肺癌的生物標(biāo)志物的制作方法
【專(zhuān)利摘要】本發(fā)明（部分）涉及用一種或多種生物標(biāo)志物確定個(gè)體內(nèi)早期肺癌預(yù)后的方法。
【專(zhuān)利說(shuō)明】肺癌的生物標(biāo)志物
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明涉及預(yù)后方法和個(gè)性化療法。
[0002]發(fā)明背景[0003]肺癌是世界上最常見(jiàn)的癌癥診斷，2007年有150萬(wàn)例新病例(Salomon等，CritRev Oncol Hematol.，19:183-232，1995，SEER-數(shù)據(jù)庫(kù)05.2010)。高發(fā)病率和死亡率使得其成為癌癥相關(guān)死亡的主要原因，每年有超過(guò)975，000例死亡且5年存活率為15% (Salomon等人，同上)。肺癌可分類(lèi)為小細(xì)胞肺癌或非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)。NSCLC占到約80%的病例。NSCLC能進(jìn)一步細(xì)分成數(shù)個(gè)組織學(xué)類(lèi)型，最常見(jiàn)的是腺癌(40%)和鱗狀細(xì)胞癌(25%)。
[0004]當(dāng)前的NSCLC治療主要基于腫瘤形態(tài)學(xué)和以腫瘤淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移(--Μ)為基礎(chǔ)的分期系統(tǒng)，所述系統(tǒng)將腫瘤分類(lèi)成對(duì)應(yīng)于腫瘤進(jìn)展程度的分級(jí)類(lèi)別(IA、IB、IIA、IIB、IIIA、IIIB和IV期)。存在許多分期系統(tǒng)(例如臨床相對(duì)病理分期，以及多個(gè)版本的分期指南，如由國(guó)際肺癌研究會(huì)(IASLC)發(fā)布的那些)(Goldstraw 等,J.Thorac.0ncol.2, 706-714, 2007)。例如，根據(jù)臨床分期和IASLC第6版--!分期建議，各期的頻率為23%1期、19%11期、37%111期和21%IV期(Goldstraw等人，同上)。相對(duì)比例可能根據(jù)所述指南以及使用臨床或是病理分期而顯著改變。
[0005]手術(shù)是早期NSCLC (I期和II期)的標(biāo)準(zhǔn)治療，然后是輔助治療如放射治療、化療(用于II期及以后)以及用于晚期NSCLC的貝伐單抗和表皮生長(zhǎng)因子受體(EGFR)酪氨酸激酶抑制劑(TKI) (Kutikova 等，Lung Cancer ;50 (2): 143-154，2005)。美國(guó)和歐洲的 NSCLC治療臨床指南支持這些治療選擇(Mendelssohn等，2000 ；NCCN-指南NSCLC VI，2010)。
[0006]根據(jù)目前用于早期肺癌的基于--Μ的分期系統(tǒng)，I期NSCLC患者在手術(shù)后5年內(nèi)復(fù)發(fā)的概率為35% (SEER-數(shù)據(jù)庫(kù)，2008)。目前的治療指南不建議對(duì)這些患者輔以化療。而基于--Μ的II期患者中有30%在沒(méi)有任何輔助化療情況下不經(jīng)歷復(fù)發(fā)(SEER-數(shù)據(jù)庫(kù))，這意味著根據(jù)當(dāng)前治療指南(即，ESMO (D，Addario等，Annals of Oncology.2009 ；20 (增刊4):1v68-1v70，2009)、NCCN V1-2010)這些患者經(jīng)歷過(guò)度治療。與此類(lèi)似的是有報(bào)道指出60%的早期NSCLC患者在手術(shù)后無(wú)復(fù)發(fā)(Arriagada等，NEJM，350:351-360，2004)。根據(jù)當(dāng)前臨床數(shù)據(jù)，早期NSCLC的輔助化療提供證據(jù)顯示輔助化療的平均效益為4% (NSCLC薈萃分析協(xié)作組)，5年內(nèi)從60%提高到64%。
[0007]根據(jù)現(xiàn)有缺陷，對(duì)NSCLC患者進(jìn)行預(yù)后和/或預(yù)測(cè)基因組標(biāo)簽的需求是具有醫(yī)學(xué)合理性的。
