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背景技術(shù)：
：：幾種類型的植入式電子心臟裝置可用于治療心跳驟停(SuddenCardiacArrest，SCA)、心因性猝死(SuddenCardiacDeath，SCD)或心力衰竭(HeartFailure，HF)中的任一種：植入式心律轉(zhuǎn)復(fù)除顫器(ImplantableCardioverterDefibrillator，ICD)、心臟再同步治療(CardiacResynchronizationTherapy，CRT)起搏器或包括除顫技術(shù)的組合CRT起搏器(CRT-D)。ICD和CRT-D裝置可提高存活率，因?yàn)樗鼈儗π奶E停(SCA)或心因性猝死(SCD)風(fēng)險高的患者可有效進(jìn)行一級和二級預(yù)防，并且可有效終止危及生命的心室性心動過速心律失常，如心室性心博過速(ventriculartachycardia，VT)和心室顫動(ventricularfibrillation，VF)。對于許多患者來說，ICD指示各種心臟相關(guān)性疾病，包括心肌梗塞、缺血性心臟病、冠狀動脈疾病、遺傳性或獲得性心肌病和心力衰竭。CRT和CRT-D裝置有效治療患有心力衰竭(HF)和/或左心室收縮性功能障礙(leftventricularsystolicdysfunction，LVSD)的患者，并可減少再住院，并且提高這些患者群的功能狀態(tài)和生活品質(zhì)。心室性心博過速(VT)、心室顫動(VF)和SCA/SCD也可通過使用藥理學(xué)療法來抑制或治療。這些藥理學(xué)療法通常被稱作抗心律失常藥(anti-arrhythmicdrugs，AAD)并且基于作用機(jī)制進(jìn)一步被細(xì)分(例如，I類、II類和III類)。AAD可單獨(dú)使用或與ICD或CRT-D組合使用。盡管此類療法有效用于SCA、SCD、HF或阻滯預(yù)防，但是由于缺少識別易感患者的SCD、SCA或HF風(fēng)險的可靠方法，因此可受益于這些療法的許多患者不接受指定裝置或藥物。已經(jīng)提出左心室功能、臨床共同罹病率、QRS持續(xù)時間和各種電生理檢驗(yàn)方法作為篩選潛在心律失常死亡風(fēng)險高的患者的標(biāo)準(zhǔn)。然而，風(fēng)險分層仍不能令人滿意，因?yàn)槠渲饕褂脝我慌R床標(biāo)記(即左心室射血分?jǐn)?shù))來進(jìn)行。這個標(biāo)記不僅對于識別當(dāng)前指定ICD患者是不完美的，而且它不包括在其他方面無癥狀的處于猝死風(fēng)險的大部分人群。可受益于ICD或CRT-D但不是當(dāng)前指定的許多患者可基于其遺傳傾向性而被識別。觀測研究表明可存在對于心因性猝死的風(fēng)險的獨(dú)立遺傳學(xué)貢獻(xiàn)。然而，傳統(tǒng)的離子通道基因的探索和全基因組關(guān)聯(lián)研究(genome-wideassociationstudies，GWAS)已經(jīng)僅識別小部分的SCD的遺傳學(xué)貢獻(xiàn)。此外，并不存在對于單獨(dú)一種或多種包括關(guān)于快速性心律失常事件的信息的診斷遺傳標(biāo)記或與遺傳標(biāo)記結(jié)合的組合的平臺。存在對處于SCA、SCD或HF中的任一種的風(fēng)險的患者的風(fēng)險分層的遺傳學(xué)根據(jù)的需要。還存在對于如本文中識別的用于識別可受益于單獨(dú)ICD和CRT-D裝置或與藥物治療組合的患者的遺傳標(biāo)記、試劑盒和方法、電子計(jì)算機(jī)方法的需要。技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素：適用于評定心因性猝死(SCD)、心跳驟停(SCA)和心力衰竭(HF)的風(fēng)險的組合物、多核苷酸、探針、試劑盒、方法、計(jì)算機(jī)系統(tǒng)和遺傳標(biāo)記是本文所提供的。本發(fā)明的組合物、多核苷酸、探針、試劑盒、方法、計(jì)算機(jī)系統(tǒng)和遺傳標(biāo)記可基于評定一種或多種與心室性心律失常(VA)、心跳驟停(SCA)、心因性猝死(SCD)或心力衰竭(HF)中的任一種相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性(SNP)的存在提供對于可用ICD或CRT-D治療的那些患者的患者選擇。在任何實(shí)施例中，可針對包含于在SEQIDNO.1-2中的核苷酸序列中的任一個中的SNP評定遺傳樣本。在任何實(shí)施例中，一種或多種與使用抗心律失常藥(AAD)治療處于心室性心律失常(VA)、心跳驟停(SCA)、心因性猝死(SCD)或心力衰竭(HF)的風(fēng)險的患者相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性(SNP)的系統(tǒng)包含具有用算法編程的計(jì)算機(jī)處理器和與編程的處理器通信的一種或多種遺傳學(xué)數(shù)據(jù)庫的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)。在任何實(shí)施例中，編程的計(jì)算機(jī)處理器可用于針對所描述的病況或治療中的任一個診斷患者，和/或?qū)τ谠诎讷@自患者和/或獲自一種或多種遺傳學(xué)數(shù)據(jù)庫的一種或多種遺傳樣本中的DNA中所檢測的一種或多種已知SNP推算p值。本發(fā)明的第一方面涉及用于用抗心律失常藥(AAD)治療患者的經(jīng)分離核酸分子，其中患者患有心室性心律失常(VA)、心跳驟停(SCA)、心因性猝死(SCD)或心力衰竭(HF)?；颊呖删哂邪谠赟EQIDNO.1-2中的核苷酸序列中的任一個中的單核苷酸多態(tài)性(SNP)。經(jīng)分離核酸可重疊在SEQIDNO.1-2中的任一個中的多態(tài)位置。本發(fā)明的第二方面涉及用于使用其中的遺傳標(biāo)記評定VA、SCD、SCA或HF的風(fēng)險的診斷試劑盒和方法，提供具有至少一種用于評定一種或多種與VA、心跳驟停(SCA)、心因性猝死(SCD)或心力衰竭(HF)中的任一種相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性(SNP)在遺傳樣本中的存在的探針，其中SNP包含于在SEQIDNO.1-2中的核苷酸序列中的任一種中。本發(fā)明的第三方面涉及用于用抗心律失常藥(AAD)或生物治療治療患有VA、心跳驟停(SCA)、心因性猝死(SCD)或心力衰竭(HF)的患者的伴隨診斷，其中SNP包含于在本發(fā)明所涵蓋的SEQIDNO.1-2中的核苷酸序列中的任一個中。本發(fā)明的第四方面涉及使用診斷試劑盒和方法辨別具有對VA、SCD、SCA或HF增加的易感性的患者的方法，還提供包括各種DNA微陣列、通過單獨(dú)或與其它標(biāo)記組合使用遺傳標(biāo)記的電子計(jì)算機(jī)方法，其中至少一種探針用于評定一種或多種與VA、心跳驟停(SCA)、心因性猝死(SCD)或心力衰竭(HF)中的任一種相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性(SNP)在遺傳樣本中的存在，其中SNP包含于在SEQIDNO.1-2中的核苷酸序列中的任一個中。DNA微陣列可為原位合成的寡核苷酸、點(diǎn)樣材料的隨機(jī)或非隨機(jī)組裝的基于珠粒的陣列和機(jī)械組裝陣列，其中材料可為寡核苷酸、cDNA克隆或聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)擴(kuò)增子。具體地說，提供一種用于檢測在遺傳樣本中一種或多種VA、SCA、SCD或HF相關(guān)的多態(tài)性的診斷試劑盒，其具有至少一種用于評定在SEQIDNO.1-2中的任一個中單核苷酸多態(tài)性(SNP)存在的探針。還提供一種用于檢測在遺傳樣本中一種或多種SCA、SCD或HF相關(guān)的多態(tài)性的DNA微陣列，其由至少一種用于評定在SEQIDNO.1-2中的任一個中單核苷酸多態(tài)性(SNP)的存在的探針制成。本發(fā)明的第一方面、第二方面、第三方面和第四方面涵蓋一種用于檢測一種或多種與可用CRT-D或ICD治療的VA、SCA、SCD或HF相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性(SNP)的診斷試劑盒，其包含至少一種探針，其用于評定所述一種或多種SNP在遺傳樣本中的存在，SNP選自以下序列中的任一個：由本發(fā)明的第一方面、第二方面、第三方面和第四方面所涵蓋的是包含對于主要或次要等位基因足以識別具有選自SEQIDNO.1-2中的任一個的單核苷酸多態(tài)性(SNP)的核苷酸序列的任何長度的互補(bǔ)序列的多核苷酸，其中互補(bǔ)序列的長度在約12至101個核苷酸之間，側(cè)接在5'或3'側(cè)上的多態(tài)位置，并且重疊在SEQIDNO.1-2中的任一個中表示SNP的多態(tài)位置。具體來說，核苷酸長度可用n描述下限，并且用(n+i)描述上限，對于和舉例來說，經(jīng)分離核苷酸或其互補(bǔ)序列對于n＝12，對于每個長度可為約12到13個核苷酸，或約12到14、12到15、12到17、12到18、…、12到99、12到100、12到101，只要重疊在SEQIDNO.1-2中的任一個中的多態(tài)位置。類似地，經(jīng)分離核苷酸或其互補(bǔ)序列的長度可為約15至101、17至101、19至101、21至101、24至101、26至101個核苷酸，或長度為15至50、17至50、19至50、21至50、24至50、26至50個核苷酸，等。主要或次要等位基因均可探測。在本發(fā)明的第一方面、第二方面、第三方面或第四方面中的任一個中，SNP可為雙等位的或多等位的?；パa(bǔ)序列可為等位基因特異性探針或引物。