專利名稱：：用于優(yōu)選性狀育種的方法和組合物的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
：本發(fā)明屬于植物育種領(lǐng)域。更具體地說，本發(fā)明包括一種使用單倍體植物進(jìn)行性狀如抗病性的遺傳作圖的方法。此外，本發(fā)明包括一種培育含有與灰色葉斑病(GLS)抗性相關(guān)的數(shù)量性狀基因座(QTL)的玉米植物的方法，灰色葉斑病是與尾孢屬(Cercosporaspp)有關(guān)的真菌病。本發(fā)明進(jìn)一步包括一種培育含有與內(nèi)州萎蔫病(Goss’Wilt)相關(guān)的QTL的玉米植物的方法，內(nèi)州萎蔫病是與密執(zhí)安棒形桿菌(Clavibactermichiganensespp)有關(guān)的細(xì)菌病。
背景技術(shù)：
：使用加倍單倍體(DH)植物大大促進(jìn)了植物育種。DH植物的產(chǎn)生使得植物育種者不需要多代近交就能夠獲得近交系，從而縮短了產(chǎn)生純合植物所需的時(shí)間。DH植物為植物育種者提供了無價(jià)的工具，特別是用于產(chǎn)生近交系、QLT作圖、細(xì)胞質(zhì)轉(zhuǎn)換和性狀滲入。由于純合系基本上快速產(chǎn)生，不需要多代常規(guī)近交，因此節(jié)省了大量時(shí)間。特別是，因?yàn)镈H植物是完全純合的，它們非常適合數(shù)量遺傳學(xué)研究。加性方差和加性X加性遺傳方差都可以從DH群體估計(jì)。其它應(yīng)用包括上位性和連鎖效應(yīng)的確定。對(duì)于育種者，DH群體在QLT作圖、細(xì)胞質(zhì)轉(zhuǎn)換和性狀滲入中尤其有用。而且，在測(cè)試和評(píng)價(jià)用于植物育種程序的純合系中具有價(jià)值。所有遺傳方差都在育種雜交的后代之間，這提高了選擇增益。但是，誘導(dǎo)單倍體化然后二倍體化需要高資源輸入。二倍體化代表限速步驟，因?yàn)樗前嘿F的并且需要高勞力輸入以及植物材料來產(chǎn)生足夠的育種材料。本發(fā)明包括使用純合植物材料進(jìn)行數(shù)量遺傳研究的方法。使用單倍體植物進(jìn)行QTL作圖可以節(jié)約大量的時(shí)間和資源。這些植物只具有一套親本染色體，因此在它們的基因組中對(duì)于所有基因都是半合子。這種性質(zhì)允許遺傳作圖的分辨率類似于重組近交系(RIL)的分辨率，后者具有可以只在一個(gè)生長季節(jié)產(chǎn)生單倍體植物的優(yōu)點(diǎn)。此外，本發(fā)明在二倍體化資源的分配中提供提高的效率，因?yàn)榭梢灾贿x出那些具有至少一種目的QTL的單倍體植物進(jìn)行加倍。在遺傳研究中使用單倍體的方法在本領(lǐng)域中已有描述。使用合并的單倍體DNA估計(jì)親本連鎖相和構(gòu)建遺傳連鎖圖的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法已有描述(Gasbarra，D.等人，Genetics1721325-1335(2006))。另外一項(xiàng)研究使用將單倍體小麥植物與栽培種雜交以定位小麥中的葉銹病抗性基因的方法(Hiebert，C.等人，TheorApplGenet1101453-1457(2005))單倍體植物和SSR標(biāo)記已經(jīng)用于棉花的連鎖圖構(gòu)建中(Song，X.等人，Genome48378-392(2005))。此外，AFLP標(biāo)記分析已經(jīng)在單倍體西紅柿中進(jìn)行(Varrieur，J.，Thesis，AFLPMarkerAnalysisofMonoploidPotato(2002))。迄今為止還沒有使用單倍體植物對(duì)與目的性狀相關(guān)的基因座進(jìn)行遺傳作圖的方法。本發(fā)明提供一種使用單倍體植物對(duì)目的性狀進(jìn)行遺傳作圖的方法。本發(fā)明包括在植物育種程序中使用單倍體植物鑒定和滲入與理想的性狀相關(guān)的QTL。在一個(gè)方面，本發(fā)明包括用于定位玉米中的抗病性基因座的方法和組合物。兩種引起玉米作物嚴(yán)重?fù)p害的病害是真菌病原體玉蜀黍尾孢(Cercosporazeae-maydis)(CZ)引起的灰色葉斑病(GLS)和細(xì)菌病原體密執(zhí)安棒形桿菌內(nèi)布拉斯加亞種(Clavibactermichiganensissubsp.nebraskensis)(CN)弓I起的內(nèi)州萎蔫病。GLS是一個(gè)全球性的問題，除了在非洲、中美洲和南美洲流行以外，在過去10-15年還在美國的大多數(shù)玉米種植帶擴(kuò)散。真菌在野外碎屑中過冬并且需要水分，通常為濃霧、露水或雨水的形式，以擴(kuò)散其孢子和感染玉米。提高的滲透性已經(jīng)與促進(jìn)土壤中真菌如CZ的保持的非耕犁作業(yè)相關(guān)聯(lián)(Paul等人2005Phytopathology95:388_396)。癥狀包括矩形壞死性損傷，可以融合為更大的感染區(qū)域，癥狀通常在生長季節(jié)的后期出現(xiàn)。玉米中的GLS引起提高的資源向損傷的葉組織的分配，導(dǎo)致根和莖腐爛的危險(xiǎn)升高，最終導(dǎo)致更大的作物損失(Ward等人1999；Saghai-Maroof等人1996Theor.Appl.Genet.93:539_546)。如果癥狀嚴(yán)重并且早期出現(xiàn)，與GLS相關(guān)的產(chǎn)量損失可能很高，報(bào)告的損失超過50%(Ward等人1999)。最近的工作已經(jīng)確定了CZ的至少兩個(gè)姐妹種，以及潛在的其它尾孢屬分離株，能夠引起GLS(Carson等人2006Maydica51:89-92；Carson等人2002PlantDis.861088-109)。已經(jīng)使用RFLP、AFLP和SSR標(biāo)記將玉米染色體1、2、3、4、5、6、7和8上的基因組區(qū)域與GLS相關(guān)聯(lián)(美國專利5，574，210;Lehmensiek，等人，TAG，(2001)；Clements，等人Phytopathology(2000)；Gorden等人CropScience(2004)；Bubeck,等人CropScience,(1993)；Saghai-Maroof等人，TAG(1996))0某些與GLS抗性相關(guān)的基因組區(qū)域、分子標(biāo)記和QTL也已報(bào)道(W02008/042185A2)。玉米的另一種病害是在美國整個(gè)玉米種植帶分布的內(nèi)州萎蔫病。癥狀包括葉斑，即小的深綠色至黑色水浸的斑點(diǎn)，以及維管萎蔫，導(dǎo)致產(chǎn)量損失。保土耕作可以提高滲透性，因?yàn)镃N可以在感染的玉米植物的碎屑特別是稈中過冬(Bradbury，J.F.(1998))。Rocheford等人進(jìn)行的定位研究報(bào)告了與內(nèi)州萎蔫病相關(guān)的玉米染色體4上的基因組區(qū)域(Rocheford等人，JournalofHeredity,(1989))。GLS和內(nèi)州萎蔫病是重要的玉米病原體，并且存在開發(fā)抗病性株系的需要。使用標(biāo)記輔助的選擇可以大大促進(jìn)GLS和內(nèi)州萎蔫病抗性玉米植物的育種。在遺傳標(biāo)記類型中，單核苷酸多態(tài)性(SNP)具有使它們?cè)谟衩字参镏袡z測(cè)、選擇和滲入抗病性方面優(yōu)先于其它遺傳標(biāo)記的特征。SNP是優(yōu)選的，因?yàn)榭梢垣@得使用SNP標(biāo)記平臺(tái)的自動(dòng)化、高通量篩選技術(shù)，這些技術(shù)可以縮短選擇和向玉米植物中滲入抗病性的時(shí)間。此外，SNP標(biāo)記是理想的，因?yàn)樘囟⊿NP等位基因來自于特定物種的現(xiàn)存群體中的獨(dú)立來源的可能性非常低。因此，SNP標(biāo)記可用于跟蹤和輔助抗病性等位基因的基因滲入，特別是在抗病性單元型的情況下。本發(fā)明提供和包括一種使用單倍體植物定位和精細(xì)定位與植物的性狀如抗病性相關(guān)的QTL的方法。本發(fā)明還提供和包括一種使用CZ的本地株和單核苷酸多態(tài)性(SNP)標(biāo)記技術(shù)篩查和選擇包含GLS抗性的QTL的玉米植物的方法。本發(fā)明進(jìn)一步提供和包括一種使用CN的本地株和SNP標(biāo)記技術(shù)篩查和選擇包含內(nèi)州萎蔫病抗性的QTL的玉米植物的方法。本發(fā)明包括培育農(nóng)作物的方法，所述農(nóng)作物例如是玉米(Zeamays)、大豆(Glycinemax)、棉花(Gossypiumhirsutum)、花生(Arachishypogaea)、大麥(Hordeumvulgare)、燕麥(Avenasativa)、甲鳥茅(Dactylisglomerata)、7_K禾S(Oryzasativa,包括秈禾S(indica)和粳稻(japonica)變種)、高粱(Sorghumbicolor)、甘蔗(Saccharumsp)、高羊茅(Festucaarundinacea)、草皮草物種(例如物種四季青(Agrostisstolonifera)、草地早熟(Poapratensis)、_卩十草(Stenotaphrumsecundatum))、/j、麥(Triticumaestivum)>苜蓿(Medicagosativa)、蕓苔屬的成員、花莖甘藍(lán)、卷心菜、胡蘿卜、花椰菜、白菜、黃瓜、干豆、茄子、茴香、青刀豆、葫蘆、韭菜、萵苣、甜瓜、秋葵、洋蔥、豌豆、胡椒、南瓜、蘿卜、菠菜、筍瓜、甜玉米、西紅柿、西瓜、觀賞植物以及其它水果、蔬菜、塊莖和塊根農(nóng)作物。
發(fā)明內(nèi)容本發(fā)明提供一種使用單倍體植物關(guān)聯(lián)至少一種基因型的方法，包括a)使用至少一種標(biāo)記測(cè)定至少一個(gè)單倍體植物的基因型，和b)將所述至少一種標(biāo)記與至少一種表型性狀相關(guān)聯(lián)。所述至少一種基因型包括至少一種選自遺傳標(biāo)記、單元型、核酸序列、轉(zhuǎn)錄譜、代謝譜、營養(yǎng)組成譜、蛋白質(zhì)表達(dá)譜和表型特征的標(biāo)記。鑒定的基因型可以用來作出植物育種決定，如在育種群體中選擇，在一個(gè)或多個(gè)育種群體中選擇后代，預(yù)測(cè)親本系的后代表現(xiàn)，以及基于后代表現(xiàn)的預(yù)測(cè)在不同親本系之中選擇，和在種質(zhì)改良活動(dòng)中改良株系。種質(zhì)改良活動(dòng)選自株系和變種開發(fā)、雜種開發(fā)、轉(zhuǎn)基因事件選擇、進(jìn)行育種雜交、通過自花授粉來測(cè)試和改進(jìn)植物、株系或亞系的純化、使用植物或其部分進(jìn)行轉(zhuǎn)化、使用植物或其部分作為表達(dá)構(gòu)建體的候選物，以及使用植物或其部分進(jìn)行誘變。植物育種決定可以進(jìn)一步包括基于與至少一種表型性狀關(guān)聯(lián)的至少一種基因型將至少一個(gè)單倍體植物加倍。本發(fā)明進(jìn)一步提供一種確定植物基因型與一種或多種目的性狀之間的相關(guān)性的方法，包括a)針對(duì)至少一種性狀篩查多個(gè)顯示遺傳性變異的單倍體植物，其中遺傳性變異與至少一種基因型連鎖；和b)將所述單倍體植物的至少一種基因型與至少一種性狀相關(guān)聯(lián)。在某些實(shí)施方案中，提供了使用單倍體植物關(guān)聯(lián)至少一種基因型與至少一種表型的方法，包括a)使用至少一種遺傳標(biāo)記測(cè)定至少一個(gè)單倍體植物的至少一種基因型，和b)將所述至少一種標(biāo)記與至少一種表型性狀相關(guān)聯(lián)。在某些實(shí)施方案中，所述至少一種遺傳標(biāo)記包括單核苷酸多態(tài)性(SNP)、DNA序列中的插入或缺失(Indel)、DNA序列的簡單序列重復(fù)(SSR)、限制性片段長度多態(tài)性、單元型或標(biāo)簽SNP。在其它實(shí)施方案中，所述方法進(jìn)一步包括使用步驟(b)中確定的相關(guān)性在植物育種程序中作出決定的步驟。在這樣的包括選擇的實(shí)施方案中，選擇可以包括以下任一步或所有步驟1)基于至少一種基因型在育種群體中選擇；2)基于至少一種基因型在一個(gè)或多個(gè)育種群體中選擇后代；3)基于后代表現(xiàn)的預(yù)測(cè)在不同親本系之中選擇；4)基于至少一種基因型選擇用于在種質(zhì)改良活動(dòng)中改良的株系；和/或5)選擇用于在種質(zhì)改良活動(dòng)中改良的株系，其中該種質(zhì)改良活動(dòng)選自株系開發(fā)、變種開發(fā)、雜種開發(fā)、轉(zhuǎn)基因事件選擇、進(jìn)行育種雜交、通過自花授粉來測(cè)試和改進(jìn)植物、株系或亞系的純化、使用植物或其部分進(jìn)行轉(zhuǎn)化、使用植物或其部分作為表達(dá)構(gòu)建體的候選物，以及使用植物或其部分進(jìn)行誘變。在某些實(shí)施方案中，該方法可以進(jìn)一步包括將至少一個(gè)在所述育種程序中選擇的單倍體植物加倍以獲得加倍的單倍體植物的步驟。在這些獲得加倍的單倍體植物的實(shí)施方案中，加倍的單倍體植物可以用于將目的基因型滲入至少一個(gè)用于植物育種程序的第二植物中。在某些實(shí)施方案中，步驟(a)中的單倍體植物從單倍體育種群體獲得。在某些實(shí)施方案中，一個(gè)或多個(gè)單倍體植物包括完整的植物、葉、維管組織、花、莢、根、莖、種子或其部分。在某些實(shí)施方案中，植物選自玉米(Zeamays)、大顯(Glycinemax)、棉花(Gossypiumhirsutum)、花生(Arachishypogaea)、大麥(Hordeumvulgare)、燕麥(Avenasativa)；甲鳥茅(Dactylisglomerata)、水禾§(Oryzasativa，包括秈稻(indica)和粳稻(japonica)變種)、高粱(Sorghumbicolor)、甘蔗(Saccharumsp)、高羊茅(Festucaarundinacea)、草皮草物種(例如物種四季青(Agrostisstolonifera)、草地早熟禾(Poapratensis)、鈍葉草(Stenotaphrumsecundatum))、小麥(Triticumaestivum)、苜猜(Medicagosativa)、蕓苔屬的成員、古月蘿卜、黃瓜、干豆、茄子、茴香、青刀豆、葫蘆、韭菜、萵苣、甜瓜、秋葵、洋蔥、豌豆、胡椒、南瓜、蘿卜、菠菜、筍瓜、甜玉米、西紅柿、西瓜和觀賞植物。在某些實(shí)施方案中，單倍體植物是水果、蔬菜、塊莖或塊根農(nóng)作物。在某些實(shí)施方案中，性狀選自除草劑耐受性、抗病性、昆蟲或害蟲抗性、改變的脂肪酸、蛋白質(zhì)或碳水化合物代謝、提高的谷物產(chǎn)量、增加的油、增加的營養(yǎng)含量、增加的生長速度、增強(qiáng)的應(yīng)激耐受性、優(yōu)選的成熟度、增強(qiáng)的感官特性、改變的形態(tài)特征、不育性、用于工業(yè)應(yīng)用的性狀或?qū)οM(fèi)者有吸引力的性狀。在某些實(shí)施方案中，提供了確定植物基因型與一種或多種目的性狀之間的相關(guān)性的方法，包括a)針對(duì)至少一種性狀篩查顯示遺傳性變異的多個(gè)單倍體植物，其中所述遺傳性變異與至少一種基因型連鎖，和b)將至少一個(gè)單倍體植物的至少一種基因型與至少一種性狀相關(guān)聯(lián)。在某些實(shí)施方案中，基因型包括遺傳標(biāo)記。在某些實(shí)施方案中，遺傳標(biāo)記包括單核苷酸多態(tài)性(SNP)、DNA序列中的插入或缺失(Indel)、DNA序列的簡單序列重復(fù)(SSR)、限制性片段長度多態(tài)性、單元型或標(biāo)簽SNP。在某些實(shí)施方案中，所述方法可進(jìn)一步包括使用步驟(b)中確定的相關(guān)性在植物育種程序中作出決定的步驟。在這樣的包括選擇的實(shí)施方案中，選擇可以包括以下任一步或所有步驟1)基于至少一種基因型在育種群體中選擇；2)基于至少一種基因型在一個(gè)或多個(gè)育種群體中選擇后代；3)基于后代表現(xiàn)的預(yù)測(cè)在不同親本系之中選擇；4)基于至少一種基因型選擇用于在種質(zhì)改良活動(dòng)中改良的株系；和/或5)選擇用于在種質(zhì)改良活動(dòng)中改良的株系，其中該種質(zhì)改良活動(dòng)選自株系開發(fā)、變種開發(fā)、雜種開發(fā)、轉(zhuǎn)基因事件選擇、進(jìn)行育種雜交、通過自花授粉來測(cè)試和改進(jìn)植物、株系或亞系的純化、使用植物或其部分進(jìn)行轉(zhuǎn)化、使用植物或其部分作為表達(dá)構(gòu)建體的候選物，以及使用植物或其部分進(jìn)行誘變。在某些實(shí)施方案中，該方法可以進(jìn)一步包括將至少一個(gè)在所述育種程序中選擇的單倍體植物加倍以獲得加倍的單倍體植物的步驟。在某些實(shí)施方案中，加倍的單倍體植物可以用于將目的基因型滲入至少一個(gè)用于植物育種程序的植物中。在某些實(shí)施方案中，一個(gè)或多個(gè)單倍體植物包括完整的植物、葉、維管組織、花、莢、根、莖、種子或其部分。在某些實(shí)施方案中，植物選自玉米(Zeamays)、大豆(Glycinemax).棉花(Gossypiumhirsutum)、花生(Arachishypogaea)、大麥(Hordeumvulgare)、燕麥(Avenasativa)、鴨茅(Dactylisglomerata)、水稻(Oryzasativa，包括秈稻(indica)禾口粳禾§(japonica)變禾中)、高梁(Sorghumbicolor)、甘蔴(Saccharumsp)、高羊茅(Festucaarundinacea)、草皮草物種(例如物種四季青(Agrostisstolonifera)、草地早熟禾(Poapratensis)、純?nèi)~草(Stenotaphrumsecundatum))、小麥(Triticumaestivum)、苜猜(Medicagosativa)、蕓苔屬的成員、胡蘿卜、黃瓜、干豆、茄子、茴香、青刀豆、葫蘆、韭菜、萵苣、甜瓜、秋葵、洋蔥、豌豆、胡椒、南瓜、蘿卜、菠菜、筍瓜、甜玉米、西紅柿、西瓜和觀賞植物。在某些實(shí)施方案中，單倍體植物是水果、蔬菜、塊莖或塊根農(nóng)作物。在某些實(shí)施方案中，性狀選自除草劑耐受性、抗病性、昆蟲或害蟲抗性、改變的脂肪酸、蛋白質(zhì)或碳水化合物代謝、提高的谷物產(chǎn)量、增加的油、增加的營養(yǎng)含量、增加的生長速度、增強(qiáng)的應(yīng)激耐受性、優(yōu)選的成熟度、增強(qiáng)的感官特性、改變的形態(tài)特征、不育性、用于工業(yè)應(yīng)用的性狀或?qū)οM(fèi)者有吸引力的性狀。在某些實(shí)施方案中，提供了使用單倍體植物關(guān)聯(lián)至少一種表型與至少一種遺傳標(biāo)記的方法，包括a)使用至少一種表型標(biāo)記測(cè)定至少一個(gè)單倍體植物的至少一種表型，以確定是否存在所述表型，和b)將所述表型的存在或不存在與至少一種遺傳標(biāo)記相關(guān)聯(lián)。在該方法的某些實(shí)施方案中，單倍體植物從單倍體育種群體獲得。在該方法的某些實(shí)施方案中，至少一種遺傳標(biāo)記可以包括單核苷酸多態(tài)性(SNP)、DNA序列中的插入或缺失(Indel)、DNA序列的簡單序列重復(fù)(SSR)、限制性片段長度多態(tài)性、單元型或標(biāo)簽SNP。在該方法的某些實(shí)施方案中，至少一種表型標(biāo)記可以包括轉(zhuǎn)錄譜、代謝譜、營養(yǎng)組成譜、蛋白質(zhì)表達(dá)譜、蛋白質(zhì)組成、蛋白質(zhì)水平、油組成、油水平、碳水化合物組成、碳水化合物水平、脂肪酸組成、脂肪酸水平、氨基酸組成、氨基酸水平、生物聚合物、藥品、淀粉組成、淀粉水平、可發(fā)酵的淀粉、發(fā)酵產(chǎn)量、發(fā)酵效率、能量產(chǎn)量、次生化合物、代謝物、形態(tài)特征或農(nóng)藝學(xué)特征中的至少一種。在這些方法的某些實(shí)施方案中，這些方法可以進(jìn)一步包括使用步驟(b)中確定的相關(guān)性在植物育種程序中作出決定的步驟。在某些包括選擇的實(shí)施方案中，選擇可以包括以下任一步或所有步驟1)基于至少一種基因型在育種群體中選擇；2)基于至少一種基因型在一個(gè)或多個(gè)育種群體中選擇后代；3)基于后代表現(xiàn)的預(yù)測(cè)在不同親本系之中選擇；4)基于至少一種基因型選擇用于在種質(zhì)改良活動(dòng)中改良的株系；和/或5)選擇用于在種質(zhì)改良活動(dòng)中改良的株系，其中該種質(zhì)改良活動(dòng)選自株系開發(fā)、變種開發(fā)、雜種開發(fā)、轉(zhuǎn)基因事件選擇、進(jìn)行育種雜交、通過自花授粉來測(cè)試和改進(jìn)植物、株系或亞系的純化、使用植物或其部分進(jìn)行轉(zhuǎn)化、使用植物或其部分作為表達(dá)構(gòu)建體的候選物，以及使用植物或其部分進(jìn)行誘變。在這些方法的某些實(shí)施方案中，該方法可以進(jìn)一步包括將至少一個(gè)在所述育種程序中選擇的單倍體植物加倍以獲得加倍的單倍體植物的步驟。在包括獲得加倍的單倍體植物的某些實(shí)施方案中，加倍的單倍體植物用于將目的基因型滲入至少一個(gè)用于植物育種程序的第二植物中。本發(fā)明提供一種將GLS抗性等位基因滲入玉米植物中的方法，包括a)使至少一個(gè)第一玉米植物與至少一個(gè)第二玉米植物雜交，以形成分離群體，所述第一玉米植物包含至少一個(gè)選自SEQIDNO1-62，64-70，72-156，158-172，174-187，189-377，379，380，382-409，411-459，461-1233和SEQIDNO1360和1361的核酸分子，b)使用至少一種核酸標(biāo)記對(duì)分離群體進(jìn)行基因型分型，以確定一個(gè)或多個(gè)來自所述分離群體的玉米植物是否含有所述核酸分子，和C)從所述分離群體中選擇包含至少一個(gè)選自SEQIDNO1-62,64-70,72-156，158-172，174-187，189-377，379，380，382-409，411-459，461-1233和SEQIDNO:1360和1361的核酸分子的至少一個(gè)玉米植物。本發(fā)明進(jìn)一步提供通過該方法獲得的優(yōu)良玉米植物。本發(fā)明進(jìn)一步提供用于檢測(cè)GLS抗性基因座的分析。此處提供了用于鑒定和獲得具有灰色葉斑病(GLS)抗性的玉米植物的各種方法和組合物。在某些實(shí)施方案中，提供了一種鑒定包含至少一個(gè)與玉米植物中灰色葉斑病(GLS)抗性等位基因相關(guān)的等位基因的玉米植物的方法，包括a)使用至少一種核酸標(biāo)記對(duì)至少一個(gè)玉米植物進(jìn)行基因型分型，該核酸標(biāo)記選自SEQIDNO:1-62，64-70，72-156，158-172，174-187，189-377，379，380，382-409，411-459，461-1233，1360和1361，和b)選擇包含至少一個(gè)所述灰色葉斑病(GLS)抗性相關(guān)標(biāo)記的等位基因的至少一個(gè)玉米植物。在這些方法的某些實(shí)施方案中，在步驟(a)中進(jìn)行基因型分型的至少一個(gè)玉米植物和/或在步驟(b)中選擇的至少一個(gè)玉米植物是來自通過雜交產(chǎn)生的群體的玉米植物。在群體是通過雜交產(chǎn)生的實(shí)施方案中，雜交可以通過花粉接受體的機(jī)械去雄、化學(xué)不育化或遺傳不育化來實(shí)現(xiàn)。在所述方法的某些實(shí)施方案中，基因型分型是通過確定至少一種所述玉米基因組DNA標(biāo)記的等位基因狀態(tài)在步驟(a)中實(shí)現(xiàn)的。在所述方法的某些實(shí)施方案中，選擇的一個(gè)或多個(gè)玉米植物可以顯示至少部分的對(duì)誘導(dǎo)GLS的真菌的抗性，或者至少基本的對(duì)誘導(dǎo)GLS的真菌的抗性。在所述方法的某些實(shí)施方案中，所述群體可以是通過至少一個(gè)灰色葉斑病(GLS)抗性玉米植物與至少一個(gè)灰色葉斑病(GLS)敏感性玉米植物的雜交產(chǎn)生的。在所述方法的某些實(shí)施方案中，所述群體可以是分離群體或單倍體育種群體。在所述方法的某些實(shí)施方案中，雜交可以是至少一個(gè)灰色葉斑病(GLS)抗性玉米植物與至少一個(gè)灰色葉斑病(GLS)敏感性玉米植物的回交，以將GLS抗性滲入到玉米種質(zhì)中。在此也提供了通過上述鑒定包含與灰色葉斑病抗性相關(guān)的基因座的等位基因的玉米植物的任一方法獲得的玉米植物。在某些實(shí)施方案中，通過上述這些方法中的任一種獲得的玉米植物可以包含核酸標(biāo)記的至少一種等位基因，該核酸標(biāo)記選自SEQIDNO1-62，64-70，72-156，158-172，174-187，189-377，379，380，382-409，411-459，461-1233，1360和1361，其中所述等位基因與灰色葉斑病(GLS)抗性相關(guān)。在某些實(shí)施方案中，通過上述這些方法中的任一種獲得的玉米植物可以顯示至少部分的對(duì)誘導(dǎo)GLS的真菌的抗性，或者至少基本的對(duì)誘導(dǎo)GLS的真菌的抗性。在某些實(shí)施方案中，通過上述這些方法中的任一種獲得的玉米植物可以是單倍體玉米植物。在某些實(shí)施方案中，通過上述這些方法中的任一種獲得的、包含至少一個(gè)所述等位基因的玉米植物可以包含至少一種轉(zhuǎn)基因性狀。在這些實(shí)施方案中，該轉(zhuǎn)基因性狀可以是除草劑耐受性和/或害蟲抗性。在獲得的玉米植物耐受除草劑的實(shí)施方案中，除草劑耐受性可以選自草甘膦、麥草畏、草丁膦、磺脲、溴苯腈和達(dá)草滅除草劑耐受性。在某些實(shí)施方案中，提供了將灰色葉斑病(GLS)抗性QTL等位基因滲入玉米植物中的方法，包括a)使用至少一種核酸標(biāo)記篩查一個(gè)群體，以確定來自該群體的一個(gè)或多個(gè)玉米植物是否包含所述與灰色葉斑病(GLS)抗性QTL相關(guān)的標(biāo)記的等位基因，所述QTL選自如圖1提供的QTL編號(hào)1-9，14-33，35，38-42，44-52，54-61，63-71，73-79，81-92，95-96，99-106，108-117和119-178；和b)從所述群體中選擇包含所述灰色葉斑病(GLS)抗性相關(guān)標(biāo)記的等位基因的至少一個(gè)玉米植物。在這些方法的某些實(shí)施方案中，至少一種標(biāo)記可以位于至少一個(gè)灰色葉斑病(GLS)抗性QTL的5cM、2cM或IcM內(nèi)。在這些方法的某些實(shí)施方案中，對(duì)于至少一種所述灰色葉斑病(GLS)抗性QTL，至少一種標(biāo)記可以顯示大于4.0的LOD得分。在這些方法的某些實(shí)施方案中，所述群體可以通過至少一個(gè)灰色葉斑病(GLS)抗性玉米植物與至少一個(gè)灰色葉斑病(GLS)敏感性玉米植物的雜交來產(chǎn)生。在這些方法的某些實(shí)施方案中，所述群體可以是單倍體育種群體。在這些方法的某些實(shí)施方案中，所述核酸標(biāo)記選自SEQIDNO:858，860，862，866，875，877，881，882，883和1360。在此也提供了通過上述鑒定包含灰色葉斑病抗性QTL的玉米植物的任一方法獲得的玉米植物。在某些實(shí)施方案中，通過上述這些方法中的任一種獲得的玉米植物可以包含灰色葉斑病(GLS)抗性QTL，該QTL選自如圖1所提供的QTL編號(hào)1-9，14-33，35，38-42，44-52，54-61，63-71，73-79，81-92，95-96，99-106，108-117和119-178。在某些實(shí)施方案中，通過上述這些方法中的任一種獲得的玉米植物可以顯示至少部分的對(duì)誘導(dǎo)GLS的真菌的抗性，或者至少基本的對(duì)誘導(dǎo)GLS的真菌的抗性。在某些實(shí)施方案中，通過上述這些方法中的任一種獲得的玉米植物可以是單倍體玉米植物。在某些實(shí)施方案中，通過上述這些方法中的任一種獲得的、包含至少一個(gè)所述QTL的玉米植物可以包含至少一種轉(zhuǎn)基因性狀。在這些實(shí)施方案中，該轉(zhuǎn)基因性狀可以是除草劑耐受性和/或害蟲抗性。在獲得的玉米植物耐受除草劑的實(shí)施方案中，除草劑耐受性可以選自草甘膦、麥草畏、草丁膦、磺脲、溴苯腈和達(dá)草滅除草劑耐受性。此處也提供了用于鑒定玉米DNA中的多態(tài)性的分離的核酸標(biāo)記。這些分離的核酸可以用于多種應(yīng)用中，包括但不限于鑒定包含與灰色葉斑病抗性相關(guān)的基因座的等位基因的玉米植物。在某些實(shí)施方案中，提供了用于檢測(cè)代表玉米DNA中的多態(tài)性的分子標(biāo)記的分離的核酸分子，其中該核酸分子包含至少15個(gè)包括或直接鄰近所述多態(tài)性的核苷酸，其中所述核酸分子與與包括或直接鄰近所述多態(tài)性的DNA任一鏈中相同數(shù)目連續(xù)核苷酸的序列至少90%相同，并且其中所述分子標(biāo)記選自SEQIDNO:1-62，64-70，72-156，158-172，174-187，189-377，379，380，382-409，411-459，461-1360和1361。在某些實(shí)施方案中，所述分子標(biāo)記可以選自SEQIDNO1-26，28-62，64-70，72-120，122-140，142-156，158-172，174，176，178-187，189-219，221-223，225-233，235-247，249-251，253-377，379，380，382-409，411-439，440-459，461-478，481-532，534-581，583-584，586-638，640-720，722-726，728-732，734-745，747-767，769-772，774-939，941-1052，1055-1121，1123-1185，1187-1233，1304至SEQIDNO1331，1360和1361。在某些實(shí)施方案中，所述分子標(biāo)記選自SEQIDNO:858，860，862，866，875，877，881，882，883和1360。在某些實(shí)施方案中，所述分離的核酸進(jìn)一步包含可檢測(cè)標(biāo)記或者提供可檢測(cè)標(biāo)記的摻入。在這些包含可檢測(cè)標(biāo)記或者提供可檢測(cè)標(biāo)記的摻入的實(shí)施方案中，可檢測(cè)標(biāo)記選自同位素、熒光團(tuán)、氧化劑、還原劑、核苷酸和半抗原。在某些實(shí)施方案中，這種可檢測(cè)標(biāo)記通過化學(xué)反應(yīng)添加到核酸上或者通過酶反應(yīng)摻入。在某些實(shí)施方案中，分離的核酸分子包含包括或者直接鄰近該多態(tài)性的至少16或17個(gè)核苷酸。在其它實(shí)施方案中，該核酸分子包含包括或者直接鄰近該多態(tài)性的至少18個(gè)核苷酸，或者包含包括或者直接鄰近該多態(tài)性的至少20個(gè)核苷酸。在某些實(shí)施方案中，該分離的核酸分子與所述分子標(biāo)記的至少一個(gè)等位基因在嚴(yán)格雜交條件下雜交。本發(fā)明提供一種將內(nèi)州萎蔫病抗性等位基因滲入玉米植物中的方法，包括a)使至少一個(gè)第一玉米植物與至少一個(gè)第二玉米植物雜交，以形成分離群體，所述第一玉米植物包含選自SEQIDNO:13，19，24，27，36，50，53，90，94，95，97，99，101，102，106，110，111，119，121，122，124，128，130-132，136，138，141，146，153，158-160，162，164，166，169，172，175，177，186，200，202，203，207，208，215，216，218，220，224，228，231-236，244，248，250,252,256，257，260,265-267，271-274，278，279，282，287，289，294-296,299，317，320，332-334，337，347，355，362，363，366-368，370，371，375，381，382，392，395，401，408，409，411，412，422，423，429，430，433，438，440，447，474，476，479，480，482，486，490，493，498，500，525，530，533，556，566，582，585，587，589，593，594，599，611，618，621，623，629，630，632，637，639，646，649，650，657，665，669，678，679，688，690，704，709，710，717，719-721，726，727，733，734，744，746，758，760，764，768，773，792，793，812，821，825，835，844，846，850，854，856-858，874，876，880，882，885，893，896，897，915，926，940，942，949，951，957，963,964,974,976,981,983,990,997,999,1000，1015，1016，1027，1043，1049，1053，1054，1056，1075，1081，1087，1088，1098-1100，1104，1105，1108，1110，1115，1122，1131，1133，1142，1143，1145，1146，1148，1149，1159，1168，1174，1184，1186，1196，1204，1212，1215，1229和1234-1303的核酸分子，b)使用至少一種核酸標(biāo)記篩查該分離群體，以確定來自該分離群體的一個(gè)或多個(gè)玉米植物是否含有所述核酸分子，和c)從該分離群體中選擇至少一個(gè)玉米植物，該玉米植物包含選自SEQIDNO13，19，24，27，36，50，53，90，94，95，97，99，101，102，106，110，111，119，121，122，124，128，130-132，136，138，141，146，153，158-160，162，164，166，169，172，175，177，186，200，202，203，207，208，215，216，218，220，224，228，231-236，244，248，250，252，256，257，260，265-267，271-274，278，279，282，287，289，294-296，299，317，320，332-334，337，347，355，362，363，366-368，370，371，375，381，382，392，395，401，408，409，411，412，422，423，429，430，433，438，440，447，474，476，479，480，482，486，490，493，498，500，525，530，533，556，566，582，585，587，589，593，594，599，611，618，621，623，629，630，632，637，639，646，649，650，657，665，669，678，679，688，690，704，709，710，717，719-721，726，727，733，734，744，746，758，760，764，768，773，792，793，812，821，825，835，844，846，850，854，856-858，874，876，880，882，885，893，896，897，915，926，940，942，949，951，957，963，964，974，976，981，983，990，997，999，1000，1015，1016，1027，1043，1049，1053，1054，1056，1075，1081，1087，1088，1098-1100，1104，1105，1108，1110，1115，1122，1131，1133，1142，1143，1145，1146，1148，1149，1159，1168，1174，1184，1186，1196，1204，1212，1215，1229和1234-1303的核酸分子。本發(fā)明進(jìn)一步提供通過該方法獲得的優(yōu)良玉米植物。本發(fā)明進(jìn)一步提供用于檢測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座的分析。此處提供了鑒定包含與內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)的基因座的等位基因的玉米植物的方法。在某些實(shí)施方案中，提供了鑒定包含至少一個(gè)與玉米植物中內(nèi)州萎蔫病抗性等位基因相關(guān)的等位基因的玉米植物的方法，包括a)使用至少一種核酸標(biāo)記對(duì)至少一個(gè)玉米植物進(jìn)行基因型分型，該核酸標(biāo)記選自SEQIDNO13，19，24，27，36，50，53，90，94，95，97，99，101，102，106，110，111，119，121，122，124，128，130-132，136，138，141，146，153，158-160，162，164，166，169，172，175，177，186，200，202，203，207，208，215，216，218，220，224，228，231-236，244，248，250，252，256，257，260，265-267，271-274，278，279，282，287，289，294-296，299，317，320，332-334，337，347，355，362，363，366-368，370，371，375，381，382，392，395，401，408，409，411，412，422，423，429，430，433，438，440，447，474，476，479，480，482，486，490，493，498，500，525，530，533，556，566，582，585，587，589，593，594，599，611，618，621，623，629，630，632，637，639，646，649，650，657，665，669，678，679，688，690，704，709，710，717，719-721，726，727，733，734，744，746，758，760，764，768，773，792，793，812，821，825，835，844，846，850，854，856-858，874，876，880，882，885，893，896，897，915，926，940，942，949，951，957，963，964，974，976，981，983，990，997，999，1000，1015，1016，1027，1043，1049，1053，1054，1056，1075，1081，1087，1088，1098-1100，1104，1105，1108，1110，1115，1122，1131，1133，1142，1143，1145，1146，1148，1149，1159，1168，1174，1184，1186，1196，1204，1212，1215，1229，1234-1302和1303，和b)選擇包含至少一個(gè)內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)標(biāo)記的等位基因的至少一個(gè)玉米植物。在所述方法的某些實(shí)施方案中，在步驟(a)中進(jìn)行基因型分型的至少一個(gè)玉米植物和/或在步驟(b)中選擇的至少一個(gè)玉米植物是來自通過雜交產(chǎn)生的群體的玉米植物。在其中來自群體的玉米植物是通過雜交產(chǎn)生的該方法的實(shí)施方案中，雜交可以通過花粉接受體的機(jī)械去雄、化學(xué)不育化或遺傳不育化來實(shí)現(xiàn)。在所述方法的某些實(shí)施方案中，基因型分型是通過確定至少一種玉米基因組DNA標(biāo)記的等位基因狀態(tài)在步驟(a)中實(shí)現(xiàn)的。在所述方法的某些實(shí)施方案中，等位基因狀態(tài)可以通過單堿基延伸(SBE)、等位基因特異性引物延伸測(cè)序(ASPE)、DNA測(cè)序、RNA測(cè)序、基于微陣列的分析、通用PCR、等位基因特異性延伸、雜交、質(zhì)譜法、連接、延伸-連接和/或瓣核酸內(nèi)切酶介導(dǎo)的分析來確定。在所述方法的某些實(shí)施方案中，步驟(b)選擇的玉米植物顯示至少部分的對(duì)誘導(dǎo)內(nèi)州萎蔫病的細(xì)菌的抗性或者至少基本的對(duì)誘導(dǎo)內(nèi)州萎蔫病的細(xì)菌的抗性。在所述方法的某些實(shí)施方案中，核酸標(biāo)記選自SEQIDNO=27,121,141,175,177,220,224,234，248，252，381，440，479，480，533，582，585，639，721，727，733，746，768，773，940，1053，1054，1122，1186，1246，1250和1251。此外，核酸標(biāo)記可以選自SEQIDN0:234和1250。在其中通過雜交產(chǎn)生群體的實(shí)施方案中，該群體可以是通過至少一個(gè)內(nèi)州萎蔫病抗性玉米植物與至少一個(gè)內(nèi)州萎蔫病敏感性玉米植物雜交產(chǎn)生的。在其中通過雜交產(chǎn)生群體的所述方法的某些實(shí)施方案中，所述雜交可以是至少一個(gè)內(nèi)州萎蔫病抗性玉米植物與至少一個(gè)內(nèi)州萎蔫病敏感性玉米植物的回交，以將內(nèi)州萎蔫病抗性滲入到玉米種質(zhì)中。在玉米植物來自一個(gè)群體的實(shí)施方案中，該群體可以是分離群體。在所述方法的某些實(shí)施方案中，該群體可以是單倍體育種群體。此處也提供了通過上述任一種鑒定包含與內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)的基因座的等位基因的玉米植物的方法獲得的玉米植物。