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      運(yùn)用比較基因組學(xué)快速鑒定草莓白粉病基因的制作方法_2

      文檔序號(hào):8295088閱讀:來源:國(guó)知局
      69569-AF369576, Z83834, Z95496, AY581255), 對(duì)草莓?dāng)?shù)據(jù)庫(http ://www. strawberrygenome. org/)進(jìn)行BLAST比對(duì),選擇相似度最 高的序列進(jìn)行下載,共獲得了 20條候選的MLO型基因(gene09623-vl. 〇-ab_initio ; gene02355-vl. 〇-ab_initio ;gene02764-vl. 〇-ab_initio ;gene23134-vl. 〇-ab_initio ; gene29691-vl. 〇-ab_initio ;gene09621-vl. 〇-ab_initio ;gene31405-vl. 〇-ab_initio ; genel2974-vl. 〇-ab_initio ;genel0531-vl. 〇-ab_initio ;gene26356-vl. 〇-ab_initio ; gene28466-vl. 〇-ab_initio ;genel4544-vl. 〇-ab_initio ;gene31395-vl. 〇-ab_initio ; gene29204-vl. 〇-ab_initio ;gene31172-vl. 〇-ab_initio ;genel0134-vl. 〇-ab_initio ; gene03198-vl. 〇-ab_initio ;genel0332-vl. 〇-ab_initio ;genel0314-vl. 〇-ab_initio ; genel0995_vl· 0_ab_initio)〇
      [0033] 2)草莓MLO型基因保守結(jié)構(gòu)域的鑒定
      [0034] 為了進(jìn)一步驗(yàn)證這些MLO基因準(zhǔn)確性,我們對(duì)這20個(gè)候選的MLO基因進(jìn)行了保守 結(jié)構(gòu)域"ML0' '的鑒定。以每一個(gè)候選的MLO型基因的氨基酸序列為基準(zhǔn),在PFAMQittp : //pfam.sanger.ac.uk/)網(wǎng)站上進(jìn)行'ML0'保守結(jié)構(gòu)域的鑒定,結(jié)果表明,每一個(gè)MLO型基 因都具有一個(gè)或者多個(gè)'ML0'結(jié)構(gòu)域(圖1)。
      [0035] 3)草莓MLO型基因的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系分析
      [0036] 在先前的研究中,發(fā)現(xiàn)雙子葉植物白粉病基因聚合成一個(gè)區(qū)組;因此,在構(gòu)建系統(tǒng) 發(fā)育樹中,我們選擇了模式植物擬南芥的15個(gè)MLO型基因(其中3個(gè)基因是白粉病基因 : AtML002, AtML006和AtML012)、番茄抗白粉病基因、大麥白粉病基因和豌豆的白粉病基因 和草莓MLO型基因聚類分析一起聚類分析。將草莓MLO型基因和其他作物白粉病基因蛋 白質(zhì)序列進(jìn)行多序列聯(lián)配(采用Clustal XI. 83軟件進(jìn)行),并利用Genedoc軟件(http : // www.nrbsc.org/gfx/genedoc/index.html)顯不多序列聯(lián)配的結(jié)果。將 Clustal 多序列 聯(lián)配的結(jié)果輸出到MEGA4. 0軟件中,并利用此軟件分別構(gòu)建了鄰接樹(neighbor-joining, NJ),利用Bootstrapping方法對(duì)這些進(jìn)化樹進(jìn)行了評(píng)估。結(jié)果發(fā)現(xiàn)在雙子葉植物抗白粉病 基因區(qū)組內(nèi),存在3個(gè)草莓候選的MLO型白粉病基因(見圖2)。