[0008]發(fā)明概述
[0009]本發(fā)明(部分)涉及用本文所述一種或多種生物標(biāo)志物確定個(gè)體內(nèi)早期肺癌預(yù)后的方法。這些發(fā)現(xiàn)可用于幫助為早期肺癌患者確定合適的治療，例如鑒定那些會(huì)通過(guò)接受輔助治療而受益的患者。
[0010]一方面，本發(fā)明包括對(duì)患有非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)的對(duì)象進(jìn)行預(yù)后或分類(lèi)的方法，所述方法包括在手術(shù)切除后從患有NSCLC的對(duì)象獲得測(cè)試樣品；測(cè)定表1、表2和/或表3中所鑒定的至少一種或多種生物標(biāo)志物，或表1、表2和/或表3所鑒定生物標(biāo)志物的任何組合在所述測(cè)試樣品中的表達(dá)水平；分析該表達(dá)水平以產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分，其中風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分可用于提供預(yù)后或分類(lèi)對(duì)象。
[0011]另一方面，本發(fā)明包括對(duì)患有非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)的對(duì)象進(jìn)行預(yù)后或分類(lèi)的方法，所述方法包含:在手術(shù)切除后從患有NSCLC的對(duì)象獲得測(cè)試樣品；測(cè)定表1、表2和表3中的至少一種生物標(biāo)志物在所述測(cè)試樣品中的表達(dá)水平；分析該表達(dá)水平以產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分，其中風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分可用于提供預(yù)后或分類(lèi)對(duì)象。在一個(gè)實(shí)施方式中，表1、表2和表3中所鑒定的至少一種生物標(biāo)志物包括CBX7、STX1A和TPX2。在另一個(gè)實(shí)施方式中，表1、表2和表3中所鑒定的至少一種生物標(biāo)志物包括CBX7、TMPRSS2、STX1A、KLK6、TPX2和UCK。在另一個(gè)實(shí)施方式中，表1、表2和表3中所鑒定的至少一種生物標(biāo)志物包括CBX7、TMPRSS2、GPR116、STX1A、KLK6、SLC16A3、TPX2、UCK2、PHKAl。在另一個(gè)實(shí)施方式中，表1、表2和表3中所鑒定的至少一種生物標(biāo)志物包括 CBX7、TMPRSS2、GPRl 16、KCNJl5, STX1A、KLK6、SLC16A3、PYGL,TPX2、UCK2、PHKAl或EIF4A3。在另一個(gè)實(shí)施方式中，表1、表2和表3所鑒定中的至少一種生物標(biāo)志物包括 CBX7、TMPRSS2、GPRl 16、KCNJl5, PTPNl3, STX1A、KLK6、SLC16A3、PYGL,LDHA、TPX2、UCK2、PHKA1、EIF4A3*TK1。在另一個(gè)實(shí)施方式中，表1、表2和表3中所鑒定的至少一種生物標(biāo)志物包括 CBX7、TMPRSS2、GPRl 16、KCNJl5, PTPN13、CTSH、STX1A、KLK6、SLC16A3、PYGL, LDHA, ITGA5、TPX2、UCK2、PHKAl、EIF4A3、TKl 或 CCNA2。
[0012]在一個(gè)實(shí)施方式中，通過(guò)將對(duì)象對(duì)肺癌、距離轉(zhuǎn)移或局部復(fù)發(fā)所致死亡的時(shí)間特異性概率作附圖，本發(fā)明的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分可用于預(yù)后。
[0013]在另一個(gè)實(shí)施方式中，風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分可用于將對(duì)象分入將受益于接受輔助化療的高風(fēng)險(xiǎn)組或不會(huì)受益于接受輔助化療的低風(fēng)險(xiǎn)組。
