電子fish的方法
【專利摘要】本發(fā)明屬于生物信息學(xué)領(lǐng)域，具體涉及電子FISH的方法。所述方法包括步驟：)以探針序列作為檢索序列，以靶序列作為數(shù)據(jù)庫(kù)序列，進(jìn)行序列比對(duì)；用Perl腳本blast_parser.pl修飾比對(duì)結(jié)果；刪除比對(duì)結(jié)果中片段偏短、一致性偏差的結(jié)果；以探針序列及檢索序列靶序列上的位置為縱坐標(biāo)，以比對(duì)次數(shù)為橫坐標(biāo)做散點(diǎn)圖。該方法操作簡(jiǎn)單方便，且用真實(shí)FISH驗(yàn)證其結(jié)果，證明其結(jié)果可靠精確，節(jié)約了時(shí)間和成本，且靶DNA可以是基因組、單染色體、特定序列片段等，分辨率高且針對(duì)性較強(qiáng)。
【專利說(shuō)明】電子FISH的方法

【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明屬于生物信息學(xué)領(lǐng)域，具體涉及電子FISH的方法。

【背景技術(shù)】
[0002] 熒光原位雜交技術(shù)誕生于20世紀(jì)60年代末，其原理是利用堿基互補(bǔ)配對(duì)原則把 探針DNA物理定位到染色體、間期細(xì)胞核和DNA纖維等靶DNA上。目前，熒光原位雜交技術(shù) 廣泛應(yīng)用在基因物理定位、染色體識(shí)別、物理圖譜的構(gòu)建、親緣關(guān)系研究和轉(zhuǎn)基因檢測(cè)等方 面，在現(xiàn)代分子細(xì)胞遺傳學(xué)領(lǐng)域有著不可取代的地位。
[0003] 然而熒光原位雜交實(shí)驗(yàn)，往往對(duì)實(shí)驗(yàn)人員的實(shí)驗(yàn)技術(shù)要求較高，實(shí)驗(yàn)過(guò)程中稍有 差錯(cuò)便會(huì)導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)失敗，結(jié)果不理想，且實(shí)驗(yàn)還需要消耗大量的實(shí)驗(yàn)材料。隨著大量物種基 因組序列的獲得，生物信息學(xué)得到了快速的發(fā)展，利用生物信息學(xué)進(jìn)行電子熒光原位雜交， 可快速準(zhǔn)確的獲得探針DNA在靶DNA上的物理位置和重復(fù)次數(shù)，結(jié)果可靠精確，且靶DNA可 以是基因組、單染色體、特定的染色體片段等，針對(duì)性強(qiáng)。


【發(fā)明內(nèi)容】

[0004] 本發(fā)明的目的是提供一種電子FISH的方法。
[0005] 根據(jù)本發(fā)明的【具體實(shí)施方式】，所述的方法包括以下步驟：
[0006] (1)用NCBI的BLASTN軟件進(jìn)行序列比對(duì)：以探針序列作為檢索序列，以靶序列作 為數(shù)據(jù)庫(kù)序列，進(jìn)行序列比對(duì)，數(shù)據(jù)庫(kù)序列可是某條染色體的序列、基因組序列及某染色體 片段序列等；
[0007] (2)用Perl腳本blast_parser.pi修飾比對(duì)結(jié)果，該腳本可以把比對(duì)結(jié)果轉(zhuǎn)換成 表格形式，方便統(tǒng)計(jì)分析；
[0008] (3)刪除比對(duì)結(jié)果中片段偏短、一致性偏差的結(jié)果。
[0009] (4)以探針序列在靶序列上的位置為縱坐標(biāo)，以比對(duì)次數(shù)為橫坐標(biāo)做散點(diǎn)圖。
[0010] 熒光原位雜交技術(shù)如今在染色體鑒定、物理圖譜構(gòu)建、基因組比較研究等方面起 著重要的作用，該方法利用BLASTN軟件從堿基水平進(jìn)行序列比對(duì)分析，來(lái)探究探針序列和 靶序列的同源關(guān)系，故可準(zhǔn)確直觀的展現(xiàn)出探針序列在靶序列上的位置及重復(fù)次數(shù)，操作 簡(jiǎn)單方便，且用真實(shí)FISH驗(yàn)證其結(jié)果，證明其結(jié)果可靠精確，節(jié)約了時(shí)間和成本，且靶DNA 可以是基因組、單染色體、特定序列片段等，分辨率高且針對(duì)性較強(qiáng)。

