抗南方水稻黑條矮縮病位點(diǎn)qSRBSDV6及其分子標(biāo)記方法
【專利摘要】本發(fā)明提供了抗南方水稻黑條矮縮病位點(diǎn)qSRBSDV6及其分子標(biāo)記方法，利用廣西普通野生稻材料y11與感病品種廣恢998雜交、回交和自交獲得的BC3F7進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析和遺傳連鎖分析，獲得抗南方水稻黑條矮縮病位點(diǎn)qSRBSDV6，其位于分子標(biāo)記RM20148-RM20297之間，分子標(biāo)記RM20148引物，存在qSRBSDV6時(shí)擴(kuò)增條帶為129bp條帶；分子標(biāo)記RM20297引物，存在qSRBSDV6時(shí)擴(kuò)增條帶為172bp條帶。本發(fā)明可通過(guò)抗南方水稻黑條矮縮病基因的分子標(biāo)記來(lái)檢測(cè)抗性材料y11及其衍生品種（系）中是否含有南方水稻黑條矮縮病抗性基因位點(diǎn)，可預(yù)測(cè)其南方水稻黑條矮縮病抗性水平，大大提高抗南方水稻黑條矮縮病水稻的選擇效率。
【專利說(shuō)明】抗南方水稻黑條矮縮病位點(diǎn)qSRBSDV6及其分子標(biāo)記方法

【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明屬于分子遺傳學(xué)領(lǐng)域，涉及廣西普通野生稻材料yll抗南方水稻黑條矮縮 病位點(diǎn)qSRBSDV6及其分子標(biāo)記方法。

【背景技術(shù)】
[0002] 水稻是世界上最重要的糧食作物之一，全世界一半以上的人口以稻米為主要糧 食。南方水稻黑條矮縮自2001年首次被發(fā)現(xiàn)，在短短的幾年間病情蔓延迅猛，給我國(guó)南方 廣大稻區(qū)及越南北部水稻生產(chǎn)造成了極大損失。與普通水稻黑條矮縮病不同，南方水稻黑 條矮縮病是一種以白背飛虱為主要傳播媒介的水稻病毒病，其病原病毒為南方水稻黑條矮 縮病毒（Southern rice black-streaked dwarf virus，簡(jiǎn)稱 SRBSDV)，是呼腸孤病毒科斐 濟(jì)病毒屬第2組的一個(gè)新種。目前生產(chǎn)上針對(duì)此類病害尚無(wú)特效農(nóng)藥，主要是植株早期通 過(guò)對(duì)白背飛虱的防治，減輕其危害，但防治效果不理想，且污染環(huán)境，破壞生態(tài)系統(tǒng)。培育和 利用抗病品種一直被公認(rèn)為最經(jīng)濟(jì)有效和環(huán)境友好的防治病毒措施，篩選、發(fā)掘和創(chuàng)新抗 病種質(zhì)是抗南方水稻黑條矮縮病育種的前提和基礎(chǔ)。然而，有關(guān)抗南方水稻黑條矮縮病基 因分子機(jī)理的研宄極少，寄主的抗性研宄也剛剛起步，目前僅有少數(shù)幾篇有關(guān)抗性材料篩 選的報(bào)道，抗性基因挖掘及抗病育種研宄尚未見(jiàn)報(bào)道。


【發(fā)明內(nèi)容】

[0003] 針對(duì)現(xiàn)有技術(shù)的上述不足，本發(fā)明公開了抗南方水稻黑條矮縮病位點(diǎn)qSRBSDV6 及其分子標(biāo)記方法。
[0004] 抗南方水稻黑條矮縮病位點(diǎn)qSRBSDV6,位于分子標(biāo)記RM20148-RM20297之間；所 述分子標(biāo)記RM20148引物，存在qSRBSDV6時(shí)的擴(kuò)增條帶為129bp條帶；所述的分子標(biāo)記 RM20297引物，存在qSRBSDV6時(shí)的擴(kuò)增條帶為172bp條帶。
