生物樣本庫信息化管理系統(tǒng)及對樣本進行管理的方法
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明涉及生物信息學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及生物樣本庫信息化管理系統(tǒng)及樣本管理方法。
【背景技術(shù)】
[0002]近年來隨著人類基因組計劃的完成，生命科學(xué)基礎(chǔ)研究、轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)等得以飛速發(fā)展，基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白組、代謝組等一系列組學(xué)研究也不斷涌現(xiàn)重大突破成果。生物樣本庫成為支撐基礎(chǔ)科學(xué)研究乃至形成醫(yī)療健康產(chǎn)業(yè)的關(guān)鍵要素。生物樣本庫，又稱生物銀行，主要是指標(biāo)準(zhǔn)化收集、處理、儲存和應(yīng)用健康和疾病生物體的生物大分子、細胞、組織和器官等樣本(包括人體器官組織、全血、血漿、血清、生物體液或經(jīng)處理過的生物樣本(DNA、RNA、蛋白等)以及與這些生物樣本相關(guān)的臨床、病理、治療、隨訪、知情同意等資料及其質(zhì)量控制、信息管理與應(yīng)用系統(tǒng)。
[0003]鑒于生命科學(xué)和生物技術(shù)的發(fā)展依賴于所能支配及使用的生物資源，國家基因庫與國內(nèi)多家科研單位、高校、醫(yī)院等建立廣泛的戰(zhàn)略合作關(guān)系，由于樣本類型、收集來源、收集地點、收集方式復(fù)雜多樣的特點，將形成一個由多項目、多樣本類型、多種儲存規(guī)格、多分庫組成的綜合性大型樣本庫。對于這樣大型綜合性樣本庫而言，其管理更需規(guī)范化、標(biāo)準(zhǔn)化，除建立一套標(biāo)準(zhǔn)化操作流程外，還需開發(fā)一套服務(wù)于大型生物樣本庫的信息化管理系統(tǒng)，實現(xiàn)操作全過程的信息化，為后續(xù)的臨床和科研管理提供重要的支持。
[0004]然而，目前生物樣本庫管理軟件的開發(fā)設(shè)計多以一個項目/科室的需求編寫，通常每個科室或者項目單獨使用一套軟件，現(xiàn)有的樣本管理軟件難以滿足多項目/多科室綜合性樣本庫需求。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0005]本發(fā)明提供一種針對大型綜合性樣本庫的信息化管理系統(tǒng)及方法。
[0006]根據(jù)本發(fā)明的第一方面，本發(fā)明提供一種生物樣本庫信息化管理系統(tǒng)，包括:項目相關(guān)部分，用于記錄對開展樣本管理項目的立項、項目進度與任務(wù)、編碼的管理；設(shè)備相關(guān)部分，用于對樣本的采集、包裝運輸及保存過程中涉及的設(shè)備進行監(jiān)控和管理；信息相關(guān)部分，用于記錄從立項到樣本整個流向過程中涉及的信息。
[0007]根據(jù)本發(fā)明的第二方面，本發(fā)明提供一種對樣本進行管理的方法，包括:使用數(shù)據(jù)導(dǎo)入導(dǎo)出模塊或數(shù)據(jù)采集器實現(xiàn)樣本數(shù)據(jù)的導(dǎo)入及導(dǎo)出，或者使用數(shù)據(jù)采集器實現(xiàn)樣本數(shù)據(jù)的采集；使用如上所述的系統(tǒng)對樣本數(shù)據(jù)進行管理。
[0008]本發(fā)明的有益效果是:結(jié)合國家基因庫這類大型綜合性樣本庫的多項目、多樣本類型、多種儲存規(guī)格、多分庫的特點，實現(xiàn)對樣本從采集、處理、運輸、出入庫過程及在庫的全過程監(jiān)控和管理。
【附圖說明】
[0009]為了更清楚地說明本發(fā)明實施例或現(xiàn)有技術(shù)中的技術(shù)方案，下面將對實施例或現(xiàn)有技術(shù)描述中所需要使用的附圖作簡單地介紹，其中:
圖1為本發(fā)明一種實施例的樣本管理方法的流程示意圖；
