Csrp2在作為評(píng)估成人b-all患者預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)標(biāo)記物中的應(yīng)用
【專利摘要】本發(fā)明公開(kāi)了CSRP2在作為評(píng)估成人B?ALL患者預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)標(biāo)記物中的應(yīng)用。本發(fā)明所提供的應(yīng)用具體為用于檢測(cè)編碼CSRP2蛋白的mRNA的檢測(cè)物在制備用于B系急性淋巴細(xì)胞白血病患者預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的產(chǎn)品或評(píng)估B系急性淋巴細(xì)胞白血病患者預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)中的應(yīng)用。本發(fā)明實(shí)驗(yàn)結(jié)果證明，CSRP2低表達(dá)可能是成人B?ALL患者OS、EFS和RFS的獨(dú)立危險(xiǎn)因素，可能在B?ALL的分層診斷和預(yù)后評(píng)估中發(fā)揮重要作用。
【專利說(shuō)明】
GSRP2在作為評(píng)估成人B-ALL患者預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)標(biāo)記物中的應(yīng)用
技術(shù)領(lǐng)域
[0001]本發(fā)明屬于生物醫(yī)藥領(lǐng)域，涉及CSRP2在作為評(píng)估成人B-ALL患者預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)標(biāo)記物 中的應(yīng)用。
【背景技術(shù)】
[0002] B系急性淋巴細(xì)胞白血病(acute lymphoblastic leukemia,ALL)是成人最常見(jiàn)的 ALL類型，危險(xiǎn)分層和治療方式的進(jìn)步顯著改善了患者的預(yù)后，但成人B-ALL復(fù)發(fā)率高，總體 預(yù)后仍較差，長(zhǎng)期生存僅為30%_40%。目前的危險(xiǎn)度分層根據(jù)年齡，初診白細(xì)胞計(jì)數(shù)，染色 體核型，中樞神經(jīng)系統(tǒng)受累以及對(duì)初始治療的反應(yīng)等將患者分為標(biāo)危和高危[Burke PW， Douer D.Acute lymphoblastic leukemia in adolescents and young adults.Acta Haemato 1.2014;132:264-73.]。但值得注意的是，標(biāo)?；颊咧腥杂胁糠只颊邚?fù)發(fā)，提示目前 的危險(xiǎn)度分層仍有待精準(zhǔn)化，因此新的預(yù)后相關(guān)分子標(biāo)記物的發(fā)現(xiàn)和驗(yàn)證對(duì)于更精確的危 險(xiǎn)度分層十分必要，且可能提供治療靶點(diǎn)。
[0003] 半脫氨酸和甘氨酸富集蛋白2(cysteine and glycine rich protein 2，CSRP2) 是CSRP2基因家族成員之一，參與調(diào)節(jié)生長(zhǎng)發(fā)育和細(xì)胞分化，可能在腫瘤發(fā)生中有一定作 用。已有報(bào)道CSRP2在乳腺癌中上調(diào)，促進(jìn)乳腺癌侵襲和轉(zhuǎn)移[Hof fmann C，Mao X，Dieterle M,Moreau F,A1 Absi A,Steinmetz A,0udin A,Berchem G,Janji B,Thomas C.CRP2,a new invadopodia actin bundling factor critically promotes breast cancer cell invasion and metastasis.0ncotarget.2016Mar 22；7(12):13688-705.]〇

【發(fā)明內(nèi)容】

[0004] 本發(fā)明的一個(gè)目的是提供一種CSRP2mRNA的新用途。
[0005] 本發(fā)明所提供的新用途具體為用于檢測(cè)編碼CSRP2蛋白的mRNA的檢測(cè)物在如下 (A)或(B)中的應(yīng)用：
[0006] (A)制備用于B系急性淋巴細(xì)胞白血病患者預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的產(chǎn)品；
[0007] (B)評(píng)估B系急性淋巴細(xì)胞白血病患者預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)。
[0008] 本發(fā)明還提供了一種用于評(píng)估B系急性淋巴細(xì)胞白血病患者預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)的產(chǎn)品，含 有用于檢測(cè)編碼CSRP2蛋白的mRNA的檢測(cè)物。
[0009] 根據(jù)需要，所述產(chǎn)品還可包含數(shù)據(jù)處理裝置1;所述數(shù)據(jù)處理裝置1內(nèi)設(shè)模塊1;所 述模塊1具有如下(al)和(a2)所示的功能：（al)以由若干名未采取任何治療措施的B系急性 淋巴細(xì)胞白血病患者組成的待測(cè)群體的離體骨髓為標(biāo)本，測(cè)定每份標(biāo)本中所述mRNA的表達(dá) 量，然后按照所述mRNA的表達(dá)量由低到高的順序?qū)⑺龃郎y(cè)群體進(jìn)行排列并四等分，將表 達(dá)量最低的1/4所述待測(cè)群體作為CSRP2低表達(dá)組，將其余3/4所述待測(cè)群體作為CSRP2高表 達(dá)組；（a2)按照如下標(biāo)準(zhǔn)確定來(lái)自于所述待測(cè)群體的待測(cè)者的預(yù)后風(fēng)險(xiǎn):來(lái)自于所述CSRP2 低表達(dá)組中的待測(cè)者的預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)高于或候選高于來(lái)自于所述CSRP2高表達(dá)組中的待測(cè)者。
[0010] 在本發(fā)明中，所述檢測(cè)物可為任何能夠?qū)崿F(xiàn)對(duì)所述mRNA進(jìn)行定量檢測(cè)的試劑和/ 或儀器。具體可選自如下中任一種：用于檢測(cè)所述mRNA的特異性擴(kuò)增引物和/或探針。對(duì)所 述mRNA進(jìn)行定量檢測(cè)包括但不限于：設(shè)計(jì)CSRP2的PCR引物使用逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)(RT-PCR)方法檢測(cè)CSRP2的mRNA。
[0011] 在本發(fā)明中，所述檢測(cè)物具體為由序列表中序列1和序列2所示的兩條單鏈DNA組 成的引物對(duì)，和/或由序列表中序列3所示的單鏈探針;所述單鏈探針的5'端標(biāo)記有熒光報(bào) 告基團(tuán)（如FAM)，3'端標(biāo)記有熒光猝滅基團(tuán)（如BHQ)。