[0014]另一方面，本發(fā)明包括預(yù)測(cè)患有非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)的對(duì)象在手術(shù)切除后預(yù)后的方法，所述方法包含從腫瘤樣品確定mRNA的表達(dá)譜，所述樣品來(lái)自新鮮冷凍(FF)或福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)材料。 所述譜包含表1、表2和/或表3所列的一種或多種生物標(biāo)志物，其中表2和/或表3所列一種或多種生物標(biāo)志物的表達(dá)相較對(duì)照的增加以及表1所列一種或多種生物標(biāo)志物的表達(dá)相較對(duì)照的減少可用于預(yù)測(cè)對(duì)象是否處于存活差的高風(fēng)險(xiǎn)組或存活良好的低風(fēng)險(xiǎn)組。在本發(fā)明的方法中，高風(fēng)險(xiǎn)組的對(duì)象被選定用于輔助化療，而低風(fēng)險(xiǎn)組的對(duì)象不被選擇用于輔助化療和相應(yīng)的隨后治療。
[0015]在另一個(gè)實(shí)施方式中，本發(fā)明包括為NSCLC對(duì)象選擇治療方案的方法，所述方法包括從已接受切除的患有NSCLC的對(duì)象獲得測(cè)試樣品；測(cè)定表2所鑒定的至少二種或更多生物標(biāo)志物在所述測(cè)試樣品中的表達(dá)水平以產(chǎn)生各基因的表達(dá)值；分析所述表達(dá)值以產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分，其中風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分可用于分類(lèi)是否選擇該對(duì)象接受血管新生抑制劑如阿瓦斯丁。
[0016]在本發(fā)明的方法中，本發(fā)明包括測(cè)定表1、表2和/或表3中所鑒定的至少2種、至少3種、至少4種、至少5種、至少6種、至少7種、至少8種、至少9種、至少10種、至少11種、至少12種、至少13種、至少14種或至少15種生物標(biāo)志物或其任何組合的表達(dá)。例如，各從表1、表2和表3選擇至少任意5種生物標(biāo)志物的表達(dá)(此實(shí)施方式中的標(biāo)簽會(huì)包括至少15種生物標(biāo)志物)。
[0017]在一個(gè)實(shí)施方式中，NSCLC是I期NSCLC、II期NSCLC或其組合。NSCLC能在由鱗狀細(xì)胞癌和/或腺癌組成的組中被鑒定。
[0018]在一個(gè)實(shí)施方式中，所述對(duì)象是人。在另一個(gè)實(shí)施方式中，所述測(cè)試樣品能是新鮮、冷凍、FFPE細(xì)胞。在另一個(gè)實(shí)施方式中，所述表達(dá)水平用定量PCR或陣列測(cè)定。
[0019]在另一個(gè)實(shí)施方式中，通過(guò)統(tǒng)計(jì)學(xué)分析進(jìn)行分析表達(dá)以產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分，所述統(tǒng)計(jì)學(xué)分析如Cox回歸或參數(shù)存活預(yù)測(cè)因子。
[0020]另一方面，本發(fā)明包括選擇性治療有NSCLC癌癥對(duì)象的方法，所述方法包括在手術(shù)切除后從患有NSCLC的對(duì)象獲得測(cè)試樣品，測(cè)定表1、表2和/或表3中所鑒定的至少一種或多種生物標(biāo)志物，表1、表2和/或表3所鑒定生物標(biāo)志物的任何組合在所述測(cè)試樣品中的表達(dá)水平以產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分；根據(jù)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分將對(duì)象分入高風(fēng)險(xiǎn)組或低風(fēng)險(xiǎn)組；對(duì)分類(lèi)于高風(fēng)險(xiǎn)組的對(duì)象給予輔助治療或?qū)Ψ诸?lèi)于低風(fēng)險(xiǎn)組的對(duì)象不給予輔助治療。
