專利名稱：用于制備純化的多肽組合物的方法
用于制備純化的多肽組合物的方法交叉引用本申請(qǐng)要求2008年9月22日提交的美國臨時(shí)申請(qǐng)No. 61/099，099的權(quán)益，該申請(qǐng)以引用方式合并于此。
背景技術(shù)：
肽在生物過程中是重要的。例如，肽可作為激素、酶抑制劑、底物、神經(jīng)遞質(zhì)、神經(jīng)介質(zhì)以及發(fā)揮許多其他功能。肽可以與受體或酶結(jié)合并因此影響細(xì)胞間通訊和控制重要的細(xì)胞功能，例如代謝、免疫防御和繁殖(Babine等，Chem. Rev. 1997，97，1359)。因此，肽在藥物化學(xué)中用作治療劑以及在藥物應(yīng)用中的受到關(guān)注。使用未修飾的肽作為治療劑和藥劑受到若干因素的限制。這些限制包括差的代謝穩(wěn)定性如對(duì)肽酶降解的敏感性、差的細(xì)胞滲透性和由于構(gòu)象柔性而缺乏結(jié)合特異性。已經(jīng)描述了改善這些限制特性的嘗試，包括通過各種方法產(chǎn)生環(huán)肽和擬肽，所述方法包括二硫鍵形成、酰胺鍵形成和碳碳鍵形成(Jackson等(1991)，J. Am. Chem. Soc. 113 9391-9392 ；Phelan 等(1997)，J.Am. Chem. Soc. 119 :455-460 ；Taylor(2002), Biopolymers 66 :49-75 ；Brunei 等 Q005)，Chem. Commun. (20) :2552-2554 ；Hiroshige 等(1995)，J. Am. Chem. Soc. 117 :11590-11591 ；Blackwell 等(1998)，Angew. Chem. Int. Ed. 37 :3281-3284 ； khafmeister 等(2000)，J. Am. Chem. Soc. 122 :5891-5892)。這些方法仍然受到一些因素的限制，包括差的代謝穩(wěn)定性(二硫鍵和酰胺鍵)、差的細(xì)胞滲透性(二硫鍵和酰胺鍵)以及潛在毒性金屬的使用(用于碳碳鍵形成)。尤其是，毒性金屬雜質(zhì)的存在可能對(duì)經(jīng)由需要這種金屬(例如以催化劑形式)的化學(xué)反應(yīng)制備得到的多肽藥物的臨床使用形成重大挑戰(zhàn)。 因此，需要純化擬肽化合物的方法和通過這類方法產(chǎn)生的純組合物。發(fā)明簡述本發(fā)明旨在滿足這些和其他需要。在一個(gè)方面，本發(fā)明提供一種制備純化的擬肽大環(huán)化合物的組合物。在一個(gè)實(shí)施方式中，該方法包括接觸擬肽前體并純化粗制的擬肽大環(huán)化合物以產(chǎn)生純化的擬肽大環(huán)化合物組合物。在該實(shí)施方式中，所述擬肽前體可含有至少兩個(gè)能夠與復(fù)分解催化劑進(jìn)行復(fù)分解反應(yīng)的部分，以制備粗的擬肽大環(huán)化合物。根據(jù)本發(fā)明公開的方法純化的擬肽大環(huán)化合物組合物可包含金屬。在一個(gè)實(shí)施方式中，所述組合物含有小于約75、20、10、5或Ippm重量的金屬。在另一個(gè)實(shí)施方式中，純化的擬肽大環(huán)化合物組合物含有可安全給藥予受試者(例如人類受試者)的金屬濃度。本發(fā)明也提供含有擬肽大環(huán)化合物(其含有將第一氨基酸連接至第二氨基酸的交聯(lián)連接體)和濃度為約0. 5ppm至約1、5、10、20或75ppm重量的金屬的組合物。在一個(gè)實(shí)施方式中，該組合物包含含有將第一氨基酸連接至第二氨基酸的交聯(lián)連接體的擬肽大環(huán)化合物，其中所述氨基酸中的至少一個(gè)是α，α-二取代氨基酸，且進(jìn)一步其中所述組合物的金屬濃度小于約1、5、10、20或75ppm重量。在相關(guān)實(shí)施方式中，所述組合物包含交聯(lián)連接體，其中所述第一氨基酸是α，α-二取代的。在另一個(gè)相關(guān)實(shí)施方式中，所述組合物包含交聯(lián)連接體，其中第二氨基酸是α，α-二取代的。
