專利名稱：：通過與基因分型受血者的交叉匹配來選擇基因分型輸血者的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
：本發(fā)明涉及次要(minor)血型抗原的交叉匹配。
背景技術(shù)：
：目前，在美國，供血者和受血者血型之間的相容性根據(jù)類型和篩選范例，通過分型表現(xiàn)型的類型并對(duì)照其他抗原來篩選同種抗體的受血者以及只有當(dāng)檢測(cè)到這樣的抗體時(shí)才通過識(shí)別抗體來確定，以便選擇缺乏相應(yīng)的抗原的供血者血液("抗原陰性血，，)(Hillyer、C.D.etal,同上)。標(biāo)準(zhǔn)血清測(cè)試方法包括直接凝集、室溫鹽水法(immediatespin)以及間接抗球蛋白測(cè)試(稱為"IAT，，；見LDunsfordetal.,TechniquesinBloodGrouping,2nded.OliverandBoyd,Edinburgh(1967))。IAT在受血者的血漿中才企測(cè)識(shí)別在供血者的紅細(xì)胞上表達(dá)的抗原，因而可能引起輸血反應(yīng)的抗體。事實(shí)上，以受血者和供血者ABO/RhD表現(xiàn)型為基礎(chǔ)的交叉匹配準(zhǔn)則一以抗體篩選、血型4t驗(yàn)和l命送控制的順序的形式(ABCD，例如見J.Georgsen，etal.,TransfusionserviceofthecountyofFunen.Organisationalandeconomicaspectsofrestructuring.UgeskriftfoLaeger,159,1758-1762(1997))—在美國、英國、瑞典和澳大利亞常規(guī)地使用，其中它極大地加快了識(shí)別和發(fā)布匹配的供血者單元的過程，同時(shí)增加了庫存量的周轉(zhuǎn)率并減少了常規(guī)勞動(dòng)。當(dāng)抗體篩選為陰性時(shí)使用的供血者和受血者的計(jì)算機(jī)化匹配依賴于血清測(cè)試的準(zhǔn)確性，血清測(cè)試設(shè)計(jì)為確定受血者和供血者血液的主要抗原，即，AB和RhD的相容性。已知僅僅對(duì)主要抗原相容的和/或已知只對(duì)特定的抗體為陰性的供血反應(yīng)的相當(dāng)大的風(fēng)險(xiǎn)，其中一些血型抗原為高度免疫原性的，且多個(gè)抗原因子的存在可使有害影響增加到在臨床上顯著的水平。減小同種免疫的風(fēng)險(xiǎn)因此依然是重要的臨床關(guān)注。尤其是對(duì)于多次輸血的患者，例如遭受鐮刀形紅細(xì)胞貧血病或血友病的個(gè)體以及有某些慢性疾病包括癌癥和糖尿病的患者。每個(gè)新的同種免疫增加了患者發(fā)病率的危險(xiǎn)。此外，當(dāng)前的實(shí)踐可能在治療中引入耽擱，因而加劇了緊急情況且更經(jīng)常地在患者護(hù)理中產(chǎn)生相當(dāng)大的額外費(fèi)用。抗體的識(shí)別和抗原陰性血的供應(yīng)形成了目前的方法，該方法通過試圖最小化當(dāng)患者血流中循環(huán)的抗體遇到展示在供血者紅細(xì)胞上的抗原時(shí)S1起的有害輸血反應(yīng)的危險(xiǎn)來確保安全的輸血。反應(yīng)可在從"沒有，，到"嚴(yán)重"的嚴(yán)重性范圍內(nèi)變化(Hillyer，C.D.etal.，Bloodblankingandtransfusionmedicine:basicprinciplesandpractice,ElsevierScienceHealthScience2002,pp.l7)。例如，在ABO或Rh血型中的重要抗原如果錯(cuò)配則可能引起嚴(yán)重的有害反應(yīng)，而抗原N如果錯(cuò)配則不引起。嚴(yán)重程度也根據(jù)受治療者是成人還是新生嬰兒而變化。例如，變應(yīng)抗原(offendingantigen)S在成人中可能只引起輕微的有害反應(yīng)，但可引起新生兒的嚴(yán)重的溶血性疾病。雖然這樣的定性描述是有用的，預(yù)期供血者和受血者的相容性的定性測(cè)定更可靠，允許接受度評(píng)估和供血者搜索以更客觀和系統(tǒng)的方式進(jìn)行。為了阻止不相容的血液的輸血并減小同種免疫的危險(xiǎn)，優(yōu)選地不僅常規(guī)分型主要抗原的類型，而且分型Rh變體和重要的次要血型抗原的類型。然而，對(duì)所有臨床上相關(guān)的抗原的常規(guī)血清分型的擴(kuò)展被適當(dāng)?shù)目寡宓娜狈σ约皠趧?dòng)力密集的血清分型實(shí)驗(yàn)方案的復(fù)雜性和有限的可靠性阻止，特別是當(dāng)遭遇多個(gè)同種抗體或弱表達(dá)抗原時(shí)。考慮到血清測(cè)試方法的局限，大多數(shù)供血者中心只為抗原的擴(kuò)展集合篩選一群選定的供血者，并只維持有限的庫存。敏感性是對(duì)結(jié)果的準(zhǔn)確性的另一關(guān)注。因?yàn)檠宸中椭械臄?shù)據(jù)解釋基于反映紅細(xì)胞表面上蛋白質(zhì)的數(shù)量的反應(yīng)模式，信號(hào)與待探測(cè)的抗原的表達(dá)水平相關(guān)。例如，與針對(duì)反映純合表達(dá)的抗原相比，當(dāng)遇到攜帶反映雜合表達(dá)的抗原的細(xì)胞時(shí)，針對(duì)次要血型抗原如Duffy和Kidd的抗體可能反應(yīng)得較不強(qiáng)烈。相反，在DNA水平的血型基因的分析提供了作為表型變異性的基礎(chǔ)的等位多樣性的詳細(xì)描繪。如最近描述的(Hashmieral.,Transfusion,45,680-688(2005)),可利用的方法允許同時(shí)分析在編碼Kell、Duffy、Kidd、MNS和其它抗原的基因內(nèi)的臨床上重要的單核苷酸多態(tài)性；這些方法也有助于高度可變的RhD和RhCE基因(G.Hashmietal.,"TypingofRhVariantsusingBeadArraysonSemiconductorChips",AbstractS64-040B,TransfusionVol45No.3S,September2005Supplement)、人類白血球抗原、人類血小板抗原等的分析。以涉及輸血抗原的表達(dá)的基因型為基礎(chǔ)的交叉匹配的好處是不僅最小化或消除了有害免疫反應(yīng)的危險(xiǎn)而且首先最小化或消除了免疫受血者的危險(xiǎn)，并使從一組供血者快速選擇用于輸血的血產(chǎn)品成為可能。遺傳交叉匹配消除了對(duì)昂貴的血清試劑和復(fù)雜而勞動(dòng)力密集的血清測(cè)定實(shí)驗(yàn)方案的需要，以及對(duì)為特定供血者抗原的抗體重復(fù)測(cè)試受血者的需要。此外，遺傳交叉匹配有助于尋址不能通過血清技術(shù)來尋址的臨床問題，如抗原的測(cè)定、最近輸血的患者的分析或處在新生兒的溶血性疾病的危險(xiǎn)中的胎兒的識(shí)別，可得到的抗體對(duì)所述抗原僅僅是弱反應(yīng)性的。綜合的DNA分型工具變得較易得到且是成本有效的。它們一般以各種各樣的與輸血有關(guān)的DNA標(biāo)記為目標(biāo)。一個(gè)例子是基于eMAP并以BeadChip格式執(zhí)行的綜合DNA分型(見2002年10月15日提交的美國序列號(hào)10/271,602"eMAPApplication",其通過引用被并入；也見HashmiG.etal.,Aflexiblearrayformatforlarge-scale,rapidbloodgroupDNA-typing,Transfusion,45,680-688(2005);后面的引用描述了包括分辨Duffy、Dombrock、Landsteiner國Wiener、Colton、Scianna、Diego、Kidd、Kell、Lutheran和MNS系統(tǒng)的36個(gè)等位基因的18個(gè)單核苦酸多態(tài)性的一組實(shí)驗(yàn)對(duì)象)。除了血型分型以外，廣譜DNA分型擴(kuò)展了其它有關(guān)的遺傳庫的知識(shí)如表達(dá)人類血小板抗原、人類白血球抗原等的知識(shí)，并有可能取代目前的血清方法作為表征受血者和選擇供血者的常規(guī)方法。因此，建立實(shí)際方法是有用的，該方法允許在輸血抗原基因分型的基礎(chǔ)上為給定的受血者選擇相容的供血者，且如果有模糊度則提供定性的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估以指導(dǎo)選擇可能僅僅部分相容的供血者，假定可有限地利用不同的供血者群體，僅僅部分相容的供血者仍然可能是合乎需要的，同時(shí)提供了減小或消除該才莫糊度的方法。
發(fā)明內(nèi)容所公開的是方法、表示和算法，其用于在使受血者和預(yù)期供血者的輸血抗原基因型(也是血型基因型)交叉匹配的基礎(chǔ)上來建立兩種血型之間的相容性，也稱為遺傳交叉匹配("gXM")的過程。為了確定相容性，血型基因型根據(jù)與基本的等位基因組合的集合相關(guān)的表達(dá)狀態(tài)來比對(duì)相應(yīng)的表現(xiàn)型，且相容性通過建立由組成表現(xiàn)型構(gòu)成的血型的相容性來建立。因此，公開了一種用于在預(yù)置嚴(yán)緊性的選定的交叉匹配規(guī)則下快速地計(jì)算評(píng)估兩種血型，即，受血者(R)和候選供血者(D)的血型之間的相容性的方法。例如，相容性可在精確的規(guī)則下建立，以便供血者和受血者表達(dá)相同集合的抗原；可選地，相容性可在不精確的規(guī)則下建立，例如，以便由供血者表達(dá)的輸血抗原集合形成由受血者表達(dá)的抗原子集(即，供血者不表達(dá)受血者不表達(dá)的任何抗原，且在那種意義上具有限制的抗原清單)。為了允許有效的計(jì)算實(shí)現(xiàn)，血型以二進(jìn)制串的形式表示(也是"代碼"，以包括八進(jìn)制和十六進(jìn)制的幾種表示法中的一種的形式)，以便該串內(nèi)的位的子集反映血型系統(tǒng)內(nèi)限定個(gè)別表現(xiàn)型的抗原的存在("1")或不存在("O，，)，有助于血型的規(guī)范。根據(jù)本發(fā)明的交叉匹配規(guī)則被轉(zhuǎn)錄成在計(jì)算上實(shí)現(xiàn)為快速布爾串匹配操作的邏輯表達(dá)式，以確定R串和D串之間的相容性。例如在給定群體中最普遍地觀察到的血型的第一集合和第二集合之間的相容性關(guān)系方便地顯示在相容性矩陣中，例如"1"的條目指示相容性，而"0"的條目指示不相容性。部分相容性的測(cè)量還根據(jù)與R串和D串內(nèi)的個(gè)別錯(cuò)配位相關(guān)的分?jǐn)?shù)的乘積來提供，每個(gè)錯(cuò)配分?jǐn)?shù)設(shè)定為0和1之間的值，以反映相對(duì)應(yīng)的抗原之間錯(cuò)配的臨床重要性。在涉及次要血型系統(tǒng)Duffy、Kell、Kidd、MNS、Dombrock等的報(bào)導(dǎo)的血清表現(xiàn)型頻率的基礎(chǔ)上，在這里對(duì)非裔美國人中最普遍觀察到(或預(yù)期)的25個(gè)16-抗原血型提供了相容性和部分相容性矩陣。此外公開的是基因型與血型比對(duì)和遺傳交叉匹配的算法和實(shí)現(xiàn)。該算法允許通過比對(duì)基因型與表現(xiàn)型來建立已知輸血抗原基因型的候選供血者和受血者之間的相容性。優(yōu)選地，基因型包括在控制選定輸血抗原的表達(dá)的基因內(nèi)多個(gè)多態(tài)性位置中的每個(gè)處的正常(N)和變異(V)的等位基因指定的組合。所公開的是通過直接比較在一組標(biāo)記范圍內(nèi)限定的基因型來允許確定相容性的該組多態(tài)性輸血抗原標(biāo)記。更一般地，該比對(duì)引起基因型分解成為組成點(diǎn)突變集合，在這里稱為"單倍型，，，其在已建立的遺傳規(guī)則下合并，以確定限定特定表現(xiàn)型的編碼抗原的表達(dá)狀態(tài)。如果在表現(xiàn)型指定中產(chǎn)生模糊度，這一般在基因型包括未知配子相(gameticphase)的多個(gè)位置雜合二倍體時(shí)發(fā)生，則算法允許部分表現(xiàn)型相容性的評(píng)估，如在這里的第一部分中描述的，并可提供與使供血者和受血者配對(duì)相關(guān)的風(fēng)險(xiǎn)的定量評(píng)估；此外，該算法允許通過應(yīng)用統(tǒng)計(jì)的單倍型分析來減少^^莫糊度，或通過應(yīng)用確定未知配子相(也為"定相(phasing)")的方法來求解模糊度。附圖和表格的筒要描述圖1是示出血型的基因型與表現(xiàn)型的比對(duì)以及血型中的交叉匹配的圖示。圖2示出說明在不同交叉匹配規(guī)則下受血者和供血者的表達(dá)抗原集合之間的關(guān)系的維恩圖解。