一種與二花臉母豬產(chǎn)仔性狀相關(guān)的snp標(biāo)記、檢測(cè)方法及應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明屬于分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，涉及一種與二花臉母豬產(chǎn)仔性狀相關(guān)的SNP標(biāo) 記、檢測(cè)方法及應(yīng)用。
【背景技術(shù)】
[0002] 豬產(chǎn)仔數(shù)是重要的經(jīng)濟(jì)性狀，產(chǎn)仔數(shù)的提高將會(huì)大大地增加商品豬肉的供應(yīng)量， 給現(xiàn)代養(yǎng)豬生產(chǎn)帶來巨大的經(jīng)濟(jì)效益。隨著我國經(jīng)濟(jì)持續(xù)快速的發(fā)展，人們生活水平逐漸 提高，對(duì)豬肉的需求量也越來越大。2014年12月底我國能繁母豬存欄數(shù)4300萬頭，如果母 豬平均每胎多產(chǎn)仔1頭，按每年每頭母豬產(chǎn)2胎計(jì)算，則每年可為整個(gè)行業(yè)多提供約9000 萬頭豬。因此，人們也越來越關(guān)注如何提高豬的產(chǎn)仔數(shù)性能。然而，產(chǎn)仔數(shù)為復(fù)雜多基因控 制的經(jīng)濟(jì)性狀，遺傳力低，通過傳統(tǒng)的選育方法提高豬產(chǎn)仔數(shù)收效甚微，所以開發(fā)和利用新 的分子選育標(biāo)記來提高豬的繁殖性能倍受重視。
[0003] 二花臉是位于我國太湖流域的國家級(jí)畜禽遺傳資源保護(hù)品種，是我國勞動(dòng)人民 千百年來選育的產(chǎn)仔性能極其優(yōu)秀的地方豬種資源。根據(jù)發(fā)明人所在單位對(duì)二花臉豬群 最大基地"焦溪二花臉豬專業(yè)合作社"內(nèi)177頭二花臉約1000窩產(chǎn)仔數(shù)據(jù)分析來看，二花 臉群體內(nèi)產(chǎn)仔性能已出現(xiàn)顯著分離，尤其是初產(chǎn)總產(chǎn)仔數(shù)和產(chǎn)活仔數(shù)變異系數(shù)分別達(dá)到 22. 14%和26. 97% ;經(jīng)產(chǎn)也分別為19. 87%和22. 14%。然而目前導(dǎo)致二花臉豬品種內(nèi)產(chǎn) 仔數(shù)變異的遺傳機(jī)理尚不清楚。
[0004] 多年以來雖然國內(nèi)已有大量的研宄機(jī)構(gòu)利用二花臉來鑒別二花臉豬種高繁殖力 的遺傳機(jī)理，但限于研宄方法、手段、材料及繁殖性狀本身復(fù)雜性等眾多因素的制約，二花 臉豬種高繁殖力遺傳機(jī)制并沒有得到充分的揭示和有效的利用。因此，為保護(hù)好我國人民 千百年來選育的二花臉品種的高產(chǎn)仔性能，我們急需鑒別出影響二花臉豬品種內(nèi)產(chǎn)仔數(shù)變 異的基因和標(biāo)記，通過分子標(biāo)記選擇技術(shù)加快恢復(fù)和提升二花臉豬種的產(chǎn)仔性能，培育性 能相對(duì)穩(wěn)定的高產(chǎn)群體、鞏固太湖流域這些地方豬種的高產(chǎn)優(yōu)勢(shì)。
[0005] 發(fā)明人利用一個(gè)207頭純種二花臉母豬的群體，開展了全基因組QTL定位研宄，并 在3號(hào)染色體上定位到了一個(gè)品種內(nèi)群體間遺傳分化顯著的QTL。從國際豬QTL數(shù)據(jù)庫網(wǎng) 站（http://www.animalgenome.org/cgi -bin/QTLdb/SS/index)可知，目前在豬除 10、11 號(hào)染色體及性染色體上沒有定位到影響總產(chǎn)仔數(shù)的QTL，其它常染色體上都已定位到影響 總產(chǎn)仔數(shù)的QTL，但大部分是利用微衛(wèi)星標(biāo)記定位的QTL，置信區(qū)間多在10 -20cM，無法確定 真正的主效基因及其關(guān)鍵變異位點(diǎn)，因此難以直接應(yīng)用于種豬選育改良。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0006] 本發(fā)明的目的在于針對(duì)現(xiàn)有技術(shù)不足，產(chǎn)仔數(shù)的低遺傳力，提供與母豬窩總產(chǎn)仔 數(shù)相關(guān)的SNP標(biāo)記。