[0012] 根據(jù)需要，所述產(chǎn)品中還可含有用于檢測(cè)IKZF1基因是否缺失的物質(zhì)。
[0013] 其中，這里的IKZF1基因缺失具體有如下幾種情況：IKZF1基因的編碼蛋白缺失第 4-7個(gè)外顯子、缺失第4-8個(gè)外顯子、缺失第2-7個(gè)外顯子和缺失第2-8個(gè)外顯子。所述的 IKZF1基因缺失可為如上情況中的任一種。
[0014] 在本發(fā)明中，所述用于檢測(cè)IKZF1基因是否缺失的物質(zhì)具體為實(shí)施例1表1中所示 的 "IKZF1 Δ 4-7，Δ 4-8，Δ 2-7和 Δ 2-8缺失引物和TaqMan探針"。
[0015] 進(jìn)一步，所述IKZF1基因的GenBank登錄號(hào)為NC_000007 · 14的第50303453-50405101 位。
[0016]相應(yīng)的，所述產(chǎn)品還可包含數(shù)據(jù)處理裝置2;所述數(shù)據(jù)處理裝置2內(nèi)設(shè)模塊2;所述 模塊2具有如下(bl)和(b2)所示的功能：（bl)以由若干名未采取任何治療措施的B系急性淋 巴細(xì)胞白血病患者組成的待測(cè)群體的離體骨髓為標(biāo)本，測(cè)定每份標(biāo)本中所述IKZF1基因是 否缺失，然后將所述待測(cè)群體分為IKZF1基因正常組和IKZF1基因缺失組;之后按照前文所 述(al)再將所述待測(cè)群體分為CSRP2低表達(dá)組和CSRP2高表達(dá)組；（b2)按照如下標(biāo)準(zhǔn)確定來(lái) 自于所述待測(cè)群體的待測(cè)者的預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)：在所述IKZF1基因正常組中，來(lái)自于所述CSRP2低 表達(dá)組中的待測(cè)者的預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)高于或候選高于來(lái)自于所述CSRP2高表達(dá)組中的待測(cè)者;在 所述IKZF1基因缺失組中，來(lái)自于所述CSRP2低表達(dá)組中的待測(cè)者的預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)不高于或候選 不高于來(lái)自于所述CSRP2高表達(dá)組中的待測(cè)者。
[0017]所述"用于檢測(cè)編碼CSRP2蛋白的mRNA的檢測(cè)物"以及所述數(shù)據(jù)處理裝置1在制備 用于B系急性淋巴細(xì)胞白血病患者預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的產(chǎn)品或評(píng)估B系急性淋巴細(xì)胞白血病患 者預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)中的應(yīng)用也屬于本發(fā)明的保護(hù)范圍。
[0018] 所述"用于檢測(cè)編碼CSRP2蛋白的mRNA的檢測(cè)物"、所述"用于檢測(cè)IKZF1基因是否 缺失的物質(zhì)"以及所述數(shù)據(jù)處理裝置2在制備用于B系急性淋巴細(xì)胞白血病患者預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)評(píng) 估的產(chǎn)品或評(píng)估B系急性淋巴細(xì)胞白血病患者預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)中的應(yīng)用也屬于本發(fā)明的保護(hù)范 圍。
[0019] 在本發(fā)明中，所述預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)為經(jīng)過(guò)實(shí)施例1中相應(yīng)治療后的預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)。所述預(yù)后風(fēng) 險(xiǎn)的高低具體可體現(xiàn)為如下指標(biāo)中的全部或部分:總生存率(0S)，無(wú)復(fù)發(fā)生存率(RFS)和無(wú) 事件生存率(EFS)。
[0020]若所述總生存率(0S)越低，和/或所述無(wú)復(fù)發(fā)生存率(RFS)越低，和/或所述無(wú)事件 生存率(EFS)越低，則所述預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)越高;若所述總生存率(0S)越高，和/或所述無(wú)復(fù)發(fā)生存 率(RFS)越高，和/或所述無(wú)事件生存率(EFS)越高，則所述預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)越低。
[0021]所述產(chǎn)品中還可包含記載有如下內(nèi)容中的全部或部分的可讀性載體：（1)采集待 測(cè)者與健康對(duì)照者的骨髓標(biāo)本，并測(cè)定其中所述mRNA的表達(dá)量，若所述待測(cè)者的骨髓標(biāo)本 中所述mRNA的表達(dá)量顯著高于健康對(duì)照者的骨髓標(biāo)本中所述mRNA的表達(dá)量，則所述待測(cè)者 為或候選為B系急性淋巴細(xì)胞白血病患者;反之，則所述待測(cè)者不為或候選不為B系急性淋 巴細(xì)胞白血病患者。（2)所述CSRP2低表達(dá)組的pre-B-ALL比例顯著高于所述CSRP2高表達(dá) 組。（3)所述CSRP2低表達(dá)組的IKZF1缺失陽(yáng)性率顯著低于所述CSRP2高表達(dá)組。（4)MLL重排 僅出現(xiàn)在所述CSRP2高表達(dá)組，而在所述CSRP2低表達(dá)組中未出現(xiàn)。（5)單因素分析，所述 CSRP2低表達(dá)組的所述總生存率(0S)顯著低于所述CSRP2高表達(dá)組，但是所述CSRP2低表達(dá) 組的所述無(wú)復(fù)發(fā)生存率(RFS)和無(wú)事件生存率(EFS)均與所述CSRP2高表達(dá)組無(wú)顯著差異。 (6)納入CSRP2表達(dá)水平、年齡（多vs.〈35歲）（按照年齡對(duì)患者進(jìn)行分組，分為大于等于35歲 或小于35歲）、性別、白細(xì)胞計(jì)數(shù)（彡vs.〈30 X 109/L)(按照初診時(shí)白細(xì)胞計(jì)數(shù)對(duì)患者進(jìn)行分 組，分為大于等于30 X 109/L或小于30 X 109/L)、BCR-ABL1、MLL重排、IKZF1缺失和治療方式 (是否移植)預(yù)后相關(guān)因素，多因素分析顯示所述CSRP2低表達(dá)組的所述總生存率(OS)、所述 無(wú)復(fù)發(fā)生存率(RFS)和無(wú)事件生存率(EFS)均顯著高于所述CSRP2高表達(dá)組。（7)納入CSRP2 表達(dá)水平、MLL重排、BCR-ABL1及治療方式共4項(xiàng)因素，在所述IKZF1基因正常組中，所述 CSRP2低表達(dá)組的所述總生存率(OS)、所述無(wú)復(fù)發(fā)生存率(RFS)和無(wú)事件生存率(EFS)均顯 著高于所述CSRP2高表達(dá)組。