圖3是在輸血抗原基因分型的基礎(chǔ)上識(shí)別對(duì)受血者相容的供血者血液的過程的流程圖。圖4示出通過分析顯示在顏色編碼的微粒上的延長(zhǎng)產(chǎn)品的配子定相。圖5比較在80個(gè)(自我識(shí)別的)非裔美國人供血者的群體中由單倍型衍生的16-抗原次要血型頻率與通過公布的血清測(cè)定的抗原頻率的隨機(jī)組合衍生的頻率。圖6以散點(diǎn)圖示出圖5所示的相關(guān)性。圖7(表1)列出對(duì)輸包含錯(cuò)配抗原的血液的有害反應(yīng)的嚴(yán)重性和相關(guān)的相容性(也是"錯(cuò)配"，MM)分?jǐn)?shù)。圖8(表2)示出通過應(yīng)用指定等位基因顯性關(guān)系的遺傳規(guī)則而確定的抗原表達(dá)狀態(tài)。圖9(表3)示出基因型與抗原表現(xiàn)型的"一對(duì)一"比對(duì)。圖10(表4)為Dombrock血型系統(tǒng)的實(shí)施例示出基因型與抗原表現(xiàn)型的"多對(duì)一"比對(duì)。圖11(表5)為Duffy血型系統(tǒng)的實(shí)施例示出基因型與抗原表現(xiàn)型的"一對(duì)多"比對(duì)。圖12(表6)是與給定受血者表現(xiàn)型相容的表現(xiàn)型的部分列表。圖13(表7)示出Dombrock血型系統(tǒng)和相應(yīng)的抗原狀態(tài)的單倍型。圖14(表8)示出對(duì)基因型DOB/HY和相應(yīng)的表現(xiàn)型Do(a-b+)的基于基因型的交叉匹配。圖15(表9)是與基因型DOB/HY相容的基因型的總結(jié)。圖16(表IO)示出通過檢查基因型頻率的單倍型分析。圖17A(表ll)列出非裔美國人的十個(gè)最普遍的單倍型及其頻率。圖17B(表12)列出非裔美國人的十個(gè)最普遍的基因型及其頻率。圖18(表13)比較在80個(gè)(自我識(shí)別的)非裔美國人的群體中20個(gè)最普遍的16-抗原次要血型及其由基因型得到的頻率與通過公布的血清測(cè)定的抗原頻率的隨機(jī)組合得到的頻率。圖19(表14)比較由單倍型衍生的表現(xiàn)型頻率與公布的血清測(cè)定的抗原頻率。圖20(表15)是在非裔美國人中25個(gè)最普遍的16-抗原次要血型的相容性矩陣。圖21(表16)是在非裔美國人中25個(gè)最普遍的16-抗原次要血型的部分相容性矩陣(閾值=0.5)。圖22(表17)示出基因型交叉匹配。圖23(表18)是在非裔美國人中25個(gè)最普遍的16-抗原次要基因型的相容性矩陣。圖24(表19)示出為非裔美國人群體中已知基因型的患者選擇相容的供血者基因型。圖25(表20)是從80個(gè)自我識(shí)別的非裔美國人供血者中估計(jì)的50個(gè)最普遍的16-抗原次要血型的部分相容性矩陣。圖26(表21)示出由DNA分析得到的兩個(gè)高加索個(gè)體的抗原分型和交叉匹配預(yù)測(cè)以及在實(shí)際三態(tài)供血者庫中的實(shí)踐。詳細(xì)描述I.血型相容性的確定。交叉匹配的實(shí)際實(shí)現(xiàn)的一個(gè)前提是對(duì)建立血型的數(shù)學(xué)表示和相容性計(jì)分系統(tǒng)以評(píng)估變應(yīng)抗原的影響的需要，變應(yīng)抗原可能在嚴(yán)重性的不同水平處引起有害的輸血反應(yīng)。還應(yīng)考慮同種抗體的影響，其可能由于包括變應(yīng)抗原(或直接從供血者得到的抗體)的前面輸血的結(jié)果而引起。I.l血型(bT)的表示一在列表中總結(jié)的表達(dá)(或弱表達(dá))抗原的組合提供了血型以二進(jìn)制串的形式的方便表示，每個(gè)位指示特定輸血抗原的存在("1")或不存在("0")。例如，如果已知的抗原以Fya、Fyb、Lua、Lub、M、N、S、s、K、k、Jka、Jkb、Doa、Dob、Hy、Jo(a)的順序列出，則血型代碼cOlOlllOlOllOOlll表示血型(Fya-、Fyb+、Lua-、Lub+、M+、N+、S-、s+、K國、k+、Jka+、Jkb-、Doa-、Dob+、Hy+、Jo(a)+),其以抗原Fyb、Lub、M、N、s、k、Jka、Dob、Hy和Jo(a)的存在以及抗原Fya、Lua、S、K、Jkb和Doa的不存在為特征。該代碼也可以十六進(jìn)制的形式，即，c5F67來表示。個(gè)體血型的定義還可包括通過列出同源抗原作為"虛"抗原來記錄對(duì)輸血抗原而不是該個(gè)體自己的抗原的同種抗體。例如，如果供血者前面輸了僅部分匹配的血液，沒有被供血者表達(dá)的所有或一些抗原顯示在輸血的紅細(xì)胞上，則血型串被擴(kuò)充以包括那些"虛，，抗原的"0"項(xiàng)目。例如，如果來自先前輸血者的樣本可用于基因分型，則不同于供血者的抗原可包括在擴(kuò)充的受血者血型中。特別地，也許作為早些時(shí)候輸僅部分匹配的血液的結(jié)果，如果發(fā)現(xiàn)供血者形成抵抗顯示在輸血的紅細(xì)胞上的一個(gè)錯(cuò)配抗原的同種抗體，則血型為變應(yīng)抗原增加了"0"的項(xiàng)目。虛抗原的'T，的項(xiàng)目可用于指示特定同種抗體的缺乏。此增加的表示法確保下面描述的相容性計(jì)分和交叉匹配過程對(duì)全部增加的血型保持正確。1.2建立相容性一給定已知血型的受血者，對(duì)相容的供血者的搜索需要相容性標(biāo)準(zhǔn)的定義，在這里也稱為交叉匹配規(guī)則。在這里稱為精確交叉匹配規(guī)則的第一交叉匹配規(guī)則規(guī)定，如果供血者和受血者表達(dá)為比較而選擇的相同集合的輸血抗原，則供血者與給定的受血者相容。在這里稱為不精確交叉匹配規(guī)則的第二交叉匹配規(guī)則規(guī)定，如果供血者不表達(dá)受血者不表達(dá)的抗原，則供血者與給定的受血者相容，即，該標(biāo)準(zhǔn)增強(qiáng)了限制的供血者抗原清單。在該少見則下，限定供血者血型的選定抗原的集合為限定受血者血型的子集。缺乏除了顯示在受血者細(xì)胞上的那些抗原的任何血型在原則上是相容的，因?yàn)闆]有反應(yīng)的抗體出現(xiàn)在受血者的血清中以引起輸血反應(yīng)(只要受血者沒有形成自身抗體，一種在任何情況下都將被供血者的輸血惡化的罕見情形，如所預(yù)期的)。與精確交叉匹配比較，不精確交叉匹配規(guī)則相當(dāng)大地?cái)U(kuò)大了與給定受血者相容的供血者的數(shù)量，如實(shí)施例3和實(shí)施例5所示的。第三規(guī)則，即，不精確交叉匹配規(guī)則的變形規(guī)定，假定供血者只表達(dá)與受血者"弱，，反應(yīng)的抗原，則供血者被考慮為與給定的受血者部分相容。指定了反映那些"變應(yīng)"抗原的免疫原性和相應(yīng)的臨床重要性、反映在錯(cuò)配情況下的有害反應(yīng)的速度和嚴(yán)重性的分?jǐn)?shù)。在輸血中目前的實(shí)踐以交叉匹配規(guī)則為基礎(chǔ)，該規(guī)則基于抗原的缺乏(抗原陰性)來選4奪相容的供血者，抵抗該抗原的抗體已經(jīng)在受血者的血液中形成。該規(guī)則不必允許在受血者體內(nèi)的臨床上重要的抗原和相應(yīng)的免疫原性的反應(yīng)之間的可能的不相容性。圖2示出說明在不同交叉匹配規(guī)則下受血者與供血者的表達(dá)抗原集合之間的關(guān)系的維恩圖解。在不精確交叉匹配規(guī)則下，預(yù)期供血者的抗原清單^^皮限制(與在精確交叉匹配規(guī)則下選擇的供血者的抗原清單比較)，因?yàn)楸磉_(dá)抗原的供血者清單形成給定受血者的表達(dá)抗原的子集。該限制的供血者清單標(biāo)準(zhǔn)可能看起來似乎限制預(yù)期供血者庫，因?yàn)樗缶哂休^少數(shù)量的表達(dá)抗原的供血者(或以常規(guī)術(shù)語，較大數(shù)量的"抗原陰性")。然而事實(shí)上，因?yàn)榭山邮艿墓┭呖乖蛹蔀槭苎呖乖娜魏谓M合，在不精確交叉匹配下與給定受血者相容的候選供血者的數(shù)量大于在精確交叉匹配下可得到的數(shù)量(也見實(shí)施例6)。為了有效的實(shí)現(xiàn)，交叉匹配規(guī)則被轉(zhuǎn)錄為包括例如以二進(jìn)制、八進(jìn)制或十六進(jìn)制形式的串的邏輯表達(dá)式，表示受血者和預(yù)期供血者的血型。對(duì)于對(duì)確保在標(biāo)記的擴(kuò)展集合范圍內(nèi)的供血者-受血者相容性特別重要的不精確交叉匹配規(guī)則，邏輯表達(dá)式為([Pd]iANDNOT[Pr]JEQO,指數(shù)列舉血型串中的位。當(dāng)供血者血型串中的位為"1"AND受血者血型串中的位為"0"時(shí)，該表達(dá)式產(chǎn)生真值("1"),指使不相容性。部分相容性一為了建立對(duì)部分相容性的定性評(píng)估的基礎(chǔ)，范圍例如從0到1的相容性分?jǐn)?shù)在錯(cuò)配情況下以有害反應(yīng)的嚴(yán)重性遞減的順序被指定給抗原。也就是說，給非免疫原性的抗原指定分?jǐn)?shù)"r，，而給最高免疫原性的抗原指定分?jǐn)?shù)"0"。例如，給ABO抗原指定分?jǐn)?shù)"0",當(dāng)錯(cuò)配時(shí)該抗原反映其產(chǎn)生"立即；輕微到嚴(yán)重"的有害輸血反應(yīng)的臨床重要性。相反，給Lutheran抗原指定分?jǐn)?shù)0.75,當(dāng)錯(cuò)配時(shí)該抗原反映其產(chǎn)生"延時(shí)"的有害輸血反應(yīng)的臨床重要性。"查尋，，表1根據(jù)定性的臨床反應(yīng)級(jí)別(Hillyer,C.D.etal.,同上)示出如果錯(cuò)配時(shí)一些常見輸血抗原的相容性分?jǐn)?shù)。其它定義是可能的，例如，以具有特定抗原的出現(xiàn)頻率和所引起的臨床反應(yīng)的嚴(yán)重性的免疫原性分?jǐn)?shù)的組合的形式?？偟南嗳菪苑?jǐn)?shù)通過乘錯(cuò)配位的相容性分?jǐn)?shù)來計(jì)算，這在多個(gè)免疫抗原實(shí)體存在時(shí)導(dǎo)致增加了有害反應(yīng)。該假設(shè)與觀察是一致的，而不管免疫風(fēng)險(xiǎn)對(duì)特定的抗原變化相當(dāng)大的事實(shí)，額外的抗體形成被顯示為獨(dú)立地與最近20年回顧性的多個(gè)中心的研究(Schonewilleetal,Transfusion,46,630-635(2006))中輸血事件的數(shù)量相關(guān)聯(lián)，假定目前的輸血實(shí)踐包括使用具有對(duì)識(shí)別的抗體特有的抗原陰性的血液，而不是首先阻止免疫的血液。因此，通過(sj表示個(gè)別抗原的相容性分?jǐn)?shù)，血型相容性矩陣中的元素根據(jù)下列表達(dá)式計(jì)算其中[^]和C^]分別表示供血者和受血者的血型代碼，指數(shù)i指指示血型中個(gè)別抗原存在或不存在的位。作為所有變應(yīng)抗原的分?jǐn)?shù)的乘積，相容性分?jǐn)?shù)Si因此被限制在O和1之間。如果集合(i》是空的，沒有變應(yīng)抗原；則結(jié)果為1且供血者的血液被考慮為與受血者完全相容；如果結(jié)果為0,則供血者的血液被考慮為不相容的。e的小數(shù)值表達(dá)部分相容性該值越大，相容度就越高。在一個(gè)實(shí)施方式中，部分相容性分?jǐn)?shù)被定限，即，如果e(^A)<eth,則設(shè)置為e(^，A):=0，以便為了輸血的目的而不予考慮被認(rèn)為太危險(xiǎn)的那些血型。相容性矩陣一要在群體中被觀察的所觀察或預(yù)期的第一血型和第二血型之間的相容性分?jǐn)?shù)可以矩陣的形式緊湊地顯示。由特定的第一血型編索？1的每行以及例如通過遞減選定血型的出現(xiàn)頻率來排序的行包括由指示選定集合中第一血型和第二血型之間的相容度的分?jǐn)?shù)組成的串。根據(jù)精確交叉匹配規(guī)則，血型與其本身相容一在這里也稱為"e匹配，，的情況一由對(duì)角矩陣元素"1"表示。在不精確交叉匹配規(guī)則下，每種第一血型可與幾種第二血型相容，且矩陣的相應(yīng)(非對(duì)角)元素也包括元素'T，一在這里稱為"r匹配"的情況，或如所述的顯示通過評(píng)估部分相容性來獲得的值的元素一在這里也稱為"p匹配"的情況。包括零值的矩陣元素指示不相容的第一血型對(duì)和第二血型對(duì)。一般來說，在不精確交叉匹配規(guī)則下，表示受血者血型的幕一血型可與表示候選供血者血型的幾種第二血型相容，而相反的情況不成立矩陣不是對(duì)稱的。評(píng)估供血者庫一通常，如果輸血者以前是可能導(dǎo)致同種免疫的輸血的受血者，則他們可能喪失資格。然而在緊急情況下，這樣的供血者在目前的交叉匹配規(guī)則下可能是可接受的，只要相容性分?jǐn)?shù)根據(jù)更改的供血者和受血者代碼來計(jì)算，在每個(gè)"虛，，抗原位置處受血者位被復(fù)制到供血者位，并接著設(shè)定為"0"。