在某些實(shí)施方案中，通過上述這些方法中的任一種獲得的玉米植物可以包含核酸標(biāo)記的至少一個(gè)等位基因，該核酸標(biāo)記選自SEQIDNO:13，19，24，27，36，50，53，90，94，95，97，99，101，102，106，110，111，119，121，122，124，128，130-132，136，138，141，146，153，158-160，162，164，166，169，172，175，177，186,200,202，203，207，208，215，216，218，220，224，228，231-236，244，248，250，252，256，257，260，265-267，271-274，278，279，282，287，289，294-296，299，317，320，332-334，337，347，355，362，363，366-368，370，371，375，381，382，392，395，401，408，409，411，412，422，423，429，430，433，438，440，447，474，476，479，480，482，486，490，493，498，500，525，530，533，556，566，582，585，587，589，593，594，599，611，618，621，623，629，630，632，637，639，646，649，650，657，665，669，678，679，688，690，704，709，710，717，719-721，726，727，733，734，744，746，758，760，764，768，773，792，793，812，821，825，835，844，846，850，854，856-858，874，876，880，882，885，893，896，897，915，926，940，942，949，951，957，963，964，974，976，981，983,990,997,999,1000，1015，1016，1027，1043，1049，1053，1054，1056，1075，1081，1087，1088，1098-1100，1104，1105，1108，1110，1115，1122，1131，1133，1142，1143，1145，1146，1148，1149，1159，1168，1174，1184，1186，1196，1204，1212，1215，1229，1234-1302和1303，其中所述等位基因與內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)。在某些實(shí)施方案中，通過上述這些方法中的任一種獲得的玉米植物可以包含核酸標(biāo)記的至少一個(gè)等位基因，該核酸標(biāo)記選自SEQIDNO27，121，141，175，177，220，224，234，248，252，381，440，479，480，533，582，585，639，721，727,733,746,768,773,940,1053，1054，1122，1186，1246，1250和1251，其中所述等位基因與內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)。在某些實(shí)施方案中，通過上述這些方法中的任一種獲得的玉米植物可以包含核酸標(biāo)記的至少一個(gè)等位基因，該核酸標(biāo)記選自SEQIDNO:234和1250，其中所述等位基因與內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)。在某些實(shí)施方案中，通過上述這些方法中的任一種獲得的玉米植物顯示至少部分的對(duì)誘導(dǎo)內(nèi)州萎蔫病的細(xì)菌的抗性。在某些實(shí)施方案中，通過上述這些方法中的任一種獲得的玉米植物顯示至少基本的對(duì)誘導(dǎo)內(nèi)州萎蔫病的細(xì)菌的抗性。在某些實(shí)施方案中，通過上述這些方法中的任一種獲得的玉米植物可以是單倍體玉米植物。在某些實(shí)施方案中，通過上述這些方法中的任一種獲得的玉米植物可以包含至少一種轉(zhuǎn)基因性狀。在這些實(shí)施方案中，該轉(zhuǎn)基因性狀可以是除草劑耐受性和/或害蟲抗性。在獲得的玉米植物耐受除草劑的實(shí)施方案中，除草劑耐受性可以選自草甘膦、麥草畏、草丁膦、磺脲、溴苯腈和達(dá)草滅除草劑耐受性。在某些實(shí)施方案中，核酸標(biāo)記作為單拷貝存在于通過上述這些方法中的任一種獲得的玉米植物中。在其它實(shí)施方案中，核酸標(biāo)記可以作為兩個(gè)拷貝存在于通過上述這些方法中的任一種獲得的玉米植物中。也提供了將內(nèi)州萎蔫病抗性QTL滲入玉米植物中的方法。在某些實(shí)施方案中，提供了將內(nèi)州萎蔫病抗性QTL滲入玉米植物中的方法，包括a)使用至少一種核酸標(biāo)記篩查群體，以確定來自該群體的一個(gè)或多個(gè)玉米植物是否含有內(nèi)州萎蔫病抗性QTL，其中該內(nèi)州萎蔫病抗性QTL是選自如圖2提供的1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96，97，98，99，100，101，102，103，104，105，106，107，108，109，110，111，112，113，114，115，116，117，118，119，120，121，122，123，124，125，126，127，128，129，130和131的QTL；和b)從該群體中選擇包含內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)標(biāo)記的等位基因的至少一個(gè)玉米植物。在這些方法的某些實(shí)施方案中，至少一種標(biāo)記位于內(nèi)州萎蔫病抗性QTL的30cM、25cM、20cM、15cM或IOcM內(nèi)。在這些方法的其它實(shí)施方案中，至少一種標(biāo)記位于內(nèi)州萎蔫病抗性QTL的5cM、2cM或IcM內(nèi)。在這些方法的其它實(shí)施方案中，對(duì)于內(nèi)州萎蔫病抗性QTL，至少一種標(biāo)記顯示大于2.0,2.5或3.0的LOD得分。在這些方法的其它實(shí)施方案中，對(duì)于內(nèi)州萎蔫病抗性QTL,至少一種標(biāo)記顯示大于4.0的LOD得分。在這些方法的某些實(shí)施方案中，核酸標(biāo)記選自SEQIDNO:27，121，141，175，177，220，224，234，248，252，381，440，479，480，533，582，585，639,721,727,733,746,768,773,940,1053，1054，1122，1186，1246，1250和1251。其中核酸標(biāo)記選自SEQIDN0:234和1250。在這些方法的某些實(shí)施方案中，所述群體是分離群體。此處也提供了通過上述任一種鑒定包含內(nèi)州萎蔫病抗性QTL的玉米植物的方法獲得的玉米植物。在某些實(shí)施方案中，提供了通過上述任一種方法獲得的玉米植物，其中該玉米植物包含內(nèi)州萎蔫病抗性QTL，該QTL選自如圖2中提供的QTL編號(hào)1，2，3，4，5，6，7，8,9,10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96，97，98，99，100，101，102，103，104，105，106，107，108，109，110，111，112，113，114，115，116，117，118，119，120，121，122，123，124，125，126，127，128，129，130和131。在某些實(shí)施方案中，通過上述任一方法獲得的、包含至少一個(gè)所述QTL的玉米植物顯示至少部分的對(duì)誘導(dǎo)內(nèi)州萎蔫病的細(xì)菌的抗性。在某些實(shí)施方案中，通過上述任一方法獲得的玉米植物顯示至少基本的對(duì)誘導(dǎo)內(nèi)州萎蔫病的細(xì)菌的抗性。在其它實(shí)施方案中，通過上述任一方法獲得的、包含至少一個(gè)所述QTL的玉米植物可以是單倍體玉米植物。在某些實(shí)施方案中，通過上述任一方法獲得的、包含至少一個(gè)所述QTL的玉米植物可以包含至少一種轉(zhuǎn)基因性狀。在這些實(shí)施方案中，該轉(zhuǎn)基因性狀可以是除草劑耐受性和/或害蟲抗性。在獲得的玉米植物耐受除草劑的實(shí)施方案中，除草劑耐受性可以選自草甘膦、麥草畏、草丁膦、磺脲、溴苯腈和達(dá)草滅除草劑耐受性。此處也提供了用于鑒定玉米DNA中的多態(tài)性的分離的核酸標(biāo)記。這些分離的核酸可以用于多種應(yīng)用中，包括但不限于鑒定包含與內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)的基因座的等位基因的玉米植物。在某些實(shí)施方案中，提供了用于檢測(cè)代表玉米DNA中多態(tài)性的分子標(biāo)記的分離的核酸分子，其中該核酸分子包含至少15個(gè)包括或直接鄰近該多態(tài)性的核苷酸，其中該核酸分子與包括或直接鄰近該多態(tài)性的DNA任一鏈中相同數(shù)目連續(xù)核苷酸的序列至少90%相同，并且其中所述分子標(biāo)記選自SEQIDNO:13，19，24，27，36，50，53，90，94，95,97,99,101，102，106，110，111，119，121，122，124，128，130—132，136，138，141，146，153，158-160，162，164，166，169，172，175，177，186，200，202，203，207，208，215，216，218，220，224，228，231-236，244，248，250，252，256，257，260，265-267，271-274，278，279，282，287，289，294-296，299，317，320，332-334，337，347，355，362，363，366-368，370，371，375，381，382，392，395，401，408，409，411，412，422，423，429，430，433，438，440，447，474，476，479，480，482，486，490，493，498，500，525，530，533，556，566，582，585，587，589，593，594，599，611，618，621，623，629，630，632，637，639，646，649，650，657，665，669，678，679，688，690，704，709，710，717，719，721，726，727，733，734，744，746，758，760，764，768，773，792，793，812，821，825，835，844，846，850，854，856-858，874，876，880，882，885，893，896，897，915，926，940，942，949，951，957，963，964，974，976，981，983，990，997，999，1000，1015，1016，1027，1043，1049，1053，1054，1056，1075，1081，1087，1088，1098-1100，1104，1105，1108，1110，1115，1122，1131，1133，1142，1143，1145，1146，1148，1149，1159，1168，1174，1184，1186，1196，1204，1212，1215，1229，1234-1302和1303。在另一實(shí)施方案中，所述分子標(biāo)記選自SEQIDNO:27，121，141，175，177，220，224，234，248，252，381，440，479，480，533，582，585,639,721,727,733,746,768,773,940,1053，1054，1122，1186，1246，1250和1251。在其它實(shí)施方案中，所述分子標(biāo)記選自SEQIDN0:234和1250。在某些實(shí)施方案中，分離的核酸進(jìn)一步包含可檢測(cè)標(biāo)記或者提供可檢測(cè)標(biāo)記的摻入。在這些包含可檢測(cè)標(biāo)記或者提供可檢測(cè)標(biāo)記的摻入的實(shí)施方案中，可檢測(cè)標(biāo)記選自同位素、熒光團(tuán)、氧化劑、還原劑、核苷酸和半抗原。在某些實(shí)施方案中，這種可檢測(cè)標(biāo)記通過化學(xué)反應(yīng)添加到核酸上或者通過酶反應(yīng)摻入。在某些實(shí)施方案中，分離的核酸分子包含包括或者直接鄰近該多態(tài)性的至少16或17個(gè)核苷酸。在其它實(shí)施方案中，該核酸分子包含包括或者直接鄰近該多態(tài)性的至少18個(gè)核苷酸，或者包含包括或者直接鄰近該多態(tài)性的至少20個(gè)核苷酸。在某些實(shí)施方案中，該分離的核酸分子與所述分子標(biāo)記的至少一個(gè)等位基因在嚴(yán)格雜交條件下雜交。引入說明書中并且構(gòu)成其一部分的了本發(fā)明的實(shí)施方案，并且與說明書一起用來解釋本發(fā)明的原理。在附圖中圖1.顯示通過關(guān)聯(lián)作圖研究獲得的與GLS抗性相關(guān)的標(biāo)記?！?”表示單核苷酸缺失。圖2.顯示與內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)的標(biāo)記。符號(hào)“*”表示單核苷酸缺失。發(fā)明詳述本文提供的定義和方法限定本發(fā)明，并指導(dǎo)本領(lǐng)域普通技術(shù)人員實(shí)施本發(fā)明。除非另有說明，應(yīng)當(dāng)根據(jù)相關(guān)領(lǐng)域的普通技術(shù)人員的常規(guī)用法來理解術(shù)語。在分子生物學(xué)中的常用術(shù)語的定義也可以在以下文獻(xiàn)中找到Alberts等人，MolecularBiologyofTheCell,第3版，GarlandPublishing,Inc.:NewYork,1994；Rieger等人，GlossaryofGenetics!ClassicalandMolecular,第5版，Springer-Verlag:NewYork,1991；禾口Lewin,GenesV,OxfordUniversityPress:NewYork，1994。使用如37CFR§1.822所述的DNA堿基命名法。如本文所用的“基因座”是染色體上的固定位置，可以代表基因組區(qū)域中的單核苷酸、少數(shù)核苷酸或大量核苷酸。如本文所用的“多態(tài)性”是指在一個(gè)或多個(gè)個(gè)體的群體中一個(gè)或多個(gè)基因座處的核酸序列存在一種或多種變異。變異可以包括但不限于一個(gè)或多個(gè)堿基的變化、一個(gè)或多個(gè)核苷酸的插入或一個(gè)或多個(gè)核苷酸的缺失。多態(tài)性包括單核苷酸多態(tài)性(SNP)、簡單序列重復(fù)(SSR)和插入或缺失(Indel)。多態(tài)性的產(chǎn)生可能是由于核酸復(fù)制中的隨機(jī)過程，通過誘變，由于移動(dòng)的基因組元件，拷貝數(shù)變異，和減數(shù)分裂過程，如不等交換、基因組復(fù)制和染色體斷裂和融合。在群體中，變異經(jīng)常可能被發(fā)現(xiàn)或可能以低頻率存在，前者在普通植物育種中具有更大的效用，而后者則可能與罕見但重要的表型變異有關(guān)。如本文所用的“標(biāo)記”是指可用于區(qū)別生物體的可檢測(cè)的特征。這樣的特征的例子可包括遺傳標(biāo)記、蛋白質(zhì)組成、蛋白質(zhì)水平、油組成、油水平、碳水化合物組成、碳水化合物水平、脂肪酸組成、脂肪酸水平、氨基酸組成、氨基酸水平、生物聚合物、藥品、淀粉組成、淀粉水平、可發(fā)酵的淀粉、發(fā)酵產(chǎn)量、發(fā)酵效率、能量產(chǎn)量、次生化合物、代謝物、形態(tài)特征和農(nóng)藝學(xué)特征。如本文所用的“遺傳標(biāo)記”是指多態(tài)性核酸序列或核酸特征?！岸鄳B(tài)性”是個(gè)體之間在序列特別是DNA序列或特征如轉(zhuǎn)錄譜或甲基化模式上的變異。有用的多態(tài)性可包括單核苷酸多態(tài)性(SNP)、DNA序列中的插入或缺失(Indel)、DNA序列的簡單序列重復(fù)(SSR)、限制性片段長度多態(tài)性、單元型和標(biāo)簽SNP。遺傳標(biāo)記、基因、DNA衍生序列、RNA衍生序列、啟動(dòng)子、基因的5'非翻譯區(qū)、基因的3'非翻譯區(qū)、microRNA、siRNA、QTL、衛(wèi)星標(biāo)記、轉(zhuǎn)基因、mRNA、dsmRNA、轉(zhuǎn)錄譜以及甲基化模式可能包括多態(tài)性。如本文所用的“標(biāo)記分析”是指使用特定方法檢測(cè)特定基因座處的多態(tài)性的方法，例如，至少一種表型(如種子顏色、花的顏色或其它視覺可檢測(cè)的性狀)的測(cè)定、限制性片段長度多態(tài)性(RFLP)、單堿基延伸、電泳、序列比對(duì)、等位基因特異性寡核苷酸雜交(ASO)、隨機(jī)擴(kuò)增的多態(tài)性DNA(RAPD)、基于微陣列的技術(shù)和核酸測(cè)序技術(shù)等。如本文所用的術(shù)語“直接鄰近”，當(dāng)用來描述與包含多態(tài)性的DNA雜交的核酸分子時(shí)，指的是與直接緊靠多態(tài)性核苷酸堿基位置的DNA序列雜交的核酸。例如，可在單堿基延伸試驗(yàn)中使用的核酸分子“直接鄰近”多態(tài)性。如本文所用的“探詢位置”是指固體載體上的物理位置，可以對(duì)其進(jìn)行查詢以獲取一個(gè)或多個(gè)預(yù)定的基因組多態(tài)性的基因型分型數(shù)據(jù)。如本文所用的“共有序列，，是指構(gòu)建的DNA序列，其確定基因座處等位基因的SNP和Indel多態(tài)性。共有序列可以基于基因座處DNA的任一鏈，并且表示基因座中的每種SNP的任一個(gè)的核苷酸堿基及基因座中的所有Indel的核苷酸堿基。因此，雖然共有序列可能不是一個(gè)實(shí)際的DNA序列的拷貝，但共有序列可用于精確設(shè)計(jì)用于基因座中的實(shí)際多態(tài)性的引物和探針。如本文所用的術(shù)語“單核苷酸多態(tài)性”，也縮寫為“SNP”，是指單個(gè)位點(diǎn)上的多態(tài)性，其中，所述多態(tài)性構(gòu)成單堿基對(duì)改變、一個(gè)或多個(gè)堿基對(duì)的插入或一個(gè)或多個(gè)堿基對(duì)的缺失。如本文所用的“基因型”是指表型的遺傳部分，且可以使用標(biāo)記間接表征，或通過核酸測(cè)序直接表征。合適的標(biāo)記包括表型特性、代謝譜、遺傳標(biāo)記或一些其它類型的標(biāo)記?；蛐涂梢詷?gòu)成至少一個(gè)遺傳標(biāo)記基因座的等位基因或至少一個(gè)單元型窗口的單元型。在某些實(shí)施方案中，基因型可以代表單個(gè)基因座，而在其它實(shí)施方案中，它可以代表整個(gè)基因組寬的一組基因座。在另一實(shí)施方案中，基因型可以反映染色體的一部分、整個(gè)染色體、基因組的一部分和整個(gè)基因組的序列。如本文所用的術(shù)語“單元型”是指由至少一種多態(tài)性分子標(biāo)記限定的單元型窗口內(nèi)的染色體區(qū)域。每個(gè)單元型窗口中的獨(dú)特的標(biāo)記指紋組合限定該窗口的各個(gè)單元型。此外，例如重組導(dǎo)致的單元型的變化可能導(dǎo)致單元型的修飾，使其只包含與性狀可操作地連鎖的初始(親本)單元型，例如，通過與基因、QTL或轉(zhuǎn)基因的物理連鎖。單元型中的任何這樣的變化都包括在我們對(duì)于構(gòu)成單元型的內(nèi)容的定義中，只要該基因組區(qū)域的功能完整性不變或改善。如本文所用的術(shù)語“單元型窗口，，是指通過本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的統(tǒng)計(jì)分析建立的，且處于連鎖不平衡的染色體區(qū)域。因此，將位于該區(qū)域內(nèi)的一個(gè)或多個(gè)分子標(biāo)記基因座處的兩個(gè)近交個(gè)體(或兩個(gè)配子)之間的狀態(tài)同一性(identitybystate)作為整個(gè)區(qū)域的譜系同一性(identity-by-descent)的證據(jù)。每個(gè)單元型窗口包含至少一個(gè)多態(tài)性分子標(biāo)記。可以沿基因組中的每個(gè)染色體對(duì)單元型窗口作圖。單元型窗口本身不是固定不變的，且考慮到逐漸增加的分子標(biāo)記密度，本發(fā)明預(yù)計(jì)單元型窗口的數(shù)目和大小將會(huì)發(fā)展，窗口數(shù)目逐漸增加，其各自的大小逐漸減小，從而導(dǎo)致在根據(jù)標(biāo)記基因座的狀態(tài)同一性確定譜系同一性方面的置信度逐漸增加。如本文所用的被稱為“單倍體”的植物具有一套(基因組)染色體，并且單倍體植物中減少的染色體數(shù)等于配子的染色體數(shù)。如本文所用的被稱為“加倍的單倍體”的植物是通過將染色體的單倍體組加倍而開發(fā)的。從自交任何代數(shù)的加倍單倍體植物獲得的植物或種子可能仍然被確定為加倍單倍體植物。加倍單倍體植物被認(rèn)為是純合植物。植物如果是能育的，則被認(rèn)為是加倍單倍體，即使該植物的整個(gè)營養(yǎng)部分不是由具有加倍染色體組的細(xì)胞組成的；即，如果植物含有可成活的配子，即使是嵌合的，也被認(rèn)為是加倍單倍體。如本文所用的被稱為“二倍體”的植物具有兩套(基因組)染色體，并且染色體數(shù)目(2η)等于合子的染色體數(shù)。如本文所用的術(shù)語“植物”包括整個(gè)植物、植物器官(即葉、莖、根等)、種子和植物細(xì)胞和它們的后代?！爸参锛?xì)胞”包括但不限于種子、懸浮培養(yǎng)物、胚芽、分生組織區(qū)域、愈傷組織、葉、芽、配子體、孢子體、花粉和小孢子。如本文所用的“遺傳圖譜”是對(duì)于特定基因組已知的基因座的有序列表。如本文所用的“表型”是指作為基因表達(dá)的表現(xiàn)的細(xì)胞或生物體的可檢測(cè)的特征。如本文所用的“表型標(biāo)記”是指可以用來區(qū)別生物體所展示的表型的標(biāo)記。如本文所用的“連鎖”是指雜交產(chǎn)生配子類型的相對(duì)頻率。例如，如果基因座A具有基因“Α”或“a”，基因座B具有基因“B”或“b”，具有AABB的親本I與具有aabb的親本B之間的雜交將產(chǎn)生4種可能的配子，其中基因分離為AB、Ab、aB和ab?？疹A(yù)期為獨(dú)立相等地分離成4個(gè)可能的基因型中的每一個(gè)，S卩，如果沒有連鎖，每個(gè)基因型將會(huì)有1/4的配子。配子分離成基因型不等于1/4是由于連鎖。如本文所用的“連鎖不平衡”，是針對(duì)一代的許多個(gè)體的群體中配子類型的相對(duì)頻率而定義的。如果等位基因A的頻率是p，a是ρ'，B是q，b是q'，那么基因型AB的預(yù)期頻率(沒有連鎖不平衡)是pq，Ab是pq’，aB是p’q，ab是p’q’。相對(duì)于預(yù)期頻率的任何偏差稱為連鎖不平衡。當(dāng)兩個(gè)基因座處于連鎖不平衡時(shí)，它們被稱為是“遺傳連鎖的”。如本文所用的“數(shù)量性狀基因座(QTL)”是指通常連續(xù)分布的、在一定程度上控制可用數(shù)字表示的性狀的基因座。如本文所用的術(shù)語“轉(zhuǎn)基因”是指DNA如cDNA或基因組DNA形式的核酸分子，以及RNA如mRNA或微RNA形式的核酸分子，它們可以是單鏈或雙鏈。如本文所用的術(shù)語“近交系”是指為了遺傳同質(zhì)性而選育的株系。如本文所用的術(shù)語“雜種”是指至少兩個(gè)遺傳上相異的親本間雜交的后代。雜交方案的例子包括但不限于單雜交、改良單雜交、雙改良單雜交、三元雜交、改良的三元雜交和雙雜交，其中改良的雜交中的至少一個(gè)親本為姐妹系間雜交的后代。如本文所用的術(shù)語“測(cè)交系”是指在與另一株系測(cè)交中使用的株系，其中測(cè)交系和測(cè)試的株系來自不同的種質(zhì)庫。測(cè)交系可以是等基因的或非等基因的。如本文所用的“抗性等位基因”是指包括與相關(guān)病害或狀況抗性相關(guān)的多態(tài)性等位基因的分離的核酸序列。如本文所用的術(shù)語“玉米”是指玉米(Zeamays)或玉米，并包括可用玉米選育的所有植物變種，包括野生玉米種。如本文所用的術(shù)語“包括”是指“包括但不限于”。如本文所用的“優(yōu)良株系，，是指通過針對(duì)優(yōu)異的農(nóng)藝學(xué)表現(xiàn)進(jìn)行育種和選擇而產(chǎn)生的任何株系。如本文所用的“誘導(dǎo)系”是當(dāng)與另一株系雜交時(shí)促進(jìn)單倍體胚形成的株系。如本文所用的“單元型效應(yīng)估計(jì)值”是指對(duì)于反映與一種或多種表型性狀的關(guān)聯(lián)性的單元型的預(yù)測(cè)效應(yīng)估計(jì)值，其中這種關(guān)聯(lián)可以從頭進(jìn)行，或者可以通過梳理(leveraging)歷史單元型-性狀關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)進(jìn)行。本文使用的“育種值”是指基于核酸序列效應(yīng)估計(jì)值和核酸序列頻率值的計(jì)算值，也可以確定在相同基因座(即單元型窗口)處或在基因座(即單元型窗口)中特定核酸序列相對(duì)于其它核酸序列的育種值。換句話說，通過固定所述核酸序列確定群體平均值的變化。另外，在評(píng)價(jià)通過基因滲入或轉(zhuǎn)基因事件置換基因組中的特定區(qū)域的效果時(shí)，育種值為比較特定核酸序列的置換效果提供基礎(chǔ)。另外，在雜種作物中，核酸序列的育種值可以在用來產(chǎn)生雜種的測(cè)交系的核酸序列中進(jìn)行計(jì)算。如果上述任一定義與此處引用的任何專利或非專利文獻(xiàn)或其它部分發(fā)現(xiàn)的任何參考文獻(xiàn)中提供的定義不一致，應(yīng)當(dāng)理解此處使用上述定義。單倍體作圖本發(fā)明提供一種使用單倍體植物鑒定與目的表型相關(guān)的基因型的方法，基中所述單倍體植物使用至少一種標(biāo)記分析并且將所述至少一種標(biāo)記與至少一種表型性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)。然后可以利用目的基因型在植物育種程序中作出決定。這些決定包括但不限于在新育種群體之中選擇，該群體基于歷史基因型和農(nóng)學(xué)性狀相關(guān)性具有最高頻率的有利核酸序列，在育種群體中的后代之中選擇有利核酸序列，基于后代表現(xiàn)的預(yù)測(cè)在不同親本系之中選擇，以及基于有利核酸序列的存在在種質(zhì)改良活動(dòng)中改良株系。種質(zhì)改良活動(dòng)的非限制性例子包括株系開發(fā)、雜種開發(fā)、轉(zhuǎn)基因事件選擇、進(jìn)行育種雜交、通過自花授粉來測(cè)試和改進(jìn)植物、使用植物進(jìn)行轉(zhuǎn)化、使用植物作為表達(dá)構(gòu)建體的候選物，以及使用植物進(jìn)行誘變。育種決定的非限制性例子包括對(duì)至少一種單元型的后代選擇、親本選擇和輪回選擇。在另一方面，與商業(yè)版本植物開發(fā)有關(guān)的育種決定包括為檢測(cè)改良植物、為純度改良植物、開發(fā)過程中亞系的純化、近交系開發(fā)、變種開發(fā)和雜種開發(fā)。在再另一方面，育種決定和種質(zhì)改良活動(dòng)包括轉(zhuǎn)基因事件選擇、進(jìn)行育種雜交、通過自花授粉來測(cè)試和改進(jìn)植物、使用植物進(jìn)行轉(zhuǎn)化、使用植物作為表達(dá)構(gòu)建體的候選物，以及使用植物進(jìn)行誘變。本領(lǐng)域技術(shù)人員理解，可以從任一代植物群體產(chǎn)生單倍體植物，并且本發(fā)明的方法可以用于一個(gè)或多個(gè)來自任一代植物群體的個(gè)體，包括SSD。植物群體的非限制性例子包括Fl、F2、BC1、BC2F1、F3:F4、F2:F3，等等，包括后續(xù)的子代，以及實(shí)驗(yàn)群體，如RIL和NIL。進(jìn)一步預(yù)期，本發(fā)明的一個(gè)或多個(gè)植物群體內(nèi)的分離程度可能隨所評(píng)價(jià)的性狀和種質(zhì)的性質(zhì)而改變。在再另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明承認(rèn)可以改良通過此處所述的方法鑒定的優(yōu)選單元型和QTL作為用于包含在表達(dá)構(gòu)建體中的候選基因，即轉(zhuǎn)基因。通過與在植物中具有功能的啟動(dòng)子可操作地連接，目的單元型和QTL的核酸可以在植物細(xì)胞中表達(dá)。在另一方面，目的單元型和QTL的核酸的表達(dá)可以被雙鏈RNA介導(dǎo)的基因抑制改變，后者也被稱為RNA干擾(〃RNAi“)，包括小干擾RNA(〃siRNA")、反式作用小干擾RNA(〃ta-siRNA")或微RNA("miRNA")介導(dǎo)的抑制。適合用于植物的RNAi技術(shù)的例子在美國專利申請(qǐng)公開2006/0200878和2007/0011775中詳細(xì)描述。本領(lǐng)域中已知以下方法以一定方式裝配構(gòu)建體和將構(gòu)建體引入細(xì)胞中，使得性狀的核酸分子被轉(zhuǎn)錄為功能性mRNA分子，然后該功能性mRNA分子被翻譯和表達(dá)為蛋白質(zhì)產(chǎn)物。為了實(shí)施本發(fā)明，用于制備和使用構(gòu)建體和宿主細(xì)胞的常規(guī)組合物和方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的，參見例如MolecularCloning:ALaboratoryManual,第3版，第1、2和3卷(2000)J.F.Sambrook,D.W.Russell,和N.Irwin,ColdSpringHarborLaboratoryPress0用于制備特別適于植物轉(zhuǎn)化的轉(zhuǎn)化構(gòu)建體的方法包括但不限于美國專利4,971,908,4,940,835,4,769,061和4，757,011中描述的那些方法，所述專利全部在此引入作為參考。用于將表達(dá)單元引入植物中的轉(zhuǎn)化方法是本領(lǐng)域已知的，包括美國專利5，384，253中描述的電穿孔；美國專利5，015，580、美國專利5，550，318、美國專利5，538，880、美國專利6，160，208、美國專利6，399，861和美國專利6，403，865中描述的微粒轟擊；美國專禾U5，508，184中描述的原生質(zhì)體轉(zhuǎn)化；和美國專利5，635，055、美國專利5，824，877、美國專利5，591，616、美國專利5，981，840和美國專利6，384，301中描述的土壤桿菌介導(dǎo)的轉(zhuǎn)化。本發(fā)明的方法可以用來鑒定與目的表型相關(guān)的基因型，如與抗病性、除草劑耐受性、昆蟲或害蟲抗性、改變的脂肪酸、蛋白質(zhì)或碳水化合物代謝、提高的谷物產(chǎn)量、增加的油、增加的營養(yǎng)含量、增加的生長速度、增強(qiáng)的應(yīng)激耐受性、優(yōu)選的成熟度、增強(qiáng)的感官特性、改變的形態(tài)特征、不育性、其它農(nóng)學(xué)性狀、用于工業(yè)應(yīng)用的性狀或?qū)οM(fèi)者有吸引力的性狀有關(guān)的基因型。需要誘導(dǎo)單倍體化然后二倍體化的DH植物產(chǎn)生需要高資源輸入。DH植物在自然中極少存在；因此，需要使用人工生產(chǎn)方法。首先，使一個(gè)或多個(gè)株系與誘導(dǎo)親本雜交，產(chǎn)生單倍體種子。玉米的誘導(dǎo)系包括Stock6、RWS、KEMS,KMS和ZMS，和不確定的配子體(ig)突變。單倍體種子的選擇可以通過各種篩選方法基于表型或基因型特征來實(shí)現(xiàn)。在一種方法中，用可見標(biāo)記基因篩選材料，該可見標(biāo)記基因包括GFP、GUS、花色素苷基因如R-nj、螢光素酶、YFP、CFP或CRC，它們只在單倍體細(xì)胞的胚乳細(xì)胞中誘導(dǎo)，允許分離單倍體與二倍體種子。其它篩選方法包括染色體計(jì)數(shù)、流式細(xì)胞術(shù)、遺傳標(biāo)記評(píng)價(jià)來推斷拷貝數(shù)，等等。得到的單倍體種子具有單倍體胚和正常的三倍體胚乳。本領(lǐng)域已知有幾種方法來實(shí)現(xiàn)染色體加倍。單倍體細(xì)胞、單倍體胚、單倍體種子、單倍體幼苗或單倍體植物可以用加倍劑化學(xué)處理。已知的加倍劑的非限制性例子包括一氧化氮?dú)怏w、抗微管除草劑、抗微管劑、秋水仙素、拿草特和有絲分裂抑制劑。本發(fā)明包括培育農(nóng)作物的方法，所述農(nóng)作物例如是玉米(Zeamays)、大豆(Glycinemax)、棉花(Gossypiumhirsutum)、花生(Arachishypogaea)、大麥(Hordeumvulgare)、燕麥(Avenasativa)、甲鳥茅(Dactylisglomerata)、水稻(Oryzasativa,包括秈禾S(indica)和粳稻(japonica)變種)、高粱(Sorghumbicolor)、甘蔗(Saccharumsp)、高羊茅(Festucaarundinacea)、草皮草物種(例如物種四季青(Agrostisstolonifera)、草地早熟(Poapratensis)、鈍葉草(Stenotaphrumsecundatum))、小麥(Triticumaestivum)>苜蓿(Medicagosativa)、蕓苔屬的成員、花莖甘藍(lán)、卷心菜、胡蘿卜、花椰菜、白菜、黃瓜、干豆、茄子、茴香、青刀豆、葫蘆、韭菜、萵苣、甜瓜、秋葵、洋蔥、豌豆、胡椒、南瓜、蘿卜、菠菜、筍瓜、甜玉米、西紅柿、西瓜、觀賞植物，以及其它水果、蔬菜、塊莖或塊根農(nóng)作物。灰色葉斑病抗性本發(fā)明提供位于玉米基因組中的公共圖位(publicbins)中的GLS抗性基因座，它們以前沒有與GLS抗性關(guān)聯(lián)。本發(fā)明提供位于玉米基因組中的公共圖位中的160個(gè)GLS抗性基因座，它們以前沒有與GLS抗性關(guān)聯(lián)。通過將玉米染色體區(qū)域分為IOcM的窗口分配QTL。總共鑒定了178個(gè)與GLS相關(guān)的QTL，其中158個(gè)以前沒有報(bào)道過。也提供了用于監(jiān)測(cè)這178個(gè)GLS抗性QTL的滲入的SNP標(biāo)記。在本發(fā)明中，GLS抗性基因座1-9，14-33，35，38-42，44-52，54-61，63-71，73-79，81-92，95-96，99-106，108-117和119-178在以前沒有與GLS相關(guān)聯(lián)，并且在此提供。也提供了用于監(jiān)測(cè)GLS抗性的滲入的SNP標(biāo)記。在本發(fā)明中，GLS抗性基因座1，2，3，4，5，6，7，8,9,10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26和177位于染色體1上。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座1的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:1至9的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座2的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:10至14的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座3的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:15至22的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座4的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO23至30的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座5的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO31至37的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座6的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO38至48的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座7的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO49至58的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座8的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO59至73的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座9的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO74至86的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座10的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO87至93的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座11的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO94至115的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座12的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:116至126的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座13的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO127至135的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座14的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO136至139的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座15的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO140至144的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座16的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO145至151的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座17的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO152至162的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座18的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO163至172的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座19的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO173至178的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座20的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO179至183的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座21的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO184至197的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座22的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO198至199的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座23的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO200至201的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座24的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO202至206的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座25的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO207至208的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座26的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO209至211的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座177的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:1228。在本發(fā)明中，GLS抗性基因座27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46和178位于染色體2上。