系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因的分析方法和應(yīng)用的制作方法
【專(zhuān)利摘要】本發(fā)明涉及一種系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因的分析方法，其通過(guò)使用hMeDIP-Chip技術(shù)得到系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因，深入研究這些差異表達(dá)基因?qū)⒂兄谶M(jìn)一步闡明系統(tǒng)性紅斑狼瘡的發(fā)病機(jī)理，為系統(tǒng)性紅斑狼瘡的診斷和治療提供新途徑。上述系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因的分析方法設(shè)計(jì)合理可行，能夠有效地協(xié)助建立一種系統(tǒng)性紅斑狼瘡差異表達(dá)基因的圖譜模型，獲取作為中間結(jié)果的系統(tǒng)性紅斑狼瘡的相關(guān)信息。
【專(zhuān)利說(shuō)明】系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因的分析方法和應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明涉及表觀遺傳學(xué)研究領(lǐng)域，尤其是涉及一種系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因的分析方法和應(yīng)用。
【背景技術(shù)】
[0002]系統(tǒng)性紅斑狼瘡(systemic lupus erythematosus, SLE)是一種典型的系統(tǒng)性自身免疫介導(dǎo)的，以免疫性炎癥為突出表現(xiàn)的彌漫性結(jié)締組織病，其發(fā)病機(jī)制復(fù)雜，涉及遺傳、免疫及環(huán)境等多種因素的復(fù)雜作用。SLE牽涉到全身多系統(tǒng)和器官，如腎臟、皮膚、關(guān)節(jié)、神經(jīng)系統(tǒng)和造血器官等，其中以腎臟受累最為常見(jiàn)。
[0003]表觀遺傳學(xué)是研究DNA序列沒(méi)有發(fā)生改變的情況下而基因表達(dá)和表型卻發(fā)生可遺傳改變的學(xué)科。這種變化涉及DNA甲基化和組蛋白修飾。CpG 二核苷酸中胞嘧啶的甲基化形式5-甲基胞喃唳(5-methylcytosine, 5mC)在哺乳動(dòng)物中是一種常見(jiàn)的表觀遺傳修飾，在基因表達(dá)調(diào)控、發(fā)育調(diào)節(jié)、基因組印跡等方面發(fā)揮重要作用。近些年來(lái)研究發(fā)現(xiàn)，除了5mC外,胞嘧唳堿基的另一種修飾一5_輕甲基胞嘧唳(5-hydroxymethylcytosine, 5hmC)在哺乳動(dòng)物的多種組織中有著豐富的表達(dá)，其可能與5mC有著不同的生物學(xué)功能。因此研究SLE環(huán)境下是否有5hmC的異常是非常重要的。這或許能為SLE的治療提供新的思路以及更深入理解SLE的發(fā)病機(jī)制提供重要線索。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0004]基于此，有必要提供一種系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因的分析方法和應(yīng)用。
[0005]一種系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因的分析方法，包括如下步驟:
[0006]分別采集系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者和健康人的血液樣本，并
[0007]從所述血液樣本中提取DNA ；
[0008]將所述DNA消化成200~1000bp的DNA片段，并加入76mer完全羥甲基化的寡核苷酸鏈作為陽(yáng)性對(duì)照；
[0009]將含有所述陽(yáng)性對(duì)照的所述DNA片段加熱變性，再將得到的單鏈DNA樣本分成兩份，其中一份作為實(shí)驗(yàn)組加入抗5’-羥甲基化胞嘧啶核苷抗體得到DNA片段抗體復(fù)合物，另一份作為對(duì)照組，記為Input，其中，實(shí)驗(yàn)組用免疫磁珠法分離所述DNA片段抗體復(fù)合物，共沉淀后非羥甲基化的DNA片段被清洗除去，得到純化的DNA片段抗體復(fù)合物，記為hMeDIP ；
