用于移植結腸微生物群的組合物和方法
【專利摘要】本發(fā)明提供包括一種人類糞便提取物的組合物，以及使用此類組合物的方法，包括用于替換或補充或調節(jié)一個受試者的結腸微生物群的方法，以及治療結腸的一種疾病、病理性病狀和/或醫(yī)原性病狀的方法。
【專利說明】用于移植結腸微生物群的組合物和方法
[0001]相關申請的交叉引用
[0002]本申請要求了 2011年3月9日提交的美國臨時申請序列號61/450,838的權益，該美國臨時申請通過引用結合在此。
[0003]政府資助
[0004]本發(fā)明是在政府支持下根據美國國家衛(wèi)生研究院(NIH)授予的撥款號R21A1091907進行的。政府擁有本發(fā)明的某些權利。
[0005]背景
[0006]1978年，艱難梭菌首先被確認為與使用抗微生物劑有關的腹瀉和偽膜性結腸炎的主要病因。從這時起，北美和歐洲的艱難梭菌感染的發(fā)生率、發(fā)病率以及死亡率不斷增長(弗里曼(Freeman)等人，臨床微生物學評論(Clin Microbiol Rev) 2010; 23:529-49 ;凱莉(Kelly)和拉蒙特(LaMont)，新英格蘭醫(yī)學雜志(N Engl J Med)2008; 359:1932-40)。1996年到2003年間美國國家出院調查(U.S.National Hospital Discharge Survey)統(tǒng)計的分析揭示在住院患者中診斷為艱難梭菌感染(CDI)的患病率加倍到0.61/1，000 (麥克唐納(McDonald)等人，新發(fā)感染性疾病(Emerg Infect Dis) 2006; 12:409-15)。一項 2008 年關于所有美國急性病護理設施的12.5%的調查表明⑶I患病率為13.1/1，000，這比以前發(fā)現(xiàn)的高至少一個數量級(賈維斯(Jarvis)等人,美國感染控制雜志(Am J Infect Control)2009;37:263-70)。雖然老年患者與年輕個體相比具有不成比例地更大比率的⑶I，但并無年齡組被省去，并且甚至在兒科群體中CDI相關住院的發(fā)生率也已正在上升(茨爾柏柏格(Zilberberg)等人，新發(fā)感染性疾病2010;16:604-9)。發(fā)生率增加已因這種疾病的最重度形式的頻率升高而進一步復雜化，如通過上升的CDI相關發(fā)病率和病死率所證明(里恰爾迪(Ricciardi)等人，外科學文獻(Arch Surg) 2007; 142:624-31 ;討論631 ;茨爾柏柏格等人，新發(fā)感染性疾病2008;14:929-31)。這在某種程度上與毒性更強的艱難梭菌菌株的出現(xiàn)有關，如PCR核糖核酸型027/`北美脈沖場型I (NAP1)，其特征為與其他臨床上相關情況相比更大的產毒素潛能和抗生素抗性(魯尼克(Rupnik)等人，自然評論:微生物學(NatRev Microbiol) 2009; 7:526-36 ;庫伊普爾(Kui jper)等人，歐洲監(jiān)測(Euro Surveill)2008;13)。
[0007]復發(fā)性CDI是最困難并且越來越常見的與CDI有關的挑戰(zhàn)之一(蘇拉威茨(Surawicz),胃腸病學(Gastroenterology) 2009; 136:1152-4)。在約 20%_30% 的病例中，初始發(fā)生的⑶I隨后可能在30天內復發(fā)(凱莉和拉蒙特，新英格蘭醫(yī)學雜志2008; 359:1932-40 ;路易(Louie)等人，新英格蘭醫(yī)學雜志 2011; 364:422-31 ;佩平(Pepin)等人，臨床感染性疾病(Clin Infect Dis) 2006; 42:758-64)，并且在發(fā)生兩次或更多次之后復發(fā)的風險加倍(麥克唐納等人，新發(fā)感染性疾病2006;12:409-15)。更老的年齡、針對非艱難梭菌適應癥的介入性抗生素使用、腎功能不全、免疫缺乏以及抗酸藥物是關于復發(fā)性⑶I的一些已知風險因素(蘇拉威茨，胃腸病學2009; 136:1152-4 ;加里(Garey)等人，醫(yī)院感染雜志(J Hosp Infect) 2008;70:298-304)。僅三種臨床標準:年齡>65歲、重度疾病以及治療初始CDI事件之后繼續(xù)使用抗生素的存在預示了幾乎90%的復發(fā)率(胡(Hu)等人，胃腸病學2009; 136:1206-14)。⑶I通常還使發(fā)炎性腸道疾病(IBD)的處理變復雜，這近來已被確認為⑶I感染的一種額外的獨立風險因素(伊薩(Issa)等人，臨床腸胃病學與肝臟病學(Clin Gastroenterol Hepatol) 2007; 5:345-51 ;羅德曼(Rodemann)等人，臨床腸胃病學與肝臟病學2007;5:339-4415)。潛在IBD患者中的⑶I與增加的結腸炎嚴重性和更高的復發(fā)率以及結腸切除術有關(伊薩等人，發(fā)炎性腸道疾病(Inflamm Bowel Dis)2008;14:1432-42)o
[0008]現(xiàn)已認識到正常健康的腸道微生物群(正常消化道微生物)的存在提供了針對⑶I的保護。相反地，因用于治療CDI的抗生素(包括甲硝噠唑和萬古霉素)的使用而造成的正常腸道微生物群的嚴重破壞可能是⑶I復發(fā)的主要原因之一。常(Chang)和同事使用16SrDNA測序分析七個初始和復發(fā)性⑶I患者的糞便微生物群(常等人，感染性疾病雜志(JInfect Dis)2008; 197:435-8)。他們報導了與正常對照受試者相比所有患者中的細菌物種多樣性均降低。然而，在三個復發(fā)性CDI患者中發(fā)現(xiàn)最大程度的物種多樣性降低，并且在門水平上他們的消化道微生物群的破壞很明顯，其中擬桿菌門(在正常情況下是結腸中的兩種優(yōu)勢門之一)顯著減少。相反，這些患者中的消化道微生物群由變形菌門和疣微菌門的成員占優(yōu)勢，這些成員在正常情況下僅是結腸微生物群的次要組分。
[0009]復發(fā)性CDI的抗生素治療的一般目標是不僅抑制艱難梭菌，而且保護剩余的結腸微生物群并且優(yōu)化它們的復原。已使用不同的抗生素方案(包括長期漸減式或脈沖式投以萬古霉素(麥克法蘭(McFarland)等人，美國胃腸病學雜志(Am J Gastroenterol)2002;97:1769-75)和利福昔明“追加劑”方案(約翰遜(Johnson)等人，臨床感染性疾病2007; 44:846-8 ;約翰遜等人，厭氧生物(Anaerobe) 2009; 15:290-1))來實現(xiàn)這個目標，并且取得了部分成功。近來，顯示非達霉素(一種新的大環(huán)抗生素，該抗生素的抗菌譜窄并且繞過了擬桿菌屬物種)與萬古霉素治療相比使CDI的初始復發(fā)率降低50% (路易等人，新英格蘭醫(yī)學雜志2011;364:422-31)。然而，用非達霉素治療并不改變由毒性更強的PCR027/NAPl菌株所引起的CDI復發(fā)率。因此，盡管取得了這些進展，但在可預見的將來，治療復發(fā)性CDI的挑戰(zhàn)似乎可能仍然存在`。
[0010]糞便微生物群移植(FMT)(通常也稱為‘糞便細菌療法’)代表一種治療性方案，該方案允許結腸微生物群落的正常組成的最快重建。幾十年來，F(xiàn)MT已由世界上的選擇中心提供，典型地作為復發(fā)性CDI患者的一種不得已的選擇。最常最早被引用的關于FMT的報導是由愛森曼(Eiseman)和同事進行的,他們在1958年描述了將糞便灌腸劑用于可能患有重度或突發(fā)形式的偽膜性結腸炎的患者(愛森曼等人，手術(Surgery) 1958;44:854-9)。從這時起，以單獨的病例報導或小型病例系列形式報導了遠遠超過200個病例，其中清除復發(fā)性CDI的累積成功率為約90%，而未提到任何不良事件。用于FMT的歷史和一般方法已描述于數個近期評論(巴肯(Bakken),厭氧生物2009;15:285-9 ;范努德(van Nood)等人，歐洲監(jiān)測2009; 14 ;寇拉斯(Khoruts)和薩多斯基(Sadowsky),粘膜免疫學(Mucosal Immunol)2011;4:4-7)中。然而，盡管存在長期并且成功的追蹤記錄連同巨大的臨床需要，但用于許多患者的程序的可獲得性仍非常有限。