優(yōu)選的引物長度可為25至35、18至30、17至24、15至101、17至101、19至101、21至101、24至101、26至101、15至50、17至50、19至50、21至50、24至50和26至50個核苷酸。優(yōu)選的長度為52個核苷酸，其中多態(tài)性在位置26或27處。進(jìn)一步涵蓋包含體現(xiàn)于SEQIDNO.1-2中的任一個或其互補(bǔ)序列的SNP、重疊多態(tài)位置的擴(kuò)增的核苷酸，其中擴(kuò)增的核苷酸的長度在12和101個堿基對之間，用n描述下限并且用(n+i)描述上限，對于和在經(jīng)分離核苷酸中的核苷酸和其互補(bǔ)序列的數(shù)量的下限可在來自SEQIDNO.1-2中的任一個中的位置26至28的約12個堿基對范圍內(nèi)，以使得多態(tài)位置通過單個堿基對至足以充分識別或產(chǎn)生雜交的任何數(shù)目的堿基對側(cè)接在5′和3′側(cè)上，所述堿基對側(cè)接SNP的5′和3′側(cè)。核苷酸的下限可為約12至101個堿基對，用n描述下限并且用(n+i)描述上限，對于和最佳的長度可由本領(lǐng)域普通技術(shù)人員確定。由本領(lǐng)域普通技術(shù)人員確定的最佳長度可超出101個堿基對也是可以理解的。在本發(fā)明的第一方面、第二方面、第三方面或第四方面中的任一個中，探針可由電學(xué)、熒光或放射性裝置檢測。擴(kuò)增的DNA樣本可用可檢測標(biāo)記來標(biāo)記。探針可固定到固體載體。雜交的存在可通過光譜學(xué)、光化學(xué)、生物化學(xué)、免疫化學(xué)、電學(xué)、光學(xué)和化學(xué)裝置中的任一個檢測可檢測標(biāo)記在固體載體上的位置來確定。在本發(fā)明的第一方面、第二方面、第三方面或第四方面中的任一個中，SNP可包含GNAS基因的亞單元C393T的TT基因型和GNAS基因的亞單元C2273T的TT基因型中的至少一種。本發(fā)明的第五方面涵蓋一種用于檢測一種或多種與可用CRT-D或ICD治療的VA、SCA、SCD或HF相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性(SNP)的系統(tǒng)，其包含具有用MACH算法編程的計(jì)算機(jī)處理器和與編程的處理器通信的一種或多種遺傳學(xué)數(shù)據(jù)庫的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，其中編程的計(jì)算機(jī)處理器用于對于在包含于獲自患者和/或獲自一種或多種遺傳學(xué)數(shù)據(jù)庫的一種或多種遺傳樣本中的DNA中所檢測的一種或多種已知SNP推算p值，并且其中低的p值指示與可用CRT-D或ICD治療的VA、SCA、SCD或HF的關(guān)聯(lián)。本發(fā)明的第六方面涵蓋一種適用于預(yù)測可用CRT-D或ICD治療的VA、SCA、SCD或HF的經(jīng)分離核酸分子，其包含具有單核苷酸多態(tài)性(SNP)的核苷酸序列。本發(fā)明的第七方面涵蓋一種辨別一個或多個患者為具有對可用CRT-D或ICD治療的SCA、SCD或HF的增加或減小的易感性的方法，其包含以下步驟：對于在包含于獲自患者和/或獲自一種或多種遺傳學(xué)數(shù)據(jù)庫的一種或多種遺傳樣本中的DNA中所檢測的一種或多種已知SNP推算p值，并且其中低于對于多重比較(即，Bonferroni校正)可控制的α的閾值(即，α＝0.05或0.01)的p值指示對可用CRT-D或ICD治療的VA、SCA、SCD或HF的增加的易感性。本發(fā)明的第八方面涵蓋一種檢測與可用CRT-D或ICD治療的VA、SCASCD或HF相關(guān)的多態(tài)性的方法，其包含以下步驟：從生物樣本提取遺傳材料并且篩選所述遺傳材料用于在SEQIDNO.1-2中的任一個中的至少一種單核苷酸多態(tài)性(SNP)。本發(fā)明的第九方面涵蓋一種辨別一個或多個患者為具有對可用CRT-D或ICD治療的VA、SCA、SCD或HF的增加或減小的易感性的方法，其包含以下步驟：確定在SEQIDNO.1-2中的任一個中的至少一種單核苷酸多態(tài)性(SNP)在獲自所述一個或多個患者的核酸樣本中的存在或不存在并且基于所述確定評定對SCA的易感性。本發(fā)明的第十方面涵蓋一種適用于預(yù)測可用CRT-D或ICD治療的VA、SCA、SCD或HF的多核苷酸，其包含具有在SEQIDNO.1-2中的任一個中的多態(tài)位置處的單核苷酸多態(tài)性(SNP)的核苷酸序列。本發(fā)明的第十一方面涵蓋一種擴(kuò)增的多核苷酸，其包含選自SEQIDNO.1-2或其互補(bǔ)序列的單核苷酸多態(tài)性(SNP)。本發(fā)明涵蓋一種用于確定一種或多種與可用CRT-D或ICD治療的VA、SCA、SCD或HF相關(guān)的多態(tài)性在遺傳樣本中存在或不存在的DNA微陣列，其包含至少一種用于檢測在SEQIDNO.1-2中的任一個中的單核苷酸多態(tài)性(SNP)的探針。本發(fā)明的第十二方面涵蓋一種確定一個或多個具有對VA、SCA、SCD或HF的增加或減小的易感性的患者的風(fēng)險得分的方法，其中確定在SEQIDNO.1-2中的任一個中的至少一種單核苷酸多態(tài)性(SNP)在獲自所述一個或多個患者的核酸樣本中的存在或不存在，并且然后確定次要等位基因的數(shù)量，且然后基于所述確定評定對SCA的增加或減小的易感性。本發(fā)明還涵蓋一種基于SEQIDNO.1-2在獲自所述一個或多個患者的核酸樣本中的單倍型嵌段內(nèi)是否處于高連鎖不平衡來確定一個或多個具有對VA、SCA、SCD或HF的增加或減小的易感性的患者的風(fēng)險得分的方法。本發(fā)明的第十三方面涵蓋用于識別和/或治療對于β-阻滯劑不是最佳候選且可具有較高風(fēng)險的CRT無響應(yīng)的患者的方法。本領(lǐng)域的技術(shù)人員將認(rèn)識到存在于個體核酸中的一個或若干種SNP標(biāo)記中的核苷酸的分析可通過能夠確定存在于多態(tài)位點(diǎn)處的核苷酸的任何方法或技術(shù)完成。本領(lǐng)域的技術(shù)人員還應(yīng)了解存在于SNP標(biāo)記中的核苷酸可從任一核酸鏈或兩條鏈確定。除非另外限定，否則本文所使用的所有技術(shù)和科學(xué)術(shù)語具有與本發(fā)明所屬領(lǐng)域的普通技術(shù)人員通常理解相同的含義。本文描述了用于本發(fā)明的方法和材料；還可使用本領(lǐng)域中已知其它合適的方法和材料。材料、方法和實(shí)例僅是說明性的并非旨在為限制性的。本文所提及的所有公開案、專利申請、專利、序列、數(shù)據(jù)庫條目和其它參考文獻(xiàn)以全文引用的方式并入。在矛盾的情況下，將以本說明書(包括定義)為準(zhǔn)。附圖說明當(dāng)結(jié)合附圖研讀時，將參考本公開的具體實(shí)施例的以下詳細(xì)描述而最好地理解本發(fā)明的上述和其他特征和方面，其中：圖1為DISCOVERY研究設(shè)計(jì)的流程圖。圖2為描繪當(dāng)裝置植入具有較低風(fēng)險的患者中時，對于治療所觀測的需治數(shù)(NumberNeededtoTreat，“NNT”)增加的柱狀圖。圖3為與現(xiàn)有醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)結(jié)合的基因檢驗(yàn)的操作的流程圖。圖4為指示在研究執(zhí)行內(nèi)患者流程的細(xì)節(jié)的對于DISCOVERY研究的CONSORT圖。圖5為示出對于GNASc393C>T和GNASc2273C>T的DISCOVERY研究的單變量結(jié)果作為事件的發(fā)生率與第一快速VT或上次訪問的時間的曲線圖。圖6為示出單倍型可由2273和2291SNP識別的改編自Frey等人，歐洲心臟雜志(EuropeanHeartJournal)(2009)的圖。圖7為示出對于GNASc393C>T和GNASc2273C>T的組合基因型對的DISCOVERY研究的結(jié)果作為事件的發(fā)生率與第一快速VT或上次訪問的時間的曲線圖。圖8示出在事件(心律失常)的發(fā)生率相對于風(fēng)險天數(shù)的卡普蘭-梅爾(KaplanMeier)曲線中在具有缺血性和非缺血性心肌病的病史的受試者中的心律失常事件。圖9為示出對于在GNASc393C>T或GNASc2273C>T中的T等位基因純合性的DISCOVERY研究的結(jié)果的作為事件的發(fā)生率與風(fēng)險天數(shù)的曲線圖。圖10示出在基因序列中GNASc393C>T或GNASc2273C>T的位置及其之間的距離。圖11示出了示出對于在GNASc393C>T或GNASc2273C>T中的純合性的DISCOVERY研究的結(jié)果作為緩慢VT區(qū)域事件的發(fā)生率與風(fēng)險天數(shù)的曲線圖。圖12示出了示出對于在GNASc393或GNASc2273中的純合性的DISCOVERY研究的結(jié)果作為中等VT區(qū)域事件的發(fā)生率與風(fēng)險天數(shù)的曲線圖。圖13示出了示出對于在GNASc393或GNASc2273中的純合性的DISCOVERY研究的結(jié)果作為快速VT區(qū)域事件的發(fā)生率與風(fēng)險天數(shù)的曲線圖。圖14示出了示出對于在GNASc393或GNASc2273中的純合性的DISCOVERY研究的結(jié)果作為第一休克事件與風(fēng)險天數(shù)的曲線圖。圖15示出了示出對于在GNASc393或GNASc2273中的純合性的DISCOVERY研究的結(jié)果作為第一ATP治療事件與風(fēng)險天數(shù)的曲線圖。圖16示出了示出對于在GNASc393或GNASc2273中的純合性的DISCOVERY研究的結(jié)果作為第一治療事件與風(fēng)險天數(shù)的曲線圖。