專利名稱：預(yù)測(cè)并克服對(duì)卵巢癌化療的抗性的方法及預(yù)測(cè)結(jié)腸癌發(fā)生的方法
預(yù)測(cè)并克服對(duì)卵巢癌化療的抗性的方法及預(yù)測(cè)結(jié)腸癌發(fā)生的方法本申請(qǐng)是申請(qǐng)日為2004年12月30日、中國(guó)申請(qǐng)?zhí)枮?00480042148. 6、發(fā)明名稱為“預(yù)測(cè)并克服對(duì)卵巢癌化療的抗性的方法及預(yù)測(cè)結(jié)腸癌發(fā)生的方法”的發(fā)明申請(qǐng)的分案·申請(qǐng)。本申請(qǐng)涉及并權(quán)利要求2003年12月31日提交的系列號(hào)為60/533，505的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)的優(yōu)先權(quán)，其公開(kāi)在此全文引入作為參考。
背景技術(shù)：
本發(fā)明涉及預(yù)測(cè)卵巢癌患者是否會(huì)對(duì)化療有抗性的方法及確定是否個(gè)體患者患結(jié)腸癌的方法。本發(fā)明也涉及監(jiān)測(cè)在接受卵巢癌治療的患者中的治療有效性的方法。本發(fā)明還涉及治療卵巢癌及結(jié)腸癌的方法。另外，本發(fā)明涉及篩選能抑制腫瘤細(xì)胞，具體是卵巢癌細(xì)胞或結(jié)腸癌細(xì)胞的生長(zhǎng)的化合物的方法。本發(fā)明也涉及具體在對(duì)常用化療方案有抗性的卵巢癌細(xì)胞中，降低或抑制對(duì)化療藥物治療或療法的抗性的方法。
背景技術(shù)：
卵巢癌是死亡率達(dá)60%的致死性最強(qiáng)的婦科惡性腫瘤。對(duì)于此疾病的多個(gè)臨床階段的五年存活率如下階段1>90%，階段11=80%，階段111=20%和階段IV=10%;在此疾病的較晚階段存活率有顯著的降低。對(duì)于此疾病的晚期(advanced)階段的標(biāo)準(zhǔn)(Standard-of-care)治療包括減少細(xì)胞數(shù)的手術(shù)后化療。大多數(shù)患者存活的可能性低，因?yàn)樗谢颊咧械拇蠹s75%是在疾病的階段III和IV診斷的，且預(yù)后差與疾病在晚期階段的晚診斷相關(guān)。對(duì)于現(xiàn)存的化療劑的抗性是另一個(gè)主要問(wèn)題。盡管在最初的治療后75%的患者出現(xiàn)了完全臨床反應(yīng)(complete clinicalresponse)，大多數(shù)會(huì)疾病復(fù)發(fā)并需要再治療。不幸的是,絕大多數(shù)會(huì)最終患化學(xué)抗性并死于此疾病?；瘜W(xué)抗性是一種復(fù)雜的現(xiàn)象，它涉及多種基因和基因產(chǎn)物的表達(dá)和生物活性的改變。所述在反應(yīng)性和非反應(yīng)性個(gè)體差異表達(dá)的基因或基因家族可被用作分子標(biāo)記物，來(lái)預(yù)測(cè)哪位患者可能會(huì)對(duì)在臨床中通常所用的具體化療劑或其組合有抗性。另外，在化學(xué)抗性個(gè)體過(guò)表達(dá)的基因可以是抑制作用的靶標(biāo)，它可能降低癌細(xì)胞對(duì)化療劑或藥劑(agents)的抗性。與卵巢癌一樣，當(dāng)疾病診斷得早時(shí)，患結(jié)腸直腸癌的患者的存活最好。如果癌癥檢出早，結(jié)腸癌患者的5年存活率大約為90% ;不幸的是，盡管監(jiān)測(cè)和預(yù)防手段增多，只有37%的癌癥發(fā)現(xiàn)于早期階段。當(dāng)癌癥在區(qū)域(regionally)擴(kuò)散涉及到其他器官時(shí)，存活率降到大約64%，并且在癌癥轉(zhuǎn)移后存活率急劇降低(8%) (Cancer Facts and Figures2002;American Cancer Society publication)。因此，在疾病進(jìn)行的過(guò)程中需要及早鑒定出結(jié)腸癌和卵巢癌，并具體需要鑒定出化學(xué)抗性的癌癥。更具體地，因?yàn)榘┘?xì)胞的表現(xiàn)在本領(lǐng)域公知，考慮到它們的致瘤性(tumorigenicity)及它們對(duì)化療藥物的抗性是由具體基因的不完全確定的組和(definedset)的表達(dá)所介導(dǎo)的，所以本領(lǐng)域需要鑒定可作為卵巢癌中化學(xué)抗性的有效分子標(biāo)記物的基因及基因的集合(collection)或組，以及為卵巢癌和結(jié)腸癌提供臨床有效的治療靶標(biāo)的基因或基因組。發(fā)明概述本發(fā)明提供了鑒定這樣的基因的方法和試劑，所述基因涉及對(duì)化療藥物治療的抗性、或其表達(dá)受對(duì)化療藥物治療的抗性的調(diào)控、或其中所述受調(diào)控的表達(dá)與對(duì)化療藥物治療的抗性有關(guān)或?qū)е略摽剐?。具體地，本發(fā)明提供了這樣的基因，所述基因涉及對(duì)化療藥物治療的抗性、或其表達(dá)受對(duì)化療藥物治療的抗性調(diào)控，或其中所述受調(diào)控的表達(dá)與對(duì)化療藥物治療的抗性有關(guān)或?qū)е略摽剐裕约岸喾N基因的受調(diào)控基因表達(dá)的模式，其中所述模式是化療藥物抗性細(xì)胞，具體為藥物抗性卵巢癌細(xì) 胞的特征。本發(fā)明還提供了鑒定與一或多種所述基因的表達(dá)或活性相互作用或?qū)ζ溆杏绊懙幕衔锏姆椒ā１景l(fā)明還提供了用作化療劑的替代或與其聯(lián)用的所述化合物，所述化療劑治療卵巢癌，具體治療對(duì)通常的化療有抗性或發(fā)展出抗性的癌癥。本發(fā)明還提供了監(jiān)測(cè)化療的方法和試劑來(lái)鑒別其腫瘤對(duì)化療劑是有抗性的或已變?yōu)橛锌剐缘幕颊?。本發(fā)明提供了鑒定化合物的方法，所述化合物降低化療藥物抗性并抑制、推遲或預(yù)防有化療劑抗性的腫瘤細(xì)胞、最優(yōu)選卵巢癌細(xì)胞的生長(zhǎng)，所述方法包含如下步驟(a)使化療藥物抗性細(xì)胞接觸被試化合物，所述細(xì)胞在化療藥物存在的條件下生長(zhǎng)了一段時(shí)間或在使得所述細(xì)胞對(duì)所述藥物有抗性的化療藥物濃度條件下生長(zhǎng)，并且其中所述細(xì)胞表達(dá)至少一種在化學(xué)抗性卵巢癌細(xì)胞中過(guò)表達(dá)的基因，其中所述過(guò)表達(dá)的基因是 S100A10, S100A11,需鈣蛋白酶(Calpain) 2, SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,鈣調(diào)理蛋白(Calponin) 2，RNPSl, eIF5, eIF2B ε，HSF2，WDR1, Fused toes, NM23D, ADARl,粒鈣蛋白(Grancalcin), NBR1, SAPK/Erkl,鋅指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexinβ，G-CSFR, IGFBP-7, FAST 激酶，TESK2, SRBl 或 KIAA0082 (如表 I 所列 GenBank 登錄號(hào)所鑒定)；(b)測(cè)定所述細(xì)胞的一或多種所述基因或基因產(chǎn)物在被試化合物存在或缺無(wú)時(shí)的表達(dá)或活性；和/或(c)比較細(xì)胞生長(zhǎng)和/或至少一種所述基因或基因產(chǎn)物在被試化合物存在或缺無(wú)時(shí)的表達(dá)或活性，其中如果所述基因或基因產(chǎn)物在被試化合物存在時(shí)的表達(dá)或活性相對(duì)于所述基因在被試化合物缺無(wú)時(shí)的表達(dá)降低，或如果細(xì)胞生長(zhǎng)在所述化合物存在時(shí)受抑制，或兩種情況都出現(xiàn)，那么該化合物被鑒定為抑制化學(xué)抗性腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)的化合物。在某些具體實(shí)施方案中，通過(guò)用對(duì)本發(fā)明所鑒定的多種基因產(chǎn)物特異的核酸(基因)探針或抗體等的陣列測(cè)定生物樣本來(lái)檢測(cè)基因表達(dá)。本發(fā)明還提供鑒定這樣的化合物的方法，所述化合物可降低藥物抗性并抑制、推遲或預(yù)防有化療劑抗性的腫瘤細(xì)胞、最優(yōu)選卵巢癌細(xì)胞的生長(zhǎng)，所述方法包含如下步驟a)使細(xì)胞接觸被試化合物，其中所述細(xì)胞在化療藥物存在的條件下生長(zhǎng)了一段時(shí)間或在使得所述細(xì)胞對(duì)所述藥物有抗性的化療藥物濃度下生長(zhǎng)，并且其中所述細(xì)胞表達(dá)與在化學(xué)敏感性細(xì)胞中的情況相比在化學(xué)抗性卵巢癌細(xì)胞中以較低水平表達(dá)的基因，其中所述基因是HMTI, NAIP, eEFl ε，RAB22A, NC0R2, MTl 或 MPPlO (如表 I 所列 GenBank 登錄號(hào)所鑒定)；b)測(cè)定在被試化合物存在或缺無(wú)時(shí)所述細(xì)胞的細(xì)胞生長(zhǎng)和/或基因表達(dá)或基因產(chǎn)物活性；和c)比較在被試化合物存在或缺無(wú)時(shí)的基因表達(dá)或基因產(chǎn)物活性，其中如果(i)所述基因的表達(dá)或基因產(chǎn)物的活性在被試化合物存在時(shí)相比所述基因的表達(dá)或基因產(chǎn)物的活性在被試化合物缺無(wú)時(shí)升高，和/或(ii)如果細(xì)胞生長(zhǎng)在所述化合物存在時(shí)受抑制，和/或(iii)如果細(xì)胞生長(zhǎng)受抑制且所述基因表達(dá)和/或活性升高，那么該化合物被鑒定為抑制化學(xué)抗性腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)的化合物。