一種與高郵鴨早期生長性狀相關(guān)的分子標記、其獲取方法及應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明屬于家禽基因工程的技術(shù)領(lǐng)域，更具體地，涉及一種與高郵鴨早期生長性 狀相關(guān)的分子標記、其獲取方法及應(yīng)用。
【背景技術(shù)】
[0002] 肌分化因子MyoDl (myogenic differentiation 1)屬于生肌調(diào)節(jié)因子家族成員， 在骨骼肌的生長調(diào)控中具有總開關(guān)作用，可以通過與其它肌肉調(diào)控因子啟動子序列中的 E-box結(jié)合從而調(diào)節(jié)調(diào)控因子的啟動子活性，決定成肌前體細胞的分化和增殖。MyoDl基因 的單核苷酸多態(tài)性（SNP)也已有相關(guān)研究。
[0003] 單核苷酸多態(tài)性（single nucleotide polymorphism，SNP)，主要是指在基因組水 平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。SNP作為第三代分子標記，具有數(shù)量 多、分布廣、代表性強和遺傳穩(wěn)定性好等特點。目前已經(jīng)在動植物的遺傳多樣性分析、基因 作圖、分子標記輔助育種和功能基因?qū)W的研究中得到了廣泛的應(yīng)用。結(jié)合PCR技術(shù)、電泳、 熒光等方法的SNP檢測方法，在動植物遺傳育種中起到重要作用。高郵鴨是全國三大名鴨 之一，生長發(fā)育快，肉質(zhì)好，屬于肉蛋兼用型地方品種。在育種工作中，與改變個體遺傳特性 (人工誘變）相比較，改變品種遺傳結(jié)構(gòu)相對容易。而現(xiàn)有技術(shù)中尚未發(fā)現(xiàn)與高郵鴨早期生 長性狀相關(guān)的分子標記與應(yīng)用。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0004] 為了解決現(xiàn)有技術(shù)存在的不足，本發(fā)明提供了一種與高郵鴨早期生長性狀相關(guān)的 分子標記、其獲取方法及應(yīng)用。
[0005] 本發(fā)明提供了一種與高郵鴨早期生長性狀相關(guān)的分子標記，所述分子標記位于 MyoDl基因內(nèi)含子1的第123位核苷酸，該位點的核苷酸為T或A，MyoDl基因內(nèi)含子1的 核苷酸序列如SEQ ID NO: 1所示。
[0006] 本發(fā)明還提供了一種獲取與高郵鴨早期生長性狀相關(guān)的分子標記的方法，PCR擴 增高郵鴨基因組DNA，擴增產(chǎn)物經(jīng)連接酶檢測反應(yīng)后測序，通過序列分析獲取與高郵鴨早期 生長性狀相關(guān)的分子標記。
[0007] 其中，PCR擴增所用引物對序列如SEQ ID N0:2和SEQ ID N0:3所示。
[0008] 其中，連接酶檢測反應(yīng)所用探針序列如SEQ ID N0:4、SEQ ID N0:5和SEQ ID N0:6 所示。
[0009] 其中，連接酶檢測反應(yīng)產(chǎn)物長度105bp的為基因型TT，連接酶檢測反應(yīng)產(chǎn)物長度 107bp的為基因型AA，連接酶檢測反應(yīng)產(chǎn)物長度105bp和107bp的為基因型TA。
[0010] 本發(fā)明還提供了一種與高郵鴨早期生長性狀相關(guān)的分子標記在篩選高郵鴨早期 生長性狀中的應(yīng)用。
[0011] 本發(fā)明的有益效果：本發(fā)明提供了一種與高郵鴨早期生長性狀相關(guān)的分子標記， 可利用該分子標記對高郵鴨早期性狀進行選育。針對MyoDl基因內(nèi)含子1的SNP多態(tài)性， 設(shè)計特定的引物擴增包含SNP位點的基因片段，然后進行連接酶檢測反應(yīng)、測序分析，能夠 簡單、快速、成本低、精確地檢測其單核苷酸的多態(tài)性。利用本發(fā)明的分子標記有利于篩選 出生長發(fā)育快、肉品質(zhì)相對較好的高郵鴨個體，用于高郵鴨早期生長性狀的輔助選育。
