在重疊采集窗的多路分用之后改進數據質量的制作方法
【專利說明】在重疊采集窗的多路分用么后改進數據質量
[0001] 巧關申請案的香叉參考
[0002] 本申請案主張2013年6月6日提出申請的第61/832, 111號美國臨時專利申請案 的權益，所述美國臨時專利申請案的內容W全文引用的方式并入本文中。
【背景技術】
[0003] 當前質譜分析技術（循序窗口化采集（SWATH?))可使用重疊采集窗來采集數據。 可通過將信號多路分用而從所采集數據提取較窄窗?；旧?，此技術設及將重疊相關掃描 相加在一起，且從鄰近循環(huán)減去無關掃描W得出現(xiàn)在含有來自比原始采集窄的Ql窗的片 段的SWATH?掃描。
[0004] 關于此技術的一個可能問題是：當類似化合物在鄰近窗中時，從兩個（所有）經 多路分用窗減去所得片段。舉例來說，化合物與來自相同化合物的水離子的源中損失分開 18Da。每一循環(huán)之間具有12. 5化重疊的25化SWATH?實驗使得能夠將信號多路分用成 12. 5化窗。然而，運兩個離子的片段化圖案幾乎是完全相同的。因此，重疊窗的減去導致由 運些片段產生的信號的一些或全部從所有經多路分用窗的損失。 陽0化]關于此技術的另一潛在問題是：多路分用采取正方形Ql傳輸窗，且假定片段為化 合物跨此Ql窗相等地展開的結果。
[0006] 更快更靈敏儀器可直接采集較窄SWATH?窗。然而，與更快更靈敏儀器組合的多路 分用接著可實現(xiàn)甚至更窄的窗。

【發(fā)明內容】

[0007] 本發(fā)明掲示一種用于在循序窗口化采集串聯(lián)質譜法中在多路分用通過重疊前驅 物離子傳輸窗產生的產物離子譜之后識別遺漏產物離子的系統(tǒng)。所述系統(tǒng)包含串聯(lián)質譜儀 及處理器。
[0008] 所述串聯(lián)質譜儀對樣本執(zhí)行重疊循序窗口化采集。在每一循環(huán)上，所述串聯(lián)質譜 儀使前驅物質量窗跨質量范圍步進，使每一步進式前驅物質量窗的所傳輸前驅物離子片段 化，且分析從所述片段化的經傳輸前驅物離子產生的產物離子。在至少兩個循環(huán)之間，所述 串聯(lián)質譜儀使步進式前驅物質量窗移位W產生所述至少兩個循環(huán)之間的重疊質量窗。所述 重疊循序窗口化采集針對所述至少兩個循環(huán)中的每一循環(huán)的每一步進式前驅物質量窗產 生產物離子譜。
[0009] 所述處理器從所述串聯(lián)質譜儀接收所述至少兩個循環(huán)的多個重疊步進式前驅物 質量窗及其對應產物離子譜。所述處理器從所述多個重疊步進式前驅物質量窗及其對應產 物離子譜選擇第一前驅物質量窗及對應第一產物離子譜。所述處理器對于所述第一前驅物 質量窗的每一重疊部分多路分用產物離子譜，從而產生所述第一前驅物質量窗的兩個或兩 個W上多路分用的第一產物離子譜。
[0010] 舉例來說，針對所述第一前驅物質量窗的每一重疊部分，所述處理器（a)將所述 第一產物離子譜與重疊前驅物質量窗的產物離子譜相加，從而產生經求和產物離子譜，及 (b)從所述經求和產物離子譜一或多次地減去鄰近于所述第一前驅物質量窗及所述重疊前 驅物質量窗的與所述第一前驅物質量窗及所述重疊前驅物質量窗的非重疊部分重疊的兩 個或兩個W上前驅物質量窗的產物離子譜。
[0011] 所述處理器將所述兩個或兩個W上多路分用的第一產物離子譜相加在一起，從而 產生所重構經求和多路分用的第一產物離子譜。