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座27的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO212至215的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座28的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO216至221和1229的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座29的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO222至224的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座30的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO225至231的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座31的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO232至236的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座32的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO237至242的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座33的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO244至248的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座34的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO249至260的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座35的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO261至269的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座36的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO270至291的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座37的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO292至303的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座38的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO304至311的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座39的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO312至321的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座40的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO322至330的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座41的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO331至335的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座42的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO336至341的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座43的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO342至348的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座44的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO349至351的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座45的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO352至355的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座46的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO356至360的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座178的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:1229ο在本發(fā)明中，GLS抗性基因座47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66和67位于染色體3上。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座47的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO361至364的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座48的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO365的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座49的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO366的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座50的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO367至369的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座51的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO370至371的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座52的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO372至374的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座53的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO375的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座54的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO376至395的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座55的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO396至408的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座56的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO409至418的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座57的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO419至425的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座58的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO426至433的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座59的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO434至435的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座60的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO436至449的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座61的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO450至458的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座62的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO459至464的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座63的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO465至471的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座64的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO472至482的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座65的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO483至486的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座66的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO487至490的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座67的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO491至495的SNP標(biāo)記。在本發(fā)明中，GLS抗性基因座68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86和87位于染色體4上。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座68的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO496至499的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座69的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO500至502的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座70的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO503至504的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座71的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO505至507的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座72的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO508至511的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座73的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO512至515的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座74的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO516至530的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座75的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO531至551的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座76的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO552至567的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座77的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO568至578的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座78的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO579至586的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座79的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO587至590的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座80的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO591至603的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座81的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO604至617的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座82的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO618至625的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座83的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO626至632的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座84的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO633至639的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座85的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO640至644的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座86的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO645至653的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座87的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO654至656的SNP標(biāo)記。在本發(fā)明中，GLS抗性基因座88，89，90，91，92，93，94，95，96，97，98，99，100，101，102，103和104位于染色體5上。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座88的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:657至660的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座89的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO661至668的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座90的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO669至670的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座91的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO671至674的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座92的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO675至678的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座93的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO679至692的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座94的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO693至709的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座95的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO710至721的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座96的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO722至730的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座97的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO731至738的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座98的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO739至740的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座99的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO741至748的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座100的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO749至754的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座101的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO755至760的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座102的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO761至762的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座103的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO763至771的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座104的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO772至776的SNP標(biāo)記。在本發(fā)明中，GLS抗性基因座105，106，107，108，109，110，111，112，113，114，115，116和117位于染色體6上。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座105的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO777至780的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座106的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO781至812的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座107的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO813至820的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座108的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO821至829和1232的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座109的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO830至834的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座110的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO835至845和1231的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座111的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO846至854的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座112的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO855至863的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座113的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO864至869的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座114的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO870至873的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座115的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO874至875的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座116的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO876至883的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座117的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO884至889和1360的SNP標(biāo)記。在本發(fā)明中，GLS抗性基因座118，119，120，121，122，123，124，125，126，127，128，129，130，131，132，133，134和135位于染色體7上。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座118的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO890至891的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座119的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO892的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座120的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO893的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座121的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO894的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座122的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO895至898的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座123的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO899至907的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座124的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO908至932的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座125的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO933至939的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座126的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO940至943的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座127的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO944至953和1233的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座128的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO954至963的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座129的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO964至968的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座130的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO969至971的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座131的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO972至976的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座132的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO977的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座133的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO978至982的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座134的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO983至990的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座135的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO991至996的SNP標(biāo)記。在本發(fā)明中，GLS抗性基因座136，137，138，139，140，141，142，143，144，145，146，147，148和149位于染色體8上。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座136的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO997至1000的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座137的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1001至1003的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座138的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1004至1010的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座139的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:1011至1015的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座140的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1016至1022的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座141的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1023至1031的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座142的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1032至1046的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座143的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1047至1050的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座144的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1051至1060的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座145的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1061至1062的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座146的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1063至1069的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座147的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1070至1072的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座148的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1073至1075的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座149的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1076至1078的SNP標(biāo)記。在本發(fā)明中，GLS抗性基因座150，151，152，153，154，155，156，157，158，159，160，161，162，163，164和165位于染色體9上。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座150的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1079至1081的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座151的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1082至1086的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座152的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1087的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座153的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1088至1091的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座154的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1092至1096的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座155的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1097至1098的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座156的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1099至1110的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座157的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:1111至1118的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座158的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:1119至1133和1127的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座159的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1134至1142的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座160的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1143至1150的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座161的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:1151至1157的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座162的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:1158至1159的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座163的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1160至1164的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座164的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1165的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座165的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1166至1167的SNP標(biāo)記。在本發(fā)明中，GLS抗性基因座166，167，168，169，170，171，172，173，174，175和176位于染色體10上。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座166的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1168的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座167的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1169至1172的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座168的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1173至1177的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座169的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:1178至1192的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座170的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1193至1203和1361的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座171的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1204至1210的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座172的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:1211至1215的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座173的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1216至1219的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座174的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1220至1221的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座175的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1222至1226的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)GLS抗性基因座176的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1227的SNP標(biāo)記。用于篩查GLS抗性基因座的示例性標(biāo)記分析在表5、6和7中提供。說明性的GLS抗性基因座173SNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO:1219可以使用SEQIDNO1304至1305所示的引物擴(kuò)增并且使用SEQIDNO:1306至1307所示的探針檢測(cè)。說明性的GLS抗性基因座57SNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO:421可以使用SEQIDNO:1308至1309所示的引物擴(kuò)增并且使用SEQIDNO:1310至1311所示的探針檢測(cè)。說明性的GLS抗性基因座64SNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO481可以使用SEQIDNO1312至1313所示的引物擴(kuò)增并且使用SEQIDNO1314至1315所示的探針檢測(cè)。說明性的GLS抗性基因座176SNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO1127可以使用SEQIDNO1316至1317所示的引物擴(kuò)增并且使用SEQIDNO1318至1319所示的探針檢測(cè)。用于GLS抗性基因座173SNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO1219的說明性寡核苷酸雜交探針作為SEQIDN0:1320和SEQIDN0:1321提供。用于GLS抗性基因座57SNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO:421的說明性寡核苷酸雜交探針作為SEQIDNO1322禾口SEQIDNO1323提供。