shí)驗(yàn)被解釋成意味著對(duì)SCN的抗性是由EG261基因賦予的；如果將EG261等位基因在抗SCN系中敲除，結(jié)果是SCN抗性隨即喪失。(有趣的是，在SCN敏感的William82系中EG261的等位基因已經(jīng)是非功能性的或至少在賦予SCN抗性方面并非十分有效，因此EG261等位基因的沉默沒(méi)有改變William82的SCN敏感表型。)重要的是，抗性系(Fayette)是一種通過(guò)與展現(xiàn)SCN抗性的大豆本地品種雜交育種而生成的系。(據(jù)信所述本地品種變成抗SCN是由于野生抗SCN大豆種的基因滲入。)實(shí)施例4.EG261的沉默在抗SCN大豆中消除了抗SCN表型生成攜帶發(fā)夾來(lái)沉默靶基因EG261的pG2RNAi2構(gòu)建體，且所述構(gòu)建體被用于在大豆品種‘Fayette’中生成轉(zhuǎn)基因的根。對(duì)‘Fayette’轉(zhuǎn)基因根實(shí)施了兩次重復(fù)的SCN統(tǒng)計(jì)(demographics)實(shí)驗(yàn)。對(duì)于本文使用的所有測(cè)試方案的詳細(xì)說(shuō)明，見Melito等(2010)AnematodedemographicsassayintransgenicrootsrevealsnosignificantimpactsoftheRhg1locusLRR-Kinaseonsoybeancystnematoderesistance,BMCPlantBiology10:104,14頁(yè)。將孵化的約250只J2線蟲置于接近每個(gè)轉(zhuǎn)基因大豆根的尖端處，并通過(guò)分配隨機(jī)數(shù)對(duì)根的身份進(jìn)行屏蔽。兩周后，固定根并用酸性品紅染色并對(duì)每個(gè)根內(nèi)的或附著的線蟲數(shù)量和生長(zhǎng)階段進(jìn)行評(píng)估(平均每根總共76只線蟲)。在兩次重復(fù)實(shí)驗(yàn)的第一次中，在‘Fayette’轉(zhuǎn)基因根內(nèi)EG261的表達(dá)水平平均為Fayette野生型的約12％。14個(gè)轉(zhuǎn)基因根中的11個(gè)具有>50％的沉默且包括在實(shí)驗(yàn)之內(nèi)；3個(gè)根由于沉默效果較差被排除在外。在第二次重復(fù)實(shí)驗(yàn)中，保存組織但未對(duì)沉默進(jìn)行檢查。因此，所有的數(shù)據(jù)都被包括在內(nèi)(所以沉默的表型影響可能由于在所獲得的數(shù)據(jù)中包括了一些未沉默的根而稍微受到掩蔽)。數(shù)據(jù)表明朝向易感性的顯著位移(圖1)。條狀圖形表明每個(gè)根上發(fā)育越過(guò)J2階段的線蟲種群的比率(平均值±標(biāo)準(zhǔn)誤)。F：Fayette(抗SCN)；W：Williams82(SCN易感)；EV：用空載體轉(zhuǎn)化；hp：用EG261發(fā)夾基因沉默構(gòu)建體轉(zhuǎn)化；Ox：用在強(qiáng)大豆(G.max)泛素啟動(dòng)子控制下表達(dá)Glyma01g31770的構(gòu)建體轉(zhuǎn)化。FEV與Fhp比較平均值相似度的ANOVAP值為0.005，而WEV與WOx相比為0.97。本實(shí)驗(yàn)的對(duì)照為在SCN敏感的大豆栽培種Williams82中RNAi沉默EG261：在該品系中沉默EG261后未觀察到敏感性差異。這些實(shí)驗(yàn)被解釋成意味著對(duì)SCN的抗性是由EG261基因賦予的；如果將EG261等位基因在抗SCN系中敲除，結(jié)果是SCN抗性隨即喪失。然而，在敏感型William82系中EG261等位基因已經(jīng)是非功能性或至少在賦予SCN抗性時(shí)并非十分有效，因此EG261等位基因的沉默沒(méi)有改變William82的SCN敏感表型。重要的是，抗性系(Fayette)是一種與展現(xiàn)SCN抗性的大豆本地品種雜交育種而生成的系。(據(jù)信所述本地品種變成抗SCN是由于野生抗SCN大豆種的基因滲入。)這是EG261在大豆中影響/控制SCN抗性的功能的有力證據(jù)。實(shí)施例5.利用EG261轉(zhuǎn)化番茄可利用包含EG261的構(gòu)建體采用標(biāo)準(zhǔn)的番茄植物轉(zhuǎn)化技術(shù)來(lái)轉(zhuǎn)化‘BigBoy’番茄植物。見，例如，AntonioDiMatteo,MariaManuelaRigano,AdrianaSacco,LuigiFruscianteandAmaliaBarone(2011).GeneticTransformationinTomato:NovelToolstoImproveFruitQualityandPharmaceuticalProduction,GeneticTransformation,Prof.MaríaAlvarez(Ed.),ISBN:978-953-307-364-4,InTech。利用包含EG261的構(gòu)建體轉(zhuǎn)化番茄植物可由本專利中包括的栽培/野生大豆直系同源物或本申請(qǐng)中描述的任何其他EG261直系同源物完成，包括，番茄直系同源物(SEQIDNO16)?？梢詼y(cè)試轉(zhuǎn)化的番茄植物與未轉(zhuǎn)化的對(duì)照‘BigBoy’番茄植物相比的疾病抗性?？删妥鳛檫@種轉(zhuǎn)化的結(jié)果而賦予或增強(qiáng)的病原體耐受和/或抗性進(jìn)行測(cè)試的疾病包括由水稻紋枯病菌(Rhizoctoniasolani)、腐皮鐮刀菌(Fusariumsolani)和齊整小核菌(Sclerotiumrolfsii)引起的根部腐爛。用于測(cè)試對(duì)這些根部疾病的耐受/抗性的流程見，例如，Abd-El-Kareem,F.,NehalS.El-Mougy,NadiaG.El-GamalandY.O.Fotouh(2006)UseofChitinandChitosanAgainstTomatoRootRotDiseaseunderGreenhouseConditionsResearch,JournalofAgricultureandBiologicalSciences,2(4):147-152?？赏ㄟ^(guò)利用一個(gè)或多個(gè)如下步驟測(cè)試表現(xiàn)出對(duì)于一種或多種這些根部疾病賦予的和/或增強(qiáng)的抗性的轉(zhuǎn)化番茄植物來(lái)確認(rèn)EG261的存在：(a)從所述植物分離核酸分子并擴(kuò)增與EG261多核苷酸同源的序列；(b)從所述植物分離核酸分子并實(shí)施Southern雜交來(lái)檢測(cè)EG261多核苷酸；(c)從所述植物中分離蛋白質(zhì)并利用EG261多核苷酸編碼的蛋白質(zhì)的抗體實(shí)施蛋白質(zhì)免疫印跡分析；和/或(d)證明源自EG261多核苷酸mRNA轉(zhuǎn)錄物且為EG261多核苷酸所獨(dú)有的mRNA序列的存在。實(shí)施例6.番茄與表達(dá)EG261的番茄雜交如實(shí)施例6中所獲得的具有賦予的EG261編碼序列的拷貝的‘BigBoy’番茄植物可與‘EarlyGirl’品種植物雜交，且可對(duì)所得的子代就對(duì)三種根部疾病的耐受/抗性進(jìn)行測(cè)試。EG261多核苷酸的存在可根據(jù)實(shí)施例5中闡述的步驟在所得的‘EarlyGirl’子代中進(jìn)行確認(rèn)。在進(jìn)一步的流程中，轉(zhuǎn)化的‘EarlyGirl’番茄植物可與‘EarlyGirl’回交一次或多次來(lái)生成具有EG261編碼序列的近等基因或等基因‘EarlyGirl’番茄。實(shí)施例7.采用EG261轉(zhuǎn)化玉米可采用包含EG261的構(gòu)建體利用標(biāo)準(zhǔn)的玉米轉(zhuǎn)化技術(shù)轉(zhuǎn)化‘B37’和/或‘Mo17’近交玉米植物。見，例如，SidorovandDuncan,2008(Agrobacterium-MediatedMaizeTransformation:ImmatureEmbryosVersusCallus,MethodsinMolecularBiology,526:47-58)；Frame等，2002(Agrobacteriumtumefaciens-MediatedTransformationofMaizeEmbryosUsingaStandardBinaryVectorSystem,PlantPhysiology,May2002,Vol.129,pp.13–22)；和Ahmadabadi等，2007(Aleaf-basedregenerationandtransformationsystemformaize(ZeamaysL.),TransgenicRes.16,437-448)。利用包含EG261的構(gòu)建體轉(zhuǎn)化玉米植物可用本專利中包括的栽培/野生0大豆直系同源物或用這些EG261基因的玉米直系同源物完成。可以測(cè)試轉(zhuǎn)化的玉米植物與未轉(zhuǎn)化的對(duì)照‘B37’或‘Mo17’玉米植物相比的線蟲/害蟲抗性。用于測(cè)試對(duì)線蟲的耐受/抗性的步驟見，例如，Sasser,等(1984)StandardizationofHostSuitabilityStudiesandReportingofResistancetoRoot-KnotNematodes,CropNematodeResearch&ControlProject(CNRCP),acooperativepublicationofTheDepartmentofPlantPathology,NorthCarolinaStateUniversityandtheUnitedStatesAgencyforInternationalDevelopment,NorthCarolinaStateUniversityGraphics,Raleigh,NC,10頁(yè)；和Cook,R.andK.Evans(1987)ResistanceandTolerance,In:Principlesandpracticeofnematodecontrolinplants,R.H.BrownandB.R.Kerry(editors),179-231頁(yè)。可通過(guò)利用一個(gè)或多個(gè)如下步驟測(cè)試對(duì)于一種或多種線蟲種類表現(xiàn)出賦予的和/或增強(qiáng)的抗性的轉(zhuǎn)化玉米植物來(lái)確認(rèn)EG261的存在：(a)從所述植物分離核酸分子并擴(kuò)增與EG261多核苷酸同源的序列；(b)從所述植物分離核酸分子并實(shí)施Southern雜交來(lái)檢測(cè)EG261多核苷酸；(c)從所述植物中分離蛋白質(zhì)并利用EG261多核苷酸編碼的蛋白質(zhì)的抗體實(shí)施蛋白質(zhì)免疫印跡分析；和/或(d)證明源自EG261多核苷酸mRNA轉(zhuǎn)錄物且為EG261多核苷酸所獨(dú)有的mRNA序列的存在。