[0011]更廣泛的FMT實踐的缺乏在很大程度上歸因于多個非微不足道的實際障礙而不是歸因于缺乏功效。這些障礙包括缺乏關于供體篩選的補償、在適當的時間缺乏充足供體、材料制備和給藥的困難連同關于在內窺鏡檢查或醫(yī)療辦公室中進行該程序的美觀性考慮。這些障礙還包括患者對該程序的感知、工作人員進行該程序的意愿、與處理糞便物質有關的衛(wèi)生問題。這些因素一起使得它成為一種令人討厭的選擇，該選擇經常被視為一種不得已的治療，并且對于可能受益于它的絕大多數患者來說該選擇在很大程度上是不可使用的。此外，制藥行業(yè)對基于FMT的治療劑的技術進展已顯示出一點興趣，這在很大程度上歸因于供體材料的廣泛可獲得性和它的復雜組成。相反，已主要由面對患者的極渴望的需要的單獨的臨床醫(yī)師推動發(fā)展。
[0012]發(fā)明概述
[0013]本發(fā)明提供了包含人類糞便的一種提取物或一種制備物的組合物。在一個實施例中，一種組合物包含不大于 0.05%、0.1%、0.2%、0.3%、0.4%、0.5%、0.6%、0.7%、0.8%、0.9%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%或10%的非生命材料重量/生物材料重量。任選地該生物材料包含人類消化道、結腸或腸道糞便微生物，并且任選地該生物材料包含人類消化道、結腸或腸道細菌。任選地該組合物包含一種藥學上可接受的載體。任選地該組合物是一種用于口服給藥的配制品。
[0014]在一個實施例中，一種組合物由非生命材料粒子和/或生物材料粒子組成，或基本上由這些粒子組成，這些粒子將穿過具有以下篩網尺寸的一個篩網:2.0mmU.0mm,0.5mm、0.25mm、0.212mm、0.180mm、0.150mm、0.125mm、0.106mm、0.090mm、0.075mm、0.063mm、0.053mm、0.045mm、0.038mm、0.032mm、0.025mm、0.020mm、0.01mm 或 0.2mm。任選地該組合物包含一種藥學上可接受 的載體，并且任選地該組合物是一種用于口服給藥的配制品
[0015]在一個實施例中，一種組合物包含從消化道、結腸或腸道提取或制備的至少4種不同門的消化道、結腸或腸道細菌，其中這些門包括擬桿菌門的一個成員、厚壁菌門的成員、變形菌門的成員、軟壁菌門的成員或其組合。任選地這些門選自擬桿菌門、厚壁菌門、變形菌門以及軟壁菌門。該組合物包含不大于0.05%,0.1%、0.2%、0.3%、0.4%、0.5%、0.6%、0.7%、0.8%、0.9%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%或10%的非生命材料重量/生物材料重量。任選地該生物材料包含人類消化道、結腸或腸道菌群。任選地該生物材料包含人類消化道、結腸或腸道細菌。任選地該組合物包含一種藥學上可接受的載體，并且任選地該組合物是一種用于口服給藥的配制品。
[0016]在一個實施例中，一種組合物包含一種人類糞便提取物，其中該組合物基本上是無氣味的，任選地包含生物材料，并且任選地其中該生物材料包含細菌。任選地該組合物包含一種藥學上可接受的載體，并且任選地該組合物是一種用于口服給藥的配制品。
[0017]本發(fā)明的一種組合物可以包含不大于0.1%的非生命材料重量/生物材料重量。在一個實施例中，一種組合物可以由將穿過一個0.25mm篩網或等效物的粒子組成，或主要由這些粒子組成。在一個實施例中，一種組合物可以包含不大于0.05%,0.1%、0.2%、0.3%、0.4%、0.5%、0.6%、0.7%、0.8%、0.9%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9% 或 10% 的非生命材料重量/生物材料重量。本發(fā)明的一種組合物可以另外包含一種低溫保護劑，如甘油。在一個實施例中，一種組合物可以在小于o°c的溫度下。在一個實施例中，一種組合物是一種固體，如一種粉末。本發(fā)明的一種組合物可以包含至少IX 1010,2X 1010,3X 1010,4X IO10
5X 101°個細菌。在一個實施例中，一種組合物的生物材料可以包含多種原核細胞、真核細胞或病毒；或一群原核細胞、真核細胞以及病毒，這群原核細胞、真核細胞以及病毒基本上等同于或代表或等效于一個正常健康人類的糞便中所存在的一群原核細胞、真核細胞以及病毒。在一個實施例中，一種組合物的生物材料可以包含一群原核細胞和病毒，這群原核細胞和病毒基本上等同于或代表或等效于一個正常健康人類的糞便中所存在的一群原核細胞和病毒。在一個實施例中，一種組合物的生物材料包含一群原核細胞、真核細胞或病毒，這群原核細胞、真核細胞或病毒基本上等同于或代表或等效于一個正常健康人類的糞便中所存在的一群原核細胞、真核細胞以及病毒。
[0018]本發(fā)明還提供了通過一種方法制備的組合物。在一個實施例中，一種方法包括使一個糞便樣品經受一種條件或多種條件，這種條件或這些條件去除至少91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多的糞便樣品中所存在的非生命材料。在一個實施例中，一種方法包括用一種過濾介質過濾一個糞便樣品，其中該過濾介質包含不大于2.0mmU.0mm、0.5mm、0.25mm、0.212mm、0.180mm、0.150mm、0.125mm、0.106mm、0.090mm、0.075mm、0.063mm、0.053mm、0.045mm、0.038mm、0.032mm、0.025mm、0.020mm、0.01mm 或 0.2mm 的篩網尺寸，以形成或產生一種濾液。任選地一種組合物包含一種生物材料，并且任選地該生物材料包含細菌。任選地一種組合物包含一種藥學上可接受的載體。任選地一種組合物是一種用于口服給藥的配制品。任選地該方法可以在不大于26 V、27°C、28°C、29°C、30°C、31 °C、32°C、33°C或34°C的溫度下進行。
[0019]該組合物可以包含至少4種不同門的細菌，其中這些門包括擬桿菌門的一個成員、厚壁菌門的成員、變形菌門的成員、軟壁菌門的成員或其組合。任選地這些門選自擬桿菌門、厚壁菌門、變形菌門以及軟壁菌門。在一個實施例中，該組合物另外包含至少5、6、7、
8、9或10種不同綱的細菌，這些細菌選自放線菌綱、擬桿菌綱、芽孢桿菌綱、梭菌綱、丹毒絲菌綱、a變形菌綱、P變形菌綱、Y變形菌綱、柔膜菌綱以及疣微菌綱。
[0020]該方法可以另外包括添加一種低溫保護劑(例如甘油)到該組合物中。該方法可以另外包括冷凍該組合物。該組合物可以用作一種治療劑，并且它可以用于治療結腸的一種疾病或一種病理性或醫(yī)原性病狀。該疾病可以是一種特征為結腸微生物群的功能異?；虿±硇越M成的疾病或病狀，例如一種艱難梭菌結腸炎。
[0021]本發(fā)明還提供了一種替`換或補充或調節(jié)一個受試者的結腸微生物群的方法。該方法可以包括向該受試者給藥一種在此所描述的組合物。本發(fā)明還提供了一種用于治療一個受試者的方法。該方法可以包括向一個有需要的受試者給藥有效量的一種在此所描述的組合物。這些方法可以另外包括在該給藥之前去除一些、大部分或基本上所有的受試者的結腸、消化道或腸道微生物群。受試者可以具有患一種結腸炎的風險或處于該風險中。在一個實施例中，結腸炎是一種自體免疫結腸炎，如一種發(fā)炎性腸道疾病、一種潰瘍性結腸炎、一種克羅恩氏病或一種腸道易激綜合癥。在一個實施例中，結腸炎是一種感染性結腸炎，如一種艱難梭菌結腸炎或一種腸出血性結腸炎。艱難梭菌結腸炎可以是一種急性艱難梭菌結腸炎、一種復發(fā)性艱難梭菌結腸炎以及一種重度艱難梭菌結腸炎。腸出血性結腸炎可以由志賀氏菌屬或大腸桿菌引起。受試者可以具有慢性腹瀉或慢性便秘的風險或處于該風險中。
[0022]本發(fā)明還提供了一種在此所描述的組合物用于制造一種藥物，或用于制造供治療或減輕或預防結腸的一種疾病或一種病理性或醫(yī)原性病狀的一種藥物的用途。任選地該疾病是一種特征為結腸微生物群的功能異?；虿±硇越M成的疾病或病狀，或該疾病是一種艱難梭菌結腸炎，或該疾病或病狀是一種結腸炎、一種自體免疫結腸炎、一種感染性結腸炎或一種腸出血性結腸炎。[0023]術語“和/或”意味著所列要素中的一者或全部或所列要素中的任何兩者或更多者的組合。
[0024]詞語“優(yōu)選的”和“優(yōu)選地”是指本發(fā)明的實施例在某些情況下可以提供某些益處。然而，其他實施例在相同或其他情況下也可以是優(yōu)選的。此外，對一個或多個優(yōu)選實施例的敘述并不暗示其他實施例是不適用的，而且并不打算從本發(fā)明的范圍中排除其他實施例。
[0025]術語“包含”和其變化形式當這些術語在說明書和權利要求書中出現(xiàn)時并不具有限制性含義。
[0026]除非另外說明，否則“一個”、“一種”、“該”以及“至少一個”可互換使用并且意味
著一個或大于一個。
