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      用于設(shè)計(jì)、開發(fā)和共享測(cè)定法的系統(tǒng)和方法_3

      文檔序號(hào):8531880閱讀:來源:國(guó)知局
      計(jì)模塊包括可視化測(cè) 定法設(shè)計(jì)圖形用戶界面(488)、拖放工具欄(489)、庫(kù)組件復(fù)制導(dǎo)入引擎(490)、性質(zhì)模塊 (491)、關(guān)系鏈接引擎(492)、向?qū)ы憫?yīng)界面(493)、插件性質(zhì)引擎(494)、保存/導(dǎo)出引擎 (495)、性質(zhì)界面(496)和操作界面(497)。
      [0093] 可視化測(cè)定法設(shè)計(jì)圖形用戶界面(488)允許用戶與軟件交互并創(chuàng)建、修改、編輯 和保存測(cè)定法文件。拖放工具欄(489)允許用戶使用圖標(biāo)來選擇元素、操作、插件或其它組 件??墒褂脦?kù)組件復(fù)制導(dǎo)入引擎(490)將圖標(biāo)從庫(kù)拖動(dòng)到工作空間。隨后可使用具有性質(zhì) 界面(496)的性質(zhì)模塊(491)更新元素的性質(zhì),可使用操作界面(497)更新操作性質(zhì),或者 可使用插件性質(zhì)引擎(494)更新插件性質(zhì)。使用關(guān)系鏈接引擎(492)來鏈接元素、操作、插 件和數(shù)據(jù),所述關(guān)系鏈接引擎以可視化表示來創(chuàng)建組件之間的關(guān)系。向?qū)ы憫?yīng)界面(493) 為來自向?qū)K(215)的結(jié)果提供界面。保存/導(dǎo)出引擎(495)允許用戶保存和共享測(cè)定 法的全部或部分。用戶可能希望共享具有或不具有數(shù)據(jù)的某些項(xiàng),并且保存/導(dǎo)出引擎允 許用戶與他人共享項(xiàng)目的全部或部分。圖27提供圍繞測(cè)定法設(shè)計(jì)邏輯的更多細(xì)節(jié)。
      [0094] 因此,在一些實(shí)施例中,測(cè)定法設(shè)計(jì)模塊允許用戶為候選測(cè)定法規(guī)范(例如,尚未 使用向?qū)K215證實(shí)的測(cè)定法)定義元素、操作和插件。所定義的組件可包括來自存儲(chǔ)在 元素庫(kù)300中的元素?cái)?shù)據(jù)對(duì)象集合的元素?cái)?shù)據(jù)對(duì)象集合,以及來自存儲(chǔ)在測(cè)定法庫(kù)(320) 的操作庫(kù)中的操作數(shù)據(jù)對(duì)象集合的操作數(shù)據(jù)對(duì)象集合。所包括的操作數(shù)據(jù)對(duì)象可定義用來 執(zhí)行測(cè)定法的元素?cái)?shù)據(jù)對(duì)象中的一個(gè)或多個(gè)的動(dòng)作。候選測(cè)定法規(guī)范是基于從用戶接收的 數(shù)據(jù)而產(chǎn)生的。
      [0095] 圖5是測(cè)定法插件模塊(210)的架構(gòu)框圖,所述測(cè)定法插件模塊可包括插件圖形 用戶界面(500)、插件性質(zhì)模塊(502)、庫(kù)組件復(fù)制/導(dǎo)入引擎(504)、插件創(chuàng)建界面(506)、 插件模板界面(508)、保存/導(dǎo)出引擎(510)、微板模塊(512)、DNA模塊(514)、蛋白質(zhì)模塊 (516)、藥品模塊(518)、RNA模塊(520)、細(xì)胞模塊(522)、表面活性劑模塊(524)、定制模塊 (526)、病毒學(xué)模塊(528)、石油化學(xué)模塊(530)以及合成模塊(532)。