用于GLS抗性基因座64SNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO481的說明性寡核苷酸雜交探針作為SEQIDN0:1324和SEQIDN0:1325提供。用于GLS抗性基因座176SNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO:1127的說明性寡核苷酸雜交探針作為SEQIDNO1326禾口SEQIDNO1327提供。用于GLS抗性基因座173SNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO1219的單堿基延伸分析的說明性探針作為SEQIDN0:1328提供。用于GLS抗性基因座57SNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO421的單堿基延伸分析的說明性探針作為SEQIDNO1329提供。用于GLS抗性基因座64SNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO481的單堿基延伸分析的說明性探針作為SEQIDNO1330提供。用于GLS抗性基因座176SNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO1127的單堿基延伸分析的說明性探針作為SEQIDN0:1331提供。本發(fā)明也提供一種包含選自SEQIDNO1至1233、1360和1361、其片段和它們的互補(bǔ)序列的核酸分子的玉米植物。此處使用的GLS是指任何灰色葉斑病變種或分離種。本發(fā)明的玉米植物可以對(duì)一種或多種能夠引起或誘導(dǎo)GLS的真菌有抗性。一方面，本發(fā)明提供GLS抗性植物以及根據(jù)對(duì)尾孢屬(Cercospora)引起的GLS的抗性或敏感性篩查玉米植物的方法和組合物。在一個(gè)優(yōu)選方面，本發(fā)明提供用于針對(duì)玉蜀黍尾孢抗性或敏感性篩查玉米植物的方法和組合物。另一方面，本發(fā)明提供玉蜀黍尾孢株“I型”抗性植物以及根據(jù)對(duì)玉蜀黍尾孢株“I型”的抗性或敏感性篩查玉米植物的方法和組合物。在進(jìn)一步的方面，本發(fā)明提供玉蜀黍尾孢株“II型”抗性植物以及根據(jù)對(duì)玉蜀黍尾孢株“II型”的抗性或敏感性篩查玉米植物的方法和組合物。另一方面，本發(fā)明提供高粱尾孢maydis變種(C.sorghivar.maydis)抗性植物以及根據(jù)對(duì)高粱尾孢maydis變種的抗性或敏感性篩查玉米植物的方法和組合物。一方面，植物選自玉米屬。另一方面，植物選自玉米(Zeamays)種。在進(jìn)一步的方面，植物選自亞種ZeamaysL.ssp.mays。另一方面，植物選自ZeamaysL.subsp.maysIndentata組，也被稱為馬齒型玉米。另一方面，植物選自ZeamaysL.subsp.maysIndurata組，也被稱為硬質(zhì)玉米。一方面，植物選自ZeamaysL.subsp.maysSaccharata組，也被稱為甜玉米。另一方面，植物選自ZeamaysL.subsp.maysAmylacea組，也被稱為面粉玉米。另一方面，植物選自ZeamaysL.subsp.maysEverta組，也被稱為爆粒玉米。玉米植物包括雜種、近交系、部分近交系或確定的或未確定的群體的成員。本發(fā)明的植物可以是具有非常高的抗性、抗性、基本抗性、中度抗性、相當(dāng)抗性、部分抗性、中度敏感或敏感的玉米植物。在一個(gè)優(yōu)選方面，本發(fā)明提供了將要通過任何方法測(cè)定其對(duì)GLS的抗性或敏感性的玉米植物，以確定玉米植物是否具有非常高的抗性、抗性、基本抗性、中度抗性、相當(dāng)?shù)目剐浴⒉糠挚剐?、中度敏感性或敏感性。GLS的基因型分型基于目視篩查植物，以確定感染的葉面積的百分比。感染的葉面積的百分比用來將植物評(píng)定為從1(非常高的抗性)到9(敏感的)的等級(jí)。在授粉后目視評(píng)估抗病性。感染可以是自然的或者來自人工接種。本發(fā)明的抗病性QTL可以被引入優(yōu)良玉米近交系中。另一方面，玉米植物可以顯示與非抗性對(duì)照玉米植物相當(dāng)?shù)目剐?。在該方面，除了一個(gè)或多個(gè)所述GLS抗性等位基因以外，對(duì)照玉米植物優(yōu)選地是遺傳相似的。這些植物可以在相同或接近相同地接觸病原體的相似條件下生長。在該方面，一個(gè)或多個(gè)抗性植物有少于25%、15%、10%、5%、2%或的葉面積被感染。本發(fā)明的抗病性QTL可以被引入優(yōu)良玉米近交系中?！皟?yōu)良株系”是通過針對(duì)優(yōu)異的農(nóng)藝學(xué)表現(xiàn)進(jìn)行育種和選擇而產(chǎn)生的任何株系。本發(fā)明的GLS抗性QTL也可以被引入包含一種或多種轉(zhuǎn)基因的優(yōu)良玉米植物中，該轉(zhuǎn)基因賦予除草劑耐受性、產(chǎn)量增加、昆蟲控制、真菌病抗性、病毒抗性、線蟲抗性、細(xì)菌病抗性、支原體病抗性、油產(chǎn)生改變、高產(chǎn)油量、高蛋白質(zhì)產(chǎn)量、發(fā)芽和幼苗生長的控制、動(dòng)物和人類營養(yǎng)增強(qiáng)、低棉子糖、環(huán)境應(yīng)激抗性、可消化性提高、工業(yè)酶、藥用蛋白質(zhì)、肽和小分子、加工性狀改善、風(fēng)味改善、固氮、雜種種子的產(chǎn)生、變應(yīng)原性降低、生物聚合物和生物燃料等。一方面，除草劑耐受性選自草甘膦、麥草畏、草丁膦、磺脲、溴苯腈和達(dá)草滅除草劑。這些性狀可通過植物生物技術(shù)方法在玉米中作為轉(zhuǎn)基因提供。一種或多種抗病性QTL等位基因可以從任何包含該等位基因的植物(供體)引入到任何接受體玉米植物中。一方面，接受體玉米植物可以包含另外的GLS抗性基因座。另一方面，接受體玉米植物可以包含轉(zhuǎn)基因。另一方面，在保持引入的QTL的同時(shí)，可以通過回交或其它合適的方法來減少提供抗病性QTL的植物的遺傳貢獻(xiàn)。一方面，玉米植物中來自供體材料的核遺傳物質(zhì)可能少于或是大約50%、少于或是大約25%、少于或是大約13%、少于或是大約5%、3%、2%或1%，但該遺傳物質(zhì)包含一個(gè)或多個(gè)目的GLS抗性基因座。進(jìn)一步可以理解，本發(fā)明的玉米植物可能顯示任何相對(duì)成熟組的特征。一方面，成熟組選自RM90-95、RM95-100、RM100-105、RM105-110、RM110-115和RM115-120。QTL的等位基因當(dāng)然可以包含多個(gè)基因或其它遺傳因素，甚至在連續(xù)基因組區(qū)域或連鎖群如單元型內(nèi)。如本文所用的，抗病性基因座的等位基因可以包含一個(gè)以上的基因或其它遺傳因素，其中，每個(gè)單獨(dú)的基因或遺傳組分也能夠顯示等位基因變異，并且其中每個(gè)基因或遺傳因素也能夠引發(fā)對(duì)所述數(shù)量性狀的表型效應(yīng)。在本發(fā)明的一方面，QTL的等位基因包含也能夠顯示等位基因變異的一個(gè)或多個(gè)基因或其它遺傳因素。因此術(shù)語“QTL的等位基因”的使用并不排除包含一個(gè)以上的基因或其它遺傳因素的QTL。特別是，本發(fā)明中的“QTL的等位基因”可以表示單元型窗口中的單元型，其中表型可以是抗病性。單元型窗口是可以用一組一個(gè)或多個(gè)多態(tài)性標(biāo)記限定和示蹤的連續(xù)的基因組區(qū)域，其中，多態(tài)性指示譜系同一性。該窗口中的單元型可以通過每個(gè)標(biāo)記處的等位基因的獨(dú)特指紋確定。如本文所用的，等位基因是占據(jù)染色體上給定基因座的基因的幾種替代形式之一。當(dāng)染色體上的給定基因座處存在的所有等位基因相同時(shí)，該植物在該基因座處是純合的。如果染色體上的給定基因座處存在的等位基因不同，該植物在該基因座處是雜合的。本發(fā)明的植物在任何特定的GLS基因座處或?qū)τ谔囟ǖ亩鄳B(tài)性標(biāo)記，可能是純合或雜合的。本發(fā)明也提供了本發(fā)明的植物的部分。植物部分包括但不限于，種子、胚乳、胚珠和花粉。在本發(fā)明的特別優(yōu)選的方面，植物部分是種子。本發(fā)明也提供了玉米的容器，該容器中超過50%、60%、70%、80%、90%、95%或99%的種子包含1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96，97，98，99，100，101，102，103，104，105，106，107，108，109，110，111，112，113，114，115，116，117，118，119，120，121，122，123，124，125，126，127，128，129，130，131，132，133，134，135，136，137，138，139，140，141，142，143，144，145，146，147，148，149，150，151，152，153，154，155，156，157，158，159，160，161，162，163，164，165，166，167，168，169，170，171，172，173，174，175，176，177和178GLS抗性基因座，其中一個(gè)或多個(gè)該基因座處的一個(gè)或多個(gè)等位基因選自SEQIDNO:1-1233，1360和1361。玉米種子的容器可以含有任何數(shù)量、重量或體積的種子。例如，容器可以含有至少或超過大約10、25、50、100、200、300、400、500、600、700、80、90、1000、1500、2000、2500、3000、3500、4000個(gè)或更多的種子。另一方面，容器可以含有大約或超過大約1克、5克、10克、15克、20克、25克、50克、100克、250克、500克或1000克種子。此外，容器可以含有至少或超過大約0盎司、1盎司、5盎司、10盎司、1磅、2磅、3磅、4磅、5磅、10磅、15磅、20磅、25磅或50磅或更多的種子。玉米種子的容器可以是本領(lǐng)域中可以獲得的任何容器。例如，容器可以是盒子、袋子、罐、包、囊、卷帶、桶或管。另一方面，玉米種子的容器中含有的種子可以是處理過的或未處理的玉米種子。一方面，種子可以經(jīng)過處理以改善發(fā)芽，例如通過引發(fā)種子或者通過消毒以防御種子攜帶的病原體。另一方面，種子可以用任何可以使用的涂層涂覆，以改善例如可種植性、種子發(fā)芽和防御種子攜帶的病原體。種子涂層可以是任何形式的種子涂層，包括但不限于?；?、薄膜涂層和硬外層。本發(fā)明的植物或其部分也可以在培養(yǎng)基中培養(yǎng)和再生。從各種組織類型再生玉米植物的方法和玉米的組織培養(yǎng)方法是本領(lǐng)域已知的(例如，Bhaskaran等人.1990CropSci.30:1328-1336)。如玉米的植物的再生技術(shù)可以使用多種組織或細(xì)胞類型作為起始原料。尤其是對(duì)于玉米，已經(jīng)開發(fā)了再生方法，其開始于某些分化的組織類型，如，分生組織(Sairam等人.2003Genome46:323-3)。已報(bào)道了通過器官發(fā)生和胚發(fā)生從組織培養(yǎng)物再生成熟玉米植物(Wang1987PlantCell.Rep.6360-362；Chang1983PlantCell.Rep.218-185；Green等人1975CropSci.15=417-421)。最近，也報(bào)道了從裂開的種子再生玉米(Al-Abed等人2006Planta2231355-1366)。本發(fā)明也提供一種通過針對(duì)玉米植物中的抗病性或敏感性進(jìn)行篩查而選擇的抗病性玉米植物，所述選擇包括查詢基因組核酸中是否存在與玉米植物抗病性相關(guān)的QTL等位基因遺傳連鎖的標(biāo)記分子，其中該QTL等位基因也位于與抗病性GLS相關(guān)的連鎖群上。本發(fā)明提供一種將等位基因滲入玉米植物中的方法，包括(A)使包含選自SEQIDNO:1至1233和SEQIDNO1360和1361的核酸分子的至少一個(gè)第一玉米植物與至少一個(gè)第二玉米植物雜交，以形成分離群體，(B)使用一種或多種核酸標(biāo)記篩查該分離群體，以確定來自該分離群體的一個(gè)或多個(gè)玉米植物是否含有所述核酸分子，和(C)從所述分離群體中選擇一個(gè)或多個(gè)包含選自SEQIDNO:1至1233和SEQIDNO1360和1361的核酸分子的玉米植物。本發(fā)明包括一種將等位基因滲入玉米植物中的方法，包括(A)使至少一個(gè)GLS抗性玉米植物與至少一個(gè)GLS敏感性玉米植物雜交，以形成分離群體，(B)用一種或多種核酸標(biāo)記篩查所述分離群體，以確定來自所述分離群體的一個(gè)或多個(gè)玉米植物是否含有GLS抗性基因座，其中該GLS抗性基因座是選自圖1提供的GLS抗性基因座1-9，14-33，35，38-42，44-52，54-61，63-71，73-79，81-92，95-96，99-106，108-117和GLS抗性基因座119-178的等位基因。本發(fā)明包括分離的核酸分子。這些分子包括那些能夠檢測(cè)與GLS基因座遺傳或物理連鎖的多態(tài)性的核酸分子。這些分子可以被稱為標(biāo)記?？梢酝ㄟ^現(xiàn)有技術(shù)獲得與GLS抗性基因座1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96，97，98，99，100，101，102，103，104，105，106，107，108，109，110，111，112，113，114，115，116，117，118，119，120，121，122，123，124，125，126，127，128，129，130，131，132，133，134，135，136，137，138，139，140，141，142，143，144，145，146，147，148，149，150，151，152，153，154，155，156，157，158，159，160，161，162，163，164，165，166，167，168，169，170，171，172，173，174，175，176，177或GLS抗性基因座178連鎖的另外的標(biāo)記。一方面，核酸分子能夠檢測(cè)是否存在位于距離GLS抗性基因小于30、20、10、5、2或1厘摩(centimorgans)的標(biāo)記。另一方面，使用QgeneVersion2.23(1996)和默認(rèn)參數(shù)進(jìn)行測(cè)定，標(biāo)記顯示相對(duì)于GLS為2或更高、3或更高、4或更高的LOD得分。另一方面，核酸分子能夠檢測(cè)選自GLS抗性基因座1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96，97，98，99，100，101，102，103，104，105，106，107，108，109，110，111，112，113，114，115，116，117，118，119，120，121，122，123，124，125，126，127，128，129，130，131，132，133，134，135，136，137，138，139，140，141，142，143，144，145，146，147，148，149，150，151，152，153，154，155，156，157，158，159，160，161，162，163，164，165，166，167，168，169，170，171，172，173，174，175，176，177和GLS抗性基因座178的基因座中的標(biāo)記。在進(jìn)一步的方面，核酸分子選自SEQIDNO1-1233和SEQIDNO:1360和1361、其片段、其互補(bǔ)序列及能夠與這些核酸分子中的一個(gè)或多個(gè)特異性雜交的核酸分子。在優(yōu)選的一方面，本發(fā)明的核酸分子包括那些在中度嚴(yán)格條件(例如，大約2.OxSSC和大約65°C)下與SEQIDNO:1至SEQIDNO1233和SEQIDNO1360禾口1361或SEQIDN0:1304至SEQIDNO1331所示的一個(gè)或多個(gè)核酸分子或其互補(bǔ)分子或其中任一個(gè)的片段特異性雜交的核酸分子。在特別優(yōu)選的一方面，本發(fā)明的核酸在高嚴(yán)格條件下與SEQIDNO:1至SEQIDNO:1233和SEQIDNO1360和1361或SEQIDNO:1304至1331所示的一個(gè)或多個(gè)核酸分子或互補(bǔ)分子或其中任一個(gè)的片段特異性雜交。在本發(fā)明的一方面，本發(fā)明的優(yōu)選的標(biāo)記核酸分子具有SEQIDNO:1至SEQIDN0:1233和SEQIDNO1360和1361或SEQIDNO1304至1331所示的核酸序列或其互補(bǔ)序列或其中任一個(gè)的片段。在本發(fā)明的另一方面，本發(fā)明的優(yōu)選的標(biāo)記核酸分子與SEQIDNO:1至SEQIDNO1233和SEQIDNO1360和1361或SEQIDNO1304至1331所示的核酸序列或其互補(bǔ)序列或其中任一個(gè)的片段共有80%-100%或90%-100%的序列同一性。在本發(fā)明的進(jìn)一步的一方面，本發(fā)明的優(yōu)選的標(biāo)記核酸分子與SEQIDNO:1至SEQIDN0:1233和SEQIDNO1360和1361或SEQIDNO1304至1331所示的核酸序列或其互補(bǔ)序列或其中任一個(gè)的片段共有95%-100%的序列同一性。在本發(fā)明的更優(yōu)選的一方面，本發(fā)明的優(yōu)選的標(biāo)記核酸分子與SEQIDNO:1至SEQIDNO:1233和SEQIDNO1360和1361或SEQIDN0:1304至1331所示的核酸序列或其互補(bǔ)序列或其中任一個(gè)的片段共有98%-100%的序列同一性。本發(fā)明提供一種將等位基因滲入玉米植物中的方法，包括(A)使包含選自SEQIDNO1至SEQIDNO1233和SEQIDNO1360和1361的核酸分子的至少一個(gè)第一玉米植物與至少一個(gè)第二玉米植物雜交，以形成分離群體，(B)用一種或多種核酸標(biāo)記篩查所述分離群體，以確定來自所述分離群體的一個(gè)或多個(gè)玉米植物是否含有該核酸分子，和(C)從該分離群體中選擇一個(gè)或多個(gè)包含選自SEQIDNO:1至SEQIDNO:1233和SEQIDNO1360和1361的核酸分子的玉米植物。內(nèi)州萎蔫病抗性本發(fā)明提供位于玉米基因組中的公共圖位中的內(nèi)州萎蔫病抗性基因座，它們以前沒有與內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)聯(lián)。本發(fā)明提供位于玉米基因組中的公共圖位中的130個(gè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座，它們以前沒有與內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)聯(lián)。通過將玉米染色體區(qū)域分為IOcM的窗口分配QTL。總共鑒定了131個(gè)QTL，其中130個(gè)以前沒有報(bào)道過。也提供了用于監(jiān)測(cè)131個(gè)與內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)的QTL的滲入的SNP標(biāo)記。在本發(fā)明中，內(nèi)州萎蔫病抗性基因座1-53和55-131在以前沒有與內(nèi)州萎蔫病相關(guān)，并且在此提供。也提供了用于監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性的滲入的SNP標(biāo)記。在本發(fā)明中，內(nèi)州萎蔫病抗性基因座1,2,3,4,5,6,7,8,9,10，11，12，13，14，15，16，17，18，19和20位于染色體1上。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座1的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO13和1274的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座2的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1234和19的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座3的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO27和24的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座4的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDN0:36。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座5的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO50和53的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座6的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDN0:90。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座7的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO-M,95,97,1235，1236,99,101，102，1237，106，1238，110，111和1239的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座8的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:1240，119，121，122和124的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座9的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO128，130，131和132的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座10的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:136，138和1275的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座11的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:141。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座12的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:146。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座13的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:153，1241，159，160，162和158的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座14的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:164，166，169和172的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座15的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO175和177的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座16的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1242和186的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座17的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:200。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座18的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO202和203的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座19的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO207和208的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座20的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO1243.在本發(fā)明中，內(nèi)州萎蔫病抗性基因座21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33,34,35和129位于染色體2上。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座21的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDN0:215。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座22的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:216，1244，220，218和1229的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座23的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDN0:224的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座24的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO=228,231和1276的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座25的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:232，233，234，235和236的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座26的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO244,248和1277的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座27的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:250，252，256，257，260，1295和1278的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座28的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:265，266和267的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座29的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:271，273，1245，274，278，279，282，287，289和272的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座30的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO=294,295,296和299的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座31的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO=1246,317和320的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座32的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:332，333和334的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座33的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:337。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座34的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO347。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座35的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:355。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座129的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:1294。在本發(fā)明中，內(nèi)州萎蔫病抗性基因座36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，122和123位于染色體3上。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座36的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO362和363的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座37的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:1247。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座38的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:366。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座39的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:367，368和1279的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座40的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO370和371的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座41的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO=381,382,392和395的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座42的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:409，411和412的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座43的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO=419,422,423和1280的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座44的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO=429,430,433和1281的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座45的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO=438,440,1248和447的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座46的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:1249。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座47的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:474，476，479，480和482的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座48的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO486的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座49的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO490。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座50的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:493。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座122的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO375和1296的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座123的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO401和408的SNP標(biāo)記。在本發(fā)明中，內(nèi)州萎蔫病抗性基因座51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，124，125和126位于染色體4上。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座51的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDN0:500。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座52的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO=1250,525和530的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座53的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:533。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座54的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO556和566的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座55的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:582，585，1251和1283的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座56的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO589和587的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座57的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:593，594和599的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座58的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:611，1297，1298和1284的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座59的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1252，618，621和623的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座60的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:630，632，637，639和629的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座61的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:646，649和650的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座124的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:498。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座125的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:1282。在本發(fā)明中，內(nèi)州萎蔫病抗性基因座62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75和130位于染色體5上。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座62的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDN0:657。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座63的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:665，1286和1299的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座64的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDN0:669。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座65的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1253的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座66的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:678，1254和1255的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座67的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:679，688和690的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座68的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1256，704，709和1300的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座69的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:710，717，719，720，1257和721的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座70的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:726，727和1258的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座71的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO733和734的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座72的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO746和744的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座73的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO758和760的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座74的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:764，768和1287的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座75的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:773。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座130的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:1301。