對蛋白酶體抑制劑的反應(yīng)的生物標(biāo)記的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明揭示與對蛋白酶體抑制劑治療的敏感性相關(guān)的標(biāo)記。在腫瘤細(xì)胞中的RAS基因是野生型時觀察到敏感性。本文提供組合物和方法評價標(biāo)記基因的標(biāo)記以預(yù)測蛋白酶體抑制治療的結(jié)果。
【專利說明】對蛋白酶體抑制劑的反應(yīng)的生物標(biāo)記
[0001] 相關(guān)申請案
[0002] 本申請案主張對在2011年11月11日提出申請的美國臨時申請案第61/558, 470 號的優(yōu)先權(quán)。所述申請案的全部內(nèi)容是以引用方式并入本文中。
[0003] 序列表
[0004] 本申請案含有與本文一起以電子可讀格式提交的序列表。電子序列表文件是在 2012 年 11 月 8 日創(chuàng)建，名為"sequencelisting· txt"且大小為 16. 7kb (17, 105 字節(jié)）。電 子sequence listing, txt文檔中的序列表的全部內(nèi)容是通過這種引用并入本文中。

【背景技術(shù)】
[0005] 在細(xì)胞的基因型或表型以出現(xiàn)不受正常組織環(huán)境限制的不受控生長的方式改變 時，所述細(xì)胞變?yōu)榘┘?xì)胞。一或多種基因突變、擴(kuò)增、缺失、過表達(dá)或過低表達(dá)。染色體部分 可丟失或從一個位置移動到另一個位置。一些癌癥具有借之改變基因型或表型的特征模 式。
[0006] 多種基因具有與癌癥相關(guān)的突變。一些基因具有多個可發(fā)生突變的位點。多種癌 癥在一個以上基因中具有突變和/或具有一或多個基因的錯義表達(dá)?；蛲蛔兛纱龠M(jìn)腫瘤 進(jìn)展、腫瘤生長速率或腫瘤是否將轉(zhuǎn)移。一些突變可影響腫瘤細(xì)胞是否將對療法有反應(yīng)。
[0007] 多種藥劑可治療癌癥。血液和骨髓癌癥通常是用類固醇/糖皮質(zhì)激素、酰亞胺、蛋 白酶體抑制劑和烷化劑來治療。其它組織的癌癥通常是用烷化劑、拓?fù)洚悩?gòu)酶抑制劑、激酶 抑制劑、微管抑制劑、血管發(fā)生抑制劑或其它藥劑來治療。一些患者對一種療法的反應(yīng)優(yōu)于 另一療法，表明患者可能遵循多種治療途徑來實現(xiàn)有效治療。遵循最終證實對患者無效的 療法可能會使所述患者喪失在治療計劃早期的寶貴時間。許多患者無法承受治療方案中的 試錯選擇的時間。合宜且準(zhǔn)確的治療決策可有效管理疾病。


【發(fā)明內(nèi)容】

[0008] 本發(fā)明涉及通過測量本文所提供標(biāo)記的至少一個特征對血液腫瘤的治療進(jìn)行預(yù) 后和計劃。標(biāo)記是在治療前腫瘤樣品中通過將其特征（例如大小、序列、組成或數(shù)量）與經(jīng) 歷蛋白酶體抑制療法的患者的后續(xù)治療的結(jié)果相關(guān)聯(lián)來鑒別。標(biāo)記預(yù)測在用蛋白酶體抑制 齊? (例如肽基硼酸或肽基環(huán)氧酮）治療后是否將得到有利結(jié)果（例如，良好反應(yīng)和/或長 進(jìn)展時間）。包含腫瘤細(xì)胞以確定遺傳標(biāo)記的存在、數(shù)量或變化的測試樣品鑒別預(yù)期對用 (例如）蛋白酶體抑制劑（例如肽基硼酸）治療會具有有利結(jié)果且其疾病可通過標(biāo)準(zhǔn)治療 或較不積極的治療來管理的具體患者，以及那些預(yù)期對所述治療具有不利結(jié)果且可能需要 蛋白酶體抑制劑的替代性治療、使用所述蛋白酶體抑制劑的治療組合和/或更積極治療以 確保有利結(jié)果和/或順利管理疾病的患者。
[0009] 在一個方面中，本發(fā)明提供可用于確定標(biāo)記特征（例如數(shù)量、存在或變化）的試劑 盒。在另一個方面中，本發(fā)明提供用于確定預(yù)后和治療或疾病管理策略的方法。在這些方 面中，測量包含腫瘤細(xì)胞的樣品中標(biāo)記的特征（例如大小、序列、組成、活性或數(shù)量）。在一 個實施例中，腫瘤為液體瘤，例如血液腫瘤，例如骨髓瘤（例如多發(fā)性骨髓瘤）、淋巴瘤（例 如外套細(xì)胞淋巴瘤或濾泡淋巴瘤）或白血?。ɡ缂毙运铇影籽』蚣毙粤馨蜆影籽。?。 [0010] 在各個實施例中，測量本文中闡述的特征，例如對應(yīng)于具有一或多個突變（例如 體細(xì)胞突變）的標(biāo)記基因的標(biāo)記DNA的大小、序列、組成、活性或數(shù)量；標(biāo)記RNA的大小、序 列、組成或數(shù)量和/或標(biāo)記蛋白質(zhì)的大小、序列、組成或數(shù)量。形成預(yù)后或治療或疾病管理 策略的有用信息是在分析揭露關(guān)于標(biāo)記基因的信息（例如基因是否突變，突變的身份和/ 或突變基因的RNA或蛋白質(zhì)數(shù)量是否指示過表達(dá)或過低表達(dá)）時獲得。在一個實施例中， 確定用于蛋白酶體抑制劑（例如肽基硼酸，例如硼替佐米（bortezomib，VELCADE? )或 朽1檬酸伊克昔佐米（ixazomib citrate, MLN9708))療法的策略。
[0011] 可用于測試以供確定血液腫瘤預(yù)后或治療或疾病管理策略的標(biāo)記基因是神經(jīng)母 細(xì)胞瘤RAS病毒（v-ras)癌基因同系物（NRAS)。標(biāo)記基因包括突變或改變，所述突變或改 變在標(biāo)記DNA中的存在或其對（例如）標(biāo)記RNA和/或蛋白質(zhì)特征（例如，數(shù)量、大小、序 列、活性或組成）的效應(yīng)可提供用于確定預(yù)后或治療或疾病管理的信息。在一些實施例中， 可用作標(biāo)記基因的基因或其突變體或修飾形式與（例如）包含腫瘤細(xì)胞的樣品中不同于正 常DNA、RNA和/或蛋白質(zhì)的一或多個標(biāo)記（例如DNA、RNA和/或蛋白質(zhì)）的特征（例如 大小、序列、組成、活性或數(shù)量）相關(guān)。本文中闡述此基因（稱作"標(biāo)記基因"）的修飾的實 例，其突變可提供所述信息。