[0010]對(duì)上述實(shí)驗(yàn)組純化的DNA片段抗體復(fù)合物和對(duì)照組的DNA片段進(jìn)行擴(kuò)增；
[0011]對(duì)擴(kuò)增后的實(shí)驗(yàn)組DNA片段抗體復(fù)合物和對(duì)照組DNA片段分別使用Cy5和Cy3染料標(biāo)記；
[0012]將染料標(biāo)記后的實(shí)驗(yàn)組DNA片段抗體復(fù)合物與對(duì)照組DNA片段混合后與羥甲基化微陣列檢測(cè)芯片雜交，使用hMeDIP-Chip技術(shù)對(duì)比分析系統(tǒng)性系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者和健康人的芯片雜交結(jié)果，得到系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因。
[0013]在其中一個(gè)實(shí)施例中，在將所述DNA消化成200~1000bp的DNA片段之前，所述分析方法還包括對(duì)提取的DNA使用NanoDrop ND-100分析儀測(cè)定所述DNA的數(shù)量和質(zhì)量以及用瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)DNA完整性的步驟。
[0014]在其中一個(gè)實(shí)施例中，在對(duì)上述實(shí)驗(yàn)組純化的DNA片段和對(duì)照組的DNA片段進(jìn)行擴(kuò)增之前，所述分析方法還包括對(duì)免疫磁珠法分離得到的DNA片段抗體復(fù)合物的富集效率進(jìn)行評(píng)估的步驟。
[0015]在其中一個(gè)實(shí)施例中，所述使用hMeDIP-Chip技術(shù)對(duì)比分析系統(tǒng)性系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者和健康人的芯片雜交結(jié)果包括如下步驟:
[0016]使用高解析度芯片掃描儀分別檢測(cè)系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者組與健康人的芯片雜交信號(hào)，獲取Cy3及Cy5的熒光掃描圖像；
[0017]使用Bioconductor packages Ringo、Iimma 及 MEDME 對(duì)雜交結(jié)果進(jìn)行數(shù)據(jù)提取、標(biāo)準(zhǔn)化和峰值分析；
[0018]經(jīng)過(guò)校正得到所述羥甲基化微陣列檢測(cè)芯片上每個(gè)檢測(cè)探針的1g2 (hMeDIP/input)值以及p-value值，1g2 (hMeDIP/input)值代表每個(gè)探針在實(shí)驗(yàn)組純化的DNA片段抗體復(fù)合物和對(duì)照組的DNA片段中的相對(duì)富集強(qiáng)度，p-value表示探針紅綠信號(hào)差異是由非生物因素造成的概率，P-value由修正的KS檢驗(yàn)算法計(jì)算。
[0019]在其中一個(gè)實(shí)施例中，所述分析方法還包括在篩選得到所述系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因之后針對(duì)篩選得到的差異表達(dá)基因使用實(shí)時(shí)熒光定量PCR對(duì)hMeDIP-Chip分析結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證的步驟。
[0020]上述系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因的分析方法通過(guò)使用hMeDIP-Chip技術(shù)來(lái)分析系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的改變，得到系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因，深入研究這些差異表達(dá)基因?qū)⒂兄谶M(jìn)一步闡明系統(tǒng)性紅斑狼瘡的發(fā)病機(jī)理，為系統(tǒng)性紅斑狼瘡的診斷和治療提供新途徑。上述系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因的分析方法設(shè)計(jì)合理可行，能夠有效地協(xié)助建立一種系統(tǒng)性紅斑狼瘡差異表達(dá)基因的圖譜模型，獲取作為中間結(jié)果的系統(tǒng)性紅斑狼瘡的相關(guān)疾病信息。