[0027]另外，在此，通過端點對數值范圍進行的敘述包括該范圍內所包含的所有數值(例如 I 到 5 包括 1,1.5,2,2.75,3,3.80、4、5 等)。
[0028]對于在此所披露的包括不連續(xù)步驟的任何方法來說，這些步驟可以按任何可行的順序進行。并且，適當時，可以同時進行兩個或更多個步驟的任何組合。
[0029]本發(fā)明的以上概述并不打算描述每一個所披露的實施例或本發(fā)明的每一個實施例。隨后的說明更具體地例示了說明性實施例。在貫穿本申請的數個位置，通過實例的列表提供指導，這些實例可以通過不同的組合形式使用。在每一種情況下，所敘述的列表僅充當一個代表性的組而不應解釋為一個排他性的列表。
[0030]說明性實施實施方案的詳細說明
[0031]在本發(fā)明標準實踐之前，建議為糞便細菌療法的每一個接受者配一個獨立的供體(通常是一個緊密的家庭成員)，或使用該接受者自已為隨后使用而儲備的糞便。這些實踐的基本原理是以下想法:緊密的`家庭成員已共用他們的病原體，并且這些種類的消化道微生物群因為先前的暴露將在某種程度上更好地被接受者的免疫系統(tǒng)耐受。然而，這導致了雙重篩選、使已經虛弱的患者負擔尋找一個適合的供體的任務、供體提供材料的壓力和可能隱瞞重要醫(yī)學信息、降低成本的壓力(因為成本通常由患者承擔)、與篩選有關的時間延遲以及在供體選擇期間接受具有次優(yōu)健康狀況的供體的壓力。在此所呈現(xiàn)的組合物由一種更標準化的制造方法產生，該方法具有嚴格的供體篩選、濃縮微生物群并且去除大量非生命材料的多個過濾步驟以及任選地以一種保持微生物群的存活性的方式將它冷凍/解凍。在此所呈現(xiàn)的組合物通過制備容易可獲得以被一個醫(yī)師用來治療一個患者的結腸微生物群的適用組合物提供一個顯著優(yōu)點。此外，在美觀性上它是更加可接受的，因為這些組合物幾乎是無氣味的，呈濃縮形式，并且使用標準實驗室實踐是容易操作的。
[0032]本發(fā)明提供了包含糞便微生物的組合物。如在此所使用，術語“糞便微生物”是指一個正常健康成人的消化道、腸道或結腸(優(yōu)選地是結腸)中所存在的微生物。這種組合物可以通過加工糞便材料來制備。如在此所使用，術語“糞便材料”是指人類大便。未加工的糞便材料包含非生命材料和生物材料?！胺巧牧稀笨梢园ǖ幌抻谒兰毦?、脫落的宿主細胞、蛋白質、碳水化合物、脂肪、礦物質、粘液、膽汁、未消化的纖維和其他食物以及由食物和代謝廢產物以及食物材料的部分或完全消化產生的其他化合物。“生物材料”是指糞便材料中的生命材料，并且包括微生物，這些微生物包括原核細胞，如細菌和古細菌(例如活的原核細胞和可以形成孢子以變成活的原核細胞的芽孢)；真核細胞，如原生動物和真菌；以及病毒。在一個實施例中，“生物材料”是指生命材料，例如一個正常健康人類的結腸中所存在的微生物、真核細胞以及病毒。
[0033]可存在于本發(fā)明的一種組合物中的原核細胞的實例包括以下細胞:放線菌綱的成員，如放線菌亞綱或紅蝽菌亞綱，如雙歧桿菌目或紅蝽菌目，和/或如雙歧桿菌科或紅蝽菌科；擬桿菌門的成員，如擬桿菌綱，如擬桿菌目，和/或如擬桿菌科或理研菌科；厚壁菌門的成員，如桿菌綱、梭菌綱或丹毒絲菌綱，如桿菌目或乳桿菌目或梭菌目或丹毒絲菌目，和/或如類芽孢桿菌科或氣球菌科或乳桿菌科或鏈球菌科或卡他桿菌科或消化球菌科或消化鏈球菌科或瘤胃菌科或梭菌科或優(yōu)桿菌科或毛螺菌科或丹毒絲菌科；變形菌門的成員，如a變形菌綱或P變形菌綱或Y變形菌綱，如根瘤菌目或伯克氏菌目或交替單胞菌目或腸桿菌目，和/或如紅菌科或伯克氏菌科或希瓦氏菌科或腸桿菌科；軟壁菌門的成員，如柔膜菌綱，如蟲原體目，和/或如螺原體科；和/或疣微菌綱的成員，如疣微菌目，和/或如疣微菌科。
[0034]在一個實施例中，本發(fā)明的一種組合物可以包含作為至少I個門、至少2個門、至少3個門、至少4個門、至少5個門、至少6個門、至少7個門、至少8個門、至少9個門或至少10個門的成員的原核細菌。在一個實施例中，本發(fā)明的一種組合物可以包含作為至少I個綱、至少2個綱、至少3個綱、至少4個綱、至少5個綱、至少6個綱或至少7個綱的成員的原核細菌。在一個實施例中，本發(fā)明的一種組合物可以包含作為至少I個目、至少2個目、至少3個目、至少4個目、至少5個目、至少6個目或至少7個目的成員的原核細菌。在一個實施例中，本發(fā)明的一種組合物可以包含作為至少I個科、至少2個科、至少3個科、至少4個科、至少5個科、至少6個科、至少7個科的成員的原核細菌。在一個實施例中，本發(fā)明的一種組合物可以包含至少5、至少10、至少20或至少30個不同屬的原核細菌。在一個實施例中，本發(fā)明的一種組合物可以包含至少10、至少50、至少100、至少200、至少300或至少400個不同種的原核細菌。
[0035]在一個實施例中，本發(fā)明的一種組合物包含不大于5%的非生命材料重量/生物材料重量(wt/wt)、不大于2.5% (wt/wt)、不大于1% (wt/wt)、不大于0.1% (wt/wt)、不大于0.01% (wt/wt)或不大于0.001% (wt/wt)的非生命材料。在一個實施例中，使用目前可獲得的技術是無法檢測出本發(fā)明的一種組合物中非生命材料的量的。舉例來說，可以將生命材料染色以便獲得特定基因的生物活性、電子傳遞、DNA以及RNA。
[0036]在一個實施例中，本發(fā)明的一種組合物中所存在的糞便材料并不包含具有以下尺寸的粒子(例如非生命材料粒子和/或生物材料粒子):大于2.0毫米(mm)、大于1.0mm>大于 0.5mm、大于 0.25mm、大于 0.212mm、大于 0.180mm、大于 0.150mm、大于 0.125mm、大于 0.106mm、大于 0.090mm、大于 0.075mm、大于 0.063mm、大于 0.053mm、大于 0.045mm、大于 0.038_、大于 0.032_、大于 0.025_、大于 0.020mm> 大于 0.01mm 或大于 0.2_。一種組合物中所存在的非糞便材料可以包含具有以下尺寸的粒子:大于2.0mm、大于1.0mm、大于 0.5mm、大于 0.25mm、大于 0.212mm、大于 0.180mm、大于 0.150mm、大于 0.125mm、大于 0.106mm、大于 0.090mm、大于 0.075mm、大于 0.063mm、大于 0.053mm、大于 0.045mm、大于 0.038_、大于 0.032_、大于 0.025_、大于 0.020_、大于 0.01mm 或大于 0.2_。在一個實施例中，本發(fā)明的一種組合物中所存在的糞便材料由非生命材料和/或生物材料的粒子組成，或基本上由這些粒子組成，這些粒子的尺寸將穿過具有以下篩網尺寸的一個篩網:2.0mm、1.0mm、0.5mm、0.25mm、0.212mm、0.180mm、0.150mm、0.125mm、0.106mm、0.090mm、0.075mm、0.063mm、0.053mm、0.045mm、0.038mm、0.032mm、0.025mm、0.020mm、0.01mm 或0.2mm。因此，在這種實施例中，一種組合物中所存在的糞便材料的尺寸小于或等于2.0mm、小于或等于1.0mm、小于或等于0.5mm、小于或等于0.25mm、小于或等于0.212mm、小于或等于0.180mm、小于或等于0.150mm、小于或等于0.125mm、小于或等于0.106mm、小于或等于0.090mm、小于或等于0.075mm、小于或等于0.063mm、小于或等于0.053mm、小于或等于0.045mm、小于或等于0.038mm、小于或等于0.032mm、小于或等于0.025mm、小于或等于0.020mm、小于或等于0.01mm或小于或等于0.2mm。篩網尺寸可以是基于美國標準篩網尺寸，例如 10、18、35、60、70、80、100、120、140、170、200、230、270、325 或 400。
[0037]本發(fā)明的一種組合物可以任選地包含一種低溫保護劑。一種低溫保護劑是當冷凍時維持糞便微生物的存活性的一種化合物。低溫保護劑是本領域中已知的且常規(guī)地用于當暴露于冷凍條件時保護微生物。實例包括但不限于氨基酸，如丙氨酸、甘氨酸、脯氨酸；簡單糖，如蔗糖、葡萄糖、乳糖、核糖以及海藻糖；以及其他化合物，如二甲亞砜(DMSO)和甘油。在一種此所描述的組合物中所存在的低溫保護劑的量可以視所使用的低溫保護劑和有待用于冷凍的溫度(例如-20°C、-8(TC或不同的溫度)而不同。可使用的低溫保護劑的量是熟練人員已知的或可以使用常規(guī)實驗容易地確定。在一個實施例中，本發(fā)明的一種組合物可以包含濃度為10%的甘油。