在某些具體實(shí)施方案中，通過(guò)用對(duì)本發(fā)明所鑒定的多種基因產(chǎn)物特異的核酸(基因)探針或抗體等的陣列測(cè)定生物樣本來(lái)檢測(cè)基因表達(dá)。本發(fā)明提供了降低化療藥物抗性和/或抑制、推遲或預(yù)防腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)的方法，所述方法包含使所述腫瘤細(xì)胞與細(xì)胞基因的至少一種抑制劑接觸的步驟，所述步驟在化療藥物存在一段時(shí)間、或該化療藥物的濃度使得所述細(xì)胞在缺乏細(xì)胞基因抑制劑時(shí)對(duì)所述藥物有抗性的條件下進(jìn)行，其中所述細(xì)胞基因是S100A10，S100A11，需鈣蛋白酶 2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,鈣調(diào)理蛋白 2，RNPSI, eIF5, eIF2B ε，HSF2, WDRl，F(xiàn)usedtoes, NM23D, ADARl,粒鈣蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,鋅指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexinβ，G-CSFR, IGFBP-7, FAST激酶，TESK2, SRBl或KIAA0082。在優(yōu)選的具體實(shí)施方案中，所述腫瘤細(xì)胞是人腫瘤細(xì)胞，更優(yōu)選卵巢癌細(xì)胞。在具體方面，根據(jù)本發(fā)明鑒定的一或多種基因用具體設(shè)計(jì)為靶向一或多種所述基因的反義RNA或SiRNA分子來(lái)抑制。其他方面，所述基因的基因產(chǎn)物用這些蛋白的抑制劑來(lái)抑制。
本發(fā)明提供了降低腫瘤細(xì)胞的藥物抗性的方法，所述方法包含使所述腫瘤細(xì)胞與至少一種提高細(xì)胞基因的表達(dá)或活性的化合物接觸的步驟，其中所述細(xì)胞基因是HMTI, NAIP, eEFl ε，RAB22A，NC0R2，MTl或MPP10，所述步驟中的條件為化療藥物缺無(wú)或存在一段時(shí)間或該藥物以使得可提高ΗΜΤΙ,ΝΑΙΡ，eEFl ε , RAB22A, NC0R2，MTl或MPPlO的表達(dá)或活性的化合物缺無(wú)時(shí)所述細(xì)胞對(duì)其有抗性的濃度存在。在優(yōu)選的具體實(shí)施方案中，所述腫瘤細(xì)胞是人腫瘤細(xì)胞，更優(yōu)選卵巢癌細(xì)胞。本發(fā)明也提供了抑制、推遲或預(yù)防腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)的方法，所述方法包含使所述腫瘤細(xì)胞與至少一種提高細(xì)胞基因的表達(dá)或活性的化合物接觸的步驟，其中所述細(xì)胞基因是ΗΜΤ1, NAIP, eEFl ε，RAB22A, NC0R2, MTl或ΜΡΡ10，所述步驟中的條件為在化療藥物缺無(wú)或存在一段時(shí)間或該化療藥物以使得存在所述提高ΗΜΤΙ,ΝΑΙΡ，eEFl ε , RAB22A, NC0R2,MT1或MPPlO的表達(dá)或活性的化合物時(shí)的細(xì)胞增殖相對(duì)于該所述化合物缺無(wú)時(shí)的細(xì)胞增殖變慢或受抑制的濃度存在。在優(yōu)選的具體實(shí)施方案中，所述腫瘤細(xì)胞是人腫瘤細(xì)胞，更優(yōu)選卵巢癌細(xì)胞。另一方面，本發(fā)明提供了抑制、推遲或預(yù)防腫瘤細(xì)胞、最優(yōu)選卵巢癌細(xì)胞生長(zhǎng)的方法，所述方法包含使所述腫瘤細(xì)胞接觸一或多種化療劑與細(xì)胞基因的至少一種抑制劑的組合的步驟，其中所述細(xì)胞基因是S100A10，S100A11,需鈣蛋白酶 2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,鈣調(diào)理蛋白 2，RNPSl, eIF5, eIF2B ε，WDRl, Fusedtoes, NM23D,粒鈣蛋白，SAPK/Erkl,鋅指蛋白-262MYM, HYA22, Vinexin β，G-CSFR, IGFBP-7,或KIAA0082。在一個(gè)具體方面，所述細(xì)胞基因是MetAP2，所述化療劑是基于鉬的化療劑(platinum-based),并且所述至少一種抑制劑是煙曲霉素(fumagillin)或煙曲霉素的衍生物。在另一個(gè)具體方面，所述細(xì)胞基因是需鈣蛋白酶2，所述化療劑是基于鉬的化療劑，并且所述至少一種抑制劑是N-乙?；?亮氨?；?亮氨?；?正亮氨酸(N-acetyl-leucy1-leucyl-norleucinal, ALLN)或其衍生物。表I所示細(xì)胞基因的抑制劑可以是，例如具體設(shè)計(jì)為靶向表I所示基因的SiRNA分子或shRNA分子，或小分子抑制劑。另一方面，本發(fā)明提供了抑制、推遲或預(yù)防腫瘤細(xì)胞、最優(yōu)選卵巢癌細(xì)胞生長(zhǎng)的方法，所述方法包含使所述腫瘤細(xì)胞接觸化療劑或藥劑與至少一種提高細(xì)胞基因的表達(dá)或活性的化合物的步驟，其中所述細(xì)胞基因是ΗΜΤΙ,ΝΑΙΡ，eEFl ε , RAB22A, NC0R2，MTl或ΜΡΡ10。在優(yōu)選的具體實(shí)施方案中，所述腫瘤細(xì)胞是人腫瘤細(xì)胞，更優(yōu)選卵巢癌細(xì)胞。本發(fā)明也提供預(yù)測(cè)卵巢癌患者的腫瘤是否對(duì)化療有抗性的方法，所述方法包含如下步驟(a)檢測(cè)一或多種被表達(dá)的基因或由其編碼的基因產(chǎn)物在取自所述患者的生物樣本中的量，其中所述被表達(dá)的基因是S100A10，S100A11，需鈣蛋白酶2, SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,鈣調(diào)理蛋白 2, RNPSl, eIF5, eIF2B ε , HSF2, WDRl, Fusedtoes, NM23D, ADARl,粒鈣蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,鋅指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexinβ，G-CSFR, IGFBP-7, FAST 激酶，TESK2，SRBI,或KIAA0082 ； (b)對(duì)應(yīng)于在亞部分(a)中檢測(cè)的一或多種被表達(dá)的基因或基因廣物，檢測(cè)所述一或多種被表達(dá)的基因或由其編碼的基因產(chǎn)物在對(duì)照樣本中的量，所述樣本包括非腫瘤組織樣本，最優(yōu)選來(lái)自腫瘤來(lái)源的組織或來(lái)自對(duì)化療反應(yīng)良好的患者的組織樣本，其中所述被表達(dá)的基因是SIOOA10，SIOOA11，需鈣蛋白酶 2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,鈣調(diào)理蛋白 2, RNPSl, eIF5, eIF2B ε , HSF2, WDRl, Fusedtoes, NM23D, ADARl,粒鈣蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,鋅指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexinβ，G-CSFR, IGFBP-7, FAST 激酶，TESK2, SRBI,或 KIAA0082 ;和(c)比較在步驟(a)中測(cè)定的所述被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物的量和在步驟(b)中檢測(cè)的所述被表達(dá)的基因或基因產(chǎn) 物的量，其中如果步驟(a)中的檢出量比步驟(b)中的檢出量高至少20%的因數(shù)，那么預(yù)測(cè)所述患者對(duì)化療有抗性。在具體方面，所述生物樣本是腫瘤樣本。在具體方面，所述對(duì)照樣本是得自對(duì)化療有反應(yīng)的癌癥患者的生物樣本。在某些具體實(shí)施方案中，通過(guò)用對(duì)本發(fā)明所鑒定的多種基因產(chǎn)物特異的核酸(基因)探針或抗體等的陣列測(cè)定生物樣本來(lái)檢測(cè)基因表達(dá)。在具體方面，當(dāng)在來(lái)自癌癥患者的生物樣本中表達(dá)的MetAP2的測(cè)得量高于在對(duì)化療藥物有反應(yīng)的個(gè)體中或在來(lái)自不患卵巢癌的個(gè)體的卵巢組織中的檢出量時(shí)，所述方法可預(yù)測(cè)所述患者會(huì)對(duì)基于鉬的化療有抗性。本發(fā)明也提供預(yù)測(cè)卵巢癌患者的腫瘤是否對(duì)化療有抗性的方法，所述方法包含如下步驟(a)檢測(cè)一或多種被表達(dá)的基因或由其編碼的基因產(chǎn)物在取自所述患者的生物樣本中的量，其中所述被表達(dá)的基因是ΗΜΤΙ,ΝΑΙΡ，eEFl ε , RAB22A, NC0R2,MT1,或MPPlO ；(b)對(duì)應(yīng)于在亞部分(a)中檢測(cè)的一或多種被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物,檢測(cè)所述一或多種被表達(dá)的基因或由其編碼的基因產(chǎn)物在對(duì)照樣本中的量，其中所述被表達(dá)的基因是ΗΜΤΙ,ΝΑΙΡ, eEFl ε，RAB22A，NC0R2，MTl或MPPlO ;和(c)比較在步驟(a)中測(cè)定的被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物的量和在步驟(b)中檢測(cè)的被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物的量，其中如果在步驟(a)中的檢出量比在步驟(b)中的檢出量高至少20%、更優(yōu)選至少50%的因數(shù)，那么預(yù)測(cè)所述患者對(duì)化療有抗性。