[0007] 本發(fā)明的另一個(gè)目的在于提供用于檢測(cè)上述SNP標(biāo)記的引物和檢測(cè)方法。
[0008] 本發(fā)明的另一個(gè)目的在于提供上述SNP標(biāo)記的用途。
[0009] -種與二花臉母豬產(chǎn)仔性狀相關(guān)的SNP標(biāo)記，所述SNP標(biāo)記位于豬3號(hào)染色體上 的類甲基化轉(zhuǎn)移酶9基因 METTL9的核苷酸序列上，所述SNP標(biāo)記的位點(diǎn)為國際豬基因組 10. 2版本參考序列3號(hào)染色體上g. 24152790核苷酸位點(diǎn)，且具有T/C多態(tài)性，所述SNP標(biāo) 記與二花臉母豬窩產(chǎn)總仔數(shù)極顯著相關(guān)。g. 24152790位點(diǎn)具有TT基因型的二花臉個(gè)體母 豬窩總產(chǎn)仔數(shù)顯著高于具有CC基因型的二花臉個(gè)體母豬窩總產(chǎn)仔數(shù)。
[0010] 一種基于本發(fā)明所述的SNP開發(fā)分子標(biāo)記的方法，以含有本發(fā)明所述的SNP標(biāo)記 的核苷酸序列為基礎(chǔ)序列，設(shè)計(jì)引物對(duì)，以二花臉母豬基因組DNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增，使 所述的SNP標(biāo)記轉(zhuǎn)化為分子標(biāo)記。
[0011] 其中，所述的引物對(duì)優(yōu)選為上游引物：SEQ ID NO :2,下游引物：SEQ ID NO :3 ;所述 的分子標(biāo)記序列如SEQ ID NO : 1所示，所述的SNP位點(diǎn)位于分子標(biāo)記的第630位，存在T/C 多態(tài)性。
[0012] 按照本發(fā)明方法得到的分子標(biāo)記。
[0013] 所述的分子標(biāo)記優(yōu)選序列如SEQ ID NO : 1所示，所述的SNP位點(diǎn)位于第630位，存 在τ/c多態(tài)性。
[0014] 一種用于檢測(cè)本發(fā)明所述的SNP標(biāo)記的引物對(duì)，上游引物為：SEQ ID NO :2,下游 引物為：SEQ ID NO :3。
[0015] 一種檢測(cè)本發(fā)明所述的SNP標(biāo)記的方法，包含PCR擴(kuò)增二花臉母豬基因組中含有 所述的SNP標(biāo)記的一段序列，對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序，判讀該位點(diǎn)的Τ/C多態(tài)性。
[0016] 所述的方法優(yōu)選包括以下步驟：
[0017] (1)取一頭二花臉母豬的耳組織樣品并提取總DNA ;
[0018] (2)用已提取的二花臉母豬基因組DNA為模板，使用權(quán)利要求5所述的引物進(jìn)行 PCR擴(kuò)增；
[0019] (3)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序，分析測(cè)序結(jié)果，判讀在SEQ ID NO :1第630位的Τ/C多態(tài) 性。