      [0096] 測(cè)定法插件模塊(210)具有允許用戶與軟件進(jìn)行交互的插件圖形用戶界面 (500)。舉例來說,如上文描述,插件可以是定制化元素、操作或數(shù)據(jù)工具,這些定制化元素、 操作或數(shù)據(jù)工具具有專門化性質(zhì)、可以提供專門化能力和/或可以在軟件內(nèi)具有它們自己 的界面。插件提供關(guān)于軟件的定制化功能性。插件性質(zhì)模塊(502)允許用戶編輯和更新插 件性質(zhì)。插件創(chuàng)建界面(506)允許用戶創(chuàng)建新插件。插件模板界面(508)允許用戶與插件 模板(例如,微板模板)進(jìn)行交互。可能存在預(yù)先加載于軟件中以允許用于多種特定測(cè)定 法的多種可能的插件。微板模塊(512)是為涉及微板的測(cè)定法特定設(shè)計(jì)。DNA模塊(514) 被設(shè)計(jì)為用于DNA測(cè)定法(例如,DNA定序)。蛋白質(zhì)模塊(516)被設(shè)計(jì)為用于涉及蛋白 質(zhì)的測(cè)定法(例如,蛋白質(zhì)印跡法)。藥品模塊(518)被設(shè)計(jì)為用于小分子和藥品測(cè)定法。 RNA模塊(520)是用于涉及RNA的測(cè)定法。細(xì)胞模塊(522)是用于涉及細(xì)胞的測(cè)定法。表 面活性劑模塊(524)是用于涉及表面活性劑的測(cè)定法。病毒學(xué)模塊(528)是用于病毒學(xué)測(cè) 定法。石油化學(xué)模塊(530)是用于石油化學(xué)中的測(cè)定法。合成模塊(532)是用于合成中的 測(cè)定法。還可使用定制模塊(526)來創(chuàng)建定制插件??梢詾榱死绮僮餮b置或?qū)iT化測(cè)定 法等特定目的而開發(fā)這些模塊。庫(kù)組件復(fù)制/導(dǎo)入引擎(504)允許用戶從庫(kù)導(dǎo)入測(cè)定法插 件組件。保存/導(dǎo)出引擎(510)允許用戶保存、導(dǎo)出和共享測(cè)定法插件組件。
      [0097] 圖6是向?qū)K(215)的架構(gòu)框圖,所述向?qū)K可包括向?qū)D形用戶界面 (600)、性質(zhì)引擎(602)、庫(kù)組件復(fù)制導(dǎo)入引擎(604)、數(shù)學(xué)模塊(606)、響應(yīng)模塊(608)以及 規(guī)則模塊(610)。
      [0098] 向?qū)D形用戶界面(600)允許用戶在當(dāng)需要時(shí)實(shí)現(xiàn)計(jì)算的獨(dú)立模式中取用模塊。 另外,向?qū)K(215)與測(cè)定法設(shè)計(jì)模塊(205)介接以評(píng)估在測(cè)定法設(shè)計(jì)模塊(205)中設(shè) 計(jì)的完整測(cè)定法。如下文進(jìn)一步描述,向?qū)D形用戶界面(600)存儲(chǔ)用于測(cè)定法的一組證 實(shí)規(guī)則,所述規(guī)則可用來確定用于特定測(cè)定法的元素?cái)?shù)據(jù)對(duì)象和操作數(shù)據(jù)對(duì)象是否定義有 效的測(cè)定法。
