本發(fā)明涉及生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域，具體涉及結(jié)核病微生物標(biāo)志物及其應(yīng)用，更具體地，本發(fā)明涉及結(jié)核病微生物標(biāo)志物在制備用于預(yù)測或輔助診斷對象結(jié)核病狀態(tài)的試劑中的應(yīng)用，利用所述結(jié)核病微生物標(biāo)志物預(yù)測結(jié)核病患者個體治療療效的系統(tǒng)，所述結(jié)核病微生物標(biāo)志物在制備治療結(jié)核病的藥物和/或功能性食品中的應(yīng)用，用于檢測結(jié)核病生物標(biāo)志物的試劑盒，用于治療結(jié)核病的藥物，生產(chǎn)或篩選所述藥物的方法，以及用于治療結(jié)核病的疫苗。

背景技術(shù)：

因結(jié)核分枝桿菌(mycobacteriumtuberculosis，mtb)感染導(dǎo)致的結(jié)核病(tuberculosis，tb)是具有最高感染率、致病率及致死率的烈性傳染病之一，是全球及我國面臨的最為嚴(yán)峻的公共衛(wèi)生安全威脅之一。世界衛(wèi)生組織(who)發(fā)布的2015年最新全球結(jié)核疫情年報顯示：2015年結(jié)核新發(fā)病例超過900萬人，而且結(jié)核病的致死人數(shù)達(dá)到150萬人，已經(jīng)超過hiv/aids感染所致死人數(shù)；而且，我國的結(jié)核疫情和結(jié)核分枝桿菌感染情況都相當(dāng)嚴(yán)重，是全球22個結(jié)核病高負(fù)擔(dān)國家之一，結(jié)核病人數(shù)位居世界第二。

機(jī)體在感染結(jié)核分枝桿菌后，少部分發(fā)展成活動性結(jié)核，產(chǎn)生相應(yīng)的臨床癥狀，嚴(yán)重者甚至發(fā)展成為多重耐藥性結(jié)核。大部分人在感染后并不出現(xiàn)相應(yīng)的臨床癥狀，但是機(jī)體內(nèi)有結(jié)核分枝桿菌存活，稱潛伏性結(jié)核。當(dāng)機(jī)體免疫力抵下時，潛伏性結(jié)核亦可發(fā)展成為活動性結(jié)核。

結(jié)核病的早期診斷對于有效控制結(jié)核病的進(jìn)展和結(jié)核分枝桿菌的傳播具有重要意義。目前診斷結(jié)核感染的方法有限，主要包括結(jié)核分枝桿菌素皮膚實(shí)驗(yàn)(tst)、痰涂片、痰細(xì)菌培養(yǎng)、放射性x光片、血清學(xué)抗體抗原免疫檢測以及pcr和核酸雜交法等。然而存在較多缺點(diǎn)和不足，例如，結(jié)核分枝桿菌素皮膚實(shí)驗(yàn)(tst)所使用的結(jié)核分枝桿菌純蛋白衍生物(ppd)中含有許多分枝桿菌種類(包括致病性分枝桿菌、環(huán)境分枝桿菌和bcg)所共有的抗原分子，因此ppd診斷結(jié)核病的特異性差，不能準(zhǔn)確區(qū)分ppd實(shí)驗(yàn)結(jié)果陽性究竟是因?yàn)閎cg接種、接觸環(huán)境中多種非結(jié)核分枝桿菌后的致敏還是真正的結(jié)核分枝桿菌感染所致。痰涂片方法雖然簡單易行，但是很大一部分結(jié)核病人痰里面并不一定有結(jié)核分枝桿菌(所謂的“痰陰”結(jié)核)。所以，痰涂片培養(yǎng)辦法具有診斷陽性率低、易漏檢、痰細(xì)菌培養(yǎng)周期長、培養(yǎng)成功率低(只有80％左右)等缺點(diǎn)。對于其他免疫學(xué)診斷技術(shù)，例如，已經(jīng)得到美國fda批準(zhǔn)上市的t-spot.tb試劑盒(oxfordimmunoteclimited,aingdon,unitedkingdom)和quantiferon-tbgold試劑盒雖然精確度有所提高，但是成份復(fù)雜、價格昂貴、成本極高，嚴(yán)重地制約了其用于數(shù)以百萬計的活動性結(jié)核患者以及數(shù)以億計的結(jié)核潛伏感染人群進(jìn)行大規(guī)模結(jié)核篩查與診斷。因此，亟待一種可以提前預(yù)測或者篩查或者預(yù)后結(jié)核病的檢測方法，能夠準(zhǔn)確的預(yù)測結(jié)核病，以提前做出預(yù)防和治療，避免錯過最佳治療時機(jī)。

腸道微生物是存在于人體腸道中的微生物群落，是人體的“第二基因組”。人腸道菌群和宿主構(gòu)成一個相互關(guān)聯(lián)的整體，具有重要作用，包括形成微生物屏障防止病原菌定植、執(zhí)行免疫調(diào)節(jié)及代謝功能。腸道微生物數(shù)量、結(jié)構(gòu)及穩(wěn)定性的改變，尤其是菌群的失衡會改變機(jī)體的免疫狀態(tài)。研究表明腸道菌群失衡與某些疾病的發(fā)生發(fā)展息息相關(guān)，包括糖尿病、帕金森癥等，然而有時腸道菌群失衡并不直接導(dǎo)致疾病的表達(dá)，而作為疾病標(biāo)記。隨著人體基因組測序完成及高通量測序技術(shù)的高速發(fā)展，基因篩查成為診斷的方向。因此通過對腸道菌群的研究篩選出與結(jié)核病相關(guān)性高的生物標(biāo)志物有重要意義。一方面，利用結(jié)核病有關(guān)的生物標(biāo)記物可以提供診斷結(jié)核病的方法；并且可以用于監(jiān)測治療效果。另一方面，通過將獲得的生物標(biāo)志物中的某些保護(hù)性微生物進(jìn)行分離、純化、培養(yǎng)和加上制成益生菌，可以用于改善并恢復(fù)腸道微生物平衡，對于結(jié)核病治療具有重要意義。

目前，尚無研究闡述結(jié)核病相關(guān)的腸道菌群生物標(biāo)志物。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素：