[0021]另一方面，本發(fā)明包括一種含多種試劑和使用說(shuō)明書(shū)的試劑盒，所述試劑用于測(cè)量表1、表2和/或表3所鑒定的一種或多種生物標(biāo)志物的表達(dá)。另一方面，本發(fā)明包括用于預(yù)測(cè)肺癌對(duì)象是否會(huì)受益于輔助治療的試劑盒，所述試劑盒包括多種用于測(cè)量表1、表2和/或表3所鑒定的一種或多種生物標(biāo)志物表達(dá)的試劑；以及包括分析所述表達(dá)和產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分以預(yù)測(cè)患者是否會(huì)受益于輔助治療的工具。測(cè)量表達(dá)的試劑能包括與所鑒定生物標(biāo)志物的mRNA互補(bǔ)的多核苷酸陣列。測(cè)量表達(dá)的試劑能包括多種PCR探針和/或qRT-PCR弓丨物。所述試劑盒能包括測(cè)量表1、表2和表3所鑒定的至少一種生物標(biāo)志物如CBX7、STXlA或TPX2的試劑。
[0022]另一方面，本發(fā)明包括含一種或多種多核苷酸探針的陣列，所述探針互補(bǔ)于表1、表2和/或表3所示至少兩種生物標(biāo)志物的表達(dá)產(chǎn)物并可與之雜交。
[0023]另一方面，本發(fā)明包括一種含多種分離的核酸序列的組合物，其中各分離的核酸序列可與表1所示生物標(biāo)志物的RNA產(chǎn)物雜交，例如生物標(biāo)志物CBX7、STX1A和TPX2，其中所述組合物用于測(cè)量所述三種基因的RNA表達(dá)水平。
[0024]另一方面，本發(fā)明包括一種預(yù)測(cè)NSCLC對(duì)象的預(yù)后或?qū)ζ溥M(jìn)行分類(lèi)的計(jì)算機(jī)產(chǎn)品，所述產(chǎn)品包括用于接收對(duì)應(yīng)于NSCLC對(duì)象樣品中一種或多種生物標(biāo)志物表達(dá)水平的數(shù)據(jù)的手段，其中所述一種或多種生物標(biāo)志物鑒定于表1、表2和/或表3,用于產(chǎn)生各基因表達(dá)值的手段；以及基于向數(shù)據(jù)庫(kù)輸入表達(dá)值來(lái)產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分的手段，所述數(shù)據(jù)庫(kù)中包含與預(yù)后相關(guān)的對(duì)照表達(dá)譜，其中風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分預(yù)測(cè)所述對(duì)象的存活預(yù)后或者將其分入高風(fēng)險(xiǎn)組或低風(fēng)險(xiǎn)組。
[0025]另一方面，本發(fā)明包括與上述任意方法一起使用的計(jì)算機(jī)產(chǎn)品。
[0026]“生物標(biāo)志物”是可用作對(duì)象中生物學(xué)狀態(tài)指示物的分子。關(guān)于本主題，本文公開(kāi)的生物標(biāo)志物可以是顯示表達(dá)變化且其存在可用于預(yù)后或預(yù)測(cè)對(duì)象是否會(huì)受益于接受特定治療的分子。感興趣的生物標(biāo)志物可通過(guò)檢測(cè)該生物標(biāo)志物表達(dá)變化來(lái)確定。表達(dá)變化描述DNA基因序列信息向轉(zhuǎn)錄RNA (初始未剪接的RNA轉(zhuǎn)錄本或成熟mRNA)或編碼蛋白產(chǎn)物的轉(zhuǎn)變。本文公開(kāi)的生物標(biāo)志物包括表1、表2和表3所列生物標(biāo)志物中的任何一種或其任意組合，且可以是轉(zhuǎn)錄RNA或編碼蛋白產(chǎn)物。
[0027]附附圖簡(jiǎn)述
[0028]附圖1描述模塊1、2和3的標(biāo)準(zhǔn)化評(píng)分的成對(duì)散點(diǎn)附圖，證實(shí)它們傳遞關(guān)于腫瘤的不同信息。
[0029]附圖2A-D描述Kaplan-Meier總體存活分析曲線，顯示就手術(shù)后長(zhǎng)至5年的患者而言，3種標(biāo)簽(模塊1、2和3)分別或組合應(yīng)用時(shí)的預(yù)后性能。[0030]附圖3A-F描述Kaplan-Meier總體存活分析曲線，顯示就手術(shù)后長(zhǎng)至5年的患者而言，模塊I根據(jù)階段、組織學(xué)、年齡分層的預(yù)后性能。
