用于炎性疾病的抗-tnf和抗-il17聯(lián)合療法生物標志物的制作方法
【專利說明】用于炎性疾病的抗-TNF和抗-1 LI 7聯(lián)合療法生物標志物
[0001] 相關申請
[0002] 本申請要求2013年1月21日提交的美國臨時申請No. 61/754, 917的優(yōu)先權。將 上述申請的整個內容特意按引用并入本文中。
【背景技術】
[0003] 抗-細胞因子治療已經(jīng)成為用于治療炎性疾病的癥狀和抑止炎性疾病進展的護 理標準。但是，盡管有多種治療選擇，許多患者仍然不能獲得疾病活性的實質降低。原則 上，通過組合藥劑提高免疫抑制水平用于獲得提高的效率的似乎可行的策略。但為此目的 組合抗細胞因子治療的嘗試遇到了不可接受的安全性和耐受性問題的麻煩（Genovese等， Arthritis & Rheumatism, 50 (5): 1412-1419, 2004)。盡管如此，發(fā)現(xiàn)可以同時提供提高的 反應和可接受的安全性的用于炎性疾病治療的正確聯(lián)合療法仍然是個問題。
[0004] 類風濕性關節(jié)炎（RA)是具有未知病因學的慢性全身性自身免疫性疾病。其主要 的器官表現(xiàn)包括導致疼痛、腫脹以及漸進性骨和軟骨破壞的關節(jié)發(fā)炎，具有包括貧血的許 多并發(fā)癥和提高的心血管事件的風險。RA的特征在于激活的淋巴細胞、肥大細胞和嗜中性 粒細胞的滑膜浸潤，導致滑膜增生和新血管形成。到2012年，已經(jīng)有超過5百萬人受到RA 的折磨，大約26 %具有輕度疾病，49 %具有中度疾病和25 %具有嚴重疾病，受影響的女性 比男性多三（3)倍。在許多病例中，目前的治療方案不是完全有效的。
[0005] 抗-TNF治療是醫(yī)生最多指定的用于RA的抗-細胞因子治療。TNF是提高疼痛、炎 癥和關節(jié)破壞的許多介質的表達的促炎性細胞因子，包括趨化因子、細胞因子、類花生酸和 基質金屬蛋白酶。在不能獲得緩解的許多RA患者中以及在嚙齒動物疾病模型中，抗-TNF 治療在抑制這種促炎性級聯(lián)的表達中是僅部分有效的?；诙喾N體外研究，TNF似乎在調控 促炎性基因表達中與IL17協(xié)同，使得這兩種治療成為用于聯(lián)合療法的有吸引力的候選。實 際上，最近的公開出版物證明了小鼠 CIA中聯(lián)合抗-TNF/抗-IL17的提高的功效（Koenders 等，Arthritis Rheum, 2011，63(8) :2329-2339)。
[0006] 因此，本領域對炎性疾病治療以及可用于評估或預測對包括抗-TNF和抗-IL17的 聯(lián)合炎性疾病治療的反應性的方法和組合物存在需求。

【發(fā)明內容】

[0007] 本發(fā)明是基于用于抗-TNF和抗-IL17聯(lián)合療法的新型生物標志物的鑒別。具體 地，本發(fā)明至少部分地基于如下觀察：抗-TNF治療和抗-IL17治療的聯(lián)合療法可以相對 于對照標志物降低患有炎性疾病的受試者中CXCLl和/或CXCL5標志物的表達水平，表明 該聯(lián)合療法在治療受試者的炎性疾病中是或將是有效的。因此，本發(fā)明可用于（i)確定受 試者是否對包括抗-TNF治療和抗-IL17治療的聯(lián)合療法有反應；（ii)監(jiān)測包括抗-TNF 和抗-IL17治療的聯(lián)合療法的效力；（iii)選擇參與針對包括抗-TNF治療和抗-IL17治 療的聯(lián)合療法的臨床試驗的受試者；和（iv)鑒別用于治療患有炎性疾病的受試者的包括 抗-TNF治療和抗-IL17治療的聯(lián)合療法。