對(duì)于一種或多種線蟲種類具有確認(rèn)的耐受和/或抗性的轉(zhuǎn)化玉米植物可以通過(guò)對(duì)該植物進(jìn)行自花受粉、收獲所得種子并從這些收獲的種子培養(yǎng)抗性植物來(lái)進(jìn)行保持。實(shí)施例8.用表達(dá)EG261的玉米植物培育的玉米如實(shí)施例7中所獲得的具有賦予的EG261編碼序列拷貝的‘B37’或‘Mo17’玉米近交植物可與轉(zhuǎn)化的或未轉(zhuǎn)化的近交‘B37’‘Mo17’植物分別雜交，且可測(cè)試所得的雜交F1子代對(duì)線蟲的耐受/抗性。EG261多核苷酸的存在可根據(jù)實(shí)施例7中闡述的步驟在所得的雜交子代中進(jìn)行確認(rèn)。在進(jìn)一步的流程中，轉(zhuǎn)化的雜交玉米植物可與其輪回親本(即，適用的‘B37’或‘Mo17’)回交一次或多次來(lái)生成具有EG261編碼序列的近等基因或等基因玉米近交系。實(shí)施例9.EG261的過(guò)表達(dá)利用大豆品種‘Williams82’的兩次重復(fù)對(duì)EG261的過(guò)表達(dá)進(jìn)行測(cè)試。本文使用的測(cè)試方案的詳細(xì)說(shuō)明見Melito等(2010)AnematodedemographicsassayintransgenicrootsrevealsnosignificantimpactsoftheRhg1locusLRR-Kinaseonsoybeancystnematoderesistance,BMCPlantBiology10:104,14頁(yè)?！斑^(guò)表達(dá)根”中的表達(dá)水平被發(fā)現(xiàn)為4.3倍高，然而天然EG261基因非常高表達(dá)，僅比泛素少5倍，因此這些表達(dá)水平與預(yù)期表現(xiàn)相一致。數(shù)據(jù)表明與正?！甒illiams82’之間無(wú)顯著性差異(即，無(wú)EG261過(guò)表達(dá))，但這些非確定性的結(jié)果可能是由于表達(dá)水平?jīng)]有得到如預(yù)期一般嚴(yán)格的控制。實(shí)施例10.EG261直系同源物在其他植物種中的鑒定利用衍生自分子進(jìn)化生物學(xué)的分析技術(shù)，采用來(lái)自栽培(即，馴化)大豆(Glycinemax)的基因序列來(lái)鑒定來(lái)自其他植物種的直系同源基因。下表提供了與陽(yáng)性選擇的大豆EG261拷貝A基因直系同源的基因的核苷酸序列的SEQIDNos。預(yù)測(cè)的氨基酸序列，以及關(guān)于原始收集每個(gè)登錄物的地理位置的信息，以及任何關(guān)于每一個(gè)登錄物的可用信息也于下文給出。實(shí)施例11.分離自其它植物種的EG261直系同源物的表征可對(duì)來(lái)自野生、相關(guān)種的基因直系同源物就其賦予抗性的能力進(jìn)行檢測(cè)。(在本實(shí)施例中，也可對(duì)相應(yīng)的野生植物種就其抗一種或多種寄生線蟲的攻擊的天然能力進(jìn)行測(cè)試。萌發(fā)種子且對(duì)幼苗通過(guò)任何適合的標(biāo)準(zhǔn)測(cè)試方法測(cè)試對(duì)一種或多種寄生線蟲的抗性。)對(duì)于每個(gè)檢測(cè)的種，可利用EvolutionaryGenomics,Inc.專有的分析軟件對(duì)種特異性EG261直系同源物進(jìn)行分析來(lái)獲得陽(yáng)性選擇的證據(jù)。表現(xiàn)出經(jīng)陽(yáng)性選擇的直系同源物隨后可如實(shí)施例3和4中針對(duì)大豆(G.max)所描述的測(cè)試賦予抗性的能力。實(shí)施例12.EG261的沉默在抗線蟲植物中消除了抗線蟲表型生成攜帶靶向?qū)嵤├?0中分離的每一個(gè)EG261直系同源物的RNAi沉默DNA片段(例如，發(fā)夾、雙鏈、反義、反向重復(fù)等)的構(gòu)建體。這些構(gòu)建體被用于為每一植物種生成轉(zhuǎn)基因植物。在每一轉(zhuǎn)基因植物的近尖端處放置孵化的J2線蟲。在足以使線蟲感染的時(shí)間后，固定根并利用酸性品紅染色，并對(duì)每個(gè)根內(nèi)的或附著的所有線蟲的數(shù)目和生長(zhǎng)階段進(jìn)行評(píng)估。數(shù)據(jù)顯示與其相應(yīng)的野生型抗線蟲對(duì)照植物種相比，在一種或多種轉(zhuǎn)基因植物種中朝向易感性的顯著遷移。實(shí)施例13.引入EG261直系同源物至異源植物種中在一些實(shí)施方案中，可將根據(jù)本發(fā)明從一種植物種中分離的賦予線蟲抗性的EG261直系同源物引入至相同種的線蟲易感植物中，從而在該植物中生成線蟲抗性。然而，在一些其他的實(shí)施方案中，可將分離自一種植物種的本發(fā)明的EG261直系同源物引入至同屬不同種的線蟲易感植物，或不同屬的植物種中，以將線蟲抗性引入至所述植物中。舉例而言，可將分離自大豆的編碼SEQIDNOs:9-15的蛋白質(zhì)中任一種的基因引入至其他植物種中，如茄科的種(Solanaceaespecies)(例如，番茄(Solanumlycopersicum)、克梅留斯基番茄(Solanumchmielewskii)、多毛番茄(Solanumhabrochaites)、Solanumcorneliomulleri、辣椒(Capsicumannuum)、茄子(Solanummelongena)、馬鈴薯(Solanumtuberosum))、菜豆(Phaseolusvulgaris)、豇豆(Vignaunguiculata)、阿拉比卡咖啡(Coffeearabica)、玉米(Zeamays)、高粱屬的種(Sorghumspp.)、水稻(Oryzasativa)、小麥屬的種(Triticumspp.)、大麥屬的種(Hordeumspp.)、陸地棉(Gossypiumhirsutum)和Heliotropiumcurassavicum中。相似的，可將編碼SEQIDNOs:25、26、27、28、29、30、31、32、33、37、38、39、43、44、45、51、52、53、54、55、57、59、61、63、64和65的蛋白質(zhì)中任一種的基因引入至其他植物種中。依照實(shí)施例11中描述的方法，生成并測(cè)試包含異源EG261基因或其直系同源物的植物種。當(dāng)在與從中分離異源EG261基因或其直系同源物的植物種不同的植物種中異源表達(dá)時(shí)，結(jié)果確認(rèn)該一個(gè)或多個(gè)EG261基因或其直系同源物能夠引入線蟲抗性。實(shí)施例14.引入線蟲抗性至線蟲易感植物中本實(shí)施例表明，當(dāng)來(lái)自野生抗SCN大豆種(Glycinepescadrensis)的EG261直系同源物被轉(zhuǎn)化至SCN敏感的‘Williams82’大豆栽培種中時(shí)，觀察到了之前為SCN敏感的大豆栽培種中的獲得性SCN抗性表型。也就是說(shuō)，通過(guò)利用轉(zhuǎn)化(敲入)，培養(yǎng)的SCN敏感大豆栽培種變成抗SCN的。事實(shí)上，達(dá)到的抗性水平大致等同于唯一已知的商業(yè)上可獲得的抗SCN大豆栽培種。該結(jié)果表明，通過(guò)利用分離自抗線蟲植物的EG261直系同源物轉(zhuǎn)化植物，能夠在該植物中實(shí)現(xiàn)SCN抑制，在某些情況下可接近0。更具體地，對(duì)來(lái)自2個(gè)種(G.pescadrensis和G.microphylla)的EG261直系同源物進(jìn)行了測(cè)試。從cDNA中PCR擴(kuò)增了具有5’和3’UTR的G.pescadrensisEG261ORF并連接至pCR8中?？寺OS終止子至pSM101-Gmubi中來(lái)生成具有強(qiáng)啟動(dòng)子和終止子的過(guò)表達(dá)構(gòu)建體?？刹捎萌绫疚膭e處討論的用于根部表達(dá)的和被本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的可選啟動(dòng)子進(jìn)行替代。從pCR8中剪切G.pescadrensisEG261ORF(5’PstI、3’BamHI)并連接至pSM101-Gmubi-NOS中。通過(guò)測(cè)序驗(yàn)證了pSM101–Gmubi–G.pescadrensisEG261–NOS載體。相似的，從cDNA中PCR擴(kuò)增了具有UTR的G.microphyllaEG261ORF并連接至pCR8中?？寺OS終止子至pSM101-Gmubi中來(lái)生成具有強(qiáng)啟動(dòng)子和終止子的過(guò)表達(dá)構(gòu)建體。從pCR8中剪切G.microphyllaEG261ORF(5’PstI、3’BamHI)并連接至pSM101-Gmubi-NOS中。通過(guò)測(cè)序驗(yàn)證了pSM101–Gmubi–G.microphyllaEG261–NOS載體。將這些構(gòu)建體轉(zhuǎn)化至發(fā)根農(nóng)桿菌(Agrobacteriumrhizogenes)中。使SCN易感基因型(‘Williams82’)和抗SCN基因型(‘Fayette’)的子葉萌發(fā)且隨后利用包含這些EG261過(guò)表達(dá)構(gòu)建體的農(nóng)桿菌進(jìn)行轉(zhuǎn)化。這些子葉中出現(xiàn)了發(fā)絲狀根，并收獲了GFP陽(yáng)性根(那些表達(dá)感興趣的基因以及空對(duì)照載體的根)并傳代培養(yǎng)(每具有各個(gè)構(gòu)建體的基因型大致10個(gè)根)。壓碎SCN包囊并孵化卵來(lái)生產(chǎn)感染性幼蟲(J2)。大約220只不育J2被置于這些轉(zhuǎn)基因發(fā)絲狀根上。第二階段幼蟲，或稱J2，是大豆包囊線蟲唯一能夠穿透根的生命階段。第一階段幼蟲發(fā)生于卵中，而第三和第四階段發(fā)生在根中。J2進(jìn)入根部，穿過(guò)植物細(xì)胞移動(dòng)至其進(jìn)食的維管組織。J2在根中誘導(dǎo)細(xì)胞分裂來(lái)形成專門的進(jìn)食位點(diǎn)。隨著線蟲進(jìn)食，其發(fā)生腫脹。雌性腫脹過(guò)多，使得其尾部末端從根部沖破并變成肉眼可見。