用于數(shù)字pcr數(shù)據(jù)的視像工具的制作方法
【專利說明】
【背景技術(shù)】
[0001]用于生物反應和生化反應的系統(tǒng)已經(jīng)用來實時監(jiān)測、測量和/或分析此類反應。此類系統(tǒng)通常用于測序、基因分型、聚合酶鏈反應(PCR)和其它生化反應以監(jiān)測進程并且提供定量數(shù)據(jù)。
[0002]目前，對每次測試或?qū)嶒炋峁└鄶?shù)目的反應的日益增長的需求已經(jīng)產(chǎn)生了能夠同步進行更高數(shù)目的反應的儀器。測試或?qū)嶒炛械牟蓸狱c數(shù)目的增加已經(jīng)導致微量滴定板以及提供更小樣本體積的采樣格式。另外，例如數(shù)字PCR(dPCR)等技術(shù)已經(jīng)增長了對在大量測試樣本的所有或大部分中容納或者零個或者一個靶核苷酸序列的更小樣本體積的需求。
[0003]數(shù)字PCR可以用來對稀有等位基因的濃度進行檢測并定量，以提供核酸樣本的絕對定量并且測量核酸濃度中的低倍數(shù)變化。通常，增加復制的數(shù)目提高了 dPCR結(jié)果的準確性和再現(xiàn)性。
[0004]在dPCR中，含有相對少量的靶多核苷酸或核苷酸序列的溶液可以被細分成大量的小測試樣本，使得每一樣本一般或者含有靶核苷酸序列的一個分子或者不含有任何靶核苷酸序列。當樣本隨后在PCR方案、程序或?qū)嶒炛薪?jīng)過熱循環(huán)時，含有靶核苷酸序列的樣本被擴增并產(chǎn)生陽性檢測信號，而不含有靶核苷酸序列的樣本未被擴增且不產(chǎn)生檢測信號。
[0005]對于進一步分析，從dPCR實驗收集的數(shù)據(jù)的大量數(shù)據(jù)點對于以對用戶有用的方式來組織和顯現(xiàn)是具有挑戰(zhàn)性的。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0006]在一個示例性實施例中，提供一種用于產(chǎn)生數(shù)據(jù)視像的方法。所述方法包含向用戶顯示來自襯底的所檢測數(shù)據(jù)的一部分的表示。所述方法進一步包含產(chǎn)生所檢測數(shù)據(jù)的所述部分的數(shù)據(jù)質(zhì)量值，并且連同所檢測數(shù)據(jù)的所述部分的表示一起顯示所檢測數(shù)據(jù)的所述部分的數(shù)據(jù)質(zhì)量值的指示。所述方法進一步包含由用戶選擇質(zhì)量值閾值，并且顯示符合所述質(zhì)量值閾值的所檢測數(shù)據(jù)所述部分的數(shù)據(jù)質(zhì)量值的經(jīng)調(diào)整指示。
[0007]在另一示例性實施例中，提供一種用于計算生物分析的結(jié)果的方法。所述方法包含向用戶顯示來自多個反應部位的發(fā)射數(shù)據(jù)的散布圖并且確定每一數(shù)據(jù)點的分類。所述方法進一步包含接收數(shù)據(jù)點的選擇以將所確定的分類更改為第二分類。所述方法包含基于每一分類中的數(shù)據(jù)點的數(shù)目計算結(jié)果。在一些實施例中，所述結(jié)果是靶分子的濃度。根據(jù)各種實施例，分類可以包含:陽性反應、陰性反應、FAM、VIC、FAM和VIC、無擴增、空、以及未確定的。
【附圖說明】
[0008]圖1圖示可以實施本文所描述的各種實施例的示例性計算系統(tǒng)。
[0009]圖2圖示根據(jù)本文所描述的各種實施例的數(shù)據(jù)視像。