針對上述現(xiàn)有技術(shù)，本發(fā)明的第一個目的是提供一種能夠準(zhǔn)確、有效標(biāo)記或輔助檢測結(jié)核病的方法。

本發(fā)明的另一個目的是提供一種利用所述結(jié)核病微生物標(biāo)志物預(yù)測結(jié)核病患者個體治療療效的系統(tǒng)。

本發(fā)明的又一個目的是提供用于檢測所述結(jié)核病微生物標(biāo)志物的試劑盒。

本發(fā)明的又一個目的是提供一種用于治療結(jié)核病的藥物。

本發(fā)明的又一個目的是提供一種生產(chǎn)或篩選上述藥物的方法。

本發(fā)明的又一個目的是提供一種用于治療結(jié)核病的疫苗。

根據(jù)本發(fā)明的一個方面，本發(fā)明提出了結(jié)核病微生物標(biāo)志物在制備用于預(yù)測或輔助診斷對象結(jié)核病狀態(tài)的試劑中的應(yīng)用，所述結(jié)核病微生物標(biāo)志物為以下種/菌株水平的腸道微生物中的一種或多種，或以下種/菌株水平的滅活、重組、減毒、或經(jīng)過基因工程、化學(xué)或物理方法改造的腸道微生物中的一種或多種：費(fèi)格森埃希菌(escherichiafergusonii)、布氏弓形菌(arcobacterbutzleri)、肺炎鏈球菌(streptococcusmitisoralispneumoniae)、格氏鏈球菌(streptococcusgordonii)、嬰兒鏈球菌(streptococcusinfantis)、前庭鏈球菌(streptococcusvestibularis)、哈氏梭菌(clostridiumhathewayi)、糞便擬桿菌(bacteroidesstercoris)、遲緩埃格特菌(eggerthellalenta)、圓柱狀真桿菌(eubacteriumcylindroides)、大腸埃希氏菌(escherichiacoli)、蘆葦鏈球菌(streptococcusaustralis)、脆弱擬桿菌(bacteroidesfragilis)、陰溝腸桿菌屬(enterobactercloacae)、糞擬桿菌(bacteroidescaccae)、小韋榮球菌(veillonellaparvula)、芽胞擬桿菌(bacteroidesmassiliensis)、多型擬桿菌(bacteroidesthetaiotaomicron)、擬桿菌屬(bacteroides_finegoldii)、shahii另枝菌屬(alistipesshahii)、直腸真桿菌(eubacteriumrectale)、hominis羅氏菌屬(roseburiahominis)、卵形擬桿菌(bacteroidesovatus)、布氏瘤胃球菌屬(ruminococcusbromii)、普通擬桿菌(bacteroidesvulgatus)、超巨巨單胞菌(megamonashypermegale)、肺炎克雷伯菌(klebsiellapneumoniae)、去磺弧菌(desulfovibriodesulfuricans)、糞球菌屬(coprococcuscatus)、腸枝羅氏菌(roseburiaintestinalis)、氨基酸球菌屬(acidaminococcusintestini)、挑剔真桿菌(eubacteriumeligens)、殊異韋榮菌(veillonelladispar)、非典型韋榮菌(veillonellaatypica)、inulinivorans羅氏菌屬(roseburiainulinivorans)、草酸桿菌(oxalobacterformigenes)、嗜熱鏈球菌(streptococcusthermophilus)、putredinis另枝菌屬(alistipesputredinis)、埃氏巨型球菌(megasphaeraelsdenii)、規(guī)則糞球菌(coprococcuseutactus)、瘤胃乳酸桿菌(lactobacillus_ruminis)、兩岐雙岐桿菌(bifidobacteriumbifidum)、青春雙歧桿菌(bifidobacterium_adolescentis)、嗜黏蛋白阿克曼氏菌(akkermansia_muciniphila)。

上述本發(fā)明一方面提供的結(jié)核病微生物標(biāo)志物是發(fā)明人通過對大量結(jié)核病個體和大量健康對照個體的糞便樣本中的微生物的豐度的差異比較分析、以及驗(yàn)證，而確定下來的，明確了腸道微生物中結(jié)核病相關(guān)的微生物標(biāo)志物。利用所稱的結(jié)核病標(biāo)志物，能夠確定個體處于患有結(jié)核病狀態(tài)的概率或者處于健康狀態(tài)的概率，能夠用于非侵入性的早期發(fā)現(xiàn)或輔助檢測結(jié)核病。

作為一種優(yōu)選的實(shí)施方式，對所述對象的糞便樣本、腸道排出物或腸道提取物進(jìn)行檢測，以確定是否存在所述腸道微生物中的一種或多種或所述腸道微生物的核酸、蛋白、菌體成分、代謝產(chǎn)物等所述腸道微生物特異性標(biāo)志物中的一種或多種。

作為一種優(yōu)選的實(shí)施方式，確定是否存在所述腸道微生物中的一種或多種進(jìn)一步包括：

將所述測序結(jié)果與所述微生物進(jìn)行比對；以及

基于比對結(jié)果，確定是否存在所述腸道微生物中的一種或多種。

作為一種優(yōu)選的實(shí)施方式，進(jìn)一步包括步驟：

確定所述腸道微生物的相對豐度；以及

將所述相對豐度與預(yù)定的臨界值進(jìn)行比較。

根據(jù)本發(fā)明的又一方面，本發(fā)明提出了一種用于檢測結(jié)核病生物標(biāo)志物確定對象異常狀態(tài)的試劑盒，該試劑盒含有對上述微生物進(jìn)行檢測的試劑。具體地，所述試劑盒中含有對所述微生物標(biāo)志物進(jìn)行檢測的試劑，所述試劑盒包括提取所述微生物標(biāo)志物基因的dna等核酸物質(zhì)的試劑和檢測所提取的dna等核酸的基因芯片或其他核酸檢測技術(shù)或方法。

根據(jù)本發(fā)明的又一方面，本發(fā)明提出了一種檢測結(jié)核病生物標(biāo)志物的試劑盒，所述試劑盒中含有對權(quán)利要求1所述的微生物標(biāo)志物進(jìn)行檢測的試劑，所述試劑盒包括提取所述微生物標(biāo)志物的蛋白、菌體成分、代謝產(chǎn)物的試劑和檢測這些蛋白、菌體成分、代謝產(chǎn)物的抗原、抗體、化學(xué)標(biāo)記、顯色或發(fā)光試劑、生物標(biāo)記、顯色或發(fā)光材料或其他檢測方法或技術(shù)。

利用上述試劑盒，可以確定這些微生物在腸道菌群中的相對豐度，因此.可以通過所得到的相對豐度值與預(yù)定的臨界值進(jìn)行比較.從而提高確定對象個體為結(jié)核病個體或者為健康個體的概率，以及用于監(jiān)控結(jié)核病患者的治療效果的效率。