在具體方面，所述對(duì)照樣本是得自對(duì)化療有反應(yīng)的癌癥患者的生物樣本。在具體方面，所述生物樣本是腫瘤樣本。在某些具體實(shí)施方案中，通過(guò)用對(duì)本發(fā)明所鑒定的多種基因產(chǎn)物特異的核酸(基因)探針或抗體等的陣列測(cè)定生物樣本來(lái)檢測(cè)基因表達(dá)。本發(fā)明還提供監(jiān)測(cè)在卵巢癌患者、具體為接受化療的卵巢癌患者中的疾病進(jìn)展的方法，所述方法包含如下步驟(a)檢測(cè)一或多種被表達(dá)的基因或由其編碼的基因產(chǎn)物在取自所述患者的生物樣本中的量，其中所述被表達(dá)的基因是S100A10，S100A11，需鈣蛋白酶 2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,鈣調(diào)理蛋白 2，RNPSI, eIF5, eIF2B ε，HSF2, WDRl, Fusedtoes, NM23D, ADARl,粒鈣蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,鋅指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexinβ，G-CSFR, IGFBP-7, FAST 激酶，TESK2, SRBI,或 KIAA0082 ； (b)用隨后收集自所述患者的生物樣本重復(fù)步驟(a);和(c)比較步驟(a)中被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物的檢出量和步驟(b)中被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物的檢出量，其中通過(guò)檢測(cè)被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物在隨后收集的生物樣本中的量相對(duì)于其在步驟(a)中的生物樣本中的量的變化來(lái)監(jiān)測(cè)疾病進(jìn)展，并且在步驟(b)中所述被表達(dá)的基因或表達(dá)的基因產(chǎn)物的檢出量高于步驟(a)中所述被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物的檢出量時(shí)檢測(cè)到疾病的進(jìn)展。在某些具體實(shí)施方案中，所述患者在檢測(cè)步驟(a)中的基因表達(dá)量與檢測(cè)步驟(b)中的檢出量之間的時(shí)期接受化療或其他治療。在具體方面，所述生物樣本是腫瘤樣本。在優(yōu)選具體實(shí)施方案中，通過(guò)用對(duì)本發(fā)明所鑒定的多種基因產(chǎn)物特異的核酸(基因)探針或抗體等的陣列測(cè)定生物樣本來(lái)檢測(cè)基因表達(dá)。本發(fā)明還提供監(jiān)測(cè)在卵巢癌患者、具體為接受化療的卵巢癌患者中的疾病進(jìn)展的方法，所述方法包含如下步驟(a)檢測(cè)一或多種被表達(dá)的基因或由其編碼的基因產(chǎn)物在取自所述患者的生物樣本中的量，其中所述被表達(dá)的基因是HMT1，NAIP，eEFl ε，RAB22A, NC0R2, MTl或MPPlO ； (b)用隨后收集自所述患者的生物樣本重復(fù)步驟(a);和(C)比較步驟(a)中被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物的檢出量和步驟(b)中被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物的檢出量，其中通過(guò)檢測(cè)被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物在隨后收集的生物樣本中的量相對(duì)于其在步驟(a)中的生物樣本中的量的變化來(lái)監(jiān)測(cè)疾病進(jìn)展，并且在步驟(b)中所述被表達(dá)的基因或表達(dá)的基因產(chǎn)物的檢出量低于或等于步驟(a)中所述被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物的檢出量時(shí)檢測(cè)到疾病的進(jìn)展。在某些具體實(shí)施方案中，所述患者在檢測(cè)步驟(a)中的基因表達(dá)量與檢測(cè)步驟(b)中的檢出量之間的時(shí)期接受化療或其他治療。在具體方面，所述生物樣本是腫瘤樣本。在某些具體實(shí)施方案中，通過(guò)用對(duì)本發(fā)明所鑒定的多種基因產(chǎn)物特異的核酸(基因)探針或抗體等的陣列測(cè)定生物樣本來(lái)檢測(cè)基因表達(dá)。另外，本發(fā)明提供監(jiān)測(cè)藥物組合物作為治療患者的癌癥、具體為卵巢癌或結(jié)腸癌的藥劑的有效性的方法，所述方法包含如下步驟(a)檢測(cè)一或多種被表達(dá)的基因或由其編碼的基因產(chǎn)物在取自患者的生物樣本中的量，其中所述被表達(dá)的基因是S100A10, S100A11，需鈣蛋白酶 2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,鈣調(diào)理蛋白 2，RNPSI, elF5, eIF2B ε，HSF2, WDRl, Fused toes, NM23D, ADARl,粒鈣蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,鋅指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexin β，G-CSFR, IGFBP-7, FAST 激酶，TESK2, SRBI,或KIAA0082 ； (b)將一定量的藥物組合物給予所述患者；(c)用隨后收集自所述患者的生物樣本重復(fù)步驟(a);和(d)比較步驟(a)中被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物的檢出量和步驟(C)中被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物的檢出量，其中通過(guò)檢測(cè)被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物在隨后收集的生物樣本中的量相對(duì)于其在步驟(a)中的生物樣本中的量的變化來(lái)監(jiān)測(cè)所述藥物組合物的有效性，并且其中在步驟(C)中所述被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物的檢出量低于步驟(a)中所述被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物的檢出量時(shí)，且在所述藥物組合物存在時(shí)腫瘤生長(zhǎng)下降(即減慢、推遲或抑制)時(shí)，所述藥物組合物是有效的。在具體方面，所述生物樣本是腫瘤樣本。在某些具體實(shí)施方案中，通過(guò)用對(duì)本發(fā)明 所鑒定的多種基因產(chǎn)物特異的核酸(基因)探針或抗體等的陣列測(cè)定生物樣本來(lái)檢測(cè)基因表達(dá)。本發(fā)明也提供監(jiān)測(cè)藥物組合物作為治療患者的癌癥、具體為卵巢癌或結(jié)腸癌的藥劑的有效性的方法，所述方法包含如下步驟(a)檢測(cè)一或多種被表達(dá)的基因或由其編碼的基因產(chǎn)物在取自所述患者的生物樣本中的量，其中所述被表達(dá)的基因是HMT1，NAIP,eEFl ε，RAB22A, NC0R2, MTl或MPPlO ； (b)將一定量的藥物組合物給予所述患者；(c)用隨后收集自所述患者的生物樣本重復(fù)步驟(a);和(d)比較步驟(a)中被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物的檢出量和步驟(C)中被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物的檢出量，其中通過(guò)檢測(cè)被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物在隨后收集的生物樣本中的量相對(duì)于其在步驟(a)中的生物樣本中的量的變化來(lái)監(jiān)測(cè)所述藥物組合物的有效性，并且其中如果步驟(C)中所述被表達(dá)的基因或表達(dá)的基因產(chǎn)物的檢出量高于步驟(a)中所述被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物的檢出量，且在所述藥物組合物存在時(shí)腫瘤生長(zhǎng)下降(即減慢、推遲或抑制)，所述藥物組合物是有效的。在具體方面，所述生物樣本是腫瘤樣本。在某些具體實(shí)施方案中，通過(guò)用對(duì)本發(fā)明所鑒定的多種基因產(chǎn)物特異的核酸(基因)探針或抗體等的陣列測(cè)定生物樣本來(lái)檢測(cè)基因表達(dá)?！け景l(fā)明也提供檢測(cè)檢測(cè)結(jié)腸癌的方法，所述方法包含如下步驟(a)從動(dòng)物、優(yōu)選人獲得生物樣本；(b)檢測(cè)一或多種被表達(dá)的基因或由其編碼的基因產(chǎn)物在所述生物樣本中的量，其中所述被表達(dá)的基因是S100A10，S100A11，需鈣蛋白酶2，SPARC，或MetAP2;(c)檢測(cè)在對(duì)照樣本中檢出的所述一或多種被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物的量，所述對(duì)照樣本包括非腫瘤結(jié)腸組織樣本；(d)比較所述一或多種被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物在步驟(b)中的量和在步驟(c)中的量，其中如果步驟(b)中的量與步驟(C)中的量相比有差別，則可檢出結(jié)腸癌。