[0012] 最終，所述處理器通過將所述經求和多路分用的第一產物離子譜與所述第一產物 離子譜進行比較而識別所述經求和多路分用的第一產物離子譜中的遺漏產物離子。
[0013] 本發(fā)明掲示一種用于在循序窗口化采集串聯(lián)質譜法中在多路分用通過重疊前驅 物離子傳輸窗產生的產物離子譜之后識別遺漏產物離子的方法。使用串聯(lián)質譜儀對樣本執(zhí) 行重疊循序窗口化采集，從而針對所述至少兩個循環(huán)中的每一循環(huán)的每一步進式前驅物質 量窗產生產物離子譜。
[0014] 使用處理器從串聯(lián)質譜儀接收所述至少兩個循環(huán)的多個重疊步進式前驅物質量 窗及其對應產物離子譜。使用所述處理器從所述多個重疊步進式前驅物質量窗及其對應產 物離子譜選擇第一前驅物質量窗及對應第一產物離子譜。使用所述處理器對于所述第一前 驅物質量窗的每一重疊部分多路分用產物離子譜，從而產生所述第一前驅物質量窗的兩個 或兩個W上多路分用的第一產物離子譜。
[0015] 使用所述處理器將兩個或兩個W上多路分用的第一產物離子譜相加在一起，從而 產生所重構經求和多路分用的第一產物離子譜。使用所述處理器通過將所述經求和多路分 用的第一產物離子譜與所述第一產物離子譜進行比較而識別所述經求和多路分用的第一 產物離子譜中的遺漏產物離子。
[0016] 本發(fā)明掲示一種包含其內容包含具有指令的程序的非暫時性及有形計算機可讀 存儲媒體的計算機程序產品，在處理器上執(zhí)行所述指令W便執(zhí)行用于在循序窗口化采集串 聯(lián)質譜法中在多路分用通過重疊前驅物離子傳輸窗產生的產物離子譜之后識別遺漏產物 離子的方法。所述系統(tǒng)包含測量模塊及分析模塊。
[0017] 所述測量模塊從串聯(lián)質譜儀接收所述至少兩個循環(huán)的多個重疊步進式前驅物質 量窗及其對應產物離子譜。所述串聯(lián)質譜儀對樣本執(zhí)行重疊循序窗口化采集，從而針對所 述至少兩個循環(huán)中的每一循環(huán)的每一步進式前驅物質量窗產生產物離子譜。
[0018] 所述分析模塊從所述多個重疊步進式前驅物質量窗及其對應產物離子譜選擇第 一前驅物質量窗及對應第一產物離子譜。所述分析模塊對于所述第一前驅物質量窗的每一 重疊部分多路分用產物離子譜，從而產生所述第一前驅物質量窗的兩個或兩個W上多路分 用的第一產物離子譜。
[0019] 所述分析模塊將所述兩個或兩個W上多路分用的第一產物離子譜相加在一起，從 而產生所重構經求和多路分用的第一產物離子譜。所述分析模塊通過將所述經求和多路分 用的第一產物離子譜與所述第一產物離子譜進行比較而識別所述經求和多路分用的第一 產物離子譜中的遺漏產物離子。
[0020] 本文中陳述申請人的教示的運些及其它圖。
【附圖說明】
[0021] 所屬領域的技術人員將理解，下文所描述的圖式僅用于圖解說明目的。所述圖式 并非打算W任何方式限制本發(fā)明的范圍。
[0022] 圖1是圖解說明可在其上實施本發(fā)明教示的實施例的計算機系統(tǒng)的框圖。
[0023] 圖2是根據各種實施例展示在其中類似化合物在鄰近窗中的循序窗口化采集實 驗中的重疊前驅物離子傳輸窗的示范性圖式。
[0024] 圖3是根據各種實施例展示對應于圖2的前驅物離子傳輸窗的產物離子譜的多路 分用的示范性圖式。
[00巧]圖4是根據各種實施例展示用于在循序窗口化采集串聯(lián)質譜法中在多路分用通 過重疊前驅物離子傳輸窗產生的產物離子譜之后識別遺漏產物離子的系統(tǒng)的示意圖。