[0031]附圖4A-F描述Kaplan-Meier存活分析曲線，顯示就手術(shù)后長(zhǎng)至5年的患者而言，由模塊2根據(jù)階段、組織學(xué)、年齡分層的預(yù)后性能。
[0032]附圖5A-F描述Kaplan-Meier存活分析曲線，顯示就手術(shù)后長(zhǎng)至5年的患者而言，由模塊3根據(jù)階段、組織學(xué)、年齡分層的預(yù)后性能。
[0033]附圖6A-F描述Kaplan-Meier存活分析曲線，顯示就手術(shù)后長(zhǎng)至5年的患者而言，組合評(píng)分根據(jù)階段、組織學(xué)、年齡分層的預(yù)后性能。
[0034]附圖7A-F描述Kaplan-Meier存活分析曲線，顯示構(gòu)建為38-基因列表之亞組的多個(gè)示例性標(biāo)簽的預(yù)后性能。 [0035]附圖8A描述肺癌死亡百分率(等同于100%負(fù)存活)為所主張標(biāo)簽的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分的函數(shù)，和顯示在1、2、3、4和5年隨訪期的所述預(yù)后。附圖SB描述肺癌死亡百分率(等同于100%負(fù)存活)為所主張標(biāo)簽的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分的函數(shù)，和顯示5年死亡率為風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分的函數(shù)，根據(jù)腫瘤I期和2期分層。
[0036]附圖9描述Kaplan-Meier存活分析曲線，顯示來(lái)自安德森癌癥中心(M.D.Anderson Cancer Center)的可公開(kāi)獲得的數(shù)據(jù)集中的存活性能,所述數(shù)據(jù)集獲自FFPE材料。
[0037]附圖10A-B描述成對(duì)散點(diǎn)附圖，比較了 FF/Affymetrix相對(duì)FFPE/qNPA，以及FF/Affymetrix 相對(duì) FFPE/nanoString。
[0038]發(fā)明詳述
[0039]本發(fā)明(部分)基于可用于患早期肺癌個(gè)體預(yù)后或分類(lèi)的方法。本發(fā)明還包括鑒定疾病復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)高并和可向其推薦輔助治療的患者以及復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)低且可能不會(huì)受益于輔助治療的患者。在一個(gè)示例中，本文所述預(yù)后和預(yù)測(cè)方法是基于多種生物標(biāo)志物在肺癌測(cè)試樣品中的差異性表達(dá)。本發(fā)明的生物標(biāo)志物可包括38個(gè)基因(CBX7、TMPRSS2、GPRl 16,KCNJ15、PTPN13、CTSH、PPFIBP2、CD302、SFTPB、HSD17B6、DLC1、ADRB2、PARM1、KLRB1、MS4A1、STXIA、KLK6、SLC16A3、PYGL、LDHA、ITGA5、VEGFC、EEF1A2、TPX2、UCK2、PHKA1、EIF4A3、TK1、CCNA2、GGH、CCNBU MELK, HMMR、EIF2S1、TEAD4、HMGAl、RIMS2, H2AFZ)或其組合，所述生物標(biāo)志物可根據(jù)包括生物學(xué)功能在內(nèi)的標(biāo)準(zhǔn)拆分成3個(gè)模塊(表1、2和3)。表1 (本文中也稱(chēng)為模塊I)包括參與腫瘤抑制的基因，表2 (本文中也稱(chēng)為模塊2)包括參與血管新生的基因，和表3 (本文中也稱(chēng)為模塊3)包括參與增殖的基因。
[0040]據(jù)發(fā)現(xiàn)，與對(duì)照(例如這些基因在早期肺癌(I和II期)患者中的平均表達(dá))相比，一些生物標(biāo)志物在早期肺癌中過(guò)表達(dá)，如參與血管新生或增殖的標(biāo)志物(分別為表2和表3)，而其他參與腫瘤抑制的生物標(biāo)志物表達(dá)不足(表1)。
[0041]牛物標(biāo)志物