在一些實(shí)施方式中，所述擬肽大環(huán)化合物含有螺旋、α -螺旋、BCL-2家族成員的 α -螺旋結(jié)構(gòu)域、或ΒΗ3結(jié)構(gòu)域。該擬肽大環(huán)化合物可以與表1、2、3或4中的肽序列同源。 在一個(gè)實(shí)施方式中，該擬肽大環(huán)化合物與表1中序列之間的同源性可以是至少60%或至少 80%。擬肽大環(huán)化合物優(yōu)選包括將第一氨基酸連接到第二氨基酸的交聯(lián)連接體。在一個(gè)實(shí)施方式中，所述第一氨基酸和第二氨基酸通過三個(gè)氨基酸分隔。在另一個(gè)實(shí)施方式中，所述第一氨基酸和第二氨基酸通過六個(gè)氨基酸分隔。在一個(gè)實(shí)施方式中，所述交聯(lián)連接體包含6至14個(gè)連續(xù)的鍵。在另一個(gè)實(shí)施方式中，所述交聯(lián)連接體包含8至16個(gè)連續(xù)的鍵。在另一個(gè)實(shí)施方式中，所述交聯(lián)連接體包含 8至12個(gè)連續(xù)的鍵。在另一個(gè)實(shí)施方式中，所述交聯(lián)連接體包含10至13個(gè)連續(xù)的鍵。所述擬肽大環(huán)化合物優(yōu)選包含螺旋結(jié)構(gòu)。該螺旋結(jié)構(gòu)可以含有一圈或多圈的 α-螺旋。例如，該交聯(lián)連接體可包括含有1圈、2圈或更多圈的α-螺旋。在一個(gè)實(shí)施方式中，該交聯(lián)連接體跨越α-螺旋的1到5圈。在另一個(gè)實(shí)施方式中，所述交聯(lián)連接體的長度為α-螺旋的每一圈約5入到約9入。在交聯(lián)連接體的一個(gè)方面，第一氨基酸或第二氨基酸的α位可被取代。在一個(gè)實(shí)施方式中，第一氨基酸的α位被另外取代。在另一個(gè)實(shí)施方式中，第二氨基酸的α位被另外取代。在一個(gè)實(shí)施方式中，所述擬肽大環(huán)化合物含有約18個(gè)原子到約沈個(gè)原子的環(huán)。在另一個(gè)實(shí)施方式中，所述擬肽大環(huán)化合物含有約四個(gè)原子到約37個(gè)原子的環(huán)。所述擬肽大環(huán)化合物可以在比用該擬肽大環(huán)化合物治療的受試者的生理ρΗ低或高5 %的ρΗ下帶凈正電荷。在一個(gè)實(shí)施方式中，所述擬肽大環(huán)化合物在約7. 4的ρΗ下可以帶凈正電荷。所述擬肽大環(huán)化合物可以包含含有一個(gè)或多個(gè)鹵素、烷基、熒光部分、親和標(biāo)記、 靶向部分或放射性同位素的部分。所述擬肽大環(huán)化合物可用作治療劑。在一個(gè)實(shí)施方式中，本發(fā)明擬肽大環(huán)化合物以用于治療癌癥的治療劑提供。在另一個(gè)實(shí)施方式中，本發(fā)明擬肽大環(huán)化合物以處于臨床試驗(yàn)評(píng)估中的治療劑提供。本發(fā)明的擬肽大環(huán)化合物組合物可以含有金屬。用于合成擬肽大環(huán)化合物組合物的金屬的濃度和種類可以改變。用于本發(fā)明的金屬濃度(按重量計(jì)算)的非限制性的例子包括小于約lppm、小于約2ppm、小于約2. 5ppm、約0. 5ppm、約lppm、約lOppm、約1到約5、 10、20、75ppm、或約 0. 5 到約 5、10、20 或 75ppm。在一個(gè)方面，擬肽大環(huán)化合物的金屬是釕或鋨。在一個(gè)實(shí)施方式中，該組合物含有的釕總濃度小于約1、5、10、20或75ppm重量。在另一個(gè)實(shí)施方式中，該組合物含有的釕總濃度為約0. 5ppm到約5、10、20或75ppm重量。本發(fā)明使用一種或多種復(fù)分解反應(yīng)以制備擬肽大環(huán)化合物。在一個(gè)實(shí)施方式中， 復(fù)分解催化劑包含釕或鋨催化劑。在相關(guān)實(shí)施方式中，該復(fù)分解催化劑包含一個(gè)或多個(gè)取代基，其是碘、溴、氯、苯基、碳烯、環(huán)己基、膦、三環(huán)己基膦、咪唑或苯亞甲基。在一個(gè)實(shí)施方式中，該復(fù)分解催化劑結(jié)合到固體載體上。 本發(fā)明擬肽大環(huán)化合物組合物可包含賦形劑。在一個(gè)實(shí)施方式中，該擬肽大環(huán)化合物還含有藥學(xué)可接受的載體。該擬肽大環(huán)化合物組合物可以在有或沒有溶劑的情況下以多種形式存在，例如粉末、鹽、液體或凍干形式。在一個(gè)實(shí)施方式中，該擬肽大環(huán)化合物組合物包括擬肽大環(huán)化合物的藥學(xué)可接受的鹽。該擬肽的藥學(xué)可接受鹽可以包括例如鹽酸鹽或醋酸鹽。以引用方式的合并本說明書提到的所有出版物、專利和專利申請(qǐng)通過引用合并于此，如同具體并單獨(dú)地指出各單個(gè)的出版物、專利和專利申請(qǐng)通過引用合并一樣。發(fā)明詳述定義如本文所使用，術(shù)語“大環(huán)化合物”指的是具有包括由至少9個(gè)共價(jià)結(jié)合的原子形成的環(huán)或環(huán)形的化學(xué)結(jié)構(gòu)的分子。