[0012] 本發(fā)明標(biāo)記基因的突變提供關(guān)于在用（例如）蛋白酶體抑制劑（例如肽基硼酸或 肽基環(huán)氧酮）治療后的結(jié)果的信息。通過檢查腫瘤中一或多個經(jīng)鑒別標(biāo)記的特征（例如，大 小、序列、組成、活性或數(shù)量），可能確定預(yù)期哪一種治療劑、藥劑組合、投藥和/或投與方案 可在治療后提供有利結(jié)果。通過檢查癌癥中一或多種經(jīng)鑒別標(biāo)記或標(biāo)記組的特征（例如， 大小、序列、組成、活性或數(shù)量），也可能確定預(yù)期哪一種治療劑、藥劑組合、投藥和/或投與 方案不太可能在治療后提供有利結(jié)果。通過檢查一或多種經(jīng)鑒別標(biāo)記的特征（例如，大小、 序列、組成、活性或數(shù)量），由此可能消除無效或不適當(dāng)?shù)闹委焺┗蚍桨浮Ｖ匾氖?，可基?不同患者作出這些確定。因此，可確定具體治療方案是否可能有益于具體患者或具體患者 類型和/或是否應(yīng)開始或避免、繼續(xù)、中斷或改變具體方案。
[0013] 本發(fā)明涉及鑒別和/或選擇預(yù)期在投與治療方案（例如包含蛋白酶體抑制劑（例 如肽基硼酸或肽基環(huán)氧酮）治療的治療方案）后顯示有利結(jié)果的癌癥患者的方法。另外提 供鑒別預(yù)期在投與所述治療方案后具有不利結(jié)果的患者的方法。這些方法通常包括測量、 確定、接收、儲存或傳送關(guān)于患者腫瘤中（例如，患者癌細(xì)胞、例如血液癌細(xì)胞中）一或多個 標(biāo)記的特征（例如，大小、序列、組成、活性或數(shù)量）或標(biāo)記基因的突變的信息，任選地將其 與參考標(biāo)記的特征（例如，大小、序列、組成、活性或數(shù)量）作比較；且在另一實施例中，包括 鑒別或建議來自樣品的結(jié)果是否對應(yīng)于治療方案（例如蛋白酶體抑制劑（例如肽基硼酸或 肽基環(huán)氧酮）治療方案）的有利結(jié)果。
[0014] 另外提供的方法包括治療方法，其進(jìn)一步包括相應(yīng)地開始（beginning)、繼續(xù)或 開始（co_encing)療法的步驟，其中標(biāo)記基因中突變的存在或患者標(biāo)記的特征（例如，大 小、序列、組成、活性或數(shù)量）指示預(yù)期患者對療法（例如蛋白酶體抑制劑（例如肽基硼酸 或肽基環(huán)氧酮）治療方案）顯示有利結(jié)果。另外，所述方法包括治療方法，其進(jìn)一步包括 相應(yīng)地停止、中斷、改變或中止療法的步驟，其中標(biāo)記基因中突變的存在或患者標(biāo)記的特征 (例如，大小、序列、組成、活性或數(shù)量）指示預(yù)期患者與（例如）接受相同治療方案的鑒別 為具有有利結(jié)果的患者相比，對治療（例如使用蛋白酶體抑制劑（例如肽基硼酸或肽基環(huán) 氧酮））方案顯示不利結(jié)果。在另一個方面中，提供用于分析尚未經(jīng)療法（例如蛋白酶體抑 制劑（例如肽基硼酸或肽基環(huán)氧酮））治療的患者和基于本文所述標(biāo)記基因中突變的存在 或一或多種患者標(biāo)記的特征（例如，大小、序列、組成、活性或數(shù)量）鑒別并預(yù)測治療結(jié)果的 方法。所述方法可包括未經(jīng)療法（例如蛋白酶體抑制劑（例如肽基硼酸或肽基環(huán)氧酮）療 法）治療，經(jīng)療法（例如蛋白酶體抑制劑）治療，或經(jīng)肽基硼酸或肽基環(huán)氧酮療法與一或多 種其它療法的組合治療，經(jīng)蛋白酶體抑制劑（例如肽基硼酸或肽基環(huán)氧酮）療法的替代性 療法治療，或經(jīng)療法（例如蛋白酶體抑制劑（例如肽基硼酸或肽基環(huán)氧酮抑制劑））的更積 極的投藥和/或投與方案（例如與鑒別為對標(biāo)準(zhǔn)蛋白酶體抑制劑（例如肽基硼酸或肽基環(huán) 氧酮）療法具有有利結(jié)果的患者的投藥和/或投與方案相比）治療。因此，本發(fā)明提供的 方法可消除療法（例如蛋白酶體抑制劑（例如肽基硼酸或肽基環(huán)氧酮）治療方案）的無效 或不適當(dāng)?shù)氖褂谩?br> [0015] 其它方法包括用于確定藥劑的活性、藥劑的效能或鑒別新治療劑或組合的方法。 所述方法包括基于藥劑影響標(biāo)記基因中突變的存在或本發(fā)明標(biāo)記的特征（例如，大小、序 列、組成、活性或數(shù)量）的能力鑒別可用作（例如）蛋白酶體抑制劑（例如肽基硼酸）用于 治療癌癥、例如血液癌癥（例如，多發(fā)性骨髓瘤、淋巴瘤（例如外套細(xì)胞淋巴瘤或濾泡淋巴 瘤）或白血病（例如急性髓樣白血病或急性淋巴樣白血?。┑乃巹┑姆椒?。在一些實施 例中，以指示癌癥患者的有利結(jié)果的方式減少或增加所提供標(biāo)記基因中突變的存在或標(biāo)記 的特征（例如，大小、序列、組成、活性或數(shù)量，即，在細(xì)胞群中，所述抑制劑分別選擇抵抗包 含突變特征的細(xì)胞或選擇支持包含突變或特征的細(xì)胞）的抑制劑會是癌癥的候選藥劑。在 另一實施例中，能降低包含指示不利結(jié)果的標(biāo)記的腫瘤細(xì)胞的活力的藥劑會是癌癥的候選 藥劑。
[0016] 本發(fā)明還涉及用治療方案（例如單獨的或與另一藥劑組合的蛋白酶體抑制劑（例 如肽基硼酸或肽基環(huán)氧酮）治療方案，所述另一藥劑是例如化學(xué)治療劑，例如糖皮質(zhì)激素 齊[J、微管抑制劑、烷化劑、激酶抑制劑或拓?fù)洚悩?gòu)酶抑制劑）治療癌癥患者的方法，所述方 法包括以下步驟：選擇其標(biāo)記特征（例如，大小、序列、組成、活性或數(shù)量）指示預(yù)期患者 對所述治療方案具有有利結(jié)果的所述患者用于治療，和用所述療法（例如蛋白酶體抑制劑 (例如肽基硼酸）療法）治療所述患者。在一些實施例中，所述方法可包括以下步驟：選擇 其標(biāo)記特征（例如，大小、序列、組成、活性或數(shù)量）指示預(yù)期患者具有有利結(jié)果的患者，和 投與除了蛋白酶體抑制劑療法以外的顯示與所述蛋白酶體抑制劑（例如肽基硼酸）療法類 似的預(yù)期無進(jìn)展存活時間的療法。