相反，成年雄性重新變成蠕蟲狀，并且其離開根部以便尋找大的雌性并使其受精。雌性連續(xù)進(jìn)食，同時(shí)在黃色膠狀基質(zhì)中產(chǎn)出200至400個(gè)卵，形成仍處于其內(nèi)的卵囊。隨后雌性死亡且其表皮變硬形成包囊。卵可在土壤條件合適時(shí)孵化，幼蟲在包囊內(nèi)發(fā)育，然后生物周期進(jìn)行自我重復(fù)。一年中通?？僧a(chǎn)生三代。在秋季或不適宜的條件下，包含休眠幼蟲的包囊可在土壤中保持完整數(shù)年。幼蟲蛻皮成J3且隨著生殖系統(tǒng)發(fā)育開始變大。變成雌性的線蟲不能再離開根部。它們?cè)谄浣?jīng)歷J3和J4階段期間持續(xù)變大。在這段時(shí)間中，線蟲頭部周圍的細(xì)胞增大形成滋養(yǎng)細(xì)胞或巨細(xì)胞。對(duì)于根結(jié)線蟲，經(jīng)常會(huì)在根上形成癭。在變成成蟲的過(guò)程中，根結(jié)線蟲會(huì)開始在身體尾部末端產(chǎn)出包含在膠質(zhì)基質(zhì)中的卵(多至數(shù)百枚)。卵塊可在根內(nèi)或在腫脹的雌性身體仍停留在根內(nèi)時(shí)部分或全部暴露于根的表面。因此，我們對(duì)J2和J3數(shù)目進(jìn)行計(jì)數(shù)來(lái)評(píng)估線蟲侵染的程度。如上所述，利用品種‘Williams’作為SCN易感栽培種，并利用品種‘Fayette’作為抗SCN對(duì)照。下表中提供了三次獨(dú)立實(shí)驗(yàn)的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。本文使用的測(cè)試方法描述于Melito等(BMCPlantBiology,2010,10:104,incorporatedhereinbyreferenceinitsentirety)中。在下表中，“EV”指‘空載體’，即，已利用缺乏實(shí)驗(yàn)基因但在其他方面由完整載體組成的載體構(gòu)建體轉(zhuǎn)化的對(duì)照植物?！癘X”指‘過(guò)表達(dá)’，即，其中包含實(shí)驗(yàn)EG261直系同源物的那些實(shí)驗(yàn)植物，且實(shí)驗(yàn)的敲入基因以高水平活躍表達(dá)?！癢”指SCN敏感性Williams82大豆栽培種，同時(shí)“F”指正常為抗SCN的大豆栽培種?！癕icroph”指源自G.microphylla的EG261直系同源物，同時(shí)“Pesc”指源自G.pescadrensis的EG261直系同源物。對(duì)結(jié)果的檢驗(yàn)所明確的是，利用來(lái)自G.pescadrensis的EG261直系同源物轉(zhuǎn)化引起正常為SCN敏感性的Williams82栽培種獲得與抗SCN栽培種Fayette大致相同水平的SCN抗性。雖然G.microphylla直系同源物在最初的評(píng)估中沒(méi)有表現(xiàn)出明顯的SCN抑制，但是鑒于能夠影響轉(zhuǎn)化實(shí)驗(yàn)的變量數(shù)，這并沒(méi)有排除G.microphyllaEG261直系同源物的有效性。(我們目前正在對(duì)G.microphylla直系同源物重復(fù)該第一遍實(shí)驗(yàn)。)相反的，來(lái)自G.pescadrensis的EG261直系同源物，在被引入至SCN敏感大豆植物中時(shí)，明顯能夠賦予SCN抗性。我們目前正在研究來(lái)自其他SCN耐受野生大豆親緣植物的EG261直系同源物的有效性。實(shí)施例15.采用EG261轉(zhuǎn)化菜豆和豇豆其他農(nóng)業(yè)上相關(guān)的種如菜豆(Phaseolusvulgaris)和豇豆(Vignaunguiculata)也能夠利用包含EG261的構(gòu)建體分別采用菜豆和豇豆的轉(zhuǎn)化技術(shù)進(jìn)行轉(zhuǎn)化。見，例如，Brasileiro等，1996(SuceptibilityofcommonandteparybeanstoAgrobacteriumspp.StrainsandimprovementofAgrobacterium-mediatedtransformationusingmicroprojectilebombardment,J.Am.Soc.Hortic.Sci.121,810–815)；Estrada-Navarrete等，2007(Fast,efficientandreproduciblegenetictransformationofPhaseolusspp.byAgrobeacteriumrhizogenes,Nat.Protoc2007；2(7):1819-24)；Ivo等，2008(Biolistic-mediatedgenetictransformationofcowpea(Vignaunguiculata)andstableMendelianinheritanceoftransgenes,PlantCellRep27:1475-83)；Popelka等，2006(Genetictransformationofcowpea(VignaunguiculataL.)andstabletransmissionofthetransgenestoprogeny,PlantCellRep2006；25:304-12)。采用包含EG261的構(gòu)建體轉(zhuǎn)化菜豆或豇豆可使用包括在本專利中的栽培/野生大豆直系同源物或使用它們各自的這些EG261基因的菜豆(Phaseolusvulgaris)或豇豆(Vignaunguiculata)直系同源物來(lái)實(shí)現(xiàn)。轉(zhuǎn)化的菜豆植物可與未轉(zhuǎn)化的對(duì)照‘Condor’、‘Matterhorn’、‘Sedona’、‘Olathe’或“Montcalm’菜豆植物相比較測(cè)試線蟲/害蟲抗性。轉(zhuǎn)化的豇豆植物也可以與未轉(zhuǎn)化的對(duì)照‘IT82E-16’、‘TVu1390’或‘B301’豇豆植物相比較測(cè)試線蟲/害蟲抗性。關(guān)于用于測(cè)試對(duì)線蟲的耐受/抗性的流程，見，例如，Sasser等(1984)StandardizationofHostSuitabilityStudiesandReportingofResistancetoRoot-KnotNematodes,CropNematodeResearch&ControlProject(CNRCP),acooperativepublicationofTheDepartmentofPlantPathology,NorthCarolinaStateUniversityandtheUnitedStatesAgencyforInternationalDevelopment,NorthCarolinaStateUniversityGraphics,Raleigh,NC,10pages；和Cook,R.andK.Evans(1987)ResistanceandTolerance,In:Principlesandpracticeofnematodecontrolinplants,R.H.BrownandB.R.Kerry(editors),179-231頁(yè)?？赏ㄟ^(guò)利用一個(gè)或多個(gè)如下步驟測(cè)試對(duì)于一種或多種線蟲種類表現(xiàn)出賦予的和/或增強(qiáng)的抗性的轉(zhuǎn)化菜豆或豇豆植物來(lái)確認(rèn)EG261的存在：(a)從所述植物分離核酸分子并擴(kuò)增與EG261多核苷酸同源的序列；(b)從所述植物分離核酸分子并實(shí)施Southern雜交來(lái)檢測(cè)EG261多核苷酸；(c)從所述植物中分離蛋白質(zhì)并利用EG261多核苷酸編碼的蛋白質(zhì)的抗體實(shí)施蛋白質(zhì)免疫印跡分析；和/或(d)證明源自EG261多核苷酸mRNA轉(zhuǎn)錄物且為EG261多核苷酸所獨(dú)有的mRNA序列的存在。對(duì)一種或多種線蟲種類具有確認(rèn)的耐受和/或抗性轉(zhuǎn)化的菜豆或豇豆植物可通過(guò)對(duì)該植物進(jìn)行自花受粉、收獲所得種子并從這些收獲的種子培養(yǎng)抗性植物來(lái)進(jìn)行保持。實(shí)施例16.通過(guò)將EG261基因引入至抗線蟲植物品種改進(jìn)線蟲抗性在一些實(shí)施方案中，根據(jù)本發(fā)明分離的賦予線蟲抗性的EG261直系同源物可被引入至相同或不同種的線蟲易感植物中從而增強(qiáng)所述植物的線蟲抗性。然而，在一些其他實(shí)施方案中，本發(fā)明的EG261直系同源物可被引入至相同或不同種的抗線蟲植物中從而進(jìn)一步增強(qiáng)所述植物的線蟲抗性。舉例來(lái)說(shuō)，可將編碼SEQIDNOs:9-15、25、26、27、28、29、30、31、32、33、37、38、39、43、44、45、51、52、53、54、55、57、59、61、63、64或65的蛋白質(zhì)中任一的基因引入至抗線蟲植物中，所述植物包含任何抗線蟲性狀如rhg1、rhg4或任何其他已知QTL，如Concibido等，2004(AdecadeofQTLmappingforcystnematoderesistanceinsoybean,CropSci.44:1121-1131)；Shannon等，(2004)Breedingforresistanceandtolerance,In:Biologyandmanagementofsoybeancystnematode,2nded,P.Schmitt,J.A.Wrather,andR.D.Riggs,(editors).頁(yè)155-180；和Klink等，(2013)EngineeredSoybeanCystNematodeResistance,In:Soybean-PestResistance,HanyA.El-Shemy(editor),頁(yè)139-172中所列那些。依照實(shí)施例11描述的方法，生成并測(cè)試包含異源EG261基因或其直系同源物的抗線蟲植物。結(jié)果會(huì)確認(rèn)一個(gè)或多個(gè)EG261基因或其直系同源物當(dāng)表達(dá)于之前具有線蟲抗性的植物中時(shí)能夠改進(jìn)線蟲抗性。實(shí)施例17.通過(guò)非轉(zhuǎn)基因方法在線蟲易感植物中賦予線蟲抗性。如上述實(shí)施例所述，線蟲抗性可通過(guò)EG261基因或直系同源物的遺傳轉(zhuǎn)化至線蟲易感植物的基因組來(lái)向所述植物引入線蟲抗性。在其他的實(shí)施方案中，線蟲抗性可通過(guò)非轉(zhuǎn)基因(即，傳統(tǒng)的)方法并入植物中，如植物育種。