依據(jù)本發(fā)明的又一方面，本發(fā)明還提供上述結(jié)核病微生物標(biāo)志物在制備預(yù)防或治療結(jié)核病的藥物和/或在制備功能性食品中的用途，本發(fā)明還提供了一種用于治療結(jié)核病的藥物或功能性食品，所述藥物或功能性食品促使所述結(jié)核病微生物標(biāo)志物中的擬桿菌屬(bacteroides_finegoldii)、shahii另枝菌屬(alistipesshahii)、直腸真桿菌(eubacteriumrectale)、hominis羅氏菌屬(roseburiahominis)、卵形擬桿菌(bacteroidesovatus)、布氏瘤胃球菌屬(ruminococcusbromii)、普通擬桿菌(bacteroidesvulgatus)、超巨巨單胞菌(megamonashypermegale)、肺炎克雷伯菌(klebsiellapneumoniae)、去磺弧菌(desulfovibriodesulfuricans)、糞球菌屬(coprococcuscatus)、腸枝羅氏菌(roseburiaintestinalis)、氨基酸球菌屬(acidaminococcusintestini)、挑剔真桿菌(eubacteriumeligens)、殊異韋榮菌(veillonelladispar)、非典型韋榮菌(veillonellaatypica)、inulinivorans羅氏菌屬(roseburiainulinivorans)、草酸桿菌(oxalobacterformigenes)、嗜熱鏈球菌(streptococcusthermophilus)、putredinis另枝菌屬(alistipesputredinis)、埃氏巨型球菌(megasphaeraelsdenii)、規(guī)則糞球菌(coprococcuseutactus)、瘤胃乳酸桿菌(lactobacillus_ruminis)、兩岐雙岐桿菌(bifidobacteriumbifidum)、青春雙歧桿菌(bifidobacterium_adolescentis)、嗜黏蛋白阿克曼氏菌(akkermansia_muciniphila)的相對豐度或絕對豐度增加：以及促使費(fèi)格森埃希菌(escherichiafergusonii)、布氏弓形菌(arcobacterbutzleri)、肺炎鏈球菌(streptococcusmitisoralispneumoniae)、格氏鏈球菌(streptococcusgordonii)、嬰兒鏈球菌(streptococcusinfantis)、前庭鏈球菌(streptococcusvestibularis)、哈氏梭菌(clostridiumhathewayi)、糞便擬桿菌(bacteroidesstercoris)、遲緩埃格特菌(eggerthellalenta)、圓柱狀真桿菌(eubacteriumcylindroides)、大腸埃希氏菌(escherichiacoli)、蘆葦鏈球菌(streptococcusaustralis)、脆弱擬桿菌(bacteroidesfragilis)、陰溝腸桿菌屬(enterobactercloacae)、糞擬桿菌(bacteroidescaccae)、小韋榮球菌(veillonellaparvula)、芽胞擬桿菌(bacteroidesmassiliensis)、多型擬桿菌(bacteroidesthetaiotaomicron)的相對豐度或絕對豐度降低。

上述結(jié)核病標(biāo)志物是發(fā)明人通過差異比較分析各種腸道微生物在結(jié)核病疾病組和健康組的糞便樣本中的豐度，以及經(jīng)過大量已知狀態(tài)下的驗(yàn)證，而確定下來的。所稱結(jié)核病標(biāo)志物在結(jié)核病組和健康組具有顯著差異，所稱顯著差異是指在結(jié)核病組中和健康組的豐度比較中，上述結(jié)核病標(biāo)志物所包含的各種微生物在在兩組中的豐度均具有統(tǒng)計意義的顯著性差異。本發(fā)明提供的結(jié)核病標(biāo)志物能夠用于制備治療人結(jié)核病的藥物和/或用于制備益于平衡腸道菌群的功能性食品、保健藥等。

根據(jù)本發(fā)明的另一方面，本發(fā)明還提供生產(chǎn)或篩選上述藥物的方法，包括篩選促使結(jié)核病微生物標(biāo)志物中的擬桿菌屬(bacteroides_finegoldii)、shahii另枝菌屬(alistipesshahii)、直腸真桿菌(eubacteriumrectale)、hominis羅氏菌屬(roseburiahominis)、卵形擬桿菌(bacteroidesovatus)、布氏瘤胃球菌屬(ruminococcusbromii)、普通擬桿菌(bacteroidesvulgatus)、超巨巨單胞菌(megamonashypermegale)、肺炎克雷伯菌(klebsiellapneumoniae)、去磺弧菌(desulfovibriodesulfuricans)、糞球菌屬(coprococcuscatus)、腸枝羅氏菌(roseburiaintestinalis)、氨基酸球菌屬(acidaminococcusintestini)、挑剔真桿菌(eubacteriumeligens)、殊異韋榮菌(veillonelladispar)、非典型韋榮菌(veillonellaatypica)、inulinivorans羅氏菌屬(roseburiainulinivorans)、草酸桿菌(oxalobacterformigenes)、嗜熱鏈球菌(streptococcusthermophilus)、putredinis另枝菌屬(alistipesputredinis)、埃氏巨型球菌(megasphaeraelsdenii)、規(guī)則糞球菌(coprococcuseutactus)、瘤胃乳酸桿菌(lactobacillus_ruminis)、兩岐雙岐桿菌(bifidobacteriumbifidum)、青春雙歧桿菌(bifidobacterium_adolescentis)、嗜黏蛋白阿克曼氏菌(akkermansia_muciniphila)的相對豐度或絕對豐度增加的物質(zhì)作為所述藥物的步驟；以及促使費(fèi)格森埃希菌(escherichiafergusonii)、布氏弓形菌(arcobacterbutzleri)、肺炎鏈球菌(streptococcusmitisoralispneumoniae)、格氏鏈球菌(streptococcusgordonii)、嬰兒鏈球菌(streptococcusinfantis)、前庭鏈球菌(streptococcusvestibularis)、哈氏梭菌(clostridiumhathewayi)、糞便擬桿菌(bacteroidesstercoris)、遲緩埃格特菌(eggerthellalenta)、圓柱狀真桿菌(eubacteriumcylindroides)、大腸埃希氏菌(escherichiacoli)、蘆葦鏈球菌(streptococcusaustralis)、脆弱擬桿菌(bacteroidesfragilis)、陰溝腸桿菌屬(enterobactercloacae)、糞擬桿菌(bacteroidescaccae)、小韋榮球菌(veillonellaparvula)、芽胞擬桿菌(bacteroidesmassiliensis)、多型擬桿菌(bacteroidesthetaiotaomicron)的相對豐度或絕對豐度降低的物質(zhì)作為所述藥物的步驟。