[0005] 所述抗南方水稻黑條矮縮病位點(diǎn)qSRBSDV6的分子標(biāo)記方法：用分子標(biāo)記RM20148 引物，或用分子標(biāo)記RM20297引物擴(kuò)增抗南方水稻黑條矮縮病品種或育種材料DNA，如果用 分子標(biāo)記RM20148引物能夠擴(kuò)增出129bp擴(kuò)增片段，或用用分子標(biāo)記RM20297引物能夠擴(kuò) 增出172bp擴(kuò)增片段，則標(biāo)志著水稻品種（品系）抗南方水稻黑條矮縮病位點(diǎn)qSRBSDV6的 存在。
[0006] 篩選所述的抗南方水稻黑條矮縮病位點(diǎn)qSRBSDV6的分子標(biāo)記的方法，包括以下 步驟： 步驟1 :以抗南方水稻黑條矮縮病的普通野生稻材料yll為供體，感南方水稻黑條矮縮 病的栽培稻品種廣恢998為受體，通過(guò)雜交、回交和自交構(gòu)建了一套包含280個(gè)株系的水稻 染色體片段導(dǎo)入系BC3F 7; 發(fā)明人對(duì)648份普通野生稻和栽培稻材料進(jìn)行了南方水稻黑條矮縮病的人工接種和 田間誘發(fā)鑒定，篩選到1份南方水稻黑條矮縮病發(fā)病率較低的材料一普通野生稻yll，該普 通野生稻材料yl 1連續(xù)三年三點(diǎn)田間鑒定均對(duì)南方水稻黑條矮縮病表現(xiàn)高抗，進(jìn)一步進(jìn)行 室內(nèi)接種鑒定，三次重復(fù)鑒定的結(jié)果表明該品種具有較高的南方水稻黑條矮縮病抗性。該 抗源的發(fā)掘?yàn)榭鼓戏剿竞跅l矮縮病基因的定位、克隆和育種利用提供了材料基礎(chǔ)。
[0007] 步驟2 :采用室內(nèi)接種鑒定結(jié)合田間誘發(fā)鑒定進(jìn)行南方水稻黑條矮縮病的抗性鑒 定； 步驟3 :在導(dǎo)入系中取高抗和高感各30株，利用CTAB法(十六烷基三甲基溴化銨法)提 取水稻植株的DNA，構(gòu)建DNA高、低池，利用基于簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)SLAF-seq的水稻Super BSA方法對(duì)抗南方水稻黑條矮縮病基因進(jìn)行主基因定位； 步驟4 :用高抗南方水稻黑條矮縮病導(dǎo)入系與受體親本廣恢998雜交獲得F2 :3家 系，對(duì)其中300個(gè)家系進(jìn)行抗性鑒定，提取DNA，通過(guò)簡(jiǎn)單重復(fù)序列標(biāo)記SSR分析，利用 MAPMARKER/EXP3. 0軟件對(duì)多態(tài)性標(biāo)記基因型和相應(yīng)家系的南方水稻黑條矮縮病抗性級(jí)別 進(jìn)行連鎖分析，并將Kosambi函數(shù)轉(zhuǎn)換為遺傳距離。利用Windows QTL Cartographer V2.0 軟件復(fù)合區(qū)間作圖法，以2cM為步長(zhǎng)在基因組內(nèi)進(jìn)行掃描，QTL的檢測(cè)采用5%總體顯著水 平，相應(yīng)L0D統(tǒng)計(jì)量的顯著閥值用排列測(cè)驗(yàn)方法進(jìn)行估計(jì)，共重復(fù)抽樣1000次； 步驟5 :獲得抗南方水稻黑條矮縮病野生稻材料yll抗南方水稻黑條矮縮病位點(diǎn) qSRBSDV6 -個(gè)，位于標(biāo)記RM20148-RM20297之間，通過(guò)抗南方水稻黑條矮縮病主基因的分 子標(biāo)記來(lái)檢測(cè)抗性材料yll及其衍生品種(系）中是否含有該主基因位點(diǎn)，預(yù)測(cè)其南方水稻 黑條矮縮病抗性水平，大大提高抗南方水稻黑條矮縮病水稻的選擇效率。
[0008] 其中，步驟3所述主基因定位于第6染色體上；步驟3采用CTAB法，可以很好去除 多糖，更有利于提取和純化水稻植株的DNA。
[0009] 本發(fā)明所述的抗南方水稻黑條矮縮病位點(diǎn)qSRBSDV6在水稻育種中的應(yīng)用。
