一種與二花臉母豬產(chǎn)仔性狀相關(guān)的snp標(biāo)記及其引物的制作方法
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明屬于分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，涉及一種與二花臉母豬產(chǎn)仔性狀相關(guān)的SNP標(biāo) 記及其引物。
【背景技術(shù)】
[0002] 母豬產(chǎn)仔數(shù)是反映豬場(chǎng)生產(chǎn)水平和經(jīng)濟(jì)效應(yīng)的重要指標(biāo)，并直接影響我國節(jié)糧、 減排、高效養(yǎng)豬業(yè)的可持續(xù)發(fā)展。2014年12月底我國能繁母豬存欄數(shù)約為4300萬頭，如果 母豬平均每胎多產(chǎn)仔1頭，按每年每頭母豬產(chǎn)2胎計(jì)算，則每年可為整個(gè)行業(yè)多提供約9000 萬頭豬，這對(duì)我國的養(yǎng)豬業(yè)可起到很大的促進(jìn)作用。隨著我國經(jīng)濟(jì)持續(xù)快速的發(fā)展，人們生 活水平逐漸提高，對(duì)豬肉的需求量也越來越大，因此，人們也越來越關(guān)注如何提高豬的產(chǎn)仔 數(shù)性能。產(chǎn)仔數(shù)為復(fù)雜多基因控制的經(jīng)濟(jì)性狀，遺傳力低，通過傳統(tǒng)的選育方法提高豬產(chǎn)仔 數(shù)收效甚微，所以開發(fā)和利用新的分子選育標(biāo)記來提高豬的繁殖性能倍受重視。
[0003]二花臉是位于我國太湖流域的國家級(jí)畜禽遺傳資源保護(hù)品種，是我國勞動(dòng)人民 千百年來選育的產(chǎn)仔性能極其優(yōu)秀的地方豬種資源。多年以來雖然國內(nèi)已有大量的研宄機(jī) 構(gòu)利用二花臉來鑒別二花臉豬種高繁殖力的遺傳機(jī)理，但限于研宄方法、手段、材料及繁殖 性狀本身復(fù)雜性等眾多因素的制約，二花臉豬種高繁殖力遺傳機(jī)制并沒有得到充分的揭示 和有效的利用。
[0004] 另外，值得注意的是，國外通過對(duì)梅山豬繁殖機(jī)理系統(tǒng)研宄后，已將其高繁殖力性 能轉(zhuǎn)移到一些瘦肉型豬種中，使這些豬種繁殖性能明顯提高。如近年來我國大型種豬企業(yè) 熱衷從法國或丹麥引進(jìn)的豬種普遍繁殖力很高，導(dǎo)致我國地方豬高產(chǎn)優(yōu)勢(shì)產(chǎn)生削弱風(fēng)險(xiǎn)， 對(duì)地方豬種質(zhì)資源的安全產(chǎn)生了重要威脅，而這是國人不得不面對(duì)并亟需尋求對(duì)策的現(xiàn) 實(shí)。當(dāng)然幸運(yùn)的是基于保持我國二花臉豬原產(chǎn)地的豬種優(yōu)勢(shì)之考慮，當(dāng)初國家采取了對(duì)二 花臉豬不準(zhǔn)出口的強(qiáng)制措施，使產(chǎn)仔數(shù)最高的這一豬種未流出海外。因此，通過鑒別二花臉 豬品種內(nèi)產(chǎn)仔數(shù)變異的基因和標(biāo)記，進(jìn)一步提升二花臉豬的產(chǎn)仔性能，對(duì)培育具有我國自 主知識(shí)廣權(quán)的尚廣商品豬新品系具有重要意義。
[0005] 從國際豬QTL數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站（http://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/SS/ index)知，目前在豬除10、11號(hào)染色體及性染色體上沒有定位到影響總產(chǎn)仔數(shù)的QTL，其它 常染色體上都已定位到影響總產(chǎn)仔數(shù)的QTL，但大部分是利用微衛(wèi)星標(biāo)記定位的QTL，置信 區(qū)間多在10-20cM，無法確定真正的主效基因及其關(guān)鍵變異位點(diǎn)，因此難以直接應(yīng)用于種豬 選育改良。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0006] 本發(fā)明的目的在于針對(duì)現(xiàn)有技術(shù)不足，產(chǎn)仔數(shù)的低遺傳力，提供與母豬窩總產(chǎn)仔 數(shù)相關(guān)的SNP標(biāo)記。
