專利名稱：雞屠體性狀相關(guān)的snp及其應(yīng)用的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及分子生物學(xué)檢測領(lǐng)域，具體涉及雞屠體性狀相關(guān)的SNP及其應(yīng)用。
背景技術(shù)：
隨著生活水平的提高，人們對肉品質(zhì)的要求也越來越高，而脂肪性狀是優(yōu)質(zhì)雞肉品質(zhì)評價的重要指標(biāo)。地方品種雞以其肉質(zhì)優(yōu)良，味道鮮美，營養(yǎng)豐富而聞名，吸引著越來越多的消費(fèi)者。經(jīng)過多年對優(yōu)質(zhì)肉雞的科學(xué)選育，優(yōu)質(zhì)肉雞的生產(chǎn)性能有了顯著提高。但是，在雞生產(chǎn)性能提高的同時，隨之而來的是肉品質(zhì)的降低(Rance K. et al.，2002)。肉雞皮下脂肪和腹脂沉積增多，而肌內(nèi)脂肪含量減少。度量這些脂肪性狀的常規(guī)方法步驟都比較繁瑣，花費(fèi)較高，選擇難以方便有效的進(jìn)行。目前，育種研究中初步應(yīng)用的標(biāo)記輔助選擇著眼于遺傳物質(zhì)DNA，可以避免環(huán)境的影響，選擇直接有效(Zhang X. et al.，2007)。因此， 尋找與脂肪代謝顯著相關(guān)的遺傳標(biāo)記，對高效選擇肌內(nèi)脂肪含量和皮脂厚度適當(dāng)、腹脂率低的個體，培育肉質(zhì)優(yōu)良的肉雞品種具有重要意義。SREBFs作為脂肪代謝信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路上非常重要的轉(zhuǎn)錄因子，其多態(tài)性的變化可能導(dǎo)致下游靶基因轉(zhuǎn)錄水平的改變從而影響脂質(zhì)的合成與沉積?，F(xiàn)在針對SREBFs基因家族多態(tài)性的研究大多集中在SREBFl基因上。陳杰等在對SREBFl基因進(jìn)行PCR-SSCP分析時發(fā)現(xiàn)在蘇太豬的SREBFl基因的374和347位點(diǎn)存在單核苷酸多態(tài)性，與豬肌內(nèi)脂肪、皮脂率以及屠宰率均呈顯著相關(guān)(陳杰等，2004)。李長龍等在對3個豬群進(jìn)行多態(tài)性研究時進(jìn)一步證明SREBFl基因多態(tài)性與肌內(nèi)脂肪顯著相關(guān)，而與背膘厚沒有顯著的相關(guān)(李長龍等， 2006)。劉世強(qiáng)等用PCR-DHPLC技術(shù)發(fā)現(xiàn)豬SREBFl基因序列中產(chǎn)生的Eaml 1041酶切位點(diǎn)， 并在8個品種中進(jìn)行了多態(tài)性研究，發(fā)現(xiàn)此位點(diǎn)的多態(tài)性與皮脂率和屠宰率顯著相關(guān)(劉世強(qiáng)，陳贊謀，2008)。J. Chen等在對二花臉和蘇太豬的研究中發(fā)現(xiàn)了一個SNP與肌內(nèi)脂肪含量顯著相關(guān)(Chen J. et al.，2008)。目前，針對SREBF2基因多態(tài)性的研究還較少，大多集中在人類疾病上。Miserez 等、Duan等研究發(fā)現(xiàn)SREBF2基因的G1784C突變引起其蛋白的G595A突變與血液中膽固醇過高的人的血清總膽固醇(TC)和低密度脂蛋白膽固醇(LDL-C)水平密切相關(guān)(Duan X. et al.，2004 ；Miserez A. R. et al.，2002)。