[0021]一種基因檢測(cè)芯片，所述基因檢測(cè)芯片上固定有上述任一實(shí)施例所述的方法得到的系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因。
[0022]在其中一個(gè)實(shí)施例中，所述差異表達(dá)基因?yàn)門(mén)REXl、CDKNlA及CDKNlB中的至少一種。
[0023]通過(guò)上述基因檢測(cè)芯片，可以為初步診斷系統(tǒng)性紅斑狼瘡提供中間結(jié)果信息，檢測(cè)過(guò)程方便，不需要使用傳統(tǒng)的繁雜的檢測(cè)步驟，但由于系統(tǒng)性紅斑狼瘡?fù)且环N綜合病征，獲取這些中間結(jié)果之后還需要結(jié)合其他檢測(cè)數(shù)據(jù)才能診斷為是否是系統(tǒng)性紅斑狼瘡疾病。
【專(zhuān)利附圖】

【附圖說(shuō)明】
[0024]圖1為hMeDIP-Chip技術(shù)在全基因組范圍內(nèi)分析SLE患者5_hmC狀態(tài)技術(shù)路線圖；
[0025]圖2為SLE患者和健康人的總DNA瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)結(jié)果圖；
[0026]圖3為SLE組的芯片雜交結(jié)果圖；
[0027]圖4為健康對(duì)照組的芯片雜交結(jié)果圖；
[0028]圖5為19號(hào)染色體上(Chr 19)存在5_hmC水平差異的位點(diǎn)分析；[0029]圖6為在啟動(dòng)子(promoter，下同)區(qū)(_800bp的~+200bp)，5_hmC基因在HCP> ICP、LCP分布情況，其中縱坐標(biāo)Enrichment peaks表示掃描圖像中的富集峰值，黑色表示SLE組的羥甲基化，灰色表示健康對(duì)照組的羥甲基化，ALL代表所有DNA片段，Hydroxymethylated表不輕甲基化，Unhydroxymethylated表不未輕甲基化，下同；
[0030]圖7為CpG島上5-hmC、un5_hmC基因的分布情況，其中兩個(gè)intergenic表示CpG島上 5_hmC、un5-hmC 基因；
[0031]圖8 為 5-hmC、un5_hmC 基因在 HCP、ICP、LCP 分布；
[0032]圖9為HCP、ICP、LCP的羥甲基化狀態(tài)；
[0033]圖10為HCP、ICP、LCP中羥甲基化基因所占總數(shù)比例；
[0034]圖11為啟動(dòng)子區(qū)表達(dá)上調(diào)基因在各染色體上的分布(順時(shí)針從I號(hào)染色體X和Y性染色體);
[0035]圖12為CpG島表達(dá)上調(diào)基因在各染色體上的分布(順時(shí)針從I號(hào)染色體X和Y性染色體)。
【具體實(shí)施方式】
[0036]下面主要結(jié)合附圖及具體實(shí)施例對(duì)系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因的分析方法和應(yīng)用作進(jìn)一步詳細(xì)的說(shuō)明。
[0037]—實(shí)施方式系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因的分析方法，其包括如下步驟:
[0038]步驟SllO:分別采集系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者和健康人的血液樣本。
[0039]血液樣本可以直接采集自患者或者健康人，也可以取自醫(yī)院或研究機(jī)構(gòu)的血液樣本庫(kù)。
[0040]步驟S120:從血液樣本中提取DNA。
[0041]優(yōu)選的，在本步驟提取DNA之后還包括使用NanoDrop ND-100分析儀測(cè)定提取的DNA的數(shù)量和質(zhì)量以及使用瓊脂糖凝膠電泳對(duì)提取的DNA的完整性進(jìn)行評(píng)估的步驟。
[0042]步驟S130:將DNA消化成200~1000bp的DNA片段，并加入76mer完全羥甲基化的寡核苷酸鏈作為陽(yáng)性對(duì)照。
[0043]在本實(shí)施方式中，使用Mse I限制性內(nèi)切酶將DNA消化成小DNA片段。76mer完全羥甲基化的寡核苷酸鏈可選用市售的通用完全羥甲基化的寡核苷酸鏈。
