專利名稱：用于鑒定、評(píng)估、預(yù)防和治療前列腺癌的基因、組合物、試劑盒和方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明的領(lǐng)域?yàn)榍傲邢侔?，包括前列腺癌的診斷、表征、處理和治療。
背景技術(shù)：
在美國(guó)以及實(shí)際上在世界范圍內(nèi)報(bào)告的增加的癌癥病例數(shù)都備受關(guān)注。當(dāng)前對(duì)于特定類型的癌癥僅有少數(shù)幾種治療方法有效，并且無法提供絕對(duì)成功的保證。為使療效最好，這些治療方法不僅需要對(duì)惡性腫瘤早期檢測(cè)，還需要對(duì)惡性腫瘤的嚴(yán)重程度進(jìn)行可靠的評(píng)估。前列腺癌(PCA)是在美國(guó)男性中最常被診斷出的癌癥，并且是排第二位的男性癌癥死亡原因(Karp等人，1996，Cancer Res. 56 :5547-5556)。男性中該器官對(duì)癌癥的急性易感性尚未被認(rèn)識(shí)。斯基恩腺是女性中與男性前列腺相對(duì)應(yīng)的組織，但不是觀察到明顯致瘤性轉(zhuǎn)化的部位。前列腺癌所表現(xiàn)出的一種不同尋常的挑戰(zhàn)是大多數(shù)前列腺腫瘤不是危及生命的疾病。尸檢調(diào)查表明多達(dá)1100萬美國(guó)男性患有前列腺癌(Dhom，1983，J. Cancer Res. Clin.Oncol.，106 :210-218)。這些數(shù)字與前列腺癌的臨床觀察結(jié)果一致，即通常表現(xiàn)為緩慢和延遲的進(jìn)展過程。這樣的疾病進(jìn)展導(dǎo)致相對(duì)較少的前列腺腫瘤在患者的生命期間發(fā)展為臨床上關(guān)注的病例。如果一旦用有效的方法檢測(cè)到，癌癥就似乎已經(jīng)是分化良好、局灶且器官限制的，治療通常不能延長(zhǎng)老年患者的預(yù)期壽命。不幸的是，自然進(jìn)展的前列腺癌在利用有效方法臨床檢測(cè)到時(shí)通常已經(jīng)轉(zhuǎn)移。患轉(zhuǎn)移性前列腺癌的個(gè)體的存活率極低。在這兩個(gè)極端之間是在生命期間將會(huì)轉(zhuǎn)移但是尚未轉(zhuǎn)移的前列腺腫瘤患者。對(duì)于這些患者，手術(shù)切除前列腺是可治愈的，并且延長(zhǎng)預(yù)期壽命。因此，準(zhǔn)確地確定新診斷的患者屬于哪一類對(duì)于確定最佳治療和患者的存活是關(guān)鍵性的。當(dāng)前醫(yī)生至少可以使用一種早期的非侵入性試驗(yàn)來檢測(cè)無癥狀的疾病。使用標(biāo)準(zhǔn)的基于抗體的檢測(cè)試劑盒可以相對(duì)容易地檢測(cè)血樣中前列腺特異性抗原(PSA)的存在?；颊哐逯写嬖诋惓８咚降脑摽乖砻髑傲邢偌膊〉目赡苄裕赡苁前┌Y、良性前列腺增生(BPH)或前列腺炎。在大多數(shù)病例中，PSA升高是由于BPH或前列腺炎而不是由于癌癥。
盡管已經(jīng)利用臨床和病理學(xué)分期和組織學(xué)分級(jí)系統(tǒng)(例如Gleason' s)根據(jù)腫瘤分化程度或腺型類型來指示患者組的預(yù)后(Carter和Coffey, In :J. P. Karr和H. Yamanak(eds.), Prostate Cancer The Second Tokyo Symposium,pp. 19-27,New York Elsevier, 1989. ；Diamond 等人，J. Urol.，128 :729-734,1982)，但是這些系統(tǒng)不能充分地預(yù)測(cè)癌癥的進(jìn)展速度。盡管已經(jīng)建議使用原發(fā)損傷的組織切片的“核圓度”的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)圖像分析來作為處置患者個(gè)體的輔助手段(Diamond等人，1982，J. Urol. , 128 :729-734)，但是該方法在研究疾病進(jìn)展中應(yīng)用有限。使用流式細(xì)胞術(shù)和FISH分析DNA含量/倍性已經(jīng)證明可用于預(yù)測(cè)前列腺癌的侵占性(Pearsons 等人，1993, J. Urol.，150 120-125 ；Macoska 等人，1994, Cancer Res. ,54 3824-3830 ；Visakorpi 等人，1994, Am. J. Pathol.，145 1-7 ；Takahashi 等人，1994, CancerRes. ,54 :3574-3579 ；Alcaraz 等人，Cancer Res. ,55 :3998-4002,1994)，但是這些方法昂貴、費(fèi)時(shí)，并且后一種方法需要構(gòu)建著絲粒特異性探針進(jìn)行分析。還存在已經(jīng)報(bào)道其表達(dá)與前列腺癌有關(guān)的特異性核基質(zhì)蛋白。但是，這些蛋白標(biāo)志物顯然不能區(qū)別BPH和前列腺癌(Partin等人，1993，Cancer Res. ,53 :744-746)。遺憾的是，不能區(qū)別良性和惡性前列腺腫瘤的標(biāo)志物沒有價(jià)值。
