1.本文提供了預(yù)測(cè)淋巴瘤患者對(duì)癌癥治療的反應(yīng)性的方法。本文還提供了基于預(yù)測(cè)淋巴瘤患者對(duì)癌癥治療的反應(yīng)性來(lái)治療淋巴瘤患者的方法。

背景技術(shù)：

0、2.背景技術(shù)

1、非霍奇金淋巴瘤(nhl)是一組多樣化的血液癌癥，包括除霍奇金淋巴瘤以外的任何類型的淋巴瘤。各類型的nhl在嚴(yán)重程度方面差異巨大，從惰性到高度侵襲性。侵襲性較低的非霍奇金淋巴瘤可伴隨有較長(zhǎng)的生存期，而侵襲性較高的非霍奇金淋巴瘤如不治療可迅速致命。它們可由b細(xì)胞或t細(xì)胞形成。b細(xì)胞非霍奇金淋巴瘤包括伯基特淋巴瘤、慢性淋巴細(xì)胞性白血病/小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(cll/sll)、彌漫性大b細(xì)胞淋巴瘤、濾泡性淋巴瘤、免疫母細(xì)胞大細(xì)胞淋巴瘤、前體b淋巴母細(xì)胞性淋巴瘤和套細(xì)胞淋巴瘤。t細(xì)胞非霍奇金淋巴瘤包括蕈樣肉芽腫、間變性大細(xì)胞淋巴瘤和前體t淋巴母細(xì)胞性淋巴瘤。預(yù)后和治療取決于疾病的分期和類型。

2、彌漫性大b細(xì)胞淋巴瘤(dlbcl)約占非霍奇金淋巴瘤的三分之一。雖然一些dlbcl患者通過(guò)傳統(tǒng)化療已治愈，但其余患者則死于該疾病?？拱┧幙赡芡ㄟ^(guò)在成熟t和b細(xì)胞中直接誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡來(lái)實(shí)現(xiàn)快速和持續(xù)地耗竭淋巴細(xì)胞。參見stahnke等人，blood[血液]，2001，98：3066-3073。

3、彌漫性大b細(xì)胞淋巴瘤(dlbcl)可根據(jù)其基因譜分析模式分為不同的分子亞型：生發(fā)中心b細(xì)胞樣dlbcl(gcb-dlbcl)、活化b細(xì)胞樣dlbcl(abc-dlbcl)和原發(fā)性縱隔b細(xì)胞淋巴瘤(pmbl)或未分類類型。這些亞型的特征在于生存率、化療反應(yīng)性和信號(hào)傳導(dǎo)通路(特別是nf-κb通路)依賴性方面存在明顯差異。參見kim等人，journal?of?clinical?oncology[臨床腫瘤學(xué)雜志]，2007asco年會(huì)論文集第1部分第25卷，第18s期(6月20日增刊)，2007：8082。參見bea等人，blood[血液]，2005；106：3183-3190；ngo等人，nature[自然]，2011；470：115-119。這樣的差異促使人們?cè)赿lbcl中尋找更有效的亞型特異性治療策略。

4、一般而言，當(dāng)前的癌癥療法可涉及手術(shù)、化療、激素療法和/或放射治療，以根除患者體內(nèi)的贅生性細(xì)胞(參見，例如，stockdale，1998，medicine[醫(yī)學(xué)]，第3卷，rubenstein和federman編輯，第12章，第1v節(jié))。最近，癌癥療法還可能涉及生物療法或免疫療法。所有這些方法對(duì)患者而言都有顯著的缺點(diǎn)。例如，由于患者的健康狀況，手術(shù)可能是禁忌的，或可能是患者不可接受的。此外，手術(shù)可能無(wú)法完全去除腫瘤組織。放射療法僅在腫瘤組織對(duì)放射的敏感性高于正常組織時(shí)才有效。此外，放射療法可能會(huì)經(jīng)常引起嚴(yán)重的副作用。激素療法很少作為單藥劑使用。雖然激素療法可能有效，但它經(jīng)常用于在其他治療已去除大部分癌細(xì)胞之后預(yù)防或延遲癌癥的復(fù)發(fā)。生物療法和免疫療法的數(shù)量有限并可能產(chǎn)生副作用，例如皮疹或腫脹、流感樣癥狀(包括發(fā)熱、寒戰(zhàn)和疲勞)、消化道問(wèn)題或過(guò)敏反應(yīng)。