II:輸血抗原基因型相容性的確定II.l基因型的表示一為了當(dāng)前的目的，我們將輸血基因型限定為在所關(guān)心的一個(gè)或多個(gè)基因內(nèi)的特定的可變位置("基因座")處給出目標(biāo)核酸的配置("等位基因")的值串。優(yōu)選地，每個(gè)指定的位置用一對(duì)低核苷酸探針訪問，其中一個(gè)設(shè)計(jì)成探測(cè)正常的(N)等位基因，另一個(gè)探測(cè)特定的變異(V)等位基因。優(yōu)選地，延長(zhǎng)的探針在確保聚合酶催化的探針延長(zhǎng)是為了匹配的探針而不是為了錯(cuò)配的探針而出現(xiàn)的情況下使用，匹配的探針是其3，末端與相應(yīng)的標(biāo)記等位基因匹配的探針。根據(jù)eMApTM格式表示個(gè)別探針延長(zhǎng)反應(yīng)的產(chǎn)生(見美國申請(qǐng)序列號(hào)10/271,602，同上)的化驗(yàn)信號(hào)強(qiáng)度的模式轉(zhuǎn)變?yōu)榉至⒌姆磻?yīng)模式，通過預(yù)置閾值的應(yīng)用轉(zhuǎn)變?yōu)榕c一對(duì)內(nèi)的探針相關(guān)聯(lián)的化驗(yàn)信號(hào)強(qiáng)度的比率(或其它組合)?；蛐徒又纱瓽={(NV)uJ表示，其中i列舉所關(guān)心的選定基因的集合內(nèi)的基因，以及k列舉第i個(gè)基因內(nèi)指定的多態(tài)性位置。N和V采取表示等位基因狀態(tài)的值在本公開內(nèi)容中，野生型(或正常)和突變(或變異)等位基因優(yōu)選地分別由字母"A"和"B"表示。例如，在MNS系統(tǒng)中的多態(tài)性位置GYPB143TX:處，"A"表示正常等位基因T，而"B，，表示變體等位基因C。在只有兩個(gè)等位基因的基因座，雙等位基因組合(NV)因而采取AA、AB(或BA)和BB的值。其它字母可用于表示等位基因狀態(tài)，例如，字母"D，，代表刪除。在優(yōu)選實(shí)施方式中，與指向相同標(biāo)記的一對(duì)探針相關(guān)的、優(yōu)選地通過除去非特定("背景")的成分來糾正的信號(hào)強(qiáng)度，和探測(cè)正常等位基因的探針相關(guān)的一個(gè)這樣的強(qiáng)度lN,以及與探測(cè)同一樣本中變體等位基因的探針相關(guān)的另一個(gè)這樣的強(qiáng)度Iv合并來形成辨別參數(shù)A=(IN-IV)/(IN+IV)，即，在-l和1之間變化的一個(gè)量。對(duì)于給定的樣本，低于預(yù)置的下限的值A(chǔ)指示純合變異，高于預(yù)置的上限的值A(chǔ)指示純合正常，以及高于下限而低于上限的值A(chǔ)指示雜合配置。輸血抗原基因型也可接著由串G^AuJ表示，其中與前面一樣，i列舉所關(guān)心的選定基因的集合內(nèi)的基因，以及k列舉第i個(gè)基因內(nèi)指定的多態(tài)性位置。因此，在這里輸血抗原基因型在表示法AA、AB(或BA)和BB中或等效地在表示法l、0、-1中被指定。基因型表示在這里稱為單倍型的兩個(gè)組成串的組合，每個(gè)組成串都表示在所有標(biāo)記位置的等位基因狀態(tài)的特定組合一每個(gè)標(biāo)記有一個(gè)等位基因。II.2標(biāo)記的選擇一受血者和候選供血者的相容性的測(cè)試，例如下面較詳細(xì)描述的同一性或近似同一性被限制為相關(guān)基因內(nèi)的標(biāo)記集合，當(dāng)該基因被表達(dá)時(shí)，將顯示在攜帶血液的細(xì)胞上的某些人類紅細(xì)胞抗原(HEA)編碼，受血者已經(jīng)產(chǎn)生(在早些時(shí)候暴露的基礎(chǔ)上)了抵抗該紅細(xì)胞抗原的抗體("同種抗體，，)或可產(chǎn)生該紅細(xì)胞抗原的抗體。在在輸血的受血者體內(nèi)和候選供血者體內(nèi)識(shí)別的選定標(biāo)記等位基因之間的匹配或近似匹配通常最小化了受血者免疫的危險(xiǎn)以及被免疫的受血者體內(nèi)同種抗體介導(dǎo)的有害輸血反應(yīng)的危險(xiǎn)，所述標(biāo)記相應(yīng)于位于編碼血型抗原并特別包括次要血型抗原的基因內(nèi)的多態(tài)性位置。也就是說，如果標(biāo)記的集合選擇成探查與這樣的反應(yīng)有關(guān)的相關(guān)等位基因，則受血者與供血者的標(biāo)記等位基因的比較可提供用于選擇相容的候選供血者的基礎(chǔ)。在共同未決的申請(qǐng)序列號(hào)11/257285(也見實(shí)施例2)中公開了標(biāo)記的集合；這些標(biāo)記可辟皮擴(kuò)展以包括控制表達(dá)如使突變沉默的額外標(biāo)記和檢測(cè)刪除、插入或重新組合的標(biāo)記。為了在一般情況中選擇供血者，期望有在比較與臨床上重要的輸血抗原的表達(dá)有關(guān)的基因型的基礎(chǔ)上確定供血者和受血者的相容性的過程，以便確保所有臨床上相關(guān)的血型抗原的匹配。II.3基因型與血型的比對(duì)一為了根據(jù)本發(fā)明實(shí)現(xiàn)基因的交叉匹配，基因型在過程(與"基因型不是表現(xiàn)型"的普遍原理有關(guān))中以處理模糊度的方式與血型比對(duì)；接著使用部分I中公開的方法來評(píng)估血型相容性。與包括血清分型的當(dāng)前實(shí)踐相反，通過基因型與表現(xiàn)型比對(duì)的相容性的測(cè)定提供了優(yōu)良的可靠性，因?yàn)閮煞N可能"變應(yīng)，，的實(shí)體，即，輸血引起的抗體和"外來"抗原對(duì)供血者的紅細(xì)胞有影響，只要它們被表達(dá)，不管是強(qiáng)地還21是弱地。在很多情況下，表現(xiàn)型由基因型直接和明確地識(shí)別(Hashmietal.,同上)。本發(fā)明處理的一個(gè)問題是與基因型與表現(xiàn)型比對(duì)的惡化有關(guān)的風(fēng)險(xiǎn)的定性評(píng)估和求解由該惡化產(chǎn)生的模糊度。給定由等位基因的指定集合組成的基因型，在血型測(cè)定中的第一個(gè)步驟是確定由那些等位基因編碼的個(gè)別輸血抗原的表達(dá)狀態(tài)。對(duì)于每個(gè)標(biāo)記，讓(Ee)表示基因型(NV)中等位基因N和V的顯性特征，且讓E和e采取三個(gè)值一D(顯性基因)、R(隱性基因)和N(非表達(dá)基因)之一。反映操作遺傳模式的相應(yīng)抗原表達(dá)狀態(tài)(AgNAgv)接著由一對(duì)布爾變量(Xx)方便地表示，其中"1"(或"真")和"0"(或"假")的值分別指示抗原的存在和不存在，如部分I中描述的。(Xx)的值通過評(píng)估下列邏輯表達(dá)式來確定X=(EEQ"D")OR((EEQ"R")AND狀態(tài))，X=(eEQ"D")OR((eEQ"R")AND狀態(tài))，^巾狀態(tài)-(EeNEQ"DR")AND(EeNEQ"RD")AND(EeNEQ"麗")。在這里，OR、AND、EQ和NEQ是返回布爾值"1"("真，，)或"0"("假，，)的邏輯操作符，分別取決于相應(yīng)的"或"、"和"、"等于"和"不等于"關(guān)系的有效性。"一對(duì)一"比對(duì)SNP標(biāo)記(也見實(shí)施例2A)—在幾個(gè)重要的血型系統(tǒng)中的等位基因包括相應(yīng)于編碼的抗原中的單氨基酸變化的單核魯酸多態(tài)性。在這樣的情況下，抗原表達(dá)狀態(tài)(Xx)因而表現(xiàn)型從上面的表達(dá)式容易和明確地評(píng)估，如表2和表3所示的；在所關(guān)心的大多數(shù)情況下，等位基因是共顯性的，而獨(dú)親的抗原是表達(dá)的。例如，Kidd系統(tǒng)中的單核苷酸多態(tài)性(SNP)JK838G〉A(chǔ)相應(yīng)于將正?？乖璊ka改變?yōu)楠?dú)親抗原Jkb的單氨基酸置換。"多對(duì)一"比對(duì)(也見實(shí)施例2B)—在其它例子中，等位基因包括多個(gè)可變的基因座。例如，如表4所示，在Dombrock系統(tǒng)內(nèi)位置DO-793、DO-624、DO-378、DO-350和DO-328處的五個(gè)可變的基因座限定基因型的多態(tài)性，在一些情況下，該基因型表示單倍型的多個(gè)組合。顯著地，根據(jù)已知的遺傳模式(Reid，M.andLomas-Francis，C,"TheBloodGroupAntigenFactsBook",AcademicPress,2nded.,2004)，個(gè)別單模組合的抗原表達(dá)狀態(tài)的評(píng)估表明，不同的單模組合("雙模，，)與相同的表現(xiàn)型比對(duì)例如，DOB/DOA和HA/SH都與表現(xiàn)型Do(a+b+)比對(duì)，而多個(gè)不同的基因型與四個(gè)(已知)的表現(xiàn)型中的每一個(gè)比對(duì)。這種情況在這里稱為"多對(duì)一"(也是"衰弱的")比對(duì)。明確的比對(duì)可由下列方程表示多態(tài)性的共顯性等位基因編碼，則存在交叉匹配的特殊情況一"g匹配，，，即，完全相容的匹配，如果受血者和供血者具有相同的基因型。例如，在"一對(duì)一，，比對(duì)的這種情況下，基因型的同一性意味著在精確交叉匹配規(guī)則下的相容性。"一對(duì)多"比對(duì)模糊度一更一般地，在具有未確定的配子相的2-基因座(多基因座)雜合基因型內(nèi)固有的模糊度容許有模糊的表現(xiàn)型。例如(表5),根據(jù)配子相，在Duffy系統(tǒng)中在基因座對(duì)FY-33和FY125處的雜合組合編碼抗原Fya或獨(dú)親抗原Fyb。也就是說，在位置Duffy-Fy(Fy125)處具有"G"的正常等位基因編碼抗原Fya,而在該位置處具有"A"的變體等位基因編碼獨(dú)親抗原Fyb,但表達(dá)由分離的標(biāo)記Duffy-GATA(FY-33)控制如果Duffy-GATA(FY-33)突變，則它破壞基因的轉(zhuǎn)錄并使FYA/B的表達(dá)沉默。雜合等位基因的2-基因座組合，即，在(GATA,FY)處的(AB,AB)在表現(xiàn)型預(yù)測(cè)中引起模糊，因?yàn)閱伪缎徒M合可為編碼Fy(a+b-)的A-A/B-B或編碼Fy(a-b+)的A-B/B-A。因?yàn)楫?dāng)在輸血中錯(cuò)配時(shí)，Duffy抗原可引起"輕微到嚴(yán)重，，的輸血反應(yīng)，如e-0.375的部分相容性分?jǐn)?shù)所示的，基因型中的模糊度需要進(jìn)一步的說明。通過單倍型分析來減少或消除模糊度的方法在實(shí)施例3或4中示出。模糊度的比對(duì)可由下列方程描述厶r-伊rv,II.4與比對(duì)模糊度相關(guān)的風(fēng)險(xiǎn)的評(píng)估一由"一對(duì)多"比對(duì)產(chǎn)生的多個(gè)可能的("假想的，，)血型通常在表示特定抗原的位不同，例如，三個(gè)假想的血型cl001、cOOOl和cl000在第一和最后一位不同。與比對(duì)模糊度相關(guān)的風(fēng)險(xiǎn)及其可能的臨床結(jié)果因而表現(xiàn)在錯(cuò)配的位中和在相應(yīng)的可能的變應(yīng)抗原的不同表達(dá)狀態(tài)中。特別是在緊急情況下，在特定的"一對(duì)多"比對(duì)中有與模糊度有關(guān)的定性風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估是有用的，特別是當(dāng)對(duì)受血者進(jìn)行測(cè)定時(shí)。風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估被公開，以根據(jù)在圖3中繪制的程序來提供用于決定是否接受在特定的假想血型的模糊度中固有的剩余風(fēng)險(xiǎn)的基礎(chǔ)，并繼續(xù)進(jìn)行或?qū)で箢~外的凈化。一個(gè)策略是在"最壞病例"情況的假設(shè)下繼續(xù)進(jìn)行。也就是說，假設(shè)假想血型為受血者的血型，計(jì)算所有假想血型與所有可得到的候選供血者的(部分)相容性，并采用最低部分相容性分?jǐn)?shù)作為決定是否繼續(xù)進(jìn)行的基礎(chǔ)。然而，如果可能變應(yīng)的抗原是臨床上重要的，則受血者的假想血型與候選供血者的血型之間的相容性分?jǐn)?shù)可能非常不同，且最壞病例情況可能產(chǎn)生過度保守的評(píng)估。此外，假想血型的出現(xiàn)頻率通常不是相同的。因此，最壞病例情況可能與具有低頻率的假想血型有關(guān)。