專利名稱：與膳食重量減輕關(guān)聯(lián)的單核苷酸多態(tài)性的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明是肥胖領(lǐng)域中的。更具體地，本發(fā)明涉及遺傳多態(tài)性及其對(duì)膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目的作用。此外，本發(fā)明涉及使用多態(tài)性的遺傳測(cè)試和方法，特別是預(yù)測(cè)肥胖個(gè)體成功完成膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目的可能性的方法。
背景技術(shù)：
肥胖是在所有年齡組中發(fā)現(xiàn)的世界范圍的流行病。尤其在工業(yè)化國(guó)家中，在過(guò)去的二十中以快的速度增加并且現(xiàn)在是世界范圍內(nèi)的主要公眾健康問題。例如，1996年，26%的美國(guó)成人超重并且10%嚴(yán)重超重，目前超過(guò)65%超重，有接近31%符合肥胖的標(biāo)準(zhǔn)。由于肥胖預(yù)示著相關(guān)慢性疾病(例如2-型糖尿病、高血壓和心血管事件)的流行病，患有肥胖的人特別是患有過(guò)度肥胖的人處于許多健康問題的風(fēng)險(xiǎn)中。在美國(guó)僅可歸因于肥胖的經(jīng)濟(jì)花費(fèi)已估計(jì)高達(dá)$1000億每年,不僅包括直接的健康保健花費(fèi)還包括在受影響個(gè)體中損失的生產(chǎn)力成本。雖然膳食和生活方式促成肥胖，減少體育活動(dòng)并增加熱量攝取對(duì)最近肥胖增長(zhǎng)很可能負(fù)有主要責(zé)任，但是理解遺傳學(xué)在其中發(fā)揮了關(guān)鍵作用是重要的。每個(gè)個(gè)體的遺傳背景留有肥胖易感性的重要決定因素。例如半數(shù)人群在體重指數(shù)(BMI)(肥胖的常用量度)中的改變由遺傳因素決定。許多研究已報(bào)道，普通遺傳變異，通常是單核苷酸多態(tài)性(SNP)與肥胖的增加的風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)。迄今為止，已使用兩種途徑來(lái)發(fā)現(xiàn)這些變異，連鎖分析和關(guān)聯(lián)研究。盡管以連鎖研究為基礎(chǔ)，已反復(fù)暗示一些區(qū)域在肥胖中發(fā)揮作用，但在這些已被發(fā)現(xiàn)促成疾病的區(qū)域中沒有找到基因。通過(guò)使用關(guān)聯(lián)研究，已報(bào)道了在肥胖或肥胖有關(guān)的性狀和普通遺傳變異之間的若干關(guān)聯(lián)。不幸地，許多報(bào)道的關(guān)聯(lián)不能一致性地重現(xiàn)。改變膳食習(xí)慣是超重和肥胖患者的重量減輕干預(yù)項(xiàng)目的基礎(chǔ)。由于使用一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)方案使所有超重或肥胖的個(gè)體都能減輕重量是不太可能的，所以膳食指導(dǎo)應(yīng)個(gè)別進(jìn)行，以允許個(gè)人化的方法和建議并增加在這些項(xiàng)目中的成功幾率。盡管對(duì)與肥胖和肥胖相關(guān)的性狀關(guān)聯(lián)的基因座和基因的認(rèn)識(shí)逐漸增加，還沒有發(fā)現(xiàn)有用的遺傳變異可作為針對(duì)超重或肥胖的個(gè)體而設(shè)計(jì)膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目的基礎(chǔ)。最近的研究甚至得出結(jié)論，在一組肥胖相關(guān)的候選基因中的普通SNP在調(diào)控由某些膳食誘導(dǎo)的重量改變中，即使發(fā)揮作用的話，也僅發(fā)揮較小的作用(見S0rensenet al.，2006)。考慮到?jīng)]有關(guān)于對(duì)膳食響應(yīng)的預(yù)測(cè)性遺傳信息可被得到，并且如果關(guān)于對(duì)膳食的遺傳響應(yīng)的預(yù)測(cè)性遺傳信息可被得到則肥胖的膳食治療可引人注目地改進(jìn)，本領(lǐng)域中有鑒定如下遺傳變異的明確需求，所述遺傳變異預(yù)測(cè)超重或肥胖的個(gè)體對(duì)膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目的響應(yīng)，所述遺傳變異例如能預(yù)測(cè)超重或肥胖的個(gè)體成功完成此類項(xiàng)目的可能性的SNP。本發(fā)明滿足了這些需求。

發(fā)明內(nèi)容
根據(jù)本發(fā)明已發(fā)現(xiàn)，存在與重量減輕關(guān)聯(lián)的標(biāo)記物(marker)。這種標(biāo)記物可用來(lái)、預(yù)測(cè)個(gè)體，例如超重或肥胖的個(gè)體在膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目中成功的可能性。在該方面中“成功”尤其表示個(gè)體成功完成膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目，例如個(gè)體減輕目標(biāo)量的重量和/或脂肪量。減輕目標(biāo)量的重量和/或脂肪量可通過(guò)下述來(lái)實(shí)現(xiàn)，例如低熱量膳食。因此，成功完成可以是膳食選擇的結(jié)果。個(gè)體可從較之另一膳食的一種膳食中更多地受益(例如較之低脂/高碳水化合物低熱量膳食的高脂/低碳水化合物低熱量膳食或反之亦然)。本文中提供的標(biāo)記物還可用來(lái)測(cè)定針對(duì)個(gè)體的最佳膳食。與遺傳特征(例如標(biāo)記物、等位基因變異、單倍型或多態(tài)性)和性狀之間的關(guān)系的相關(guān)的術(shù)語(yǔ)“與…關(guān)聯(lián)”表示基于通常接受的關(guān)于關(guān)聯(lián)性的統(tǒng)計(jì)學(xué)測(cè)量在它們之間有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著水平的關(guān)系。本領(lǐng)域技術(shù)人員熟悉針對(duì)特定的實(shí)驗(yàn)情況或數(shù)據(jù)設(shè)定選擇適當(dāng)?shù)慕y(tǒng)計(jì)學(xué)測(cè)量。合適的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法的例子在本文中描述。因此，本發(fā)明涉及這樣的方法，所述方法利用在預(yù)測(cè)對(duì)重量減輕和重量管理可能響應(yīng)、優(yōu)選地可能成功的響應(yīng)中的遺傳特征。本發(fā)明還提供了用于在本發(fā)明的方法和用途中的試劑盒，例如基于遺傳標(biāo)記物(例如SNP)的分析，測(cè)定個(gè)體是否可能成功完成具體膳食的試劑盒。標(biāo)記物可例如在與超重、肥胖或肥胖相關(guān)的代謝性狀關(guān)聯(lián)的基因中找到?；谒麄儭⒂媚愁愋偷纳攀橙〉贸晒Φ倪z傳趨向，得到的信息可用來(lái)對(duì)個(gè)體例如超重或肥胖的個(gè)體歸類。這會(huì)幫助重量管理領(lǐng)域的專業(yè)人員就他們重量管理用適當(dāng)?shù)?營(yíng)養(yǎng))建議改進(jìn)作為目標(biāo)的這些個(gè)體。結(jié)果，膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目的成功率會(huì)增加。發(fā)明詳沭本發(fā)明基于這樣的發(fā)現(xiàn)選自如表I和2中闡明的SNP標(biāo)記物組的單核苷酸多態(tài)性(SNP)與重量減輕相關(guān)聯(lián)。它們可用來(lái)預(yù)測(cè)在膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目中個(gè)體，優(yōu)選地超重或肥胖的個(gè)體成功的可能性。如果選自如表I中闡明的SNP標(biāo)記物組的SNP被鑒定出，在膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目中個(gè)體，優(yōu)選地超重或肥胖的個(gè)體成功的可能性高于SNP未被鑒定出時(shí)的成功的可能性。優(yōu)選地，項(xiàng)目包括施予低熱量膳食。如果個(gè)體具有選自如表I中闡明的SNP標(biāo)記物組的SNP，在膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目期間個(gè)體會(huì)比不具有選自如表I中闡明的SNP標(biāo)記物的組的SNP的個(gè)體減輕更多的重量。表I的SNP可因而用來(lái)測(cè)定在膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目中，例如包括施予低熱量膳食的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目中，哪個(gè)個(gè)體可能減輕更多的重量和哪個(gè)個(gè)體可能減輕更少的重量(并因而需要例如更多的訓(xùn)練)。此外，本發(fā)明提供了用來(lái)測(cè)定個(gè)體，優(yōu)選地超重或肥胖的個(gè)體最可能成功完成的膳食類型的SNP。這些SNP在表2中示出。表2中的SNP可用來(lái)測(cè)定個(gè)體是否會(huì)更多地從高脂/低碳水化合物膳食或從低脂/高碳水化合物膳食中受益(SNP因而還可用來(lái)測(cè)定個(gè)體是否會(huì)從包含高脂/低碳水化合物膳食的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目或從包含低脂/高碳水化合物膳食的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目中更多地受益)。表2中的SNP可用來(lái)測(cè)定哪個(gè)個(gè)體在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物膳食上可能減輕更多的重量和哪個(gè)個(gè)體在低脂/高碳水化合物膳食上比在高脂/低碳水化合物膳食上可能減輕更多的重量。換句話說(shuō)，表2中的SNP可用來(lái)測(cè)定個(gè)體是否在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物膳食上可能減輕更多的重量或個(gè)體是否在低脂/高碳水化合物膳食上比在高脂/低碳水化合物膳食上可能減輕更多的重量。具有如在表3中所示的SNP的個(gè)體在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物膳食上可能減輕更多的重量，而具有如在表4中所示的SNP的個(gè)體在低脂/高碳水化合物膳食上比在高脂/低碳水化合物膳食上可能減輕更多的重量。具有如在表3中所示的SNP的個(gè)體較之低脂/高碳水化合物膳食，更可能成功完成高脂/低碳水化合物膳食，而具有如在表4中所示的SNP的個(gè)體較之高脂/低碳水化合物膳食，更可能成功完成低脂/高碳水化合物膳食。再者，膳食可以是膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目的一部分。以在本發(fā)明中鑒定出的SNP為基礎(chǔ)，個(gè)體可被歸類為下述個(gè)體較之包含高脂/低碳水化合物膳食的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目，具有成功完成包含低脂/高碳水化合物膳食的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目的更高趨向的個(gè)體；較之包含低脂/高碳水化合物膳食的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目，具有成功完成包含高脂/低碳水化合物膳食的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目的更高趨向的個(gè)體。本發(fā)明提供了可用于預(yù)測(cè)重量減輕干預(yù)項(xiàng)目，特別是具有膳食干預(yù)(例如膳食)組成的項(xiàng)目的成果的多態(tài)性。本發(fā)明涉及基于遺傳多態(tài)性能預(yù)測(cè)對(duì)重量減輕和重量管理的可能響應(yīng)，優(yōu)選地可能成功響應(yīng)的方法；和評(píng)估個(gè)體對(duì)重量管理項(xiàng)目響應(yīng)的可能性的方法，其通過(guò)將如對(duì)重量管理項(xiàng)目(例如包括膳食干預(yù)的重量管理項(xiàng)目)可能敏感或可能有抗性的個(gè)體遺傳歸類來(lái)實(shí)現(xiàn)。