專利名稱：用于使用20基因群組評估及治療潰瘍性結腸炎和相關疾病的標記物和方法
技術領域：
本發(fā)明涉及表征胃腸相關疾病(諸如潰瘍性結腸炎)的表達譜和核酸的識別，并且涉及這種表達譜和核酸在診斷潰瘍性結腸炎和相關疾病中的用途。本發(fā)明還涉及用于識別、使用和測試調節(jié)潰瘍性結腸炎的候選試劑和/或靶點的方法。
背景技術：
潰瘍性結腸炎(UC)是多因素自身免疫疾病，其復雜的發(fā)病涉及未識別的遺傳因素、微生物因素和環(huán)境因素。通過使用取自UC患者的發(fā)炎的結腸鏡組織活檢相對于非炎性活檢標本的微陣列分析，最近研究揭示了一些炎性細胞因子的調節(jié)異常，然而，在UC方面的病原學、發(fā)病、以及腫瘤壞死因子α (TNFa)的作用仍然鮮為人知。TNF是克隆氏病中的一種關鍵促炎細胞因子，如由英夫利昔單抗治療克隆氏病患者的以下療效所證實的誘導并維持臨床緩解，閉合腸外瘺、肛瘺和直腸陰道瘺，維持瘺管閉合以及類固醇類逐漸減少。 然而，盡管事實上也發(fā)現(xiàn)TNFa在UC患者血液、結腸組織和大便中的含量增加，但支持TNF 在UC發(fā)病中的作用的證據(jù)是有爭議的。盡管使用了支持TNF在UC中的關鍵致病作用的常規(guī)療法，但由Rutgeerts等人進行的臨床研究(ACT-I)顯示，英夫利昔單抗在第0、2、6周和其后每8周施用時，在具有中度至重度活動期的UC患者體內實現(xiàn)臨床響應和緩解的過程中是有效的。微陣列技術是強有力的工具，因為它允許能夠同時分析成千上萬基因的表達，并且也可為自動化的，從而允許高通過量格式。在與復雜宿主功能相關的疾病(諸如稱為免疫介導的炎性疾病(諸如UC)的那些)中，微陣列結果可提供在設計疾病診斷和管理的新方法中可具有實用性的基因表達譜。這些方法也起到識別新基因和注釋與該疾病或病癥無關的迄今未知功能的基因的作用。因此，需要識別和表征可用于開發(fā)用于診斷和治療自身免疫疾病(諸如UC和克隆氏病)以及其他疾病和病癥的方法、以及預測患者如何響應治療干預的方法的新的基因標記物。基因表達可以若干不同的方式(包括通過使用siRNA、shRNA、反義分子和DNA酶) 來調節(jié)。SiRNA和shRNA兩者均通過RNAi途徑起作用，并且已成功用于抑制基因表達。Fire 和Mello首先在蠕蟲中發(fā)現(xiàn)RNAi，并首先在植物中報道基因沉默現(xiàn)象與dsRNA有關，該現(xiàn)象被認為是植物細胞與RNA病毒感染作斗爭的一種方式。在此途徑中，長的dsRNA病毒產物被DICER樣酶加工成21-25bp長度的較小片段，然后該雙鏈分子解鏈并被加載到RNA誘導的沉默復合體(RISC)中。已識別了哺乳動物細胞中的類似途徑，其中的顯著差異是dsRNA 分子的長度必須小于30bp，以便避免誘導所謂的干擾素響應，干擾素響應不具有基因特異性并且導致細胞內蛋白合成的全面停止。合成siRNA已被成功設計成選擇性靶向單個基因，并且可被體外或體內遞送到細胞。S1RNA是siRNA分子的DNA當量，具有被合并到細胞基因組中的優(yōu)點，并且在每個有絲分裂周期過程中在細胞基因組中被復制。
DNA酶也已用來調節(jié)基因表達。DNA酶是穿過單鏈RNA的催化性DNA分子。它們對于RNA靶序列是高度選擇性的，因此可通過靶向信使RNA來下調特定基因。因此，需要識別和表征可用于開發(fā)用于診斷和治療自身免疫疾病(諸如UC和克隆氏病)以及其他疾病和病癥的方法的新的基因標記物。

發(fā)明內容
本發(fā)明涉及診斷和/或治療UC和/或相關疾病或病癥的方法，以及預測用于治療的候選試劑適用性的方法。本發(fā)明包括基因群組(一組是20個基因，一組是5個基因)的發(fā)現(xiàn)，該基因群組在響應用于UC治療的患者體內(在減輕UC癥狀過程中有效)相對于不響應治療的患者具有改進的表達水平。改進的表達水平構成了表達譜，該表達譜可起到預測患者對治療的響應性的生物標記譜的作用。在具體實施例中，本發(fā)明包括預測用于UC治療的適用性的方法，該方法根據(jù)構成該譜圖的20個基因中的一者或多者在治療之前的基因表達模式。這些基因中的一者或多者可能來自某類基因，諸如防御響應、免疫響應、信號轉導和病原體響應中涉及的那些，如下文和圖1等等所示。在典型實施例中，該細胞樣本表達至少兩個表達譜基因。該表達譜基因可能示出增加或減少。另外，本發(fā)明包括通過評估20基因群組或5基因群組中的一個或多個基因的表達譜來識別受試者的方法，該受試者患有UC和/或相關疾病或病癥，是用特定治療劑治療的候選者。在一個實施例中，將UC相關基因譜用于建立基于陣列的、用于預后或診斷目的的方法，該方法包括(a)從得自患者的標本制備核酸的代表性混合物，并且導致用可檢測標記物標記混合物中的所述樣本核酸；(b)將樣本與包含多個核酸片段的陣列接觸，其中每一個核酸片段被固定到基底表面上的離散和已知的地址，其中UC相關生物標記群組被識別為由地址限定的陣列特征物，該陣列還包含在該基底上的已知地址處的至少一個校正核酸，并且接觸操作在樣本核酸可以特異性結合到固定在陣列上的核酸片段的條件下進行。(c)對來自接受治療的患者的所有試驗樣本與參考標準進行統(tǒng)計比較；以及(d)將試驗樣本的特征物的強度改變模式與作為UC相關基因譜圖成員的那些特征物的強度改變模式相比較，其中歷史模式的樣本取自對抗TNF抗體治療有響應的患者。任選地，對基因群組的成員的水平變化進行統(tǒng)計分析，以評估這些變化的顯著性以及識別哪些成員為該基因群組的有意義成員。在可供選擇的實施例中，本發(fā)明包括試劑盒，該試劑盒用于根據(jù)基因表達模式來預測候選試劑用于治療UC和/或相關疾病或病癥的適用性。本發(fā)明還提供本文所述的任何發(fā)明。


圖1示出用于基因群組成員的生物過程分布。圖2以點圖表示法示出5探針組分類器的英夫利昔單抗響應者/非響應者表達譜，從而將英夫利昔單抗響應者(R)與非響應者(NR)相比較。圖中示出了每一個樣本的歸一化強度(黑圈)。針對5個基因中的每一個的每一個響應者和非響應者群體，圖中也示出了中值強度、第75百分率和第25百分率以及最小值和最大值。
具體實施方式
定義示出以下定義，以說明和限定用于描述本發(fā)明的多個術語的含義和范圍。多肽的“活性”、“生物活性”和“功能活性”是指UC相關基因群組中的基因響應其與另一蛋白或分子的特異性相互作用而發(fā)揮的活性，如根據(jù)標準技術在體內、原位或體外所測定的那樣。這種活性可為直接的活性(諸如與第二蛋白締合或對第二蛋白的酶活性)， 或間接活性(諸如通過該蛋白與第二蛋白的相互作用或通過如細胞內信號傳導或凝血級聯(lián)中的一系列相互作用介導的細胞過程)。“抗體”包括任何含有這樣的分子的多肽或肽，該分子包含免疫球蛋白分子的至少一部分，諸如(但不限于)重鏈或輕鏈或其配體結合部分的至少一個互補決定區(qū)(CDR)、重鏈或輕鏈可變區(qū)、重鏈或輕鏈恒定區(qū)、骨架區(qū)或它們的任何部分、片段或變體。術語“抗體” 還旨在涵蓋抗體、其消化片段、特定部分或變體，包括抗體模擬物或包含模擬抗體或其特定片段或部分的結構和/或功能的抗體部分，包括單鏈抗體及其片段。例如，抗體片段包括 (但不限于)Fab片段(如通過木瓜蛋白酶消化得到)、Fab’片段(如通過胃蛋白酶消化和部分還原得到)和F(ab’)2片段(如通過胃蛋白酶消化得到)、facb片段(如通過纖溶酶消化得到)、pFc’片段(如通過胃蛋白酶或纖溶酶消化得到)、Fd片段(如通過胃蛋白酶消化、部分還原以及重聚集得到)、Fv或scFv片段(如通過分子生物學技術得到)，并且單域抗體(如Vh或Vl)由本發(fā)明涵蓋(參見如Colligan等人(編輯)，CurrentProtocols in Immunology, John Wiley & Sons, Inc., NY(1994-2001) ；Colligan 等人’ Current Protocols in Polypeptide Science, John Wiley & Sons, NY(1997—2001))。如本文所用，術語“陣列”或“微陣列”或“生物芯片”或“芯片”是指包括多個固定的靶元件的制品或裝置，每一個靶元件包括“克隆”、“特征物”、“點”或包含特定組合物的限定區(qū)域，諸如固定至固體表面的生物分子(如核酸分子或多肽)，如下文將更詳細討論的那樣。本發(fā)明核酸序列的“補體”或其“互補”是指與第一多核苷酸相比具有互補破基序列和反向取向的多核苷酸分子。如本領域已知的，“同一性”是介于兩個或更多個多肽序列或兩個或更多個多核苷酸序列之間的關系，如通過比較該序列所確定的那樣。在本領域中，“同一性”也意指介于多肽或多核苷酸序列之間的序列相關性，如通過介于這些序列的字符串之間的匹配所確定的那樣?！巴恍浴焙汀跋嗨菩浴笨梢子谕ㄟ^已知的方法計算，包括(但不限于)以下文獻中描述的方法 Computational Molecular Biology, Lesk, Α. Μ.(編輯),OxfordUniversity Press,New York, 1988 ；Biocomputing Informatics and GenomeProjects,Smith,D. W.