如本文所使用，術(shù)語“擬肽大環(huán)化合物”或“交聯(lián)多肽”指的是含有由多個(gè)肽鍵連接的多個(gè)氨基酸殘基和至少一個(gè)大環(huán)形成連接體(或者“交聯(lián)連接體”)的化合物，該大環(huán)形成連接體在相同分子內(nèi)的第一天然存在或非天然存在的氨基酸殘基(或類似物)和第二天然存在或非天然存在的氨基酸殘基(或類似物)之間形成大環(huán)。擬肽大環(huán)化合物包括其中大環(huán)形成連接體將第一氨基酸殘基(或者類似物)的α碳連接到第二氨基酸殘基(或者類似物)的α碳上的實(shí)施方式。所述擬肽大環(huán)化合物任選地包括一個(gè)或多個(gè)氨基酸殘基和 /或氨基酸類似物殘基之間的一個(gè)或多個(gè)非肽鍵，并且除了形成大環(huán)的任何殘基之外，任選地包括一個(gè)或多個(gè)非天然存在的氨基酸殘基或氨基酸類似物殘基。如本文所使用，術(shù)語“穩(wěn)定性”指的是通過由圓二色光譜、NMR或其他生物物理學(xué)測(cè)量測(cè)得的本發(fā)明擬肽大環(huán)化合物在溶液中維持特定的二級(jí)結(jié)構(gòu)，或在體外或體內(nèi)對(duì)蛋白水解降解的抗性。本發(fā)明預(yù)期的二級(jí)結(jié)構(gòu)的非限制性例子是α-螺旋、β-轉(zhuǎn)角和β-折疊片。如本文所使用，術(shù)語“螺旋穩(wěn)定性”指的是通過由圓二色光譜或NMR測(cè)得的本發(fā)明擬肽大環(huán)化合物維持α螺旋結(jié)構(gòu)。例如，在一些實(shí)施方式中，相比于缺少R-取代基的相應(yīng)大環(huán)化合物，由圓二色光譜測(cè)定的本發(fā)明擬肽大環(huán)化合物的α-螺旋度顯示至少1.25、 1.5、1.75或2倍的增加。術(shù)語“α-氨基酸”或簡稱為“氨基酸”指的是含有與被稱為α-碳的碳結(jié)合的氨基和羧基的分子。適當(dāng)?shù)陌被岚ǖ幌抻谔烊淮嬖诘陌被岬腄和L-異構(gòu)體以及由有機(jī)合成或其他代謝途徑制備的非天然存在的氨基酸。除非上下文另外指出，本文使用的術(shù)語氨基酸用來包括氨基酸類似物。術(shù)語“天然存在的氨基酸”指的是通常在天然合成的肽中發(fā)現(xiàn)的二十種氨基酸中的任何一種，單字母縮寫為 A、R、N、C、D、Q、E、G、H、I、L、K、Μ、F、P、S、Τ、W、Y 和 V。術(shù)語“氨基酸類似物”或“非天然氨基酸”指的是結(jié)構(gòu)上類似于氨基酸且可以代替氨基酸形成擬肽大環(huán)化合物的分子。氨基酸類似物包括但不限于除了在氨基和羧基之間包含一個(gè)或多個(gè)額外的亞甲基(例如，α-氨基β-羧酸)，或用相似的反應(yīng)性基團(tuán)替代氨基或羧基(例如，用仲胺或叔胺替代伯胺，或用酯替代羧基)，結(jié)構(gòu)上和本發(fā)明定義的氨基酸相同的化合物?！胺潜匦璧摹卑被釟埢强梢杂啥嚯?例如，ΒΗ3結(jié)構(gòu)域或p53MDM2結(jié)合結(jié)構(gòu)域)
6的野生型序列發(fā)生改變，而不消除或?qū)嵸|(zhì)改變其基本生物學(xué)或生物化學(xué)活性(例如，受體結(jié)合或活化)的殘基?！氨匦璧摹卑被釟埢?，當(dāng)由多肽的野生型序列發(fā)生改變時(shí)，導(dǎo)致多肽的主要生物學(xué)或生物化學(xué)活性消除或基本上消除的殘基。“保守的氨基酸置換”是用具有相似側(cè)鏈的氨基酸殘基替代氨基酸殘基的氨基酸置換?，F(xiàn)有技術(shù)已經(jīng)定義了具有相似側(cè)鏈的氨基酸殘基家族。這些家族包括具有堿性側(cè)鏈 (例如，K、R、H)、酸性側(cè)鏈(例如，D、E)、不帶電的極性側(cè)鏈(例如，G、N、Q、S、Τ、Y、C)、非極性側(cè)鏈(例如，Α、V、L、I、P、F、Μ、W)、β -分支側(cè)鏈(例如，Τ、V、I)和芳香族側(cè)鏈(例如， Y、F、W、H)的氨基酸。因此，例如，BH3多肽中的預(yù)計(jì)的非必需氨基酸殘基優(yōu)選被來自相同側(cè)鏈家族的另一個(gè)氨基酸殘基替代。可接受的置換的其他例子是基于電子等排考慮(例如正亮氨酸替代甲硫氨酸)或其他性質(zhì)(例如2-噻吩丙氨酸替代苯丙氨酸)的置換。本文使用的與大環(huán)化合物或大環(huán)形成連接體結(jié)合的術(shù)語“元”指的是形成或者可以形成大環(huán)的原子，排除取代基或側(cè)鏈原子。以此類推，環(huán)癸烷、1，2_ 二氟-環(huán)癸烷和1， 3- 二甲基環(huán)癸烷都被認(rèn)為是十元大環(huán)化合物，因?yàn)闅浠蚍〈蚣谆鶄?cè)鏈不參與形成大環(huán)。