      [0037] 4)草莓MLO型抗病基因的比對(duì)
      [0038] 在大麥MLO型白粉病基因研究中,研究中相繼發(fā)現(xiàn)了一些重要區(qū)域和單個(gè)氨基 酸,它們對(duì)大麥白粉菌侵染有著不可替代的作用。為了鑒定3個(gè)候選的草莓白粉病基因中, 這些重要區(qū)域和氨基酸是否高度保守,我們對(duì)來自擬南芥的3個(gè)抗白粉病基因(AtML002、 AtML06和AtML012)、番茄白粉病基因(S1ML0)、豌豆白粉病基因(PsMLO)進(jìn)行了比對(duì)氨基酸 序列分析。發(fā)現(xiàn)草莓3個(gè)候選的白粉病基因與已知的MLO型白粉病基因7個(gè)跨膜區(qū),30個(gè) 重要的氨基酸殘基,1個(gè)鈣調(diào)蛋白結(jié)合區(qū)(CaMBD)和兩個(gè)與白粉菌識(shí)別起重要作用的區(qū)域 (I和II)高度保守(圖3)。表明這三個(gè)基因就是草莓MLO型抗白粉病基因。
      【主權(quán)項(xiàng)】
      1.草莓抗白粉病基因,其特征在于選自下列3個(gè)基因或其之一: gene09623_vl. 0_ab-initio 氨基酸序列: MAAAGKERSLEQTPTWAVAVVCFILVLVSIIIEYILHLIGKWLERKNKRALYEALEKIKAELMLLGFLSLLL TVGQGPISDICISKSVGATWHPCSKKQEPVYAKEDGESTSSESDDDSGRRRLLSVVLSSSGKNARRVLAAAGYDKCG AKGKVPFVSFYGIHQLHILIFVLAVSHVLYCIITLVLGRAKMRKWKTWELETRTADYQFSHDPERFRFARDTSFGRR HLSFWSRSPILLWIVCFFRQFVRSVPKVDYLTLRNGFIFAHLAPQSQTKFDFQKYINRSVEEDFKVVVGISPVIWLF AVLFLLSNTHGSWSYLYLPFIPLVMILLVGTKLQVIITKMGLKIQERGEVVKGTPLVEP⑶HLFWFNSPRLILHIIH FVLFQNAFQLAFFAWTWYEFGLKSCFHDKMEDVVLRITMGVVIQILCSYVTLPLYALVTQMGSTMKPTIFNDRVANA IRKWHHAAKKHVKQSKHSVPTSAPGTPLHGMSPVHLLRHYHSELDMDSMQTLPRMSYAEREGPNESPSHHDTDDVPW SNQGQEEEISAHYQPNSVNNPPPGYGNQIQHEIQIHTKD 核苷酸序列: ATGGCAGCAGCTGGAAAGGAACGATCTTTGGAGCAAACGCCGACGTGGGCCGTTGCCGTTGTTTGTTTCATA TTGGTTTTGGTCTCCATCATCATCGAATATATCCTTCATTTGATCGGAAAGTGGTTGGAAAGGAAGAATAAAACGAG CTCTCTATGAAGCACTGGAAAAGATCAAAGCAGAGCTTATGTTATTGGGGTTCCTCTCGCTGCTGCTAACAGTAGGA CAAGGCCCCATTTCGGACATTTGCATATCGAAGTCTGTTGGGGCTACTTGGCATCCATGTAGTAAGAAGCAAGAGCC AGTCTATGCAAAGGAGGACGGAGAGAGCACTAGTTCAGAATCCGATGATGACAGCGGCCGTAGAAGGCTACTATCCG TGGTTCTATCGAGTTCCGGCAAGAATGCCCGACGTGTTTTGGCCGCAGCCGGATATGACAAATGCGGTGCCAAGGGA AAAGTTCCATTTGTGTCATTTTATGGAATTCACCAGCTTCATATACTCATCTTCGTGCTAGCCGTATCCCATGTGCT TTACTGCATAATAACACTGGTTTTGGGCAGAGCTAAGATGAGGAAGTGGAAAACATGGGAATTGGAAACCAGGACAG CAGACTACCAGTTCTCACATGACCCTGAAAGATTCCGATTTGCGAGAGACACATCGTTTGGGCGAAGGCACTTGAGC