(編輯)，Academic Press, New York, 1993 ；ComputerAnalysis of Sequence Data, Part I, Griffin, A.M.和 Griffin, H. G.(編輯)，Humana Press, New Jersey, 1994 ；Sequence Analysis in Molecular Biology, vonHeinje, G. , Academic Press, 1987 ；以及 SequenceAnalysis Primer, Gribskov, Μ.禾口 Devereux, J.(編輯)，M Stockton Press, New York, 1991 ；以及 Carillo，H.和 Lipman，D.，Siam J. Applied Math，48 :1073 (1988)。另外，同一性百分比的數(shù)值可從用 Vector NTI Suite 8. 0 (Informax, Frederick, MD)的 AlignX 組件的缺省設置生成的氨基酸和核苷酸序列對比獲得。如本文所用，術語“與...特異性雜交”、“與...特異性雜的”、“特異性雜交”和 “與...選擇性雜交”是指在嚴格條件下核酸分子優(yōu)先與特定核苷酸序列結合、形成雙鏈或雜交。術語“嚴格條件”是指在探針將優(yōu)先雜交于其靶序列、和更小量值、或根本不雜交于其他序列的條件。在核酸雜交的背景中(如在陣列雜交、Southern雜交或Northern雜交中)，“嚴格雜交”和“嚴格雜交洗滌條件”是依賴于序列的，并在不同的環(huán)境參數(shù)下是不同的。以下詳細描述了可用來實施本發(fā)明的可供選擇的雜交條件。在可供選擇的方面，在溫和條件、嚴格條件和甚嚴格條件下進行雜交和/或洗滌，如以下更詳細所述的那樣?？晒┻x擇的洗滌條件也用于不同的方面，如本文更詳細所述的那樣。如本文所用，短語“標記的生物分子”或“用可檢測組合物標記的”或“用可檢測部分標記的”是指含有可檢測組合物(即標簽)的生物分子(如核酸)，如下文詳細所述的那樣。標簽也可為另一個生物分子，就核酸而言，如作為“分子信標”的莖環(huán)結構形式的核酸， 如下文所述。這包括通過(如)切口平移、隨機引物延伸、用簡并引物擴增等等方法，將標記的堿基(或可結合到可檢測標簽的堿基)合并到核酸中?？墒褂萌魏螛撕?，如化學發(fā)光標簽、放射標簽、酶標簽等等?？赏ㄟ^任何手段檢測標簽，如目視檢測、光譜檢測、光化學檢測、生物化學檢測、免疫化學檢測、物理檢測、化學檢測和/或化學發(fā)光檢測。本發(fā)明可使用包含具有可檢測標簽的固定核酸的陣列。如本文所用，術語“核酸”是指單鏈或雙鏈形式的脫氧核苷酸(DNA)或核糖核苷酸 (RNA)。該術語涵蓋含有已知的天然核苷酸類似物的核酸。術語“核酸”可與基因、DNA、RNA、 cDNA、mRNA、寡核苷酸引物、探針和擴增產物互換使用。該術語也涵蓋DNA主鏈類似物，諸如磷酸二酯、硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、甲基磷酸酯、氨基磷酸酯、烷基磷酸三酯、氨基磺酸酯、3'-硫縮醛、亞甲基(甲基亞氨基)、3' -N-氨基甲酸酯、嗎啉代氨基甲酸酯和肽核酸 (PNA)。如本文所用，術語“樣本”或“核酸樣本”是指含有DNA或RNA的樣本、或代表從天然源分離的DNA或RNA的核酸?！昂怂針颖尽睘檫m用于與另一核酸(如固定探針)雜交的形式(如可溶性水溶液形式)。樣本核酸可以從特定的細胞或組織分離、克隆、或提取。由其制備核酸樣本的細胞或組織樣本通常取自患有或疑似患有UC或相關疾病或病癥的患者。分離細胞和組織樣本的方法為本領域的技術人員所熟知，并且包括(但不限于)抽吸、組織切片、穿刺活檢等等。很多情況下，樣本為“臨床樣本”，其衍生自患者的樣本，包括組織切片， 諸如取自用于組織學目的的冷凍切片或石蠟切片。樣本也可衍生自(細胞的)上清液或取自患者或取自細胞培養(yǎng)物的細胞本身、取自組織培養(yǎng)的細胞以及其中期望檢測對候選藥物的響應可為可取的其他介質。在一些情況下，可以用標準技術(諸如PCR)在雜交前擴增核酸。探針可由來自以下一個或多個特定(預選的)部分的核酸源制備并可共同代表來自以下一個或多個特定(預選)部分的核酸源如聚合酶鏈式反應(PCR)擴增產物集合、基本上整條染色體或染色體片段、或基本上整個基因組，如為克隆(如BAC、PAC、YAC等等)的集合形式(參見下文)。
“核酸”為核苷酸的聚合物，其中核苷酸包含連接到糖的堿基，糖繼而通過調解的至少二價的分子(諸如磷酸)彼此連接。天然存在的核酸中，糖為2'-脫氧核糖(DNA)或核糖(RNA)。非天然多核苷酸或寡核苷酸含有改性的堿基、糖或連接分子，但通常認為根據(jù)天然存在的核酸而設計的非天然多核苷酸或寡核苷酸模擬了天然存在的核酸的互補性。非天然寡核苷酸的實例為具有硫代磷酸酯主鏈的反義分子組合物。“寡核苷酸”通常是指具有少于30個核苷酸的核酸分子。術語“譜”意指模式并與多個特征的變化量級和方向有關?？蓪ψV進行嚴格地解釋，即其中譜中顯示特性的特征的量級和/或數(shù)量的變化基本上類似于參考譜，或其可以不太嚴格地解釋，例如，通過要求趨勢而不要求特征特性全部或子集的絕對匹配。術語“蛋白”、“多肽”、和“肽”包括“類似物”、或“保守變體”和“模擬體”或“擬肽”， 其具有的結構和活性大致對應于該變體從其衍生的多肽，如上文詳細所述的那樣?！岸嚯摹睘橥ㄟ^肽鍵接合的氨基酸殘基的聚合物，肽通常是指含有12個或更少殘基的氨基酸聚合物。肽鍵可通過核酸模板導向而天然產生或用本領域熟知的方法合成而產生。“蛋白”為包含一個或多個多肽鏈的大分子。蛋白還可以包含附接到不參與肽鍵形成的氨基酸側基的取代基。通常，通過真核細胞表達形成的蛋白也含有碳水化合物。本文蛋白是按其氨基酸序列或主鏈來限定，而且無論是否已知都不指定取代基。術語“受體”代表(如)細胞中由于與特定配體或結合配偶體相互作用而能影響生物活性的分子。細胞膜結合的受體通過細胞外配體結合域、一個或多個跨膜或穿膜域以及通常涉及信號轉導的細胞內效應域來表征。配體結合至細胞膜受體引起細胞外域的變化，該變化在整個細胞膜上傳遞，與一個或多個細胞內蛋白直接或間接地相互作用，并改變細胞的特性，諸如酶活性、細胞形狀、或基因表達譜。受體也可以被解開到細胞表面，并可以是胞質受體、核受體、或完全從細胞釋放。非細胞相關受體稱為可溶性受體或配體。無論是否相應地明確指出，本文引用的所有出版物或專利的全文均以引用方式并入本文中，因為它們示出本發(fā)明時的技術水平和/或提供了本發(fā)明的描述和使本發(fā)明得以實現(xiàn)。出版物是指任何科學出版物或專利公布、或可以任何媒體格式獲得的任何其他信息，該媒體格式包括所有記錄格式、電子格式或印刷格式。下列參考文獻以引用方式全文并入本文中Ausubel 等人(編輯)，Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons， Inc. ， NY(1987-2001) ；Sambrook ^A, Molecular Cloning :A Laboratory Manual,第二版，Cold Spring Harbor,NY(1989) ；Harlow禾口Lane,antibodies,aLaboratory Manual, Cold Spring Harbor, NY(1989) ；Colligan 等)κ ( lie ), Current Protocols in Immunology, John Wiley & Sons, Inc., NY(1994-2001) ；Colligan 等人’ Current Protocols in Protein Science, John Wiley&Sons，NY(1997—2001)?；蛉航M識別和驗證本發(fā)明提供用于篩選調節(jié)UC癥狀(尤其是直腸粘膜層和全部或部分結腸)的組合物的新型方法。如本文所用，所謂“UC”或語法當量意指由痢疾、直腸出血、里急后重、排粘液、和腹部痙攣痛表示的疾病狀態(tài)或病癥。在一個方面，在需要診斷信息的不同患者樣本中確定基因表達水平，從而得到表達譜。特定樣本的表達譜基本上是樣本狀態(tài)的“指紋”；雖然兩種狀態(tài)可能具有任何相似表達的特定基因，但同時評估大量基因允許生成患者樣本狀態(tài)所特有的基因表達譜。也就是說，可以將正常組織與損害組織區(qū)分開，并將取自經(jīng)治療患者的組織與取自未經(jīng)治療患者的組織區(qū)分開。通過比較在已知不同疾病狀態(tài)下的組織的表達譜，在這些狀態(tài)的每一種中獲得關于哪個基因是重要的(包括基因的上調和下調兩者)信息。在疾病組織差異表達的序列(基因)的識別允許以多種方式使用該信息。例如， 可以對具體治療方案進行評價。這可以通過制備包含重要疾病基因組的生物芯片來完成，該生物芯片隨后可用于這些篩選。也可在蛋白基礎上進行這些方法，也就是說，可對UC相關基因產物蛋白的蛋白表達水平進行評估，以用于診斷目的或篩選候選試劑。