[0038]在一個實施例中，本發(fā)明的一種組合物并不包含病原性生物材料。在一個實施例中，糞便材料是來自一個已經歷醫(yī)學病史、身體檢查以及實驗室測試的人。醫(yī)學病史的評估可以包括但不限于感染性媒介物的風險、胃腸并存病的存在、可能或確實影響腸道微生物群的組成的因素以及全身性醫(yī)學病狀。關于感染性媒介物的風險的排除標準可以包括但不限于已知乙型、丙型肝炎或HIV病毒感染；已知在任何時間暴露于HIV或病毒性肝炎；高風險行為，包括因毒品或金錢產生的性行為、男性與男性發(fā)生性行為、在前12個月內有一個以上的性伴侶、過去對靜脈內 毒品或鼻內可卡因的任何使用、嵌頓病史；在12個月內進行了紋身或身體穿洞；到世界上旅行者腹瀉的風險高于美國的地區(qū)旅行；以及當前傳染性疾病，例如上呼吸道病毒感染。
[0039]關于胃腸并存病的排除標準包括但不限于腸道易激綜合癥病史，其中特定癥狀可以包括頻繁腹部絞痛、脹氣、鼓脹、腹脹、便急、腹瀉、便秘；發(fā)炎性腸道疾病病史，如克羅恩氏病、潰瘍性結腸炎、顯微鏡結腸炎；慢性腹瀉；慢性便秘或使用瀉藥；胃腸惡性病病史或已知結腸息肉??；任何腹部手術史，例如胃繞道手術、腸道切除術、闌尾切除術、膽囊切除術等；使用益生菌或由潛在供體出于調節(jié)消化的目的所使用的任何其他非處方助劑，但如果僅作為食物而不是營養(yǎng)補充物來攝取，那么酸奶和酸乳酒產品是可以允許的。
[0040]關于可能或確實影響腸道微生物群的組成的因素的排除標準包括但不限于在前6個月內針對任何適應癥的抗生素；任何處方免疫抑制或抗腫瘤藥物。
[0041]關于全身性醫(yī)學病狀的排除標準包括但不限于已確定的或新出現(xiàn)的代謝綜合癥，其中用于此處的定義的標準比已制定的標準更嚴格，包括血壓升高病史、糖尿病或葡萄糖不耐病史；已知全身性自體免疫性，例如結締組織疾病、多發(fā)性硬化癥；已知特應性疾病，包括哮喘或濕疹；慢性疼痛綜合癥，包括纖維肌痛、慢性疲勞綜合癥；持續(xù)(即使斷斷續(xù)續(xù))使用任何處方藥物，包括吸入劑或局部乳膏和軟膏；神經性、神經發(fā)育性以及神經退化性病癥，包括自閉癥、帕金森氏病。[0042]關于身體檢查的排除標準可以包括但不限于一般指標，如身體質量指數>26kg/m2、由腰臀比>0.85 (男性)和>0.80 (女性)定義的中心型肥胖；血壓收縮壓>135mmHg并且舒張壓>85mmHg ;皮膚-存在皮疹、一年內所作的紋身或身體穿洞、黃疸；淋巴結腫大；聽診時有喘息聲；肝腫大或肝病的皮膚紅斑；關節(jié)腫脹或觸痛；肌無力；神經檢查異常。
[0043]關于實驗室測試的排除標準可以包括但不限于通過PCR測得大便艱難梭菌毒素B呈陽性；關于包括沙門氏菌、志賀氏菌、耶爾森氏菌、彎曲桿菌、大腸桿菌0157:H7的常規(guī)病原體中的任一者的大便培養(yǎng)物呈陽性；卵和寄生蟲檢查異常；梨形鞭毛蟲、隱孢子蟲或幽門螺旋桿菌抗原呈陽性；針對任何病毒性疾病的篩查(包括HIVl和2、甲型病毒性肝炎IgM、肝炎表面抗原和核心Ab)呈陽性；RPR (梅毒篩查)異常；肝功能測試(包括堿性磷酸酶、天冬氨酸氨基轉移酶、丙氨酸轉氨酶)的任何異常；血清甘油三酯升高>150mg/dL ;HDL膽固醇<40mg/dL(男性)和<50mg/dL(女性);高敏感性CRP>2.4mg/L ;空腹血漿葡萄糖升高OlOOmg/dL)。[0044]本發(fā)明的組合物可以包含于多種多樣的藥學上可接受的配制品中。在一個實施例中，一種配制品可以是一種流體組合物。流體組合物包括但不限于溶液、懸浮液、分散液等。在一個實施例中，一種配制品可以是一種固體組合物。固體組合物包括但不限于粉末、顆粒、壓縮片、丸劑、膠囊、口嚼片、糯米紙囊劑等。那些配制品可以包含一種藥學上可接受的載體，以使得組合物適合于給藥一個受試者。如在此所使用，“藥學上可接受的載體”包括與藥學給藥相容的藥理學上的非活性化合物。本發(fā)明的組合物可以被配制成與它的預期給藥途徑相容。本發(fā)明的一種組合物可以通過適合于在一個受試者的胃腸道(優(yōu)選地是結腸)中沉積的任何方法來給藥。給藥途徑的實例包括直腸給藥(例如通過栓劑、灌腸劑、上部內窺鏡檢查、上部推進式腸鏡檢查或結腸鏡檢查)、通過鼻或口插管(例如通過鼻胃管、鼻腸管或鼻空腸管)或口服(例如通過一種固體，如一種丸劑、片劑或膠囊；或通過液體)。
[0045]對于本發(fā)明方法中的治療性用途來說，一種組合物可以通過包含一種或多種藥學上可接受的載體的一種形式方便地給藥。適合的載體在本領域中是眾所周知的并且因所希望的組合物給藥形式和模式而不同。舉例來說，他們可以包括稀釋劑或賦形劑，如填料、粘合劑、潤濕劑、崩解劑、表面活性劑、助流劑、潤滑劑等。典型地，載體可以是一種固體(包括粉末)、液體或其組合。每一種載體優(yōu)選地從與組合物中的其他成分相容的意義上來說是“可接受的”并且對受試者無害。載體優(yōu)選地是生物學上可接受的并且是惰性的，即它允許組合物維持生物材料的直到遞送到適當部位。
[0046]口服組合物可以包含一種惰性稀釋劑或一種可食用載體。出于經口治療性給藥的目的，活性化合物可以結合有賦形劑并且以片劑、糖衣片或膠囊(例如明膠膠囊)的形式使用。口服組合物還可以通過將本發(fā)明的一種組合物與一種食物組合來制備。在一個實施例中，用于給藥的一種食物是冷凍的，例如冰淇淋?？梢园帉W上相容的粘合劑和/或佐劑材料作為組合物的一部分。片劑、丸劑、膠囊、糖衣片等可以包含以下成分或具有類似性質的化合物中的任一者:一種粘合劑，如微晶纖維素、黃芪膠或明膠；一種賦形劑，如淀粉或乳糖；一種崩解劑，如海藻酸、普利莫吉爾或玉米淀粉；一種潤滑劑，如硬脂酸鎂或斯特羅特斯；一種助流劑，如膠狀二氧化硅；一種甜味劑，如蔗糖或糖精；或一種調味劑，如胡椒薄荷、水楊酸甲酯或橙香精。
[0047]活性化合物還可以制備成用于直腸遞送的栓劑(例如使用常規(guī)的栓劑基質，如可可脂和其他甘油酯)或保留灌腸劑的形式。
[0048]活性化合物可以使用將保護化合物不被身體快速消除的載體來制備，如一種控制釋放配制品，包括植入物?？梢允褂蒙锟山到獾纳锵嗳菪跃酆衔?，如乙烯乙酸乙烯酯、聚酸酐、聚乙醇酸、膠原蛋白、聚原酸酯以及聚乳酸?？梢允褂脴藴始夹g來制備此類配制品。這些材料還可以在商業(yè)上從例如西安楊森制藥有限公司(Alza Corporation)和諾瓦制藥公司(Nova Pharmaceuticals, Inc.)獲得。還可以使用脂質體懸浮液作為藥學上可接受的載體。這些懸浮液可以根據本領域的普通技術人員已知的方法來制備。
[0049]在一個實施例中，一種組合物可以經過封裝。舉例來說，當有待于口服組合物時，配制劑型以使得組合物不暴露于結腸前的胃腸道中普遍的條件，例如高酸性和胃和/或腸道中所存在的消化酶。用于治療性用途的組合物的封裝在本領域中是常規(guī)的。封裝可以包括硬殼膠囊，這種封裝可以用于干粉末狀成分軟殼膠囊。膠囊可以由膠凝劑(如動物蛋白(例如明膠)、植物多糖或衍生物(如角叉菜膠)以及改性形式的淀粉和纖維素)的水溶液制成?？梢蕴砑悠渌煞值揭环N膠凝劑溶液中，如塑化劑(例如甘油和或山梨醇)、著色劑、防腐劑、崩解劑、潤滑劑以及表面處理。
[0050]一種組合物可以通過從一個適當供體獲得一個糞便樣品并且與一種稀釋劑共混來制備。適用的稀釋劑包括常規(guī)地用于處理微生物、真核細胞和/或病毒的水溶液。適用的稀釋劑可以包括用于維持生理緩沖液、摩爾滲透壓等的組分。稀釋劑優(yōu)選地是無菌和/或非過敏性的。一種稀釋劑的一個實例包括但不限于PH7的磷酸鹽緩沖生理鹽水。在一個實施例中，1份供體糞便可以與5份稀釋劑組合(例如50克供體糞便可以與250ml稀釋劑組合)并且共混。在一個實施例中，共混室中的氧氣可以通過在共混之前用一種惰性氣體(如氮氣或氬氣)吹掃來減少或去除。此類厭氧條件可以適用于維持結腸中所存在的最厭氧細菌的。樣品可以共混多次和/或可以添加更多稀釋劑直到實現(xiàn)將允許以下步驟進行的稠度。在一個實施例中，在共混后的步驟中不使用厭氧條件。發(fā)現(xiàn)厭氧條件在共混后的步驟中不是必需的，并且這是出乎意料和令人驚訝的，因為糞便材料中相當大百分比的原核細胞是嚴格的厭氧菌，并且暴露于氧氣會殺死它們。共混后，用于洗滌和再懸浮的溶液并不需要吹掃氧氣，并且不需要在一個無氧箱`或手套箱中處理微生物群。
[0051]并非可以培養(yǎng)一個個體的結腸中所存在的所有微生物和真核細胞，因此，在一個實施例中，用于制備一種組合物的條件包括使用使微生物和真核細胞的復制減少的溫度。在一個實施例中，用于制備的條件是維持在37°C以下。舉例來說，用于制備的條件是維持在不大于30°C、不大于20°C、不大于10°C或不大于5°C的溫度下。在一個實施例中，使用使得微生物和真核細胞的復制不會發(fā)生的條件。當用于制備本發(fā)明的一種組合物的條件包括更低的溫度以使復制和細胞死亡減到最少時，一種組合物中所存在的生物材料包含一群微生物、真核細胞以及病毒，這群微生物、真核細胞以及病毒基本上等同于一個正常健康人類(例如供體，從該供體獲得糞便樣品)的結腸或糞便中所存在的一群微生物、真核細胞以及病毒。
