用于預(yù)測大腸癌發(fā)病危險度的基因標(biāo)志物及其應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明設(shè)及一種通過確認(rèn)與大腸癌發(fā)病危險度具有顯著的相關(guān)關(guān)系的特定的單 核巧酸多態(tài)性（SNP: single nucleotide polymo巧hism)堿基來預(yù)測大腸癌發(fā)病危險度的 方法、包含有能夠確認(rèn)上述SNP的多核巧酸、多膚、抗體或互補脫氧核糖核酸(cDNA)的大腸 癌發(fā)病危險度預(yù)測用組合物和包含該組合物的微陣列W及試劑盒。
【背景技術(shù)】
[0002] 大腸的結(jié)構(gòu)是指從小腸末端起至肛口的臟器，其長度約為1.5米左右。大腸由上 行、橫行、下行和S狀結(jié)腸、直腸及肛口構(gòu)成，大腸的主要功能是指通過從小腸接收消化后的 殘留食物而吸收水分和電解質(zhì)并將剩余殘渣排出的功能。
[0003] 大腸癌為在上行結(jié)腸、橫行結(jié)腸、下行結(jié)腸、S狀結(jié)腸和直腸粘膜中發(fā)生的惡性腫 瘤，其包含有腺癌、淋己癌、肉瘤、扁平上皮癌等，其中腺癌(adenocarcinoma)的發(fā)生所占比 重較高。據(jù)悉，在韓國，分部位的大腸癌發(fā)生頻率中，上行結(jié)腸和S狀結(jié)腸各占25%，直腸占 20%。
[0004] 查看大韓民國的大腸癌，在70年代之前屬于不易發(fā)生的疾病，但隨著飲食生活的 西方化，目前呈現(xiàn)逐漸增加的趨勢。根據(jù)統(tǒng)計局的死亡原因統(tǒng)計（國家核準(zhǔn)統(tǒng)計第10154號） 和保健福祉部的癌癥登記統(tǒng)計（國家核準(zhǔn)統(tǒng)計第11744號），從2000年至2010年的10年之間， 大腸癌的發(fā)病率從10萬人中21.8人上升至41.5人，死亡率從10萬人中8.8人上升至15.4人， 幾乎增加了 2倍，并且呈現(xiàn)繼續(xù)增加的趨勢。
[0005] 并且，當(dāng)縱觀與大韓民國相鄰的亞洲國家中的中國和日本時，引用中國媒體的美 國自由亞洲電臺（RF A)的報道中稱，根據(jù)中國腫瘤登記中屯、發(fā)刊的< 2 013中國腫瘤年度報 告 >，癌癥死亡者人數(shù)達到年內(nèi)270萬人，年平均有312萬人得到了癌癥確診判定，呈現(xiàn)每年 增加的趨勢。并且，報告稱大腸癌之一的直腸癌的發(fā)病率在所有癌癥中占據(jù)第Ξ位(第一 位：肺癌，第二位：胃癌，第Ξ位：直腸癌）。至于日本，根據(jù)2006年日本癌癥發(fā)病率監(jiān)測 (MCIJ:Monito;ring of (Mincer Incidence in Japan)的統(tǒng)計資料，報告稱對于男性（胃癌： 55.3人/10萬人、大腸癌:45.1人/10萬人、肺癌:41.6人/10萬人)和女性(乳腺癌:52人/10萬 人，大腸癌:25.6人/10萬人，胃癌:20.3人/10萬人)而言，大腸癌的發(fā)病率在所有癌癥中分 別占據(jù)第二位（International 化unal of Cencer(國際癌癥雜志），2014，134,747-754)。
[0006] 目前，對于大腸癌來說，與其它消化系統(tǒng)癌癥相同，外科手術(shù)是最為有效的治療方 法，從一期初期階段至Ξ期具有70%~90%的生存率，最后階段四期中具有15%的生存率。