[0042]本發(fā)明的生物標(biāo)志物包括表1、表2和/或表3所列的一種或多種生物標(biāo)志物，或其基因產(chǎn)物。本發(fā)明基于以下發(fā)現(xiàn)--表1、表2和/或表3所列的生物標(biāo)志物差異性表達(dá)。通過(guò)分析表1、表2和/或表3中所鑒定一種或多種生物標(biāo)志物的表達(dá)譜水平，有可能確定早期肺癌個(gè)體的預(yù)后。
[0043]在一個(gè)示例中，發(fā)明方法包括測(cè)量表1中的一種或多種生物標(biāo)志物。例如,本發(fā)明方法測(cè)量來(lái)自表1的至少I(mǎi)種、至少2種、至少3種、至少4種、至少5種、至少6種、至少7種、至少8種、至少9種、至少10種、至少11種、至少12種、至少13種、至少14種或至少15種生物標(biāo)志物。在一個(gè)不例中，測(cè)量來(lái)自表1的一個(gè)基因CBX7的表達(dá)水平。在另一個(gè)不例中，測(cè)量來(lái)自表1的兩個(gè)生物標(biāo)志物CBX7和TMPRSS2的表達(dá)水平。在另一個(gè)示例中，測(cè)量來(lái)自表1的三個(gè)生物標(biāo)志物CBX7、TMPRSS2和GPR116的表達(dá)水平。在另一個(gè)示例中，測(cè)量來(lái)自表1的四個(gè)生物標(biāo)志物CBX7、TMPRSS2、GPRl 16和KCNJ15的表達(dá)水平。在另一個(gè)示例中，測(cè)量來(lái)自表1的五個(gè)生物標(biāo)志物CBX7、TMPRSS2、GPR116 、KCNJ15和PTPN13的表達(dá)水平。[0044]
【權(quán)利要求】
1.一種用于非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)對(duì)象預(yù)后的方法，包括: 在手術(shù)切除后從患有NSCLC的對(duì)象獲得測(cè)試樣品； 測(cè)定表1、表2或表3各自所鑒定的至少三種或更多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平；和 分析所述表達(dá)水平以產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分，其中該風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分可用于提供對(duì)象的預(yù)后。
2.一種非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)對(duì)象預(yù)后的方法，所述方法包括: 在手術(shù)切除后從患有NSCLC的對(duì)象獲得測(cè)試樣品； 測(cè)定表1、表2和表3所鑒定的至少一種生物標(biāo)志物在所述測(cè)試樣品中的表達(dá)水平；和 分析所述表達(dá)水平以產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分，其中該風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分可用于提供對(duì)象的預(yù)后。
3.如權(quán)利要求1或2所述的方法，其中所述風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分將對(duì)象分為高風(fēng)險(xiǎn)組且會(huì)受益于接受輔助化療，或分為低風(fēng)險(xiǎn)組且不會(huì)受益于接受輔助化療。
4.如權(quán)利要求1或2所述的方法，其中所述對(duì)象有存活差的預(yù)后或存活良好的預(yù)后。
5.如權(quán)利要求2所述的方法，其中所述表1、表2和表3鑒定的至少一種生物標(biāo)志物包括 CBX7、STX1A 和 TPX2。
6.如權(quán)利要求2所述的方法，其中所述表1、表2和表3鑒定的至少一種生物標(biāo)志物包括 CBX7、TMPRSS2、STX1A、KLK6、TPX2 和 UCK2。
7.如權(quán)利要求2所述的方法，其中所述表1、表2和表3鑒定的至少一種生物標(biāo)志物包括 CBX7、TMPRSS2、GPRl 16、STX1A`、KLK6、SLC16A3、TPX2、UCK2、PHKAl。