[0052]非生命材料的去除可以通過使被共混的樣品穿過具有以下篩網尺寸的一個篩網來實現(xiàn):不大于2.0mm、不大于1.0mm、不大于0.5mm、不大于0.25mm、不大于0.212mm、不大于0.180mm、不大于0.150mm、不大于0.125mm、不大于0.106mm、不大于0.090mm、不大于0.075mm、不大于0.063mm、不大于0.053mm、不大于0.045mm、不大于0.038mm、不大于0.032mm、不大于0.025mm、不大于0.020mm、不大于0.01mm或不大于0.2mm。在一個實施例中，被共混的樣品是通過使它穿過篩網尺寸為0.25mm的一個篩網并且收集濾液來制備。在一個實施例中，使被共混的樣品穿過具有逐漸更小的篩網尺寸的篩網直到最終穿過0.25mm的篩網尺寸。舉例來說，如果使用總共四個篩網，那么第一個篩網的篩網尺寸可以是2mm，隨后是1mm、隨后是0.5mm并且接著隨后是0.25mm。最終濾液可以被收集在一個離心管中，并且在4°C下在足以使生物材料形成球粒的速度(例如10，OOOXg)下離心10分鐘。去除上清液，使細胞再懸浮于稀釋劑中，任選地例如在4°C下在10，OOOXg下再次離心10分鐘。丟棄最終上清液并且使細胞 再懸浮于一種水性溶液(例如稀釋劑、低溫保護劑等或其組合)中。在一個實施例中，通過篩分和洗滌步驟使被共混的混合物的體積減小。舉例來說，在一個實施例中，體積減小到共混時所使用的體積的14% (例如從250ml到35ml)。在一個實施例中，通過篩分和洗滌步驟使被共混的混合物的體積減小，從而使得在隨后給藥一個受試者的體積中的細胞在I X IO10與5X 101°個之間。這個過程使得所有結腸微生物群高度富集的一種糞便提取物能夠穿過如上文所描述的一個篩網，并且可以在10，OOOXg下離心10分鐘。如在此所使用，“富集”是指使生物材料的豐度相對于非生命材料增加，使得與富集前的糞便材料相比生物材料構成顯著更高的比例。術語“富集”是指一個人已進行介入來提高生物材料比例的那些情形。
[0053]水性溶液的添加量可以是使得單一劑量具有適當數目的細胞的量。在一個實施例中，單一劑量可以包含IXlOici與5X 101°個之間的細胞，例如3X 101°個細胞。因為大多數生物材料難以培養(yǎng)或不可能培養(yǎng)，所以可以使用一種血細胞計來測定細胞數目。
[0054]在一個實施例中，可以將所得球粒懸浮于一半原始體積的包含10%甘油的稀釋劑中。樣品可以立即使用，或可以例如在_80°C下冷凍以供隨后使用。當冷凍時，樣品可以留在一個離心管中，或可以留在一個不同的容器中。在一個實施例中，該容器是一個使樣品的表面積增加的容器。舉例來說，樣品可以被放在一個IV袋中。當有待于使用冷凍樣品時，它可以在冰上被解凍并且接著移植到接受者中。發(fā)現(xiàn)在此所描述的冷凍組合物并不使得它的治愈性潛力被破壞。在一個實施例中，由離心產生的樣品可以被加工用于I年或更久的長期儲存。儲存這種樣品的能力提供了其他方法所不可能實現(xiàn)的一定程度的靈活性。舉例來說，必需快速鑒別一個供體，快速加工來自該供體的一個糞便樣品，并且立即使用這個樣品。適用的加工方法的實例包括但不限于冷凍、冷凍干燥、噴霧干燥、凍干、真空干燥、空氣干燥或其他形式的蒸發(fā)干燥。加工本發(fā)明的一種組合物可以包括在任何干燥程序后產生一種粉末。
[0055]使用篩網來從糞便材料中提取生物材料出乎意料地產生幾乎無氣味的一種組合物。這是未預期到的，因為糞便正常具有一種獨特的氣味并且通過所使用的最低程度的處理而出人意料地去除了這種氣味。這是一個顯著的優(yōu)點，因為它采用一種不美觀并且如此令人討厭以致一些患者和工作人員拒絕參與的方法，并且將它變成一種在正常臨床配置中或在家容易實踐的方法。如在此所使用，“無氣味”意味著所存在的揮發(fā)性有機分子的量減少，并且所存在的揮發(fā)性有機分子的量減少可以通過一個人將加工前的材料與加工后的材料相比較而容易地檢測。
[0056]本發(fā)明另外是針對使用在此所描述的組合物的方法。本發(fā)明的一種方法包括向一個有需要的受試者給藥有效量的一種在此所描述的組合物。給藥是在適合于組合物在大腸或小腸的一個區(qū)域中沉積以使得組合物中的生物材料移生于結腸的條件下進行。舉例來說，給藥可以到達上胃腸道連同下胃腸道中，例如末端回腸、盲腸、包含憩室病的結腸區(qū)域以及直腸。在一個實施例中，可以進行口服，如通過片劑。在一個實施例中，可以通過插管來給藥，如通過鼻胃管。在一個實施例中，可以直腸給藥，例如通過一種結腸鏡、灌腸劑或栓劑。“適合”于發(fā)生一個事件的條件或“適合”的條件是并不阻止此類事件發(fā)生的條件。因此，這些條件允許、增強、促進和/或有利于該事件。如在此所使用，“有效量”涉及一種在此所描述的組合物足以提供所希望的作用的量。舉例來說，在一個實施例中，“有效量”是對減輕如本文所描述的疾病的一種或多種癥狀和/或跡象有效的量。在一些實施例中，有效量是足以實現(xiàn)與一種疾病有關的一種癥狀和/或跡象(如腹瀉或艱難梭菌)的減少的量。一種癥狀和/或一種跡象的減少是，與一個對照、一個未治療受試者或給藥組合物前的受試者相比，所測量的跡象減少例如至少10%、至少20%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%或至少100%。在一個實施例中，有效量是足以使得至少IX 10'至少3 X 101°或至少5 X 101°個細胞遞送到結腸中的量。然而，應了解，如在此所披露的組合物的總劑量將由主治醫(yī)師在合理的醫(yī)學判斷范圍內進行決定。所需要的準確量將視如所治療的疾病的類型和程度的因素而不同。
[0057]在一個實施例中，本發(fā)明的一種方法包括治療一個需要治療的受試者的某些疾病。該受試者可以是一個哺乳動物，如一個人類。在一些實施例中，可以使用動物模型，如一個哺乳動物，包括一個大鼠、一個小鼠、一個倉鼠、一個沙鼠或一個靈長類動物。如在此所使用，術語“疾病”是指一個受試者的一個部分、器官或系統(tǒng)或其組合的正常結構或功能的任何偏離或中斷，該偏離或中斷是通過一個特征性癥狀或臨床跡象來顯示的。疾病包括特征為結腸微生物群的功能異常組成的疾病。此類疾病包括但不限于結腸炎，包括自體免疫結腸炎(例如發(fā)炎性腸道疾病、潰瘍性結腸炎、克羅恩氏疾病、腸道易激綜合癥)和感染性結腸炎。感染性結腸炎的實例包括但不限于艱難梭菌結腸炎(例如急性艱難梭菌結腸炎、復發(fā)性艱難梭菌結腸炎或重度艱難梭菌結腸炎)和腸出血性結腸炎(例如由志賀氏菌屬或大腸桿菌引起的一種結腸炎)。疾病的其他實例包括但不限于慢性腹瀉；慢性便秘、代謝綜合癥以及肥胖癥；特應性疾病，包括哮喘、濕疹；胃腸道的嗜酸性粒細胞病癥；全身性自體免疫性，包括類風濕性關節(jié)炎、全身性紅斑狼瘡、多發(fā)性硬化癥等；慢性疼痛病癥，如纖維肌痛、慢性疲勞綜合癥；神經退化性病癥、`進食障礙以及營養(yǎng)不良。
[0058]如在此所使用，術語“癥狀”是指患者所經歷的并且由疾病引起的疾病或病狀的主觀證據。如在此所使用，術語“臨床跡象”或簡單地“跡象”是指一個受試者中所存在的一種疾病的客觀證據。與在此所提及的疾病有關的癥狀和/或跡象以及對此類跡象的評估在本領域中是常規(guī)并且已知的。典型地，可以通過評估與一種疾病有關的跡象來確定一個受試者是否患有該疾病以及一個受試者是否對治療作出反應。
[0059]一種疾病的治療可以是預防性的或可替代地可以在發(fā)展一種疾病之后開始。預防性治療(例如在一個受試者顯示一種疾病的跡象之前開始)在此稱為對“處于發(fā)展一種疾病的風險中”的一個受試者的治療。處于發(fā)展一種疾病的風險中的一個受試者的一個實例是具有一種風險因素的一個人。艱難梭菌結腸炎的一種風險因素的一個實例是胃腸道的抗生素療法?？梢栽谠诖怂枋龅募膊“l(fā)生之前、期間或之后進行治療。在發(fā)展一種疾病之后開始的治療可以使得該疾病的跡象的嚴重性降低，或完全去除這些跡象。[0060]在一個實施例中，本發(fā)明的一種方法包括將一個微生物群從一個供體移植到一個接受者中。