5、在dlbcl的背景下，治療通常包括施用化療和抗體療法的組合。最廣泛使用的針對(duì)dlbcl的治療是抗體利妥昔單抗(美羅華)和化療藥物(環(huán)磷酰胺、多柔比星、長(zhǎng)春新堿和強(qiáng)的松(r-chop)的組合，并且在某些情況下添加依托泊苷(r-epoch))。由于該疾病可能進(jìn)展很快，dlbcl在診斷后還通常需要立即治療。對(duì)于某些患者來(lái)說(shuō)，dlbcl在治療后會(huì)復(fù)發(fā)或變?yōu)殡y治性疾病。在新診斷的、復(fù)發(fā)性或難治性dlbcl患者的臨床試驗(yàn)中，當(dāng)前正在測(cè)試幾種替代性治療，其中一些可能包括使用來(lái)那度胺。參見czuczman等人，clin?cancer?res.[臨床癌癥研究]，2017，23：4127-4137。

6、在非霍奇金淋巴瘤中也存在惰性淋巴瘤的類型。惰性b細(xì)胞淋巴瘤包括，例如，濾泡性淋巴瘤、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤；淋巴結(jié)邊緣區(qū)b細(xì)胞淋巴瘤、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、間變性大細(xì)胞淋巴瘤、原發(fā)性皮膚型和蕈樣肉芽腫。b細(xì)胞惰性淋巴瘤患者的臨床病程具有一些特征，其中之一在于組織學(xué)轉(zhuǎn)化(ht)為侵襲性淋巴瘤的風(fēng)險(xiǎn)，主要是轉(zhuǎn)為dlbcl，不太常見的是轉(zhuǎn)為伯基特淋巴瘤(bl)或其他類型的侵襲性淋巴瘤。參見montoto等人，journal?ofclinical?oncology[臨床腫瘤學(xué)雜志]，2011，29：1827-1834。

7、由于淋巴瘤(特別是dlbcl)的臨床和生物學(xué)異質(zhì)性，迫切需要有效的方法對(duì)dlbcl亞型進(jìn)行分類，以實(shí)施特定的治療。dlbcl在傳統(tǒng)上基于腫瘤基因表達(dá)譜的起源細(xì)胞(coo)亞類進(jìn)行分類，包括活化b細(xì)胞(abc)和生發(fā)中心b細(xì)胞(gcb)亞型。參見alizadeh等人，nature[自然]，2000，403：503-511；wright等人，proc.natl.acad.sci.u.s.a.[美國(guó)國(guó)家科學(xué)院院刊]，2003，100：9991-9996；scott等人，blood[血液]，2014，123：1214-1217。gcb和abc亞型具有不同的致病機(jī)制，在靶向治療中可能會(huì)影響dlbcl患者的結(jié)局。參見nyman等人，mod.pathol.[現(xiàn)代病理學(xué)]，2009，22：1094-1101；hans等人，blood[血液]，2004，103：275-282；choi等人，clin.cancer?res.[臨床癌癥研究】，2009，15：5494-5502；meyer等人，jclin?oncol.[臨床腫瘤學(xué)雜志]，2011，29：200-207；natkunam等人，j?clin?oncol.[臨床腫瘤學(xué)雜志]，2008，26：447-454。

8、最近，新的分類模型使用來(lái)自r-chop治療的患者的腫瘤樣品，重點(diǎn)關(guān)注了dna改變。參見例如，schmitz等人，n?engl?j?med.[新英格蘭醫(yī)學(xué)雜志]，2018，378(15)：1396-1407。然而，尚未實(shí)現(xiàn)能夠使用新診斷(nd)和復(fù)發(fā)性/難治性(r/r)dlbcl兩者的轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的全面綜合方法。本發(fā)明滿足了這一需要和其他需要。

