生物樣本庫應(yīng)用管理系統(tǒng)的制作方法
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明涉及醫(yī)療、生物和健康管理領(lǐng)域，尤其涉及一種生物樣本庫應(yīng)用管理系統(tǒng)。
【背景技術(shù)】
[0002]生物樣本庫作為醫(yī)學(xué)研究、生命健康研究的重要資源，是轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)、精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)、個(gè)體化醫(yī)學(xué)等研究的基石。建立高質(zhì)量的生物樣本庫對(duì)于揭示生命健康，疾病發(fā)生發(fā)展的原因、機(jī)制，探索新的治療途徑及健康預(yù)警與指導(dǎo)，開拓新的診治手段，優(yōu)化醫(yī)藥研發(fā)的資源配置都有極其重要的意義。近年來，惡性腫瘤、心腦血管病、內(nèi)分泌和代謝病等慢性病的發(fā)病率逐年上升，亞健康人群的大規(guī)模增加、人口老齡化趨勢(shì)不斷蔓延，都是當(dāng)今重要的公共衛(wèi)生議題；建立大規(guī)模、以人群為基礎(chǔ)的生物樣本庫，成為當(dāng)前醫(yī)學(xué)研究、提高生命健康水平的重要基礎(chǔ)性工作之一。
[0003]因此建立一種高質(zhì)量、全方位、立體化的生物樣本庫應(yīng)用管理系統(tǒng)，成為生物樣本庫建立、運(yùn)行、管理、成果轉(zhuǎn)化的必要條件。但由于目前信息系統(tǒng)的局限，導(dǎo)致生物樣本庫建設(shè)、高速發(fā)展遇到如下瓶頸:
[0004]1、在樣本采集時(shí)，現(xiàn)有系統(tǒng)沒有實(shí)時(shí)對(duì)接樣本采集全過程數(shù)據(jù)，導(dǎo)致樣本采集階段數(shù)據(jù)形成孤島，未來的數(shù)據(jù)使用時(shí)，只能通過從體檢或LIS(實(shí)驗(yàn)室信息管理系統(tǒng))或單獨(dú)開發(fā)的調(diào)查問卷系統(tǒng)導(dǎo)出歷史數(shù)據(jù)進(jìn)行查詢，這樣的數(shù)據(jù)對(duì)生物樣本庫來說是片段式的，也對(duì)將來數(shù)據(jù)應(yīng)用造成了阻礙。
[0005]2、在樣本庫運(yùn)行管理過程中，往往是不同軟件廠商完成了不同的功能，沒有很好的集成。樣本存儲(chǔ)定位是一套系統(tǒng)、樣本實(shí)驗(yàn)室檢驗(yàn)單獨(dú)的系統(tǒng)、樣本庫監(jiān)控報(bào)警獨(dú)立系統(tǒng)、樣本庫的液氮罐溫度監(jiān)控又是一套系統(tǒng)。各個(gè)系統(tǒng)獨(dú)立運(yùn)行，對(duì)樣本整體管理造成阻礙。舉例來說，樣本全生命周期的溫度記錄采用的是分段監(jiān)控、通常是冷鏈運(yùn)輸、出入庫等幾個(gè)系統(tǒng)單獨(dú)記錄存儲(chǔ)數(shù)據(jù)，不能很好的針對(duì)單一樣本串聯(lián)全生命周期的溫度曲線，這導(dǎo)致不能對(duì)樣本流轉(zhuǎn)過程中的每一步，進(jìn)行溫度預(yù)警報(bào)警處置，對(duì)樣本未來使用質(zhì)量的追溯，造成阻礙。
[0006]3、樣本數(shù)據(jù)挖掘時(shí)，由于異地、大規(guī)模的生物樣本庫群的數(shù)據(jù)不僅包括樣本源本身的位置信息，同時(shí)也包括了與其相對(duì)應(yīng)的子樣本數(shù)據(jù)、各類實(shí)驗(yàn)室數(shù)據(jù)、樣本源的各類臨床數(shù)據(jù)、隨訪數(shù)據(jù)、查體數(shù)據(jù)等，其數(shù)據(jù)量相當(dāng)之大，而現(xiàn)有的樣本庫管理系統(tǒng)，功能單一，對(duì)如此大量的數(shù)據(jù)擴(kuò)展能力不足，導(dǎo)致數(shù)據(jù)倉(cāng)庫的建立受阻，無法對(duì)樣本進(jìn)行多維度的數(shù)據(jù)查詢統(tǒng)計(jì)，不利于生物樣本庫整體數(shù)據(jù)的挖掘、樣本源數(shù)據(jù)模型的建立。舉例來說想要分析存儲(chǔ)者的綜合健康水平，需要得到存儲(chǔ)者的諸如影像資料、住院資料、心電等生理檢查、體格檢查、診斷信息、處方信息、實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)、以及基本存儲(chǔ)者的基本信息，才可以完成統(tǒng)計(jì)學(xué)模型。