[0010] 本發(fā)明所述的抗南方水稻黑條矮縮病位點(diǎn)qSRBSDV6在快速篩選抗南方水稻黑條 矮縮病品種或者品系中的應(yīng)用。
[0011] 本發(fā)明所述的抗南方水稻黑條矮縮病位點(diǎn)qSRBSDV6的分子標(biāo)記引物在在水稻育 種中的應(yīng)用。
[0012] 本發(fā)明所述的抗南方水稻黑條矮縮病位點(diǎn)qSRBSDV6的分子標(biāo)記引物在快速篩選 抗南方水稻黑條矮縮病品種或品系中的應(yīng)用。
[0013] 與現(xiàn)有技術(shù)相比，本發(fā)明的有益效果為： 本發(fā)明利用抗南方水稻黑條矮縮病的普通野生稻材料yll與感病品種廣恢998雜交、 回交和自交獲得的BC3F7進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析和遺傳連鎖分析，獲得一個(gè)抗南方水稻黑條矮縮病 位點(diǎn)qSRBSDV6,通過(guò)與qSRBSDV6連鎖的分子標(biāo)記來(lái)檢測(cè)抗性材料yll及其衍生品種(系)中 是否含有抗南方水稻黑條矮縮病基因位點(diǎn)，可以預(yù)測(cè)其南方水稻黑條矮縮病的抗性水平， 大大提高抗南方水稻黑條矮縮病水稻的選擇效率。本發(fā)明所提供的抗南方水稻黑條矮縮病 主效基因位點(diǎn)的分子標(biāo)記方法，具有以下優(yōu)點(diǎn)： (1)本發(fā)明在國(guó)際上首次用利用基于簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)SLAF-seq的水稻Super BSA 方法和SSR分子標(biāo)記定位了水稻抗南方水稻黑條矮縮病位點(diǎn)。
[0014] (2)通過(guò)本發(fā)明分子標(biāo)記定位的抗性基因位點(diǎn)位置明確，鑒定方便快捷。通過(guò)檢測(cè) 這些與抗南方水稻黑條矮縮病基因位點(diǎn)連鎖的分子標(biāo)記，即可以預(yù)測(cè)水稻植株的南方水稻 黑條矮縮病抗性水平，用于水稻品種或品系的基因型檢測(cè)，以判斷該品種或品系是否具有 南方水稻黑條矮縮病抗性，進(jìn)而快速篩選抗病品種或品系用于水稻育種，抗性基因位點(diǎn)的 檢測(cè)方便快速，不易受環(huán)境影響。
[0015] (3)輔助育種選擇目標(biāo)明確，效率高。以往的傳統(tǒng)育種技術(shù)，在提高抗性育種方法 中，通常利用含抗病基因的供體親本與受體親本進(jìn)行雜交、多次回交或聚合復(fù)交。而且要 對(duì)南方水稻黑條矮縮病的抗性進(jìn)行單株選擇；然而，由于南方水稻黑條矮縮病不能經(jīng)過(guò)白 背飛虱的蟲卵傳毒，要經(jīng)過(guò)飼養(yǎng)白背飛虱、飼毒和接種傳毒等復(fù)雜的鑒定過(guò)程，鑒定難度很 大，表型鑒定的結(jié)果可靠性低；因此，抗南方水稻黑條矮縮病育種不僅費(fèi)時(shí)費(fèi)工，而且難度 大、成本高。通過(guò)利用本發(fā)明中的分子標(biāo)記檢測(cè)南方水稻黑條矮縮病基因位點(diǎn)，可以在苗期 就鑒定出抗南方水稻黑條矮縮病的單株，淘汰其它植株，不僅節(jié)約成本，而且大大提高了抗 南方水稻黑條矮縮病水稻的選擇效率。

【專利附圖】

【附圖說(shuō)明】
[0016] 圖1是普通野生稻材料yll抗南方水稻黑條矮縮病基因在染色體上的位置。
[0017] 圖2是抗南方水稻黑條矮縮病基因緊密連鎖分子標(biāo)記的電泳圖譜。
[0018]圖中：M:Mark;l:yll;2:廣恢998 ;3-12:極抗單株；13-22:極感單株。

【具體實(shí)施方式】
[0019] 下面結(jié)合附圖，對(duì)本發(fā)明的【具體實(shí)施方式】作進(jìn)一步的詳細(xì)說(shuō)明。