[0044]步驟S140:將含有陽(yáng)性對(duì)照的DNA片段加熱變性，再將得到的單鏈DNA樣本分成兩份，其中一份作為實(shí)驗(yàn)組加入抗5’-羥甲基化胞嘧啶核苷抗體得到DNA片段抗體復(fù)合物，另一份作為對(duì)照組，記為Input，其中，實(shí)驗(yàn)組用免疫磁珠法分離DNA片段抗體復(fù)合物，共沉淀后非羥甲基化的DNA片段被清洗除去，得到純化的DNA片段抗體復(fù)合物，記為hMeDIP。
[0045]因目前在人類(lèi)基因組中發(fā)生羥甲基化的特定基因未明確，發(fā)生羥甲基化水平也未知，而將基因片段上芯片與芯片上探針雜交，需要對(duì)羥甲基化水平有一定的要求，因此，在本實(shí)施方式中，當(dāng)?shù)玫郊兓腄NA片段抗體復(fù)合物之后,該分析方法還包括使用NanoDropND-1000光譜分析儀對(duì)該DNA片段抗體復(fù)合物的富集效率進(jìn)行評(píng)估的步驟。
[0046]步驟S150:對(duì)上述實(shí)驗(yàn)組純化的DNA片段抗體復(fù)合物和對(duì)照組的DNA片段進(jìn)行擴(kuò)增。
[0047]步驟S160:對(duì)擴(kuò)增后的實(shí)驗(yàn)組DNA片段抗體復(fù)合物和對(duì)照組DNA片段分別使用Cy5和Cy3染料標(biāo)記。
[0048]步驟S170:將染料標(biāo)記后的實(shí)驗(yàn)組DNA片段抗體復(fù)合物與對(duì)照組DNA片段混合后與羥甲基化微陣列檢測(cè)芯片(如CpG島啟動(dòng)子區(qū)檢測(cè)芯片等)雜交，使用hMeDIP-Chip技術(shù)對(duì)比分析系統(tǒng)性系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者和健康人的芯片雜交結(jié)果，得到系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因。
[0049]在本實(shí)施方式中，所述使用hMeDIP-Chip技術(shù)對(duì)比分析系統(tǒng)性系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者和健康人的芯片雜交結(jié)果包括如下步驟:
[0050]使用高解析度芯片掃描儀分別檢測(cè)系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者組與健康人的芯片雜交信號(hào)，獲取Cy3及Cy5的熒光掃描圖像；
[0051]使用Bioconductor packages Ringo、Iimma 及 MEDME 對(duì)雜交結(jié)果進(jìn)行數(shù)據(jù)提取、標(biāo)準(zhǔn)化和峰值分析；
[0052]經(jīng)過(guò)校正得到羥甲基化微陣列檢測(cè)芯片上每個(gè)檢測(cè)探針的1g2(hMeDIP/Input)值以及p-value值，1g2 (hMeDIP/Input)值代表每個(gè)探針在實(shí)驗(yàn)組純化的DNA片段抗體復(fù)合物和對(duì)照組的DNA片段中的相對(duì)富集強(qiáng)度，p-value表示探針紅綠信號(hào)差異是由非生物因素造成的概率，P-value由修正的KS檢驗(yàn)算法計(jì)算。
[0053]進(jìn)一步，在篩選得到系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因之后，本實(shí)施方式的分析方法還包括針對(duì)篩選得到的差異表達(dá)基因使用實(shí)時(shí)熒光定量PCR對(duì)hMeDIP-Chip分析結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證的步驟。
[0054]具體在本實(shí)施方式中得到3個(gè)較大差異表達(dá)的基因，分別是一個(gè)表達(dá)上調(diào)的TREXl，以及兩個(gè)表達(dá)下調(diào)的CDKNlA和CDKNlB。
[0055]上述系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因的分析方法通過(guò)使用hMeDIP-Chip技術(shù)來(lái)分析系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的改變，得到系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因，深入研究這些差異表達(dá)基因?qū)⒂兄谶M(jìn)一步闡明系統(tǒng)性紅斑狼瘡的發(fā)病機(jī)理，為系統(tǒng)性紅斑狼瘡的診斷和治療提供新途徑。上述系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因的分析方法設(shè)計(jì)合理可行，能夠有效地協(xié)助建立一種系統(tǒng)性紅斑狼瘡差異表達(dá)基因的圖譜模型，獲取作為中間結(jié)果的系統(tǒng)性紅斑狼瘡的相關(guān)疾病信息。
