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      用于設(shè)計(jì)、開發(fā)和共享測定法的系統(tǒng)和方法_2

      文檔序號:8531880閱讀:來源:國知局
      0)允許對用戶(140)可與各種網(wǎng) 絡(luò)和相關(guān)聯(lián)服務(wù)器進(jìn)行交互的方式進(jìn)行控制。庫服務(wù)器內(nèi)聯(lián)網(wǎng)(120)允許用戶(120)對群 組中的其他用戶進(jìn)行上載和下載各種測定法。主庫服務(wù)器外聯(lián)網(wǎng)(130)允許用戶對全球社 區(qū)中的其他用戶進(jìn)行上載和下載各種測定法。廠商(170)可以是測定法和組件的商業(yè)提供 者,如果用戶(140)希望請求或購買測定法或組件,那么可以通過可包括電子商務(wù)功能性 的通知系統(tǒng)向所述廠商進(jìn)行通知。
      [0069] 本文描述的技術(shù)可作為單獨(dú)裝置的部分實(shí)施為軟件應(yīng)用程序(110),或者附接到 內(nèi)聯(lián)網(wǎng)網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器(120),并且也可以附接到萬維網(wǎng)(130)。用戶可使用安裝在他們自己 的裝置上的軟件或者經(jīng)由網(wǎng)絡(luò)遠(yuǎn)程地使用軟件。這允許用戶在一個位置(例如,家或辦公 室)在一個裝置上使用軟件,并在一個分開的位置(例如,實(shí)驗(yàn)室)在另一裝置上接入所 述軟件。這還允許用戶共享存儲在他們的內(nèi)聯(lián)網(wǎng)(120)服務(wù)器上的測定法組件,或使用允 許全球合作的主庫服務(wù)器(130)經(jīng)由萬維網(wǎng)與其他用戶全球地共享所述組件。主庫服務(wù) 器(130)允許合作并且還含有用戶可查看、下載或請求購買的商業(yè)組件。技術(shù)提供者和廠 商(170)可將測定法和其它組件添加到主庫服務(wù)器(130),并且使它們可用于由用戶購買 或免費(fèi)使用。主庫服務(wù)器(130)還允許在軟件丟失或失竊的情況下經(jīng)由許可系統(tǒng)來保護(hù)軟 件免于未經(jīng)授權(quán)的使用。軟件的管理員版本(150)可控制用戶、權(quán)利和用戶(140)的特權(quán), 從而允許或禁止對群組內(nèi)聯(lián)網(wǎng)(120)的接入,并且或者可在軟件丟失或失竊的情況下聯(lián)系 主服務(wù)器管理員(130)。此外,主庫服務(wù)器(130)可將例如測定法的下載和/或?qū)忛喌冉y(tǒng)計(jì) 信息提供給創(chuàng)建者和/或用戶。另外,測定法的創(chuàng)建者可指定能夠查看和/或下載所述測 定法的人。舉例來說,與全球社區(qū)共享測定法的人能夠指定與某些個人、群組或?qū)嶓w共享特 權(quán)。而且,每一用戶可創(chuàng)建含有由所述用戶指定用于搜索關(guān)聯(lián)的屬性的用戶簡檔。
      [0070] 圖2是應(yīng)用程序軟件(110)的架構(gòu)框圖,它含有庫模塊(200)、測定法設(shè)計(jì)模塊 (205)、測定法插件模塊(210)、向?qū)K(215)、元素模塊(220)、操作模塊(225)、API模塊 (230)、數(shù)據(jù)模塊(235)、搜索模塊(240)、事務(wù)日志模塊(245)、測定法播放器模塊(250)、帳 戶模塊(255)、數(shù)據(jù)分析模塊(260)和電子商務(wù)模塊(265)。應(yīng)用程序軟件模塊(110)可以 處于聯(lián)網(wǎng)環(huán)境中,所述聯(lián)網(wǎng)環(huán)境具有到例如內(nèi)聯(lián)網(wǎng)網(wǎng)絡(luò)庫(120)、驗(yàn)證(160)和外聯(lián)網(wǎng)主網(wǎng) 絡(luò)庫(130)等遠(yuǎn)程計(jì)算機(jī)的邏輯連接。內(nèi)聯(lián)網(wǎng)網(wǎng)絡(luò)庫(120)可含有元素庫、測定法庫、數(shù)據(jù) 庫和測定法插件庫。驗(yàn)證(160)包括用戶驗(yàn)證、權(quán)利和特權(quán)。外聯(lián)網(wǎng)主網(wǎng)絡(luò)庫(130)可含 有元素庫、測定法庫、數(shù)據(jù)庫和測定法插件庫。