另外，在治療前，可用包含UC相關基因譜的核酸序列測量患者是否有可能響應治療。UC相關基因序列可包括核酸和氨基酸序列兩者。在一個優(yōu)選的實施例中，UC相關基因序列是重組核酸。本文中所謂術語“重組核酸”意指通常通過聚合酶和核酸內切酶操縱核酸而最初形成于體外且為一般不存在于自然界中的形式的核酸。因此，就本發(fā)明的目的而言，分離的核酸(以線性形式)或通過連接通常不接合的DNA分子而形成于體外的表達載體兩者均視為重組的。應當理解，一旦重組核酸被制備并重新引入宿主細胞或生物體中，就可以非重組方式復制，即，使用宿主細胞的體內細胞機器而非體外操縱來復制；然而， 就本發(fā)明的目的而言，此類核酸一旦被重組產生，即使隨后會以非重組方式復制，就仍然視為重組的。實施本發(fā)明的方法本發(fā)明提供了基于計算機、陣列的方法，這些方法依賴兩份或更多份樣本中的結合分子(如核酸序列)的相對量。也提供了計算機實現(xiàn)的方法，以用于確定兩份或更多份樣本中的結合分子(如核酸序列)的相對量，并使用確定的相對結合量來預測對具體療法的響應性，以及監(jiān)測和增強治療處理。在實施本發(fā)明的方法時，將兩份或更多份標記生物分子(如核酸)的樣本施加至兩個或更多個陣列，其中陣列具有大致相同的固定結合分子補體(如能與標記的樣本核酸雜交的固定核酸)。該兩個或更多個陣列通常為相同陣列的多個復本。然而，因為陣列上的每一個“點”、“克隆”或“特征物”具有類似的生物分子(如相同序列的核酸)并且每一個點中的生物分子(如核酸)是已知的(這是核酸和其他陣列的典型特征)，用于本發(fā)明的多個陣列在構造上不必相同，只需要每一個特征物在基底上的位置是已知的，即具有地址。因此，在一個方面，樣本中的多個生物分子(如核酸)與陣列比較地結合(如同時雜交)并且收集的信息被編碼，以使得結果是基于特征物(如核酸序列)的內在特性而不是基于其在基底上的位置。核酸的擴增可將采用寡核苷酸引物的擴增用于生成在本發(fā)明組合物和方法中使用的核酸，以檢測或測量雜交至陣列的試驗樣本或對照樣本的水平等等。技術人員可選擇和設計合適的寡核苷酸擴增引物。擴增方法在本領域中也是熟知的，并且包括(如)聚合酶鏈反應(PCR) (PCR PROTOCOLS, A GUIDE T0METH0DS AND APPLICATIONS (編輯)，hnis，Academic Press, N. Y. (1990)和 PCR STRATEGIES (1995)(編輯)，Innis, Academic Press, Inc.，N. Y.)；連接酶鏈式反應(LCR)(參見(如)Wu(1989) Genomics 4 560 ；Landegren (1988) Science241 1077 ；Barringer (1990) Gene 89 :117)；轉錄擴增(參見(如)Kwoh (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86 :1173)；以及自主序列復制(參見(如)Guatelli (1990)Proc. Natl. Acad. Sci. USA87 1874) ；Q^ 復制酶擴增(參見(如)Smith(1997) J. Clin. Microbiol，；35 1477-1491)、自動 Q3 復制酶擴增測定法(參見(如)Burg(1996)Mol. Cell. Probes 10: 257-271)和其他 RNA 聚合酶介導的技術(如 NASBA，Cangene, Mississauga, Ontario)； 還可參見 Berger(1987)Methods Enzymol, 152 :307-316 ；Sambrook ；Ausubel ；美國專利 No. 4，683，195 禾口 No. 4，683，202 ；Sooknanan(1995)Biotechnology 13 :563_564。核酸雜交在實施本發(fā)明的方法時，使核酸的試驗樣本和對照樣本與(如)陣列上的固定探針核酸雜交。在可供選擇的方面，在溫和條件、嚴格條件和甚嚴格條件下進行雜交和/或洗滌。核酸雜交的詳盡指南存在于(如)SambrookAusubel，Tijssen中。通常，對于在限定的離子強度和PH下的特定序列，將高度嚴格雜交和洗滌條件選擇為低于熱熔點(Tm)約 5°C。Tm為50%的靶序列與完全匹配的探針雜交時的溫度(在限定的離子強度和pH下)。 對于特定的探針，將甚嚴格條件選擇為等于Tm。用于互補核酸(在陣列上或Southern印跡或Northern印跡中的濾膜上具有不止100個互補殘基)雜交的嚴格雜交條件的實例為在42°C下使用標準雜交溶液(參見(如)Sambrook)進行過夜雜交。高度嚴格洗滌條件的實例為在72°C下用0. 15M的NaCl洗滌約15分鐘。嚴格洗滌條件的實例為在65°C下用 0. 2 X SSC洗滌15分鐘(參見(如)Sambrook)。通常，在高嚴格性洗滌之前用中嚴格性或低嚴格性洗滌移除背景探針信號。對于(如)不止100個核苷酸的雙鏈，中嚴格性洗滌的實例為在45°C下使用IX SSC洗滌15分鐘。對于(如)不止100個核苷酸的雙鏈，低嚴格性洗滌的實例為在40°C下使用4X至6XSSC洗滌15分鐘。在本發(fā)明的組合物和方法的可供選擇的方面，如在實施對比核酸雜交，諸如用陣列進行的對比基因組雜交(CGH)時，將熒光染料Cy3 和Cy5 用來差異標記來自兩份樣本的核酸片段，如陣列固定的核酸相對于樣本核酸，或從對照細胞或組織得到的核酸相對于從測試細胞或組織得到的核酸。許多商業(yè)器械被設計成適應這兩種染料的檢測。為了增加 Cy5 、或氟或其他氧化敏感性化合物的穩(wěn)定性，可在雜交混合物、雜交溶液和/或洗滌溶液
中使用抗氧化劑和自由基清除劑。因此，Cy5 信號顯著增加，并且雜交時間可能更長。參見 WO 0194630A2 和美國專利申請 No. 20020006622。為了進一步增加雜交靈敏度，可在受控的不飽和濕度環(huán)境下進行雜交；因此，當濕度不飽和時，雜交效率得到顯著改善。參見WO 0194630A2和美國專利申請 No. 20020006622。如果濕度受到動態(tài)控制(即，如果雜交期間濕度發(fā)生變化)，則雜交效率可得到改善。在動態(tài)平衡的濕度環(huán)境下，將有助于質量傳遞。可逐步或連續(xù)地調節(jié)雜交環(huán)境中的濕度。可使用包括殼體和控制器的陣列裝置，該殼體和控制器允許操作者控制預雜交、雜交、洗滌和/或檢測階段的濕度。該裝置可具有檢測、控制和存儲元件，以允許對濕度和溫度控制(其為恒定和精確的或為波動的)、以及對整個程序循環(huán)期間(包括預雜交、 雜交、洗滌和檢測步驟)的其他參數(shù)進行預先編程。參見WO 0194630A2和美國專利申請 No.20020006622ο本發(fā)明的方法可包括具有滲透波動的雜交條件。也可通過包括變化的高張度/低張度(如溶質梯度)的雜交環(huán)境來提高雜交效率(即達到平衡的時間)。在裝置中建立溶質梯度。例如，將低鹽雜交溶液置于陣列雜交室的一側，而將較高濃度的鹽緩沖液置于另一側，以在室中生成溶質梯度。參見WO 0194630A2和美國專利申請No. 20020006622。阻斷重復核酸序列的雜交能力本發(fā)明的方法可包括阻斷重復核酸序列在固定核酸片段中的雜交能力(S卩，阻斷 “雜交能力”)的步驟?？赏ㄟ^將樣本核酸序列與未標記的或作為另外一種選擇標記的重復核酸序列混合而阻斷樣本核酸序列中重復核酸序列的雜交能力?？蓪颖竞怂嵝蛄性谂c陣列固定的核酸片段接觸的步驟之前與重復核酸序列混合。阻斷序列為(例如)Cot-lDNA、 鮭魚精DNA、或特異性的重復基因組序列。重復核酸序列可為未標記的。用于使用(如) Cot-I移除和/或消除重復序列的雜交能力的多種方法是已知的；參見(如)Craig(1997) Hum. Genet，100 :472-476 ；WO 93/18186。使用磁性純化和親和力PCR可從文庫探針中移除重復 DNA 序列，參見(如)Rauch(2000)J. Biochem. Biophys. Methods 44:59—72。陣列一般為固定到板表面上的如限定為“點”或“簇”、或“特征物”的多個靶元件， 其中每一個靶元件包含一個或多個固定到固體表面的生物分子(如核酸或多肽)，以用于特異性結合(雜交)至樣本中的分子。固定核酸可含有來自特異性消息(如cDNA文庫) 或基因(如基因組文庫)的序列，包括人基因組的序列。其他靶元件可含有參考序列等等。 陣列的生物分子可以以不同的大小和不同的密度排列在固體表面上。生物分子在簇中的密度和簇在陣列上的數(shù)量取決于多種因素，諸如標簽的性質、固體載體、基底表面的疏水性程度等等。每一個特征物可以包含大致相同的生物分子(如核酸)、或生物分子的混合物(如不同長度和/或序列的核酸)。因此，例如，特征物可以含有不止一個DNA克隆片段的復本， 并且每一個復本可以斷裂成不同長度的片段。其上固定有生物分子(如核酸)的陣列基底表面可包括硝化纖維、玻璃、 石英、熔融二氧化硅、塑料等等，如下文進一步討論的那樣。本發(fā)明的組合物和方法可合并陣列的全部或部分設計、以及相關組分和方法，如在美國專利No. 6，344，316、