符號(hào)《/'，，當(dāng)用作分子結(jié)構(gòu)的一部分時(shí)指的是單鍵或反式或順式雙鍵。術(shù)語“氨基酸側(cè)鏈”指的是連接于氨基酸的α-碳的部分。例如，丙氨酸的氨基酸側(cè)鏈?zhǔn)羌谆?，苯丙氨酸的氨基酸?cè)鏈?zhǔn)潜郊谆?，半胱氨酸的氨基酸?cè)鏈?zhǔn)橇虼谆於彼岬陌被醾?cè)鏈?zhǔn)囚燃谆?，酪氨酸的氨基酸?cè)鏈?zhǔn)?-羥苯甲基，等等。也包括其他非天然存在的氨基酸側(cè)鏈，例如，存在于自然界中的那些(例如，氨基酸代謝物)或通過合成制備的那些(例如，α，α - 二取代氨基酸)。術(shù)語“ α，α - 二取代氨基酸”指的是含有與連接于兩個(gè)天然或非天然氨基酸側(cè)鏈的碳(α-碳)的氨基和羧基的分子或部分。術(shù)語“多肽”包括兩個(gè)或更多個(gè)通過共價(jià)鍵(例如酰胺鍵)連接的天然或非天然存在的氨基酸。本文描述的多肽包括全長蛋白質(zhì)(例如，完全加工的蛋白質(zhì))以及較短的氨基酸序列(例如，天然存在的蛋白質(zhì)片段或合成的多肽片段)。本文所使用的術(shù)語“大環(huán)化試劑”或“大環(huán)形成試劑”指的是可以通過介導(dǎo)兩個(gè)反應(yīng)性基團(tuán)之間的反應(yīng)來制備本發(fā)明擬肽大環(huán)化合物的任何試劑。反應(yīng)性基團(tuán)可以是例如末端烯類。在這種實(shí)施方式中，大環(huán)化試劑或大環(huán)化試劑是復(fù)分解催化劑，包括但不限于穩(wěn)定的后過渡金屬碳烯絡(luò)合催化劑，例如第VIII族過渡金屬碳烯催化劑。例如，這樣的催化劑是具有+2氧化態(tài)、電子數(shù)16和五配位的釕和鋨金屬中心。其他的催化劑公開在Grubbs 等，“Ring Closing Metathesis and Related Processes in Organic Synthesis" Acc. Chem. Res. 1995，沘，446-452、美國專利 No. 5，811，515、美國專利 No. 6，111, 121 和美國專利 No. 6，921，735中。在再其他的例子中，反應(yīng)性基團(tuán)是硫醇基。在這種實(shí)施方式中，大環(huán)環(huán)試劑例如是用兩個(gè)硫醇反應(yīng)性基團(tuán)(例如鹵素基團(tuán))官能化的連接體。 術(shù)語“鹵”或“鹵素”指的是氟、氯、溴或碘或其根。術(shù)語“烷基”指的是包含指定數(shù)目碳原子的直鏈或支鏈烴鏈。例如，C1-Cltl表示其中具有1到10 (包含)個(gè)碳原子的基團(tuán)。在沒有指定任何數(shù)字的情況下，“烷基”是其中具有1到20 (包含)個(gè)碳原子的鏈(直鏈或支鏈)。術(shù)語“亞烷基”指的是二價(jià)烷基(即-R-)。
術(shù)語“鏈烯基”指的是具有一個(gè)或多個(gè)碳-碳雙鍵的直鏈或支鏈的烴鏈。鏈烯基部分包含指定數(shù)目的碳原子。例如，C2-Cltl表示其中具有2到10(包含)個(gè)碳原子的基團(tuán)。 術(shù)語“低級(jí)鏈烯基”指的是C2-C6鏈烯基鏈。在沒有指定任何數(shù)字的情況下，“鏈烯基”是其中具有2到20 (包含)個(gè)碳原子的鏈(直鏈或支鏈)。術(shù)語“炔基”指的是具有一個(gè)或多個(gè)碳-碳三鍵的直鏈或支鏈的烴鏈。炔基部分包含指定數(shù)目的碳原子。例如，C2-Cltl表示其中具有2到10(包含)個(gè)碳原子的基團(tuán)。術(shù)語 “低級(jí)炔基”指的是C2-C6炔基鏈。在沒有指定任何數(shù)字的情況下，“炔基”是其中具有2到 20 (包含)個(gè)碳原子的鏈(直鏈或支鏈)。術(shù)語“芳基”指的是6-碳單環(huán)或10-碳二環(huán)的芳環(huán)系統(tǒng)，其中各環(huán)的0、1、2、3或4 個(gè)原子被取代基取代。芳基的例子包括苯基、萘基等等。術(shù)語“芳基烷基”或術(shù)語“芳烷基” 指的是被芳基取代的烷基。術(shù)語“芳基烷氧基”指的是被芳基取代的烷氧基?！巴榛蓟敝傅氖瞧渲蟹蓟囊粋€(gè)氫原子被如上定義的C1-C5烷基取代的如上定義的芳基。烷基芳基的典型例子包括但不限于2-甲基苯基、3-甲基苯基、4-甲基苯基、 2~乙基苯基、3_乙基苯基、4_乙基苯基、2_丙基苯基、 3-丙基苯基、4-丙基苯基、2- 丁基苯基、3-丁基苯基、4-丁基苯基、2-戊基苯基、3-戊基苯基、4-戊基苯基、2-異丙基苯基、3-異丙基苯基、4-異丙基苯基、2-異丁基苯基、3-異丁基苯基、4-異丁基苯基、2-仲丁基苯基、 3-仲丁基苯基、4-仲丁基苯基、2-叔丁基苯基、3-叔丁基苯基和4-叔丁基苯基?！