      [0071] 應(yīng)用程序軟件(110)由若干模塊組成,包括用作儲集區(qū)的庫模塊(200)。測定法軟 件模板、組件和數(shù)據(jù)文件存儲在庫模塊(200)中。測定法組件包括元素、操作、插件和數(shù)據(jù)。 這在圖3中更詳細(xì)示出。
      [0072] 測定法設(shè)計(jì)模塊(205)允許通過從庫模塊(200)復(fù)制和加載包括元素、操作、 插件和數(shù)據(jù)的組件來創(chuàng)建測定法設(shè)計(jì)?;蛘?,可將現(xiàn)有測定法復(fù)制并導(dǎo)入到測定法設(shè)計(jì) 模塊(205)中,并進(jìn)行修改以開發(fā)新的測定法。另外,可設(shè)計(jì)測定法,將它存儲在庫中, 并接著在可以添加數(shù)據(jù)文件的稍后時(shí)間進(jìn)行檢索和執(zhí)行。圖4中提供更多細(xì)節(jié)。測定 法設(shè)計(jì)模塊(205)具有圖形用戶界面(GUI),所述GUI提供允許快速測定法設(shè)計(jì)的拖放 (drag-and-drop)界面,在所述快速測定法中用戶可使用隨后可針對特定測定法進(jìn)行更新 的預(yù)定義參數(shù)。圖4中提供更多細(xì)節(jié)。此外,測定法設(shè)計(jì)模塊(205)允許插件的使用。
      [0073] 測定法插件模塊(210)允許插件與系統(tǒng)的交互。插件是從庫模塊(200)復(fù)制,加 載到測定法設(shè)計(jì)模塊(205)中,并經(jīng)由測定法插件模塊(210)來更新。可針對多種測定法 和組件(參見圖5)來創(chuàng)建插件,這些測定法和組件包括(但不限于):微板模板、DNA凝膠 電泳、蛋白質(zhì)印跡法(Western blot)、儀器控制界面,及其它。插件還允許測定法設(shè)計(jì)與所 執(zhí)行的實(shí)際實(shí)驗(yàn)之間的直接交互。
      [0074] 向?qū)K(215)提供測定法參數(shù)的錯誤檢查。向?qū)K(215)還可用于與正在加 載的測定法無關(guān)的獨(dú)立操作。舉例來說,用戶可調(diào)用軟件并使用向?qū)Ы缑鎭韴?zhí)行按需計(jì)算, 例如用來添加到溶質(zhì)以實(shí)現(xiàn)所需濃度的溶劑量、用于進(jìn)行某些測定法的審閱規(guī)則,等等。這 可以在不存在測定法設(shè)計(jì)的情況下執(zhí)行。而且,在測定法設(shè)計(jì)中的任一點(diǎn),用戶可選擇調(diào)用 向?qū)K(215)。此模塊從特定元素、操作和插件(如果需要)引入性質(zhì),來確定測定法參 數(shù)是否正確。舉例來說,將IOuL的緩沖劑添加到含有IOuL體積的20uM濃度的物質(zhì)的孔會 得到具有IOuM濃度的20uL最終體積(且因此未保存此情形的測定法最可能含有一個或多 個錯誤)。向?qū)K(215)含有數(shù)學(xué)引擎和/或其它相關(guān)軟件,所述數(shù)學(xué)引擎和/或其它相 關(guān)軟件在相關(guān)聯(lián)操作之前和之后將元素進(jìn)行比較以確定是否滿足所需的測定法參數(shù)。向?qū)?模塊(215)還可含有用來證實(shí)測定法的定制參數(shù),例如規(guī)則。舉例來說,用戶可選擇防止具 有大于10的細(xì)胞傳代次數(shù)的細(xì)胞用于測定法中。如果用戶輸入大于10的細(xì)胞傳代次數(shù), 那么向?qū)K(215)將顯示所使用細(xì)胞傳代次數(shù)大于所設(shè)定限制的響應(yīng)。這避免了可能使 實(shí)驗(yàn)結(jié)果不準(zhǔn)確的代價(jià)較大的計(jì)算錯誤和不良的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)。圖6中提供關(guān)于向?qū)K的更 多細(xì)節(jié)。