Yaju等對這個位點(diǎn)進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)，在中國廣西的黑衣壯族和漢族中，基因型和等位基因的頻率表現(xiàn)出顯著的品種差異，在漢族中G等位基因比C等位基因表現(xiàn)出更高的血脂水平，而在黑衣壯族中沒有這種差異(Yaju D. et al., 2009)。Robinet等在對SREBF2基因進(jìn)行多態(tài)性研究時發(fā)現(xiàn)了 6個SNP，其中G1784C突變與早期頸動脈粥樣硬化相關(guān)，結(jié)合Muller等的研究認(rèn)為此位點(diǎn)可以作為動脈粥樣硬化遺傳性研究的候選位點(diǎn)(Muller P. & Miserez A.，2002 ；Robinet P. et al. ,2003) 上述研究結(jié)果表明，SREBFs基因可作為脂肪性狀的候選基因。因此，推測其家族基因的突變位點(diǎn)也可能對雞的脂肪性狀具有顯著遺傳效應(yīng)，并且針對SREBF2基因多態(tài)性的研究還很少，在動物上的研究幾乎沒有。通過對雞SREBF2基因⑶S區(qū)進(jìn)行SNPs檢測，并在優(yōu)質(zhì)肉雞中分析不同單倍型與屠宰和肉質(zhì)性狀的關(guān)系，目的在于尋找與脂肪沉積高度相關(guān)的遺傳標(biāo)記，為優(yōu)質(zhì)肉雞的分子育種提供理論依據(jù)。

發(fā)明內(nèi)容
為了解決上述問題，本發(fā)明的目的在于提供一種雞屠體性狀相關(guān)的SNP及其應(yīng)用。本發(fā)明提供的雞SREBF2基因的單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記，其為SNP1、SNP2、SNP3、 SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9 和 SNP10，其中 SNPl 為自 SEQ ID No. 1 所示序列 5，端起12578位為的A或T ；SNP2為自SEQ ID No. 1所示序列5，端起13984位為T或C ；SNP3 為自SEQ ID No. 1所示序列5，端起11310位為A或G ；SNP4為自SEQ ID No. 1所示序列 5，端起7213位為A或G ；SNP5為自SEQ ID No. 1所示序列5，端起5196位為G或A ；SNP6 為自SEQ ID No. 1所示序列5，端起1098位為C或T ；SNP7為自SEQ ID No. 1所示序列5， 端起8574位為A或G ；SNP8為自SEQ ID No. 1所示序列5，端起176位為T或C ；SNP9為自 SEQ ID No. 1所示序列5，端起1247位為A或G ；SNPlO為自SEQ ID No. 1所示序列5，端起7037位為C或G。本發(fā)明還提供這一種檢測雞群體屠體性狀的方法，其通過檢測雞的上述的單核苷酸多態(tài)性(SNP)，確定雞群體的屠體性狀。通過對SNPl、SNP2、SNP3、SNP4、SP5、SNP7、SNPlO進(jìn)行標(biāo)記-性狀關(guān)聯(lián)分析，結(jié)果顯示SNP1對全凈膛重的遺傳效應(yīng)達(dá)到極顯著水平(P < 0. 01),TT基因型個體的全凈膛重極顯著高于AA和AT基因型個體(P <0.01) ；SNP2對全凈膛重的遺傳效應(yīng)達(dá)到顯著水平(P
<0. 05)，TT基因型個體的全凈膛重顯著高于CT和CC基因型個體(P < 0. 05) ；SNP4對活重的遺傳效應(yīng)達(dá)到顯著水平(P < 0. 05)，對屠體重、半凈膛重、全凈膛重、胸肌重和腿肌重的遺傳效應(yīng)達(dá)到極顯著水平(P < 0. 01)，AA基因型個體的活重顯著高于AG基因型個體(P