[0008] 因此，在一個方面中，本發(fā)明提供了一種用于確定患有炎性疾病的受試者是否對 包括抗-TNF治療和抗-IL7治療的聯(lián)合療法的治療有反應的方法。該方法包括測定獲自受 試者的樣品中的CXCLl和CXCL5標志物中至少一種的表達水平并將該標志物的表達水平與 對照標志物的表達水平進行比較的步驟。與對照標志物的表達水平相比，CXCLl和CXCL5標 志物中至少一種的較高表達水平指示聯(lián)合療法在治療受試者中將是有效的?；蛘?，在包括 抗-TNF治療和抗-IL7治療的聯(lián)合療法后，與對照標志物的表達水平相比CXCLl和CXCL5 標志物中至少一種的較低表達水平指示聯(lián)合療法在治療受試者中將是有效的。
[0009] 在另一個方面中，本發(fā)明提供了一種確定患有炎性疾病的受試者是否對包括 抗-TNF治療和抗-IL7治療的聯(lián)合療法的治療有反應的方法。該方法包括處理獲自受試者 的樣品以使得樣品被轉化，由此允許測定CXCLl和CXCL5標志物中至少一種的表達水平和 將該標志物的表達水平與對照標志物的表達水平（例如，正常或疾病標準或實驗室數(shù)值范 圍）進行比較的步驟。與對照標志物的表達水平相比，CXCLl和CXCL5標志物中至少一種 的較高表達水平指示聯(lián)合療法在治療受試者中將是有效的?；蛘?，在包括抗-TNF治療和 抗-IL7治療的聯(lián)合療法后，與對照標志物的表達水平相比CXCLl和CXCL5標志物中至少一 種的較低表達水平指示聯(lián)合療法在治療受試者中將是有效的。
[0010] 再在另一個方面中，本發(fā)明提供了一種使用包括抗-TNF治療和抗-IL7治療的聯(lián) 合療法治療患有炎性疾病的受試者的方法。該方法包括選擇與對照標志物的表達水平（例 如，正?；蚣膊藴驶驅嶒炇覕?shù)值范圍）相比呈現(xiàn)出CXCLl和CXCL5標志物中至少一種的 較高表達水平的受試者并且將治療有效量的聯(lián)合療法施用于受試者的步驟。或者，在包括 抗-TNF治療和抗-IL7治療的聯(lián)合療法后，與對照標志物的表達水平相比CXCLl和CXCL5 標志物中至少一種的較低表達水平指示聯(lián)合療法在治療受試者中將是有效的。
[0011] 再在另一個方面中，本發(fā)明提供了 一種確定患有炎性疾病的受試者對于包括 抗-TNF治療和抗-IL17治療的聯(lián)合療法的禁忌的方法。該方法包括選擇與對照標志物的 表達水平（例如，正常或疾病標準或實驗室數(shù)值范圍）相比呈現(xiàn)出CXCLl和CXCL5標志物 中至少一種的較低表達水平的受試者的步驟。
[0012] 在再另一個方面中，本發(fā)明提供了一種用于監(jiān)測包括抗-TNF治療和抗-IL17治療 的聯(lián)合療法的治療的效力的方法。該方法包括測定在將治療有效量的聯(lián)合療法施用于受試 者后獲自受試者的樣品中的CXCLl和CXCL5標志物中至少一種的表達水平并且將該標志物 的表達水平與對照標志物的表達水平（例如，正?；蚣膊藴驶驅嶒炇覕?shù)值范圍）進行比 較的步驟。與對照標志物的表達水平相比，CXCLl和CXCL5標志物中至少一種的較低表達 水平指示聯(lián)合療法在治療受試者中是有效的。
[0013] 在另一個方面中，本發(fā)明提供了一種選擇參與用于炎性疾病治療的包括抗-TNF 治療和抗-IL17治療的聯(lián)合療法的臨床試驗的受試者的方法。該方法包括測定獲自受試者 的樣品中的CXCLl和CXCL5標志物中至少一種的表達水平并將該標志物的表達水平與對照 標志物的表達水平（例如，正?；蚣膊藴驶驅嶒炇覕?shù)值范圍）進行比較的步驟。與對照 標志物的表達水平相比，CXCLl和CXCL5標志物中至少一種的較高表達水平指示受試者適 合參與臨床試驗?；蛘撸诎?TNF治療和抗-IL17治療的聯(lián)合療法后，與對照標志物 的表達水平相比CXCLl和CXCL5標志物中至少一種的較低表達水平指示聯(lián)合療法在治療受 試者中將是有效的。
