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      信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)及轉(zhuǎn)錄激活蛋白3(stat3)表達(dá)的調(diào)節(jié)的制作方法

      文檔序號(hào):510594閱讀:1639來源:國知局
      信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)及轉(zhuǎn)錄激活蛋白3(stat3)表達(dá)的調(diào)節(jié)的制作方法
      【專利摘要】本文公開的是用于降低STAT3mRNA和蛋白質(zhì)表達(dá)的反義化合物和方法。此類方法、化合物和組合物用于治療、預(yù)防或改善過度增殖性疾病。
      【專利說明】信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)及轉(zhuǎn)錄激活蛋白3(STAT3)表達(dá)的調(diào)節(jié)
      [0001]序列表
      [0002]本申請(qǐng)與電子格式的序列表一起被遞交。提供的序列表是2012年3月29日創(chuàng)建的標(biāo)題為B10L0142W0SEQ.txt,大小為672Kb的文件。電子格式的序列表中的信息通過引用整體并入本文。
      [0003]領(lǐng)域
      [0004]在某些實(shí)施方案中,提供的是用于抑制動(dòng)物中STAT3mRNA和蛋白質(zhì)的表達(dá)的方法、化合物和組合物。此類方法、化合物和組合物可用于治療、預(yù)防或改善過度增殖性疾病。
      [0005]背景
      [0006]蛋白質(zhì)STAT(信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)及轉(zhuǎn)錄激活蛋白)家族是在信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)和轉(zhuǎn)錄激活中起雙重作用的DNA結(jié)合蛋白質(zhì)。目前,存在6種不同的STAT家族成員(STAT1、STAT2、STAT3、STAT4、STAT5 和 STAT6)和幾種同工型(STAT1 a、STATl β、STAT3 α 和 STAT3 β )。STAT 的活性受到多種細(xì)胞因子和促有絲分裂刺激物的調(diào)節(jié)。細(xì)胞因子與其受體的結(jié)合導(dǎo)致與這些受體相關(guān)的Janus蛋白質(zhì)酪氨酸激酶(JAK)的活化。這磷酸化STAT,導(dǎo)致其轉(zhuǎn)位進(jìn)入細(xì)胞核和STAT應(yīng)答基因的轉(zhuǎn)錄激活。STAT上特定酪氨酸殘基的磷酸化導(dǎo)致它們的活化,從而形成與特定基因啟動(dòng)子序列結(jié)合的STAT同二聚體和/或異二聚體。由細(xì)胞因子通過STAT激活介導(dǎo)的事件包括細(xì)胞增殖和分化以及防止細(xì)胞凋亡。
      [0007]STAT激活的特異性歸因于特異細(xì)胞因子,即每種STAT對(duì)少量特異細(xì)胞因子起反應(yīng)。還發(fā)現(xiàn),其它非細(xì)胞因子信號(hào)分子如生長因子也可以活化STAT。這些因子與蛋白質(zhì)酪氨酸激酶相關(guān)的細(xì)胞表面受體`的結(jié)合導(dǎo)致STAT的磷酸化作用。
      [0008]特別地,已經(jīng)發(fā)現(xiàn)STAT3(也就是急性期反應(yīng)因子(APRF))對(duì)白介素-6(IL_6)和表皮生長因子(EGF)產(chǎn)生反應(yīng)(Darnell, Jr., J.E.,等人,Science, 1994,264,1415-1421)。此外,還已經(jīng)發(fā)現(xiàn)STAT3在干擾素介導(dǎo)的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)中具有重要作用(Yang,C.-H.,等A , Proc.Natl.Acad.Sc1.USA, 1998,95,5568-5572)。存在的證據(jù)表明 STAT3 可以受到MAPK途徑的調(diào)節(jié)。ERK2誘導(dǎo)絲氨酸磷酸化作用并且還與STAT3相關(guān)聯(lián)(Jain、N.,等人,Oncogene, 1998, 17, 3157-3167)。
      [0009]STAT3 在大多數(shù)細(xì)胞類型中表達(dá)(Zhong, Z.,等人,Proc.Natl.Acad.Sc1.USA, 1994,91,4806-4810)。其誘導(dǎo)參與對(duì)組織損傷和炎癥作出反應(yīng)的基因的表達(dá)。還證實(shí)STAT3 通過 bcl-2 的表達(dá)阻止細(xì)胞凋亡(Fukada, T.,等人,Immunity, 1996, 5, 449-460)。
      [0010]最近,在轉(zhuǎn)化細(xì)胞的線粒體中檢測出STAT3,顯示其促進(jìn)與癌細(xì)胞類似的糖分解的和氧化的磷酸化活性(Gough, D.J.,等人,Science, 2009,324,1713-1716)。線粒體中 STAT3的抑制損害由激活的Ras介導(dǎo)的惡性轉(zhuǎn)化。該數(shù)據(jù)證實(shí)線粒體中STAT3的Ras介導(dǎo)的轉(zhuǎn)化功能(除其在細(xì)胞核中的作用之外)。
      [0011]STAT3的異常表達(dá)或組成型表達(dá)與多種疾病過程有關(guān)。
      [0012]概述
      [0013]本文提供的是用于調(diào)節(jié)STAT3mRNA和蛋白質(zhì)的表達(dá)的方法、化合物和組合物。在某些實(shí)施方案中,可用于調(diào)節(jié)STAT3mRNA和蛋白質(zhì)的表達(dá)的化合物是反義化合物。在某些實(shí)施方案中,反義化合物是反義寡核苷酸。
      [0014]在某些實(shí)施方案中,調(diào)節(jié)可在細(xì)胞或組織中發(fā)生。在某些實(shí)施方案中,細(xì)胞或組織是動(dòng)物中的。在某些實(shí)施方案中,所述動(dòng)物是人。在某些實(shí)施方案中,STAT3mRNA水平被降低。在某些實(shí)施方案中,STAT3蛋白水平被降低。此類降低可以以時(shí)間依賴性方式或劑量依賴性方式發(fā)生。
      [0015]還提供的是可用于預(yù)防、治療和改善疾病、病癥和病況的方法、化合物和組合物。在某些實(shí)施方案中,此類疾病、病癥和病況是過度增殖性疾病、病癥和病況。在某些實(shí)施方案中,此類過度增殖性疾病、病癥和病況包括癌癥以及相關(guān)的惡性腫瘤和轉(zhuǎn)移。在某些實(shí)施方案中,此類癌癥包括肺癌,包括非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)、胰腺癌、結(jié)直腸癌、多發(fā)性骨髓瘤、肝細(xì)胞癌(HCC)、成膠質(zhì)細(xì)胞瘤、卵巢癌、骨肉癌、頭頸癌、乳腺癌、鱗狀細(xì)胞癌、腸道腺瘤、前列腺癌和胃癌。
      [0016]此類疾病、病癥和病況可具有共同的一種或多種危險(xiǎn)因素、原因或結(jié)果。形成過度增殖性疾病的某些危險(xiǎn)因素和原因包括老齡化;煙草使用;暴露于陽光和電離輻射;與某些化學(xué)品接觸;被某些病毒和細(xì)菌感染;某些激素治療;癌癥家族史;飲酒;和某些生活方式選擇(包括不良飲食、缺乏身體活動(dòng)、和/或體重超重)。與形成過度增殖性疾病相關(guān)的某些癥狀和結(jié)果包括乳房或身體任何其它部分的增厚或腫塊;新痣或現(xiàn)有痣的變化;不能治愈的潰瘍;持續(xù)不消失的聲音撕啞或咳嗽;腸或膀胱習(xí)性的變化;進(jìn)食后的不適;吞咽困難;無法解釋的體重增加或減輕;不正常的出血或排泄;疲勞;一種或多種腫瘤在體內(nèi)的轉(zhuǎn)移;心血管并發(fā)癥,包括心搏停止和中風(fēng);以及死亡。
      [0017]在某些實(shí)施方案中,治療方法包括給需要其的個(gè)體施用STAT3反義化合物。在某些實(shí)施方案中,治療方法包括給需要其的個(gè)體施用STAT3反義寡核苷酸。
      [0018]詳述
      [0019]應(yīng)理解,前面的一般說明和后面的詳細(xì)說明都僅僅是示例性的和說明性的,且不限制所要求保護(hù)的發(fā)明。在本文,除非另有特別指`明,否則單數(shù)的使用包括復(fù)數(shù)。如本文所用,除非另有指明,否則使用“或”是指“和/或”。而且,使用術(shù)語“包括”以及其它形式如“包括”和“被包括”不是限制性的。此外,除非另有特別指明,否則術(shù)語如“元素”或“組分”涵蓋包含一個(gè)單元的元素和組分,也涵蓋包含一個(gè)以上子單元的元素和組分。
      [0020]本文所用的分段標(biāo)題僅用于組織的目的,不應(yīng)被解釋為限制所描述的主題。本申請(qǐng)中引用的所有文件或文件部分,包括但不限于專利、專利申請(qǐng)、文章、書籍和論文,據(jù)此通過引用對(duì)于本文論述的文件的部分以及以其整體明確并入。
      [0021]定義
      [0022]除非提供特別定義,否則本文描述的術(shù)語結(jié)合分析化學(xué)、合成有機(jī)化學(xué)和醫(yī)藥化學(xué)的方法和技術(shù)是那些本領(lǐng)域所熟知和通用的。在化學(xué)合成和化學(xué)分析中可使用標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)。在允許的情況下,所有專利、申請(qǐng)、已公布的申請(qǐng)和其他出版物、從如國家生物技術(shù)信息中心(NCBI)等數(shù)據(jù)庫中獲得的GENBANK登錄號(hào)和相關(guān)序列信息以及在本公開中提及的其他數(shù)據(jù),其在此被討論的部分被作為參考,并且這些部分的全部內(nèi)容被并入本申請(qǐng)。據(jù)此通過引用對(duì)于本文論述的文件的部分以及以其整體明確并入。
      [0023]除非另有說明,否則下列術(shù)語具有下列含義:
      [0024]“2’ -脫氧核苷”意指包含2’ -H呋喃糖基糖部分的核苷,如在脫氧核糖核苷(DNA)中天然存在地發(fā)現(xiàn)。在某些實(shí)施方案中,2’ -脫氧核苷可包含修飾的核堿基或可包含RNA核堿基(例如,尿嘧啶)。
      [0025]“2’-O-甲氧基乙基”(也稱為2’-MOE和2’-O (CH2)2-OCH3)是指呋喃糖基(furosyl)環(huán)的2’位的O-甲氧基-乙基修飾。2’ -O-甲氧基乙基修飾的糖是修飾的糖。
      [0026]“2’ -MOE核苷”(也稱為2’ -O-甲氧基乙基核苷)意指包含2’ -MOE修飾的糖部分的核苷。
      [0027]“2’ -取代的核苷”意指核苷包含在2’ -位的不是H或OH的取代基。除非另外指明,2’ -取代的核苷不是雙環(huán)核苷。
      [0028]“5’ -甲基胞嘧啶”意指用連接于5’位的甲基修飾的胞嘧啶。5-甲基胞嘧啶是修飾的核堿基。
      [0029]“約”意指在值的土 10%內(nèi)。例如,若陳述“化合物影響STAT3的至少約70%抑制”,則暗指STAT3水平在63%至77%的范圍內(nèi)被抑制。
      [0030]“活性藥物試劑”意指當(dāng)向個(gè)體時(shí)施用提供療效的藥物組合物中的一種或多種物質(zhì)。例如,在某些實(shí)施方案中,靶向于STAT3的反義寡核苷酸是活性藥物試劑。
      [0031]“活性靶區(qū)”或“靶區(qū)”意指一種或多種活性反義化合物靶向的區(qū)域?!盎钚苑戳x化合物”意指降低靶核酸水平或蛋白質(zhì)水平的反義化合物。
      [0032]“伴隨施用”是指兩種試劑以它們的藥理學(xué)效果在患者體內(nèi)都顯現(xiàn)的任何方式同時(shí)施用。伴隨施用不需要在單一藥物組合物中、相同劑型中或以相同施用途徑施用兩種試劑。兩種試劑的效果不需要同時(shí)顯現(xiàn)它們自己。效果只需要在一段時(shí)間重疊,且不需要同久遠(yuǎn)。`
      [0033]“施用”意指將藥物試劑提供給個(gè)體,并且包括但不限于醫(yī)療專業(yè)人員施用和自我施用。
      [0034]“改善”是指相關(guān)疾病、病癥或病況的至少一種指標(biāo)、跡象或癥狀的減輕。指標(biāo)的嚴(yán)重程度可以通過本領(lǐng)域普通技術(shù)人員已知的主觀或客觀的測量來確定。
      [0035]“動(dòng)物”是指人或非人動(dòng)物(包括但不限于小鼠、大鼠、兔、狗、貓、豬)和非人靈長類(包括但不限于猴和黑猩猩)。
      [0036]“抗體”是指以通過某種方式與抗原特異性反應(yīng)為特征的分子,其中抗體和抗原各自根據(jù)對(duì)方來定義??贵w可能是指完整的抗體分子或其中任何片段或區(qū)域,如重鏈、輕鏈、Fab區(qū)以及Fe區(qū)。
      [0037]“反義活性”意指可歸因于反義化合物與其靶核酸相雜交的任何可檢測或可測量的活性。在某些實(shí)施方案中,反義活性是靶核酸或此類靶核酸編碼的蛋白的量或表達(dá)的降低。
      [0038]“反義化合物”意指能夠通過氫鍵合進(jìn)行與靶核酸相雜交的寡聚化合物。反義化合物的實(shí)例包括單鏈和雙鏈化合物,如反義寡核苷酸、siRNA, shRNA, snoRNA、miRNA和衛(wèi)星重復(fù)。
      [0039]“反義抑制”意指與不存在反義化合物時(shí)靶核酸水平或靶蛋白水平相比,在與靶核酸互補(bǔ)的反義化合物存在時(shí),靶核酸水平或靶蛋白水平降低。
      [0040]“反義寡核苷酸”意指具有允許與靶核酸的相應(yīng)區(qū)域或區(qū)段雜交的核堿基序列的單鏈寡核苷酸。[0041]“雙環(huán)糖”意指通過兩個(gè)原子的橋接而修飾的呋喃糖基環(huán)。雙環(huán)糖是修飾的糖。
      [0042]“雙環(huán)核苷”(也稱為BNA)意指具有糖部分的核苷,所述糖部分包含連接糖環(huán)的兩個(gè)碳原子的橋,由此形成雙環(huán)環(huán)系統(tǒng)。在某些實(shí)施方案中,該橋連接糖環(huán)的4’-碳和2’-碳。
      [0043]“帽結(jié)構(gòu)”或“末端帽部分”意指已在反義化合物任一端并入的化學(xué)修飾。
      [0044]“cEt”或“受約束的乙基”意指具有糖部分的雙環(huán)核苷,所述糖部分包含連接4’ -碳和2’ -碳的橋,其中該橋具有式:4’ -CH(CH3)-0-2’。
      [0045]“受約束的乙基核苷”(也稱為cEt核苷)意指包含含有4’ -CH(CH3)_0_2’橋的雙環(huán)糖部分的核苷。
      [0046]“化學(xué)不同的區(qū)域”是指在某些方面在化學(xué)上不同于相同反義化合物的其它區(qū)域的反義化合物中的區(qū)域。例如,具有2’ -O-甲氧基乙基核苷酸的區(qū)域在化學(xué)上不同于含有無2’ -O-甲氧乙基修飾的核苷酸的區(qū)域。
      [0047]“嵌合反義化合物”意指具有至少兩個(gè)化學(xué)不同的區(qū)域的反義化合物。
      [0048]“共施用”意指向個(gè)體施用兩種或更多種藥物試劑。兩種或更多種藥物試劑可以在單一藥物組合物中,或也可能在分開的藥物組合物中。兩種或更多種藥物試劑中的每一種可通過相同或不同的施用途徑施用。共施用涵蓋平行或相繼施用。
      [0049]“互補(bǔ)性”意指第一核酸與第二核酸的核堿基之間的配對(duì)能力。
      [0050]“連續(xù)核堿基”意指彼此直接相鄰的核堿基。
      [0051]“稀釋劑”意指缺乏藥理學(xué)活性,但藥學(xué)必需或需要的組合物中的成分。例如,在注射的組合物中的稀釋劑可以是液體,例如鹽水溶液。
      `[0052]“劑量”意指單次施用中或規(guī)定時(shí)間段內(nèi)提供的藥物試劑的規(guī)定量。在某些實(shí)施方案中,劑量可能以一份、兩份或多份丸劑、片劑或注射劑施用。例如,在需要皮下施用的某些實(shí)施方案中,所需劑量需要通過單次注射不容易容納的體積,因此,可以使用兩次或更多次注射以達(dá)到所需劑量。在某些實(shí)施方案中,藥物試劑是通過在延長時(shí)間內(nèi)或連續(xù)輸注而施用的。劑量可以按每小時(shí)、每天、每周或每月藥物試劑的量來規(guī)定。
      [0053]“有效量”意指在需要藥劑的個(gè)體中足以實(shí)現(xiàn)所需生理學(xué)結(jié)果的活性藥物試劑的量。根據(jù)待處理個(gè)體的健康與生理狀況、待處理個(gè)體的分類群、組合物的劑型、個(gè)體醫(yī)療狀況的評(píng)估以及其他有關(guān)因素,個(gè)體間的有效量可能有變化。
      [0054]“完全互補(bǔ)”或“ 100%互補(bǔ)”意指第一核酸的每個(gè)核堿基在第二核酸中具有互補(bǔ)核堿基。在某些實(shí)施方案中,第一核酸是反義化合物且靶核酸是第二核酸。
      [0055]“缺口聚體(Gapmer) ”意指一種嵌合反義化合物,其中具有多個(gè)支持RNA酶H切割的核苷的內(nèi)部區(qū)域位于具有一個(gè)或多個(gè)核苷的外部區(qū)域之間,其中包含內(nèi)部區(qū)域的核苷化學(xué)上不同于包含外部區(qū)域的核苷或核苷。內(nèi)部區(qū)域可被稱為“缺口”且外部區(qū)域可被稱為
      “留,,
      異 ο