[0020] 材料與方法： 步驟1 :遺傳分析分尚群體的構(gòu)建； 以抗南方水稻黑條矮縮病野生稻材料yll為父本，感南方水稻黑條矮縮病品種廣恢 998為母本，配制Fi雜種，再以廣恢998為母本，998/y11雜種為父本進(jìn)行回交直到BC芯，之 后進(jìn)行自交加代繁種獲得BC3F7群體。利用高抗南方水稻黑條矮縮病導(dǎo)入系農(nóng)14與受體親 本雜交再自交，獲得抗性分離群體F2 :3家系。
[0021] 步驟2 :采用室內(nèi)接種鑒定結(jié)合田間誘發(fā)鑒定進(jìn)行南方水稻黑條矮縮病的抗性鑒 定； (1)田間誘發(fā)鑒定 材料分別種植于南寧市廣西農(nóng)科院水稻所實(shí)驗(yàn)田、防城港市防城區(qū)那梭鎮(zhèn)那夏村感病 稻田、桂林市興安縣湘漓鎮(zhèn)分水塘村感病稻田。2012年-2014年連續(xù)三年進(jìn)行三點(diǎn)鑒定，南 寧市和防城港市的鑒定在晚造進(jìn)行，桂林市的鑒定在中造進(jìn)行。每個(gè)材料插36株，設(shè)兩個(gè) 重復(fù)，常規(guī)水肥管理，不施用任何農(nóng)藥，鑒定材料旁邊種植感病品種TN1作為誘發(fā)品種。分 蘗初期隨機(jī)對(duì)從試驗(yàn)田塊采集來(lái)的50頭白背飛虱進(jìn)行南方水稻黑條矮縮病毒的TR-PCR檢 測(cè)，確定帶毒率。
[0022] 于水稻分蘗盛期統(tǒng)計(jì)發(fā)病率。此時(shí)發(fā)病植株表現(xiàn)出明顯的病狀：極明顯的矮縮，葉 片深綠、僵直，心葉從下葉葉鞘伸出，葉背的葉脈和莖桿上出現(xiàn)蠟白色或短條狀瘤突、莖節(jié) 有倒生氣須根。而健康植株生長(zhǎng)旺盛，高度正常，發(fā)病植株和健康植株反差非常明顯。以每 個(gè)實(shí)驗(yàn)點(diǎn)2個(gè)重復(fù)的發(fā)病百分率平均值作為品種的抗南方水稻黑條矮縮病表型值進(jìn)行統(tǒng) 計(jì)。
[0023] (2)人工接種南方水稻黑條矮縮病毒鑒定 將親本、BC3F7群體株系、抗病和感病對(duì)照品種浸種催芽，播種約100粒露白發(fā)芽種子于 20cmX30cmX3cm的搪瓷盆內(nèi)，設(shè)2個(gè)重復(fù)。當(dāng)秧苗長(zhǎng)至1. 5-2葉時(shí)，淘汰弱苗，保留50株 整齊一致的健康苗。放入防蟲網(wǎng)箱，接入從南寧市石埠鎮(zhèn)采集并且經(jīng)過(guò)飼毒的白背飛虱，每 棵植株按2-3頭蟲的比例接種。每天驅(qū)蟲3-5次，確保每株稻苗均有白背飛虱停留。3d后 移走苗上的飛虱。把接種后的稻苗移栽到防蟲網(wǎng)室，待長(zhǎng)至分蘗盛期進(jìn)行病情調(diào)查。
[0024] 步驟3 :yll/廣恢998分離群體的抗南方水稻黑條矮縮病主基因定位 (1) 用CTAB法提取親本、F1及BC3F7群體株系的DNA，在導(dǎo)入系中取高抗、高感各30株， 利用CTAB法提取水稻植株的DNA，構(gòu)建DNA高、低池； (2) 利用基于簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)SLAF-seq的水稻Super BSA方法對(duì)抗病基因進(jìn)行分 析和基因定位，實(shí)驗(yàn)步驟如下： ① SLAF-seq實(shí)驗(yàn)流程：根據(jù)前期信息學(xué)方法設(shè)計(jì)的酶切方案，對(duì)各樣品基因組DNA 進(jìn)行酶切，對(duì)酶切片段進(jìn)行平端化，5'磷酸化和3'端加A處理，連接測(cè)序接頭，構(gòu)建每個(gè)樣 本的SALF-seq文庫(kù)，切膠選取目標(biāo)片段，最后進(jìn)行PCR擴(kuò)增和高通量測(cè)序； ② 生物信息學(xué)分析：對(duì)測(cè)序得到的各樣品的reads數(shù)據(jù)進(jìn)行評(píng)估，通過(guò)相似性聚類、 基因型糾錯(cuò)后，得到SLAF標(biāo)簽，對(duì)SLAF標(biāo)簽進(jìn)行多態(tài)性分析，得到樣品間的多態(tài)性標(biāo)記，根 據(jù)得到的多態(tài)性標(biāo)記進(jìn)行基因定位，得到性狀相關(guān)的差異標(biāo)記。