9、3.
技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素：

10、在一方面，本文提供了一種用于預(yù)測(cè)淋巴瘤患者對(duì)癌癥治療的反應(yīng)性的方法，該方法包括：(a)使用這些參考淋巴瘤患者的參考生物樣品中至少一種基因的表達(dá)水平，將參考患者組中的參考淋巴瘤患者聚類至亞組中；(b)基于該淋巴瘤患者的生物樣品中該至少一種基因的表達(dá)水平，確定該淋巴瘤患者所屬的亞組；以及(c)基于該淋巴瘤患者的亞組預(yù)測(cè)該淋巴瘤患者對(duì)第一癌癥治療的反應(yīng)性。

11、在一些實(shí)施例中，該方法進(jìn)一步包括向該淋巴瘤患者施用第二癌癥治療。

12、在一些實(shí)施例中，該方法的步驟(a)進(jìn)一步包括生成定義這些參考生物樣品中該至少一種基因表達(dá)水平之間關(guān)系的聚類信息并基于該聚類信息重新排列熱圖展示。

13、在一些實(shí)施例中，該方法的步驟(a)使用分層方法或非分層方法。在另一方面，步驟(a)使用iclusterplus方法。

14、在一些實(shí)施例中，這些參考淋巴瘤患者被聚類至2-12個(gè)亞組中。

15、在一些實(shí)施例中，這些參考淋巴瘤患者被聚類至7個(gè)亞組中。

16、在一些實(shí)施例中，該方法進(jìn)一步包括使用參考生物樣品中至少一種基因的表達(dá)水平訓(xùn)練分類器模型。

17、在一些實(shí)施例中，該至少一種基因選自表1的基因。

18、在一些實(shí)施例中，該至少一種基因包含表1的五種或更多種基因。

19、在一些實(shí)施例中，該至少一種基因包含表1的所有基因。

20、在一些實(shí)施例中，該分類器模型是分組多項(xiàng)式廣義線性模型(glm)。

21、在一些實(shí)施例中，該分類器模型是二元模型。

22、在一些實(shí)施例中，該方法進(jìn)一步包括為步驟(a)的至少一個(gè)亞組設(shè)置閾值置信水平，以從該至少一個(gè)亞組中排除得出較低置信水平聚類數(shù)據(jù)的患者。

23、在一些實(shí)施例中，該淋巴瘤選自由以下組成的組：彌漫性大b細(xì)胞淋巴瘤(dlbcl)、惰性b細(xì)胞淋巴瘤、濾泡性淋巴瘤、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、淋巴結(jié)邊緣區(qū)b細(xì)胞淋巴瘤、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、間變性大細(xì)胞淋巴瘤、原發(fā)性皮膚型淋巴瘤、蕈樣肉芽腫、慢性淋巴細(xì)胞性白血病和套細(xì)胞淋巴瘤。

24、在一些實(shí)施例中，該淋巴瘤是dlbcl。

25、在一些實(shí)施例中，該淋巴瘤是惰性b細(xì)胞淋巴瘤、淋巴結(jié)邊緣區(qū)b細(xì)胞淋巴瘤、套細(xì)胞淋巴瘤或慢性淋巴細(xì)胞性白血病。

26、在一些實(shí)施例中，該參考患者組中的參考患者被聚類至亞組a1-a7中，并且其中：亞組a1包含約50％至約60％的生發(fā)中心b細(xì)胞樣(gcb)dlbcl患者、約30％至約40％的活化b細(xì)胞樣(abc)dlbcl患者、約10％至約20％的tme+dlbcl患者和約30％至約40％的dhitsig+dlbcl患者；(ii)亞組a2包含約80％至約90％的gcb?dlbcl患者、約0％至約5％的abc?dlbcl患者、約15％至約25％的tme+dlbcl患者和約25％至約35％的dhitsig+dlbcl患者；(iii)亞組a3包含約40％至約55％的gcb?dlbcl患者、約30％至約45％的abc?dlbcl患者、約40％至約50％的tme+dlbcl患者和約20％至約30％的dhitsig+dlbcl患者；(iv)亞組a4包含約25％至約35％的gcb?dlbcl患者、約40％至約50％的abc?dlbcl患者、約30％至約40％的tme+dlbcl患者和約10％至約20％的dhitsig+dlbcl患者；(v)亞組a5包含約20％至約40％的gcbdlbcl患者、約45％至約65％的abc?dlbcl患者、約30％至約40％的tme+dlbcl患者和約0％至約10％的dhitsig+dlbcl患者；(vi)亞組a6包含約30％至約40％的gcb?dlbcl患者、約40％至約50％的abc?dlbcl患者、約75％至約95％的tme+dlbcl患者和約0％至約10％的dhitsig+dlbcl患者；并且(vii)亞組a7包含約0％至約10％的gcb?dlbcl患者、約80％至約90％的abc?dlbcl患者、約0％至約10％的tme+dlbcl患者和約0％至約15％的dhitsig+dlbcl患者。