磅０坊蓟敝傅氖瞧渲蟹蓟囊粋€(gè)氫原子被一個(gè)或多個(gè)-C(O)NH2基團(tuán)取代的如上定義的芳基。酰胺基芳基的典型例子包括2-C(0)NH2-苯基、3-C(0)NH2-苯基、4-C(0) NH2-苯基、2-C(O)NH2-吡啶基、3-C(O)NH2-吡啶基和4_C(O)NH2吡啶基?！半s環(huán)基烷基”指的是其中C1-C5烷基的一個(gè)氫原子被雜環(huán)取代的如上定義的C1-C5 烷基。雜環(huán)基烷基的典型例子包括但不限于-CH2CH2-嗎啉、-CH2CH2-哌啶、-CH2CH2CH2-嗎啉和-CH2CH2CH2-咪唑?！磅０坊榛敝傅氖瞧渲蠧1-C5烷基的一個(gè)氫原子被-C (0) NH2取代的如上定義的C「c5烷基。酰胺基烷基的典型例子包括但不限于-ch2-C(O)NH2、-CH2CH2-C(O) NH2、-CH2CH2CH2C(O) NH2、-CH2CH2CH2CH2C (0) NH2、-CH2CH2CH2CH2CH2C (0) NH2、-CH2CH (C (O)NH2) CH3、-CH2CH (C (0) NH2) CH2CH3、-CH (C (0) NH2) Ol2CH3、-C (CH3) 2CH2C (0) NH2、-CH2-CH2-NH-C (0) -CH 3、-CH2-CH2-NH-C (0) -CH3-CH3 和-CH2-CH2-NH-C(O)-CH = CH2?！傲u烷基”指的是其中C1-Qg基的一個(gè)氫原子被羥基取代的如上定義的C1-Qg 基。羥烷基基團(tuán)的典型例子包括但不限于-CH20H、-CH2CH20H、-CH2CH2CH20H、-CH2CH2CH2CH2OH 、-CH2CH2CH2CH2CH2OH, -CH2CH (OH) CH3> -CH2CH (OH) CH2CH3、-CH (OH) CH3 和-C (CH3) 2CH20H?！棒然榛敝傅氖瞧渲蠧1-C5烷基的一個(gè)氫原子被-COOH取代的如上定義的C1-C5 烷基。羧基烷基的典型例子包括但不限于-CH2C00H、-CH2CH2COOH, -CH2CH2CH2COOH, -CH2CH2 CH2CH2COOH, -CH2CH(COOH) CH3> -CH2CH2CH2CH2CH2C00H, -CH2CH(COOH) CH2CH3、-CH(COOH) CH2CH3 和-C(CH3)2Ol2COOHtj本文使用的術(shù)語“環(huán)烷基”包括飽和的和部分未飽和的環(huán)烴基團(tuán)，其含有3到12個(gè)碳，優(yōu)選3到8個(gè)碳，更優(yōu)選3到6個(gè)碳，其中環(huán)烷基基團(tuán)還可任選地被取代。一些環(huán)烷基包括但不限于環(huán)丙基、環(huán)丁基、環(huán)戊基、環(huán)戊烯基、環(huán)己基、環(huán)己烯基、環(huán)庚基和環(huán)辛基。術(shù)語“雜芳基”指的是芳香族5-8元單環(huán)、8-12元雙環(huán)或11_14元三環(huán)的環(huán)系統(tǒng)，如果是單環(huán)，含有1-3個(gè)雜原子，如果是二環(huán)，含有1-6個(gè)雜原子，或如果是三環(huán)，含有1-9 個(gè)雜原子，所述雜原子選自0、N或S (例如，如果是單環(huán)、二環(huán)或三環(huán)，分別為碳原子和1-3、 1-6或1-9個(gè)0、N或S的雜原子)，其中各環(huán)的0、1、2、3或4個(gè)原子被取代基取代。雜芳基的例子包括吡啶基、呋喃基(furyl)或呋喃基(furanyl)、咪唑基、苯并咪唑基、嘧啶基、苯硫基或噻吩基、喹啉基、吲哚基、噻唑基等等。術(shù)語“雜芳基烷基”或“雜芳烷基”指的是被雜芳基取代的烷基。術(shù)語“雜芳基烷氧基”指的是被雜芳基取代的烷氧基。術(shù)語“雜芳基烷基”或“雜芳烷基，，指的是被雜芳基取代的烷基。術(shù)語“雜芳基烷氧基”指的是被雜芳基取代的烷氧基。術(shù)語“雜環(huán)基”指的是非芳香性的5-8元單環(huán)、8-12元雙環(huán)或11_14元三環(huán)的環(huán)系統(tǒng)，如果是單環(huán)，含有1-3個(gè)雜原子，如果是二環(huán)，含有1-6個(gè)雜原子，或如果是三環(huán)，含有 1-9個(gè)雜原子，所述雜原子選自0、N或S (例如，如果是單環(huán)、二環(huán)或三環(huán)，分別為碳原子和 1-3、1-6或1-9個(gè)0、N或S的雜原子)，其中各環(huán)的0、1、2或3個(gè)原子被取代基取代。