      [0099] 數(shù)學(xué)模塊(606)執(zhí)行數(shù)學(xué)運(yùn)算。數(shù)學(xué)運(yùn)算可包括例如常見的測(cè)定法計(jì)算,例如體 積摩爾濃度、重量摩爾濃度、體積、濃度、稀釋體積、質(zhì)量、密度和細(xì)胞計(jì)數(shù)。性質(zhì)引擎(602) 比較元素、操作和插件之間的性質(zhì)。規(guī)則模塊(610)允許用戶或管理員用戶設(shè)置用于評(píng)估 的規(guī)則,例如用于測(cè)定法中的最大細(xì)胞傳代次數(shù)。額外的實(shí)例性規(guī)則可包括最大清洗循環(huán) 數(shù)、最小分配高度、最大分配速度、凍融循環(huán)數(shù)、排除的批號(hào)、培育時(shí)間,以及由用戶和/或 管理員設(shè)定的任何規(guī)則。規(guī)則可用來為個(gè)人或群組執(zhí)行的測(cè)定法設(shè)定準(zhǔn)則。響應(yīng)模塊(608) 提供來自評(píng)估的結(jié)果。庫(kù)組件復(fù)制導(dǎo)入引擎(604)允許系統(tǒng)導(dǎo)入庫(kù)組件。
      [0100]向?qū)K(215)評(píng)估元素、操作和插件的性質(zhì)來證實(shí)實(shí)驗(yàn)參數(shù)。舉例來說,IOuL從 源孔轉(zhuǎn)移到含有IOuL的目的地孔會(huì)得到目的地孔中的20uL最終體積。在此實(shí)施例中,如 果用戶針對(duì)目的地孔中的體積已輸入不同的值,例如22uL,那么向?qū)Э梢韵蛴脩艟惧e(cuò)誤。 [0101] 圖7是元素模塊(220)的架構(gòu)框圖,所述元素模塊包括元素圖形用戶界面(700)、 性質(zhì)引擎(702)、元素引擎(704)、元素選擇界面(706)、庫(kù)組件復(fù)制導(dǎo)入引擎(708)以及保 存/導(dǎo)出引擎(710)。
      [0102] 元素模塊(220)含有用于與元素一起工作的界面,稱為元素圖形用戶界面(700)。 存在創(chuàng)建和修改元素(例如,存儲(chǔ)為元素?cái)?shù)據(jù)對(duì)象)的元素引擎(704),以及創(chuàng)建、修改性 質(zhì)數(shù)據(jù)對(duì)象和使性質(zhì)數(shù)據(jù)對(duì)象與元素?cái)?shù)據(jù)對(duì)象相關(guān)聯(lián)的性質(zhì)引擎(702)。元素選擇界面 (706)允許用戶選擇元素,所述元素可經(jīng)由庫(kù)組件復(fù)制導(dǎo)入引擎(708)從庫(kù)復(fù)制到所述界 面中。還可以使用保存/導(dǎo)出引擎(710)來保存和導(dǎo)出元素。
      [0103] 圖8是操作模塊(225)的架構(gòu)框圖,所述操作模塊包括操作圖形用戶界面(800)、 性質(zhì)引擎(802)、操作引擎(804)、操作選擇界面(806)、庫(kù)組件復(fù)制導(dǎo)入引擎(808)以及保 存/導(dǎo)出引擎(810)。
      [0104] 操作模塊(225)含有用于與操作一起工作的界面,稱為操作圖形用戶界面(800)。 操作引擎(804)創(chuàng)建和修改操作,性質(zhì)引擎(802)創(chuàng)建、修改性質(zhì)和使性質(zhì)與操作相關(guān)聯(lián) (例如,存儲(chǔ)為操作數(shù)據(jù)對(duì)象)。操作選擇界面(806)允許用戶選擇操作,所述操作可經(jīng)由 庫(kù)組件復(fù)制導(dǎo)入引擎(808)從庫(kù)復(fù)制到所述界面中。還可使用保存/導(dǎo)出引擎(810)來保 存和導(dǎo)出操作。
      [0105] 圖9是數(shù)據(jù)模塊(235)的架構(gòu)框圖,所述數(shù)據(jù)模塊包括數(shù)據(jù)圖形用戶界面(900)、 輸入導(dǎo)入/導(dǎo)出引擎(902)、剖析器模塊(904)、數(shù)據(jù)引擎(906)、庫(kù)組件復(fù)制導(dǎo)入引擎 (908)以及保存/導(dǎo)出引擎(910)。