[0017] 治療癌癥患者的其它方法包括選擇在用癌癥療法（例如，蛋白酶體抑制劑（例如 肽基硼酸或肽基環(huán)氧酮）療法）治療后不可能經(jīng)歷有利結(jié)果的患者。所述方法可進(jìn)一步包 括以下步驟中的一或多者：與鑒別為對標(biāo)準(zhǔn)療法具有有利結(jié)果的患者的劑量或投藥時間表 相比，投與較高劑量或增加投藥時間表的療法（例如蛋白酶體抑制劑（例如肽基硼酸或肽 基環(huán)氧酮））；投與除了蛋白酶體抑制劑（例如肽基硼酸或肽基環(huán)氧酮）療法以外的癌癥療 法；投與蛋白酶體抑制劑（例如肽基硼酸或肽基環(huán)氧酮藥劑）與另一藥劑的組合。另外提 供選擇患有侵襲性疾病的患者，預(yù)期其顯示更快進(jìn)展時間。
[0018] 其它方法包括通過考察用于指示癌癥療法（例如蛋白酶體抑制劑（例如肽基硼 酸）治療方案）的結(jié)果的患者標(biāo)記數(shù)量和對是否應(yīng)進(jìn)行支付作出決定或建議來評估是否要 治療癌癥、例如血液癌癥（例如，骨髓瘤（多發(fā)性骨髓瘤）、淋巴瘤（例如外套細(xì)胞淋巴瘤或 濾泡淋巴瘤）或白血?。ɡ缂毙运铇影籽』蚣毙粤馨蜆影籽。┗蛑Ц镀渲委煹姆?法。
[0019] 本文所提到的所有出版物、專利申請案、專利和其它參考文獻(xiàn)的全部內(nèi)容都是以 引用方式并入。
[0020] 將從下文詳細(xì)說明、圖式和權(quán)利要求書中了解本發(fā)明的其它特征和優(yōu)點。

【專利附圖】

【附圖說明】
[0021] 圖1.多發(fā)性骨髓瘤患者在用硼替佐米治療后的疾病進(jìn)展時間對RAS突變狀態(tài) 的依賴性的卡普蘭-邁耶（Kaplan-Meier)曲線。NRAS突變與進(jìn)展時間的關(guān)聯(lián)的p值為 3· 5ΧΚΓ4。

【具體實施方式】
[0022] 療法在癌癥患者中的一個持續(xù)不斷的問題是對療法的反應(yīng)的個體差異。盡管成功 癌癥療法的研發(fā)不斷向前進(jìn)展，但只有一亞組的患者對任何具體療法都有反應(yīng)。由于多種 可用癌癥療法的治療指數(shù)和毒性潛能狹窄，所述差異性反應(yīng)可能會使患者經(jīng)歷不必要的、 無效的且甚至可能有害的治療方案。如果所設(shè)計療法可經(jīng)優(yōu)化以治療個別患者，那么可減 少或甚至消除所述狀況。此外，定向設(shè)計的療法可提供更集中的總體上成功的患者療法。因 此，業(yè)內(nèi)需要鑒別預(yù)期在投與具體癌癥療法時會具有有利結(jié)果的具體癌癥患者，以及使用 更積極的和/或替代性癌癥療法（例如先前投與患者的癌癥療法的替代性療法）可具有有 利結(jié)果的具體癌癥患者。因此，提供對可受益于具體癌癥抑制療法的癌癥患者（包括（例 如）血液癌癥患者，例如，骨髓瘤（多發(fā)性骨髓瘤）、淋巴瘤（例如外套細(xì)胞淋巴瘤或濾泡 淋巴瘤）或白血?。ɡ缂毙运铇影籽』蚣毙粤馨蜆影籽。┮约翱墒芤嬗诟e極的 和/或替代性癌癥抑制療法（例如患者已接受的癌癥療法的替代性療法）的癌癥患者的診 斷、分期、預(yù)后和監(jiān)測會是有益的，由此獲得適當(dāng)預(yù)防性措施。
[0023] 本發(fā)明部分基于以下認(rèn)識：標(biāo)記基因的突變可能與包含突變基因的細(xì)胞對蛋白酶 體抑制劑（例如肽基硼酸）的敏感性相關(guān)。在一些實施例中，大鼠肉瘤（RAS)信號傳導(dǎo)路徑 中涉及標(biāo)記基因，例如其突變使得能活化所述路徑的基因。RAS是致癌GTP酶，其結(jié)合GTP 的活性狀態(tài)活化腫瘤發(fā)生中涉及的路徑（例如，促細(xì)胞分裂原活化蛋白（MAP)激酶級聯(lián)）。 蛋白質(zhì)（包括腫瘤抑制因子）促進(jìn)RAS結(jié)合的GTP水解為GDP以使RAS失活，并由此限制從 RAS癌基因信號傳導(dǎo)。此檢查點中涉及的基因中（在RAS上游的癌基因（例如，p210BCR-ABL 或erbB)中，在RAS癌基因（例如，HRAS、KRAS或NRAS)中，在RAS相關(guān)腫瘤抑制因子（神 經(jīng)纖維瘤1(NF1))中，和/或在GTP酶活化蛋白（例如，RASGAP)中）的突變可使得能活化 RAS信號傳導(dǎo)路徑。對蛋白酶體抑制劑的敏感性的標(biāo)記基因編碼的蛋白質(zhì)可為RAS蛋白質(zhì)。 NRAS是標(biāo)記基因的實例。在RAS蛋白質(zhì)（例如NRAS、HRAS和KRAS)的結(jié)合GTP的狀態(tài)中， 發(fā)生RAS信號傳導(dǎo)，且在結(jié)合GDP的狀態(tài)中，取消信號傳導(dǎo)。突變RAS蛋白質(zhì)可延長其處于 結(jié)合GTP的狀態(tài)的時間，且所得信號傳導(dǎo)路徑活化可導(dǎo)致具有突變基因的細(xì)胞增殖。標(biāo)記 基因可展現(xiàn)一或多個突變（例如體細(xì)胞突變），其存在可影響所編碼基因產(chǎn)物的表達(dá)或活 性。在一些實施例中，可在腫瘤細(xì)胞或腫瘤的標(biāo)記基因中存在一個以上突變。在其它實施 例中，可在一或多個其它基因中具有突變（包括可導(dǎo)致腫瘤發(fā)生的突變）的細(xì)胞中存在標(biāo) 記基因突變，但其它突變基因可并非本文所認(rèn)為的標(biāo)記基因。在一些實施例中，突變是活化 性突變。在其它實施例中，突變影響標(biāo)記基因的表達(dá)。在其它實施例中，突變可改變所編碼 基因產(chǎn)物與細(xì)胞結(jié)合配偶體的相互作用。
[0024] 在一個方面中，本發(fā)明提供用于確定是否用蛋白酶體抑制劑治療血液腫瘤患者的 方法，其包含：a)測量包含腫瘤細(xì)胞的患者樣品中與至少一個標(biāo)記基因相關(guān)的至少一個標(biāo) 記的至少一個特征，其中一個標(biāo)記基因是神經(jīng)母細(xì)胞瘤RAS病毒（v-ras)癌基因同系物 (NRAS) ;b)鑒別步驟a)中測量的所述至少一個特征是否提供關(guān)于用所述蛋白酶體抑制劑 治療的結(jié)果的信息；和c)如果信息性特征指示所述腫瘤細(xì)胞包含野生型NRAS，那么確定要 用所述蛋白酶體抑制劑治療所述患者。在一些實施例中，所述方法包含鑒別血液腫瘤是否 是t(4;14)易位亞型。在一些實施例中，確定是否用蛋白酶體抑制劑治療的方法是在活體 外執(zhí)行。