舉例來(lái)說(shuō)，在具有賦予線蟲抗性的天然存在或轉(zhuǎn)基因EG261基因拷貝的第一植物和第二植物之間進(jìn)行雜交來(lái)生成F1植物。該F1植物隨后可經(jīng)受多重回交來(lái)生成近等基因或等基因系，其中EG261抗線蟲拷貝被整合至第二植物的基因組中。舉例而言，具有天然存在的EG261基因拷貝的G.microphylla或G.Pescadrensis植物可與第二植物雜交來(lái)生成F1植物。該F1植物隨后可經(jīng)受多重回交來(lái)生成近等基因或等基因系，其中EG261的抗線蟲拷貝被整合至第二植物的基因組中。相似的，包含G.microphylla或G.PescadrensisEG261基因拷貝的轉(zhuǎn)基因植物可與第二植物進(jìn)行雜交來(lái)生成F1植物。該F1植物隨后可經(jīng)受多重回交來(lái)生成近等基因或等基因系，其中EG261抗線蟲拷貝被整合至第二植物的基因組中。除非另外界定，本文的所有技術(shù)和科學(xué)術(shù)語(yǔ)與本發(fā)明所屬領(lǐng)域的一般技術(shù)人員的通常理解具有相同意義。雖然與本文所述那些相同或相似的任何方法和材料可被用于實(shí)踐和測(cè)試本發(fā)明，優(yōu)選方法和材料應(yīng)如本文所述。引用的所有公開物、專利、專利公開以及核酸和氨基酸序列均以整體作為參考并入本文用于各種目的。提供的本文中討論的公開物僅涉及其早于本申請(qǐng)的申請(qǐng)日的公開內(nèi)容。不應(yīng)該將本文中的任何內(nèi)容理解為是對(duì)由于在先發(fā)明而使本發(fā)明沒(méi)有資格先于這些出版物的承認(rèn)。雖然本發(fā)明連同其特定的實(shí)施方案已被描述，應(yīng)該理解的是可對(duì)其進(jìn)行進(jìn)一步改進(jìn)，本申請(qǐng)意在覆蓋根據(jù)本發(fā)明的任何變化、用途或調(diào)整，總的來(lái)說(shuō)，本發(fā)明的原理和包括的本公開的偏離以及本發(fā)明所屬領(lǐng)域的技術(shù)人員已知和常用的實(shí)踐還有上文描述的實(shí)施的基本特征被闡述于附加的權(quán)利要求中。序列表SEQIDNO:1Glycinemax的EG261cDNA序列agcaagagatgctcaaacccaaattcacctacttcgatgcttcccccaccttataaattcttgcattaatttaccactttcatcacccaatccacttcctctaattgacacccacctaaaccATGGCTTCCCACTTCCTCAAATCCCTCCTTCTCCTCTCCACCTATGCCCTCACCATCTCAGCAGAATACACAGGCTTCGTGGGAACACTAGACCCAAAGTCCATAGGCATACACCACAAGAAAACCCTAAGCCACTTCAGGTTCTACTGGCACGAAGTCTTCAGCGGAGAAAACCCCACATCGGTTAGAATCATTCCCTCACTCCCCAAATACAACGCAACCACAACCTTCGGCTCCGTTGGAATCTTTGACACCCCTTTAACCGTGGGACCTGAGGTGTACTCCAAGGTTGTCGGAAAAGCCGAGGGCTTGTTTGCCTCCACGTCACAAACGCAGTTTGACCTGTTACTGATTTACAACTTCGCGTTGACCCAAGGGAAGTACAACGGCAGCACCATCACGTTCACGGGGAGGAGCCCCCTCTCGGAGAAGGTGAGGGAGCTGCCCATTGTTGGTGGTAGTGGGGTCTTCAAATTTGCCACTGGGTATGTTGAGTCTAGGACGCTAAGTTTTGATCCCCAAACAAGGAATAACACGGTTCAGTTCGACGTGTATATTTACTATTGAtgattattgaatgtgtttttttcatgttgatgcgttatcgctttggtctgtctcacctagtttctaSEQIDNO:2來(lái)自栽培大豆Glycinemax的EG261編碼序列ATGGCTTCCCACTTCCTCAAATCCCTCCTTCTCCTCTCCACCTATGCCCTCACCATCTCAGCAGAATACACAGGCTTCGTGGGAACACTAGACCCAAAGTCCATAGGCATACACCACAAGAAAACCCTAAGCCACTTCAGGTTCTACTGGCACGAAGTCTTCAGCGGAGAAAACCCCACATCGGTTAGAATCATTCCCTCACTCCCCAAATACAACGCAACCACAACCTTCGGCTCCGTTGGAATCTTTGACACCCCTTTAACCGTGGGACCTGAGGTGTACTCCAAGGTTGTCGGAAAAGCCGAGGGCTTGTTTGCCTCCACGTCACAAACGCAGTTTGACCTGTTACTGATTTACAACTTCGCGTTGACCCAAGGGAAGTACAACGGCAGCACCATCACGTTCACGGGGAGGAGCCCCCTCTCGGAGAAGGTGAGGGAGCTGCCCATTGTTGGTGGTAGTGGGGTCTTCAAATTTGCCACTGGGTATGTTGAGTCTAGGACGCTAAGTTTTGATCCCCAAACAAGGAATAACACGGTTCAGTTCGACGTGTATATTTACTATTGASEQIDNO:3在美國(guó)專利號(hào)7569389中的SEQID65260中存在的GlycinemaxEG261序列atcacccaatccacttcctctaattgacacccacctaaaccATGGCTTCCCACTTCCTCAAATCCCTCCTTCTCCTCTCCACCTATGCCCTCACCATCTCAGCAGAATACACAGGCTTCGTGGGAACACTAGACCCAAAGTCCATAGGCATACACCACAAGAAAACCCTAAGCCACTTCAGGTTCTACTGGCACGAAGTCTTCAGCGGAGAAAACCCCACATCGGTTAGAATCATTCCCTCACTCCCCAAATACAACGCAACCACAACCTTCGGCTCCGTTGGAATCTTTGACACCCCTTTAACCGTGGGACCTGAGGTGTACTCCAAGGTTGTCGGAAAAGCCGAGGGCTTGTTTGCCTCCACGTCACAAACGCAGTTTGACCTGTTACTGATTTACAACTTCGCGTTGACCCAAGGGAAGTACAACGGCAGCACCATCACGTTCACGGGGAGGAGCCCCCTCTCGGAGAAGGTGAGGGAGCTGCCCATTGTTGGTGGTAGTGGGGTCTTCAAATTTGCCACTGGGTATGTTGAGTCTAGGACGCTAAGTTTTGATCCCCAAACAAGGAATAACACGGTTCAGTTCGACGTGTATATTTACTATTGAtgattattgaaagtgtttttttcatgttgatgcgttatcgctttggtctgtctcacctagtttctacataagtttcctcttttgagggcatgtggtgtcatggaataaagtcatctttgggcaaaaaaaaaaaaaaaaaaSEQIDNO:4來(lái)自Glycinemicrophylla的EG261cDNAttaattcatcactttcatcacccaatccactcctctaattaacacccaccaacaccATGGCTTCCCACTTCCTCAAATCCCTCCTTCTCCTCTCCACCTATGCCCTCACCATCTCAGCAGAATACACAGGCTTCGTGGGGACACTAGACCCAAAGTCCATAGGCATACACCACAAGAAAACCCTAAGCCACTTCAGGTTCTACTGGCACGAAGTCTTCAGCGGAGAAAACCCCACAACGGTTAGAATCATTCCCTCACTCCCCAAATACAACACAACCACAACCTTCGGTTCCGTTGGAATCTTTGACAACACTTTAACCGTGGGACCTGAGGTGTACTCCAAGGTTGCCGGAAAAGCCGAGGGCTTGTTTGCCTCCACGTCACAAACGCAGTTTAACCTGTTACTGATTTACAGCTTCGCGTTGACCCAAGGGAAGTACAACGGCAGCACCATCACGTTCACGGGGAGGAGCCCCCTCTCGGAGAAGGTGAGGGAGCTGCCCATTGTTGGTGGCAGTGGGGTCTTCAAATTTGCCACTGGGTATGTTGAGTCTAGGACGCTAAGTTTTGATCCCCAAACGAGGAATAACACGGTTCAGTTCGACGTGTATATTTACTATTGAtgattattgaatgtgttttttacatgttgatgtgttagagctttggtgtgtgtcacttagtttctaSEQIDNO:5來(lái)自Glycinepescadrensis的EG261cDNAataaattcttgcattaattcatcactttcatcacccaatccatttcctctaattaacacccaccaaaaccATGGCTTCCCACTTCCTCAAATCCCTCCTTCTCCTCTCCACCTATGCCCTCACCATCTCAGCAGAATACACAGGCTTCGTGGGCACACTAGACCCAAAGTCCATAGGCATACACCACAAGAAAACCCTAAACCACTTCAGGTTCTACTGGCACGAAGTCTTCAGCGGAGAAAACCCCACATCGGTTAGAATCATTCCCTCACTCCCCAAATACAACACAACCACAACCTTCGGTTCCGTTGGAATCTCTGACAACGCTTTAACCGTGGGACCTGAGGTGTACTCCAAGGTTGTCGGAAAAGCCGAGGGCTTGTTTGTCTCCACGTCACAAACGCAGTTTGACCTGTTACTGATTTACAACTTCGCGTTGACCCAAGGGAAGTACAACGGCAGCACCATCACGTTCACGGGGAGGAGCCCCCTCTCGGAGAAGGTGAGGGAGCTGCCCATTGTAGGTGGCAGTGGGGTCTTCAAATTTTCCACTGGGTATGTTGAGTCTAGGACGCTAAGTTTTGATCCCCAAACGAGGAATAACACGGTTCAGTTCGACGTGTATATTTACTATTGAtgattattgaatgtgttttttccatgttgatgtgttatagctttggtatgtgtcacttagtttctaSEQIDNO:6來(lái)自Glycinetabacina的EG261cDNA(新威爾士，澳大利亞)catcacccaatccactcctctaattaacacccaccaacaccATGGCTTCCCACTTCCTCAAATCCCTCCTTCTCCTCTCCACCTATGCCCTCACCATCTCAGCAGAATACACAGGCTTCGTGGGGACACTAGACCCAAAGTCCATAGGCATACACCACAAGAAAACCCTAAGCCACTTCAGGTTCTACTGGCACGAAGTCTTCAGCGGAGAAAACCCCACAACGGTTAGAATCATTCCCTCACTCCCCAAATACAACACAACCACAACCTTCGGTTCCGTTGGAATCTTTGACAACACTTTAACCGTGGGACCTGAGGTGTACTCTAAGGTTGCCGGAAAAGCCGAGGGCTTGTTTGCCTCCACGTCACAAACGCAGTTTAACCTGTTACTGATTTACAGCTTCGCGTTGACCCAAGGGAAGTACAACGGCAGCACCATCACGTTCACGGGGAGGAGCCCCCTCTCGGAGAAGGTGAGGGAGCTGCCCATTGTTGGTGGCAGTGGGGTCTTCAAATTTGCCACTGGGTATGTTGAGTCTAGGACGCTAAGTTTTGATCCCCAAACGAGGAATAACACGGTTCAGTTCGACGTGTATATTTACTATTGAtgattattgaatgtgttttttacatgttgatgtgttagagctttggtgtgtgtcacttagtttctaSEQIDNO:7來(lái)自Glycinetabacina的EG261cDNA(臺(tái)灣)cctacttcgatgcttcccccaccttataaattcttgcattaattcatcactttcatcacccaatccatttcctctaattaacacccaccaaaaccATGGCTTCCCACTTCCTCAAATCCCTCCTTCTCCTCTCCACCTATGCCCTCACCATCTCAGCAGAATACACAGGCTTCGTGGGCACACTAGACCCAAAGTCCATAGGCATACACCACAAGAAAACCCTAAACCACTTCAGGTTCTACTGGCACGAAGTCTTCAGCGGAGAAAACCCCACATCGGTTAGAATCATTCCCTCACTCCCCAAATACAACACAACCACAACCTTCGGTTCCGTTGGAATCTCTGACAACGCTTTAACCGTGGGACCTGAGGTGTACTCCAAGGTTGTCGGAAAAGCCGAGGGCTTGTTTGTCTCCACGTCACAAACGCAGTTTGACCTGTTACTGATTTACAACTTCGCGTTGACCCAAGGGAAGTACAACGGCAGCACCATCACGTTCACGGGGAGGAGCCCCCTCTCGGAGAAGGTGAGGGAGCTGCCCATTGTAGGTGGCAGTGGGGTCTTCAAATTTTCCACTGGGTATGTTGAGTCTAGGACGCTAAGTTTTGATCCCCAAACGAGGAATAACACGGTTCAGTTCGACGTGTATATTTACTATTGAtgattattgaatgtgttttttccatgttgatgtgttatagctttggtatgtgtcacttagtttctaSEQIDNO:8來(lái)自Glycinetomentella的EG261cDNA(澳大利亞)cacctacttcgatgcttccccccaccttataaattcttgcattaattcatcactttcatcacccaatccatttcctctaattaacacccaccaaaaccATGGCTTCCCACTTCCTCAAATCCCTCCTTCTCCTCTCCACCTATGCCCTCACCATCTCAGCAGAATACACAGGCTTCGTGGGCACACTAGACCCAAAGTCCATAGGCATACACCA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VIGGSGLFRFARGYVQASTHSLDFKTGDATVQYDAYVLHYSEQIDNO:32茄子(Solanummelongena)中的EG261直系同源物，SEQIDNO:23編碼的EG261多肽MAKLSLQIFTISILLFLVAFPATGEEDNYTFGKSINKKSMRLRKEKLSHFRFYWHDVLSGSKPTSMMIIPPPKNTTTGFGQMNMIDNALTLGAELSSKIVGRAQGFYAAASLNDVGLMMVMNFAFIEGKYNGSTFTILGRNPVFEKVREMAVIGGSGLFRFARGYVQASTHSWDYKTGDATVKYDAXSEQIDNO:33馬鈴薯(Solanumtuberosum)中的EG261直系同源物，SEQIDNO:21編碼的EG261多肽:MAKIILQIFTISIFLSLVAFPATGEEDTYIFGKSINKKPTRLKKEKFSHFRFYWHDILSGSKPTSMMIIPPSKNTTTGFGQMNMIDNALTLGPELSSKIVGRAQGFYGAASLNDVGLMMVMNFAFIEGKYNGSTFTILGRNPVFEKVREMAVIGGSGLFRFARGYVEASTHSWDFKTGDATVQYDAYVLHYSEQIDNO:34菜豆(Phaseolusvulgaris)，品種“藍(lán)湖”(該菜豆品種是從藍(lán)湖架豆開發(fā)的灌木型油豆角)，HendersonBushLima豆(該豆品種年代為1885年)，Dixie斑點(diǎn)黃油豌豆利馬豆(DixieSpeckledButterpeaLimaBean)，HidatsaRedIndian和KabouliBlackGarbanzoAsian豆(收集自喀布爾，阿富汗)中的EG261直系同源物的部分cDNA，tcctctaaccaccaaaaccATGGCTACCAAATTCCTCTTATCGTTCCTTCTCATCTCCTGCTATGTCCTCTCCATCTCAGGAGAGAAAGAAACAGGTTTCGTGGGCTCAGTAGACCCTAAGTCCTTAAGCTACAAGAAGAAGCACACTCTTAGCCACTTCAGGTTCTATTGGCACGAAATCTTCAGTGGAAGCAACCCCTCCTCGGTTAGAATCATTCCACCACAACCAAAGTACAGCACAACCACCACCTTCGGTTCGGTGGGAGTATTCGACAACGTGTTGACCCTAGGACCCGAGTTGTACTCAAAGGTTGTGGGAAGTGCTGAAGGGTTGTACTCCTCCACATCACAAAAGGAGTTTGCCCTTTTGGTGATTACGAACTTTGTGTTGACCGAAGGGAAGTACAATGGTAGCACCATCACGTTCGTGGGGAGAAGTCCCATTGCTCAGAAGGTGAGGGAGATGCCTGTGGTTGGTGGCAGTGGTGTTTTCAGATTTGCCAGGGGCTTTGTTGAGTCCAGGACTCTGTCTTTTGATCCCCAAACGAGGAACAACACAATTGAGTACAACGTCTACGTTTACCACTAAttgttgtgttttataggatgttaaggagtttgatcattgttgttgttcttcaaaaaggctgtaSEQIDNO:35菜豆(Phaseolusvulgaris)、品種ScarletEmperor(該品種產(chǎn)自至少1750，最初源自中美洲)中EG261直系同源物的cDNAacttcctctaaccaccaaaaccATGGCTACCAAATTCCTCTTATCGTTCCTTCTCATCTCCTGCTATGTCCTCTCCATCTCAGGAGAGAAAGAAACAGGTTTCGTGGGCTCAGTAGACCCTAAGTCCTTAAGCTACAAGAAGAAGCACACTCTTAGCCACTTCAGGTTCTATTGGCACGAAATCTTCAGTGGAAGCAACCCCTCCTCGGTTAGAATCATTCCACCACAACCAAAGTACAGCACAACCACCACCTTCGGTTCGGTGGGAGTATTCGACAACGTGTTGACCCTAGGACCCGAGTTGTACTCAAAGGTTGTGGGAAGTGCTGAAGGGTTGTACTCCTCCACATCACAAAAGGAGTTTGCCCTTTTGGTGATTACGAACTTTGTGTTGACCGAAGGGAAGTACAATGGTAGCACCATCACGTTCGTGGGGAGAAGTCCCATTGCTCAGAAGGTGAGGGAGATGCCTGTCGTTGGTGGCAGTGGTGTTTTCAGATTTGCCAGGGGCTTTGTTGAGTCCAGGACTCTGGCTTTTGATCCCCAAACGAGGAACAACACAATTGAGTACAACGTCTACGTTTACCACTAAttgttgtgcttttaaggatgttaaggagtttgatcattgttgttgttcSEQIDNO:36Jacob’sCattle豆中EG261直系同源物的部分cDNAGAAACAGGTTTCGTGGGCTCAGTAGACCCTAAGTCCTTAAGCTACAAGAAGAAGCACACYCTTAGCCACTTCAGGTTCTATTGGCACGAAATCTTCAGTGGAAGCAACCCCTCCTCGGTTAGAATCATTCCACCACAACCAAAGTACAGCACAACCACCACCTTCGGTTCGGTGGGAGTATTCGACAACGTGTTGACCCTAGGACCCGAGTTGTACTCAAAGGTTGTGGGAAGTGCTGAAGGGTTGTACTCCTCCACATCACAAAAGGAGTTTGCCCTTTTGGTGATTACGAACTTTGTGTTGACCGAAGGGAAGTACAATGGTAGCACCATCACGTTCGTGGGGAGAAGTCCCATTGCTCAGAAGGTGAGGGAGATGCCTGTGGTTGGYGGCAGTGGTGTTTTCAGATTTGCCAGGGGCTTTGTTGAGTCCAGGACTCTGTCTTTTGATCCCCAAACGAGGAACAACACAATTGAGTACAACGTCTACGTTTACCACTAAttgttgtgttttataggatgttaaggagtttgatcattgttgttgttcttcaaaaaggctgtaSEQIDNO:37SEQIDNO:34編碼的EG261多肽，菜豆品種“藍(lán)湖”、HendersonBushLima豆，DixieSpeckledButterpeaLima豆，HidatsaRedIndian和KabouliBlackGarbanzoAsian豆中的EG261直系同源物MATKFLLSFLLISCYVLSISGEKETGFVGSVDPKSLSYKKKHTLSHFRFYWHEIFSGSNPSSVRIIPPQPKYSTTTTFGSVGVFDNVLTLGPELYSKVVGSAEGLYSSTSQKEFALLVITNFVLTEGKYNGSTITFVGRSPIAQKVREMPVVGGSGVFRFARGFVESRTLSFDPQTRNNTIEYNVYVYHSEQIDNO:38菜豆(Phaseolusvulgaris)、品種ScarletEmperor中的直系同源物，SEQIDNO:35編碼的EG261多肽MATKFLLSFLLISCYVLSISGEKETGFVGSVDPKSLSYKKKHTLSHFRFYWHEIFSGSNPSSVRIIPPQPKYSTTTTFGSVGVFDNVLTLGPELYSKVVGSAEGLYSSTSQKEFALLVITNFVLTEGKYNGSTITFVGRSPIAQKVREMPVVGGSGVFRFARGFVESRTLAFDPQTRNNTIEYNVYVYHSEQIDNO:39Jacob’sCattle豆中的EG261直系同源物，SEQIDNO:36編碼的EG261多肽:ETGFVGSVDPKSLSYKKKHTLSHFRFYWHEIFSGSNPSSVRIIPPQPKYSTTTTFGSVGVFDNVLTLGPELYSKVVGSAEGLYSSTSQKEFALLVITNFVLTEGKYNGSTITFVGRSPIAQKVREMPVVGGSGVFRFARGFVESRTLSFDPQTRNNTIEYNVYVYHSEQIDNO:40咖啡植物(Coffeaarabica)中的EG261直系同源物的部分cDNA，等位基因AATGGCTAGAATTTCAGCATTTCCTCTCCTCACCATCTTCATCTTCATTTCCTGCATCACCGTTCAGGTCACTTATGGTGATGAAGAATACGAGTTTGTCAAAGCAATTGATCCAAAAGTAGCACTAAAGATGAAGAAAGAAAAGCTAAGCCTTTTCAGGTTCTACTGGCACGACATCCTCAGTGGCAAAGCACCTACTTCAGTCATGGTGGTGCCACCTCCGAAAACCAATTCATTCACTGCTTTTGGCCTGGTGAACATGATCGATAATCCTTTAACTGTCGGCCCGGAGCTCAGCTCAAAATTGGTCGGGAGGGCTCAAGGGTTTTATGCATCAGCTTCACAAGAGGAAATTGGCTTCTTGATGACCATGAACTTTGCTTTCACTGAAGGTAAGTATAATGGAAGCACCCTCACCGTGTTAGGGAGGAATCCGGTGCTCAAAAAGGTGAGGGAGATGCCGGTGGTCGGCGGAAGTGGGCTTTTCCGATTTGCTAATGGTTATGCTCAGGCATCAACCCACAACTTTGACCCCAAGACTGGTGATGCTGTTGTTGAGTACAACATCTATGTTATGCATTATTGAtgatcgtgggattgttttcccttagagatcggactttttcctttgcttttgttttctttttgtctcttggtatttctgctagaaattttgtggggcataatatatccaSEQIDNO:41咖啡植物(Coffeaarabica)中的EG261直系同源物的部分cDNA，等位基因BATGGCTAGAATTTCAGCATTTCCTCTCCTCACCATCTTCATCTTCATTTCCTGCATCACCGTTCAGGTCACTTATGGTGATGAAGAATACGAGTTTGTCAAAGCAATTGATCCAAAAGTAGCACTAAAGATGAAGAAAGAAAAGCTAAGCCTTTTCAGGTTCTACTGGCACGACATCCTCAGTGGCAAAGCACCTACTTCAGTCATGGTGGTGCCACCTCCGAAAACCAATTCATTCACTGCTTTTGGCCTGGTGAACATGATCGATAATCCGTTAACTGTTGGCCCGGACCTCAGCTCAAAATTGGTCGGGAGGGCTCAAGGGTTTTATGCATCAGCTTCACAGGAGGAAATTGGCTTCTTGATGACCATGAACTTTGCTTTCACTGAAGGTAAGTATAATGGAAGCACCCTCACCGTGTTAGGGAGGAATCCGGTGCTCAAAAAGGTGAGGGAGATGCCGGTAGTCGGCGGAAGTGGGCTTTTCCGATTTGCTAATGGTTATGCTCAGGCATCAACCCACAACTTTGACCCCAAGACTGGTGATGCTGTTGTTGAGTACAACATCTATGTTATGCATTATTGATGAtcgtgggattgttttcccttagagatcggactttttcctttgcttttgttttctttttgtctcttggtatttctgctagaaattttgtggggcataatatatccaSEQIDNO:42栽培辣椒(“觀賞性”辣椒)中的EG261直系同源物的部分cDNAaatctacttccATGGCCAAACTAATACTCCAAATCTTCTCCATTTCCGTTCTCTATTCACTGGTAGCCTTTCCAGCCACGGGAGAAGAAGATCATATTTTTGGAAAATCCATAAATGAAAAGTCCATGAGGCTAAAAAGGGAAAAACTCAGCCATTTCAGATTTTATTGGCACGACGTCCTCAGTGGCTCCAAACCAACATCTATGATAATTATCCCACCTCCCAAAAATACTACCACAGGCTTTGGCCAAATGAATATGATAGATAATGCCCTAACCTTAGGACCAGAGCTGAGTTCCAGGATAGTTGGAAGGGCACAAGGGTTTTACGCTGCTGCTTCACTAAATGATGTTGGCTTAATGATGGTCATGAACTTTGCTTTTATTGAAGGAAAATATAATGGGAGCACCTTCACTATACTTGGACGAAATCCGGTATTTGAGAAGGTGAGAGAGATGGCCGTGATCGGCGGCAGTGGGCTTTTCCGATTTGCTAGAGGATATGTTCAGGCTAGTACTCATTCATTGGATTTCAAAACTGGCGATGCTACTGTTCAGTATGATGCCTATGTTTTGCATTATTGAagtttactaatattatatatcactctaatcggctagctggcttttaattaataattatgtcgSEQIDNO:43SEQIDNO:40編碼的EG261多肽，咖啡植物(Coffeaarabica)中的EG261直系同源物，等位基因A，MARISAFPLLTIFIFISCITVQVTYGDEEYEFVKAIDPKVALKMKKEKLSLFRFYWHDILSGKAPTSVMVVPPPKTNSFTAFGLVNMIDNPLTVGPELSSKLVGRAQGFYASASQEEIGFLMTMNFAFTEGKYNGSTLTVLGRNPVLKKVREMPVVGGSGLFRFANGYAQASTHNFDPKTGDAVVEYNIYVMHYSEQIDNO:44SEQIDNO:41編碼的EG261多肽，咖啡植物(Coffeaarabica)中的EG261直系同源物，等位基因BMARISAFPLLTIFIFISCITVQVTYGDEEYEFVKAIDPKVALKMKKEKLSLFRFYWHDILSGKAPTSVMVVPPPKTNSFTAFGLVNMIDNPLTVGPDLSSKLVGRAQGFYASASQEEIGFLMTMNFAFTEGKYNGSTLTVLGRNPVLKKVREMPVVGGSGLFRFANGYAQASTHNFDPKTGDAVVEYNIYVMHYSEQIDNO:45SEQIDNO:42編碼的EG261多肽，栽培辣椒(“觀賞性”辣椒)中的EG261直系同源物MAKLILQIFSISVLYSLVAFPATGEEDHIFGKSINEKSMRLKREKLSHFRFYWHDVLSGSKPTSMIIIPPPKNTTTGFGQMNMIDNALTLGPELSSRIVGRAQGFYAAASLNDVGLMMVMNFAFIEGKYNGSTFTILGRNPVFEKVREMAVIGGSGLFRFARGYVQASTHSLDFKTGDATVQYDAYVLHYSEQIDNO:46玉米中EG261直系同源物的部分cDNA，GenBankNM_001156097accacacgtacgcccacaccagataatacactacagcacagcaccgacaacacctctcaagtaacccagcaggcaccATGGCCGCCGCCGTGCCCCTCCTCCTCCTCCTGCTACTGCCAACGACCCTGATGGCCGCGTCGGCGGCGTCCGGCGGCGAGAAGAGCACGCACATCAAGCTGTACTGGCACGACGTGGTGAGCGGGCCGAGCCCGACGGCGGTGCCGGTGGCGCAGGCGGCGGTGACCAACACCTCCAAGACCGCCTTCGGCATGGTGGTGGTGATCGACGACCCGCTGACCGAGGGCCCCGACCTCAAGTCCTCCAAGCCGCTCGGCCGCGCGCAGGGCACCTACGTCGGCGCGGGCAAGGACGAGCTCTCCCTGATGATGAACATGAATTTCGTGTTCCAGGCCGGCGAGTACAACGGCAGCACCGTCGCCATCATGGGCCGGAACGCCGTGTTCGACGCCGTCCGCGAGATGGCCGTCGTGGGCGGCACCGGCGCGTTCAGGATGGCGCGCGGGTACGCGCAGGCCCGCACGCACACCTTCGACCTCAACACCGGCGACGCCACCGTCGAGTACAACCTCTACATCAAGCACTAGctagctagcccatcggctttgtgtttctgattgttggtgctcatatatgaacacgatcgaactccataattgtcttgtgagctcaatttgtgccactggcttttgcagttttggtgaaaaagaagagggtaattaaaggacgatagcttcggtcgttgtaagctgacttcgatttaacttgcacaatgattgaggacttaaagaataaagatagtaatagactttgtttatctgatcaaaaaaaaaaaaaaaaSEQIDNO:47高粱中EG261直系同源物的部分cDNA，GenBankCD430191aaaaaaaaccaccaccacccatcgccATGGCCACCACCACGCTCTTCCTCCTCCTCTGCGCCGCCGCGGCACTCGCATCAGCGGCAGCCGCCGCCGACGACACCGGGTTCACGACCTTCAAGCTCTACTTCCACGACATCGTGGCGGGGACGTCGTCCCCAACCGCGGTGCGGATCGCGCAGGCGGCGTCGTCCAACACCTCCTCCACCTCCTTCGGCGCCGTGGTGGCCATCGACGACCCTCTCACCACGGGGCCCACGCGGTCGTCCGGCACCGAGATCGGCCGCGCCCAGGGCACCTACACGTTCGCGGACCAGACCACGTTCGGCCTCCTCATGGTGATGAACTTCGTGTTCACCGCCGGCGACCACAACGGCAGCACGCTCTCCATCCTCGGCCGGAACGAGGTGCTCACCGACGTCCGCGAGATGAGCATCGTCGGCGGCAGCGGAAAGTTCCGCATGGCCAAGGGCTATGTCCAGGCGCACACCATTGATTCCGGCGCCACCACCGGGGAGACCGTCGTCCAGTACACCGTCAACGTCAAGACGCCCTAGctagcttagttggtttcttgctccggccggccgggggcctgctggtgctgccatggcttgttgtattgtgtgcgtctccggcagctttgtacacacctgcttttgccgttcttcggtgttagtacatgacatgacatgtggtagattgagatttcagatcgactcgatcttcatcactattgagcgggatttatttggatttgcSEQIDNO:48大米中EG261直系同源物的部分cDNA，GenBankCT835590GAGACGACGGCGACGACGACGCACATCAAGGTGTACTGGCACGACGTGGTGAGCGGGCCGAGCCCGACGGCGGTGCAGGTGGCGAGGGCGGCGACGACCAACTCGTCGGCGAGCTTCTTCGGCGCCGTGGTGGTGATCGACGACCCGCTGACGTCGGGCCCCGACCTGAACGCCTCGTCGCCGGTGGGCCGCGCCCAGGGCACCTACGTCAGCGCCGGCAAGGACACGGTGGCGCTGCTCATGAACATGAACTTCGTCTTCCAGTCCGGCAGGTACAACGGCAGCACCGTCGCCATCATGGGCCGCAACGAGGTCTTCGCCGCCGTCCGCGAGATGGCCGTCGTCGGCGGCACCGGCGTCTTCCGGTGGGCCCGCGGCTACGCCCAGGCCCGGACCCACACCTTCGACATGAAGACCGGCGACGCCACCGTTGAGTACAACCTCTACATCAACCACTGAactagtcatctttctcatgagttttttttttaccttttcagaaattatggatttagttaatagttaatttttacttagcaccaaataattgatgattaatcttgcttggctSEQIDNO:49小麥中EG261直系同源物cDNA，GenBankBJ260151aagggaaatcATGGCCTCTGCCGTGCTCTTCGTCCTCCTCGCCCTGGCCACCATGCAACCGCAGACCGCGTCGTCCCAGAAGGAGACGCACCTCAAGGTGTACTGGCACGACGTGGTGAGCGGACCGGACCCGACGTCAGTGCCGGTGGCGCGCGCGACCACGACCAACACCTCCAAGACAGCCTTCGGCGTCGTCATGGTCATGGACAACTCACTCACCGAGGGGCCGAGCCTCAACTCATCCAGGCTCATGGGCCGCGCCCAGGGCACCTACATCGCCGCCGGCAAGGACCAGCTGGCGCTGCTCATGCTCATGAACTTCCTTTTCACCGCCGGCAAGTACAACGGCAGCAGCGTCGCCATTATGGGTCGCAACGCCGTGTTCACCGAGGTCCGCGAGATGGCTGTCGTCGGCGGTACCGGCGTTTTCAGGTGGGCTCCAGGGTACGCGCAGGCCAGGACGCACACCTTGGACCTCAAGACCGGCGACGCCACCGTTGAGTACAACGTATTCATCATGCACTAGtcSEQIDNO:50大麥中EG261直系同源物的部分cDNA，GenBankAK373627ggactactcgacagaaaatccATGGCCTCTGCAGCGCTCTTCTTTGTCCTCCTCGCCCTGGCCACAATGCTGCCGCAGACCGCGTCGTCCGAGAAGGAGACGCACCTCAAGGTGTACTGGCACGACGTGGTGAGCGGCCCGAACCCGACGTCGGTGCCGGTGGCGCGTGCGGCCACGACCAACACCTCCAAGACAGCCTTCGGCGTCGTCATGGTCATCGACAACCCACTCACCGAGGGGGGCAGCCTCAACTCATCCAGGCTCATGGGCCGCGCCCAGGGCACCTACATCGCCGCCGGCAAGGACCAGCTGGCGCTGCTCATGCTCATGAACTTCGTCTTCACTGCCGGCGAGTACAACGGCAGCAGCGTCGCCATTATGGGTCGCAACGCCGTGTTCACCGAGGTCCGCGAGATGGCTGTCGTCGGCGGTACCGGCGTTTTCAGGTGGGCTCGTGGGTACGCGCAGGCCAGGACGCACACCTTGGACCTCAAGACCGGCGACGCCACCGTTGAGTACAAAGTATTCGTCATGCACTAGtcgtctcggccgtggtcacattttaccaggacttttgtatacactcaagttacaagaataatttatttatttttgcggatgaagaataaatttatttatatgcgttacttacggaaaacttttctcacaattcgtgtgtgtgtcattcacaattgatggtgctgccgtttaatattgatattgtattattgtSEQIDNO:51預(yù)測(cè)的由玉米直系同源物SEQIDNO:46編碼的EG261多肽MAAAVPLLLLLLLPTTLMAASAASGGEKSTHIKLYWHDVVSGPSPTAVPVAQAAVTNTSKTAFGMVVVIDDPLTEGPDLKSSKPLGRAQGTYVGAGKDELSLMMNMNFVFQAGEYNGSTVAIMGRNAVFDAVREMAVVGGTGAFRMARGYAQARTHTFDLNTGDATVEYNLYIKHSEQIDNO:52預(yù)測(cè)的由高粱直系同源物SEQIDNO:47編碼的EG261多肽MATTTLFLLLCAAAALASAAAAADDTGFTTFKLYFHDIVAGTSSPTAVRIAQAASSNTSSTSFGAVVAIDDPLTTGPTRSSGTEIGRAQGTYTFADQTTFGLLMVMNFVFTAGDHNGSTLSILGRNEVLTDVREMSIVGGSGKFRMAKGYVQAHTIDSGATTGETVVQYTVNVKTPSEQIDNO:53預(yù)測(cè)的由大米直系同源物SEQIDNO:48編碼的EG261多肽ETTATTTHIKVYWHDVVSGPSPTAVQVARAATTNSSASFFGAVVVIDDPLTSGPDLNASSPVGRAQGTYVSAGKDTVALLMNMNFVFQSGRYNGSTVAIMGRNEVFAAVREMAVVGGTGVFRWARGYAQARTHTFDMKTGDATVEYNLYINHSEQIDNO:54預(yù)測(cè)的由小麥直系同源物SEQIDNO:49編碼的EG261多肽MASAVLFVLLALATMQPQTASSQKETHLKVYWHDVVSGPDPTSVPVARATTTNTSKTAFGVVMVMDNSLTEGPSLNSSRLMGRAQGTYIAAGKDQLALLMLMNFLFTAGKYNGSSVAIMGRNAVFTEVREMAVVGGTGVFRWAPGYAQARTHTLDLKTGDATVEYNVFIMHSEQIDNO:55預(yù)測(cè)的由大麥直系同源物SEQIDNO:50編碼的EG261多肽MASAALFFVLLALATMLPQTASSEKETHLKVYWHDVVSGPNPTSVPVARAATTNTSKTAFGVVMVIDNPLTEGGSLNSSRLMGRAQGTYIAAGKDQLALLMLMNFVFTAGEYNGSSVAIMGRNAVFTEVREMAVVGGTGVFRWARGYAQARTHTLDLKTGDATVEYKVFVMHSEQIDNO:56棉(Gossypiumhirsutum)中的EG261直系同源物部分cDNA，品種FJ600364ATGGCTAAACTTTCAGAAAACACCCTAGCTGCCCACTTCATCTTCACCATTTTCATCGTTTCAGCTTTAGCTGAAAACGGCAGTAGCTTCGCGAGAACCATGGACAAGAAGGTGTTGGGGATGAAGAAGGAAAAGCTCAGCCACTTTAGGCTATACTGGCACGACATTGTTGGCGGGAAAAACGCGACGGCGGTTCCGGTGGTTTTCCCATCGAGGAATTCAACGACGGCGTTCGGTATGATCAGTGTAATAGACGATCCTTTAACGATGAGACCTGAATTAAGTTCGAAAATGGTGGGAAGAGCACAAGGGTTTTACTCGGCGGCGTCACAACAAGAAGTAGGATTGTTGATGGCGATGAATTTTGCTTTTATGGAAGGGAAATATAATGGGAGTACGATAACGATATTGGGGAGGAACACGGTGTTTTCAAAGGCGAGGGAAATGCCGGTGATCGGCGGTAGTGGACTATTTAGGTTTGCTAGAGGGTATGTTGAAGCTAGAACGCATCTTTTTGATCCTGCTACTGGTGATGCTGTGGTTCAGTATGATTGTTATGTTATGCATTATTGASEQIDNO:57由棉(Gossypiumhirsutum)直系同源物SEQIDNO:56編碼的EG261多肽，品種FJ600364MAKLSENTLAAHFIFTIFIVSALAENGSSFARTMDKKVLGMKKEKLSHFRLYWHDIVGGKNATAVPVVFPSRNSTTAFGMISVIDDPLTMRPELSSKMVGRAQGFYSAASQQEVGLLMAMNFAFMEGKYNGSTITILGRNTVFSKAREMPVIGGSGLFRFARGYVEARTHLFDPATGDAVVQYDCYVMHYSEQIDNO:58棉(Gossypiumhirsutum)中的EG261直系同源物部分cDNAEST，品種FJ600365ATGGCTAGGATTCCTCTTCTCTTAGCTTCCAAATTCATCTTCTTATCCATTTTATCCTCCTCAGGCGTCATCCGATGCACCCGAGGCGAAAACAATGACGATCATGGCTTCATCCAGAGCCTTGACCGAGAGTCGATGGGCTTAAAAAAAGAAAAGCTAAGTCACTTTCGCATCTACTGGCACGACATTGTTAGTGGCCGCAATGCTACGTCGATACGAGTGGTTCGACCTTCTAACGCATCGGTAACAGGGTTCGGAATAATCAACATGATCGACAATCCATTAACCTTAGGGCCGAACCTAAGCTCGAAACTAGTGGGAAGAGCACAAGGGTTCTACGCACTCTCGTCACAAGAAGAAGTGGGATTGTTGATGTCGATGAACTTTGCTTTCACGGAAGGGAAATACAATGGTAGCACGATCACAGTGTTGGGGAGAAACCCAGTTTTCAACAAAGTGAGGGAAATGCGGGTGATCGGAGGCAGCGGACTTTTCCGATTCGCCCGAGGCTATGTTCAAGCAAGAACTAATACATTAAACTTGACAACCGGAGATGCCATTGTTGAATACACTTGTTATGTGATGCATTATTGASEQIDNO:59由SEQIDNO:58編碼的EG261多肽，棉(Gossypiumhirsutum)中的直系同源物，品種FJ600365MARIPLLLASKFIFLSILSSSGVIRCTRGENNDDHGFIQSLDRESMGLKKEKLSHFRIYWHDIVSGRNATSIRVVRPSNASVTGFGIINMIDNPLTLGPNLSSKLVGRAQGFYALSSQEEVGLLMSMNFAFTEGKYNGSTITVLGRNPVFNKVREMRVIGGSGLFRFARGYVQARTNTLNLTTGDAIVEYTCYVMHYSEQIDNO:60收集自非洲的猴尾(Heliotropiumcurassavicum)中的EG261直系同源物中的部分cDNAgctctaaccaccataatcATGGCTACCAAATTCCTCTTATCGTTCCTTTTCATCTCCTGCTATGTCCTCTCCATCTCAGCAGACAAAGAAACAGGTTTCGTGGGCCCAGTTGATCCTAAGTCCGTAAGCTACAAGAAGAAGCACACATTTAGCCACTTCAGGTTCTATTGGCACGAAATCTTCAGTGGAAGCAACCCCTCCTCTGTTAGAATCGTTCCACCACAACCAAAGTACAGCACAACCACCACCTTCGGTTCTGTGGGAGTATTCGACAACGTGTTGACCCTAGGACCCGAGTTGTACTCAAAGGTTGTGGGAAGTGCCGAAGGGTTGTACTCCTCTGCTTCACAAAAGGAGTTTGCCCTTTTGGTCATTATGAACTTCGCGTTGACCGAAGGGAAGTACAATGGTAGCACCATCACGTTCGTGGGGAGAAGCCCCATCGCTCAAAAGGTGAGAGAGATGCCTGTAATTGGTGGCACCGGTGTTTTCAGATTTGCCAGGGGCTATGTTGAGTCCTCGACCATCACCTTTGATCCTCAAACGAGGAACAACACAATTGAGTACAACGTCTATGTTTACCACTAAttgttgtgttttgaaggatgttgaggagtttgatcattgttgttcttgttgttcttgaaaaaggctttagtgtgccSEQIDNO:61SEQIDNO:60編碼的EG261多肽，猴尾中的直系同源物MATKFLLSFLFISCYVLSISADKETGFVGPVDPKSVSYKKKHTFSHFRFYWHEIFSGSNPSSVRIVPPQPKYSTTTTFGSVGVFDNVLTLGPELYSKVVGSAEGLYSSASQKEFALLVIMNFALTEGKYNGSTITFVGRSPIAQKVREMPVIGGTGVFRFARGYVESSTITFDPQTRNNTIEYNVYVYHSEQIDNO:62豌豆，品種RisinaDelTrasiorfino(采自佩魯賈，意大利)和窩棚豌豆(采自南卡羅萊納州，美國(guó))中的EG261直系同源物的部分cDNAgctctaaccaccataatcATGGCTACCAAATTCCTCTTATCGTTCCTTTTCATCTCCTGCTATGTCCTCTCCATCTCAGCAGACAAAGAAACAGGTTTCGTGGGCCCAGTTGATCCTAAGTCCGTAAGCTACAAGAAGAAGCACACATTTAGCCACTTCAGGTTCTATTGGCACGAAATCTTCAGTGGAAGCAACCCTTCCTCTGTTAGAATCGTTCCACCACAACCAAAGTACAGCACAACCACCACCTTCGGTTCTGTGGGAGTATTCGATAACGTGTTGACCCTAGGACCCGAGTTGTACTCAAAGGTTGTGGGAAGTGCCGAAGGGTTGTACTCCTCTGCTTCACAAAAGGAGTTTGCCCTTTTGGTCATTATGAACTTCGCGTTGACCGAAGGGAAGTACAATGGTAGCACCATCACGTTCGTGGGGAGAAGCCCCATCGCTCAAAAGGTAAGAGAGATGCCTGTGATTGGTGGCACCGGTGTTTTCAGATTTGCCAGGGGCTATGTTGAGTCCTCGACCATCACCTTCGATCCTCAAACGAGGAACAACACAATTGAGTACAACGTCTATGTTTACCACtaattgttgtgttttgaaggatgttgaggagtttgatcattgttgttcttgaaaaaggctttagtgtgccSEQIDNO:63由SEQIDNO:62編碼的EG261多肽，豌豆、品種RisinaDelTrasiorfino(采自佩魯賈，意大利)和窩棚豌豆(采自南卡羅萊納州，美國(guó))中的直系同源物MATKFLLSFLFISCYVLSISADKETGFVGPVDPKSVSYKKKHTFSHFRFYWHEIFSGSNPSSVRIVPPQPKYSTTTTFGSVGVFDNVLTLGPELYSKVVGSAEGLYSSASQKEFALLVIMNFALTEGKYNGSTITFVGRSPIAQKVREMPVIGGTGVFRFARGYVESSTITFDPQTRNNTIEYNVYVYHSEQIDNO:64棉(Gossypiumhirsutum)中分離的EG261直系同源物cDNAcgtgcagaagATGGCTAGGATTCCTCTTCTCTTAGCTTCCAAATTCATCTTCTTATCCATTTTATCCTCCTCAGGCGTCATCCGATGCACCCGAGGCGAAAACAATGACGATCATGGCTTCATCCAGAGCCTTGACCGAGAGTCGATGGGCTTAAAAAAAGAAAAGCTAAGTCACTTTCGCATCTACTGGCACGACATTGTTAGTGGCCGCAATGCTACGTCGATACGAGTGGTTCGACCTTCTAACGCATCGGTAACAGGGTTCGGAATAATCAACATGATCGACAATCCATTAACCTTAGGGCCGAACCTAAGCTCGAAACTAGTGGGAAGAGCACAAGGGTTCTACGCACTCTCGTCACAAGAAGAAGTGGGATTGTTGATGTCGATGAACTTTGCTTTCACGGAAGGGAAATACAATGGTAGCACGATCACAGTGTTGGGGAGAAACCCAGTTTTCAACAAAGTGAGGGAAATGCGGGTGATCGGAGGCAGCGGACTTTTCCGATTCGCCCGAGGCTATGTTCAAGCAAGAACTAATACATTAAACTTGACAACCGGAGATGCCATTGTTGAATACACTTGTTATGTGATGCATTATTGAatgtgtgacccatttgctttgcattattataaagttaaatttgctttaatcatSEQIDNO:65棉中EG261直系同源物的分離的編碼序列ATGGCTAGGATTCCTCTTCTCTTAGCTTCCAAATTCATCTTCTTATCCATTTTATCCTCCTCAGGCGTCATCCGATGCACCCGAGGCGAAAACAATGACGATCATGGCTTCATCCAGAGCCTTGACCGAGAGTCGATGGGCTTAAAAAAAGAAAAGCTAAGTCACTTTCGCATCTACTGGCACGACATTGTTAGTGGCCGCAATGCTACGTCGATACGAGTGGTTCGACCTTCTAACGCATCGGTAACAGGGTTCGGAATAATCAACATGATCGACAATCCATTAACCTTAGGGCCGAACCTAAGCTCGAAACTAGTGGGAAGAGCACAAGGGTTCTACGCACTCTCGTCACAAGAAGAAGTGGGATTGTTGATGTCGATGAACTTTGCTTTCACGGAAGGGAAATACAATGGTAGCACGATCACAGTGTTGGGGAGAAACCCAGTTTTCAACAAAGTGAGGGAAATGCGGGTGATCGGAGGCAGCGGACTTTTCCGATTCGCCCGAGGCTATGTTCAAGCAAGAACTAATACATTAAACTTGACAACCGGAGATGCCATTGTTGAATACACTTGTTATGTGATGCATTATTGASEQIDNO:66Glycinepescadrensis中EG261cDNASEQIDNO.5的相應(yīng)mRNA序列auaaauucuugcauuaauucaucacuuucaucacccaauccauuuccucuaauuaacacccaccaaaaccAUGGCUUCCCACUUCCUCAAAUCCCUCCUUCUCCUCUCCACCUAUGCCCUCACCAUCUCAGCAGAAUACACAGGCUUCGUGGGCACACUAGACCCAAAGUCCAUAGGCAUACACCACAAGAAAACCCUAAACCACUUCAGGUUCUACUGGCACGAAGUCUUCAGCGGAGAAAACCCCACAUCGGUUAGAAUCAUUCCCUCACUCCCCAAAUACAACACAACCACAACCUUCGGUUCCGUUGGAAUCUCUGACAACGCUUUAACCGUGGGACCUGAGGUGUACUCCAAGGUUGUCGGAAAAGCCGAGGGCUUGUUUGUCUCCACGUCACAAACGCAGUUUGACCUGUUACUGAUUUACAACUUCGCGUUGACCCAAGGGAAGUACAACGGCAGCACCAUCACGUUCACGGGGAGGAGCCCCCUCUCGGAGAAGGUGAGGGAGCUGCCCAUUGUAGGUGGCAGUGGGGUCUUCAAAUUUUCCACUGGGUAUGUUGAGUCUAGGACGCUAAGUUUUGAUCCCCAAACGAGGAAUAACACGGUUCAGUUCGACGUGUAUAUUUACUAUugaugauuauugaauguguuuuuuccauguugauguguuauagcuuugguaugugucacuuaguuucua當(dāng)前第1頁(yè)1 2 3