      [0106] 數(shù)據(jù)模塊(235)允許用戶將數(shù)據(jù)導(dǎo)入到測(cè)定法項(xiàng)目中。用戶經(jīng)由數(shù)據(jù)圖形用戶界 面(900)與數(shù)據(jù)模塊(235)進(jìn)行交互。數(shù)據(jù)導(dǎo)入/導(dǎo)出引擎(902)允許用戶將數(shù)據(jù)拉入到 數(shù)據(jù)模塊(235)中。原始數(shù)據(jù)文件可由剖析器模塊(904)剖析并由數(shù)據(jù)引擎(906)處理。 剖析器可取決于所創(chuàng)建數(shù)據(jù)文件的類型(例如,ASCII、圖像、文本等等)和產(chǎn)生數(shù)據(jù)的裝置 (例如,讀取器裝置)而變化。剖析器模塊(904)還允許用戶創(chuàng)建剖析器?;蛘撸山?jīng)由庫(kù) 組件復(fù)制導(dǎo)入引擎(908)從庫(kù)模塊導(dǎo)入各種剖析器文件。也可經(jīng)由保存/導(dǎo)出引擎(910) 將數(shù)據(jù)文件和剖析器保存回到庫(kù)。技術(shù)提供者也可以提供用于他們的產(chǎn)品的剖析器并使所 述剖析器可供用戶用于軟件。
      [0107] 圖10是搜索模塊(240)的架構(gòu)框圖,所述搜索模塊包括搜索圖形用戶界面 (1000)、數(shù)據(jù)導(dǎo)入/導(dǎo)出引擎(1002)、搜索引擎(1004)以及搜索標(biāo)引器(1006)。搜索圖形 用戶界面(1000)允許用戶在庫(kù)模塊(200)中搜索包括測(cè)定法、測(cè)定法組件和事務(wù)日志文件 的文件。所述搜索圖形用戶界面還允許取決于由驗(yàn)證模塊(160)準(zhǔn)許的用戶權(quán)利來搜索內(nèi) 聯(lián)網(wǎng)庫(kù)網(wǎng)絡(luò)(120)。搜索模塊還可允許用戶搜索主外聯(lián)網(wǎng)網(wǎng)絡(luò)庫(kù)(130)來得到測(cè)定法、例如 專門化插件的組件、元素、操作以及與全球社區(qū)共享的測(cè)定法。管理員可能希望搜索由用戶 執(zhí)行的所有測(cè)定法,或者可能搜索執(zhí)行了某一元素或操作的所有實(shí)例。搜索圖形用戶界面 (1000)為用戶提供搜索參數(shù),用于輸入他們的搜索查詢。所述搜索圖形用戶界面還提供基 于查詢的結(jié)果界面。搜索引擎(1004)基于用戶的查詢來執(zhí)行搜索。搜索標(biāo)引器(1006)含 有可搜索記錄的索引(1006)。數(shù)據(jù)導(dǎo)入/導(dǎo)出引擎允許用戶導(dǎo)入搜索結(jié)果并且還為了報(bào)告 的目的而導(dǎo)出搜索結(jié)果(1002)。取決于用戶驗(yàn)證,創(chuàng)建由用戶執(zhí)行的搜索的事務(wù)日志文件 可能是重要的。舉例來說,具有多地點(diǎn)、多小組級(jí)別接入權(quán)的管理員可以運(yùn)行查詢并產(chǎn)生本 質(zhì)上是機(jī)密的結(jié)果。由此,事務(wù)日志模塊(245)可產(chǎn)生記錄這些查詢、結(jié)果、用戶、日期和執(zhí) 行時(shí)間的事務(wù)日志文件。
      [0108] 圖11是事務(wù)日志模塊(245)的架構(gòu)框圖,所述事務(wù)日志模塊包括圖形用戶界面 (1100)、文件導(dǎo)入/導(dǎo)出引擎(1102)、事務(wù)引擎(1104)、簽名引擎(1106)、說話者識(shí)別模塊 (1108)、語音模塊(1110)、觸摸屏模塊(1112)以及加密引擎(1114)。