雜環(huán)基的例子包括哌嗪基、吡咯烷基、二氧雜環(huán)己基、嗎啉基、四氫呋喃基等等。術(shù)語“取代基”指的是替代任何分子、化合物或部分上的另一原子或基團(tuán)(例如氫原子)的基團(tuán)。適當(dāng)?shù)娜〈ǖ幌抻邴u素、羥基、巰基、氧代、硝基、鹵烷基、烷基、烷芳基、芳基、芳烷基、烷氧基、硫代烷氧基、芳氧基、氨基、烷氧羰基、酰胺基、羧基、鏈烷磺?；?、烷基羰基和氰基。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明化合物包含一個(gè)或多個(gè)不對(duì)稱中心且因此作為外消旋體和外消旋混合物、單個(gè)對(duì)映體、單個(gè)非對(duì)映體和非對(duì)映混合物存在。除非另有說明，這些化合物的所有這些異構(gòu)體形式包括在本發(fā)明中。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明化合物也以多種互變異構(gòu)形式存在。在這種情況下，本發(fā)明包括本文描述的化合物的所有互變異構(gòu)形式(例如，如果環(huán)狀系統(tǒng)的烷基化導(dǎo)致多個(gè)位點(diǎn)上的烷基化，本發(fā)明包括所有這些反應(yīng)產(chǎn)物)。除非另有說明，這些化合物的所有這種異構(gòu)體形式都包括在本發(fā)明中。除非另有說明，本文描述的化合物的所有晶形包括在本發(fā)明中。如本文所使用，術(shù)語“增加”和“減少”分別指引起統(tǒng)計(jì)上顯著的(即ρ < 0. 1)至少5%的增加或減少。如本文所使用，提及變量的數(shù)值范圍意味著表示本發(fā)明可以用等于那些范圍內(nèi)的任何值的該變量來實(shí)施。因此，對(duì)于本身分散的變量而言，該變量等于該數(shù)值范圍內(nèi)的任何整數(shù)值，包括該范圍的端點(diǎn)。類似地，對(duì)于本身連續(xù)的變量而言，該變量等于該數(shù)值范圍內(nèi)的任何實(shí)值，包括該范圍的端點(diǎn)。作為非限制性例子，被描述為具有0-2之間的值的變量， 如果該變量本身是分散的，其為0、1或2，如果該變量本身是連續(xù)的，其是0.0、0. 1、0.01、 0. 001或任何其他彡0且< 2的實(shí)值。如本文所使用，除非另有說明，措辭“或”用來表示“和/或”的包含性含義，而非 “任一 /或”的排它性含義。術(shù)語“平均”表示由對(duì)各數(shù)據(jù)點(diǎn)進(jìn)行至少三個(gè)獨(dú)立的重復(fù)而獲得的平均值。術(shù)語“生物活性”包括本發(fā)明大環(huán)化合物的結(jié)構(gòu)和功能性質(zhì)。例如，生物活性是結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性、α -螺旋性、靶標(biāo)親合性、對(duì)蛋白水解降解的抗性、細(xì)胞滲透性、細(xì)胞內(nèi)穩(wěn)定性、體內(nèi)穩(wěn)定性或者其任何組合。
通式(I)其中，各A、C、D和E獨(dú)立地代表天然或非天然的氨基酸；B是天然或非天然的氨基酸、氨基酸類似物、/>τΝγ、[-NH-L3-CO-]、[-NH-L3-SO2-]或[-NH-L3-]；R1和&獨(dú)立為-H、烷基、鏈烯基、炔基、芳基烷基、環(huán)烷基、環(huán)烷基烷基、雜烷基或雜環(huán)烷基，它們是未取代的或被鹵素取代的；民是氫、烷基、鏈烯基、炔基、芳基烷基、雜烷基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、環(huán)烷基烷基、環(huán)芳基(cycloaryl)或雜環(huán)芳基(heterocycloaryl，任選被&取代；L是通式-L1-L2-的大環(huán)形成連接體；L1和L2獨(dú)立為亞烷基、亞鏈烯基、亞炔基、亞雜烷基、亞環(huán)烷基、亞雜環(huán)烷基、亞環(huán)芳基、亞雜環(huán)芳基或[_R4-K-R4-]n，各基團(tuán)任選被&取代；各R4是亞烷基、亞鏈烯基、亞炔基、亞雜烷基、亞環(huán)烷基、亞雜環(huán)烷基、亞芳基或亞雜芳基；各K 是 0、S、SO、SO2, CO、CO2 或 CONR3 ；各& 獨(dú)立為鹵素、烷基、-OR6, -N(R6)2, -SR6, -SOR6, -SO2R6, -(X)2R6、熒光部分、放射性同位素或治療劑；各Ii6獨(dú)立為-H、烷基、鏈烯基、炔基、芳基烷基、環(huán)烷基烷基、雜環(huán)烷基、熒光部分、 放射性同位素或治療劑；R7是-H、烷基、鏈烯基、炔基、芳基烷基、環(huán)烷基、雜烷基、環(huán)烷基烷基、雜環(huán)烷基、環(huán)芳基或雜環(huán)芳基，各基團(tuán)任選被&，或者是與D殘基的環(huán)結(jié)構(gòu)的部分；R8是-H、烷基、鏈烯基、炔基、芳基烷基、環(huán)烷基、雜烷基、環(huán)烷基烷基、雜環(huán)烷基、環(huán)芳基或雜環(huán)芳基，各基團(tuán)任選被&，或者是與E殘基的環(huán)結(jié)構(gòu)的部分；ν和w獨(dú)立為1-1000的整數(shù)；U、χ、y和ζ獨(dú)立為0-10的整數(shù)；