在本文中發(fā)現(xiàn)的結(jié)果表明，攜帶某些多態(tài)性的個(gè)體對(duì)管理他們的重量有更大的困難，并且還顯示了該多態(tài)性可預(yù)測(cè)基于膳食干預(yù)(例如膳食)的體重降低策略的成果。因此，鑒定多態(tài)性可幫助重量管理專業(yè)人員設(shè)計(jì)針對(duì)這些個(gè)體的備選重量管理項(xiàng)目。多態(tài)性的一種或多種可以是單倍型的一部分，所述單倍型可與個(gè)體成功或未成功完成某一膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目的可能性有關(guān)聯(lián)。如本文中使用的，“單倍型”是指在單條染色體上的連鎖多態(tài)位點(diǎn)上發(fā)現(xiàn)的一組等位基因。連鎖位點(diǎn)可包括基因的一部分、整個(gè)基因、若干基因或沒有基因的區(qū)域(但其可能含有調(diào)節(jié)附近基因的功能的DNA序列)。單倍型保存關(guān)于多態(tài)性核苷酸狀態(tài)的信息，即，其變異組遺傳自一個(gè)親本(因而是在一條染色體上)和遺傳自另一親本。在優(yōu)選的實(shí)施方式中，項(xiàng)目包括單獨(dú)的膳食干預(yù)或作為主要組成的膳食干預(yù)。除了合適的膳食(即，基于個(gè)體的遺傳特征的個(gè)性化膳食)，重量減輕干預(yù)項(xiàng)目還可包括其他部分，例如藥物治療、外科治療(例如抽脂)、行為治療、增加體育活動(dòng)和膳食補(bǔ)充治療。以根據(jù)本發(fā)明的遺傳標(biāo)記物，特別是如表2中所示的遺傳標(biāo)記物為基礎(chǔ)，較之包含高脂/低碳水化合物膳食的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目，具有成功完成包含低脂/高碳水化合物膳食的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目的增加的可能性的個(gè)體(例如超重或肥胖的個(gè)體)可被鑒定出，反之亦然。與具體膳食類型關(guān)聯(lián)的個(gè)體中的SNP的鑒定可幫助重量管理專業(yè)人員設(shè)計(jì)針對(duì)這些個(gè)體的合適的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目。在一個(gè)方面中，本發(fā)明涉及如在表I和2中所闡明的選自由rsl900075、rsl 1854719> rs560514、rs 1402694> rsl402696> rs 1402695> rs486708、rs943795、 rsl574781、rsl99939、rs6429280、rs632172、rs850678、rs659887、rs7582990、rs6432096、rsl974676、rs3755259、rs3755256、rs6734108、rs6735232、rs4848123、rsl0173252、rsl3382915、 rs6434276、 rsl2693496、 rsl2105671、 rs4274570、 rs6723034、 rs2043448、rsl2693982、 rsl376877、 rs2469954、 rs2250522、 rs2246849、 rsll687186、 rs2246118、rs2469962、rs6436943、rs836230、rs836235、rs6728423、rs6729378、rs4683301、rsll38518、rs7652849、rs9855938、rs9825199、rs3796160、rs9870813、rs823504、rsl0512926、rs7701465、rsl3179555、rs6887093、rs2358531、rsl00254U rsl2153396、rs884948、rs4704296、rs4704297、rs2937723、rs2937719、rs203138、rs203133、rs6965716、rs2685753、rs3889348、rsl230544、rsl048850U rs3779340、rsl0486838、rsl0486839、rsll763565、rs3807778、rsl0277160、rsll768469、rs3779331、rsl031177、rs8181006、rs782204U rsl0092844、rs2120995、rs4295694、rsl0104134、rs8176747、rs568203、rs651007、rs579459、rs635634、rs633862、rs558240、rs487820、rs2051680、rsll79037、rs3739892、 rs3758348、 rs4623810、 rsl0886489、 rs2991769、 rs2104992、 rsl2766539、rs2991770、 rs708134 9、 rsll016125、 rs6482668、 rsll016240、 rsl761534、 rs2255615、rs2791754、 rs928571、 rs731644、 rsl0899257、 rsl0793186、 rs9568494、 rs7337462、rs6561608> rsl6945369、rs6496772> rs6496774> rsll865234、rs909910> rs8047814>rslll49808、rsl2443712、rs7230580, rs7359820、rsl433840、rs226313、rs2123473、rs8088748、rsl050278U rs9946713、rs7504768、rs8098098、rs7242055、rsl470324、rs4890647、rs9974676、rs974680、rs4816260、rsll087969、rs2829850、rs7283477、rs2829875、 rsl35570、 rsl35549、 rsl2125019、 rsl7494681、 rs6743846、 rsl0495589、rs266065、rs2672847、rsl992902、rsll687797、rsll687248、rs6434274、rs4233800、rs7036324、rs7914808、rsl2599288、rsl559361、rs7238810、rs4630636、rs9956391 和rs2829843組成的SNP標(biāo)記物組的至少一種單核苷酸多態(tài)性(SNP)的用途，用于預(yù)測(cè)在包括使個(gè)體經(jīng)受低熱量膳食的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目中個(gè)體成功的可能性。個(gè)體可以是超重的或肥胖的。本發(fā)明還涉及選自如表2中闡明的SNP標(biāo)記物組的至少一種單核苷酸多態(tài)性(SNP)的用途，用于測(cè)定個(gè)體最可能成功完成的膳食。膳食可以是高脂/低碳水化合物或低脂/高碳水化合物膳食。膳食可以是低熱量膳食。在一個(gè)方面中，本發(fā)明涉及選自如表I和2中闡明的標(biāo)記物組的至少一種遺傳標(biāo)記物，例如多態(tài)性(例如SNP)的用途，用于預(yù)測(cè)在包括使個(gè)體經(jīng)受低熱量膳食的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目中個(gè)體成功的可能性。換句話說(shuō)，本文中提供的數(shù)據(jù)顯示了在膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目中具體的標(biāo)記物和成功的可能性之間的相關(guān)性、關(guān)聯(lián)、聯(lián)系或其他關(guān)系可被建立。在另外方面中，本發(fā)明涉及選自如表2中闡明的標(biāo)記物組的至少一種遺傳標(biāo)記物例如多態(tài)性(例如SNP)的用途，用于測(cè)定個(gè)體最可能從膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目中受益的膳食。膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目包括用膳食(例如低熱量膳食)治療個(gè)體。被設(shè)計(jì)來(lái)治療個(gè)體的用在膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目中使用的膳食對(duì)技術(shù)人員而言是公知的。這些包括但不限于，低能量/低熱量膳食。按照本發(fā)明優(yōu)選的膳食包括但不限于，高脂/低碳水化合物膳食或低脂/高碳水化合物膳食。高脂/低碳水化合物或低脂/高碳水化合物膳食可以是低能量膳食(低熱量膳食)。在一種實(shí)施方式中，個(gè)體是超重的或肥胖的?！皞€(gè)體”在本發(fā)明中使用時(shí)是指人。“超重的個(gè)體”，如本文中使用的，是指在診斷時(shí)滿足如通過(guò)醫(yī)學(xué)知識(shí)所定義的超重個(gè)體的通常定義的個(gè)體。定義個(gè)體如超重個(gè)體的有用的標(biāo)準(zhǔn)包括但不限于，25-29. 9的體重指數(shù)(BMI)、男性個(gè)體具有大于40英寸(102cm)的腰圍，女性個(gè)體具有大于35英寸(88cm)的腰圍和所有個(gè)體I. O或更高的腰臀比。“肥胖個(gè)體”，如本文中使用的，是指在診斷時(shí)滿足如通過(guò)醫(yī)學(xué)知識(shí)所定義的肥胖個(gè)體的通常定義的個(gè)體。用于定義個(gè)體如肥胖個(gè)體的有用的標(biāo)準(zhǔn)包括但不限于，30或更高的體重指數(shù)(BMI)。對(duì)超重或肥胖的定義在兒童或成人中可發(fā)生變化。所述定義是按照當(dāng)前醫(yī)學(xué)知識(shí)對(duì)個(gè)體觀察時(shí)的定義。所述定義可因而發(fā)生改變
如本文中使用的“低能量(低熱量)膳食”表示每日能量攝取小于每日能量需求的膳食，例如具有至少 100、200、300、400、600、800、1000、1200、1500 或 2000kcal/ 天的能量缺乏的膳食。如本文中使用的，“高脂”膳食表示具有至少30%，優(yōu)選地至少40%，更優(yōu)選地40至45%的能量來(lái)自脂肪的膳食。如本文中使用的，“低脂”表示具有少于30%，優(yōu)選地少于25%,更優(yōu)選地20至25%的能量來(lái)自脂肪的膳食。如本文中使用的，“低碳水化合物”膳食表示具有少于50 %，優(yōu)選地少于45 %，更優(yōu)選地40至45 %的能量來(lái)自碳水化合物的膳食。如本文中使用的，“高碳水化合物”膳食表示具有至少50 %，優(yōu)選地至少60 %，更優(yōu)選地60至65%的能量來(lái)自碳水化合物的膳食。膳食還可包含其他組分例如蛋白。膳食可具有例如來(lái)自蛋白的15%的能量。優(yōu)選地，進(jìn)行膳食干預(yù)項(xiàng)目的個(gè)體不會(huì)消耗酒精。如果排除酒精是不可能的，其攝取應(yīng)當(dāng)是最小量的，其上限為總共兩杯(2X 150ml)。來(lái)自酒精的能量應(yīng)從總能量攝取中減去并且此后大量營(yíng)養(yǎng)素(macronutrient)攝取應(yīng)基于剩下的能量計(jì)算?？赡艿那闆r下，應(yīng)在膳食中避免粘性可溶纖維(例如燕麥和瓜爾膠)，因?yàn)樗鼈儽徽J(rèn)為對(duì)葡萄糖和脂類代謝具有最大的影響。此外，可嘗試使膳食中的可溶性纖維的其他來(lái)源(例如水果和蔬菜，特別是豆類)標(biāo)準(zhǔn)化。在膳食干預(yù)項(xiàng)目中參與的個(gè)體可被鼓勵(lì)消耗等量的多不飽和、單不飽和和飽和脂 肪，這通過(guò)確保將橄欖油(或等同物)和葵花籽油(或等同物)摻進(jìn)每日的選擇物(除了主要來(lái)自肉和奶制品的飽和脂肪之外)中實(shí)現(xiàn)。他們可避免使用包括專門的人造奶油的食物制品(其含有添加的植物留醇、ε -3脂肪酸或豆類化合物)和基于豆類的制品。此外，他們可被鼓勵(lì)在膳食的脂肪限制范圍之內(nèi)一星期至少消耗一次含油魚，且他們可嘗試保持簡(jiǎn)單糖與復(fù)合碳水化合物的可比較的比率。在開始膳食干預(yù)項(xiàng)目之前，已攝入維生素和礦物質(zhì)補(bǔ)充的個(gè)體在整個(gè)項(xiàng)目過(guò)程中可繼續(xù)攝入相同的劑量并且該攝取可被包括在攝取分析中。在本發(fā)明的一種實(shí)施方式中，標(biāo)記物在與肥胖相關(guān)的表型關(guān)聯(lián)的基因座，基因或基因簇中存在。如本文中使用的，“表型”是指?jìng)€(gè)體的任何可觀察的或以其他方式可測(cè)量的生理學(xué)、形態(tài)學(xué)、生物學(xué)、生物化學(xué)或臨床特征。