在本發(fā)明中，內(nèi)州萎蔫病抗性基因座76，77，78，79，80，81，82，83和84位于染色體6上。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座76的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO=1259,792，793和812的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座77的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO821和825的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座78的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:835，1260和844的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座79的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO=846,850和854的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座80的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:856，857和858的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座81的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:1261。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座82的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:874。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座83的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:876，880和882的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座84的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:885。在本發(fā)明中，內(nèi)州萎蔫病抗性基因座85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96，97和127位于染色體7上。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座85的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDN0:893。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座86的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO897和896的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座87的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO1262.用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座88的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO915，926和1288的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座89的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO940和942的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座90的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO949和951的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座91的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO957和963的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座92的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:964禾口1289的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座93的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO974和976的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座94的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:1263。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座95的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO981和1291的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座96的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO983和990的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座127的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:1290。在本發(fā)明中，內(nèi)州萎蔫病抗性基因座97，98，99，100，101，102，103和131位于染色體8上。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座97的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:997，999和1000的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座98的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1016和1264的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座99的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:1027，1265和1303的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座100的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO1043。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座101的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:1049。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座102的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:1056。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座103的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:1075o用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座131的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:1015。在本發(fā)明中，內(nèi)州萎蔫病抗性基因座104，105，106，107，108，109，110，111，112，113，114和115位于染色體9上。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座104的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1266和1081的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座105的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:1087。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座106的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO10880用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座107的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:1098。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座108的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1099，1100，1104，1105，1108，1110和1292的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座109的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1267和1115的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座Iio的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1122，1268，1131和1133的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座111的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:1269和1142的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座112的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:1143，1145，1146，1148和1149的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座113的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDN0:1270。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座114的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO1159。在本發(fā)明中，內(nèi)州萎蔫病抗性基因座115，116，117，118，119，120，121和122位于染色體10上。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座115的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO1168。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座116的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:1174。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座117的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO:1271，1184和1186的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座118的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1272和1196的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座119的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO1204.用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座120的滲入的SNP標(biāo)記包括選自SEQIDNO1212和1215的SNP標(biāo)記。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座121的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDN0:1273。用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座128的滲入的SNP標(biāo)記包括SEQIDNO:1293ο表12、13和14中提供了用于篩查內(nèi)州萎蔫病抗性基因座的示例性標(biāo)記分析。說明性的內(nèi)州萎蔫病抗性基因座87SNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO:896可以使用如SEQIDNO:1332至1333所示的引物擴(kuò)增，并且使用如SEQIDNO:1334至1335所示的探針檢測(cè)。說明性的內(nèi)州萎蔫病抗性基因座9ISNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO951可以使用如SEQIDNO1336至1337所示的引物擴(kuò)增，并且使用如SEQIDNO1338至1339所示的探針檢測(cè)。說明性的內(nèi)州萎蔫病抗性基因座72SNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO:733可以使用如SEQIDNO:1340至1341所示的引物擴(kuò)增，并且使用如SEQIDNO:1342至1343所示的探針檢測(cè)。說明性的內(nèi)州萎蔫病抗性基因座109SNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO:1098可以使用如SEQIDNO1344至1345所示的引物擴(kuò)增，并且使用如SEQIDNO:1346至1347所示的探針檢測(cè)。用于內(nèi)州萎蔫病抗性基因座87SNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO896的說明性寡核苷酸雜交探針作為SEQIDN0:1348和SEQIDNO1349提供。用于內(nèi)州萎蔫病抗性基因座91SNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO:951的說明性寡核苷酸雜交探針作為SEQIDN0:1350和SEQIDNO1351提供。用于內(nèi)州萎蔫病抗性基因座72SNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO:733的說明性寡核苷酸雜交探針作為SEQIDN0:1352和SEQIDNO1353提供。用于內(nèi)州萎蔫病抗性基因座109SNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO1098的說明性寡核苷酸雜交探針作為SEQIDNO1354和SEQIDNO1355提供。用于內(nèi)州萎蔫病抗性基因座87SNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO896的單堿基延伸分析的說明性探針作為SEQIDN0:1356提供。用于內(nèi)州萎蔫病抗性基因座9ISNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO:951的單堿基延伸分析的說明性探針作為SEQIDNO1357提供。用于內(nèi)州萎蔫病抗性基因座72SNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO:733的單堿基延伸分析的說明性探針作為SEQIDN0:1358提供。用于內(nèi)州萎蔫病抗性基因座109SNP標(biāo)記DNA序列SEQIDNO1098的單堿基延伸分析的說明性探針作為SEQIDNO1359提供。如本文使用的內(nèi)州萎蔫病是指任何內(nèi)州萎蔫病變種或分離種。本發(fā)明的玉米植物可能對(duì)一種或多種能夠引起或誘導(dǎo)內(nèi)州萎蔫病的細(xì)菌具有抗性。一方面，本發(fā)明提供內(nèi)州萎蔫病抗性植物以及根據(jù)對(duì)棒形桿菌屬(Clavibacter)引起的內(nèi)州萎蔫病的抗性或敏感性篩查玉米植物的方法和組合物。在一個(gè)優(yōu)選方面，本發(fā)明提供根據(jù)對(duì)密執(zhí)安棒形桿菌的抗性或敏感性篩查玉米植物的方法和組合物。一方面，植物選自玉米屬。另一方面，植物選自玉米(Zeamays)種。在進(jìn)一步的方面，植物選自亞種ZeamaysL.ssp.mays。另一方面，植物選自ZeamaysL.subsp.maysIndentata組，也被稱為馬齒型玉米。另一方面，植物選自ZeamaysL.subsp.maysIndur￡it￡i，Ι^Ι^^ΜΞ。一力11，iS.ife_ZeamaysL.subsp.maysSaccharata組，也被稱為甜玉米。另一方面，植物選自ZeamaysL.subsp.maysAmylacea組，也被稱為面粉玉米。在進(jìn)一步的方面，植物選自ZeamaysL.subsp.maysEverta組，也被稱為爆粒玉米。玉米植物包括雜種、近交系、部分近交系或或確定的或未確定的群體的成員。本發(fā)明的植物可以是具有非常高的抗性、抗性、基本抗性、中度抗性、相當(dāng)抗性、部分抗性、中度敏感或敏感的玉米植物。在一個(gè)優(yōu)選方面，本發(fā)明提供了將要通過任何方法測(cè)定其對(duì)內(nèi)州萎蔫病的抗性或敏感性的玉米植物，以確定玉米植物是否具有非常高的抗性、抗性、基本抗性、中度抗性、相當(dāng)?shù)目剐浴⒉糠挚剐?、中度敏感性或敏感性。?nèi)州萎蔫病的基因型分型基于目視篩查植物，以確定感染的葉面積的百分比。感染的葉面積的百分比用來將植物評(píng)定為從1(非常高的抗性)到9(敏感的)的等級(jí)。本發(fā)明的抗病性QTL可以被引入優(yōu)良玉米近交系中。另一方面，玉米植物可以顯示與非抗性對(duì)照玉米植物相當(dāng)?shù)目剐?。在該方面，除了一個(gè)或多個(gè)所述內(nèi)州萎蔫病抗性等位基因以外，對(duì)照玉米植物優(yōu)選地是遺傳相似的。這些植物可以在相同或接近相同地接觸病原體的相似條件下生長。在該方面，一個(gè)或多個(gè)抗性植物有少于25%、15%、10%、5%、2%或的葉面積被感染。本發(fā)明的抗病性QTL可以被引入優(yōu)良玉米近交系中?！皟?yōu)良株系”是通過針對(duì)優(yōu)異的農(nóng)藝學(xué)表現(xiàn)進(jìn)行育種和選擇而產(chǎn)生的任何株系。本發(fā)明的內(nèi)州萎蔫病抗性QTL也可以被引入包含一種或多種轉(zhuǎn)基因的優(yōu)良玉米植物中，該轉(zhuǎn)基因賦予除草劑耐受性、產(chǎn)量增加、昆蟲控制、真菌病抗性、病毒抗性、線蟲抗性、細(xì)菌病抗性、支原體病抗性、油產(chǎn)生改變、高產(chǎn)油量、高蛋白質(zhì)產(chǎn)量、發(fā)芽和幼苗生長的控制、動(dòng)物和人類營養(yǎng)增強(qiáng)、低棉子糖、環(huán)境應(yīng)激抗性、可消化性提高、工業(yè)酶、藥用蛋白質(zhì)、肽和小分子、加工性狀改善、風(fēng)味改善、固氮、雜種種子的產(chǎn)生、變應(yīng)原性降低、生物聚合物和生物燃料等。一方面，除草劑耐受性選自草甘膦、麥草畏、草丁膦、磺脲、溴苯腈和達(dá)草滅除草劑。這些性狀可通過植物生物技術(shù)方法在玉米中作為轉(zhuǎn)基因提供。一種或多種抗病性QTL等位基因可以從任何包含該等位基因的植物(供體)引入到任何接受體玉米植物中。一方面，接受體玉米植物可以包含另外的內(nèi)州萎蔫病抗性基因座。另一方面，接受體玉米植物可以包含轉(zhuǎn)基因。另一方面，在保持引入的QTL的同時(shí)，可以通過回交或其它合適的方法來減少提供抗病性QTL的植物的遺傳貢獻(xiàn)。一方面，玉米植物中來自供體材料的核遺傳物質(zhì)可能少于或是大約50%、少于或是大約25%、少于或是大約13%、少于或是大約5%、3%、2%或1%，但該遺傳物質(zhì)包含一個(gè)或多個(gè)目的內(nèi)州萎蔫病抗性基因座。進(jìn)一步可以理解，本發(fā)明的玉米植物可能顯示任何相對(duì)成熟組的特征。一方面，成熟組選自RM90-95、RM95-100、RM100-105、RM105-110、RM110-115和RM115-120。本發(fā)明還包括一種將等位基因引入玉米植物中的方法，包括(A)使至少一個(gè)內(nèi)州萎蔫病抗性玉米植物與至少一個(gè)內(nèi)州萎蔫病敏感性玉米植物雜交，以形成分離群體，(B)用一種或多種核酸標(biāo)記篩查所述分離群體，以確定來自所述分離群體的一個(gè)或多個(gè)玉米植物是否含有內(nèi)州萎蔫病抗性基因座，其中所述內(nèi)州萎蔫病抗性基因座是選自內(nèi)州萎蔫病抗性基因座1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96，97，98，99，100，101，102，103，104，105，106，107，108，109，110，111，112，113，114，115，116，117，118，119，120，121，122，132，124，125，126，127，128，129，130和內(nèi)州萎蔫病抗性基因座131的等位基因。本發(fā)明包括分離的核酸分子。這些分子包括那些能夠檢測(cè)與內(nèi)州萎蔫病基因座遺傳或物理連鎖的多態(tài)性的核酸分子。這些分子可以被稱為標(biāo)記。通過現(xiàn)有技術(shù)可以獲得與內(nèi)州萎蔫病抗性基因座1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96，97,98,99,100，101，102，103，104，105，106，107，108，109，110，111，112，113，114，115，116，117，118，119，120，121，122，123，124，125，126，127，128，129，130和內(nèi)州萎蔫病抗性基因座131連鎖的另外的標(biāo)記。一方面，核酸分子能夠檢測(cè)是否存在位于距離內(nèi)州萎蔫病抗性基因座小于30、20、10、5、2或1厘摩的標(biāo)記。在另一方面，使用QgeneVersion2.23(1996)和缺省參數(shù)測(cè)定，標(biāo)記顯示對(duì)于內(nèi)州萎蔫病的LOD得分為2或更高、3或更高或者4或更高。另一方面，核酸分子能夠檢測(cè)選自內(nèi)州萎蔫病抗性基因座1至抗性基因座131的基因座中的標(biāo)記。在另一方面，核酸分子選自SEQIDNO:13，19，24，27，36，50，53，90，94，95,97,99,101，102，106，110，111，119，121，122，124，128，130-132，136，138，141，146，153，158-160，162，164，166，169，172，175，177，186，200，202，203，207，208，215，216，218，220，224，228，231-236，244，248，250，252，256，257，260，265-267，271-274，278，279，282，287，289，294-296，299，317，320，332-334，337，347，355，362，363，366-368，370，371，375，381，382，392，395，401，408，409，411，412，422，423，429，430，433，438，440，447，474，476，479，480，482，486，490，493，498，500，525，530，533，556，566，582，585，587，589，593，594，599，611，618，621，623，629，630，632，637，639，646，649，650，657，665，669，678，679，688，690，704，709，710，717，719-721，726，727，733，734，744，746，758，760，764，768，773，792，793，812，821，825，835，844，846，850，854，856-858，874，876，880，882，885，893，896，897，915，926，940，942，949，951，957，963，964，974，976，981，983，990，997，999，1000，1015，1016，1027，1043，1049，1053，1054，1056，1075，1081，1087，1088，1098-1100，1104，1105，1108，1110，1115，1122，1131，1133，1142，1143，1145，1146，1148，1149，1159，1168，1174，1184，1186，1196，1204，1212，1215，1229，1234-1303，1332-1359、其片段、其互補(bǔ)分子及能夠特異性地與這些核酸分子中的一個(gè)或多個(gè)雜交的核酸分子。在優(yōu)選的一方面，本發(fā)明的核酸分子包括那些在中度嚴(yán)格條件(例如，大約.2.OxSSC和大約65°C)下與SEQIDNO:13，19，24，27，36，50，53，90，94，95，97，99，101，102，106，110，111，119，121，122，124，128，130-132，136，138，141，146，153，158-160，162，164，166，169，172，175，177，186，200，202，203，207，208，215，216，218，220，224，228，231-236，244，248，250，252，256，257，260，265-267，271-274，278，279，282，287，289，294-296，299，317，320，332-334，337，347，355，362，363，366-368，370，371，375，381，382，392，395,401,408，409，411，412，422，423，429，430，433，438，440，447，474，476，479，480，482，486，490，493，498，500，525，530，533，556，566，582，585，587，589，593，594，599，611，618，621，623，629，630，632，637，639，646，649，650，657，665，669，678，679，688，690，704，709，710，717，719-721，726，727，733，734，744，746，758，760，764，768，773，792，793，812，821，825，835，844，846，850，854，856-858，874，876，880，882，885，893，896，897，915，926，940，942，949，951，957，963，964，974，976，981，983，990，997，999，1000，1015，1016，1027，1043，1049，1053，1054，1056，1075，1081，1087，1088，1098-1100，1104，1105，1108，1110，1115，1122，1131，1133，1142，1143，1145，1146，1148，1149，1159，1168，1174，1184，1186，1196，1204，1212，1215，1229，1234-1303，1332-1359所示的一個(gè)或多個(gè)核酸分子或其互補(bǔ)分子或其中任一個(gè)的片段特異性雜交的核酸分子。在特別優(yōu)選的一方面，本發(fā)明的核酸在高嚴(yán)格條件下與SEQIDNO:13，19，24，27，36，50，53，90，94，95，97，99，101，102，106，110，111，119，121，122，124，128，130-132，136，138，141，146，153，158-160，162，164，166，169，172，175，177，186，200，202，203，207，208，215，216，218，220，224，228，231-236，244，248，250，252，256，257，260，265-267，271-274，278，279，282，287，289，294-296，299，317，320，332-334，337，347，355，362，363，366-368，370，371，375，381，382，392，395，401，408，409，411，412，422，423，429，430，433，438，440，447，474，476，479，480，482，486，490，493，498，500，525，530，533，556，566，582，585，587，589，593，594，599，611，618，621，623，629，630，632，637，639，646，649，650，657，665，669，678，679，688，690，704，709，710，717，719-721，726，727，733，734，744，746，758，760，764，768，773，792，793，812，821，825，835，844，846，850，854，856-858，874，876，880，882，885，893，896，897，915，926，940，942，949，951，957，963，964，974，976，981，983，990，997，999，1000，1015，1016，1027，1043，1049，1053，1054，1056，1075，1081，1087，1088，1098-1100，1104，1105，1108，1110，1115，1122，1131，1133，1142，1143，1145，1146，1148，1149，1159，1168，1174，1184，1186，1196，1204，1212，1215，1229，1234-1303，1332-1359所示的一個(gè)或多個(gè)核酸分子或互補(bǔ)分子或其中任一個(gè)的片段特異性雜交。在本發(fā)明的一方面，本發(fā)明的優(yōu)選的標(biāo)記核酸分子具有SEQIDNO=13,19,24,27，36，50，53，90，94，95，97，99，101，102，106，110，111，119，121，122，124，128，130-132，136，138，141，146，153，158-160，162，164，166，169，172，175，177，186，200，202，203，207，208，215，216，218，220，224，228，231-236，244，248，250，252，256，257，260，265-267，271-274，278，279，282，287，289，294-296，299，317，320，332-334，337，347，355，362，363，366-368，370，371，375，381，382，392，395，401，408，409，411，412，422，423，429，430，433，438，440，447，474，476，479，480，482，486，490，493，498，500，525，530，533，556，566，582，585，587，589，593，594，599，611，618，621，623，629，630，632，637，639，646，649，650，657，665，669，678，679，688，690，704，709，710，717，719-721，726，727，733，734，744，746，758，760，764，768，773，792，793，812，821，825，835，844，846，850，854，856-858，874，876，880，882，885，893，896，897，915，926，940，942，949，951，957，963，964，974，976，981，983，990，997,999，1000，1015，1016，1027，1043，1049，1053，1054，1056，1075，1081，1087，1088，1098-1100，1104，1105，1108，1110，1115，1122，1131，1133，1142，1143，1145，1146，1148，1149，1159，1168，1174，1184，1186，1196，1204，1212，1215，1229，1234-1303，1332-1359所示的核酸序列或其互補(bǔ)序列或其中任一個(gè)的片段。在本發(fā)明的另一方面，本發(fā)明的優(yōu)選的標(biāo)記核酸分子與SEQIDNO=13,19,24,27,36,50,53,90,94,95,97,99,101,102,106，110，111，119，121，122，124，128，130-132，136，138，141，146，153，158-160，162，164，166，169，172，175，177，186，200，202，203，207，208，215，216，218，220，224，228，231-236，244，248，250，252，256，257，260，265-267，271-274，278，279，282，287，289，294-296，299，317，320，332-334，337，347，355，362，363，366-368，370，371，375，381，382，392，395，401，408，409，411，412，422，423，429，430，433，438，440，447，474，476，479，480，482，486，490，493，498，500，525，530，533，556，566，582，585，587，589，593，594，599，611，618，621，623，629，630，632，637，639，646，649，650，657，665，669，678，679，688，690，704，709，710，717，719-721，726，727，733，734，744，746，758，760，764，768，773，792，793，812，821，825，835，844，846，850，854，856-858，874，876，880，882，885，893，896，897，915，926，940，942，949，951，957，963，964，974，976，981，983，990，997，999，1000，1015，1016，1027，1043，1049，1053，1054，1056，1075，1081，1087，1088，1098-1100，1104，1105，1108，1110，1115，1122，1131，1133，1142，1143，1145，1146，1148，1149，1159，1168，1174，1184，1186，1196，1204，1212，1215，1229，1234-1303，1332-1359所示的核酸序列或其互補(bǔ)序列或其中任一個(gè)的片段共有80%-100%或90%-100%的序列同一性。在本發(fā)明的進(jìn)一步的一方面，本發(fā)明的優(yōu)選的標(biāo)記核酸分子與SEQIDNO=13,19,24,27,36,50,53,90,94,95,97,99,101,102,106，110，111，119，121，122，124，128，130-132，136，138，141，146，153，158-160，162，164，166，169，172，175，177，186，200，202，203，207，208，215，216，218，220，224，228，231-236，244，248，250，252，256，257，260，265-267，271-274，278，279，282，287，289，294-296，299，317，320，332-334，337，347，355，362，363，366-368，370，371，375，381，382，392，395,401,408，409，411，412，422，423，429，430，433，438，440，447，474，476，479，480，482，486，490，493，498，500，525，530，533，556，566，582，585，587，589，593，594，599，611，618，621，623，629，630，632，637，639，646，649，650，657，665，669，678，679，688，690，704，709，710，717，719-721，726，727，733，734，744，746，758，760，764，768，773，792，793，812，821，825，835，844，846，850，854，856-858，874，876，880，882，885，893，896，897，915，926，940，942，949，951，957，963，964，974，976，981，983，990，997，999，1000，1015，1016，1027，1043，1049，1053，1054，1056，1075，1081，1087，1088，1098-1100，1104，1105，1108，1110，1115，1122，1131，1133，1142，1143，1145，1146，1148，1149，1159，1168，1174，1184，1186，1196，1204，1212，1215，1229，1234-1303，1332-1359所示的核酸序列或其互補(bǔ)序列或其中任一個(gè)的片段共有95%-100%的序列同一性。在本發(fā)明的更優(yōu)選的一方面，本發(fā)明的優(yōu)選的標(biāo)記核酸分子與SEQIDNO:13，19，24，27，36，50，53，90，94，95，97，99，101，102，106，110，111，119，121，122，124，128，130-132，136，138，141，146，153，158-160，162，164，166，169，172，175，177，186，200，202，203，207，208，215，216，218，220，224，228，231-236，244，248，250，252，256，257，260，265-267，271-274，278，279，282，287，289，294-296，299，317，320，332-334，337，347，355，362，363，366-368，370，371，375，381，382，392，395，401，408，409，411，412，422，423，429，430，433，438，440，447，474，476，479，480，482，486，490，493，498，500，525，530，533，556，566，582，585，587，589，593，594，599，611，618，621，623，629，630，632，637，639，646，649，650，657，665，669，678，679，688，690，704，709，710，717，719-721，726，727，733，734，744，746，758，760，764，768，773，792，793，812，821，825，835，844，846，850，854，856-858，874，876，880，882，885，893，896，897，915，926，940，942，949，951，957，963,964,974,976,981,983,990,997,999,1000，1015，1016，1027，1043，1049，1053，1054，1056，1075，1081，1087，1088，1098-1100，1104，1105，1108，1110，1115，1122，1131，1133，1142，1143，1145，1146，1148，1149，1159，1168，1174，1184，1186，1196，1204，1212，1215，1229，1234-1303，1332-1359所示的核酸序列或其互補(bǔ)序列或其中任一個(gè)的片段共有98%-100%的序列同一性。核酸分子或其片段在某些情況下能夠與其它核酸分子特異性雜交。如本文所用，如果兩個(gè)核酸分子能夠形成反平行雙鏈核酸結(jié)構(gòu)，那么這兩個(gè)分子能夠彼此特異性地雜交。如果一個(gè)核酸分子與另一核酸分子表現(xiàn)出完全的互補(bǔ)性，則它們“互補(bǔ)”。如本文所用，當(dāng)一個(gè)分子的每個(gè)核苷酸都與另一分子的核苷酸互補(bǔ)時(shí)，這兩個(gè)分子顯示“完全互補(bǔ)”。如果兩個(gè)分子在至少常規(guī)的“低嚴(yán)格”的條件下能互相雜交，具有足夠的穩(wěn)定性，從而允許它們保持彼此退火，那么這兩個(gè)分子是“最低限度互補(bǔ)的”。類似地，如果兩個(gè)分子在常規(guī)的“高嚴(yán)格”的條件下能互相雜交，具有足夠的穩(wěn)定性，從而允許它們保持彼此退火，那么這兩個(gè)分子是“互補(bǔ)的”°Sambrook等人，In:MolecularCloning,ALaboratoryManual,2ndEdition,ColdSpringHarborPress,ColdSpringHarbor,NewYork(1989)與Haymes等人’In:NucleicAcidHybridization,APracticalApproach,IRLPress,Washington,DC(1985)描述了常規(guī)的嚴(yán)格條件。因而偏離完全互補(bǔ)性是允許的，只要這種偏離沒有完全消除該分子形成雙鏈結(jié)構(gòu)的能力。