No.6，197，503、No.6，174，684、No.6，159，685、No.6，156，501、No.6，093，370、No.6，087，112、No.6，087，103、No.6，087，102、No.6，083，697、No.6，080，585、No.6，054，270、No.6，048，695、No.6，045，996、No.6，022，963、No.6，013，440、No.5，959，098、No.5，856，174、No.5，843，655、No.5，837，832、No.5，770，456、
No. 5，723，320、No. 5，700，637、No. 5，695，940、No. 5，556，752、No. 5，143，854 中所述；還可參見(如)W0 99/51773、W099/09217、WO 97/46313、WO 96/17958、WO 89/10977 ；還可參見(如)Johnston (1998) Curr. Biol. 8 :R171-174 ；Schummer (1997) Biotechniques23 1087-1092 ；Kern (1997)Biotechniques 23 :120-124 ；Solinas-Toldo(1997)Genes, Chromosomes&Cancer 20 :399-407 ；Bowtel1 (1999)Nature GeneticsSupp. 21 :25-32 ； Epstein(2000)Current Opinion in Biotech.11 :36-41 ；Mendoza(1999Biotechniques 27 :778-788 ；Lueking(1999)Anal. Biochem. 270 :103-111 ；Davies(1999)Biotechniques 27 :1258-1261o基底表面可在本發(fā)明組合物和方法中使用的基底表面包括(例如)玻璃(參見(如)美國專利No. 5，843，767)、陶瓷、和石英。陣列可具有剛性、半剛性或撓性材料的基底表面。基底表面可為平坦的或平面的，成形為深凹、凸起區(qū)域、蝕刻溝槽、孔、小珠、細絲等。基底表面也可包括多種材料，諸如硝化纖維、紙張、晶體基底(如砷化鎵)、金屬、準金屬，聚丙烯酰嗎啉、多種塑料和塑料共聚物、Nylon 、Teflon 、聚乙烯、聚丙烯、乳膠、聚甲基丙烯酸酯、 聚(對苯二甲酸乙二醇酯)、人造絲、尼龍、聚(丁酸乙烯酯)、和乙酸纖維素?？梢詫走M行涂覆，可以使基底和涂層官能化，以(如)允許能夠結合到胺。包含校ιΗ序列的陣列本發(fā)明設想使用包含固定校正序列的陣列以用于使基于陣列的雜交反應的結果歸一化，以及用于采用這些校正序列的方法，如，以確定校正序列的復本數(shù)，以“歸一化”或 “校正”比率分布。該校正序列可與陣列上固定核酸序列中的獨特序列大致相同。例如，來自陣列上每一個“點”或“生物位點”的“標記物”序列(其僅位于該點上，從而使其成為用于該點的“標記物”)用一個或多個“對照點”或“校正點”上的對應序列表示?！皩φ拯c”或“校正點”用于“歸一化”，從而得到可靠并且可重復的信息。對照點可提供一致的結果，而與雜交到陣列的標記樣本(或來自樣本的標記結合分子)無關。對照點可用來生成“歸一化”或“校正”曲線，以補償本發(fā)明的基于計算機的、基于陣列的方法中使用的介于兩個(或更多個)陣列之間的可能的強度誤差。在陣列上生成對照物的一個方法應當為使用所有生物分子(如核酸序列)的等摩爾混合物點綴在陣列上并生成單一的點。該單一的點應當具有來自陣列上所有其他點的等量的生物分子(如核酸序列)。通過改變該等摩爾混合物的濃度可生成多個對照點。樣本和標本樣本核酸可以從特定的細胞、組織、或其他標本中分離、克隆、或提取。由其制備核酸樣本的細胞或組織樣本通常取自患有或疑似患有UC或相關病癥的患者。分離細胞和組織樣本的方法為本領域的技術人員所熟知，并且包括(但不限于)抽吸、組織切片、穿刺活檢等等。很多情況下，樣本會是“臨床樣本”，其衍生自患者的樣本，包括全血、或組織切片， 諸如取自用于組織學目的的冰凍切片或石蠟切片。樣本也可衍生自(細胞的)上清液或取自患者或取自細胞培養(yǎng)物的細胞本身、取自組織培養(yǎng)的細胞以及其中期望檢測對候選藥物的響應可為可取的其他介質。在一些情況下，可以用標準技術(諸如PCR)在雜交前擴增核酸。在一個實施例中，本發(fā)明為預測疾病消退或治愈的治療前方法。該方法包括(1) 從診斷患有UC或相關疾病或病癥的個體取結腸組織活檢或其他標本；( 測量基因群組中的表達譜基因的表達水平；C3)將基因的預治療表達水平與來自治療響應者的預治療參考譜進行比較；以及(4)通過監(jiān)測基因群組的表達水平來預測治療響應。評估生物標記實用性的方法用于評估患者對治療的響應或疾病預后的本發(fā)明生物標記基因群組的預后實用性可通過使用用于評估患者疾病狀態(tài)的其他方法來驗證。例如，可以通過某種成像方法 (諸如(但不限于)通過攝影、放射性測量、或磁力共振技術成像)來評估和記錄疾病的總量度。健康或疾病的綜合指標還包括血清或血液組成(蛋白、肝酶、PH、電解質、紅細胞容積、血細胞比容、血紅蛋白、或特異性蛋白)。然而，在一些疾病中，病原學仍然知之甚少。UC 是這一種疾病的實例?；颊咴u估和監(jiān)測
此基因群組中的一些屬于據(jù)此前報道在UC患者異常表達的基因類別，諸如轉錄因子、復制蛋白和氧化酶，在UC治療中還沒有研究整個治療過程中的基因表達模式，并且沒有識別任何基因表達模式具有預測價值。本文所公開的基因表達生物標記群組允許生成用于快速可靠預測的方法、預測UC試驗的臨床效果的診斷工具、或用于跟蹤UC治療功效的預后工具。提供基于檢測樣本中這些基因的預后方法。例如，可以將這些組合物與一系列免疫介導的炎性疾病的診斷、預防和治療結合使用。治療劑拮抗劑如本文所用，術語“拮抗劑”是指這樣的物質，該物質抑制或中和本發(fā)明的UC相關基因群組的基因產物的生物活性。此類拮抗劑以多種方式實現(xiàn)此效果。一類拮抗劑會以足夠的親和力和特異性與基因產物蛋白結合，以中和該蛋白的生物效應。包括在這類分子中的是抗體和抗體片段(諸如(例如)F(ab)或F(ab’)2分子)。另一類拮抗劑包括基因產物蛋白的片段、突變蛋白或小有機分子(即擬肽)，此類拮抗劑會結合至基因產物的同源結合配偶體或配體，從而抑制基因產物與其同源配體或受體的特異性相互作用的生物活性。UC 相關基因拮抗劑可以是這些類別中的任何者，只要其為抑制該基因產物的至少一種生物活性的物質。拮抗劑包括涉及基因產物蛋白或其片段的一個或多個區(qū)域的抗體、涉及同源配體或受體的抗體、以及抑制基因產物的至少一種生物活性的基因產物的部分肽或其同源配體。另一類拮抗劑包括如本領域已知的本文所公開的靶向基因序列的siRNA、shRNA、反義分子和DNA酶。合適的抗體包括與阻礙UC相關基因產物激活或防止UC相關基因產物結合到其同源配體、或阻止UC相關基因產物信號轉導的單克隆抗體競爭以用于結合到UC相關基因產物上的那些。靶向UC相關基因產物誘導劑的治療劑可以提供更好的成功機會。基因表達可以若干不同的方式、包括通過使用siRNA、shRNA、反義分子和DNA酶來調節(jié)?？蓪⒑铣傻?siRNA、shRNA、和DNA酶設計成特異性地靶向一種或多種基因并且它們可易于遞送到體外或體內的細胞。本發(fā)明涵蓋反義核酸分子，即與編碼UC相關基因產物多肽的有義核酸互補的分子，如與雙鏈cDNA分子的編碼鏈互補或與mRNA序列互補。因此，反義核酸可氫鍵結合到有義核酸。反義核酸可與整個編碼鏈互補、或僅與其一部分互補，如與蛋白編碼區(qū)(或開放讀框)的全部或部分互補。反義核酸分子對核酸序列編碼鏈非編碼區(qū)的全部或部分可為反義，其中核酸序列對UC相關基因產物多肽進行編碼。非編碼區(qū)(“5'和3'未翻譯區(qū)”) 為在編碼區(qū)的側面的5'和3'序列，并且未翻譯成氨基酸。本發(fā)明也提供嵌合蛋白或融合蛋白。如本文所用，“嵌合蛋白”或“融合蛋白”包括有效連接至異源多肽(即除相同的UC相關基因產物多肽之外的多肽)的UC相關基因產物多肽的全部或部分(優(yōu)選生物活性的)。在融合蛋白中，術語“有效連接”旨在指示UC相關基因產物多肽與異源多肽彼此框內熔融。異源多肽可融合至UC相關基因產物多肽的氨基末端或羧基末端。在另一個實施例中，UC相關基因產物多肽或其域或活性片段可與異源蛋白序列或其片段融合，以形成嵌合蛋白，其中多肽、域或片段不是端到端地融合，而是介入異源蛋白骨架內。在另一個實施例中，融合蛋白為免疫球蛋白融合蛋白，其中UC相關基因產物多肽的全部或部分融合至衍生自免疫球蛋白家族成員的序列。可將本發(fā)明的免疫球蛋白融合蛋白摻入藥物組合物中并給藥到受試者，以抑制介于配體(可溶或膜結合的)和細胞表面上的蛋白(受體)之間的相互作用，從而抑制體內的信號轉導。免疫球蛋白融合蛋白可用來影響UC相關基因產物多肽的同源配體的生物利用率。