因此，提供用于診斷、分期、預(yù)后、監(jiān)測(cè)和治療前列腺癌的方法和試劑是有益的。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明涉及癌癥標(biāo)志物(下文稱為“標(biāo)志物”或“本發(fā)明的標(biāo)志物”)，它們?cè)诒鞩中列出。本發(fā)明提供這些標(biāo)志物編碼的或相對(duì)應(yīng)的核酸和蛋白質(zhì)(下文分別稱為“標(biāo)志物核酸”和“標(biāo)志物蛋白”)。本發(fā)明還提供與這些標(biāo)志物蛋白和/或標(biāo)志物蛋白的片段特異性結(jié)合的抗體、抗體衍生物和抗體片段。本發(fā)明還涉及用于診斷、分期、預(yù)后、監(jiān)測(cè)和治療前列腺癌的各種方法、試劑和試劑盒。在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供一種評(píng)估患者是否患有前列腺癌或者其發(fā)展為前列腺癌的危險(xiǎn)是否高于正常的診斷方法，包括比較患者樣品中至少一種本發(fā)明標(biāo)志物的表達(dá)水平和對(duì)照，如未患前列腺癌者樣品中所述標(biāo)志物的正常表達(dá)水平?；颊邩悠分兴鰳?biāo)志物的表達(dá)水平顯著提高指示所述患者患有前列腺癌或具有發(fā)展前列腺癌的危險(xiǎn)。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了評(píng)估患者是否患有前列腺癌或是否可能發(fā)展為前列腺癌的診斷方法，包括比較患者樣品中至少一種本發(fā)明標(biāo)志物的表達(dá)水平和患有良性前列腺增生或無前列腺腫瘤的對(duì)照受試者樣品中該標(biāo)志物的表達(dá)水平。標(biāo)志物的表達(dá)水平升高可指示前列腺癌。因此，本發(fā)明的方法可以用于鑒定發(fā)展前列腺癌的危險(xiǎn)升高的患者(如具有前列腺癌家族史的患者、被鑒定為具有突變的癌基因的患者)。該方法也是用于評(píng)估患者是否患有前列腺癌或是否可能發(fā)展前列腺癌的有用的診斷方法.本發(fā)明的方法也可以用于預(yù)測(cè)前列腺癌的特定分期，以及評(píng)估癌癥是否轉(zhuǎn)移(如轉(zhuǎn)移到淋巴結(jié))。此外，本發(fā)明的方法也可以用于預(yù)測(cè)前列腺癌患者或經(jīng)受根除前列腺癌治療的患者的臨床結(jié)果。此外，本發(fā)明的方法也用于評(píng)估前列腺癌患者的治療效果(如化療效果)。另外，本發(fā)明的方法也可用于評(píng)估物質(zhì)的與前列腺相關(guān)的致癌性。根據(jù)本發(fā)明，選擇標(biāo)志物，使得本發(fā)明方法的陽性預(yù)測(cè)值為至少約10%，優(yōu)選約25%，更優(yōu)選約50%以及最優(yōu)選約90%。本發(fā)明的以下實(shí)施方案也是優(yōu)選的，其中與正常非前列腺癌患者相比，在至少約15%的前列腺癌患者(包括，例如Tl期前列腺癌患者，T2期前列腺癌患者，T3期前列腺癌患者，T4期前列腺癌患者，N期前列腺癌患者，M期前列腺癌患者，以及任何其它類型的與前列腺相關(guān)的癌、惡性腫瘤和轉(zhuǎn)化)中所述標(biāo)志物過量表達(dá)至少5倍。本發(fā)明進(jìn)一步提供了用于評(píng)估患者是否患有已經(jīng)轉(zhuǎn)移的或可能轉(zhuǎn)移的前列腺癌的診斷方法，該方法包括比較患者樣品中至少一種表I所列的標(biāo)志物的表達(dá)水平和患有非轉(zhuǎn)移前列腺腫瘤或無前列腺腫瘤的對(duì)照受試者樣品中所述標(biāo)志物的表達(dá)水平。與對(duì)照受試者樣品中的水平相比，患者樣品中的表達(dá)水平明顯較高表明前列腺癌已經(jīng)轉(zhuǎn)移或可能轉(zhuǎn)移。本發(fā)明還提供了用于預(yù)測(cè)前列腺癌患者的臨床結(jié)果的方法，包括比較患者樣品中至少一種表I所列的標(biāo)志物的表達(dá)水平和具有良好臨床結(jié)果的對(duì)照受試者(如具有大于5年的無病存活水平的以前的前列腺癌患者)樣品中所述標(biāo)志物的表達(dá)水平。與對(duì)照受試者樣品中的表達(dá)水平相比，患者樣品中的表達(dá)水平明顯較高表明患者具有不良的結(jié)果(如小于三年的無病存活)。
本發(fā)明也提供用于評(píng)估一種療法抑制患者前列腺癌的療效的方法。該方法包括將對(duì)患者提供至少一部分治療之前從患者中獲得的第一樣品中至少一種本發(fā)明標(biāo)志物的表達(dá)與實(shí)施該部分治療后從患者中獲得的第二樣品中該標(biāo)志物的表達(dá)進(jìn)行比較。該標(biāo)志物在第二樣品中的表達(dá)水平顯著低于在第一樣品中的表達(dá)水平表明該療法對(duì)于抑制患者前列腺癌是有效的。應(yīng)當(dāng)理解，在這些方法中，“療法”可以是治療前列腺癌的任何療法，包括但不限于化療、放療、手術(shù)切除腫瘤組織、基因治療和生物治療，如施用抗體和趨化因子。因此，本發(fā)明的方法可以用于在治療之前、期間及之后評(píng)價(jià)患者，例如評(píng)價(jià)腫瘤負(fù)荷的減少。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，這些方法是針對(duì)采用化學(xué)劑或生物劑的治療。這些方法包括將從患者中獲得并在化學(xué)劑或生物劑存在下保存的第一樣品中至少一種本發(fā)明標(biāo)志物的表達(dá)與從患者中獲得并在不含上述藥劑條件下保存的第二樣品中該標(biāo)志物的表達(dá)進(jìn)行比較。該標(biāo)志物在第二樣品中的表達(dá)水平顯著低于在第一樣品中的表達(dá)水平表明該藥劑在抑制患者的前列腺癌上有效。