為了使核酸分子作為引物或探針，只需要在序列上充分互補(bǔ)，以在所采用的特定的溶劑和鹽濃度下能夠形成穩(wěn)定的雙鏈結(jié)構(gòu)。如本文所用，基本上同源的序列是在高嚴(yán)格條件下與所比較的核酸序列的互補(bǔ)序列特異性雜交的核酸序列。本發(fā)明的核酸探針和引物可以在嚴(yán)格條件下與靶DNA序列雜交。術(shù)語“嚴(yán)格的雜交條件”是指在該條件下，探針或引物特異性地與靶序列雜交且不與非靶序列雜交，這可以根據(jù)經(jīng)驗(yàn)確定。術(shù)語“嚴(yán)格的條件”是功能上的定義，涉及通過Sambrook等人，1989，9.52-9.55所述的具體的雜交程序，核酸探針與靶核酸(即，與目的特定核酸序列)的雜交。也參見Sambrook等人，19899.47-9.52，9.56-9.58;Kanehisa1984Nucl.AcidsRes.12:203_213；Wetmur等人1968J.Mol.Biol.31:349_370。促進(jìn)DNA雜交的合適的嚴(yán)格條件是，例如，大約45°C、6.Ox氯化鈉/檸檬酸鈉(SSC)，接著50°C、2.OxSSC洗滌，這是本領(lǐng)域的技術(shù)人員已知的，或可以在CurrentProtocolsinMolecularBiology,JohnWiley&Sons,N.Y.，1989,6.3.1-6.3.6中找到。例如，洗滌步驟中的鹽濃度可以從大約2.0xSSC、50°C的低嚴(yán)格條件到大約0.2xSSC、50°C的高嚴(yán)格條件中選擇。另外，洗滌步驟中的溫度可以從低嚴(yán)格條件的室溫大約22°C增加到高嚴(yán)格條件的大約65°C。溫度和鹽都可以變化，或者，溫度或鹽濃度可以保持不變，而另一個(gè)變量發(fā)生變化。例如，可以在高嚴(yán)格條件下，在65°C和6xSSC、0.5%SDS、5xDenhardt，sUOOyg/mL非特異性DNA(例如，超聲處理的鮭精DNA)下，經(jīng)0.5xSSC、0.5%SDS在65°C下洗滌，進(jìn)行利用DNA或RNA探針或引物的雜交。本發(fā)明考慮如果保持探針或引物與靶序列結(jié)合的特異性，可以使用較低的嚴(yán)格雜交條件，如較低的雜交和/或洗滌溫度，來確認(rèn)具有較低的序列相似性的相關(guān)的序列。因此，本發(fā)明的核苷酸序列可用于選擇性地與DNA、RNA或cDNA片段的互補(bǔ)延伸形成雙鏈分子的能力。核酸分子片段可以是任何大小的片段，且示例性的片段包括如下所示的核酸序列及其互補(bǔ)序列的片段:SEQIDNO=13,19,24,27,36,50,53,90,94,95,97,99,101,102,106，110，111，119，121，122，124，128，130-132，136，138，141，146，153，158-160，162，164，166，169，172，175，177，186，200，202，203，207，208，215，216，218，220，224，228，231-236，244，248，250，252，256，257，260，265-267，271-274，278，279，282，287，289，294-296，299，317，320，332-334，337，347，355，362，363，366-368，370，371，375，381，382，392，395，401，408，409，411，412，422，423，429，430，433，438，440，447，474，476，479，480，482，486，490，493，498，500，525，530，533，556，566，582，585，587，589，593，594，599，611，618，621，623，629，630，632，637，639，646，649，650，657，665，669，678，679，688，690，704，709，710，717，719-721，726，727，733，734，744，746，758，760，764，768，773，792，793，812，821，825，835，844，846，850，854，856-858，874，876，880，882，885，893，896，897，915，926，940，942，949，951，957，963，964，974，976，981，983，990，997，999，1000，1015，1016，1027，1043，1049，1053，1054，1056，1075，1081，1087，1088，1098-1100，1104，1105，1108，1110，1115，1122，1131，1133，1142，1143，1145，1146，1148，1149，1159，1168，1174，1184，1186，1196，1204，1212，1215，1229,1234-1303,1332-1359。一方面，片段可以是15-25、15-30、15-40、15-50、15-100、20-25、20-30、20-40、20-50、20-100、25-30、25-40、25-50、25-100、30-40、30-50及30-100。另一方面，片段可以是大于10、15、20、25、30、35、40、50、100或250個(gè)核苷酸。另外的遺傳標(biāo)記可以用來選擇具有與本發(fā)明的GLS的真菌病抗性相關(guān)的QTL等位基因的植物。公共標(biāo)記數(shù)據(jù)庫的例子包括，例如，玉米基因組數(shù)據(jù)庫，美國農(nóng)業(yè)部的農(nóng)業(yè)研究局(AgriculturalResearchService,UnitedStatesDepartmentofAgriculture)。標(biāo)記技術(shù)本發(fā)明的遺傳標(biāo)記包括“顯性”或“共顯性”標(biāo)記。“共顯性標(biāo)記”揭示了存在兩個(gè)或更多個(gè)等位基因(每個(gè)二倍體個(gè)體有兩個(gè))。“顯性標(biāo)記”揭示了僅存在一個(gè)等位基因。顯性標(biāo)記表型的存在(例如DNA帶)指示一個(gè)等位基因在純合或雜合條件下存在。不存在顯性標(biāo)記表型(例如不存在DNA帶)僅證明了存在“某些其它”未限定的等位基因。在其中個(gè)體主要為純合的且基因座主要為二態(tài)性的群體中，顯性和共顯性標(biāo)記可以具有相同的價(jià)值。當(dāng)群體變得更加雜合和多等位基因時(shí)，共顯性標(biāo)記通常比顯性標(biāo)記更能提供關(guān)于基因型的信息。在另一實(shí)施方案中，可以使用與本發(fā)明的QTL的等位基因遺傳連鎖或相關(guān)的標(biāo)記，例如單序列重復(fù)標(biāo)記(SSR)、AFLP標(biāo)記、RFLP標(biāo)記、RAPD標(biāo)記、表型標(biāo)記、同工酶標(biāo)記、單核苷酸多態(tài)性(SNP)、插入或缺失(Indel)、單特征多態(tài)性(SFP，例如，如Borevitz等人2003Gen.Res.13:513_523所述)、微陣列轉(zhuǎn)錄譜、DNA衍生序列和RNA衍生序列。在一個(gè)實(shí)施方案中，用于判斷是否存在遺傳多態(tài)性的基于核酸的分析可用于在育種群體中選擇種子。用于分析遺傳多態(tài)性的多種遺傳標(biāo)記是可獲得的，也是本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的。該分析可用于選擇包含遺傳標(biāo)記或與遺傳標(biāo)記連鎖的基因、QTL、等位基因或基因組區(qū)域(單元型)。在此，核酸分析方法是本領(lǐng)域已知的，包括但不限于基于PCR的檢測(cè)方法(例如TaqMan分析)、微陣列方法和核酸測(cè)序方法。在一個(gè)實(shí)施方案中，使用核酸擴(kuò)增方法可有利于DNA、RNA或cDNA樣品中多態(tài)性位點(diǎn)的檢測(cè)。這些方法特異性地增加了橫跨多態(tài)性位點(diǎn)或者包括該位點(diǎn)和位于其遠(yuǎn)側(cè)或近側(cè)的序列的多核苷酸的濃度。這些擴(kuò)增的分子可以很容易地通過凝膠電泳、熒光檢測(cè)方法或其它方式進(jìn)行檢測(cè)。實(shí)現(xiàn)這種擴(kuò)增的方法利用了聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)(Mullis等人1986ColdSpringHarborSymp.Quant.Biol.51:263_273；歐洲專利50，424；歐洲專利84，796；歐洲專利258，017；歐洲專利237，362；歐洲專利201，184；美國專利4，683，202；美國專利4，582，788；和美國專利4，683，194)，使用能夠與以其雙鏈形式限定多態(tài)性的近側(cè)序列雜交的引物對(duì)。DNA序列中的多態(tài)性可通過多種本領(lǐng)域公知的有效方法進(jìn)行檢測(cè)或分型，這些方法包括但不限于美國專利5，468，613和5，217，863；5，210，015；5，876，930；6，030，787；6，004，744；6，013，431；5，595，890；5，762，876；5，945，283；5，468，613；6，090，558；5，800，944；和5，616，464中公開的那些方法，這些專利全部在此引入作為參考。但是，本發(fā)明的組合物和方法可與任何多態(tài)性分型方法一起使用，以對(duì)玉米基因組DNA樣品中的多態(tài)性進(jìn)行分型。這些使用的玉米基因組DNA樣品包括但不限于直接從玉米植物中分離的玉米基因組DNA、克隆的玉米基因組DNA或擴(kuò)增的玉米基因組DNA。例如，DNA序列中的多態(tài)性可通過與如美國專利5，468，613和5，217，863中所公開的等位基因特異性寡核苷酸(ASO)探針雜交進(jìn)行檢測(cè)。美國專利5，468，613公開了等位基因特異性寡核苷酸雜交，其中核酸序列中的單個(gè)或多個(gè)核苷酸變異可通過一方法在核酸中進(jìn)行檢測(cè)，在該方法中，擴(kuò)增含有所述核苷酸變異的序列，點(diǎn)樣在膜上，并使用標(biāo)記的序列特異性寡核苷酸探針進(jìn)行處理。還可以使用美國專利5，800,944中公開的探針連接方法來檢測(cè)目標(biāo)核酸序列，其中，擴(kuò)增目的序列，與探針進(jìn)行雜交，然后再進(jìn)行連接，以檢測(cè)探針的標(biāo)記部分。微陣列也可用于多態(tài)性檢測(cè)，其中寡核苷酸探針組以重疊的方式裝配以代表單序列，這樣目標(biāo)序列在某一點(diǎn)上的差異將會(huì)導(dǎo)致部分探針雜交(Borevitz等人，GenomeRes.13513-523(2003)；Cui等人，Bioinformatics21:3852-3858(2005))。在任何一個(gè)微陣列上，預(yù)期將會(huì)存在多個(gè)目標(biāo)序列，這些目標(biāo)序列可以代表基因和/或非編碼區(qū)，其中各個(gè)目標(biāo)序列由一系列重疊的寡核苷酸而不是單個(gè)探針表示。這一平臺(tái)可以高通量篩選多種多態(tài)性。單特征多態(tài)性(SFP)為由寡核苷酸陣列上的單個(gè)探針檢測(cè)到的多態(tài)性，其中特征為陣列上的探針。通過基于微陣列的方法的目標(biāo)序列分型在美國專利6，799，122、6，913，879和6，996，476中公開。還可以使用美國專利5，616，464中公開的探針連接方法來檢測(cè)目標(biāo)核酸序列，該方法使用至少一對(duì)探針，該探針具有與目標(biāo)核酸序列的鄰近部分同源的序列并且具有在所述探針與所述目標(biāo)核酸序列堿基配對(duì)時(shí)非共價(jià)結(jié)合以形成莖的側(cè)鏈。至少一個(gè)側(cè)鏈帶有能與莖上的其它側(cè)鏈成員形成共價(jià)交聯(lián)的光活化基團(tuán)。用于檢測(cè)SNP和Indel的其它方法包括單堿基延伸(SBE)方法。SBE方法的例子包括但不限于美國專利6，004，744,6,013，431,5,595，890,5,762，876和5，945，283中公開的那些方法。SBE方法是基于直接鄰近多態(tài)性的核苷酸引物的延伸，以在引物延伸時(shí)引入可檢測(cè)到的核苷酸殘基。在某些實(shí)施方案中，SBE方法使用3種合成的寡核苷酸。其中2種寡核苷酸作為PCR引物，并與玉米基因組DNA的基因座序列互補(bǔ)，該序列的側(cè)翼為包含待分析的多態(tài)性的區(qū)域。在包含該多態(tài)性的玉米基因組區(qū)域被擴(kuò)增之后，PCR產(chǎn)物與第三寡核苷酸(被稱為延伸引物)混合，該第三寡核苷酸被設(shè)計(jì)為在DNA聚合酶和兩個(gè)差異標(biāo)記的雙脫氧核苷三磷酸的存在下可與直接鄰近該多態(tài)性的擴(kuò)增DNA雜交。如果該多態(tài)性在模板上存在，標(biāo)記的雙脫氧核苷三磷酸中的一種可在單堿基鏈延伸中被添加到引物中。然后可以通過確定兩種差異標(biāo)記中的哪一種被加入到延伸引物上來推斷存在的等位基因。純合樣品將會(huì)造成兩個(gè)標(biāo)記的堿基中僅有一個(gè)被引入，因此將只會(huì)檢測(cè)到兩種標(biāo)記中的一種。雜合樣品存在兩個(gè)等位基因，因此將會(huì)引入兩種標(biāo)記(到延伸引物的不同分子中)，因此兩種標(biāo)記都會(huì)被檢測(cè)到。在檢測(cè)多態(tài)性的一種優(yōu)選方法中，SNP和Indel可通過美國專利5，210，015、5，876，930和6，030,787中公開的方法進(jìn)行檢測(cè)，其中寡核苷酸探針帶有共價(jià)連接到探針5’和3’末端的5’熒光報(bào)告染料和3’猝滅染料。當(dāng)探針完整時(shí)，報(bào)告染料接近猝滅染料抑制了報(bào)告染料的熒光，例如通過福斯特型能量轉(zhuǎn)移(Forster-typeenergytransfer)0在PCR過程中，正向和反向引物與位于多態(tài)性側(cè)翼的目標(biāo)DNA的特定序列雜交，而雜交探針與擴(kuò)增PCR產(chǎn)物內(nèi)含多態(tài)性的序列雜交。在后續(xù)的PCR循環(huán)中，具有5’一3’核酸外切酶活性的DNA聚合酶切割探針并將報(bào)告染料與猝滅染料分離，導(dǎo)致報(bào)告染料的熒光增強(qiáng)。標(biāo)記-性狀關(guān)聯(lián)為了QTL作圖，包括的標(biāo)記應(yīng)當(dāng)是來源特征性的，以對(duì)隨后的群體作出推斷。SNP標(biāo)記對(duì)于作圖是理想的，因?yàn)樘囟ǖ腟NP等位基因源自特定物種的現(xiàn)存群體中的獨(dú)立來源的可能性非常低。因此，SNP標(biāo)記可用于示蹤和協(xié)助QTL的滲入，特別是在單元型的情況下。可以通過基因作圖模型建立另外的標(biāo)記分子的遺傳連鎖，所述基因作圖模型例如，但不限于，Lander等人(Lander等人，Genetics,121185-199(1989))報(bào)道的側(cè)翼標(biāo)記模型，和區(qū)間作圖(intervalmapping)，其基于其中所述的最大似然法，并用軟件包MAPMAKER/QTL執(zhí)行(Lincoln禾口Lander,MappingGenesControllingQuantitativeTraitsUsingMAPMAKER/QTL,WhiteheadInstituteforBiomedicalResearch,Massachusetts,(1990))。另外的軟件包括Qgene，Version2.23(1996)，DepartmentofPlantBreedingandBiometry,266EmersonHall,CornellUniversity,Ithaca,NY。使用Qgene軟件是一種特別優(yōu)選的方法。計(jì)算存在標(biāo)記的最大似然估計(jì)值(MLE)，以及假設(shè)沒有QTL效應(yīng)的MLE，以避免假陽性。然后計(jì)算優(yōu)勢(shì)率的Iogltl(LOD)=LOD=Iogltl(存在QTL的MLE/假定沒有連鎖QTL的MLE)。LOD得分基本上指示，假定存在QTL，相對(duì)于不存在QTL，數(shù)據(jù)增大的可能性有多大。對(duì)于給定的置信度，比如95%，為了避免假陽性的LOD閾值取決于標(biāo)記的數(shù)量和基因組的長度。Lander等人(1989)說明了顯示LOD閾值的曲線圖，且Artis和Moreno-Gonzcilez，PlantBreeding,Hayward,Bosemark,Romagosa(編)Chapman&Hall,London,第314-331頁(1993)進(jìn)一步對(duì)其描述?？梢允褂昧硗獾哪Ｐ?。已經(jīng)報(bào)導(dǎo)了對(duì)于區(qū)間作圖的許多修改和可供選擇的方法，包括使用非參數(shù)法(Kruglyak等人，1995Genetics,139=1421-1428)0也可以使用多元回歸方法或模型，其中，在大量標(biāo)記上對(duì)性狀進(jìn)行回歸(Jansen，BiometricsinPlantBreed,vanOijen,Jansen(^m)ProceedingsoftheNinthMeetingoftheEucarpiaSectionBiometricsinPlantBreeding,TheNetherlands,第116-124頁(1994)；Weber禾口Wricke,AdvancesinPlantBreeding,Blackwell,Berlin,16(1994))。Jansen等人(Jansen等人，Genetics，1361447-1455(1994))和Zeng(Zeng，Genetics1361457-1468(1994))報(bào)道了組合了區(qū)間作圖與回歸分析的程序，由此將表型回歸到給定的標(biāo)記區(qū)間的單個(gè)假定的QTL上，且同時(shí)回歸到作為'輔助因素'的標(biāo)記數(shù)量上。一般來說，輔助因素的使用減少了估計(jì)的QTL位置的偏差和抽樣誤差(Utz和Melchinger，BiometricsinPlantBreeding,vanOijen,Jansen(^m)ProceedingsoftheNinthMeetingoftheEucarpiaSectionBiometricsinPlantBreeding,TheNetherlands,195—204頁(1994))，從而提高QTL作圖的精度和效率(Zeng1994)。這些模型可以擴(kuò)展到多環(huán)境實(shí)驗(yàn)，以分析基因型-環(huán)境的相互作用(Jansen等人，1995Theor.Appl.Genet.91:33_3)。合適的作圖群體的選擇對(duì)于圖譜的構(gòu)建是重要的。合適的作圖群體的選擇取決于所用的標(biāo)記系統(tǒng)的類型(Tanksley等人，Molecularmappinginplantchromosomes,chromosomestructureandfunctionImpactofnewconceptsJ.P.Gustafson禾口R-Appels(編)·PlenumPress,NewYork，第157-173頁(1988))。必須考慮在作圖群體中所用的親本的來源(適應(yīng)的相對(duì)于外來的)。染色體配對(duì)和重組率在遠(yuǎn)緣雜交(適應(yīng)的X外來的)中會(huì)受到嚴(yán)重干擾(抑制)，且一般產(chǎn)生大大降低的連鎖距離。與近緣雜交(適應(yīng)的X適應(yīng)的)的后代相比，遠(yuǎn)緣雜交通常會(huì)提供具有相對(duì)較大的多態(tài)性陣列的分離群體。&群體是自交的第一代。通常一個(gè)&植物自交，產(chǎn)生所有基因都以孟德爾(1:2:1)方式分離的群體。使用共顯性標(biāo)記系統(tǒng)從完全分類的F2群體中獲得最大遺傳信息(Mather，MeasurementofLinkageinHeredity:MethuenandCo.，(1938))。在顯性標(biāo)記的情況中，需要后代測(cè)試(例如F3,BCF2)來確定雜合子，從而使其等同于完全分類的F2群體。但是由于后代測(cè)試的成本和時(shí)間原因，這一程序通常是不可行的。F2個(gè)體的后代測(cè)試通常在其中表型不能一貫地反映基因型(例如抗病性)或性狀表達(dá)受QTL控制的圖譜構(gòu)建中使用。來自后代測(cè)試群體(例如F3或BCF2)的分離數(shù)據(jù)可以在圖譜構(gòu)建中使用。然后可以基于標(biāo)記-性狀圖譜關(guān)聯(lián)(F2，F(xiàn)3)，對(duì)雜交后代進(jìn)行標(biāo)記輔助的選擇，其中連鎖群沒有被重組事件完全分離(即最大不平衡)。重組近交系(RIL)(遺傳相關(guān)的系，通常是>F5,從繼續(xù)自交的F2系向純合性發(fā)展)可以作為作圖群體使用。通過使用RIL可以將從顯性標(biāo)記獲得的信息最大化，因?yàn)樗械幕蜃际羌兒系幕蚪咏兒?。在緊密連鎖的條件下(即，大約<10%的重組)，對(duì)于每個(gè)個(gè)體，在RIL群體中評(píng)估的顯性和共顯性標(biāo)記比在回交群體中的每個(gè)標(biāo)記類型提供更多的信息(Reiter等人，1992Proc.Natl.Acad.Sci.(USA)89:1477_1481)。然而，由于標(biāo)記之間的距離增大(即，基因座變得更加獨(dú)立)，RIL群體中的信息明顯減少?；亟蝗后w(例如，通過成功的品種(輪回親本)和攜帶前者不具有的性狀的另一品種(供體親本)之間雜交產(chǎn)生)可作為作圖群體來使用?？梢耘c輪回親本進(jìn)行一系列回交，以恢復(fù)大部分其需要的性狀。因此，產(chǎn)生由幾乎類似于輪回親本的個(gè)體組成的群體，但每個(gè)個(gè)體攜帶不同量的或嵌合的來自供體親本的基因組區(qū)域。如果輪回親本中的所有基因座都是純合的，且供體親本和輪回親本具有截然不同的多態(tài)性標(biāo)記等位基因，回交群體可以用于對(duì)顯性標(biāo)記作圖(Reiter等人1992)。使用共顯性或顯性標(biāo)記從回交群體獲得的信息少于從F2群體獲得的信息，因?yàn)閺拿恐曛参锊杉粋€(gè)而不是兩個(gè)重組配子。然而，與RIL相比，回交群體提供更多的信息(在低標(biāo)記飽和度時(shí))，因?yàn)镽IL群體中的連鎖的基因座之間的距離增加(即，大約0.15%的重組)。增加的重組對(duì)于緊密連鎖的分析是有益的，但在構(gòu)建具有低標(biāo)記飽和度的圖譜時(shí)可能是不需要的。為了產(chǎn)生除了接受探詢的性狀或基因組區(qū)域之外在遺傳組成上幾乎相同的個(gè)體的陣列，通過多次回交產(chǎn)生的接近等基因的株系(NIL)可用作作圖群體。在用NIL作圖時(shí)，預(yù)計(jì)僅有一部分多態(tài)性基因座將定位于選定的區(qū)域。集群分離分析法(BSA)是為快速鑒定標(biāo)記和目的性狀之間的連鎖而開發(fā)的方法(Michelmore等人1991Proc.Natl.Acad.Sci.(U.S.Α.)88:9828_9832)。在BSA中，從一次雜交產(chǎn)生的分離群體中抽取兩個(gè)集群DNA樣品。這些集群包含特定性狀(對(duì)特定病害具有抗性或敏感性)或基因組區(qū)域相同但在非連鎖的區(qū)域是任意的(即，雜合的)個(gè)體。與靶區(qū)域不連鎖的區(qū)域在BSA中的許多個(gè)體的集群樣品之間沒有差異。標(biāo)記輔助的育種此外，本發(fā)明涉及使用美國專利申請(qǐng)60/837，864(在此全文引入作為參考)公開的方法鑒定包含至少一種目的基因型的優(yōu)選的單倍體植物，其中目的基因型可以對(duì)應(yīng)于QTL或單元型并且與至少一種目的表型相關(guān)。該方法包括至少一種單元型與至少一種表型的關(guān)聯(lián)，其中這種關(guān)聯(lián)用數(shù)值代表，并且該數(shù)值用于在育種程序中作出決定。數(shù)值的非限制性實(shí)例包括單元型效應(yīng)估計(jì)值、單元型頻率和育種值。在本發(fā)明中，特別有用的是基于至少一種基因型鑒定目的單倍體植物，使得只有這些株系經(jīng)歷加倍，從而節(jié)約資源。得到的包含至少一種目的基因型的加倍的單倍體植物然后在育種程序中改良，用于與種質(zhì)改良相關(guān)的活動(dòng)中。在本發(fā)明中，單元型基于給定單元型窗口內(nèi)的一個(gè)或多個(gè)多態(tài)性標(biāo)記定義，單元型窗口分布在整個(gè)作物的基因組中。在另一方面，梳理從頭和/或歷史標(biāo)記_表型關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)，以推斷農(nóng)作物的一個(gè)或多個(gè)單元型的一個(gè)或多個(gè)表型的單元型效應(yīng)估計(jì)值。單元型效應(yīng)估計(jì)值使得本領(lǐng)域技術(shù)人員能夠通過比較兩個(gè)或多個(gè)單元型的單元型效應(yīng)估計(jì)值作出育種決定。本發(fā)明的多態(tài)性標(biāo)記和各自的圖譜位置在美國專利申請(qǐng)2005/0204780、2005/0216545、2005/0218305和序列號(hào)11/504，538中提供，在此全文引入作為參考。在另一方面，單元型效應(yīng)估計(jì)值與單元型頻率值結(jié)合，以對(duì)一個(gè)或多個(gè)表型性狀計(jì)算在同一單元型窗口處或在單元型窗口中，特定單元型相對(duì)于其它單元型的單元型育種值。換句話說，通過固定單元型確定了群體平均值的變化。在另一方面，在評(píng)價(jià)通過滲入或轉(zhuǎn)基因事件置換基因組中特定區(qū)域的效應(yīng)中，使用單元型育種值作為比較單元型的置換效應(yīng)的基礎(chǔ)。此外，在雜種作物中，在用來產(chǎn)生雜種的測(cè)交系中的至少一個(gè)單元型的范圍內(nèi)，計(jì)算單元型的育種值。一旦確定了單元型在給定單元型窗口處的值，并且獲得了關(guān)于特定品種或株系的高密度指紋分析信息，就可以在至少一個(gè)單元型中使用至少一種標(biāo)記對(duì)這些基因組區(qū)域進(jìn)行選擇。在本發(fā)明中，可以在育種程序的一個(gè)或多個(gè)階段作出選擇a)在遺傳學(xué)上不同的群體(在此被定義為“育種群體”)之中，作為預(yù)選擇方法，以提高選擇指數(shù)和推動(dòng)育種群體中有利單元型的頻率，其中預(yù)選擇被定義為基于用作育種雜交親本的至少一個(gè)單元型在群體之中進(jìn)行選擇，并且梳理在以前的育種雜交中確定的標(biāo)記-性狀相關(guān)性。b)在來自育種群體的分離后代之中，以為了株系或品種的開發(fā)提高有利單元型的頻率。c)在來自育種群體的分離后代之中，以在該育種群體內(nèi)QTL作圖之前提高有利單元型的頻率。d)對(duì)于雜種作物，在來自不同雜種優(yōu)勢(shì)群的親本系之中，以預(yù)測(cè)不同雜種的表現(xiàn)潛力。在本發(fā)明中，預(yù)期確定單倍體植物中基因型與表型之間的相關(guān)性的方法可以基于相對(duì)于單獨(dú)的標(biāo)記的單元型進(jìn)行(Fan等人2006GeneticS)。單元型是生物體基因組中的DNA區(qū)段，當(dāng)了解在一個(gè)或多個(gè)基因座處的狀態(tài)同一性在不同個(gè)體中相同時(shí)假定其對(duì)于不同個(gè)體是譜系相同的，并且在物理或遺傳圖譜上該區(qū)段附近的連鎖不平衡的局部量較高。單元型可以通過群體追蹤，并且可以分析它與給定性狀的統(tǒng)計(jì)學(xué)相關(guān)性。通過搜索多個(gè)QTL作圖群體中QTL相關(guān)的目標(biāo)空間，該群體中的親本系具有譜系相同的基因組區(qū)域，與QTL作圖相關(guān)的有效群體大小提高。提高的樣本大小導(dǎo)致更多的重組后代，這提高了估計(jì)QTL位置的精確性。因此，單元型關(guān)聯(lián)研究允許人們定義祖先載體單元型的頻率和類型。“關(guān)聯(lián)研究”是一項(xiàng)遺傳實(shí)驗(yàn)，其中檢測(cè)等位基因在一個(gè)或多個(gè)標(biāo)記基因座處的分離和一個(gè)或多個(gè)性狀的各表型值之間偏離隨機(jī)化的水平。可以對(duì)說明或不說明群體結(jié)構(gòu)和/或?qū)哟蔚臄?shù)量或分類性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)研究。在本發(fā)明中，用于確定“單元型效應(yīng)估計(jì)值”的單元型與表型之間的關(guān)聯(lián)可以從頭進(jìn)行，使用作圖群體評(píng)估一個(gè)或多個(gè)表型，或者使用歷史基因型和表型數(shù)據(jù)。單元型分析是重要的，因?yàn)樗岣吡松婕皞€(gè)體雙等位基因標(biāo)記的分析的統(tǒng)計(jì)能力。在單元型頻率分析的第一階段，基于鑒定的本發(fā)明的雙等位基因標(biāo)記的各種組合確定了可能的單元型的頻率。然后比較不同群體和參照群體的單元型頻率。通常，可以使用任何本領(lǐng)域已知的方法來檢測(cè)性狀和基因型是否顯示統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著的相關(guān)性。用于確定表型與基因型(在此情況下為單元型)之間相關(guān)性的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性的方法可以通過本領(lǐng)域所知的任何統(tǒng)計(jì)學(xué)檢驗(yàn)來確定，并且需要任何公認(rèn)的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性閾值。特定方法和顯著性閾值的應(yīng)用是本領(lǐng)域普通技術(shù)人員公知的。為了估計(jì)單元型的頻率，必須定義基本參照種質(zhì)(優(yōu)良近交系的集合、隨機(jī)雜交個(gè)體的群體，等等)，并且必須對(duì)代表性樣品(或整個(gè)群體)進(jìn)行基因型分型。例如，一方面，如果考慮一組近交個(gè)體，通過簡單計(jì)數(shù)確定單元型頻率。另一方面，如果進(jìn)行基因型分型的個(gè)體在區(qū)段中一個(gè)以上的基因座處是雜合的并且連鎖相未知，則需要使用計(jì)算技術(shù)如期望/最大(EM)算法的評(píng)估方法(Excoffier等人1995Mol.Biol.Evol.12:921_927；Li等人2002Biostatistics)。優(yōu)選地，使用基于EM算法的方法(Dempster等人1977J.R.Stat.Soc.Ser.B39:1_38)，在假設(shè)Hardy-Weinberg比例的條件下(隨機(jī)雜交)導(dǎo)致單元型頻率的最大似然估計(jì)值(Excoffier等人1995Mol.Biol.Evol.12:921_927)。替代方法在本領(lǐng)域中已知用于關(guān)聯(lián)研究基因組寬的關(guān)聯(lián)研究、候選區(qū)域關(guān)聯(lián)研究和候選基因關(guān)聯(lián)研究(Li等人2006BMCBioinformatics7:258)。本發(fā)明的多態(tài)性標(biāo)記可以被引入植物基因組的遺傳標(biāo)記的任何圖譜中，以進(jìn)行基因組寬的關(guān)聯(lián)研究。本發(fā)明包括檢測(cè)單倍體農(nóng)作物中的至少一種單元型與優(yōu)選性狀(包括轉(zhuǎn)基因)或多性狀指數(shù)之間的相關(guān)性以及基于這種相關(guān)性計(jì)算單元型效應(yīng)估計(jì)值的方法。一方面，計(jì)算的單元型效應(yīng)估計(jì)值用來在育種程序中作出決定。另一方面，計(jì)算的單元型效應(yīng)估計(jì)值與至少一種單元型的頻率一起使用，以計(jì)算單元型育種值，該單元型育種值將用來在育種程序中作出決定。多性狀指數(shù)(MTI)是通過在公式中組合單個(gè)性狀值計(jì)算的數(shù)字。最常計(jì)算為性狀的線性組合或性狀的標(biāo)準(zhǔn)化推導(dǎo)值，也可以是更復(fù)雜的計(jì)算的結(jié)果(例如，使用性狀之間的比值)。這種MTI在遺傳分析中使用，如同它是一個(gè)性狀。在每個(gè)染色體具有不同單元型的群體中，任何給定的染色體區(qū)段可以在給定群體中由許多單元型表示，這些單元型可以從1(區(qū)域固定)到群體大小相比該物種倍性水平的倍數(shù)(在二倍體物種中為2)變化。非固定群體中多個(gè)個(gè)體攜帶的單元型之間的譜系同一性將會(huì)導(dǎo)致中等數(shù)目的單元型和不同單元型之間可能不同的頻率。新的單元型可以通過雜合祖先中存在的單元型之間的減數(shù)分裂重組而產(chǎn)生。每個(gè)單元型的頻率可以通過幾種本領(lǐng)域技術(shù)人員所知的方法來估計(jì)(例如通過直接計(jì)數(shù)，或者通過使用EM算法)。讓我們假定已知“k”個(gè)不同的單元型，確定為“V(i=1，...，k)，它們?cè)谌后w中的頻率是“f/，(i=1，...，k)，對(duì)于這些單元型中的每一種，我們的效應(yīng)估計(jì)值為“Est/’(i=1，...，k)。如果我們稱“單元型育種值”(BVi)為固定該單元型對(duì)該群體的影響，則該育種值對(duì)應(yīng)于該群體的目的性狀在該窗口處單元型分布的原始狀態(tài)與單元型“h/’以100%的頻率遇到它自身時(shí)的最終狀態(tài)之間的平均值變化。該群體中h的單元型育種值Iii如下計(jì)算<formula>formulaseeoriginaldocumentpage51</formula><formula>formulaseeoriginaldocumentpage51</formula>本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)認(rèn)識(shí)到，在其效應(yīng)被估計(jì)的群體中罕見的單元型傾向于精確度較低地被估計(jì)，這種置信度的差異可導(dǎo)致計(jì)算的調(diào)節(jié)。例如，通過在調(diào)節(jié)其頻率后計(jì)算較熟知的單元型的育種值(通過將其除以較熟知的單元型的頻率總和)，人們可以忽略罕見單元型的效應(yīng)。人們也可以為每個(gè)單元型的育種值提供置信區(qū)間。本發(fā)明預(yù)計(jì)任何特定單元型育種值將作為單元型頻率差異的函數(shù)，隨所計(jì)算的群體而變化。術(shù)語“群體”于是可以假定具有不同的含義，以下是特殊情況的兩個(gè)例子。一方面，群體是單一近交系，其中意圖將其當(dāng)前的單元型h替換為新的單元型在該情況下BVi=Esti-Estjo另一方面，“群體”是F2群體，其中兩個(gè)親本單元型Iii和hj最初以相等的頻率(50%)存在，在該情況下BVi=I^(Esti-Estj)0這些統(tǒng)計(jì)方法能夠使單元型效應(yīng)估計(jì)值在多種情況下促進(jìn)育種決定。其它計(jì)算育種值的統(tǒng)計(jì)方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員所知的，并且可以在不背離本發(fā)明的精神和范圍的情況下替換使用。在保守遺傳區(qū)段或單元型窗口與已鑒定QTL的區(qū)段一致的情況下，可以高可能性地推斷QTL推斷可以擴(kuò)展到其它在該單元型窗口中具有相同單元型的種質(zhì)。這種先驗(yàn)信息為在給定群體內(nèi)的QTL作圖之前選擇有利QTL提供了基礎(chǔ)。例如，植物育種決定可包括a)在單倍體育種群體之中選擇，以確定哪些群體具有最高的有利單元型頻率，其中單元型基于與以前的QTL作圖一致而被稱為有利的，并且優(yōu)選的群體進(jìn)行加倍；或者b)在該群體內(nèi)QTL作圖之前，或者代替該QTL作圖，在育種群體中選擇含有所述有利單元型的單倍體后代，其中選擇可以在任何育種階段和任何選擇代進(jìn)行，并且隨后可以進(jìn)行加倍；或者c)預(yù)測(cè)特定育種雜交的后代表現(xiàn)；或者d)基于所述有利的單元型選擇用于加倍以隨后用于種質(zhì)改良活動(dòng)的單倍體植物，所述種質(zhì)改良活動(dòng)包括株系開發(fā)、雜種開發(fā)、基于插入轉(zhuǎn)基因的單元型的育種值在轉(zhuǎn)基因事件之中選擇、進(jìn)行育種雜交、通過自體受精測(cè)試和發(fā)展植物、使用植物或其部分進(jìn)行轉(zhuǎn)化、使用植物或其部分作為表達(dá)構(gòu)建體的候選物、以及使用植物或其部分進(jìn)行誘變。在單元型窗口與已鑒定基因的區(qū)段一致的情況下，可以高可能性地推斷基因推斷可以擴(kuò)展到其它在該單元型窗口中具有相同基因型或單元型的種質(zhì)。這種先驗(yàn)信息為基于給定群體內(nèi)的單元型確定選擇有利基因或等位基因提供了基礎(chǔ)。例如，植物育種決定可包括a)在單倍體育種群體之中選擇，以確定哪些群體具有最高的有利單元型頻率，其中單元型基于與以前的基因定位一致而被稱為有利的，并且優(yōu)選的群體進(jìn)行加倍；或者b)在育種群體中選擇含有所述有利單元型的單倍體后代，其中選擇在基因水平上有效進(jìn)行，其中選擇可以在任何育種階段和任何選擇代進(jìn)行，并且隨后可以進(jìn)行加倍；或者C)預(yù)測(cè)特定育種雜交的后代表現(xiàn)；或者d)基于所述有利的單元型選擇用于加倍以隨后用于種質(zhì)改良活動(dòng)的單倍體植物，所述種質(zhì)改良活動(dòng)包括株系開發(fā)、雜種開發(fā)、基于插入轉(zhuǎn)基因的單元型的育種值在轉(zhuǎn)基因事件之中選擇、進(jìn)行育種雜交、通過自體受精測(cè)試和發(fā)展植物、使用植物或其部分進(jìn)行轉(zhuǎn)化、使用植物或其部分作為表達(dá)構(gòu)建體的候選物、以及使用植物或其部分進(jìn)行誘變。當(dāng)通過標(biāo)記方法或表型方法選擇時(shí)，一種優(yōu)選的單元型為親本植物和親本的后代提供了優(yōu)選的性質(zhì)。本發(fā)明的方法提供優(yōu)選單元型或目的單元型的選擇，以及這些單元型在育種群體中的積累。在本發(fā)明中，單元型和單元型與一種或多種表型性狀的關(guān)聯(lián)提供了作出育種決定和種質(zhì)改良活動(dòng)的基礎(chǔ)。育種決定的非限制性實(shí)例包括對(duì)于至少一種單元型的后代選擇、親本選擇和輪回選擇。在另一方面，與商業(yè)版本植物開發(fā)有關(guān)的育種決定包括為檢測(cè)改良植物、為純度改良植物、開發(fā)過程中亞系的純化、近交系開發(fā)、變種開發(fā)和雜種開發(fā)。在再另一方面，育種決定和種質(zhì)改良活動(dòng)包括轉(zhuǎn)基因事件選擇、進(jìn)行育種雜交、通過自花授粉來測(cè)試和改進(jìn)植物、使用植物或其部分進(jìn)行轉(zhuǎn)化、使用植物或其部分作為表達(dá)構(gòu)建體的候選物，以及使用植物或其部分進(jìn)行誘變。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明使得能夠基于至少一個(gè)與一種或多種其它表型性狀正相關(guān)或負(fù)相關(guān)的數(shù)值，通過對(duì)至少一個(gè)表型的選擇決定進(jìn)行間接選擇。例如，對(duì)于任何給定單元型的選擇決定有效地導(dǎo)致對(duì)于與單元型相關(guān)的多個(gè)表型性狀的選擇。在再另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明承認(rèn)可以發(fā)展通過此處所述的方法鑒定的優(yōu)選單元型作為用于包含在表達(dá)構(gòu)建體中的候選基因，即轉(zhuǎn)基因。通過與在植物中具有功能的啟動(dòng)子可操作地連接，目的單元型的核酸可以在植物細(xì)胞中表達(dá)。在另一方面，目的單元型的核酸的表達(dá)可以被雙鏈RNA介導(dǎo)的基因抑制改變，后者也被稱為RNA干擾(“RNAi")，包括小干擾RNA("siRNA")、反式作用小干擾RNA(“ta-siRNA")或微RNA("miRNA")介導(dǎo)的抑制。適合用于植物的RNAi技術(shù)的例子在美國專利申請(qǐng)公開2006/0200878和2007/0011775中詳細(xì)描述。本領(lǐng)域中已知以下方法裝配構(gòu)建體并將其引入細(xì)胞中，使得性狀的核酸分子被轉(zhuǎn)錄為功能性mRNA分子，該功能性mRNA分子可翻譯和表達(dá)為蛋白質(zhì)產(chǎn)物。為了實(shí)施本發(fā)明，用于制備和使用構(gòu)建體和宿主細(xì)胞的常規(guī)組合物和方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的，參見例如MolecularCloning:ALaboratoryManual,第3版，第1、2、3卷(2000)J.F.Sambrook,D.W.Russell,andN.Irwin,ColdSpringHarborLaboratoryPress。特別適合植物轉(zhuǎn)化的制備轉(zhuǎn)化構(gòu)建體的方法包括但不限于美國專利4，971，908,4,940，835、4，769，061和4，757，011中描述的方法，所有這些專利都全文引入作為參考。用于向植物內(nèi)引入表達(dá)單元的轉(zhuǎn)化方法是本領(lǐng)域中已知的，包括如美國專利5，384，253所述的電穿孔；如美國專利5，015，580,5,550，318,5,538，880,6,160，208,6,399，861和6，403，865所述的微粒轟擊；美國專利5，508，184所述的原生質(zhì)體轉(zhuǎn)化；和美國專利5，635，055,5,824，877、5，591，616,5,981，840和6，384，301所述的土壤桿菌介導(dǎo)的轉(zhuǎn)化。本發(fā)明的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案是通過選擇單元型的組成另外的值，其中每個(gè)單元型具有如下的單元型效應(yīng)估計(jì)值相對(duì)于產(chǎn)量不為負(fù)，或者相對(duì)于成熟度不為正，或者相對(duì)于成熟度為零，或者當(dāng)與一組種質(zhì)中相同染色體區(qū)段上的任何其它單元型相比時(shí)在表型性狀、轉(zhuǎn)基因和/或多性狀指數(shù)方面在最好的50%中，或者當(dāng)與一組種質(zhì)中整個(gè)基因組上的任何其它單元型相比時(shí)在表型性狀、轉(zhuǎn)基因和/或多性狀指數(shù)方面在最好的50%中，或者單元型在育種群體中以75%或更高的頻率存在，或者一組種質(zhì)提供其高數(shù)值的證據(jù)，或者上述的組合。