      [0075] 元素模塊(220)定義元素名稱和元素性質(zhì)。所述元素模塊也可用來創(chuàng)建具有特定 性質(zhì)的新元素并將它們添加到庫模塊(200)。元素可為測定法中的在上面執(zhí)行操作的組件。 舉例來說,細(xì)胞培養(yǎng)瓶可以是元素。此元素的性質(zhì)可包括例如瓶體積、制造商、型號及其它 的參數(shù)。圖7中提供關(guān)于元素模塊(220)的更多細(xì)節(jié)??蓪⒃嘏c操作、插件和數(shù)據(jù)文件 進(jìn)行組合來創(chuàng)建測定法項(xiàng)目。
      [0076] 操作模塊定義操作名稱和操作性質(zhì)。所述操作模塊可用來創(chuàng)建具有特定性質(zhì)的新 操作并將它們添加到庫模塊(200)。操作是例如分配液體、培育及其它的任務(wù)??梢詫υ?素、插件和數(shù)據(jù)執(zhí)行操作。操作可具有特定性質(zhì),例如在某一溫度下在某一段時(shí)間中分配某 一體積的液體或培育。圖8中提供關(guān)于操作模塊(225)的更多細(xì)節(jié)。
      [0077] API模塊(230)允許軟件與其它軟件進(jìn)行交互??勺龀鱿蚱渌浖l(fā)送命令或從 其它軟件接收命令的API調(diào)用?;蛘?,API模塊(230)可允許測定法軟件從其它軟件得到 響應(yīng)。一個實(shí)施例將是在實(shí)驗(yàn)中操作的裝置,所述裝置在完成由軟件確定的某一任務(wù)之后 發(fā)送回響應(yīng)。API模塊允許軟件與其它現(xiàn)有軟件和裝置的集成。
      [0078] 數(shù)據(jù)模塊(235)允許用戶將例如中間和/或?qū)嶒?yàn)結(jié)果等數(shù)據(jù)加載到軟件中。數(shù)據(jù) 可呈許多形式,且軟件可剖析數(shù)據(jù)并將數(shù)據(jù)存儲到庫模塊(200)??梢詫缭跍y定法中的 任一點(diǎn)處產(chǎn)生的數(shù)據(jù)等中間數(shù)據(jù)進(jìn)行整合。圖9中提供關(guān)于數(shù)據(jù)模塊(235)的更多信息。 在已添加數(shù)據(jù)之后,可以操縱所述數(shù)據(jù)以用于經(jīng)由數(shù)據(jù)分析模塊(260)進(jìn)行分析。
      [0079] 搜索模塊(240)允許在庫模塊(200)內(nèi)的搜索,或者可允許在網(wǎng)絡(luò)上的外部庫 中進(jìn)行搜索,所述外部庫例如為內(nèi)聯(lián)網(wǎng)網(wǎng)絡(luò)庫(120)和外聯(lián)網(wǎng)主網(wǎng)絡(luò)庫(130)。搜索模塊 (240)也可由管理員用于多種目的,例如確定采用特定元素、操作、插件或數(shù)據(jù)的測定法的 數(shù)目。舉例來說,如果發(fā)現(xiàn)一個元素(例如,試劑)被污染,那么搜索模塊(240)可提供可 能已受到特定試劑的使用影響的測定法、用戶、數(shù)據(jù)、時(shí)戳及其它的列表。圖10中示出關(guān)于 搜索模塊(240)的更多信息。搜索模塊(240)還對由事務(wù)日志模塊(245)產(chǎn)生的事務(wù)日志 文件進(jìn)行編索引以提供特定的用戶和測定法信息。
      [0080] 事務(wù)日志模塊(245)記錄由用戶執(zhí)行的所有步驟、測定法、程序及其它。日志含 有(但不限于)元素、操作、性質(zhì)、插件、數(shù)據(jù)和所執(zhí)行的數(shù)據(jù)分析的列表。事務(wù)日志模塊 (245)還含有對于優(yōu)良實(shí)驗(yàn)室規(guī)范(GLP)和文檔編制來說可為關(guān)鍵的時(shí)戳、用戶簽名和證 人會簽。圖11中更詳細(xì)示出事務(wù)日志模塊(245),并且圖25中示出一個可能實(shí)施例。
      [0081] 測定法播放器模塊(250)是在測定法設(shè)計(jì)模塊(205)中創(chuàng)建的測定法設(shè)計(jì)的逐步 重放??稍谧郎显O(shè)計(jì)測定法并且隨后帶到實(shí)驗(yàn)室,并且單個用戶可使用測定法播放器模塊 (250)來逐步地執(zhí)行測定法,其中關(guān)于每一步驟添加有注釋和時(shí)戳(例如,在用戶從一個步 驟點(diǎn)擊到另一步驟后)。圖12中示出關(guān)于測定法播放器模塊(250)的更多細(xì)節(jié)。
