一種酵母rapd圖譜的分析方法
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明設(shè)及分子生物學(xué)領(lǐng)域，具體設(shè)及酵母RAPD圖譜的分析。
【背景技術(shù)】
[0002] 酵母酵母在工業(yè)、食品、醫(yī)學(xué)等重要領(lǐng)域均有重要的研究和應(yīng)用地位。酵母菌株具 有遺傳多樣性，不同生態(tài)環(huán)境下的酵母具有差異，菌株間的分子遺傳相似性不同，比較不同 的酵母菌株的分子遺傳相似性，將對研究酵母菌株的遺傳多樣性和酵母菌株的選育和應(yīng)用 等具有重要意義。
[0003] RATO是一種比較不同的酵母菌株分子遺傳相似性的重要技術(shù)，對不同的酵母菌 株，選取適合的隨機引物進行PCR擴增，然后對各PCR產(chǎn)物電泳檢測，產(chǎn)生不同的RAPD圖 譜。
[0004] 隨著研究的推進，已有很多酵母菌株的RATO圖譜在文獻中被公布。在前人的文獻 中，僅對單次實驗產(chǎn)生的RATO圖譜進行分析，目前還沒有將不同文獻中的酵母RATO圖譜合 并進行分析方法的報道。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0005] 本發(fā)明的目的是對酵母RAPD圖譜分析方法進行改進，建立分析不同文獻報道或 不同研究結(jié)果中的酵母RAPD圖譜方法。具體步驟包括：
[0006] 收集具有酵母RATO實驗結(jié)果的文獻；
[0007] 收集文獻通過W下步驟得到：檢索國內(nèi)外公開發(fā)表或公布的期刊論文、會議論文、 畢業(yè)論文、研究報道、專利和實驗數(shù)據(jù)，檢索到的文獻經(jīng)過篩選，獲得具有RAPD圖譜的文 獻。
[000引在運些文獻中選取相同隨機引物的RATO實驗圖譜；
[0009] 相同隨機引物為不同文獻RATO實驗中采用的核酸序列相同的引物。
[0010] RAPD圖譜為RAPD實驗的核酸電泳圖譜。
[0011] 將選取出的圖譜進行合并分析，構(gòu)建進化樹。
[0012] 圖譜進行合并分析，構(gòu)建進化樹的具體步驟為：利用電泳圖譜處理軟件，處理不同 文獻中相同隨機引物的RATO實驗圖譜，通過與各RATO圖譜的DNA分子量marker大小比較， 得到各圖譜中不同樣品RATO產(chǎn)物的DNA片段大小。按照DNA片段大小，將各菌株對應(yīng)的 RAPD擴增譜帶轉(zhuǎn)換成"1"和"0"進行統(tǒng)計，如某條帶出現(xiàn)，記為"1"，無該條帶則記為"0"， 運樣將相同隨機引物擴增產(chǎn)生的各菌株RATO產(chǎn)物轉(zhuǎn)換為1，0矩陣，再利用得到的1，0矩陣 建立進化樹，通過建立進化樹軟件得到進化樹。
[0013] W進化樹的形式，顯示出不同文獻酵母菌株間的分子遺傳相似性。
[0014] 本發(fā)明具有W下有益效果及優(yōu)點：
[0015] 本發(fā)明對RAPD圖譜分析方法進行改進，改變前人酵母RAPD圖譜分析方法局限于 同一報道或同一實驗，建立分析不同文獻報道或不同研究結(jié)果中的酵母RAPD圖譜方法，可 促進酵母多樣性和酵母菌株選育和應(yīng)用的研究。
【附圖說明】
[0016] 附圖是在實施例中，對Ξ篇文獻酵母M13引物RATO圖譜分析所構(gòu)建的進化樹[Ξ 篇文獻為Barszczewski和Robak(2006)、Walczak等（2007)和Droi出等（2015)報道]。
[0017] 圖中：Ml~M21是Barszczewski和Robak(2006)報道中的酵母菌株， 各菌株為：Ml :Strain No. 16 ;M2 :S. cere-visiae A ;M3 :S. cerevisiae Bf ;M4 : S.cerevisiae L；M5：S.cerevisiae PCM 2103；M6：S.brasiliensis NCAIM 1223；M7： Production strain(No.18)；M8：S. carlsbergensis 37；M9：S. carlsbergensis 13； MIO：S. carlsbergensis 18 ;M11 :S. cerevisiae 46；M12：S. cerevisiae 51；M13： S.cerevisiae 57；M14：S.cerevisiae W；M15 ：Strain No. 19；M16 ：Strain No. 20；M17： S.bayanus CBS 380 ;M18:S.ca;rlsbe;rgensis NCAIM 1125 ;M19:S.pasto;rianus NCAIM 1244；M20：S.cerevisiae N；M21：S.exiguus CBS 379；