圖2為本發(fā)明一種實施例的樣本庫信息化管理系統(tǒng)的功能模塊組成示意圖；
圖3為監(jiān)控系統(tǒng)模塊的構(gòu)成及其工作流程圖；
圖4為現(xiàn)場取材模塊工作流程圖；
圖5為物品管理模塊工作流程圖；
圖6為信息查詢與統(tǒng)計模塊的功能示意圖；
圖7為日志記錄模塊的流程示意圖；
圖8為編碼管理模塊示意圖；
圖9為項目管理模塊示意圖；
圖10為項目信息管理模塊示意圖；
圖11為自動化管理模塊示意圖。
【具體實施方式】
[0010]一個完善的生物樣本庫，除了能夠收集、儲存高質(zhì)量的、具有科研價值的生物樣本和相應(yīng)的儲存設(shè)施、設(shè)備外，也需要一個科學(xué)、有效的管理系統(tǒng)，實現(xiàn)生物樣本入庫和出庫有序化，能夠快速定位、查找目標(biāo)生物樣本，記錄生物樣本的每一步操作，實現(xiàn)每一個生物樣本相關(guān)信息的統(tǒng)一、有效的管理，最大限度的方便和滿足樣本庫建設(shè)和經(jīng)營過程中涉及到的倫理、與客戶的業(yè)務(wù)交流、科研需求等工作。
[0011]本發(fā)明結(jié)合國家基因庫這類大型綜合性樣本庫的多項目、多樣本類型、多種儲存規(guī)格、多分庫的特點，實現(xiàn)對樣本從采集、處理、運輸、出入庫過程及在庫的全過程監(jiān)控和管理，同時跟蹤樣本來源及樣本的科研去向，包含與聯(lián)盟醫(yī)院其它現(xiàn)有信息化系統(tǒng)對接，以及個體相關(guān)數(shù)據(jù)同步的功能。
[0012]下面通過【具體實施方式】結(jié)合附圖對本發(fā)明作進一步詳細說明。
[0013][實施例1]
根據(jù)本發(fā)明的一種實施例的覆蓋樣本生命周期的樣本管理方法，如圖1所示，具體包括以下過程①~⑩。
[0014]過程①:樣本采集。在該過程中，可以通過移動式數(shù)據(jù)采集器記錄樣本開始采集的時間、采集時長、結(jié)束采集的時間、環(huán)境溫度、采集的樣本暫存存到冰箱或其它條件儲存裝備的時間、操作者等信息。
[0015]過程②:樣本前處理。該過程是對樣本進行必要的分割、分裝和處理，以使樣本滿足儲存和將來使用的質(zhì)量要求。在該過程可以記錄樣本前處理的時間、處理方法、處理結(jié)果、操作者等信息。
[0016]過程③:樣本的包裝和運輸。在該過程，按要求嚴(yán)格包裝好待運輸?shù)臉颖静⑻詈孟嚓P(guān)的表格表單，運輸過程中在運輸設(shè)備中加入足夠的干冰等冷凍劑、溫度記錄儀等。可以記錄樣本包裝的時間、包裝條件、操作者、物流情況等信息?？梢詫\輸過程全程監(jiān)控。
[0017]過程④:樣本接收。樣本包裹到達樣本庫，樣本庫工作人員簽收樣本，打開包裹，記錄箱內(nèi)信息，檢查樣本是否有異常，若無異常，打印標(biāo)簽，做入庫準(zhǔn)備；若有異常，生成異常報告并發(fā)送到客戶，根據(jù)樣本庫的判斷及客戶要求決定是否繼續(xù)入庫保存?？梢杂涗浵聵颖景暮炇諘r間、簽收人、拆包裹時間、操作者及樣本信息等。
[0018]過程⑤:進行樣本核對、整理，做入庫準(zhǔn)備。根據(jù)樣本類型和數(shù)量進行核對，確定樣本管、樣本盒和儲存條件(室溫、4 V冰箱、-20 V冰箱、-80 V冰箱、液氮等)，確定儲存位置。
[0019]過程⑥:掃描入庫。根據(jù)確定的樣本盒和儲存位置，在管理系統(tǒng)中創(chuàng)建儲存盒，將樣本掃描入庫儲存于系統(tǒng)創(chuàng)建的樣本盒相應(yīng)的位置。管理系統(tǒng)記錄操作者、操作時間及操作結(jié)果(樣本儲存位置)。樣本入庫后，若一切正常，管理系統(tǒng)回復(fù)客戶正常入庫報告，若發(fā)生異常，根據(jù)異常的情況發(fā)送異常報告給客戶，結(jié)合樣本庫的判斷并征求客戶的意見決定是否對該樣本繼續(xù)儲存。樣本入庫情況及其報告(正常報告/異常報告)可以作為樣本信息儲存于管理系統(tǒng)中。
[0020]過程⑦:樣本移庫。根據(jù)樣本庫統(tǒng)籌整理或其他情況需要將樣本移庫的，在樣本庫信息化管理系統(tǒng)中創(chuàng)建移庫任務(wù)，任務(wù)通過后進行移庫操作。移庫時間、操作者、移庫后樣本儲存的位置信息儲存于系統(tǒng)中。