      [0082] 帳戶模塊(255)存儲關(guān)于用戶、許可證、軟件版本和更新的關(guān)鍵信息。帳戶模塊 (255)使用此信息來包括在驗(yàn)證、事務(wù)日志文件和系統(tǒng)更新中。圖13中示出關(guān)于帳戶模塊 (255)的更多細(xì)節(jié)。
      [0083] 數(shù)據(jù)分析模塊(260)使用來自數(shù)據(jù)模塊(235)的原始數(shù)據(jù)且提供數(shù)據(jù)分析功能 (例如,制圖表、繪圖等等)。使用來自測定法的信息,數(shù)據(jù)分析模塊(260)可執(zhí)行某些任務(wù), 例如從數(shù)據(jù)點(diǎn)減去負(fù)控制值、針對由正控制規(guī)定的比例將實(shí)驗(yàn)響應(yīng)制圖表,及其它。例程分 析功能可以存儲到庫,并由用戶從數(shù)據(jù)分析模塊(260)調(diào)用以用于分析。圖14中提供關(guān)于 數(shù)據(jù)分析模塊的更多細(xì)節(jié)。
      [0084] 電子商務(wù)模塊(265)允許用戶與特定測定法組件的廠商進(jìn)行交互。由于元素、操 作和插件在萬維網(wǎng)(WWW)上從外部主網(wǎng)絡(luò)庫(130)可用,因此廠商能夠在庫中列出他們的 產(chǎn)品,從而使產(chǎn)品對用戶可用。在用戶設(shè)計(jì)他們的測定法時(shí),用戶可集成來自廠商的組件, 發(fā)送樣本和購買請求,和/或通過系統(tǒng)完成購買。圖15中提供關(guān)于電子商務(wù)模塊(265)的 更多信息。
      [0085] 圖3是庫模塊(200)的架構(gòu)框圖,并包括元素庫(300)、數(shù)據(jù)庫(310)、測定法庫 (320)以及測定法插件庫(330)。雖然庫模塊(200)在本地裝置上可用,但它還經(jīng)由網(wǎng)絡(luò)連 接到內(nèi)聯(lián)網(wǎng)庫(120)和主外聯(lián)網(wǎng)網(wǎng)絡(luò)庫(130)。每一測定法可含有以下組件:元素(例如, 硬件、消耗品、試劑等等)、操作(例如,吸氣、分配、培育等等)、插件(例如,微板插件)、數(shù) 據(jù)(例如,ASCII文件、照片等等),并且這些組件中的每一者都存儲在庫模塊(200)中。雖 然這些組件也可存儲在別的地方,但庫模塊(200)的功能是提供用于設(shè)計(jì)、執(zhí)行和存儲測 定法、數(shù)據(jù)和數(shù)據(jù)分析的組件的儲集區(qū)。
      [0086] 庫模塊(200)按照類型存儲每一組件。元素庫(300)含有元素類型的庫,所述庫 是用戶可選擇的元素?cái)?shù)據(jù)對象。舉例來說,每一元素?cái)?shù)據(jù)對象定義一個可以在一個或多個 測定法中使用的物理組件。硬件庫可含有例如PH計(jì)、微板讀取器和移液器等元素。消耗品 庫含有例如組織培養(yǎng)板、吸液管吸頭和瓶等元素。試劑庫可含有例如緩沖液、鹽溶液和培養(yǎng) 基等元素。化合物庫可含有在測定法中使用的化合物,例如小分子。生物制劑庫可含有例 如細(xì)胞系、蛋白質(zhì)和抗體等項(xiàng)目。定制庫也可用于存儲定制元素。庫的結(jié)構(gòu)可由用戶修改, 然而,默認(rèn)的共同組件的集合可允許用戶以共同元素快速地開始。庫模塊(200)還可充當(dāng) 用來搜索測定法所需要的元素的工具。舉例來說,如果用戶需要小體積的培養(yǎng)瓶,那么用戶 可通過性質(zhì)或其它值在庫中搜索此元素。
      [0087] 此外,此庫中可包括商業(yè)和樣本產(chǎn)品,使得技術(shù)產(chǎn)品的廠商可以為包括在這些庫 中而付費(fèi)。軟件更新也可更新庫模塊(200)而包括新項(xiàng)目。庫模塊(200)還允許用戶共享 元素、數(shù)據(jù)、操作和測定法插件。取決于軟件版本,由管理員設(shè)定的用戶許可可以控制啟用 或停用與內(nèi)聯(lián)網(wǎng)網(wǎng)絡(luò)庫(120)或外聯(lián)網(wǎng)主網(wǎng)絡(luò)庫(130)的共享和其它功能性的許可。一些 版本可能不需要對這些功能的許可控制。
