與多囊卵巢綜合征相關(guān)的snp標(biāo)記的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明提供與PCOS相關(guān)的SNP標(biāo)記、用于檢測所述SNP標(biāo)記的探針、芯片、引物、試劑盒和方法。另外，本發(fā)明還提供所述探針、芯片和引物在預(yù)測和診斷PCOS風(fēng)險(xiǎn)中的應(yīng)用。
【專利說明】與多囊卵巢綜合征相關(guān)的SNP標(biāo)記

【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明涉及與多囊卵巢綜合征（PCOS)相關(guān)的SNP(單核苷酸多態(tài)性）標(biāo)記。本發(fā) 明進(jìn)一步涉及用于檢測所述SNP的探針、芯片、引物和方法。另外，本發(fā)明涉及所述探針、芯 片和引物在預(yù)測和診斷PCOS風(fēng)險(xiǎn)中的應(yīng)用。

【背景技術(shù)】
[0002] PCOS是一種表現(xiàn)為存在以下兩種或多種特征的臨床癥狀：長期排卵過少或排卵 停止、雄激素過多和多囊卵巢^作為無排卵性不孕癥的最常見原因，PCOS影響了 6-8%的 育齡婦女2Λ另外，PCOS與重要的內(nèi)分泌代謝紊亂和廣泛范圍的不利后遺癥（包括血脂障 礙、動(dòng)脈粥樣硬化、胰島素抵抗和2型糖尿?。┫嚓P(guān) 4'大約50%的患有PCOS的女性存在 胰島素抵抗。7在患有葡萄糖耐量降低（IGT)和糖尿病的女性中，約有20%被確認(rèn)在年輕 時(shí)患有PC0S 8_1Q。
[0003] PCOS的發(fā)病機(jī)制尚不完全清楚。人們早已認(rèn)識(shí)到了可遺傳傾向，但遺傳因素和環(huán) 境因素之間存在復(fù)雜的相互作用。已經(jīng)對至少70個(gè)候選基因進(jìn)行了關(guān)聯(lián)性研究，這些基因 主要涉及生殖激素、胰島素抵抗和慢性炎癥，例如，促卵泡激素受體（FSHR)、細(xì)胞色素 P450 家族IlA(CYPllA)、胰島素受體（INSR)和白細(xì)胞介素-6 (11^-6)1145;然而，沒有一個(gè)基因一 致地與PCOS相關(guān)聯(lián)16。


【發(fā)明內(nèi)容】

[0004] 本發(fā)明涉及與PCOS相關(guān)的SNP。具體地，本發(fā)明提供了與PCOS相關(guān)的SNP標(biāo)記。 此外，本發(fā)明提供了用于檢測所述SNP的探針、芯片、引物和方法。另外，本發(fā)明還涉及所述 探針、芯片和引物在預(yù)測和診斷PCOS風(fēng)險(xiǎn)中的應(yīng)用。
[0005] 本發(fā)明的一個(gè)方面提供SNP標(biāo)記，其核苷酸序列如下所示：SEQ ID NO. 1，其中，N 為C或T;SEQIDN0·2，其中，N為A或G;SEQIDN0·3，其中，N為C或T ;SEQIDN0·4， 其中，N 為 A 或 C ;SEQ ID NO. 5,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 6,其中，N 為 A 或 C ;SEQ ID NO. 7,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 8,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 9,其中，N 為 A 或 G ;SEQ ID NO. 10,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 11，其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 12,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 13,其中，N 為 A 或 G ;SEQ ID NO. 14,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 15,其 中，N 為 A 或 G ;SEQ ID NO. 16,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 17,其中，N 為 A 或 T ;SEQ ID NO. 18,其中，N 為 C 或 G ;SEQ ID NO. 19,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 20,其中，N 為 C 或 T ; SEQ ID NO. 21，其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 22,其中，N 為 A 或 G ;SEQ ID NO. 23,其中，N 為 A 或 G ;SEQ ID NO. 24,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 25,其中 N 為 A 或 G ;SEQ ID NO. 26,其 中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 27,其中，N 為 A 或 T ;SEQ ID NO. 28,其中，N 為 G 或 T ;SEQ ID N0·29，其中，N為A或G;SEQIDN0·30，其中，N為C或T;SEQIDN0·31，其中，N為A或G ; SEQ ID NO. 32,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 33,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 34,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 35,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 36,其中，N 為 A 或 G ;SEQ ID NO. 37,其 中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 38,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 39,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 40,其中，N 為 A 或 C ;SEQ ID NO. 41，其中，N 為 G 或 T ;SEQ ID NO. 42,其中，N 為 G 或 T ; SEQ ID NO. 43,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 44,其中，N 為 A 或 G ;或 SEQ ID NO. 45,其中， N為C或T。