[0007] 本發(fā)明的另一個(gè)目的在于提供用于檢測(cè)上述SNP標(biāo)記的引物和檢測(cè)方法。
[0008] 本發(fā)明的另一個(gè)目的在于提供上述SNP標(biāo)記的用途。
[0009] -種與二花臉母豬產(chǎn)仔性狀相關(guān)的SNP標(biāo)記，所述SNP標(biāo)記位于豬7號(hào)染色體上 的成對(duì)兩親性螺旋蛋白SIN3A基因的核苷酸序列上，所述SNP標(biāo)記的位點(diǎn)為國際豬基因組 10. 2版本參考序列豬7號(hào)染色體上g. 62920973核苷酸位點(diǎn)，且具有為G/A多態(tài)性，所述SNP 標(biāo)記與二花臉母豬窩產(chǎn)總仔數(shù)極顯著相關(guān)。
[0010] g. 62920973位點(diǎn)具有GG基因型的二花臉個(gè)體母豬窩總產(chǎn)仔數(shù)顯著高于具有AA基 因型的二花臉個(gè)體母豬窩總產(chǎn)仔數(shù)。
[0011] 一種基于本發(fā)明所述的SNP開發(fā)分子標(biāo)記的方法，以含有本發(fā)明所述的SNP標(biāo)記 的核苷酸序列為基礎(chǔ)序列，設(shè)計(jì)引物對(duì)，以二花臉母豬基因組DNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增，使 本發(fā)明所述的SNP標(biāo)記轉(zhuǎn)化為分子標(biāo)記。
[0012] 其中，所述的引物對(duì)序列為上游引物：SEQIDNO:2,下游引物：SEQIDNO:3 ;所述 的分子標(biāo)記序列如SEQIDNO:1所示，所述的SNP位點(diǎn)位于第983位，存在G/A多態(tài)性。
[0013] 按照本發(fā)明上述方法得到的分子標(biāo)記。
[0014] 所述的分子標(biāo)記優(yōu)選序列如SEQIDNO: 1所示，所述的SNP位點(diǎn)位于第983位，存 在G/A多態(tài)性。
[0015] -種用于檢測(cè)所述的SNP標(biāo)記的引物對(duì)，上游引物為：SEQIDNO:2,下游引物為： SEQIDNO:3。
[0016] 一種檢測(cè)本發(fā)明所述的SNP標(biāo)記的方法，包含PCR擴(kuò)增二花臉母豬基因組中含有 本發(fā)明所述的SNP標(biāo)記的一段序列，對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序，判讀該位點(diǎn)的G/A多態(tài)性。
[0017] 所述的檢測(cè)本發(fā)明所述的SNP標(biāo)記的方法，優(yōu)選包括以下步驟：
[0018](1)取一頭二花臉母豬的耳組織樣品并提取總DNA ;
[0019] (2)用已提取的二花臉母豬基因組DNA為模板，使用所述的引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增；
[0020] ⑶擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序，分析測(cè)序結(jié)果，判讀在SEQIDNO:1第983位的G/A多態(tài) 性。