      [0056]“缺口擴(kuò)大的”意指在具有一到六個(gè)核苷的5’和3’翼區(qū)段之間并且與其直接相鄰處具有12或更多個(gè)連續(xù)2’ -脫氧核糖核苷的嵌合反義化合物。
      [0057]“雜交”意指互補(bǔ)核酸分子的退火。在某些實(shí)施方案中,互補(bǔ)核酸分子包括反義化合物和靶核酸。
      [0058]“過度增殖性疾病”意指特征在于細(xì)胞的快速或過度生長和繁殖的疾病。過度增殖性疾病的實(shí)例包括癌癥,例如癌、肉瘤、淋巴瘤和白血病以及相關(guān)惡性腫瘤和轉(zhuǎn)移。[0059]“鑒定具有過度增殖性疾病風(fēng)險(xiǎn)的動(dòng)物”意指鑒定已經(jīng)診斷具有過度增殖性疾病的動(dòng)物或鑒定具有發(fā)展過度增殖性疾病傾向性的動(dòng)物。具有發(fā)展過度增殖性疾病傾向性的動(dòng)物包括那些具有一種或多種過度增殖性疾病危險(xiǎn)因素的動(dòng)物,這些因素包括高齡;其它過度增殖性疾病史;煙草使用史;暴露于陽光和/或電離輻射的歷史;之前與某些化學(xué)品接觸、尤其是連續(xù)接觸;過去或現(xiàn)在被某些病毒和細(xì)菌感染;過去或現(xiàn)在使用某些激素治療;遺傳易感性;飲酒;和某些生活方式選擇(包括不良飲食、缺乏身體活動(dòng)、和/或體重超重)。此類鑒定可通過包括評(píng)價(jià)個(gè)體的醫(yī)療史和標(biāo)準(zhǔn)臨床試驗(yàn)或評(píng)估的任何方法來實(shí)現(xiàn)。
      [0060]“直接相鄰”意指在直接相鄰的元素之間沒有任何介入元素。
      [0061]“抑制STAT3”意指與在不存在STAT3反義化合物(如反義寡核苷酸)時(shí)STAT3mRNA和/或蛋白質(zhì)水平的表達(dá)相比,在存在STAT3反義化合物(包括STAT3反義寡核苷酸)下降低STAT3mRNA和/或蛋白質(zhì)水平的表達(dá)。
      [0062]“個(gè)體”意指被選擇用于治療或療法的人或非人動(dòng)物。
      [0063]“核苷間連接”是指核苷間的化學(xué)鍵。
      [0064]“連接的核苷”意指鍵合在一起的相鄰核苷。
      [0065]“錯(cuò)配”或“非互補(bǔ)核堿基”是指當(dāng)?shù)谝缓怂岬暮藟A基不能與第二或靶核酸的相應(yīng)核堿基配對(duì)時(shí)的情形。
      [0066]“修飾的核苷間連接”是指天然存在的核苷間鍵(即磷酸二酯核苷間鍵)的替換或任何改變。
      [0067]“修飾的核堿基”是指除了腺嘌呤、胞嘧啶、鳥嘌呤、胸腺嘧啶或尿嘧啶之外的任何核堿基?!拔葱揎椀暮藟A基”意指嘌呤堿基腺嘌呤(A)和鳥嘌呤(G),以及嘧啶堿基胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)和尿嘧啶(U)。
      [0068]“修飾的核苷酸”意指獨(dú)立具有修飾的糖部分、修飾的核苷間連接或修飾的核堿基的核苷酸?!靶揎椀暮塑铡币庵釜?dú)立具有修飾的糖部分或修飾的核堿基的核苷。
      [0069]“修飾的寡核苷酸”意指包含修飾的核苷間連接、修飾的糖和/或修飾的核堿基的
      寡核苷酸。
      [0070]“修飾的糖”是指由天然糖的取代或變化。
      [0071]“基序”意指反義化合物中化學(xué)不同的區(qū)域的模式。
      [0072]“天然存在的核苷間連接”意指3’至5’磷酸二酯連接。
      [0073]“天然糖部分”意指在DNA (2’ -H)或RNA (2’ -0H)中發(fā)現(xiàn)的糖。
      [0074]“核酸”是指由單體核苷酸組成的分子。核酸包括核糖核酸(RNA)、脫氧核糖核酸(DNA)、單鏈核酸、雙鏈核酸、小干擾核糖核酸(siRNA)和微RNA(miRNA)。
      [0075]“核堿基”意指能與另一核酸的堿基配對(duì)的雜環(huán)部分。
      [0076]“核堿基序列”意指不依賴于任何糖、連接或核堿基修飾的連續(xù)核堿基的順序。
      [0077]“核苷”意指連接于糖的核堿基。
      [0078]“核苷模擬物”包括用于替代寡聚化合物的一個(gè)或多個(gè)位置處的糖或糖和堿基且未必是連接的那些結(jié)構(gòu),例如具有嗎啉代、環(huán)己烯基、環(huán)己基、四氫吡喃基、諸如非呋喃糖單元的雙環(huán)或三環(huán)糖模擬物的核苷模擬物。核苷酸模擬物包括用于替代寡聚化合物的一個(gè)或多個(gè)位置處的核苷和連接的那些結(jié)構(gòu),如例如肽核酸或嗎啉代(-N (H)-C (=0)-0-或其它非磷酸二酯連接而連接的嗎啉代)。糖代用品與稍廣義術(shù)語核苷模擬物有重疊,但旨在僅表示糖單元(呋喃糖環(huán))的替代。本文提供的四氫吡喃基環(huán)是糖代用品的實(shí)例的展示,其中,呋喃糖基團(tuán)已被四氫吡喃基環(huán)系統(tǒng)所替代。
      [0079]“核苷酸”意指具有與核苷的糖部分共價(jià)連接的磷酸基團(tuán)的核苷。
      [0080]“脫靶效應(yīng)”是指與基因而不是預(yù)期靶核酸的RNA或蛋白質(zhì)表達(dá)的調(diào)節(jié)相關(guān)的不需要或有害的生物效應(yīng)。
      [0081]“寡聚化合物”或“寡聚物”意指能夠與核酸分子的至少一個(gè)區(qū)域雜交的連接的單體亞單位的聚合物。
      [0082]“寡核苷酸”意指連接的核苷的聚合物,這些核苷中的每一個(gè)可以是修飾的或未修飾的,并且彼此獨(dú)立。
      [0083]“胃腸外施用”意指通過注射(例如,彈丸注射)或輸注而施用。胃腸外施用包括皮下施用、靜脈內(nèi)施用、肌內(nèi)施用、動(dòng)脈內(nèi)施用、腹膜內(nèi)施用或顱內(nèi)施用,例如鞘內(nèi)施用或腦室內(nèi)施用。
      [0084]“肽”意指通過以酰胺鍵連接至少兩個(gè)氨基酸而形成的分子。肽是指多肽和蛋白質(zhì)。
      [0085]“藥物組合物”意指適用于向個(gè)體施用的物質(zhì)的混合物。例如,藥物組合物可包含一種或多種活性藥物試劑和無菌水溶液。在某些實(shí)施方案中,藥物組合物在某些細(xì)胞系的自由攝取測定中顯示活性。
      [0086]“藥學(xué)上可接受的衍生物”涵蓋本文所述的化合物的藥學(xué)上可接受的鹽、偶聯(lián)物、前藥或異構(gòu)體。
      [0087]“藥學(xué)上可接受的鹽”`意指反義化合物的生理學(xué)上和藥學(xué)上可接受的鹽,即保留親本寡核苷酸的所需生物活性,且不向其賦予不需要的毒性效果的鹽。
      [0088]“硫代磷酸連接”意指核苷之間的連接,其中通過用硫原子替代非橋接氧原子之一來修飾磷酸二酯鍵。硫代磷酸連接(P=S)是修飾的核苷間連接。
      [0089]“部分”意指核酸中確定數(shù)量的連續(xù)(即,連接的)核堿基。在某些實(shí)施方案中,部分是靶核酸中確定數(shù)量的連續(xù)核堿基。在某些實(shí)施方案中,部分是反義化合物中確定數(shù)量的連續(xù)核堿基。
      [0090]“預(yù)防”是指延遲或阻止疾病、病癥或病況的發(fā)作或發(fā)展達(dá)數(shù)分鐘至無限的時(shí)間。預(yù)防也意指降低發(fā)展疾病、病癥或病況的風(fēng)險(xiǎn)。
      [0091]“前藥”意指以非活性形式制備的在身體或細(xì)胞內(nèi)通過內(nèi)源酶或其他化學(xué)品或條件的作用而轉(zhuǎn)化為活性形式的治療劑。
      [0092]“副作用”意指由治療所引起的除所需效應(yīng)之外的生理反應(yīng)。在某些實(shí)施方案中,副作用包括注射部位反應(yīng)、肝功能測試異常、腎功能異常、肝臟毒性、腎臟毒性、中樞神經(jīng)系統(tǒng)異常、肌肉疾病以及不適。例如,血清中提高的轉(zhuǎn)氨酶水平可能表明肝臟毒性或肝功能異常。例如,增高的膽紅素可能表明肝臟毒性或肝功能異常。
      [0093]“信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)及轉(zhuǎn)錄激活蛋白3核酸”或“STAT3核酸”意指編碼STAT3的任何核酸。例如,在某些實(shí)施方案中,STAT3核酸包括編碼STAT3的DNA序列、由編碼STAT3的DNA轉(zhuǎn)錄的RNA序列(包括包含內(nèi)含子和外顯子的基因組DNA)和編碼STAT3的mRNA序列?!癝TAT3mRNA”意指編碼STAT3蛋白質(zhì)的mRNA。
      [0094]“單鏈寡核苷酸”意指沒有與互補(bǔ)鏈雜交的寡核苷酸。[0095]“可特異性雜交的”是指反義化合物在反義寡核苷酸與靶核酸之間具有足以誘導(dǎo)所需效應(yīng)的互補(bǔ)度,而在期望特異性結(jié)合的條件下即在體內(nèi)測定和治療性治療時(shí)的生理?xiàng)l件下表現(xiàn)出對(duì)非祀核酸最低影響或無影響。
      [0096]“祀向(targeting)”或“祀向(targeted) ”意指設(shè)計(jì)和選擇與祀核酸特異性雜交并誘導(dǎo)預(yù)期效應(yīng)的反義化合物的過程。
      [0097]“靶核酸”、“靶RNA”、“靶mRNA”和“靶RNA轉(zhuǎn)錄本”均是指能夠被反義化合物靶向
      的核酸。
      [0098]“靶區(qū)段”意指靶向反義化合物的靶核酸的核苷酸的序列?!?’靶位點(diǎn)”是指靶區(qū)段的最5’端核苷酸?!?’靶位點(diǎn)”是指靶區(qū)段的最3’端核苷酸。
      [0099]“治療有效量”意指為個(gè)體提供療效的藥物試劑的量。
      [0100]“治療”是指施用藥物組合物以實(shí)現(xiàn)疾病、病癥或病況的改變或改善。
      [0101]“未修飾的核苷酸”意指由天然存在的核堿基、糖部分和核苷間連接組成的核苷酸。在某些實(shí)施方案中,未修飾的核苷酸是RNA核苷酸(即β-D-核糖核苷)或DNA核苷酸(即β -D-脫氧核糖核苷)。
      [0102]某些實(shí)施方案
      [0103]在某些實(shí)施方案中,提供的是用于抑制STAT3mRNA或蛋白質(zhì)表達(dá)的方法、化合物和組合物。
      [0104]在某些實(shí)施方案中,提供的是用于預(yù)防腫瘤生長和腫瘤體積的方法。在某些實(shí)施方案中,提供的是用于降低腫瘤生長和腫`瘤體積的方法。
      [0105]在某些實(shí)施方案中,提供的是用于治療、預(yù)防和改善需要其的個(gè)體中與STAT3相關(guān)的疾病、病癥和病況的方法、化合物和組合物。還構(gòu)思的是用于制備用于治療、預(yù)防和改善與STAT3相關(guān)的疾病、病癥或病況的藥劑的方法和化合物。STAT3相關(guān)的疾病、病癥和病況包括過度增殖性疾病,例如,癌、肉瘤、淋巴瘤和白血病以及相關(guān)惡性腫瘤和轉(zhuǎn)移。
      [0106]在某些實(shí)施方案中,提供的是用于治療、預(yù)防或改善STAT3相關(guān)疾病的STAT3反義化合物。在某些實(shí)施方案中,STAT3反義化合物是STAT3反義寡核苷酸,其能夠抑制細(xì)胞、組織或動(dòng)物中STAT3mRNA和/或STAT3蛋白質(zhì)的表達(dá)。
      [0107]在某些實(shí)施方案中,提供的是用于治療或預(yù)防肺癌的如本文所述的STAT3反義化合物,所述肺癌包括非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)、胰腺癌、結(jié)直腸癌、多發(fā)性骨髓瘤、肝細(xì)胞癌(HCC)、成膠質(zhì)細(xì)胞瘤、卵巢癌、骨肉癌、頭頸癌、乳腺癌、鱗狀細(xì)胞癌、腸道腺瘤、前列腺癌和胃癌。
      [0108]在某些實(shí)施方案中,提供的是用于治療癌癥或預(yù)防癌癥轉(zhuǎn)移的如本文所述的STAT3反義化合物。
      [0109]在某些實(shí)施方案中,提供的是如本文所述的STAT3反義化合物,用于治療、預(yù)防或改善過度增殖性疾病,例如,癌癥、癌、肉瘤、淋巴瘤和白血病以及相關(guān)惡性腫瘤和轉(zhuǎn)移。
      [0110]在某些實(shí)施方案中,提供的是靶向于STAT3核酸的反義化合物。在某些實(shí)施方案中,STAT3核酸是下列序列的任一個(gè):于GENBANK登錄號(hào)NM_139276.2列出的序列(以SEQID NO:1并入本文)或由核苷酸4185000至4264000截短的GENBANK登錄號(hào)NT_010755.14的互補(bǔ)序列(以SEQ ID NO:2并入本文)。
      [0111]在某些實(shí)施方案中,本文提供的反義化合物靶向于SEQ ID NOl的下列區(qū)域中的任一個(gè):250-286 ;250-285 ;264_285 ;264_282 ;728_745 ;729_745 ;729_744 ;787-803 ;867-883 ;955_978 ;1146_1170 ;1896_1920 ; 1899-1920 ;1899_1919 ;1899_1918 ;1899-1916 ;1901-1916 ;1946_1963 ;1947_1963 ;2155-2205 ;2155_2187 ;2156_2179 ;2204-2221 ;2681-2696 ;2699-2716 ;3001-3033 ;3008-3033,3010-3033,3010-3032,3015-3033、3015-3032、3015-3031、3016-3033、3016-3032、3016-3033 ;3452_3499 ;3460-3476 ;3583-3608 ;3591-3616 ;3595-3615 ;3595-3614 ;3595-3612 ;3675-3706 ;3713-3790 ;3715_3735 ;3833_3878 ;3889_3932 ;3977-4012 ;4067-4100 ;4225_4256 ;4234-4252 ;4235_4252 ;4235_4251 ;4236_4252 ;4306-4341 ;4431_4456 ;4439_4454 ;4471-4510 ;4488-4505 ;4530-4558 ;4539-4572 ;4541-4558 ;4636-4801 ;4782-4796 ;4800-4823 ;4811-4847 ;4813-4859 ;4813-4815 ;4813-4831 ;4827-4859 ;4827-4844 ;4842-4859 ο
      [0112]在某些實(shí)施方案中,本文提供的反義化合物在SEQ ID NOl的下列區(qū)域中的任一個(gè)內(nèi)互補(bǔ):250-286 ;250-285 ;264_285 ;264_282 ;728_745 ;729_745 ;729_744 ;787-803 ;867-883 ;955_978 ;1146_1170 ;1896_1920 ; 1899-1920 ;1899_1919 ;1899_1918 ;1899-1916 ;1901-1916 ;1946_1963 ;1947_1963 ;2155-2205 ;2155_2187 ;2156_2179 ;2204-2221 ;2681-2696 ;2699-2716 ;3001-3033 ;3008-3033,3010-3033,3010-3032,
      3015-3033、3015-3032、3015-3031、3016-3033、3016-3032、3016-3033;3452_3499 ;3460-3476 ;3583-3608 ;3591-3616 ;3595-3615 ;3595-3614 ;3595-3612 ;3675-3706 ;3713-3790 ;3715_3735 ;3833_3878 ;3889_3932 ;3977-4012 ;4067-4100 ;4225_4256 ;4234-4252 ;4235_4252 ;4235_4251 ;4236_4252 ;4306-4341 ;4431_4456 ;4439_4454 ;4471-4510 ;4488-4505 ;4530-4558 ;4539-4572 ;4541-4558 ;4636-4801 ;4782-4796 ;4800-4823 ;4811-4847 ;4813-4859 ;4813-4815 ;4813-4831 ;4827-4859 ;4827-4844 ;4842-4859。在某些實(shí)施方案中,提供的是包含由12至22個(gè)連接的核苷組成的修飾的反義寡核苷酸的化合物,其中所述修飾的反義寡核苷酸包含:
      [0113]由I至5個(gè)連接的核苷組成的5’ -翼;
      [0114]由I至5個(gè)連接的核苷組成的3’ -翼;
      [0115]由8至12個(gè)連接的2’ -脫氧核苷組成的5’ -翼和3’ -翼之間的缺口 ;且其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一個(gè)包含至少一個(gè)雙環(huán)核苷或2’ -取代的核苷;
      [0116]其中所述修飾的反義寡核苷酸的核堿基序列與SEQ ID NO:1的核堿基序列的任何下述核堿基的等長部分互補(bǔ):核堿基250-286 ;250-285 ;264_285 ;264_282 ;728_745 ;729-745 ;729-744 ;787-803 ;867_883 ;955_978 ;1146-1170 ;1896-1920 ;1899_1920 ;1899-1919 ;1899-1918 ;1899_1916 ;1901-1916 ;1946_1963 ;1947_1963 ;2155_2205 ;2155-2187 ;2156-2179 ;2204-2221;2681-2696 ;2699-2716 ;3001-3033 ;3008_3033、3010-3033、3010-3032、3015-3033、3015-3032、3015-3031、3016-3033、3016-3032、