[0020] 步驟⑵所述的PCR進(jìn)一步優(yōu)選擴(kuò)增反應(yīng)體系為：DNA模板2. 5 μ L、SEQ ID NO :2 和SEQ ID NO :3所示的引物各1. 25 μ L、PCR Mix試劑25 μ L、雙蒸水20 μ L ;其中所述DNA 模板濃度為30ng/μ L，所述引物的濃度為10m〇l/L，所述PCR Mix試劑為南京歐科生物技術(shù) 有限公司的P394961L型號(hào)試劑；PCR擴(kuò)增的反應(yīng)程序?yàn)椋侯A(yù)變性96°C 2min ;變性96°C 20s ; 退火 55°C 30s，延伸 72°C 45s，35 個(gè)循環(huán)；延伸 72°C 10min。
[0021] 本發(fā)明所述的SNP標(biāo)記、所述的分子標(biāo)記、所述的引物在篩選高產(chǎn)二花臉母豬品 系中的應(yīng)用。
[0022] -種篩選高產(chǎn)二花臉母豬品系的方法，包括檢測(cè)二花臉母豬g. 24152790核苷酸 位點(diǎn)的基因型，選育g. 62920973核苷酸位點(diǎn)的TT型個(gè)體作為種豬。
[0023] 有益效果：
[0024] 本發(fā)明提供的SNP標(biāo)記與二花臉母豬的產(chǎn)仔性能相關(guān)，因此，可以通過鑒定該SNP 標(biāo)記來篩選高產(chǎn)的二花臉母豬品系，所得的二花臉母豬高產(chǎn)品系具有重要的經(jīng)濟(jì)效益與社 會(huì)價(jià)值。
【附圖說明】
[0025] 圖1為高產(chǎn)與相對(duì)低產(chǎn)二花臉群體間染色體上SNP標(biāo)記Fst值的分布情況。其中， 豬的18條常染色體及X染色體信息標(biāo)識(shí)于X軸。
[0026] 圖2為使用本發(fā)明的引物擴(kuò)增METTL9基因的電泳圖。
[0027] 圖3為MITTL9基因的突變位點(diǎn)不同基因型的DNA測(cè)序結(jié)果峰圖。
【具體實(shí)施方式】
[0028] 以下實(shí)施例用于說明本發(fā)明，但不用來限制本發(fā)明的范圍。在不背離本發(fā)明精神 和本質(zhì)的情況下，對(duì)本發(fā)明方法、步驟或條件所作的修改或替換，均屬于本發(fā)明的范圍。
[0029] 實(shí)施例1
[0030] 1、實(shí)驗(yàn)動(dòng)物來源
[0031] 江蘇常州焦溪二花臉豬專業(yè)合作社。
[0032] 計(jì)算207頭二花臉母豬的育種值，計(jì)算模型為
[0033] Y(窩產(chǎn)總仔數(shù)）=parity (胎次）+farm(場(chǎng)）+year (年度）+season (季 節(jié)）+age (母豬分娩年齡）+sire (與配公豬）+permanent effect (母豬的永久效 應(yīng)）+additive effect (個(gè)體的加性效應(yīng)）+e (殘差），
[0034] 其中包括固定效應(yīng)-胎次、母豬分娩的場(chǎng)/年/季，協(xié)變量-母豬分娩的年齡，隨 機(jī)效應(yīng)-與配公豬，永久效應(yīng)-母豬，個(gè)體加性遺傳值。選擇育種值較高的23個(gè)個(gè)體與育 種值較低的25個(gè)個(gè)體。
[0035] 2、提取基因組DNA
[0036] 采集48頭母豬的耳組織樣品，放置于裝有70%酒精的離心管內(nèi)，-20°C冰箱保存 備用。
[0037] 使用傳統(tǒng)酚/氯仿法提取耳組織基因組DNA，所需試劑包括：
[0038] 裂解液實(shí)驗(yàn)室配備
[0039] 蛋白酶K(德國MERCK生物科技有限公司）
[0040] Tris飽和酚（北京索萊寶生物科技有限公司）
[0041] Tris飽和酚：氯仿：異戊醇（25 :24 :1)(北京索萊寶生物科技有限公司）
[0042] 氯仿（江蘇永華精細(xì)化學(xué)品有限公司）
[0043] 無水乙醇（廣東光華科技股份有限公司）