專利名稱：小麥ssr標(biāo)記的發(fā)展的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
小麥SSR標(biāo)記的發(fā)展屬于分子生物學(xué)領(lǐng)域。
背景技術(shù)：
簡(jiǎn)單重復(fù)序列(SSR)即微衛(wèi)星(microsatellites)，是真核生物基因組中1_6個(gè)核 苷酸的串聯(lián)重復(fù)。由于它們?cè)趧?dòng)植物基因組中具有高新息量、多態(tài)性、共顯性、隨機(jī)分布和 孟德?tīng)栠z傳等優(yōu)點(diǎn)，使得它們成為一個(gè)豐富的遺傳標(biāo)記來(lái)源。

發(fā)明內(nèi)容
1、篩選序列數(shù)據(jù)庫(kù) 通過(guò)對(duì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)的查詢，Devos等首先對(duì)小麥SSR進(jìn)行了研究。他們將小麥儲(chǔ) 存蛋白的兩個(gè)微衛(wèi)星序列轉(zhuǎn)換成PCR標(biāo)記。這些標(biāo)記是基因組?；缘?，表現(xiàn)出高水平的 變異。 2、篩選克隆文庫(kù) R6der等用Acsl消化中國(guó)春小麥基因組DNA。構(gòu)建一個(gè)平均插入大小為lkb的入 噬菌體文庫(kù)，通過(guò)GT和GA篩選及測(cè)序，共分離到70個(gè)SSR。其中有25對(duì)引物能在中國(guó)春 基因組中擴(kuò)增出期望大小的片段。Ma等通過(guò)篩選克隆文庫(kù)和計(jì)算機(jī)軟件設(shè)計(jì)了 3對(duì)(TCTC) n SSR引物、16對(duì)(AC)n SSR引物、12對(duì)(AG)n SSR引物。此外他們還設(shè)計(jì)了一對(duì)來(lái)自一個(gè) 大麥隨機(jī)cDNA克隆的(AC)n SSR引物。Bryan等用六個(gè)不同的SSR序列:(GA) 16， (CA) 16， (CAA) 10， (GAA) 10， (AGG) 10， (ACG) 10 和(CAG、。，檢測(cè)了中國(guó)春小片段插入(300-500b)基因組文庫(kù)，分離到222個(gè)含SSR的克隆。 其中49個(gè)可從中國(guó)春中擴(kuò)增出預(yù)期大小PCR產(chǎn)物。R6der等從不同中國(guó)春小麥基因組入 噬菌體文庫(kù)中挑選1380個(gè)克隆進(jìn)行測(cè)序，并設(shè)計(jì)了 720個(gè)SSR引物對(duì)，其中294對(duì)有效。
Pestsova等通過(guò)篩選粗山羊草A噬菌體和質(zhì)粒文庫(kù)分離到含有GA和GT基 序的微衛(wèi)星，并開(kāi)發(fā)了 65對(duì)有功能的引物。Agrogene公司協(xié)調(diào)的國(guó)際小麥微衛(wèi)星協(xié)會(huì) (International WheatMicrosatellite Consortium,麗C)目前已有開(kāi)發(fā)了數(shù)百個(gè)微衛(wèi)星 標(biāo)記。Song等對(duì)小麥三核苷酸SSR基序特征的研究結(jié)果表明(TAA/ATT)n微衛(wèi)星是小麥基 因組中最豐富的SSR標(biāo)記來(lái)源。
3 、從EST中發(fā)展SSR標(biāo)記 小麥EST-SSRs是從小麥ESTs序列標(biāo)簽中開(kāi)發(fā)的一種新型SSR標(biāo)記，可以直接獲 得基因表達(dá)的信息，這使得對(duì)決定重要表型性狀的等位基因進(jìn)行直接鑒定成為可能。并且 它們可以充分利用現(xiàn)有測(cè)序數(shù)據(jù)，節(jié)省開(kāi)發(fā)成本。另外，EST-SSR具有較好的通用性，可以 有效彌補(bǔ)物種分子標(biāo)記不足，有利于構(gòu)建高密度遺傳圖譜。由于國(guó)際小麥族EST協(xié)作網(wǎng) (InternationalTriteace EST Cooperation, ITEC)的建立，小麥EST研究得到迅速發(fā)展。
權(quán)利要求