27、在一些實(shí)施例中，第一癌癥治療是使用利妥昔單抗、環(huán)磷酰胺、多柔比星、長(zhǎng)春新堿和強(qiáng)的松(r-chop)的聯(lián)合治療。

28、在一些實(shí)施例中，當(dāng)確定該淋巴瘤患者屬于亞組a1時(shí)，該方法包括預(yù)測(cè)該患者不太可能對(duì)第一癌癥治療有反應(yīng)。

29、在一些實(shí)施例中，當(dāng)確定該淋巴瘤患者屬于亞組a2時(shí)，該方法包括預(yù)測(cè)該患者不太可能對(duì)第一癌癥治療有反應(yīng)。

30、在一些實(shí)施例中，當(dāng)確定該淋巴瘤患者屬于亞組a3時(shí)，該方法包括預(yù)測(cè)該患者不太可能對(duì)第一癌癥治療有反應(yīng)。

31、在一些實(shí)施例中，當(dāng)確定該淋巴瘤患者屬于亞組a4時(shí)，該方法包括預(yù)測(cè)該患者不太可能對(duì)第一癌癥治療有反應(yīng)。

32、在一些實(shí)施例中，當(dāng)確定該淋巴瘤患者屬于亞組a5時(shí)，該方法包括預(yù)測(cè)該患者不太可能對(duì)第一癌癥治療有反應(yīng)。

33、在一些實(shí)施例中，當(dāng)確定該淋巴瘤患者屬于亞組a6時(shí)，該方法包括預(yù)測(cè)該患者不太可能對(duì)第一癌癥治療有反應(yīng)。

34、在一些實(shí)施例中，當(dāng)確定該淋巴瘤患者屬于亞組a7時(shí)，該方法包括預(yù)測(cè)該患者不太可能對(duì)第一癌癥治療有反應(yīng)。

35、在一些實(shí)施例中，第二癌癥治療是r-chop。

36、在一些實(shí)施例中，第二癌癥治療不是r-chop。

37、在一些實(shí)施例中，第二癌癥治療是溴結(jié)構(gòu)域和超末端(bet)抑制劑或細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶(cdk)抑制劑。

38、在一方面，本文提供了一種用于預(yù)測(cè)淋巴瘤患者對(duì)癌癥治療的反應(yīng)性的方法，該方法包括：(a)在來(lái)自淋巴瘤患者的生物樣品中，確定表1的至少一種基因的表達(dá)水平；(b)將步驟(a)的該至少一種基因的表達(dá)水平與來(lái)自參考淋巴瘤患者的參考生物樣品中的該至少一種基因的表達(dá)水平進(jìn)行比較，其中該參考淋巴瘤患者對(duì)該癌癥治療有反應(yīng)，并且其中如果該生物樣品中的該至少一種基因的表達(dá)水平與該參考生物樣品中的該至少一種基因的表達(dá)水平相似，則表明該淋巴瘤患者不太可能對(duì)該癌癥治療有反應(yīng)。