在步驟(a)中用的生物樣本和步驟(C)中用的生物樣本中檢出的差別可以是一或多種所述基因的過(guò)表達(dá)，或可以是一或多種所述基因的缺乏或不足表達(dá)(underexpression)。例如，如果S100A10，S100A11，SPARC和/或MetAP2在步驟(b)中的量比步驟(c)中的量高，和/或如果需鈣蛋白酶2在步驟(b)中的量低于在步驟(c)中的量，則檢出了結(jié)腸癌。在某些具體實(shí)施方案中，所述動(dòng)物是人，優(yōu)選患結(jié)腸癌的人。優(yōu)選，所述生物樣本是結(jié)腸組織樣本，更優(yōu)選息肉并更優(yōu)選腺癌性息肉(adematous polyp),它們?cè)诒绢I(lǐng)域常用作結(jié)腸篩選活性的組織樣本。在某些具體實(shí)施方案中，通過(guò)用對(duì)本發(fā)明所鑒定的多種基因產(chǎn)物特異的核酸(基因)探針或抗體等的陣列測(cè)定生物樣本來(lái)檢測(cè)基因表達(dá)。在另一具體實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了診斷動(dòng)物、優(yōu)選人的癌癥和/或化療藥物抗性的方法，所述方法包含檢測(cè)兩或多種被表達(dá)基因或由其編碼的基因產(chǎn)物的量的改變模式的步驟。在具體的具體實(shí)施方案中，所述被表達(dá)的基因是表I所示的基因。通常地，本發(fā)明的這些方法包含如下步驟(a)從動(dòng)物、優(yōu)選人獲得生物樣本；(b)檢測(cè)兩或多種被表達(dá)的基因或由其編碼的基因產(chǎn)物在所述生物樣本中的量，其中所述被表達(dá)的基因如表I所示；(C)檢測(cè)兩或多種被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物在對(duì)照樣本中的檢出量；(d)通過(guò)比較兩或多種被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物在步驟(b)中的量和在步驟(C)中的量，確定所述兩或多種被表達(dá)基因或由其編碼的基因產(chǎn)物的量的改變模式，其中所述模式與癌癥例如結(jié)腸或卵巢癌、或藥物抗性例如順鉬(cis-platin)抗性相關(guān)。在某些具體實(shí)施方案中，通過(guò)用對(duì)本發(fā)明所鑒定的多種基因產(chǎn)物特異的核酸(基因)探針或抗體等的陣列測(cè)定生物樣本來(lái)檢測(cè)基因表達(dá)。本發(fā)明也提供了檢測(cè)患卵巢癌的動(dòng)物的化療藥物抗性的方法，所述方法包含如下步驟(a)檢測(cè)多種被表達(dá)的基因或由其編碼的基因產(chǎn)物在取自所述動(dòng)物的生物樣本中的量，其中所述被表達(dá)的基因是S100A10，S100A11，需鈣蛋白酶2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,鈣調(diào)理蛋白 2，RNPSl，eIF5，eIF2B ε，HSF2，WDRl，F(xiàn)used toes, NM23D, ADARl,粒鈣蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,鋅指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexin β，G-CSFR, IGFBP-7, FAST激酶，TESK2，SRBl，或KIAA0082 ; (b)對(duì)應(yīng)于在亞部分(a)中檢測(cè)的所述多種被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物，檢測(cè)所述多種被表達(dá)的基因或由其編碼的基因產(chǎn)物在對(duì)照樣本中的量，所述對(duì)照樣本包含非腫瘤卵巢組織或來(lái)自對(duì)化療有反應(yīng)的患者的腫瘤組織，其中所述被表達(dá)的基因是 S100A10, SlOOAl 1，需鈣蛋白酶 2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,鈣調(diào)理蛋白 2，RNPSI, eIF5, eIF2B ε，HSF2, WDRl, Fused toes, NM23D, ADARl,粒鈣蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,鋅指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexin β，G-CSFR, IGFBP-7, FAST 激酶，TESK2, SRBI,或KIAA0082 ;和(c)比較在步驟(a)中測(cè)定的所述被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物的量和步驟(b)中所述被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物的檢出量，其中如果步驟(a)中的檢出量比步驟(b)中的檢出量高至少20%的因數(shù)，則預(yù)測(cè)所述患者對(duì)化療有抗性。如本文所公開(kāi)，其中在步驟(a)中的檢出量比在步驟(b)中的檢出量高至少20%的因數(shù)的多種所述基因，可限定對(duì)化療藥物有抗性的腫瘤樣本所特有的基因表達(dá)模式。在具體方面，所述對(duì)照樣本是得自對(duì)化療有反應(yīng)的患者的生物樣本。優(yōu)選地，一或多種所述基因的表達(dá)在步驟(a)中所檢測(cè)的腫瘤樣本中的水平比在步驟(b)中所檢測(cè)的對(duì)照樣本中的水平高。在優(yōu)選的具體實(shí)施方案中，所 述動(dòng)物是人，最優(yōu)選人癌癥患者。如本文所公開(kāi)，本發(fā)明還提供了預(yù)測(cè)對(duì)所述化療藥物的抗性的基因表達(dá)模式，條件是所述基因表達(dá)模式被檢出。在優(yōu)選的具體實(shí)施方案中，通過(guò)用對(duì)本發(fā)明所鑒定的多種基因產(chǎn)物特異的核酸(基因)探針或抗體等的陣列測(cè)定生物樣本來(lái)檢測(cè)基因表達(dá)。有利地，一些本文鑒定的基因從未被認(rèn)識(shí)到與卵巢癌或結(jié)腸癌有關(guān)，并可證明是其干涉這些疾病的新靶標(biāo)。通過(guò)下面對(duì)某些優(yōu)選的具體實(shí)施方案及權(quán)利要求書更具體的描述，本發(fā)明的具體優(yōu)選的具體實(shí)施方案將會(huì)變得明顯。本發(fā)明涉及下述各項(xiàng)。1. 一種降低腫瘤細(xì)胞對(duì)化療藥物的抗性的方法，所述方法包含使所述腫瘤細(xì)胞接觸細(xì)胞基因的至少一種調(diào)節(jié)劑的步驟，其中所述細(xì)胞基因是S100A10，S100A11，需鈣蛋白酶 2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,鈣調(diào)理蛋白 2，RNPSI, eIF5, eIF2B ε，HSF2, WDRl，F(xiàn)used toes, NM23D, ADARl,粒鈣蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,鋅指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexinβ，G-CSFR, IGFBP-7, FAST 激酶，TESK2, SRBI, KIAA0082, MPP10, HMT1, NAIP,eEFl ε , RAB22A, NC0R2或MTl ;其中所述細(xì)胞對(duì)所述化療藥物的抗性在所述調(diào)節(jié)劑存在時(shí)比所述調(diào)節(jié)劑缺無(wú)時(shí)弱。2.項(xiàng)I所述的方法，其中所述化療藥物是順鉬。3.項(xiàng)I所述的方法，其中所述調(diào)節(jié)劑是抑制劑并且所述基因是MetAP-2。4.項(xiàng)3所述的方法，其中所述抑制劑是siRNA。5.項(xiàng)4所述的方法，其中所述siRNA是SEQ ID NO:4,SEQ ID N0:5或SEQ ID N0:6。6.項(xiàng)3所述的方法，其中所述抑制劑是煙曲霉素或煙曲霉素的衍生物。7.項(xiàng)I所述的方法，其中所述腫瘤細(xì)胞是卵巢癌腫瘤細(xì)胞。8.項(xiàng)I所述的方法，其中所述調(diào)節(jié)劑是抑制劑并且所述基因是SPARC。9.項(xiàng)8所述的方法，其中所述抑制劑是siRNA。
