大豆胞囊線蟲抗性相關(guān)Map-5053SNP標(biāo)記的基因型檢測方法及應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明涉及生物技術(shù)領(lǐng)域，尤其涉及大豆胞囊線蟲抗性相關(guān)Map-5053SNP標(biāo)記的 基因型檢測方法及應(yīng)用。
【背景技術(shù)】
[0002] 大豆胞囊線蟲（Soybean Cyst Nematode，SCN)具有分布廣，危害重，傳播途徑多， 寄主范圍廣，存活時間久等特點，是一種極難防治的土傳病害，其發(fā)生可對大豆生產(chǎn)造成毀 滅性打擊，目前，該病害具有蔓延及日趨加重的趨勢，已經(jīng)嚴重制約了大豆生產(chǎn)。實踐證明， 培育和種植抗病品種是防治病害的最有效途徑。由于SCN抗性基因在遺傳上的復(fù)雜性和大 豆胞囊線蟲生理小種的多樣性，利用傳統(tǒng)抗病表型鑒定和育種方法培育抗大豆胞囊線蟲病 的品種不但需要花費很長的時間，而且難于成功，已經(jīng)不能夠滿足當(dāng)前抗線育種的發(fā)展。隨 著分子標(biāo)記的開發(fā)和使用，分子標(biāo)記輔助選擇（Molecular marker-assisted selection， MAS)成為可以節(jié)約人力、物力和加速育種進程的有效方法（Cregan et al. 1999)。MAS的 最大優(yōu)點是在不需要評估表型特征的情況下，通過確認是否帶有目標(biāo)基因而鑒定出抗性植 株。
[0003] 經(jīng)典遺傳分析表明，大豆胞囊線蟲的抗性是受多個位點控制的數(shù)量性狀，其 中Rhg4是主效的抗病基因，已被克?。↙iu et al. Nature, 2012)。從該抗病區(qū)間內(nèi)發(fā) 掘抗病分子標(biāo)記可為MAS提供有效的標(biāo)記資源，滿足育種需要。關(guān)聯(lián)分析，又稱關(guān)聯(lián)作 圖（Association Mapping)，是一種以 LD (Linkage Disequlibrium)分析為基礎(chǔ)，直接對 基因型變異和表型變異進行分析，從而把那些與性狀有關(guān)聯(lián)的基因鑒定出來（Khush et al. 2001)，關(guān)聯(lián)分析方法已成為發(fā)掘與表型相關(guān)分子標(biāo)記的強有力工具。新型分子標(biāo)記一 SNP因為具有在基因組中數(shù)量多、分布廣泛、可高通量檢測等優(yōu)點而在近年廣泛用于鑒定多 基因控制的復(fù)雜性狀。隨著SNP標(biāo)記數(shù)量的不斷增多，高通量的SNP分型平臺不斷推出， 包括 BeadArray (Illumina)，GenomeLab SNP stream (Beckman)和 MegAllele (Affymetrix) 等，其中Illumina公司的BeadArray芯片鑒定技術(shù)具有高效、高通量、成本低、準(zhǔn)確性好等 優(yōu)點，適合位點數(shù)從幾十到幾千的中等通量基因分型研宄，實驗成功率>99%，是理想的中 等通量基因分型檢測的解決方案，目前已被廣泛用于人類、擬南芥、水稻等物種的SNP分 型。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0004] 本發(fā)明的一個目的是提供檢測大豆基因組中Map-5053SNP位點的多態(tài)性或基因 型的物質(zhì)的用途。
[0005] 本發(fā)明提供的檢測大豆基因組中Map_5053SNP位點的多態(tài)性或基因型的物質(zhì)在 鑒定或輔助鑒定大豆對大豆胞囊線蟲3號生理小種抗性中的應(yīng)用。
[0006] 所述檢測Map-5053SNP位點的多態(tài)性（即等位基因）或基因型具體可為檢測 Map-5053SNP位點的核苷酸種類。
[0007] 本發(fā)明另一個目的是提供檢測大豆基因組中Map_5053SNP位點的多態(tài)性或基因 型的物質(zhì)的另一個用途。