[0022]在本發(fā)明中，所述B系急性淋巴細(xì)胞白血病患者為14歲以上的B系急性淋巴細(xì)胞白 血病患者。
[0023]在本發(fā)明中，所述CSRP2蛋白為序列表中序列4所示蛋白質(zhì)。編碼所述CSRP2蛋白的 mRNA的序列為序列表中序列5。
[0024] 本研究首次研究CSRP2基因?qū)Τ扇薆-ALL預(yù)后的影響，并發(fā)現(xiàn)CSRP2低表達(dá)是成人 B-ALL患者0S、EFS和RFS的獨(dú)立危險(xiǎn)因素，且其對(duì)預(yù)后的影響在IKZF1陰性的患者中更為顯 著。本發(fā)明可能在B-ALL的分層診斷和預(yù)后評(píng)估中發(fā)揮重要作用。
【附圖說(shuō)明】
[0025] 圖1為CSRP2低表達(dá)組及CSRP2高表達(dá)組預(yù)計(jì)3年0S、EFS和RFS的比較分析，以及多 因素分析CSRP2低表達(dá)對(duì)0S、EFS和RFS的影響。其中，A-C分別為CSRP2低表達(dá)組及CSRP2高表 達(dá)組預(yù)計(jì)3年0S、EFS和RFS的比較分析;D-F分別為多因素分析CSRP2低表達(dá)對(duì)0S、EFS和RFS 的影響。
[0026] 圖2為IKZF1正常組中CSRP2低表達(dá)組和CSRP2高表達(dá)組預(yù)計(jì)3年0S、EFS和RFS的比 較分析，以及IKZF1缺失組中CSRP2低表達(dá)組和CSRP2高表達(dá)組預(yù)計(jì)3年0S、EFS和RFS的比較 分析。其中，A-C分別為IKZF1正常組中CSRP2低表達(dá)組和CSRP2高表達(dá)組預(yù)計(jì)3年0S、EFS和 RFS的比較分析;D-F分別為IKZF1缺失組中CSRP2低表達(dá)組和CSRP2高表達(dá)組預(yù)計(jì)3年0S、EFS 和RFS的比較分析。
[0027] 圖3為針對(duì)44例IKZF1正常組患者，建立cox回歸模型，納入CSRP2表達(dá)水平、MLL重 排、BCR-ABL1及治療方式共4項(xiàng)因素，多因素分析IKZF1正常組中CSRP2低表達(dá)對(duì)0S、EFS和 RFS的影響。其中，A-C分別表示0S、EFS和RFS。
【具體實(shí)施方式】
[0028] 下述實(shí)施例中所使用的實(shí)驗(yàn)方法如無(wú)特殊說(shuō)明，均為常規(guī)方法。
[0029] 下述實(shí)施例中所用的材料、試劑等，如無(wú)特殊說(shuō)明，均可從商業(yè)途徑得到。
[0030]實(shí)施例1、CSRP2低表達(dá)一成人B系急性淋巴細(xì)胞白血病潛在的獨(dú)立危險(xiǎn)因素 [0031] 一、研究對(duì)象與方法 [0032](一)研究對(duì)象
[0033] 1、入組標(biāo)準(zhǔn)
[0034] 收集2008年12月至2015年9月北京大學(xué)人民醫(yī)院初診為B-ALL的83例患者作為研 究組。入選標(biāo)準(zhǔn):①年齡多14歲；②符合B-ALL標(biāo)準(zhǔn)診斷（參照WHO關(guān)于前體B和T細(xì)胞腫瘤分 類標(biāo)準(zhǔn)）；③均為初診，未進(jìn)行任何相關(guān)治療。另選擇43例造血干細(xì)胞移植健康供者作為對(duì) 照組，入選標(biāo)準(zhǔn):①年齡多14歲；②經(jīng)檢查排除血液系統(tǒng)疾病。本研究經(jīng)我院倫理委員會(huì)批 準(zhǔn)?；颊呋蚧颊弑O(jiān)護(hù)人(若患者年齡〈18歲）均簽署知情同意書(shū)。
[0035] 2、診斷、危險(xiǎn)度分層和治療反應(yīng)
[0036] 骨髓穿刺和活檢的細(xì)胞形態(tài)學(xué)分析根據(jù)WHO分類標(biāo)準(zhǔn)，同時(shí)結(jié)合細(xì)胞化學(xué)方法，采 用流式細(xì)胞術(shù)常規(guī)檢測(cè)免疫表型，應(yīng)用實(shí)時(shí)熒光定量PCR方法檢測(cè)ALL相關(guān)融合基因。Pro-B-ALL 定義為 CD10-，0)19+，(^0793+，(^022+以及了(11'+;?代-8-厶1^定義為胞漿4 +，818-，〇010 +/-;Com-B-ALL定義為CD10，CD19，CD22和CD79a表達(dá)以及表面Ig-[Bassan R，Gatta G, Tondini C,ffillemze R.Adult acute lymphoblastic leukaemia.Crit Rev Oncol Hemato 1.2004;50:223-61·和J.Jaso,D.A.Thomas ,K·Cunningham,J.L.Jorgensen, H.M.Kantarjian,L.J.Medeiros,et al·, Prognostic significance of immunophenotypic and karyotypicfeatures of Philadelphia positive B_ lymphoblastic leukemia in the era oftyrosine kinase inhibitors,Cancer 117 (2011)4009-4017.]。有任何以下任何一種異常定義為高危：1、低倍體;2、t(v;llq23)或MLL 重排；3、t(9;ll)或BCR-ABL基因突變；4、復(fù)雜核型。無(wú)以上異常則定義為標(biāo)危 [J.C.Alvarnas,P.A.Brown,P.Aoun,K.K.Ballen,N.Bellam,ff.Blum,et a 1., Acutelymphoblastic leukemia,J.Natl.Compr.Canc.Netw.JNCCN 10(2012)858-914.]。完 全緩解(CR)定義為骨髓原始淋巴細(xì)胞〈5%，中性粒細(xì)胞>1.0X109/L，血細(xì)胞>100X 109/L， 無(wú)髓外復(fù)發(fā)，持續(xù)4周以上;復(fù)發(fā)定義為完全緩解的患者出現(xiàn)骨髓原始細(xì)胞>5%或髓外白血 ^[J.C.Alvarnas,P.A.Brown,P.Aoun,K.K.Ballen,N.Bellam,ff.Blum,et al., Acutelymphoblastic leukemia,J.Natl.Compr.Canc.Netw.JNCCN 10(2012)858-914.]〇
[0037] 3、治療方案
