專利名稱：空間銅綠假單胞菌lct-pa41菌株的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明所涉及生物技術(shù)領(lǐng)域。具體地說，涉及一種空間環(huán)境下的新菌株一銅綠假單胞菌，生物學(xué)特性、全基因組學(xué)測序、轉(zhuǎn)錄組測序和差異蛋白組學(xué)分析。
背景技術(shù)：
銅綠假單胞菌是臨床上常見的條件致病菌，長期應(yīng)用激素、免疫抑制劑，進(jìn)行腫瘤化療、放射治療等導(dǎo)致病人免疫功能低下，以及手術(shù)后或侵入性治療操作后的病人易導(dǎo)致本菌感染，被認(rèn)為是醫(yī)院內(nèi)感染的重要病原菌之一。其具備生存條件要求低，定植廣泛，耐藥水平高等特點，是臨床微生物學(xué)研究熱點菌種。隨著我國“神舟”系列飛船、“天宮一號”、空間站等龐大的航天計劃的實施，載人航天的醫(yī)學(xué)保障需求日益突出，對空間生物醫(yī)學(xué)的研究提出了更高的要求，同時也為空間生物醫(yī)學(xué)研究提供了難得的實驗平臺。我們此次搭載“神舟八號”飛船，共搭載包括銅綠假單胞菌在內(nèi)的64株細(xì)菌。該飛船在軌運行16天13小時(397小時)的時間，行程1100萬公里。在國外針對空間領(lǐng)域銅綠假單胞菌的研究中,Guadarrama等發(fā)現(xiàn)模擬微重力環(huán)境下，微重力處理組銅綠假單胞菌PA103菌株生長周期與對照組相比沒有顯著變化，外毒素產(chǎn)量無明顯差異，但作者同時也指出，結(jié)果可能與培養(yǎng)基條件，微重力生物效應(yīng)回轉(zhuǎn)器回旋速度及回旋時間有關(guān)。而2008及2010年CrabbS等發(fā)表的研究結(jié)果表明，在模擬微重力條件下，銅綠假單胞菌藻酸鹽、彈性蛋白酶、鼠李糖脂產(chǎn)生增加，但綠膿菌素的產(chǎn)量無明顯差異。在真實太空環(huán)境下，銅綠假單胞菌缺乏類似報道
發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明的目的在于:提供一種新的空間環(huán)境下的銅綠假單胞菌LCT-PA41菌株，其保藏號為CGMCC N0.6522。上述提供菌株的各項生物學(xué)特性、差異表達(dá)基因和差異蛋白也是本發(fā)明的保護(hù)范圍，其特征包括:I)菌株生物學(xué)特性革蘭氏染色陰性，單個排列的無芽胞桿菌；相對于對照菌株，可見LCT-PA41菌株對氯霉素、頭孢三嗪耐藥性提高，而對阿奇霉素、美滿霉素、美羅培南敏感性提高。不代謝糊精、右旋麥芽糖、右旋聚纖維二糖、β (I —6)葡二糖、松二糖、乳糖、車前二糖、3甲基-葡萄糖、左旋鹽藻糖、N-乙酰-β-右旋葡糖胺酶、右旋甘露醇、阿(拉伯)糖醇、半乳糖、右旋6-磷酸葡萄糖、右旋絲氨酸，而代謝產(chǎn)物減少的包括α右旋葡萄糖、右旋甘露糖、右旋果糖、右旋鹽藻糖、左旋鹽藻糖、右旋半乳糖、甘油、6-磷酸果糖。2)生物信息學(xué)特性a).差異基因表達(dá)與對照菌株比較，差異表達(dá)基因(FDR ( 0.001和| log2Ratio|彡2)，見附件I。b).蛋白組學(xué)
同重同位素相對與絕對定量(Isobarictags for relative and absolutequantitation, iTRAQ)法進(jìn)行樣本蛋白定量分析。當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)定量值的蛋白豐度差異倍數(shù)超過1.2倍以上，且經(jīng)檢驗其p-value值小于0.05，視為單次重復(fù)間的差異蛋白，重復(fù)出現(xiàn)兩次以上者被視為最終差異蛋白，符合條件差異蛋白見附件2。三次重復(fù)鑒定中達(dá)到要求差異蛋白如表I所示。表I 二次重復(fù)鑒定的差異蛋白
權(quán)利要求
1.間銅綠假單胞菌LCT-PA41菌株，其特征在于:保藏號為CGMCCN0.6522。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的空間銅綠假單胞菌LCT-PA41菌株，其特征在于:革蘭氏染色陰性，單個排列的無芽胞桿菌；相對于對照菌株，對氯霉素、頭孢三嗪耐藥性提高，而對阿奇霉素、美滿霉素、美羅培南敏感性提高；不代謝糊精、右旋麥芽糖、右旋聚纖維二糖、β (I —6)葡二糖、松二糖、乳糖、車前二糖、3甲基-葡萄糖、左旋鹽藻糖、N-乙酰-β-右旋葡糖胺酶、右旋甘露醇、阿(拉伯)糖醇、半乳糖、右旋6-磷酸葡萄糖、右旋絲氨酸，而代謝產(chǎn)物減少的包括α右旋葡萄糖、右旋甘露糖、右旋果糖、右旋鹽藻糖、左旋鹽藻糖、右旋半乳糖、甘油、6-磷酸果糖。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述 的空間銅綠假單胞菌LCT-PA41菌株，利用轉(zhuǎn)錄組測序鑒定獲得該菌株的差異表達(dá)基因。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的空間銅綠假單胞菌LCT-PA41菌株，采用差異蛋白組學(xué)方法鑒定得到該菌株的差異表達(dá)蛋白分子。
5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的空間銅綠假單胞菌LCT-PA41菌株，可應(yīng)用于篩選和鑒定臨床抗生素耐藥靶點。
全文摘要
本發(fā)明涉及一株太空環(huán)境下致病菌--銅綠假單胞菌LCT-PA41的生物學(xué)特性、基因組DNA序列、轉(zhuǎn)錄組和差異蛋白組學(xué)，可獲得全面、準(zhǔn)確的空間銅綠假單胞菌株突變的差異表達(dá)基因和分子。
文檔編號C12R1/385GK103087942SQ20121037984
公開日2013年5月8日 申請日期2012年9月26日 優(yōu)先權(quán)日2012年9月26日
發(fā)明者劉長庭, 方向群, 王立, 李天志, 王俊峰, 郭英華, 常德, 蘇龍翔, 陳振鴻, 姜學(xué)革 申請人:中國人民解放軍總醫(yī)院