在本發(fā)明的優(yōu)選的實(shí)施方式中，SNP標(biāo)記物選自由rs928571、rs8047814、rs884948、rs203133、rsl900075、rs4890647、rs7242055、rs836230、rs3758348、rs2991770、rs6434276和rsl376877組成的組(來(lái)自表I的優(yōu)選的SNP)。較之來(lái)自表I的其他SNP，這些SNP在統(tǒng)計(jì)學(xué)分析中具有低P值。更優(yōu)選的SNP選自由rs928571、rs8047814、rs884948、rs203133和rsl900075組成的組。這些SNP具有低p值并且還具有高的最小等位基因頻率(MAF)，即MAF范圍在21. 9%和34. 5%之間。最優(yōu)選的SNP是rsl900075。該SNP除了具有低P值和高的最小等位基因頻率外還具有與膳食類型的顯著的相互作用(即該SNP的存在表示個(gè)體在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物膳食上可能減輕更多的重量)。其位于EYAl基因的內(nèi)部。由該基因編碼的蛋白可在發(fā)育腎、腮弓、眼和耳中發(fā)揮作用。該基因的突變已與腮-耳-腎發(fā)育異常綜合征、腮-耳綜合征以及先天性白內(nèi)障和眼前節(jié)異常的散發(fā)病例關(guān)聯(lián)。類似蛋白在小鼠中可作為轉(zhuǎn)錄激活因子。之前沒有證據(jù)表明該基因涉及重量減輕和/或重量管理。本發(fā)明的另一優(yōu)選的實(shí)施方式中，SNP標(biāo)記物選自由rs7238810、rsl 1687797、rsl559361、rsll854719、rsl2125019、rs2672847、rs7036324、rs9956391 和 rs7914808 組成的組(來(lái)自表2的優(yōu)選的SNP)。較之來(lái)自表2的其他SNP，這些SNP就膳食-基因相互作用統(tǒng)計(jì)學(xué)分析而言具有低P值。更優(yōu)選的SNP選自由rs7914808、rsll854719、rsl559361和rsl2125019組成的組。這些SNP，還具有非常高的相互作用值(表2中的β值)，表示這些SNP的存在與兩種膳食的重量減輕的最大差值相關(guān)。最優(yōu)選的SNP是rsll854719。除了低P值和高相互作用值之外，該SNP具有相對(duì)高的MAF，即34%。該SNP位于SV2B基因內(nèi)部。由該基因編碼的蛋白已顯示涉及調(diào)節(jié)的胰島素分泌，主要在類突觸小囊泡上存在。當(dāng)然，標(biāo)記物的組合可用在本發(fā)明的方法、試劑盒、用途等等中。優(yōu)選地，標(biāo)記物選自如表I和/或2中闡明的SNP標(biāo)記物。優(yōu)選地，標(biāo)記物選自上文優(yōu)選的SNP標(biāo)記物。標(biāo)記物可在編碼區(qū)(外顯子)中存在但也可在非編碼區(qū)(內(nèi)含子和基因間隔區(qū))中存在。他們可在不同的基因中存在，例如一個(gè)標(biāo)記物在第一個(gè)基因中和另一標(biāo)記物在第二個(gè)基因中。如果使用超過(guò)一個(gè)標(biāo)記物，標(biāo)記物可與另一個(gè)標(biāo)記物是連鎖不平衡，優(yōu)選地非緊密連鎖不平衡?！斑B鎖不平衡”或“等位基因關(guān)聯(lián)”表示，某等位基因或遺傳標(biāo)記物與特異性等位基因或遺傳標(biāo)記物在鄰近染色體位置上的優(yōu)先關(guān)聯(lián)，其頻率比群體中的任何特定等位基因的隨機(jī)期望頻率更頻繁。連鎖不平衡可由等位基因的某些組合的自然選擇而產(chǎn)生或因?yàn)榈任?、基因太新近被引進(jìn)種群中而不能在連鎖的等位基因之間達(dá)到平衡(隨機(jī)關(guān)聯(lián))。盡管標(biāo)記物不會(huì)引起表型，具有疾病先兆的變異的連鎖不平衡中的標(biāo)記物可在檢測(cè)疾病易感性(與亞臨床表型關(guān)聯(lián))中特別有用。測(cè)定連鎖不平衡的方法對(duì)技術(shù)人員而言是熟知的。本發(fā)明因而還涉及下述方和用途，其包括在體外測(cè)定從個(gè)體取得的DNA中的于表I和/或2中列出的SNPJP /或至少一種其他SNP，例如表I和/或2中列出的另一種SNP的基因型。這些其他SNP可與第一 SNP連鎖不平衡。肥胖相關(guān)的表型包括但不限于，體重、BMI、百分比脂肪量以及血清甘油三酯、膽固醇和葡萄糖，僅舉幾例。與這些表型關(guān)聯(lián)的基因已被發(fā)現(xiàn)(見Obesity :Genomics andpostgenomics, Eds Clement and Sorensen,Informa Healthcase,first edition,2007)。在優(yōu)選的實(shí)施方式中，標(biāo)記物(例如SNP)在表I和/或2中示出。應(yīng)當(dāng)理解，與在表I和/或2中所示的SNP的任一個(gè)連鎖不平衡的任何標(biāo)記物也可用在本發(fā)明的多個(gè)方面和實(shí)施方式中。這些標(biāo)記物不是必然地必須和表I和/或2中所示的標(biāo)記物在相同的基因座、基因或基因簇中存在。他們可以是其他更遠(yuǎn)距離的基因的一部分。但是，他們應(yīng)該是連鎖的?！斑B鎖”描述了由于基因、等位基因，基因座或遺傳標(biāo)記物由于它們?cè)谙嗤娜旧w上的位置而將被一起遺傳的趨向，并且可通過(guò)在相同的染色體上自然連鎖的兩個(gè)基因、等位基因、基因座或遺傳標(biāo)記物之間的百分比的重組來(lái)測(cè)量。連鎖不平衡可按照r2 (其是相關(guān)性系數(shù))和/或d(其是遺傳距離)來(lái)測(cè)定。它們中的至少一個(gè)應(yīng)高于O. 8。一些連鎖的標(biāo)記物可在相同的基因或基因簇內(nèi)出現(xiàn)。在另外方面中，本發(fā)明涉及如在表2中所示的至少一種標(biāo)記物的用途，用于測(cè)定個(gè)體最可能成功完成的膳食。換句話說(shuō)，標(biāo)記物可用于選擇針對(duì)個(gè)體的最佳膳食?！白罴训摹北硎荆渲?，個(gè)體應(yīng)在膳食上保持并成功完成所述膳食，例如應(yīng)在較之非-最佳膳食的最佳膳食上減輕更多的重量?；谠谶z傳標(biāo)記物和在具體膳食上保持并成功完成的可能性之間的相關(guān)性、關(guān)聯(lián)、聯(lián)系或其他關(guān)系，可對(duì)個(gè)體告知、預(yù)定、建議和/或推薦合適的膳食和/或所述膳食可被添加至個(gè)體的食物或膳食。優(yōu)選地，標(biāo)記物是遺傳標(biāo)記物，例如多態(tài)性(例如SNP)。標(biāo)記物可從本文中所示的遺傳標(biāo)記物中選擇，所述標(biāo)記物的存在表示較之高脂/低碳水化合物膳食，個(gè)體成功完成低脂/高碳水化合物膳食的增加的可能性(見表4)，并且標(biāo)記物可從本文中所示的遺傳標(biāo)記物中選擇，所述標(biāo)記物的存在表示較之低脂/高碳水化合物膳食，個(gè)體成功完成高脂/低碳水化合物膳食的增加的可能性(見表3)。本發(fā)明因而還涉及用于測(cè)定針對(duì)個(gè)體的最佳膳食的方法，所述方法下述步驟a)獲得包含個(gè)體的核酸的生物樣品和b)針對(duì)選自表3和4中所示的SNP組的至少一種SNP，將核酸基因分型，其中來(lái)自表3中所示的SNP的組的至少一種SNP的存在表示高脂/低碳水化合物膳食是個(gè)體的最佳膳食，和其中來(lái)自表4中所示的SNP組的至少一種SNP的存在表示低脂/高碳水化合物膳食是個(gè)體的最佳膳食。如本文中使用的“多態(tài)性”是指典型地具有超過(guò)I %的種群頻率的在個(gè)體的細(xì)胞基因組中的DNA序列變異。多態(tài)性標(biāo)記物或位點(diǎn)是在其上出現(xiàn)遺傳變異的基因座。優(yōu)選的標(biāo)記物具有至少兩個(gè)等位基因，每個(gè)等位基因以經(jīng)選擇的種群的大于I %和更優(yōu)選地大于10%或20%的頻率出現(xiàn)。多態(tài)性基因座可以和一個(gè)堿基對(duì)一樣小。多態(tài)性標(biāo)記物包括限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性、可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)、高變區(qū)、小衛(wèi)星、二核苷酸重復(fù)、三核苷酸重復(fù)、四
核苷酸重復(fù)、簡(jiǎn)單序列重復(fù)和和插入元件(例如Alu)。第一個(gè)鑒定出的等位基因形式被隨意命名為參照形式并且其他等位基因形式被命名為備選或變異等位基因。在選擇的種群中最頻繁出現(xiàn)的等位基因形式有時(shí)被稱為野生型。二倍體生物就等位基因形式而言可以是純合的或雜合的。SNP在被單核苷酸占據(jù)的多態(tài)性位點(diǎn)上出現(xiàn)。由于在多態(tài)性位點(diǎn)上一個(gè)核苷酸替代另一個(gè)核苷酸，SNP經(jīng)常發(fā)生，但其也可起因于相對(duì)于參照等位基因的核苷酸的插入或缺失。本發(fā)明還涉及用于預(yù)測(cè)在膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目中個(gè)體成功的可能性，所述方法包括步驟獲得包含個(gè)體的核酸的生物樣品，并針對(duì)選自如表I和2中闡明的由rsl900075> rsll854719、rs560514、rsl402694> rsl402696> rsl402695> rs486708、rs943795、rsl574781、rsl99939、rs6429280、rs632172、rs850678、rs659887、rs7582990、rs6432096、rsl974676、rs3755259、rs3755256、rs6734108、rs6735232、rs4848123、rsl0173252、 rsl3382915、 rs6434276、 rsl2693496、 rsl2105671、 rs4274570、 rs6723034、rs2043448、 rsl2693982、 rsl376877、 rs2469954、 rs2250522、 rs2246849、 rsll687186、rs2246118、rs2469962、rs6436943、rs836230、rs836235、rs6728423、rs6729378、rs4683301、rsll38518、rs7652849、rs9855938、rs9825199、rs3796160、rs9870813、rs823504、 rsl0512926、 rs7701465、 rsl3179555、 rs6887093、 rs2358531、 rsl002541、rsl2153396、rs884948、rs4704296、rs4704297、rs2937723、rs2937719、rs203138、rs203133、rs6965716、rs2685753、rs3889348、rsl230544、rsl0488501、rs3779340、rsl0486838、rsl0486839、rsll763565、rs3807778、rsl0277160、rsll768469、rs3779331、rsl031177、rs8181006、rs7822041、rsl0092844、rs2120995、rs4295694、rsl0104134、rs8176747、rs568203、rs651007、rs579459、rs635634、rs633862、rs558240、rs487820、rs2051680、 rsll79037、 rs3739892、 rs3758348、 rs4623810、 rsl0886489、 rs2991769、rs2104992、rsl2766539、rs2991770、rs7081349、rsll016125、rs6482668、rsll016240、rsl761534、rs2255615、rs2791754、rs928571、rs731644、rsl0899257、rsl0793186、rs9568494> rs7337462> rs6561608> rsl6945369、rs6496772> rs6496774> rsll865234、rs909910、rs8047814、rslll49808、rsl2443712、rs7230580、rs7359820、rsl433840、rs226313、 rs2123473、 rs8088748、 rsl050278U rs9946713、 rs7504768、 rs8098098、rs7242055、rsl470324、rs4890647、rs9974676、rs974680、rs4816260、rsll087969、rs2829850、rs7283477、rs2829875、rsl35570、rsl35549、rsl2125019、rsl7494681、rs6743846、rsl0495589、rs266065、rs2672847、rsl992902、rsll687797、rsll687248、rs6434274、 rs4233800、 rs7036324、 rs7914808、 rsl2599288、 rsl559361、 rs7238810、rs4630636、rs9956391和rs2829843組成的SNP標(biāo)記物組的至少一種單核苷酸多態(tài)性(SNP)，將核酸基因分型，其中如表I和2中闡明的至少一種SNP標(biāo)記物的存在表示在膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目中個(gè)體成功的增加的可能性。