在評(píng)估所有假想血型和可得到的候選供血者的相容性分?jǐn)?shù)之前，根據(jù)這里公開的策略，更詳細(xì)地檢查假想血型因此是合理的。首先，指定給可能的("假想，，)血型的概率(cj與比對(duì)一致，以便評(píng)估一個(gè)或多個(gè)假想血型是否可能是次要的。接著，根據(jù){}來排列可行的假想血型，以限定反映遇到具有不可接受的低相容性分?jǐn)?shù)的血型的可能性的風(fēng)險(xiǎn)閾值。風(fēng)險(xiǎn)分?jǐn)?shù)可以{}和相容性分?jǐn)?shù)的幾種可能組合中的一種形式來限定。估計(jì)血型頻率一在這里限定為免疫原性實(shí)體的組合的血型一般包括多于10個(gè)的抗原，其中大多數(shù)與基因中高度多態(tài)性的點(diǎn)突變相關(guān)。例如在血液中心的數(shù)據(jù)庫中，估計(jì)出現(xiàn)頻率對(duì)大規(guī)模地給供血者和患者交叉匹配是重要的；然而，通過直接計(jì)數(shù)的準(zhǔn)確估計(jì)很難，因?yàn)檫@些抗原的大量組合指示樣本具有不實(shí)際的大數(shù)量，以便結(jié)果有統(tǒng)計(jì)重要性。這里描述的合乎需要的方法包括沿著相同的DNA鏈一等位基因或單倍型一分組使用在緊密間隔的點(diǎn)突變中的聯(lián)接，以及在不同的基因或染色體上的那些聯(lián)接狀態(tài)中使用統(tǒng)計(jì)^:系。對(duì)于包括多個(gè)點(diǎn)突變的等位基因，特別是當(dāng)沉默突變與抗原決定子聯(lián)接時(shí)，所識(shí)別的單倍型在得到抗原表達(dá)方面是有用的。例如，在實(shí)施例9中提到的大規(guī)模研究中，GPB-int5沉默突變被確認(rèn)為總是與S確定點(diǎn)突變等位基因GYPBS聯(lián)接，但永遠(yuǎn)不與突變等位基因GYPBS聯(lián)接，換句話說，只有單倍型GPB-int5"B"-GYPB存在，但GPB-int5"B"-GYPBS不存在。我們將接著有較大的信心指定例如S-s+表現(xiàn)型的(AB的GPB-int5和AB的GPB)的分型。單倍型分析使用最大期望(EM)算法，以找到沿著短DNA鏈的點(diǎn)突變的聯(lián)接狀態(tài)并估計(jì)其頻率。一般用在群體遺傳學(xué)中的特定方法是基因計(jì)數(shù)，其為多項(xiàng)式數(shù)據(jù)的EM算法(WeirBS.GeneticDataAnalysisII:MethodsforDiscretePopulationGeneticData.Sunderland,MA:SinauerAssociates;1996;DempsterA,LairdN,RubinD.MaximumlikelihoodfromincompletedataviatheEMalgorithm.JouranlofRoyalStatisticalSociety1977;39:1-38)，其中單倍型頻率(基本的完整數(shù)據(jù)集合)可通過考慮在確立的參數(shù)中間的相互依賴性知識(shí)的迭代方法從基因型頻率(在實(shí)驗(yàn)中確定的可能不完整的凄史才居集合)4古i十(LangeK.MathematicalandStatisticalMethodsforGeneticAnalysis.2nded.NewYork:Springer;2002)。接著計(jì)算下面的雙倍型頻率(Langeetal同上)其中H和h表示特定雙倍型的兩個(gè)組成單倍型；2的倍增因數(shù)說明由兩個(gè)單倍型組成的兩個(gè)等概率的雙倍型，因?yàn)樗鼈冊(cè)谶z傳時(shí)轉(zhuǎn)換位置。結(jié)果形成一組雙倍型頻率對(duì)一(dk，C)J。當(dāng)一個(gè)人從父母之一遺傳時(shí)，這里在更廣泛的意義上稱為"單倍型"，點(diǎn)突變的完整集合的出現(xiàn)頻率接著被計(jì)算為在不同基因上的等位基因/單倍型的出現(xiàn)頻率的乘積，假定它們被無關(guān)聯(lián)地測(cè)試。如從受血者和/或供血者的單倍型分析中估計(jì)的，"假想，，血型的概率可接著寫成形式Ar-噴^一>ncV，以及《r,:&—>恥〃，々，具有低于預(yù)置閾值的估計(jì)頻率的假想血型可從進(jìn)一步的考慮排除，而沒有過度的風(fēng)險(xiǎn)。血型頻率可接著被計(jì)算為在每個(gè)血型或基因中抗原的組合的出現(xiàn)頻率的乘積，如果它們被無關(guān)聯(lián)地測(cè)試，這在大多數(shù)情況下是正確的。否則，人們需要考慮計(jì)算一種排列出現(xiàn)的條件概率，該排列以位于不同級(jí)因或染色體上的另一種^t非列為條件。下面分析d、群體樣本，如果新的基因型不能表示為建立的單倍型的組合，則在新的單倍型的搜索中可嘗試串匹配，新的單倍型可與任何一個(gè)建立的單倍型結(jié)合而形成給定的基因型。這種方法實(shí)際上識(shí)別兩個(gè)最近報(bào)導(dǎo)的新單倍型，Dombrock系統(tǒng)(hashmietal,同上)內(nèi)的Ha和Sh(表4)。新單倍型的頻率通過乘基本上假定為隨機(jī)組合的組成等位基因的頻率來估計(jì)，且其它單倍型的頻率被適當(dāng)?shù)刂卣?。然后，根?jù)上面給定的表達(dá)式重新計(jì)算相應(yīng)的假想血型及其頻率。當(dāng)隨機(jī)供血者庫累積了較多的基因型病例時(shí)，可重復(fù)EM計(jì)算，以便精調(diào)頻率。計(jì)算風(fēng)險(xiǎn)分?jǐn)?shù)一通過相互比較假想血型，優(yōu)選地通過在所有串中的相應(yīng)位置上合計(jì)位可獲得模糊度的分型測(cè)量。合計(jì)到除了"0"或假想血型的數(shù)量"N"的值的任何總數(shù)識(shí)別一個(gè)位置，至少一個(gè)假想血型在該位置不同于其它血型，且在這些位置中設(shè)置校驗(yàn)位。通過形成與所有校驗(yàn)位位置相關(guān)的相容性分it的乘積(表1),以類似于部分I中描述的部分相容性的評(píng)估的方法可接著獲得模糊度的在臨床上重要的定性測(cè)量。相關(guān)風(fēng)險(xiǎn)的分凌tu通過將該乘積/人單位元素中減去來確定w=0，=0,其中血型(3對(duì)受血者或供血者可分別為(3r或pd。如果該乘積接近于單位元素且相應(yīng)的風(fēng)險(xiǎn)分?jǐn)?shù)u低于預(yù)置的閾值，則假想血型中間的差異被考慮為在臨床上重要的。在這樣的情況下，尋找"最佳病例"情況是合理的，也就是說，從產(chǎn)生最佳相容性分?jǐn)?shù)的具有任何假想血型的供血者開始或通過26線性組合繼續(xù)進(jìn)行下去如超過預(yù)置閾值的值u所指示的，如果風(fēng)險(xiǎn)分?jǐn)?shù)為"高"，則單倍型分析(實(shí)施例2或3)和任選地定相(實(shí)施例4)可隨血庫管理員的意思進(jìn)行。在緊急情況下，假定這樣的額外分析測(cè)量在有效時(shí)間內(nèi)不容易得到，則通過不予考慮具有低于預(yù)置截止點(diǎn)的估計(jì)頻率的假想血型來減小模糊度可能是合理的。部分相容性一否則，對(duì)所有可行的假想血型計(jì)算部分相容性分?jǐn)?shù)。假定這些血型具有可比較的估計(jì)頻率，且模糊度風(fēng)險(xiǎn)分?jǐn)?shù)不高，則部分相容性分?jǐn)?shù)可被確定為頻率加權(quán)的平均值。另一方面，如果模糊度風(fēng)險(xiǎn)分?jǐn)?shù)高，則根據(jù)上面考慮的"最壞病例，，假設(shè)，通過在受血者的假想血型和最接近地匹配的可得到的供血者血型之間的交叉匹配的所有可能的組合中挑選可設(shè)定部分相容性分?jǐn)?shù)，具有最低相容性分?jǐn)?shù)的一個(gè)是III.相容的供血者搜索和交叉匹配算法由于二進(jìn)制(或等效的)血型表示被限定，預(yù)先調(diào)整的精確的交叉匹配規(guī)則被建立并轉(zhuǎn)錄成邏輯表達(dá)式，以及與比對(duì)模糊度相關(guān)聯(lián)的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的規(guī)定被完成，現(xiàn)在公開了實(shí)際算法，其合并這些概念并在基因分型的基礎(chǔ)上為給定的受血者提供用于快速選擇候選供血者的方法和實(shí)現(xiàn)。假定預(yù)先計(jì)算的相容性矩陣和供血者血型的數(shù)據(jù)庫通過基因型與表現(xiàn)型的比對(duì)得到，則可實(shí)現(xiàn)快速搜索算法以如下為給定的受血者識(shí)別候選供血者。首先，構(gòu)造優(yōu)先級(jí)列表，其中列舉可能相容的血型。該列表有三個(gè)一般的部分e("精確")-匹配，r("不精確，，)-匹配和p("部分")-匹配一以優(yōu)先級(jí)遞減的順序。在e匹配和r匹配中，具有4交高出現(xiàn)頻率的血型具有較高的優(yōu)先級(jí)；在p匹配中，具有較高相容性分?jǐn)?shù)的血型具有較高的優(yōu)先級(jí)。如果多個(gè)項(xiàng)目具有相同的相容性分?jǐn)?shù)，則較頻繁的類型具有較高的優(yōu)先級(jí)。接著，進(jìn)行優(yōu)先級(jí)列表的搜索以按照列表中的優(yōu)先級(jí)順序找到候選供血者；顯示所有可接受的相容的候選供血者，維持優(yōu)先級(jí)順序并為"部分相容的，，類別中的所有候選供血者添加相容性分?jǐn)?shù)。實(shí)現(xiàn)一優(yōu)選地，計(jì)算機(jī)程序用于根據(jù)下面的偽碼概述來實(shí)現(xiàn)本發(fā)明的交叉匹配過程。#defmeDominant1存defmeNull0#defmeRecessive-1/*用于在所有標(biāo)記處為給定的供血者基因-單倍型比對(duì)基因型與表現(xiàn)型的子程序*/Geno2Pheno(DonorType，mapGeno2Pheno)for(index=allmarkersinDonorType)position=mapGeno2Pheno.fmd(DonorType.genotype);DonorType.marker(index).phenotype=mapGeno2Pheno(position).second;/*用于在所有標(biāo)記處為給定的供血者基因-單倍型檢驗(yàn)和設(shè)置表達(dá)狀態(tài)的子程序*/checkExpressionState(DonorType)for(index—allmarkersinDonorType)/*找到與每個(gè)表現(xiàn)型相關(guān)的表達(dá)*//*表現(xiàn)型具有通過在listPhenotypes中查尋來找到表達(dá)的子程序*/el=DonorType.marker(index),phenotypel->getExpression(listPhenotypes);e2~DonorType.marker(index).phenotype2->getExpression(listPhenotypes);xl=(el==Dominant)+(el==Recessive)*((el+e2)!=Null);x2=(e2==Dominant)+(e2==Recessive)*((el+e2)I=Null);for(index2=allhaplotypesinDonorType)if(associatedhaplotypesuggestssilencingatxlorx2)xlorx2=0;/*對(duì)在每個(gè)標(biāo)記上的每個(gè)等位基因設(shè)置表達(dá)狀態(tài)*/DonorType(index).expression!=xl;DonorType(index).expression2=x2;/*用于比對(duì)供血者表現(xiàn)型與血型或抗原的列表的子程序*/Pheno2Blood(DonorType,mapPheno2Antigen)for(index=allmarkersinDonorType)for(xl,x2thatistrueorexpressed)/*找到表現(xiàn)型與抗原比對(duì)中的表現(xiàn)型*/position=mapPheno2Antigen.find(DonorType.marker(index),phenotype);/*將所有找到的抗原插到現(xiàn)有列表；忽略重復(fù)的項(xiàng)*/DonorType.antigens.insert(mapPheno2Antigen.