      3016-3033;3452-3499 ;3460-3476 ;3583-3608 ;3591-3616 ;3595-3615 ;3595-3614 ;3595-3612 ;3675-3706 ;3713-3790 ;3715_3735 ;3833_3878 ;3889_3932 ;3977_4012 ;4067-4100 ;4225-4256 ;4234_4252 ;4235_4252 ;4235_4251 ;4236_4252 ;4306-4341 ;4431-4456 ;4439-4454 ;4471-4510 ;4488-4505 ;4530-4558 ;4539-4572 ;4541-4558 ;4636-4801 ;4782_4796 ;4800-4823 ;4811-4847 ;4813_4859 ;4813_4815 ;4813_4831 ;4827-4859 ;4827-4844 ;4842_4859。
      [0117]在某些實(shí)施方案中,本文提供的反義化合物靶向于SEQ ID N02的下列區(qū)域中的任一個(gè):2668-2688 ;2703_2720 ;5000_5021 ;5001_5017 ;5697_5722 ;5699_5716 ;6475 - 6490 ;6475 - 6491 ;6476 - 6491 ;7682-7705 ;8078-8097 ;8079-8095 ;9862-9811 ;9870-9897 ;9875-9893 ;9875-9891 ;9877-9893 ;11699-11719 ; 12342-12366 ;12345-12364 ;12346-12364;12347_12364 ;12353-12380 ;12357_12376 ;12358_12376 ;12358_12373 ;12360-12376 ;14128_14148 ;16863_16883 ;46091_46111 ;50692-50709 ;50693-50709 ;50693-50708;61325_61349;66133_66157 ;66136_66157 ;66136 - 66155 ;66136_66153 ;66138-66153 ;66184-66200 ;67067-67083 ;4171-74220 ;74199-74220 ;74202-74220 ;74171-74219 ;74199_74219 ;74202_74219 ;74171_74218 ;74199_74218 ;74202_74218 ;74723-74768 ;74764-74803 ;74782-74802 ;74782-74801 ;74782-74800 ;74782-74799 ;74783-74802 ;74783-74801 ;74783-74800 ;74783-74799 ;74862-74893 ;74900-74977 ;74902-74922 ;74902-74920 ;75070-75119 ;75164-75199 ;75254-75287 ;75412-75443 ;75421-75439 ;75422_75439 ;75422_75438 ;75423_75439 ;75423_75438 ;75493_75528 ;75616-75643 ;75626-75641 ;75658-75699 ;75676-75692 ;75717-75745 ;75726-75759 ;75726-75745 ;75727-75745 ;75728-75745 ;75831-75988 ;75852-75969 ;75969-75984 ;75987-76056 ;76000-76046 ;76000-76032 ;76000-76018 ;76014-76046 ;76014-76032 ;76029-76046 ;和 76031-76046。
      [0118]在某些實(shí)施方案中,本文提供的反義化合物在SEQ ID N02的下列區(qū)域中的任一個(gè)內(nèi)互補(bǔ):2668-2688 ;2703_2720 ;5000_5021 ;5001_5017 ;5697_5722 ;5699_5716 ;6475 - 6490 ;6475 - 6491 ;6476 - 6491 ;7682-7705 ;8078-8097 ;8079-8095 ;9862-9811 ;9870-9897 ;9875-9893 ;9875-9891 ;9877-9893 ;11699-11719 ;12342-12366 ; 12345-12364 ;12346-12364;12347_12364 ;12353-12380 ;12357_12376 ;12358_12376 ;12358_12373 ;12360-12376 ;14128_14148 ;16863_16883 ;46091_46111 ;50692-50709 ;50693-50709 ;50693-50708 ;61325_61349 ;66133_66157 ;66136_66157 ;66136 - 66155 ;66136_66153 ;66138-66153 ;66184_66200 ;67067_67083 ;4171_74220 ;74199_74220 ;74202_74220 ;74171-74219 ;74199_74219 ;74202-74219 ;74171_74218 ;74199_74218 ;74202-74218 ;74723-74768 ;74764-74803 ;74782-74802 ;74782-74801 ;74782-74800 ;74782-74799 ;74783-74802 ;74783-74801 ;74783-74800 ;74783-74799 ;74862-74893 ;74900-74977 ;74902-74922 ;74902-74920 ;75070-75119 ;75164_75199 ;75254_75287 ;75412_75443 ;75421-75439 ;75422_75439 ;75422_75438 ;75423_75439 ;75423_75438 ;75493_75528 ;75616-75643 ;75626-75641 ;75658-75699 ;75676-75692 ;75717-75745 ;75726-75759 ;75726-75745 ;75727-75745 ;75728-75745 ;75831-75988 ;75852-75969 ;75969-75984 ;75987-76056 ;76000-76046 ;76000-76032 ;76000-76018 ;76014-76046 ;76014-76032 ;76029-76046 ;和 76031-76046。
      [0119]在某些實(shí)施方案中,提供的是包含由12至22個(gè)連接的核苷組成的修飾的反義寡核苷酸的化合物,其中所述修飾的反義寡核苷酸包含:
      [0120]由I至5個(gè)連接的核苷組成的5’ -翼`;
      [0121]由I至5個(gè)連接的核苷組成的3’ -翼;[0122]由8至12個(gè)連接的2’ -脫氧核苷組成的5’ -翼和3’ -翼之間的缺口 ;且
      [0123]其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一個(gè)包含至少一個(gè)雙環(huán)核苷或2’ -取代的核苷;
      [0124]其中所述修飾的反義寡核苷酸的核堿基序列與SEQ ID N0:2的核堿基序列的任何下述核堿基的等長部分互補(bǔ):核堿基2668-2688 ;2703_2720 ;5000-5021 ;5001-5017 ;5697-5722 ;5699-5716 ;6475 - 6490 ;6475 - 6491 ;6476 - 6491 ;7682-7705 ;8078-8097 ;8079-8095 ;9862-9811 ;9870-9897 ;9875-9893 ;9875-9891 ;9877-9893 ;11699-11719 ;12342-12366 ;12345_12364;12346_12364 ;12347_12364 ;12353-12380 ;12357_12376 ;12358-12376 ;12358_12373 ;12360-12376 ;14128_14148 ;16863_16883 ;46091-46111 ;50692-50709 ;50693-50709 ;50693-50708 ;61325-61349 ;66133-66157 ;66136-66157 ;66136 - 66155 ;66136_66153 ;66138_66153 ;66184-66200 ;67067-67083 ;4171_74220 ;74199-74220 ;74202-74220 ;74171-74219 ;74199-74219 ;74202-74219 ;74171-74218 ;74199-74218 ;74202-74218 ;74723-74768 ;74764-74803 ;74782-74802 ;74782-74801 ;74782-74800 ;74782-74799 ;74783-74802 ;74783-74801 ;74783-74800 ;74783-74799 ;74862-74893 ;74900-74977 ;74902-74922 ;74902-74920 ;75070-75119 ;75164-75199 ;75254-75287 ;75412_75443 ;75421_75439 ;75422_75439 ;75422_75438 ;75423_75439 ;75423-75438 ;75493-75528 ;75616-75643 ;75626-75641 ;75658-75699 ;75676-75692 ;75717-75745 ;75726-75759 ;75726-75745 ;75727-75745 ;75728-75745 ;75831-75988 ;75852-75969 ;75969-75984;75987-76056 ;76000-76046 ;76000-76032 ;76000-76018 ;76014-76046 ;76014_76032 ;76029_76046 ;和 76031-76046。
      [0125]某些實(shí)施方案提供包含由12至30個(gè)連接的核苷組成的修飾的寡核苷酸的化合物,所述修飾的寡核苷酸具有的核堿基序列包含與SEQ ID NO:1的核堿基3008至3033的等長部分互補(bǔ)的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的部分,其中所述核堿基序列與SEQ ID NO:1互補(bǔ)。
      [0126]某些實(shí)施方案提供包`含由12至30個(gè)連接的核苷組成的修飾的寡核苷酸的化合物,所述修飾的寡核苷酸具有的核堿基序列包含與SEQ ID NO:1的核堿基3016至3031的等長部分互補(bǔ)的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的部分,其中所述核堿基序列與SEQ ID NO:1互補(bǔ)。
      [0127]某些實(shí)施方案提供包含由12至30個(gè)連接的核苷組成的修飾的寡核苷酸的化合物,所述修飾的寡核苷酸具有的核堿基序列包含與SEQ ID NO: 2的核堿基6476至6491的等長部分互補(bǔ)的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的部分,其中所述核堿基序列與SEQ ID NO:2互補(bǔ)。
      [0128]某些實(shí)施方案提供包含由12至30個(gè)連接的核苷組成的修飾的寡核苷酸的化合物,所述修飾的寡核苷酸具有的核堿基序列包含與SEQ ID NO:1的下述核堿基的等長部分互補(bǔ)的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的部分:核堿基2250-286 ;250-285 ;264-285 ;264-282 ;728-745 ;729-745 ;729-744 ;787-803 ;867-883 ;955-978 ;1146-1170 ;1896_1920 ;1899-1920 ;1899-1919 ;1899_1918 ;1899_1916 ;1901-1916 ;1946_1963 ;1947_1963 ;2155-2205 ;2155-2187 ;2156_2179 ;2204-2221 ;2681_2696 ;2699_2716 ;3001-3033 ;3008-3033、3010-3033、3010-3032、3015-3033、3015-3032、3015-3031、3016-3033、
      3016-3032,3016-3033 ;3452-3499 ;3460-3476 ;3583-3608 ;3591-3616 ;3595-3615 ;3595-3614;3595-3612 ;3675-3706 ;3713-3790 ;3715-3735 ;3833-3878 ;3889-3932 ;3977-4012 ;4067-4100 ;4225_4256 ;4234_4252 ;4235_4252 ;4235_4251;4236_4252 ;4306-4341 ;4431-4456 ;4439-4454 ;4471-4510 ;4488-4505 ;4530-4558 ;4539-4572 ;4541-4558 ;4636-4801 ;4782-4796 ;4800-4823 ;4811-4847 ;4813-4859 ;4813-4815 ;4813-4831 ;4827_4859 ;4827_4844 ;或4842-4859,其中所述修飾的寡核苷酸的核堿基序列與 SEQ ID NO:1 互補(bǔ)。
      [0129]某些實(shí)施方案提供包含由12至30個(gè)連接的核苷組成的修飾的寡核苷酸的化合物,所述修飾的寡核苷酸具有的核堿基序列包含與SEQ ID N0:2的下述核堿基的等長部分互補(bǔ)的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的部分:核堿基2668-2688 ;2703-2720 ;5000-5021 ;5001-5017 ;5697-5722 ;5699-5716 ;6475 - 6490 ;6475 - 6491 ;6476 - 6491 ;7682-7705 ;8078-8097 ;8079-8095 ;9862-9811 ;9870-9897 ;9875-9893 ;9875-9891 ;9877-9893 ;11699-11719 ;12342_12366 ;12345_12364 ;12346_12364 ;12347_12364 ;12353_12380 ;12357-12376 ;12358_12376 ;12358_12373 ;12360_12376 ;14128_14148 ;16863_16883 ;46091-46111 ;50692-50709 ;50693-50709 ;50693-50708 ;61325-61349 ;66133_66157 ;66136-66157 ;66136 - 66155 ;66136_66153 ;66138_66153 ;66184-66200 ;67067-67083 ;4171-74220 ;74199-74220 ;74202-74220 ;74171-74219 ;74199-74219 ;74202-74219 ;74171-74218 ;74199-74218 ;74202-74218 ;74723-74768 ;74764-74803 ;74782-74802 ;
      74782-74801;74782-74800 ;74782-74799 ;74783-74802 ;74783-74801 ;74783-74800 ;
      74783-74799;74862-74893 ;74900-74977 ;74902-74922 ;74902-74920 ;75070-75119 ;75164-75199 ;75254_75287 ;75412_75443 ;75421_75439 ;75422_75439 ;75422_75438 ;75423-75439 ;75423-75438 ;75493-75528 ;75616-75643 ;75626-75641 ;75658-75699 ;75676-75692 ;75717-75745 ;75726-75759 ;75726-75745 ;75727-75745 ;75728-75745 ;75831-75988 ;75852-75969 ;75969-75984 ;75987-76056 ;76000-76046 ;76000-76032 ;76000-76018 ;76014_76046 ;76014_76032 ;76029_76046 ;或 76031-76046,其中所述修飾的寡核苷酸的核堿基序列與SEQ ID N0:2互補(bǔ)。
      [0130]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的寡核苷酸的核堿基序列包含SEQ ID N0:245的序列。
      [0131]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的寡核苷酸的核堿基序列由SEQ ID N0:245的序列組成。
      [0132]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的寡核苷酸的核堿基序列包含SEQ ID N0:413的序列。
      [0133]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的寡核苷酸的核堿基序列由SEQ ID N0:413的序列組成。
      [0134]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的寡核苷酸與SEQ ID NO:1或2100%互補(bǔ)。