本發(fā)明涉及通過雜交含有不同單元型區(qū)域的親本植物或株系，單元型從多個(gè)窗口向植物或株系的堆積。在其基因組中含有堆積的單元型區(qū)域的植物或株系的值通過復(fù)合育種值進(jìn)行估計(jì)，復(fù)合育種值取決于性狀值和與性狀連鎖的單元型的值的組合。本發(fā)明進(jìn)一步預(yù)期，通過改變一個(gè)或每一個(gè)單元型的成分改善植物或株系的復(fù)合育種值。另外，本發(fā)明預(yù)期，通過選擇至少一個(gè)具有優(yōu)選單元型效應(yīng)估計(jì)值的接受單元型，或者與單元型頻率、與一個(gè)或任何其它單元型連鎖的育種值一起，或者通過選擇植物或株系以通過育種堆積單元型，額外的值可以組成植物或株系的復(fù)合育種值。本發(fā)明的另外一個(gè)實(shí)施方案是一種通過在一組種質(zhì)中積累一個(gè)或多個(gè)優(yōu)選的單元型提高育種群體的方法。定義為單元型窗口的基因組區(qū)域包括對(duì)于植物的一個(gè)或多個(gè)表型性狀有貢獻(xiàn)的遺傳信息。一個(gè)或多個(gè)基因座處遺傳信息的變化可以導(dǎo)致一個(gè)或多個(gè)表型性狀的變化，其中可以測(cè)量該表型的值。單元型窗口的遺傳作圖允許確定單元型中的連鎖。目的單元型具有在后代植物基因組中為新的并且自己可以作為目的單元型的遺傳標(biāo)記的DNA序列。值得注意的是，這種標(biāo)記也可以用作基因或QTL的標(biāo)識(shí)物。例如，如果有多個(gè)與單元型相關(guān)的性狀或性狀效應(yīng)，為了選擇的目的只需要一種標(biāo)記。另外，目的單元型可以提供選擇具有連鎖的單元型區(qū)域的植物的手段。選擇可以通過篩查對(duì)施加的植物毒性化學(xué)物質(zhì)如除草劑或抗生素的耐受性或病原體抗性來進(jìn)行。選擇可以使用表型選擇手段來進(jìn)行，如易于觀察的形態(tài)學(xué)表型，如種子顏色、種子發(fā)芽特征、種子生長特征、葉外觀、植物結(jié)構(gòu)、植物高度以及花和果實(shí)的形態(tài)。本發(fā)明也提供針對(duì)目的單元型和使用單元型效應(yīng)估計(jì)值作為選擇基礎(chǔ)篩查后代單倍體植物，以用于育種程序中來提高優(yōu)選單元型的積累。該方法包括a)提供包括至少兩個(gè)單倍體植物的育種群體，其中該育種群體的基因組包含多個(gè)單元型窗口，并且多個(gè)單元型窗口中的每一個(gè)包含至少一個(gè)單元型；和b)將一個(gè)或多個(gè)性狀的單元型效應(yīng)估計(jì)值與所述多個(gè)單元型窗口中的一個(gè)或多個(gè)的兩個(gè)或多個(gè)單元型進(jìn)行關(guān)聯(lián)，其中該單元型效應(yīng)估計(jì)值然后可以用于計(jì)算育種值，該育種值是任何給定表型性狀的估計(jì)的效應(yīng)和至少兩個(gè)單元型中每一個(gè)的頻率的函數(shù)；和c)基于值排序一個(gè)或多個(gè)所述單元型，其中該值是單元型效應(yīng)估計(jì)值、單元型頻率或育種值，并且其中該值是確定單元型是否是一種優(yōu)選單元型或目的單元型的基礎(chǔ)；和d)使用這種排序作為在育種程序中作出決定的基礎(chǔ)；和e)基于與目的單元型相關(guān)的相應(yīng)標(biāo)記的存在選擇至少一個(gè)后代單倍體植物進(jìn)行加倍，其中該后代單倍體植物在其基因組中包含第一植物的一個(gè)或多個(gè)目的單元型的至少一部分和第二植物的至少一個(gè)優(yōu)選單元型；和f)在與種質(zhì)改良有關(guān)的活動(dòng)中使用得到的加倍的單倍體植物，其中該活動(dòng)選自株系和變種開發(fā)、雜種開發(fā)、轉(zhuǎn)基因事件選擇、進(jìn)行育種雜交、通過自花授粉來測(cè)試和改進(jìn)植物、使用植物或其部分進(jìn)行轉(zhuǎn)化、使用植物或其部分作為表達(dá)構(gòu)建體的候選物，以及使用植物或其部分進(jìn)行誘變。使用這種方法，本發(fā)明預(yù)期目的單元型選自大的植物群體，并且選擇的單元型在農(nóng)作物的種質(zhì)中可以具有協(xié)同育種值。另外，本發(fā)明提供在描述的育種方法中使用選擇的單元型，以積累其它有益的和優(yōu)選的單元型區(qū)域以及保持在育種群體中，以提高農(nóng)作物的總體種質(zhì)。植物育種本發(fā)明的植物可以是育種程序的部分或從育種程序產(chǎn)生。育種方法的選擇取決于植物繁殖的模式、被改進(jìn)的性狀的遺傳性和商業(yè)使用的栽培變種的類型(例如F1雜種栽培變種、純系栽培變種等)。栽培變種是有意建立或選擇并通過選育維持的植物物種的品種或變種。選擇的用于選育本發(fā)明植物的非限定性方法如下所述。可對(duì)任何雜交的后代使用標(biāo)記輔助選擇(MAS)來提高育種程序。應(yīng)當(dāng)理解本發(fā)明的核酸標(biāo)記可在MAS(育種)程序中使用。應(yīng)當(dāng)進(jìn)一步理解任何商業(yè)和非商業(yè)栽培變種可在育種程序中使用。例如發(fā)芽活力、生長活力、應(yīng)激耐受性、抗病性、分枝、開花、結(jié)籽、種子大小、種子密度、可直立性和脫粒性(threshability)等因素通常將會(huì)決定其選擇?？梢酝ㄟ^高通量、非破壞性種子采樣使基因型分型進(jìn)一步節(jié)約。在一個(gè)實(shí)施方案中，可以使用高通量、非破壞性種子采樣，針對(duì)一個(gè)或多個(gè)標(biāo)記如遺傳標(biāo)記篩選植物。在一個(gè)優(yōu)選方面，單倍體種子以這種方式采樣，并且只選擇具有至少一個(gè)目的標(biāo)記基因組的種子進(jìn)行加倍。已經(jīng)描述了高通量、非破壞性種子采樣的裝置和方法，其通過允許個(gè)體種子分析克服了統(tǒng)計(jì)學(xué)樣本的障礙。例如，美國專利申請(qǐng)11/213，430(2005年8月26日提交)、美國專利申請(qǐng)11/213，431(2005年8月26日提交)、美國專利申請(qǐng)11/213，432(2005年8月26日提交)、美國專利申請(qǐng)11/213，434(2005年8月26日提交)、美國專利申請(qǐng)11/213，435(2005年8月26日提交)、美國專利申請(qǐng)11/680，611(2007年3月2日提交)公開了用于種子的自動(dòng)化采樣的裝置和系統(tǒng)以及種子的采樣、測(cè)試和膨脹(bulking)方法，這些美國申請(qǐng)?jiān)诖巳囊胱鳛閰⒖?。?duì)于高遺傳性的性狀而言，在單個(gè)位點(diǎn)評(píng)價(jià)的優(yōu)良個(gè)體植物的選擇將是有效的，而對(duì)于低遺傳性的性狀而言，選擇應(yīng)該基于對(duì)相關(guān)植物家族的重復(fù)評(píng)價(jià)中獲得的平均值。普遍的選擇方法通常包括譜系選擇、改良的譜系選擇、混合選擇(massselection)和輪回選擇。在一個(gè)優(yōu)選方面，采用回交或輪回育種程序。遺傳的復(fù)雜性影響了育種方法的選擇?？梢允褂没亟挥N將高遺傳性性狀的一個(gè)或幾個(gè)有利的基因轉(zhuǎn)入理想的栽培變種中。該方法已經(jīng)廣泛用于選育抗病性栽培變種。利用不同的輪回選擇技術(shù)改良由多個(gè)基因控制的數(shù)量遺傳性狀?？梢詼y(cè)試育種系，并將其與代表商業(yè)目標(biāo)地區(qū)的環(huán)境中的適當(dāng)?shù)臉?biāo)準(zhǔn)比較兩代或更多代。最佳株系是新的商業(yè)栽培變種的候選系；那些缺乏性狀的株系可用作親本來產(chǎn)生用于進(jìn)一步選擇的新群體。新的優(yōu)良玉米雜種的開發(fā)需要開發(fā)和選擇優(yōu)良的近交系、這些株系的雜交，以及優(yōu)良雜種雜交的選擇。通過選擇的雄性能育親本間的人工雜交或通過使用雄性不育系統(tǒng)可以產(chǎn)生雜種種子。關(guān)于親本系的其它數(shù)據(jù)以及雜種的表型影響了育種者關(guān)于是否繼續(xù)特定雜種雜交的決定。譜系育種和輪回選擇育種方法可用于從育種群體發(fā)展栽培變種。育種程序?qū)碜詢蓚€(gè)或更多個(gè)栽培變種或不同的廣泛來源的理想性狀組合成育種庫，通過自交和選擇理想的表型從該育種庫發(fā)展栽培變種?？梢栽u(píng)價(jià)新的栽培變種以確定哪些具有商業(yè)潛力?；亟挥N已被用于將簡單遺傳的、高度遺傳性的性狀的基因轉(zhuǎn)入作為輪回親本的理想的純合栽培變種或近交系中。待轉(zhuǎn)移的性狀的來源被稱為供體親本。最初的雜交之后，選擇具有供體親本的表型的個(gè)體，并與輪回親本反復(fù)雜交(回交)。得到的植物預(yù)期具有輪回親本(例如栽培變種)的大多數(shù)屬性并且另外還具有從供體親本轉(zhuǎn)移來的希望的性狀。單粒傳法嚴(yán)格意義上來說是指種植分離群體，每個(gè)植物收獲一個(gè)種子樣品，以及使用單種子樣品來種植下一代。當(dāng)群體已從F2發(fā)展到希望的近交水平時(shí)，株系所來源的植物將會(huì)分別追溯到不同的F2個(gè)體。由于某些種子不能發(fā)芽或者某些植物不能產(chǎn)生至少一個(gè)種子，所以群體中植物的數(shù)目逐代減少。因此，當(dāng)世代進(jìn)化完成時(shí)，并不是群體中最初取樣的所有F2植物都有后代代表。通常用于不同的性狀和農(nóng)作物的其它育種方法的描述可見于以下幾本參考書的一種中(Allard，“PrinciplesofPlantBreeding，”Johnffiley&Sons,NY,U.ofCA,Davis,CA,50-98,1960；Simmonds,"Principlesofcropimprovement,，，Longman,Inc.,NY,369-399,1979；SneepandHendriksen,"PlantBreedingperspectives,"ffageningen(ed),CenterforAgriculturalPublishingandDocumentation,1979；Fehr,InSoybeansImprovement,ProductionandUses,2ndEdition,Manograph.,16:249,1987；Fehr,"Principlesofvarietydevelopment,，，TheoryandTechnique,(Vol.1)禾口CropSpeciesSoybean(Vol.2),IowaStateUniv.，MacmillanPub.Co.，NY,360—376，1987)。傳統(tǒng)的QTL作圖的替代方法包括通過相對(duì)于個(gè)體標(biāo)記對(duì)單元型作圖來達(dá)到更高的分辨率(Fan等人2006Genetics172:663-686)。這種方法跟蹤被稱為單元型的DNA模塊，其由多態(tài)性標(biāo)記所定義，它被假定為在作圖群體中是譜系相同的。這一假設(shè)導(dǎo)致較大的有效樣本量，提供更大的QTL的分辨率。用于確定表型與基因型(在這種情況下為單元型)之間的相關(guān)性的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性的方法可以通過本領(lǐng)域已知的任何統(tǒng)計(jì)學(xué)檢驗(yàn)并且使用任何公認(rèn)的需要的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性閾值來確定。特定的方法和顯著性閾值的應(yīng)用是本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員所熟知的。進(jìn)一步可以理解本發(fā)明提供了包含本發(fā)明的核酸分子的細(xì)菌、病毒、微生物、昆蟲、哺乳動(dòng)物和植物細(xì)胞。如本文所用的“核酸分子”，無論是自然產(chǎn)生的分子還是以其它方式“基本上純化的”分子，如果需要的話，指的是與基本上全部其它與其天然狀態(tài)正常相關(guān)的分子分離的分子。更優(yōu)選地，基本上純化的分子是制劑中存在的主要的種類?；旧霞兓姆肿涌梢猿^60%、優(yōu)選75%、更優(yōu)選90%且最優(yōu)選95%不含天然混合物中存在的其它分子(不包括溶劑)。術(shù)語“基本上純化的”并非意在包括以其天然狀態(tài)存在的分子。本發(fā)明的材料優(yōu)選地是“生物活性的”，無論是在結(jié)構(gòu)屬性方面，如核酸與另一種核酸分子雜交的能力，還是在蛋白質(zhì)被抗體結(jié)合(或與另一種分子競爭這種結(jié)合)的能力方面。或者，這種屬性可以是催化性的，因此涉及該材料介導(dǎo)化學(xué)反應(yīng)或應(yīng)答的能力。本發(fā)明的材料也可以是重組的。如本文所用的術(shù)語重組是指通過核酸分子的人工操作間接產(chǎn)生的任何材料(例如，DNA、肽等)。本發(fā)明的材料可以用便于檢測(cè)該材料的試劑標(biāo)記，例如熒光標(biāo)記(Prober等人，Science238:336-340(1987)；Albarella等人，歐洲專利144914)、化學(xué)標(biāo)記(Sheldon等人，美國專利4，582，789；Albarella等人，美國專利4，563，417)、修飾的堿基(Miyoshi等人，歐洲專利119448)?，F(xiàn)已一般性地描述了本發(fā)明，通過參考以下實(shí)施例會(huì)更容易理解本發(fā)明，該實(shí)施例以舉例方式提供，并且除非另外指出，不限制本發(fā)明。實(shí)施例實(shí)施例1:GLS反應(yīng)的基因型分型為了檢測(cè)與GLS抗性相關(guān)的QTL，對(duì)植物進(jìn)行基因型分型，以確定GLS反應(yīng)。下面的等級(jí)量表用于對(duì)GLS進(jìn)行表型評(píng)定，并且在所有研究中使用。感染的葉面積的百分比用來將植物評(píng)定為從1(非常高的抗性)到9(敏感)的等級(jí)。在授粉后目視評(píng)估抗病性。感染可以是自然的，或者來自實(shí)驗(yàn)中的人工接種。表1.用于GLS表型分型的等級(jí)量表的說明。ILA=感染的葉面積。<table>tableseeoriginaldocumentpage56</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage57</column></row><table>實(shí)施例2:GLS抗性作圖研究1為了檢查玉米中SNP標(biāo)記與GLS抗性之間的相關(guān)性，將來自許多研究的分析數(shù)據(jù)綜合在一起。進(jìn)行一項(xiàng)關(guān)聯(lián)研究，以評(píng)估在一個(gè)或多個(gè)育種雜交中是否存在一個(gè)或多個(gè)標(biāo)記基因型與GLS抗性之間的顯著相關(guān)性。該作圖研究綜合了來自176個(gè)作圖群體的數(shù)據(jù)。每個(gè)群體中的個(gè)體數(shù)為95至276。分離群體為以下代F2、BC1F2、BC1和DH。用于基因型分型的SNP標(biāo)記的數(shù)目為55至158。對(duì)性狀，包括GLS抗性，對(duì)個(gè)體進(jìn)行表型分型。在染色體1、2、3、4、5、6、7、8、9和10上總共確定了2499個(gè)SNP標(biāo)記與GLS抗性之間的相關(guān)。提供的SNP標(biāo)記可以用來監(jiān)測(cè)GLS抗性向育種群體中的滲入。與GLS抗性相關(guān)的SNP標(biāo)記、顯著性水平和有利的等位基因在圖1中報(bào)告。實(shí)施例3:GLS抗性作圖研究2進(jìn)行一項(xiàng)關(guān)聯(lián)研究，以評(píng)估在一個(gè)或多個(gè)育種雜交中是否存在一個(gè)或多個(gè)標(biāo)記基因型與GLS抗性之間的顯著的相關(guān)性。在關(guān)聯(lián)研究中，使用117個(gè)標(biāo)記篩查了來自CV128/CV162群體的769個(gè)F2。在染色體1、2、3、4、5、6和8上確定了總共53個(gè)SNP標(biāo)記與GLS抗性之間的相關(guān)。提供的SNP標(biāo)記可以用來監(jiān)測(cè)GLS抗性向育種群體中的滲入。與GLS抗性相關(guān)的SNP標(biāo)記、顯著性水平和有利的等位基因在圖1中報(bào)告。實(shí)施例4:GLS抗性作圖研究3進(jìn)行一項(xiàng)關(guān)聯(lián)研究，以評(píng)估在一個(gè)或多個(gè)群體中是否存在一個(gè)或多個(gè)標(biāo)記基因型與GLS抗性之間的顯著的相關(guān)性。在該關(guān)聯(lián)研究中，使用1051個(gè)SNP標(biāo)記篩查了1177個(gè)近交玉米系。在染色體5、6、7、8、9和10上確定了總共92個(gè)SNP標(biāo)記與GLS抗性之間的顯著相關(guān)。提供的SNP標(biāo)記可以用來監(jiān)測(cè)GLS抗性向育種群體中的滲入。與GLS抗性相關(guān)的SNP標(biāo)記、顯著性水平和有利的等位基因在圖1中報(bào)告。實(shí)施例5:GLS抗性作圖研究4進(jìn)行一項(xiàng)關(guān)聯(lián)研究，以評(píng)估在一個(gè)或多個(gè)群體中是否存在一個(gè)或多個(gè)標(biāo)記基因型與GLS抗性之間的顯著的相關(guān)性。在該關(guān)聯(lián)研究中，使用2136個(gè)SNP標(biāo)記篩查了來自398個(gè)F1家族的1036個(gè)DH系。在染色體1、2、3、4、5、6、7、8、8和10上確定了總共205個(gè)SNP標(biāo)記與GLS抗性之間的顯著相關(guān)。提供的SNP標(biāo)記可以用來監(jiān)測(cè)GLS抗性向育種群體中的滲入。與GLS抗性相關(guān)的SNP標(biāo)記、顯著性水平和有利的等位基因在圖1中報(bào)告。實(shí)施例6:GLS抗性作圖研究5進(jìn)行一項(xiàng)關(guān)聯(lián)研究，以評(píng)估在一個(gè)或多個(gè)群體中是否存在一個(gè)或多個(gè)標(biāo)記基因型與GLS抗性之間的顯著的相關(guān)性。在該關(guān)聯(lián)研究中，使用1958個(gè)SNP標(biāo)記篩查了來自495個(gè)F1家族的495個(gè)單種子后代(SSD)系。在染色體1、2、3、4、5、6、7、8、9和10上確定了總共309個(gè)SNP標(biāo)記與GLS抗性之間的顯著相關(guān)。提供的SNP標(biāo)記可以用來監(jiān)測(cè)GLS抗性向育種群體中的滲入。與GLS抗性相關(guān)的SNP標(biāo)記、顯著性水平和有利的等位基因在圖1中報(bào)告。從實(shí)施例2至6的關(guān)聯(lián)研究中可以發(fā)現(xiàn)，1227個(gè)SNP標(biāo)記與GLS相關(guān)。通過將玉米染色體區(qū)域分為10cM的窗口分配QTL。通過將SNP標(biāo)記與GLS抗性進(jìn)行關(guān)聯(lián)鑒定了總共176個(gè)QTL。用于選擇GLS抗性的有利的等位基因也在圖1中提供。GLS抗性的選擇基于GLS抗性親本的基因型。實(shí)施例7用于檢測(cè)GLS抗性的示例性的標(biāo)記分析在一個(gè)實(shí)施方案中，通過使用核酸擴(kuò)增方法可以有利于DNA、RNA或cDNA樣品中多態(tài)性位點(diǎn)的檢測(cè)。這些方法特異性地增加了橫跨多態(tài)性位點(diǎn)或者包括該位點(diǎn)和位于其遠(yuǎn)側(cè)或近側(cè)的序列的多核苷酸的濃度。這些擴(kuò)增的分子可以很容易地通過凝膠電泳、熒光檢測(cè)方法或其它方式進(jìn)行檢測(cè)。用于擴(kuò)增和檢測(cè)與GLS抗性相關(guān)的基因組區(qū)域的示例性引物和探針在表2中列出。表2.用于檢測(cè)GLS抗性的示例性的分析<table>tableseeoriginaldocumentpage58</column></row><table>實(shí)施例8用于檢測(cè)具有GLS抗性基因座的玉米植物的寡核苷酸雜交探針通過基于雜交的SNP檢測(cè)方法，寡核苷酸也可用于檢測(cè)與本文所公開的GLS抗性相關(guān)的多態(tài)性或?qū)ζ溥M(jìn)行分型。本發(fā)明提供了能夠與包含多態(tài)性的分離的核酸序列雜交的寡核苷酸。本領(lǐng)域的技術(shù)人員能夠設(shè)計(jì)具有經(jīng)實(shí)驗(yàn)確定的嚴(yán)格性的分析，以區(qū)別本文提出的多態(tài)性的等位基因狀態(tài)。示例性的分析包括Southern印跡法、Northern印跡法、微陣列、原位雜交和其它基于雜交的多態(tài)性檢測(cè)方法。表3提供了示例性的用于基于雜交的SNP檢測(cè)的寡核苷酸?？梢杂梅派湫詷?biāo)記、熒光團(tuán)或其它化學(xué)發(fā)光手段可檢測(cè)地標(biāo)記這些寡核苷酸，以有助于使用本領(lǐng)域已知的方法檢測(cè)與源自一種或多種玉米植物的基因組或擴(kuò)增核酸的樣品的雜交。表3.示例性的寡核苷酸雜交探針<table>tableseeoriginaldocumentpage59</column></row><table>*SNP核苷酸為粗體并以下劃線示出。實(shí)施例9用于通過單堿基延伸方法檢測(cè)具有GLS抗性基因座的玉米植物的寡核苷酸探針通過基于單堿基延伸(SBE)的SNP檢測(cè)方法，寡核苷酸也可用于檢測(cè)與本文所公開的GLS抗性相關(guān)的多態(tài)性或?qū)ζ溥M(jìn)行分型。表4提供了示例性的用于基于SBE的SNP檢測(cè)的寡核苷酸。SBE方法基于與直接鄰近多態(tài)性的序列雜交的核苷酸引物的延伸，以在引物延伸時(shí)摻入可檢測(cè)的核苷酸殘基。也預(yù)期SBE方法可以使用3種合成的寡核苷酸。其中兩種寡核苷酸作為PCR引物發(fā)揮作用，并與位于包含待測(cè)多態(tài)性的區(qū)域兩翼的基因座的序列互補(bǔ)。在表3的標(biāo)注為“正向引物SEQID”和“反向引物SEQID”的欄中提供了可用于對(duì)本發(fā)明公開的某些多態(tài)性進(jìn)行分型的示例性的PCR引物。在包含多態(tài)性的區(qū)域擴(kuò)增之后，將PCR產(chǎn)物與延伸引物雜交，該延伸引物與直接鄰近該多態(tài)性的擴(kuò)增的DNA退火。然后提供DNA聚合酶和兩種差別標(biāo)記的雙脫氧核苷三磷酸。如果模板上存在該多態(tài)性，可以在單堿基鏈延伸中將一種標(biāo)記的雙脫氧核苷三磷酸添加到引物中。然后通過確定兩種差別標(biāo)記中的哪一種添加到延伸引物中推斷存在的等位基因。純合的樣品將導(dǎo)致兩種標(biāo)記的堿基中只有一種被摻入，因此兩種標(biāo)記中只有一種被檢測(cè)到。雜合的樣品存在兩個(gè)等位基因，因此將直接摻入兩種標(biāo)記(進(jìn)入延伸引物的不同的分子)，因此這兩種標(biāo)記都被檢測(cè)到。表4.用于單堿基延伸(SBE)分析的探針(延伸引物)<table>tableseeoriginaldocumentpage59</column></row><table>實(shí)施例10:GLS抗性的精細(xì)作圖開發(fā)了三個(gè)群體用于將標(biāo)記基因型與GLS抗性相關(guān)聯(lián)。GLS抗性供體系CV174和CV173各自與1294213回交三次，以產(chǎn)生回交作圖群體。使用CV171作為抗性來源開發(fā)另外一個(gè)群體。CV171與1294213回交兩次，并且自交一代，用于精細(xì)作圖。使用WINQTLcartographer進(jìn)行復(fù)合區(qū)間作圖。表5中提供了與GLS抗性相關(guān)的SNP標(biāo)記。表5.與GLS抗性相關(guān)的SNP標(biāo)記<table>tableseeoriginaldocumentpage60</column></row><table>實(shí)施例11對(duì)內(nèi)州萎蔫病的表型分型為了檢測(cè)與內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)的QTL，對(duì)植物進(jìn)行表型分型，以確定內(nèi)州萎蔫病反應(yīng)。使用如下的等級(jí)量表以評(píng)估對(duì)內(nèi)州萎蔫病的抗性或敏感性。內(nèi)州萎蔫病反應(yīng)的表型評(píng)價(jià)基于感染的葉面積的百分比，并且按照1(非常高的抗性)到9(敏感的)的等級(jí)進(jìn)行評(píng)定。對(duì)植物進(jìn)行人工接種，并且在授粉后大約3-4周目視評(píng)定等級(jí)。表6.用于內(nèi)州萎蔫病的病害等級(jí)量表<table>tableseeoriginaldocumentpage61</column></row><table>實(shí)施例12內(nèi)州萎蔫病抗性作圖研究1為了檢查SNP標(biāo)記與內(nèi)州萎蔫病抗性之間的相關(guān)性，將來自許多研究的分析數(shù)據(jù)綜合在一起。進(jìn)行一項(xiàng)關(guān)聯(lián)研究，以評(píng)估在一個(gè)或多個(gè)育種雜交中是否存在一個(gè)或多個(gè)標(biāo)記基因型與內(nèi)州萎蔫病抗性之間的顯著相關(guān)性。在該關(guān)聯(lián)研究中，綜合了來自10個(gè)作圖群體的數(shù)據(jù)。每個(gè)群體中的個(gè)體數(shù)為186至369。用于篩查的SNP標(biāo)記的數(shù)目為104至134。群體為F3或BC1F2。在染色體1、2、3、4、5、6、7、8、9和10上總共確定了177個(gè)SNP標(biāo)記與內(nèi)州萎蔫病抗性之間的顯著相關(guān)。提供的SNP標(biāo)記可以用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性向育種群體中的滲入。顯著的標(biāo)記_內(nèi)州萎蔫病相關(guān)性在圖2中報(bào)告。實(shí)施例13內(nèi)州萎蔫病抗性作圖研究2進(jìn)行一項(xiàng)關(guān)聯(lián)研究，以評(píng)估在一個(gè)或多個(gè)群體中是否存在一個(gè)或多個(gè)標(biāo)記基因型與內(nèi)州萎蔫病抗性之間的顯著的相關(guān)性。在該關(guān)聯(lián)研究中，使用1051個(gè)SNP標(biāo)記篩查了988個(gè)近交系。在染色體1、2、3、4、5、6、8、9和10上確定了總共53個(gè)SNP標(biāo)記與內(nèi)州萎蔫病抗性之間的相關(guān)。提供的SNP標(biāo)記可以用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性向育種群體中的滲入。與內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)的SNP標(biāo)記、顯著性水平和有利的等位基因在圖2中報(bào)告。實(shí)施例14內(nèi)州萎蔫病抗性作圖研究3進(jìn)行一項(xiàng)關(guān)聯(lián)研究，以評(píng)估在一個(gè)或多個(gè)群體中是否存在一個(gè)或多個(gè)標(biāo)記基因型與內(nèi)州萎蔫病抗性之間的顯著的相關(guān)性。在該關(guān)聯(lián)研究中，使用1至4的等級(jí)量表，其中1為抗性，2為中度抗性，3為中度敏感，4為敏感。在該關(guān)聯(lián)研究中，使用104個(gè)SNP標(biāo)記篩查了154個(gè)和212個(gè)個(gè)體的兩個(gè)F3群體。在染色體1、2、3、4、5、6、7、8、9和10上確定了總共35個(gè)SNP標(biāo)記與內(nèi)州萎蔫病抗性之間的顯著相關(guān)。提供的SNP標(biāo)記可以用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性向育種群體中的滲入。與內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)的SNP標(biāo)記、顯著性水平和有利的等位基因在圖2中報(bào)告。61實(shí)施例15內(nèi)州萎蔫病抗性作圖研究4進(jìn)行一項(xiàng)關(guān)聯(lián)研究，以評(píng)估在一個(gè)或多個(gè)群體中是否存在一個(gè)或多個(gè)標(biāo)記基因型與內(nèi)州萎蔫病抗性之間的顯著的相關(guān)性。使用518個(gè)SNP標(biāo)記篩查了群體。在染色體1、2、3、4、5、6、7、8、9和10上確定了總共80個(gè)SNP標(biāo)記與內(nèi)州萎蔫病抗性之間的顯著相關(guān)。提供的SNP標(biāo)記可以用來監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性向育種群體中的滲入。與內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)的SNP標(biāo)記、顯著性水平和有利的等位基因在圖2中報(bào)告。實(shí)施例16用于檢測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性的示例性標(biāo)記分析在一個(gè)實(shí)施方案中，通過使用核酸擴(kuò)增方法可以有利于DNA、RNA或cDNA樣品中多態(tài)性位點(diǎn)的檢測(cè)。這些方法特異性地增加了橫跨多態(tài)性位點(diǎn)或者包括該位點(diǎn)和位于其遠(yuǎn)側(cè)或近側(cè)的序列的多核苷酸的濃度。這些擴(kuò)增的分子可以很容易地通過凝膠電泳、熒光檢測(cè)方法或其它方式進(jìn)行檢測(cè)。用于擴(kuò)增和檢測(cè)與內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)的基因組區(qū)域的示例性引物和探針在表7中列出。表7.用于檢測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座的示例性分析<table>tableseeoriginaldocumentpage62</column></row><table>實(shí)施例17用于檢測(cè)具有內(nèi)州萎蔫病抗性基因座的玉米植物的寡核苷酸雜交探針通過基于雜交的SNP檢測(cè)方法，寡核苷酸也可用于檢測(cè)與本文所公開的GLS抗性相關(guān)的多態(tài)性或?qū)ζ溥M(jìn)行分型。本發(fā)明提供了能夠與包含多態(tài)性的分離的核酸序列雜交的寡核苷酸。本領(lǐng)域的技術(shù)人員能夠設(shè)計(jì)具有經(jīng)實(shí)驗(yàn)確定的嚴(yán)格性的分析，以區(qū)別本文提出的多態(tài)性的等位基因狀態(tài)。示例性的分析包括Southern印跡法、Northern印跡法、微陣列、原位雜交和其它基于雜交的多態(tài)性檢測(cè)方法。表8提供了示例性的用于基于雜交的SNP檢測(cè)的寡核苷酸?？梢杂梅派湫詷?biāo)記、熒光團(tuán)或其它化學(xué)發(fā)光手段可檢測(cè)地標(biāo)記這些寡核苷酸，以有助于使用本領(lǐng)域已知的方法檢測(cè)與源自一種或多種玉米植物的基因組或擴(kuò)增核酸的樣品的雜交。表8.示例性的寡核苷酸雜交探針<table>tableseeoriginaldocumentpage63</column></row><table>*SNP核苷酸為黑體。實(shí)施例18用于通過單堿基延伸方法檢測(cè)具有內(nèi)州萎蔫病抗性基因座的玉米植物的寡核苷酸探針通過基于單堿基延伸(SBE)的SNP檢測(cè)方法，寡核苷酸也可用于檢測(cè)與本文所公開的GLS抗性相關(guān)的多態(tài)性或?qū)ζ溥M(jìn)行分型。表9提供了示例性的用于基于SBE的SNP檢測(cè)的寡核苷酸。SBE方法基于與直接鄰近多態(tài)性的序列雜交的核苷酸引物的延伸，以在引物延伸時(shí)摻入可檢測(cè)的核苷酸殘基。也預(yù)期SBE方法可以使用3種合成的寡核苷酸。其中兩種寡核苷酸作為PCR引物發(fā)揮作用，并與位于包含待測(cè)多態(tài)性的區(qū)域兩翼的基因座的序列互補(bǔ)。在表9的標(biāo)注為“正向引物SEQID”和“反向引物SEQID”的欄中提供了可用于對(duì)本發(fā)明公開的某些多態(tài)性進(jìn)行分型的示例性的PCR引物。在包含該多態(tài)性的區(qū)域擴(kuò)增之后，將PCR產(chǎn)物與延伸引物雜交，該延伸引物與直接鄰近該多態(tài)性的擴(kuò)增的DNA退火。然后提供DNA聚合酶和兩種差別標(biāo)記的雙脫氧核苷三磷酸。如果模板上存在該多態(tài)性，可以在單堿基鏈延伸中將一種標(biāo)記的雙脫氧核苷三磷酸添加到引物中。然后通過確定兩種差別標(biāo)記中的哪一種添加到延伸引物中推斷存在的等位基因。純合的樣品將導(dǎo)致兩種標(biāo)記的堿基中只有一種被摻入，因此兩種標(biāo)記中只有一種被檢測(cè)到。雜合的樣品存在兩個(gè)等位基因，因此將直接摻入兩種標(biāo)記(進(jìn)入延伸引物的不同的分子)，因此這兩種標(biāo)記都被檢測(cè)到。表9.用于單堿基延伸(SBE)分析的探針(延伸引物)<table>tableseeoriginaldocumentpage63</column></row><table>實(shí)施例19使用1133314/1206447群體對(duì)GLS抗性的單倍體作圖研究單倍體植物在目的性狀的遺傳作圖中的應(yīng)用在下列實(shí)施例中得到了證明。通過用1206447與近交玉米系1133314雜交開發(fā)了單倍體群體，然后誘導(dǎo)得到的Fl雜種，產(chǎn)生1945個(gè)單倍體植物。這是真正的雜種群體，因?yàn)橛H本來自不同的雜種優(yōu)勢(shì)群。為了作圖，使用82種SNP標(biāo)記篩查該單倍體群體。收集該群體的與GLS反應(yīng)相關(guān)的表型數(shù)據(jù)。使用WINQTLcartographer進(jìn)行復(fù)合區(qū)間作圖，1000種排列用于LOD截止值估計(jì)，以檢查GLS與SNP標(biāo)記之間的顯著相關(guān)性。表10提供了在該研究中發(fā)現(xiàn)的顯著的標(biāo)記相關(guān)性。在實(shí)施例2和5的兩個(gè)關(guān)聯(lián)研究中也發(fā)現(xiàn)一種標(biāo)記，NC0055894(SEQIDNO:421)，與GLS相關(guān)。與GLS抗性相關(guān)的QTL通過使用單倍體植物進(jìn)行遺傳作圖來確定。除了NC0151453(SEQIDNO1231)中有利等位基因的來源是1133314以外，對(duì)于所有標(biāo)記，GLS抗性的有利等位基因的來源都是1206447。表10.可用于檢測(cè)I133314/I206447單倍體作圖群體中與GLS相關(guān)的QTL的標(biāo)記<table>tableseeoriginaldocumentpage64</column></row><table>實(shí)施例20使用Ι294213/Ι283669群體對(duì)GLS抗性的單倍體作圖研究單倍體植物在目的性狀的遺傳作圖中的應(yīng)用在下列實(shí)施例中得到了證明。通過用1283669與近交玉米系1294213雜交開發(fā)了單倍體作圖群體。然后誘導(dǎo)得到的Fl雜種，產(chǎn)生1895個(gè)單倍體種子。這是真正的雜種群體，因?yàn)橛H本來自不同的雜種優(yōu)勢(shì)群。為了作圖，使用82種SNP標(biāo)記篩查該單倍體群體。使用WINQTLcartographer進(jìn)行復(fù)合區(qū)間作圖，300種排列用于LOD截止值估計(jì)，以檢查GLS與SNP標(biāo)記之間的顯著相關(guān)性。表11提供了在該研究中發(fā)現(xiàn)的顯著的標(biāo)記相關(guān)性。在實(shí)施例2、5、6的關(guān)聯(lián)研究中發(fā)現(xiàn)五種標(biāo)記(SEQIDNO:36，481，659，1127和1219)與GLS相關(guān)。與GLS抗性相關(guān)的QTL通過單倍體植物遺傳作圖來確定。除了NC0003425(SEQIDNO1127)中的有利等位基因的來源是1294213以夕卜，對(duì)于所有標(biāo)記，有利等位基因的來源都是1283669。每種標(biāo)記的染色體定位、染色體位置和有利的等位基因在表11中提供。表11.可用于檢測(cè)I294213/I283669單倍體作圖群體中與GLS抗性相關(guān)的QTL的標(biāo)記<table>tableseeoriginaldocumentpage64</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage65</column></row><table>實(shí)施例21使用I208993/LH287群體對(duì)內(nèi)州萎蔫病的單倍體作圖研究單倍體植物在目的性狀的遺傳作圖中的應(yīng)用在下列實(shí)施例中得到了證明。為了使用單倍體植物定位與內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)的QTL，開發(fā)了作圖群體。該群體來自于LH287與近交玉米系1208993的雜交。誘導(dǎo)Fl植物產(chǎn)生單倍體種子。來自I208993/LH287群體，1384個(gè)單倍體植物接種內(nèi)州萎蔫病病原體，并使用1、5或9的縮短的等級(jí)量表進(jìn)行表型分型。等級(jí)評(píng)定在授粉后大約3-4周進(jìn)行。在QTL作圖中使用評(píng)定為1或9的植物。通過只使用極端值(1或9)，減少了病害表型分型中固有的環(huán)境變化，并且產(chǎn)生了集群分離分析，從其檢測(cè)主要QTL。使用114個(gè)SNP標(biāo)記進(jìn)行基因型分型。使用WINQTLcartographer進(jìn)行復(fù)合區(qū)間作圖，1000種排列用于LOD截止值估計(jì)。表12提供了可用于檢測(cè)I208993/LH287單倍體作圖群體中與內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)的QTL的標(biāo)記。表12也提供了染色體定位、染色體位置和有利的等位基因。表12.可用于檢測(cè)I208993/LH287單倍體作圖群體中與內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)的QTL的標(biāo)記<table>tableseeoriginaldocumentpage66</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage67</column></row><table>實(shí)施例22使用工208993／LH295群體對(duì)內(nèi)州萎蔫病的單倍體作圖研究單倍體植物在目的性狀的遺傳作圖中的應(yīng)用在下列實(shí)施例中得到了進(jìn)一步證明。為了使用單倍體植物定位與內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)的QTL，開發(fā)了作圖群體。該群體來自于1208993與LH295的雜交。誘導(dǎo)Fl植物產(chǎn)生單倍體種子。來自I208993/LH295單倍體作圖群體，980個(gè)個(gè)體自然暴露于內(nèi)州萎蔫病病原體，并使用1、5或9的改良等級(jí)量表進(jìn)行表型分型。等級(jí)評(píng)定在授粉后大約3-4周進(jìn)行。在QTL作圖中使用評(píng)定為1或9的植物。通過只使用極端值(1或9)，減少了病害表型分型中固有的環(huán)境變化，并且產(chǎn)生了集群分離分析，從其檢測(cè)主要QTL。使用980個(gè)SNP標(biāo)記進(jìn)行基因型分型。表13提供了可用于檢測(cè)I208993/LH295單倍體作圖群體中與內(nèi)州萎蔫病相關(guān)的QTL的標(biāo)記。表13.可用于檢測(cè)I208993/LH295單倍體作圖群體中與內(nèi)州萎蔫病相關(guān)的QTL的標(biāo)記<table>tableseeoriginaldocumentpage69</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage70</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage71</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage72</column></row><table>單倍體植物在目的性狀的遺傳作圖中的應(yīng)用在下列實(shí)施例中得到了證明。通過誘導(dǎo)基于家族的譜系開發(fā)了單倍體作圖群體，如F3或BC1S1，以產(chǎn)生單倍體種子。以穗行種植單倍體種子，其代表來自F3或BClSl群體的親本，并且在完成表型分型后為了加倍需要貯存剩余的種子。為了作圖，使用SNP標(biāo)記篩查該單倍體群體。進(jìn)行復(fù)合區(qū)間作圖，以檢查目的性狀與SNP標(biāo)記之間的顯著相關(guān)性。剩余的種子可以通過本領(lǐng)域已知的方法進(jìn)行加倍。選擇剩余的種子家族進(jìn)行加倍可基于表型和基因型數(shù)據(jù)。加倍的植物可以用于進(jìn)一步的育種、商業(yè)育種或用于額外的精細(xì)作圖目的。實(shí)施例24單元型效應(yīng)估計(jì)值在作出育種決定中的應(yīng)用本發(fā)明提供了通過篩查單倍體材料確定和使用QTL和單元型信息的方法，該材料能夠使育種者作出明智的育種決定。本發(fā)明的方法和組合物使得能夠從一個(gè)或多個(gè)單倍體植物確定至少一種目的基因型。另一方面，包含至少一種目的基因型的單倍體植物可以經(jīng)歷加倍，并且在育種程序中改良。