(position),second);/*用于建立不重復(fù)的血型的子程序*/EstablishListBlood(DonorType,listBloods)for(index=allelementsinlistDonorTypes)if(listDonorTypes(index),antigens,thecombinationisnotlistedinthelistBlood)listBlood.insert(listDonorTypes(index),antigens);/*用于預(yù)處理的子程序*/Preprocess(listGenotypes,listPhenotypes,mapGeno2Pheno，listDonorTypes,listBloods)/*在基因型的列表中設(shè)定ID和名稱*/listGenotypes=setListGeno(fileParameters);嚴(yán)在表現(xiàn)型的列表中設(shè)定ID、名稱和表達(dá)狀態(tài)*/listPhenotypes=setPhenoExpression(fileParameters);/*設(shè)置基因型與表現(xiàn)型比對(duì)*/mapGeno2Pheno=isetMapGeno2Pheno(fileParameters);/*設(shè)置表現(xiàn)型與抗原比對(duì)*/mapPheno2Antigen=setMapPheno2Antigen(fileParameters);/*比對(duì)和關(guān)聯(lián)血型與每個(gè)供血者基因-單倍型*/for(index=0tolistDonorTypes.sizeQ)/*與受血者的main()程序相同的所有供血者的比對(duì)過程"Geno2Pheno(listDonorTypes(index).DonorType,mapGeno2Pheno);checkExpressionStateflistDonorTypes(index).DonorType);Pheno2Blood(listDonorTypes(index).DonorType,mapPhenol2Antigen);EstablishListBlood(listDonorTypes，listBloods);/*基于基因型的交叉匹配*/main()/*輸入所有參數(shù)并比對(duì)供血者基因型與血型*//*以及列出所有的血型*/Preprocess(listGenotypes,listPhenotypes,mapGeno2Pheno，listDonorTypes,ListBloods);/*從請(qǐng)求讀取受血者基因型并與血型比對(duì)*//*對(duì)每個(gè)供血者，基因型、表現(xiàn)型、表達(dá)狀態(tài)和血型及代碼在"recipientType"數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)中*/input(recipientGenotype);input(ruleState);recipientType.genotype=recipientGenotype;/*比對(duì)基因型與表現(xiàn)型*/Geno2Pheno(recipientType，mapGeno2Pheno);/*通過單模表本檢驗(yàn)表達(dá)狀態(tài)變更*/checkExpressionState^recipientType);/*比對(duì)表現(xiàn)型與血型并產(chǎn)生血型代碼，該代碼本身為二進(jìn)制串或以十六進(jìn)制形式，位的相對(duì)位置按照抗原的預(yù)置順序*/Pheno2Blood(recipientType,mapPheno2Antigen);=recipientType.bTypeCode;If(ruleState-EXACT)for(index=listDonorTypes.size(》if(recipientType.bTypeCode=listDonorTypes(index).bTypeCodeprint(listDonorType(index));,/*打印出結(jié)果*/elseif(ruleState=RELAXED;>for(index=alllistDonorTypes.size())=listDonorTypes(index).bTypeCode;/*根據(jù)相容性表達(dá)式檢驗(yàn)相容性*/matrix_element=[Pr]==0);if(matrix—element!=0)print(listDonorType(index));/*打印出結(jié)果*/else/*如果ruleState=PARTIAL*/for(index=allHstDonorTypes.size())=listDonorTypes(index).bTypeCode;/*根據(jù)相容性表達(dá)式檢驗(yàn)相容性*//*1.計(jì)算變應(yīng)抗原的代碼*/res[卩J;/*2.計(jì)算相容性矩陣元素*/comp=1.0;for(i=0;KbTypeLength;i++)if(res&(li))/*如果ith最低位為非零*/comp*=s[i];/*乘變應(yīng)4元原的所有s*/matrix—element=comp;/*如杲是非零元素，打印出供血者血型和相容性值*/if(matrix一element！=0)print(listDonorType(index),matrix—element);實(shí)施例l:精確和不精確的交叉匹配規(guī)則考慮限定為表現(xiàn)型的組合(Fy(a-b+)，Lu(a-b+),M+N+S-S+,K-k+，Jk(a+b-)，Do(a-b+))的血型。根據(jù)一個(gè)引用(Reid，M.&Lomas-Francis,C，同上)和通過隨機(jī)組合的分析，該表現(xiàn)型在非裔美國人中以大約1.5%的頻率出現(xiàn)。表6示出根據(jù)精確和不精確匹配規(guī)則的相容的完整表現(xiàn)型。在精確交叉匹配規(guī)則下，供血者具有與受血者完全一樣的完整表現(xiàn)型。在不精表現(xiàn)型Fy(a-b-)與具有表現(xiàn)型Fy(a-b+)的受血者相容，因?yàn)榧葲]有Fya也沒有Fyb的紅細(xì)胞對(duì)受血者的免疫系統(tǒng)可能不顯示變應(yīng)的Duffy抗原。相同的推理適用于其它標(biāo)記。因此，例如，組合(Fy(a國b+)，Lu(a畫b+)，M+N+S畫S+,K-k+,Jk(a+b-)，Do(a隱b+))在不精確交叉匹配規(guī)則下被考慮為相容類型，在該規(guī)則下相應(yīng)于大約12.5%的可利用的候選供血者的總共54個(gè)表現(xiàn)型是相容的，該比例實(shí)質(zhì)上超過在精確交叉匹配規(guī)則下可得到的比例。所以名稱為不精確交叉匹配規(guī)則。實(shí)施例2:基因型與表現(xiàn)型比對(duì)和基因型相容性本實(shí)施例在將交叉匹配規(guī)則應(yīng)用于表現(xiàn)型之后示出基因型與表現(xiàn)型的比對(duì)以及表現(xiàn)型與血型的合并，以便得到相容基因型的集合。在Duffy、Lutheran、MNS、Kell、Kidd、Dombrock、Scianna、Diego、Colton和Landsteiner-Wiener血型系統(tǒng)中對(duì)與26個(gè)表現(xiàn)型有關(guān)的18個(gè)多態(tài)性基因座的特定選4奪限定的基因型使用對(duì)分層為幾個(gè)組的496個(gè)供血者的一系列等位基因特有的揮:針對(duì)來識(shí)別，如在Hashmietal(同上)中沖艮導(dǎo)的。2A—通過視覺檢查的直接轉(zhuǎn)錄一限定選定系列但不是Dombrock和Duffy血型系統(tǒng)中系列中的等位基因的單核苦酸多態(tài)性具有一對(duì)一的基因型與表現(xiàn)型比對(duì)，允許相應(yīng)抗原的組合從基因型中很快讀出。例如，在Colton,基因型AA、AB、BB分別相應(yīng)于抗原狀態(tài)(Coa+,Cob-)、(Coa+，Cob+)、(Coa-，Cob+)。當(dāng)A("正常")和B("變體")等位基因是共顯性的時(shí)，適用于基因型的交叉匹配MJ3'J如下對(duì)于精確交叉匹配，所有三種類型只與其本身相容，而對(duì)于不精確交叉匹配，AA和BB與其本身相容，且所有三種類型都與AB相容。2B—多基因座等位基因和統(tǒng)計(jì)單倍型分析Dombrock—對(duì)于Dombrock血型系統(tǒng)，根據(jù)五個(gè)多態(tài)性基因座DO-793、DO-624、DO-378、DO-350和DO-323限定的等位基因給四個(gè)(來自五個(gè)已知的)抗原，即，Doa、Dob、Holley(Hy)和Joseph(Jo(a))編碼。當(dāng)表現(xiàn)型由多基因座等位基因確定時(shí)，視覺檢查通常不足以構(gòu)成比對(duì)。為了繼續(xù)下去，單倍型必須構(gòu)造成說明觀察的基因型，并通過應(yīng)用所建立的遺傳規(guī)則來識(shí)別表現(xiàn)型。統(tǒng)計(jì)單倍型分析為識(shí)別可能性最大的單倍型集合提供了充分確立的方法，以說明觀察到的基因型分布。為HardyWeinberg平衡產(chǎn)生的大于0.1的P值測(cè)試18個(gè)基因座(與36對(duì)等位基因有關(guān))的完整集合的公布的分型結(jié)果指示等位基因在群體中是平衡的，且進(jìn)一步指示該取樣和分型誤差是可忽略的。在可公開得到的實(shí)現(xiàn)中，期望最大(EM)算法(見DempsterAP，etal.,"MaximumLikelihoodfromIncompleteDataviatheEMAlgorithm",J.R.Stat.Soc.B1997:39:1-38)HAPLORE(ZhangK,etal.,"HAPLORE:aprogramforhaplotypereconstructioningeneralpedigreeswithoutrecombination",Bioinformatics2005:21:卯-103)用于估計(jì)單倍型頻率，以說明才艮導(dǎo)的基因型頻率。作為對(duì)HAPLORE的輸入，血統(tǒng)文件從遭遇的等位基因型集合，即，在每個(gè)多態(tài)性基因座處的A或B構(gòu)成，每個(gè)基因座都被指定給內(nèi)部ID,即，1或2。與連續(xù)EM迭代中單倍型頻率估計(jì)的增量相關(guān)提高有關(guān)的收斂標(biāo)準(zhǔn)設(shè)定為io-8,以及保持單倍型的頻率閾值設(shè)定為l(T6。該算法不僅識(shí)別以前報(bào)導(dǎo)的(Hashmietal,同上)六個(gè)單倍型，而且提供相應(yīng)的估計(jì)頻率。參考相關(guān)的遺傳規(guī)則的文獻(xiàn)，所有的抗原狀態(tài)容易從這些單倍型和所估計(jì)的表現(xiàn)型頻率(沒有示出)構(gòu)造。表7列出結(jié)果，且表8概述了Dombrock基因型與其相應(yīng)的表現(xiàn)型和抗原狀態(tài)的比對(duì)。例如，基因型DOB/DOB與表現(xiàn)型Do(a-b+)比對(duì)，然后與具有抗原代碼0111的(Doa-，Dob+，Hy+，Jo(a)+)的抗原狀態(tài)比對(duì)。顯著地，如前面觀察到的(Hashmietal,同上)，雖然在一些情況下，發(fā)現(xiàn)多個(gè)不同的組合產(chǎn)生相同的基因型，發(fā)現(xiàn)所有這些組合連同其它基因型都與相同的血型比對(duì)，在本例中允許從受血者和供血者基因型的同一性推斷Dombrock表現(xiàn)型的相容性。更系統(tǒng)地，相容性矩陣使用選定的交叉匹配規(guī)則將受血者抗原代碼與其相容的供血者抗原代碼聯(lián)系起來。例如，相容性矩陣將供血者代碼0111連接到受血者代碼0111和1111。逆比對(duì)和基因型相容性一給定表現(xiàn)型相容性矩陣，表8中的比對(duì)產(chǎn)生供血者基因型的相容集合。例如，給定DOB/HY的基因型，相應(yīng)的表現(xiàn)型首先被識(shí)別為具有抗原代碼0111的Do(a-b+)。如表中所示，為了識(shí)別相容的基因型，開始搜索以將代碼Olll(由虛圓示出)連接到兩個(gè)相容的供血者抗原代碼0111和0101。第一個(gè)代碼0111相應(yīng)于沿著矩陣的對(duì)角線的相容性元素，表示精確的交叉匹配。找到五個(gè)相容的基因型DOB/DOB、DOB/HY、DOB/SH、HY/SH和SH/SH;相容的基因型的完整集合在表9中列出。第二個(gè)代碼0101相應(yīng)于相容性矩陣中的非對(duì)角線元素，表示不精確的交叉匹配。只找到一個(gè)相容的基因型HY/HY。表4概述了所有相容的基因型，以斜體字示出在不精確交叉匹配規(guī)則下相容的基因型。如果已經(jīng)知道受血者的表現(xiàn)型，則人們簡(jiǎn)單地跳過比對(duì)并從抗原代碼開始。實(shí)施例3:通過消除來減小模糊度GATA-Duffy在沒有求解配子相的情況下，在兩個(gè)雙等位基因座處的雜合體一般意味著模糊度。