根據(jù)本發(fā)明的又一方面.本發(fā)明提出了一種確定對象中異常狀態(tài)的方法。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，該方法包括步驟：(l)確定所述個體的糞便樣本中的所述結(jié)核病標(biāo)志物中的各種微生物的豐度；(2)分別將步驟(l)中確定的結(jié)核病標(biāo)志物中的各種微生物的豐度與其在對照組中的豐度進(jìn)行比較，依據(jù)獲得的比較結(jié)果確定所述個體的狀態(tài)，所述對照組由一組或多組相同狀態(tài)的個體的糞便樣本組成，所述狀態(tài)包括患有結(jié)核病狀態(tài)和健康狀態(tài)。所稱結(jié)核病標(biāo)志物是發(fā)明人通過差異比較分析各種腸道微生物在結(jié)核病疾病組和健康組的糞便樣本中的豐度，以及經(jīng)過大量已知狀態(tài)的糞便樣本的驗(yàn)證，而確定下來的。

上述本發(fā)明這一方面的方法基于檢測個體的糞便樣本中的結(jié)核病標(biāo)志物中的各種微生物的豐度，分別將檢測確定的各種微生物的豐度與其在對照組中豐度進(jìn)行比較，依據(jù)獲得的比較結(jié)果能夠確定個體為結(jié)核病個體或者為健康個體的概率。為早期發(fā)現(xiàn)結(jié)核病提供一種非侵入性的輔助檢測方法。

根據(jù)本發(fā)明的又一方面，本發(fā)明提出了一種利用所述的結(jié)核病微生物標(biāo)志物預(yù)測結(jié)核病患者個體治療療效的系統(tǒng)。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，該檢測對象中異常狀態(tài)的系統(tǒng)包括：核酸樣本分離單元，所述核酸樣本分離單元適于從檢測對象中分離腸道菌群核酸樣本：測序單元，所述測序單元與所述核酸樣本分離單元相連，并且適于對所分離的腸道菌群核酸樣本進(jìn)行測序，以獲得測序結(jié)果：以及比對裝置，所述比對裝置與所述測序單元相連，并且適于以這樣的方式將所述測序結(jié)果與參照基因組進(jìn)行比對.以便確定所述測序結(jié)果中是否存在上述結(jié)核病標(biāo)志物。所述比對裝置包括數(shù)據(jù)處理單元和結(jié)果判定單元。其中，數(shù)據(jù)處理單元用于根據(jù)測序結(jié)果，對腸道菌群中的所述結(jié)核病微生物標(biāo)志物的相對豐度進(jìn)行檢測，將所得到的相對豐度值進(jìn)行分析，得出上述微生物標(biāo)志物的臨界值；結(jié)果判定單元用于將數(shù)據(jù)處理單元得到的微生物標(biāo)志物的臨界值與設(shè)定診斷值進(jìn)行比較。

利用該方法，可以確定上述微生物在腸道菌群中的相對豐度.因此.可以通過所得到的相對豐度值與預(yù)定的臨界值進(jìn)行比較.從而提高確定對象個體為結(jié)核病個體或者為健康個體的概率，以及用于監(jiān)控結(jié)核病患者的治療效果的效率。

根據(jù)本發(fā)明的又一方面，本發(fā)明提供了所述結(jié)核病微生物標(biāo)志物在制備治療結(jié)核病的藥物和/或功能性食品中的應(yīng)用。

根據(jù)本發(fā)明的又一方面，本發(fā)明提供了一種用于預(yù)防或治療結(jié)核病的疫苗，所述疫苗采用所述的結(jié)核病微生物標(biāo)志物中的一種或多種制備或由所述微生物標(biāo)志物的蛋白、菌體成分、代謝產(chǎn)物的一種或多種制備，或采用現(xiàn)有疫苗與所述微生物標(biāo)志物中的一種或多種聯(lián)合制備或與所述微生物標(biāo)志物的蛋白、菌體成分、代謝產(chǎn)物的一種或多種聯(lián)合制備。

本發(fā)明能夠準(zhǔn)確、有效地檢測與結(jié)核病相關(guān)的微生物(腸道菌群)，可以有效地預(yù)測結(jié)核病以及監(jiān)控結(jié)核病患者的治療效果，具有較好的臨床應(yīng)用前景。合理有效地應(yīng)用本發(fā)明，能夠更精準(zhǔn)地為病人提供個體化治療方案。

附圖說明

本發(fā)明的上述和/或附加的方面和優(yōu)點(diǎn)從結(jié)合下面附圖對實(shí)施例的描述中將變得明顯和容易理解，其中：

圖1示出了采用根據(jù)本發(fā)明的試劑盒檢測確定結(jié)核病微生物標(biāo)志物的流程示意圖。

圖2示出了根據(jù)本發(fā)明的檢測系統(tǒng)的信息處理流程示意圖。

具體實(shí)施方式

下面將結(jié)合附圖和實(shí)施例對本發(fā)明的實(shí)施方案進(jìn)行詳細(xì)描述，但是本領(lǐng)域技術(shù)人員將理解，下列附圖和實(shí)施例僅用于說明本發(fā)明，而不是對本發(fā)明的范圍的限定。在本發(fā)明中，除非另有說明，否則本文中使用的科學(xué)和技術(shù)名詞具有本領(lǐng)域技術(shù)人員所通常理解的含義。并且，本文中所使用的各種實(shí)驗(yàn)室操作步驟均為相應(yīng)領(lǐng)域內(nèi)廣泛使用的常規(guī)步驟。

生物標(biāo)志物

根據(jù)本發(fā)明的第一方面，本發(fā)明提出結(jié)核病的生物標(biāo)志物。

在本文中.術(shù)語“生物標(biāo)志物”應(yīng)做廣義理解.其包括任何能夠反映異常狀態(tài)的任何可檢測生物指標(biāo)，可以包含基因標(biāo)志物、物種標(biāo)志物(種標(biāo)志物屬標(biāo)志物)以及功能標(biāo)志物(k0標(biāo)志物)。其中，基因標(biāo)志物的含義并不局限于現(xiàn)有可以表達(dá)為且有生物活性的蛋白質(zhì)的基因，還包括任何核酸片段，可以為dna.也可以為rna，可以是經(jīng)修飾的dna或者rna，也可以為未經(jīng)修飾的dna從或者rna.在本文中基因標(biāo)志物有時也可以稱為特征片段。特別地，本發(fā)明的生物標(biāo)志物為微生物標(biāo)志物。

根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，運(yùn)用高通量測序，分析健康人群和結(jié)核病患者的糞便樣本。基于高通量測序數(shù)據(jù)，對健康人群與結(jié)核病患者群進(jìn)行統(tǒng)計檢驗(yàn)，從而確定與結(jié)核病患者相關(guān)的特異性核酸序列。簡言之，其步驟如下：