[0014] 在再另一個方面中，本發(fā)明提供了一種鑒別適用于治療患有炎性疾病的受試者的 包括抗-TNF治療和抗-IL17治療的聯(lián)合療法的方法。該方法包括測定獲自受試者的樣品 中的CXCLl和CXCL5標志物中至少一種的表達水平并將該標志物的表達水平與與對照標志 物的表達水平（例如，正常或疾病標準或實驗室數(shù)值范圍）進行比較的步驟。與對照標志 物的表達水平相比，CXCLl和CXCL5標志物中至少一種的較高表達水平指示聯(lián)合療法在治 療受試者中將是有效的。該方法可以包括測試多種不同的聯(lián)合療法?；蛘?，在將聯(lián)合療法 施用于受試者后，與對照標志物的表達水平相比CXCLl和CXCL5標志物中至少一種的較低 表達水平指示聯(lián)合療法在治療受試者中將是有效的。
[0015] 在再另一個方面中，本發(fā)明提供了一種確定患有炎性疾病的受試者是否對包括 抗-TNFa抗體和抗-IL17抗體的聯(lián)合療法的治療有反應的方法。該方法包括使用與CXCLl 和CXCL5標志物中至少一種相互作用并轉化樣品以使得可以檢測CXCLl和CXCL5標志物中 至少一種的試劑測定獲自受試者的樣品中的CXCLl和CXCL5標志物中至少一種的表達水平 并將該CXCLl和CXCL5標志物中至少一種的表達水平與對照標志物的表達水平進行比較的 步驟。與對照標志物的表達水平（例如，正?；蚣膊藴驶驅嶒炇覕?shù)值范圍）相比，CXCLl 和CXCL5標志物中至少一種的較高表達水平指示聯(lián)合療法在治療受試者中將是有效的?；?者，在施用包括抗-TNF治療和抗-IL17治療的聯(lián)合療法后，與對照標志物的表達水平相比 CXCLl和CXCL5標志物中至少一種的較低表達水平指示聯(lián)合療法在治療受試者中將是有效 的。
[0016] 在再另一個方面中，本發(fā)明提供了一種試劑盒，其用于（i)確定患有炎性疾病的 受試者是否對包括抗-TNF治療和抗-IL17治療的聯(lián)合療法的治療有反應；（ii)監(jiān)測聯(lián)合 療法的效力；（iii)選擇參與聯(lián)合療法的臨床試驗的受試者；和/或（iv)鑒別用于患有炎 性疾病的受試者的包括抗-TNF治療和抗-IL17治療的聯(lián)合療法。該試劑盒包括用于測定 獲自受試者的樣品中的CXCLl和CXCL5標志物中至少一種和對照標志物（例如，正常值范 圍）的表達水平的試劑。試劑盒還包括用于（i)確定受試者是否對聯(lián)合療法有反應；（ii) 監(jiān)測聯(lián)合療法的效力；（iii)選擇參與聯(lián)合療法的臨床試驗的受試者；和/或（iv)鑒別用 于患有炎性疾病的受試者的包括抗-TNF治療和抗-IL17治療的聯(lián)合療法的說明。說明可 以對應于本文中所述的任一個或多個方面。
[0017] 在一個實施方案中，以上所述的任一個或多個方面可以與以下所述的任一個或多 個特征結合。
[0018] 在一個實施方案中，將預定量的抗-TNF治療和抗-IL7治療施用于受試者后，測定 樣品中的CXCLl和CXCL5標志物中至少一種的表達水平。在一個實施方案中，預定量可以 包括抗-TNF治療和抗-IL17治療中的至少一種的亞治療劑量。在另一個實施方案中，預定 量可以包括抗-TNF治療和抗-IL17治療的亞治療劑量。在另一個實施方案中，預定量可以 包括抗-TNF治療和抗-IL17治療中的至少一種的治療劑量。在另一個實施方案中，預定量 可以包括抗-TNF治療和抗-IL17治療的治療劑量。
[0019] 在一個實施方案中，對照標志物的表達水平是將預定量的抗-TNF治療和抗-IL17 治療施用于受試者之前樣品中對照標志物的表達水平。