個(gè)體可以是超重或肥胖的。膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)可包括使個(gè)體經(jīng)受低熱量膳食。在個(gè)體具有選自如表4中闡明的SNP標(biāo)記物組的SNP的情況下，個(gè)體經(jīng)受包含低脂/高碳水化合物膳食的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目是優(yōu)選的。在個(gè)體具有選自如表3中闡明的SNP標(biāo)記物組的SNP的情況下，個(gè)體經(jīng)受包含高脂/低碳水化合物膳食的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目是優(yōu)選的。本發(fā)明另外提供了測(cè)定個(gè)體是否具有成功完成具體膳食的增加的可能性的方法，所述方法包括步驟a)獲得包含個(gè)體的核酸的生物樣品，并b)針對(duì)選自如表2中闡明的SNP標(biāo)記物組的至少一種單核苷酸多態(tài)性(SNP)，將核酸基因分型。表4中的SNP與個(gè)體成功完成低脂/高碳水化合物膳食的增加的可能性關(guān)聯(lián)，而表3中的SNP與個(gè)體成功完成高脂/低碳水化合物膳食的增加的可能性關(guān)聯(lián)。SNP可被用在測(cè)定個(gè)體是否具有成功完成高脂/低碳水化合物膳食或低脂/高碳水化合物膳食的增加的傾向性的方法中。用在本發(fā)明的方法和用途中的膳食優(yōu)選地是低能量的。個(gè)體可以是超重或肥胖的。本發(fā)明還涉及用于預(yù)測(cè)個(gè)體是否在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物膳食上可能減輕更多的重量的方法，所述方法包括步驟a)獲得包含個(gè)體的核酸的生物樣品并b)針對(duì)選自表3 中所示的由rsl900075、rsll854719、rsl2125019、rsl0495589、rs266065、rsll687797、rsll687248、rs6434274、rs4233800、rsl2105671、rsl559361、rs9956391、rs4816260、rsl 1087969和rs2829843組成的SNP的組的至少一種SNP，將核酸基因分型，其中存在來(lái)自表3中所示的SNP的組的至少一種SNP表示個(gè)體在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物膳食上可能減輕更多的重量。此外，本發(fā)明提供了用于預(yù)測(cè)個(gè)體是否在低脂/高碳水化合物膳食上比在高脂/低碳水化合物膳食上可能減輕更多的重量的方法，所述方法包括步驟a)獲得包含個(gè)體的核酸的生物樣品，并b)針對(duì)選自如表4中所示的由rsl7494681、rs6743846、rs2672847、rsl992902、 rs7036324、 rs7914808、 rsl2599288、 rs7238810、 rs4630636、 rs2829850 和rs2829875組成的SNP的組的至少一種SNP，將核酸基因分型，其中存在來(lái)自表4中所示的SNP的組的至少一種SNP表示個(gè)體在低脂/高碳水化合物膳食上比在高脂/低碳水化合物膳食上可能減輕更多的重量。在本發(fā)明的方法和用途中，可通過(guò)下述方法來(lái)評(píng)估SNP的特異性等位基因形式(例如A等位基因形式)的存在將得自個(gè)體基因組的核酸與第一寡核苷酸接觸，所述寡核苷酸與多態(tài)性的特異性等位基因形式(例如A等位基因形式)比與多態(tài)性的另一等位基因形式(例如T等位基因形式)用更高嚴(yán)格條件來(lái)退火，并評(píng)估第一寡核苷酸和核酸的退火，由此第一寡核苷酸和核酸的退火表示個(gè)體的基因組包含多態(tài)性的該特異性等位基因形式(例如A等位基因形式)。所述方法可通過(guò)下述被擴(kuò)展通過(guò)使核酸與第二寡核苷酸接觸、并評(píng)估第二寡核苷酸和核酸的退火來(lái)評(píng)估多態(tài)性的其他等位基因形式(例如T等位基因形式)的存在，所述第二寡核苷酸與多態(tài)性的其他等位基因形式(例如T等位基因形式)比與多態(tài)性的特異性等位基因形式(例如A等位基因形式)用更高嚴(yán)格條件退火，由此第二寡核苷酸和核酸的退火表示個(gè)體基因組中的各個(gè)基因的至少一個(gè)等位基因不包含多態(tài)性的特異性等位基因形式(例如A等位基因形式)。第一和第二寡核苷酸可被附著在支持物上。支持物就兩種寡核苷酸而言可以是相同的。如 本發(fā)明中使用的“生物樣品”包括多種樣品類型，其可用做用于分離核酸的源材料。他們包括但不限于，固體材料(例如，組織、組織培養(yǎng)物或得自其的細(xì)胞和其后代、毛囊樣品、活檢標(biāo)本、由棉簽提供的頰黏膜細(xì)胞、皮膚和鼻樣品)和生物液體(例如尿、排泄物材料、血液、精液、羊水、眼淚、唾液、痰、汗水、漱口水)。來(lái)自人個(gè)體的任何生物樣品，甚至包括包含核酸的一個(gè)細(xì)胞，都可用在本發(fā)明的方法中。所述術(shù)語(yǔ)還包括在它們獲得后以任何方式已被操作的樣品，所述方式例如通過(guò)對(duì)某些組分(例如蛋白或多核苷酸)用試劑處理、溶解或富集。本發(fā)明的方法和用途優(yōu)選地在先前已從個(gè)體中去除的樣品上進(jìn)行并且優(yōu)選地不包括在人體上實(shí)施的診斷。如本文中使用的核酸分子是指核苷酸的聚合形式并包括RNA、cDNA、基因組DNA和合成形式和上述聚合物的混合物的正義鏈和反義鏈二者，基因組DNA是優(yōu)選的。核苷酸是指核糖核苷酸、脫氧(核糖)核苷酸或任一類型核苷酸的修飾形式。該術(shù)語(yǔ)還包括DNA的單鏈和雙鏈形式。另外，多核苷酸可包括通過(guò)天然存在的和/或非天然存在的核苷酸連接鍵而連接在一起的天然存在的核苷酸和修飾的核苷酸的任一或二者。如被本領(lǐng)域技術(shù)人員容易意識(shí)到的，核酸分子可以被化學(xué)或生物化學(xué)修飾或可含有非天然或衍生核苷酸堿基。還包括能通過(guò)氫鍵結(jié)合和其他化學(xué)相互作用與指定序列結(jié)合而模擬多核苷酸的合成的分子。此類分子在本領(lǐng)域中是已知的并包括例如，其中在分子骨架中肽連接鍵替換磷酸連接鍵的那些分子。除非另外指出，提及核酸序列包括其互補(bǔ)體。因而，提及具有特定序列的核酸分子應(yīng)理解為包括具有其互補(bǔ)序列的其互補(bǔ)鏈?；パa(bǔ)鏈還用于，例如反義療法、雜交探針和PCR引物?？墒褂帽绢I(lǐng)域熟知的許多程序中的任何一個(gè)從特定的生物樣品中分離核酸，選擇的特定的分離程序適于特定的生物樣品。如上文描述的分離并分析核酸變異的方法對(duì)本領(lǐng)域技術(shù)人員而言是熟知的并可在例如Molecular Cloning A Laboratory Manual, 3rdEd. , Sambrook and Russel, Cold Spring Harbor Laboratory Press,2001 and CurrentProtocols in Molecular Biology Volumes I-111,4th edition, Ausubel et al. , JohnWiley and Sons, 1995中找到。許多方法需要從祀樣品中擴(kuò)增核酸。這可通過(guò)多種技術(shù)，僅舉幾例，例如PCR、連接酶鏈反應(yīng)、基于核酸的序列擴(kuò)展擴(kuò)增、自持序列復(fù)制和轉(zhuǎn)錄擴(kuò)增來(lái)實(shí)現(xiàn)?？墒褂枚喾N技術(shù)，包括DNA雜交方法(例如Southern印跡，F(xiàn)ISH)，用放射性、酶促、發(fā)光或熒光標(biāo)記引物直接測(cè)序(人工或自動(dòng)的)，限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(RFLP)分析，異源雙鏈分析，單鏈構(gòu)象多態(tài)性(SSCP)分析，變性梯度凝膠電泳(DGGE)，溫度梯度凝膠電泳(TGGE)，使用連鎖遺傳標(biāo)記物，質(zhì)譜Uf^BMALDI-TOF)和化學(xué)切割分析，從經(jīng)分離的核酸檢測(cè)遺傳標(biāo)記物例如SNP。當(dāng)然，還可使用適于檢測(cè)遺傳標(biāo)記物(例如SNP)的DNA微陣列技術(shù)° 所有方法在例如，Molecular Cloning A Laboratory Manual, 3rd Ed. , Sambrook andRussel, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001 中被詳細(xì)解釋。
使用的引物可以是與一個(gè)等位基因特異性雜交的寡核苷酸。它們被稱為等位基因特異性寡核苷酸。在等位基因-特異性PCR方法中，僅當(dāng)靶DNA與特異性PCR擴(kuò)增引物的
-末端完全互補(bǔ)時(shí)，靶DNA被優(yōu)先擴(kuò)增。設(shè)計(jì)引物的Y -末端，以便終止在靶DNA內(nèi)已知突變位點(diǎn)的一個(gè)或兩個(gè)核苷酸處或之內(nèi)，它具有與所述靶DNA互補(bǔ)的序列。在適當(dāng)?shù)姆磻?yīng)條件下，如果在引物的3'-末端上一個(gè)單核苷酸錯(cuò)配(例如，由突變引起的一個(gè)核苷酸替換)或小的缺失或插入，靶DNA不被擴(kuò)增。因此，等位基因特異性PCR可用來(lái)檢測(cè)引物序列(與預(yù)選擇的靶序列互補(bǔ))和樣品內(nèi)的核酸之間的存在或不存在(至少)一個(gè)單核苷酸錯(cuò)配。靶序列的擴(kuò)增表示甚至連一個(gè)錯(cuò)配的核苷酸都不存在。優(yōu)選地使用易于自動(dòng)化的方法，分析本發(fā)明中的標(biāo)記物?？墒褂脤?duì)本領(lǐng)域技術(shù)人員而言已知的任何方法，進(jìn)行引物延伸分析。寡核苷酸、探針和/或引物可以是天然存在的或合成的，但典型地是通過(guò)合成手段 制備的。他們可被固定在固體支持物上。例如，如本文中描述的寡核苷酸、探針和/或引物可被用作DNA芯片。芯片可含有對(duì)應(yīng)于標(biāo)記物的一個(gè)單等位基因形式的引物，但也可含有對(duì)應(yīng)于標(biāo)記物的兩種等位基因形式的引物。其甚至包含針對(duì)不同標(biāo)記物的引物。寡核苷酸、探針和/或引物的適當(dāng)長(zhǎng)度取決于其期望的用途但典型地范圍從10至75個(gè)，優(yōu)選地從15至40個(gè)核苷酸。短引物分子通常需要更冷的溫度，以形成與模板的充分穩(wěn)定的雜交復(fù)合體。引物不需要反映模板的準(zhǔn)確序列但必須充分互補(bǔ)以與模板雜交。適于雜交的條件是本領(lǐng)域普遍已知的并對(duì)技術(shù)人員而言是顯而易見的。嚴(yán)格雜交條件的非限制性例子是在約45°C下在6X氯化鈉/檸檬酸鈉(SSC)中雜交，隨后在50至65°C下在O. 2XSSC，0. 1% SDS中洗滌一次或多次。嚴(yán)格條件可例如在Molecular Cloning A Laboratory Manual,3rd Ed.，Sambrook and Russel，Cold SpringHarbor Laboratory Press，2001 and Current Protocols in Molecular Biology, JohnWiley & Sons，N.Y. (1989)，6. 3. 1-6. 3. 6中找到。術(shù)語(yǔ)“引物位點(diǎn)”表示靶DNA的與引物雜交的區(qū)域。術(shù)語(yǔ)“引物對(duì)”表示包括與將被擴(kuò)增的DNA序列的5'-端雜交的5'-上游引物和與將被擴(kuò)增的序列的V -端的互補(bǔ)體雜交的:V -下游引物的一組引物。如本文中使用的，“基因型”是指?jìng)€(gè)體的遺傳構(gòu)成。更具體地，如本文中使用的“基因分型”是指對(duì)獲得自受試者的樣品中的DNA進(jìn)行分析，以測(cè)定影響性狀的基因組的特異性區(qū)域中的DNA序列,例如基因座。其可指在Iv或多個(gè)多態(tài)位點(diǎn)上對(duì)DNA序列進(jìn)彳丁測(cè)定和/或?qū)€(gè)體的等位基因模式進(jìn)行測(cè)定?？墒褂迷诶鐚?shí)驗(yàn)室或醫(yī)院中的微陣列或多孔平板進(jìn)行基因分型。