TTTTGGAGCCGGTCACCCATTTTGTTATGGATTGTTTGCTTCTTCAGACAGTTTGTTAGATCAGTGCCTAAGGTGGA TTACCTGACGCTACGCAATGGGTTCATCTTTGCACATTTGGCACCTCAGAGTCAAACTAAATTTGATTTCCAGAAGT ACATCAACAGATCAGTCGAAGAGGACTTCAAGGTTGTGGTGGGGATCAGCCCTGTTATCTGGTTATTCGCCGTATTG TTCCTGCTATCTAACACCCATGGCTCATGGTCCTATCTCTATCTACCTTTTATTCCCCTAGTGATGATCTTGTTAGT AGGGACAAAGCTACAGGTTATAATAACCAAGATGGGGCTTAAAATTCAAGAAAGAGGAGAAGTAGTTAAGGGTACCC CGCTTGTTGAGCCTGGTGACCATCTCTTCTGGTTCAACAGCCCTCGTCTCATTCTTCACATCATCCATTTTGTTCTC TTTCAGAATGCCTTTCAACTTGCTTTCTTTGCATGGACTTGGTACGAATTTGGGTTGAAGTCTTGCTTTCACGACAA GATGGAAGATGTGGTCTTAAGAATTACAATGGGGGTCGTCATACAAATACTATGCAGCTATGTAACTCTACCACTTT ATGCCTTAGTTACACAGATGGGTTCAACTATGAAGCCTACGATATTTAACGACAGAGTAGCAAATGCTATAAGAAAG TGGCACCACGCAGCAAAGAAGCATGTAAAACAGAGCAAGCATTCGGTTCCAACCAGTGCACCCGGCACTCCATTACA TGGCATGTCCCCGGTTCATCTTCTGCGGCACTATCATTCCGAACTGGACATGGATAGTATGCAAACATTGCCAAGGA TGTCATACGCTGAAAGAGAAGGTCCAAACGAGTCCCCATCTCACCACGACACCGACGATGTACCCTGGTCTAACCAG GGTCAGGAGGAAGAGATTAGTGCTCACTATCAACCTAACTCGGTGAACAATCCTCCACCTGGTTATGGAAACCAAAT TCAACACGAAATCCAAATTCACACAAAGGATTAG gene02764-vl. 〇-ab_initio 氨基酸序列: MAASTSGRSLEQTPTWAVAVVCFVLVLISIIIEHILELIGKWLKNKHKRALFEALEKVKSELMLLGFISLLL TVGQGPISNICISEKVGNTWHPCSKKQEVKIEEEEEVESPSRRLLAAFESGYGGGNVRRVLAAAGTDKCAAKGKVPF ISADGIHQLHIFIFVLAIFHVLYCILTMALGRAKVCFFRQFVRSVPKVDYLTLRHGFIMAHLAPQSHQQFNFQKYIN RSLEEDFKVVVGISPPIWCFAVIFLLFNTHGWYSYLffLPFIPLIIILLVGTKLQVIITKMGLRIQERGEVVKGTPVV QP⑶DLFWFNRPRLILYLINFVLFQNAFQLAFFAWSWYEFSLKSCFHEHIEDIIIRVSMGVLIQILCSYVTLPLYAL VTQMGSTMKPTIFNERVATALRKWHHTAKKHIKQNKGSVTPMSSRPGTPSHHASPIHLLRHYRSEVDSFHTSPRRSN FDVEQRYETDSPSPSHHLHIDGSFSHQHQHQVELGNVEHDRMEVNEPNSGHATIRGSQSTREQHEINIGPPKDFSFD KRQAASSSYNMPLVFRLTDPNSMSESEAMVIVEGLLGKLARRCYAVLCLGVPVVSVTVAHFIKGTMDLPEEPTQPRE RSKRRLRALQGQLFVPIESSY 核苷酸序列: ATGGCGGCATCA
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