【專利附圖】

【附圖說(shuō)明】
[0011] 圖1顯示實(shí)施例1電子FISH和常規(guī)FISH的結(jié)果，其中，
[0012] A以棉花BAC克隆299N22為探針DNA，以雷蒙德氏棉13號(hào)染色體序列為靶DNA， 進(jìn)行電子FISH，橫坐標(biāo)是探針DNA在雷蒙德氏棉13號(hào)染色體上的重復(fù)次數(shù)，縱坐標(biāo)是探針 DNA在雷蒙德氏棉1號(hào)染色體上的物理位置；
[0013]B以為棉花BAC克隆299N22為探針DNA，以雷蒙德氏棉有絲分裂中期染色體序列 為靶DNA，進(jìn)行FISH，綠色為BAC克隆299N22的雜交信號(hào)，紅色為用來(lái)識(shí)別雷蒙德氏棉13 號(hào)染色體的特異BAC的雜交信號(hào)，標(biāo)尺=5pm;
[0014]C以棉花BAC克隆299N22為探針DNA，以亞洲棉2號(hào)染色體序列為靶DNA，進(jìn)行電 子FISH,橫坐標(biāo)是探針DNA在亞洲棉2號(hào)染色體上的重復(fù)次數(shù),縱坐標(biāo)是探針DNA在亞洲棉 2號(hào)染色體上的物理位置；
[0015]D以為棉花BAC克隆299N22為探針DNA，以亞洲棉有絲分裂中期染色體序列為靶 DNA，進(jìn)行FISH。綠色為BAC克隆299N22的雜交信號(hào)，標(biāo)尺=5iim。

【具體實(shí)施方式】
[0016] 實(shí)施例1以棉花BAC299N22克隆為探針，分別以雷蒙德氏棉（D5)、亞洲棉（A1)基 因組為靶DNA，進(jìn)行電子FISH。隨后以雷蒙德氏棉（D5)、亞洲棉（A1)有絲分裂中期染色體 為靶DNA，進(jìn)行FISH驗(yàn)證。
[0017] 1材料和方法
[0018] 1.1實(shí)驗(yàn)材料
[0019] 實(shí)驗(yàn)材料是亞洲棉中亞1號(hào)、雷蒙德氏棉，均來(lái)自于中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院棉花研究所。 所用的BAC克隆為299N22,來(lái)自于海島棉pi-ma90海島棉文庫(kù)。
[0020] 1. 2實(shí)驗(yàn)方法
[0021] I. 2. 1 電子FISH步驟
[0022] 1)用棉花BAC克隆299N22的序列，通過(guò)Blastn軟件比對(duì)亞洲棉基因組和雷蒙德 氏棉基因組（Lietal.，2014;Wangetal.，2012)。
[0023] 2)通過(guò)Perl腳本blast_parser.pi編輯比對(duì)結(jié)果。
[0024] 腳本內(nèi)容
[0025]

【權(quán)利要求】
1. 一種電子FISH的方法，其特征在于，所述方法包括以下步驟： (1) 以探針序列作為檢索序列，以靶序列作為數(shù)據(jù)庫(kù)序列，進(jìn)行序列比對(duì)； (2) 用Perl腳本blast_parser. pi修飾比對(duì)結(jié)果，該腳本可以把比對(duì)結(jié)果轉(zhuǎn)換成表格 形式，方便統(tǒng)計(jì)分析； (3) 刪除比對(duì)結(jié)果中片段偏短、一致性偏差的結(jié)果； (4) 以探針序列在靶序列上的位置為縱坐標(biāo)，以比對(duì)次數(shù)為橫坐標(biāo)做散點(diǎn)圖。
【文檔編號(hào)】G06F19/20GK104318131SQ201410533062
【公開(kāi)日】2015年1月28日 申請(qǐng)日期:2014年10月11日 優(yōu)先權(quán)日:2014年10月11日
【發(fā)明者】崔興雷, 劉方, 彭仁海, 蔡小彥, 王星星, 周忠麗, 王春英, 王玉紅, 劉玉玲, 王坤波 申請(qǐng)人:中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院棉花研究所, 安陽(yáng)工學(xué)院