(1)樣品的收集與處理：收集健康人群與結(jié)核病患者群的糞便樣本，使用試劑盒

進(jìn)行dna提取，得到核酸樣本；

(2)文庫構(gòu)建和測序：利用高通量測序進(jìn)行dna文庫構(gòu)建和測序，以便得到糞便樣品中所包含腸道微生物的核酸序列；

(3)通過生物信息學(xué)的分析方法.確定結(jié)核病患者相關(guān)的特異性腸道微生物核酸序列。首先，將測序序列讀段(reads)與參照基因集(可以為新構(gòu)建的基因集或任何已知序列的數(shù)據(jù)庫)進(jìn)行比對，接下來，基于比對結(jié)果，分別確定來自健康人群和結(jié)核病患者群的糞便樣品的核酸樣本中各基因的相對豐度，通過將測序序列與參照基因集進(jìn)行比對，可以將測序序列與參照基因集中的基因建立對應(yīng)關(guān)系，從而針對核酸樣本中的特定基因，與其相對應(yīng)的測序序列的數(shù)目可以有效地反映該基因的相對豐度。由此，可以通過比對結(jié)果，按照常規(guī)的統(tǒng)計分析，確定在核酸樣本中基因的相對豐度。最后，在確定核酸樣本中各基因的相對豐度后.對來自健康人群和結(jié)核病患者糞便的核酸樣本中各基因的相對豐度進(jìn)行統(tǒng)計檢驗(yàn)，由此.可以判斷在健康人群和結(jié)核病人群中是否存在相對豐度有顯著差異的基因，如果存在基因是顯著差異的，則該基因被當(dāng)作是異常狀態(tài)的生物標(biāo)志物，即基因標(biāo)志物。

另外，對于已知或新構(gòu)建的的參照基因集，其通常包含基因物種信息和功能注釋，由此，在確定基因相對豐度的基礎(chǔ)上，可以進(jìn)一步通過將基因的物種信息和功能注釋進(jìn)行分類，從而確定腸道菌群中各微生物的物種相對豐度和功能相對豐度，也就可以進(jìn)一步確定異常狀態(tài)的物種標(biāo)志物和功能標(biāo)志物。簡言之，確定物種標(biāo)志物和功能標(biāo)志物的方法進(jìn)一步包括：將健康人群和的結(jié)核病患者群的測序序列與參照基因集進(jìn)行比對；基于比對結(jié)果，分別確定健康人群和的結(jié)核病患者群的核酸樣本中各基因的物種相對豐度和功能相對豐度；對來自健康人群和的結(jié)核病人群的核酸樣本中各基因的物種相對豐度和功能相對豐度進(jìn)行統(tǒng)計學(xué)檢驗(yàn)；以及分別確定在健康人群和的結(jié)核病患者群的核酸樣本之間相對豐度存在顯著差異的物種標(biāo)志物和功能標(biāo)志物。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，可以采用對來自相同物種的基因的基因相對豐度和具有相同功能注釋的基因的基因相對豐度進(jìn)行統(tǒng)計檢驗(yàn)，例如加和、取平均值、中位數(shù)值等，來確定功能相對豐度和物種相對豐度。

最后，確定了在健康人群和結(jié)核病患者群的糞便樣品之間相對豐度存在顯著差異的微生物，即來自腸道微生物中的費(fèi)格森埃希菌(escherichiafergusonii)、布氏弓形菌(arcobacterbutzleri)、肺炎鏈球菌(streptococcusmitisoralispneumoniae)、格氏鏈球菌(streptococcusgordonii)、嬰兒鏈球菌(streptococcusinfantis)、前庭鏈球菌(streptococcusvestibularis)、哈氏梭菌(clostridiumhathewayi)、糞便擬桿菌(bacteroidesstercoris)、遲緩埃格特菌(eggerthellalenta)、圓柱狀真桿菌(eubacteriumcylindroides)、大腸埃希氏菌(escherichiacoli)、蘆葦鏈球菌(streptococcusaustralis)、脆弱擬桿菌(bacteroidesfragilis)、陰溝腸桿菌屬(enterobactercloacae)、糞擬桿菌(bacteroidescaccae)、小韋榮球菌(veillonellaparvula)、芽胞擬桿菌(bacteroidesmassiliensis)、多型擬桿菌(bacteroidesthetaiotaomicron)、擬桿菌屬(bacteroides_finegoldii)、shahii另枝菌屬(alistipesshahii)、直腸真桿菌(eubacteriumrectale)、hominis羅氏菌屬(roseburiahominis)、卵形擬桿菌(bacteroidesovatus)、布氏瘤胃球菌屬(ruminococcusbromii)、普通擬桿菌(bacteroidesvulgatus)、超巨巨單胞菌(megamonashypermegale)、肺炎克雷伯菌(klebsiellapneumoniae)、去磺弧菌(desulfovibriodesulfuricans)、糞球菌屬(coprococcuscatus)、腸枝羅氏菌(roseburiaintestinalis)、氨基酸球菌屬(acidaminococcusintestini)、挑剔真桿菌(eubacteriumeligens)、殊異韋榮菌(veillonelladispar)、非典型韋榮菌(veillonellaatypica)、inulinivorans羅氏菌屬(roseburiainulinivorans)、草酸桿菌(oxalobacterformigenes)、嗜熱鏈球菌(streptococcusthermophilus)、putredinis另枝菌屬(alistipesputredinis)、埃氏巨型球菌(megasphaeraelsdenii)、規(guī)則糞球菌(coprococcuseutactus)、瘤胃乳酸桿菌(lactobacillus_ruminis)、兩岐雙岐桿菌(bifidobacteriumbifidum)、青春雙歧桿菌(bifidobacterium_adolescentis)、嗜黏蛋白阿克曼氏菌(akkermansia_muciniphila)。

由此，通過檢測上述微生物中的至少一種是否存在并富集于結(jié)核病組或者健康組，來有效地確定對象為結(jié)核病患者或者健康個人的概率，并且可以用于監(jiān)控結(jié)核病患者的治療效果。在本文中所使用的術(shù)語“存在”應(yīng)做廣義理解，既可以指的是定性分析樣本中是否含有相應(yīng)的目標(biāo)物，也可以指對樣本中的目標(biāo)物進(jìn)行定量分析，并且還可以進(jìn)一步將所得到的定量分析結(jié)果與參照(例如通過對具有已知狀態(tài)的樣本進(jìn)行平行試驗(yàn)所得到的定量分析結(jié)果)進(jìn)行統(tǒng)計學(xué)分析或者任何已知數(shù)學(xué)運(yùn)算所得到的結(jié)果。本領(lǐng)域技術(shù)人員可以根據(jù)需要和試驗(yàn)條件進(jìn)行容易的選擇。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，還可以通過確定這些微生物在腸道菌群中的相對豐度，從而可以通過所得到的相對豐度值與預(yù)定的臨界值進(jìn)行比較，從而提高確定對象為結(jié)核病患者或者健康個人的概率，以及用于監(jiān)控結(jié)核病患者的治療效果的效率。