[0025] 在一個方面中，本發(fā)明提供用于確定是否要繼續(xù)患者中血液腫瘤的蛋白酶體抑制 劑治療的方法，其包含：a)用蛋白酶體抑制劑治療血液腫瘤患者；b)從所述患者獲得包含 腫瘤細(xì)胞的樣品；c)測量所述樣品中與至少一個標(biāo)記基因相關(guān)的至少一個標(biāo)記的至少一 個特征，其中至少一個標(biāo)記基因是NRAS;d)比較c)中所述測量的結(jié)果與參考；和e)如果 所述比較指示所述腫瘤細(xì)胞包含野生型NRAS，那么確定繼續(xù)用所述蛋白酶體抑制劑治療。 在一些實施例中，確定是否要繼續(xù)用蛋白酶體抑制劑治療的方法是在活體外執(zhí)行。在一些 實施例中，所述方法另外包含確定血液腫瘤亞型。在一些實施例中，血液腫瘤亞型是t (4 ; 14)。
[0026] 在一個方面中，本發(fā)明提供試劑盒，其包含用于添加到包含腫瘤細(xì)胞的樣品中的 穩(wěn)定劑和用于測量樣品中至少一個標(biāo)記的至少一個特征的試劑，其中所述測量的結(jié)果指示 在至少一個標(biāo)記基因中是否存在突變，其中所述至少一個標(biāo)記基因是NRAS。在一些實施例 中，所述試劑盒進(jìn)一步提供鑒別腫瘤亞型的試劑。在一些實施例中，腫瘤亞型試劑鑒別是否 存在t (4 ; 14)易位。
[0027] 在一個方面中，本發(fā)明提供試劑盒，其包含至少兩種用于測量樣品中至少兩個標(biāo) 記的至少一個特征的試劑，其中所述測量的結(jié)果指示在至少一個標(biāo)記基因中是否存在突 變，其中至少一個標(biāo)記基因是NRAS且其中所述樣品包含血液腫瘤細(xì)胞。在一些實施例中， 至少兩種試劑包含至少一種鑒別NRAS標(biāo)記基因的突變狀態(tài)的試劑和至少一種鑒別腫瘤是 否為t(4;14)亞型的試劑。
[0028] 在一個方面中，本發(fā)明提供用于預(yù)測血液腫瘤細(xì)胞對蛋白酶體抑制劑的敏感性的 方法，其包含：a)評價所述血液腫瘤細(xì)胞是否表達(dá)突變NRAS ;和b)預(yù)測所述細(xì)胞對蛋白酶 體抑制劑的敏感性，其中突變NRAS的表達(dá)預(yù)測對所述蛋白酶體抑制劑的敏感性不良。
[0029] 在一個方面中，本發(fā)明提供治療患有包含野生型NRAS的血液腫瘤的患者的方法， 其包含向所述患者投與治療有效量的蛋白酶體抑制劑的步驟。在某一實施例中，患者患有 t (4 ; 14)亞型的血液腫瘤。
[0030] 在另一個方面中，本發(fā)明提供蛋白酶體抑制劑的用途，其用于制造用于治療血液 腫瘤的醫(yī)藥，其中所述血液腫瘤具有野生型NRAS。在一些實施例中，血液腫瘤具有t (4 ; 14) 亞型。
[0031] 在另一個方面中，本發(fā)明提供蛋白酶體抑制劑的用途，其用于治療其血液腫瘤具 有野生型NRAS的患者的血液腫瘤。在一個實施例中，血液腫瘤具有t(4;14)亞型。
[0032] 在一個方面中，本發(fā)明提供用于鑒別適用于治療血液癌癥患者的蛋白酶體抑制劑 的方法，其包含：a)使在至少一個標(biāo)記基因中包含至少一個突變的血液腫瘤細(xì)胞與測試蛋 白酶體抑制劑接觸，其中至少一個標(biāo)記基因是NRAS ;b)評價所述測試蛋白酶體抑制劑對所 述細(xì)胞的活力的效應(yīng)；和c)如果所述測試蛋白酶體抑制劑降低所述血液腫瘤細(xì)胞的活力， 那么確定其適用于治療血液癌癥患者。在一些實施例中，血液腫瘤細(xì)胞不具有t(4;14)亞 型。
[0033] 在一個方面中，本發(fā)明提供支付使用蛋白酶體抑制劑的癌癥治療的方法，其包含： a)記錄在來自患者的包含血液腫瘤細(xì)胞的樣品中NRAS是否突變，和b)如果NRAS是野生 型，那么授權(quán)支付所述蛋白酶體抑制劑治療。在一些實施例中，血液腫瘤細(xì)胞包含t(4 ;14) 亞型。
[0034] 在一個方面中，本發(fā)明提供鑒別將對蛋白酶體抑制劑治療無反應(yīng)的血液癌癥患 者，其包含確定在來自所述患者的包含腫瘤細(xì)胞的樣品中存在或不存在至少一種NRAS突 變，其中存在至少一種NRAS突變指示所述血液癌癥患者將對所述蛋白酶體抑制劑無反應(yīng)。 在一些實施例中，腫瘤細(xì)胞不是t(4;14)易位亞型。
[0035] 在一個方面中，本發(fā)明提供鑒別將受益于蛋白酶體抑制劑治療的血液癌癥患者的 方法，其包含確定在來自所述患者的包含腫瘤細(xì)胞的樣品中存在或不存在至少一種NRAS 突變，其中存在野生型NRAS突變指示所述血液癌癥患者將對所述蛋白酶體抑制劑有反應(yīng)。
[0036] 可使用標(biāo)記基因中的突變的鑒別和/或測量來確定是否可預(yù)期使用（例如）蛋白 酶體抑制劑（例如肽基硼酸或肽基環(huán)氧酮）療法的腫瘤治療的有利結(jié)果，或（例如）蛋白酶 體抑制劑（例如肽基硼酸或肽基環(huán)氧酮抑制劑）的替代性療法和/或使用所述蛋白酶體抑 制劑的更積極的療法是否可增強反應(yīng)。舉例來說，可使用本文提供的組合物和方法來確定 是否預(yù)期患者對蛋白酶體抑制劑（例如肽基硼酸或肽基環(huán)氧酮）治療劑投藥或投與方案具 有有利結(jié)果?；谒鲨b別，本發(fā)明提供（但不限于）：1)用于確定蛋白酶體抑制劑（例如 肽基硼酸或肽基環(huán)氧酮）治療方案是否將有效實現(xiàn)有利結(jié)果和/或管理癌癥的方法和組合 物；2)用于監(jiān)測蛋白酶體抑制劑（例如肽基硼酸或肽基環(huán)氧酮）療法（單獨的或呈藥劑組 合）以及投藥和投與用于治療腫瘤的有效性的方法和組合物；3)用于治療腫瘤的包含（例 如）蛋白酶體抑制劑（例如肽基硼酸或肽基環(huán)氧酮抑制）治療方案的方法和組合物；4)用 于鑒別有效治療特定患者的腫瘤的特定治療劑和治療劑組合以及投藥和投與方案的方法 和組合物；和5)用于鑒別疾病管理策略的方法和組合物。