[0006] 本發(fā)明的另一個(gè)方面提供用于檢測在本發(fā)明的SNP標(biāo)記的N位點(diǎn)處的基因型的探 針。
[0007] 本發(fā)明的又一個(gè)方面提供一種用于檢測在本發(fā)明的SNP標(biāo)記的N位點(diǎn)處的基因型 的芯片，其中，所述芯片包含本發(fā)明的一種或多種探針。
[0008] 本發(fā)明的又一個(gè)方面提供用于確定在本發(fā)明的SNP標(biāo)記的N位點(diǎn)處的基因型的引 物。
[0009] 本發(fā)明的又一個(gè)方面提供一種用于檢測在SNP標(biāo)記的N位點(diǎn)處的基因型的試劑 盒，其包含本發(fā)明的探針、芯片或引物。
[0010] 本發(fā)明的又一個(gè)方面提供本發(fā)明的引物、探針、芯片和試劑盒在制備用于預(yù)測或 診斷PCOS的試劑中的應(yīng)用。
[0011] 本發(fā)明的又一個(gè)方面提供本發(fā)明的引物、探針、芯片和試劑盒在預(yù)測或診斷PCOS 中的應(yīng)用。
[0012] 本發(fā)明的又一個(gè)方面提供一種基于SNP標(biāo)記預(yù)測或診斷PCOS的方法，其中，所述 方法包括確定在本發(fā)明的SNP標(biāo)記的N位點(diǎn)處的基因型。

【專利附圖】

【附圖說明】
[0013] 圖 I :GWAS meta-分析（GWAS meta-analysis)的全基因組 Manhattan 圖。通過 質(zhì)量控制的SNP標(biāo)記顯示為負(fù)IogltlP-值。水平實(shí)線表示KT5的P值。對于那些在以前的 GWAS中識(shí)別的并在此處重復(fù)的標(biāo)記，在50kb與PCOS相關(guān)的SNP內(nèi)的標(biāo)記被標(biāo)記成紅色，而 那些在當(dāng)前研究中首次識(shí)別的標(biāo)記，在50kb與PCOS相關(guān)的SNP內(nèi)的標(biāo)記被標(biāo)記成綠色。
[0014] 圖 2 :來自 GWAS I 的 3 個(gè)PCOS基因座（2ρ16·3、2ρ21 和 9q33.3)的區(qū)域圖。（a-c) 用作為基因組位置（hgl8)的函數(shù)的P值（以-Iogltl值計(jì)）繪制在GWAS中的通過質(zhì)量控制 措施的基因分型的SNP(a)2pl6. 3、（b)2p21、和（c)9q33. 3。在各組中，索引關(guān)聯(lián)SNP以菱形 表示。繪制估計(jì)的重組率（從HapMap得到）以反映局部LD結(jié)構(gòu)?；蜃⑨屓∽悦绹又?大學(xué)圣克魯斯分校基因組瀏覽器。LD區(qū)塊是從HapMap計(jì)劃獲得（發(fā)布22, CHB+JPT)。
[0015] 圖3A-3H :8個(gè)新發(fā)現(xiàn)PCOS基因座的區(qū)域圖。用作為基因組位置（NCBI Build 37)的函數(shù)的meta-分析P值（以-Iogltl值計(jì)）繪制通過質(zhì)量控制的基因分型和填補(bǔ)的 (imputed)SNP。在各組中，基因分型的SNP被繪制成圓，而填補(bǔ)的SNP被繪制成十字。索引 關(guān)聯(lián)SNP以紫色表示，P gwas^ta是初始數(shù)據(jù)集的合并結(jié)果，而Pamfeta是初始和后續(xù)的數(shù)據(jù) 集的合并結(jié)果，以菱形（對于索引SNP)或方形（對于這一區(qū)域的另一獨(dú)立SNP)表示。繪 制估計(jì)的重組率（從IOOOGenome ASI得到）以反映局部LD結(jié)構(gòu)?；蜃⑨屓∽悦绹又?大學(xué)圣克魯斯分?；蚪M瀏覽器。
[0016] 圖4A-4B :45個(gè)SNP標(biāo)記的PCR電泳圖。

【具體實(shí)施方式】
[0017] 如發(fā)明中所用，術(shù)語"單核苷酸多態(tài)性"或"SNP"是指當(dāng)在基因組序列中一個(gè)核苷 酸（例如，腺嘌呤（A)、胸腺嘧啶（T)、胞嘧啶（C)或鳥嘌呤（G))改變?yōu)榱硪粋€(gè)核苷酸時(shí)發(fā) 生的DNA序列變化或遺傳性變型。
[0018] 在本發(fā)明中，使用按照NCBI dbSNP數(shù)據(jù)庫的rs識(shí)別碼（identifier numbers)識(shí) 另Ij SNP。
[0019] 術(shù)語"基因型"指的是個(gè)體或樣品中所含的一個(gè)或多個(gè)基因的等位基因的描述。如 發(fā)明中所使用的，對個(gè)體的基因型和源自該個(gè)體的樣品的基因型沒有加以區(qū)別。術(shù)語"比值 比（odd ratio)"或"0R"是指具有所述標(biāo)記（多態(tài)性）的個(gè)體的患病可能性相對于沒有該 標(biāo)記（多態(tài)性）的個(gè)體的患病可能性的比率。
[0020] 在第一個(gè)方面，本發(fā)明提供SNP標(biāo)記，其核苷酸序列如下所示：SEQ ID NO. 1，其中， N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 2,其中，N 為 A 或 G ;SEQ ID NO. 3,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 4， 其中，N 為 A 或 C ;SEQ ID NO. 5,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 6,其中，N 為 A 或 C ;SEQ ID NO. 7,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 8,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 9,其中，N 為 A 或 G ;SEQ ID NO. 10,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 11，其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 