CN 102203126 A說明書7/45 頁本發(fā)明一個(gè)或更多個(gè)具體實(shí)施方式
的細(xì)節(jié)在附圖
中列出并在下文中描述。本發(fā)明的其他特征、目標(biāo)和優(yōu)點(diǎn)將從說明書和附圖以及權(quán)利要求書中變得明顯。本發(fā)明的擬肽大環(huán)化合物在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明的擬肽大環(huán)化合物具有以下通式(I)
一
OO
R7
Nη是1-5的整數(shù)。在一個(gè)實(shí)施例中，至少一個(gè)R1和&是未取代或被鹵素取代的烷基。在另一個(gè)實(shí)施例中，R1和&獨(dú)立為未取代或被鹵素取代的烷基。在一些實(shí)施方式中，R1和&中的至少一個(gè)是甲基。在其他實(shí)施方式中，R1和&是甲基。在本發(fā)明的一些實(shí)施方式中，x+y+z至少是3。在本發(fā)明的其他實(shí)施方式中，x+y+z 是1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。本發(fā)明的大環(huán)化合物或大環(huán)化合物前體中的A、B、C、D或E 的各事件是獨(dú)立選擇的。例如，當(dāng)χ是3時(shí)，通式[A]x表示的序列包括其中氨基酸不相同的實(shí)施方式，例如，Gln-Asp-Ala,以及其中氨基酸相同的實(shí)施方式，例如，Gln-Gln-Gln。這適用于指定范圍中的x、y或ζ的任何值。類似地，當(dāng)u大于1，本發(fā)明的各化合物可包括相同或不同的擬肽大環(huán)化合物。例如，本發(fā)明化合物可包括含有不同連接體長度或者化學(xué)組成的擬肽大環(huán)化合物。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明的擬肽大環(huán)化合物包含二級(jí)結(jié)構(gòu)(其是α -螺旋)且& 是-H，從而允許螺旋內(nèi)氫鍵。在一些實(shí)施方式中，A、B、C、D或E中的至少一個(gè)是α，α-二取代氨基酸。在一個(gè)實(shí)施例中，B是α，α-二取代氨基酸。例如，A、B、C、D或E中的至少
一個(gè)是2-氨基異丁酸。在其他實(shí)施方式中，A、B、C、D或E中的至少一個(gè)是
權(quán)利要求
1.制備純化的擬肽大環(huán)化合物組合物的方法，包括a)使含有至少兩個(gè)能夠發(fā)生復(fù)分解反應(yīng)的部分的擬肽前體與含有金屬的復(fù)分解催化劑接觸，以產(chǎn)生粗制的擬肽大環(huán)化合物；b)純化粗的擬肽大環(huán)化合物以得到含有小于30ppm重量的金屬的純化擬肽大環(huán)化合物組合物。
2.權(quán)利要求1的方法，其中所述純化步驟包括用DMSO洗滌。
3.權(quán)利要求2的方法，其中所述純化步驟還包括至少兩個(gè)色譜純化步驟，例如通過 HPLC0
4.權(quán)利要求1的方法，其中所述純化步驟不包括結(jié)晶。
5.權(quán)利要求1的方法，其中所述擬肽大環(huán)化合物組合物含有少于20、10、5或Ippm重量的金屬。
6.權(quán)利要求1的方法，其中所述擬肽大環(huán)化合物包含螺旋，例如其中所述螺旋是α-螺旋。
7.權(quán)利要求1的方法，其中所述擬肽大環(huán)化合物包含BCL-2族成員的α-螺旋結(jié)構(gòu)域， 例如其中所述擬肽大環(huán)化合物包含ΒΗ3結(jié)構(gòu)域。
8.權(quán)利要求1的方法，其中所述擬肽大環(huán)化合物包含表1、2、3或4中的一序列的至少 60%、70%、80%或 90%。
9.權(quán)利要求1的方法，其中所述擬肽大環(huán)化合物包含將第一氨基酸連接至第二氨基酸的交聯(lián)連接體。
10.權(quán)利要求1的方法，其中所述擬肽大環(huán)化合物包含約18個(gè)原子到約沈個(gè)原子、或約四個(gè)原子到約37個(gè)原子的環(huán)。