在某些實(shí)施方案中，第一和第二樣品可以是從患者中獲得的同一樣品的部分，或者是從患者中獲得的合并樣品的部分。本發(fā)明另外還提供一種評(píng)估患者中前列腺癌進(jìn)展的監(jiān)測(cè)方法，該方法包括檢測(cè)第一時(shí)間點(diǎn)的患者樣品中至少一種本發(fā)明標(biāo)志物的表達(dá)；在后一時(shí)間點(diǎn)及時(shí)重復(fù)該表達(dá)檢測(cè)步驟；和比較第一和第二檢測(cè)步驟中檢測(cè)到的表達(dá)水平，由此監(jiān)測(cè)患者中前列腺癌的進(jìn)展。該標(biāo)志物在后一時(shí)間點(diǎn)樣品中的表達(dá)水平顯著高于在第一時(shí)間點(diǎn)樣品中的表達(dá)水平表明患者的前列腺癌已經(jīng)進(jìn)展，而表達(dá)水平顯著較低則表明前列腺癌已經(jīng)消退。本發(fā)明還提供一種選擇用于抑制患者前列腺癌的候選組合物/化合物的試驗(yàn)方法。該方法包括以下步驟從患者中獲得含癌細(xì)胞的樣品；在至少一種試驗(yàn)組合物/化合物存在下分開保存來自患者的至少一種含有癌細(xì)胞的樣品；比較至少一種本發(fā)明標(biāo)志物在各等份中的表達(dá)；和選擇一種試驗(yàn)組合物/化合物作為抑制前列腺癌的候選組合物/化合物，其中相對(duì)于該標(biāo)志物在其他試驗(yàn)組合物/化合物存在下的表達(dá)水平，所選試驗(yàn)組合物/化合物顯著降低至少一種本發(fā)明的標(biāo)志物在含該試驗(yàn)組合物/化合物的等份中的表達(dá)水平。本發(fā)明另外提供一種評(píng)估化合物的致前列腺癌能力的試驗(yàn)方法。該方法包括以下步驟在存在及不存在該化合物的條件下分開保存前列腺細(xì)胞等份；比較本發(fā)明標(biāo)志物在各等份中的表達(dá)。在該化合物存在下保存的等份中該標(biāo)志物的表達(dá)水平顯著高于在不含該化合物條件下保存的等份中的表達(dá)水平表明該化合物具有致前列腺癌能力。另外，本發(fā)明進(jìn)一步提供一種抑制患者前列腺癌的方法。該方法包括以下步驟從患者中獲得含癌細(xì)胞的樣品；在試驗(yàn)組合物/化合物存在下分開保存來自患者的至少一種含癌細(xì)胞的樣品；
比較本發(fā)明標(biāo)志物在各等份中的表達(dá)；確定一種組合物/化合物為前列腺癌的抑制劑，其中相對(duì)于該標(biāo)志物在其他組合物/化合物存在下的表達(dá)水平，該組合物/化合物顯著降低該標(biāo)志物在含該組合物/化合物的等份中的表達(dá)水平；和向患者施用至少一種被確定為前列腺癌抑制劑的組合物/化合物。根據(jù)本發(fā)明，本發(fā)明標(biāo)志物在樣品中的表達(dá)水平例如可以通過檢測(cè)樣品中下列物質(zhì)的存在來評(píng)估相應(yīng)的標(biāo)志物蛋白(例如具有如下序列之一的蛋白質(zhì)SEQ ID N0:2、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO 6, SEQ ID N0:8、SEQ ID NO: 10、SEQ ID NO: 12、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO:
16、SEQ ID NO 18, SEQ ID NO :20、SEQ ID NO :22、SEQ ID NO :24、SEQ ID NO :26、SEQ IDNO 30, SEQ ID NO :32、SEQ ID NO :34、SEQ ID NO :36、SEQ ID NO :38、SEQ ID NO :40、SEQID NO :42和SEQ ID NO :44)或蛋白質(zhì)片段(例如通過使用特異性結(jié)合該蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)片段的試劑，例如抗體、抗體衍生物、抗體片段或單鏈抗體)；相應(yīng)的標(biāo)志物核酸(例如具有如下SEQ ID NO序列之一的核苷酸轉(zhuǎn)錄物(例如SEQID NO: I、SEQ ID N0:3、SEQ ID N0:5、SEQ ID N0:7、SEQ ID N0:9、SEQ ID NO: 11、SEQ IDNO13,SEQ ID NO15,SEQ ID NO17,SEQ ID NO19,SEQ ID NO2U SEQ ID NO :23、SEQID NO 25, SEQ ID NO :29、SEQ ID NO :31、SEQ ID NO :33、SEQ ID NO :35、SEQ ID NO :37、SEQ ID NO 39, SEQ ID NO :41和SEQ ID NO :43)或其互補(bǔ)序列)，或核酸片段(例如通過將從樣品中獲得的轉(zhuǎn)錄多核苷酸與一種基質(zhì)相接觸，該基質(zhì)上附著有一種或多種具有以下任一 SEQ ID NO序列的完整序列或片段的核酸(例如SEQ ID NO USEQ ID N0:3、SEQ IDNO :5、SEQ ID NO :7、SEQ ID NO :9、SEQ ID NO :11、SEQ ID NO :13、SEQ ID NO :15、SEQ IDNO :17、SEQ ID NO :19、SEQ ID NO :21、SEQ ID NO :23、SEQ ID NO :25、SEQ ID NO :29、SEQID NO 3USEQ ID NO 33,SEQ ID NO :35、SEQ ID NO 37,SEQ ID NO 39,SEQ ID NO :41和SEQ ID NO 43))或其互補(bǔ)序列；或相應(yīng)標(biāo)志物蛋白直接(即催化)或間接產(chǎn)生的代謝物。