[001引圖中：M22~M36是Walczak等（2007)報道中的酵母菌株，各菌株為：M22 : lambica Strain Nos. 15；M23：C.sake Strain Nos. 14；M24：C. sake Strain Nos. 13；M25：C.famata Strain Nos. 12；M26：C. sake Strain Nos. 11；M27 ：lambica Strain Nos. 10； M28：C. pelliculosa Strain Nos. 9；M29：C.sake Strain Nos. 8；M30：C. famata Strain Nos. 7；M31：C.sake Strain Nos. 6；M32：P. etchellsii Strain No. 5；M33：C.sake Strain Nos. 4；M34：C.pelliculosa Strain Nos. 3；M35 ：Rhodotorula sp.Strain No. 2；M36： Producer str曰in ;
[001引 圖中：M37~M62是Dr的出等（20巧）報道中的酵母菌株，各菌株為：M37 :菌株 SB5 ;M38 :菌株SOLI;M39 :菌株JUT3 ;M40 :菌株D0R1 ;M41 :菌株SB9 ;M42 :菌株CC11 ;M43 : 菌株RE6 ;M44 :菌株SB4 ;M45 :菌株SB2 ;M46 :菌株HI9 ;M47 :菌株S0L9 ;M48 :菌株SB8 ;M49 : 菌株R03 ;M50 :菌株JUT8 ;M51 :菌株R06 ;M52 :菌株HI6 ;M53 :菌株SB10 ;M54 :菌株JUT11 ; M55 :菌株J0冊；M56 :菌株D0R3 ;M57 :菌株D0R9 ;M58 :菌株RE3 ;M59 :菌株R08 ;M60 :菌株 J0冊；M61 :菌株RE8 ;M62 :菌株SB6。
【具體實施方式】
[0020] 下面對本發(fā)明的實施例做詳細闡述。
[0021] 檢索國內(nèi)外公開發(fā)表或公布的期刊論文、會議論文、畢業(yè)論文、研究報道、專利和 實驗數(shù)據(jù)，從不同文獻報道收集酵母RAPD圖譜，檢索到的文獻經(jīng)過篩選，獲得具有RAPD圖 譜的文獻。
[0022] 在運些圖譜中選取相同隨機引物的RAPD實驗圖譜。本實施例選取了Ξ篇文獻M13 引物的RAPD實驗圖譜。
[0023] 運Ξ篇文獻分別是：
[0024] Barszczewski W，Robak M. PCR-Based Differentiation and Homology of Brewing and Type Strains of the Genus Saccharomyces[J]. Journal of the Institute of Brewing，2006，112(2) :165-172.[簡稱；Barszczewski和Robak(2006)報道]。
[00巧]Walczak E，CzaplWska A, Barszczewski W，et al. RAPD with microsatellite as atoolfordifferentiationofCandidagenusyeastsisolatedinbrewing[J].Food microbiology, 2007, 24 (3) :305-312.[簡稱：Walczak等（2007)報道]。
[0026] DrozdzI,MakarewiczM，SrokaP，etal.Comparisonoftheyeastmicrobiota ofdifferentvarietiesofcool-climategrapesbyPCR-RAPD[J].Potravinarstvo， 2015,9(1) :293-298.[簡稱：Dr扣把等（2015)報道]。
[0027] 本實施例選取的Ξ篇文獻都具有M13引物（序列：5' -GAGGGTGGCGGTTCT-3')的 RATO圖譜。