[0010]圖3圖示根據(jù)本文所描述的各種實施例的數(shù)據(jù)視像。
[0011]圖4圖示根據(jù)本文所描述的各種實施例的數(shù)據(jù)視像。
[0012]圖5圖示根據(jù)本文所描述的各種實施例的數(shù)據(jù)視像。
[0013]圖6圖示根據(jù)本文所描述的各種實施例用以顯現(xiàn)數(shù)據(jù)的所產(chǎn)生的圖。
[0014]圖7圖示根據(jù)本文所描述的各種實施例用以顯現(xiàn)數(shù)據(jù)的所產(chǎn)生的圖。
[0015]圖8圖示用于根據(jù)本文所描述的實施例組織實驗的工具。
[0016]圖9圖示根據(jù)本文所描述的各種實施例的來自多個數(shù)據(jù)點的螢光值的直方圖。
[0017]圖10圖示包含反應部位的芯片，數(shù)據(jù)從所述反應部位收集且根據(jù)本文所描述的各種實施例來顯現(xiàn)。
[0018]圖11圖示用于根據(jù)本文所描述的各種實施例檢閱數(shù)據(jù)的工具。
[0019]圖12圖示用于根據(jù)本文所描述的各種實施例調(diào)整和組織數(shù)據(jù)的工具。
【具體實施方式】
[0020]為了提供對本發(fā)明的更透徹理解，以下描述闡述許多特定細節(jié)，例如特定配置、參數(shù)、實例等。然而，應認識到，此類描述不意圖作為對本發(fā)明的范圍的限制，而是意圖提供示例性實施例的更好描述。
[0021]所屬領域的技術(shù)人員將認識到，可以使用硬件、軟件、固件或適當時其組合來實施各種實施例的操作。例如，可以在軟件、固件或硬連線邏輯的控制下使用處理器或其它數(shù)字電路執(zhí)行一些處理。(本文的術(shù)語“邏輯”是指如所屬領域的技術(shù)人員所熟知的用以執(zhí)行所闡述功能的固定硬件、可編程邏輯和/或其適當組合。)軟件以及固件可以存儲在計算機可讀媒體上。如所屬領域的技術(shù)人員所熟知，可以使用模擬電路來實施一些其它處理。另外，在本發(fā)明的實施例中可以采用存儲器或其它存儲裝置以及通信組件。
[0022]圖1是圖示根據(jù)各種實施例可以用于進行處理功能的計算機系統(tǒng)100的框圖，在所述計算機系統(tǒng)上可以使用熱循環(huán)儀系統(tǒng)(未示出)的實施例。計算系統(tǒng)100可以包含一或多個處理器，例如處理器104。處理器104可以使用一般或?qū)Ｓ锰幚硪鎭韺嵤?，例如微處理器、控制器或其它控制邏輯。在此實例中，處理?04連接到總線102或其它通信媒體上。
[0023]此外，應了解，圖1的計算系統(tǒng)100可以體現(xiàn)為若干形式中的任一者，例如機架式計算機、大型主機、超級計算機、服務器、客戶端、桌上型計算機、膝上型計算機、平板計算機、手持式計算裝置(例如，PDA、蜂窩電話、智能電話、掌上電腦等)、群集柵格、上網(wǎng)本、嵌入式系統(tǒng)、或可以合乎需要或適合于給定應用或環(huán)境的任何其它類型的專用或通用計算裝置。另外，計算系統(tǒng)100可以包含傳統(tǒng)網(wǎng)絡系統(tǒng)，所述傳統(tǒng)網(wǎng)絡系統(tǒng)包含客戶機/服務器環(huán)境和一或多個數(shù)據(jù)庫服務器，或與LIS/UMS基礎設施整合。本領域中已知包含局域網(wǎng)(LAN)或廣域網(wǎng)(WAN)以及包含無線和/或有線組件的許多傳統(tǒng)網(wǎng)絡系統(tǒng)。另外，客戶機/服務器環(huán)境、數(shù)據(jù)庫服務器和網(wǎng)絡在本領域中有充分記載。