其可因而包括使用基因/DNA芯片或包含一個(gè)或多個(gè)核酸分子的條帶或固體表面。本發(fā)明的其他方面涉及診斷在膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目中可能成功的個(gè)體的方法，所述方法包括針對(duì)選自如表I和2中闡明的SNP標(biāo)記物組的至少一種SNP，將個(gè)體的核酸基因分型的步驟。此外，本發(fā)明涉及診斷在膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目中可能成功的個(gè)體的方法，其中個(gè)體用具體類型的膳食，例如低脂/高碳水化合物膳食或高脂/低碳水化合物膳食治療，所述方法包括步驟針對(duì)選自如表2中闡明的SNP標(biāo)記物組的至少一種SNP，將個(gè)體的核酸基因分型。如果檢測(cè)到如表4中闡明的至少一種SNP標(biāo)記物，個(gè)體可被診斷為在膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目中可能成功，其中個(gè)體用低脂/高碳水化合物膳食治療?；蛘?，如果檢測(cè)到如表3中闡明的至少一種SNP標(biāo)記物，個(gè)體可被診斷為在膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目中可能成功，其中個(gè)體用高脂/低碳水化合物膳食治療。與成功完成某些類型的膳食關(guān)聯(lián)的SNP可從本文中所示的結(jié)果中評(píng)估。本發(fā)明還涉及對(duì)用具體類型的膳食例如低熱量膳食、低脂/高碳水化合物膳食或高脂/低碳水化合物膳食治療的個(gè)體的需求進(jìn)行評(píng)估的方法。在另外方面中，本發(fā)明提供了對(duì)個(gè)體應(yīng)該使用包含具體類型的膳食(例如低熱量膳食、高脂/低碳水化合物膳食或低脂/高碳水化合物膳食)的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目的合理性進(jìn)行評(píng)估的方法。本發(fā)明還提供了對(duì)用具體類型的膳食(例如低熱量膳食，高脂/低碳水化合物膳食或低脂/高碳水化合物膳食)補(bǔ)充個(gè)體的食物的合理性進(jìn)行評(píng)估的方法。本發(fā)明還涉及測(cè)定個(gè)體是否是包含具體類型的膳食(例如低熱量膳食、高脂/低碳水化合物膳食或低脂/高碳水化合物膳食)的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目的合適的候選者的方法。在另一方面中，本發(fā)明涉及對(duì)個(gè)體應(yīng)該使用具體類型的膳食例如低熱量膳食、高脂/低碳水化合物膳食或低脂/高碳水化合物膳食方法的合理性進(jìn)行評(píng)估的方法?？赏ㄟ^(guò)鑒定個(gè)體的核酸中的標(biāo)記物來(lái)進(jìn)行上述方法，所述標(biāo)記物表示個(gè)體成功完成包含具體膳食類型的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目的增加的傾向性。標(biāo)記物可以是選自如表2中所示的標(biāo)記物組的 標(biāo)記物。上述方法因而測(cè)定個(gè)體(例如超重或肥胖的個(gè)體)是否是包含具體膳食組成的重量管理項(xiàng)目的合適的候選者。在本發(fā)明的方法中，高脂/低碳水化合物或低脂/高碳水化合物膳食可以是低能量膳食。此外，通過(guò)使用在本發(fā)明中發(fā)現(xiàn)的標(biāo)記物，用膳食，例如低能量膳食減輕重量的機(jī)會(huì)可被標(biāo)明。一些人會(huì)比另一些人更容易減輕重量并且他們的遺傳特性可以說(shuō)明這些。基于這些，可由健康保健專業(yè)人員進(jìn)行具有合適的目標(biāo)設(shè)置和期望管理的營(yíng)養(yǎng)和生活方式建議,這會(huì)導(dǎo)致個(gè)體成功的機(jī)會(huì)增加。本發(fā)明的另一方面涉及試劑盒的用途，所述試劑盒包括用于將選自如表I和2 中所示的由rsl900075、rsll854719、rs560514、rsl402694、rsl402696、rsl402695、rs486708、 rs943795、 rsl574781、 rsl99939、 rs6429280、 rs632172、 rs850678、 rs659887、rs7582990、rs6432096、rsl974676、rs3755259、rs3755256、rs6734108、rs6735232、rs4848123、 rsl0173252、 rsl3382915、 rs6434276、 rsl2693496、 rsl2105671、 rs4274570、rs6723034、 rs2043448、 rsl2693982、 rsl376877、 rs2469954、 rs2250522、 rs2246849、rsll687186、rs2246118、rs2469962、rs6436943、rs836230、rs836235、rs6728423、rs6729378、rs4683301、rsll38518、rs7652849、rs9855938、rs9825199、rs3796160、rs9870813、 rs823504、 rsl0512926、 rs7701465、 rsl3179555、 rs6887093、 rs2358531、rsl002541, rsl2153396、rs884948、rs4704296、rs4704297、rs2937723、rs2937719、rs203138、rs203133、rs6965716、rs2685753、rs3889348、rsl230544、rsl0488501、rs3779340、rsl0486838、rsl0486839、rsll763565、rs3807778、rsl0277160、rsll768469、rs3779331、rsl031177、rs8181006、rs782204U rsl0092844、rs2120995、rs4295694、rsl0104134、rs8176747、rs568203、rs651007、rs579459、rs635634、rs633862、rs558240、rs487820、rs2051680、rsll79037、rs3739892、rs3758348、rs4623810、rsl0886489、rs2991769、rs2104992、rsl2766539、rs2991770、rs7081349、rsll016125、rs6482668、rsll016240、rsl761534、rs2255615、rs2791754、rs928571、rs731644、rsl0899257、rsl0793186、rs9568494、rs7337462、rs6561608、rsl6945369、rs6496772、rs6496774、rsll865234、 rs909910、 rs8047814、 rslll49808、 rsl2443712、 rs7230580、 rs7359820、rsl433840、 rs226313、 rs2123473、 rs8088748、 rsl0502781、 rs9946713、 rs7504768、rs8098098、rs7242055、rsl470324、rs4890647、rs9974676、rs974680、rs4816260、rsll087969、rs2829850、rs7283477、rs2829875、rsl35570、rsl35549、rsl2125019、rsl7494681、rs6743846、rsl0495589、rs266065、rs2672847、rsl992902、rsll687797、rsll687248、rs6434274、rs4233800、rs703632 4、rs7914808、rsl2599288、rsl559361、rs7238810、rs4630636、rs9956391 和 rs2829843 組成的 SNP 組的 SNP 基因分型的至少一個(gè)引物對(duì)；和操作說(shuō)明，其解釋了在根據(jù)本發(fā)明的方法中此類SNP標(biāo)記物存在的檢測(cè)表示在膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目中個(gè)體成功的增加的可能性。本發(fā)明因而還提供了基于遺傳多態(tài)性分析，測(cè)定個(gè)體是否對(duì)重量減輕有抗性的試劑盒。所述信息可用來(lái)監(jiān)測(cè)個(gè)體(例如超重或肥胖的個(gè)體)，并基于他們對(duì)減輕重量的遺傳趨向或?qū)p輕重量的抗性將他們歸類。如本文中發(fā)現(xiàn)的多態(tài)性被用于預(yù)測(cè)人重量管理策略的成果，特別是僅包括膳食干預(yù)以膳食干預(yù)作為主要部分的策略。試劑盒包含適于測(cè)定(或關(guān)聯(lián))個(gè)體(例如超重或肥胖的個(gè)體)成功完成或未成功完成膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目 (更具體地其膳食組成部分，例如膳食)的可能性的至少一種引物或引物對(duì)。在一種實(shí)施方式中，本發(fā)明涉及用在根據(jù)本發(fā)明的方法或用途中的試劑盒，所述試劑盒包含用于將與肥胖或肥胖-關(guān)聯(lián)表型關(guān)聯(lián)的基因或基因座中的標(biāo)記物基因分型的至少一種引物或引物對(duì)。優(yōu)選地，標(biāo)記物是選自如表I和2中所示的SNP的SNP。引物可適于核酸序列擴(kuò)增。通常試劑盒含有與多態(tài)性的不同形式雜交的一種或多種引物或引物對(duì)，例如能與SNP的第一等位基因形式(例如A等位基因形式)雜交的引物或引物對(duì)和能與SNP的第二等位基因形式(例如T等位基因形式)雜交的引物或引物對(duì)。此外，根據(jù)本發(fā)明的試劑盒可包含操作說(shuō)明，其解釋了基因型與成功完成具體類型的膳食(例如低熱量膳食，高脂/低碳水化合物膳食或低脂/高碳水化合物膳食)的增加的可能性的相關(guān)性。此外，試劑盒可包含操作說(shuō)明，其解釋了某些SNP (例如選自如在表2中所示的SNP的組的SNP)的存在或不存在的檢測(cè)表示個(gè)體成功完成包含具體類型的膳食(例如低脂/高碳水化合物膳食或高脂/低碳水化合物膳食)的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目的增加的傾向性。基于用試劑盒獲得的結(jié)果，下述可被檢測(cè)到較之包含低脂/高碳水化合物膳食的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目，個(gè)體是否具有成功完成包含高脂/低碳水化合物膳食的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目的增加的可能性，反之亦然。在一種實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了用在根據(jù)本發(fā)明的方法中的試劑盒，所述試劑盒包含用于對(duì)選自如表I和2中所示的SNP的組的SNP進(jìn)行基因分型的至少一種引物對(duì)；和操作說(shuō)明，其解釋了此類SNP標(biāo)記物的存在的檢測(cè)表示在膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目中個(gè)體成功的增加的可能性。在其他實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了試劑盒的用途，所述試劑盒包含用于將選自由rsl900075、rsll854719、rsl2125019、rsl0495589、rs266065、rsll687797、rsll687248、rs6434274、rs4233800、rsl210567U rsl55936U rs995639U rs4816260、rsll087969、rs2829843、 rsl7494681、 rs6743846、 rs2672847、 rsl992902、 rs7036324、 rs7914808、rsl2599288、rs7238810、rs4630636、rs2829850, and rs2829875,(如表 3 和 4 中列出的)組成的SNP組的SNP基因分型的至少一種引物對(duì)；和操作說(shuō)明，其解釋了在本發(fā)明的方法中選自由rsl900075、rsll854719、rsl2125019、rsl0495589、rs266065、rsll687797、rsll687248、rs6434274、rs4233800、rsl2105671、rsl559361、rs9956391、rs4816260、rsl 1087969和rs2829843 (如表3中列出的)組成的列表的SNP標(biāo)記物的存在的檢測(cè)表示個(gè)體在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物上可能減輕更多的重量并且選自由rsl7494681、rs6743846、rs2672847、rsl992902、rs7036324、rs7914808、rsl2599288、rs7238810、rs4630636、rs2829850 和 rs2829875 (如表 4 中列出的)組成的列表的 SNP 標(biāo)記物的存在的檢測(cè)表示個(gè)體在高脂/低碳水化 合物膳食上比在低脂/高碳水化合物膳食上可能減輕更多的重量。