[0008] 本發(fā)明提供了檢測大豆基因組中Map_5053SNP位點的多態(tài)性或基因型的物質(zhì)在 制備鑒定或輔助鑒定大豆對大豆胞囊線蟲3號生理小種抗性產(chǎn)品中的應(yīng)用。
[0009] 本發(fā)明第三個目的是提供檢測大豆基因組中Map-5053SNP位點的多態(tài)性或基因 型的物質(zhì)的第三個用途。
[0010] 本發(fā)明提供的檢測大豆基因組中Map-5053SNP位點的多態(tài)性或基因型的物質(zhì)在 鑒定或輔助鑒定抗病大豆中的應(yīng)用；所述病為由大豆胞囊線蟲3號生理小種引發(fā)的?。?br>[0011] 或檢測大豆基因組中Map-5053SNP位點的多態(tài)性或基因型的物質(zhì)在制備鑒定或 輔助鑒定抗病大豆產(chǎn)品中的應(yīng)用；所述病為由大豆胞囊線蟲3號生理小種引發(fā)的病。
[0012] 本發(fā)明第四個目的是提供檢測大豆基因組中Map_5053SNP位點的多態(tài)性或基因 型的物質(zhì)的第四個用途。
[0013] 本發(fā)明提供了檢測大豆基因組中Map-5053SNP位點的多態(tài)性或基因型的物質(zhì)在 鑒定或輔助鑒定與大豆胞囊線蟲3號生理小種抗性相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性中的應(yīng)用；
[0014] 或檢測大豆基因組中Map_5053SNP位點的多態(tài)性或基因型的物質(zhì)在制備鑒定或 輔助鑒定與大豆胞囊線蟲3號生理小種抗性相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性產(chǎn)品中的應(yīng)用。
[0015] 本發(fā)明第五個目的是提供檢測大豆基因組中Map-5053SNP位點的多態(tài)性或基因 型的物質(zhì)的第五個用途。
[0016] 本發(fā)明提供了檢測大豆基因組中Map-5053SNP位點的多態(tài)性或基因型的物質(zhì)在 篩選或輔助篩選抗病大豆中的應(yīng)用；所述病為由大豆胞囊線蟲3號生理小種引發(fā)的??；
[0017] 或檢測大豆基因組中Map_5053SNP位點的多態(tài)性或基因型的物質(zhì)在制備篩選或 輔助篩選抗病大豆產(chǎn)品中的應(yīng)用；所述病為由大豆胞囊線蟲3號生理小種引發(fā)的病。
[0018] 上述應(yīng)用中，所述大豆基因組中Map-5053SNP位點基因型為AA或CC ;
[0019] 所述Map-5053SNP位點位于大豆基因組第8條染色體的Glyma. 08gl07800基因的 第748位；所述Glyma. 08gl07800基因的核苷酸序列為序列1。
[0020] 本發(fā)明的第六個目的是提供一種鑒定或輔助鑒定大豆對大豆胞囊線蟲3號生理 小種抗性的方法。
[0021] 本發(fā)明提供的方法，包括如下步驟：檢測待測大豆基因組Map-5053SNP位點基因 型，若所述待測大豆基因組Map-5053SNP位點基因型為AA，則所述待測大豆為或候選為抗 病品種；若所述待測大豆基因組Map-5053SNP位點基因型為CC，則所述待測大豆不為或候 選不為抗病品種；所述病為由大豆胞囊線蟲3號生理小種引發(fā)的?。?br>[0022] 所述檢測待測大豆基因組Map_5053SNP位點基因型采用下述固定用于檢測 Map-5053SNP位點的探針組的SNP基因型芯片檢測。
[0023] 所述檢測大豆基因組中Map_5053SNP位點的多態(tài)性或基因型的物質(zhì)包括 Map-5053SNP固定用于檢測Map-5053SNP位點的探針組的SNP基因型芯片；
[0024] 所述探針組由序列表中序列1所示的單鏈DNA分子、序列表中序列2所示的單鏈 DNA分子和序列表中序列3所不的單鏈DNA分子組成。
[0025] 本發(fā)明第六個目的是提供檢測大豆基因組中Map_5053SNP位點的多態(tài)性或基因 型的物質(zhì)。
[0026] 本發(fā)明提供的檢測大豆基因組中Map_5053SNP位點的多態(tài)性或基因型的物質(zhì)，為 a)_d)中的任一種廣品：
[0027