抑制配體/受體相互作用在治療學上可為有效的，既可用于治療增殖性和分化性疾病，又可用于調節(jié)(如促進或抑制)細胞存活。免疫球蛋白嵌合蛋白的優(yōu)選實施例是ChI域被刪除的免疫球蛋白或具有介入改性的骨架區(qū)內的活性多肽片段的MIMETIB0DY 構造，如在共同未決的專利申請PCT W0/04002417 中所提出的那樣。此外，本發(fā)明的免疫球蛋白融合蛋白可用作免疫原，以產生針對受試者中的UC相關基因產物多肽的抗體，以純化配體，并且在篩選測定法中使用，以識別抑制受體與配體相互作用的分子。組合物及其用涂根據(jù)本發(fā)明，中和抗UC相關基因產物的拮抗劑(諸如本文所述的單克隆抗體)可用來抑制UC相關基因產物的活性。另外，此類拮抗劑可用來抑制適合此類治療的UC和UC 相關炎性疾病(包括(但不限于)風濕性疾病)的發(fā)病。待治療的個體可以是任何哺乳動物并且優(yōu)選為靈長類，屬于哺乳動物的伴侶動物，并且最優(yōu)選為人類患者。所施用的拮抗劑的量根據(jù)其使用目的和施用方法而變化。UC相關基因拮抗劑可以通過在需要預防或終止病理活性的組織中導致效果的多種方法來施用。此外，抗UC相關基因產物的拮抗劑不必局部存在，以對UC相關基因產物活性賦予效果，因此，可以將它們給藥到實現(xiàn)觸及含有UC相關基因產物的體腔或流體的任何部位。就發(fā)炎的、惡性的、或者說是失能的組織而言，這些方法可以包括直接施用含有該拮抗劑的制劑。這類方法包括液體組合物的靜脈注射給藥、液體或固體制劑的透皮給藥、口服、局部給藥、或空隙給藥或術間給藥。給藥可能受其主要功能可能不是作為藥物遞送媒介物的裝置的植入的影響。對于抗體，優(yōu)選的劑量為約0. lmg/kg至100mg/kg體重(通常為約10mg/kg至 20mg/kg)。如果抗體是在腦中起作用，則約50mg/kg至100mg/kg的劑量通常是合適的。一般地，部分人抗體和全人抗體在人體內具有比其他抗體更長的半衰期。因此，使用較低劑量和較低頻率的給藥通常是可以的?？捎眯揎?諸如脂化)來穩(wěn)定抗體以及提高攝取和組織滲透(如滲透到腦中)。Cruikshank等人描述了用于抗體脂化的方法((1997) J. Acquired Immune Deficiency Syndromes and Human Retrovirology 14 :193)0可將UC相關基因產物拮抗劑核酸分子插入載體中并用作基因療法載體?；虔煼ㄝd體可通過(例如)靜脈注射、局部給藥(美國專利No. 5，328，470)、或通過立體定位注射(參見(如)Chen等人，(1994)Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91 :3054-3057)遞送到受試者。 基因療法載體的醫(yī)藥制備可包括可接受稀釋劑中的基因療法載體、或可包含其中嵌入了基因遞送媒介物的緩釋基質。作為另外一種選擇，凡是整個基因遞送載體可從重組細胞未受損地制備的，如逆轉錄病毒載體，則該醫(yī)藥制備可包括產生該基因遞送體系的一個或多個細胞。藥物組合物可與給藥說明書一起放于容器、包裝、或分配器中。
藥物遺傳學可將通過本文所述篩選測定法識別的對UC相關基因產物多肽的活性或表達具有刺激或抑制效應的試劑或調節(jié)劑給藥到個體，以(預防性地或治療性地)處理與該多肽的異常活性相關的疾病。結合這樣的治療，可以考慮個體的藥物遺傳學(即，研究介于個體的基因型和該個體對外來化合物或藥物的響應之間的關系)。治療劑代謝的差異可通過改變介于藥理活性藥物的劑量和血液濃度之間的關系導致嚴重毒性或治療失效。因此，基于個體基因型的考慮，個體的藥物遺傳學允許選擇有效的試劑(如藥物)，以用于預防性或治療性治療。這種藥物遺傳學還可用來確定適當?shù)膭┝亢椭委煼桨?。因此，可確定個體內UC相關基因產物多肽的活性、UC相關基因產物核酸的表達、或UC相關基因產物基因的突變量， 從而選擇適當?shù)脑噭?，以用于個體的治療性或預防性治療。由于患者中改變的藥物處置和異常行為，藥物遺傳學研究對藥物響應的臨床上顯著的遺傳變異。參見(如)Linder(1997)C1 in. Chem. 43(2) 254-2660通常，可區(qū)分兩類藥物遺傳學病癥。以改變藥物對人體作用方式的單個因子傳遞的遺傳病癥被稱為“改變的藥物作用”。以改變人體對藥物作用方式的單個因子傳遞的遺傳病癥被稱為“改變的藥物代謝”。這些藥物遺傳學病癥可以罕見的缺陷或以多態(tài)性形式發(fā)生。例如，葡萄糖-6-磷酸脫氫酶(G6PD)缺陷是常見的遺傳性酶病，其主要的臨床并發(fā)癥為攝取氧化劑藥物(抗瘧疾藥物、磺胺類藥物、止痛藥、硝基呋喃類藥物)和食用蠶豆后出現(xiàn)的溶血。作為示例性實施例，藥物代謝酶的活性為藥物作用的強度和持續(xù)時間兩者的主要決定因素。就為什么一些患者在服用標準和安全劑量的藥物后不能獲得預期藥物效應或表現(xiàn)出過度的藥物反應和嚴重毒性，藥物代謝酶(如N-乙酰基轉移酶2 (NAT 2)和細胞色素P450酶CYP2D6和CYP2C19)的遺傳多態(tài)性的發(fā)現(xiàn)對此作出了解釋。這些多態(tài)性在群體中以兩種顯型表達強代謝者(EM)和弱代謝者(PM)。PM在不同群體當中的患病率是不同的。例如，用于CYP2D6的基因編碼是高度多態(tài)性的，并且在PM中識別了若干突變，該突變都導致功能性CYP2D6的缺失。CYP2D6和CYP2C19的弱代謝者在接受標準劑量時通常經(jīng)歷過度的藥物反應和副作用。如果代謝物為活性治療部分，則PM將不顯示治療響應，如通過其CYP2D6形成的代謝物嗎啡所介導的可待因的鎮(zhèn)痛作用所證實的那樣。其他極端情況為所謂的對標準劑量無響應的超快代謝者。最近，已識別超快代謝的分子基礎是由于CYP2D6 基因的擴增。因此，可確定個體內UC相關基因產物多肽的活性、編碼多肽的核酸的表達、或編碼多肽的基因的突變含量，從而選擇適合用于該個體的治療性或預防性治療的藥劑。此外， 可利用藥物遺傳學研究，將編碼藥物代謝酶的多態(tài)性等位基因的基因型應用于識別個體的藥物響應顯型。在應用于劑量或藥物選擇時，該知識可避免在使用多肽活性或表達的調節(jié)劑(例如通過本文所述的示例性篩選測定法之一所識別的調節(jié)劑)治療受試者時發(fā)生不良反應或治療失效，從而提高治療或預防效率。治療方法本發(fā)明提供治療有患這樣一種疾病的風險(或易患該疾病)或患有該疾病的受試者的預防和治療方法兩者，該疾病與UC相關基因產物多肽的異常表達或活性相關和/或其中涉及了 UC相關基因產物多肽。如本領域所知或如本文所述，本發(fā)明提供用于在細胞、組織、器官、動物、或患者中使用至少一種UC相關基因產物的拮抗劑調節(jié)或治療至少一種UC相關基因產物相關的疾病或病癥的方法。UC相關基因產物拮抗劑的組合物可以在UC或UC相關病癥(諸如克隆氏病或其他腸胃疾病)的治療中得到治療應用。本發(fā)明也提供用于在細胞、組織、器官、動物、或患者中調節(jié)或治療至少一種胃腸、 免疫相關疾病的方法，該疾病包括(但不限于)胃潰瘍、炎性腸疾病、潰瘍性結腸炎、克隆氏病等等中的至少一者。參見(如)MerckManual，第12-17版，Merck&公司(Rahway，NJ) (1972，1977，1982，1987，1992，1999)，Pharmacotherapy Handbook, Wells 等人(編輯)，第二版，Appleton and Lange, Stamford, Conn. (1998，2000)，各自全文以引用方式并入。以UC相關基因產物多肽的異常表達或活性來表征的疾病還描述于本公開的別處。1.預防方法在一個方面，本發(fā)明提供了這樣的方法，該方法通過給受試者施用調節(jié)該多肽的表達或至少一種活性的試劑，用于在受試者中至少基本上預防與UC相關基因產物多肽的異常表達或活性相關的疾病或病癥。可通過(例如)如本文所述的診斷或預防測定法中的任何者或兩者的組合來識別由患UC相關基因產物的異常表達或活性引起或促成的疾病的風險的受試者?？稍诒憩F(xiàn)出該異常的特征性癥狀之前進行預防試劑的給藥，使得疾病或病癥得到預防、或其進展得到延緩。例如，可根據(jù)異常的類型使用激動劑或拮抗劑，以用于治療受試者?？筛鶕?jù)本文所述的篩選測定法來確定適當?shù)脑噭?.治療方法本發(fā)明的另一個方面屬于用于治療目的的調節(jié)UC相關基因或基因產物的表達或活性的方法。本發(fā)明的調節(jié)方法涉及使細胞與可調節(jié)多肽的活性中的一種或多種的試劑接觸。調節(jié)活性的試劑可為如本文所述的試劑，諸如核酸或蛋白、多肽的天然存在的同源配體、肽、擬肽、或其他小分子。在一個實施例中，該試劑刺激多肽的生物活性中的一種或多種。在另一個實施例中，該試劑抑制UC相關基因或基因產物多肽的生物活性中的一種或多種。這種抑制劑的實例包括反義核酸分子和抗體以及本文所述的其他方法。這些調節(jié)方法可在體外(如通過用該試劑培養(yǎng)細胞)、或作為另外一種選擇在體內(如通過將試劑給藥到受試者)進行。