      [0109] 事務(wù)日志模塊(245)產(chǎn)生對(duì)用戶可執(zhí)行的測(cè)定法進(jìn)行定義的文件。另外,所述文 件可記錄非測(cè)定法活動(dòng),例如由用戶實(shí)行的測(cè)定法的搜索查詢和結(jié)果(如圖10中描述)。 事務(wù)日志模塊(245)含有用于存取事務(wù)日志文件的圖形用戶界面(1100)。事務(wù)引擎(1104) 組裝在測(cè)定法中依序執(zhí)行的元素、操作、插件和相應(yīng)性質(zhì)的完整列表??梢允褂梦ㄒ坏刈R(shí) 別用戶的簽名引擎(1106)來簽署文件??刹捎枚喾N方法來識(shí)別用戶,例如用戶名和密碼、 語音記錄、說話者識(shí)別以及觸摸屏簽名。與事務(wù)文件一起存儲(chǔ)用戶語音的語音模塊(1110) 可以執(zhí)行語音記錄。說話者識(shí)別模塊(1108)可以通過作為用戶簽名的語音和動(dòng)作來識(shí)別 用戶。還可以使用例如在平板裝置、移動(dòng)裝置或外圍裝置上存在的觸摸屏模塊(1112),其 中用戶將使用他們的手指(或觸筆)來劃出與文件一起存儲(chǔ)的簽名。還可以經(jīng)由加密引擎 (1114)對(duì)事務(wù)日志文件進(jìn)行加密以用于安全性目的。文件導(dǎo)入/導(dǎo)出引擎(1102)允許將 事務(wù)文件保存到庫(kù)模塊(200)或檢索事務(wù)文件以供用戶查看。事務(wù)日志文件對(duì)于由用戶執(zhí) 行的測(cè)定法和活動(dòng)的文檔編制可為有價(jià)值的。法律事件中可能也需要事務(wù)日志文件。此外, 文件可含有用戶信息、時(shí)戳以及簽名和額外信息。在一些實(shí)施方案中,事務(wù)日志模塊(245) 可與內(nèi)聯(lián)網(wǎng)網(wǎng)絡(luò)庫(kù)(120)、驗(yàn)證(160)和外聯(lián)網(wǎng)主網(wǎng)絡(luò)庫(kù)(130)或其它系統(tǒng)進(jìn)行交互以產(chǎn)生 包括用戶和時(shí)戳信息的唯一值。
      [0110] 圖12是測(cè)定法播放器模塊(250)的架構(gòu)框圖,所述測(cè)定法播放器模塊包括圖形用 戶界面(1200)、測(cè)定法播放器引擎(1202)、庫(kù)組件復(fù)制導(dǎo)入引擎(1204)以及保存/導(dǎo)出引 擎(1206)。測(cè)定法播放器模塊(250)圖形用戶界面(1200)允許用戶取用測(cè)定法。庫(kù)組件 復(fù)制導(dǎo)入引擎(1204)允許將存儲(chǔ)的測(cè)定法導(dǎo)入到模塊中。測(cè)定法播放器引擎(1202)允許 用戶在執(zhí)行測(cè)定法時(shí)添加注釋、更新性質(zhì)和添加數(shù)據(jù)。保存/導(dǎo)出引擎(1206)允許用戶將 文件保存回到庫(kù)模塊(200)或者經(jīng)由內(nèi)聯(lián)網(wǎng)網(wǎng)絡(luò)庫(kù)(120)或外聯(lián)網(wǎng)網(wǎng)絡(luò)庫(kù)(130)而共享。
      [0111] 測(cè)定法播放器模塊(250)是一種系統(tǒng),所述系統(tǒng)允許在較晚時(shí)間執(zhí)行或以逐步格 式觀看在測(cè)定法設(shè)計(jì)模塊(205)中設(shè)計(jì)的測(cè)定法。每一步驟列出來自用于測(cè)定法步驟的元 素?cái)?shù)據(jù)對(duì)象集合的一個(gè)或多個(gè)物理組件,以及來自用于所述步驟的相關(guān)聯(lián)操作數(shù)據(jù)對(duì)象的 一個(gè)或多個(gè)動(dòng)作。