[0024]計算系統(tǒng)100可以包含總線102或用于傳送信息的其它通信機制、以及與總線102耦合以用于處理信息的處理器104。
[0025]計算系統(tǒng)100還包含存儲器106，所述存儲器可以是隨機存取存儲器(RAM)或其它動態(tài)存儲器，其耦接到總線102上用于存儲將由處理器104執(zhí)行的指令。存儲器106還可以用于在執(zhí)行將由處理器104執(zhí)行的指令期間存儲臨時變量或其它中間信息。計算系統(tǒng)100進一步包含只讀存儲器(ROM) 108或其它靜態(tài)存儲裝置，其耦接到總線102上用于存儲用于處理器104的靜態(tài)信息和指令。
[0026]計算系統(tǒng)100還可以包含存儲裝置110，提供例如磁盤、光盤或固態(tài)驅(qū)動器(SSD)并耦合到總線102上以用于存儲信息和指令。存儲裝置110可以包含媒體驅(qū)動器和可移動存儲接口。媒體驅(qū)動器可以包含用以支持固定的或可移動的存儲媒體的驅(qū)動器或其它機制，例如硬盤驅(qū)動器、軟盤驅(qū)動器、磁帶驅(qū)動器、光盤驅(qū)動器、⑶或DVD驅(qū)動器(R或RW)、閃速驅(qū)動器、或其它可移動的或固定的媒體驅(qū)動器。如這些實例所圖示，存儲媒體可以包含計算機可讀存儲媒體，其中存儲了特定計算機軟件、指令或數(shù)據(jù)。
[0027]在替代實施例中，存儲裝置110可以包含用于允許計算機程序或其它指令或數(shù)據(jù)加載到計算系統(tǒng)100上的其它類似工具。此類工具可以包含例如可移動儲存單元和接口(例如，程序盒帶和盒帶接口)、可移動存儲器(例如，閃存或其它可移動存儲器模塊)和存儲器槽、以及允許軟件和數(shù)據(jù)從存儲裝置110傳遞至計算系統(tǒng)100的其它可移動存儲單元和接口。
[0028]計算系統(tǒng)100還可以包含通信接口 118。通信接口 118可以用于允許軟件和數(shù)據(jù)在計算系統(tǒng)100與外部裝置之間傳遞。通信接口 118的實例可以包含調(diào)制解調(diào)器、網(wǎng)絡接口(例如以太網(wǎng)或其它NIC卡)、通信端口(例如，USB端口、RS-232C串行端口)、PCMCIA插槽和卡、藍牙等。經(jīng)由通信接口 118傳遞的軟件和數(shù)據(jù)呈信號的形式，這些信號可以是能夠通過通信接口 118接收的電子、電磁、光學或其它信號。這些信號可以經(jīng)由信道通過通信接口 118傳輸以及接收，所述信道例如無線媒體、導線或電纜、光纖、或其它通信媒體。信道的一些實例包含電話線、蜂窩電話鏈路、RF鏈路、網(wǎng)絡接口、局域網(wǎng)或廣域網(wǎng)以及其它通信信道。
[0029]計算系統(tǒng)100可以經(jīng)由總線102耦合到顯示器112，例如陰極射線管(CRT)或液晶顯示器(LCD)，以用于向計算機用戶顯示信息。包含字母數(shù)字和其它按鍵的輸入裝置114耦合到總線102以用于例如將信息和命令選擇傳送到處理器104。輸入裝置還可以是配置有觸摸屏輸入功能的顯示器，例如LCD顯示器。另一種類型的用戶輸入裝置是光標控制件116，例如鼠標、軌跡球或光標方向鍵，其用于將方向信息和命令選擇傳送到處理器104以及用于控制光標在顯示器112上的移動。此輸入裝置通常具有在第一軸(例如X)和第二軸(例如y)的兩個軸上的自由度，這允許所述裝置指定平面上的位置。計算系統(tǒng)100提供數(shù)據(jù)處理并且提供用于此類數(shù)據(jù)的置信級。