[0056]此外，本實(shí)施方式還提供了一種基因檢測(cè)芯片，在該基因檢測(cè)芯片上固定有上述方法得到的系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因作為檢測(cè)探針。
[0057]一種基因檢測(cè)芯片，基因檢測(cè)芯片上固定有由上述方法得到的系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因。
[0058]在其中一個(gè)實(shí)施例中，差異表達(dá)基因?yàn)門(mén)REXl、⑶KNlA及⑶KNlB中的至少一種。
[0059]通過(guò)上述基因檢測(cè)芯片，可以初步檢測(cè)待測(cè)患者血液內(nèi)上述三種差異表達(dá)基因的表達(dá)情況，為初步診斷系統(tǒng)性紅斑狼瘡提供中間結(jié)果信息，檢測(cè)過(guò)程方便，不需要使用傳統(tǒng)的繁雜的檢測(cè)步驟，但由于系統(tǒng)性紅斑狼瘡?fù)且环N綜合病征，獲取這些中間結(jié)果之后還需要結(jié)合其他檢測(cè)數(shù)據(jù)才能診斷為是否是系統(tǒng)性紅斑狼瘡疾病。
[0060]以下為具體實(shí)施例部分:
[0061]圖1所示為本實(shí)施例的流程圖，具體如下:
[0062]1.實(shí)驗(yàn)對(duì)象
[0063]本實(shí)施例中共有30個(gè)樣本，疾病組15人，健康對(duì)照組15人。[0064]15例SLE患者，年齡18~49歲(平均32歲)，來(lái)源于桂林市第181醫(yī)院腎臟科，檢測(cè)ds-DNA、ANA、外周血淋巴細(xì)胞凋亡和24小時(shí)尿蛋白等臨床指標(biāo)。分類(lèi)依據(jù)為美國(guó)風(fēng)濕病分類(lèi)標(biāo)準(zhǔn)。通過(guò)測(cè)定抗雙鏈DNA抗體的血清水平和利用SLE疾病活動(dòng)指數(shù)2000的評(píng)分，評(píng)定疾病的活動(dòng)度。
[0065]15例選自體檢正常人群，性別年齡等基本條件與選取的SLE患者相匹配，各組性別和年齡差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。
[0066]確診SLE的患者，檢測(cè)ds_DNA、ANA、外周血淋巴細(xì)胞凋亡和24小時(shí)尿蛋白等臨床指標(biāo)。各組均無(wú)感染、腫瘤等伴發(fā)病。各組間的性別、年齡、病情差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義，具可比性。本研究征得了桂林市第181醫(yī)院倫理委員會(huì)的同意。
[0067]2.實(shí)驗(yàn)儀器與試劑
[0068]2.1實(shí)驗(yàn)主要儀器如表1所示:
[0069]表1實(shí)驗(yàn)主要儀器
[0070]
【權(quán)利要求】
1.一種系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因的分析方法，其特征在于，包括如下步驟: 分別采集系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者和健康人的血液樣本，并從所述血液樣本中提取DNA ； 將所述DNA消化成200~1000bp的DNA片段，并加入76mer完全羥甲基化的寡核苷酸鏈作為陽(yáng)性對(duì)照； 將含有所述陽(yáng)性對(duì)照的所述DNA片段加熱變性，再將得到的單鏈DNA樣本分成兩份，其中一份作為實(shí)驗(yàn)組加入抗5’ -羥甲基化胞嘧啶核苷抗體得到DNA片段抗體復(fù)合物，另一份作為對(duì)照組，記為Input，其中，實(shí)驗(yàn)組用免疫磁珠法分離所述DNA片段抗體復(fù)合物，共沉淀后非羥甲基化的DNA片段被清洗除去，得到純化的DNA片段抗體復(fù)合物，記為hMeDIP ； 對(duì)上述實(shí)驗(yàn)組純化的DNA片段抗體復(fù)合物和對(duì)照組的DNA片段進(jìn)行擴(kuò)增； 對(duì)擴(kuò)增后的實(shí)驗(yàn)組DNA片段抗體復(fù)合物和對(duì)照組DNA片段分別使用Cy5和Cy3染料標(biāo)記； 將染料標(biāo)記后的實(shí)驗(yàn)組DNA片段抗體復(fù)合物與對(duì)照組DNA片段混合后與羥甲基化微陣列檢測(cè)芯片雜交，使用hMeDIP-Chip技術(shù)對(duì)比分析系統(tǒng)性系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者和健康人的芯片雜交結(jié)果，得到系統(tǒng) 性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因。