具體實(shí)施方式本發(fā)明的第一方面到第十三方面涉及使用核酸分子預(yù)測心室性心律失常(VA)、心因性猝死(SCD)、心跳驟停(SCA)和心力衰竭(HF)的組合物、多核苷酸、探針、試劑盒、方法、計(jì)算機(jī)系統(tǒng)和遺傳標(biāo)記，所述核酸分子具有在SEQIDNO.1-2中的任一個中的單核苷酸多態(tài)性(SNP)，其可用于診斷、辨別和檢測對可用已知藥理學(xué)、生物或裝置治療來治療的VA、SCD、SCA或HF的易感性以防止、抑制或治療VA、SCD、SCA或HF，如CRT-D或ICD。定義除非另外定義，否則本文所使用的所有技術(shù)和科學(xué)術(shù)語都具有與本發(fā)明所屬領(lǐng)域的普通技術(shù)人員通常所理解的相同含義。為了本發(fā)明的目的，下文定義以下術(shù)語。除非上下文另外明確規(guī)定，否則術(shù)語“一個”、“一種”以及“所述”包括多個指代物。短語“附著到基板”是指將DNA的探針連接到基板以使得目標(biāo)樣本與探針結(jié)合或雜交的方法。基板的表面經(jīng)化學(xué)制備或衍生化以能夠?qū)崿F(xiàn)或促進(jìn)分子物質(zhì)連接或附著到陣列基板的表面。在下文中更詳細(xì)地描述這個方法?！暗任换颉睘檎紦?jù)特定染色體或鍵結(jié)構(gòu)中相同基因座且不同于在一個或多個突變位點(diǎn)處的基因座的其它等位基因的兩種或更多種替代形式基因的中的一個。Rieger等人，《遺傳學(xué)表(GlossaryofGenetics)》，第5版，柏林的施普林格出版社(Springer-Verlag,Berlin)1991；16。等位基因特異性寡聚物(“ASO”)是指具有目標(biāo)特異性部分和目標(biāo)識別部分的主要寡核苷酸，所述識別部分可查詢在SNP基因座處的等位基因的識別。主要基團(tuán)的ASO的目標(biāo)特異性部分可鄰近于目標(biāo)特異性部分雜交并且可通過本領(lǐng)域的技術(shù)人員眾所周知的方法制得。如本文所使用的術(shù)語“擴(kuò)增的多核苷酸”或“擴(kuò)增的核苷酸”是指為一部分特定多核苷酸序列和/或其互補(bǔ)序列的拷貝的多核苷酸或核苷酸，其對應(yīng)于模板多核苷酸序列和其互補(bǔ)序列。根據(jù)本發(fā)明的“擴(kuò)增的多核苷酸”或“擴(kuò)增的核苷酸”可為DNA或RNA，并且其可為雙鏈或單鏈?！胺戳x”鏈為對于翻譯成蛋白的RNA在雙鏈DNA中編碼的一條鏈。對于RNA不編碼的鏈被稱作“正義”鏈。反義DNA為帶有通過結(jié)合到對應(yīng)信使RNA(mRNA)制備蛋白質(zhì)所必需的信息的鏈。雖然反義和正義鏈兩者是彼此的鏡像，但是僅反義鏈包含用于制備蛋白質(zhì)的信息?！胺戳x化合物”是與標(biāo)靶核酸分子至少部分互補(bǔ)的低聚物化合物，所述化合物雜交到標(biāo)靶核酸分子。在某些實(shí)施例中，反義化合物調(diào)制(增大或減小)靶核酸的表達(dá)。反義化合物包括但不限于為寡核苷酸、寡核苷、寡核苷酸類似物、寡核苷酸模擬物和其嵌合組合的化合物。因此，當(dāng)所有反義化合物是低聚物化合物時，不是所有低聚物化合物都是反義化合物。短語“評定”一種或多種SNP在遺傳樣本中的“存在”涵蓋可經(jīng)實(shí)施以確定多態(tài)性是否存在于遺傳樣本中的任何已知方法。舉例來說，獲自遺傳樣本的擴(kuò)增DNA可在與探針在固體載體上雜交之前被標(biāo)記。擴(kuò)增DNA與探針雜交，所述探針固定到在固體載體上的已知位置，例如在陣列、微陣列、高密度陣列、珠?；蛭⒘康味ūP中。與固體載體雜交的標(biāo)記的擴(kuò)增DNA產(chǎn)物的存在指示核酸樣本包含指示多態(tài)性的在多態(tài)基因座處的核苷酸。在固體載體上相異位置處的標(biāo)記的量可被比較，并且可對獲得DNA的樣本確定基因型。兩對或更多對引物可用于確定樣本的基因型。每對引物特異地?cái)U(kuò)增在給定SNP下可能的不同等位基因。此外，將理解“評定”涵蓋不論通過探針的雜交或現(xiàn)有基因組數(shù)據(jù)庫的電子算法掃描以確定SNP是否存在于數(shù)據(jù)庫中而足以識別SNP或產(chǎn)生識別的本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員已知任何方法，所述探針的雜交使得存在足夠的特異性和靈敏性以檢測和識別SNP序列或產(chǎn)生雜交。對于檢測用于雜交的SNP的探針的最佳探針長度、位置和數(shù)量或用于遺傳學(xué)數(shù)據(jù)庫的電子訊問的最佳算法可根據(jù)對于識別SNP的各種需要而變化。“雙等位的”和“多等位的”是指分別占據(jù)特定染色體或鍵結(jié)構(gòu)中相同基因座且不同于在多態(tài)位點(diǎn)處的基因座的其它等位基因的兩種或多于兩種替代形式的SNP。術(shù)語“生物治療”或“生物學(xué)治療”是指使患者的身體對抗疾病的治療。在任何實(shí)施例中，生物治療可是指使用基因治療以改良致病基因或?qū)⑻峁辜膊〉男滦突蛞牖颊唧w內(nèi)。術(shù)語“伴隨診斷”是指生物標(biāo)記如SNP、測量蛋白質(zhì)、基因水平或特異性突變的分子測定、或用于提供患者可對患者病狀的治療起反應(yīng)還是不對患者病癥的治療起反應(yīng)的信息的任何診斷。術(shù)語“包含”包括但不限于在詞語“包含”之后的任何事物。因此，該術(shù)語的使用指示所列要素是必需或必選的，但其它要素是任選的并且可存在或可不存在。術(shù)語“由……組成”包括并且限于在短語“由……組成”之后的任何事物。因此，該短語指示受限要素是必需或必選的，并且不可存在其它要素。短語“主要由…組成”包括短語后所列的任何要素，并且限于不干擾或影響本公開中規(guī)定的所列要素的活性或作用的其它要素。因此，該短語指示所列要素是必需或必選的，但其它要素是任選的并且根據(jù)它們是否影響所列要素活性或作用而可存在或可不存在。本文所使用的術(shù)語“重疊群(contigs)”為詞“相鄰(contiguous)”的縮寫，用于描述一起表示DNA的共識區(qū)域的一組重疊DNA片段。術(shù)語“心臟再同步治療”、“CRT起搏器”、“CRT裝置”共同地是指用于雙心室起搏以幫助改善心臟律動和與心力衰竭相關(guān)的癥狀的醫(yī)療器件和治療。一般來說，該術(shù)語是指協(xié)調(diào)兩個心室的泵送以改善心力衰竭患者的心率。“CRT-D”為具有除顫器如植入式心律轉(zhuǎn)復(fù)除顫器(ICD)和CRT裝置兩者的裝置。術(shù)語“檢測”用于描述用于檢測的任何已知方法。舉例來說，核酸可通過雜交、一種或多種連接到靶核酸的標(biāo)記的觀測或本領(lǐng)域的技術(shù)人員已知的任何其它適宜手段檢測。標(biāo)記可通過使用末端轉(zhuǎn)移酶和熒光標(biāo)記核苷酸來標(biāo)記擴(kuò)增DNA產(chǎn)物而并入。有用的可檢測標(biāo)記包括可通過光譜學(xué)、光化學(xué)、生物化學(xué)、免疫化學(xué)、電學(xué)、光學(xué)或化學(xué)裝置檢測的標(biāo)記。放射性標(biāo)記可使用照相膠片或閃爍計(jì)數(shù)器檢測。熒光標(biāo)記可使用光檢測器檢測。如用于短語“檢測一種或多種單核苷酸多態(tài)性(SNP)”中的術(shù)語“檢測”是指用于確定在一位置處識別核苷酸的任何合適的方法，包括但不限于測序、等位基因特異性雜交、引物特異性延伸、寡核苷酸連接測定、限制酶位點(diǎn)分析和單鏈構(gòu)象多態(tài)性分析?！霸\斷試劑盒”意指為不管單獨(dú)使用還是組合使用的試劑、試劑產(chǎn)品、校驗(yàn)儀、控制材料、試劑盒、儀器、裝置、設(shè)備或系統(tǒng)的任何醫(yī)療器件，其用于檢查試樣(包括來自患者的血液和組織捐獻(xiàn)、基因樣本)，單獨(dú)或主要出于提供關(guān)于生理或病理的狀態(tài)或關(guān)于先天性異常的信息或確定與潛在性接受者的安全和相容性或者監(jiān)測治療測量的目的。本發(fā)明的具體“診斷試劑盒”在本文中更全面地定義。術(shù)語“提取”信息或遺傳材料大體上涵蓋可觀測基因信息如遺傳材料的核苷酸序列、多態(tài)性或其它特性并且以本領(lǐng)域普通技術(shù)人員已知的任何手段將其處理成電子、模擬或其它形式的信息的任何方法。術(shù)語“隱馬爾可夫模型(HiddenMarkovModel，HMM)”描述用于確定尚未觀測到或“隱藏”的狀態(tài)的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法。HMM通?；隈R爾可夫鏈，其描述其中觀測的可能性取決于多個先前觀測的一系列觀測。對于HMM，馬爾可夫過程自身不可被觀測，但僅在序列中的步驟可被觀測。如本文所使用，“雜交”被定義為兩種核苷酸序列基于兩種核苷酸序列的互補(bǔ)程度彼此結(jié)合的能力，其反過來基于互補(bǔ)核苷酸對的匹配分?jǐn)?shù)。在給定序列中與另一序列互補(bǔ)的核苷酸越多，可用于雜交的條件越嚴(yán)格并且兩種序列結(jié)合的特異性將越大。通過升高溫度、增加共溶劑比率、降低鹽濃度等等實(shí)現(xiàn)增加的嚴(yán)格度。嚴(yán)格條件是探針可與其目標(biāo)子序列而不是其它序列雜交的條件。嚴(yán)格條件是與序列相關(guān)的，并且隨情況不同而不同。較長序列在較高溫度下特異性地雜交。一般來說，選擇嚴(yán)格條件為比規(guī)定的離子強(qiáng)度pH值下的特異性序列的熱熔點(diǎn)(Tm)低約5℃。Tm為50％的與靶序列互補(bǔ)的探針與靶序列在均衡狀態(tài)下雜交的溫度(在規(guī)定的離子強(qiáng)度、pH和核酸濃度下)。通常，嚴(yán)格條件包括在pH7.0至8.3下至少約0.01M至1.0MNa離子濃度(或其它鹽)的鹽濃度，并且對于短探針(例如，10至50個核苷酸)溫度為至少約30℃。嚴(yán)格條件還可用不穩(wěn)定試劑如甲酰胺或四烷基銨鹽的添加來實(shí)現(xiàn)。