[0038] 所有患者接受誘導(dǎo)化療，若患者達(dá)完全緩解，給予鞏固治療2療程;2療程鞏固化療 后，部分患者再進(jìn)行0-2療程鞏固化療后行造血干細(xì)胞移植;未移植的患者繼續(xù)接受鞏固治 療1到1.5年，后繼續(xù)進(jìn)行維持化療至少1年。誘導(dǎo)化療方案包括VDCLP(長(zhǎng)春新堿1.5mg/m 2/ d，dl，8，15，22，即在治療第1，8，15，22天給予4次;柔紅霉素45mg/m2/d，dl-3和dl5-17;環(huán)磷 酰胺800mg/m 2/d，dl和dl5 ;潑尼松60mg/m2/d，dl-19;左旋門(mén)冬酰胺酶 10，000U/m2/d，dl9-28)。鞏固治療方案包括hyper-CVAD(B)(甲氨蝶呤lg/m2/d，dl;和阿糖胞苷6g/m 2/d，d2-7); hyper-CVAD (A)(環(huán)磷酰胺600mg/m2/d，d 1-3;柔紅霉素 50mg/m2/d，d4-5;長(zhǎng)春新堿 2mg/m2/d， d4;地塞米松40mg/d，dl-4和dl 1-14);甲氨蝶呤和左旋門(mén)冬酰胺酶（甲氨蝶呤lg/m2/d，dl; 左旋門(mén)冬酰胺酶10，〇〇〇U/m 2/d，d2-8)或CAM(環(huán)磷酰胺800mg/m2/d，dl;阿糖胞苷100/m2/d， dl-7; 6-巰基嘌呤75mg/m2/d 口服，dl-7)交替應(yīng)用。維持治療包括6-巰基嘌呤50mg/m2/d 口 月艮，每天1次和甲氨蝶呤MTX 20mg/m2/d口服，每周1次。中樞神經(jīng)系統(tǒng)白血病預(yù)防：患者在誘 導(dǎo)和鞏固化療期間接受8~10次三聯(lián)藥物（甲氨蝶呤、阿糖胞苷和地塞米松)鞘內(nèi)注射[Yan CH，Jiang Q,ffang J, Xu LP , Liu DH，Jiang H, Chen H, Zhang XH, Liu KY, Huang XJ.Superior survival of unmanipulated haploidentical hematopoietic stem cell transplantation compared with chemotherapy alone used as post-remission therapy in adults with standard-risk acute lymphoblastic leukemia in first complete remission.Biol Blood Marrow Transplant.2014Sep;20(9):1314-21.]D46例 (53%)患者接受異基因造血干細(xì)胞移植，17例（37% )HLA全相合，29例（63% )HLA半相合（1 個(gè)HLA抗原不合1例，2個(gè)HLA抗原不合7例，3個(gè)HLA抗原不合21例KHLA全合移植患者，預(yù)處理 方案包括:阿糖胞苷(Ara-C)，環(huán)磷酰胺(CTX)，白舒菲(BU)以及甲環(huán)己亞硝脲(MeCCNUh對(duì) HLA不合/單倍體移植患者，預(yù)處理方案加用抗人胸腺球蛋白（ATG)。所有供者均接受rhG-CSF 5yg/(kg · d)，連續(xù)皮下注射5~6天。第4天采集骨髓，有核細(xì)胞要求達(dá)3~4X108/kg; 第5~6天應(yīng)用C0BE血細(xì)胞分離機(jī)采集外周血干細(xì)胞，循環(huán)總量約10L，總單個(gè)核細(xì)胞達(dá)3~4 X108/kg;所有采集物根據(jù)供受者AB0血型相合程度進(jìn)行必要的去紅和/或去漿處理后立即 回輸給患者。移植物抗宿主病預(yù)防采用環(huán)孢素，驍悉和短程環(huán)磷酰胺聯(lián)合方案[Huang XJ， Liu DH,Liu KY,Xu LP,Chen H,Han W,Chen YH,Zhang XH,Lu DP.Treatment of acute leukemia with unmanipulated HLA-mismatched/haploidentical blood and bone marrow transplantation.Biol Blood Marrow Transplant·2009Feb;15(2):257-65·]〇
[0039] 4、評(píng)價(jià)終點(diǎn)
[0040] 總生存(OS)定義為從CR1開(kāi)始至死亡的時(shí)間。無(wú)事件生存(EFS)定義為從CR1開(kāi)始 至第1次復(fù)發(fā)或死亡的時(shí)間。無(wú)復(fù)發(fā)生存(RFS)定義為從CR1開(kāi)始至第1次復(fù)發(fā)的時(shí)間。觀察 截止時(shí)間為2016年6月1日。
[00411 (二)研究方法 [0042] 1、標(biāo)本采集
[0043] B-ALL患者治療前，對(duì)照組供者動(dòng)員前，采集骨髓4ml，加入EDTA抗凝，應(yīng)用密度梯 度離心法提取單個(gè)核細(xì)胞。
[0044] 2、CSRP2表達(dá)量測(cè)定
[0045] CSRP2蛋白的氨基酸序列如序列表中序列4所示。所述編碼CSRP2蛋白的mRNA的序 列為序列表中序列5。
[0046]將骨髓標(biāo)本加入Fi co 11-Hypaque淋巴細(xì)胞分離液，梯度離心，分離出單個(gè)核細(xì)胞。 采用美國(guó)Invitrogen公司TRIzol提取單個(gè)核細(xì)胞總RNA，Nanodrop100 0檢測(cè)總RNA的濃度和 純度，已制備的總RNA置于-80°C保存?zhèn)溆?。使用Applied Biosystems公司的cDNA逆轉(zhuǎn)錄試 劑盒進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄。應(yīng)用Primer Express 2.0軟件設(shè)計(jì)CSRP2引物和探針如下：
[0050] ABLl(GenBank:NM_005157)作為內(nèi)參對(duì)照，擴(kuò)增內(nèi)參ABL1的引物和探針序列如下：
[0054] 使用PCR Master Mix試劑盒配置10μ1 PCR反應(yīng)體系如下：5ullxTaqMan?: Universal PCR Master Mix;400nM引物；250nM熒光探針；150-500ng cDNA。使用ABI PRISM?7500 FAST RT-PCR儀進(jìn)行PCR分析，循環(huán)體系為：50°C2min，95°ClOmin，然后95°C 15&50°(：11^11進(jìn)行50個(gè)循環(huán)。應(yīng)用標(biāo)準(zhǔn)曲線計(jì)算051^2和八81的表達(dá)量。系列稀釋表達(dá)八81的 質(zhì)粒（參見(jiàn)"Gabert J，Beillard E，van der Velden VH，Bi W，Grimwade D，Pallisgaard N，et al .Standardization and quality control studies of "real-time'， quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction of fusion gene transcripts for residual disease detection in leukemia-a Europe Against Cancer program. Leukemia · 2003; 17:2318-2357" 一文中的 "ABL plasmid"）（ 106、105、104、 10^10^101和10°拷貝/μL)，建立標(biāo)準(zhǔn)曲線。ct值和質(zhì)粒拷貝數(shù)的對(duì)數(shù)間呈線性相關(guān)，相關(guān) 系數(shù)>0.99。標(biāo)準(zhǔn)曲線顯示ABL和CSRP2擴(kuò)增效率相似，斜率分別為-3.50和-3.49。擴(kuò)增曲線 閾值設(shè)置為〇. 082XSRP2在陽(yáng)性骨髓標(biāo)本的檢測(cè)敏感性為10-5。