試劑盒的任選的額外的組件包括，例如，限制性酶、逆轉(zhuǎn)錄酶或聚合酶、陽(yáng)性對(duì)照、隱性對(duì)照、適于檢測(cè)(其他)標(biāo)記物的至少一種另外的引物對(duì)、用于逆轉(zhuǎn)錄的適當(dāng)?shù)木彌_液、PCR和/或雜交反應(yīng)、用來(lái)標(biāo)記的手段和用于PCR反應(yīng)的核苷酸混合物。本發(fā)明的試劑盒因而還可包含適于檢測(cè)與如表I和/或2中所示的SNP連鎖不平衡的標(biāo)記物(例如SNP)的一種或多種引物、引物對(duì)、探針和/或寡核苷酸。其還可含有適于檢測(cè)如表I和/或2中所示的另一 SNP的一種或多種引物、引物對(duì)、探針和/或寡核苷酸。 此外，根據(jù)本發(fā)明的試劑盒可含有進(jìn)行所述方法以及對(duì)考慮到本發(fā)明的肥胖-關(guān)聯(lián)等位基因和相關(guān)的單倍型的列表的操作說(shuō)明。試劑盒的組件可以是在管或瓶中的干燥形式或可以溶解在適當(dāng)?shù)木彌_液中。除非另外指出，本發(fā)明利用了本領(lǐng)域技術(shù)人員技術(shù)水平范圍內(nèi)的適當(dāng)?shù)姆肿由飳W(xué)、免疫學(xué)、微生物學(xué)、生物化學(xué)和細(xì)胞生物學(xué)的常規(guī)(重組)技術(shù)。用于任何目的，本申請(qǐng)中參考的所有出版物和參考文獻(xiàn)通過(guò)引用被整體并入本文。此外，本發(fā)明涉及低脂/高碳水化合物膳食在用于治療和/或預(yù)防個(gè)體(例如超重或肥胖的個(gè)體)肥胖的藥劑的制造中的用途，所述個(gè)體已被鑒定為具有至少一種SNP，所述SNP表示較之包含高脂/低碳水化合物膳食的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目，個(gè)體成功完成包含低脂/高碳水化合物膳食的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目的增加的可能性。此類SNP可在表4中找到。此外，本發(fā)明涉及高脂/低碳水化合物膳食在用于治療和/或預(yù)防個(gè)體(例如超重或肥胖的個(gè)體)肥胖的藥劑的制造中的用途，所述個(gè)體已被鑒定為具有至少一種SNP，所述SNP表示較之包含低脂/高碳水化合物膳食的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目，個(gè)體成功完成包含高脂/低碳水化合物膳食的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目的增加的可能性。此類SNP可在表3中找到。此外，本發(fā)明涉及低熱量膳食在用于治療和/或預(yù)防個(gè)體(例如超重或肥胖的個(gè)體)肥胖的藥劑的制造中的用途，所述個(gè)體已被鑒定為具有如在表I和/或2中列出的至少一種SNP。本發(fā)明還涉及計(jì)算機(jī)系統(tǒng)和用于存儲(chǔ)根據(jù)本發(fā)明的數(shù)據(jù)的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)。計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)表示可被閱讀并通過(guò)計(jì)算機(jī)直接得到的介質(zhì)，包括但不限于磁存儲(chǔ)介質(zhì)，例如軟盤、硬盤存儲(chǔ)介質(zhì)和磁帶；光存儲(chǔ)介質(zhì)(例如CD-ROM);點(diǎn)存儲(chǔ)介質(zhì)(例如RAM和ROM)；和這些類型的混合，例如磁/光存儲(chǔ)介質(zhì)。數(shù)據(jù)可被存儲(chǔ)在一個(gè)或多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中并包括與如表I和/或2中所示的標(biāo)記物(例如SNP)相關(guān)的信息,所述標(biāo)記物適于測(cè)定個(gè)體成功或未成功完成具體的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目的可能性。數(shù)據(jù)庫(kù)還可包括關(guān)于標(biāo)記物的性質(zhì)(例如在參照等位基因以及非參照等位基因中的占據(jù)多態(tài)性位置的堿基)、標(biāo)記物的位置(例如通過(guò)參考，例如染色體或染色體內(nèi)到已知標(biāo)記物的距離)、標(biāo)記物與肥胖的關(guān)聯(lián)水平、種群或亞群中的標(biāo)記物的頻率、標(biāo)記物與其他標(biāo)記物的關(guān)聯(lián)的信息以及關(guān)于其他標(biāo)記物的所有相關(guān)信息。其還可包括包含多態(tài)性位置的10-100個(gè)相鄰堿基的序列或它們的互補(bǔ)體。數(shù)據(jù)庫(kù)還可含有源自采訪、問卷或調(diào)查的個(gè)體的個(gè)人信息以及源自醫(yī)生、醫(yī)師、飲食學(xué)家、營(yíng)養(yǎng)學(xué)家或遺傳顧問的有關(guān)的醫(yī)學(xué)信息。此外，數(shù)據(jù)庫(kù)可包含關(guān)于所有類型的膳食、膳食組成和膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目(包括組合、價(jià)格、劑量等等)的信息。其甚至可包含下述信息，所述信息關(guān)于基于個(gè)體的遺傳特性的適于和/或不適于個(gè)體的膳食、膳食組成和膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目。數(shù)據(jù)庫(kù)可包含來(lái)自一個(gè)個(gè)體的信息但也包含來(lái)自個(gè)體組(例如具體種群或亞群)的信息。數(shù)據(jù)庫(kù)可用在本發(fā)明的方法和用途中。典型地，通過(guò)電子手段，例如通過(guò)使用計(jì)算機(jī)，將來(lái)自個(gè)體的遺傳數(shù)據(jù)引進(jìn)計(jì)算機(jī)系統(tǒng)。接著，將遺傳數(shù)據(jù)與在包含與遺傳標(biāo)記物相關(guān)的信息的數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)比較。基于比較，個(gè)體成功完成膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目的可能性可被測(cè)定并且，任選地可建議合適的個(gè)人化的膳食。、本發(fā)明還提供了包含程序代碼手段(program code means)的計(jì)算機(jī)程序,用于當(dāng)所述程序在計(jì)算機(jī)上運(yùn)行時(shí)進(jìn)行所有上述步驟。還提供了包含存儲(chǔ)在計(jì)算接可讀介質(zhì)上的程序代碼手段的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品，用于當(dāng)所述程序在計(jì)算機(jī)上運(yùn)行時(shí)進(jìn)行本發(fā)明的方法和用途。另外提供了在載波上的包含程序代碼手段的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品，當(dāng)在計(jì)算機(jī)系統(tǒng)上執(zhí)行時(shí)，其指導(dǎo)計(jì)算機(jī)系統(tǒng)進(jìn)行上述步驟。此外，本發(fā)明提供了被配置來(lái)進(jìn)行上述步驟的裝置。所述裝置典型地包含計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，例如PC。在一種實(shí)施方式中，計(jì)算機(jī)系統(tǒng)包含用于接收來(lái)自個(gè)體的遺傳數(shù)據(jù)的手段、用于將數(shù)據(jù)與包含與遺傳標(biāo)記物相關(guān)的信息的數(shù)據(jù)庫(kù)比較的模塊，和基于所述比較測(cè)定個(gè)體會(huì)成功完成或未能成功完成膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目的可能性的手段，和任選地甚至測(cè)定針對(duì)個(gè)體的合適的膳食、膳食組成或膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目的手段。訪問數(shù)據(jù)庫(kù)可以電子方式實(shí)現(xiàn)，例如通過(guò)計(jì)算機(jī)(PC或便攜式電腦)、移動(dòng)電話、個(gè)人數(shù)字輔助設(shè)備、因特網(wǎng)、手持式儀器(handheld)，但數(shù)據(jù)庫(kù)中的信息也可以紙質(zhì)形式提供。訪問數(shù)據(jù)庫(kù)的人可以是個(gè)體自己、醫(yī)師、營(yíng)養(yǎng)學(xué)家、醫(yī)生、飲食學(xué)家和甚至是餐館和超級(jí)市場(chǎng)。訪問可以是完全的或受限于僅僅某些數(shù)據(jù)。上述系統(tǒng)、介質(zhì)、程序和裝置還可包括使用除了表型數(shù)據(jù)之外的遺傳輸入，例如起始重量、種族、出生日期、性別來(lái)計(jì)算有益概率的算法。
實(shí)施例為闡明本發(fā)明，提供了下述實(shí)施。這些實(shí)施例不意圖限制本發(fā)明的范圍。實(shí)施例I :全基因組關(guān)聯(lián)分析目標(biāo)進(jìn)行了 10-周膳食重量減輕干預(yù)研究，以測(cè)驗(yàn)遺傳因素與肥胖相關(guān)表型之間的相互作用。為實(shí)現(xiàn)該目標(biāo)，進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)研究以鑒定涉及重量減輕/增加的并就營(yíng)養(yǎng)攝取的協(xié)變量而言或更通常地就膳食而言的數(shù)量性狀關(guān)聯(lián)的基因。因而，已經(jīng)用IlluminHumanHap 300-DU0 SNP芯片，對(duì)771個(gè)肥胖個(gè)體的318237個(gè)SNP進(jìn)行基因分型。群組描述
在10-周內(nèi)，歐洲，多中心膳食干預(yù)研究，771個(gè)重量穩(wěn)定的、肥胖的(BMI ^ 30kg/m2)、但其他方面健康的男人和女人被隨機(jī)選擇低脂/高碳水化合物(20至25%能量來(lái)自脂肪；60至65%來(lái)自碳水化合物)或高脂/低碳水化合物(40至45%能量來(lái)自脂肪；40至45%來(lái)自碳水化合物)的低能量膳食(eOOkcal/天的能量缺乏)。選擇患者從2001年五月直到2002年九月招募肥胖受試者。納入標(biāo)準(zhǔn)有BMI彡30且年齡20至50。排除標(biāo)準(zhǔn)有在研究開始之前持續(xù)3個(gè)月內(nèi)重量改變> 3kg，通過(guò)藥物治療的高血壓、糖尿病或高脂血，未治療的甲狀腺疾病，外科或藥物治療的肥胖，妊娠，和參與其他試驗(yàn)以及酒精或藥物濫用。在研究參與之前獲得書面知情同意書并由倫理委員會(huì)(EthicalCommittee)對(duì)各個(gè)參與中心批準(zhǔn)研究。這種研究已在別處詳細(xì)描述過(guò)(見Petersen etal. (2006) and S0rensen et al. (2006))。表型分析