2.如權(quán)利要求1所述的系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因的分析方法，其特征在于，在將所述DNA消化成200~1000bp的DNA片段之前，所述分析方法還包括對(duì)提取的DNA使用NanoDiOp ND-100分析儀測(cè)定所述DNA的數(shù)量和質(zhì)量以及用瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)DNA完整性的步驟。
3.如權(quán)利要求1所述的系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因的分析方法，其特征在于，在對(duì)上述實(shí)驗(yàn)組純化的DNA片段和對(duì)照組的DNA片段進(jìn)行擴(kuò)增之前，所述分析方法還包括對(duì)免疫磁珠法分離得到的DNA片段抗體復(fù)合物的富集效率進(jìn)行評(píng)估的步驟。
4.如權(quán)利要求1所述的系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因的分析方法，其特征在于，所述使用hMeDIP-Chip技術(shù)對(duì)比分析系統(tǒng)性系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者和健康人的芯片雜交結(jié)果包括如下步驟: 使用高解析度芯片掃描儀分別檢測(cè)系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者組與健康人的芯片雜交信號(hào)，獲取Cy3及Cy5的熒光掃描圖像； 使用Bioconductor packages Ringo、Iimma及MEDME對(duì)雜交結(jié)果進(jìn)行數(shù)據(jù)提取、標(biāo)準(zhǔn)化和峰值分析； 經(jīng)過(guò)校正得到所述羥甲基化微陣列檢測(cè)芯片上每個(gè)檢測(cè)探針的log2(hMeDIP/input)值以及p-value值，1g2 (hMeDIP/input)值代表每個(gè)探針在實(shí)驗(yàn)組純化的DNA片段抗體復(fù)合物和對(duì)照組的DNA片段中的相對(duì)富集強(qiáng)度，p-value表示探針紅綠信號(hào)差異是由非生物因素造成的概率，P-value由修正的KS檢驗(yàn)算法計(jì)算。
5.如權(quán)利要求1所述的系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因的分析方法，其特征在于，所述分析方法還包括在篩選得到所述系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因之后針對(duì)篩選得到的差異表達(dá)基因使用實(shí)時(shí)熒光定量PCR對(duì)hMeDIP-Chip分析結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證的步驟。
6.一種基因檢測(cè)芯片，其特征在于，所述基因檢測(cè)芯片上固定有如權(quán)利要求1~5中任一項(xiàng)所述的方法得到的系統(tǒng)性紅斑狼瘡羥甲基化狀態(tài)的差異表達(dá)基因。
7.如權(quán)利要求6所述的基因檢測(cè)芯片，其特征在于，所述差異表達(dá)基因?yàn)門(mén)REX1、⑶KNlA及⑶KNlB中的至少一種。
【文檔編號(hào)】C12Q1/68GK103911439SQ201410093633
【公開(kāi)日】2014年7月9日 申請(qǐng)日期:2014年3月13日 優(yōu)先權(quán)日:2014年3月13日
【發(fā)明者】眭維國(guó), 戴勇, 譚秋培, 薛雯 申請(qǐng)人:眭維國(guó), 戴勇