[0037] 蛋白酶體抑制代表癌癥治療的重要策略。蛋白酶體是存于所有細(xì)胞中的多酶復(fù) 合物，其在細(xì)胞周期調(diào)節(jié)中所涉及的蛋白質(zhì)降解中發(fā)揮作用。舉例來說，金（King)等人 (科學(xué)（Science) 274:1652-1659(1996))證實，泛素-蛋白酶體路徑在調(diào)節(jié)細(xì)胞周期、腫 瘤生長和轉(zhuǎn)移中具有必要作用。多種關(guān)鍵調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)（包括P53、細(xì)胞周期蛋白和細(xì)胞周 期蛋白依賴性激酶P21和p27 KIP1)在細(xì)胞周期期間通過泛素-蛋白酶體路徑暫時降解。細(xì) 胞經(jīng)細(xì)胞周期進(jìn)展和進(jìn)行有絲分裂需要這些蛋白質(zhì)的有序降解。此外，轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)需要泛 素-蛋白酶體路徑。保羅貝拉（Palombella)等人（國際專利申請公開案第WO 95/25533 號）教示，轉(zhuǎn)錄因子NF-kB的活化受蛋白酶體介導(dǎo)的抑制劑蛋白ΙκΒ的降解的調(diào)節(jié)。 繼而，NF-kB在免疫和炎癥反應(yīng)中所涉及基因的調(diào)節(jié)中具有中心作用。舉例來說，里德 (Read)等人（免疫（Immunity)2 :493-506(1995))證實，細(xì)胞粘附分子（例如E-選擇蛋 白、ICAM-1和VCAM-1)的表達(dá)需要泛素-蛋白酶體路徑。其它發(fā)現(xiàn)進(jìn)一步支持蛋白酶體 抑制在癌癥療法中的作用，如澤特（Zetter)(癌生物學(xué)研究文輯（Seminars in Cancer Bi〇l〇gy)4:219-229(1993))發(fā)現(xiàn)，細(xì)胞粘附分子在活體內(nèi)通過引導(dǎo)腫瘤細(xì)胞粘附并外滲到 脈管系統(tǒng)和從所述脈管系統(tǒng)粘附并外滲到體內(nèi)遠(yuǎn)端組織位點來參與腫瘤轉(zhuǎn)移和血管發(fā)生。 此外，貝格（Beg)和巴爾的摩（Baltimore)(科學(xué)274:782(1996))發(fā)現(xiàn)，NF-κΒ是抗細(xì)胞凋 亡因子，且抑制NF- κ B活化使細(xì)胞對環(huán)境脅迫和細(xì)胞毒性劑更敏感。硼替佐米(Vdeade?) 是業(yè)內(nèi)首見的（first-in-class)肽基硼酸蛋白酶體抑制劑。
[0038] 如本文所用術(shù)語"蛋白酶體"是指亞細(xì)胞復(fù)合物，其通過降解細(xì)胞不再需要的蛋白 質(zhì)或缺陷蛋白質(zhì)來參與蛋白質(zhì)內(nèi)穩(wěn)態(tài)，且其通過用泛素或泛素類蛋白質(zhì)加標(biāo)簽來確定降解 靶。蛋白酶體包含具有介導(dǎo)蛋白質(zhì)降解的蛋白酶的核心復(fù)合物。
[0039] 如本文所用術(shù)語"蛋白酶體抑制劑"是指在活體外或活體內(nèi)直接抑制20S或26S 蛋白酶體的酶活性的任何物質(zhì)。蛋白酶體抑制劑、其藥理學(xué)性質(zhì)和在治療疾?。ò[ 瘤性疾病和炎癥性疾?。┲械挠猛揪C述于魯格里（Ruggeri)等人（2009)藥理學(xué)進(jìn)展 (Adv. Pharmacol. )57:91-135中。在一些實施例中，蛋白酶體抑制劑是肽基硼酸。適用于 本發(fā)明方法中的肽基硼酸蛋白酶體抑制劑的實例揭示于以下文獻(xiàn)中：阿當(dāng)斯（Adams)等 人，美國專利第 5, 780, 454 (1998)號、第 6, 066, 730 (2000)號、第 6, 083, 903 (2000)號、第 6, 297, 217 (2001)號、第 6, 465, 433 (2002)號、第 6, 548, 668 (2003)號、第 6, 617, 317 (2003) 號和第6, 747, 150(2004)號，所述每一文獻(xiàn)是全文以引用方式并入本文中，包括其中所 揭示的所有化合物和化學(xué)式。在一些實施例中，肽基硼酸蛋白酶體抑制劑選自由以下組 成的群組：N(4嗎啉）羰基-β -(1-萘基）-L-丙氨酸-L-亮氨酸硼酸；N(8喹啉）磺酰 基-β -(1-萘基）-L_丙氨酸-L-丙氨酸-L-亮氨酸硼酸；N(吡嗪）羰基-L-苯基丙氨 酸-L-亮氨酸硼酸和N (4嗎啉）-羰基-[0- (2-吡啶基甲基）]-L-酪氨酸-L-亮氨酸硼酸。 在一個實施例中，蛋白酶體抑制劑是N(吡嗪）羰基-L-苯基丙氨酸-L-亮氨酸硼酸（硼替 佐米；VELCADE?;曾稱為MLN341或PS-341)。在另一實施例中，蛋白酶體抑制劑揭示于 美國專利第7, 442, 830號中，例如[(1R)-1 ({[(2, 4-二氯苯甲?；┌被鵠乙酰基}-氨 基）-3_甲基丁基]硼酸（MLN2238)或其硼酸酯，例如其檸檬酸酯，例如如PCT公開案第 W02009154737號中所揭示（檸檬酸伊克昔佐米，MLN9708)。檸檬酸伊克昔佐米在多種血液 和實體腫瘤異種移植模型中具有抗腫瘤活性（庫珀曼（Kupperman)等人（2010)癌癥研究 (Cancer Res. )70:1970-1980)。在另一實施例中，肽硼酸揭示于美國專利第7, 915, 236號 中，例如[(1R) -1-[ [ (2S，3R) -3-羥基-2-[ (6-苯基-吡啶-2-羰基）氨基]-1-氧代-丁 基]氨基]-3-甲基丁基]硼酸（德蘭佐米（delanzomib))。每一上述專利公開案的全部內(nèi) 容是以引用方式并入本文中。
[0040] 肽基硼酸蛋白酶體抑制劑的其它實例揭示于弗萊明（Fleming)和李（Li)，國際專 利公開案W0 2010/036357和W0 2011/123502中，兩個專利都是全文以引用方式并入本文 中，包括其中所揭示的所有化合物和化學(xué)式。
[0041] 在一些實施例中，蛋白酶體抑制劑的特征在于式（I)化合物：
[0042]

【權(quán)利要求】
1. 一種用于確定是否用蛋白酶體抑制劑治療血液腫瘤患者的方法，其包含： a) 測量包含腫瘤細(xì)胞的患者樣品中與至少一個標(biāo)記基因相關(guān)的至少一個標(biāo)記的至少 一個特征，其中一個標(biāo)記基因是神經(jīng)母細(xì)胞瘤RAS病毒v-ras癌基因同系物NRAS ; b) 鑒別步驟a)中測量的所述至少一個特征是否提供關(guān)于用所述蛋白酶體抑制劑治療 的結(jié)果的信息；和 c) 如果所述信息性特征指示所述腫瘤細(xì)胞包含野生型NRAS，那么確定用所述蛋白酶 體抑制劑治療所述患者。
2. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述至少一個標(biāo)記選自由對應(yīng)于所述至少一個標(biāo) 記基因的核酸和蛋白質(zhì)組成的群組。
3. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述至少一個特征選自由以下組成的群組：大小、 序列、組成、活性和數(shù)量。
4. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述血液腫瘤選自由以下組成的群組：骨髓瘤、淋 巴瘤和白血病。
5. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述血液腫瘤選自多發(fā)性骨髓瘤和外套細(xì)胞淋巴 瘤。
6. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述樣品包含選自由骨髓瘤細(xì)胞和淋巴瘤細(xì)胞組 成的群組的細(xì)胞。
7. 根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其中所述至少一個特征是序列。
8. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中所述至少一個標(biāo)記是核酸。
9. 根據(jù)權(quán)利要求8所述的方法，其中所述核酸選自由以下組成的群組：DNA、mRNA和 cDNA或前述中任一者的一部分，其中所述部分包含所述至少一個標(biāo)記的至少一個突變位 點。
10. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述至少一個標(biāo)記是至少兩個標(biāo)記。
11. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述至少一個標(biāo)記基因是至少兩個標(biāo)記基因。
12. 根據(jù)權(quán)利要求11所述的方法，其中所述至少兩個標(biāo)記基因包含至少NRAS和 v-Ki-ras2克斯坦大鼠肉瘤病毒癌基因同系物KRAS。
13. 根據(jù)權(quán)利要求10所述的方法，其中所述至少兩個標(biāo)記包含至少與NRAS標(biāo)記基因相 關(guān)的標(biāo)記和腫瘤亞型標(biāo)記。
14. 根據(jù)權(quán)利要求13所述的方法，其中所述腫瘤亞型標(biāo)記是t(4;14)易位。
15. 根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中所述樣品是血液。
16. 根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其進(jìn)一步包含針對腫瘤細(xì)胞富集所述樣品。
17. 根據(jù)權(quán)利要求1到16中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述蛋白酶體抑制劑選自 由肽基硼酸和肽基環(huán)氧酮組成的群組。
18. 根據(jù)權(quán)利要求17所述的方法，其中所述肽基硼酸選自由以下組成的群組：硼替佐 米、朽1檬酸伊克昔佐米和[(1R) _1_[[(2S，3R)_3-輕基_2_[(6_苯基-批陡-2-羰基）氨 基]-1-氧代-丁基]氨基]-3-甲基丁基]硼酸。
19. 一種用于確定患者是否要繼續(xù)血液腫瘤的蛋白酶體抑制劑治療的方法，其包含： a) 用蛋白酶體抑制劑治療血液腫瘤患者； b) 從所述患者獲得包含腫瘤細(xì)胞的樣品； C)測量所述樣品中與至少一個標(biāo)記基因相關(guān)的至少一個標(biāo)記的至少一個特征，其中至 少一個標(biāo)記基因是NRAS ; d) 比較c)中所述測量的結(jié)果與參考；和 e) 如果所述比較指示所述腫瘤細(xì)胞包含野生型NRAS，那么確定繼續(xù)用所述蛋白酶體 抑制劑治療。
20. 根據(jù)權(quán)利要求19所述的方法，其中所述至少一個標(biāo)記選自由對應(yīng)于所述至少一個 標(biāo)記基因的核酸和蛋白質(zhì)組成的群組。
21. 根據(jù)權(quán)利要求19所述的方法，其中所述至少一個特征選自由以下組成的群組：大 小、序列、組成、活性和數(shù)量。
22. 根據(jù)權(quán)利要求19所述的方法，其中所述血液腫瘤選自由以下組成的群組：骨髓瘤、 淋巴瘤和白血病。
23. 根據(jù)權(quán)利要求19所述的方法，其中所述血液腫瘤選自多發(fā)性骨髓瘤和外套細(xì)胞淋 巴瘤。
24. 根據(jù)權(quán)利要求19所述的方法，其中所述樣品包含選自由骨髓瘤細(xì)胞和淋巴瘤細(xì)胞 組成的群組的細(xì)胞。
25. 根據(jù)權(quán)利要求20所述的方法，其中所述至少一個特征是序列。
26. 根據(jù)權(quán)利要求20所述的方法，其中所述至少一個標(biāo)記是核酸。
27. 根據(jù)權(quán)利要求26所述的方法，其中所述核酸選自由以下組成的群組：DNA、mRNA和 cDNA或前述中任一者的一部分，其中所述部分包含所述至少一個標(biāo)記的至少一個突變位 點。
28. 根據(jù)權(quán)利要求19所述的方法，其中所述至少一個標(biāo)記是至少兩個標(biāo)記。
29. 根據(jù)權(quán)利要求19所述的方法，其中所述至少一個標(biāo)記基因是至少兩個標(biāo)記基因。
30. 根據(jù)權(quán)利要求29所述的方法，其中所述至少兩個標(biāo)記基因包含至少NRAS和 v-Ki-ras2克斯坦大鼠肉瘤病毒癌基因同系物KRAS。
31. 根據(jù)權(quán)利要求28所述的方法，其中所述至少兩個標(biāo)記包含至少與NRAS標(biāo)記基因相 關(guān)的標(biāo)記和腫瘤亞型標(biāo)記。
32. 根據(jù)權(quán)利要求31所述的方法，其中所述腫瘤亞型標(biāo)記是t(4;14)易位。
33. 根據(jù)權(quán)利要求24所述的方法，其中所述樣品是血液。
34. 根據(jù)權(quán)利要求24所述的方法，其進(jìn)一步包含針對腫瘤細(xì)胞富集所述樣品。
35. 根據(jù)權(quán)利要求19到34中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述蛋白酶體抑制劑選自 由肽基硼酸和肽基環(huán)氧酮組成的群組。