[0055] BCR-ABL1，MLL_AF4的檢測(cè)方式如前所述[Gabert J，Beillard E，van der Velden VH，Bi W，Grimwade D，Pallisgaard N，Barbany G，Cazzaniga G，Cayuela JM，CaveH，Pane F，Aerts JL，De Micheli D，Thirion X,Pradel V，Gonzalez M,Viehmann S，Malec M， Saglio G,van Dongen JJ.Standardization and quality control studies of 'real-time 'quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction of fusion gene transcripts for residual disease detection in leukemia-a Europe Against Cancer program.Leukemia.2003Dec;17(12):2318-57. ]〇
[0056] WT1 的檢測(cè)方式如前所述[Qin YZ，Wang Y，Zhu HH，Gale RP，Zhang MJ Jiang Q， Jiang H,Xu LP,Chen H，Zhang XH，Liu YR，Lai YY,Jiang B,Liu KY，Huang XJ.Low WT1transcript levels at diagnosis predicted poor outcomes of acute myeloid leukemia patients with t(8；21)who received chemotherapy or allogeneic hematopoietic stem cell transplantation.Chin J Cancer.2016May 19;35(1):46·]〇
[0057] IKZF1 缺失的檢測(cè)方式參照如前所述[Yao QM，Liu KY，Gale RP，Jiang B，Liu YR， Jiang Q,Jiang H，Zhang XH，Zhang MJ，Chen SS,Huang X-J,Xu LP*and Ruan GR* .Prognostic impact of IKZF1 deletion in adults with common B-cell acute lymphoblastic leukemia.BMC Cancer.2016；16(269):D0I 10.1186/sl2885-016-2300-7 及Caye A，Beldjord K，Mass_Malo K , Drunat S , Soulier J , Gandemer V，et al.Breakpoint-specific multiplex PCR allows the detection of IKZF1 intragenic deletions and minimal residual disease monitoring in B-cell precursor acute lymphoblastic leukemia · Haematologica · 2013 ; 98: 597-601 ] D 具體而言，本發(fā)明檢測(cè) IKZF1缺失與否的方法如下：
[0058] (1)樣本來(lái)源
[0059]骨髓DNA樣本選自在北京大學(xué)人民醫(yī)院就診的初治成人普通B-ALL患者。診斷參照 2008年世界衛(wèi)生組織(WHO)造血與淋巴組織分類標(biāo)準(zhǔn)^本研究獲得北京大學(xué)人民醫(yī)院醫(yī)學(xué) 倫理會(huì)批準(zhǔn)，遵循赫爾辛基宣言。
[0060] (2)試劑和材料
[0061 ] DNAzol試劑盒：美國(guó)Invitrogen公司 D2XUniversal PCR Mastermix:北京天根生 物技術(shù)有限公司。焚光分子量標(biāo)準(zhǔn)(Gene ScanTM60.0UZ?Size Standard ν2·0):美國(guó)ABI 公司。高純度甲酰胺(Hi-DiTM Formamide):美國(guó)ABI公司。Fast Reaction Tubes:美國(guó)ABI 公司。NH4CI、NH4HCO3粉末:美國(guó)s i gma公司。
[0062] (3)主要儀器
[0063] 超低溫冰箱：日本Sanyo公司。超凈工作臺(tái)：北京半導(dǎo)體設(shè)備廠。低溫高速離心機(jī)： GS-15R型，美國(guó)Beckman公司。低速離心機(jī)：BFX5-320型，白洋離心機(jī)廠。移液器：德國(guó) Eppendorf公司。ND-1000分光光度計(jì)：美國(guó)NanoDrop公司。分析天平：上海天平儀器廠。ABI 3500基因分析儀:美國(guó)ABI公司。PCR擴(kuò)增儀:GeneAmp PCR System 9700型，美國(guó)ABI公司。定 量PCR儀:ABL7500FAST，美國(guó)Perkin Elmer Cetus公司。
[0064] (4)基因組DNA提取
[0065] 參照DNAzol試劑盒（Invitrogen公司）說(shuō)明書(shū)在無(wú)菌條件下提取基因組DNA，方法 為:抽取2-3ml骨髓液，置于乙二胺四乙酸(EDTA)抗凝管中抗凝，骨髓標(biāo)本應(yīng)用紅細(xì)胞裂解 液分離單個(gè)核細(xì)胞。
[0066]用生理鹽水洗滌分離出的單個(gè)核細(xì)胞2次。加入600μ1 DNAzol試劑，震蕩15秒后室 溫放置5分鐘。加入600μ1無(wú)水乙醇，充分混勻，12000rpm 4°C離心15分鐘后，去上清。加入 600μ1 80%的冷乙醇洗滌一次，室溫干燥。加適量的水溶解所提取DNA。經(jīng)ND-1000分光光度 計(jì)(NanoDrop科技有限責(zé)任公司）檢測(cè)濃度后(Α260:Α280比值均>1.8)。置于-80°C保存。 [0067] (5)擴(kuò)增IKZF1基因突變的引物及探針
[0068] IKZF1基因缺失具體有如下幾種情況：IKZF1基因的編碼蛋白缺失第4-7個(gè)外顯子， 或缺失第4-8個(gè)外顯子，或缺失第2-7個(gè)外顯子，或缺失第2-8個(gè)外顯子。其中，所述IKZF1基 因的GenBank登錄號(hào)為NC_000007.14的50303453-50405101位。擴(kuò)增IKZF1基因突變的引物 和探針及擴(kuò)增內(nèi)參的引物和探針序列具體如表1所示。
[0069] 表1擴(kuò)增IKZF1基因突變的引物及探針
[0071] 實(shí)時(shí)定量PCR利用ABI7500FAST PCR擴(kuò)增儀完成。PCR反應(yīng)體系為?ομL包括IX TaqMan Universal PCR Master mix 5μ1，900ηΜ引物，250ηΜ探針，ΙμL DNAjCR步驟：5(TC2 分鐘;95 °C 10分鐘;45個(gè)循環(huán)(95 °C 15秒鐘;60 °C 1分鐘）。
[0072] (6)IKZF1 Δ 4-7突變標(biāo)準(zhǔn)質(zhì)粒的構(gòu)建