根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，費(fèi)格森埃希菌(escherichiafergusonii)、布氏弓形菌(arcobacterbutzleri)、肺炎鏈球菌(streptococcusmitisoralispneumoniae)、格氏鏈球菌(streptococcusgordonii)、嬰兒鏈球菌(streptococcusinfantis)、前庭鏈球菌(streptococcusvestibularis)、哈氏梭菌(clostridiumhathewayi)、糞便擬桿菌(bacteroidesstercoris)、遲緩埃格特菌(eggerthellalenta)、圓柱狀真桿菌(eubacteriumcylindroides)、大腸埃希氏菌(escherichiacoli)、蘆葦鏈球菌(streptococcusaustralis)、脆弱擬桿菌(bacteroidesfragilis)、陰溝腸桿菌屬(enterobactercloacae)、糞擬桿菌(bacteroidescaccae)、小韋榮球菌(veillonellaparvula)、芽胞擬桿菌(bacteroidesmassiliensis)、多型擬桿菌(bacteroidesthetaiotaomicron)在結(jié)核病中被富集，因此在本文中可以統(tǒng)稱為“有害生物標(biāo)記物”。

擬桿菌屬(bacteroides_finegoldii)、shahii另枝菌屬(alistipesshahii)、直腸真桿菌(eubacteriumrectale)、hominis羅氏菌屬(roseburiahominis)、卵形擬桿菌(bacteroidesovatus)、布氏瘤胃球菌屬(ruminococcusbromii)、普通擬桿菌(bacteroidesvulgatus)、超巨巨單胞菌(megamonashypermegale)、肺炎克雷伯菌(klebsiellapneumoniae)、去磺弧菌(desulfovibriodesulfuricans)、糞球菌屬(coprococcuscatus)、腸枝羅氏菌(roseburiaintestinalis)、氨基酸球菌屬(acidaminococcusintestini)、挑剔真桿菌(eubacteriumeligens)、殊異韋榮菌(veillonelladispar)、非典型韋榮菌(veillonellaatypica)、inulinivorans羅氏菌屬(roseburiainulinivorans)、草酸桿菌(oxalobacterformigenes)、嗜熱鏈球菌(streptococcusthermophilus)、putredinis另枝菌屬(alistipesputredinis)、埃氏巨型球菌(megasphaeraelsdenii)、規(guī)則糞球菌(coprococcuseutactus)、瘤胃乳酸桿菌(lactobacillus_ruminis)、兩岐雙岐桿菌(bifidobacteriumbifidum)、青春雙歧桿菌(bifidobacterium_adolescentis)、嗜黏蛋白阿克曼氏菌(akkermansia_muciniphila)在健康人(對照組)中被富集，因而在本文中可以統(tǒng)稱為“有益生物標(biāo)志物”。

可以通過檢測對象腸道菌群中是否存在上述微生物物種的至少一種，尤其是選自有害生物標(biāo)記物的至少一種，來有效地確定對象是否患有或者易感結(jié)核病，并且可以用于監(jiān)控結(jié)核病患者的治療效果。

根據(jù)本發(fā)明一個實(shí)施方式提供的上述結(jié)核病標(biāo)志物在制備治療結(jié)核病的藥物和/或在制備功能性食品中的用途。所稱結(jié)核病標(biāo)志物是發(fā)明人通過差異比較分析各種腸道微生物在結(jié)核病患者疾病組和健康組的糞便樣本中的豐度，以及經(jīng)過大量已知狀態(tài)的糞便樣本的驗(yàn)證，而確定下來的。能夠使所稱結(jié)核病標(biāo)志物中有益生物標(biāo)志物豐度增加的物質(zhì)能夠用于治療結(jié)核病或者益于結(jié)核病患者服用，能夠使所稱結(jié)核病標(biāo)志物中有益生物標(biāo)志物豐度增加的物質(zhì)不限于治療結(jié)核病的藥物和有益腸道菌群平衡的功能性食品，該實(shí)施方式提供的結(jié)核病標(biāo)志物能夠用于制備治療結(jié)核病的藥物和/或用于制備益于平衡腸道菌群的功能性食品、保健藥等。

根據(jù)本發(fā)明的另一個實(shí)施方式提供的一種利用上述任一實(shí)施例中的結(jié)核病標(biāo)志物確定個體的狀態(tài)的方法，該方法包括以下步驟(l)和(2)：

(l)確定待測個體中的結(jié)核病標(biāo)志物的豐度；

(2)豐度比較，以確定個體狀態(tài)。

上述步驟(1)中，確定待測個體的糞便樣本中的結(jié)核病標(biāo)志物中的各種微生物的豐度。

根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，進(jìn)行以下以完成該步驟：獲得所述個體的糞便樣本中的核酸序列的測序數(shù)據(jù)，所述測序數(shù)據(jù)包括多個讀段；組裝所述讀段，獲得基因集，所述基因集包括多個組裝片段，所述基因集中的組裝片段為非冗余序列；確定所述結(jié)核病標(biāo)志物中的各種微生物包含的組裝片段；依據(jù)所述測序數(shù)據(jù)，分別確定所述基因集中的各個組裝片段的豐度，其中包括，分別確定所述結(jié)核病標(biāo)志物中的各種微生物包含的組裝片段的豐度；分別依據(jù)所述確定的組裝片段的豐度，確定所述結(jié)核病標(biāo)志物中的各種微生物的豐度。

所稱的測序數(shù)據(jù)通過對樣本中的核酸序列進(jìn)行測序得來，測序依據(jù)所選的測序平臺的不同，可選擇但不限于半導(dǎo)體測序技術(shù)平臺比如pgm,合成測序的技術(shù)平臺比如illumina公司的hiseq、miseq序列平臺以及單分子實(shí)時測序平臺比如pacbio序列平臺。測序方式可以選擇單端測序，也可以選擇雙末端測序，獲得的下機(jī)數(shù)據(jù)是測讀出來的片段，稱為讀段(讀段)。