[0020] 在一個實施方案中，對照標志物的表達水平是患有炎性疾病的受試者群體中對照 標志物的平均表達水平。在另一個實施方案中，對照標志物的表達水平是抗-TNF治療和 抗-IL17治療的聯(lián)合療法前受試者中標志物的表達水平。
[0021 ] 在一個實施方案中，對照標志物包括CXCLl標志物或CXCL5標志物。在另一個實 施方案中，對照標志物包括CXCLl標志物和CXCL5標志物兩者。
[0022] 在一個實施方案中，患有炎性疾病的受試者群體已經(jīng)接受抗-TNF治療和抗-IL17 治療中的至少一種。在一個實施方案中，患有炎性疾病的受試者群體已經(jīng)接受了抗-TNF治 療和抗-IL17治療。
[0023] 在一個實施方案中，抗-TNF治療包括抗-TNF結合蛋白。在一個實施方案中， 抗-TNF結合蛋白包括特異性結合蛋白質的抗體或其抗原結合片段。在另一個實施方案 中，抗-TNF抗體或其抗原結合片段是鼠抗體、人抗體、人源化抗體、雙特異性抗體、嵌合抗 體、Fab、Fab'、F(ab'）2、scFv、SMIP、親和體（affibody)、avimer、versabody、納米抗體 (nanobody)、域抗體或前述任一種的抗原結合片段。
[0024] 在一個實施方案中，抗-TNF抗體是抗-TNF α抗體，例如，人抗-TNF α抗體（例 如，Adalimumab:l"或其抗原結合片段）。在另一個實施方案中，抗-TNF抗體包括人源化 抗-TNF抗體（例如，英夫利昔單抗（infliximab)或其抗原結合片段）。
[0025] 在一個實施方案中，抗-TNFa結合蛋白包括融合蛋白（例如，依那西普 (etanercept)或其抗原結合片段）。
[0026] 在一個實施方案中，抗-IL17治療包括抗-IL17結合蛋白。在一個實施方案中， 抗-IL17結合蛋白包括特異性結合蛋白質的抗體或其抗原結合片段。在另一個實施方案 中，抗-IL17抗體或其抗原結合片段是鼠抗體、人抗體、人源化抗體、雙特異性抗體、嵌合抗 體、Fab、Fab'、F(ab'）2、scFv、SMIP、親和體、avimer、versabody、納米抗體、域抗體或前述 任一種的抗原結合片段。
[0027] 在一個實施方案中，抗-IL17抗體包括人抗體（例如，secukinumab或RG7624,或 其抗原結合片段）。在一個實施方案中，抗-IL17抗體包括人源化抗體（例如，10F7、B6-17， 或其抗原結合片段）。
[0028] 在一個實施方案中，抗-IL17結合蛋白包括融合蛋白。
[0029] 在一個實施方案中，抗-TNF治療包括氨甲喋呤、其類似物或其藥物學上可接受的 鹽。在一個實施方案中，抗-IL17治療包括氨甲喋呤、其類似物或其藥物學上可接受的鹽。 在一個實施方案中，抗-TNF治療和抗-IL17治療中的至少一種包括氨甲喋呤、其類似物或 其藥物學上可接受的鹽。在一個實施方案中，抗-TNF治療和抗-IL17治療兩者包括氨甲喋 呤、其類似物或其藥物學上可接受的鹽。
[0030] 在一個實施方案中，聯(lián)合療法包括施用結合TNF和IL17中至少一種的多特異性結 合蛋白。在一個實施方案中，聯(lián)合療法包括施用結合TNF和IL17的多特異性結合蛋白。在 一個實施方案中，多特異性結合蛋白包括結合TNF和IL17中至少一種的雙可變結構域免 疫球蛋白（DVD-Ig?)分子、半體（half-body) DVD-Ig (hDVD-Ig)分子、三可變結構域免疫球 蛋白（tDVD-Ig)分子、受體可變結構域免疫球蛋白（rDVD-Ig)分子、多價DVD-Ig(pDVD-Ig) 分子、單體（monobody) DVD-Ig (mDVD-Ig)分子、交叉（cross over) (coDVD-Ig)分子、 血腦屏障（bbbDVD-Ig)分子、可切割接頭DVD-Ig(clDVD-Ig)分子或重定向細胞毒性 DVD-Ig (rcDVD-Ig)分子。