[00%] 圖5是根據各種實施例展示用于在循序窗口化采集串聯(lián)質譜法中在多路分用通 過重疊前驅物離子傳輸窗產生的產物離子譜之后識別遺漏產物離子的方法的示范性流程 圖。
[0027]圖6是根據各種實施例的包含一或多個相異軟件模塊的系統(tǒng)的示意圖，所述系統(tǒng) 執(zhí)行用于在循序窗口化采集串聯(lián)質譜法中在多路分用通過重疊前驅物離子傳輸窗產生的 產物離子譜之后識別遺漏產物離子的方法。
[002引圖7圖解說明根據各種實施例展示重疊SWATH?窗的去卷積的示范性曲線圖。
[0029] 圖8圖解說明根據各種實施例展示來自酪蛋白水解液混合物的灌入的實例的示 范性曲線圖。
[0030] 圖9圖解說明根據各種實施例展示來自大腸桿菌蛋白質水解液的LC分離的實例 的示范性曲線圖。
[0031] 圖10圖解說明根據各種實施例展示多個片段的XIC的示范性曲線圖。
[0032] 圖11圖解說明根據各種實施例展示來自較窄經去卷積窗的S/N比改進的示范性 曲線圖。
[0033] 圖12圖解說明根據各種實施例展示等效循環(huán)時間使得充裕點能夠跨LC峰值的示 范性曲線圖。
[0034] 圖13圖解說明根據各種實施例展示經改進定量的示范性曲線圖。
[0035] 圖14圖解說明根據各種實施例展示小分子的檢測的示范性曲線圖。
[0036]在詳細描述本發(fā)明的一或多個實施例之前，所屬領域的技術人員將了解，本發(fā)明 在其應用方面并不限于W下詳細描述中陳述的構造細節(jié)、組件布置及步驟布置。本發(fā)明能 夠具有其它實施例并W各種方式來實踐或實行。而且，應理解，本文中所使用的措辭及術語 用于描述目的且不應視為具有限制性。
【具體實施方式】 陽的7] 計算化連施的系統(tǒng)
[0038]圖1是圖解說明可在其上實施本發(fā)明教示的實施例的計算機系統(tǒng)100的框圖。計 算機系統(tǒng)100包含用于傳達信息的總線102或其它通信機構，及與總線102禪合W用于處 理信息的處理器104。計算機系統(tǒng)100還包含存儲器106,其可為禪合到總線102W用于存 儲待由處理器104執(zhí)行的指令的隨機存取存儲器（RAM)或其它動態(tài)存儲裝置。存儲器106 還可用于在待由處理器104執(zhí)行的指令的執(zhí)行期間存儲暫時變量或其它中間信息。計算機 系統(tǒng)100進一步包含禪合到總線102W用于存儲用于處理器104的靜態(tài)信息及指令的只讀 存儲器（ROM) 108或其它靜態(tài)存儲裝置。提供例如磁盤或光盤等存儲裝置110且存儲裝置 110禪合到總線102W用于存儲信息及指令。
[0039] 計算機系統(tǒng)100可經由總線102禪合到例如陰極射線管（CRT)或液晶顯示器 化CD)的顯示器112W向計算機用戶顯示信息。包含字母數字鍵及其它鍵的輸入裝置114 禪合到總線102W用于將信息及命令選擇傳達到處理器104。另一類型的用戶輸入裝置為 用于將方向信息及命令選擇傳達到處理器104且用于控制顯示器112上的光標移動的光標 控制件116,例如鼠標、軌跡球或光標方向鍵。此輸入裝置通常具有在兩個軸（第一軸（即， X)及第二軸（即，y))上的兩個自由度，運允許所述裝置規(guī)定在一平面中的位置。
[0040] 計算機系統(tǒng)100可執(zhí)行本發(fā)明教示。依照本發(fā)明教示的某些實施方案，由計算機 系統(tǒng)100響應于處理器104執(zhí)行存儲器106中所含有的一或多個指令的一或多