10.項(xiàng) 9 所述的方法，其中所述 siRNA 是 SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2 或 SEQ IDN0:3。11.項(xiàng)I所述的方法，其中所述調(diào)節(jié)劑是抑制劑并且所述基因是需鈣蛋白酶2。12.項(xiàng)11所述的方法，其中所述抑制劑是ALLN或ALLN的衍生物。13.項(xiàng)11所述的方法，其中所述抑制劑是siRNA。14.項(xiàng) 13 所述的方法，其中所述 siRNA 是 SEQ ID NO:7, SEQ ID N0:8 或 SEQ IDN0:9。 15.項(xiàng)I所述的方法，其中所述調(diào)節(jié)劑是抑制劑并且所述基因是S100A11。16.項(xiàng)15所述的方法，其中所述抑制劑是siRNA。17.項(xiàng) 16 所述的方法，其中所述 siRNA 是 SEQ ID NO: 10,SEQ ID N0:11 或 SEQ IDNO:12。18.項(xiàng)I所述的方法，其中所述調(diào)節(jié)劑是抑制劑并且所述基因是S100A10。19.項(xiàng)18所述的方法，其中所述抑制劑是siRNA。20.項(xiàng) 19 所述的方法，其中所述 siRNA 是 SEQ ID NO:59,SEQ ID N0:60 或 SEQ IDN0:61。21.項(xiàng)I所述的方法，其中所述調(diào)節(jié)劑是抑制劑并且所述基因是KLK6，ARA9，鈣調(diào)理蛋白 2，RNPSl，eIF5，eIF2B ε，WDRl，F(xiàn)used toes, NM23D,粒鈣蛋白，SAPK/Erkl,鋅指蛋白-262MYM, HYA22, Vinexin β，G-CSFR, IGFBP-7, SRBI,或 KIAA0082。22.項(xiàng)21所述的方法，其中所述抑制劑是siRNA。23.項(xiàng) 22 所述的方法，其中所述 siRNA 是 SEQ ID NO:64-108 或 134-144 之一。24. 一種抑制腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)的方法，所述方法包含使所述腫瘤細(xì)胞接觸一或多種化療劑與細(xì)胞基因的至少一種抑制劑的組合的步驟，其中所述細(xì)胞基因是 SPARC,需鈣蛋白酶 2，S100A10, S100All，MetAP2，KLK6，ARA9,鈣調(diào)理蛋白2，RNPSI, eIF5, eIF2B ε，WDRl, Fused toes, NM23D,粒鈣蛋白，SAPK/Erkl,鋅指蛋白-262MYΜ, ΗΥΑ22, Vinexinβ，G-CSFR, IGFBP-7, SRBI,或 KIAA0082。25.項(xiàng)24所述的方法，其中所述化療劑是基于鉬的化療劑。26.項(xiàng)24所述的方法，其中所述至少一種抑制劑是MetAP_2活性的抑制劑。27.項(xiàng)26所述的方法，其中所述至少一種抑制劑是煙曲霉素或煙曲霉素的衍生物。28.項(xiàng)24所述的方法，其中所述腫瘤細(xì)胞是卵巢癌細(xì)胞。29.項(xiàng)24所述的方法，其中所述抑制劑是siRNA。30.項(xiàng)29所述的方法，其中所述siRNA被鑒定為SEQ ID NO:1, SEQ ID NO: 2, SEQ IDNO:3，SEQ ID NO:4，SEQ ID NO:5，SEQ ID NO:6，SEQ ID NO:7，SEQ ID NO:8，SEQ ID NO:9，SEQID NO: 59，SEQ ID NO: 60，SEQ ID NO: 61，或SEQ ID NO:64-108 或SEQ ID NO: 134-144之一。31. 一種預(yù)測(cè)卵巢癌患者的腫瘤是否對(duì)化療藥物有抗性的方法，所述方法包含如下步驟(a)檢測(cè)一或多種被表達(dá)的基因或由該被表達(dá)的基因編碼的基因產(chǎn)物在取自所述患者的生物樣本中的量，其中所述被表達(dá)的基因是S100A10，S100A11，需鈣蛋白酶 2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,鈣調(diào)理蛋白 2, RNPSl, eIF5, eIF2B ε , HSF2, WDRl, Fused toes, NM23D, ADARl,粒鈣蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,鋅指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4，Vinexinβ，G-CSFR, IGFBP-7,FAST 激酶，TESK2, SRBI, KIAA0082, MPP10, HMTI, NAIP,eEFl ε，RAB22A, NC0R2 或 MTl ；(b)檢測(cè)一種或?qū)?yīng)的多種被表達(dá)的基因或由其編碼的基因產(chǎn)物在對(duì)照樣本中的量，其中所述被表達(dá)的基因是S100A10，S100A11，需鈣蛋白酶2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,鈣調(diào)理蛋白 2，RNPSl，eIF5，eIF2B ε，HSF2，WDRl，F(xiàn)used toes, NM23D, ADARl,粒鈣蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,鋅指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexin β，G-CSFR, IGFBP-7, FAST激酶，TESK2, SRBI, KIAA0082, MPP10, HMT1, NAIP, eEFl ε，RAB22A, NC0R2 或 MTl ；(c)比較所述被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物在步驟(a)中的檢出量和所述被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物在步驟(b)中的檢出量，其中當(dāng)步驟(a)中的檢出量與步驟(b)中的檢出量相差至少20%的因數(shù)時(shí)，預(yù)測(cè) 所述患者對(duì)所述化療藥物有抗性。32.項(xiàng)31所述的方法，其中所述化療是基于鉬的化療。33.項(xiàng)31所述的方法，其中所述被表達(dá)的基因是MetAP2或SPARC。34. 一種監(jiān)測(cè)患者中卵巢癌的疾病進(jìn)展的方法，所述方法包含如下步驟(a)檢測(cè)一或多種被表達(dá)的基因或由該被表達(dá)的基因編碼的基因產(chǎn)物在取自所述患者的生物樣本中的量，其中所述被表達(dá)的基因是S100A10，S100A11，需鈣蛋白酶 2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,鈣調(diào)理蛋白 2, RNPSl, eIF5, eIF2B ε , HSF2, WDRl, Fused toes, NM23D, ADARl,粒鈣蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,鋅指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4，Vinexinβ，G-CSFR, IGFBP-7,FAST 激酶，TESK2, SRBI, KIAA0082, MPP10, HMTI, NAIP,eEFl ε，RAB22A, NC0R2,或 MTl ；(b)用隨后收集自所述患者的生物樣本重復(fù)步驟(a);和(c)比較所述被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物在步驟(a)中的檢出量和所述被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物在步驟(b)中的檢出量，其中如果所述步驟(b)中的檢出量i)不低于步驟(a)中 S100A10, S100A11，需鈣蛋白酶 2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,鈣調(diào)理蛋白 2，RNPSl，Eif5，Eif2B ε，HSF2，WDRl，F(xiàn)used toes, NM23D, ADARl,粒鈣蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,鋅指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexin β，G-CSFR, IGFBP-7, FAST激酶，TESK2, SRBl或KIAA0082的檢出量；并且ii)不超過(guò)步驟(a)中 MPP10, HMT1, NAIP, Eefl ε，RAB22A, NC0R2,或 MTl 的檢出量，則認(rèn)為所述癌癥有進(jìn)展。35.項(xiàng)34所述的方法，其中所述被表達(dá)的基因是Eif5或SPARC。36. 一種鑒定降低化學(xué)抗性腫瘤細(xì)胞的藥物抗性的化合物的方法，所述方法包含如下步驟(a)使細(xì)胞接觸被試化合物及使細(xì)胞對(duì)其產(chǎn)生抗性的濃度的化療藥物，所述細(xì)胞表達(dá)在化學(xué)抗性卵巢癌細(xì)胞中過(guò)表達(dá)的基因，其中所述基因是S100A10，S100A11，需鈣蛋白酶 2，SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,鈣調(diào)理蛋白 2，RNPSI, Eif5, Eif2B ε，HSF2, WDRl, Fusedtoes, NM23D, ADARl,粒鈣蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,鋅指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexinβ，G-CSFR, IGFBP-7, FAST 激酶，TESK2, SRBI,或 KIAA0082 ；