對(duì)得到的SLAF標(biāo)簽，根據(jù) 等位基因數(shù)和基因序列之間的差異進(jìn)行多態(tài)性分析，得到多態(tài)性的SLAF標(biāo)簽，即Marker。 根據(jù)Marker的定位結(jié)果，統(tǒng)計(jì)Marker在各染色體上的數(shù)量，繪制Marker在染色體上的分 布圖； ③ 基因定位：對(duì)得到的8, 526個(gè)Marker，進(jìn)行親本數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化，根據(jù)親本測(cè)序深度確 定等位基因的親本來(lái)源，選取一種基因型來(lái)源于1-2,另一種基因型來(lái)源于2-1的Marker共 6, 403個(gè)。對(duì)這6, 403個(gè)Marker，采用SNP-index關(guān)聯(lián)方法進(jìn)行檢驗(yàn)分析。
[0025] 步驟4 :利用第6染色體的SSR標(biāo)記分析F2:3分離群體并對(duì)抗病基因進(jìn)行分析。 SSR分析程序如下： ① 所述 12U1PCR 反應(yīng)體系包括：DNA(10ng/yl)，2yl ;Primer(4pmol/yl)，1.5yl ; 2 X Taq PCR Master Mix (中科瑞泰），6 y 1 ;ddH20, 2. 5 y 1 ; ② 擴(kuò)增反應(yīng)在東盛龍ETC811擴(kuò)增儀上進(jìn)行，所述PCR反應(yīng)條件為：95°C預(yù)變性5min， 95°C變性35s，55°C復(fù)性35s，72°C延伸lmin，35個(gè)循環(huán)，最后72°C延伸7min。擴(kuò)增產(chǎn)物用 8%的非變性PAGE膠分離，通過(guò)銀染顯色。親本間有多態(tài)的引物在F2:3群體進(jìn)行分析，獲取 樣本基因型資料； ③ 根據(jù)連鎖交換規(guī)律，利用群體基因型資料構(gòu)建水稻的第6染色體圖譜，所用軟件為 MARKER/EXP3. 0,最小LOD值設(shè)為2,獲得連鎖圖譜； ?利用 Windows QTL Cartographer V2. 5 軟件復(fù)合區(qū)間作圖法（Composite interval mapping，CM)，以2cM為步長(zhǎng)在基因組內(nèi)進(jìn)行掃描。QTL的檢測(cè)采用5%總體顯著水平，相 應(yīng)L0D統(tǒng)計(jì)量的顯著閾值用排列測(cè)驗(yàn)方法進(jìn)行估計(jì)，其重復(fù)抽樣1000次。同時(shí)估計(jì)了各位 點(diǎn)的加性效應(yīng)和貢獻(xiàn)率。利用MARMAKER/EXP3. 0分析軟件進(jìn)行南方水稻黑條矮縮病抗性與 SSR標(biāo)記的分離分析，并將Kosambi函數(shù)轉(zhuǎn)換為遺傳距離（cM)。