然而，在某些情況下，特別是當(dāng)HardyWeiberg平衡的缺乏意味著非隨機(jī)取樣時(shí)，通過檢查數(shù)據(jù)來求解模糊度也許是可能的。恰當(dāng)?shù)睦邮荈y-33的組合、Duffy的GATA盒中的沉默突變以及在FY125表示FYA/FYB的標(biāo)記。表10示出GATA突變和FYA/FYB的基因型頻率，如在未指明的種族起源的一組430個(gè)隨機(jī)供血者中觀察到的，在前述公布的數(shù)據(jù)集合(Hashmietal,同上)中，HardyWeiberg平衡測(cè)試(在這里沒有示出)提議供血者群體被強(qiáng)烈地分層，排除了EM平衡的應(yīng)用。然而，直接檢查提供了必不可少的判斷力。因此，產(chǎn)生觀察到的基因型的2-基因座雙等位基因組合(GATA,FY)連同觀察到的頻率(表10中下部的實(shí)驗(yàn)對(duì)象)一起被列出(表10中的中間的實(shí)驗(yàn)對(duì)象)。容易指定表的所有元素，除了(AB，AB)。沿著單倍型B-A的行和列檢查觀察到的基因型顯示出沒有一個(gè)相應(yīng)的組合(AB，AA)、(BB,AA)和(BB，AB)被觀察到。這強(qiáng)烈地指示單倍型B-A的缺乏和組合(A-A/B-B)的標(biāo)識(shí)，以明確說明基因型(AB,AB)。實(shí)施例4:通過DNA定相來求解單倍型模糊度本實(shí)施例示出定相的使用將模糊度減小到可接受的水平或?qū)⑺耆?，?dāng)既不應(yīng)用統(tǒng)計(jì)單倍型分析也不應(yīng)用直4妻的一見覺^r查時(shí)，該定相求解由在兩個(gè)或多個(gè)雙等位基因座處的雜合體產(chǎn)生的模糊度。如表4對(duì)前面實(shí)施例的GATA-Duffy結(jié)構(gòu)示出的，優(yōu)選地以BeadChipTM形式(見美國申請(qǐng)序列號(hào)11/257285;美國申請(qǐng)序列號(hào)10/271,602("eMAP"))引起探針延長(zhǎng)的定相包括下列四個(gè)步驟(a)在允許目標(biāo)退火到探針以便使兩個(gè)探針的3'末端與目標(biāo)內(nèi)的指定多態(tài)性位置對(duì)準(zhǔn)的條件下，在顏色編碼的念珠上提供一對(duì)兩個(gè)簡(jiǎn)并的探針；如對(duì)GATA-Fuffy(圖4)所示的，一個(gè)探針(探針W)的3，末端設(shè)計(jì)成互補(bǔ)于GATA野生型等位基因，而另一個(gè)探針(探針M)的3，末端設(shè)計(jì)成互補(bǔ)于GATA突變的等位基因；(b)在適當(dāng)?shù)臈l件下，允許目標(biāo)(PCR擴(kuò)增子)雜交，以及DNA聚合酶如缺乏3，到5'核酸外切酶活性的ThermoSequenase粘附并特別延長(zhǎng)探針，該探針的3'末端互補(bǔ)于目標(biāo)，在本例中在FY-33處；(c)在嚴(yán)緊性條件下，分離DNA混合物；(d)任選地，清洗并去除目標(biāo)絞合線；以及(e)通過混合到延長(zhǎng)產(chǎn)物內(nèi)所關(guān)心的第二可變位置，本例中在FY125處來分析延長(zhǎng)產(chǎn)物，兩個(gè)檢測(cè)探針，一個(gè)例如以紅熒光色被標(biāo)注為探針N并指向正常等位基因，另一個(gè)例如以綠熒光色被標(biāo)注為探針V并指向變體等位基因。探針優(yōu)選地設(shè)計(jì)在分子標(biāo)志或環(huán)形探針(美國申請(qǐng)序列號(hào)10/032,657)的結(jié)構(gòu)中，以便最小化溶液中的熒光背景。圖4示出可能的結(jié)果如果顯示探針W的念珠指示紅色而顯示探針M的念珠指示綠色，則單倍型為W-N/M-V;相反，如果顯示探針W的念珠指示綠色而顯示探針M的念珠指示紅色，則單倍型為W-V/M-N。兩個(gè)雜合雙等位基因單倍型的配子相因此被求解，且在觀察到的基因型與表現(xiàn)型的比對(duì)中的模糊度被消除。實(shí)施例5:在非裔美國人供血者群體中從基因型得到的血型本實(shí)施例介紹了在(自我識(shí)別的)非裔美國人供血者的小群體中輸血抗原基因型的未公布的數(shù)據(jù)集合的分析，并從群體遺傳的觀點(diǎn)證實(shí)了從基因型得到的血型的正確性。血液樣本從紐約城的80個(gè)不相關(guān)的非裔美國人供血者收集，且DNA分型使用18個(gè)等位基因特有的探針對(duì)來進(jìn)行，以識(shí)別與Duffy、Lutheran、MNS、Kell、Kidd、Dombrock、Scianna、Diego、Colton和Landsteiner-Wiener血型系統(tǒng)中的26個(gè)表現(xiàn)型相關(guān)的等位基因，以及與鐮刀形紅細(xì)胞疾病相關(guān)的血色素突變，如前面才艮導(dǎo)的(Hashmietal.，同上)。因?yàn)樵赟cianna，Diego,Colton,Landsteiner-Wiener系統(tǒng)和Hbs中沒有觀察到變體等位基因，所以它們?cè)诒具\(yùn)用中,皮考慮為默認(rèn)匹配的。單倍型確定一通過使用程序PEDSTATS(Wiggintonetal.,Bioinformatics200521(16):3445-3447)對(duì)SNP的選定集合執(zhí)行準(zhǔn)確的測(cè)試，首先對(duì)Hardy-Weinberg平衡(HWE)測(cè)試所有標(biāo)記的基因型數(shù)據(jù)。血統(tǒng)文件構(gòu)造成指示個(gè)體為不相關(guān)的。文件構(gòu)造成包括標(biāo)記名稱。結(jié)果在所有標(biāo)記處顯示平衡并顯示p值0.0005,p值范圍從0.04到l，除GPA外，其編碼MNS組中的M/N抗原。來自HWE的可忽略的總偏差暗示來自取樣和基因分型的誤差最小。然而相對(duì)于在實(shí)施例2中的數(shù)據(jù)集合中觀察到的超過300個(gè)的不同基因型，樣本數(shù)量80很小，且實(shí)際實(shí)驗(yàn)總數(shù)在估計(jì)從基因型得到的血型的頻率中因此被預(yù)期為具有有限的可靠性。本分析中的第一個(gè)步驟是重新構(gòu)造基本的單倍型，并通過每個(gè)血型中的基因計(jì)數(shù)和預(yù)期最大("EM")(Dempsteretal,同上)來估計(jì)它們的頻率。EM算法適用于群體遺傳，以通過考慮在確立的參數(shù)中間的相互依賴性知識(shí)的迭代方法從基因型頻率(在實(shí)驗(yàn)中確定的不完整的數(shù)據(jù)集合)估計(jì)單倍型頻率(基本的完整數(shù)據(jù)集合)，在這種情況下，是通過基因計(jì)數(shù)；EM的實(shí)現(xiàn)在程序HAPLORE(見實(shí)施例2中的引用)中提供。作為輸入，HAPLORE使用從等位基因的可能組合構(gòu)成的血統(tǒng)文件，該等位基因例如用A表示正常(最普遍的)以及B表示變異。與連續(xù)EM迭代中單倍型頻率估計(jì)的增量相關(guān)提高有關(guān)的收斂標(biāo)準(zhǔn)設(shè)定為10_8,以及保持單倍型的頻率閾值設(shè)定為io-6。為了關(guān)聯(lián)而測(cè)試不同基因中的單倍型和等位基因，發(fā)現(xiàn)沒有關(guān)聯(lián)。十個(gè)最普遍的點(diǎn)突變集合或?yàn)榉且崦绹诉@樣建立的更廣意義的"單倍型"和基因型與其相關(guān)頻率一起分別在表11和表12中列出。從217個(gè)可能的組合中，發(fā)現(xiàn)在集合(GATA,FY,FY-265,GPA,GPB,K,Jk，DO-323,DO-350,DO-378,DO-624,DO-793,LU,SC,DI,CO,LW)范圍內(nèi)限定的單倍型具有相當(dāng)高的頻率。發(fā)現(xiàn)具有23.2%的頻率的最普遍的單倍型為B-B-A-A-B-B-A-A-A-B-B-B~BAAAA，且發(fā)現(xiàn)10個(gè)最普遍的單倍型占在試驗(yàn)群體中識(shí)別的所有單倍型的65%。代字號(hào)表示位于不同染色體的SNP中的統(tǒng)計(jì)聯(lián)系。發(fā)現(xiàn)具有6。/。的頻率的最普遍的基因型為(BB，BB,AA,AB,BB,BB,AA,AA,AA,BB,BB,BB,BB，AA，AA,AA，AA)。10個(gè)最普遍的基因型占試驗(yàn)群體中所有基因型的28%。顯著地，在所有44個(gè)識(shí)別的單倍型中，在FY-33T>C(DuffyGATA)的突變與變體等位基因FY125G〉A(chǔ)—起出現(xiàn)，暗示變體抗原Fyb(也見實(shí)施例3)的沉默。也就是說，期望最大確認(rèn)以前在血清分型(Reid&Lomas-Francis,同上)的基礎(chǔ)上報(bào)導(dǎo)的觀察，即，在非裔美國人中在(GATA，F(xiàn)Y}處的2-基因座GATA-Duffy基因型總是有相應(yīng)于表現(xiàn)型Fy(a+b-)的雙倍型(A-A，B-B)。該觀察解釋了為什么都占Fy(a-b+)和Fy(a+b+)頻率(Reid&Lomas-Francis,同上)在內(nèi)的23%的編碼抗原Fyb的血清上確定的頻率比變體FYA/FYB的91%的觀察到的等位基因頻率明顯低。比對(duì)一GATA-Duffy模糊度的求解允許表3和4中所示的明確的基因型與表現(xiàn)性比對(duì)；在(GATA,FY》處的基因型(AB,AB)現(xiàn)在指定給在{Fya,Fyb)的抗原代碼10。血型表示法一依照表現(xiàn)型比對(duì)，每個(gè)血液樣本接著被分匹配型代碼，在這種情況下優(yōu)選地為16位串?？乖话聪铝许樞蚺帕蠪ya,Fyb，Lua,Lub,M，N,S,s,K,k,Jka,Jkb,Doa,Dob，Hy,Jo(a)。如通過基因型與表現(xiàn)型和接著通過表現(xiàn)型與血型比對(duì)導(dǎo)出的，20個(gè)最普遍的血型及其各自的頻率在表13中列出。^r驗(yàn)導(dǎo)出的血型的準(zhǔn)確性是比較通過目前的方法導(dǎo)出的表現(xiàn)型頻率與以前使用血清方法(Reid&Lomas-Francis,同上)通過直接表現(xiàn)分型確立的表現(xiàn)型頻率如在表14中很明顯，協(xié)定很好，特別是考慮到一小群。確認(rèn)的另一方法是比較從單倍型導(dǎo)出的頻率與通過乘報(bào)導(dǎo)的表現(xiàn)型頻率導(dǎo)出的頻率，假定通過純隨機(jī)的組合。圖5以柱形統(tǒng)計(jì)圖表表示法將比較延伸到遇到的所有53個(gè)血型；以及圖6顯示兩個(gè)頻率集合之間的相關(guān)性，進(jìn)一步支持從基因型導(dǎo)出的血型的有效性；除反映區(qū)的小數(shù)量群的統(tǒng)計(jì)波動(dòng)以外，在兩個(gè)集合之間的其余差異可指示在選定實(shí)驗(yàn)對(duì)象中一些等位基因中間的統(tǒng)計(jì)相關(guān)性。由于本例中非常有限的樣本數(shù)量，所識(shí)別的單倍型和頻率在非裔美國人中可能不是最有代表性的。事實(shí)上，我們?cè)谏婕俺^在紐約地區(qū)的2000個(gè)供血者的隨后的大規(guī)模研究中得到組合和頻率的稍微不同的集合。隨后，基因型與表現(xiàn)型比對(duì)易受一些微小變化的影響。這里公開的表格和例子旨在說明本發(fā)明的原理。實(shí)施例6:在非裔美國人群體中的交叉匹配依照實(shí)施例5中的分析，通過評(píng)估在最頻繁預(yù)測(cè)的血型中間的相容性分?jǐn)?shù)來構(gòu)造相容性矩陣。表15示出在暫時(shí)過濾出部分相容的血型之后，從非裔美國人的基因型導(dǎo)出的25個(gè)最普遍的血型的這樣的矩陣。沿著對(duì)角線的"1"指示自我相容的血型，表示根據(jù)精確交叉匹配規(guī)則的相容的交叉匹配。如所討論的，每種血型可相應(yīng)于多個(gè)基因型，如結(jié)合表3-5討論的。非對(duì)角線的'T，表示根據(jù)不精確交叉匹配規(guī)則的相容交叉匹配。例如，再次采用由十六進(jìn)制代碼c5D67或二進(jìn)制代碼c0101110101100111識(shí)別的血型，即，(Fya-，F(xiàn)yb+,Lua-，Lub+,M+,N+,S-,s+,K國，k+,Jka+,Jkb-，Doa-，Dob+，Hy+,Jo(a)+),或表現(xiàn)型的組合(Fy(a-b+)，Lu(a-b+),M+N+S-S+，K-k+,Jk(a+b-)，Do(a-b+))。