      [0088] 數(shù)據(jù)庫(310)可包括可存儲在庫模塊(200)中的原始數(shù)據(jù)文件。數(shù)據(jù)文件參考是 對存儲在別處的數(shù)據(jù)文件的參考。數(shù)據(jù)剖析器庫含有用于不同數(shù)據(jù)類型的剖析器的集合。 剖析器可用于數(shù)據(jù)提取和操縱。數(shù)據(jù)分析文件包括例如圖表、繪圖及其它的項(xiàng)目,其中已操 縱數(shù)據(jù)來提供信息。定制文件也可存儲在數(shù)據(jù)庫(310)中,使得用戶能夠靈活地存儲數(shù)據(jù)。 定制文件可包括照片、圖像及其它。
      [0089] 測定法庫(320)也是庫模塊(200)的部分。測定法庫(320)可含有包括用戶可 選擇的操作數(shù)據(jù)對象的操作庫,所述用戶可選擇的操作數(shù)據(jù)對象定義了在測定法中可執(zhí)行 (例如,針對一個或多個元素?cái)?shù)據(jù)對象)的操作(或動作)的集合。協(xié)議庫可包括給定測定 法中使用的元素、操作和插件的集合。協(xié)議庫允許用戶加載先前執(zhí)行的測定法,并添加、編 輯或刪除某些組件來創(chuàng)建新的測定法。協(xié)議庫還可以共享到內(nèi)聯(lián)網(wǎng)網(wǎng)絡(luò)庫(120)而在一個 群組或組織內(nèi)共享,或者與外聯(lián)網(wǎng)主網(wǎng)絡(luò)庫(130)共享而在全球范圍內(nèi)與用戶共享??蛇x 地,軟件的免費(fèi)版本可允許以有限的功能性查看某些文件。測定法庫(320)還含有事務(wù)日 志,所述事務(wù)日志是包括由用戶執(zhí)行的給定實(shí)驗(yàn)的所有元素、操作、插件和性質(zhì)的文件???選地,事務(wù)日志可包括數(shù)據(jù)。這些文件還可含有簽名、證人簽名、時(shí)戳信息和其它信息。用 戶還可使用搜索模塊(240)或管理員來查詢這些事務(wù)日志文件,來找到由用戶執(zhí)行的含有 某一元素或某一操作的某些測定法。
      [0090] 測定法插件庫(330)含有插件庫和模板庫。插件庫是允許用戶以預(yù)定義并且定制 的插件來工作的插件儲集區(qū)。插件可以是例如可添加到系統(tǒng)的定制化元素、操作或數(shù)據(jù)工 具。舉例來說,插件可具有專門化性質(zhì),可對系統(tǒng)提供專門化能力或特征,和/或可在軟件 內(nèi)具有它們自己的界面。插件提供關(guān)于軟件的定制化功能性。插件可廣泛地變化,例如儀 器控制插件、微板插件,并且還可經(jīng)由插件模塊(210)開發(fā)來創(chuàng)建定制插件。插件的一個實(shí) 施例將是微板插件,所述微板插件包括用于指定微板的特定孔、體積和細(xì)節(jié)的微板性質(zhì)界 面。還可將微板布局作為模板存儲在模板庫中,使得每當(dāng)執(zhí)行測定法時(shí)用戶可選擇微板模 板,從而節(jié)省用戶時(shí)間。而且,如同所有其它組件,模板庫可經(jīng)由內(nèi)聯(lián)網(wǎng)網(wǎng)絡(luò)庫(120)與用 戶共享而在一個群組或組織內(nèi)共享,或者與外聯(lián)網(wǎng)主網(wǎng)絡(luò)庫(130)共享而在全球范圍內(nèi)與 用戶共享。
      [0091] 應(yīng)用程序軟件(110)內(nèi)的所有模塊可與庫模塊(200)交互以經(jīng)由內(nèi)聯(lián)網(wǎng)網(wǎng)絡(luò)庫 (120)本地地為用戶提供對測定法和測定法組件的取用以在一個群組或組織內(nèi)共享,或者 以外聯(lián)網(wǎng)主網(wǎng)絡(luò)庫(130)來提供以在全球范圍內(nèi)與用戶共享。
      [0092] 圖4是測定法設(shè)計(jì)模塊(205)的架構(gòu)框圖,所述測定法設(shè)
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