12,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 13,其中，N 為 A 或 G ;SEQ ID NO. 14,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 15,其 中，N 為 A 或 G ;SEQ ID NO. 16,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 17,其中，N 為 A 或 T ;SEQ ID NO. 18,其中，N 為 C 或 G ;SEQ ID NO. 19,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 20,其中，N 為 C 或 T ; SEQ ID NO. 21，其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 22,其中，N 為 A 或 G ;SEQ ID NO. 23,其中，N 為 A 或 G ;SEQ ID NO. 24,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 25,其中 N 為 A 或 G ;SEQ ID NO. 26,其 中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 27,其中，N 為 A 或 T ;SEQ ID NO. 28,其中，N 為 G 或 T ;SEQ ID N0·29，其中，N為A或G;SEQIDN0·30，其中，N為C或T;SEQIDN0·31，其中，N為A或G ; SEQ ID NO. 32,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 33,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 34,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 35,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 36,其中，N 為 A 或 G ;SEQ ID NO. 37,其 中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 38,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 39,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 40,其中，N 為 A 或 C ;SEQ ID NO. 41，其中，N 為 G 或 T ;SEQ ID NO. 42,其中，N 為 G 或 T ; SEQ ID NO. 43,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 44,其中，N 為 A 或 G ;或 SEQ ID NO. 45,其中， N為C或T。
[0021] 該方面的一種實(shí)施方式提供選自以上標(biāo)記中大于一個(gè)的SNP標(biāo)記，例如，2、3、4、 5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、 32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44 或 45 個(gè) SNP 標(biāo)記。
[0022] 在本發(fā)明中，每個(gè)SNP標(biāo)記都是指被認(rèn)為與PCOS相關(guān)聯(lián)的SNP。如在本發(fā)明中所 用，SNP標(biāo)記和對應(yīng)的SNP涉及在核苷酸片段中的相同位點(diǎn)。特別是當(dāng)適用于檢測在SNP標(biāo) 記的N位點(diǎn)的基因型時(shí)，應(yīng)當(dāng)理解的是，這意味著檢測在相應(yīng)SNP的相應(yīng)位點(diǎn)處的基因型， 反之亦然。各個(gè)SNP標(biāo)記的SNP列于下表1中。
[0023] 在另一個(gè)方面，本發(fā)明提供用于檢測在本發(fā)明的一個(gè)或多個(gè)SNP標(biāo)記的N位點(diǎn)處 的基因型的探針。
[0024] 該方面的一種實(shí)施方式提供列于表1中的用于各個(gè)SNP標(biāo)記的探針。
[0025] 表1各個(gè)SNP標(biāo)記的SNP和探針
[0026]

【權(quán)利要求】
1.SNP標(biāo)記，其中，其核苷酸序列如下所示：SEQ ID NO. 1，其中，N為C或T;SEQ ID 勵(lì).2，其中4為六或6;5￡〇10勵(lì).3，其中4為(：或1';5￡〇10勵(lì).4，其中4為六或(：；5￡〇 10勵(lì).5，其中4為(：或1';5￡〇10勵(lì).6，其中4為4或(：；5￡〇10勵(lì).7，其中4為(：或1' ;5￡〇10勵(lì).8，其中4為(：或1';5￡〇10勵(lì).9，其中4為六或6;5￡〇10勵(lì).10，其中4為〇 或 T ;SEQ ID NO. 11，其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 12,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 13,其 中，N 為 A 或 G;SEQ ID NO. 14,其中，N 為 C 或 T;SEQ ID NO. 15,其中，N 為 A 或 G;SEQ ID NO. 16,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 17,其中，N 為 A 或 T ;SEQ ID NO. 18,其中，N 為 C 或 G ; SEQ ID NO. 19,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 20,其中，N 為 C 或 T ;SEQ ID NO. 21，其中，N 為 C或T;SEQIDN0?22，其中，N為A或G;SEQIDN0?23，其中，N為A或G ;SEQIDN0?24， 其中，N為C或T;SEQIDNa25，其中N為A或G;SEQIDNa26，其中，N為C或T ;SEQID 勵(lì).27，其中4為六或1';5￡〇10勵(lì).28，其中4為6或1';5￡〇10勵(lì).29，其中4為六或6; 5￡〇10勵(lì).30，其中4為(：或1';5￡〇10勵(lì).31，其中4為六或6;5￡〇10勵(lì).32，其中4為 (：或！';5￡〇10勵(lì).33，其中4為(：或1';5￡〇10勵(lì).34，其中4為(：或1';5￡〇10勵(lì).35，其 中，N為C或T;SEQIDN0?36，其中，N為A或G;SEQIDN0?37，其中，N為C或T ;SEQID 勵(lì).38，其中4為(：或1';5￡〇10勵(lì).39，其中4為(：或1';5￡〇10勵(lì).40，其中4為六或(： ；5￡〇10勵(lì).41，其中4為6或1';5￡〇10勵(lì).42，其中4為6或！';5￡〇10勵(lì).43，其中4為 (：或1';5￡〇10勵(lì).44，其中州為六或6;或5￡〇10勵(lì).45，其中州為(：或1'。