在另一方面，可以使用至少一個(gè)單元型窗口下的標(biāo)記梳理如美國專利申請(qǐng)60/837，864(在此全文引入作為參考)公開的以前的QTL和單元型信息，并且利用得到的指紋確定該單元型窗口的單元型組成，隨后將其與此處公開的一個(gè)或多個(gè)表型性狀的一個(gè)或多個(gè)單元型效應(yīng)估計(jì)值相關(guān)聯(lián)。該信息在育種者作出決定中具有價(jià)值，因?yàn)樗沟媚軌蚧诠烙?jì)的表型作出選擇決定，而不需要對(duì)植物本身進(jìn)行表型分型。此外，優(yōu)選地基于基因型而不是表型作出決定，因?yàn)閷?shí)際的表型受多種生物和非生物因素的影響，這些因素可以混淆對(duì)任何給定性狀的評(píng)價(jià)和表現(xiàn)預(yù)測(cè)。如本文使用的，本發(fā)明允許鑒定一個(gè)或多個(gè)優(yōu)選的單倍體植物，使得只有優(yōu)選的植物經(jīng)歷加倍過程，從而節(jié)約了DH過程。另一方面，通過使用用于一個(gè)或多個(gè)單元型窗口的標(biāo)記對(duì)一個(gè)或多個(gè)單倍體植物進(jìn)行基因型分型，確定一個(gè)或多個(gè)單元型。育種者能夠?qū)卧团c它們各自對(duì)于一個(gè)或多個(gè)目的表型的單元型效應(yīng)估計(jì)值對(duì)應(yīng)起來，并且基于優(yōu)選的單元型作出決定。包含一個(gè)或多個(gè)優(yōu)選單元型的單倍體植物使用一種或多種本領(lǐng)域已知的方法進(jìn)行加倍，然后在育種程序中改良。一方面，株系開發(fā)育種中的改良決定在傳統(tǒng)上基于表型作出，其中在兩個(gè)或多個(gè)顯示一個(gè)或多個(gè)表型性狀分離的植物之中作出決定。本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是能夠基于單元型作出決定，其中梳理先驗(yàn)信息，以允許“預(yù)測(cè)性育種”。在該方面，在農(nóng)作物的株系開發(fā)育種中，評(píng)估亞系在一個(gè)或多個(gè)標(biāo)記基因座處的分離。在一個(gè)或多個(gè)單元型窗口處分離的個(gè)體可以使用基因型分型明確地鑒定，并且對(duì)于任何給定的單元型窗口，選擇包含優(yōu)選單元型的個(gè)體。在優(yōu)選方面，選擇決定是基于單元型效應(yīng)估計(jì)值、單元型頻率或育種值。實(shí)施例25單倍體種子在高油育種程序中用于預(yù)選擇的應(yīng)用本發(fā)明的方法可以用于高油玉米育種程序中。根據(jù)本發(fā)明可以選擇具有至少一個(gè)優(yōu)選標(biāo)記如含油量的單倍體粒。利用預(yù)選擇育種方法，使用標(biāo)記針對(duì)油和農(nóng)學(xué)性狀如產(chǎn)量，預(yù)選擇和預(yù)篩選株系，所述標(biāo)記選自遺傳標(biāo)記、蛋白質(zhì)組成、蛋白質(zhì)水平、油組成、油水平、碳水化合物組成、碳水化合物水平、脂肪酸組成、脂肪酸水平、氨基酸組成、氨基酸水平、生物聚合物、藥品、淀粉組成、淀粉水平、可發(fā)酵的淀粉、發(fā)酵產(chǎn)量、發(fā)酵效率、能量產(chǎn)量、次生化合物、代謝物、形態(tài)特征和農(nóng)藝學(xué)特征。確定送往加倍單倍體(DH)過程的群體。針對(duì)與改良的農(nóng)學(xué)性狀如產(chǎn)量、濕度和容重(testweight)相關(guān)的選擇目標(biāo)，在該群體的一個(gè)或多個(gè)親本中確定目的QTL和/或基因組區(qū)域。在其它方面，鑒定與改善的油組成和/或提高的油組成確定相關(guān)的QTL。一方面，選擇兩個(gè)或多個(gè)QTL。使用本領(lǐng)域已知的方法表征了經(jīng)歷單倍體誘導(dǎo)的群體的含油量，所述方法的非限制性的例子包括NIT、NIR、NMR和MRI，其中種子作為集群和/或以一個(gè)種子測(cè)量。測(cè)量單個(gè)種子中含油量的方法已有描述(Kotyk，J.，等人，JournalofAmericanOilChemists'Society82:855_862(2005)。在一方面，單粒分析(SKA)通過磁共振或其它方法進(jìn)行。在另一方面，使用本領(lǐng)域已知的分析方法對(duì)每個(gè)穗測(cè)定含油量，并且選擇的穗在經(jīng)歷SKA之前膨脹。得到的數(shù)據(jù)用來選擇落入育種者可接受的油范圍內(nèi)的單粒以滿足產(chǎn)品概念將選擇的群體送至DH設(shè)施并且誘導(dǎo)。選擇推斷的單倍體粒，并且非破壞性地采樣用于后續(xù)的基因型分型。用于高通量、非破壞性種子采樣的裝置和方法已有描述，其通過允許個(gè)體種子分析克服了統(tǒng)計(jì)學(xué)樣本的障礙。例如，在此全文引入作為參考的美國專利申請(qǐng)11/213，430(2005年8月26日提交)、美國專利申請(qǐng)11/213，431(2005年8月26日提交)、美國專利申請(qǐng)11/213,432(2005年8月26日提交)、美國專利申請(qǐng)11/213,434(2005年8月26日提交)和美國專利申請(qǐng)11/213，435(2005年8月26日提交)、美國專利申請(qǐng)11/680,611(2005年3月2日提交)公開了用于種子自動(dòng)化采樣的裝置和系統(tǒng)以及采樣、測(cè)試和膨脹種子的方法。使用對(duì)應(yīng)于一種或多種目的QTL的標(biāo)記對(duì)種子樣品進(jìn)行基因型分型?；谒鼈儗?duì)于這些QTL的基因型選擇種子?？梢曰趦?yōu)選的QTL等位基因選擇種子，或者為了另外的作圖目的，選擇分布的兩端。即，基于對(duì)于至少一種QTL優(yōu)選的和次優(yōu)選的等位基因，和/或?qū)τ谥辽僖环N表型的優(yōu)選的和次優(yōu)選的表型表現(xiàn)，和/或?qū)τ谥辽僖环N表型的優(yōu)選和次優(yōu)選的預(yù)測(cè)表型表現(xiàn)，選擇種子。也可以通過本領(lǐng)域已知的方法如NMR或MRI選擇和加工單倍體粒，以表征含油量。選擇具有優(yōu)選的含油量的粒。如上所述，為了研究目的，可以選擇具有低、高或平均含油量的粒，以確定含油量的遺傳基礎(chǔ)。在一方面，胚芽和胚乳中的相對(duì)含油量通過對(duì)整個(gè)粒進(jìn)行NMR測(cè)量來表征，其中隨后對(duì)切開的胚芽和胚乳進(jìn)行NMR測(cè)量。在另一方面，使用MRI將粒成像，以確定胚芽和胚乳組織中的相對(duì)含油量。另一方面，分析種子樣品的含油量，并且對(duì)至少一個(gè)目的QTL或基因組區(qū)域進(jìn)行基因型分型，以能夠預(yù)選擇具有合適的農(nóng)學(xué)表現(xiàn)的高油玉米。然后基于分析和/或基因型數(shù)據(jù)對(duì)選擇的單倍體粒進(jìn)行加倍。一方面，在加倍后，可以使用如上所述的遺傳和/或分析方法篩選推斷的DH。值得注意的是，用于檢測(cè)油的分析方法不限于NMR，其它有關(guān)方法包括IR-型儀器和MRI。樣品也可以是基于集群或單個(gè)種子，其中存在基于優(yōu)選的含油量選擇材料的能力。在某些方面，優(yōu)選的含油量是降低的含油量，這可用于開發(fā)用于檢測(cè)含油量QTL的作圖群體。選擇的單倍體植物可以用來對(duì)油性狀作圖。實(shí)施例26育種中GLS抗性的滲入已經(jīng)描述了上述GLS抗性基因座，給出了在玉米育種程序中、更具體地在近交系的開發(fā)中使用所述GLS抗性基因座的說明性實(shí)施例。GLS抗性系CV171用作供體來源。玉米近交系CV009用作輪回親本。表14提供了用于選擇GLS抗性系的示例性的SNP標(biāo)記和有利的等位基因。示例性的SNP標(biāo)記NCOO19588，NC0037947，NC0088767,NC0059114，NC0003201，NC0060514，NC0002782，NC0053636，NC0009667和NC0032368(SEQIDNO:858，860，862，866，875，877，881，882，883和1360)用來監(jiān)測(cè)來自染色體6的GLS抗性區(qū)的滲入。育種者選擇攜帶代表一個(gè)或多個(gè)GLS抗性基因座的一種或多種所述SNP標(biāo)記的抗性等位基因的株系。一個(gè)或多個(gè)抗性基因座的滲入通過與輪回親本的反復(fù)回交伴隨著選擇來實(shí)現(xiàn)，以使用上述標(biāo)記保留來自供體親本的一個(gè)或多個(gè)GLS抗性基因座。這一回交程序在株系開發(fā)的任何階段實(shí)施，并且與針對(duì)優(yōu)良農(nóng)學(xué)特征或一個(gè)或多個(gè)目的性狀(包括轉(zhuǎn)基因和非轉(zhuǎn)基因性狀)的育種一起進(jìn)行?？商娲兀褂谜蛴N方法，其中可以監(jiān)測(cè)與敏感親本雜交后一個(gè)或多個(gè)GLS抗性基因座的成功滲入，針對(duì)一個(gè)或多個(gè)GLS抗性基因座并且針對(duì)一個(gè)或多個(gè)額外的目的性狀(包括轉(zhuǎn)基因和非轉(zhuǎn)基因性狀)對(duì)后續(xù)世代進(jìn)行基因型分型。表14可用于滲入來自近交系CV171的GLS抗性的SNP標(biāo)記標(biāo)記標(biāo)記SEQMNO.染色體I有利的等位基因NC00195888586CNC00379478606GNC00887678626ANC00591148666TNC00032018756GNC00605148776CANC00027828816CNC00536368826ANC00096678836GNC003236813606G實(shí)施例27使用SNP標(biāo)記滲入內(nèi)州萎蔫病抗性可以通過植物育種領(lǐng)域的熟練技術(shù)人員已知的方法將與內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)的基因座滲入玉米植物中。植物育種者可以使用SNP標(biāo)記監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座的滲入和選擇攜帶一種或多種所述SNP標(biāo)記的有利等位基因的株系。在本實(shí)施例中，近交系LH287用作內(nèi)州萎蔫病抗性的來源。用來監(jiān)測(cè)染色體2上內(nèi)州萎蔫病抗性基因座的滲入的SNP標(biāo)記包括NC0202383、NC0199732、NC0048553和NC0201646(SEQIDNO:1122，1276，1294和234)。用來監(jiān)測(cè)染色體3上內(nèi)州萎蔫病抗性基因座的滲入的SNP標(biāo)記包括NC0019963和NC0004821(SEQIDNO:368和371)。用來監(jiān)測(cè)染色體4上內(nèi)州萎蔫病抗性基因座的滲入的SNP標(biāo)記包括NC0040461和NC0034462(SEQIDNO1282和1250)。用來監(jiān)測(cè)染色體5上內(nèi)州萎蔫病抗性基因座的滲入的SNP標(biāo)記包括NC0147719和NC0012417(SEQIDNO1301和768)。有利的等位基因是與抗性供體親本相關(guān)的等位基因。在進(jìn)一步的說明中，近交系LH295用作內(nèi)州萎蔫病抗性的來源。用來監(jiān)測(cè)染色體2上內(nèi)州萎蔫病抗性基因座的滲入的SNP標(biāo)記包括NC0013275、NC0199350和NC0019110(SEQIDNO:236，1277和1278)。用來監(jiān)測(cè)染色體3上內(nèi)州萎蔫病抗性基因座的滲入的SNP標(biāo)記包括NC0199741和NC0041040(SEQIDNO1281和440)。用來監(jiān)測(cè)染色體4上內(nèi)州萎蔫病抗性基因座的滲入的SNP標(biāo)記包括NC0040461、NC0199420和NC0036240(SEQIDNO1282，1283和587)。用來監(jiān)測(cè)染色體5上內(nèi)州萎蔫病抗性基因座的滲入的SNP標(biāo)記包括NC0040571和NC0017678(SEQIDNO721和733)。用來監(jiān)測(cè)染色體7上內(nèi)州萎蔫病抗性基因座的滲入的SNP標(biāo)記包括NC0201872和NC0145922(SEQIDNO1288和940)。用來監(jiān)測(cè)染色體10上內(nèi)州萎蔫病抗性基因座的滲入的SNP標(biāo)記包括NC0200312(SEQIDNO1293)。植物育種者可以使用SNP標(biāo)記監(jiān)測(cè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座的滲入和選擇攜帶一種或多種所述SNP標(biāo)記的有利等位基因的株系。一個(gè)或多個(gè)抗性基因座的滲入通過與輪回親本的反復(fù)回交伴隨著選擇來實(shí)現(xiàn)，以使用上述標(biāo)記保留來自供體親本的一個(gè)或多個(gè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座。這一回交程序在株系開發(fā)的任何階段實(shí)施，并且與針對(duì)優(yōu)良農(nóng)學(xué)特征或一個(gè)或多個(gè)目的性狀(包括轉(zhuǎn)基因和非轉(zhuǎn)基因性狀)的育種一起進(jìn)行?？商娲兀褂谜蛴N方法，其中可以監(jiān)測(cè)與敏感親本雜交后一個(gè)或多個(gè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座的成功滲入，針對(duì)一個(gè)或多個(gè)內(nèi)州萎蔫病抗性基因座和一個(gè)或多個(gè)額外的目的性狀(包括轉(zhuǎn)基因和非轉(zhuǎn)基因性狀)對(duì)后續(xù)世代進(jìn)行基因型分型。實(shí)施例28與內(nèi)州萎蔫病相關(guān)的標(biāo)記在玉米育種程序中的應(yīng)用從圖2所示的研究可以看出，染色體區(qū)域可以具有多個(gè)與內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)的SNP標(biāo)記。下面是為了培育內(nèi)州萎蔫病抗性玉米，靶向來自與內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)的至少一個(gè)基因座的至少一種標(biāo)記的非限制性例子。特別是，本發(fā)明的標(biāo)記可用于產(chǎn)生內(nèi)州萎蔫病抗性玉米近交系和雜種。本發(fā)明的標(biāo)記可用于親本選擇、后代選擇和標(biāo)記輔助的滲入和回交中。來自染色體1的示例性的標(biāo)記是NC0004909和NC0005098(SEQIDN0:175和177)。來自染色體3的示例性的標(biāo)記是NC0146497和NC0155987(SEQIDNO479和480)。來自染色體4的示例性的標(biāo)記是NC0077408、NC0003274和NC0009280(SEQIDNO:582、585和1251)。來自染色體8的示例性標(biāo)記是NC0010392、NC0012656和NC0008831(SEQIDNO1053、1054和1056)。已經(jīng)說明和描述了本發(fā)明的原理，本領(lǐng)域的技術(shù)人員應(yīng)該明白，在不背離這些原理的情況下，可以在排列和細(xì)節(jié)上修改本發(fā)明。我們要求保護(hù)在所附的權(quán)利要求書的精神和范圍之內(nèi)的所有修改。在此引用了許多專利和非專利出版物，其公開內(nèi)容都在必要的程度上引入本文作為參考。權(quán)利要求一種使用單倍體植物關(guān)聯(lián)至少一種基因型與至少一種表型的方法，包括a)使用至少一種遺傳標(biāo)記測(cè)定至少一個(gè)單倍體植物的至少一種基因型；和b)將所述至少一種標(biāo)記與至少一種表型性狀相關(guān)聯(lián)。2.權(quán)利要求1的方法，其中所述至少一種遺傳標(biāo)記包括單核苷酸多態(tài)性(SNP)、DNA序列中的插入或缺失(Indel)、DNA序列的簡單序列重復(fù)(SSR)、限制性片段長度多態(tài)性、單元型或標(biāo)簽SNP。3.權(quán)利要求1的方法，進(jìn)一步包括使用步驟(b)中確定的相關(guān)性在植物育種程序中作出選擇的步驟。4.權(quán)利要求3的方法，其中所述選擇包括基于所述至少一種基因型在不同育種群體之中選擇。5.權(quán)利要求3的方法，其中所述選擇包括基于所述至少一種基因型在一個(gè)或多個(gè)育種群體中選擇后代。6.權(quán)利要求3的方法，其中所述選擇包括基于后代表現(xiàn)的預(yù)測(cè)在不同親本系之中選擇。7.權(quán)利要求3的方法，其中所述選擇包括基于所述至少一種基因型選擇用于在種質(zhì)改良活動(dòng)中改良的株系。8.權(quán)利要求3的方法，進(jìn)一步包括將在所述育種程序中選擇的至少一個(gè)單倍體植物加倍以獲得加倍的單倍體植物的步驟。9.權(quán)利要求9的方法，其中所述加倍的單倍體植物用于將目的基因型滲入至少一個(gè)用于植物育種程序的第二植物中。10.權(quán)利要求1的方法，其中步驟(a)中的所述單倍體植物是從單倍體育種群體獲得的。11.一種確定植物基因型與一種或多種目的性狀的相關(guān)性的方法，包括a)針對(duì)至少一種性狀篩查多個(gè)顯示遺傳性變異的單倍體植物，其中所述遺傳性變異與至少一種基因型連鎖；和b)將至少一個(gè)單倍體植物的至少一種基因型與至少一種性狀相關(guān)聯(lián)。12.權(quán)利要求11的方法，其中所述基因型包含遺傳標(biāo)記。13.權(quán)利要求11的方法，進(jìn)一步包括使用步驟(b)中確定的相關(guān)性在植物育種程序中作出選擇的步驟。14.權(quán)利要求13的方法，其中所述選擇包括基于所述至少一種基因型在不同育種群體之中選擇。15.權(quán)利要求13的方法，其中所述選擇包括基于所述至少一種基因型在一個(gè)或多個(gè)育種群體中選擇后代。16.權(quán)利要求13的方法，其中所述選擇包括基于后代表現(xiàn)的預(yù)測(cè)在不同親本系之中選擇。17.權(quán)利要求13的方法，其中所述選擇包括基于所述至少一種基因型選擇用于在種質(zhì)改良活動(dòng)中改良的株系。18.權(quán)利要求13的方法，進(jìn)一步包括將在所述育種程序中選擇的至少一個(gè)單倍體植物加倍以獲得加倍的單倍體植物的步驟。19.權(quán)利要求18的方法，其中所述加倍的單倍體植物用于將目的基因型滲入用于植物育種程序的植物中。20.權(quán)利要求11的方法，其中所述一個(gè)或多個(gè)單倍體植物包括完整的植物、葉、維管組織、花、莢、根、莖、種子或其部分。21.權(quán)利要求11的方法，其中所述植物選自玉米(Zeamays)、大豆(Glycinemax),棉花(Gossypiumhirsutum)、花生(Arachishypogaea)、大麥(Hordeumvulgare)、燕麥(Avenasativa)、鴨茅(Dactylisglomerata)、7_K稻(Oryzasativa,包括秈稻(indica)禾口粳禾S(japonica)變禾中)、高梁(Sorghumbicolor)、甘蔴(Saccharumsp)、高羊茅(Festucaarundinacea)、草皮草物種(例如物種四季青(Agrostisstolonifera)、草地早熟禾(Poapratensis)、_卩十草(Stenotaphrumsecundatum))、/j、麥(Triticumaestivum)>1=Γ(Medicagosativa)、蕓苔屬的成員、胡蘿卜、黃瓜、干豆、茄子、茴香、青刀豆、葫蘆、韭菜、萵苣、甜瓜、秋葵、洋蔥、豌豆、胡椒、南瓜、蘿卜、菠菜、筍瓜、甜玉米、西紅柿、西瓜和觀賞植物。22.權(quán)利要求11的方法，其中所述單倍體植物是水果、蔬菜、塊莖和塊根農(nóng)作物。23.權(quán)利要求11的方法，其中所述性狀選自除草劑耐受性、抗病性、昆蟲或害蟲抗性、改變的脂肪酸、蛋白質(zhì)或碳水化合物代謝、提高的谷物產(chǎn)量、增加的油、增加的營養(yǎng)含量、增加的生長速度、增強(qiáng)的應(yīng)激耐受性、優(yōu)選的成熟度、增強(qiáng)的感官特性、改變的形態(tài)特征、不育性、用于工業(yè)應(yīng)用的性狀和對(duì)消費(fèi)者有吸引力的性狀。24.一種鑒定包含至少一個(gè)與玉米植物灰色葉斑病(GLS)抗性等位基因相關(guān)的等位基因的玉米植物的方法，包括a)使用至少一種核酸標(biāo)記對(duì)至少一個(gè)玉米植物進(jìn)行基因型分型，該核酸標(biāo)記選自SEQIDNO1-62,64-70,72-156,158-172，174-187，189-377，379，380，382-409，411-459，461-1233，1360和1361，和b)選擇包含至少一個(gè)所述灰色葉斑病(GLS)抗性相關(guān)標(biāo)記的等位基因的至少一個(gè)玉米植物。25.權(quán)利要求24的方法，其中在步驟(a)中進(jìn)行基因型分型的至少一個(gè)玉米植物和/或在步驟(b)中選擇的至少一個(gè)玉米植物是來自雜交產(chǎn)生的群體的玉米植物。26.權(quán)利要求25的方法，其中所述雜交是通過花粉接受體的機(jī)械去雄、化學(xué)不育化或遺傳不育化而實(shí)現(xiàn)的。27.權(quán)利要求24的方法，其中基因型分型是通過在步驟(a)中確定至少一種所述玉米基因組DNA標(biāo)記的等位基因狀態(tài)實(shí)現(xiàn)的。28.權(quán)利要求24的方法，其中選擇的一個(gè)或多個(gè)玉米植物顯示至少部分的對(duì)誘導(dǎo)GLS的真菌的抗性或者至少基本的對(duì)誘導(dǎo)GLS的真菌的抗性。29.權(quán)利要求25的方法，其中所述群體是通過至少一個(gè)灰色葉斑病(GLS)抗性玉米植物與至少一個(gè)灰色葉斑病(GLS)敏感性玉米植物雜交產(chǎn)生的。30.權(quán)利要求25的方法，其中所述群體是分離群體。31.權(quán)利要求25的方法，其中所述雜交是至少一個(gè)灰色葉斑病(GLS)抗性玉米植物與至少一個(gè)灰色葉斑病(GLS)敏感性玉米植物的回交，以將GLS抗性滲入玉米種質(zhì)中。32.權(quán)利要求25的方法，其中所述群體是單倍體育種群體。33.一種將灰色葉斑病(GLS)抗性QTL等位基因滲入玉米植物中的方法，包括a)使用至少一種核酸標(biāo)記篩查群體，以確定一個(gè)或多個(gè)來自該群體的玉米植物是否包含所述與灰色葉斑病(GLS)抗性QTL相關(guān)的標(biāo)記的等位基因，所述灰色葉斑病(GLS)抗性QTL選自圖1提供的QTL編號(hào)1-9，14-33，35，38-42，44-52，54-61，63-71，73-79，81-92，95-96，99-106，108-117和119-178；和b)從所述群體中選擇包含所述灰色葉斑病(GLS)抗性相關(guān)標(biāo)記的等位基因的至少一個(gè)玉米植物。34.權(quán)利要求33的方法，其中至少一種標(biāo)記位于至少一個(gè)所述灰色葉斑病(GLS)抗性QTL的5cM內(nèi)。35.權(quán)利要求34的方法，其中至少一種標(biāo)記位于至少一個(gè)所述灰色葉斑病(GLS)抗性QTL的2cM內(nèi)。36.權(quán)利要求35的方法，其中至少一種標(biāo)記位于至少一個(gè)所述灰色葉斑病(GLS)抗性QTL的IcM內(nèi)。37.權(quán)利要求33的方法，其中對(duì)于至少一個(gè)所述灰色葉斑病(GLS)抗性QTL，至少一種標(biāo)記顯示大于4.0的LOD得分。38.權(quán)利要求33的方法，其中所述群體是通過至少一個(gè)灰色葉斑病(GLS)抗性玉米植物與至少一個(gè)灰色葉斑病(GLS)敏感性玉米植物雜交產(chǎn)生的。39.權(quán)利要求33的方法，其中所述群體是單倍體育種群體。40.權(quán)利要求33的方法，其中所述核酸標(biāo)記選自SEQIDNO:858，860，862，866，875，877,881,882,883和1360。41.一種通過權(quán)利要求24-32中的任一項(xiàng)的方法獲得的玉米植物，其中所述玉米植物包含選自SEQIDNO:1-62，64-70，72-156，158-172，174-187，189-377，379，380，382-409，411-459,461-1233和SEQIDNO1360和1361的核酸標(biāo)記的至少一個(gè)等位基因，其中所述等位基因與灰色葉斑病(GLS)抗性相關(guān)。42.權(quán)利要求41的玉米植物，其中所述玉米植物顯示至少部分的對(duì)誘導(dǎo)GLS的真菌的抗性或者至少基本的對(duì)誘導(dǎo)GLS的真菌的抗性。43.權(quán)利要求41的玉米植物，其中所述玉米植物是單倍體玉米植物。44.一種通過權(quán)利要求33-40中的任一項(xiàng)的方法獲得的玉米植物，其中所述玉米植物包含選自圖1提供的QTL編號(hào)1-9，14-33，35，38-42，44-52，54-61，63-71，73-79，81-92，95-96，99-106，108-117和119-178的灰色葉斑病(GLS)抗性QTL。45.一種用于檢測(cè)代表玉米DNA中的多態(tài)性的分子標(biāo)記的分離的核酸分子，其中所述核酸分子包含至少15個(gè)包括或直接鄰近所述多態(tài)性的核苷酸，其中所述核酸分子與包括或直接鄰近所述多態(tài)性的DNA任一鏈中相同數(shù)目連續(xù)核苷酸的序列至少90%相同，并且其中所述分子標(biāo)記選自SEQIDNO1-62，64-70，72-156，158-172，174-187，189-377,379，380，382-409，411-459，461-1360和1361。46.權(quán)利要求45的分離的核酸分子，其中所述分子標(biāo)記選自SEQIDNO:858，860，862，866，875，877，881，882，883和1360。47.一種鑒定包含至少一個(gè)與玉米植物中內(nèi)州萎蔫病抗性等位基因相關(guān)的等位基因的玉米植物的方法，包括a)使用至少一種核酸標(biāo)記對(duì)至少一個(gè)玉米植物進(jìn)行基因型分型，該核酸標(biāo)記選自SEQIDNO13,19，24，27，36，50，53，90，94，95，97，99，101，102，106，110，111，119，121，122，124，128，130-132，136，138，141，146，153，158-160，162，164，166，169，172，175，177，186，200，202，203，207，208，215，216，218，220，224，228，231-236，244，248，250，252，256，257，260，265-267，271-274，278，279，282，287，289，294-296，299，317，320，332-334，337，347，355，362，363，366-368，370，371，375，381，382，392，395，401，408，409，411，412，422，423，429，430，433，438，440，447，474，476，479，480，482，486，490，493，498，500，525，530，533，556，566，582，585，587，589，593，594，599，611，618，621，623，629，630，632，637，639，646，649，650，657，665，669，678，679，688，690，704，709，710，717，719-721，726，727，733，734，744，746，758，760，764，768，773，792，793，812，821，825，835，844，846，850，854，856-858，874，876，880，882，885，893，896，897，915，926，940，942，949，951，957，963，964，974，976，981,983,990,997,999,1000，1015，1016，1027，1043，1049，1053，1054，1056，1075，1081，1087，1088，1098-1100，1104，1105，1108，1110，1115，1122，1131，1133，1142，1143，1145，1146，1148，1149，1159，1168，1174，1184，1186，1196，1204，1212，1215，1229，1234-1302和1303，和b)選擇包含至少一種所述內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)標(biāo)記的等位基因的至少一個(gè)玉米植物。48.權(quán)利要求47的方法，其中步驟(a)中進(jìn)行基因型分型的至少一個(gè)玉米植物和/或步驟(b)中選擇的至少一個(gè)玉米植物是來自雜交產(chǎn)生的群體的玉米植物。49.權(quán)利要求48的方法，其中所述雜交是通過花粉接受體的機(jī)械去雄、化學(xué)不育化或遺傳不育化而實(shí)現(xiàn)的。50.權(quán)利要求47的方法，其中所述基因型分型是在步驟(a)中通過確定至少一種所述玉米基因組DNA標(biāo)記的等位基因狀態(tài)實(shí)現(xiàn)的。51.權(quán)利要求47的方法，其中所述步驟(b)選擇的玉米植物顯示至少部分的對(duì)誘導(dǎo)內(nèi)州萎蔫病的細(xì)菌的抗性或者至少基本的對(duì)誘導(dǎo)內(nèi)州萎蔫病的細(xì)菌的抗性。52.權(quán)利要求47的方法，其中所述核酸標(biāo)記選自SEQIDNO:27，121，141，175，177，220，224，234，248，252，381，440，479，480，533，582，585，639，721，727，733，746，768，773，940，1053，1054，1122，1186，1246，1250和1251。53.權(quán)利要求52的方法，其中所述核酸標(biāo)記選自SEQIDNO:234和1250。54.權(quán)利要求48的方法，其中所述群體是通過至少一個(gè)內(nèi)州萎蔫病抗性玉米植物與至少一個(gè)內(nèi)州萎蔫病敏感性玉米植物雜交產(chǎn)生的。55.權(quán)利要求48的方法，其中所述群體是分離群體。56.權(quán)利要求48的方法，其中所述雜交是至少一個(gè)內(nèi)州萎蔫病抗性玉米植物與至少一個(gè)內(nèi)州萎蔫病敏感性玉米植物的回交，以將內(nèi)州萎蔫病抗性滲入玉米種質(zhì)中。57.權(quán)利要求48的方法，其中所述群體是單倍體育種群體。58.一種將內(nèi)州萎蔫病抗性QTL滲入玉米植物中的方法，包括a)使用至少一種核酸標(biāo)記篩選群體，以確定一個(gè)或多個(gè)來自該群體的玉米植物是否含有內(nèi)州萎蔫病抗性QTL，其中所述內(nèi)州萎蔫病抗性QTL是選自圖2提供的1,2,3,4,5,6,7,8,9,10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，‘85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96，97，98，99，100，101，102，103，104，105，106，107，108，109，110，111，112，’113，114，115，116，117，118，119，120，121，122，123，124，125，126，127，128，129，130和131的QTL；和b)從所述群體中選擇包含所述內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)標(biāo)記的等位基因的至少一個(gè)玉米植物。59.權(quán)利要求58的方法，其中至少一種標(biāo)記位于所述內(nèi)州萎蔫病抗性QTL的5cM內(nèi)。60.權(quán)利要求59的方法，其中至少一種標(biāo)記位于所述內(nèi)州萎蔫病抗性QTL的2cM內(nèi)。61.權(quán)利要求60的方法，其中至少一種標(biāo)記位于所述內(nèi)州萎蔫病抗性QTL的IcM內(nèi)。62.權(quán)利要求58的方法，其中對(duì)于所述內(nèi)州萎蔫病抗性QTL，至少一種標(biāo)記顯示大于4.0的LOD得分。63.權(quán)利要求62的方法，其中所述核酸標(biāo)記選自SEQIDNO:27，121，141，175，177，220，224，234，248，252，381，440，479，480，533，582，585，639，721，727，733，746，768，773，940，1053，1054，1122，1186，1246，1250和1251。64.權(quán)利要求63的方法，其中所述核酸標(biāo)記選自SEQIDNO:234和1250。65.權(quán)利要求58的方法，其中所述群體是分離群體。66.通過權(quán)利要求47-57中任一項(xiàng)的方法獲得的玉米植物，其中所述玉米植物包含核酸標(biāo)記的至少一個(gè)等位基因，該核酸標(biāo)記選自SEQIDNO:13，19，24，27，36，50，53，90，94，95,97,99,101，102，106，110，111，119，121，122，124，128，130-132，136，138，141，146，153，158-160，162，164，166，169，172，175，177，186，200，202，203，207，208，215，216，218，220，224，228，231-236，244，248，250，252，256，257，260，265-267，271-274，278，279，282，287，289，294-296，299，317，320，332-334，337，347，355，362，363，366-368，370，371，375，381，382，392，395，401，408，409，411，412，422，423，429，430，433，438，440，447，474，476，479，480，482，486，490，493，498，500，525，530，533，556，566，582，585，587，589，593，594，599，611，618，621，623，629，630，632，637，639，646，649，650，657，665，669，678，679，688，690，704，709，710，717，719-721，726，727，733，734，744，746，758，760，764，768，773，792，793，812，821，825，835，844，846，850，854，856-858，874，876，880，882，885，893，896，897，915，926，940，942，949，951，957，963，964，974，976，981，983，990，997，999，1000，1015，1016，1027，1043，1049，1053，1054，1056，1075，1081，1087，1088，1098-1100，1104，1105，1108，1110，1115，1122，1131，1133，1142，1143，1145，1146，1148，1149，1159，1168，1174，1184，1186，1196，1204，1212，1215，1229，1234-1302和1303，其中所述等位基因與內(nèi)州萎蔫病抗性相關(guān)。67.權(quán)利要求66的玉米植物，其中所述核酸標(biāo)記選自SEQIDNO:27，121，141，175，177，220，224，234，248，252，381，440，479，480，533，582，585，639，721，727，733，746，768，773，940，1053，1054，1122，1186，1246，1250和1251。68.權(quán)利要求66的玉米植物，其中所述玉米植物顯示至少部分的對(duì)誘導(dǎo)內(nèi)州萎蔫病的細(xì)菌的抗性或者至少基本的對(duì)誘導(dǎo)內(nèi)州萎蔫病的細(xì)菌的抗性。69.權(quán)利要求67的玉米植物，核酸標(biāo)記選自SEQIDN0:234和1250。70.權(quán)利要求66的玉米植物，其中所述玉米植物是單倍體玉米植物。71.通過權(quán)利要求58-65中任一項(xiàng)的方法獲得的玉米植物，其中所述玉米植物包含內(nèi)州萎蔫病抗性QTL，該QTL選自圖2中提供的QTL編號(hào)1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96，97，98，99，100，101，102，103，104，105，106，107，108，109，110，111，112，113，114，115，116，117，118，119，120，121，122，123，124，125，126，127，128，129，130和131。72.權(quán)利要求45的分離的核酸，其中所述分子標(biāo)記選自SEQIDNO:13，19，24，27，36，50,53,90,94,95,97,99,101，102，106，110，111，119，121，122，124，128，130-132，136，138，141，146，153，158-160，162，164，166，169，172，175，177，186，200，202，203，207，208，215，216，218，220，224，228，231-236，244，248，250，252，256，257，260，265-267，271-274，278，279，282，287，289，294-296，299，317，320，332-334，337，347，355，362，363，366-368，370，371，375，381，382，392，395，401，408，409，411，412，422，423，429，430，433，438，440，447，474，476，479，480，482，486，490，493，498，500，525，530，533，556，566，582，585，587，589，593，594，599，611，618，621，623，629，630，632，637，639，646，649，650，657，665，669，678，679，688，690，704，709，710，717，719，721，726，727，733，734，744，746，758，760，764，768，773，792，793，812，821，825，835，844，846，850，854，856-858，874，876，880，882，885，893，896，897，915，926，940，942，949，951，957，963，964，974，976，981，983，990，997，999，1000，1015，1016，1027，1043，1049，1053，1054，1056，1075，1081，1087，1088，1098-1100，1104，1105，1108，1110，1115，1122，1131，1133，1142，1143，1145，1146，1148，1149，1159，1168，1174，1184，1186，1196，1204，1212，1215，1229，1234-1302和1303。73.權(quán)利要求72的分離的核酸，其中所述分子標(biāo)記選自SEQIDNO:27，121，141，175，177，220，224，234，248，252，381，440，479，480，533，582，585，639，721，727，733，746，768，773,940,1053，1054，1122，1186，1246，1250和1251。74.權(quán)利要求73的分離的核酸，其中所述分子標(biāo)記選自SEQIDNO234和1250。75.一種使用單倍體植物關(guān)聯(lián)至少一種表型與至少一種遺傳標(biāo)記的方法，包括a)使用至少一種表型標(biāo)記測(cè)定至少一個(gè)單倍體植物的至少一種表型，以確定是否存在所述表型；和b)將所述表型的存在或不存在與至少一種遺傳標(biāo)記相關(guān)聯(lián)。76.權(quán)利要求75的方法，其中所述單倍體植物是從單倍體育種群體獲得的。77.權(quán)利要求75的方法，其中所述至少一種遺傳標(biāo)記包括單核苷酸多態(tài)性(SNP)、DNA序列中的插入或缺失(Indel)、DNA序列的簡單序列重復(fù)(SSR)、限制性片段長度多態(tài)性、單元型或標(biāo)簽SNP。78.權(quán)利要求75的方法，其中所述至少一種表型標(biāo)記包括轉(zhuǎn)錄譜、代謝譜、營養(yǎng)組成譜、蛋白質(zhì)表達(dá)譜、蛋白質(zhì)組成、蛋白質(zhì)水平、油組成、油水平、碳水化合物組成、碳水化合物水平、脂肪酸組成、脂肪酸水平、氨基酸組成、氨基酸水平、生物聚合物、藥品、淀粉組成、淀粉水平、可發(fā)酵的淀粉、發(fā)酵產(chǎn)量、發(fā)酵效率、能量產(chǎn)量、次生化合物、代謝物、形態(tài)特征和農(nóng)藝學(xué)特征中的至少一種。79.權(quán)利要求75的方法，進(jìn)一步包括使用步驟(b)中確定的相關(guān)性在植物育種程序中作出選擇的步驟。80.權(quán)利要求79的方法，進(jìn)一步包括將在所述育種程序中選擇的至少一個(gè)單倍體植物加倍以獲得加倍的單倍體植物的步驟。81.權(quán)利要求80的方法，其中所述加倍的單倍體植物用于將目的基因型滲入至少一個(gè)用于植物育種程序的第二植物中。全文摘要本發(fā)明涉及植物育種領(lǐng)域。更具體地說，本發(fā)明包括一種使用單倍體植物進(jìn)行性狀如抗病性的遺傳作圖的方法。此外，本發(fā)明包括一種培育含有與灰色葉斑病(GLS)抗性相關(guān)的數(shù)量性狀基因座(QTL)的玉米植物的方法，灰色葉斑病是與尾孢屬(Cercosporaspp)有關(guān)的真菌病。本發(fā)明進(jìn)一步包括一種培育含有與內(nèi)州萎蔫病(Goss’Wilt)相關(guān)的QTL的玉米植物的方法，內(nèi)州萎蔫病是與密執(zhí)安棒形桿菌(Clavibactermichiganensespp)有關(guān)的細(xì)菌病。文檔編號(hào)C12Q1/68GK101821409SQ200880111166公開日2010年9月1日申請(qǐng)日期2008年8月29日優(yōu)先權(quán)日2007年8月29日發(fā)明者D·博克爾曼,D·巴特魯伊勒,G·波扎,G·霍蘭,K·庫克,K·格羅特,L·彼得斯,M·R·克恩斯,R·韋里奇,S·伊瑟英格頓,S·沃克,T·J·弗雷,T·卡爾森,賈紅武申請(qǐng)人:孟山都技術(shù)公司