根據(jù)本發(fā)明，上述任何方法都可以使用多種(例如2、3、5或10種或更多)前列腺癌標(biāo)志物進(jìn)行或?qū)ζ溥M(jìn)行檢測(cè)，包括本發(fā)明提供的標(biāo)志物與本領(lǐng)域公知的其他前列腺癌標(biāo)志物的組合。在該方法中，將樣品中多種標(biāo)志物(其中至少一種是本發(fā)明的標(biāo)志物)各自的表達(dá)水平與從未患前列腺癌的對(duì)照人體中獲得的同類樣品中所述多種標(biāo)志物各自的正常表達(dá)水平進(jìn)行比較。一種或多種本發(fā)明標(biāo)志物或其一定組合在樣品中的表達(dá)水平相對(duì)于該標(biāo)志物的相應(yīng)正?；?qū)φ账斤@著改變(即升高或降低，如使用一種標(biāo)志物的上述方法所說明的)表明該患者患有前列腺癌。對(duì)于所有上述方法，優(yōu)選選擇標(biāo)志物，使該方法的陽性預(yù)測(cè)值至少約為10%。另一方面，本發(fā)明提供了與標(biāo)志物蛋白(例如具有如下任一序列的蛋白質(zhì)SEQID NO :2、SEQ ID NO :4、SEQ ID NO :6、SEQ ID NO :8、SEQ ID NO :10、SEQ ID NO :12、SEQID NO :14、SEQ ID NO :16、SEQ ID NO :18、SEQ ID NO :20、SEQ ID NO :22、SEQ ID NO :24、SEQ ID NO26,SEQ ID NO30,SEQ ID NO 32,SEQ ID NO34,SEQ ID NO36,SEQ ID NO:38、SEQ ID NO :40、SEQ ID NO 42和SEQ ID NO 44)或該蛋白的片段特異性結(jié)合的抗體、抗體衍生物或抗體片段。本發(fā)明也提供制備這些抗體、抗體衍生物和抗體片段的方法。這些方法可包括用包含標(biāo)志物蛋白的全部或10個(gè)或10個(gè)以上氨基酸的片段(例如具有如下任一序列的蛋白質(zhì)SEQ ID NO :2、SEQ ID NO :4、SEQ ID NO :6、SEQ ID NO :8、SEQ ID NO
10、SEQ ID NO :12、SEQ ID NO :14、SEQ ID NO :16、SEQ ID NO :18、SEQ ID NO :20、SEQ I DNO :22、SEQ ID NO :24、SEQ ID NO :26、SEQ ID NO :30、SEQ ID NO :32、SEQ ID NO :34、SEQID NO :36、SEQ ID NO :38、SEQ ID NO :40、SEQ ID NO 42 和 SEQ ID NO 44)的蛋白質(zhì)或肽免疫哺乳動(dòng)物，其中該蛋白質(zhì)或肽可以從細(xì)胞獲得或者可以通過化學(xué)合成獲得。本發(fā)明的方法也包括制備單克隆和單鏈抗體，進(jìn)一步包括從被免疫的哺乳動(dòng)物中分離脾細(xì)胞，將分離的脾細(xì)胞與無限增殖化細(xì)胞系相融合，形成雜交瘤，篩選各個(gè)雜交瘤，選擇產(chǎn)生與標(biāo)志物蛋白或該蛋白的片段特異性結(jié)合的抗體的雜交瘤。另一方面，本發(fā)明涉及多種診斷和檢測(cè)試劑盒。在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供一種評(píng)估患者是否患有前列腺腫瘤的試劑盒。另一方面，該試劑盒可以用于評(píng)估患者是否具有發(fā)展前列腺癌的危險(xiǎn)。該試劑盒包括用于評(píng)估至少一種本發(fā)明標(biāo)志物的表達(dá)的試劑。再另一個(gè)實(shí)施方案提供一種試劑盒，其可以用于評(píng)估患者是否患有攻擊性前列腺腫瘤。該試劑盒包括用于評(píng)估至少一種本發(fā)明標(biāo)志物的表達(dá)的試劑。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供一種評(píng)估化學(xué)劑或生物劑用于抑制患者前列腺癌的適用性的試劑盒。該試劑盒包括用于評(píng)估至少一種本發(fā)明標(biāo)志物的表達(dá)的試劑，也可以包括一種或多種這樣的試劑。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供用于評(píng)估前列腺癌細(xì)胞的存在或者用于治療前列腺癌的試劑盒。該試劑盒可以包括與標(biāo)志物蛋白或蛋白質(zhì)片段特異性結(jié)合的抗體、抗體衍生物或抗體片段。該試劑盒也可包括多種抗體、抗體衍生物或抗體片段，其中所述多種抗體物質(zhì)與標(biāo)志物蛋白或其片段特異性結(jié)合。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供用于評(píng)估前列腺癌細(xì)胞的存在的試劑盒，其中該試劑盒包括與至少一種標(biāo)志物核酸或其片段特異性結(jié)合的至少一種核酸探針。該試劑盒還可包括多種探針，其中每種探針都與標(biāo)志物核酸或其片段特異性結(jié)合。另一方面，本發(fā)明涉及治療前列腺癌患者或具有發(fā)展前列腺癌危險(xiǎn)的患者的方法。該方法可以包括減少至少一種本發(fā)明標(biāo)志物的表達(dá)和/或干擾其生物學(xué)功能。