因此，本發(fā)明提供治療患有以UC相關基因產物多肽的異常表達或活性來表征的疾病或病癥的個體的方法。在一個實施例中，該方法涉及施用調節(jié)(如上調或下調) 表達或活性的試劑(如通過本文所述的篩選測定法識別的試劑)或試劑的組合。在其中活性或表達異常高或上調和/或其中減少的活性可能具有有益效果的情況下，對活性進行抑制是可取的。雖然已概括地描述了本發(fā)明，但還將在以下的實例中進一步公開本發(fā)明的實施例，該實例不應理解為限制本權利要求的范圍。實例1 樣本采集和分析患者從接受了 5mg/kg或10mg/kg的英夫利昔單抗(IFX)的22名患者亞群分析在第0 周獲得的23個活檢組織(11個活檢組織來自10個非響應者，12個活檢組織來自12個響應者；在兩周內從相同受試者獲得非響應者活檢組織中的兩個)。從預英夫利昔單抗活檢組織中分離信使RNA，將其標記并雜交到Affymetrix HGU133Plus_2. 0陣列。通過獨立的數(shù)據(jù)集驗證了該預測性響應標記。此前已詳細描述過ACTl的試驗設計(ClinTrials.gov IdentifierNCT00036439)，包括患者合格準則、隨機化和試驗操作規(guī)程。在方案指定的時間點，從隨機進行ACTl的患者子集中采集活檢組織。根據(jù) Institutional Review Board(機構審查委員會)規(guī)定來采集所有活檢組織。該機構審查委員會或倫理委員會在每一個臨床試點處核準了該方案，并且所有患者都提供了知情同意書。在第8周確定響應。對英夫利昔單抗的響應被限定為完全粘膜治愈(即O或1的 Mayo內窺鏡評分)和針對UC的O或1級的組織學評分。盡管一些患者示出組織學的改善， 但未實現(xiàn)粘膜治愈的患者均被認為是非響應者。下表1中示出了該隊列的基線特性。腸活檢標本和RNA制備在第O周進行內窺鏡檢查過程中，從距離肛外緣15厘米至20厘米處采集活檢組織。在液氮中快速冷凍活檢組織，并處理之前保存在_80°C下。使用RNeasy微型試劑盒，根據(jù)制造商說明書 toiagen Inc.，Valencia，CA)分離總 RNA。使用 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies Inc.，Palo Alto, CA)分析 RNA 的質量和數(shù)量。來自用英夫利昔單抗治療的M位UC患者的活檢組織的獨立驗證隊列從 University Hospital Gasthuisberg (Leuven Belgium)獲得。在靜脈注身寸 5mg/kg 英夫禾丨J 昔單抗之前一周內獲得活檢組織。將活檢組織在-80°C下冷凍，然后對其進行處理，以用于 mRNA表達。用如上文限定的響應，在輸注后4-6周確定對英夫利昔單抗的響應。使用與用于ACTl樣本相同的方法處理Leuven隊列樣本，以用于mRNA分離和雜交。微陣列雜交在GeneChip Human Genome U133 Plus 2. O 陣列上，根據(jù)制造商的方案 (Affymetrix, Santa Clara, CA)進行微陣列雜交。該芯片允許對不止47，000個轉錄物和變體、包括38，500個良好表征的人類基因進行表達水平分析。用GeneChip Scanner 3000 掃描該芯片，并用 GeneChip Operating Softwareversion 1. 4 (Affymetrix, Santa Clara, CA)獲得陣列的每一個特征物的熒光強度。微陣列數(shù)據(jù)分析通過使用Partek Genomic Suite 6. 3 (Partek Inc.，St. Charles，MO)分析的雜交強度分布和Pearson的相關性來評價數(shù)據(jù)質量。Pearson相關系數(shù)在0. 80至1. O的范圍內。使用 GeneSpringGX 7. 3 (Agilent Technologies, Palo Alto，CA)對所有樣本的探針組
強度進行歸一化。通過使用對log-2轉化的歸一化強度進行的方差分析(ANOVA)識別介于英夫利昔單抗非響應者與響應者樣本之間的顯著差異。5%的錯誤發(fā)現(xiàn)率(FDR)應用于多重測試修正。選擇具有不止2倍差異表達的轉錄物，以用于有待分析的比較。要排除通過了 ANOVA 和倍數(shù)變化篩選但在配對比較的兩種條件下都未檢測到的探針組，只在代表該條件的樣本當中選擇被至少一次指定為“檢出”(檢測到)或“邊緣的”(有限的檢測)樣本。分類預測分析使用GeneSpring GX 7. 3的“K近鄰”算法生成針對每一個患者樣本的英夫利昔單抗響應性的分類。通過棄一法交叉驗證評價包含轉錄物的分類器，該轉錄物在英夫利昔單抗治療之前在介于非響應者(n= 11個樣本)和響應者(η= 12個樣本)之間顯示顯著差異表達。計算P值以測定試驗樣本被隨機分類的概率。使用Fisher's Exact Test (Fisher 精確檢驗)來選擇最高預測性轉錄物。無監(jiān)督聚類分析對獲自微陣列數(shù)據(jù)分析的數(shù)據(jù)應用分層聚類分析。在GeneSpringGX . 3中使用介于兩個基因或患者的表達譜之間的Pearson相關性計算相似矩陣，從而運行聚類。結果直觀表示為二維熱量圖，其具有兩個樹狀圖(未示出)，一個指示出患者之間的相似性，另一個指示出基因之間的相似性。功能灃釋使用National Institutes of Health (美國國家衛(wèi)生研究院)DAVID在線 (http://david. abcc. ncifcrf. gov/)進行基因注釋富集分析。使用Fisher精確檢驗確定統(tǒng)計顯著性。P值< 0. 05的功能分類被認為是顯著的。區(qū)分響應者與非響應者的基線基因標記基于在第8周對英夫利昔單抗的響應，用22名患者建立英夫利昔單抗治療之前第 0周的粘膜活檢組織表達譜(11個活檢組織來自10個非響應者，12個活檢組織來自12個響應者；在兩周內從相同受試者獲得非響應者活檢組織中的兩個)。總共109個代表90個基因的探針組，其中102個探針組上調，7個探針組下調，并且通過了 5%的FDR和2倍差異表達界值。當分類為生物過程時，存在先天性免疫過程的優(yōu)勢。五個最占優(yōu)勢的先天性免疫過程是防御響應、免疫響應、信號轉導、對其他生物體的響應、以及對害蟲、病原體或寄生生物的響應(圖1)。十探針組成員是細胞因子/趨化因子或細胞因子/趨化因子受體。探針組中包括CXCL8/白介素(IL)-8，即對中性粒多形核白細胞(PMN)具有趨化性的趨化因子。 也存在用于 CXCL8/IL-8、CXCR1/IL-8RA 和 CXCR2/IL-8RB 的受體。也存在 QCCL11/I-TAC， 即激活T細胞和自然殺傷細胞的趨化因子。最后，當將非響應者與響應者比較時，IL-I β、 IL-IRN和IL-Il上調程度均不止四倍。響應者和非響應者的分類預測分析使用Fisher’ s Exact Test (Fisher精確檢驗)來選擇最高預測性探針組，該最高預測性探針組將第0周顯示差異表達的109個探針組內的非響應者與響應者區(qū)分開。對第0周的響應者和非響應者進行分類的20個探針組的子集(表幻具有95. 4% (21/22) 的總體精確度、91. 7% (11/12響應者)的靈敏度和100% (10/10非響應者)的特異性 (表2)。表中示出了參與免疫響應的基因(IL-1 β、TLR2、TREMl和LILRA1)、參與信號轉導的基因(PDFAB、PBEFl和FCN1)或參與G蛋白偶聯(lián)受體蛋白信號通道的基因(GPR109B、 C5AR1 [C5R1]和FPRL1)。這20個基因中的8個由PMN表達，該PMN大量存在于患有活動期 UC的患者的結腸粘膜中。20探針組分類器的分層聚類示出非響應者和響應者當中的清晰分離(未示出)。隨后確定了允許當量分類的最小轉錄物數(shù)目。包含選自上述20個的少至 5個探針組的分類器能夠達到90. 9% (20/22)的總體精確度、91. 7% (11/12響應者)的靈敏度和90.0% (9/10非響應者)的特異性(表2和表3)。獲得的5個基因是BCL6、CREB5、 C5AR1、FPRL1、和OSM。BCL6和CREB5均具有稍微高的預測強度，而剩余的3個基因具有相同的預測強度。值得注意的是，剩余的15個基因中的任何者都可替代C5AR1、FPRLljn 0SM， 而不會對5探針組分類器的預測質量造成任何損失(數(shù)據(jù)未示出)。當將響應者與非響應者比較時，使用5探針組分類器對整個10個非響應者和12個響應者進行的分層聚類示出顯著的分離(未示出)，在整個5探針組具有對照非常鮮明的表達譜。單個錯誤分類的響應者具有非常類似于非響應者的表達譜，CREB5除外。最后，圖2示出使用歸一化的原始強度對5基因分類器進行的點圖表示，其中當比較響應者與非響應者時，在基線處的5個基因中的每一個都可見顯著差異。分類預測驗證使用Leuven隊列作為由16個非響應者和8個響應者構成的獨立驗證測試集，驗證了 20探針組和5探針組分類器。