[0073] IKZF1 擴(kuò)增體系（50μ1):25μ1 2XUniversal PCR Master mix(天根生物技術(shù)有限 公司，北京），400nM引物（C813-FP: 5 ' -CCACAGGGCAAGTCATCCACATTTTG-3 ' ； C814-RP: 5 ' -CAGACCATAGAGTCCCTCCTAGGGGAAAAA-3 ' ；測(cè)序引物：C8 1 5 : 5 ' -TTCTTAGAAGTCTGGAGTCTGTGAAGGTCA-3 '）和300ng模板DNA。
[0074] PCR 反應(yīng)條件為：951€5111丨114(951€4〇86(3458 1€4〇86(34721€6〇86(3)36個(gè)循環(huán)472 °C 10min〇
[0075] PCR產(chǎn)物進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳。切下目的條帶，膠回收，純化。與pMD18-T質(zhì)粒載體 連接。連接后的重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)化大腸桿菌DH5a感受態(tài)。篩選陽(yáng)性克隆提取質(zhì)粒并純化。測(cè)序驗(yàn) 證片段序列的準(zhǔn)確性，得到含目的基因的質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品。
[0076] (7)標(biāo)準(zhǔn)曲線的制備
[0077]在紫色分光光度計(jì)上測(cè)定含有目的基因 DNA的重組質(zhì)粒的濃度，根據(jù)分子量計(jì)算 其拷貝數(shù)，用滅菌雙蒸注射用水1:10稀釋梯度，制備成6個(gè)系列稀釋的定量標(biāo)準(zhǔn)品：106，105， 10 4，103，102，101(拷貝#1)。按上述實(shí)時(shí)定量?0?方法進(jìn)行擴(kuò)增，得到定量評(píng)估目的拷貝數(shù) 的標(biāo)準(zhǔn)曲線。
[0078] (8)定量PCR檢測(cè)IZKF1突變靈敏度測(cè)定
[0079] 將8例IKZF1突變的ALL患者DNA標(biāo)本，用滅菌注射用水1:10稀釋梯度，制備成6個(gè)系 列的稀釋樣品：ΚΓ1，10-2，ΚΓ3，10' 10-5，ΚΓ6稀釋樣本。按上述實(shí)時(shí)定量PCR方法進(jìn)行擴(kuò)增， 得到檢測(cè)ALL患者骨髓樣本中IKZF1基因的靈敏度檢測(cè)結(jié)果。
[0080] 3、流式細(xì)胞術(shù)和染色體核型分析
[0081] 免疫分型檢測(cè)如前報(bào)道[Liu YR,Yu H,Chang Y,Chen SS. [The application of 4-color fluorescence labeling antibodies and its significance in immunophenotyping for leukemia by flow cytometer].Zhongguo Shi Yan Xue Ye Xue Za Zhi.20020ct;10(5):423-7·]。細(xì)胞遺傳學(xué)分析應(yīng)用標(biāo)準(zhǔn)G顯帶方法[12.Zhang Y，He Q, Huang XJ，Jiang H，Yang SM,Lu J,Qing YZ,Shi Y,Dang H,Qiu JY,Lu DP.[Cytogenetic study on eosinophilia].Zhongguo Shi Yan Xue Ye Xue Za Zhi.2007Jun；15(3):454-7·]。
[0082] (三)統(tǒng)計(jì)學(xué)分析
[0083] 采用SPSS18.0和Graphad Prism 5.0統(tǒng)計(jì)軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。計(jì)數(shù)資料以百分比 表示，組間比較采用X2檢驗(yàn)或F i sh er確切概率法。計(jì)量資料以中位數(shù)(范圍）表示，非正態(tài)分 布資料比較應(yīng)用Mann-Whitney非參數(shù)檢驗(yàn)。運(yùn)用Kaplan-Meier法計(jì)算生存率，Log-rank檢 驗(yàn)進(jìn)行生存分析，建立Cox比例風(fēng)險(xiǎn)回歸模型對(duì)CSRP2基因表達(dá)水平及其他可能影響預(yù)后的 因素進(jìn)行多因素分析，研究CSRP2表達(dá)水平對(duì)總生存率(0S)，無(wú)復(fù)發(fā)生存率(RFS)和無(wú)事件 生存率(EFS)等預(yù)后指標(biāo)的影響。P>0.1變量從模型中去除，以P〈0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。 [0084]二、結(jié)果
[0085] CSRP2在83例初診B-ALL中的表達(dá)量顯著高于健康供者組[(中位值63.8% ;范圍0_ 1368.1% ):(0.4% ;0-1.8% );Ρ〈0·001](通過(guò)樣本內(nèi)參基因 ABL1及目的基因 CSRP2的擴(kuò)增 曲線及設(shè)定的閾值(〇. 082)得到其ABL1及CSRP2的Ct值，再根據(jù)ABL1標(biāo)準(zhǔn)曲線（由于CSRP2與 ABL1擴(kuò)增效率相近，為減少實(shí)驗(yàn)誤差，均參照ABL1標(biāo)準(zhǔn)曲線計(jì)算），得到樣本ABL1及CSRP2的 拷貝數(shù)，以CSRP2的拷貝數(shù)除以ABL1的拷貝數(shù)為樣本CSRP2表達(dá)量，為了與臨床常規(guī)所發(fā)報(bào) 告的形式一致，結(jié)果再乘以百分之百，最終以CSRP2的拷貝數(shù)/ABL的拷貝數(shù)X百分?jǐn)?shù)=樣本 CSRP2表達(dá)量的形式呈現(xiàn)）。按照CSRP2表達(dá)水平由低到高的順序?qū)?3例初診B-ALL患者進(jìn)行 排列并四等分，將表達(dá)量最低的1/4患者作為CSRP2低表達(dá)組，將其余3/4患者作為CSRP2高 表達(dá)組，即CSRP2低表達(dá)組(21例)及CSRP2高表達(dá)組(62例）。相比于CSRP2高表達(dá)組，CSRP2低 表達(dá)組血小板低[46.5(8-152) :52.5(5-338) ;Ρ = 0· 027]，pre-B-ALL比例高[23.8% (5/ 21):4.8%(3/62);卩=0.022]。而〇51^2高表達(dá)組11(2卩1缺失陽(yáng)性率高（54.8% :19.0%，？= 0.004)，MLL重排(n = 9)僅出現(xiàn)在CSRP2高表達(dá)組。兩組間年齡、性別、白細(xì)胞計(jì)數(shù)和骨髓原 始細(xì)胞數(shù)、BCR-ABL1，WT1過(guò)表達(dá)或危險(xiǎn)度分層無(wú)明顯差異(表2)