在校準(zhǔn)的秤上測(cè)量體重。對(duì)僅穿非限制性內(nèi)衣褲的參與者測(cè)量腰圍。用校準(zhǔn)的的測(cè)距儀測(cè)量身高。針對(duì)每個(gè)變量，記錄三次測(cè)量的平均值。通過(guò)多頻生物電阻抗(Bodystat ；QuadScan 4000, Isle of Man, British Isles)評(píng)估脂肪質(zhì)量和無(wú)脂肪質(zhì)量。通過(guò)在每個(gè)中心常規(guī)使用的通風(fēng)罩(ventilated hood)系統(tǒng)測(cè)量靜止代謝速率，并且標(biāo)準(zhǔn)化驗(yàn)證程序被用來(lái)幫助將來(lái)自不同中心的結(jié)果合并。隔夜禁食12小時(shí)后抽取靜脈血，隨后3天受試者被教導(dǎo)避免過(guò)度體育活動(dòng)或酒精消耗。在程序開始之前，受試者以仰臥位靜止15分鐘。通SHOMA.統(tǒng)計(jì)建模測(cè)量胰島素分泌和胰島素抗性。針對(duì)在重量減輕、空腹血糖改變、空腹胰島素改變、胰島素分泌改變和胰島素抗性改變上的作用，分別單獨(dú)進(jìn)行線性回歸建模。協(xié)變量針對(duì)干預(yù)開始時(shí)的基礎(chǔ)重量(如在Sorensen et al. (2006)中所描述)、性另ll、年齡、中心和膳食組，調(diào)整統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。制備樣品使用常規(guī)方法從血液樣品中分離高分子量基因組和線粒體DNA。使用Syber GreenII定量方法測(cè)量每個(gè)樣品中純化的DNA的濃度。對(duì)于使用Illumina平臺(tái)形式的基因分型，具有50ng/ μ I濃度的750ng最小量的基因組DNA是必需的，因此每個(gè)DNA樣品被相應(yīng)地稀釋。來(lái)自肥胖個(gè)體的771個(gè)樣品中，751個(gè)符合這些標(biāo)準(zhǔn)。使用Illumin HumanHap 300-DU0芯片的全基因組掃描使用Illumin HumanHap 300-DU0 SNP珠狀芯片和Infinium II基因分型檢驗(yàn)進(jìn)行DNA樣品的全基因組基因分型。HumanHap 300-DU0珠狀芯片含有超過(guò)317000個(gè)SNP標(biāo)記物，其中大部分是源自國(guó)際人類基因組單體型圖計(jì)劃(International HapMap Project)的標(biāo)簽SNP標(biāo)記物。標(biāo)簽SNP是可用作許多其他SNP的代理(proxies)的基因座。標(biāo)簽SNP的使用大大改進(jìn)了關(guān)聯(lián)研究的能力，因?yàn)橹挥谢蜃囊粋€(gè)亞組需要被基因分型同時(shí)保持相同的信息和能力，就好像許多SNP已經(jīng)被基因分型。根據(jù)在Illumina (San Diego, CA, USA)提供的 “ Inf inium II Assay SystemManual”中詳細(xì)描述的“Single-Sample BeadChip Manual process”,用HumanHap300DU0珠狀芯片進(jìn)行Infinium II基因分型。簡(jiǎn)而言之，來(lái)自樣品的750ng基因組DNA經(jīng)受全基因組擴(kuò)增。擴(kuò)增的DNA被片段化、沉淀并在雜交緩沖液中再懸浮。再懸浮的樣品被加熱變性并接著應(yīng)用至一個(gè)HumanHap300DU0珠狀芯片。過(guò)夜雜交后，錯(cuò)雜交的和未雜交的DNA從珠狀芯片上洗滌掉，并使用標(biāo)記的脫氧核糖核苷酸和捕獲的DNA作為模板，在珠狀芯片上進(jìn)行寡核苷酸的等位基因特異性單堿基延伸。延伸的DNA染色后，沖洗珠狀芯片并用BeadArray讀取儀(Illumina)掃描并且使用BeadStudio軟件(Illumina)分析來(lái)自樣品的基因型。符合Illumina平臺(tái)質(zhì)量要求的所有751個(gè)DNA樣品被基因分型。Nugenob研究的GWS數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)分析首先，完成質(zhì)量控制測(cè)量。使用R genetics包，針對(duì)哈代溫伯格平衡(HardyWeinberg equilibrium)測(cè)試所有基因分型的SNP。從哈代溫伯格平衡中顯示偏差的SNP被標(biāo)記以調(diào)查任何可能的基因分型錯(cuò)誤。為了研究種群結(jié)構(gòu)，選擇覆蓋所有常染色體的27974個(gè)SNP的隨機(jī)組并接著基于配對(duì)狀態(tài)等同距離(pair wise identity-by-state distance),使用plink軟件進(jìn)行分析，所述plink軟件使用完全連鎖凝聚式聚類算法(complete linkage agglomerativeclustering)。另外，選擇歐洲種群的602個(gè)祖先信息標(biāo)記，使用plink和STRUCTURE軟件來(lái)檢測(cè)群體分層(population stratification)。所有分析的結(jié)論是在該研究群組中沒有顯著群體分層。對(duì)于超過(guò)99%的SNP，檢出頻率(每個(gè)SPN遞送的基因型的數(shù)目)彡98%。對(duì)于超過(guò)98%的個(gè)體，檢出率(每個(gè)個(gè)體基因分型的SNP的數(shù)目)彡95%，二者都與制造商的說(shuō)明書一致，表明該基因分型是精確可靠的。接著，完成統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。關(guān)于重量減輕和遺傳組分之間的關(guān)聯(lián)，如在例如Sorensen et al. (2006)中描述的,利用 HelixTree (GoldenHelix Inc.)，使用性別、年齡、中心、膳食組和干預(yù)開始時(shí)的重量作為協(xié)變量和使用本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的若干模型(加性、顯性和隱性)，使用用R統(tǒng)計(jì)學(xué)軟件控制性別、年齡、中心、膳食組和干預(yù)開始時(shí)的重量；控制或沒有控制膳食和遺傳組分之間的相互作用的多元線性回歸，應(yīng)用了多元線性回歸分析。全基因組掃描——使用歐洲、多中心膳食干預(yù)研究對(duì)象和IlluminHumanHap-300DU0珠狀芯片進(jìn)行重量減輕的全基因組關(guān)聯(lián)分析。在統(tǒng)計(jì)學(xué)分析中使用的最終數(shù)據(jù)組包括750個(gè)受試者。在該研究中發(fā)現(xiàn)了新的關(guān)聯(lián)重量減輕的SNP標(biāo)記物，其中若干個(gè)是基因內(nèi)的。實(shí)施例2 :綜合分析針對(duì)之前已與膳食重量減輕或脂肪氧化能力關(guān)聯(lián)的基因，仔細(xì)發(fā)掘科技文獻(xiàn)?；贗nWeb蛋白-蛋白相互作用數(shù)據(jù)庫(kù)(見Lage et al. , 2007),在蛋白-蛋白相互作用網(wǎng)中，該數(shù)據(jù)庫(kù)中的所有蛋白根據(jù)它們與這些候選者蛋白的接近度而被分級(jí)。結(jié)下來(lái)，根據(jù)它們持有的SNP的顯著性，通過(guò)將所有的基因產(chǎn)物分級(jí)，構(gòu)建基于GffAS的重量減輕證據(jù)層(layers)(有和沒有膳食相互作用)和基于GWAS的脂肪氧化證據(jù)層。每個(gè)基于GWAS的證據(jù)層與蛋白-蛋白相互作用分級(jí)折疊(collapse)，以產(chǎn)生3個(gè)薈萃分級(jí)(meta-ranks)。根據(jù)它們與先前報(bào)道的重量減輕基因或脂肪氧化基因的相互作用程度以及它們?cè)贕WAS中的顯著性，每個(gè)薈萃分級(jí)反映所有蛋白的分級(jí)。實(shí)施例3 :精細(xì)定位對(duì)于包括從全基因組關(guān)聯(lián)分析(實(shí)施例I)和/或綜合分析(實(shí)施例2)中具有最低P值的基因，選擇這些基因內(nèi)的所有SNP用于精細(xì)定位(mapping)。另外，對(duì)于不位于基因內(nèi)的從全基因組關(guān)聯(lián)分析(實(shí)施例I)和/或綜合分析(實(shí)施例2)中具有最低P值的SNP，選擇在它們鄰近的其他SNP用于精細(xì)定位。這導(dǎo)致1536個(gè)SNP (見表6)。根據(jù)制造商的說(shuō)明，使用定制的Illumina GoldenGate基因分型檢驗(yàn)查詢這些1536個(gè)SNP的基因型。簡(jiǎn)而言之，活化250ng的DNA并且將檢驗(yàn)寡核苷酸、雜交緩沖液和順磁性顆粒與活化的DNA結(jié)合。雜交和數(shù)次沖洗步驟之后，等位基因特異性寡核苷酸被延伸并與基因座特異性寡核苷酸連接。所得產(chǎn)物接著使用PCR擴(kuò)增并標(biāo)記，與陣列矩陣(array matrix)雜交并使用Illumina Bead Array讀取儀可視化。這樣導(dǎo)致新的與重量減輕關(guān)聯(lián)的SNP標(biāo)記物。該新的SNP標(biāo)記物在表I和2中示出。在表I中，顯示了沒有考慮膳食-基因相互作用的與重量減輕關(guān)聯(lián)的SNP。在表2中，顯示了考慮了低脂/高碳水化合物膳食-基因相互作用或高脂/低碳水化合物膳食-基因相互作用的與重量減輕關(guān)聯(lián)的SNP標(biāo)記物。通過(guò)在回歸式子中引入膳食-基因相互作用關(guān)系，計(jì)算表2的SNP的β-值。β_值的方向和大小顯示膳食-基因相互作用的方向和大小，例如如果個(gè)體具有負(fù)β值的SNP，個(gè)體會(huì)在低脂/高碳水化合物膳食上比在高脂/低碳 水化合物膳食上減輕更多的重量，且如果個(gè)體具有正β值的SNP，個(gè)體會(huì)在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物膳食上減輕更多的重量。表3中顯示了考慮高脂/低碳水化合物膳食-基因相互作用的關(guān)聯(lián)重量減輕的SNP標(biāo)記物，而表4中顯示了考慮低脂/高碳水化合物膳食-基因相互作用的關(guān)聯(lián)重量減輕的SNP標(biāo)記物。表5中顯示了包括它們的核苷酸序列的表I和表2的SNP標(biāo)記物。參考文獻(xiàn)Lage K, Karlberg Ε0, Sterling ZM, Olason PI, Pedersen AG, Rigina O,Hinsby AM, Tiimer Z, Pociot F, Tommerup N, Moreau Y and Brunak S (2007), A humanphenome-interactome network of protein complexes implicated in geneticdisorders. Nat. Biotech-nol. 25 :309-316.Petersen M,Taylor MA,Saris WHM,Verdich C,Toubro S，Macdonald I,RossnerS，Stich V，Guy-Brand B，Langin D，Martinez JA, Pedersen 0，Holst C,S0rensen TI A,As-trup A and The Nugenob Consortium(2006)，Randomized，multi-center trial of twohypo-energetic diets in obese subjects :high_versus low-fat content. Int. J. Obes.(Lond.). 30 :552-60.Sorensen TIA, Boutin P,Tayloer MA,Larsen LH,Verdich C,Petersen L，HolstC，Echwald SM，Dina C，Tourbo S，Petersen M，Polak J，Clement K，Martinez JA，LanginD,Oppert J—M，Stch V，Macdonald I，Arner P，Saris WHM,Pedersen 0，Astrup A,FroguelP and The Nugenob Consortium(2006)， Genetic polymorphisms and weight loss inobesity a randomized trial of hypo-energetic high-versus low-fat diets. PLoSClinical Trials 1(2) e 12.表I :沒有考慮膳食-基因相互作用的與重量減輕關(guān)聯(lián)的SNP的列表
權(quán)利要求