[0026] 步驟5:結(jié)果與分析 yll和廣恢998經(jīng)南方水稻黑條矮縮病的田間和室內(nèi)鑒定，其平均發(fā)病率分別為4. 2% 和82. 2%，表明yll具有較高的南方水稻黑條矮縮病抗病性，而廣恢998高感南方水稻黑條 矮縮病。關(guān)聯(lián)分析結(jié)果表明，在第6號(hào)染色體上有檢測(cè)到一段明顯位于閾值線以下的區(qū)域， 該段區(qū)域即為找到的與抗南方水稻黑條矮縮病基因關(guān)聯(lián)的區(qū)域。該位點(diǎn)位于第6染色體長(zhǎng) 臂上，遺傳物理距離為2Mb。通過(guò)SSR分子標(biāo)記分析，利用高抗導(dǎo)入系與受體親本的F2 :3 家系構(gòu)建了第6染色體的遺傳圖譜，結(jié)合表型數(shù)據(jù)，利用Windows QTL Cartographer V2. 5 軟件進(jìn)行抗南方水稻黑條矮縮病的QTL檢測(cè)。如圖1所示，結(jié)果在水稻的第6染色體上標(biāo) 記RM20148和RM20297之間檢測(cè)到一個(gè)抗南方水稻黑條矮縮病的QTL qSRBSDV6, L0D值為 7. 93,貢獻(xiàn)率為22. 7%，可解釋表型變異的22. 7%。
[0027] 分子標(biāo)記RM20148引物： 上游引物：GAGCCGAACTGACCTCCACTGC 下游引物：CACTGCCTCCGGGTCAITGC 分子標(biāo)記RM20297 : 上游引物：ITGGCACGGCCATATAACAAGC 下游引物：AAGITGATGGCCTTTGGITTGC 用分子標(biāo)記RM20148引物或者用RM20297引物擴(kuò)增抗南方水稻水稻黑條矮縮病品種或 育種材料DNA，如圖2所示，用分子標(biāo)記RM20148能夠擴(kuò)增出129bp的擴(kuò)增片段，或用分子標(biāo) 記RM20297引物能擴(kuò)增出172bp的擴(kuò)增片段，則標(biāo)志著水稻品種抗南方水稻黑條矮縮病的 位點(diǎn)qSRBSDV6的存在。
[0028] 通過(guò)與上述基因位點(diǎn)連鎖的分子標(biāo)記來(lái)檢測(cè)抗性材料yll及其衍生品種(系沖是 否含有抗南方水稻黑條矮縮病基因位點(diǎn)，可預(yù)測(cè)其南方水稻黑條矮縮病抗性水平，大大提 高抗南方水稻黑條矮縮病水稻的選擇效率。
[0029] 以上內(nèi)容是結(jié)合具體的優(yōu)選實(shí)施方式對(duì)本發(fā)明所作的進(jìn)一步詳細(xì)說(shuō)明，不能認(rèn)定 本發(fā)明的具體實(shí)施只局限于這些說(shuō)明。對(duì)于本發(fā)明所屬【技術(shù)領(lǐng)域】的普通技術(shù)人員來(lái)說(shuō)，在 不脫離本發(fā)明構(gòu)思的前提下，還可以做出若干簡(jiǎn)單推演或替換，都應(yīng)當(dāng)視為屬于本發(fā)明的 保護(hù)范圍。
【權(quán)利要求】
1. 抗南方水稻黑條矮縮病位點(diǎn)qSRBSDV6,其特征在于：其位于分子標(biāo)記 RM20148-RM20297之間；所述分子標(biāo)記RM20148引物，存在qSRBSDV6時(shí)的擴(kuò)增條帶為129bp 條帶，所述的分子標(biāo)記RM20297引物，存在qSRBSDV6時(shí)的擴(kuò)增條帶為172bp條帶。
2. 權(quán)利要求1所述的抗南方水稻黑條矮縮病位點(diǎn)qSRBSDV6的分子標(biāo)記方法，其特征在 于：用分子標(biāo)記RM20148引物，或用分子標(biāo)記RM20297引物擴(kuò)增水稻抗南方水稻黑條矮縮病 品種或育種材料DNA，如果用分子標(biāo)記RM20148引物能夠擴(kuò)增出129bp擴(kuò)增片段，或用分子 標(biāo)記RM20297引物能夠擴(kuò)增出172bp擴(kuò)增片段，則標(biāo)志著水稻品種（品系）抗南方水稻黑 條矮縮病位點(diǎn)qSRBSDV6的存在。