39、在一些實(shí)施例中，該至少一種基因包含表1的五種或更多種基因。

40、在一方面，本文提供了一種用于預(yù)測(cè)淋巴瘤患者對(duì)癌癥治療的反應(yīng)性的方法，該方法包括：(a)在淋巴瘤患者的生物樣品中，確定表1的至少一種基因的表達(dá)水平；以及(b)將該生物樣品中的該至少一種基因的表達(dá)水平與以下各項(xiàng)進(jìn)行比較：(i)對(duì)該癌癥治療有反應(yīng)的淋巴瘤患者的生物樣品中該至少一種基因的表達(dá)水平和(ii)對(duì)該癌癥治療無(wú)反應(yīng)的淋巴瘤患者的生物樣品中該至少一種基因的表達(dá)水平，其中如果(a)的表達(dá)水平與(i)的表達(dá)水平相似，則表明第一淋巴瘤患者可能對(duì)該癌癥治療有反應(yīng)；并且如果(a)的該表達(dá)水平與(ii)的該表達(dá)水平相似，則表明該第一淋巴瘤患者不太可能對(duì)該癌癥治療有反應(yīng)。

41、在一方面，本文提供了一種治療淋巴瘤患者的方法，該方法包括：(i)鑒定可能對(duì)癌癥治療有反應(yīng)的淋巴瘤患者；以及(ii)向該淋巴瘤患者施用該癌癥治療。

42、在一方面，本文提供了一種治療淋巴瘤患者的方法，該方法包括：(i)鑒定不太可能對(duì)癌癥治療有反應(yīng)的淋巴瘤患者；以及(ii)向該淋巴瘤患者施用替代癌癥治療。

43、在一些實(shí)施例中，該癌癥治療是r-chop。

44、在一些實(shí)施例中，該替代癌癥治療是bet抑制劑或cdk抑制劑。

45、在一些實(shí)施例中，該淋巴瘤選自由以下組成的組：dlbcl、惰性b細(xì)胞淋巴瘤、濾泡性淋巴瘤、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、淋巴結(jié)邊緣區(qū)b細(xì)胞淋巴瘤、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、間變性大細(xì)胞淋巴瘤、原發(fā)性皮膚型淋巴瘤、蕈樣肉芽腫、慢性淋巴細(xì)胞性白血病和套細(xì)胞淋巴瘤。

46、在一些實(shí)施例中，該淋巴瘤是dlbcl。

47、在一些實(shí)施例中，該淋巴瘤是dlbcl、惰性b細(xì)胞淋巴瘤、濾泡性淋巴瘤、淋巴結(jié)邊緣區(qū)b細(xì)胞淋巴瘤、套細(xì)胞淋巴瘤或慢性淋巴細(xì)胞性白血病。

48、在一些實(shí)施例中，表1的所有基因的表達(dá)水平如本文所述在(a)中確定并在(b)中進(jìn)行比較。

49、在一些實(shí)施例中，這些生物樣品是腫瘤活檢樣品。

50、在一些實(shí)施例中，確定至少一種基因的表達(dá)水平包括檢測(cè)生物樣品中的至少一種復(fù)合物的存在或量，其中該至少一種復(fù)合物的存在或量指示該至少一種基因的表達(dá)水平。

51、在一些實(shí)施例中，該至少一種復(fù)合物是雜交復(fù)合物。

52、在一些實(shí)施例中，該至少一種復(fù)合物被可檢測(cè)地標(biāo)記。

53、在一些實(shí)施例中，確定至少一種基因的表達(dá)水平包括檢測(cè)生物樣品中的至少一種反應(yīng)產(chǎn)物的存在或量，其中該至少一種反應(yīng)產(chǎn)物的存在或量指示該至少一種基因的表達(dá)水平。

54、在一些實(shí)施例中，該至少一種反應(yīng)產(chǎn)物被可檢測(cè)地標(biāo)記。

55、在一些實(shí)施例中，該參考淋巴瘤患者是難治性dlbcl患者、復(fù)發(fā)性dlbcl患者或新診斷的dlbcl患者。

56、在一些實(shí)施例中，該淋巴瘤患者是難治性dlbcl患者、復(fù)發(fā)性dlbcl患者或新診斷的dlbcl患者。

57、在一些實(shí)施例中，該淋巴瘤患者是gcb?dlbcl患者或abc?dlbcl患者。

58、在一些實(shí)施例中，該淋巴瘤患者是dhitsig+dlbcl患者或dhitsig-dlbcl患者。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路