[0061]在一個實施例中，本發(fā)明的一種方法包括使一個接受者的結腸中厚壁菌門的成員(如梭菌綱的一個非病原性成員)和/或擬桿菌門的成員的相對豐度增加。短語“相對豐度”是指在一個接受者的結腸中與所有其他分類群的成員的數目相比一個門或綱的成員的數目。這種比較可以用百分比表示。在一個實施例中，與在給藥之前一個接受者的結腸相比，在給藥之后在該接受者的結腸中梭菌綱的非病原性成員的相對豐度可以增加至少5%、至少10%、至少20%或至少50%。在一個實施例中，與在給藥之前一個接受者的結腸相比，在給藥之后在該接受者的結腸中厚壁菌門的成員的相對豐度可以增加至少5%、至少10%、至少20%或至少50%。可以在例如給藥糞便微生物群之后3天、10天、15天或25天時測定豐度變化。
[0062]在一個實施例中，本發(fā)明的一種方法包括使一個接受者的結腸中變形菌門的成員的相對豐度降低。在一個實施例中，與在給藥之前一個接受者的結腸相比，在給藥之后在該接受者的結腸中變形菌門的成員的相對豐度可以降低至少10%、至少20%、至少30%或至少40%?？梢栽诶缃o藥之后3天、10天、15天或25天時測定變形菌門的成員的豐度變化。
[0063]在一個實施例中，在給藥本發(fā)明的一種組合物之前并不需要清除現(xiàn)有微生物群。在其他實施例中，微生物群的清除可能是必需的。清除現(xiàn)有微生物群的方法是已知并且常規(guī)的。在一個實例中，可以通過給藥一種抗生素混合液持續(xù)一周直到移植前一天為止來實現(xiàn)清除。一種適用的混合液的一個實例是甲硝咕唑(1000mg,每天兩次)、利福昔明(550mg,每天兩次)、萬古霉素(500mg,每天兩次)以及新霉素(1000mg,每天兩次)。
[0064]通過以下實例來說明本發(fā)明。應了解，將根據如在此所闡述的本發(fā)明的范圍和精神概括地解釋具體實例、材料、量以及程序。
[0065]實例I
[0066]艱難梭菌相關疾病是抗生素療法的一種主要已知并發(fā)癥。病原體正常被天然結腸微生物群抑制，但這種程度的保護當這些微生物群落被抗生素抑制時可能會丟失。用于治療艱難梭菌感染的抗生素還可以通過繼續(xù)抑制正常微生物群來維持它的復發(fā)。因此，相當一部分患者遭受頑抗性艱難梭菌感染，并且頑抗性艱難梭菌感染與顯著發(fā)病率有關。糞便細菌療法是一種越來越多地被使用的方法，該方法用于大概通過正常腸道微生物群落的復原來打斷艱難梭菌感染復發(fā)周期。我們先前在一個臨床病例中報導了，結腸微生物群的細菌療法使得一個宿主的微生物群替換為供體的微生物群(寇拉斯等人，2010，臨床胃腸病學雜志(J.Clin.Gastroenterol.),44(5):354)。為了獲得對細菌療法前后微生物群落的組成和穩(wěn)定性的更好的理解，我 們已通過使用一種焦磷酸測序技術(伊路米那(Illumina)HiSeq2000或其他伊路米那平臺)分析了糞便DNA中經過擴增的16S rRNA區(qū)域(V5和V6)。目前，正對額外的個體進行加工和分析。
[0067]介紹
[0068]?艱難梭菌是一種新出現(xiàn)的病原體并且是院內腹瀉的最常見病因。
[0069]?感染經常與抗生素療法有關，其中由正常腸道菌群提供的保護作用被破壞。
[0070]?艱難梭菌感染經常通過額外的抗微生物劑療法來控制，但約20%的患者發(fā)展成難治性疾病，從而引起復發(fā)性腹瀉。
[0071]?已顯示呈糞便移植形式的細菌療法成功地治療了難治性艱難梭菌感染。[0072]?新一代測序技術已允許對腸道微生物群進行更深的詢問并且在我們的研究中用于檢驗移植之后微生物群落結構的變化。
[0073]從患者的兒子獲得供體糞便材料，對患者的兒子進行感染性疾病測試，包括艱難梭菌；甲型、乙型或丙型肝炎病毒；HIV病毒；沙門氏菌；彎曲桿菌；耶爾森氏菌；志賀氏菌；大腸桿菌0157:H7 ;幽門螺旋桿菌；梅毒螺旋體；梨形鞭毛蟲；以及隱孢子蟲。
[0074]通過結腸鏡檢查為患者灌注供體糞便材料，該結腸鏡檢查揭示了乙狀結腸中的重度廣泛憩室病。供體的糞便材料沉積到盲腸中。符合艱難梭菌感染的癥狀在細菌療法的數天內消退。
[0075]方法
[0076]?在糞便移植細菌療法之前第-31天和移植后第5天、第21天、第46天、第95天、第132天、第159天、第188天以及第227天收集患者糞便樣品。在程序當天收集一個供體糞便樣品并且沉積到接受者的盲腸中。
[0077]?使用一個MOBIO超潔凈糞便DNA試劑盒(加利福尼亞州卡爾斯巴德的莫拜歐實驗室公司(M0B10 Laboratories, Inc., Carlsbad, CA))如由制造商所指導從糞便材料中提取DNA。提取并且匯集 一式三份樣品。
[0078]?使用50ng所提取的DNA作為模板來擴增細菌16S rRNA基因的V6高變區(qū)。使用帶條碼的引物來進行多重測序(基塞拉(Kysela)等人,2005,環(huán)境微生物學(EnvironmentalMicrobiology) 7:356-64,以及克雷森(Claesson)等人，核酸研究(Nucleic AcidsResearch)，2010，第 38 卷，第 22 期 e200do1:10.1093/nar/gkq873)。制備并且匯集一式三份樣品。
[0079]?將擴增的樣品以等摩爾比混合并且在國家基因組研究中心(NCGR)使用伊路米那測序平臺進行測序。
[0080]?使用MOTHUR和SILVA參考數據庫分析序列資料(斯科爾斯(Scholss)，2009，應用與環(huán)境微生物學(Appl.Environ.Microbiol.),75(23):7537_7541。操作分類單位(OTU)的分類是使用GreenGenes參考文件按97%相似性進行分配。
[0081]?使用越(Yue)和克萊頓(Clayton)的0計算(越和克萊頓，2005，統(tǒng)計理論和方法通訊(Commun.Stat.Theor.Methods), 34:2123-2131)進行主要組分分析?；?97%0TU 相似性計算累積曲線。
[0082]結果和討論
[0083]?從接受者的移植前樣品(第-31天)獲得的序列中大于40%屬于未分類的柔膜菌綱菌株或Y變形菌綱。
[0084]?相比之下，供體和接受者的移植后樣品均由厚壁菌門占優(yōu)勢。未分類的梭菌目和瘤胃菌科成員很豐富。
[0085]?使用越和克萊頓的e指數進行群落分析，顯示與接受者的移植前樣品相比，移植后樣品彼此并且與供體樣品更緊密地群集。
[0086]?序列分析表明接受者的移植前后糞便樣品中所存在的分類群顯著不同，表明糞便細菌療法成功地改變了患者的腸道微生物群。
[0087]?在接受者的腸道中被移植的微生物群落在移植后7.5個月之后保持相當穩(wěn)定。
[0088]令人驚訝的是，在所分析的所有樣品中代表擬桿菌目的序列的豐度相當低。[0089]實例2
[0090]用于糞便微生物群材料制備的供體篩選
[0091]供體經歷一個完整的醫(yī)學病史和身體檢查。此外,如由FDA關于血液供體所建議，完成一份全長供體病史問卷，并且排除對任何問題均答是的潛在供體(http:1Iwm.fda.gov/downloads/BiologicsBloodVaccines/BloodBloodProduct s/ApprovedProducts/LicensedProductsBLAs/BloodDonorScreening/UCM213552.pdf)。然而，因為消化道微生物群已與多種醫(yī)學病狀相關或假定涉及多種醫(yī)學病狀，所以選擇過程比血液供體的選擇過程更嚴格并且包括實際上任何全身性疾病。
[0092]納入標準
[0093]1.年齡 >18
[0094]2.提供知情同意的能力。
[0095]排除標準
[0096]1.醫(yī)學病史
[0097]A.感染性媒介物的風險。
[0098]1.已知乙型、丙型肝炎或HIV病毒感染
[0099]2.已知在任何時 間暴露于HIV或病毒性肝炎
[0100]3.高風險行為，包括因毒品或金錢產生的性行為、男性與男性發(fā)生性行為、在前12個月內有一個以上的性伴侶、過去對靜脈內毒品或鼻內可卡因的任何使用、嵌頓病史。
[0101]4.在12個月內進行了紋身或身體穿洞。
[0102]5.到世界上旅行者腹瀉的風險高于美國的地區(qū)旅行。
[0103]6.當前傳染性疾病，例如上呼吸道病毒感染。
[0104]B.胃腸并存病。
[0105]1.腸道易激綜合癥病史。特定癥狀可以包括頻繁腹部絞痛、脹氣、鼓脹、腹脹、便急、腹瀉、便秘。
[0106]2.發(fā)炎性腸道疾病病史，如克羅恩氏病、潰瘍性結腸炎、顯微鏡結腸炎。
[0107]3.慢性腹瀉。
[0108]4.慢性便秘或使用瀉藥。
[0109]5.胃腸惡性病病史或已知結腸息肉病。
[0110]6.任何腹部手術史，例如胃繞道手術、腸道切除術、闌尾切除術、膽囊切除術等。