36. 根據(jù)權(quán)利要求35所述的方法，其中所述肽基硼酸選自由以下組成的群組：硼替佐 米、朽1檬酸伊克昔佐米和[(1R) _1_[[(2S，3R)_3-輕基_2_[(6_苯基-批陡-2-羰基）氨 基]-1-氧代-丁基]氨基]-3-甲基丁基]硼酸。
37. -種試劑盒，其包含用于添加到包含腫瘤細(xì)胞的樣品中的穩(wěn)定劑和用于測量樣品 中至少一個標(biāo)記的至少一個特征的試劑，其中所述測量的結(jié)果指示在至少一個標(biāo)記基因中 是否存在突變，其中所述至少一個標(biāo)記基因是NRAS。
38. 根據(jù)權(quán)利要求37所述的試劑盒，其中所述至少一個標(biāo)記是核酸。
39. 根據(jù)權(quán)利要求38所述的試劑盒，其中所述試劑是引物。
40. 根據(jù)權(quán)利要求39所述的試劑盒，其中所述引物與選自由以下組成的群組的核酸序 列雜交：SEQ ID NO: 1、2、4、5、染色體lp(堿基對115247085到115259515)上的序列、染色 體12p (堿基對25358180到25403854)上的序列和上述中任一者的補體。
41. 根據(jù)權(quán)利要求39所述的試劑盒，其進(jìn)一步包含第二引物。
42. 根據(jù)權(quán)利要求39所述的試劑盒，其進(jìn)一步包含探針。
43. 根據(jù)權(quán)利要求37到42中任一權(quán)利要求所述的試劑盒，其中所述穩(wěn)定劑是RNA穩(wěn)定 劑。
44. 一種試劑盒，其包含至少兩種用于測量樣品中至少兩個標(biāo)記的至少一個特征的試 齊U，其中所述測量的結(jié)果指示在至少一個標(biāo)記基因中是否存在突變，其中所述至少一個標(biāo) 記基因是NRAS且其中所述樣品包含血液腫瘤細(xì)胞。
45. 根據(jù)權(quán)利要求44所述的試劑盒，其中所述至少兩個標(biāo)記包含至少兩個核酸。
46. 根據(jù)權(quán)利要求44所述的試劑盒，其中所述至少兩種試劑包含至少兩個引物。
47. 根據(jù)權(quán)利要求46所述的試劑盒，其中所述至少兩個引物與選自由以下組成的群組 的核酸序列雜交：SEQ ID NO: 1、2、4、5、染色體lp(堿基對115247085到115259515)上的序 列、染色體12p (堿基對25358180到25403854)上的序列和前述中任一者的補體。
48. 根據(jù)權(quán)利要求44到47中任一權(quán)利要求所述的試劑盒，其進(jìn)一步包含用于添加到所 述樣品中的穩(wěn)定劑。
49. 根據(jù)權(quán)利要求48所述的試劑盒，其中所述穩(wěn)定劑是RNA穩(wěn)定劑。
50. 根據(jù)權(quán)利要求44所述的試劑盒，其中至少一個標(biāo)記基因是至少兩個標(biāo)記基因。
51. 根據(jù)權(quán)利要求50所述的試劑盒，其中所述至少兩個標(biāo)記基因包含NRAS和KRAS。
52. -種用于預(yù)測血液腫瘤細(xì)胞對蛋白酶體抑制劑的敏感性的方法，其包含： a) 評價所述血液腫瘤細(xì)胞是否表達(dá)突變NRAS ;和 b) 預(yù)測所述細(xì)胞對蛋白酶體抑制劑的敏感性， 其中突變NRAS的表達(dá)預(yù)測對所述蛋白酶體抑制劑的敏感性不良。
53. 根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述血液腫瘤細(xì)胞選自由骨髓瘤細(xì)胞、淋巴瘤 細(xì)胞和白血病腫瘤細(xì)胞組成的群組。
54. 根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述血液腫瘤細(xì)胞選自由骨髓瘤細(xì)胞和淋巴瘤 細(xì)胞組成的群組。
55. 根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述血液腫瘤細(xì)胞選自由多發(fā)性骨髓瘤細(xì)胞和 外套細(xì)胞淋巴瘤細(xì)胞組成的群組。
56. -種用于治療患有包含野生型NRAS的血液腫瘤的患者的方法，其包含向所述患者 投與治療有效量的蛋白酶體抑制劑的步驟。
57. 根據(jù)權(quán)利要求56所述的方法，其中所述血液腫瘤選自由以下組成的群組：骨髓瘤、 淋巴瘤和白血病。
58. 根據(jù)權(quán)利要求56所述的方法，其中所述血液腫瘤選自多發(fā)性骨髓瘤和外套細(xì)胞淋 巴瘤。
59. 根據(jù)權(quán)利要求56到58中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述蛋白酶體抑制劑選自 由肽基硼酸和肽基環(huán)氧酮組成的群組。
60. 根據(jù)權(quán)利要求59所述的方法，其中所述肽基硼酸選自由以下組成的群組：硼替佐 米、梓檬酸伊克昔佐米和[(11〇_1_[[(23,31?)-3-輕基-2-[(6-苯基-批陡-2-羰基）氨 基]-1-氧代-丁基]氨基]-3-甲基丁基]硼酸。
61. -種用于鑒別適用于治療血液癌癥患者的蛋白酶體抑制劑的方法，其包含： a) 使在至少一個標(biāo)記基因中包含至少一個突變的血液腫瘤細(xì)胞與測試蛋白酶體抑制 劑接觸，其中至少一個標(biāo)記基因是NRAS ; b) 評價所述測試蛋白酶體抑制劑對所述細(xì)胞的活力的效應(yīng)；和 c) 如果所述蛋白酶體抑制劑降低所述血液腫瘤細(xì)胞的所述活力，那么確定所述測試蛋 白酶體抑制劑適用于治療血液癌癥患者。
62. 根據(jù)權(quán)利要求61所述的方法，其中KRAS中的所述突變在SEQ ID NO:2的選自由以 下組成的群組的密碼子中：密碼子12、密碼子13和密碼子61。
63. 根據(jù)權(quán)利要求61或62所述的方法，其中所述血液腫瘤細(xì)胞選自由骨髓瘤細(xì)胞、淋 巴瘤細(xì)胞和白血病腫瘤細(xì)胞組成的群組。
64. 根據(jù)權(quán)利要求61或62所述的方法，其中所述血液腫瘤細(xì)胞選自由骨髓瘤細(xì)胞和淋 巴瘤細(xì)胞組成的群組。