[0021]過程⑧:樣本出庫。樣本進行科研或其他使用時，在管理系統(tǒng)中創(chuàng)建出庫申請，可以在申請單中表明樣本是否返還，若返還，則表明是否需要保留原儲存位點)，若審批不同意，則結(jié)束操作；若審批通過，則生成出庫任務(wù)單，進行出庫操作。審批過程、出庫時間、操作者等信息儲存于管理系統(tǒng)中。
[0022]過程⑨:樣本返還。樣本使用后有剩余并需要返還，進行出庫的樣本返還操作。首先，在管理系統(tǒng)中創(chuàng)建出庫樣本返還申請，生成樣本返還任務(wù)單，確定儲存位置，若有保留原儲存位的，儲存位置為原儲存位置，進行入庫操作。樣本返還任務(wù)單申請者、樣本返還操作者、操作時間及返還后的儲存位等信息儲存于管理系統(tǒng)中。
[0023]過程⑩:樣本銷毀。該操作適用于在接收樣本、樣本掃描入庫時不再有儲存意義的樣本或發(fā)生異常情況且客戶選擇銷毀的樣本，儲存于樣本庫的樣本因儲存時間已到或其他原因需要銷毀的樣本。異常的樣本銷毀:對確定銷毀的樣本進行銷毀操作，記錄其銷毀的原因、銷毀時間、操作者。儲存于樣本庫的樣本銷毀:在樣本庫信息化管理系統(tǒng)中創(chuàng)建銷毀申請，審批若不通過，即結(jié)束操作；審批通過則生成銷毀任務(wù)單，出庫，銷毀，系統(tǒng)將記錄樣本銷毀申請者、申請時間、審批內(nèi)容及時間、出庫時間及操作者、銷毀時間及操作者。
[0024]上述的樣本管理方法的過程①?⑩對應(yīng)了樣本的從采集、處理、運輸、出入庫過程及在庫等樣本整個生命周期，其對樣本及樣本信息的追蹤貫穿整個流程，從立項到樣本處理、入庫到出庫、銷毀等，適用于大型樣本庫，并可兼容小型樣本庫使用。
[0025][實施例2]
本發(fā)明一種實施例提供了一種生物樣本庫信息化管理系統(tǒng)，其涉及開展樣本管理時的項目相關(guān)部分、設(shè)備相關(guān)部分和信息相關(guān)部分。再一種實施例中管理系統(tǒng)還涉及日志記錄模塊。另一種實施例中管理系統(tǒng)還涉及權(quán)限管理模塊。又一種實施例中管理系統(tǒng)還涉及樣本流程管理模塊。其中，項目相關(guān)部分用于記錄對開展樣本管理項目的立項、項目進度與任務(wù)、編碼的管理；設(shè)備相關(guān)部分用于對樣本的采集、包裝運輸及保存過程中涉及的設(shè)備進行監(jiān)控和管理；信息相關(guān)部分用于記錄從立項到樣本整個流向過程中涉及的信息；日志記錄模塊用于記錄樣本入庫后的所有操作記錄；權(quán)限管理模塊，用于進行關(guān)于用戶和資源的權(quán)限管理；樣本流程管理模塊用于跟蹤樣本整個流向過程中涉及的信息的管理。這里通過圖2所τκ的本實施例的一種較佳方案對上述各部分及模塊進行詳細描述。
[0026]如圖2所示，生物樣本庫信息化管理系統(tǒng)10包括:監(jiān)控系統(tǒng)模塊101、權(quán)限管理模塊102、樣本取材現(xiàn)場模塊103、物品管理模塊104、信息查詢與統(tǒng)計模塊105、日志記錄模塊106、編碼管理模塊107、項目管理模塊108、項目信息管理模塊109、自動化管理模塊110、文檔管理模塊111、設(shè)備信息收集模塊112、圖形化管理模塊(可視化)113、樣本流程管理模塊114、數(shù)據(jù)庫以及數(shù)據(jù)與外部數(shù)據(jù)之間導(dǎo)入和導(dǎo)出、移動式數(shù)據(jù)采集器。各模塊間信息交互，共同實現(xiàn)樣本庫的信息化管理。
[0027]監(jiān)控系統(tǒng)模塊101包含冷鏈監(jiān)控模塊1011、環(huán)境監(jiān)控模塊1012、儲存單元監(jiān)控模塊1013。冷鏈監(jiān)控模塊1011配有移動式數(shù)據(jù)采集器，能夠?qū)崟r監(jiān)測、存儲和顯示各個冷鏈設(shè)備的溫度。當(dāng)受監(jiān)測的設(shè)備發(fā)生溫度異常時，系統(tǒng)可通過例如音樂報警、手機短信、E-mail等方式提醒值班人員及時維護。工作人員可以通過網(wǎng)絡(luò)直接登錄樣本信息化管