[0086] 2006年美國(guó)血液學(xué)年會(huì)(ASH)Gokbuget報(bào)告中指出pre-B-ALL中70 %具有t (4; 11) 和高白細(xì)胞(>1〇〇 X109/L)，50%以上伴髓系抗原表達(dá)(⑶13/⑶33)，屬于高危型，本發(fā)明中 CSRP2低表達(dá)組pre-B-ALL高可能是其預(yù)后較差的原因之一。CSRP2高表達(dá)組IKZF1缺失陽(yáng)性 率高(54·8%:19·0%，Ρ = 0·004)，MLL重排(η = 9)僅出現(xiàn)在高表達(dá)組。MLL重排是B-ALL預(yù)后 不良因素，IKZF1缺失被認(rèn)為是成人B-ALL的預(yù)后不良因素之一，且常與BCR-ABL1同時(shí)出現(xiàn) [13.Beldjord K,Chevret S,Asnafi V,Huguet F,Boulland ML,Leguay T,Thomas X, Cayuela JM,Grardel N,Chalandon Y,Boissel N,Schaefer B,Delabesse E,CaveH, Chevallier P,Buzyn A,Fest T,Reman 0,Vernant JP,Lheritier V,Bene MC,Lafage M, Macintyre E,Ifrah N,Dombret H；Group for Research on Adult Acute Lymphoblastic Leukemia(GRAALL)·Oncogenetics and minimal residual disease are independent outcome predictors in adult patients with acute lymphoblastic leukemia.Blood. 2014 Jun 12; 123(24) :3739-49.]，而本發(fā)明中雖然高表達(dá)組中IKZF1 缺 失和MLL重排陽(yáng)性率高，但其總體預(yù)后好，提示CSRP2高表達(dá)可能能抵消一些傳統(tǒng)預(yù)后因素 的不良影響。
[0087]表2 CSRP2表達(dá)與預(yù)后危險(xiǎn)因素的關(guān)系
[0090] 中位隨訪時(shí)間為18.4月（2.1-90.3月）<^1^2低表達(dá)組中位03(15.4月）較031^2高 表達(dá)組（20.5月）短，CSRP2低表達(dá)組及CSRP2高表達(dá)組預(yù)計(jì)3年0S為27 % (14-41 % ): 60 % (54-67%)(P = 0·032)，預(yù)計(jì)3年EFS為36%(25-47%):58%(52-65%)(P = 0·101)，預(yù)計(jì)3年 RFS 為 43%(31-54%):60%(53-66%)(? = 0.240)(圖1中八-〇。單因素分析顯示051^2低表 達(dá)是 OS 的預(yù)后不良因素[HR=2.064,95%CI(1.049-4.061)，P = 0.036]JtEFS[HR=1.729， 95%CI (0.891-3.353)，Ρ = 0· 105]或RFS[HR= 1.521，95%CI(0.751-3.081)，Ρ = 0· 244]無(wú) 明顯影響。
[0091] 因?yàn)榛祀s因素較多，包括CSRP2和IKZF1的相關(guān)性，IKZF1和BCR-ABL1的相關(guān)性，以 及治療方式的不同，因此本發(fā)明的發(fā)明人建立cox多因素回歸模型解決混雜的情況，納入 CSRP2表達(dá)水平、年齡（多vs.〈35歲）（按照年齡對(duì)患者進(jìn)行分組，分為大于等于35歲或小于 35歲）、性別、白細(xì)胞計(jì)數(shù)（多vs .〈30 X 109/L)(按照初診時(shí)白細(xì)胞計(jì)數(shù)對(duì)患者進(jìn)行分組，分 為大于等于30 X 109/1或小于30 X 109/L)、BCR-ABL1、MLL重排、IKZF1缺失和治療方式(是否 移植)預(yù)后相關(guān)因素，多因素分析顯示CSRP2低表達(dá)組是成人B-ALL的0S[HR=2.8,95%CI (1.4-5.8);P = 0.005]、EFS[HR = 2.8，（1.3-5.7);p = 0.006WPRFS[HR = 2.5,95%CI(1.2-5.3);? = 0.018]的獨(dú)立危險(xiǎn)因素（圖1中04)。其他因素中，造血干細(xì)胞移植是03[冊(cè)=0.2， 95%(：1(0.卜0.4) ;卩〈0.001]』卩5[冊(cè)=0.2,95%(：1(0.卜0.4);?〈0.001]和1^5的保護(hù)性因 素[HR=0·2,95%CI(0·1-0·4) ;P〈0·001]，MLL重排是EFS[HR = 5·4,95%CI(1·9-15·2);P = 0.002]和1^3[冊(cè)=3.9,95%(：1(1.5-10.3);? = 0.005]的獨(dú)立危險(xiǎn)因素(表3)。年齡、性別、 白細(xì)胞計(jì)數(shù)、BCR-ABL1、IKZF1缺失等對(duì)預(yù)后無(wú)影響。
[0092] 表3 83例B-ALL患者0S，EFS和RFS多因素分析
[0095] 因 CSRP2與IKZF1缺失存在相關(guān)性& = 0.271，？ = 0.013)，為了解決11(2?1的混雜問(wèn) 題，發(fā)明人根據(jù)IKZF1缺失與否進(jìn)行了區(qū)組分析。1例患者無(wú) IKZF1結(jié)果，44例IKZF1正常，38 例存在IKZF1缺失。IKZF1正常組中，CSRP2低表達(dá)16例，CSRP2高表達(dá)28例，CSRP2低表達(dá)組和 CSRP2 高表達(dá)組預(yù)計(jì) 3 年 0S 分別為 18%(3·8-32%):60%(51-70%)(P = 0·022)，3年EFS為 29% (17-41 % ):57% (48-67% )(Ρ = 0·084)，3年RFS為36% (23-50% ):57% (48-67% )(P = 0.246)(圖2中A-C)。IKZF1缺失組中，CSRP2低表達(dá)5例，CSRP2高表達(dá)33例，CSRP2低表達(dá)組和 CSRP2 高表達(dá)組預(yù)計(jì) 3年 0S分別為 60%(38-81%):44%(29-58%)(P = 0·979)，3年EFS為 60%(38-81%):30%(14-44%)(? = 0.882)，3年1^5為60%(38-81%):30%(14-46%)(?= 0.956)(圖2中D-F)。因 BCR-ABL1基因、MLL重排及是否移植等對(duì)患者預(yù)后均有影響，因此發(fā) 明人針對(duì)44例IKZF1正常組患者，建立cox回歸模型，納入CSRP2表達(dá)水平、MLL重排、BCR-ABL1及治療方式共4項(xiàng)因素，進(jìn)行多因素分析，結(jié)果顯示，在IKZF1正常的B-ALL患者中， CSRP2 低表達(dá)仍是 0S[HR = 4.2,95%CI(1.7-10.4);P = 0.002]、EFS[HR = 3.6，（1.4-9.7);P =0.007]和1^5[邢=2.9,95%(：1(1.1-7.9);? = 0.033]的獨(dú)立危險(xiǎn)因素（圖3中厶-(：;表4)。
[0096] 表4 44例IKZF1正常的B-ALL患者0S，EFS和RFS多因素分析
[0099] 本發(fā)明的實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，CSRP2低表達(dá)是成人B-ALL患者0S、EFS和RFS的獨(dú)立危險(xiǎn) 因素，且其對(duì)預(yù)后的影響在IKZF1陰性的患者中更為顯著。本發(fā)明可能在B-ALL的分層診斷 和預(yù)后評(píng)估中發(fā)揮重要作用。