65. -種用于支付使用蛋白酶體抑制劑的癌癥治療的方法，其包含： a) 記錄在來自患者的包含血液腫瘤細(xì)胞的樣品中NRAS是否突變，和 b) 如果NRAS是野生型，那么授權(quán)支付所述蛋白酶體抑制劑治療。
66. 根據(jù)權(quán)利要求65所述的方法，其中所述蛋白酶體抑制劑選自由肽基硼酸和肽基環(huán) 氧酮組成的群組。
67. 根據(jù)權(quán)利要求66所述的方法，其中所述肽基硼酸選自由以下組成的群組：硼替佐 米、朽1檬酸伊克昔佐米和[(1R) _1_[[(2S，3R)_3-輕基_2_[(6_苯基-批陡-2-羰基）氨 基]-1-氧代-丁基]氨基]-3-甲基丁基]硼酸。
68. 根據(jù)權(quán)利要求65到67中任一權(quán)利要求所述的方法，其中包含血液腫瘤細(xì)胞的所述 樣品包含選自由骨髓瘤細(xì)胞、淋巴瘤細(xì)胞和白血病腫瘤細(xì)胞組成的群組的細(xì)胞。
69. 根據(jù)權(quán)利要求65到67中任一權(quán)利要求所述的方法，其中包含血液腫瘤細(xì)胞的所述 樣品包含選自由骨髓瘤細(xì)胞和淋巴瘤細(xì)胞組成的群組的細(xì)胞。
70. 根據(jù)權(quán)利要求65到67中任一權(quán)利要求所述的方法，其中包含血液腫瘤細(xì)胞的所述 樣品包含選自由多發(fā)性骨髓瘤細(xì)胞和外套細(xì)胞淋巴瘤細(xì)胞組成的群組的細(xì)胞。
71. -種鑒別將對蛋白酶體抑制劑治療無反應(yīng)的血液癌癥患者的方法，其包含確定在 來自所述患者的包含腫瘤細(xì)胞的樣品中存在或不存在至少一種NRAS突變，其中存在至少 一種NRAS突變指示所述血液癌癥患者將對所述蛋白酶體抑制劑無反應(yīng)。
72. 根據(jù)權(quán)利要求71所述的方法，其中所述至少一種NRAS突變是活化性突變。
73. 根據(jù)權(quán)利要求71所述的方法，其中至少一種NRAS突變的存在或不存在是通過對懷 疑包含所述突變的標(biāo)記或標(biāo)記的一部分測序來確定。
74. 根據(jù)權(quán)利要求73所述的方法，其中所述標(biāo)記或標(biāo)記的一部分包含SEQ ID NO:2或 其包含密碼子12、密碼子13或密碼子61的部分。
75. 根據(jù)權(quán)利要求71到74中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述腫瘤細(xì)胞不是t (4 ; 14)易位亞型。
76. 根據(jù)權(quán)利要求71到75中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述蛋白酶體抑制劑選自 由肽基硼酸和肽基環(huán)氧酮組成的群組。
77. 根據(jù)權(quán)利要求76所述的方法，其中所述肽基硼酸選自由以下組成的群組：硼替佐 米、朽1檬酸伊克昔佐米和[(1R) _1_[[(2S，3R)_3-輕基_2_[(6_苯基-批陡-2-羰基）氨 基]-1-氧代-丁基]氨基]-3-甲基丁基]硼酸。
78. 根據(jù)權(quán)利要求71到77中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述血液癌癥選自由骨髓 瘤、淋巴瘤和白血病組成的群組。
79. 根據(jù)權(quán)利要求71到77中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述血液癌癥選自由骨髓 瘤和淋巴瘤組成的群租。
80. 根據(jù)權(quán)利要求71到77中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述血液癌癥選自由多發(fā) 性骨髓瘤和外套細(xì)胞淋巴瘤組成的群組。
81. -種鑒別將受益于蛋白酶體抑制劑治療的血液癌癥患者的方法，其包含確定在來 自所述患者的包含腫瘤細(xì)胞的樣品中存在或不存在至少一種NRAS突變，其中存在野生型 NRAS突變指示所述血液癌癥患者將對所述蛋白酶體抑制劑有反應(yīng)。
82. 根據(jù)權(quán)利要求81所述的方法，其中所述至少一種NRAS突變是活化性突變。
83. 根據(jù)權(quán)利要求81所述的方法，其中至少一種NRAS突變的存在或不存在是通過對懷 疑包含所述突變的標(biāo)記或標(biāo)記的一部分測序來確定。
84. 根據(jù)權(quán)利要求83所述的方法，其中所述標(biāo)記或標(biāo)記的一部分包含SEQ ID NO:2或 其包含密碼子12、密碼子13或密碼子61的部分。
85. 根據(jù)權(quán)利要求81到84中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述蛋白酶體抑制劑選自 由肽基硼酸和肽基環(huán)氧酮組成的群組。
86. 根據(jù)權(quán)利要求85所述的方法，其中所述肽基硼酸選自由以下組成的群組：硼替佐 米、梓檬酸伊克昔佐米和[(11〇_1 _[[(23,31?)-3-輕基-2-[(6-苯基-批陡-2-羰基）氨 基]-1-氧代-丁基]氨基]-3-甲基丁基]硼酸。
87. 根據(jù)權(quán)利要求81到86中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述血液癌癥選自由骨髓 瘤、淋巴瘤和白血病組成的群組。
88. 根據(jù)權(quán)利要求81到86中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述血液癌癥選自由骨髓 瘤和淋巴瘤組成的群組。
89. 根據(jù)權(quán)利要求81到86中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述血液癌癥選自由多發(fā) 性骨髓瘤和外套細(xì)胞淋巴瘤組成的群組。
【文檔編號】G01N33/574GK104126017SQ201280066217
【公開日】2014年10月29日 申請日期:2012年11月9日 優(yōu)先權(quán)日:2011年11月11日
【發(fā)明者】阿里森·伯格, 休斯·伯納德, 尼比迪塔·查托帕蒂亞雅, 艾瑞克·M·凱尼格, 喬治·J·馬利根, 馬修·C·舒 申請人:米倫紐姆醫(yī)藥公司