所稱的組裝可以利用己知序列組裝方法或軟件進(jìn)行，例如利用soapdenovo、velvet等。

所稱的確定結(jié)核病標(biāo)志物中的各種微生物包含的組裝片段，根據(jù)本發(fā)明的一個實(shí)施例，是通過將基因集中的組裝片段與微生物參考序列運(yùn)用軟件metagenemark比對，依據(jù)與某種微生物參考序列的相似程度來判斷組裝片段是否來自該種微生物。所稱參考序列指預(yù)先確定的序列，可以是預(yù)先獲得的待測樣本所屬或者所包含的生物類別的任意參考模板，例如，若目標(biāo)是待測樣本中的微生物，參考序列可選擇ncbi數(shù)據(jù)庫中的各種微生物的參考基因組和或metahit項(xiàng)目公開的dacc腸道基因組，進(jìn)一步地，也可以預(yù)先配置包含更多參考序列的資源庫，例如依據(jù)待測樣本來源的個體的狀態(tài)、地域等因素選擇或是測定組裝出更接近的序列作為參考序列。根據(jù)本發(fā)明的一個實(shí)施例，確定結(jié)核病標(biāo)志物中的各種微生物包含的組裝片段包括：將所述基因集中的組裝片段分別與所述各種微生物的參考序列進(jìn)行比對，確定與一種微生物的參考序列的相似性大于或者等于90％的組裝片段來自該種微生物。

根據(jù)本發(fā)明的一個實(shí)施例，所稱的分別依據(jù)所述確定的組裝片段的豐度，確定所述結(jié)核病標(biāo)志物中的各種微生物的豐度的步驟中，微生物的豐度為該種微生物包含的所有組裝片段的豐度的中位數(shù)或者平均數(shù)。

在步驟(2)中，進(jìn)行豐度比較，以確定個體狀態(tài)。

具體地，分別將步驟(l)中確定的結(jié)核病標(biāo)志物中的各種微生物的豐度與預(yù)設(shè)臨界值進(jìn)行比較，依據(jù)獲得的比較結(jié)果確定所述個體的狀態(tài)，所述對照組由一組或多組相同狀態(tài)的個體的糞便樣本組成，所述狀態(tài)包括患有結(jié)核病狀態(tài)和健康狀態(tài)。所稱結(jié)核病標(biāo)志物是發(fā)明人通過差異比較分析各種腸道微生物在結(jié)核病疾病組和健康組的糞便樣本中的豐度，以及經(jīng)過大量已知狀態(tài)的糞便樣本的驗(yàn)證，而確定下來的。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，預(yù)定臨界值可以通過實(shí)驗(yàn)獲得，例如通過平行實(shí)驗(yàn)從已知生理狀態(tài)的對象確定在已知生理狀態(tài)的對象樣品中生物標(biāo)記物的相對豐度，從而得到預(yù)定的臨界值。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，所采用的臨界值(cutoff)為下表所示，其中，對于有益生物標(biāo)記物(方向定義為0)，相對豐度值小于臨界值就被診斷為疾病狀態(tài)；對于有害生物標(biāo)記物(方向定義為1)，相對豐度值大于臨界值就被診斷為疾病狀態(tài)。

根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，擬桿菌屬(bacteroides_finegoldii)、shahii另枝菌屬(alistipesshahii)、直腸真桿菌(eubacteriumrectale)、hominis羅氏菌屬(roseburiahominis)、卵形擬桿菌(bacteroidesovatus)、布氏瘤胃球菌屬(ruminococcusbromii)、普通擬桿菌(bacteroidesvulgatus)、超巨巨單胞菌(megamonashypermegale)、肺炎克雷伯菌(klebsiellapneumoniae)、去磺弧菌(desulfovibriodesulfuricans)、糞球菌屬(coprococcuscatus)、腸枝羅氏菌(roseburiaintestinalis)、氨基酸球菌屬(acidaminococcusintestini)、挑剔真桿菌(eubacteriumeligens)、殊異韋榮菌(veillonelladispar)、非典型韋榮菌(veillonellaatypica)、inulinivorans羅氏菌屬(roseburiainulinivorans)、草酸桿菌(oxalobacterformigenes)、嗜熱鏈球菌(streptococcusthermophilus)、putredinis另枝菌屬(alistipesputredinis)、埃氏巨型球菌(megasphaeraelsdenii)、規(guī)則糞球菌(coprococcuseutactus)、瘤胃乳酸桿菌(lactobacillus_ruminis)、兩岐雙岐桿菌(bifidobacteriumbifidum)、青春雙歧桿菌(bifidobacterium_adolescentis)、嗜黏蛋白阿克曼氏菌(akkermansia_muciniphila)可以作為有益菌用于治療或者預(yù)防結(jié)核病，例如可以將這些有益菌用于食品中。根據(jù)本發(fā)明的一個實(shí)施例，本發(fā)明提供了一種食品或藥物組合物，該食品或藥物組合物含有上述有益生物標(biāo)志物的至少一種。利用該食品或者藥物組合物，可以有效地預(yù)防或者治療結(jié)核病。另外，根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，本發(fā)明提出了一種將上述有益生物標(biāo)志物的至少一種在制備預(yù)防和/或治療結(jié)核病的藥物中的用途。并且，根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，本發(fā)明還提出了一種治療結(jié)核病的方法，其包括為有需要的對象給藥促進(jìn)上述有益生物標(biāo)志物豐度增加中的至少一種。

對于物種標(biāo)志物和功能標(biāo)志物，本領(lǐng)域技術(shù)人員還可以通過常規(guī)的菌種鑒別手段和生物活性檢驗(yàn)手段來確定在腸道菌群中存或者消失所述物種和功能。例如，菌種鑒別可以通過進(jìn)行16srna進(jìn)行。

根據(jù)本發(fā)明的又一種實(shí)施方式，提供一種制備或篩選上述實(shí)施方式中的治療結(jié)核病的藥物的方法，該方法包括制備或者篩選能夠促使上述本發(fā)明任一實(shí)施例中的結(jié)核病標(biāo)志物中的有益標(biāo)志微生物的豐度增加的物質(zhì)作為所述藥物的步驟。

利用本發(fā)明這一方面的生產(chǎn)或篩選治療結(jié)核病的藥物的方法，通過合理有效地應(yīng)用確定的結(jié)核病生物標(biāo)志物進(jìn)行篩選，能夠獲得能扶持腸道有益菌的生長和/或抑制腸道潛在致病菌的藥物，可以阻止腸道屏障的缺損，改善并恢復(fù)腸道微生態(tài)結(jié)構(gòu)，對于減輕結(jié)核病的臨床癥狀具有重要意義。