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法包括對(duì)患者提供與標(biāo)志物核酸互補(bǔ)的反義寡核苷酸或多核苷酸或其片段。例如，可以通過給予表達(dá)標(biāo)志物核酸或其片段的反義多核苷酸的載體而對(duì)患者提供反義多核苷酸。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該方法包括對(duì)患者提供與標(biāo)志物蛋白或其片段特異性結(jié)合的抗體、抗體衍生物或抗體片段。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，抗體、抗體衍生物或抗體片段特異性結(jié)合具有 SEQ ID NO :2、SEQ ID NO :4、SEQ ID NO :6、SEQ ID NO :8、SEQ ID NO 10、SEQ ID NO 12, SEQ ID NO :14、SEQ ID NO :16、SEQ ID NO :18、SEQ ID NO :20、SEQ IDNO 22, SEQ ID NO :24、SEQ ID NO :26、SEQ ID NO :30、SEQ ID NO :32、SEQ ID NO :34、SEQID NO 36,SEQ ID NO :38、SEQ ID NO :40、SEQ ID NO :42 和 SEQ ID NO :44 的序列的蛋白質(zhì)或該蛋白質(zhì)的片段。應(yīng)當(dāng)理解，本發(fā)明的方法和試劑盒也可以包括已知的癌癥標(biāo)志物，包括已知的前列腺癌標(biāo)志物。應(yīng)當(dāng)進(jìn)一步理解，該方法和試劑盒可以用于鑒定除前列腺癌以外的癌癥。
另一方面，本發(fā)明涉及編碼標(biāo)志物蛋白或標(biāo)志物多肽例如標(biāo)志物蛋白的生物活性部分的核酸分子。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，分尚的核酸分子編碼具有如下氨基酸序列的標(biāo)志物多肽SEQ ID NO 2,SEQ ID NO :4、SEQ ID NO :6、SEQ ID NO :8、SEQ ID NO :10、SEQ IDNO 12, SEQ ID NO 14, SEQ ID NO :16、SEQ ID NO 18, SEQ ID NO :20、SEQ ID NO :22、SEQID NO 24, SEQ ID NO :26、SEQ ID NO :30、SEQ ID NO :32、SEQ ID NO :34、SEQ ID NO :36、SEQ ID NO 38, SEQ ID NO 40, SEQ ID NO :42 和 SEQ ID NO :44。在另外的實(shí)施方案中，本發(fā)明提供具有選自以下任一所示核苷酸序列的分離的標(biāo)志物核酸分子SEQ ID N0U SEQID NO :3、SEQ ID NO :5、SEQ ID NO :7、SEQ ID NO :9、SEQ ID NO :11、SEQ ID NO :13、SEQID NO 15, SEQ ID NO :17、SEQ ID NO :19、SEQ ID NO :21、SEQ ID NO :23、SEQ ID NO :25、SEQ ID NO 29, SEQ ID NO 3USEQ ID NO 33, SEQ ID NO 35, SEQ ID NO 37, SEQ ID NO:39,SEQ ID NO :41和SEQ ID NO :43。在另外的實(shí)施方案中，本發(fā)明提供與如下所示核苷酸序列基本上相同(例如天然發(fā)生的等位基因變體)的核酸分子SEQ ID NO=USEQ ID NO:3、SEQ ID NO :5、SEQ ID NO :7、SEQ ID NO :9、SEQ ID NO :11、SEQ ID NO :13、SEQ ID NO 15、SEQ ID NO :17、SEQ ID NO :19、SEQ ID NO :21、SEQ ID NO :23、SEQ ID NO :25、SEQ IDNO :27、SEQ ID NO :29、SEQ ID NO :31、SEQ ID NO :33、SEQ ID NO :35、SEQ ID NO :37、SEQID NO 39,SEQ ID NO :41和SEQ ID NO :43。在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明提供在如此處所述的嚴(yán)格雜交條件下與包含下列核苷酸序列的核酸分子雜交的核酸分子SEQ ID NO 1> SEQID N0:3、SEQ ID NO :5、SEQ ID NO :7、SEQ ID NO :9、SEQ ID NO 1USEQ ID NO :13、SEQ IDNO15,SEQ ID NO17,SEQ ID NO :19、SEQ ID NO2U SEQ ID NO :23、SEQ ID NO :25、SEQID NO 27, SEQ ID NO :29、SEQ ID NO :31、SEQ ID NO :33、SEQ ID NO :35、SEQ ID NO :37、SEQ ID NO 39,SEQ ID NO :41和SEQ ID NO :43，其中所述核酸編碼全長(zhǎng)標(biāo)志物蛋白或其活性片段。在一個(gè)相關(guān)方案中，本發(fā)明進(jìn)一步提供包含本文所述標(biāo)志物核酸分子的核酸構(gòu)建體。