專利名稱：一種遺傳性痙攣性截癱基因診斷芯片的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及一種基因診斷芯片，尤其是涉及一種遺傳性痙攣性截癱基因診斷芯片。
背景技術(shù)：
遺傳性痙攣性截癱(hereditaryspastic paraplegia, HSP 或 SPG)，又名家族性 Mrilmpell-Lorrain痙攣性截癱，是一類主要由皮質(zhì)脊髓束受損所引起的遺傳性神經(jīng)退行性疾病，具有明顯的臨床及遺傳異質(zhì)性。HSP可呈常染色體顯性遺傳(autosomal dominant hereditary spastic paraplegia, AD-HSP)、常染色體隱性遺傳(autosomal recessive hereditary spastic paraplegia, AR-HSP)、X 連鎖遺傳(X-linked hereditary spastic paraplegia, X-linked HSP)，某些病例呈散發(fā)。研究表明遺傳性痙攣性截癱是單個(gè)基因的病理性突變而引起的疾病。這是一組遺傳異質(zhì)性很強(qiáng)的疾病，可由不同基因的不同突變引起。因此，找尋及鑒定本病的致病基因及其突變類型不僅是了解、闡明本病發(fā)病的必須途徑，同時(shí)也是建立本病的基因診斷和產(chǎn)前診斷的先決條件。在已了解本病的致病基因及其突變類型之后，可以建立起基于這一基因及其突變類型的診斷技術(shù)，以期對(duì)臨床上可疑的患者進(jìn)行確鑿的基因水平的診斷，還可以通過羊水及臍血的檢測(cè)，判斷胎兒是否攜帶有這一基因的突變，從而預(yù)測(cè)胎兒出生后是否會(huì)患有這一疾病，并將這一信息提供給孕婦及其家人，從而決定繼續(xù)或終止妊娠。由于基因的突變是本病發(fā)生的原因，從長(zhǎng)遠(yuǎn)看，對(duì)突變的鑒定使我們有可能使用糾正突變的基因療法或其他針對(duì)這一突變的生物學(xué)效應(yīng)的方法去治療本病。迄今為止， AD-HSP已定位17種基因亞型，AR-HSP已定位21種基因亞型。其突變類型包括點(diǎn)突變、插入突變、重排突變、缺失突變等多種類型，而點(diǎn)突變占有很重要的地位。由于遺傳性痙攣性截癱的臨床及遺傳高度異質(zhì)性，給基因檢測(cè)帶來巨大困難，且需要耗費(fèi)相當(dāng)大的人力和物力。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明要解決的技術(shù)問題是，克服現(xiàn)有技術(shù)的不足，提供一種耗資少，能方便、快速進(jìn)行篩查的遺傳性痙攣性截癱基因診斷芯片。本發(fā)明解決所述技術(shù)問題所采用的技術(shù)方案是
本發(fā)明之遺傳性痙攣性截癱基因診斷芯片共有96個(gè)突變點(diǎn)序列，包含57恭劃7個(gè)， SPG4 20 ^,SPG6 1 個(gè)，57 Y今’SPGlO 5 ^,SPG31 ~々’SPG42 Y 今’ SPG5 5 ^,SPG7 6 個(gè)，SPGll 21 個(gè)，SPG15 4 個(gè)，SPG17 5 個(gè)，SPGl 12 個(gè)，SPG2 4 個(gè)。本發(fā)明之遺傳性痙攣性截癱基因診斷芯片96個(gè)突變點(diǎn)序列的設(shè)計(jì)步驟(1) 利用 pubmed 數(shù)據(jù)庫(http//www. ncbi. nlm. nih. gov/pubmed)禾口萬方數(shù)據(jù)庫(http:// www. wanfangdata. com. cn)在線查閱遺傳性痙攣性截癱疾病基因相關(guān)文獻(xiàn)，檢索詞分別為 "hereditary spastic paraplegia OR SPG”和“痙攣性截癱 OR HSP OR SPG”，選擇 HSP 各基因型中已報(bào)導(dǎo)的點(diǎn)突變(錯(cuò)義突變或剪切位點(diǎn)突變)位點(diǎn)，UCSC Genome Bioinformatics 網(wǎng)站(http://genome.ucsc. edu)在線查詢相應(yīng)序列，突變點(diǎn)上下游各包含60個(gè)堿基，突變位點(diǎn)等位基因用“/”分開(TAG[T/G]ACG)，將每個(gè)位點(diǎn)編號(hào)，輸入序列、染色體定位信息， 以EXCEL文檔保存；(2)將初步選定的點(diǎn)突變位點(diǎn)的序列文檔，用芯片設(shè)計(jì)軟件(Asaay Design Tool, ADT)進(jìn)行評(píng)分，得到評(píng)分文件，包含設(shè)計(jì)成功率、最小等位基因頻率(minor allele frequencies. MAFs); (3)合分析各位點(diǎn)評(píng)分結(jié)果，除去錯(cuò)誤序列，選擇設(shè)計(jì)成功率評(píng)分大于0. 5的位點(diǎn)，進(jìn)入下一步分析；(3)選擇熱點(diǎn)突變，選擇的突變點(diǎn)，確保兩序列之間距離大于60bp，突變點(diǎn)上下游各包含60bp，以避免交叉，影響芯片質(zhì)量，最終確定96個(gè)突變點(diǎn)序列；(4)將SNPs資料交由Illumina公司制備成HSP GoldenGate Universal-32 BeadChips基因診斷芯片。本發(fā)明之遺傳性痙攣性截癱基因診斷芯片是在光纖微珠上固定能與突變點(diǎn)雜交的探針。 本發(fā)明之遺傳性痙攣性截癱基因診斷芯片，耗資少，能方便、快速的進(jìn)行篩查，由于有多位點(diǎn)，可以有效地減少因個(gè)體差異所引起的漏檢。


圖1為SPG3A基因c. 3060A突變位點(diǎn)的基因分型示意圖。