舉例來說，SxSSPE(750mMNaCl、50mMNa磷酸鹽、5mMEDTA、pH7.4)的條件和25℃到30℃的溫度適用于等位基因特異性探針雜交。Sambrook等人，《分子克隆(MolecularCloning)》，1989。植入式心律轉(zhuǎn)復(fù)除顫器(ICD)為植入由于心室顫動和/或心室性心博過速而處于心因性猝死風(fēng)險的患者體內(nèi)的小電池供電的電脈沖發(fā)生器。該裝置經(jīng)編程以經(jīng)由電能傳遞或抗心博過速起搏來檢測心律失常和治療心律失常。電能可為低壓(例如，起搏治療)或高壓(例如，休克)或其組合。心律失常包括心房和心室性心律失常兩者，包括過慢(緩慢型心律失常)或過快(快速心律失常)的那些心節(jié)律。ICD可具有傳遞心房和心室治療用于治療心律失常的能力，并且還可包括在患有充血性心力衰竭的患者體內(nèi)傳遞雙心室起搏(類似于獨(dú)立CRT)的能力。如本文所使用，“對于超出測試樣本的范圍的一種或多種SNP推算p值”意指使用本文中所描述的方法，數(shù)學(xué)上將p值歸因于不存在于用于特異性實(shí)驗(yàn)或研究的測試微芯片上的一種或多種已知和記錄的SNP。使用獲自測試微芯片的p值，對于其它已知SNP，可使用“算法”或“算法”(如本文所述的那些)數(shù)學(xué)上推算p值。短語“在通信中”意指本發(fā)明的的系統(tǒng)的要素是直接地或遠(yuǎn)程如此連接，使得數(shù)據(jù)可為在所述要素中和在所述要素之間通信。短語“增加的易感性”、“減小的易感性”或術(shù)語“風(fēng)險”通常涉及當(dāng)前或在將來某個時刻發(fā)生特定事件的可能或概率。確定對醫(yī)學(xué)疾病、病癥或病狀的易感性的增加或減小涉及“風(fēng)險分層”或“評定易感性”，它是指允許醫(yī)生和其它本領(lǐng)域技術(shù)人員從低到高范圍的產(chǎn)生特定疾病、病癥或病狀的風(fēng)險對患者進(jìn)行分類的已知臨床風(fēng)險因素的分析。短語“指示關(guān)聯(lián)”或“與……相關(guān)”意指統(tǒng)計(jì)分析通過例如p值表明SNP可與特定醫(yī)學(xué)疾病、病狀或病癥有關(guān)。術(shù)語“經(jīng)分離”是指已經(jīng)從其天然細(xì)胞環(huán)境去除的核酸或其片段。如本文所使用關(guān)于核酸分子的術(shù)語“經(jīng)分離”是指兩個序列不緊密相鄰的核酸，所述序列在其來自的生物體的天然存在基因組中是緊密相鄰的。術(shù)語“經(jīng)分離”還包括任何非天然存在的核酸，因?yàn)榇祟惞こ袒蛉斯ず怂岱肿釉谔烊淮嬖诘幕蚪M中不具有緊密相鄰的序列。“遺傳學(xué)數(shù)據(jù)庫”通常是指包含基因序列信息的數(shù)據(jù)庫。術(shù)語“遺傳材料”和/或“遺傳樣本”是指尋求獲自多種來源(包括但不限于全血、組織活檢、淋巴、骨髓、毛發(fā)、皮膚、唾液、口腔拭子、純化樣本通常，經(jīng)培養(yǎng)細(xì)胞和溶解細(xì)胞)的核酸序列，并且可包含多種不同的組成組分(例如，DNA、RNA、tRNA、siRNA、mRNA或各種非編碼RNA)?？墒褂帽绢I(lǐng)域中已知的多種過程中的任一種自樣本分離核酸。一般來說，靶核酸將為單鏈，但在任何實(shí)施例中，核酸可為雙鏈，并且單鏈可由變性產(chǎn)生。應(yīng)了解，雙鏈分子中的任一條鏈可充當(dāng)所獲得的靶核酸。核酸序列可被甲基化、非甲基化或這兩者，并且可包含多種變體。此外，核酸序列可是指擴(kuò)增產(chǎn)物以及原來的序列。術(shù)語“MACH”或“MACH1.0”是指使用隱馬爾可夫模型(HMM)的haplotyper程序，其可在不相關(guān)個體的樣本中解析長單倍型或推斷缺失基因型，如在本領(lǐng)域內(nèi)已知的?！爸饕任换颉北欢x為更常見核苷酸或與其它等位基因相比具有更大頻率的等位基因。“次要等位基因”為較不常見核苷酸或具有更小頻率的等位基因。“突變”是在基因組序列中的變化。如本文所使用，“天然存在的突變”是指在基因組序列中任何先前存在的、非人工誘發(fā)的變化。突變、突變序列或簡單地“突變體”包括添加、缺失和替代或一種或多種等位基因。術(shù)語“核酸”是指以單鏈或雙鏈形式的脫氧核糖核苷酸或核糖核苷酸，并且除非另外限制，否則涵蓋以與天然存在的核苷酸類似的方式與核酸雜交的天然核苷酸的已知類似物。術(shù)語“核酸”涵蓋術(shù)語“寡核苷酸”和“多核苷酸”。在統(tǒng)計(jì)顯著性測試中，“p值”為獲得至少與實(shí)際上觀測的一樣遠(yuǎn)的測試統(tǒng)計(jì)的概率，假設(shè)零假設(shè)是真的。如果零假設(shè)是真的，p值越低，結(jié)果越不可能，并且從而結(jié)果在統(tǒng)計(jì)顯著性意義上越“顯著”。如本文中所述的“低的p值”是低于對于多重比較(即，Bonferroni校正)可控制的α值(即，α＝0.05或0.01)的值。“藥理學(xué)治療”是指通過將一種或多種藥物引入患者體內(nèi)的疾病的治療。如本文中所述的術(shù)語“多個”意指多于一種，并且還限定多個項(xiàng)目?！岸鄳B(tài)位置”或“多態(tài)位點(diǎn)”被定義為核苷酸中的位置，其中在如本文中所示的人群或成對染色體內(nèi)在其它核苷酸之間單核苷酸不同。如本文所使用，術(shù)語“引物對”意指經(jīng)設(shè)計(jì)以側(cè)接待擴(kuò)增的多核苷酸區(qū)域的兩個寡核苷酸。“探針”或“引物”是指與期望靶核酸互補(bǔ)的單鏈核酸序列。側(cè)接目標(biāo)互補(bǔ)序列的5′和3′區(qū)域通過互補(bǔ)核酸序列或通過另一親和對的連接成分可逆地相互作用。雜交可以堿基特異性方式出現(xiàn)，其中引物或探針序列并不需要與所有模板序列完全互補(bǔ)。因此，非互補(bǔ)堿基或經(jīng)修飾堿基可散置到引物或探針中，其條件是堿基取代不抑制雜交。核酸模板還可包括“非特異性引發(fā)序列”或“非特異性序列”，引物或探針與其具有不同程度的互補(bǔ)。如用于短語“引發(fā)多核苷酸合成”，描述足夠長度以在PCR期間開始合成的探針。在任何實(shí)施例中，探針或引物可包含101或更少個核苷酸，其中互補(bǔ)序列的長度可用長度描述下限，并且用(n+i)描述上限，對于和或從約任何數(shù)量的側(cè)接關(guān)注區(qū)域的5'和3'側(cè)的堿基對到足以識別或產(chǎn)生雜交。此外，范圍可選自組A和組B，其中對于A，探針或引物的長度大于5個、大于10個、大于15個、大于20個、大于25個、大于30個、大于40個、大于50個、大于60個、大于70個、大于80個、大于90個和大于100個堿基對。對于B，探針或引物的長度小于102個、小于95個、小于90個、小于85個、小于80個、小于75個、小于70個、小于65個、小于60個、小于55個、小于50個、小于45個、小于40個、小于35個、小于30個、小于25個、小于20個、小于15個或小于10個堿基對。在任何實(shí)施例中，探針或引物可與相鄰的核酸序列或與相鄰的核苷酸序列的互補(bǔ)序列至少70％一致，例如至少80％一致、至少90％一致、至少95％一致，并且能夠選擇性地與相鄰的核酸序列或相鄰的核苷酸序列的互補(bǔ)序列雜交。優(yōu)選的引物長度包括25至35、18至30和17至24個核苷酸。通常，探針或引物進(jìn)一步包含“標(biāo)記”，例如放射性同位素、熒光化合物、酶或酶輔因子。一條引物在待擴(kuò)增的多核苷酸的一端處與存在于正義鏈上的核苷酸互補(bǔ)，并且另一條引物在待擴(kuò)增的多核苷酸的另一端處與存在于反義鏈上的核苷酸互補(bǔ)。待擴(kuò)增的多核苷酸可被稱作模板多核苷酸。與引物互補(bǔ)的多核苷酸的核苷酸被稱作靶序列。引物可具有至少約15個核苷酸，優(yōu)選至少約20個核苷酸，最優(yōu)選至少約25個核苷酸。通常，引物與引物與其雜交的靶序列具有至少約95％序列一致性，優(yōu)選至少約97％序列一致性，最優(yōu)選約100％序列一致性。用于通過PCR擴(kuò)增多核苷酸的條件根據(jù)所使用引物的核苷酸序列而變化，并且用于確定此類條件的方法是本領(lǐng)域中常規(guī)的。為了獲得高品質(zhì)引物，在本發(fā)明中考慮引物長度、解鏈溫度(Tm)、GC含量、特異性和內(nèi)或間引物同源性。You等人，《BatchPrimer3：PCR和測序引物設(shè)計(jì)的高通量網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序(AhighthroughputwebapplicationforPCRandsequencingprimerdesign)》，BMC生物信息學(xué)(BMCBIOINFORMATICS),2008；9:253；YangX.,SchefflerBE,WestonLA，《關(guān)于在高等植物中DNA多態(tài)性和mRNA分布的引物設(shè)計(jì)的當(dāng)前發(fā)展(RecentdevelopmentsinprimerdesignforDNApolymorphismandmRNAprofilinginhigherplants)》,植物方法(PLANTMETHODS),2006；2(1):4。引物特異性與引物長度和3′端序列的最后8到10個堿基有關(guān)，其中18到30個堿基的引物長度為一個可能實(shí)施例。Abd-ElsalamKA,《PCR引物設(shè)計(jì)的生物信息學(xué)工具和指南(BioinformaticstoolsandguidelineforPCRprimerdesign)》,非洲生物技術(shù)研究(AFRICAJ.OFBIOTECHNOLOGY)2003；2(5):91-95。Tm與引物長度、GC含量和引物堿基組成密切相關(guān)。一種可能的理想引物Tm處于50℃至65℃的范圍內(nèi)，其中對于標(biāo)準(zhǔn)引物對GC含量處于40％至60％的范圍內(nèi)。