2. 檢測權(quán)利要求1所述的一個(gè)或多個(gè)SNP標(biāo)記的N位點(diǎn)處的基因型的探針。
3. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的探針，其中，所述探針如下所示：用于SNP標(biāo)記NO. 1的SEQ ID NO. 46 和 47 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 2 的 SEQ ID NO. 48 和 49 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 3 的 SEQ ID NO. 50 和 51 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 4 的 SEQ ID NO. 52 和 53 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 5 的 SEQ ID NO. 54 和 55 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 6 的 SEQ ID NO. 56 和 57 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 7 的 SEQ ID NO. 58 和 59 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 8 的 SEQ ID NO. 60 和 61 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 9 的 SEQ ID NO. 62 和 63 ; 用于 SNP 標(biāo)記 NO. 10 的 SEQ ID NO. 64 和 65 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 11 的 SEQ ID NO. 66 和 67 ; 用于 SNP 標(biāo)記 NO. 12 的 SEQ ID NO. 68 和 69 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 13 的 SEQ ID NO. 70 和 71 ; 用于 SNP 標(biāo)記 NO. 14 的 SEQ ID NO. 72 和 73 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 15 的 SEQ ID NO. 74 和 75 ; 用于 SNP 標(biāo)記 NO. 16 的 SEQ ID NO. 76 和 77 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 17 的 SEQ ID NO. 78 和 79 ; 用于 SNP 標(biāo)記 NO. 18 的 SEQ ID NO. 80 和 81 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 19 的 SEQ ID NO. 82 和 83 ; 用于 SNP 標(biāo)記 NO. 20 的 SEQ ID NO. 84 和 85 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 21 的 SEQ ID NO. 86 和 87 ; 用于 SNP 標(biāo)記 NO. 22 的 SEQ ID NO. 88 和 89 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 23 的 SEQ ID NO. 90 和 91 ; 用于 SNP 標(biāo)記 NO. 24 的 SEQ ID NO. 92 和 93 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 25 的 SEQ ID NO. 94 和 95 ; 用于 SNP 標(biāo)記 NO. 26 的 SEQ ID NO. 96 和 97 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 27 的 SEQ ID NO. 98 和 99 ; 用于 SNP 標(biāo)記 NO. 28 的 SEQ ID NO. 100 和 101 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 29 的 SEQ ID NO. 102 和 103 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 30 的 SEQ ID NO. 104 和 105 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 31 的 SEQ ID NO. 106 和 107 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 32 的 SEQ ID NO. 108 和 109 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 33 的 SEQ ID NO. 110 和 111 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 34 的 SEQ ID NO. 112 和 113 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 35 的 SEQ ID NO. 114 和 115 