(b)檢測(cè)所述基因在所述被試化合物存在和缺無(wú)時(shí)的表達(dá)；和(C)比較所述基因在所述被試化合物存在和缺無(wú)時(shí)的表達(dá)，其中如果所述基因在所述被試化合物存在時(shí)的表達(dá)相對(duì)于所述基因在所述被試化合物缺無(wú)時(shí)的表達(dá)降低，且腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)在所述化合物存在時(shí)下降，則該化合物被鑒定為抑制化學(xué)抗性腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)的化合物。37. 一種鑒定降低化學(xué)抗性腫瘤細(xì)胞的藥物抗性的化合物的方法，所述方法包含如下步驟(a)使細(xì)胞接觸被試化合物及使細(xì)胞對(duì)其產(chǎn)生抗性的濃度的化療藥物，所述細(xì)胞表達(dá)在化學(xué)抗性卵巢癌細(xì)胞中以低于正常的水平表達(dá)的基因，其中所述基因是HMT1，NAIP, Eefl ε，RAB22A, NC0R2, MTl 或 MPPlO ；(b)檢測(cè)所述基因在所述被試化合物存在和缺無(wú)時(shí)的表達(dá)；和(C)比較所述基因在所述被試化合物存在和缺無(wú)時(shí)的表達(dá)，其中當(dāng)所述基因在所述被試化合物存在時(shí)的表達(dá)相對(duì)于所述基因在所述被試化合物缺無(wú)時(shí)的表達(dá)升高，且腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)在所述化合物存在時(shí)下降，該化合物被鑒定為抑制化學(xué)抗性腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)的化合物。38. 一種監(jiān)測(cè)藥物組合物作為治療患者中癌癥的藥劑的有效性的方法，所述方法包含如下步驟(a)檢測(cè)一或多種被表達(dá)的基因或由其編碼的基因產(chǎn)物在取自患者的生物樣本中的量，其中所述被表達(dá)的基因是S100A10，S100A11,需鈣蛋白酶2, SPARC, MetAP2, KLK6, ARA9,鈣調(diào)理蛋白 2，RNPSl, Eif5, Eif2B ε，HSF2, WDRl, Fused toes, NM23D, ADARl,粒鈣蛋白，NBRl, SAPK/Erkl,鋅指蛋白-262MYM, HYA22, MRPL4, Vinexinβ，G-CSFR, IGFBP-7, FAST 激酶，TESK2, SRBI, KIAA0082,或 MPP10, HMT1, NAIP,Eefl ε , RAB22A, NC0R2,MT1 ；(b)給予所述患者一定量的所述藥物組合物；(c)用隨后收集自所述患者的生物樣本重復(fù)步驟(a);和(d)比較所述被表達(dá)基因或基因產(chǎn)物在步驟(a)中的檢出量和所述被表達(dá)基因或基因產(chǎn)物在步驟(C)中的檢出量，其中所述藥物組合物的有效性通過(guò)檢測(cè)所述被表達(dá)基因或基因產(chǎn)物在隨后收集的生物樣本中的量相對(duì)于在步驟(a)中所述生物樣本中的量的變化來(lái)進(jìn)行監(jiān)測(cè)，且腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)在所述組合物存在時(shí)下降。39. 一種檢測(cè)結(jié)腸癌的方法，所述方法包含如下步驟(a)從患者獲得生物樣本；(b)檢測(cè)一或多種被表達(dá)的基因或由其編碼的基因產(chǎn)物在所述生物樣本中的量，其中所述被表達(dá)的基因是S100A10，S100A11，需鈣蛋白酶2，SPARC，或MetAP2 ;(c)檢測(cè)在對(duì)照樣本中檢出的所述一或多種被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物的量；(d)比較所述一或多種被表達(dá)的基因或基因產(chǎn)物在步驟(b)中的檢出量和其在步驟(C)中的檢出量；其中如果所述一或多種基因在步驟(b)中的檢出量與所述一或多種基因在步驟(C)中的檢出量不同，則認(rèn)為檢出結(jié)腸癌。40.項(xiàng) 39 所述的方法，其中如果 S100A10，S100A11, SPARC,或 MetAP2 在步驟(b)中的檢出量相對(duì)于其在步驟(C)中的檢出量增加，則認(rèn)為檢出結(jié)腸癌。41.項(xiàng)39所述的方法，其中如果需鈣蛋白酶2在步驟(b)中的檢出量相比在步驟(C)中的檢出量降低，則認(rèn)為檢出結(jié)腸癌。42.項(xiàng)I所述的方法，其中所述調(diào)節(jié)劑是siRNA或shRNA。43.項(xiàng)42所述的方法，其中所述調(diào)節(jié)劑是19，20或21個(gè)核苷酸長(zhǎng)的siRNA。44.項(xiàng)42所述的方法，其中所述調(diào)節(jié)劑是形成發(fā)夾環(huán)且臂是19，20或21個(gè)核苷酸長(zhǎng)的shRNA。
附圖簡(jiǎn)述

圖1是顯示Northern印跡分析結(jié)果的放射自顯影照片及該Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示S100A10在對(duì)化療藥物抗性增加的卵巢癌細(xì)胞系中以升高的水平表達(dá)。圖2是顯示Northern印跡分析結(jié)果的放射自顯影照片及該Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示S100A11在對(duì)化療藥物抗性增加的卵巢癌細(xì)胞系中以升高的水平表達(dá)。圖3是顯示Northern印跡分析結(jié)果的放射自顯影照片及該Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示S100A10和S100A11的mRNA在對(duì)化療抗性較強(qiáng)的患者腫瘤樣本中水平相對(duì)在來(lái)自反應(yīng)性較強(qiáng)的患者的樣本中的水平升高。圖4是定量實(shí)時(shí)PCR結(jié)果的圖示，其顯示SPARC在化學(xué)抗性細(xì)胞系中以升高的水平表達(dá)。圖5是顯示Northern印跡分析結(jié)果的放射自顯影照片，其顯示SPARCmRNA在取自癌癥已經(jīng)復(fù)發(fā)的患者的樣品中升高。圖6是顯示Northern印跡分析結(jié)果的放射自顯影照片及該Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示需鈣蛋白酶2mRNA的水平在化學(xué)抗性卵巢癌細(xì)胞系中升高。圖7是Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示粒鈣蛋白mRNA在化學(xué)抗性細(xì)胞系中的水平相對(duì)于在對(duì)順鉬處理敏感的細(xì)胞系中的水平升高。圖8是顯示Northern印跡分析結(jié)果的放射自顯影照片及該Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示MetAP2蛋白質(zhì)的表達(dá)在高度化學(xué)抗性的細(xì)胞系OVCA 429中升高，并在對(duì)順鉬處理敏感的Hey細(xì)胞系中下調(diào)。圖9是顯示Northern印跡分析結(jié)果的放射自顯影照片及該Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示在組織樣本中的MetAP2蛋白質(zhì)的表達(dá)，所述組織樣本得自三個(gè)對(duì)基于順鉬的化療抗性水平不同的患者。相比具有中等(CAP2)和低(CAPl)化療抗性水平的患者，在患抗性最強(qiáng)的腫瘤(CAP3)的患者樣本中MetAP2升高得最多。圖10是顯示Northern印跡分析結(jié)果的放射自顯影照片及該Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示可檢出eIF5的兩種轉(zhuǎn)錄物，并且這兩者的表達(dá)水平在對(duì)順鉬抗性水平最高的卵巢癌細(xì)胞系中是升高的。圖11是顯示Northern印跡分析結(jié)果的放射自顯影照片及該Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示在腫瘤復(fù)發(fā)前(CAP2)和腫瘤復(fù)發(fā)后(CAP2+)的化學(xué)抗性患者腫瘤樣本中的eIF5表達(dá)。圖12是顯示Northern印跡分析結(jié)果的放射自顯影照片及該Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示eIF2B ε的mRNA在化學(xué)抗性細(xì)胞系中升高。圖13是顯示Northern印跡分析結(jié)果的放射自顯影照片及該Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示eEFl ε mRNA在對(duì)順鉬抗性最強(qiáng)的卵巢癌細(xì)胞系中下調(diào)。圖14顯示了 Northern印跡結(jié)果的圖示,顯示相對(duì)于敏感細(xì)胞系，SAPK/ErkImRNA水平在對(duì)順鉬有抗性的細(xì)胞系中升高。圖15顯示了 Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示TESK2mRNA在對(duì)順鉬有抗性的細(xì)胞·系中升高。圖16顯示了 Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示FAST激酶mRNA在對(duì)順鉬有抗性的細(xì)胞系中升高。圖17是顯示Northern印跡分析結(jié)果的放射自顯影照片及該Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示KLK6的表達(dá)水平在被試的對(duì)順鉬有抗性的細(xì)胞系中升高。圖18是顯示Northern印跡分析結(jié)果的放射自顯影照片及該Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示HMTl的表達(dá)水平在對(duì)順鉬有抗性的細(xì)胞中下調(diào)。圖19是顯示Northern印跡分析結(jié)果的放射自顯影照片及該Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示ARA9的mRNA在對(duì)順鉬有抗性的細(xì)胞系中升高。