其他

根據(jù)本發(fā)明的又一方面，本發(fā)明提出了一種用于確定對象異常狀態(tài)的試劑盒。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，該試劑盒包含適于檢測前述生物標(biāo)志物的至少一種的試劑，利用該試劑盒可以有效確定對象是否含有上述生物標(biāo)記物進(jìn)而確定對象是否為異常狀態(tài)，根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，這里所述的異常狀態(tài)為疾病，優(yōu)選地，所述異常狀態(tài)為結(jié)核病。

另外，根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，本發(fā)明還提出了兩種藥物篩選方法。由此，根據(jù)本發(fā)明實(shí)施例，結(jié)核病密切相關(guān)的標(biāo)志物作為藥物設(shè)計靶點(diǎn)來進(jìn)行藥物的篩選，促進(jìn)新的結(jié)核病藥物的發(fā)現(xiàn)。例如，可以通過檢測與候選藥物接觸前后生物標(biāo)志物水平的變化，來確定候選藥物是否可以作為治療或預(yù)防結(jié)核病的藥物；另外，還可以通過確定藥物對上述生物標(biāo)記物的至少一種的生物活性的直接影響或間接影響來對候選化合物是否可以作為治療或預(yù)防結(jié)核病的藥物來進(jìn)行篩選。

以下結(jié)合具體實(shí)施例對本發(fā)明的方法和/或裝置進(jìn)行詳細(xì)的描述。除另有交待，以下實(shí)施例中涉及的未特別交待的試劑、序列(接頭、標(biāo)簽和引物)、軟件及儀器，都是常規(guī)市售產(chǎn)品或者開源的。

實(shí)施例1：樣品收集

所有20個糞便樣品分別采自20個志愿者，由中國東莞第六人民醫(yī)院醫(yī)院進(jìn)行糞便樣品的采集。以診斷出的結(jié)核病患者作為病例組，其他非糖尿病個體作為對照組。

實(shí)施例2：dna提取及測序

2.1糞便樣品的存儲

將取好的糞便樣品放入滅菌的糞便收集管，立即存儲于冷凍室將糞便樣本加入甘油冷凍。冷凍的樣本被送到保存點(diǎn)后，保存于-80℃直至使用。

2.2dna提取

每份分別取200mg冷凍糞便樣品，以qiagen糞便dna提取試劑盒提取。

實(shí)施例3：生物標(biāo)志物的鑒定

參照圖1和圖2的實(shí)驗(yàn)流程，對結(jié)核病的生物標(biāo)志物進(jìn)行確定和鑒定。

3.1測序數(shù)據(jù)的基本處理

ebi原始數(shù)據(jù)已經(jīng)經(jīng)過質(zhì)量控制和去宿主處理，數(shù)據(jù)處理步驟如下：

(1)去除接頭污染的reads(reads中接頭污染的堿基數(shù)大于5bp)；

(2)去除低質(zhì)量的reads(超過15％的堿基質(zhì)量值低于19的reads)；

(3)去除含n比例大于5％的reads。

3.2獲得結(jié)核病微生物組基因集

宏基因組生物標(biāo)志物主體是基因和相對應(yīng)的功能，因此需要對測序序列進(jìn)行組裝和基因預(yù)測，去冗余，構(gòu)建非冗余參考基因集。使用soapdonovo、velvet和spades短序列組裝軟件基于de-bruijn算法進(jìn)行構(gòu)圖，對測序序列進(jìn)行簡化、糾錯；reads取k-mer后基于overlap形成contig；contig基于reads的雙末端關(guān)系組成scaffold；最后scaffold延伸等得到組裝序列。隨后采用軟件metagenemark對組裝序列進(jìn)行基因預(yù)測，得到樣品中物種的絕對豐度和相對豐度。

3.3關(guān)聯(lián)分析/篩選結(jié)核病生物標(biāo)記物

將所有結(jié)核病患者樣品與健康人樣品分成實(shí)驗(yàn)組與驗(yàn)證組。使用閡值(fdr<0.05)發(fā)現(xiàn)在健康組和結(jié)核病組之間的顯著差異的標(biāo)志物有43個。

其中，在結(jié)核病中被富集的如下：費(fèi)格森埃希菌(escherichiafergusonii)、布氏弓形菌(arcobacterbutzleri)、肺炎鏈球菌(streptococcusmitisoralispneumoniae)、格氏鏈球菌(streptococcusgordonii)、嬰兒鏈球菌(streptococcusinfantis)、前庭鏈球菌(streptococcusvestibularis)、哈氏梭菌(clostridiumhathewayi)、糞便擬桿菌(bacteroidesstercoris)、遲緩埃格特菌(eggerthellalenta)、圓柱狀真桿菌(eubacteriumcylindroides)、大腸埃希氏菌(escherichiacoli)、蘆葦鏈球菌(streptococcusaustralis)、脆弱擬桿菌(bacteroidesfragilis)、陰溝腸桿菌屬(enterobactercloacae)、糞擬桿菌(bacteroidescaccae)、小韋榮球菌(veillonellaparvula)、芽胞擬桿菌(bacteroidesmassiliensis)、多型擬桿菌(bacteroidesthetaiotaomicron)。

在健康人(對照組)中被富集的如下：擬桿菌屬(bacteroides_finegoldii)、shahii另枝菌屬(alistipesshahii)、直腸真桿菌(eubacteriumrectale)、hominis羅氏菌屬(roseburiahominis)、卵形擬桿菌(bacteroidesovatus)、布氏瘤胃球菌屬(ruminococcusbromii)、普通擬桿菌(bacteroidesvulgatus)、超巨巨單胞菌(megamonashypermegale)、肺炎克雷伯菌(klebsiellapneumoniae)、去磺弧菌(desulfovibriodesulfuricans)、糞球菌屬(coprococcuscatus)、腸枝羅氏菌(roseburiaintestinalis)、氨基酸球菌屬(acidaminococcusintestini)、挑剔真桿菌(eubacteriumeligens)、殊異韋榮菌(veillonelladispar)、非典型韋榮菌(veillonellaatypica)、inulinivorans羅氏菌屬(roseburiainulinivorans)、草酸桿菌(oxalobacterformigenes)、嗜熱鏈球菌(streptococcusthermophilus)、putredinis另枝菌屬(alistipesputredinis)、埃氏巨型球菌(megasphaeraelsdenii)、規(guī)則糞球菌(coprococcuseutactus)、瘤胃乳酸桿菌(lactobacillus_ruminis)、兩岐雙岐桿菌(bifidobacteriumbifidum)、青春雙歧桿菌(bifidobacterium_adolescentis)、嗜黏蛋白阿克曼氏菌(akkermansia_muciniphila)。結(jié)果如下表1所示。

表1結(jié)核病生物標(biāo)志物