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 36 的 SEQ ID NO. 116 和 117 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 37 的 SEQ ID NO. 118 和 119 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 38 的 SEQ ID NO. 120 和 121 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 39 的 SEQ ID NO. 122 和 123;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 40 的 SEQ ID NO. 124 和 125;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 41 的 SEQ ID NO. 126 和 127 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 42 的 SEQ ID NO. 128 和 129 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 43 的 SEQ ID NO. 130 和 131 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 44 的 SEQ ID NO. 132 和 133 ;和 / 或用于 SNP 標(biāo)記 NO. 45 的 SEQ ID NO. 134 和 135。
4. 用于檢測權(quán)利要求1所述的一個(gè)或多個(gè)SNP標(biāo)記的N位點(diǎn)處的基因型的芯片，其中， 所述芯片包含權(quán)利要求2或3所述的探針。
5. 根據(jù)權(quán)利要求4所述的芯片，其中，所述芯片包含由SEQ ID NO. 46-135組成的探 針，或 SEQ ID NO. 56、57、66、67、88、89、90、91、94、95、102、103、104、105、110、111、112、113、 114、115、118、119、126、127、128、129、130、131、132 和 133 所示的探針。
6. 檢測權(quán)利要求1所述的一個(gè)或多個(gè)SNP標(biāo)記的N位點(diǎn)處的基因型的引物。
7. 根據(jù)權(quán)利要求6所述的引物，其中，所述引物如下所示：用于SNP標(biāo)記NO. 1的SEQ ID NO. 136 和 137 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 2 的 SEQ ID NO. 138 和 139 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 3 的 SEQ ID NO. 140 和 141 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 4 的 SEQ ID NO. 142 和 143 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 5 的 SEQ ID NO. 144 和 145 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 6、7 或 8 的 SEQ ID NO. 146 和 147 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 9 的 SEQ ID NO. 148 和 149 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 10 的 SEQ ID NO. 150 和 151 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 11 的 SEQ ID NO. 152 和 153 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 12 的 SEQ ID NO. 154 和 155 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 13 的 SEQ ID NO. 156 和 157 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 14 的 SEQ ID NO. 158 和 159 ;用于 SNP 標(biāo) 記 NO. 15 的 SEQ ID NO. 160 和 161 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 16 的 SEQ ID NO. 162 和 163 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 17 的 SEQ ID NO. 164 和 165 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 18 的 SEQ ID NO. 166 和 167 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 19 的 SEQ ID NO. 168 和 169 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 20 的 SEQ ID NO. 170 和 171 ; 用于 SNP 標(biāo)記 NO. 21 的 SEQ ID NO. 172 和 173 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 22 的 SEQ ID NO. 174 和 175 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 23 的 SEQ ID NO. 176 和 177 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 24 的 SEQ ID NO. 178 和 179 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 25 的 SEQ ID NO. 180 和 181 