      [0135]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的寡核苷酸由單鏈修飾的寡核苷酸組成。
      [0136]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的寡核苷酸具有至少一個(gè)修飾的核苷間連接。
      [0137]在某些實(shí)施方案中,每個(gè)核苷間連接是硫代磷酸核苷間連接。
      [0138]在某些實(shí)施方案中,至少一個(gè)核苷包含修飾的糖。
      [0139]在某些實(shí)施方案中,至少一個(gè)修飾的糖是雙環(huán)糖。
      [0140]在某些實(shí)施方案中,所述雙環(huán)糖包含4 ’ -CH2-0-2 ’橋。
      [0141]在某些實(shí)施方案中,所述雙環(huán)糖包含4 ’ -CH (CH3) -0-2 ’橋。
      [0142]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的糖包含2’ -O(CH2)2-OCH3基團(tuán)。[0143]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的糖包含2’ -O-CH3基團(tuán)。
      [0144]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的寡核苷酸的至少一個(gè)核苷包含修飾的核堿基。
      [0145]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的核堿基是5’ -甲基胞嘧啶。
      [0146]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的寡核苷酸包含:
      [0147]由I至5個(gè)連接的核苷組成的5’ -翼;
      [0148]由I至5個(gè)連接的核苷組成的3’ -翼;
      [0149]由8至12個(gè)連接的2’ -脫氧核苷組成的5’ -翼和3’ -翼之間的缺口 ;且其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一個(gè)包含至少一個(gè)雙環(huán)核苷或一個(gè)2’ -取代的核苷。
      [0150]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的寡核苷酸包含:
      [0151]由I至5個(gè)連接的核苷組成的5’ -翼;
      [0152]由I至5個(gè)連接的核苷組成的3’ -翼;
      [0153]由8至12個(gè)連接的2’ -脫氧核苷組成的5’ -翼和3’ -翼之間的缺口 ;且其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一個(gè)包含至少一個(gè)雙環(huán)核苷和至少一個(gè)2’ -取代的核苷。
      [0154]在某些實(shí)施方案中,所述2 ’ -取代的核苷包含由2 ’ -O (CH2) 2_0CH3基團(tuán)或2 ’ -O-CH3基團(tuán)組成的組中的任一個(gè)。
      [0155]在某些實(shí)施方案中,所`述雙環(huán)核苷包含由4’ -CH2-0_2’橋和4’ -CH (CH3) _0_2 ’橋組成的組中的任一個(gè)。
      [0156]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的寡核苷酸包含:
      [0157]由3個(gè)連接的核苷組成的5’ -翼;
      [0158]由3個(gè)連接的核苷組成的3’ -翼;
      [0159]由10個(gè)連接的2’ -脫氧核苷組成的5’ -翼和3’ -翼之間的缺口 ;
      [0160]其中5’ -翼和3’ -翼中的每一個(gè)的每個(gè)核苷包含受約束的乙基核苷;
      [0161]其中每個(gè)核苷間連接是硫代磷酸連接;和
      [0162]其中每個(gè)胞嘧啶是5’ -甲基胞嘧啶。
      [0163]某些實(shí)施方案提供包含修飾的寡核苷酸的化合物,所述修飾的寡核苷酸由12至30個(gè)連接的核苷組成且具有包含SEQ ID NO:245的核堿基序列的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的核堿基序列。
      [0164]某些實(shí)施方案提供包含修飾的寡核苷酸的化合物,所述修飾的寡核苷酸由12至30個(gè)連接的核苷組成且具有包含SEQ ID N0:413的核堿基序列的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的核堿基序列。
      [0165]某些實(shí)施方案提供包含修飾的寡核苷酸的化合物,所述修飾的寡核苷酸由12至30個(gè)連接的核苷組成且具有包含SEQ ID NO:9-426,430-442,445-464,471-498,500-1034,1036-1512和1541-2757的核堿基序列中的任一個(gè)的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的核堿基序列。
      [0166]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的寡核苷酸由單鏈修飾的寡核苷酸組成。
      [0167]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的寡核苷酸的至少一個(gè)核苷間連接是修飾的核苷間連接。
      [0168]在某些實(shí)施方案中,每個(gè)核苷間連接是硫代磷酸核苷間連接。
      [0169]在某些實(shí)施方案中,至少一個(gè)核苷包含修飾的糖。
      [0170]在某些實(shí)施方案中,至少一個(gè)修飾的糖是雙環(huán)糖。[0171]在某些實(shí)施方案中,所述雙環(huán)糖包含4’ -CH2-0_2’橋。
      [0172]在某些實(shí)施方案中,所述雙環(huán)糖包含4 ’ -CH (CH3) -0-2 ’橋。
      [0173]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的糖包含2’ -O(CH2)2-OCH3基團(tuán)。
      [0174]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的糖包含2’ -O-CH3基團(tuán)。
      [0175]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的寡核苷酸的至少一個(gè)核苷包含修飾的核堿基。
      [0176]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的核堿基是5’ -甲基胞嘧啶。
      [0177]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的寡核苷酸包含:
      [0178]由I至5個(gè)連接的核苷組成的5’ -翼;
      [0179]由I至5個(gè)連接的核苷組成的3’ -翼;
      [0180]由8至12個(gè)連接的2’ -脫氧核苷組成的5’ -翼和3’ -翼之間的缺口 ;且其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一個(gè)包含至少一個(gè)雙環(huán)核苷或2’ -取代的核苷。
      [0181]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的寡核苷酸包含:
      [0182]由I至5個(gè)連接的核苷組成的5’ -翼;
      [0183]由I至5個(gè)連接的核苷組成的3’ -翼;
      [0184]由8至12個(gè)連接的2’ -脫氧核苷組成的5’ -翼和3’ -翼之間的缺口 ;且其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一個(gè)包含至少一個(gè)雙環(huán)核苷和至少一個(gè)2’ -取代的核苷。
      `[0185]在某些實(shí)施方案中,所述2 ’ -取代的核苷包含由2 ’ -O (CH2) 2_0CH3基團(tuán)或2 ’ -O-CH3基團(tuán)組成的組中的任一個(gè)。
      [0186]在某些實(shí)施方案中,所述雙環(huán)核苷包含由4’ -CH2-0_2’橋和4’ -CH (CH3) _0_2 ’橋組成的組中的任一個(gè)。
      [0187]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的寡核苷酸包含:
      [0188]由3個(gè)連接的核苷組成的5’ -翼;
      [0189]由3個(gè)連接的核苷組成的3’ -翼;
      [0190]由10個(gè)連接的2’ -脫氧核苷組成的5’ -翼和3’ -翼之間的缺口 ;
      [0191]其中5’ -翼和3’ -翼中的每一個(gè)的每個(gè)核苷包含受約束的乙基核苷;
      [0192]其中每個(gè)核苷間連接是硫代磷酸連接;和
      [0193]其中每個(gè)胞嘧啶是5’ -甲基胞嘧啶。
      [0194]某些實(shí)施方案提供包含由12至22個(gè)連接的核苷組成的修飾的寡核苷酸的化合物,其中所述修飾的寡核苷酸包含:
      [0195]由I至5個(gè)連接的核苷組成的5’ -翼;
      [0196]由I至5個(gè)連接的核苷組成的3’ -翼;
      [0197]由8至12個(gè)連接的2’ -脫氧核苷組成的5’ -翼和3’ -翼之間的缺口 ;
      [0198]其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一個(gè)包含至少一個(gè)雙環(huán)核苷或2’ -取代的核苷;
      [0199]其中所述修飾的寡核苷酸的核堿基序列與SEQ ID NO:1的核堿基序列的核堿基3016至3031的等長部分互補(bǔ);且
      [0200]其中所述化合物抑制STAT3mRNA表達(dá)的表達(dá)。
      [0201]某些實(shí)施方案提供包含由12至22個(gè)連接的核苷組成的修飾的寡核苷酸的化合物,其中所述修飾的寡核苷酸包含:
      [0202]由I至5個(gè)連接的核苷組成的5’ -翼;[0203]由I至5個(gè)連接的核苷組成的3’ -翼;
      [0204]由8至12個(gè)連接的2’ -脫氧核苷組成的5’ -翼和3’ -翼之間的缺口 ;
      [0205]其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一個(gè)包含至少一個(gè)雙環(huán)核苷或2’ -取代的核苷;
      [0206]其中所述修飾的寡核苷酸的核堿基序列與SEQ ID NO:2的核堿基序列的核堿基6476至6491的等長部分互補(bǔ);且
      [0207]其中所述化合物抑制STAT3mRNA表達(dá)的表達(dá)。
      [0208]在某些實(shí)施方案中,5’ -翼和3’ -翼中的至少一個(gè)包含至少一個(gè)2’ -脫氧核苷。
      [0209]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的寡核苷酸由單鏈修飾的寡核苷酸組成。
      [0210]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的寡核苷酸包含至少一個(gè)雙環(huán)核苷。
      [0211]在某些實(shí)施方案中,至少一個(gè)雙環(huán)核苷包含4’ -CH (CH3)-0-2’橋。
      [0212]在某些實(shí)施方案中,每個(gè)雙環(huán)核苷包含4’ -CH (CH3)-0-2’橋。
      [0213]在某些實(shí)施方案中,至少一個(gè)雙環(huán)核苷包含4’ -CH2-0_2’橋。
      [0214]在某些實(shí)施方案 中,每個(gè)雙環(huán)核苷包含4’ -CH2-0_2’橋。
      [0215]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的寡核苷酸包含至少一個(gè)2’ -取代的核苷。
      [0216]在某些實(shí)施方案中,至少一個(gè)2’ -取代的核苷包含2’ -O(CH2)2-OCH3基團(tuán)。
      [0217]在某些實(shí)施方案中,每個(gè)2’ -取代的核苷包含2’ -O(CH2)2-OCH3基團(tuán)。
      [0218]在某些實(shí)施方案中,至少一個(gè)2’ -取代的核苷包含2’ -O-CH3基團(tuán)。
      [0219]在某些實(shí)施方案中,每個(gè)2’ -取代的核苷包含2’ -O-CH3基團(tuán)。
      [0220]在某些實(shí)施方案中,至少一個(gè)核苷間連接是修飾的核苷間連接。
      [0221]在某些實(shí)施方案中,每個(gè)修飾的核苷間連接是硫代磷酸連接。
      [0222]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的寡核苷酸的至少一個(gè)核苷包含修飾的核堿基。
      [0223]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的核堿基是5’ -甲基胞嘧啶。
      [0224]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的寡核苷酸具有如下式A所述的糖基序:
      [0225](J) m- (B) n- (J) p- (B) r- (A) t- (D) g- (A) v_ (B) w_ (J) x_ (B) y- (J) z
      [0226]其中:
      [0227]每個(gè)A獨(dú)立地是2’ -取代的核苷;
      [0228]每個(gè)B獨(dú)立地是雙環(huán)核苷;
      [0229]每個(gè)J獨(dú)立地是2’ -取代的核苷或2’ -脫氧核苷;
      [0230]每個(gè)D是2 ’ -脫氧核苷;
      [0231 ]m 是 0_4 ;n 是 0_2 ;p 是 0_2 ;r 是 0_2 ;t 是 0_2 ;v 是 0_2 ;w 是 0_4 ;x 是 0_2 ;y 是0-2 ;z 是 0-4 ;g 是 6-14 ;
      [0232]前體條件是:
      [0233]m、η和r中的至少一個(gè)不是O ;
      [0234]w和y中的至少一個(gè)不是O ;
      [0235]m、n、p、r和t的總和是2至5 ;和
      [0236]V、W、X、y和z的總和是2至5。
      [0237]在某些實(shí)施方案中,所述修飾的寡核苷酸具有由以下組成的組中的任一個(gè)的糖基序:
      [0238]k-d (10)-k[0239]e-d(10)-k
      [0240]k-d(10)-e
      [0241]k-k-d(10)-k-k
      [0242]k-k-d(10)-e-e
      [0243]e-e-d(10)-k-k
      [0244]k-k-k-d(10)-k-k-k
      [0245]e-e—e—d(10)—k—k—k
      [0246]k-k-k-d(10)~e~e~e
      [0247]k-k-k-d(10)-k-k-k
      [0248]e-k-k-d(10)-k-k-e
      [0249]e-e—k—d(10)—k—k—e
      [0250]e-d-k-d(10)-k-k-e
      [0251]e-k-d (10)-k-e-k-e
      [0252]k_d(10)-k-e—k—e—e`[0253]e-e—k—d(10)—k—e—k—e
      [0254]e-d-d-k-d(9)-k-k-e
      [0255]e-e-e—e—d(9)—k—k—e
      [0256]其中,k是受約束的乙基核苷,e是2’ -MOE取代的核苷,且d是2’ -脫氧核苷。
      [0257]某些實(shí)施方案提供治療動(dòng)物的過度增殖性疾病的方法,包括向需要其的動(dòng)物施用包含由12至30個(gè)連接的核苷組成且具有包含SEQ ID NO:9_426、430_442、445_464、471-498、500-1034、1036-1512和1541-2757的核堿基序列中的任一個(gè)的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的核堿基序列的修飾的寡核苷酸的化合物。
      [0258]某些實(shí)施方案提供治療動(dòng)物的過度增殖性疾病的方法,包括向需要其的動(dòng)物施用包含由12至30個(gè)連接的核苷組成且具有包含SEQ ID NO:245的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的核堿基序列的修飾的寡核苷酸的化合物。
      [0259]某些實(shí)施方案提供治療動(dòng)物的過度增殖性疾病的方法,包括向需要其的動(dòng)物施用包含由12至30個(gè)連接的核苷組成且具有包含SEQ ID N0:413的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的核堿基序列的修飾的寡核苷酸的化合物。