在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明的核酸分子與天然或異源調(diào)節(jié)序列可操作地連接。還包括含有本發(fā)明標(biāo)志物核酸分子的載體和宿主細(xì)胞，例如適于產(chǎn)生多肽的載體和宿主細(xì)胞。在另一相關(guān)方案中，本發(fā)明提供適合作為用于檢測(cè)標(biāo)志物編碼核酸的引物或雜交探針的核酸片段。在另一相關(guān)方案中，提供與標(biāo)志物編碼核酸分子反義的分離的核酸分子。在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明提供標(biāo)志物多肽，例如具有如下氨基酸序列的標(biāo)志物多肽SEQ ID NO 2,SEQ ID NO :4、SEQ ID NO :6、SEQ ID NO :8、SEQ ID NO 10, SEQ ID NO:12、SEQ ID NO 14, SEQ ID NO :16、SEQ ID NO :18、SEQ ID NO :20、SEQ ID NO :22、SEQ IDNO 24, SEQ ID NO :26、SEQ ID NO :28、SEQ ID NO :30、SEQ ID NO :32、SEQ ID NO :34、SEQID NO 36,SEQ ID NO :38、SEQ ID NO :40、SEQ ID NO :42 和 SEQ ID NO :44 所示的氨基酸序列；％SEQ ID NO 2,SEQ ID NO :4、SEQ ID NO :6、SEQ ID NO :8、SEQ ID NO 10,SEQ ID NO
12、SEQ ID NO 14, SEQ ID NO :16、SEQ ID NO :18、SEQ ID NO :20、SEQ ID NO :22、SEQ IDNO 24, SEQ ID NO :26、SEQ ID NO :28、SEQ ID NO :30、SEQ ID NO :32、SEQ ID NO :34、SEQID NO 36,SEQ ID NO :38、SEQ ID NO :40、SEQ ID NO :42 和 SEQ ID NO :44 所示氨基酸序列基本相同的氨基酸序列；或者由具有一種核苷酸序列的核酸分子編碼的氨基酸序列，該核苷酸序列在本文所述的嚴(yán)格雜交條件下與包含SEQ ID NO USEQ ID NO:3、SEQ ID NO :5、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO :9、SEQ ID NO :11、SEQ ID NO 13,SEQ ID NO 15,SEQ ID NO :17、SEQ ID NO 19, SEQ ID NO 2USEQ ID NO 23, SEQ ID NO 25, SEQ ID NO 29, SEQ ID NO:31,SEQ ID NO 33,SEQ ID NO :35、SEQ ID NO :37、SEQ ID NO :39、SEQ ID NO :41 和 SEQ IDNO 43的核苷酸序列的核酸分子雜交，其中該核酸編碼全長(zhǎng)標(biāo)志物蛋白或其活性片段。在一個(gè)相關(guān)的方案中，本發(fā)明進(jìn)一步提供包含本文所述多肽分子的蛋白質(zhì)或肽構(gòu)建體。在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明的標(biāo)志物多肽或片段與天然或異源非標(biāo)志物多肽序列可操作連接，形成融合蛋白序列。 另一方面，本發(fā)明涉及與標(biāo)志物多肽反應(yīng)，或者更優(yōu)選地，特異性或選擇性結(jié)合的抗體及其抗原結(jié)合片段。本發(fā)明涉及新發(fā)現(xiàn)的與前列腺細(xì)胞的癌性狀態(tài)有關(guān)的癌癥標(biāo)志物?，F(xiàn)發(fā)現(xiàn)，任何該標(biāo)志物或該標(biāo)志物組合的表達(dá)水平高于正常與患者存在前列腺癌有關(guān)。本發(fā)明部分地基于新鑒定的標(biāo)志物，與在正常(即非癌)前列腺細(xì)胞中的表達(dá)相比這些標(biāo)志物在前列腺癌細(xì)胞中過量表達(dá)。一種或多種這樣的標(biāo)志物在前列腺細(xì)胞中的表達(dá)提高在此與組織的癌性狀態(tài)有關(guān)。表I列出了本發(fā)明的所有標(biāo)志物，與在正常(即非癌)前列腺細(xì)胞中的表達(dá)中相比，它們?cè)谇傲邢侔┘?xì)胞中過量表達(dá)。提供了檢測(cè)樣品中前列腺癌的存在、樣品中前列腺癌包括惡變前病癥如發(fā)育異常的不存在、前列腺癌分期，以及利用與預(yù)防、診斷、表征和治療患者前列腺癌有關(guān)的前列腺癌其他特性的方法。也提供了鑒定用于治療前列腺癌的藥物的方法，并且也提供了治療前列腺癌的方法。表I列出了本發(fā)明的前列腺標(biāo)志物。給所述標(biāo)志物指定了名稱(“標(biāo)志物”)、如果適用，公知的基因名稱(“基因名稱”)、標(biāo)志物編碼或相對(duì)應(yīng)的核苷酸轉(zhuǎn)錄物cDNA序列的序列表編號(hào)(“SEQ ID NO(nts)”)、核苷酸轉(zhuǎn)錄物編碼的蛋白質(zhì)氨基酸序列的序列表編號(hào)(“SEQ ID NO(AAs) ”)和蛋白質(zhì)編碼序列在cDNA序列中的位置(“CDS”)。表I.前列腺癌標(biāo)志物
cpQ TD SEQ ID標(biāo)志物基因名稱 3巧+、 NO CDS__NO(ntS) (AAs)__
ABCC4: ATP-結(jié)合盒，亞家族 .