[0007]4、樣本數(shù)據(jù)應(yīng)用時(shí)，由于沒有一整套完整的系統(tǒng)，以及多維度的樣本源數(shù)據(jù)倉(cāng)庫，導(dǎo)致數(shù)據(jù)共享、數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化難以實(shí)現(xiàn)高產(chǎn)值回報(bào)。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0008]本發(fā)明要解決的技術(shù)問題是為了克服現(xiàn)有技術(shù)中處于各階段的樣本及相關(guān)數(shù)據(jù)不能相互關(guān)聯(lián)的缺陷，提供一種生物樣本庫應(yīng)用管理系統(tǒng)。
[0009]本發(fā)明是通過下述技術(shù)方案解決上述技術(shù)問題的:
[0010]一種生物樣本庫應(yīng)用管理系統(tǒng)，其特點(diǎn)是，包括一樣本數(shù)據(jù)采集子系統(tǒng)、一樣本數(shù)據(jù)管理子系統(tǒng)、一樣本數(shù)據(jù)挖掘子系統(tǒng)、一樣本數(shù)據(jù)應(yīng)用子系統(tǒng)和一生物樣本數(shù)據(jù)倉(cāng)庫；
[0011]所述樣本數(shù)據(jù)采集子系統(tǒng)用于采集樣本數(shù)據(jù)并將樣本數(shù)據(jù)上傳至所述生物樣本數(shù)據(jù)倉(cāng)庫；
[0012]所述樣本數(shù)據(jù)管理子系統(tǒng)用于記錄在運(yùn)輸和儲(chǔ)存樣本的過程中所產(chǎn)生的管理數(shù)據(jù)并將管理數(shù)據(jù)上傳至所述生物樣本數(shù)據(jù)倉(cāng)庫；
[0013]所述樣本數(shù)據(jù)挖掘子系統(tǒng)用于從所述生物樣本數(shù)據(jù)倉(cāng)庫中調(diào)取樣本數(shù)據(jù)和/或管理數(shù)據(jù)并進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘，產(chǎn)生輔助決策依據(jù)；
[0014]所述樣本數(shù)據(jù)應(yīng)用子系統(tǒng)用于根據(jù)所述輔助決策依據(jù)制定應(yīng)用策略。
[0015]本技術(shù)方案通過樣本數(shù)據(jù)采集子系統(tǒng)、樣本數(shù)據(jù)管理子系統(tǒng)二者有機(jī)科學(xué)結(jié)合，擴(kuò)大生物樣本庫數(shù)據(jù)采集的范圍，提高樣本庫的管理效率和質(zhì)量；通過樣本數(shù)據(jù)挖掘子系統(tǒng)，以生物信息學(xué)的挖掘技術(shù)，找到數(shù)據(jù)之間的組織關(guān)系，發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)價(jià)值金礦；通過樣本數(shù)據(jù)應(yīng)用子系統(tǒng)，將樣本庫的成果轉(zhuǎn)化，促進(jìn)整個(gè)健康產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。
[0016]較佳地，所述樣本數(shù)據(jù)采集子系統(tǒng)還用于通過開放的數(shù)據(jù)接口實(shí)時(shí)地將樣本數(shù)據(jù)上傳至所述生物樣本數(shù)據(jù)倉(cāng)庫；
[0017]所述樣本數(shù)據(jù)管理子系統(tǒng)還用于通過開放的數(shù)據(jù)接口實(shí)時(shí)地將管理數(shù)據(jù)上傳至所述生物樣本數(shù)據(jù)倉(cāng)庫。
[0018]本技術(shù)方案保證了樣本數(shù)據(jù)和管理數(shù)據(jù)的快速上傳，有利于數(shù)據(jù)的共享。
[0019]較佳地，所述樣本數(shù)據(jù)采集子系統(tǒng)還用于將經(jīng)過ETL (用來描述將數(shù)據(jù)從來源端經(jīng)過抽取(extract)、轉(zhuǎn)換(transform)、加載(load)至目的端的過程)處理的樣本數(shù)據(jù)上傳至所述生物樣本數(shù)據(jù)倉(cāng)庫；
[0020]所述樣本數(shù)據(jù)管理子系統(tǒng)還用于將經(jīng)過ETL處理的管理數(shù)據(jù)上傳至所述生物樣本數(shù)據(jù)倉(cāng)庫。
[0021]其中，經(jīng)過ETL處理的樣本數(shù)據(jù)和管理數(shù)據(jù)能夠保證生物樣本數(shù)據(jù)倉(cāng)庫中的數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性，為樣本數(shù)據(jù)挖掘子系統(tǒng)和樣本數(shù)據(jù)應(yīng)用子系統(tǒng)的順利實(shí)現(xiàn)提供良好的保障。
[0022]較佳地，每個(gè)樣本具有唯一標(biāo)識(shí)的樣本米集ID (身份識(shí)別號(hào)碼)。本技術(shù)方案有利于樣本的識(shí)別，防止數(shù)據(jù)出現(xiàn)混亂。