1.針對(duì)由rsl900075、rsll854719、rs560514、rsl402694、rsl402696、rsl402695、rs486708、 rs943795、 rsl574781、 rsl99939、 rs6429280、 rs632172、 rs850678、 rs659887、rs7582990、rs6432096、rsl974676、rs3755259、rs3755256、rs6734108、rs6735232、rs4848123、 rsl0173252、 rsl3382915、 rs6434276、 rsl2693496、 rsl2105671、 rs4274570、rs6723034、 rs2043448、 rsl2693982、 rsl376877、 rs2469954、 rs2250522、 rs2246849、rsll687186、rs2246118、rs2469962、rs6436943、rs836230、rs836235、rs6728423、rs6729378、 rs468330U rsll38518、 rs7652849、 rs9855938、 rs9825199、 rs3796160、rs9870813、 rs823504、 rsl0512926、 rs7701465、 rsl3179555、 rs6887093、 rs2358531、rsl002541、rsl2153396、rs884948、rs4704296、rs4704297、rs2937723、rs2937719、rs203138、rs203133、rs6965716、rs2685753、rs3889348、rsl230544、rsl0488501、rs3779340、rsl0486838、rsl0486839、rsll763565、rs3807778、rsl0277160、rsll768469、rs3779331、rsl031 177、rs8181006、rs782204U rsl0092844、rs2120995、rs4295694、rsl0104134、rs8176747、rs568203、rs651007、rs579459、rs635634、rs633862、rs558240、rs487820、 rs2051680、 rsll79037、 rs3739892、 rs3758348、 rs4623810、 rsl0886489、rs2991769、 rs2104992、 rsl2766539、 rs2991770、 rs7081349、 rsll016125、 rs6482668、 rsll016240、rsl761534、rs2255615、rs2791754、rs928571、rs731644、rsl0899257、rsl0793186、rs9568494> rs7337462> rs6561608> rsl6945369> rs6496772> rs6496774>rsll865234、rs909910、rs8047814、rslll49808、rsl2443712、rs7230580、rs7359820、rsl433840、 rs226313、 rs2123473、 rs8088748、 rsl0502781、 rs9946713、 rs7504768、rs8098098、rs7242055、rsl470324、rs4890647、rs9974676、rs974680、rs4816260、rsll087969、rs2829850、rs7283477、rs2829875、rsl35570、rsl35549、rsl2125019、rsl7494681、rs6743846、rsl0495589、rs266065、rs2672847、rsl992902、rsll687797、rsll687248、rs6434274、rs4233800、rs 7036324、rs7914808、rsl2599288、rsl559361、rs7238810、rs4630636、rs9956391和rs2829843組成的單核苷酸多態(tài)性(SNP)標(biāo)記物的組選擇的至少一種SNP的用途，用于預(yù)測(cè)個(gè)體在包括使個(gè)體經(jīng)受低熱量膳食的膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目中成功的可能性。
2.根據(jù)權(quán)利要求I的用途，特征在于所述SNP是rsl900075。
3.根據(jù)權(quán)利要求I的用途，特征在于所述SNP是rsll854719。
4.根據(jù)權(quán)利要求I至3的任一項(xiàng)的用途，特征在于所述個(gè)體是超重的或肥胖的。
5.用于預(yù)測(cè)個(gè)體在膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目中成功的可能性的方法，所述方法包括 a)獲得包含個(gè)體的核酸的生物樣品， b)針對(duì)根據(jù)權(quán)利要求I至3的至少一種SNP，將所述核酸基因分型，其中來(lái)自該SNPs組的至少一種SNP的存在表明個(gè)體在膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目中成功的增加的可能性。
6.用于預(yù)測(cè)個(gè)體是否在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物膳食上可能減輕更多重量的方法，所述方法包括步驟 a)獲得包含個(gè)體的核酸的生物樣品， b)針對(duì)選自由rsl900075、rsll854719、rsl2125019、rsl0495589、rs266065、rsll687797、rsll687248、rs6434274、rs4233800、rsl2105671、rsl559361、rs9956391、rs4816260、rsl 1087969和rs2829843組成的SNPs組的至少一種SNP，將核酸基因分型，其中來(lái)自該SNPs組的至少一種SNP的存在表明個(gè)體在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物膳食上可能減輕更多的重量。
7.用于預(yù)測(cè)個(gè)體在低脂/高碳水化合物膳食上比在高脂/低碳水化合物膳食上可能減輕更多的重量的方法，所述方法包括步驟 a)獲得包含個(gè)體的核酸的生物樣品， b)針對(duì)選自由rsl7494681、rs6743846、rs2672847、rsl992902、rs7036324、rs7914808、rsl2599288、rs7238810、rs4630636、rs2829850 和 rs2829875 組成的 SNPs 組的至少一種SNP，將核酸基因分型，其中來(lái)自該SNPs組的至少一種SNP的存在表明個(gè)體在低脂/高碳水化合物膳食上比在高脂/低碳水化合物膳食上可能減輕更多的重量。
8.試劑盒的用途，所述試劑盒包括用于將選自由rsl900075、rsl1854719、rs560514、rsl402694、rsl402696、rsl402695、rs486708、rs943795、rsl574781、rsl99939、rs6429280、 rs632172、rs850678、rs659887、rs7582990、rs6432096、rsl974676、rs3755259、rs3755256 、rs6734108、rs6735232、rs4848123、rsl0173252、rsl3382915、rs6434276、rsl2693496、rsl2105671、 rs4274570、 rs6723034、 rs2043448、 rsl2693982、 rsl376877、 rs2469954、rs2250522、rs2246849、rsll687186、rs2246118、rs2469962、rs6436943、rs836230、rs836235、rs6728423、rs6729378、rs4683301, rsll38518、rs7652849、rs9855938、rs9825199、 rs3796160、 rs9870813、 rs823504、 rsl0512926、 rs7701465、 rsl3179555、rs6887093、rs2358531, rsl00254U rsl2153396、rs884948、rs4704296、rs4704297、rs2937723、rs2937719、rs203138、rs203133、rs6965716、rs2685753、rs3889348、rsl230544、rsl0488501、rs3779340、rsl0486838、rsl0486839、rsll763565、rs3807778、rsl0277160、rsll768469、rs3779331、rsl031177、rs8181006、rs7822041、rsl0092844、rs2120995、rs4295694、rsl0104134、rs8176747、rs568203、rs651007、rs579459、rs635634、rs633862、rs558240、rs487820、rs2051680、rsll79037、rs3739892、rs3758348、rs4623810、rsl0886489、rs2991769、rs2104992、rsl2766539、rs2991770、rs7081349、rsll016125、rs6482668、rsll016240、rsl761534、rs2255615、rs2791754、rs928571、rs731644、rsl0899257、rsl0793186、rs9568494、rs7337462、rs6561608、rsl6945369、rs6496772、rs6496774、rsll865234、rs909910、rs8047814、rslll49808、rsl2443712、rs7230580、rs7359820、rsl433840、rs226313、rs2123473、rs8088748、rsl050278U rs9946713、rs7504768、rs8098098、rs7242055、rsl470324、rs4890647、rs9974676、rs974680、rs4816260、rsll087969、rs2829850、rs7283477、rs2829875、rsl35570、rsl35549、rsl2125019、 rsl7494681、 rs6743846、 rsl0495589、 rs266065、 rs2672847、 rsl992902、rsll687797、rsll687248、rs6434274、rs4233800、rs7036324、rs7914808、rsl2599288、rsl559361、rs7 238810、rs4630636、rs9956391 和 rs2829843 組成的 SNPs 組的 SNP 基因分型的至少一種引物對(duì)；和操作說(shuō)明，其解釋在權(quán)利要求5的方法中的此類SNP標(biāo)記物的存在檢測(cè)表明個(gè)體在膳食重量減輕干預(yù)項(xiàng)目中成功的可能性。
9.試劑盒的用途，其包括用于將選自由rsl900075、rsll854719、rsl2125019、rsl0495589、rs266065、rsll687797、rsll687248、rs6434274、rs4233800、rsl2105671、rsl559361、 rs9956391、 rs4816260、 rsll087969、 rs2829843、 rsl7494681、 rs6743846、rs2672847、rsl992902、rs7036324、rs7914808、rsl2599288、rs7238810、rs4630636、rs2829850和rs2829875組成的SNPs組的SNP基因分型的至少一種引物對(duì)；和操作說(shuō)明，其解釋在權(quán)利要求6或7的方法中的選自由rsl900075、rsll854719、rsl2125019、rsl0495589、rs266065、rsll687797、rsll687248、rs6434274、rs4233800、rsl2105671、rsl559361、rs9956391、rs4816260、rsl 1087969 和 rs2829843 組成的列表的 SNP標(biāo)記物存在的檢測(cè)表明個(gè)體在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物上可能減輕更多的重量，以及選自由rsl7494681、rs6743846、rs2672847、rsl992902、rs7036324、rs7914808、rsl2599288、rs7238810、rs4630636、rs2829850 和 rs2829875 組成的列表的 SNP 標(biāo)記物存在的檢測(cè)表明個(gè)體在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物膳食上可能減輕更多的重量。
10.根據(jù)權(quán)利要求8或9的試劑盒的用途，還包含在權(quán)利要求6或7的方法中的選自由限制性酶、逆轉(zhuǎn)錄酶或聚合酶、陽(yáng)性對(duì)照、陰性對(duì)照、適于檢測(cè)(其他)標(biāo)記物的至少一個(gè)其他引物對(duì)、用于逆轉(zhuǎn)錄的適當(dāng)?shù)木彌_液、PCR和/或雜交反應(yīng)、用來(lái)標(biāo)記的手段和用于PCR反應(yīng)的核苷酸混合物組成的組的至少一個(gè)組件。
全文摘要
本發(fā)明涉及與肥胖和肥胖相關(guān)表型有關(guān)聯(lián)的遺傳多態(tài)性以及它們?cè)陬A(yù)測(cè)個(gè)體成功完成膳食體重減輕干預(yù)項(xiàng)目中的用途。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK102741427SQ201080056389
公開日2012年10月17日 申請(qǐng)日期2010年12月9日 優(yōu)先權(quán)日2009年12月9日
發(fā)明者歐古爾·桑凱克 申請(qǐng)人:帝斯曼知識(shí)產(chǎn)權(quán)資產(chǎn)管理有限公司