      [0260]在某些實(shí)施方案中,所述施用減小動(dòng)物中的腫瘤大小。
      [0261]在某些實(shí)施方案中,所述施用減小動(dòng)物中的腫瘤體積。
      [0262]在某些實(shí)施方案中,所述施用防止動(dòng)物中的轉(zhuǎn)移。
      [0263]在某些實(shí)施方案中,所述施用延長動(dòng)物的存活。
      [0264]在某些實(shí)施方案中,所述施用減少動(dòng)物中的惡病質(zhì)。
      [0265]某些實(shí)施方案提供降低動(dòng)物中STAT3的表達(dá)的方法,包括向需要其的動(dòng)物施用包含由12至30個(gè)連接的核苷組成且具有包含SEQ ID NO: 9-426,430-442,445-464,471-498,500-1034、1036-1512和1541-2757的核堿基序列中的任一個(gè)的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的核堿基序列的修飾的寡核苷酸的化合物。
      [0266]某些實(shí)施方案提供降低動(dòng)物中STAT3的表達(dá)的方法,包括向需要其的動(dòng)物施用包含由12至30個(gè)連接的核苷組成且具有包含SEQ ID NO:245的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的核堿基序列的修飾的寡核苷酸的化合物。
      [0267]某些實(shí)施方案提供降低動(dòng)物中STAT3的表達(dá)的方法,包括向需要其的動(dòng)物施用包含由12至30個(gè)連接的核苷組成且具有包含SEQ ID N0:413的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的核堿基序列的修飾的寡核苷酸的化合物。
      [0268]在某些實(shí)施方案中,所述化合物不具有2-10-2的翼-缺口 -翼基序。
      [0269]反義化合物
      [0270]寡聚化合物包括但不限于,寡核苷酸、寡核苷、寡核苷酸類似物、寡核苷酸模擬物、反義化合物、反義寡核苷酸和siRNA。寡聚化合物可以與靶核酸“反義”,是指它能夠通過氫鍵合與靶核酸進(jìn)行雜交。
      [0271]在某些實(shí)施方案中,反義化合物具有核堿基序列,當(dāng)以5’至3’方向書寫時(shí),其包含其靶向的靶核酸的靶區(qū)段的反向互補(bǔ)序列。在某些此類實(shí)施方案中,反義寡核苷酸具有核堿基序列,當(dāng)以5’至3’方向書寫時(shí),其包含其靶向的靶核酸的靶區(qū)段的反向互補(bǔ)序列。
      [0272]在某些實(shí)施方案中,靶向STAT3核酸的反義化合物為12至30個(gè)亞單位長。在某些實(shí)施方案中,靶向STAT3核酸的反義化合物為14至30個(gè)亞單位長。在某些實(shí)施方案中,靶向STAT3核酸的反義化合物為12至22個(gè)亞單位長。換句話說,此類反義化合物分別為12至30個(gè)連接的亞單位、14至30個(gè)連接的亞單位、或12至22個(gè)連接的亞單位。在其它實(shí)施方案中,反義化合物為8至80、12至50、13至30、13至50、14至30、14至50、15至30、15 至 50、16 至 30、16 至 50、17 至 30、17 至 50、18 至 22、18 至 24、18 至 30、18 至 50、19 至22、19至30、19至50或20至30個(gè)連接的亞單位。在某些此類實(shí)施方案中,反義化合物為8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、
      `59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79 或 80 個(gè)連接的亞單位長,或上述值的任何兩個(gè)所定義的范圍。在一些實(shí)施方案中,反義化合物是反義寡核苷酸,且連接的亞單位是核苷酸。
      [0273]在某些實(shí)施方案中,靶向于STAT3核酸的反義寡核苷酸可能被縮短或截短。例如,可以從5’末端(5’截短)、或可選地從3’末端(3’截短)刪除單個(gè)亞單位。靶向于STAT3核酸的縮短或截短的反義化合物可能有兩個(gè)從反義化合物的5’末端刪除的亞單位,或可選地可能有兩個(gè)從反義化合物的3’末端刪除的亞單位??蛇x地,被刪除的核苷可能散布在整個(gè)反義化合物中,例如,在有一個(gè)從5’末端刪除的核苷以及一個(gè)從3’末端刪除的核苷的反義化合物中。
      [0274]當(dāng)加長的反義化合物中存在單個(gè)附加的亞單位時(shí),該附加的亞單位可以位于反義化合物的5’或3’末端。當(dāng)存在兩個(gè)或多個(gè)附加的亞單位時(shí),這些增加的亞單位可能彼此相鄰,例如,在具有兩個(gè)亞單位被加到反義化合物的5’末端(5,添加)或者3’末端(3’添加)的反義化合物中??蛇x地,增加的亞單位可以散布在整個(gè)反義化合物中,例如,在具有一個(gè)亞單位被添加到5’末端以及一個(gè)亞單位被添加到3’末端的反義化合物中。
      [0275]增加或降低反義化合物如反義寡核苷酸的長度,和/或引入錯(cuò)配堿基而不消除活性是可能的。例如,在 Woolf 等人(Proc.Natl.Acad.Sc1.USA89:7305-7309, 1992),對(duì)一系列長度為13-25個(gè)核堿基的反義寡核苷酸在卵母細(xì)胞注射模型中誘導(dǎo)靶RNA切割的能力進(jìn)行了測試。具有8或11個(gè)錯(cuò)配堿基靠近反義寡核苷酸末端的長度為25個(gè)核堿基反義寡核苷酸能夠引導(dǎo)靶mRNA的特異性切割,雖然其程度小于不含錯(cuò)配的反義寡核苷酸。類似地,用13個(gè)核堿基反義寡核苷酸(包括具有I個(gè)或3個(gè)錯(cuò)配的那些)實(shí)現(xiàn)了靶特異性切割。
      [0276]Gautschi 等人(J.Natl.CancerInst.93:463-471,2001 年 3 月)說明了與bcl-2mRNA100%互補(bǔ)并且與bcl-xL mRNA具有3個(gè)錯(cuò)配的寡核苷酸在體外和體內(nèi)降低bcl_2和bcl-xL兩者的表達(dá)的能力。而且,這種寡核苷酸在體內(nèi)表現(xiàn)出有效的抗腫瘤活性。
      [0277]Maher 和 Dolnick (Nuc.Acid.Res.16:3341-3358,1988)分別對(duì)一系列串聯(lián)的 14個(gè)核堿基反義寡核苷酸、以及由兩個(gè)或三個(gè)串聯(lián)反義寡核苷酸的序列組成的28和42個(gè)核堿基反義寡核苷酸測試了它們在兔網(wǎng)織紅細(xì)胞測定中阻止人DHFR翻譯的能力。三條14個(gè)核堿基反義寡核苷酸的每一個(gè)單獨(dú)能抑制翻譯,雖然水平比28或42個(gè)核堿基反義寡核苷酸的水平要更弱些。
      [0278]在某些實(shí)施方案中,如本文所述的化合物由于當(dāng)如本文所述的那樣遞送至HuVEC細(xì)胞時(shí)具有小于20uM、小于19uM、小于18uM、小于17uM、小于16uM、小于15uM、小于14uM、小于13uM、小于12uM、小于lluM、小于10uM、小于9uM、小于8uM、小于7uM、小于6uM、小于5uM、小于4uM、小于3uM、小于2uM、小于IuM的體外IC5tl中的至少一者,因而是有效的。
      [0279]在某些實(shí)施方案中,如本文所述的化合物由于當(dāng)如本文所述的那樣遞送至HuVEC細(xì)胞時(shí)具有1.0uM、小于0.9uM、小于0.8uM、小于0.7uM、小于0.6uM、小于0.5uM、小于0.4uM、小于0.3uM、小于0.2uM、小于0.1uM的體外IC50中的至少一者,因而是有效的。
      [0280]在某些實(shí)施方案中,如本文所述的化合物由于當(dāng)如本文所述的那樣遞送至HuVEC細(xì)胞時(shí)具有0.95uM、小于0.9 0uM、小于0.85uM、小于0.80uM、小于0.75uM、小于0.70uM、小于 0.65uM、小于 0.60uM、小于 0.55uM、小于 0.50uM、小于 0.45uM、小于 0.40uM、小于 0.35uM、小于0.30uM、小于0.25uM、小于0.20uM、小于0.15uM、小于0.1OuM,小于0.05uM、小于0.04uM、小于0.03uM、小于0.02uM、小于0.01uM的體外IC50中的至少一者,因而是有效的。
      [0281]在某些實(shí)施方案中,如本文所述的化合物由于當(dāng)如本文所述的那樣通過自由攝取方法遞送至癌細(xì)胞系時(shí)具有小于20uM、小于15uM、小于10uM、小于5uM、小于2uM的體外IC5tl中的至少一者,因而是有效的。
      [0282]在某些實(shí)施方案中,如通過ALT或AST值增加不超過鹽水治療的動(dòng)物的4倍、3倍或2倍或者肝、脾或腎重量增加不超過30%、20%、15%、12%、10%、5%或2%中的至少一者所示,如本文所述的化合物是高度可耐受的。在某些實(shí)施方案中,如通過ALT或AST比鹽水治療的動(dòng)物沒有增加所示,如本文所述的化合物是高度可耐受的。在某些實(shí)施方案中,如通過肝、脾或腎重量比鹽水治療的動(dòng)物沒有增加所示,如本文所述的化合物是高度可耐受的。在某些實(shí)施方案中,這些化合物包括ISIS455265、ISIS455269、ISIS455271、ISIS455272、ISIS455291、ISIS455371、ISIS455394、ISIS455703、ISIS455429、ISIS455471、ISIS455527、ISIS455530、ISIS455536、ISIS455548、ISIS455611、ISIS465236、ISIS465237、ISIS465588、ISIS465740、ISIS465754、ISIS465830、ISIS466670、ISIS466720 ;ISIS481374、ISIS481390、ISIS481420、ISIS481431、ISIS481453、ISIS481464、ISIS481475、ISIS481495、ISIS481500、ISIS481501、ISIS481525、ISIS481548、ISIS481549、ISIS481597、ISIS481695、ISIS481700、ISIS481702、ISIS481710、ISIS481725、ISIS481750 和 ISIS481763。在某些實(shí)施方案中,此類化合物包括包含 SEQ ID N057、90、90、175、223、245、267、307、317、318、366、411、413、54、258、268、272、288、464、367、393、1564、1568、1571、1572、1590、1670、1693、1728、1770、1826、1829、1835、1847、1910、1997、2168、2198、2325、2339、2720、2731、2732 和 2756 中的任何一個(gè)的序列的化合物。
      [0283]反義化合物基序
      [0284]在某些實(shí)施方案中,靶向于STAT3核酸的反義化合物具有模式或基序中排列的化學(xué)修飾的亞單位,以賦予反義化合物性質(zhì)如增強(qiáng)的對(duì)靶核酸的抑制活性、增加的結(jié)合親合力或抗體內(nèi)核酶的降解。
      [0285]嵌合反義化合物通常含有至少一個(gè)修飾區(qū)域,以賦予增加的核酶降解抗性、增加的細(xì)胞攝入、增加的對(duì)靶核酸的結(jié)合親合力和/或增加的抑制活性。嵌合反義化合物的第二個(gè)區(qū)域可以充當(dāng)細(xì)胞內(nèi)切核酸酶RNA酶H的底物,RNA酶H切割RNA = DNA雙鏈體的RNA鏈。
      [0286]具有缺口聚體基序的反義化合物被認(rèn)為是嵌合反義化合物。在缺口聚體中,具有多個(gè)支持RNA酶H切割的核苷酸的內(nèi)部區(qū)域位于具有多個(gè)與內(nèi)部區(qū)域的核苷化學(xué)差異的核苷酸的外部區(qū)域之間。在具有缺口聚體基序的反義寡核苷酸的情況下,缺口區(qū)段一般充當(dāng)內(nèi)切核酸酶切割的底物,然而翼區(qū)段包含修飾的核苷。在某些實(shí)施方案中,缺口聚體的區(qū)域通過包含每個(gè)不同區(qū)域的糖部分的類型而區(qū)分。在一些實(shí)施方案中,用于區(qū)分缺口聚體區(qū)域的糖部分類型可包括β -D-核糖核苷、β -D-脫氧核糖核苷、2’ -修飾的核苷(此類2’ -修飾的核苷可包括2’ -MOE和2’ -O-CH3,以及其它)和雙環(huán)糖修飾的核苷(此類雙環(huán)糖修飾的核苷可包括具有受約束的乙基的那些)。在某些實(shí)施方案中,翼可包括數(shù)個(gè)修飾的糖部分,包括例如2’ -MOE和受約束的乙基。在某些實(shí)施方案中,翼可包括數(shù)個(gè)修飾的和未修飾的糖部分。在某些實(shí)施方案中,翼可包括2’ -MOE核苷、受約束的乙基核苷和2’ -脫氧核苷的各種組合。
      [0287]每個(gè)不同的區(qū)域可包含一致的糖部分、變體或交替糖部分。翼-缺口-翼基序通常被描述為“Χ-Υ-Ζ”,其中“X”代表5’ -翼的長度,“Y”代表缺口的長度,且“Ζ”代表3’ -翼的長度。“X”和“Ζ”可包含一致的變體、或交替糖部分。在某些實(shí)施方案中,“X”和“Y”可包括一個(gè)或多個(gè)2’ -脫氧核苷。`
      [0288]“Y”可包含2’ -脫氧核苷。如本文所用的,被描述為“Χ-Υ-Ζ”的缺口聚體的結(jié)構(gòu)使得缺口與5’ -翼和3’翼中的每一個(gè)的位置直接相鄰。因此,在5’ -翼與缺口之間、或缺口與3’ -翼之間不存在插入核苷酸。本文所述的反義化合物中的任一個(gè)可具有缺口聚體基序。在某些實(shí)施方案中,“X”和“Ζ”是相同的,在其它實(shí)施方案中,它們是不同的。在某些實(shí)施方案中,“Y”為8至15個(gè)核苷。Χ、Υ或Z可以為1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30 或更多個(gè)核苷中的一個(gè)。
      [0289]在某些實(shí)施方案中,本文提供的缺口聚體包括,例如,具有1-9-1的基序的11聚體。
      [0290]在某些實(shí)施方案中,本文提供的缺口聚體包括,例如,具有1-9-2、2-9_1或1_10_1的基序的12聚體。
      [0291]在某些實(shí)施方案中,本文提供的缺口聚體包括,例如,具有1-9-3、2-9-2、3-9_1、
      1-10-2或2-10-1的基序的13聚體。
      [0292]在某些實(shí)施方案中,本文提供的缺口聚體包括,例如,具有1-9-4、2-9-3、3-9_2、
      4-9-1、1-10-3、2-10-2 或 3-10-1 的基序的 14 聚體。[0293]在某些實(shí)施方案中,本文提供的缺口聚體包括,例如,具有1-9-5、2-9-4、3-9_3、
      4-9-2、5-9-1、1-10-4、2-10-3、3-10-2、或4-10-1 的基序的 15 聚體。
      [0294]在某些實(shí)施方案中,本文提供的缺口聚體包括,例如,具有2-9-5、3-9-4、4-9_3、
      5-9-2、1-10-5、2-10-4、3-10-3、4-10-2、或5-10-1 的基序的 16 聚體。
      [0295]在某些實(shí)施方案中,本文提供的缺口聚體包括,例如,具有3-9-5、4-9-4、5-9_3、
      2-10-5、3-10-4、4-10-3、或 5-10-2 的基序的 17 聚體。
      [0296]在某些實(shí)施方案中,本文提供的缺口聚體包括,例如,具有4-9-5、5-9-4、3-10_5、
      4-10-4、或5-10-3的基序的18聚體。
      [0297]在某些實(shí)施方案中,本文提供的缺口聚體包括,例如,具有5-9-5、4-10-5、或
      5-10-4的基序的19聚體。
      [0298]在某些實(shí)施方案中,本文提供的缺口聚體包括,例如,具有5-10-5的基序的20聚體。
      [0299]在某些實(shí)施方案中,反義化合物具有“翼聚體(wingmer) ”基序,具有翼-缺口或缺口-翼結(jié)構(gòu),即如上所述對(duì)于缺口聚體結(jié)構(gòu)的X-Y或Y-Z結(jié)構(gòu)。因此,本文提供的翼聚體結(jié)構(gòu)包括但不限于,例如 5-10 、8-4、4-12、12-4、3-14、16-2、18-1、10-3、2-10、1-10、8-2、2-13、
      5-13、5-8、或 6-8。
      [0300]在某些實(shí)施方案中,靶向于STAT3核酸的反義化合物具有2-10-2缺口聚體基序。
      [0301]在某些實(shí)施方案中,靶向于STAT3核酸的反義化合物具有3-10-3缺口聚體基序。
      [0302]在某些實(shí)施方案中,靶向于STAT3核酸的反義化合物具有5-10-5缺口聚體基序。
      [0303]在某些實(shí)施方案中,靶向于STAT3核酸的反義化合物具有1-10-5缺口聚體基序。
      [0304]在某些實(shí)施方案中,靶向于STAT3核酸的反義化合物具有3-10-4缺口聚體基序。
      [0305]在某些實(shí)施方案中,靶向于STAT3核酸的反義化合物具有2-10-4缺口聚體基序。
      [0306]在某些實(shí)施方案中,靶向于STAT3核酸的反義化合物具有4-9-3缺口聚體基序。