[0023]較佳地，所述樣本數(shù)據(jù)采集子系統(tǒng)還包括一健康查體模塊、一邏輯判斷模塊、一樣本米集模塊、一數(shù)據(jù)接口模塊、一綜合報(bào)告模塊和一收費(fèi)模塊；
[0024]所述健康查體模塊用于通過健康查體、調(diào)查問卷的形式，獲取樣本源的基礎(chǔ)信息及臨床信息；
[0025]所述邏輯判斷模塊用于根據(jù)健康查體模塊獲取的基礎(chǔ)信息及臨床信息，對(duì)樣本源進(jìn)行存儲(chǔ)前的合格性判斷；
[0026]所述樣本采集模塊用于從樣本源采集樣本，獲得樣本數(shù)據(jù)，并將樣本移交冷鏈運(yùn)輸；
[0027]所述數(shù)據(jù)接口模塊用于將樣本數(shù)據(jù)上傳至所述生物樣本數(shù)據(jù)倉(cāng)庫；
[0028]所述綜合報(bào)告模塊用于輸出樣本源的綜合報(bào)告；
[0029]所述收費(fèi)模塊用于根據(jù)實(shí)際情況收取樣本采集費(fèi)用。
[0030]較佳地，所述樣本數(shù)據(jù)管理子系統(tǒng)還包括一冷鏈運(yùn)輸模塊、一樣本接收模塊、一樣本處理模塊、一樣本凍存管理模塊、一實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)模塊、一環(huán)境監(jiān)控模塊、一樣本質(zhì)控模塊和一樣本審批模塊；
[0031]所述冷鏈運(yùn)輸模塊用于樣本冷鏈運(yùn)輸?shù)墓芾恚?br>[0032]所述樣本接收模塊用于樣本接收的管理；
[0033]所述樣本處理模塊用于樣本分裝和樣本暫存的管理；
[0034]所述樣本凍存管理模塊用于進(jìn)行樣本定位查詢、出入庫和移庫的管理；
[0035]所述實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)模塊用于進(jìn)行實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)、樣本培養(yǎng)、樣本復(fù)蘇、樣本污染檢測(cè)的管理；
[0036]所述環(huán)境監(jiān)控模塊用于樣本存儲(chǔ)溫度、氧濃度和二氧化碳濃度檢測(cè)的管理；
[0037]所述樣本質(zhì)控模塊用于樣本污染檢測(cè)的管理；
[0038]所述樣本審批模塊用于樣本操作步驟的權(quán)限控制以及數(shù)據(jù)簽名的控制管理。
[0039]較佳地，所述樣本數(shù)據(jù)挖掘子系統(tǒng)包括一數(shù)據(jù)挖掘模塊和一輔助決策模塊；
[0040]所述數(shù)據(jù)挖掘模塊用于通過OLAP (聯(lián)機(jī)分析處理)服務(wù)，使用挖掘算法對(duì)基因樹、遺傳背景與基因的關(guān)系、全基因的測(cè)序、家庭的生活習(xí)慣與飲食以及遺傳因素中的一種或幾種數(shù)據(jù)進(jìn)行挖掘；
[0041 ] 所述輔助決策模塊用于通過對(duì)生物樣本數(shù)據(jù)倉(cāng)庫的挖掘，建立生物樣本庫運(yùn)行管理輔助決策模型，產(chǎn)生輔助決策依據(jù)；
[0042]較佳地，所述樣本數(shù)據(jù)應(yīng)用子系統(tǒng)包括一知識(shí)庫模塊和一數(shù)據(jù)共享模塊；
[0043]所述知識(shí)庫模塊用于通過輔助決策依據(jù)，形成知識(shí)庫并數(shù)據(jù)再利用；
[0044]所述數(shù)據(jù)共享模塊用于數(shù)據(jù)資源的申請(qǐng)與使用。
[0045]在符合本領(lǐng)域常識(shí)的基礎(chǔ)上，上述各優(yōu)選條件，可任意組合，即得本發(fā)明各較佳實(shí)例。
[0046]本發(fā)明的積極進(jìn)步效果在于:本發(fā)明提高了生物樣本庫運(yùn)行管理的質(zhì)量，明確了生物樣本庫的應(yīng)用轉(zhuǎn)化方向，突破了生物樣本庫高投資成本的商業(yè)成果轉(zhuǎn)化難題，規(guī)范了樣本庫數(shù)據(jù)采集、管理的要素，促進(jìn)了個(gè)性化醫(yī)學(xué)、精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)、轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)的發(fā)展，保障受益者的健康，緩解老齡化社會(huì)帶來的健康問題。
【附圖說明】
[0047]圖1為本發(fā)明的實(shí)施例的生物樣本庫應(yīng)用管理系統(tǒng)的系統(tǒng)示意圖。
[0048]圖2為本發(fā)明的實(shí)施例的樣本數(shù)據(jù)采集子系統(tǒng)的系統(tǒng)示意圖。
[0049]圖3為本發(fā)明的實(shí)施例的樣本數(shù)據(jù)管理子系統(tǒng)的系統(tǒng)示意圖。
[0050]圖4為本發(fā)明的實(shí)施例的樣本數(shù)據(jù)挖掘子系統(tǒng)的系統(tǒng)示意圖。
[0051]圖5為本發(fā)明