[0021] 其中，步驟（2)所述的PCR優(yōu)選擴(kuò)增反應(yīng)體系為：DNA模板2. 5yL、SEQIDNO:2 和SEQIDNO:3所示的引物各1. 25yL、PCRMix試劑25yL、雙蒸水20yL;其中所述DNA 模板濃度為30ng/yL，所述引物的濃度為10m〇l/L，所述PCRMix試劑為南京歐科生物技術(shù) 有限公司的P394961L型號(hào)試劑；PCR擴(kuò)增的反應(yīng)程序?yàn)椋侯A(yù)變性96°C2min;變性96°C20s; 退火 60°C30s，延伸 72°C45s，35 個(gè)循環(huán)；延伸 72°C10min。
[0022] 本發(fā)明所述的SNP標(biāo)記、所述的分子標(biāo)記、所述的引物在篩選高產(chǎn)二花臉母豬品 系中的應(yīng)用。
[0023] 一種篩選高產(chǎn)二花臉母豬品系的方法，包括檢測(cè)二花臉母豬g.62920973核苷酸 位點(diǎn)的基因型，選育g. 62920973核苷酸位點(diǎn)的GG型個(gè)體作為種豬。
[0024] 有益效果：
[0025] 本發(fā)明提供的SNP標(biāo)記與二花臉母豬的產(chǎn)仔性能相關(guān)，因此，可以通過鑒定該SNP 標(biāo)記來篩選高產(chǎn)的二花臉母豬品系，所得的二花臉母豬高產(chǎn)品系具有重要的經(jīng)濟(jì)效益與社 會(huì)價(jià)值。
【附圖說明】
[0026] 圖1為高產(chǎn)與相對(duì)低產(chǎn)二花臉群體間染色體上SNP標(biāo)記Fst值的分布情況。其中， 豬的18條常染色體及X染色體信息標(biāo)識(shí)于X軸。
[0027] 圖2為使用本發(fā)明的引物擴(kuò)增SIN3A基因的電泳圖。
[0028] 圖3為SIN3A基因的突變位點(diǎn)不同基因型的DNA測(cè)序結(jié)果峰圖。
【具體實(shí)施方式】
[0029] 以下實(shí)施例用于說明本發(fā)明，但不用來限制本發(fā)明的范圍。在不背離本發(fā)明精神 和本質(zhì)的情況下，對(duì)本發(fā)明方法、步驟或條件所作的修改或替換，均屬于本發(fā)明的范圍。 [00 30] 實(shí)施例1
[0031] 1、實(shí)驗(yàn)動(dòng)物來源
[0032] 江蘇常州焦溪二花臉豬專業(yè)合作社。
[0033] 計(jì)算207頭二花臉母豬的育種值，計(jì)算模型為
[0034]Y(窩產(chǎn)總仔數(shù)）=parity(胎次）+farm(場(chǎng)）+year(年度）+season(季 節(jié)）+age(母豬分娩年齡）+sire(與配公豬）+permanenteffect(母豬的永久效 應(yīng)）+additiveeffect(個(gè)體的加性效應(yīng)）+e(殘差），
[0035] 其中包括固定效應(yīng)-胎次、母豬分娩的場(chǎng)/年/季，協(xié)變量-母豬分娩的年齡，隨 機(jī)效應(yīng)-與配公豬，永久效應(yīng)-母豬，個(gè)體加性遺傳值。選擇育種值較高的23個(gè)個(gè)體與育 種值較低的25個(gè)個(gè)體。
[0036] 2、提取基因組DNA
[0037] 采集48頭母豬的耳組織樣品，放置于裝有70%酒精的離心管內(nèi)，-20°C冰箱保存 備用。
[0038] 使用傳統(tǒng)酚/氯仿法提取耳組織基因組DNA，所需試劑包括：
[0039] 裂解液實(shí)驗(yàn)室配備
[0040] 蛋白酶K(德國MERCK生物科技有限公司）
[0041] Tris飽和酚（北京索萊寶生物科技有限公司）
[0042]Tris飽和酚：氯仿：異戊醇（25 :24 :1)(北京索萊寶生物科技有限公司）
[0043] 氯仿（江蘇永華精細(xì)化學(xué)品有限公司）
[0044] 無水乙醇（廣東光華科技股份有限公司）
[0045]