相容性矩陣識(shí)別三個(gè)相容的代碼，即，clD67、cl967和c1567,其分別相應(yīng)于血型，(Fya國，F(xiàn)yb陽，Lua-，Lub+,M+，N+,S-,s+,K-，k+，Jka+,Jkb-，Doa-，Dob+，Hy+，Jo(a)+)，(Fya-，F(xiàn)yb-,Lua-，Lub+,M+,N隱，S-,s+,K國，k+,Jka+，Jkb-，Doa-，Dob+,Hy+,Jo(a)+)，(Fya-，F(xiàn)yb-,Lua-，Lub+,M-,N+,S-,s+，K-,k+,Jka+,Jkb-，Doa-，Dob+,Hy+,Jo(a)+),每個(gè)都分別以缺少一個(gè)抗原Fyb、缺少兩個(gè)抗原Fyb和N以及缺少兩個(gè)抗原Fyb和M為特征。如通過合計(jì)相容血型的所有頻率所示的，對(duì)于只有1.5%的頻率的血型，不精確交叉匹配規(guī)則的應(yīng)用將找到相容供血者的幾率增加到22%,即使當(dāng)僅僅考慮25個(gè)最頻繁的供血者血型時(shí)。部分相容性一部分相容性矩陣也使用范圍從O到1的錯(cuò)配分?jǐn)?shù)，為所關(guān)心的抗原以如表1所示的遞減的嚴(yán)重性程度的順序構(gòu)造。表16示出在非裔美國人群體中25個(gè)最普遍的血型的矩陣，具有低于0.5的相容性分?jǐn)?shù)的所有元素設(shè)定為"0"(或僅僅保留空白)。注意，值為'T，的所有元素與表ll中的元素匹配；然而，在表ll的矩陣中保留"空白，，的幾個(gè)域現(xiàn)在顯示相應(yīng)于具有大于0.5的相容性分?jǐn)?shù)的部分相容的供血者血型的有限分?jǐn)?shù)。此外，我們采用血液代碼c5D67。在實(shí)施例5中，c5D67識(shí)別三個(gè)相容的代碼，即，clD67、cl967和c1567。在本例中，除了那三個(gè)完全相容的代碼外，發(fā)現(xiàn)兩個(gè)更多的代碼，即，5F67和1F67是部分相容的，其分別相應(yīng)于血型，(Fya-，F(xiàn)yb+,Lua-，Lub+，M+，N+，S+,s+,K-,k+,Jka+,Jkb-，Doa-，Dob+,Hy+,Jo(a)+),(Fya-，F(xiàn)yb-，Lua-，Lub+,M+,N+,SH-,s+，K-,k+，Jka+,Jkb-，Doa,Dob+，Hy+,Jo(a)+);與受血者代碼c5D67相比，供血者代碼c5F67包括適度變應(yīng)的抗原S和部分相容性分?jǐn)?shù)0.625，暗示適度的可接受性。代碼clF67包括用于Duffy的在不精確交叉匹配規(guī)則下相容的零表現(xiàn)型Fy(a-b-)，并且還包括適度變應(yīng)的抗原S,使其受血者代碼c5D67的總部分相容性變得可與c5F67的相容性比較。實(shí)施例7—在非裔美國人群體中快速搜索相容的供血者假設(shè)具有血液代碼c5D67的受血者對(duì)非裔美國人供血者庫中相容的供血者提出請(qǐng)求?？赡芟嗳莸墓┭哐偷膬?yōu)先級(jí)列表首先通過在所建立的相容性矩陣如表14中"查尋，，來構(gòu)造指定給c5D67的行顯示六個(gè)可能相容的血型。接著，搜索列表被構(gòu)造成包括最高優(yōu)先級(jí)血液代碼c5D67—與受血者的血液代碼相同，包含r匹配的按照其出現(xiàn)頻率clD67、c1967、c1567和c5D67分類的中間優(yōu)先級(jí)部分，以及包含c5F67和clF67—部分相容的血型的低優(yōu)先級(jí)血型(p匹配)的第三部分。實(shí)施例8:基因型交叉匹配和搜索表17示出非裔美國人群體的基因型相容性矩陣，其從表16的血型相容性矩陣得到并在實(shí)施例7和8中討論。在新的矩陣中，行和列指定給基因型，且在特定的行(受血者基因型)和列(供血者基因型)的交叉點(diǎn)處的矩陣元素包括相應(yīng)血型的相容性分?jǐn)?shù)。表18示出非裔美國人群體中50個(gè)最普遍的16-抗原次要血型基因型的基因型相容性矩陣。如表19所示，對(duì)于具有給定基因型(o，-1,1，國l，0，-1，1,1，1,國l,-1,-1,-1,1,1，1,1)的患者，在50個(gè)選擇中相容的供血者基因型包括一個(gè)e匹配，也就是相同的代碼，以及只于于r匹配，也就是(-1，-1,1,-1，0，-1,1，1，1，-1,-1，-1，-1,1，1,1，1),;(-l,-l，l,-l，l,-l,1,1,l,-l,-l,-l,畫l,1，1，1,1),;(-l，-l,l,-l，-l,隱l,1，1,l，隱l,-l,-l,隱l，1,1,1,1);以及(國l,畫l,1,-1,0,-1，l，O,l,O,-l，-l,-l,1,1,1,1)對(duì)于兩個(gè)p匹配，也就是(0,-1,1,0，0,-1,1,1,1,-1,-1,-1,-1,1,1，1，1);以及(-l,國l,l，O,0,-1,1,1,l,-l,國l,-l,-l,1,1，1,1)實(shí)施例9:為紐約地區(qū)的實(shí)際高加索供血者庫中的兩個(gè)高加索個(gè)體找到相容的血液使用BeadChipTM平臺(tái)來分析不同種族背景的多于2300個(gè)的可能供血者的庫。從DNA分析得到的表現(xiàn)型與由MNS、Lutheran、Kell、Duffy、Kidd、Dombrock和Colton血型系統(tǒng)的血凝確定的4,534對(duì)部分抗原中的4,510對(duì)一致。在24個(gè)不一致的結(jié)果中，16個(gè)通過排序和有利于BeadChip結(jié)果的RELP分析來求解。其它8個(gè)不一致的結(jié)果顯示為由于GYPB的沉默一相關(guān)的SNP隨后被添加到HEABeadChip系列的以后版本(見Hashmietal"Determinationof24MinorRedBloodCellAntigensforMoreThan2000BloodDonorsbyHigh-ThroughputDNAAnalysis,ManuscriptIDTrans-2006-0329,R1，TransfUsion,2006)。兩個(gè)高加索個(gè)體自愿讓人分型其血液抗原。為了保持其匿名性，我們將他們重新命名為"John"和"Cathy"。在集合(GATA,FY,FY-265,GPA,GPBK,Jk,DO-323,DO-350,DO-378,DO-624,DO-793,LU,SC,DI，CO,LW》范圍內(nèi)的DNA分型表明John具有類型(K-,k+,Fya+,Fyb+,M+，N-,S+,s+,Lua+,Lub+,Doa+,Dob+,Jo(a)+,Hy+,Lwa+,Lwb-，Dia-，Dib+,Coa+，Cob-，k+，F(xiàn)ya+，F(xiàn)yb+,M+，N-,S隱，s+,Lua-，Lub+,Doa-，Dob+,Jo(a)+,Hy+,Lwa+,Lwb-，Dia-，Dib+，Coa+,Cob-，Scl+,Sc2-)或二進(jìn)制代碼(COIOIIOOIOIOIIIIOOIIOIO)，John的血液是由于稀有正Lua抗原的稀有組合，其相應(yīng)的LUA等位基因只在3。/。的高加索人中觀察到。如果匹配基于8個(gè)抗原K、k、S、s、Fya、Fyb、Jka、Jkb，則John可從供血者庫的1243個(gè)高加索個(gè)體的子集中找到87個(gè)精確的匹配；然而，如果包括8個(gè)額外的抗原M、N、Lua、Lub、Doa、Dob、Joa和Hy,則John可能在子集中只找到一個(gè)精確的匹配。按照這里公開的方法，John的擴(kuò)展類型的估計(jì)頻率在CAU區(qū)中僅為0.09%,與在CAU群中只找到一個(gè)匹配的觀察一致。另一方面，如果遵循不精確匹配規(guī)則，我們立即找到至少兩個(gè)相容的血型，其被預(yù)計(jì)在高加索人中以高頻率出現(xiàn)，即，Lua為負(fù)的選項(xiàng)l(K-,k+,Fya+,Fyb+,M+,N隱，S+，s+,Lua-，Lub+，Doa+，Dob+，Jo(a)+，Hy+,Lwa+，Lwb-，Dia-，Dib+,Coa+,Cob-，Scl+，Sc2-,f=1.43%),或二進(jìn)制代碼(cOllllOllOllllllOOllOlO)，以及Lua和Fy都為負(fù)的選項(xiàng)2(K-，k+,Fya-，F(xiàn)yb+,M+，N誦，S+,s+,Lua-，Lub+，Doa+,Dob+,Jo(a)+,Hy+，Lwa+,Lwb-，Dia-，Dib+,Coa+,Cob-，Scl+,Sc2國，f=1.24%)，或二進(jìn)制代碼表21通過使用在未決的專利申請(qǐng)(Zhangetal,"ATransfusionRegistryandExchangeNetwork,"US11/412,667，Apr27，2006，其通過引用被并入)中公開的表達(dá)式來示出預(yù)測(cè)的交叉匹配概率，該申請(qǐng)?jiān)诓煌瑪?shù)量的隨機(jī)征集的供血者集合中找到至少一個(gè)交叉匹配的相容供血者。例如，在200個(gè)隨機(jī)選擇的高加索供血者的組中找到任一血型的概率大于90%。在高加索群組(N=1243)內(nèi)的4叟索為血型選項(xiàng)1和選項(xiàng)2分別產(chǎn)生10和7個(gè)匹配的相容供血者，與預(yù)測(cè)一致。Cathy的血型比具有0.53%的頻率的John的血型更普遍。在200和400Scl+,Sc2-)或二進(jìn)制代碼(c',而Cathy具有類型(K-個(gè)隨機(jī)高加索供血者中預(yù)測(cè)的交叉匹配概率分別是66%和88%。在產(chǎn)生六個(gè)16-抗原精確匹配的高加索子集中相容供血者的搜索再次與預(yù)測(cè)一致，在取樣波動(dòng)的誤差范圍內(nèi)。權(quán)利要求1.一種識(shí)別與特定受血者相容的血產(chǎn)品供血者的方法，包括將候選供血者次要血型和受血者次要血型表示為位串，其中位的一個(gè)值表示特定的血型抗原存在而另一個(gè)值表示所述抗原不存在，且其中所述位串包括表示特定表現(xiàn)型的抗原結(jié)構(gòu)的至少兩個(gè)位的塊；以及通過形成布爾表達(dá)式來使候選供血者位串和受血者位串匹配，其中所述表達(dá)式在匹配的情況下產(chǎn)生指示相容性的第一值，以及在錯(cuò)配的情況下產(chǎn)生指示不相容性的第二值，且布爾表達(dá)式的結(jié)果被記錄。2.如權(quán)利要求1所述的方法，其中在所記錄的結(jié)果中，相容性由串匹配表達(dá)式的真值("1")表示，而不相容性由假值("0")表示。3.如權(quán)利要求2所述的方法，其中所述布爾表達(dá)式分別表示在候選供血者和受血者有相同抗原的交叉匹配準(zhǔn)則下或候選供血者不具有受血4.如權(quán)利要求3所述的方法，其中要求候選者不具有受血者沒有的任何抗原的所述交叉匹配準(zhǔn)則由包括供血者代碼和受血者代碼的布爾表達(dá)式表示，其中受血者代碼W]作為將供血者血型代碼[/y的所有位調(diào)整到零的掩碼，在C^]中對(duì)C^]的相應(yīng)位是1。5.如權(quán)利要求1所述的方法，其中，當(dāng)比較受血者的血型與可能有相容血型的多個(gè)候選供血者的血型時(shí)，結(jié)果以相容性向量的形式被記錄。6.如權(quán)利要求1所述的方法，其中，當(dāng)比較多個(gè)受血者的血型與可能有相容血型的多個(gè)候選供血者的血型時(shí)，結(jié)果以相容性矩陣的形式被記錄。7.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述方法適用于在分型的供血者的登記簿中識(shí)別預(yù)期的匹配。8.如權(quán)利要求7所述的方法，其中使用實(shí)時(shí)搜索算法來進(jìn)行所述識(shí)別。9.如權(quán)利要求1所述的方法，其中候選供血者串和受血者串的所述表示是以二進(jìn)制、八進(jìn)制或十六進(jìn)制形式。10.如權(quán)利要求l所述的方法，其中表示受血者血型的所述位串被擴(kuò)充以包括額外的抗原，所述受血者對(duì)所述額外的抗原形成抗體。11.一種識(shí)別與特定受血者相容的血產(chǎn)品供血者的方法，包括將候選供血者次要血型和受血者次要血型表示為位串，其中位的一個(gè)值表示特定的次要血型抗原被表達(dá)而另一個(gè)值表示所述抗原沒有被表達(dá)或不必被表達(dá)；使所述候選供血者串和受血者串匹配；識(shí)別錯(cuò)配位并給每個(gè)位指定反映所述錯(cuò)配的臨床重要性的錯(cuò)配分?jǐn)?shù)；以及乘所述分?jǐn)?shù)以確定部分相容性分?jǐn)?shù)，并因而通過比較所述部分相容性分?jǐn)?shù)與指示可接受的風(fēng)險(xiǎn)的極限的閾值來將風(fēng)險(xiǎn)指定給輸部分相容的血產(chǎn)品。12.如權(quán)利要求11所述的方法，其中通過將布爾運(yùn)算應(yīng)用于候選供血者串和所述受血者串來比較串，形成指示不相容性或相容性的布爾表達(dá)式。13.如權(quán)利要求12所述的方法，其中不相容性通過產(chǎn)生假值("0")的布爾表達(dá)式來建立，而相容性通過產(chǎn)生真值("r)的布爾表達(dá)式來建立。14.