DieffenbatchCW,LoweTMJ,DvekslerGS，《PCR引物設(shè)計(jì)的一般概念，PCR引物，實(shí)驗(yàn)室手冊(GeneralconceptsforPCRprimerdesign,PCRPRIMER,ALABORATORYMANUAL)》，編輯：DieffenbatchCW,DvekslerGS,紐約冷泉港實(shí)驗(yàn)室出版社(NewYork,ColdSpringHarborLaboratoryPress)，1995；133-155。然而，最佳引物長度根據(jù)不同類型的引物而變化。舉例來說，SNP基因分型引物可需要25至35個堿基的較長引物長度以增強(qiáng)其特異性，并且因此對應(yīng)的Tm可高于65℃。另外，合適的Tm可通過設(shè)定較寬GC含量范圍(20％至80％)而獲得。如本文所使用的術(shù)語“處理器”和“計(jì)算機(jī)處理器”是廣義術(shù)語，并且對于本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員給出其普通和慣用含義。該術(shù)語是指(但不限于)經(jīng)設(shè)計(jì)以使用邏輯電路執(zhí)行算術(shù)或邏輯操作的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)、狀態(tài)機(jī)、處理器等等，所述邏輯電路響應(yīng)于并且處理驅(qū)動計(jì)算機(jī)的基本指令。在任何實(shí)施例中，該術(shù)語可包括ROM(“只讀存儲器”)和/或與之相關(guān)聯(lián)的RAM(“隨機(jī)存取存儲器”)?！岸嗪塑账崽结槨薄ⅰ胺戳x核酸引物”、“寡核苷酸探針”是指可使用本領(lǐng)域中已知的化學(xué)合成和酶連接反應(yīng)構(gòu)建的探針或引物。舉例來說，反義核酸分子(例如，反義寡核苷酸)可使用天然存在的核苷酸或各種各樣經(jīng)修飾的核苷酸化學(xué)合成，所述經(jīng)修飾的核苷酸經(jīng)設(shè)計(jì)以增加分子的生物穩(wěn)定性或增加形成于反義與正義核酸之間的雙螺旋的物理穩(wěn)定性。引物或探針可進(jìn)一步用于“聚合酶鏈反應(yīng)”(PCR)，通常使用對應(yīng)于待復(fù)制DNA鏈段的開始而合成的短單鏈DNA的兩條“引物”和沿組裝DNA拷貝的待復(fù)制的DNA節(jié)段移動的聚合酶酶的眾所周知的擴(kuò)增和分析技術(shù)。如本文所使用，“風(fēng)險得分”被定義為對病狀的傾向性。一般來說，風(fēng)險可被表述為指示機(jī)會事件(如醫(yī)學(xué)定義的表現(xiàn)型如病狀，或非醫(yī)學(xué)表現(xiàn)型如特性)發(fā)生的可能的百分比。“風(fēng)險得分”可具有置信區(qū)間、統(tǒng)計(jì)值如p值、Z得分、相關(guān)度(例如，R或R2)、卡方、f值、t值，或置信區(qū)間和統(tǒng)計(jì)值兩者，其指示得分與其病狀或特性之間的相關(guān)度的強(qiáng)度。可基于個體的遺傳圖譜產(chǎn)生對于醫(yī)學(xué)病狀的個體的風(fēng)險或傾向性的得分?？纱_定對于特異性表現(xiàn)型(例如，疾病、病癥、病狀或特性)、對于器官系統(tǒng)、對于具體器官、對于表現(xiàn)型的組合、對于(一種或多種)表現(xiàn)型和(一種或多種)器官或(一種或多種)器官系統(tǒng)的組合、對于整體健康狀況或?qū)τ趯μ禺愋员憩F(xiàn)型的整體基因傾向性或風(fēng)險的得分。表現(xiàn)型可為醫(yī)學(xué)病狀，例如可基于個體的遺傳圖譜產(chǎn)生對于醫(yī)學(xué)病狀的個體的風(fēng)險或傾向性的得分?；蛘撸梅挚墒菍τ诜轻t(yī)學(xué)病狀，或?qū)τ卺t(yī)學(xué)和非醫(yī)學(xué)病狀兩者。得分可通過如描述于PCT公開案WO2008/067551和美國公開案第20080131887號(其中每個以全文引用的方式并入本文中)中的本領(lǐng)域中已知的方法、如本文所述的方法或其變型和組合產(chǎn)生。在一些情況下，風(fēng)險可使用專用計(jì)算機(jī)使用在計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)上提供的指令確定。包含本文所述的具體算法以分析基因信息和計(jì)算表示對表現(xiàn)型的風(fēng)險、傾向性的得分和/或整體健康狀況曲線，例如將通用計(jì)算機(jī)轉(zhuǎn)變成專用計(jì)算機(jī)用于分析所識別基因變體。此類算法可以任何組合提供以執(zhí)行客戶端所期望的那些功能。因此，計(jì)算機(jī)系統(tǒng)可包括在計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)上編碼的計(jì)算機(jī)可執(zhí)行邏輯中的一些或全部以按需要指示計(jì)算機(jī)系統(tǒng)完成識別的基因變體的分析、評估、打分、對客戶端的建議和報導(dǎo)。如本文所使用，來自個體的遺傳圖譜的一種或多種特異性表現(xiàn)型的所計(jì)算或確定的風(fēng)險或傾向性提供個體對于一種或多種表現(xiàn)型的相對風(fēng)險或傾向性的測量，如本文進(jìn)一步描述?？膳c普通群體相比或與缺少在個體的遺傳圖譜中所識別的基因變體中的一種或多種的對照物(例如，不同個體)相比，確定相對風(fēng)險。在一些情況下，具有對特異性表現(xiàn)型減小的風(fēng)險或減小的傾向性的個體為比值比小于1例如0.99、0.9、0.8、0.7、0.5、0.4、0.2、0.1、0.01或相對于對照個體或相對于普通群體更低比值比的個體。具有對特異性表現(xiàn)型減小的風(fēng)險或傾向性的個體可為具有比對照個體或普通群體對表現(xiàn)型更低百分比概率的個體。舉例來說，在本發(fā)明的任何實(shí)施例中，個體可具有比對照個體或普通群體對表現(xiàn)型低0.1％的風(fēng)險、低1％的風(fēng)險、低5％的風(fēng)險、低10％的風(fēng)險、低15％的風(fēng)險、低25％的風(fēng)險、低30％的風(fēng)險、低40％的風(fēng)險、低50％的風(fēng)險、低75％的風(fēng)險、或低100％的風(fēng)險。個體的減小的風(fēng)險或傾向性也可確定為風(fēng)險比或相對風(fēng)險?！皉s編號”是指在dbSNP上存檔和管理的SNP數(shù)據(jù)庫記錄，dbSNP為對于單多態(tài)性多核苷酸和其它類的次要遺傳變異的數(shù)據(jù)庫。dbSNP數(shù)據(jù)庫保持兩種類型的記錄：每個原始提交的ss記錄和rs記錄。ss記錄可表示在對于相同基因組位置的提交中的變型。rs編號表示對于SNP的特有記錄，并且基于后續(xù)提交和數(shù)據(jù)庫的建立而構(gòu)建和定期重構(gòu)。在每個新的建立循環(huán)中，輸入每個建立的新數(shù)據(jù)組通常包括由于在先前建立中數(shù)據(jù)的封閉性而獲得的所有提交。如果發(fā)現(xiàn)它們在后續(xù)建立下繪制相同位置，則某個參考SNP(rs)編號可已經(jīng)被合并，然而，應(yīng)理解具有建立編號的特定rs編號提供必需的細(xì)節(jié)以使得本領(lǐng)域普通技術(shù)人員將能夠如本文中預(yù)期制備和使用本發(fā)明。因此，普通技術(shù)人員將通常能夠通過查閱對于rs編號和相關(guān)ss編號的條目來確定特定SNP。提交至NCBI數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)是群集的并且提供對于在數(shù)據(jù)庫中每個生物體的非冗余集合的變型。群集以rs編號形式與下面提交的數(shù)據(jù)并行保持在數(shù)據(jù)庫中。參考序列或RefSeqs是對于mRNA、蛋白質(zhì)、重疊群和從GenBank構(gòu)建的基因區(qū)域例如蛋白或序列的管理非冗余集合的記錄。在“提交者參考登陸(Submitter-ReferencedAccession)”下的登錄號為當(dāng)將其提交至dbSNP時與提交的SNP(ss)一起包括的標(biāo)注(Sherry等人，《dbSNP—對于單多態(tài)性多核苷酸和其它類的次要遺傳變異的數(shù)據(jù)庫(dbSNP—DatabaseforSinglePolymorphismPolynucleotidesandOtherClassesofMinorGeneticVariation)》，基因組研究(GENOMERES.)1999；9:677-679)。然而，如在Refseq中提供的其它替代形式的rs編號、ss編號等由本發(fā)明涵蓋以使得本領(lǐng)域普通技術(shù)人員應(yīng)理解并不通過使用dbSNP的后續(xù)建立而脫離本發(fā)明的范圍和本質(zhì)。在短語“篩選遺傳樣本”內(nèi)的術(shù)語“篩選”意指本領(lǐng)域普通技術(shù)人員已知用于確定遺傳樣本的基因組成的任何檢驗(yàn)過程。術(shù)語“單核苷酸多態(tài)性”(SNP)是指在群體基因組中由于單個堿基變化如插入、缺失或單個堿基變化而產(chǎn)生的基因序列的變異?；蜃鶠椴町惏l(fā)生的位點(diǎn)。SNP可進(jìn)一步被定義為在超過1％的群體中發(fā)生的單堿基交換。SNP可產(chǎn)生經(jīng)修飾的氨基酸序列、編碼蛋白的改變的結(jié)構(gòu)和功能，并且當(dāng)存在于外顯子到內(nèi)含子轉(zhuǎn)變處時影響剪接過程和當(dāng)存在于部分啟動子處時修飾基因轉(zhuǎn)錄。這種修飾可導(dǎo)致不同水平的蛋白表達(dá)。短語“足以識別SNP或產(chǎn)生雜交”被理解為涵蓋探針的設(shè)計(jì)和使用以使得存在足夠的特異性和靈敏性以檢測和識別SNP序列或產(chǎn)生雜交。