圖20是顯示Northern印跡分析結(jié)果的放射自顯影照片及該Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示鈣調(diào)理蛋白2的表達(dá)在化學(xué)抗性細(xì)胞系中與在化學(xué)敏感的卵巢癌細(xì)胞系中相比升高。圖21是顯示Northern印跡分析結(jié)果的放射自顯影照片及該Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示神經(jīng)元細(xì)胞凋亡抑制型蛋白(neuronal apoptosis inhibitory protein)的基因表達(dá)在對(duì)順鉬抗性最強(qiáng)的細(xì)胞系中降低。圖22是顯示Northern印跡分析結(jié)果的放射自顯影照片及該Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示RNPSl水平在對(duì)順鉬有抗性的細(xì)胞系中升高。圖23是顯示Northern印跡分析結(jié)果的放射自顯影照片及該Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示HSF2的mRNA水平在化學(xué)抗性細(xì)胞系中升高。圖24是顯示Northern印跡分析結(jié)果的放射自顯影照片及該Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示W(wǎng)DRl的mRNA在化學(xué)抗性細(xì)胞系中的水平與在化學(xué)敏感細(xì)胞系中的水平相比升高。圖25是顯示Northern印跡分析結(jié)果的放射自顯影照片及該Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示FtlmRNA的水平在對(duì)順鉬有抗性的細(xì)胞系中升高。圖26是顯示Northern印跡分析結(jié)果的放射自顯影照片及該Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示NME4mRNA在化學(xué)抗性細(xì)胞系中升高。圖27顯示了 Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示ADARlmRNA在對(duì)順鉬有抗性的細(xì)胞
系中升高。圖28顯示了 Northern印跡結(jié)果的圖示,顯示NBRlmRNA在化學(xué)抗性最強(qiáng)的細(xì)胞系OVCA 429中的水平與在其他被試細(xì)胞系中的水平相比升高。圖29顯示了 Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示鋅指蛋白262的mRNA在順鉬抗性最強(qiáng)的細(xì)胞系中相比其他被試細(xì)胞系升高。圖30顯示了 Northern印跡結(jié)果的圖示,顯示MRPL4mRNA在化學(xué)抗性細(xì)胞系中升聞。圖31顯示了 Northern印跡結(jié)果的圖示,顯示HYA22mRNA在化學(xué)抗性細(xì)胞系中相比化學(xué)敏感的細(xì)胞系升高。圖32顯示了 Northern印跡結(jié)果的圖示,顯示vinexin β的mRNA在化學(xué)抗性細(xì)胞
系中升高。圖33顯示了 Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示G-CSFR的mRNA在化學(xué)抗性細(xì)胞系
中升高。圖34顯示了 Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示SRBlmRNA在化學(xué)抗性細(xì)胞系中升聞。圖35顯示了 Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示IGFBP_7mRNA在化學(xué)抗性細(xì)胞系中 升高。圖36顯示了 Northern印跡結(jié)果的圖示,顯示RAB22A mRNA在化學(xué)抗性細(xì)胞系中降低并在反應(yīng)性更強(qiáng)的細(xì)胞系中升高。圖37顯示了 Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示KIAA0082mRNA的表達(dá)在化學(xué)抗性細(xì)胞系中升聞。圖38顯示了 Northern印跡結(jié)果的圖示，顯示NC0R2的mRNA在對(duì)順鉬有抗性的細(xì)胞系中的水平與敏感的細(xì)胞系中的水平相比降低。圖39顯示了基于MTT分析結(jié)果，根據(jù)五個(gè)卵巢癌細(xì)胞系對(duì)順鉬的敏感性水平對(duì)其進(jìn)行的等級(jí)劃分。圖40 (上圖)圖示了濃度升高的煙曲霉素對(duì)暴露于該藥物4小時(shí)后的OVCA 429細(xì)胞存活的影響。下示在0.1 μ g/ml煙曲霉素存在時(shí)順鉬的作用增強(qiáng)，但當(dāng)在10 μ g/ml煙曲霉素存在時(shí)用順鉬處理所述細(xì)胞4小時(shí)不導(dǎo)致順鉬作用的增強(qiáng)。圖41 (上圖)圖示了濃度升高的煙曲霉素對(duì)暴露于該藥物8小時(shí)后的OVCA 429細(xì)胞存活的影響。圖41 (下圖)圖示在0.1 μ g/ml煙曲霉素存在時(shí)順鉬的作用增強(qiáng)，但存在10 μ g/ml煙曲霉素時(shí)用順鉬處理所述細(xì)胞8小時(shí)不導(dǎo)致順鉬作用的增強(qiáng)。圖42 (上圖)圖示了濃度升高的煙曲霉素對(duì)暴露于該藥物24小時(shí)后的OVCA 429細(xì)胞存活的作用。圖42 (下圖)圖示在0.1 μ g/ml煙曲霉素存在時(shí)順鉬的細(xì)胞毒性作用增強(qiáng)，但當(dāng)存在10 μ g/ml煙曲霉素時(shí)用順鉬處理細(xì)胞24小時(shí)不導(dǎo)致順鉬作用的增強(qiáng)。圖 43 是三種 siRNA(#1，SEQ ID NO:4; #2，SEQ ID NO: 5;和 #3，SEQ ID NO:6)的示意圖，所述三種siRNA被設(shè)計(jì)為靶向MetAP-2信使RNA的不同區(qū)域。圖44顯示了通過(guò)定量實(shí)時(shí)PCR測(cè)定的siRNA#l對(duì)于MetAP-2在0VCA429中的表達(dá)水平的影響。圖45圖示在siRNA#l存在時(shí)將OVCA 429暴露于順鉬后，通過(guò)MTT分析測(cè)定對(duì)細(xì)
胞存活定量。圖46是進(jìn)行MTT分析后含OVCA 429細(xì)胞的96孔板的照片(定量顯示在圖45)，該照片顯示順鉬對(duì)用MetAP-2siRNA#l轉(zhuǎn)染的這些細(xì)胞的作用。圖 47 是三種 siRNA (#1，SEQ ID NO:1; #2，SEQ ID N0:2jP#3，SEQ ID NO: 3)的示意圖，所述三種siRNA被設(shè)計(jì)為靶向SPARC信使的不同區(qū)域。圖48圖示在用圖47所示的siRNAs轉(zhuǎn)染的OVCA 429細(xì)胞中的SPARC表達(dá)的定量實(shí)時(shí)PCR分析結(jié)果。圖49是進(jìn)行MTT分析后含OVCA 429細(xì)胞的96孔板的照片，來(lái)確定順鉬在SPARCsiRNA#2存在時(shí)對(duì)OVCA 429細(xì)胞的作用。圖50圖示siRNA-介導(dǎo)的SPARC基因表達(dá)降低對(duì)OVCA 429細(xì)胞的順鉬敏感性的影響。圖51顯示了 Northern印跡結(jié)果的圖示,顯示MTlmRNA在對(duì)順鉬最敏感的細(xì)胞系(Hey)中顯著升高。圖52顯示了 Northern印跡結(jié)果的圖示,顯示MPPlOmRNA隨著對(duì)順鉬的敏感性的 提聞而增加。圖53圖示siRNA-介導(dǎo)的需鈣蛋白酶2基因表達(dá)降低在0VCA429細(xì)胞中的影響。圖54圖示需鈣蛋白酶2siRNA#3對(duì)OVCA 429細(xì)胞的順鉬敏感性的影響。圖55圖示需鈣蛋白酶2抑制劑ALLN對(duì)OVCA 429細(xì)胞的順鉬敏感性的影響。圖56圖示siRNA-介導(dǎo)的SA100A10基因表達(dá)降低對(duì)OVCA 429細(xì)胞的順鉬敏感性的影響。圖57圖示siRNAs對(duì)OVCA 429細(xì)胞中的S100A11基因mRNA表達(dá)水平的影響。圖58圖示在正常和結(jié)腸癌細(xì)胞cDNA中的MetAp_2mRNA表達(dá)水平。圖59圖示在正常和結(jié)腸癌細(xì)胞cDNA中的SPARC mRNA表達(dá)水平。圖60圖示在正常和結(jié)腸癌細(xì)胞cDNA中的SlOOAllmRNA表達(dá)水平。圖61圖示在正常和結(jié)腸癌細(xì)胞cDNA中的SlOOAlOmRNA表達(dá)水平。圖62圖示在正常和結(jié)腸癌細(xì)胞cDNA中的需鈣蛋白酶_2mRNA表達(dá)水平。圖63顯示腫瘤體積為兩只裸鼠體重的函數(shù)，這兩只裸鼠注射了 0VCAR-3細(xì)胞(15百萬(wàn)/每次注射，得自美國(guó)典型培養(yǎng)物保藏中心(American Type CultureCollection), Manassas, VA,保藏號(hào)HTB-161),并在35天后用順鉬以4 μ g/kg體重、通過(guò)IP注射、每周三次、持續(xù)處理2周，之后的I周不處理或用單獨(dú)的生理鹽水溶液作為對(duì)照來(lái)處理。圖64是顯示針對(duì)需鈣蛋白酶2或S100A11的siRNAs在0VCAR-3細(xì)胞中的穩(wěn)定表達(dá)的圖。在對(duì)照道(lane),在無(wú)處理或含有無(wú)關(guān)GFP siRNA的細(xì)胞(cells withouttreatment or the irrelevant GFPsiRNA)中測(cè)定兩種mRNA的表達(dá)。