如權(quán)利要求11所述的方法，其中所述位的值以二進(jìn)制、八進(jìn)制或十六進(jìn)制形式編碼。15.如權(quán)利要求11所述的方法，其中所述錯(cuò)配分?jǐn)?shù)在1和0之間，以及較大臨床重要性的錯(cuò)配分?jǐn)?shù)由較接近于0的分?jǐn)?shù)表示。16.如權(quán)利要求11所述的方法，其中適用于每個(gè)位的交叉匹配準(zhǔn)則是(i)所述供血者串和受血者串在該位是相同的；或(ii)供血者串和受血者串在該位是相同的，且供血者在受血者不表達(dá)抗原的位置(如在相應(yīng)的位指示的)處不表達(dá)抗原。17.如權(quán)利要求11所述的方法，其中表示受血者血型的所述位串被擴(kuò)充以包括額外的抗原，受血者對(duì)所述額外的抗原形成抗體。18.如權(quán)利要求11所述的方法，其中在不相容的情況下，錯(cuò)配位被識(shí)別。19.一種以矩陣形式表示次要血型的選定集合之間的成對(duì)相容性的(和/或表示的)方法，其中血型以位串的形式，其中位的一個(gè)值表示相應(yīng)的特定次要血型抗原存在，而另一個(gè)值表示所述抗原不存在，所述方法包括將"0"的值置于相應(yīng)于不相容的血型對(duì)的域中；以及將正值置于相應(yīng)于至少部分相容的血型對(duì)的域中。20.如權(quán)利要求19所述的方法，其中當(dāng)血型對(duì)在精確交叉匹配規(guī)則下或在不精確交叉匹配規(guī)則下是相容的時(shí)，所述正值是"1"的值，以及當(dāng)血型對(duì)是部分相容的時(shí)，所述正值是在(0,1)范圍內(nèi)的值。21.如權(quán)利要求19所述的方法，其中所述位串以二進(jìn)制、八進(jìn)制或十六進(jìn)制形式表示。22.—種用于在預(yù)期供血者和受血者的基因型的基礎(chǔ)上來確定是否施行輸血的方法，包括以下步驟，所述步驟按如下提供的順序或其他任何順序(i)對(duì)于在控制選定的可能免疫原性的抗原的表達(dá)的基因內(nèi)的可變位置的每個(gè)指定集合，使用在每個(gè)這樣的位置允許指定為純合正常、純合變異或雜合的一對(duì)簡(jiǎn)并探針來確定預(yù)期供血者和受血者的基因型，這樣記錄的指定的集合組成所述基因型；(ii)將所述供血者和受血者基因型分解成供血者和受血者單倍型的組合，用指示正常的值或指示變異的值指定單倍型中的位置，一對(duì)單倍型的組合產(chǎn)生所述基因型；(iii)通過對(duì)所選定的抗原應(yīng)用遺傳規(guī)則來使所述單倍型與表現(xiàn)型相互關(guān)聯(lián)；(iv)如果在由與所述基因型一致的兩個(gè)或多個(gè)單倍型組合以及與不同表現(xiàn)型比對(duì)的這些組合中的至少兩個(gè)表示的單倍型指定中發(fā)生模糊，則在由關(guān)聯(lián)供血者和受血者的表現(xiàn)型與單倍型組合而確定的不同可能的供血者和受血者表現(xiàn)型組合中，指定通過識(shí)別最大不相容的表現(xiàn)型所確定的最大風(fēng)險(xiǎn)，其中不相容性基于供血者和受血者表現(xiàn)型中錯(cuò)配抗原的臨床重要程度，并通過計(jì)算表示每個(gè)供血者和受血者的特定表現(xiàn)型中所有錯(cuò)配的累積效應(yīng)的部分相容性分?jǐn)?shù)來表示所述供血者/受血者錯(cuò)配的臨床重要程度；(v)如果有表示風(fēng)險(xiǎn)大于風(fēng)險(xiǎn)閾值的最大風(fēng)險(xiǎn)，則通過選擇為在受血者和供血者的群體中估計(jì)出現(xiàn)得最頻繁的單倍型來減小模糊度，并重新計(jì)算由相應(yīng)于所述選定的單倍型的表現(xiàn)型表示的部分相容性分?jǐn)?shù)；(vi)在執(zhí)行步驟(v)之后如果有表示風(fēng)險(xiǎn)大于風(fēng)險(xiǎn)閾值的最大風(fēng)險(xiǎn)，則求解配子相以確定實(shí)際的單倍型并消除表現(xiàn)型比對(duì)中的模糊度；以及(vii)通過使供血者和受血者表現(xiàn)型匹配并確定是否在所有的位置都有精確的匹配來確定相容性，或如果在某些位置有錯(cuò)配，則確定它是在匹配規(guī)則下有效地容忍的錯(cuò)配，還是由于所述部分相容性分?jǐn)?shù)的錯(cuò)配。23.如權(quán)利要求22所述的方法，其中使用探針對(duì)來求解所述配子相，其中所述探針設(shè)計(jì)成通過求解所述配子相來求解單倍型組合中的模糊度。24.如權(quán)利要求22所述的方法，其中定相用于確定自己不代碼抗原但控制抗原的表達(dá)(或表達(dá)的沉默)的位置。25.如權(quán)利要求22所述的方法，其中如果預(yù)期供血者和受血者表達(dá)相同的抗原，或供血者不表達(dá)受血者不表達(dá)的任何抗原，或如果不滿足這些條件而最大風(fēng)險(xiǎn)的分?jǐn)?shù)低于閾值，預(yù)期供血者被分類為與給定的受血者相容。26.如權(quán)利要求22所述的方法，其中通過選擇為在受血者和供血者的群體中估計(jì)出現(xiàn)得最頻繁的可能的單倍型來減小表現(xiàn)型指定中的模糊度。27.如權(quán)利要求22所述的方法，其中估計(jì)出現(xiàn)得最頻繁的單倍型通過基因計(jì)數(shù)或通過期望最大化算法的應(yīng)用來確定。28.如權(quán)利要求22所述的方法，進(jìn)一步包括以下步驟分別按預(yù)期供血者和受血者的群體中估計(jì)的出現(xiàn)頻率來排列簡(jiǎn)并的單倍型組合，并且不予考慮具有低于閾值的估計(jì)的出現(xiàn)頻率的單倍型。29.如權(quán)利要求22所述的方法，其中通過確定在存在預(yù)期供血者和受血者之間的表現(xiàn)型錯(cuò)配的每個(gè)位置的臨床風(fēng)險(xiǎn)的指定值的乘積來指定所述最大風(fēng)險(xiǎn)。30.如權(quán)利要求22所述的方法，其中在受血者和預(yù)期供血者中表現(xiàn)型對(duì)之間的相容性的模式被記錄在相容性矩陣中。31.如權(quán)利要求22所述的方法，進(jìn)一步包括以下步驟根據(jù)群體中已知的出現(xiàn)頻率來確定由分解產(chǎn)生的某些單倍型出現(xiàn)的概率。32.如權(quán)利要求31所述的方法，其中所確定的概率用于結(jié)合錯(cuò)配的臨床重要性，以評(píng)估不相容性的風(fēng)險(xiǎn)。33.—種用于在預(yù)期血產(chǎn)品供血者和受血者的輸血抗原基因型的基礎(chǔ)上來確定供血者與所述受血者的相容度的方法，所述輸血抗原基因型包括在影響限定表現(xiàn)型的特定輸血抗原的表達(dá)的指定的可變基因座處等位基因的組合，所述方法包括-通過將所述基因型分解成單倍型組合來比對(duì)所述輸血抗原基因型與相應(yīng)的表現(xiàn)型，并在遺傳規(guī)則下確定抗原表達(dá)狀態(tài)；-如果在比對(duì)中有由給出基因型但產(chǎn)生不同抗原表達(dá)狀態(tài)的兩個(gè)或多個(gè)單倍型組合指示的模糊度，則減小或求解所述模糊度；以及-確定預(yù)期供血者和受血者的輸血表現(xiàn)型(或血型)的相容性。34.如權(quán)利要求33所述的方法，其中通過除去具有低于閾值的估計(jì)的出現(xiàn)頻率的單倍型組合來減小或求解模糊度。35.如權(quán)利要求33或34所述的方法，其中與比對(duì)中的模糊度相關(guān)的風(fēng)險(xiǎn)的分?jǐn)?shù)通過以下方式來獲得的識(shí)別在表示不同比對(duì)的表現(xiàn)型的位串內(nèi)識(shí)別這樣的位置，即在所述位置處至少一個(gè)位串不同于其它位串，計(jì)算在供血者和受血者表現(xiàn)型中這樣識(shí)別的位置處反映可能錯(cuò)配的抗原的臨床重要程度的錯(cuò)配分?jǐn)?shù)的乘積，所述乘積表示在所述不同比對(duì)的表現(xiàn)型之間所有4昔配的累積效應(yīng)。36.如權(quán)利要求35所述的方法，其中如果所述乘積表示大于風(fēng)險(xiǎn)闞值的風(fēng)險(xiǎn)，則通過選擇為在受血者和供血者的群體中估計(jì)出現(xiàn)得最頻繁的單倍型來減小模糊度，并重新計(jì)算由相應(yīng)于所選定的單倍型的所述表現(xiàn)型表示的部分相容性分?jǐn)?shù)。37.如權(quán)利要求35所述的方法，其中如果所述乘積表示大于風(fēng)險(xiǎn)閾值的風(fēng)險(xiǎn)，則通過配子定相來求解所述模糊度。38.如權(quán)利要求37所述的方法，其中使用探針對(duì)來求解配子相，其中所述探針設(shè)計(jì)成通過求解所述配子相來求解單倍型組合中的模糊度。39.如權(quán)利要求37所述的方法，其中根據(jù)現(xiàn)有數(shù)據(jù)的視覺檢查或基因計(jì)數(shù)，優(yōu)選地通過應(yīng)用期望最大化算法來選擇所述單倍型。40.如權(quán)利要求33所述的方法，其中比對(duì)并分解為單倍型的所述供血者和受血者表現(xiàn)型(及其相應(yīng)的血型)如下<table>tableseeoriginaldocumentpage7</column></row><table>41.如權(quán)利要求33所述的方法，進(jìn)一步包括以下步驟根據(jù)群體中已知的出現(xiàn)頻率來確定由分解產(chǎn)生的某些單倍型出現(xiàn)的概率。42.如權(quán)利要求41所述的方法，其中所確定的概率用于結(jié)合錯(cuò)配的臨床重要性，以評(píng)估不相容性的風(fēng)險(xiǎn)。43.—種建立第一基因型和第二基因型的相容性的方法，每個(gè)基因型包括控制次要血型抗原的表達(dá)的指定的可變基因座，其中在每個(gè)基因座處所述基因型通過用一對(duì)探針靶向每個(gè)基因座來確定為正常、變異或雜合的，由每對(duì)中的一個(gè)探針產(chǎn)生的正結(jié)果指示正常，而所述對(duì)中的另一個(gè)探針產(chǎn)生的正結(jié)果指示變異，所述方法包括-使第一基因型和第二基因型與限定表現(xiàn)型的抗原的第一集合和第二集合比對(duì)；-在預(yù)置的交叉匹配準(zhǔn)則下建立所述第一表現(xiàn)型和第二表現(xiàn)型的相容性；其中所述第一表現(xiàn)型和第二表現(xiàn)型的相容性在所述交叉匹配準(zhǔn)則下確定第一基因型和第二基因型的相容性。44.如權(quán)利要求43所述的方法，其中所述指定的可變基因座至少包括下列表中的血型血型可變位置ColtonC0134OTDiegoDI2561T〉CDuffyFY-33T>CFY125G〉A(chǔ)265C〉TDombrockDO-323G>TD0-350OTDO-793A>GKiddJK838G>AKeIIKEL698T>CLandsteiner-WienerLW308A>GLutheranLU230A>G畫SGYPA59C>TGYPB143T>CScia皿aSC169G>ARh-CEP103SA226P45.如權(quán)利要求43所述的方法，其中在所述比對(duì)下，基因型唯一地與一個(gè)表現(xiàn)型比對(duì)，且因此第一基因型和第二基因型的識(shí)別明確地指示相容性。46.如權(quán)利要求45所述的方法，其中所述次要血型基因型是LU、JK、K、GPA或GPB。47.如權(quán)利要求43所述的方法，其中所述第一基因型和第二基因型分別是候選血產(chǎn)品供血者和受血者的基因型，且所述交叉匹配準(zhǔn)則是其中候選供血者和受血者有相同的抗原的精確交叉匹配準(zhǔn)則，或候選供血者不具有受血者沒有的任何抗原的交叉匹配準(zhǔn)則。全文摘要本發(fā)明公開了用于在使受血者和預(yù)期供血者的次要血型基因型交叉匹配的基礎(chǔ)上(在指定的嚴(yán)緊性規(guī)則下)建立兩種血型之間的相容性的方法。為了確定相容性，血型基因型根據(jù)與基本單倍型的集合相關(guān)聯(lián)的表達(dá)狀態(tài)來與相應(yīng)的表現(xiàn)型比對(duì)，并通過建立構(gòu)造為組成表現(xiàn)型的組合的血型的相容性來建立相容性。優(yōu)選地使用算法表達(dá)式來匹配位串。在比對(duì)基因型與表現(xiàn)型中存在模糊度的情況，模糊度可根據(jù)樣本群體中單倍型的出現(xiàn)頻率來減小或通過配子定相求解。模糊度的這樣的減小或求解在被組成單倍型表達(dá)的抗原中的錯(cuò)配有較大的臨床重要性的情況中是特別期望的。文檔編號(hào)G06F19/00GK101601039SQ200680039490公開日2009年12月9日申請(qǐng)日期2006年10月23日優(yōu)先權(quán)日2005年10月24日發(fā)明者誼張,邁克爾·休申請(qǐng)人:生物陣列方案有限公司