用于單核苷酸多態(tài)性檢測或用于雜交的探針的最佳探針長度、位置和數(shù)量可根據(jù)各種雜交條件而變化。如本文所使用的“合成”和“擴(kuò)增”可互換使用，是指用于產(chǎn)生特定多核苷酸序列的拷貝或增加特定多核苷酸序列的拷貝數(shù)或量的反應(yīng)。其可通過(但不限于)聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)、連接酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(LCR)、基于多核苷酸-特異性的擴(kuò)增(NSBA)的活體外方法或本領(lǐng)域中已知的任何其它方法實(shí)現(xiàn)。舉例來說，多核苷酸擴(kuò)增可是使用聚合酶和一對寡核苷酸引物生產(chǎn)大于初始呈現(xiàn)的量的任何特定多核苷酸序列(即，靶多核苷酸序列或靶多核苷酸)的方法。短語“選擇性雜交”是指本發(fā)明中使用的探針與靶核苷酸序列特異性雜交的能力。術(shù)語“可治療”意指患者潛在地或應(yīng)預(yù)期響應(yīng)于特定形式的治療。SNP的診斷和治療用途在一些情況下，具有對于特異性表現(xiàn)型增加的相對風(fēng)險或傾向性的個體可為對于特異性表現(xiàn)型比值比大于1的個體，例如可診斷比值比為約1.01、1.05、1.1、1.2、1.5、2、2.5、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、50或100或更大的個體用于產(chǎn)生相對于普通群體或?qū)φ諅€體的表現(xiàn)型。在一些情況下，具有增加的風(fēng)險或傾向性的個體可為具有大于0％增加概率的表現(xiàn)型的個體，例如個體可基于其遺傳圖譜而具有相對于普通群體或?qū)φ諅€體大0.001％概率的表現(xiàn)型，大0.01％概率、大1％概率、大5％概率、大10％概率、大20％概率、大30％概率、大50％概率、大75％概率、大100％概率、大200％、300％、400％、500％或更大概率的表現(xiàn)型。在一些情況下，具有增加的風(fēng)險或傾向性的個體可為具有相對于對照個體或普通群體大于1倍增加的概率的表現(xiàn)型，如例如相對于對照個體或普通群體約1.01倍、1.1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、3倍、5倍、10倍、100倍或更大增加的概率的表現(xiàn)型的個體。增加的風(fēng)險或增加的傾向性也可使用其它流行病學(xué)方法如例如風(fēng)險比或相對風(fēng)險的計(jì)算來確定。除ICD和CRT-D之外，VT、VF和SCA/SCD也可通過使用生物學(xué)來抑制或治療，如基因治療或藥理學(xué)治療。這些藥理學(xué)治療可被稱作抗心律失常藥(AAD)并且基于作用機(jī)制進(jìn)一步被細(xì)分(例如，I類、II類和III類)。在本發(fā)明的第一方面到第十三方面中，AAD可單獨(dú)使用或與ICD或CRT-D組合使用。具體地說，β-阻滯劑和血管收縮素轉(zhuǎn)化酶(ACE)抑制劑治療可在阻斷漸進(jìn)導(dǎo)致連續(xù)性心肌功能損害的機(jī)制中采用。血漿去甲腎上腺素水平在患有心力衰竭患者體內(nèi)長期較高，其中較大升高與預(yù)后不良相關(guān)。所得β-腎上腺素系統(tǒng)的刺激的增加可導(dǎo)致心臟的腺苷酸環(huán)化酶脫敏，這是由于在心肌細(xì)胞表面上β-腎上腺素受體密度的減小、抑制性G蛋白的α-亞單元的增加的表達(dá)和通過β-腎上腺素受體激酶的增加的活性和表達(dá)的腎上腺素受體的磷酸化。這些細(xì)胞變化的功能相關(guān)性通過心臟對兒茶酚胺活體外和活體內(nèi)的減少的響應(yīng)來反映。此外，慢性β-腎上腺素活化造成心跳速率增加，其導(dǎo)致由于縮短的冠狀血管舒張灌注時間而減小的心肌血流量。β-阻滯劑的應(yīng)用導(dǎo)致減小的心跳速率，導(dǎo)致較低的心肌能量消耗，延長舒張期充盈和由于延長的冠狀血管舒張灌注時間而增加的有效心肌血流量。血漿去甲腎上腺素水平也通過β-阻滯劑而降低。在本發(fā)明的第一方面到第十三方面中，ICD和CRT-D增強(qiáng)β-阻滯劑的死亡率降低效果，并且可因此一起使用。檢測SNP的方法和診斷/治療用途遺傳標(biāo)記是非侵入性的、有成本效益的并且有助于個體的質(zhì)量篩選。本文中所識別的SNP可有效地單獨(dú)使用或與其它SNP以及與一種或多種臨床和人口統(tǒng)計(jì)學(xué)標(biāo)記及對于風(fēng)險分層、評估和診斷對SCA的易感性的患者的病史組合使用，SCA可用可包括藥理學(xué)和/或裝置治療(例如，ICD)的抗心律失常治療來治療。本文中所教導(dǎo)的遺傳標(biāo)記在識別可受益于接收CRTCRT-D或ICD中的任一種來治療VA、SCA、SCD或HF的個體中提供較大特異性和靈敏性。具體地說，本發(fā)明的特異性突變涉及對需要ICD的患者識別特異性心臟疾病的易感性的特定目的。方法和組合物可涉及特異性突變出于確定對心室性心律失常(VA)、心跳驟停(SCA)、心因性猝死(SCD)或心力衰竭(HF)的特定疾病的易感性的特定目的。為了確定個人具有何種SNP形式，本發(fā)明的第一方面到第十三方面的任何實(shí)施例涵蓋：(1)收集來自測試個體的DNA；(2)獲得相關(guān)基因組部分或全基因組的DNA序列；和(3)分析DNA序列以確定存在何種SNP變型。為了獲得來自測試個體的DNA樣本，可從所收集的材料例如頰拭子或血液樣本分析DNA。測序來自相關(guān)基因組部分的DNA可包括與擴(kuò)增并入待檢驗(yàn)SNP的小部分基因組(例如，幾百至幾千個堿基對)的引物的PCR反應(yīng)。然后可通過通常用于測序相對較少DNA鏈的測序方法如桑格(Sanger)測序或焦磷酸測序來分析基因組的這種PCR-擴(kuò)增的子區(qū)段?；蛘?，新一代測序(NGS)技術(shù)可應(yīng)用到DNA樣本，如離子半導(dǎo)體測序或邊合成邊測序。新一代測序通常應(yīng)用到大量DNA樣本并且可包括整個人類基因組。一旦獲得序列，就可使用在表1中列出的作為參考的序列來識別SNP的相關(guān)位點(diǎn)，并且可確定SNP(例如，C或T)的識別。在本發(fā)明的第一方面到第十三方面的任何實(shí)施例中，可設(shè)想在可擴(kuò)展平臺上商品化這些SNP的檢驗(yàn)的非互斥方法。在本發(fā)明的第一方面到第十三方面的任何實(shí)施例中，可生產(chǎn)包含進(jìn)行PCR反應(yīng)和測序基因組的子區(qū)段所必需的材料的“診斷試劑盒”。此類診斷試劑盒將主要由用于PCR反應(yīng)和用于測序反應(yīng)的相關(guān)PCR引物組成。試劑盒還可包括分離DNA樣本所需要的組分和/或進(jìn)行PCR反應(yīng)的緩沖液和酶類。在本發(fā)明的第一方面到第十三方面的任何實(shí)施例中，可產(chǎn)生在數(shù)字DNA序列(例如完全測序的基因組)中識別相關(guān)SNP并且報導(dǎo)在其狀態(tài)(例如，C或T)的軟件產(chǎn)品。在本發(fā)明的第一方面到第十三方面的任何實(shí)施例中，NGS方法可用于獲得DNA序列。DNA序列可上傳到軟件中。然后軟件可掃描DNA序列以定位SNP(使用在表1中的序列)，并且然后可確定存在何種SNP形式并且將這個結(jié)果顯示在計(jì)算機(jī)屏幕上。在本發(fā)明的第一方面到第十三方面的任何實(shí)施例中，檢驗(yàn)結(jié)果可附有來自ICD的醫(yī)學(xué)建議。具體地說，遺傳變異可與人類表型多樣性相關(guān)并且有時與疾病易感性相關(guān)。因而，在基因中的變異可證實(shí)可用作對疾病或其它病癥或病狀的標(biāo)記。在特定基因組位置處的變異可是由于在保守人類基因組序列中的突變事件，導(dǎo)致在所述基因座處兩個或更多個可能的核苷酸變體。如果兩個核苷酸變體均在至少1％的群體中發(fā)現(xiàn)，其位置可被定義為單核苷酸多態(tài)性(“SNP”)。此外，非常接近于彼此的SNP通常可在被稱作“單倍型”的鏈段中一起遺傳。SNP的一種現(xiàn)象是連鎖不平衡，它是指特異性等位基因在不同基因組位置處與通過隨機(jī)變化應(yīng)預(yù)期的相比更頻繁地一起出現(xiàn)的傾向。如果等位基因(或單倍型)的任何特定組的頻率為其個體群體頻率的乘積，那么在給定基因座處等位基因被稱為處于完全平衡。若干種統(tǒng)計(jì)測量可用于定量這種關(guān)系。Devlin和Risch，《對于精細(xì)尺寸繪制的連鎖不平衡測量的比較(Acomparisonoflinkagedisequilibriummeasuresforfine-scalemapping)》，基因組學(xué)(GENOMICS)，1995年9月20；29(2):311-22。遺傳標(biāo)記還可為基因組的缺失部分，基因組的重復(fù)部分、基因組的轉(zhuǎn)置部分和單核苷酸多態(tài)性(SNP)。DNA和RNA通過轉(zhuǎn)錄相關(guān)聯(lián)；RNA和蛋白質(zhì)通過翻譯相關(guān)聯(lián)；并且蛋白質(zhì)和疾病通過反應(yīng)的催化相關(guān)聯(lián)。發(fā)現(xiàn)在對于給定結(jié)果為正的個體中具有高于預(yù)期的發(fā)病率的等位基因可被視為對于該結(jié)果的“風(fēng)險等位基因”。發(fā)現(xiàn)在對于結(jié)果為正的個體中具有低于預(yù)期的發(fā)病率的等位基因可被視為對于該結(jié)果的“保護(hù)性等位基因”。當(dāng)人類基因組占有1千萬“通用”SNP時，指示心臟病次要等位基因在一些情況下可僅由少到百分之一(1％)的群體享有。如本文所提供的，通過一種方法或這些方法的組合發(fā)現(xiàn)的特定SNP可被確定在個體中用作對于VA、SCD或SCA的風(fēng)險分層的遺傳標(biāo)記。