[0031] 在一個實施方案中，測定了 CXCLl和CXCL5標志物中至少一種的表達水平。在另 一個實施方案中，測定了 CXCLl和CXCL5標志物的表達水平。在一個實例中，與對照標志物 的表達水平相比，CXCLl和CXCL5標志物中至少一種的較高表達水平指示聯(lián)合療法將是有 效的。在另一個實例中，與對照標志物的表達水平相比，CXCLl和CXCL5標志物兩者的較高 表達水平指示聯(lián)合療法將是有效的。在一個實例中，與對照標志物的表達水平相比，CXCLl 和CXCL5標志物中至少一種的較低表達水平指示聯(lián)合療法是有效的。在另一個實例中，與 對照標志物的表達水平相比，CXCLl和CXCL5標志物兩者的較低表達水平指示聯(lián)合療法是 有效的。
[0032] 在一個實施方案中，受試者之前沒有用包括抗-TNF治療的單一療法或包括 抗-IL17治療的單一療法治療。
[0033] 在一個實施方案中，聯(lián)合療法與包括抗-TNF治療的單一療法相比更大程度地降 低CXCLl和CXCL5標志物中至少一種的表達水平。在一個實施方案中，聯(lián)合療法與包括 抗-TNF治療的單一療法相比更大程度地降低CXCLl和CXCL5標志物的表達水平。
[0034] 在一個實施方案中，聯(lián)合療法具有比包括抗-TNF治療的單一療法更好的臨床結 果或臨床終點。
[0035] 在一個實施方案中，受試者對包括抗-TNF治療的單一療法沒有反應。
[0036] 在一個實施方案中，聯(lián)合療法與包括抗-IL17治療的單一療法相比更大程度地降 低CXCLl和CXCL5標志物中至少一種的表達水平。
[0037] 在一個實施方案中，聯(lián)合療法具有比包括抗-IL17治療的單一療法更好的臨床結 果或臨床終點。
[0038] 在一個實施方案中，受試者對包括抗-IL17治療的單一療法沒有反應。
[0039] 在一個實施方案中，聯(lián)合療法與包括抗-TNF治療的單一療法和包括抗-IL17的單 一療法兩者相比更大程度地降低CXCLl和CXCL5標志物中至少一種的表達水平。
[0040] 在一個實施方案中，聯(lián)合療法具有比包括抗-TNF治療的單一療法和包括抗-IL17 治療的單一療法兩者更好的臨床結果或臨床終點。
[0041] 在一個實施方案中，受試者對包括抗-TNF治療的單一療法或包括抗-IL17治療的 單一療法沒有反應。
[0042] 在一個實施方案中，在核酸水平測定CXCLl和/或CXCL5標志物的表達水平。在一 個實施方案中，可以通過檢測RNA，例如，mRNA、miRNA或hnRNA，來測定CXCLl和/或CXCL5 標志物的表達水平。在另一個實施方案中，通過檢測DNA(例如，cDNA)來測定CXCLl和/ 或CXCL5標志物的表達水平。在一個實施方案中，可以通過使用聚合酶鏈式反應（PCR)擴 增反應、逆轉錄酶PCR分析、定量逆轉錄酶PCR分析、Northern印跡分析、RNA酶保護試驗、 數(shù)字RNA檢測/定量及其組合或亞組合來測定CXCLl和/或CXCL5標志物的表達水平。
[0043] 在一個實施方案中，CXCLl和/或CXCL5標志物包括蛋白質?？梢允褂媒Y合CXCLl 和CXCL5標志物中至少一種的結合蛋白來檢測蛋白質。在一個實施方案中，結合蛋白是結 合CXCLl和CXCL5標志物中至少一種的抗體或其抗原結合部分。在一個實施方案中，抗體是 特異性結合CXCLl的抗-CXCLl抗體或其抗原結合部分和/或特異性結合CXCL5的抗-CXCL5 抗體或其抗原結合部分。在一個實施方案中，抗體是特異性結合CXCLl和CXCL5的抗體或 其抗原結合部分。
[0044] 在一個實施方案中，抗體或其抗原結合片段包含標記，例如，放射性標記、生物素 標記、發(fā)色團、熒光團和酶。
[0045] 在一個實施方案中，通過使用免疫試驗、western印跡分