對于上述兩種分類器，都獲得了 75% (18/24)的總體精確度、87. 5% (7/8響應者)的靈敏度和68. 8% (11/16非響應者)的特異性。使用20探針組分類器在16個非響應者和8個響應者當中進行的分層聚類顯示，4個錯誤分類的非響應者和1個錯誤分類的響應者的表達譜分別非常類似于響應者和非響應者。這些探針組都通過了 5% FDR和2倍差異表達界值。使用獨立隊列建立和驗證了兩個預測性響應標記，一個是20探針組，另一個是20探針組中的5探針子集。對于所有109 個在第0周差異表達的基因，4個非響應者被錯誤分類，但其表達模式類似于響應者(數(shù)據(jù)未示出)。這提出這些患者要么較慢表明來自英夫利昔單抗治療的臨床有益效果、要么具有影響其臨床響應但通過第0周的粘膜表達譜卻不明顯的因素。來自ACTl隊列的一個響應者被20探針組分類器和5探針組分類器錯誤分類，而獨立驗證隊列中的一個響應者被錯誤分類。響應標記的實用性?？梢匀缦滤鲈u估和使用用于本文所述的對UC進行英夫利昔單抗治療的響應標記。1)結腸鏡活檢標本得自患有活動期UC(或克隆氏病或相關疾病和病癥)的患者的損傷的位點。然后，RNA將從活檢標本分離，并經(jīng)受實時RT-PCR分析。在存在 MultiScribe Reverse Transcriptase (MultiScribe 反轉錄酶)(ABI biosystem, Foster City, California)的情況下，50 μ 1體積內的1微克總RNA被轉化為cDNA。通過在25°C 下溫育10分鐘，隨后在48°C下溫育30分鐘來進行該反應。將反應體系置于95°C下5分鐘,使 Reverse iTranscriptase (反轉錄酶)滅活。在采用 ABI 7900 系統(tǒng)(Foster City, California)進行的實時PCR中，每個反應用25納克cDNA。在存在AmpliTaq Gold DNA聚合酶(ABI biosystem,Foster City, California)的情況下，反應在50°C下溫育2分鐘，隨后在95°C下溫育10分鐘。然后，反應運行40個循環(huán)，每個循環(huán)在95°C下運行15秒、60°C 下運行1分鐘，并且使用對響應標記中的基因具有特異性的引物/探針組?？醇一?諸如GAPDH或actin)用作內校準器。使用Applied Biosystems描述的δ - δ Ct法并根據(jù)用作校準器或比較器的非響應者樣本中的值來計算基因表達中的相對改變。2)如果類似基因表達譜滿足用于某種療法的基因譜標記的參數(shù)(即上述譜圖中5 個或20個標記基因中的一者或多者表現(xiàn)出的表達水平可相對于非響應者預測響應者)，那么患者被認為是對該療法的可能治療響應者。在此情況下，將采用該療法治療該患者。3)如果該基因表達譜不滿足響應者的基因譜標記的參數(shù)(即更低的表達水平)， 那么患者被限定為可能的治療非響應者。在此情況下，可以不采用該療法治療該患者。這允許患者在被視為非響應者之后能夠更早避免接受某種療法。這可允許患者接受不同類型的療法。
與參考標準相關的比較方法應在基因芯片陣列上分析總RNA，以用于表2中列出的20基因群組的表達強度或表2中以粗體列出的5基因群組的表達強度。以下工序是對照參考標準來評價本發(fā)明的基因群組成員的示例性方法，以便比較20基因群組或5基因群組成員的值1.在治療之前，從預期UC (或相關病癥)患者的活檢標本提取總RNA，并按照上述實例1中指定的方法評估總RNA的數(shù)量和質量。2.按照如下方式將總RNA在三個單獨的、相同的基因芯片陣列(如GeneChip Human Genome U133 Plus 2. 0陣列)上一式兩次地運行a.根據(jù)制造商(如Affymetrix (Santa Clara, CA))的方案進行RNA擴增、靶合成和標記、芯片雜交、洗滌和染色。b.使用(如)GeneChip Scanner 3000 掃描 GeneChips (基因芯片)。c.用(如)GCOS 1.4 (GeneChip Operating System)(基因芯片操作系統(tǒng))分析數(shù)據(jù)，該軟件使用Affymetrix缺省分析設置和全局標度作為歸一化方法，并將每一個陣列的修整的平均靶強度隨意地設定到500。d.通過對在整個三個陣列上的一式兩次當中的每一個基因的數(shù)據(jù)進行相關性分析來確定數(shù)據(jù)質量。i.應當實現(xiàn)相關系數(shù)> 0. 9。e.用代表變異性的標準誤差來計算平均強度值。f.患者應當響應抗TNF α抗體(如英夫利昔單抗)的治療的前提如下ii.用于每一個基因探針組的平均強度值為等于或大于X(表2)；或iii.用于5(或20)基因群組的平均強度值為等于或大于X(表2)。g.患者不應當響應抗TNF α抗體(例如英夫利昔單抗)的治療的前提如下iv.用于每一個基因探針組的平均強度值為小于Y(表2)；或v.用于5(或20)基因群組的平均強度值為小于Y(表2)。雖然以上結合某些具體實施例進行了圖示和描述，但本發(fā)明并非旨在受限于所示細節(jié)。相反，本發(fā)明涉及UC相關的基因和基因產物。對于本文所公開的多核苷酸、抗體、設備、和試劑盒以及它們的用途，以及用于預測對治療的響應和控制UC相關生物標記基因的水平的方法，在權利要求等同內容的范圍內、以及在不脫離本發(fā)明的精神的前提下，可以對該細節(jié)進行各種修改。表1.研究隊列的基線特性
權利要求
1.一種用于預測采用靶向療法治療受試者中的胃腸相關疾病的適用性的方法，所述方法包括a)由從所述受試者獲得的標本制備核酸樣本；b)將所述樣本與核酸片段群組接觸，以檢測所述群組片段的水平，所述核酸片段群組由2個成員的至少一部分組成，所述2個成員來自對應于SEQ ID No. 1-20的核苷酸序列；c)對照參考標準評價所述樣本，以確定存在于所述樣本中的至少2個成員的量的改變量級；以及d)將所述改變量級與用所述靶向療法治療胃腸相關疾病的適用性相關聯(lián)。
2.根據(jù)權利要求1所述的方法，其中所述受試者為患有胃腸相關疾病的患者，并且所述靶向療法為抗TNF α抗體。
3.根據(jù)權利要求2所述的方法，其中所述抗TNFα抗體為英夫利昔單抗。
4.根據(jù)權利要求2所述的方法，其中所述胃腸相關疾病為潰瘍性結腸炎。
5.根據(jù)權利要求4所述的方法，其中所述參考標準來自未治療的潰瘍性結腸炎患者的結腸活檢組織，所述患者為所述靶向療法的響應者或所述靶向療法的非響應者。
6.根據(jù)權利要求1所述的方法，其中所述集合為核酸片段的陣列。
7.根據(jù)權利要求1所述的方法，其中所述評價步驟包括對照參考標準評價所述樣本， 以確定來自對應于SEQ ID No. 1-20的核苷酸序列的至少5個成員的量的改變量級。
8.根據(jù)權利要求1所述的方法，其中所述評價步驟包括對照參考標準評價所述樣本， 以確定來自對應于SEQ ID No. 1-20的核苷酸序列的至少10個成員的量的改變量級。
9.根據(jù)權利要求1所述的方法，其中所述評價步驟包括對照參考標準評價所述樣本， 以確定來自對應于SEQ ID No. 1-20的核苷酸序列的至少15個成員的量的改變量級。
10.根據(jù)權利要求1所述的方法，其中所述評價步驟包括對照參考標準評價所述樣本， 以確定來自對應于SEQ ID No. 1-20的核苷酸序列的所有成員的量的改變量級。
11.根據(jù)權利要求1所述的方法，其中所述評價步驟包括對照參考標準評價所述樣本， 以及確定關于所述群組的成員中的每一個的平均強度值是否等于或高于X或低于Y。
12.根據(jù)權利要求11所述的方法，其中關于所述群組的成員中的每一個的平均強度值等于或高于X表明所述受試者將為所述靶向療法的響應者，而關于所述群組的成員中的每一個的平均強度值低于Y表明所述受試者將為非響應者。
13.根據(jù)權利要求12所述的方法，還包括在所述關聯(lián)步驟后，根據(jù)關于所述群組的成員中的每一個的平均強度值等于或高于X，用所述靶向療法治療所述受試者。
14.根據(jù)權利要求12所述的方法，還包括在所述關聯(lián)步驟后，根據(jù)關于所述群組的成員中的每一個的平均強度值小于Y，避免用所述靶向療法治療所述受試者。
15.根據(jù)權利要求2所述的方法，其中所述樣本來自這樣的源，所述源選自在給予治療之前提供所述樣本的患者、安慰劑治療的患有胃腸相關疾病的患者、和來自生物庫的樣本。
16.根據(jù)權利要求1所述的方法，其中所述樣本包括結腸活檢樣本。
17.根據(jù)權利要求1所述的方法，其中所述樣本包括外周血細胞。
18.一種用于預測采用靶向療法治療受試者中的胃腸相關疾病的適用性的方法，所述方法包括e)由從所述受試者獲得的標本制備核酸樣本；f)將所述樣本與核酸片段群組接觸，以檢測所述群組片段的水平，所述核酸片段群組由至少一個成員組成，所述至少一個成員來自對應于SEQ ID No.3、5、9、10、和14的核苷酸序列；g)對照參考標準評價所述樣本，以確定存在于所述樣本中的至少一個成員的量的改變量級；以及h)將所述改變量級與用所述靶向療法治療胃腸相關疾病的適用性相關聯(lián)。