      [0112] 舉例來說,用戶可選擇在一個(gè)位置設(shè)計(jì)測(cè)定法,并隨后在較晚時(shí)間在別處執(zhí)行所 述測(cè)定法。測(cè)定法播放器可導(dǎo)入用于給定測(cè)定法的元素、操作和插件以及它們相應(yīng)的性質(zhì), 并以"下一步"和"上一步"類型導(dǎo)航逐步地提示用戶在測(cè)定法的步驟之間切換。所述播放器 允許用戶以圖形方式查看每一項(xiàng)的建議性質(zhì),并在他們執(zhí)行測(cè)定法時(shí)更新所述性質(zhì)。可以 為平板裝置或移動(dòng)裝置設(shè)計(jì)軟件的特別版本,使得用戶可帶著平板裝置進(jìn)入實(shí)驗(yàn)室或醫(yī)療 設(shè)施并使用測(cè)定法播放器模塊來執(zhí)行測(cè)定法,記錄實(shí)際結(jié)果、注釋、數(shù)據(jù),并使用手指(或 觸筆)劃出與事務(wù)文件一起存儲(chǔ)的簽名來為測(cè)定法提供簽名。測(cè)定法播放器模塊能夠例如 通過記錄步驟的完成時(shí)戳以及在特定步驟(或步驟組合)上工作所花費(fèi)的時(shí)間總量來記錄 和注釋在測(cè)定法或程序的每一步驟之間逝去的時(shí)間。
      [0113] 圖13是帳戶模塊(255)的架構(gòu)框圖,所述帳戶模塊包括圖形用戶界面(1300)、帳 戶引擎(1302)、文件導(dǎo)入/導(dǎo)出引擎(1304)、許可證證實(shí)引擎(1306)、更新模塊(1308)以 及用戶驗(yàn)證引擎(1310)。
      [0114] 帳戶模塊(255)存儲(chǔ)軟件和用戶信息。圖形用戶界面(1300)允許用戶和/或管 理員查看軟件版本和設(shè)置用戶許可。帳戶引擎(1302)確定用戶帳戶的類型??纱嬖谌舾?帳戶類型以及使用相同軟件安裝的若干用戶。每一用戶可要求唯一的用戶帳戶。另外,每 一用戶可創(chuàng)建含有由用戶指定用于搜索關(guān)聯(lián)中的屬性的用戶簡(jiǎn)檔。許可證證實(shí)引擎(1306) 針對(duì)給定用戶證實(shí)軟件許可證。如果用戶丟失他們的裝置,那么可經(jīng)由驗(yàn)證模塊(160)遠(yuǎn) 程停用所述系統(tǒng)而防止未經(jīng)授權(quán)的接入。用戶驗(yàn)證引擎(1310)與驗(yàn)證模塊(160)交換信 息以確定用戶驗(yàn)證、權(quán)利和特權(quán)。另外,包括更新模塊(1308),所述更新模塊允許軟件更新 到新版本,以及用新可用的元素、操作、插件和其它組件來更新庫(kù)。在一些實(shí)例中,希望將新 元素、操作和插件添加到庫(kù)的技術(shù)提供者為能夠進(jìn)行這些更新而付費(fèi)。文件導(dǎo)入/導(dǎo)出引 擎(1304)允許從軟件導(dǎo)入和導(dǎo)出文件,所述文件包括軟件應(yīng)用程序文件和庫(kù)文件。
      [0115] 圖14是數(shù)據(jù)分析模塊(260)的架構(gòu)框圖,所述數(shù)據(jù)分析模塊包括圖形用戶界面 (1400)、性質(zhì)模塊(1402)、數(shù)學(xué)模塊(1404)、圖形顯示引擎(1406)、庫(kù)組件復(fù)制導(dǎo)入引
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