      [0307]在某些實(shí)施方案中,靶向于STAT3核酸的反義化合物具有缺口擴(kuò)大的基序。
      [0308]在某些實(shí)施方案中,靶向于STAT3核酸的反義化合物具有下列糖基序中的任一個(gè):
      [0309]k-d(10)-k
      [0310]e-d(10)-k
      [0311]k-d(10)-e
      [0312]k-k-d(10)-k-k
      [0313]k-k-d(10)-e-e
      [0314]e-e-d (10) _k_k
      [0315]k-k-k-d (10)-k-k-k
      [0316]e-e-e-d(10)-k-k-k
      [0317]k-k-k-d (10) ~e~e~e
      [0318]k-k-k-d (10)-k-k-k
      [0319]e-k-k-d(10)-k-k-e
      [0320]e-e-k-d(10)-k-k-e
      [0321]e-d-k-d(10)-k-k-e[0322]e—k—d (10)—k—e—k—e
      [0323]k_d (10)-k-e—k—e—e
      [0324]e-e-k-d(10)-k-e-k-e
      [0325]e-d-d-k-d(9)—k—k—e
      [0326]e-e-e—e—d(9)—k—k—e
      [0327]其中,k是受:約束的乙基核苷,e是2’ -MOE取代的核苷,且d是2’ -脫氧核苷。
      [0328]在某些實(shí)施方案中,所述反義寡核苷酸具有如下式A描述的糖基序:(J)m-(B)n_ (J) ρ- (B) r- (A) t- (D) g- (A) v- (B) w- (J) x- (B) y- (J) z
      [0329]其中:
      [0330]每個(gè)A獨(dú)立地是2’ -取代的核苷;
      [0331 ] 每個(gè)B獨(dú)立地是雙環(huán)核苷;
      [0332]每個(gè)J獨(dú)立地是2’ -取代的核苷或2’ -脫氧核苷;
      [0333]每個(gè)D是2 ’ -脫氧核苷;
      [0334]m 是 0_4 ;n 是 0_2 ;p 是 0_2 ;r 是 0_2 ;t 是 0_2 ;V 是 0_2 ;w 是 0_4 ;x 是 0_2 ;y 是0-2 ;z 是 0-4 ;g 是 6-14 ;
      `[0335]前體條件是:
      [0336]m、η和r中的至少一個(gè)不是O ;
      [0337]w和y中的至少一個(gè)不是O ;
      [0338]m、n、p、r和t的總和是2至5 ;和
      [0339]V、W、X、y和ζ的總和是2至5。
      [0340]靶核酸、靶區(qū)域和核苷酸序列
      [0341]編碼STAT3的核苷酸序列包括且不限于下列:GENBANK登錄號(hào)NM_139276.2(以SEQ ID NO:1并入本文)和由核苷酸4185000至4264000截短的GENBANK登錄號(hào)ΝΤ_010755.14的互補(bǔ)序列(以SEQ ID NO:2并入本文)。
      [0342]應(yīng)理解,本文所含的實(shí)施例中的每個(gè)SEQ ID NO中列出的序列獨(dú)立于對(duì)糖部分、核苷間連接或核堿基的任何修飾。因此,SEQ ID NO定義的反義化合物可獨(dú)立地包含對(duì)糖部分、核苷間連接或核堿基的一個(gè)或多個(gè)修飾。Isis號(hào)(IsisNo)描述的反義化合物指示核堿基序列和基序的組合。
      [0343]在某些實(shí)施方案中,靶區(qū)是結(jié)構(gòu)限定的靶核酸區(qū)域。例如,靶區(qū)可涵蓋3’ UTR、5’ UTR、外顯子、內(nèi)含子、外顯子/內(nèi)含子結(jié)點(diǎn)、編碼區(qū)域、翻譯起始區(qū)域、翻譯終止區(qū)域、或其他定義的核酸區(qū)域。STAT3的結(jié)構(gòu)限定的區(qū)域可通過登錄號(hào)從如NCBI的序列數(shù)據(jù)庫獲得,且此類信息通過并入本文。在某些實(shí)施方案中,靶區(qū)可涵蓋從靶區(qū)中的一個(gè)靶區(qū)段的5’靶位點(diǎn)到同一靶區(qū)中另一個(gè)靶區(qū)段的3’靶位點(diǎn)的序列。
      [0344]靶向包括確定反義化合物與之雜交以便發(fā)生所需效應(yīng)的至少一個(gè)靶區(qū)段。在某些實(shí)施方案中,所需效應(yīng)是mRNA靶核酸水平的降低。在某些實(shí)施方案中,所需效應(yīng)是由靶核酸編碼的蛋白質(zhì)的水平的降低或與靶核酸相關(guān)的表型變化。
      [0345]靶區(qū)可含有一個(gè)或多個(gè)靶區(qū)段。靶區(qū)中的多個(gè)靶區(qū)段可以重疊??蛇x地,它們可以不重疊。在某些實(shí)施方案中,靶區(qū)中的靶區(qū)段被至多約300個(gè)核苷酸分開。在某些實(shí)施方案中,靶區(qū)中的靶區(qū)段被靶核酸上的若干核苷酸分開,所述若干核苷酸為、為約、為至多、為至多約250、200、150、100、90、80、70、60、50、40、30、20或10個(gè)核苷酸,或?yàn)槿我鈨蓚€(gè)前述
      值所定義的范圍的數(shù)量的核苷酸。在某些實(shí)施方案中,靶區(qū)中的靶區(qū)段被靶核酸上的至多、或至多約、5個(gè)核苷酸分開。在某些實(shí)施方案中,靶區(qū)段是連續(xù)的。構(gòu)思的是具有本文所列的5’靶位點(diǎn)或3’靶位點(diǎn)中的任一個(gè)的起始核酸的范圍所定義的靶區(qū)。
      [0346]合適的靶區(qū)段可能在5’UTR、編碼區(qū)域、3’UTR、內(nèi)含子、外顯子、或外顯子/內(nèi)含子結(jié)點(diǎn)中被發(fā)現(xiàn)。含有起始密碼子或終止密碼子的靶區(qū)段也是合適的靶區(qū)段。合適的靶區(qū)段可特異性地排除某些結(jié)構(gòu)限定的區(qū)域如起始密碼子或終止密碼子。
      [0347]合適的靶區(qū)段的確定可包括靶核酸序列與基因組中的其它序列的比較。例如,BLAST算法可用于鑒定不同核酸中有相似性的區(qū)域。這種比較可防止挑選出可能與所選靶核酸之外的序列靶核酸(即,非靶序列或脫靶序列)以非特異性方式雜交的反義化合物序列。
      [0348]反義化合物在活性靶區(qū)中的活性(例如,如通過靶核酸水平的降低百分比來定義)可能會(huì)變化。在某些實(shí)施方案中,STAT3mRNA水平的降低表明STAT3表達(dá)的抑制。STAT3蛋白質(zhì)水平的降低也表明靶mRNA表達(dá)的抑制。而且,表型變化表明STAT3表達(dá)的抑制。在某些實(shí)施方案中,降低的細(xì)胞生長、降低的腫瘤生長和減小的腫瘤體積可表明STAT3表達(dá)的抑制。在某些實(shí)施方案中,與癌癥相關(guān)的癥狀的改善可表明STAT3表達(dá)的抑制。在某些實(shí)施方案中,惡病質(zhì)的減少表明STAT3表達(dá)的抑制。在某些實(shí)施方案中,癌癥標(biāo)記物的減少可表明STAT3表達(dá)的抑制。
      [0349]雜交
      [0350]在一些實(shí)施方案中,雜交發(fā)生在本文公開的反義化合物與STAT3核酸之間。雜交最常見的機(jī)制涉及核酸分子的互補(bǔ)核堿基之間的氫鍵合(例如,ffatson-Crick, Hoogsteen或反相Hoogsteen氫鍵合)。
      [0351]雜交可以在不同條件下`發(fā)生。嚴(yán)格條件是序列依賴的,且取決于待雜交的核酸分子的特性和組成。
      [0352]確定序列是否與靶核酸特異性雜交的方法為本領(lǐng)域所熟知。在某些實(shí)施方案中,本文提供的反義化合物可與STAT3核酸特異性雜交。
      [0353]互補(bǔ)性
      [0354]當(dāng)反義化合物的足夠數(shù)量的核堿基與靶核酸的相應(yīng)核堿基發(fā)生氫鍵作用以產(chǎn)生所需效應(yīng)時(shí)(例如,靶核酸,如STAT3核酸的反義抑制),那么反義化合物與靶核酸彼此互補(bǔ)。
      [0355]假如反義化合物保持能夠與靶核酸特異性雜交,則反義化合物與STAT3核酸之間的非互補(bǔ)核堿基可被耐受的。而且,反義化合物可與STAT3核酸的一個(gè)或多個(gè)區(qū)段雜交,以至于插入或相鄰區(qū)段不參與到雜交事件(例如,環(huán)結(jié)構(gòu)、錯(cuò)配或發(fā)夾結(jié)構(gòu))。
      [0356]在某些實(shí)施方案中,本文提供的反義化合物、或其指定部分與STAT3核酸、靶區(qū)、靶區(qū)段、或其指定部分為、或至少為 70%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%互補(bǔ)。反義化合物與靶核酸的互補(bǔ)性百分比可以用常規(guī)方法測定。
      [0357]例如,反義化合物的20個(gè)核堿基中的18個(gè)與靶區(qū)互補(bǔ)并因此特異性雜交的反義化合物表示90%的互補(bǔ)性。在該實(shí)例中,剩余的非互補(bǔ)核堿基可以是聚集的或點(diǎn)綴有互補(bǔ)核堿基,不必彼此之間或與互補(bǔ)核堿基相連續(xù)。同樣地,長度為18個(gè)核堿基且具有四個(gè)兩側(cè)為與靶核酸完全互補(bǔ)的兩個(gè)區(qū)域的非互補(bǔ)核堿基的反義化合物具有與靶核酸77.8%的總互補(bǔ)性,因此落在本發(fā)明的范圍之內(nèi)??梢允褂帽绢I(lǐng)域已知的BLAST程序(基本的局部比對(duì)搜索工具)和 PowerBLAST 程序(Altschul 等人,J.Mol.Biol.,1990,215,403410 ;Zhang和Madden, Genome Res., 1997, 7, 649656)常規(guī)地確定反義化合物與祀核酸區(qū)域的互補(bǔ)性百分比。同源百分比、序列同一性或互補(bǔ)性可以用例如采用默認(rèn)設(shè)置的Gap程序(Wisconsin序列 Analysis Package, Unix 的版本8,Genetics Computer Group, UniversityResearch Park, Madison ffis.)來確定,其利用 Smith 和 Waterman 的算法(Adv.App1.Math.,1981, 2,482489)。
      [0358]在某些實(shí)施方案中,本文提供的反義化合物、或其指定部分與靶核酸或其指定部分完全互補(bǔ)(即100%互補(bǔ))。例如,反義化合物可與STAT3核酸或靶區(qū)、或其靶區(qū)段或靶序列完全互補(bǔ)。如本文所用的,“完全互補(bǔ)”意指反義化合物的每個(gè)核堿基能夠與靶核酸的相應(yīng)核堿基準(zhǔn)確堿基配對(duì)。例如,20個(gè)核堿基反義化合物與400個(gè)核堿基長的靶序列完全互補(bǔ),只要該靶核酸的相應(yīng)20個(gè)核堿基部分與反義化合物互補(bǔ)。完全互補(bǔ)也可以用于是指第一條和/或第二條核酸的指定部分。例如,30個(gè)核堿基反義化合物中的20個(gè)核堿基部分可以與400個(gè)核堿基長的靶序列“完全互補(bǔ)”。如果靶序列有相應(yīng)的20個(gè)核堿基,其中每個(gè)核堿基與反義化合物的20個(gè)核堿基部分互補(bǔ),那么30個(gè)核堿基寡核苷酸的20個(gè)核堿基部分與靶序列完全互補(bǔ)。同時(shí),根據(jù)反義化合物的剩余的10個(gè)核堿基是否也與靶序列互補(bǔ),整個(gè)30個(gè)核堿基反義化合物與靶序列可能完全互補(bǔ)或可能不完全互補(bǔ)。
      [0359]非互補(bǔ)核堿基的位置可在反義化合物的5’末端或3’末端??蛇x地,非互補(bǔ)核堿基或核堿基可在反義化合物的內(nèi)部位置。當(dāng)存在兩個(gè)或多個(gè)非互補(bǔ)核堿基時(shí),它們可以是連續(xù)的(即連接的)或非連續(xù)的。在一個(gè)實(shí)施方案中,非互補(bǔ)核堿基位于缺口聚體反義寡核苷酸的翼區(qū)段。
      [0360]在某些實(shí)施方案 中,相對(duì)于靶核酸如STAT3核酸、或其指定部分,長度為或高至11、12、13、14、15、16、17、18、19或20個(gè)核堿基的反義化合物包含至多4、至多3、至多2、或至多I個(gè)非互補(bǔ)核堿基。
      [0361]在某些實(shí)施方案中,相對(duì)于靶核酸如STAT3核酸、或其指定部分,長度為或高至11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29 或 30 個(gè)核堿基的反義化合物包含至多6、至多5、至多4、至多3、至多2、或至多I個(gè)非互補(bǔ)核堿基。
      [0362]本文提供的反義化合物還包括與靶核酸部分互補(bǔ)的化合物。如本文所用的,“部分”是指在靶核酸的區(qū)域或區(qū)段中確定數(shù)量的連續(xù)(即連接的)核堿基?!安糠帧币部梢允侵阜戳x化合物的確定數(shù)量的連續(xù)核堿基。在某些實(shí)施方案中,反義化合物與靶區(qū)段的至少8個(gè)核堿基部分互補(bǔ)。在某些實(shí)施方案中,反義化合物與靶區(qū)段的至少9個(gè)核堿基部分互補(bǔ)。在某些實(shí)施方案中,反義化合物與靶區(qū)段的至少10個(gè)核堿基部分互補(bǔ)。在某些實(shí)施方案中,反義化合物與靶區(qū)段的至少11個(gè)核堿基部分互補(bǔ)。在某些實(shí)施方案中,反義化合物與靶區(qū)段的至少12個(gè)核堿基部分互補(bǔ)。在某些實(shí)施方案中,反義化合物與靶區(qū)段的至少13個(gè)核堿基部分互補(bǔ)。在某些實(shí)施方案中,反義化合物與靶區(qū)段的至少14個(gè)核堿基部分互補(bǔ)。在某些實(shí)施方案中,反義化合物與靶區(qū)段的至少15個(gè)核堿基部分互補(bǔ)。還構(gòu)思的是與革巴區(qū)段的至少9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多個(gè)核堿基部分、或由任意兩個(gè)這些值所定義的范圍互補(bǔ)的反義化合物。
      [0363]同一性
      [0364]本文提供的反義化合物也可與特定核苷酸序列、SEQ ID NO、或由特定Isis號(hào)代表的化合物、或其部分具有確定的同一性百分比。如本文所用的,如果具有相同的核堿基配對(duì)能力,則反義化合物與本文公開的序列相同。例如,在公開的DNA序列中,含有取代胸腺嘧啶的尿嘧啶的RNA會(huì)被認(rèn)為是與DNA序列相同,因?yàn)槟蜞奏ず托叵汆奏ぞc腺嘌呤配對(duì)。本文所述的反義化合物的縮短的和加長的版本以及具有相對(duì)于本文提供的反義化合物的非相同堿基的化合物也被構(gòu)思。非相同的堿基可以彼此鄰近或散布于整個(gè)反義化合物中。根據(jù)相對(duì)于被比較序列具有相同堿基配對(duì)的堿基的數(shù)量計(jì)算反義化合物的百分比同一性。
      [0365]在某些實(shí)施方案中,反義化合物或其部分與本文公開的一個(gè)或多個(gè)反義化合物或SEQ ID NO、或其部分有至少 70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 相同。
      [0366]在某些實(shí)施方案中,反義化合物的部分與靶核酸的等長部分相比較。在某些實(shí)施方案中,8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24 或 25 個(gè)核堿基部分與靶核酸的等長部分相比較。
      [0367]在某些實(shí)施方案中,反義寡核苷酸的部分與靶核酸的等長部分相比較。在某些實(shí)施方案中,8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24 或 25 個(gè)核堿基部分與革巴核酸的等長部分相比較。
      [0368]修飾
      [0369]核苷是堿基-糖組合。核苷的核堿基(也稱為堿基)部分通常為雜環(huán)堿基部分。核苷酸是進(jìn)一步包括共價(jià)連接到核苷的糖部分的磷酸根的核苷。對(duì)于包括戊呋喃糖基糖的那些核苷,磷酸基團(tuán)可連接到糖`的2’、3’或5’羥基部分。寡核苷酸通過相鄰的核苷彼此共價(jià)連接形成線形的聚合寡核苷酸而形成。在寡核苷酸結(jié)構(gòu)內(nèi),磷酸基團(tuán)通常被稱為形成寡核苷酸的核苷間連接。
      [0370]對(duì)反義化合物的修飾涵蓋取代或改變核苷間連接、糖部分或核堿基。修飾的反義化合物通常比天然形式優(yōu)選,因?yàn)樗鼈兙哂衅谕男再|(zhì),如,例如增強(qiáng)的細(xì)胞攝入、增強(qiáng)的對(duì)核酸靶的親合力、在存在核酸酶時(shí)增加的穩(wěn)定性或增加的抑制活性。
      [0371]化學(xué)修飾的核苷也可用來增加縮短的或截短的反義寡核苷酸對(duì)其靶核酸的結(jié)合親合力。因此,用具有此類化學(xué)修飾的核苷的較短反義化合物經(jīng)常可以獲得類似的結(jié)果。
      [0372]修飾的核苷間連接
      [0373]RNA和DNA的天然存在的核苷間連接是3’至5’磷酸二酯連接。具有一個(gè)或多個(gè)修飾的,即非天然存在的、核苷間連接的反義化合物常常比具有天然存在的核苷間連接的反義化合物優(yōu)先被選擇,因?yàn)樗鼈兙哂衅谕男再|(zhì),如,例如增強(qiáng)的細(xì)胞攝入、增強(qiáng)的對(duì)核酸靶的親合力、和在存在核酸酶時(shí)增加的穩(wěn)定性。