[0028] 將Ξ篇文獻選取出的M13引物的RAPD圖譜進行合并分析，構(gòu)建進化樹，W進化 樹的形式，顯示Ξ篇文獻中酵母菌株的差異。具體步驟為：利用電泳圖譜處理軟件（如 如antity化e軟件），處理Ξ篇文獻中相同隨機引物的RATO實驗圖譜，通過與各RATO圖譜 的DNA分子量marker大小比較，得到各圖譜中不同樣品RATO產(chǎn)物的DNA片段大小。按照 DNA片段大小，將各菌株對應(yīng)的RAPD擴增譜帶轉(zhuǎn)換成"1"和"0"進行統(tǒng)計，如某條帶出現(xiàn)， 記為"1"，無該條帶則記為"0"，運樣將相同隨機引物擴增產(chǎn)生的各菌株RATO產(chǎn)物轉(zhuǎn)換為1， 0矩陣，再利用得到的1，〇矩陣建立進化樹，通過建立進化樹軟件（如mega軟件）得到進化 樹（見附圖）。
[0029] W進化樹的形式，顯示出Ξ篇文獻酵母菌株間的分子遺傳相似性。從附圖可見，有 W下4對來自不同文獻的菌株在進化樹上相鄰：菌株化odotorulasp.StrainNo. 2(M35) 和菌株cell(M42)、菌株S.ca;rlsbe;rgensisNCAIM1125 (M18)和菌株C.sakeStrain Nos. 14(M23)、菌株S.cerevisiaeN(M20)和菌株R03(M49)、菌株S.exiguusCBS379(M21) 和菌株菌株JUT11(M54)在進化樹上相鄰，推測菌株化odotorulasp.StrainNo. 2(M35) 和菌株cell(M42)、菌株S.carlsbergensisNCAIM1125(M18)和菌株C.sakeStrain Nos. 14(M23)、菌株S.cerevisiaeN(M20)和菌株R03(M49)、S.exiguusCBS379(M21)和菌 株菌株JUTll(M54)之間具有較高的分子遺傳相似性。
[0030] W上所述的僅是本發(fā)明的實施例，本發(fā)明不限于W上實施例?？蒞理解，凡是在不 脫離本發(fā)明的構(gòu)思的前提下做出的其他改進和變化，均應(yīng)包含在本發(fā)明的保護范圍之內(nèi)。
【主權(quán)項】
1. 一種酵母RAPD圖譜的分析方法，其特征在于包括以下步驟： 1) 收集具有酵母RAPD實驗結(jié)果的文獻； 2) 在這些文獻中選取相同隨機引物的RAPD實驗圖譜； 3) 將選取出的圖譜進行合并分析，構(gòu)建進化樹，以進化樹的形式，顯示出不同文獻酵母 菌株間的分子遺傳相似性。2. 按權(quán)利要求1所述的方法，其中所述收集具有酵母RAH)實驗結(jié)果的文獻通過以下步 驟得到：檢索國內(nèi)外公開發(fā)表或公布的期刊論文、會議論文、畢業(yè)論文、研究報道、專利和實 驗數(shù)據(jù)，檢索到的文獻經(jīng)過篩選，獲得具有RAro實驗結(jié)果的文獻。3. 按權(quán)利要求1和權(quán)利要求2所述的方法，其中所述RAPD圖譜為RAPD實驗的核酸電 泳圖譜。4. 按權(quán)利要求1所述的方法，其中所述相同隨機引物為不同文獻RAH)實驗中采用的核 酸序列相同的引物。5. 按權(quán)利要求1所述的方法，其中所述的將選取出的圖譜進行合并分析，構(gòu)建進化樹 通過以下步驟得到：利用電泳圖譜處理軟件，處理不同文獻中相同隨機引物的RAH)實驗圖 譜，通過與各RAPD圖譜的DNA分子量marker大小比較，得到各圖譜中不同樣品RAPD產(chǎn)物 的DNA片段大小。按照DNA片段大小，將各菌株對應(yīng)的RAH)擴增譜帶轉(zhuǎn)換成" 1"和"0"進 行統(tǒng)計，如某條帶出現(xiàn)，記為"1"，無該條帶則記為"〇"，這樣將相同隨機引物擴增產(chǎn)生的各 菌株RAH)產(chǎn)物轉(zhuǎn)換為1，0矩陣，再利用得到的1，0矩陣建立進化樹，通過建立進化樹軟件 得到進化樹。
【專利摘要】本發(fā)明提供了一種酵母RAPD圖譜的分析方法，包括以下步驟：收集具有酵母RAPD實驗結(jié)果的文獻，在這些文獻中選取相同隨機引物的RAPD實驗圖譜，將選取出的圖譜進行合并分析，構(gòu)建進化樹，以進化樹的形式，顯示出不同文獻報道酵母菌株間的分子遺傳相似性。本發(fā)明是對前人酵母RAPD圖譜分析方法的改進，改變了前人酵母RAPD圖譜分析方法局限于同一報道或同一實驗，可以應(yīng)用于分析不同文獻報道或不同研究結(jié)果中的酵母RAPD圖譜，從而促進酵母多樣性和酵母菌株選育和應(yīng)用的研究。
【IPC分類】C12Q1/04, C12Q1/68
【公開號】CN105368973
【申請?zhí)枴緾N201510957219
【發(fā)明人】張穗生
【申請人】張穗生
【公開日】2016年3月2日
【申請日】2015年12月21日