此外，通過一種方法或這些方法的組合發(fā)現(xiàn)的特定SNP可用作用于識別受益于使用ICD的治療的傾向于VA、SCD或SCA的受試者的遺傳標(biāo)記。全基因組關(guān)聯(lián)研究用于識別對于常見疾病的疾病易感性基因，并且包括利用位于整個人類基因組中的數(shù)十萬SNP標(biāo)記來篩選數(shù)千樣本作為病例對照研究群體或同族系。然后可應(yīng)用比較在疾病和對照群體之間單SNP等位基因、基因型或多標(biāo)記單倍型的頻率的算法。然后分析在病例和對照之間等位基因或基因型頻率的具有統(tǒng)計(jì)顯著差異的區(qū)域(基因座)，指向其在疾病中的作用。舉例來說，在完成患者樣本的全基因組分析之后，可通過以下三種方法中的任一種或組合來識別用作臨床標(biāo)記的SNP：(1)統(tǒng)計(jì)SNP選擇方法：使用Cox回歸執(zhí)行數(shù)據(jù)的單變量或多變量分析以確定SNP和研究結(jié)果(對于本發(fā)明的第一到第十三方面的潛在地快速心室事件(其可與危及生命的心室事件相關(guān)))之間的相關(guān)度。產(chǎn)生較低p值的SNP被認(rèn)為是標(biāo)記?？赏ㄟ^使用其它統(tǒng)計(jì)方法如線性回歸展開這些技術(shù)。(2)邏輯SNP選擇方法：聚類算法用于將SNP標(biāo)記分離到最終與患者結(jié)果相關(guān)的類別中。分類和回歸樹(“CART”)為可使用的聚類算法中的一種。在該情況下，形成樹的分支節(jié)點(diǎn)的SNP將為所關(guān)注的標(biāo)記。(3)生物SNP選擇方法：基于SNP的生物效應(yīng)選擇SNP標(biāo)記，因?yàn)樗捎绊懜鞣N蛋白質(zhì)的功能。舉例來說，位于基因的經(jīng)轉(zhuǎn)錄或調(diào)控部分上參與離子通道形成的SNP應(yīng)為良好的候選。類似地，示出緊密地位于基因組上的SNP的基團(tuán)還應(yīng)暗示該區(qū)域的重要性并且應(yīng)構(gòu)成一組標(biāo)記。本文提供rs編號和美國國家生物技術(shù)信息中心(NCBI)SNP數(shù)據(jù)庫的解釋。在與國家人類基因組研究所的合作中，美國國家生物技術(shù)信息中心已經(jīng)建立單核苷酸多態(tài)性數(shù)據(jù)庫(dbSNP)以充當(dāng)對于單堿基核苷酸取代(也被稱作單核苷酸多態(tài)性(SNP))和短缺失與插入多態(tài)性二者的中央儲存庫。參考序列或RefSeqs(rs)是對于mRNA、蛋白質(zhì)、重疊群和從GenBank構(gòu)建的基因區(qū)域例如蛋白或序列的管理非冗余集合的記錄。rs編號表示SNP的特有記錄。提交的SNP(ss)為獨(dú)立地提交至NCBI并且用于構(gòu)建rs記錄且對于對應(yīng)基因組位置與rs記錄交叉參照的記錄。提交者參考登錄號是與SS編號一起包括的標(biāo)注。對于與本發(fā)明的第一方面到第十三方面相關(guān)的rs記錄，這些登錄號可與GenBank登錄號記錄相關(guān)，所述GenBank登錄號將以一個或兩個字母如“AL”或“AC”開始，接著五個或六個數(shù)字。NCBIRefseq數(shù)據(jù)庫登錄號具有不同格式：“NT_123456”。Refseq登錄號是序列的特有標(biāo)識符，并且當(dāng)對序列做出次要變化時，指定新形式編號如“NT_123456.1”，其中該形式由在小數(shù)后的數(shù)字表示。rs編號表示在特定重疊群位置處堿基的特異性范圍。雖然rs序列的重疊群位置可相對于由登錄號包含的較大序列的長度而移動，但由rs編號表示的堿基的序列，即，SNP將保持恒定。因此，應(yīng)理解rs編號可用于獨(dú)特地識別SNP和完全使本領(lǐng)域普通技術(shù)人員能夠使用rs編號制備和使用本發(fā)明的第一方面到第十三方面。在序列表中提供的序列各自對應(yīng)于由在本發(fā)明的時候已知的rs編號表示的單一序列。因此，本文公開的SEQIDNO.和rs編號被理解為表示對于識別的SNP的獨(dú)特地識別序列并且可互換使用。在本發(fā)明的第一方面到第十三方面的任何實(shí)施例中，可在SNP位置處推算基因型，其中基因型并不是使用獲自公開數(shù)據(jù)庫的單倍型數(shù)據(jù)和獲自患者的實(shí)際SNP數(shù)據(jù)來讀出。這可使用MACHhaplotyper程序(1.0，Abecasis和YunLi)實(shí)現(xiàn)，所述程序利用被稱作隱馬爾可夫模型(HMM)的統(tǒng)計(jì)技術(shù)。MACH1.0為基于馬爾可夫鏈的haplotyper，其可在不相關(guān)個體的樣本中解析長單倍型或推斷缺失基因型。MACH輸入文件包括關(guān)于一組個體的實(shí)驗(yàn)性基因型并且任選地關(guān)于一組已知單倍型的信息。MACH可使用對于每個取樣個體估計(jì)的單倍型(在觀測的基因型上為條件性的)或填寫缺失基因型(在側(cè)接標(biāo)記處觀測的基因型上和在其它個體處觀測的基因型上為條件性的)。MACH的基本輸入是對于被研究的每個個體的一組觀測的基因型。通常，MACH預(yù)期被檢查所有標(biāo)記映射到一條染色體并且在輸入文件中以映射順序呈現(xiàn)。當(dāng)使用定相單倍型作為輸入時可放松這些要求。MACH還預(yù)期觀測的基因型數(shù)據(jù)儲存于一組匹配譜系和數(shù)據(jù)文件中。兩種文件是本質(zhì)上相關(guān)的，數(shù)據(jù)文件描述譜系文件的內(nèi)容(每一譜系文件略微不同)并且譜系文件自身可僅用其伴隨數(shù)據(jù)文件解碼。兩種文件可使用Merlin/QTDT或LINKAGE格式。數(shù)據(jù)文件可描述多個域，包括疾病狀態(tài)信息、定量特性和共變量以及標(biāo)記基因型。簡單的MACH數(shù)據(jù)文件僅列出一系列遺傳標(biāo)記的名稱。每個標(biāo)記名稱出現(xiàn)于以“M”域代碼開始的其自身行?；蛐蛢Υ嬗谧V系文件中。譜系文件每行編碼一個個體。每行應(yīng)以同族ID和個體ID開始，接著是父本和母本ID(其通常都設(shè)定成0，“零”，由于MACH的當(dāng)前形式假設(shè)所有取樣個體是不相關(guān)的)以及性別。這些初始列接著是一系列標(biāo)記基因型，每個具有兩個等位基因。等位基因可被編碼為1、2、3、4或A、C、G、T。對于許多分析，但具體來說對于基因型推算，提供一組參考單倍型作為輸入是極有幫助的。參考單倍型可包括對于在檢查數(shù)據(jù)組例如GAME或MAPP中未檢查但可基于在側(cè)接標(biāo)記處的基因型頻繁地推算的標(biāo)記的基因型。最常見地，這些單倍型來源于公開資源如國際單體型圖計(jì)劃，并且將最終來源于千人基因組計(jì)劃。在任何實(shí)施例中，非暫時處理器可讀介質(zhì)可包括使得處理器或?qū)Ｓ糜?jì)算機(jī)接受如本文中所述的一組基因變體的代碼。代碼可包括使得處理器識別基因變體的代碼，并且代碼進(jìn)一步包括使得處理器呈現(xiàn)變體的代碼以使得變體的亞單位可用于作出植入ICD的決定。圖2示出了當(dāng)裝置植入具有較低風(fēng)險的患者體內(nèi)時，對于ICD治療可觀測到需治數(shù)(“NNT”)的增加。NNT為用于評定保健干預(yù)的效果的流行病學(xué)測量值。NNT為需要治療以便防止單個負(fù)面結(jié)果的患者的數(shù)量。在ICD的情況下，目前裝置必須植入約17名患者體內(nèi)以防止在約4年內(nèi)死亡。其它16名患者可不經(jīng)受危及生命的心律失常并且可不接受超過指定持續(xù)時間的治療。對于ICD的NNT減小應(yīng)產(chǎn)生更好的患者識別方法并且允許傳遞治療到需要其的個體。因此，據(jù)相信，當(dāng)ICD植入通常被認(rèn)為處于較低風(fēng)險類別的患者體內(nèi)時，對于患者的風(fēng)險分層的需要可隨時間增加。缺少更多對于危及生命的心律失常的特異性標(biāo)記的結(jié)果是存在將受益于ICD治療但不是目前指定的患者的群體和一小組接受ICD植入物但可不受益于其患者。DNA微陣列和試劑盒本發(fā)明的第一方面到第十三方面提供用于檢測包括至少一部分由SEQIDNO.1-2表示的核苷酸的多核苷酸的方法。該部分被定義為足以產(chǎn)生等位基因特異性雜交和表征在如本文所定義的SEQIDNO.1-2中的位置26或27處的多態(tài)位點(diǎn)的核苷酸長度。優(yōu)選地，多核苷酸包括由SEQIDNO.1-2表示的整個基因組序列。一方面，該方法包括擴(kuò)增與個體的SEQIDNO.1-2互補(bǔ)的核苷酸以形成擴(kuò)增多核苷酸，以及檢測擴(kuò)增的多核苷酸。優(yōu)選地，核苷酸通過PCR擴(kuò)增。在PCR中，一摩爾過量的引物對被加入包括多核苷酸優(yōu)選基因組DNA的生物樣本。延長引物以形成互補(bǔ)引物延伸產(chǎn)物，其充當(dāng)用于合成期望擴(kuò)增的多核苷酸的模板。圖3描繪臨床利用創(chuàng)建用于篩選對危及生命的心律失常易感性的患者的基因檢驗(yàn)的本發(fā)明的第一方面到第十三方面的一個實(shí)施例。在本發(fā)明的第一方面到第十三方面的任何實(shí)施例中，已經(jīng)檢驗(yàn)CAD和低EF陽性的患者將使用本文中所描述的方法中的任一種進(jìn)行對于基因易感性的檢驗(yàn)。然后，陽性基因檢驗(yàn)結(jié)果將與其它檢驗(yàn)如基于ECG或心臟監(jiān)測的分析的檢驗(yàn)結(jié)合使用，并且用于作出是否植入ICD的最終決定。出現(xiàn)心臟病狀如MI的患者通常經(jīng)受心動回聲描記檢查以確定對ICD的需要。基于本發(fā)明的第一方面到第十三方面，血液樣本也可取自具有低的左心室EF的患者。