<0. 05)，屠體重、半凈膛重、全凈膛重、胸肌重極顯著高于AG基因型個體(P < 0. 01)，腿肌重極顯著高于AG和GG基因型個體(P < 0. 01) ；SNP3、SNP5、SNP7和SNPlO對各種屠宰性狀的遺傳效應(yīng)都沒有達(dá)到顯著水平(P > 0. 05)。將SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP7和SNPlO構(gòu)建單倍型后進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn)，單倍型H21H21是活重、屠體重、半凈膛重、全凈膛重和腿肌重的優(yōu)勢單倍型，H13H21是胸肌重的優(yōu)勢單倍型，而H4H21是皮脂厚的劣勢單倍型，提示單倍型H21 (A-T-G-A-G-G-G)對于提高肉雞的生產(chǎn)性能有正向作用。本發(fā)明還提供用于鑒定所述的單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記的引物，其核苷酸為SEQ ID No. 2 21所示的引物。本發(fā)明還提供含有上述引物的試劑盒。本發(fā)明提供的單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記可用于雞的分子標(biāo)記輔助育種，能快速準(zhǔn)確的輔助篩選，具有早期篩選、節(jié)省時間、成本低廉、準(zhǔn)確性高的優(yōu)點(diǎn)。本發(fā)明的SNP及其單倍型與屠體性狀緊密相連，可用于分子標(biāo)記輔助育種。


圖11%瓊脂糖凝膠電泳檢測基因組DNA結(jié)果。圖21%瓊脂糖電泳檢測SREBF2基因10對引物擴(kuò)增產(chǎn)物結(jié)果。
圖3所示為SREBF2基因10對引物擴(kuò)增產(chǎn)物的SSCP帶型圖。圖4所示為SREBF2基因多態(tài)位點(diǎn)測序結(jié)果，圖中箭頭處表示發(fā)生堿基替代的位置。
具體實施例方式以下實施例用于說明本發(fā)明，但不用來限制本發(fā)明的范圍。二郎山山地雞SD01XSD02系，SD03系，SD02系，SDOl XSD03系購于四川農(nóng)業(yè)大學(xué)家禽廠和四川隆生集團(tuán)。飼養(yǎng)全階段由專人管理，單籠飼養(yǎng)，管理及營養(yǎng)水平一致，自由采食，91日齡時隨機(jī)在各群體挑選公母各15只，共120個個體進(jìn)行屠宰。四川大恒優(yōu)質(zhì)肉雞=SOl系、S02系、S03系、S05系、S06系、D99系購于四川大恒家禽育種公司，每個群體選公母各15只，共180個個體作為試驗素材。飼養(yǎng)全階段由專人管理，單籠飼養(yǎng)，管理及營養(yǎng)水平一致，自由采食，91日齡時屠宰。實施例1 SREBF2基因多態(tài)位點(diǎn)的獲得雞翅靜脈采血，所采血樣均為ImL/只、EDTA抗凝，血樣于_20°C冷凍保存。采用常規(guī)酚-氯仿法從上述的雞血液中提取基因組DNA，用1.0%瓊脂糖電泳檢測，可以看到DNA 條帶清晰、明亮、無雜帶，完全符合后續(xù)PCR實驗的要求(圖1)根據(jù)本試驗獲得的二郎山山地雞SREBF2基因cDNA序列和GenBank中預(yù)測的雞 SREBF2 基因 mRNA 序列(Gene ID :XM_4162222)，以及 GenBank 中 SREBF2 基因 DNA 序列(Gene ID :NC_006088. 2)，進(jìn)行引物設(shè)計，共17對。引物詳細(xì)信息見表1。表1 SREBF2基因SNP掃描所用引物詳細(xì)信息
WWW^WW..................................................................................