3. 篩選如權(quán)利要求1所述的抗南方水稻黑條矮縮病位點(diǎn)qSRBSDV6的分子標(biāo)記的方法， 其特征在于：包括以下步驟： 步驟1 :以抗南方水稻黑條矮縮病的普通野生稻材料yll為供體，感南方水稻黑條矮縮 病的栽培稻品種廣恢998為受體，通過(guò)雜交、回交和自交構(gòu)建了一套包含280個(gè)株系的水稻 染色體片段導(dǎo)入系BC3F7; 步驟2 :采用室內(nèi)接種鑒定結(jié)合田間誘發(fā)鑒定進(jìn)行南方水稻黑條矮縮病的抗性鑒定； 步驟3 :在導(dǎo)入系中取高抗和高感各30株，利用CTAB法提取水稻植株的DNA，構(gòu)建DNA 高、低池，利用基于簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)SLAF-seq的水稻Super BSA方法對(duì)抗南方水稻黑 條矮縮病基因進(jìn)行主基因定位； 步驟4 :用高抗南方水稻黑條矮縮病導(dǎo)入系與受體親本廣恢998雜交獲得F2 :3家 系，對(duì)其中300個(gè)家系進(jìn)行抗性鑒定，提取DNA，通過(guò)簡(jiǎn)單重復(fù)序列標(biāo)記SSR分析，利用 MAPMARKER/EXP3. 0軟件對(duì)多態(tài)性標(biāo)記基因型和相應(yīng)家系的黑條矮縮病抗性級(jí)別進(jìn)行連鎖 分析，并將Kosambi函數(shù)轉(zhuǎn)換為遺傳距離；利用Windows QTL Cartographer V2.0軟件復(fù) 合區(qū)間作圖法，以2cM為步長(zhǎng)在基因組內(nèi)進(jìn)行掃描，QTL的檢測(cè)采用5%總體顯著水平，相應(yīng) L0D統(tǒng)計(jì)量的顯著閥值用排列測(cè)驗(yàn)方法進(jìn)行估計(jì)，共重復(fù)抽樣1000次； 步驟5 :獲得抗南方水稻黑條矮縮病野生稻材料yll抗南方水稻黑條矮縮病位點(diǎn) qSRBSDV6 -個(gè)，位于標(biāo)記RM20148-RM20297之間，通過(guò)抗南方水稻黑條矮縮病主基因的分 子標(biāo)記來(lái)檢測(cè)抗性品種yll及其衍生品種(系）中是否含有該主基因位點(diǎn)，預(yù)測(cè)其南方水稻 黑條矮縮病抗性水平，大大提高抗南方水稻黑條矮縮病水稻的選擇效率。
4. 根據(jù)權(quán)利要求3所述的分子標(biāo)記方法，其特征在于：步驟3所述主基因定位于第6染 色體上。
5. 權(quán)利要求1所述的抗南方水稻黑條矮縮病位點(diǎn)qSRBSDV6在水稻育種中的應(yīng)用。
6. 根據(jù)權(quán)利要求5所述的應(yīng)用，其特征在于：所述抗南方水稻黑條矮縮病位點(diǎn) qSRBSDV6在快速篩選抗南方水稻黑條矮縮病品種或者品系中的應(yīng)用。
7. 權(quán)利要求1所述的抗南方水稻黑條矮縮病位點(diǎn)qSRBSDV6的分子標(biāo)記引物在水稻育 種中的應(yīng)用。
8. 根據(jù)權(quán)利要求7所述的應(yīng)用，其特征在于：所述抗南方水稻黑條矮縮病位點(diǎn) qSRBSDV6的分子標(biāo)記引物在快速篩選抗南方水稻黑條矮縮病品種或品系中的應(yīng)用。
【文檔編號(hào)】C12Q1/68GK104450694SQ201410683130
【公開日】2015年3月25日 申請(qǐng)日期:2014年11月24日 優(yōu)先權(quán)日:2014年11月24日
【發(fā)明者】李丹婷, 農(nóng)保選, 夏秀忠, 秦碧霞, 張宗瓊, 楊行海, 曾宇, 鄧國(guó)富, 李戰(zhàn)彪, 劉開強(qiáng) 申請(qǐng)人:廣西壯族自治區(qū)農(nóng)業(yè)科學(xué)院水稻研究所