M245A C(CFTR/MRP),成員 4 _I__2 116-4093
A/f.0.A AMACR: a-甲基醜基-CoA'消旋
M683A_酶，變體 i__34 90..1238
權(quán)利要求
1.一種評(píng)估患者是否患有前列腺癌的方法，該方法包括 a)測(cè)定患者樣品中一種標(biāo)志物的表達(dá)水平，其中該標(biāo)志物選自表I中所列的標(biāo)志物； b)測(cè)定對(duì)照樣品中該標(biāo)志物的表達(dá)水平； c)比較患者樣品中與對(duì)照樣品中該標(biāo)志物的表達(dá)水平；和 d)當(dāng)患者樣品中與對(duì)照樣品中該標(biāo)志物的表達(dá)水平的顯著差異指示該患者患有乳腺癌時(shí)，確定該患者患有前列腺癌，如此評(píng)估患者是否患有前列腺癌。
2.權(quán)利要求I的方法，其中對(duì)照樣品的表達(dá)水平通過選自下組的方法來確定 a)由來自非癌患者的前列腺細(xì)胞測(cè)定的水平； b)由來自良性前列腺增生或無前列腺腫瘤受試者的前列腺細(xì)胞測(cè)定的水平；和 c)使用具有良性前列腺增生或無前列腺腫瘤的受試者群的平均表達(dá)水平預(yù)先確定的水平。
3.權(quán)利要求I的方法，其中所述標(biāo)志物對(duì)應(yīng)于一種分泌的蛋白質(zhì)。
4.權(quán)利要求I的方法，其中所述標(biāo)志物包含轉(zhuǎn)錄的多核苷酸或其部分。
5.權(quán)利要求I的方法，其中所述樣品包括選自下組的樣品 a)從患者獲得的細(xì)胞；和 b)選自血液、淋巴、尿、前列腺液和精液的液體。
6.權(quán)利要求3的方法，其中所述標(biāo)志物蛋白質(zhì)的存在用特異性結(jié)合該蛋白質(zhì)的試劑來檢測(cè)。
7.權(quán)利要求6的方法，其中所述試劑選自抗體、抗體衍生物和抗體片段。
8.權(quán)利要求4的方法，其中通過檢測(cè)樣品中對(duì)應(yīng)于核酸標(biāo)志物的轉(zhuǎn)錄多核苷酸或其部分的存在來評(píng)估樣品中標(biāo)志物的表達(dá)水平。
9.權(quán)利要求8的方法，其中檢測(cè)轉(zhuǎn)錄的多核苷酸包括擴(kuò)增所述轉(zhuǎn)錄的多核苷酸。
10.權(quán)利要求8的方法，其中通過檢測(cè)樣品中一種轉(zhuǎn)錄的多核苷酸的存在來評(píng)估樣品中標(biāo)志物的表達(dá)水平，該轉(zhuǎn)錄的多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下與一種核酸標(biāo)志物或者其一部分退火。
11.權(quán)利要求I的方法，其中樣品中所述標(biāo)志物的表達(dá)水平與未患前列腺癌者中該標(biāo)志物的正常表達(dá)水平相差至少大約2倍或者至少大約5倍。
12.—種評(píng)估患者是否患有前列腺癌的方法，該方法包括 a)測(cè)定樣品中至少兩種標(biāo)志物的表達(dá)水平，這些標(biāo)志物獨(dú)立地選自表I中所列的標(biāo)志物； b)測(cè)定對(duì)照樣品中每種標(biāo)志物的表達(dá)水平； c)比較患者樣品中與來自對(duì)照樣品中該標(biāo)志物的表達(dá)水平；和 d)當(dāng)至少兩種標(biāo)志物的表達(dá)水平相對(duì)于這些標(biāo)志物的相應(yīng)對(duì)照表達(dá)水平的顯著差異指示該患者患有前列腺癌時(shí)，確定該患者患有前列腺癌； 如此評(píng)估患者是否患有如列腺癌。
13.權(quán)利要求12的方法，其中對(duì)照樣品的表達(dá)水平通過選自下組的方法來確定 a)由來自非癌患者的前列腺細(xì)胞測(cè)定的水平； b)由來自良性前列腺增生或無前列腺腫瘤受試者的前列腺細(xì)胞測(cè)定的水平；和 c)使用具有良性前列腺增生或無前列腺腫瘤的受試者群的平均表達(dá)水平預(yù)先確定的水平。
14.權(quán)利要求12的方法，其中測(cè)定至少三種標(biāo)志物的表達(dá)。
15.權(quán)利要求12的方法，其中測(cè)定至少五種標(biāo)志物的表達(dá)。