[0111]7.使用益生菌或由潛在供體出于調節(jié)消化的目的所使用的任何其他非處方助劑。如果僅作為食物而不是營養(yǎng)補充物來攝取，那么酸奶和酸乳酒產品是允許的。
[0112]C.可能或確實影響腸道微生物群的組成的因素。
[0113]1.在前6個月內針對任何適應癥的抗生素。
[0114]2.任何處方免疫抑制或抗腫瘤藥物。
[0115]D.全身性醫(yī)學病狀。
[0116]1.已確定或新出現(xiàn)的代謝綜合癥。用于此處的定義的標準比任何已制定的標準更嚴格。這些標準包括血壓升高病史、糖尿病或葡萄糖不耐病史。
[0117]2.已知全身性自體免疫性，例如結締組織疾病、多發(fā)性硬化癥。
[0118]3.已知特應性疾病，包括哮喘或濕疹。[0119]4.慢性疼痛綜合癥，包括纖維肌痛、慢性疲勞綜合癥。
[0120]5.持續(xù)(即使斷斷續(xù)續(xù))使用任何處方藥物，包括吸入劑或局部乳膏和軟膏。
[0121]6.神經性、神經發(fā)育性以及神經退化性病癥，包括自閉癥、帕金森氏病。
[0122]I1.關于身體檢查的排除標準。
[0123]1.一般指標。身體質量指數>26kg/m2、由腰臀比>0.85 (男性)和>0.80 (女性)定義的中心型肥胖。
[0124]2.血壓收縮壓>135mmHg并且舒張壓>85mmHg。
[0125]3.皮膚-存在皮疹、一年內所作的紋身或身體穿洞、黃疸。
[0126]4.淋巴結腫大。
[0127]5.聽診時有喘息聲。
[0128]6.肝腫大或肝病的皮膚紅斑。
[0129]7.關節(jié)腫脹或觸痛。肌無力。
[0130]8.神經檢查異常。
[0131]II1.關于實驗室測試的排除標準。
[0132]1.通過PCR測得大便艱難梭菌毒素B呈陽性。
[0133]2.關于包括沙門氏菌、`志賀氏菌、耶爾森氏菌、彎曲桿菌、大腸桿菌0157:H7的常
規(guī)病原體中的任一者的大便培養(yǎng)物呈陽性。
[0134]3.卵和寄生蟲檢查異常。
[0135]4.梨形鞭毛蟲、隱孢子蟲或幽門螺旋桿菌抗原呈陽性。
[0136]5.針對任何病毒性疾病的篩查(包括HIVl和2、甲型病毒性肝炎IgM、肝炎表面抗原和核心Ab)呈陽性。
[0137]6.RPR (梅毒篩查)異常。
[0138]7.肝功能測試(包括堿性磷酸酶、天冬氨酸氨基轉移酶、丙氨酸轉氨酶)的任何異
堂
巾o
[0139]8?血清甘油三酯升高>150mg/dL
[0140]9.HDL 膽固醇 <40mg/dL (男性)和 <50mg/dL (女性)
[0141]10?高敏感性 CRP>2.4mg/L
[0142]11.空腹血漿葡萄糖升高(>100mg/dL)
[0143]實例3
[0144]糞便樣品加工
[0145]立即將供體糞便材料在冰上冷凍以便運輸到實驗室。在收集后一個小時內加工樣品。
[0146]通過在一個瓦林(Waring)共混器中將50g供體糞便與250ml無菌磷酸鹽緩沖生理鹽水(pH7) (PBS)混合來將糞便樣品均質化。在均質化之前用氮氣吹掃共混室數分鐘以去除氧氣。將樣品在最低設置上共混三次持續(xù)20秒?？梢砸暭S便懸浮液的稠度來添加額外的PBS或共混循環(huán)。使被共混的樣品穿過孔徑為2.0mm、1.0mm、0.5mm以及0.25mm的一系列四個篩網(俄亥俄州蒙特爾泰勒工業(yè)集團(W.S.TylerIndustrial Group, Mentor, 0H))。這些篩網關于2.0mmU.0mm、0.5mm以及0.25mm分別是基于美國標準篩網尺寸10、18、35以及60。將穿過這些篩網(小于0.25mm部分)的最終濾液收集在50ml圓錐形離心管中，并且在4°C下在4，OOOrpm (約4，000 Xg)下離心10分鐘。丟棄上清液，并且將球粒懸浮于一半原始體積的包含10%甘油的PBS (例如125ml)中。樣品立即使用，或在_80°C下冷凍儲存并且在移植之前在冰上解凍。
[0147]實例4
[0148]這個實例報導了治療復發(fā)性⑶I艱難梭菌感染(⑶I)的43個連續(xù)患者的臨床經歷。在這一時間內，通過從患者鑒別的單獨的供體移到標準志愿者供體來簡化供體鑒別和篩選。材料制備從一組內窺鏡檢查程序轉到實驗室中的一種標準化方法，并且最終轉到儲備冷凍加工的糞便材料，這種糞便材料準備好在需要時使用。材料制備的標準化顯著簡化了治療的實踐方面而不會損失在清除復發(fā)性CDI方面的顯而易見的功效。約30%的患者具有潛在發(fā)炎性腸道疾病，并且治療在這一組中同等地有效。供體材料制備的標準化中的數個關鍵步驟顯著簡化了抗生素療法失敗的患者的復發(fā)性CDI的治療的臨床實踐。這也報導于漢密爾頓(Hamilton)等人，美國胃腸病學雜志(Am.J.Gastroenterol.),2012,do1:10.1038/ajg.2011.482 中。
[0149]方法
[0150]患者
[0151]這一報導包括首先的43個患者，他們因復發(fā)性⑶I而接受糞便微生物群移植(FMT)0通過在明尼阿波利斯(Minneapolis)和圣保羅(St.Paul)都市區(qū)中在感染性疾病和胃腸病學實踐時由臨床醫(yī)師直接安排來鑒別所有患者。FMT的納入標準包括有癥狀的、毒素呈陽性的艱難梭菌感染以及盡管使用標準抗生素療法但仍有至少兩次被記載的后續(xù)復發(fā)的病史。至少一個失敗的抗生素方案必須包括最少一個6周的漸減式或脈沖式萬古霉素投藥過程，或至少一個月的萬古霉素過程，隨后最少兩周利福昔明“追加劑”。該方案中的唯一排除標準是年齡〈18和來自非艱難梭菌問題的醫(yī)療脆弱性使得預期壽命〈I年。在后一種情況下，我們建議患者最好的治療性選擇是一個無限期的萬古霉素過程。所有患者均提供關于通過結腸鏡檢查進行FMT的知`情同意，從而認識到這種治療方法的相對有限的經歷以及與它的使用有關的固有未知情況。明尼蘇達大學(University of Minnesota)的機構審查委員會(Institutional Review Board)批準了臨床結果資料的前瞻性收集，同時認識到這種經歷并不構成一種臨床試驗，并且因此不被設計成測試FMT與任何其他治療性選擇相比的功效。
[0152]供體鑒別和篩選
[0153]在計劃開始時，讓患者自我鑒別潛在供體。這些供體包括母親(n=2)、女兒(n=l)、兒子(n=3)、妻子(n=l)、丈夫(n=l)以及朋友(n=2)。招募之前，供體需要提交可獲得的醫(yī)學記錄并且與接受者患者分開進行一次獨立的醫(yī)學病史面談。該病史包括:感染性風險的評估，包括鑒別關于HIV和肝炎、當前傳染性疾病以及近期到世界上腹瀉病患病率更高的地區(qū)旅行的已知風險因素。額外的絕對供體排除標準包括胃腸并存病和在前三個月內使用抗生素。因為消化道微生物群可能參與能量代謝和免疫系統(tǒng)功能的不同的方面，所以將代謝綜合癥、自體免疫性或過敏性疾病的特征的存在視為相對排除標準。供體對參與包括與實驗室篩選有關的風險的方案提供獨立的知情同意。供體經歷針對HIV以及乙型和丙型肝炎的血清測試以及大便測試，該大便測試包括篩查常規(guī)腸病原體、艱難梭菌毒素B以及檢查卵和寄生蟲以及梨形鞭毛蟲和隱孢子蟲抗原。[0154]鑒于在招募單獨的患者鑒別的供體時不同的邏輯困難，在需要時供體材料的可獲得性缺乏，并且沒有證據表明使用一個相關相較于不相關供體(例如兒子或女兒相較于朋友或家庭伴侶)的一個清楚的治療性優(yōu)點，將志愿者供體招募到FMT計劃中。這種變化的優(yōu)點包括將供體鑒別的負擔從患者身上去除、改善與供體篩選有關的效率和成本、一個更一致供應的供體糞便微生物群以及對供體選擇施加廣泛和嚴格的排除標準的能力(表1)。在這一時期內招募兩個無薪志愿者供體，并且他們中的一個提供大部分的捐贈糞便材料。在每次捐贈之前回顧供體醫(yī)學病史并且每6個月進行如上文所描述的完整實驗室篩選。
[0155]表1.供體排除標準。
[0156]
【權利要求】
1.一種包含人類糞便提取物或制備物的組合物，其中該組合物包含不大于約0.05%、0.1%、0.2%、0.3%、0.4%、0.5%、0.6%、0.7%、0.8%、0.9%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9% 或 10%的非生命材料重量/生物材料重量，其中任選地該生物材料包含人類消化道、結腸或腸道糞便微生物，并且任選地該生物材料包含人類消化道、結腸或腸道細菌， 其中任選地該組合物包含一種藥學上可接受的載體，并且任選地該組合物是一種用于口服給藥的配制品。