8.如權(quán)利要求2所述的方法，其中所述表1、表2和表3鑒定的至少一種生物標(biāo)志物包括 CBX7、TMPRSS2、GPRl 16、KCNJl5, STX1A、KLK6、SLC16A3、PYGL, TPX2、UCK2、PHKAl 或EIF4A3。
9.如權(quán)利要求2所述的方法，其中所述表1、表2和表3鑒定的至少一種生物標(biāo)志物包括 CBX7、TMPRSS2、GPRl16、KCNJ15、PTPNl3、STXIA、KLK6、SLC16A3、PYGL、LDHA、TPX2、UCK2、PHKA1、EIF4A3 或TK1。
10.如權(quán)利要求2所述的方法，其中所述表1、表2和表3鑒定的至少一種生物標(biāo)志物包括 CBX7、TMPRSS2、GPRl16、KCNJ15、PTPNl3、CTSH、STXIA、KLK6、SLC16A3、PYGL、LDHA、ITGA5、TPX2、UCK2、PHKAl、EIF4A3、TKl 或 CCNA2。
11.一種預(yù)測(cè)手術(shù)切除后非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)對(duì)象預(yù)后的方法，包括測(cè)定表1、表2和/或表3所列一種或多種生物標(biāo)志物的表達(dá),其中表2和/或表3所列一種或多種生物標(biāo)志物的表達(dá)相較對(duì)照的增加以及表1所列一種或多種生物標(biāo)志物的表達(dá)相較對(duì)照的減少可用于預(yù)測(cè)對(duì)象處于存活差的高風(fēng)險(xiǎn)組或是存活良好的低風(fēng)險(xiǎn)組。
12.如權(quán)利要求11所述的方法，其中高風(fēng)險(xiǎn)組的對(duì)象被選為接受輔助化療，而所述低風(fēng)險(xiǎn)組的對(duì)象不被選為接受輔助化療。
13.一種為NSCLC對(duì)象選擇療法的方法，包括 從已接受切除的患有NSCLC的對(duì)象獲得測(cè)試樣品； 測(cè)定表2所鑒定的至少二種或更多生物標(biāo)志物在所述測(cè)試樣品中的表達(dá)水平以產(chǎn)生各基因的表達(dá)值；和 分析所述表達(dá)值以產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分，其中該風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分可用于劃分所述對(duì)象是否選擇接受血管新生抑制劑。
14.如權(quán)利要求13所述的方法，其中所述血管新生抑制劑是阿瓦斯丁。
15.一種選擇性治療患NSCLC癌的對(duì)象的方法，包括:在手術(shù)切除后從患有NSCLC的對(duì)象獲得測(cè)試樣品；測(cè)定表1、表2或表3所鑒定的至少一種或多種生物標(biāo)志物，或表1、表2或表3所鑒定生物標(biāo)志物的任何組合在所述測(cè)試樣品中的表達(dá)水平以產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分；根據(jù)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分將對(duì)象分入高風(fēng)險(xiǎn)組或低風(fēng)險(xiǎn)組；和對(duì)劃分為屬于高風(fēng)險(xiǎn)組的對(duì)象給予輔助治療或?qū)澐譃閷儆诘惋L(fēng)險(xiǎn)組的對(duì)象不給予輔助治療。
16.如權(quán)利要求11、13或15所述的方法，包括測(cè)定表1、表2和/或表3所鑒定的至少三種生物標(biāo)志物的表達(dá)。
17.如權(quán)利要求1、11、13或15所述的方法，包括測(cè)定表1、表2和/或表3所鑒定的至少四種生物標(biāo)志物的表達(dá)。
18.如權(quán)利要求1、11、13或15所述的方法，包括測(cè)定表1、表2和/或表3所鑒定的至少五種生物標(biāo)志物的表達(dá)。
19.如權(quán)利要求1、11、13或15所述的方法，包括測(cè)定表1、表2和/或表3所鑒定的至少六種生物標(biāo)志物的表達(dá)。
20.如權(quán)利要求1-19中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述NSCLC是I期NSCLC或II期NSCLC或其組合。