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 26 的 SEQ ID NO. 182 和 183 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 27 的 SEQ ID NO. 184 和 185 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 28 的 SEQ ID NO. 186 和 187 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 29 的 SEQ ID NO. 188 和 189 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 30 的 SEQ ID NO. 190 和 191 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 31 的 SEQ ID NO. 192 和 193 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 32 的 SEQ ID NO. 194 和 195;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 33 的 SEQ ID NO. 196 和 197;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 34 的 SEQ ID NO. 198 和 199 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 35 的 SEQ ID NO. 200 和 201 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 36 的 SEQ ID NO. 202 和 203 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 37 的 SEQ ID NO. 204 和 205 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 38 的 SEQ ID NO. 206 和 207 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 39 的 SEQ ID NO. 208 和 209 ; 用于 SNP 標(biāo)記 NO. 40 的 SEQ ID NO. 210 和 211 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 41 的 SEQ ID NO. 212 和 213 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 42 的 SEQ ID NO. 214 和 215 ;用于 SNP 標(biāo)記 NO. 43 的 SEQ ID NO. 216 和217 ;用于SNP標(biāo)記NO. 44的SEQ ID NO. 218和219 ;和/或用于SNP標(biāo)記NO. 45的SEQ ID NO. 220 和 221。
8. 用于檢測權(quán)利要求1所述的一個(gè)或多個(gè)SNP標(biāo)記的N位點(diǎn)處的基因型的試劑盒，其 中，所述試劑盒包含權(quán)利要求2或3所述的探針、權(quán)利要求4或5所述的芯片，和/或權(quán)利 要求6或7所述的引物。
9. 根據(jù)權(quán)利要求8所述的試劑盒，其用于檢測SNP標(biāo)記NO. 6、11、22、23、25、29、30、33、 34、35、37、41、42、43和44的別立點(diǎn)處的基因型，其中，所述試劑盒包括由5￡0 1〇勵(lì).56、57、 66、67、88、89、90、91、94、95、102、103、104、105、110、111、112、113、114、115、118、119、126、 127、128、129、130、131、132 和 133 組成的探針，或由 SEQ ID NO. 146、147、152、153、174、 175、176、177、180、181、188、189、190、191、196、197、198、199、200、201、204、205、212、213、 214、215、216、217、218 和 219 組成的引物。
10. 權(quán)利要求2或3所述的探針、權(quán)利要求4或5所述的芯片、權(quán)利要求6或7所述的 引物或者權(quán)利要求8或9所述的試劑盒在制備用于預(yù)測或診斷PC0S的試劑中的應(yīng)用。
11. 權(quán)利要求2或3所述的探針、權(quán)利要求4或5所述的芯片、權(quán)利要求6或7所述的 引物或者權(quán)利要求8或9所述的試劑盒在預(yù)測或診斷PC0S中的應(yīng)用。
12. -種預(yù)測或診斷PC0S的方法，其中，所述方法包括確定權(quán)利要求1所述的一個(gè)或多 個(gè)SNP標(biāo)記的N位點(diǎn)處的基因型。
13. 根據(jù)權(quán)利要求12所述的方法，其中，所述方法通過雜交進(jìn)行，例如，使用權(quán)利要求2 或3所述的探針、權(quán)利要求4或5所述的芯片或者權(quán)利要求8或9所述的試劑盒。
14. 根據(jù)權(quán)利要求12所述的方法，其中，所述方法通過測序進(jìn)行，例如，PCR、實(shí)時(shí)定量 PCR或MassARRAY，優(yōu)選使用權(quán)利要求6或7所述的引物或者權(quán)利要求8或9所述的試劑盒。
15. 根據(jù)權(quán)利要求12-14中任一項(xiàng)所述的方法，其中，所述方法包括以下步驟：從受試 者的外周血或唾液中提取DNA，確定一個(gè)或多個(gè)SNP標(biāo)記的N位點(diǎn)處的基因型，以及分析結(jié) 果以預(yù)測PC0S的風(fēng)險(xiǎn)或診斷PC0S。
【文檔編號(hào)】C12Q1/68GK104411824SQ201280074086
【公開日】2015年3月11日 申請日期:2012年6月18日 優(yōu)先權(quán)日:2012年6月18日
【發(fā)明者】陳子江, 趙涵, 賀林, 師詠勇, 馬金龍, 趙躍然, 耿玲, 游力 申請人:山東大學(xué), 山東山大附屬生殖醫(yī)院有限公司, 上海交通大學(xué)