篩選序列數(shù)據(jù)庫(kù)通過(guò)對(duì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)的查詢，Devos等首先對(duì)小麥SSR進(jìn)行了研究。他們將小麥儲(chǔ)存蛋白的兩個(gè)微衛(wèi)星序列轉(zhuǎn)換成PCR標(biāo)記。這些標(biāo)記是基因組?；缘模憩F(xiàn)出高水平的變異。
2. 篩選克隆文庫(kù)R6der等用Acsl消化中國(guó)春小麥基因組DNA。構(gòu)建一個(gè)平均插入大小為lkb的A噬 菌體文庫(kù)，通過(guò)GT和GA篩選及測(cè)序，共分離到70個(gè)SSR。其中有25對(duì)引物能在中國(guó)春基 因組中擴(kuò)增出期望大小的片段。Ma等通過(guò)篩選克隆文庫(kù)和計(jì)算機(jī)軟件設(shè)計(jì)了 3對(duì)(TCTC)n SSR引物、16對(duì)(AC)n SSR引物、12對(duì)(AG)n SSR引物。此外他們還設(shè)計(jì)了一對(duì)來(lái)自一個(gè)大 麥隨機(jī)cDNA克隆的(AC)n SSR引物。Bryan等用六個(gè)不同的SSR序列(GA)16， (CA)16， (CAA)10， (GAA)10， (AGG)10， (ACG) 10和 (CAG、。，檢測(cè)了中國(guó)春小片段插入(300-500b)基因組文庫(kù)，分離到222個(gè)含SSR的克隆。其 中49個(gè)可從中國(guó)春中擴(kuò)增出預(yù)期大小PCR產(chǎn)物。R6der等從不同中國(guó)春小麥基因組入噬 菌體文庫(kù)中挑選1380個(gè)克隆進(jìn)行測(cè)序，并設(shè)計(jì)了 720個(gè)SSR引物對(duì)，其中294對(duì)有效。Pestsova等通過(guò)篩選粗山羊草A噬菌體和質(zhì)粒文庫(kù)分離到含有GA和GT基序 的微衛(wèi)星，并開(kāi)發(fā)了 65對(duì)有功能的引物。Agrogene公司協(xié)調(diào)的國(guó)際小麥微衛(wèi)星協(xié)會(huì) (International WheatMicrosatellite Consortium,麗C)目前已有開(kāi)發(fā)了數(shù)百個(gè)微衛(wèi)星 標(biāo)記。Song等對(duì)小麥三核苷酸SSR基序特征的研究結(jié)果表明(TAA/ATT)n微衛(wèi)星是小麥基 因組中最豐富的SSR標(biāo)記來(lái)源。
3. 從EST中發(fā)展SSR標(biāo)記小麥EST-SSRs是從小麥ESTs序列標(biāo)簽中開(kāi)發(fā)的一種新型SSR標(biāo)記，可以直接獲得 基因表達(dá)的信息，這使得對(duì)決定重要表型性狀的等位基因進(jìn)行直接鑒定成為可能。并且 它們可以充分利用現(xiàn)有測(cè)序數(shù)據(jù)，節(jié)省開(kāi)發(fā)成本。另外，EST-SSR具有較好的通用性，可以 有效彌補(bǔ)物種分子標(biāo)記不足，有利于構(gòu)建高密度遺傳圖譜。由于國(guó)際小麥族EST協(xié)作網(wǎng) (InternationalTriteace EST Cooperation, ITEC)的建立，小麥EST研究得到迅速發(fā)展。
全文摘要
簡(jiǎn)單重復(fù)序列(SSR)即微衛(wèi)星(microsatellites)，是真核生物基因組中1-6個(gè)核苷酸的串聯(lián)重復(fù)。由于它們?cè)趧?dòng)植物基因組中具有高信息量、多態(tài)性、共顯性、隨機(jī)分布和孟德?tīng)栠z傳等優(yōu)點(diǎn)，使得它們成為一個(gè)豐富的遺傳標(biāo)記來(lái)源。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK101760536SQ20081023857
公開(kāi)日2010年6月30日 申請(qǐng)日期2008年12月19日 優(yōu)先權(quán)日2008年12月19日
發(fā)明者李祥 申請(qǐng)人:李祥