引物序號引物序列
Pl F:GGTCCAGCCTCAGATCATCAA(SEQ ID No.22) R:TCCCCACCGTTAGAAA(SEQ ID No.23)
P2 F:GGCTGAATGCTGGTGACACTT(SEQ ID No.24) R:TTACCTTGGCGTCTGT(SEQ ID No.25)
P3F:AACCCTGGAAGCACGTTGTAC(SEQ ID No.2)R:CAATGATAAAGAACCGAAAG(SEQ ID No.3)
P4F:GAACTGTTGAAGGGCATTGAC(SEQ ID No.4)
R:TGTGGCCCTTAAGTAACTCTA(SEQ ID No.5)
p5F:TTTTCATCTCTCCGCACCAA(SEQ ID No.6)
R:ACTCGCAGCACCCCAACTCTT(SEQ ID No.7)
P6F:TGCCCACGCTGATCCT(SEQ ID No.26)
R:TCCTCCTACGAGACGCATGTG(SEQ ID No.27)
退火溫度片段大小
55 53 55 55 60 62
230 267 244 230 248 20權(quán)利要求
1.一種雞屠體性狀相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記，其為SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、 SNP6、SNP7、SNP8、SNP9 和 SNP10，其中 SNPl 為自 SEQ ID No. 1 所示序列 5，端起 12578 位為的A或T ；SNP2為自SEQ ID No. 1所示序列5，端起13984位為T或C ；SNP3為自SEQ ID No. 1所示序列5，端起11310位為A或G ；SNP4為自SEQ ID No. 1所示序列5，端起7213 位為A或G ；SNP5為自SEQ ID No. 1所示序列5，端起5196位為G或A ；SNP6為自SEQ ID No. 1所示序列5，端起1098位為C或T ；SNP7為自SEQ ID No. 1所示序列5，端起8574位為A或G ；SNP8為自SEQ ID No. 1所示序列5，端起176位為T或C ；SNP9為自SEQ ID No. 1 所示序列5，端起1247位為A或G ；SNPlO為自SEQ ID No. 1所示序列5，端起7037位為C 或G。
2.一種檢測雞群體屠體性狀的方法，其通過檢測權(quán)利要求1所述的單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記，確定雞群體的屠體性狀。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其特征在于，SNPl的TT基因型個體的全凈膛重極顯著高于AA和AT基因型個體；SNP2的TT基因型個體的全凈膛重顯著高于CT和CC基因型個體；SNP4的AA基因型屠體重、半凈膛重、全凈膛重、胸肌重極顯著高于AG基因型個體，腿肌重極顯著高于AG和GG基因型個體。
4.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其特征在于，H21H21是活重、屠體重、半凈膛重、全凈膛重和腿肌重的優(yōu)勢單倍型，H13H21是胸肌重的優(yōu)勢單倍型，H4H21是皮脂厚的劣勢單倍型， 其中 H4 表示 SNPl 為 A, SNP2 為 C, SNP3 為 G, SNP4 為 A, SNP5 為 A, SNP7 為 A, SNPlO 為 G ； H13 表示 SNPl 為 A, SNP2 為 C, SNP3 為 A, SNP4 為 A, SNP5 為 A, SNP7 為 G, SNPlO 為 G ；SNP21 表示 SNPl 為 A, SNP2 為 T, SNP3 為 G, SNP4 為 A, SNP5 為 G, SNP7 為 G, SNPlO 為 G0
5.鑒定權(quán)利要求1所述的單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記的引物，其核苷酸如SEQID No. 2 21 所示。
6.含有權(quán)利要求5所述引物的試劑盒。
7.權(quán)利要求1所述的單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記在雞選育中的應(yīng)用。
全文摘要
本發(fā)明涉及分子生物學(xué)檢測領(lǐng)域，具體涉及雞屠體性狀相關(guān)的SNP及其應(yīng)用。本發(fā)明提供了10個雞SREBF2基因的單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記，以及應(yīng)用所述的單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記檢測雞群體屠體性狀的方法。本發(fā)明還提供用于檢測所述單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記的引物及其含有所述引物的試劑盒。本發(fā)明提供的單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記可用于雞的分子標(biāo)記輔助育種，能快速準(zhǔn)確的輔助篩選，具有早期篩選、節(jié)省時間、成本低廉、準(zhǔn)確性高的優(yōu)點(diǎn)。
文檔編號C12Q1/68GK102250889SQ20111019727
公開日2011年11月23日 申請日期2011年7月14日 優(yōu)先權(quán)日2011年7月14日
發(fā)明者蘭丹, 劉益平, 孫建, 朱慶, 王彥, 胡耀東, 邱莫寒 申請人:四川農(nóng)業(yè)大學(xué)