[0007] 大腸癌的主要危險因素大致可分為兩種。第一種為環(huán)境因素，高齡、過度攝取肉 類、纖維質(zhì)攝取不足、維生素攝取不足、巧攝取不足、飲酒、吸煙等被認(rèn)為是其原因。第二種 為遺傳因素，被認(rèn)為在癌細胞發(fā)展到轉(zhuǎn)移的各階段中有4口(：、邸45、口53、11^1、15肥、1服4八及 SMD4等各種基因參與。
[000引另一方面，在人類的情況下，W約每1000堿基中一次的頻率發(fā)生變異，運被稱之為 單核巧酸多態(tài)性（SNP: single nucleotide polymorphism) ,5%多態(tài)性稱之為常見多態(tài) (common polymo巧hism)，l~5%多態(tài)性稱之為罕見多態(tài)(rare polymo;rphism)。目前，為了 分析人類所有堿基序列，諸多實驗方法等得到了發(fā)展，其中，目前為止全基因組關(guān)聯(lián)研究 (Genome-wide association study:GWAS)被用于很多疾病的研究中。
[0009] GWAS一般在常見疾?。╟ommon disease)與常見變異（common variant)相關(guān)聯(lián)的 假設(shè)下進行研究，但認(rèn)為運種研究中會發(fā)生"遺傳性缺失(missing heritabi 1 ity)"問題。 "遺傳性缺失(missing heritabilityΓ是指因個別基因無法完全說明疾病或行動等的表 現(xiàn)型（phenotype)而出現(xiàn)的現(xiàn)象，其觀點為疾病通過所有基因型的組合而決定。最近，為了 完善該遺傳性缺失，普遍使用基因-環(huán)境相互作用、基因-基因相互作用分析等。
[0010] 但是，W往幾乎沒有作出關(guān)于利用基因 SNP多態(tài)性來診斷大腸癌危險度的研究報 告。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0011] 發(fā)明要解決的問題
[0012] 鑒于此，本發(fā)明人假設(shè)個人SNP變異會影響大腸癌的發(fā)病危險度，并分析了在大腸 癌患者和正常人的臨床樣本內(nèi)SNP與大腸癌危險度之間的關(guān)聯(lián)性后，找到了可W預(yù)測大腸 癌發(fā)病危險的單一 SNP生物標(biāo)志物。另外，本發(fā)明人通過利用單一 SNP的基因 -基因相互作用 分析，構(gòu)建了更加強有力的大腸癌預(yù)測模型，從而完成了本發(fā)明。
[0013] 用于解決問題的手段
[0014] 本發(fā)明的一目的在于提供一種通過對從患者獲取到的基因樣本，確認(rèn)與大腸癌危 險度具有顯著的相關(guān)關(guān)系的特定的SNP堿基，來預(yù)測大腸癌發(fā)病危險度的方法。
[0015] 本發(fā)明的一目的在于提供一種通過對從患者獲取到的基因樣本，確認(rèn)與大腸癌危 險度具有顯著的相關(guān)關(guān)系的特定的SNP堿基，來提供用于預(yù)測大腸癌發(fā)病危險度的信息的 方法。
[0016] 本發(fā)明的另一目的在于提供一種包含有能夠確認(rèn)特定的SNP標(biāo)志物的多核巧酸、 多膚或其cDNA的大腸癌發(fā)病危險度預(yù)測用組合物。
[0017] 本發(fā)明的另一目的在于提供一種包含有能夠確認(rèn)特定的SNP標(biāo)志物的多核巧酸、 多膚、其抗體或其cDNA的大腸癌發(fā)病危險度預(yù)測用微陣列。
[0018] 本發(fā)明的另一目的在于提供一種包含有能夠確認(rèn)特定的SNP標(biāo)志物的多核巧酸、 多膚、其抗體或其cDNA的大腸癌發(fā)病危險度預(yù)測用試劑盒。
[0019] 發(fā)明的效果
