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      一種提高微球矩陣空間轉(zhuǎn)錄組捕獲面積的方法及其應(yīng)用與流程

      文檔序號:40400918發(fā)布日期:2024-12-20 12:24閱讀:來源:國知局

      技術(shù)特征:

      1.一種提高微球矩陣空間轉(zhuǎn)錄組捕獲面積的方法,其特征在于,所述方法包括:

      2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的提高微球矩陣空間轉(zhuǎn)錄組捕獲面積的方法,其特征在于,所述微球矩陣捕獲芯片的面積為0.25?cm2~225?cm2;

      3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的提高微球矩陣空間轉(zhuǎn)錄組捕獲面積的方法,其特征在于,所述組織透化處理的組織透化液含有胃蛋白酶、tritonx-100或hcl中至少一種;所述組織透化液中胃蛋白酶質(zhì)量百分比為0.01%~1%;所述組織透化液中tritonx-100的濃度為0.1~2?mm;所述組織透化液中hcl的濃度為0.1~1?m;

      4.權(quán)利要求1-3任一項(xiàng)所述的提高微球矩陣空間轉(zhuǎn)錄組捕獲面積的方法在構(gòu)建空間轉(zhuǎn)錄組測序文庫中的應(yīng)用。

      5.一種構(gòu)建空間轉(zhuǎn)錄組測序文庫的方法,其特征在于,所述方法使用權(quán)利要求1-3任一項(xiàng)所述的提高微球矩陣空間轉(zhuǎn)錄組捕獲面積的方法進(jìn)行捕獲,具體包括以下步驟:

      6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的構(gòu)建空間轉(zhuǎn)錄組測序文庫的方法,其特征在于,步驟(1)包括:將組織切片貼在微球矩陣捕獲芯片上進(jìn)行固定及染色處理,其中所述微球矩陣捕獲芯片帶有mrna捕獲探針。

      7.根據(jù)權(quán)利要求5所述的構(gòu)建空間轉(zhuǎn)錄組測序文庫的方法,其特征在于,步驟(2)包括:將步驟(1)所得芯片放入所述組織透化液中于30~40℃孵育2~30?min,去除組織透化液并向微球矩陣捕獲芯片的孔內(nèi)加入0.1×~5×?ssc溶液。

      8.根據(jù)權(quán)利要求5所述的構(gòu)建空間轉(zhuǎn)錄組測序文庫的方法,其特征在于,步驟(3)包括:去除微球矩陣捕獲芯片孔內(nèi)的ssc溶液,將反轉(zhuǎn)錄和cdna一鏈合成的試劑加入孔內(nèi),于37~65℃孵育0.5~2?h;

      9.根據(jù)權(quán)利要求5所述的構(gòu)建空間轉(zhuǎn)錄組測序文庫的方法,其特征在于,步驟(5)包括:去除微球矩陣捕獲芯片孔內(nèi)的cdna二鏈合成的試劑,加入eb緩沖液進(jìn)行洗滌,將微球矩陣捕獲芯片分區(qū)后再加入koh,于20~30℃孵育2~10?min,用0.1~1?m?tris中和koh,對每個區(qū)域分別加入cdna擴(kuò)增試劑進(jìn)行pcr擴(kuò)增;

      10.一種空間轉(zhuǎn)錄組測序方法,其特征在于,所述空間轉(zhuǎn)錄組測序方法利用權(quán)利要求5-9任一項(xiàng)所述的構(gòu)建空間轉(zhuǎn)錄組測序文庫的方法構(gòu)建文庫,對每個分區(qū)進(jìn)行測序,按照分區(qū)的方式對測序結(jié)果進(jìn)行回溯整合,得到空間轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果。


      技術(shù)總結(jié)
      本發(fā)明涉及一種提高微球矩陣空間轉(zhuǎn)錄組捕獲面積的方法及其應(yīng)用。所述方法包括:進(jìn)行組織透化處理,使用微球矩陣捕獲芯片進(jìn)行捕獲,隨后進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄和cDNA一鏈合成、cDNA二鏈合成,將微球矩陣捕獲芯片進(jìn)行分區(qū),對每個區(qū)域解鏈以及cDNA擴(kuò)增,對擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行純化。本發(fā)明設(shè)計(jì)提高微球矩陣空間轉(zhuǎn)錄組捕獲面積的方法,將芯片進(jìn)行破碎分區(qū)或者使用雜交墊片設(shè)置分區(qū)進(jìn)行檢測,操作簡單易行,并不需要直接提高條形碼的種類,減少了擴(kuò)大微球池時(shí),合成微球引物的數(shù)量以及解碼探針的種類,有效節(jié)省成本,另外也無需更多的解碼輪次即可實(shí)現(xiàn)微球芯片的解碼,能減少解碼過程對捕獲芯片的損傷,有效提高了大尺寸空間轉(zhuǎn)錄組芯片捕獲的效率。

      技術(shù)研發(fā)人員:鄭洪坤,劉敏,張夢龍
      受保護(hù)的技術(shù)使用者:青島百創(chuàng)智能制造技術(shù)有限公司
      技術(shù)研發(fā)日:
      技術(shù)公布日:2024/12/19
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