2.一種包含有包含人類糞便材料的人類糞便提取物或制備物的組合物，其中該人類糞便材料由非生命材料粒子和/或生物材料粒子組成，或基本上由這些粒子組成，這些粒子將穿過一個具有以下篩網尺寸的篩網:2.Ctam、l.Ctam、0.5謹、0.25謹、0.212謹、0.18Ctam、0.150mm、0.125mm、0.106mm、0.090mm、0.075mm、0.063mm、0.053mm、0.045mm、0.038mm、0.032mm、0.025mm、0.020mm、0.01mm 或 0.2mm， 其中任選地該組合物包含一種藥學上可接受的載體，并且任選地該組合物是一種用于口服給藥的配制品。
3.一種包含從消化道、結腸或腸道提取或制備的至少4種不同門的消化道、結腸或腸道細菌的組合物， 其中這些門包括擬桿菌門、厚壁菌門、變形菌門軟壁菌門或其組合， 其中任選地這些門選自擬桿菌門、厚壁菌門、變形菌門、軟壁菌門或其組合， 并且其中該組合物包含不大于約0.05%、0.1%、0.2%、0.3%、0.4%、0.5%、0.6%、0.7%、0.8%、0.9%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%或10%的非生命材料重量/生物材料重量,其中任選地該生物材料包含人類消化道、結腸或腸道菌群，并且任選地該生物材料包含人類消化道、結腸或腸道細菌， 其中任選地該組合物包含一種藥`學上可接受的載體，并且任選地該組合物是一種用于口服給藥的配制品。
4.一種包含人類糞便提取物的組合物，其中該組合物基本上是無氣味的， 其中任選地該組合物包含生物材料，并且任選地其中該生物材料包含細菌， 其中任選地該組合物包含一種藥學上可接受的載體，并且任選地該組合物是一種用于口服給藥的配制品。
5.如權利要求1到4中任一項所述的組合物，其中該組合物包含不大于約0.1%的非生命材料重量/生物材料重量。
6.如權利要求2所述的組合物，其中該糞便材料由將穿過一個0.25mm篩網或等效物的粒子組成，或基本上由這些粒子組成。
7.如權利要求2所述的組合物，其中該組合物包含不大于約0.05%,0.1%、0.2%、0.3%、0.4%、0.5%、0.6%、0.7%、0.8%、0.9%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9% 或 10% 的非生命材料重量/生物材料重量。
8.如權利要求1、2、3或4所述的組合物，其中該組合物另外包含一種低溫保護劑。
9.如權利要求8所述的組合物，其中該低溫保護劑包含一種甘油。
10.如權利要求8所述的組合物，其中該組合物是在小于約0°C的溫度下。
11.如權利要求1、2、3或4所述的組合物，其中該組合物是一種固體。
12.如權利要求11所述的組合物，其中該固體包含一種粉末。
13.如權利要求1、2、3或4所述的組合物，其中該組合物包含至少約1X101C1、2X101C1、3X 101C1、4X 101° 或 5X 101° 個細菌。
14.如權利要求1到13中任一項所述的組合物，其中該生物材料包含:多種原核細胞、真核細胞或病毒；或一群原核細胞、真核細胞以及病毒，這群原核細胞、真核細胞以及病毒基本上等同于或代表或等效于一個正常健康人類的糞便中所存在的一群原核細胞、真核細胞以及病毒。
15.如權利要求1到13中任一項所述的組合物，其中所存在的該生物材料包含一群原核細胞和病毒，這群原核細胞和病毒基本上等同于或代表或等效于一個正常健康人類的糞便中所存在的一群原核細胞和病毒。
16.如權利要求2或4所述的組合物，其中該組合物包含一種生物材料，并且該生物材料包含一群原核細胞、真核細胞或病毒，這群原核細胞、真核細胞或病毒基本上等同于或代表或等效于一個正常健康人類的糞便中所存在的一群原核細胞、真核細胞和病毒。
17.—種通過方法制備的組合物，該方法包括: 使一個糞便樣品經受一種條件或多種條件，這種條件或這些條件去除至少約91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多的在這一經受之前該糞便樣品中所存在的非生命材料， 其中任選地該組合物包含一種生物材料,并且任選地該生物材料包含細菌， 其中任選地該組合物包含一種藥學上可接受的載體，并且任選地該組合物是一種用于口服給藥的配制品。
18.如權利要求17所述的組合物，其中這一經受是在不大于約26°C、27°C、28°C、29°C、30°C、31°C、32°C、33°C或 34°C 的溫度下進行。
19.一種通過方法制備的組合物，該方法包括: 用一種過濾介質過濾一個糞便樣品，其中該過濾介質包含不大于約2.0mm、l.0mm>0.5mm、0.25mm、0.212mm、0.180mm、0.150mm、0.125mm、0.106mm、0.090mm、0.075mm、0.063mm、0.053mm、0.045mm、0.038mm、0.032mm、0.025mm、0.020mm、0.01mm 或 0.2mm 的篩網尺寸，以形成或產生一種濾液,其中任選地該組合物包含一種生物材料,并且任選地該生物材料包含細菌， 其中任選地該組合物包含一種藥學上可接受的載體，并且任選地該組合物是一種用于口服給藥的配制品。
20.如權利要求19所述的組合物，另外包含用一種過濾介質過濾該糞便樣品,其中該過濾介質包含不大于0.25mm的篩網尺寸。
21.如權利要求19所述的組合物，其中該過濾是在不大于約26°C、27°C、28°C、29°C、30°C、31°C、32°C、33°C或 34°C 的溫度下進行。
22.如權利要求17或19所述的組合物，其中該組合物包含至少4種不同門的細菌， 其中這些門包括擬桿菌門、厚壁菌門、變形菌門、軟壁菌門或其組合， 其中任選地這些門選自擬桿菌門、厚壁菌門、變形菌門、軟壁菌門或其組合。
23.如權利要求22所述的組合物，其中該組合物另外包含至少5、6、7、8、9或10種不同綱的細菌，這些細菌選自放線菌綱、擬桿菌綱、芽孢桿菌綱、梭菌綱、丹毒絲菌綱、a變形菌綱、P變形菌綱、Y變形菌綱、柔膜菌綱以及疣微菌綱。
24.如權利要求17或19所述的組合物，其中該方法另外包括添加一種低溫保護劑到該組合物中。
25.如權利要求24所述的組合物，其中該方法另外包括冷凍該組合物。
26.—種如權利要求1、2、3或4中所述的組合物，用作一種治療劑。
27.—種如權利要求1、2、3或4中所述的組合物,用于治療結腸的一種疾病或一種病理性或醫(yī)原性病狀。
28.如權利要求28所述的組合物，其中該疾病是一種特征為結腸微生物群的功能異?；虿±硇越M成的疾病或病狀。
29.如權利要求29所述的組合物，其中該疾病是一種艱難梭菌結腸炎。
30.一種替換或補充或調節(jié)受試者的結腸微生物群的方法，該方法包括: 向該受試者給藥如權利要求1、2、3、4、16、17或19所述的組合物。
31.一種用于治療受試者的方法，該方法包括: 向一個有需要的受試者給藥有效量的如權利要求1、2、3、4、16、17或19所述的組合物。
32.如權利要求30 或31所述的方法，另外包括在該給藥之前去除一些、大部分或基本上所有的該受試者的結腸、消化道或腸道微生物群。
33.如權利要求31所述的方法，其中該受試者具有患一種結腸炎的風險或處于該風險中。
34.如權利要求33所述的方法，其中該結腸炎是一種自體免疫結腸炎。
35.如權利要求34所述的方法，其中該自體免疫結腸炎選自一種發(fā)炎性腸道疾病、一種潰瘍性結腸炎、一種克羅恩氏病以及一種腸道易激綜合癥。
36.如權利要求33所述的方法，其中該結腸炎是一種感染性結腸炎。
37.如權利要求36所述的方法,其中該感染性結腸炎選自一種艱難梭菌結腸炎和一種腸出血性結腸炎。
38.如權利要求37所述的方法，其中該艱難梭菌結腸炎選自一種急性艱難梭菌結腸炎、一種復發(fā)性艱難梭菌結腸炎以及一種重度艱難梭菌結腸炎。
39.如權利要求37所述的方法，其中該腸出血性結腸炎是由選自志賀氏菌屬和大腸桿囷的一種微生物引起。
40.如權利要求31所述的方法，其中該受試者具有慢性腹瀉或慢性便秘的風險或處于該風險中。
41.一種如權利要求1到29中任一項所述的組合物的用途，用于制造一種藥物。
42.一種如權利要求1到29中任一項所述的組合物的用途，用于制造一種藥物，該藥物用于療或減輕或預防結腸的疾病或病理性或醫(yī)原性病狀， 其中任選地該疾病是一種特征為結腸微生物群的功能異常或病理性組成的疾病或病狀，或該疾病是一種艱難梭菌結腸炎，或該疾病或病狀是一種結腸炎、一種自體免疫結腸炎、一種感染性結腸炎或一種腸出血性結腸炎。
【文檔編號】A61K35/37GK103561752SQ201280011891
【公開日】2014年2月5日 申請日期:2012年3月9日 優(yōu)先權日:2011年3月9日
【發(fā)明者】邁克爾·J·薩多維斯基, 亞歷山大·科魯茲, 亞歷克斯·R·文加登, 馬修·J·漢米爾頓 申請人:明尼蘇達大學評議會