11.權(quán)利要求1的方法，其中所述擬肽大環(huán)化合物在ΡΗ7.4下攜帶凈正電荷。
12.權(quán)利要求9的方法，其中所述第一氨基酸和第二氨基酸由3或6個(gè)氨基酸分隔。
13.權(quán)利要求9的方法，其中所述交聯(lián)連接體包含6到14個(gè)連續(xù)的鍵，或8到16個(gè)連續(xù)的鍵。
14.權(quán)利要求9的方法，其中所述交聯(lián)連接體跨越α-螺旋的1到5個(gè)圈。
15.權(quán)利要求14的方法，其中所述交聯(lián)連接體的長度為α-螺旋的每一圈約5人到約9Α。
16.權(quán)利要求9的方法，其中所述第一或第二氨基酸的α位另外被取代。
17.權(quán)利要求1的方法，其中所述擬肽大環(huán)化合物包含含有一個(gè)或多個(gè)治療劑、鹵素、 烷基、熒光部分、親和標(biāo)記、靶向部分或放射性同位素的部分。
18.權(quán)利要求1的方法，其中所述擬肽大環(huán)化合物組合物含有濃度為約0.5ppm到約 IOppm重量的金屬。
19.權(quán)利要求1的方法，其中所述復(fù)分解催化劑包括釕或鋨催化劑。
20.權(quán)利要求1的方法，其中所述復(fù)分解催化劑包含一個(gè)或多個(gè)取代基，其選自碘、溴、 氯、苯基、碳烯、環(huán)己基、膦、三環(huán)己基膦、咪唑或苯亞甲基。
21.權(quán)利要求1的方法，其中所述擬肽前體結(jié)合到固體載體上。
22.權(quán)利要求1的方法，其中所述復(fù)分解催化劑結(jié)合到固體載體上。
23.權(quán)利要求1的方法，其中所述擬肽大環(huán)化合物組合物包含擬肽大環(huán)化合物的藥學(xué)可接受的鹽，例如鹽酸鹽或醋酸鹽。
24.權(quán)利要求1的方法，其中所述擬肽大環(huán)化合物組合物可安全地施用于受試者。
25.α -螺旋擬肽大環(huán)化合物組合物，含有a)α -螺旋擬肽大環(huán)化合物，其包含連接第一氨基酸至第二氨基酸的交聯(lián)連接體；和b)釕或鋨，其濃度為約0.5ppm到約30ppm重量。
26.權(quán)利要求25的組合物，進(jìn)一步地其中所述氨基酸中的至少一個(gè)是α，α-二取代氨基酸，例如其中所述第一或第二氨基酸是α，α-二取代的。
27.權(quán)利要求25的組合物，其中所述第一氨基酸和第二氨基酸由3個(gè)氨基酸分隔。
28.權(quán)利要求27的組合物，其中所述交聯(lián)連接體包含6到14個(gè)連續(xù)的鍵，或8到12個(gè)連續(xù)的鍵。
29.權(quán)利要求25的組合物，其中所述第一氨基酸和第二氨基酸由6個(gè)氨基酸分隔。
30.權(quán)利要求四的組合物，其中所述交聯(lián)連接體包含8到16個(gè)連續(xù)的鍵，或10到13 個(gè)連續(xù)的鍵。
31.權(quán)利要求25的組合物，其中所述交聯(lián)連接體跨越α-螺旋的1到5個(gè)圈，例如 α-螺旋的1或2個(gè)圈。
32.權(quán)利要求31的組合物，其中所述交聯(lián)連接體的長度為α-螺旋的每一圈約5A到約9Α。
33.權(quán)利要求32的組合物，其中所述擬肽大環(huán)化合物在ρΗ7.4下攜帶凈正電荷。
34.權(quán)利要求25的組合物，其中所述擬肽大環(huán)包含一種或多種治療劑、鹵素、烷基、熒光部分、親和標(biāo)記、靶向部分或放射性同位素。
35.權(quán)利要求25的組合物，其中所述金屬包括復(fù)分解催化劑或復(fù)分解催化劑的衍生物。
36.權(quán)利要求35的組合物，其中所述復(fù)分解催化劑包含碘、溴、氯、苯基、碳烯、環(huán)己基、 膦、三環(huán)己基膦、咪唑或苯亞甲基。
37.權(quán)利要求25的組合物，包含總濃度小于約30、20、10、5或Ippm重量的金屬。
38.權(quán)利要求25的組合物，其中所述擬肽大環(huán)化合物包括其藥學(xué)可接受的鹽，例如鹽酸鹽或醋酸鹽。
全文摘要
本發(fā)明涉及純化的擬肽大環(huán)化合物。本發(fā)明還提供制備和使用這種大環(huán)化合物(例如在治療應(yīng)用中)的方法。
文檔編號(hào)A61K38/17GK102203126SQ200980142517
公開日2011年9月28日 申請(qǐng)日期2009年9月22日 優(yōu)先權(quán)日2008年9月22日
發(fā)明者C·雷泰瑟, H·M·納什, M·雅丹扎, 紀(jì)之 川端 申請(qǐng)人:愛勒讓治療公司