      [0374]具有修飾的核苷間連接的寡核苷酸包括保留磷原子的核苷間連接以及沒有磷原子的核苷間連接。代表性含磷核苷間連接包括但不限于,磷酸二酯、磷酸三酯、甲基磷酸酯、氨基磷酸酯和硫代磷酸。制備含磷的和不含磷的連接的方法是公知的。
      [0375]在某些實(shí)施方案中,靶向于STAT3核酸的反義化合物包含一個(gè)或多個(gè)修飾的核苷間連接。在某些實(shí)施方案中,修飾的核苷間連接是硫代磷酸連接。在某些實(shí)施方案中,反義化合物的每個(gè)核苷間連接是硫代磷酸核苷間連接。[0376]修飾的糖部分
      [0377]本文提供的反義化合物可任選地含有一個(gè)或多個(gè)其中糖基團(tuán)已被修飾的的核苷。此類糖修飾的核苷可以賦予反義化合物增強(qiáng)的核酸酶穩(wěn)定性、增加的結(jié)合親合力或一些其它有益的生物特性。在某些實(shí)施方案中,核苷包含化學(xué)修飾的呋喃核糖環(huán)部分。化學(xué)修飾的呋喃核糖環(huán)的實(shí)例包括且不限于,加入取代基(包括5’和2’取代基);形成雙環(huán)核酸(BNA)的非偕環(huán)原子的橋接;用S、NI或C (Rl) 12 (R=H、C1-C12烷基或保護(hù)基)替代核糖基環(huán)氧原子;和其組合?;瘜W(xué)修飾的糖的實(shí)例包括,2’-F-5’_甲基取代的核苷(參見,于8/21/08公布的PCT國際申請(qǐng)W02008/101157中的其它公開的5’,2’ -雙取代的核苷),用S替代核糖基環(huán)氧原子且在2’-位具有進(jìn)一步取代(參見,于2005年6月16日公布的美國專利請(qǐng)US2005/0130923),或可選地BNA的5’ -取代(參見,于11/22/07公布的PCT國際申請(qǐng)W02007/134181,其中LNA被例如5,-甲基或5’ -乙烯基取代)。
      [0378]具有修飾的糖部分的核苷的實(shí)例包括但不限于,包含5’ -乙烯基、5’ -甲基(R或S)、4’ -S、2 ’ -F、2 ’ -OCH3和2 ’ -O (CH2) 20CH3取代基的核苷。在2 ’位的取代基也可選自烯丙基、氨基、疊氮基、硫代、O-烯丙基、O-C1-Cltl 烷基、0CF3、O(CH2) 2SCH3、O(CH2) 2-0-N(Rm) (Rn)和O-CH2-C (=0) -N (Rm) (Rn),其中每個(gè)Rm和Rn獨(dú)立地是H或取代的或未取代的C1-Cltl烷基。
      [0379]如本文所用的,“雙環(huán)核苷”是指修飾的核苷包含雙環(huán)糖部分。雙環(huán)核苷的實(shí)例包括但不限于,包含4’與2’核糖基環(huán)原子之間的橋的核苷。在某些實(shí)施方案中,本文提供的反義化合物包括一個(gè)或多個(gè)雙環(huán)核苷,其中橋包含4’至2’雙環(huán)核苷。此類4’至2’雙環(huán)核苷的實(shí)例包括但不限于,下式之一:4’ _(CH2)-0-2’ (LNA) ;4’ _(CH2)-S_2’ ;4’ - (CH2) 2-0-2’ (ENA) ;4’ -CH(CH3)-0-2’ 和 4’ -CH(CH2OCH3)-0-2’、及其類似物(參見,于2008年7月15日授權(quán)的美國專利7,399,845) ;4,-C(CH3) (CH3)H、及其類似物(參見,于 2009 年 I 月 8 日公布的 PCT 國際申請(qǐng) W02009/006478) ;4,-CH2-N(OCH3)-2,、及其類似物(參見,于2008年12月11日公布的PCT國際申請(qǐng)W02008/150729);4,-CH2-O-N (CH3)-2,(參見,于2004年9月2日公布的美國專利申請(qǐng)US2004/0171570);4’ -CH2-N1-0-2’,其中R是H、C1-C12烷基、或保護(hù)基(參見,于2008年9月23日授權(quán)的美國專利 7, 427,672) ;4,-CH2-C(H) (CH3) _2,(參見,Chattopadhyaya,等人,J.0rg.Chem.,2009,74,118-134);和 4,-CH2-C (=CH2)-2 ’、及其類似物(參見,于 2008年12月8日公布的PCT國際申請(qǐng)W02008/154401)。還參見例如:Singh等人,Chem.Commun., 1998, 4, 455-456 ;Koshkin 等人,Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630 ;ffahlestedt等人,Proc.Natl.Acad.Sc1.U.S.A., 2000, 97, 5633-5638 ;Kumar 等人,Bioorg.Med.Chem.Lett., 1998, 8, 2219-2222 ;Singh 等人,J.0rg.Chem., 1998, 63, 10035-10039 ;Srivastava等人,J.Am.Chem.Soc., 129(26)8362-8379(2007 年 7 月 4 日);Elayadi 等人,Curr.0pinion Invens.Drugs, 2001, 2, 558-561 ;Braasch 等人,Chem.Biol.,2001,8,1-7 ;Orum 等人,Curr.0pinion Mol.Ther.,2001,3,239-243 ;美國專利號(hào) U.S.6,670,461、7,053,207,6, 268,490,6, 770,748,6, 794,499,7, 034,133,6, 525,191,7, 399,845 ;公布的 PCT 國際申請(qǐng) W02004/106356、W094/14226、W02005/021570 和 W02007/134181 ;美國專利公布 N0.US2004/0171570、US2007/0287831 和 US2008/0039618 ;和美國專利序列號(hào)12/129,154,60/989,574,61/026,995,61/026, 998,61/056, 564,61/086, 231,61/097, 787和 61/099,844 ;和 PCT 國際申請(qǐng) N0.PCT/US2008/064591、PCT/US2008/066154 和 PCT/US2008/068922。上述雙環(huán)核苷中的每一個(gè)可被制備成具有一個(gè)或多個(gè)立體化學(xué)糖結(jié)構(gòu),包括例如a -L-呋喃核糖和β -D-呋喃核糖(參見于1999年3月25日以W099/14226公布的 PCT 國際申請(qǐng) PCT/DK98/00393)。
      [0380]在某些實(shí)施方案中,BNA核苷的雙環(huán)糖部分包括但不限于,具有戊呋喃糖基糖部分的4’位與2’位之間的至少一個(gè)橋的化合物,其中此類橋獨(dú)立地包含I個(gè)或2至4個(gè)連接的基團(tuán),所述基團(tuán)獨(dú)立地選自-[C (Ra) (Rb)Jn-,-C (Ra) =C (Rb) -、-C (Ra) =N-,-C (=NRa) -、_C (=0)-、-C (=S) -、-O-、-Si (Ra) 2_、-S (=0) x-和-N (Ra)-;
      [0381]其中:
      [0382]X 是 O、1、或 2;
      [0383]η 是 1、2、3、或 4;
      [0384]每個(gè)Ra和Rb獨(dú)立地是H、保護(hù)基、羥基、C「C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12鏈烯基、取代的C2-C12鏈烯基X2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C5-C2tl芳基、取代的C5-C2tl芳基、雜環(huán)基團(tuán)、取代的雜環(huán)基團(tuán)、雜芳基、取代的雜芳基、C5-C7脂環(huán)族基團(tuán)、取代的C5-C7脂環(huán)族基團(tuán)、鹵素、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、酰基(C (=0) -H)、取代的?;?、CN、磺酰基(S (=0) ^J1)、或亞砜基(SbO)-J1);和
      [0385]每個(gè)J1和J2獨(dú)立地是H、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12鏈烯基、取代的C2-C12鏈烯基、C2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C5-C2tl芳基、取代的C5-C2tl芳基、?;?C(=0)-H)、取代的?;㈦s環(huán)基團(tuán)、取代的雜環(huán)基團(tuán)、C1-C12氨基烷基、取代的C1-C12氨基烷基、或保護(hù)基。
      [0386]在某些實(shí)施方案中,雙環(huán)糖部分的橋是-[C(Ra) (Rb)Jn-, -[C(Ra) (Rb)]n-0-、-C(RaRb)-N(R)-O-或-C (RaRb)-O-N(R) _。在某些實(shí)施方案中,橋是 4’_CH2_2’、4’ _ (CH2) 2_2,、4’ _ (CH2) 3`_2,、4’ _CH2_0_2,、4,_ (CH2) 2_0_2,、4,_CH2_0_N (R) _2,和4’ -CH2-N(R)-0-2’ _,其中每個(gè)R獨(dú)立地是H、保護(hù)基、或C1-C12烷基。
      [0387]在某些實(shí)施方案中,雙環(huán)核苷進(jìn)一步由異構(gòu)體結(jié)構(gòu)限定。例如,包含4’ -2’亞甲基-氧基橋的核苷可以呈a-L結(jié)構(gòu)或呈β-D結(jié)構(gòu)。之前,a-L-亞甲基氧基(4’-CH2-0_2’)BNA’ s已被并入顯示反義活性的反義寡核苷酸中(Frieden等人,Nucleic AcidsResearch, 2003, 21, 6365-6372)。
      [0388]在某些實(shí)施方案中,雙環(huán)核苷包括但不限于,(A) a -L-亞甲基氧基(4’-CH2-0-2’)BNA、(B) β-D-亞甲基氧基(4,-CH2-0-2,)BNA、(C)亞乙基氧基(4,-(CH2)2H )BNA、(D)氨基氧基(4,-CH2-O-N (R)-2’)BNA、(E)氧基氨基(4,-CH2-N (R)-0-2 ’)BNA、(F)甲基(亞甲基氧基)(4,-CH(CH3)-0-2,)BNA、(G)亞甲基-硫代(4,-CH2-S_2,)BNA、(H)亞甲基-氨基(4’-CH2-N(R)-2’)BNA、(I)甲基碳環(huán)(4,-CH2-CH (CH3)-2,)BNA 和(J)亞丙基碳環(huán)(4’ -(CH2)3-2, )BNA,如下所描繪。
      [0389]
      【權(quán)利要求】
      1.一種包含由12至30個(gè)連接的核苷組成的修飾的寡核苷酸的化合物,所述修飾的寡核苷酸具有的核堿基序列包含與SEQ ID NO:1的核堿基3008至3033的等長部分互補(bǔ)的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的一部分,其中所述核堿基序列與SEQ ID NO:1互補(bǔ)。
      2.一種包含由12至30個(gè)連接的核苷組成的修飾的寡核苷酸的化合物,所述修飾的寡核苷酸具有的核堿基序列包含與SEQ ID NO:1的核堿基3016至3031的等長部分互補(bǔ)的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的一部分,其中所述核堿基序列與SEQ ID NO:1互補(bǔ)。
      3.一種包含由12至30個(gè)連接的核苷組成的修飾的寡核苷酸的化合物,所述修飾的寡核苷酸具有的核堿基序列包含與SEQ ID NO: 2的核堿基6476至6491的等長部分互補(bǔ)的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的一部分,其中所述核堿基序列與SEQ ID NO: 2互補(bǔ)。
      4.一種包含由12至30個(gè)連接的核苷組成的修飾的寡核苷酸的化合物,所述修飾的寡核苷酸具有的核堿基序列包含與SEQ ID NO:1的下述核堿基的等長部分互補(bǔ)的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的一部分:核堿基 250-286 ;250-285 ;264_285 ;264_282 ;728_745 ;729_745 ;.729-744 ;787-803 ;867_883 ;955_978 ;1146-1170 ;1896-1920 ;1899-1920 ;1899_1919 ;.1899-1918 ;1899-1916 ;1901-1916 ;1946_1963 ;1947_1963 ;2155-2205 ;2155_2187 ;.2156-2179 ;2204-2221 ;2681-2696 ;2699-2716 ;3001-3033 ;3008-3033,3010-3033,.3010-3032、3015-3033、3015-3032、3015-3031、3016-3033、3016-3032、3016-3033 ;.3452-3499 ;3460-3476 ;3583-3608 ;3591-3616 ;3595-3615 ;3595-3614 ;3595-3612 ;.3675-3706 ;3713-3790 ;3715_3735 ;3833_3878 ;3889_3932 ;3977-4012 ;4067-4100 ;.4225-4256 ;4234_4252 ;4235_4252 ;4235_4251 ;4236_4252 ;4306-4341 ;4431_4456 ;.4439-4454 ;4471-4510 ;4488-4505 ;4530-4558 ;4539-4572 ;4541-4558 ;4636-4801 ;.4782-4796 ;4800-4823 ;4811-4847 ;4813-4859 ;4813-4815 ;4813-4831 ;4827-4859 ;.4827-4844 ;或4842-4859,其中所述修飾的寡核苷酸的核堿基序列與SEQ ID NO:1互補(bǔ)。
      5.一種包含由12至30個(gè)連接的核苷組成的修飾的寡核苷酸的化合物,所述修飾的寡核苷酸具有的核堿基序列包含與SEQ ID NO: 2的下述核堿基的等長部分互補(bǔ)的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的一部分:核堿基 2668-2688 ;2703_2720 ;5000_5021 ;5001_5017 ;5697_5722 ;.5699-5716 ;6475 - 6490 ;6475 - 6491 ;6476 - 6491 ;7682-7705 ;8078-8097 ;.8079-8095 ;9862-9811 ;9870-9897 ;9875-9893 ;9875-9891 ;9877-9893 ;11699-11719 ;.12342-12366 ;12345_12364 ;12346_12364 ;12347_12364 ;12353-12380 ;12357_12376 ;.12358-12376 ;12358_12373 ;12360_12376 ;14128_14148 ;16863_16883 ;46091_46111 ;.50692-50709 ;50693-50709 ;50693-50708 ;61325_61349 ;66133_66157 ;66136_66157 ;.66136 - 66155 ;66136_66153 ;66138_66153 ;66184-66200 ;67067-67083 ;4171_74220 ;.74199-74220 ;74202-74220 ;74171-74219 ;74199-74219 ;74202-74219 ;74171-74218 ;.74199-74218 ;74202-74218 ;74723-74768 ;74764-74803 ;74782-74802 ;74782-74801;.74782-74800 ;74782-74799 ;74783-74802 ;74783-74801 ;74783-74800 ;74783-74799 ;.74862-74893 ;74900-74977 ;74902-74922 ;74902-74920 ;75070-75119 ;75164_75199 ;.75254-75287 ;75412_75443 ;75421_75439 ;75422_75439 ;75422_75438 ;75423_75439 ;.75423-75438 ;75493-75528 ;75616-75643 ;75626-75641 ;75658-75699 ;75676-75692 ;.75717-75745 ;75726-75759 ;75726-75745 ;75727-75745 ;75728-75745 ;75831-75988 ;.75852-75969 ;75969-75984 ;75987-76056 ;76000-76046 ;76000-76032 ;76000-76018 ;76014-76046 ;76014-76032 ;76029-76046 ;或 76031-76046,其中所述修飾的寡核苷酸的核堿基序列與SEQ ID NO: 2互補(bǔ)。
      6.如權(quán)利要求1或2所述的化合物,其中所述修飾的寡核苷酸的核堿基序列包含SEQID NO: 245的序列。
      7.如權(quán)利要求1或2所述的化合物,其中所述修飾的寡核苷酸的核堿基序列由SEQIDNO: 245的序列組成。
      8.如權(quán)利要求3所述的化合物,其中所述修飾的寡核苷酸的核堿基序列包含SEQIDNO: 413的序列。
      9.如權(quán)利要求3所述的化合物,其中所述修飾的寡核苷酸的核堿基序列由SEQID NO:413的序列組成。