【附圖說明】
[0012] 圖1是ABI3730型基因分析儀檢測與Genemapper分析結(jié)果。
【具體實施方式】
[0013] 下面結(jié)合實施例對本發(fā)明進行詳細地解釋說明。
[0014] 本發(fā)明的與高郵鴨早期生長性狀相關(guān)的分子標記，所述分子標記位于MyoDl基因 內(nèi)含子1的第123位核苷酸，該位點的核苷酸為T或A，MyoDl基因內(nèi)含子1的核苷酸序列 如 SEQ ID N0:1 所示。
[0015] 針對上述第123位的SNP多態(tài)性，本發(fā)明還公開了其獲取的方法，其中用于擴增所 述MyoDl基因內(nèi)含子1和檢測該基因位點突變的正反向引物對序列如SEQ ID NO :2-3所 不。
[0016] 其中用于對上述擴增產(chǎn)物進行連接酶檢測反應(yīng)（LDR)，所需的LDR探針序列如SEQ ID N0 :4-6 所示。
[0017] 本發(fā)明的與高郵鴨早期生長性狀相關(guān)的分子標記用于篩選高郵鴨早期生長性狀。
[0018] 本發(fā)明的獲取與高郵鴨早期生長性狀相關(guān)的分子標記的方法，包括以下步驟：
[0019] 1、鴨血樣的采集
[0020] 隨機選取108只49日齡高郵鴨，公母各半，稱重后，采用一次性注射器從鴨翅下靜 脈中抽取lml血液，放入含有200 μ 1 2%無菌的乙二胺四乙酸（EDTA)抗凝劑的2ml EP管 中，用于基因組DNA的提取。
[0021] 2、DNA 的提取
[0022] 基因組DNA的抽提采用苯酚-氯仿抽提法
[0023] (1)取上述全血30 μ 1置于1.5ml離心管，分別加入470 μ 1 1XSET緩沖液、 12. 5 μ 1 20% SDS (十二烷基硫酸鈉）和6 μ 1的10mg/ml蛋白酶Κ，混合均勻后放于55°C 水浴過夜；
[0024] (2)取出樣本于1. 5ml離心管，加入500 μ 1飽和苯酚，輕搖20min，lOOOOrpm離心 10min ；
[0025] (3)取上清，再次加入500 μ 1飽和苯酚，輕搖20min，lOOOOrpm離心10min ;
[0026] (4)取上清，加入500 μ 1氯仿-異戊醇（23 :1)輕搖20min，lOOOOrpm離心10min ;
[0027] (5)取上清，加入1ml冰無水乙醇（-20°C )，來回搖擺以沉淀DNA，lOOOOrpm離心 10min后倒出乙醇；
[0028] (6)用1ml 75%乙醇清洗DNA -次，倒掉乙醇，置于50°C干燥箱內(nèi)烘干；
[0029] (7)待DNA完全干燥后加入300 μ 1滅菌后的雙蒸水溶解，50°C水浴鍋中過夜以溶 解DNA ;將DNA原液1 :100稀釋并進行分光光度計檢測濃度，0D值為1. 85-1. 94。
[0030] (8)將DNA濃度稀釋到50ng/ μ 1，存放于-20°c冰箱中保存?zhèn)溆谩?br>[0031] 3、PCR 擴增
[0032] PCR擴增SEQ ID NO: 1所示核苷酸序列所用引物對序列為：
[0033] 上游引物：5 ' -AAGATGAGCTCCCTTCTCCTG-3 '（SEQ NO: 2)
[0034] 下游引物：5 ' -CCCCTAGCACACTGCCTAAC-3 '（SEQ NO: 3)
[0035] PCR擴增SNP位點所在片段，PCR擴增體系為：50ng/ μ 1 DNA模板1 μ 1、2mM dNTP 2 μ l、3mM Mg2+0. 6 μ 1、10XPCR 反應(yīng)緩沖液 2 μ 1、10 μΜ 上下游引物各 0· 4 μ 1、1U/ μ 1 Taq 聚合酶0. 2