16.一種監(jiān)測(cè)患者中前列腺癌進(jìn)展的方法，該方法包括 a)在第一時(shí)間點(diǎn)測(cè)定患者樣品中標(biāo)志物的表達(dá)水平，其中該標(biāo)志物選自表I所列的標(biāo)志物； b)在后續(xù)的時(shí)間點(diǎn)測(cè)定患者樣品中標(biāo)志物的表達(dá)水平；和 c)比較在步驟a)和b)中檢測(cè)的表達(dá)水平，從而監(jiān)測(cè)患者中前列腺癌的進(jìn)展， 其中，標(biāo)志物表達(dá)水平的改變指示前列腺癌的進(jìn)展或消退。
17.權(quán)利要求16的方法，其中所述標(biāo)志物對(duì)應(yīng)于一種分泌的蛋白質(zhì)。
18.權(quán)利要求16的方法，其中所述標(biāo)志物包含轉(zhuǎn)錄的多核苷酸或其部分。
19.權(quán)利要求16的方法，其中所述樣品包括選自下組的樣品 a)從患者獲得的細(xì)胞；和 b)選自血液、淋巴、尿、前列腺液和精液的液體。
20.權(quán)利要求16的方法，其中所述患者已經(jīng)在第一時(shí)間點(diǎn)和后續(xù)時(shí)間點(diǎn)之間進(jìn)行了切除腫瘤的手術(shù)。
21.一種鑒定抑制患者中前列腺癌的候選試驗(yàn)化合物的方法，該方法包括 a)測(cè)定從該患者中獲得并且暴露于試驗(yàn)化合物的第一樣品中一種標(biāo)志物的表達(dá)，其中該標(biāo)志物選自表I中所列的標(biāo)志物， b)測(cè)定從該患者中獲得的第二樣品中該標(biāo)志物的表達(dá)，其中該樣品未暴露于該試驗(yàn)化合物， c)比較暴露于試驗(yàn)化合物的樣品中與未暴露于試驗(yàn)化合物的樣品中該標(biāo)志物的表達(dá)；和 d)當(dāng)暴露于試驗(yàn)化合物的樣品中該標(biāo)志物的表達(dá)水平顯著低于第二樣品指示該試驗(yàn)化合物對(duì)抑制患者中的前列腺癌有效時(shí)，確定該試驗(yàn)化合物是抑制患者中前列腺癌的候選化合物。
22.權(quán)利要求21的方法，其中所述第一和第二樣品是從患者中獲得的同一樣品的部分，或者所述第一和第二樣品是從患者中獲得的合并樣品的部分。
23.一種評(píng)估患者是否患有前列腺癌的試劑盒，該試劑盒包括用于評(píng)估選自表I所列標(biāo)志物的至少一種標(biāo)志物的表達(dá)的試劑； 其中該試劑盒包括選自下組的試劑 a)至少一種核酸探針，其中該探針特異性結(jié)合對(duì)應(yīng)于選自表I所列標(biāo)志物的至少一種標(biāo)志物的轉(zhuǎn)錄多核苷酸；和 b)至少一種抗體，其中該抗體特異性結(jié)合對(duì)應(yīng)于選自表I所列標(biāo)志物的至少一種標(biāo)志物的蛋白質(zhì)。
24.一種分離的核酸分子，其包含選自SEQ ID NO :3，SEQ ID NO :5，SEQ ID NO :9，SEQID NO 11, SEQ ID NO :13, SEQ ID NO :15, SEQ ID NO :17, SEQ ID NO :21, SEQ ID NO :25,SEQ ID NO 27, SEQ ID NO 29 和 SEQ ID NO 43 的核苷酸序列。
25.一種由權(quán)利要求24的核酸編碼的分離的多肽，其包含選自SEQ ID NO 4, SEQ IDNO 6, SEQ ID NO 10, SEQ ID NO 12, SEQ ID NO 14, SEQ ID NO 16, SEQ ID NO 18, SEQ IDNO 22, SEQ ID NO 26, SEQ ID NO 28, SEQ ID NO :30 和 SEQ ID NO :44 的氨基酸序列。
26. 一種選擇性結(jié)合權(quán)利要求25的多肽的抗體。
全文摘要
本發(fā)明涉及新發(fā)現(xiàn)的與前列腺癌包括惡變前狀況有關(guān)的核酸分子和蛋白質(zhì)。提供了用于檢測(cè)、表征、預(yù)防和治療人類前列腺癌的組合物、試劑盒和方法。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK102680686SQ201210137019
公開日2012年9月19日 申請(qǐng)日期2005年8月12日 優(yōu)先權(quán)日2004年8月13日
發(fā)明者B·O·戈巴徹瓦, D·L·安德森, D·福特, J·E·莫納漢, K·格拉特, S·卡馬特卡, S·霍爾施, W·O·恩德格 申請(qǐng)人:千年藥品公司