需I丐蛋白酶2和S100A11的mRNA表達(dá)在相關(guān)的siRNA道中明顯降低。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明提供了抑制、推遲或預(yù)防腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)的方法，所述方法包含在化療藥物以所述細(xì)胞產(chǎn)生抗性的濃度存在時(shí)使所述腫瘤細(xì)胞接觸一或多種細(xì)胞基因的表達(dá)或活性的至少一種調(diào)節(jié)劑的步驟，其中所述細(xì)胞基因是表I所示的基因，并且其中使所述腫瘤細(xì)胞接觸所述基因表達(dá)的調(diào)節(jié)劑會(huì)降低、抑制、推遲或預(yù)防所述腫瘤細(xì)胞的藥物抗性。所述腫瘤細(xì)胞可以是例如，卵巢癌。在一個(gè)具體實(shí)施方案中，可以在體內(nèi)接觸所述腫瘤細(xì)胞(例如未從患者取出的細(xì)胞)。本文所用術(shù)語(yǔ)“生物樣本”包括但不限于得自動(dòng)物、優(yōu)選哺乳動(dòng)物、最優(yōu)選人的組織或體液。例如，生物樣本可以是活體解剖材料、骨髓樣本、血、血漿、血清或或其細(xì)胞級(jí)分，尿、唾液、淚液或來(lái)自生物來(lái)源的細(xì)胞。在一個(gè)具體實(shí)施方案中，所述哺乳動(dòng)物是疑似患有或以前診斷出患有或需要篩查癌癥、具體為卵巢癌或結(jié)腸癌的人。在某些具體實(shí)施方案中，生物樣本是組織樣本。本文所用術(shù)語(yǔ)“卵巢癌”據(jù)理解通常指上皮卵巢癌，其包括所有診斷為來(lái)自卵巢組織的人癌癥的幾乎80%的一些癌癥。其余的癌癥，包括源自種系(germline)的卵巢癌和透明細(xì)胞(clear cell)卵巢癌，是罕見(jiàn)并通常被誤診的。鑒于在這些少數(shù)腫瘤類型中也發(fā)現(xiàn)本文公開(kāi)的基因表達(dá)的改變，本發(fā) 明的方法和組合物可以適用于所述疾病。本文所用的基因表達(dá)或基因產(chǎn)物活性的“調(diào)節(jié)劑”可以是任何會(huì)造成基因表達(dá)或基因產(chǎn)物活性升高或降低的化學(xué)化合物、核酸分子、肽或多肽。在某些具體實(shí)施方案中，本發(fā)明的調(diào)節(jié)劑是造成一或多種細(xì)胞基因的表達(dá)或活性升高的化合物，所述一或多種細(xì)胞基因的表達(dá)或活性在對(duì)化療劑有抗性的腫瘤細(xì)胞中是降低的；這些調(diào)節(jié)劑在本文被稱為“活化劑”。在其他具體實(shí)施方案中，調(diào)節(jié)劑是一或多種細(xì)胞基因、具體為其表達(dá)在對(duì)化療劑有抗性的腫瘤細(xì)胞中升高的基因的表達(dá)或活性的抑制劑；這些調(diào)節(jié)劑在本文被稱為“抑制劑”。本文所用的“抑制劑”可以是任何能降低基因產(chǎn)物活性或直接干擾基因表達(dá)的化學(xué)化合物、核酸分子、肽或多肽，如抗基因產(chǎn)物的抗體。例如本發(fā)明的抑制劑能直接或間接地抑制基因編碼的蛋白質(zhì)的活性。直接抑制可通過(guò)，諸如結(jié)合蛋白質(zhì)從而預(yù)防該蛋白質(zhì)結(jié)合意向的靶標(biāo)，如受體進(jìn)行來(lái)實(shí)現(xiàn)。間接抑制可通過(guò)，諸如結(jié)合蛋白質(zhì)的意向靶標(biāo)，如受體或結(jié)合配偶體，從而阻斷或降低所述蛋白質(zhì)的活性來(lái)實(shí)現(xiàn)。并且，本發(fā)明的抑制劑可通過(guò)降低或抑制所述基因的表達(dá)等來(lái)抑制基因，這可通過(guò)干擾基因表達(dá)(轉(zhuǎn)錄、加工、翻譯、翻譯后修飾)，例如通過(guò)干擾所述基因的mRNA并阻斷所述基因產(chǎn)物的翻譯或通過(guò)基因產(chǎn)物的翻譯后修飾，或通過(guò)造成細(xì)胞內(nèi)定位的改變來(lái)進(jìn)行。本文所用的“活化劑”可以是任何能提高基因產(chǎn)物活性(例如通過(guò)穩(wěn)定化所述基因產(chǎn)物，預(yù)防其蛋白水解降解或增強(qiáng)其酶活性或結(jié)合活性或直接活化基因表達(dá))的化學(xué)化合物、核酸分子、肽或多肽。本發(fā)明的活化劑可直接或間接地增強(qiáng)基因編碼的蛋白質(zhì)的活性。直接活化可通過(guò)，諸如結(jié)合蛋白質(zhì)從而增強(qiáng)該蛋白質(zhì)與意向靶標(biāo)，如受體的結(jié)合來(lái)實(shí)現(xiàn)。間接活化可通過(guò)，諸如結(jié)合蛋白質(zhì)的意向靶標(biāo)，如受體或結(jié)合配偶體，并增強(qiáng)活性，例如通過(guò)提高所述靶標(biāo)的有效濃度來(lái)實(shí)現(xiàn)。并且，本發(fā)明的活化劑可通過(guò)，提高所述基因的表達(dá)來(lái)活化基因，這可通過(guò)例如提高基因表達(dá)(轉(zhuǎn)錄、加工、翻譯、翻譯后修飾)，例如通過(guò)穩(wěn)定化所述基因的mRNA或阻斷所述mRNA轉(zhuǎn)錄物的降解，或通過(guò)基因產(chǎn)物的翻譯后修飾，或通過(guò)造成細(xì)胞內(nèi)定位的改變來(lái)進(jìn)行。如本文所述，在化學(xué)抗性卵巢腫瘤細(xì)胞中的數(shù)種基因的表達(dá)顯著不同于其在化學(xué)敏感卵巢腫瘤細(xì)胞中的表達(dá)。表I提供了用下面實(shí)施例中所述的方法鑒定的所述基因的列表。該表也匯總了在對(duì)廣泛使用的化療劑順鉬敏感或有抗性的細(xì)胞中的這些基因的表達(dá)模式。表I
權(quán)利要求
1.至少一種SiRNA分子作為在卵巢癌細(xì)胞中表達(dá)的細(xì)胞基因的抑制劑在制備用于通過(guò)與卵巢癌腫瘤細(xì)胞接觸而降低腫瘤細(xì)胞對(duì)順鉬的抗性的藥劑中的用途，其中所述受到抑制的細(xì)胞基因是需鈣蛋白酶2、SPARC、或KLK6，其中所述卵巢癌腫瘤細(xì)胞對(duì)順鉬的抗性在所述抑制劑存在時(shí)比所述抑制劑缺無(wú)時(shí)弱。
2.權(quán)利要求1所述的抑制劑的用途，其中所述受到抑制的基因是SPARC。
3.權(quán)利要求2所述的抑制劑的用途，其中所述siRNA是SEQID N0:2。
4.權(quán)利要求1所述的抑制劑的用途，其中所述受到抑制的基因是需鈣蛋白酶2。
5.權(quán)利要求4所述的抑制劑的用途，其中所述siRNA是SEQID N0:9。
6.權(quán)利要求1所述的抑制劑的用途，其中所述受到抑制的基因是KLK6。
7.權(quán)利要求6所述的抑制劑的用途，其中所述siRNA是SEQID NO: 142。
8.至少一種siRNA分子作為在卵巢癌細(xì)胞中表達(dá)的細(xì)胞基因的抑制劑和順鉬的組合，作為用于治療卵巢癌的藥物，其中所述受到抑制的細(xì)胞基因是需鈣蛋白酶2、SPARC、或 KLK6。
9.權(quán)利要求8所述的組合，其中所述至少一種抑制劑是SPARC活性的抑制劑。
10.權(quán)利要求9所述的組合，其中所述siRNA被鑒定為SEQID N0:2。
11.權(quán)利要求8所述的組合，其中所述至少一種抑制劑是是需鈣蛋白酶2活性的抑制劑。
12.權(quán)利要求11所述的組合，其中所述siRNA被鑒定為SEQID N0:9。
13.權(quán)利要求8所述的組合，其中所述至少一種抑制劑是KLK6活性的抑制劑。
14.權(quán)利要求13所述的組合，其中所述siRNA被鑒定為SEQID NO: 1420
15.—種鑒定降低對(duì)基于鉬的化療藥物有抗性的卵巢癌腫瘤細(xì)胞的藥物抗性的化合物的方法，所述方法包含如下步驟(a)使卵巢癌腫瘤細(xì)胞接觸被試化合物及使細(xì)胞對(duì)其有抗性的濃度的基于鉬的化療藥物，所述細(xì)胞表達(dá)在對(duì)基于鉬的化療藥物有抗性的卵巢癌細(xì)胞中過(guò)表達(dá)的基因，其中所述基因是需鈣蛋白酶2、SPARC、或KLK6 ；(b)檢測(cè)所述基因在所述被試化合物存在和缺無(wú)時(shí)的表達(dá)；并(c)比較所述基因在所述被試化合物存在和缺無(wú)時(shí)的表達(dá)，其中如果所述基因在所述被試化合物存在時(shí)的表達(dá)相對(duì)于所述基因在所述被試化合物缺無(wú)時(shí)的表達(dá)降低，且卵巢癌腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)在所述化合物存在時(shí)下降，則該化合物被鑒定為抑制對(duì)基于鉬的化療藥物有抗性的卵巢癌腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)的化合物。
全文摘要
本申請(qǐng)涉及預(yù)測(cè)并克服對(duì)卵巢癌化療的抗性的方法及預(yù)測(cè)結(jié)腸癌發(fā)生的方法。本發(fā)明提供了預(yù)測(cè)卵巢癌患者的腫瘤是否對(duì)化療有抗性的方法。本發(fā)明也提供了檢測(cè)治療、具體為化療在治療卵巢癌的患者中的有效性的方法。本發(fā)明還提供了通過(guò)降低所述細(xì)胞中化療藥物抗性來(lái)治療卵巢癌的方法。另外，本發(fā)明提供了篩選化合物的方法來(lái)鑒定對(duì)傳統(tǒng)化療方案有抗性的腫瘤細(xì)胞的腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)抑制劑。
文檔編號(hào)C12N15/113GK102989009SQ20121047207
公開(kāi)日2013年3月27日 申請(qǐng)日期2004年12月30日 優(yōu)先權(quán)日2003年12月31日
發(fā)明者薩默.阿爾-穆拉尼 申請(qǐng)人:賓夕法尼亞州研究基金會(huì)