21.如權(quán)利要求1-20中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述NSCLC在由鱗狀細(xì)胞癌和腺癌組成的組中鑒定。
22.如權(quán)利要求1-21中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述測(cè)試樣品是新鮮的、冷凍的、石蠟固定包埋的細(xì)胞。
23.如權(quán)利要求1-22中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述表達(dá)水平用qNPA、nanoString、定量PCR或陣列測(cè)定。
24.如權(quán)利要求1或2所述的方法，其中所述產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分的表達(dá)分析用統(tǒng)計(jì)學(xué)分析完成。
25.如權(quán)利要求24所述的方法，其中所述統(tǒng)計(jì)學(xué)分析包括Cox回歸分析或參數(shù)存活預(yù)測(cè)因子。
26.如權(quán)利要求1-25所述的方法，其中所述對(duì)象是人。
27.一種包含多種試劑和使用說(shuō)明書(shū)的試劑盒，所述試劑用于測(cè)量表1、表2和/或表3所鑒定一種或多種生物標(biāo)志物的表達(dá)。
28.一種用于預(yù)測(cè)肺癌對(duì)象是否會(huì)受益于輔助治療的試劑盒，所述試劑盒包括:用于測(cè)量表1、表2和/或表3所鑒定一種或多種生物標(biāo)志物表達(dá)的多種試劑；分析所述表達(dá)和產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分以預(yù)測(cè)患者是否會(huì)受益于輔助治療的工具。
29.如權(quán)利要求28所述的試劑盒，其中用于測(cè)量表達(dá)的試劑包括與所鑒定基因的mRNA互補(bǔ)的多核苷酸陣列。
30.如權(quán)利要求28所述的試劑盒，其中用于測(cè)量表達(dá)的試劑包括多種PCR探針和/或qRT-PCR 引物。
31.如權(quán)利要求28所述的試劑盒，其中表1、表2和表3鑒定的至少一種生物標(biāo)志物包括 CBX7、STX1 A 或 TPX2。
32.—種含一種或多種多核苷酸探針的陣列,所述探針與表1、表2和/或表3所不至少兩種生物標(biāo)志物的表達(dá)產(chǎn)物互補(bǔ)和可雜交。
33.一種含多種分離的核酸序列的組合物，其中各分離的核酸序列可與所述生物標(biāo)志物CBX7、STXlA和TPX2的RNA產(chǎn)物雜交，其中所述組合物用于測(cè)量所述三種基因的RNA表達(dá)水平。
34.一種預(yù)測(cè)NSCLC對(duì)象預(yù)后的計(jì)算機(jī)產(chǎn)品，其包括: 用于接收對(duì)應(yīng)于NSCLC對(duì)象樣品中一種或多種生物標(biāo)志物表達(dá)水平的數(shù)據(jù)的手段，其中所述一種或多種生物標(biāo)志物在表1、表2和/或表3中鑒定； 用于產(chǎn)生各基因表達(dá)值的手段；和 基于向數(shù)據(jù)庫(kù)輸入表達(dá)值來(lái)產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分的手段，所述數(shù)據(jù)庫(kù)包含與預(yù)后相關(guān)的對(duì)照表達(dá)譜，其中風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分預(yù)測(cè)所述對(duì)象的存活預(yù)后或者將該對(duì)象分入高風(fēng)險(xiǎn)組或低風(fēng)險(xiǎn)組。
35.如權(quán)利要求34所述的計(jì) 算機(jī)產(chǎn)品，其用于如權(quán)利要求1-25中任一項(xiàng)所述的方法。
【文檔編號(hào)】C12Q1/68GK103562409SQ201280025474
【公開(kāi)日】2014年2月5日 申請(qǐng)日期:2012年5月24日 優(yōu)先權(quán)日:2011年5月25日
【發(fā)明者】E·米希亞格里亞, P·維拉帕蒂, S·羅西, W·克羅爾 申請(qǐng)人:諾華股份有限公司