【主權(quán)項(xiàng)】
1. 用于檢測(cè)編碼CSRP2蛋白的mRNA的檢測(cè)物在如下(A)或(B)中的應(yīng)用： (A) 制備用于B系急性淋巴細(xì)胞白血病患者預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的廣品； (B) 評(píng)估B系急性淋巴細(xì)胞白血病患者預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)。2. 用于評(píng)估B系急性淋巴細(xì)胞白血病患者預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)的產(chǎn)品，含有用于檢測(cè)編碼CSRP2蛋 白的mRNA的檢測(cè)物。3. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的產(chǎn)品，其特征在于:所述產(chǎn)品還包含數(shù)據(jù)處理裝置1;所述數(shù)據(jù) 處理裝置1內(nèi)設(shè)模塊1;所述模塊1具有如下(al)和(a2)所示的功能：（al)以由若干名未采取 任何治療措施的B系急性淋巴細(xì)胞白血病患者組成的待測(cè)群體的離體骨髓為標(biāo)本，測(cè)定每 份標(biāo)本中所述mRNA的表達(dá)量，然后按照所述mRNA的表達(dá)量由低到高的順序?qū)⑺龃郎y(cè)群體 進(jìn)行排列并四等分，將表達(dá)量最低的1/4所述待測(cè)群體作為CSRP2低表達(dá)組，將其余3/4所述 待測(cè)群體作為CSRP2高表達(dá)組；（a2)按照如下標(biāo)準(zhǔn)確定來(lái)自于所述待測(cè)群體的待測(cè)者的預(yù) 后風(fēng)險(xiǎn)：來(lái)自于所述CSRP2低表達(dá)組中的待測(cè)者的預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)高于或候選高于來(lái)自于所述 CSRP2高表達(dá)組中的待測(cè)者。4. 根據(jù)權(quán)利要求1-3中任一所述的應(yīng)用或產(chǎn)品，其特征在于:所述檢測(cè)物選自如下：用 于檢測(cè)所述mRNA的特異性擴(kuò)增引物和/或探針。5. 根據(jù)權(quán)利要求4所述的應(yīng)用或產(chǎn)品，其特征在于:所述檢測(cè)物為由序列表中序列1和 序列2所示的兩條單鏈DNA組成的引物對(duì)，和/或由序列表中序列3所示的單鏈探針。6. 根據(jù)權(quán)利要求5所述的應(yīng)用或產(chǎn)品，其特征在于:所述單鏈探針的5 '端標(biāo)記有熒光報(bào) 告基團(tuán)，3'端標(biāo)記有熒光猝滅基團(tuán)。7. 根據(jù)權(quán)利要求2-6中任一所述的產(chǎn)品，其特征在于：所述產(chǎn)品中還含有用于檢測(cè) IKZF1基因是否缺失的物質(zhì)。8. 根據(jù)權(quán)利要求7所述的產(chǎn)品，其特征在于:所述產(chǎn)品還包含數(shù)據(jù)處理裝置2;所述數(shù)據(jù) 處理裝置2內(nèi)設(shè)模塊2;所述模塊2具有如下(bl)和(b2)所示的功能：（bl)以由若干名未采取 任何治療措施的B系急性淋巴細(xì)胞白血病患者組成的待測(cè)群體的離體骨髓為標(biāo)本，測(cè)定每 份標(biāo)本中所述IKZF1基因是否缺失，然后將所述待測(cè)群體分為IKZF1基因正常組和IKZF1基 因缺失組；之后按照權(quán)利要求3中的所述（al)再將所述待測(cè)群體分為CSRP2低表達(dá)組和 CSRP2高表達(dá)組；（b2)按照如下標(biāo)準(zhǔn)確定來(lái)自于所述待測(cè)群體的待測(cè)者的預(yù)后風(fēng)險(xiǎn):在所述 IKZF1基因正常組中，來(lái)自于所述CSRP2低表達(dá)組中的待測(cè)者的預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)高于或候選高于來(lái) 自于所述CSRP2高表達(dá)組中的待測(cè)者;在所述IKZF1基因缺失組中，來(lái)自于所述CSRP2低表達(dá) 組中的待測(cè)者的預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)不高于或候選不高于來(lái)自于所述CSRP2高表達(dá)組中的待測(cè)者。9. 應(yīng)用，為如下(A)或(B): (A) 權(quán)利要求1-8任一中所述的"用于檢測(cè)編碼CSRP2蛋白的mRNA的檢測(cè)物"以及所述的 數(shù)據(jù)處理裝置1在制備用于B系急性淋巴細(xì)胞白血病患者預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的產(chǎn)品或評(píng)估B系急 性淋巴細(xì)胞白血病患者預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)中的應(yīng)用； (B) 權(quán)利要求1-8任一中所述的"用于檢測(cè)編碼CSRP2蛋白的mRNA的檢測(cè)物"、所述的"用 于檢測(cè)IKZF1基因是否缺失的物質(zhì)"以及所述的數(shù)據(jù)處理裝置2在制備用于B系急性淋巴細(xì) 胞白血病患者預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的廣品或評(píng)估B系急性淋巴細(xì)胞白血病患者預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)中的應(yīng) 用。10. 根據(jù)權(quán)利要求1-9中任一所述的應(yīng)用或產(chǎn)品，其特征在于:所述預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)的高低體 現(xiàn)為如下指標(biāo)中的全部或部分:總生存率，無(wú)復(fù)發(fā)生存率和無(wú)事件生存率； 若所述總生存率越低，和/或所述無(wú)復(fù)發(fā)生存率越低，和/或所述無(wú)事件生存率越低，則 所述預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)越高； 若所述總生存率越高，和/或所述無(wú)復(fù)發(fā)生存率越高，和/或所述無(wú)事件生存率越高，則 所述預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)越低。
【文檔編號(hào)】C12Q1/68GK105969892SQ201610555287
【公開(kāi)日】2016年9月28日
【申請(qǐng)日】2016年7月14日
【發(fā)明人】阮國(guó)瑞, 劉開(kāi)彥, 黃曉軍, 王樹(shù)娟, 王衛(wèi)敏, 盧文藝, 馮永懷, 張加敏, 姚秋妹, 周嬌
【申請(qǐng)人】北京大學(xué)人民醫(yī)院