[0020] 本發(fā)明可通過提供易患大腸癌的基因型，從而提供能夠通過早期診斷并預(yù)測大腸 癌危險人群來進行預(yù)防的信息。并且，本發(fā)明可提供能夠預(yù)防大腸癌的早期診斷用組合物 的診斷試劑盒的開發(fā)及用于預(yù)測的信息提供方法。
【附圖說明】
[0021] 圖1表示六個脂聯(lián)素基因 SNP之間的連鎖不平衡(LD)。
[0022] 圖2表示rs3865188與rs3774261之間的相互作用和人類血液內(nèi)的脂聯(lián)素數(shù)值之間 的相關(guān)關(guān)系。與rs3865188: AA和rs3774261: AA基因型組合群(血液內(nèi)脂聯(lián)素中央值:7.835μ g/ml)相比，對大腸癌呈現(xiàn)最高危險度的rs3865188: ΤΤ和rs3774261: GG基因型組合群(脂聯(lián) 素數(shù)值中央值:4，800μg/ml)的血液內(nèi)脂聯(lián)素的量較少(顯著性水平P = ο. 0017)。
【具體實施方式】
[0023] 大腸癌起因于環(huán)境因素和遺傳因素，通過事先預(yù)測遺傳因素來進行預(yù)防的方法能 有效預(yù)防大腸癌。本發(fā)明中提出了利用基因-基因相互作用來預(yù)測大腸癌的強有力的模型。
[0024] 本發(fā)明人將大腸癌患者325人和正常組977人作為對象，確認(rèn)了 T-巧粘蛋白基因中 的SNP(rs3865188)與大腸癌危險度之間的關(guān)聯(lián)性，進而分析了 rs3865188與作為T-巧粘蛋 白的配體的脂聯(lián)素基因中的5肥^32241767^33821799^33774261^36773957)之間的相 互作用和大腸癌危險度之間的關(guān)聯(lián)性。
[0025] 其結(jié)果，確認(rèn)了 rs3865188為單一 SNP，其可用于預(yù)測大腸癌危險度，進一步通過 rs3865188和脂聯(lián)素 SNP的組合，可預(yù)測最高4.257倍的較高的危險人群。另外，確認(rèn)了運種 基因-基因組合與實際血液內(nèi)的脂聯(lián)素的量具有相關(guān)性。
[0026] 鑒于此，作為一方式，本發(fā)明提供一種提供用于預(yù)測大腸癌發(fā)病危險度的信息的 方法，其包括W下步驟:對從患者獲取到的基因樣本，確認(rèn)T-巧粘蛋白基因中的W序列號1 (NCBI refSNP ID:rs3865188)表示的序列的第27個堿基的多態(tài)性。
[0027] 作為優(yōu)選方式，本發(fā)明提供一種提供用于預(yù)測大腸癌發(fā)病危險度的信息的方法， 其進一步包括W下步驟:對從患者獲取到的基因樣本，確認(rèn)選自由脂聯(lián)素 (adiponectin)基 因中的W序列號2(NCBI refSNP ID:rs2241767)表示的序列的第27個堿基的多態(tài)性、脂聯(lián) 素基因中的W序列號3(NCBI refSNP ID:rs3821799)表示的序列的第27個堿基的多態(tài)性、 脂聯(lián)素基因中的W序列號4(NCBI refSNP ID:rs3774261)表示的序列的第27個堿基的多態(tài) 性和脂聯(lián)素基因中的W序列號5(NCBI refSNP ID:rs6773957)表示的序列的第27個堿基的 多態(tài)性組成的組中的一個W上的多態(tài)性。
[00巧]在本發(fā)明中，可知T-巧粘蛋白（T-ca化e;rin、H-ca化e;rin(H-巧粘蛋白）或CDH13)為 脂聯(lián)素受體的同時也是LDL受體，并且作出了與大腸癌相關(guān)