19.根據(jù)權利要求18所述的方法，其中所述受試者為患有胃腸相關疾病的患者，并且所述靶向療法為抗TNFa抗體。
20.根據(jù)權利要求19所述的方法，其中所述抗TNFα抗體為英夫利昔單抗。
21.根據(jù)權利要求19所述的方法，其中所述胃腸相關疾病為潰瘍性結腸炎。
22.根據(jù)權利要求19所述的方法，其中所述參考標準來自未治療的潰瘍性結腸炎患者的結腸活檢組織。
23.根據(jù)權利要求18所述的方法，其中集合為核酸片段的陣列。
24.根據(jù)權利要求18所述的方法，其中所述評價步驟包括對照參考標準評價所述樣本，以確定對應于SEQ ID No. 3、5、9、10、和14的核苷酸序列中的至少2個成員的量的改變量級。
25.根據(jù)權利要求18所述的方法，其中所述評價步驟包括對照參考標準評價所述樣本，以確定來自SEQ ID Νο.3、5、9、10、和14的至少3個成員的量的改變量級。
26.根據(jù)權利要求18所述的方法，其中所述評價步驟包括對照參考標準評價所述樣本，以確定對應于SEQ ID No. 3、5、9、10、和14的核苷酸序列中的至少4個成員的量的改變量級。
27.根據(jù)權利要求18所述的方法，其中所述評價步驟包括對照參考標準評價所述樣本，以確定對應于SEQ ID No. 3、5、9、10、和14的核苷酸序列中的所有成員的量的改變量級。
28.根據(jù)權利要求M所述的方法，其中所述評價步驟包括對照參考標準評價所述樣本，以及確定所述群組的成員中的每一個的平均強度值是否等于或高于X或低于Y。
29.根據(jù)權利要求25所述的方法，其中所述評價步驟包括對照參考標準評價所述樣本，以及確定所述群組的成員中的每一個的平均強度值是否等于或高于X或低于Y。
30.根據(jù)權利要求沈所述的方法，其中所述評價步驟包括對照參考標準評價所述樣本，以及確定所述群組的成員中的每一個的平均強度值是否等于或高于X或低于Y。
31.根據(jù)權利要求27所述的方法，其中所述評價步驟包括對照參考標準評價所述樣本，以及確定所述群組的成員中的每一個的平均強度值是否等于或高于X或低于Y。
32.根據(jù)權利要求觀所述的方法，還包括在所述關聯(lián)步驟后，根據(jù)關于所述群組的成員中的每一個的平均強度值等于或高于X，用所述靶向療法治療所述受試者。
33.根據(jù)權利要求觀所述的方法，還包括在所述關聯(lián)步驟后，根據(jù)關于所述群組的成員中的每一個的平均強度值小于Y，避免用所述靶向療法治療所述受試者。
34.根據(jù)權利要求18所述的方法，其中所述樣本來自這樣的源，所述源選自在給予治療之前提供所述樣本的患者、安慰劑治療的患有胃腸相關疾病的患者、和來自生物庫的樣本。
35.根據(jù)權利要求18所述的方法，其中所述樣本包括結腸活檢樣本。
36.根據(jù)權利要求18所述的方法，其中所述樣本包括外周血細胞。
37.一種基于陣列的測試方法，所述方法用于預測采用靶向療法治療患者中的胃腸相關疾病的適用性，所述方法包括a)由從所述患者獲得的標本制備核酸混合物；b)用可檢測標記物標記所述標本核酸，以形成樣本；c)將所述樣本與包含多個核酸片段的陣列接觸，其中每一個核酸片段被固定到所述陣列的基底表面上的離散和已知的地址，其中由對應于SEQ ID No. 1-20的核苷酸序列組成的胃腸相關基因群組中的至少2個成員被識別為由地址限定的所述陣列的特征物，并且其中所述陣列還包含在所述基底上的已知地址處的至少一個校正核酸；d)確定所述標本核酸結合到所述核酸片段上的程度；以及e)比較結合到參考標準上的程度，以允許能夠評估所述治療適用性。
38.根據(jù)權利要求37所述的方法，其中所述比較步驟包括對照參考標準評價所述樣本，以確定由對應于SEQ ID No. 1-20的核苷酸序列的成員中的至少2個的量的改變量級。
39.根據(jù)權利要求38所述的方法，其中所述評價步驟包括對照參考標準評價所述樣本，以及確定用于所述胃腸相關基因群組的成員中的每一個的平均強度值是否等于或高于 X或低于Y。
40.根據(jù)權利要求37所述的方法，其中所述胃腸相關疾病為潰瘍性結腸炎，并且所述胃腸相關基因群組為潰瘍性結腸炎相關基因群組。
41.根據(jù)權利要求37所述的方法，其中所述靶向療法為抗TNFα抗體。
42.根據(jù)權利要求37所述的方法，其中所述標本來自患者的結腸活檢組織，所述患者選自疑似患有潰瘍性結腸炎的患者和診斷患有潰瘍性結腸炎但沒有經(jīng)過治療的患者。
43.根據(jù)權利要求37所述的方法，其中所述標本來自這樣的源，所述源選自在給予治療之前提供所述標本的患者、用安慰劑治療的類似疾病或病癥的患者、和來自生物庫的樣本。
44.根據(jù)權利要求37所述的方法，其中所述標本包括結腸活檢樣本。
45.根據(jù)權利要求37所述的方法，其中所述標本包括外周血細胞。
46.根據(jù)權利要求37所述的方法，其中所述比較結合程度的步驟還包括嚴格測試所述潰瘍性結腸炎相關基因群組的陣列的特征物強度改變的相似性。
47.一種用于在細胞或受試者中測試胃腸相關疾病的靶向療法適用性的試劑，包括選自以下的至少一個成員含有至少15個核苷酸的寡核苷酸，所述寡核苷酸包括或互補于對應于SEQ ID No. 1-20的核苷酸序列中的一個的核苷酸序列；由對應于SEQ ID No. 1-20的核苷酸序列中的一個的至少一部分編碼的多肽；和由對應于SEQ ID No. 1-20的核苷酸序列中的一個的至少一部分編碼的多肽的配體。
48.根據(jù)權利要求47所述的試劑，其中所述胃腸相關疾病為潰瘍性結腸炎，并且所述靶向療法為抗TNF α抗體。
49.根據(jù)權利要求48所述的試劑，其中所述抗TNFα抗體為英夫利昔單抗。
50.一種用于在患者樣本中測試胃腸相關疾病的靶向療法適用性的方法，包括將所述患者樣本與權利要求47所述的試劑接觸，以及將對應于SEQ ID No. 1-20的核苷酸序列的基因或蛋白中的一個的至少一部分的水平與參考標準比較。
51.根據(jù)權利要求50所述的方法，其中所述測試通過RT-PCR完成。
52.根據(jù)權利要求50所述的方法，其中所述測試通過ELISA完成。
53.根據(jù)權利要求50所述的方法，其中所述靶向療法為抗TNFα抗體。
54.根據(jù)權利要求53所述的方法，其中所述抗體為英夫利昔單抗。
55.根據(jù)權利要求50所述的方法，還包括對照參考標準評價所述樣本，以及確定用于所述胃腸相關基因群組的成員中的每一個的平均強度值是否等于或高于X或低于Y。
56.一種用于預后或診斷性用途的試劑盒，包括含有至少15個核苷酸的寡核苷酸和表達標記物基因的細胞，所述寡核苷酸包括或互補于具有含所述標記物基因的核苷酸序列的多核苷酸或其互補鏈；其中所述標記物基因選自對應于SEQ ID No. 1-20的核苷酸序列。
57.根據(jù)權利要求56所述的試劑盒，其中所述試劑盒適于篩選治療劑用于UC的適用性。
58.一種用于篩選治療劑用于UC的適用性的試劑盒，所述試劑盒包括識別肽的抗體和表達標記物基因的細胞，所述肽包含由所述標記物基因編碼的氨基酸序列，其中所述標記物基因選自對應于SEQ IDNo. 1-20的核苷酸序列。
59.一種測試用于潰瘍性結腸炎的療法的有效性的方法，包括a)用權利要求47所述的試劑的至少2個成員接觸取自正接受潰瘍性結腸炎治療的患者的樣本；b)測定所述至少2個成員的水平；以及c)將所述至少2個成員的水平與所述療法的有效性相關聯(lián)。
60.根據(jù)權利要求59所述的方法，其中所述療法包括TNFα的拮抗劑。
61.根據(jù)權利要求60所述的方法，其中所述拮抗劑為TNFα的抗體。
62.根據(jù)權利要求61所述的方法，其中所述抗體為英夫利昔單抗。
63.一種用于用靶向療法治療患有胃腸相關疾病的受試者的方法，包括a)由從所述受試者獲得的標本制備核酸樣本；b)將所述樣本與核酸片段群組接觸，以檢測所述群組片段的水平，所述核酸片段群組由2個成員的至少一部分組成，所述2個成員來自對應于SEQ ID No. 1-20的核苷酸序列；c)對照參考標準評價所述樣本，以確定存在于所述樣本中的至少2個成員的量的改變量級；d)將所述改變量級與用所述靶向療法治療胃腸相關疾病的適用性相關聯(lián)；以及e)用所述靶向療法治療所述受試者。
64.本文所述的任何發(fā)明。
全文摘要
本發(fā)明公開了用于評估在受試者中的諸如潰瘍性結腸炎之類的胃腸相關疾病的靶向療法的適用性的方法，所述方法評價在樣本中的20成員或5成員基因群組中的一個或多個基因表達的存在、不存在、和/或量級。所述方法允許在患者開始接受這樣的療法之前能夠識別靶向療法的有效性。
文檔編號G01N33/48GK102165315SQ200980134148
公開日2011年8月24日 申請日期2009年8月28日 優(yōu)先權日2008年8月29日
發(fā)明者F·巴里鮑德, X·李 申請人:森托科爾奧索生物科技公司