具體實(shí)施例方式以下結(jié)合具體實(shí)施例對(duì)本發(fā)明作進(jìn)一步詳細(xì)說明。 實(shí)施例本發(fā)明之遺傳性痙攣性截癱基因診斷芯片共有96個(gè)突變點(diǎn)序列，包含AD-HSP 44 個(gè)，AR-HSP 36 個(gè)，X-Iinked-HSP 16 個(gè)，其中 SPG3A 7 個(gè)，SPG4 20 個(gè)，SPG6 1 個(gè)，SPG錢 1 個(gè)，SPGlO 5 個(gè)，SPG31 4 個(gè)，SPG42 1 個(gè)，SPG5 5 個(gè)，SPG7 6 個(gè)，SPGll 21 個(gè)，SPG15 4 個(gè)， SPG17 5 個(gè)，SPGl 12 個(gè)，SPG2 4 個(gè)。本發(fā)明之遺傳性痙攣性截癱基因診斷芯片是在光纖微珠上固定能與突變點(diǎn)雜交的探針，所述探針的序列表為
編號(hào)I序列
1gtggtaactaacctggaagtgctgacaagcaaatgcctccatgggaagaactactgtcgayaggtcctctgtctgtatgatcttgccaaggtatgtgcc _aaggggtggggctcctctttct_
2gtaatttttttcaaactctttgtcaaaggattccccgttactactggtgatggagatgtawgaactgtgtatgttcttcaggaattataaagaagctga agctaaacttctggagtttcag
3ttagaacttaacagccttccatccaaagagacatgcgagaatagattggattggaaagagyaggagtcactaaactttttgattgggcgcctactggat _gatggctgtgtgcatgaagcaa_
4tgcatgggcaatataatgttctacagaaagatcatgccaagaccagtgatccaggaagatsatggaaaataatgcacatcagtgaacaagaggaaccca tagagcttaaatgtgtgtctgt
5taaatattattgcggatatagaatataataaatctaaactttttttcttagctttctatgrgaggattctcgtaacagcagcacaccaactgaaaagcc caaactgctcgctcttggtgaa
6ccattttgtatagctgtagtagggaggcattgcaaaagctcattgacgatcaagatatcastaagtatctacaggtggtctttcagcatatttaaattt gtgacattaccatgtagttaca
7tcctggtgttctttatgttaatttctttggttctttctcagatgtggaagagctgataccrgcattggatttactttgctcggcaattagagaaagtta ttctgaaccccaaagcaaacac
8gaactagatgaacatctgcaaaaaggagtgaacattttgactagctacattaatgaacttygaaccttcatgataaagtttccttggaagctaacagat gctatagatgaatatgatgtac
權(quán)利要求
1.一種遺傳性痙攣性截癱基因診斷芯片，其特征在于，遺傳性痙攣性截癱基因診斷芯片共有96個(gè)突變點(diǎn)序列，包含AD-HSP 44個(gè)，AR-HSP 36個(gè)，X-Iinked-HSP 16個(gè)，其中 SPG3A 7 個(gè)，SPG4 20 個(gè)，SPG6 1 個(gè)，SPG衫 1 個(gè)，SPGlO 5 個(gè)，SPG31 4 個(gè)，SPG42 1 個(gè)，SPG5 5 個(gè)，SPG7 6 個(gè)，SPGll 21 個(gè)，SPG15 4 個(gè)，SPG17 5 個(gè)，SPGl 12 個(gè)，SPG2 4 個(gè)。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的遺傳性痙攣性截癱基因診斷芯片，其特征在于，采用 Illumina GoldenGate高通量基因芯片，檢測(cè)步驟包括制作SUD板；沉淀SUD板；重懸SUD 板；制作ASE板；加MEL ；PCR前期工作；PCR產(chǎn)物的結(jié)合；芯片前樣品準(zhǔn)備；芯片雜交；清洗芯片；芯片掃描及數(shù)據(jù)讀?。粩?shù)據(jù)分析。
全文摘要
一種遺傳性痙攣性截癱基因診斷芯片，該基因診斷芯片共有96個(gè)突變點(diǎn)序列，包含AD-HSP44個(gè)，AR-HSP36個(gè)，X-linked-HSP16個(gè)，其中SPG3A7個(gè)，SPG420個(gè)，SPG61個(gè)，SPG81個(gè)，SPG105個(gè)，SPG314個(gè)，SPG421個(gè)，SPG55個(gè)，SPG76個(gè)，SPG1121個(gè)，SPG154個(gè)，SPG175個(gè)，SPG112個(gè)，SPG24個(gè)。其檢測(cè)步驟包括制作SUD板；沉淀SUD板；重懸SUD板；制作ASE板；加MEL；PCR前期工作；PCR產(chǎn)物的結(jié)合；芯片前樣品準(zhǔn)備；芯片雜交；清洗芯片；芯片掃描及數(shù)據(jù)讀取；數(shù)據(jù)分析。本發(fā)明之遺傳性痙攣性截癱基因診斷芯片，耗資少，能方便、快速進(jìn)行篩查。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK102286629SQ20111026565
公開日2011年12月21日 申請(qǐng)日期2011年9月8日 優(yōu)先權(quán)日2011年9月8日
發(fā)明者杜鵑, 沈璐, 羅瑩瑩 申請(qǐng)人:中南大學(xué)湘雅醫(yī)院