      10.如權(quán)利要求1-9任一項(xiàng)所述的化合物,其中所述修飾的寡核苷酸與SEQID NO:1或2 100%互補(bǔ)。
      11.如權(quán)利要求ι-?ο任一項(xiàng)所述的化合物,其由單鏈修飾的寡核苷酸組成。
      12.如權(quán)利要求1-11任一項(xiàng)所述的化合物,其中至少一個(gè)核苷間連接是修飾的核苷間連接。
      13.如權(quán)利要求12所述的化合物,其中每個(gè)核苷間連接是硫代磷酸核苷間連接。
      14.如權(quán)利要求1-13任一項(xiàng)所述的化合物,其中至少一個(gè)核苷包含修飾的糖。`
      15.如權(quán)利要求14所述的化合物,其中至少一個(gè)修飾的糖是雙環(huán)糖。
      16.如權(quán)利要求15所述的化合物,其中所述雙環(huán)糖包含4’- CH2-0-2’橋。
      17.如權(quán)利要求15所述的化合物,其中所述雙環(huán)糖包含4’-CH(CH3)-0-2’橋。
      18.如權(quán)利要求14所述的化合物,其中所述修飾的糖包含2’-O(CH2)2-OCH3基團(tuán)。
      19.如權(quán)利要求14所述的化合物,其中所述修飾的糖包含2’-O-CH3基團(tuán)。
      20.如權(quán)利要求1-19任一項(xiàng)所述的化合物,其中至少一個(gè)核苷包含修飾的核堿基。
      21.如權(quán)利要求20所述的化合物,其中所述修飾的核堿基是5’-甲基胞嘧啶。
      22.如權(quán)利要求1-13任一項(xiàng)所述的化合物,其中所述修飾的寡核苷酸包含: 由I至5個(gè)連接的核苷組成的5’ -翼; 由I至5個(gè)連接的核苷組成的3’ -翼; 由8至12個(gè)連接的2’ -脫氧核苷組成的5’ -翼和3’ -翼之間的缺口 ;且 其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一個(gè)包含至少一個(gè)雙環(huán)核苷或一個(gè)2’ -取代的核苷。
      23.如權(quán)利要求1-13任一項(xiàng)所述的化合物,其中所述修飾的寡核苷酸包含: 由I至5個(gè)連接的核苷組成的5’ -翼; 由I至5個(gè)連接的核苷組成的3’ -翼; 由8至12個(gè)連接的2’ -脫氧核苷組成的5’ -翼和3’ -翼之間的缺口 ;且 其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一個(gè)包含至少一個(gè)雙環(huán)核苷和至少一個(gè)2’ -取代的核苷。
      24.如權(quán)利要求22或23所述的化合物,其中所述2’-取代的核苷包含由2’ -O(CH2)2-OCH3基團(tuán)或2’ -O-CH3基團(tuán)組成的組中的任一個(gè)。
      25.如權(quán)利要求22或23所述的化合物,其中所述雙環(huán)核苷包含由4’- CH2-0_2’橋和4’ -CH (CH3)-0-2’橋組成的組中的任一個(gè)。
      26.如權(quán)利要求1-13任一項(xiàng)所述的化合物,其中所述修飾的寡核苷酸包含: 由3個(gè)連接的核苷組成的5’-翼; 由3個(gè)連接的核苷組成的3’-翼; 由10個(gè)連接的2’ -脫氧核苷組成的5’ -翼和3’ -翼之間的缺口 ; 其中5’ -翼和3’ -翼中的每一個(gè)的每個(gè)核苷包含受約束的乙基核苷; 其中每個(gè)核苷間連接是硫代磷酸連接;和 其中每個(gè)胞嘧啶是5’ -甲基胞嘧啶。
      27.—種包含修飾的寡核苷酸的化合物,所述修飾的寡核苷酸由12至30個(gè)連接的核苷組成且具有包含SEQ ID NO: 245的核堿基序列的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的核堿基序列。
      28.—種包含修飾的寡核苷酸的化合物,所述修飾的寡核苷酸由12至30個(gè)連接的核苷組成且具有包含SEQ ID NO: 413的核堿基序列的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的核堿基序列。
      29.—種包含修飾的寡核苷酸的化合物,所述修飾的寡核苷酸由12至30個(gè)連接的核苷組成且具有包含SEQ ID NO: 9-426、430-442、445-464、471-498、500-1034、1036-1512和1541-2757的核堿基序列中的任一個(gè)的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的核堿基序列。
      30.如權(quán)利要求26-29任一項(xiàng)所述的化合物,其由單鏈修飾的寡核苷酸組成。
      31.如權(quán)利要求27-30任一項(xiàng)所述的化合物,其中至少一個(gè)核苷間連接是修飾的核苷間連接。
      32.如權(quán)利要求31所述的化合物,其中每個(gè)核苷間連接是硫代磷酸核苷間連接。
      33.如權(quán)利要求27-32任一項(xiàng)所述的化合物,其中至少一個(gè)核苷包含修飾的糖。
      34.如權(quán)利要求33所述的化合物,其中至少一個(gè)修飾的糖是雙環(huán)糖。
      35.如權(quán)利要求34所述的化合物,其中所述雙環(huán)糖包含4’- CH2-0-2’橋。
      36.如權(quán)利要求35所述的化合物,其中所述雙環(huán)糖包含4’-CH(CH3)-0-2’橋。
      37.如權(quán)利要求33所述的化合物,其中所述修飾的糖包含2’-O(CH2)2-OCH3基團(tuán)。
      38.如權(quán)利要求33所述的化合物,其中所述修飾的糖包含2’-O-CH3基團(tuán)。
      39.如權(quán)利要求27-38任一項(xiàng)所述的化合物,其中至少一個(gè)核苷包含修飾的核堿基。
      40.如權(quán)利要求38所述的化合物,其中所述修飾的核堿基是5’-甲基胞嘧啶。
      41.如權(quán)利要求27-30任一項(xiàng)所述的化合物,其中所述修飾的寡核苷酸包含: 由I至5個(gè)連接的核苷組成的5’ -翼; 由I至5個(gè)連接的核苷組成的3’ -翼; 由8至12個(gè)連接的2’ -脫氧核苷組成的5’ -翼和3’ -翼之間的缺口 ;且 其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一個(gè)包含至少一個(gè)雙環(huán)核苷或2’ -取代的核苷。
      42.如權(quán)利要求27-30任一項(xiàng)所述的化合物,其中所述修飾的寡核苷酸包含: 由I至5個(gè)連接的核苷組成的5’ -翼; 由I至5個(gè)連接的核苷組成的3’ -翼; 由8至12個(gè)連接的2’ -脫氧核苷組成的5’ -翼和3’ -翼之間的缺口 ;且 其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一個(gè)包含至少一個(gè)雙環(huán)核苷和至少一個(gè)2’ -取代的核苷。
      43.如權(quán)利要求 41或42所述的化合物,其中所述2’-取代的核苷包含由2’ -O(CH2)2-OCH3基團(tuán)或2’ -O-CH3基團(tuán)組成的組中的任一個(gè)。
      44.如權(quán)利要求41或42所述的化合物,其中所述雙環(huán)核苷包含由4’- CH2-0-2’橋和4’ -CH (CH3)-0-2’橋組成的組中的任一個(gè)。
      45.如權(quán)利要求27-30任一項(xiàng)所述的化合物,其中所述修飾的寡核苷酸包含: 由3個(gè)連接的核苷組成的5’-翼; 由3個(gè)連接的核苷組成的3’-翼; 由10個(gè)連接的2’ -脫氧核苷 組成的5’ -翼和3’ -翼之間的缺口 ; 其中5’ -翼和3’ -翼中的每一個(gè)的每個(gè)核苷包含受約束的乙基核苷; 其中每個(gè)核苷間連接是硫代磷酸連接;和 其中每個(gè)胞嘧啶是5’ -甲基胞嘧啶。
      46.一種包含由12至22個(gè)連接的核苷組成的修飾的寡核苷酸的化合物,其中所述修飾的寡核苷酸包含: 由I至5個(gè)連接的核苷組成的5’ -翼; 由I至5個(gè)連接的核苷組成的3’ -翼; 由8至12個(gè)連接的2’ -脫氧核苷組成的5’ -翼和3’ -翼之間的缺口 ; 其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一個(gè)包含至少一個(gè)雙環(huán)核苷或2’ -取代的核苷;其中所述修飾的寡核苷酸的核堿基序列與SEQ ID NO:1的核堿基序列的核堿基3016至3031的等長部分互補(bǔ);且 其中所述化合物抑制STAT3 mRNA表達(dá)的表達(dá)。
      47.一種包含由12至22個(gè)連接的核苷組成的修飾的寡核苷酸的化合物,其中所述修飾的寡核苷酸包含: 由I至5個(gè)連接的核苷組成的5’ -翼; 由I至5個(gè)連接的核苷組成的3’ -翼; 由8至12個(gè)連接的2’ -脫氧核苷組成的5’ -翼和3’ -翼之間的缺口 ; 其中5’ -翼和3’ -翼中的至少一個(gè)包含至少一個(gè)雙環(huán)核苷或2’ -取代的核苷;其中所述修飾的寡核苷酸的核堿基序列與SEQ ID NO: 2的核堿基序列的核堿基6476至6491的等長部分互補(bǔ);且 其中所述化合物抑制STAT3 mRNA表達(dá)的表達(dá)。
      48.如權(quán)利要求46或47所述的化合物,其中5’-翼和3’ -翼中的至少一個(gè)包含至少一個(gè)2’ -脫氧核苷。
      49.如權(quán)利要求46-48任一項(xiàng)所述的化合物,其由單鏈修飾的寡核苷酸組成。
      50.如權(quán)利要求46-49任一項(xiàng)所述的化合物,包含至少一個(gè)雙環(huán)核苷。
      51.如權(quán)利要求50所述的化合物,其中至少一個(gè)雙環(huán)核苷包含4’-CH(CH3) -O^橋。
      52.如權(quán)利要求51所述的化合物,其中每個(gè)雙環(huán)核苷包含4’-CH(CH3)-0-2’橋。
      53.如權(quán)利要求50所述的化合物,其中至少一個(gè)雙環(huán)核苷包含4’- CH2-0-2’橋。
      54.如權(quán)利要求53所述的化合物,其中每個(gè)雙環(huán)核苷包含4’- CH2-0-2’橋。
      55.如權(quán)利要求46-54任一項(xiàng)所述的化合物,包含至少一個(gè)2’-取代的核苷。
      56.如權(quán)利要求55所述的化合物,其中至少一個(gè)2’-取代的核苷包含2’-O(CH2)2-OCH3基團(tuán)。
      57.如權(quán)利要求56所述的化合物,其中每個(gè)2’-取代的核苷包含2’ -O(CH2)2-OCH3基團(tuán)。
      58.如權(quán)利要求55所述的化合物,其中至少一個(gè)2’-取代的核苷包含2’ -O-CH3基團(tuán)。
      59.如權(quán)利要求58所述的化合物,其中每個(gè)2’-取代的核苷包含2’ -O-CH3基團(tuán)。
      60.如權(quán)利要求46-59任一項(xiàng)所述的化合物,其中至少一個(gè)核苷間連接是修飾的核苷間連接。
      61.如權(quán)利要求60所述的化合物,其中每個(gè)修飾的核苷間連接是硫代磷酸連接。
      62.如權(quán)利要求46-61任一項(xiàng)所述的化合物,其中至少一個(gè)核苷包含修飾的核堿基。
      63.如權(quán)利要求62所述的化合物,其中所述修飾的核堿基是5’-甲基胞嘧啶。
      64.如權(quán)利要求46-49任一項(xiàng)所述的化合物,其中所述修飾的寡核苷酸具有如下式A所述的糖基序:
      (J) ηΤ (B) n- (J) ρ- (B) r- (A) t- (D) g- (A) v- (B) w- (J) x- (B) y- (J) z
      其中: 每個(gè)A獨(dú)立地是2’ -取代的核苷; 每個(gè)B獨(dú)立地是雙環(huán)核苷; 每個(gè)J獨(dú)立地是2’ -取代的核苷或2’ -脫氧核苷; 每個(gè)D是2’-脫氧核苷;
      m 是 0_4 ;n 是 0_2 ;p 是 0_2 ;r 是 0_2 ;t 是 0_2 ;v 是 0_2 ;w 是 0_4 ;x 是 0_2 ;y 是 0_2 ;z 是 0-4 ;g 是 6-14 ; 前體條件是: m、η和r中的至少一個(gè)不是O ; w和y中的至少一個(gè)不是O ; m、n、p、r和t的總和是2至5 ;和 v、w、x、y和z的總和是2至5。
      65.如權(quán)利要求46-49任一項(xiàng)所述的化合物,其中所述修飾的寡核苷酸具有由以下組成的組中的任一個(gè)的糖基序:
      k~d (10)-k
      e~d (10)-k
      k~d (10)-e
      k_k_d(10) _k_k
      k_k_d(10)_e_e
      e_e_d(10) _k_k
      k-k-k-d(10)-k_k_k
      e-e-e-d(10)-k_k_k
      k-k-k-d(10)-e_e_e
      k-k-k-d(10)-k_k_k
      e-k-k-d(10)-k_k_e
      e-e-k-d(10)-k_k_e
      e-d-k-d(10)-k_k_e
      e_k_d(10)-k-e-k-ek-d (10)-k-e-k-e-e
      e-e-k-d(10)-k-e-k-e
      e_d_d_k_d(9)_k_k_e
      e_e_e_e_d(9)_k_k_e 其中,k是受:約束的乙基核苷,e是2’ -MOE取代的核苷,且d是2’ -脫氧核苷。
      66.一種治療動(dòng)物的過度增殖性疾病的方法,包括向需要其的動(dòng)物施用包含由12至30個(gè)連接的核苷組成且具有包含 SEQ ID NO: 9-426、430-442、445-464、471-498、500-1034、1036-1512和1541-2757的核堿基序列中的任一個(gè)的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的核堿基序列的修飾的寡核苷酸的化合物。
      67.一種治療動(dòng)物的過度增殖性疾病的方法,包括向需要其的動(dòng)物施用包含由12至30個(gè)連接的核苷組成且具有包含SEQ ID NO: 245的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的核堿基序列的修飾的寡核苷酸的化合物。
      68.一種治療動(dòng)物的過度增殖性疾病的方法,包括向需要其的動(dòng)物施用包含由12至30個(gè)連接的核苷組成且具有包含SEQ ID NO: 413的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的核堿基序列的修飾的寡核苷酸的化合物。
      69.如權(quán)利要求66-68任一項(xiàng)所述的方法,其中所述施用減小所述動(dòng)物中的腫瘤大小。
      70.如權(quán)利要求66-68任一項(xiàng)所述的方法,其中所述施用減小所述動(dòng)物中的腫瘤體積。
      71.如權(quán)利要求66-68任一項(xiàng)所述的方法,其中所述施用防止所述動(dòng)物中的轉(zhuǎn)移。
      72.如權(quán)利要求66-68任一項(xiàng)所述的方法,其中所述施用延長所述動(dòng)物的存活。
      73.如權(quán)利要求66-68任一項(xiàng)所述的方法,其中所述施用減少所述動(dòng)物的惡病質(zhì)。
      74.一種降低動(dòng)物中STAT3的表達(dá)的方法,包括向需要其的動(dòng)物施用包含由12至30個(gè)連接的核苷組成且具有包含 SEQ ID NO: 9-426、430-442、445-464、471-498、500-1034、1036-1512的核堿基序列中的任一個(gè)的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的核堿基序列的修飾的寡核苷酸的化合物。
      75.一種降低動(dòng)物中STAT3的表達(dá)的方法,包括向需要其的動(dòng)物施用包含由12至30個(gè)連接的核苷組成且具有包含SEQ ID NO: 245的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的核堿基序列的修飾的寡核苷酸的化合物。
      76.一種降低動(dòng)物中STAT3的表達(dá)的方法,包括向需要其的動(dòng)物施用包含由12至30個(gè)連接的核苷組成且具有包含SEQ ID NO: 413的至少12個(gè)連續(xù)核堿基的核堿基序列的修飾的寡核苷酸的化合物。
      【文檔編號(hào)】C12N15/11GK103562215SQ201280026065
      【公開日】2014年2月5日 申請(qǐng)日期:2012年3月30日 優(yōu)先權(quán)日:2011年4月1日
      【發(fā)明者】E.E.斯韋茲, S.M.弗賴爾, R.A.麥克勞德, Y.金 申請(qǐng)人:埃西斯藥品公司
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