如果與血流動力學(xué)和人口統(tǒng)計(jì)學(xué)的參數(shù)組合的基因檢驗(yàn)指示對于心跳驟停的高風(fēng)險，那么做出ICD植入物的建議。此整個方法的示意圖示出在圖3中?？苫趯Ρ疚闹薪虒?dǎo)的SNP中的一個或多個陽性基因篩選與包括標(biāo)記、臨床參數(shù)和/或類似物的一種或多種生物因素組合，對無先前心血管疾病病史的個體做出類似建議。在本發(fā)明的第一方面到第十三方面的任何實(shí)施例中，可使用基因檢驗(yàn)如下：1)施以基因檢驗(yàn)，2)提供臨床評估，以及然后3)將ICD放在高風(fēng)險個體中。包括與個體的SEQIDNO.1-2互補(bǔ)的擴(kuò)增的核苷酸的方法可用于識別不處于產(chǎn)生SCA的風(fēng)險的個體。在這方面，引物對包括側(cè)接包含于SEQIDNO.1-2中的多態(tài)性的引物。在擴(kuò)增之后，例如可通過凝膠電泳確定并且比較擴(kuò)增的多核苷酸的尺寸。擴(kuò)增的多核苷酸可通過染色(例如，用溴化乙錠)或用本領(lǐng)域的技術(shù)人員已知的合適的標(biāo)記(包括放射性和非放射性標(biāo)記)標(biāo)記來可視化。典型放射性標(biāo)記包括33P。非放射性標(biāo)記包括例如配體如生物素或地高辛，以及酶類如磷酸酶或過氧化酶，或各種化學(xué)發(fā)光劑如螢光素或熒光化合物如熒光素和其衍生物。采用核苷酸陣列的多種形式的診斷試劑盒是本領(lǐng)域中已知的。它們可通過多種已知的方法(包括光刻、吸管、滴接觸、壓電、點(diǎn)樣和電過程)來制造。DNA微陣列通常具有通過基板負(fù)載的探針以使得目標(biāo)樣本與探針結(jié)合或雜交。在使用中，接觸在促成目標(biāo)與一個或多個探針的特異性、高親和力結(jié)合的條件下，微陣列表面與一個或多個目標(biāo)樣本接觸。包含目標(biāo)樣本的樣本溶液通常包含可檢測的放射性、化學(xué)發(fā)光或熒光標(biāo)記的分子。雜交靶和探針還可通過電壓、電流或本領(lǐng)域中已知的電子裝置檢測。任選地，多個微陣列可形成于較大陣列基板上?；蹇煞指畛啥鄠€單個微陣列模以便優(yōu)化基板的使用?？赡艿幕宀牧习ü栀|(zhì)組合物，其中硅質(zhì)基板通常被定義為很大程度上由二氧化硅組成的任何材料。還可采用天然或合成的組裝件?；蹇蔀槭杷缘幕蛴H水性的或能夠呈現(xiàn)疏水性的或親水性的，并且包括無機(jī)粉劑如二氧化硅、硫酸鎂和氧化鋁；天然聚合材料特別是纖維素材料和衍生自纖維素的材料如含纖維素的紙，例如濾紙、層析試紙等；合成或經(jīng)修飾的天然存在的聚合物如硝化纖維素、醋酸纖維素、聚(氯乙烯)、聚丙烯酰胺、交聯(lián)葡聚糖、瓊脂糖、聚丙烯酸酯、聚乙烯、聚丙烯、聚(4-甲基丁烯)、聚苯乙烯、聚甲基丙烯酸酯、聚(對苯二甲酸亞乙酯)、尼龍、聚(乙烯基丁酸酯)等；單獨(dú)使用或與其它材料結(jié)合使用；可以生物玻璃形式獲得的玻璃、陶瓷、金屬等等。然后，基板的表面經(jīng)化學(xué)制備或衍生以能夠?qū)崿F(xiàn)或促進(jìn)分子物質(zhì)連接或附著到陣列基板的表面。對于制備的生物材料如cDNA的固定和生物材料在微陣列基板上的原位合成，表面衍生化可不同。表面處理或衍生化技術(shù)是本領(lǐng)域中眾所周知的。基板的表面可具有多種形狀，如條帶、平板、薄片、棒、顆粒包括珠，等等。在修飾硅質(zhì)或金屬氧化物表面中，已經(jīng)使用的一種技術(shù)是用雙官能硅烷衍生化，即，具有能夠共價結(jié)合到表面的第一官能團(tuán)和可向表面賦予期望的化學(xué)和/或物理修飾以共價或非共價連接用于生物探針陣列的配體和/或聚合物或單體的第二官能團(tuán)。吸附的聚合物表面用于硅質(zhì)基板上用于將核酸例如cDNA連接到基板表面。由于微陣列?？墒欠浅Ｐ〉牟⑶译y以操作用于加工，所以單個微陣列模還可經(jīng)包裝用于進(jìn)一步處理和加工。舉例來說，當(dāng)保持在封裝體中時，微陣列可通過使微陣列進(jìn)行雜交測定而被加工。各種技術(shù)可用于附著寡核苷酸供微陣列使用。根據(jù)眾所周知的化學(xué)方法如順序添加核苷酸氨基磷酸酯到表面連接的羥基，在基板上進(jìn)行原位合成寡核苷酸或多核苷酸探針。間接合成也可根據(jù)生物合成技術(shù)如聚合酶鏈反應(yīng)(“PCR”)進(jìn)行。寡核苷酸合成的其它方法包括磷酸三酯和磷酸二酯方法和在載體上合成，以及氨基磷酸酯技術(shù)。還可采用經(jīng)由結(jié)合到由玻璃制成的基板的寡核苷酸的空間可尋址陣列的光刻方法的化學(xué)合成。附著的探針或寡核苷酸自身可通過生物合成或通過化學(xué)合成獲得?；瘜W(xué)合成提供在特異性合成步驟期間并入低分子量化合物和/或經(jīng)修飾的堿基的適宜方式。此外，化學(xué)合成在靶多核苷酸結(jié)合序列的長度和區(qū)域的選擇上是非常靈活的。寡核苷酸可通過標(biāo)準(zhǔn)方法如用于市售自動核酸合成器中的那些方法合成。探針或寡核苷酸在基板或表面上的固定可通過眾所周知的技術(shù)實(shí)現(xiàn)。一種類型的技術(shù)利用隨機(jī)或非隨機(jī)布置珠的珠陣列。特異性寡核苷酸或探針序列分配給每個珠型，其在陣列上復(fù)制任何數(shù)目次。一系列解碼交雜然后用于識別在陣列上的每個珠。這些測定的概念非常類似于基于DNA芯片的測定的概念。然而，寡核苷酸連接到小微球而非DNA芯片的固定表面。基于珠的體系可與大多數(shù)在基于DNA芯片的陣列測定(如單-堿基延伸和寡核苷酸連接測定)中使用的等位基因-鑒別化學(xué)方法組合?；谥榈男褪骄哂杏糜诙嘀胤治龊蚐NP組合的靈活性。在基于珠的測定中，確定每個珠的標(biāo)識，其中該信息與來自珠的基因型信號組合以分配“基因型調(diào)用”到每種SNP和個體。一種基于珠的基因分型技術(shù)使用通過流式熒光檢測術(shù)(Luminex)產(chǎn)生的熒光編碼的微球。FultonR等人，《借助FlowMetrix系統(tǒng)的高級的多重分析(AdvancedmultiplexedanalysiswiththeFlowMetrixsystem)》，臨床化學(xué)(CLIN.CHEM.)1997；43:1749-56。這些珠包覆有兩種不同染料(紅和橙)，并且可基于這兩種染料在表面上的量，使用流式細(xì)胞測量術(shù)識別和分離。通過具有一百種類型的具有不同紅:橙信號比率的微球，可在單管中進(jìn)行一百重檢測反應(yīng)。在反應(yīng)之后，使用流式熒光計(jì)區(qū)別這些微球，其中單獨(dú)地測量來自每組微球的基因分型信號(綠色)。這種基于珠的平臺適用于等位基因特異性雜交、單堿基延伸、等位基因特異性引物延伸和寡核苷酸連接測定。在由伊路米那(Illumina)商品化的不同基于珠的平臺中，微球被捕獲在由光纖形成的固態(tài)孔中。MichaelK.等人，《隨機(jī)有序可尋址高密度光學(xué)傳感器陣列(Randomlyorderedaddressablehigh-densityopticalsensorarrays)》，分析化學(xué)(ANAL.CHEM.)，1998；70:1242-48；SteemersF.等人，《借助隨機(jī)有序光纖的基因陣列篩選未標(biāo)記的DNA靶(ScreeningunlabeledDNAtargetswithrandomlyorderedfiber-opticgenearrays)》，自然生物技術(shù)(NAT.BIOTECHNOL.)2000；18:91-94。每個孔直徑類似于球的直徑，僅允許單個球放入一個孔中。一旦微球設(shè)定在這些孔中，所有球就可像高密度微陣列一樣被處理。在DNA微陣列技術(shù)中高度的復(fù)制使得對每個珠型的穩(wěn)固測量成為可能。珠陣列技術(shù)尤其適用于SNP基因分型。用于處理來自DNA微陣列或芯片的原始數(shù)據(jù)的軟件是本領(lǐng)域中眾所周知的，并且采用各種已知的圖像處理、背景校正和標(biāo)準(zhǔn)化的方法。許多可獲得的公用和有產(chǎn)權(quán)的軟件包可用于此類處理，由此可執(zhí)行原始數(shù)據(jù)的質(zhì)量評估，然后以可由其它軟件使用的格式匯總和儲存數(shù)據(jù)以進(jìn)行另外的分析。為了方便檢測，雜交探針可用放射性物質(zhì)標(biāo)記。Grunstein等人(美國國家科學(xué)院院刊(PROC.NATL.ACAD.SCI.USA)，1975；72:3961)和Southern(分子生物學(xué)雜志(J.MOL.BIOL.)，1975；98:503)描述使用放射性標(biāo)記的核酸探針的雜交技術(shù)。有利的是，核酸雜交探針可具有高靈敏性和特異性。放射性標(biāo)記可用磷光體成像器或放射自顯影膠片檢測。放射性標(biāo)記最常與尼龍膜宏陣列一起使用。合適的放射性標(biāo)記可為例如，但不限于，同位素如125I或32P。放射性標(biāo)記的檢測例如通過直接地相對于基板放置醫(yī)療X射線膠片來進(jìn)行，該X-射線膠片因暴露于標(biāo)記而顯影并形成對應(yīng)于所關(guān)注的探針安放位置的暗區(qū)。可使用已知電檢測雜交的方法，如電化學(xué)阻抗譜。這種技術(shù)可用于研究當(dāng)DNA-修飾Si(111)表面暴露于具有互補(bǔ)和非互補(bǔ)序列的液相DNA寡核苷酸時而出現(xiàn)的界面電特性的變化。n-型和p型硅(111)樣本可在沒有任何中間氧化層的情況下經(jīng)由直接Si--C鍵共價連接到DNA分子。暴露于包含具有互補(bǔ)序列的DNA寡核苷酸的溶液可產(chǎn)生電阻抗的實(shí)數(shù)分量和虛數(shù)分量二者的顯著變化，而暴露于具有非互補(bǔ)序列的DNA產(chǎn)生可忽略的響應(yīng)。電特性的這些變化可用熒光測量證實(shí)，并且在多重的雜交--變性周期中再現(xiàn)。另外，檢測DNA雜交的能力是強(qiáng)烈頻率依賴性的，其中對不同硅體摻雜的結(jié)果的響應(yīng)和比較的建模示出對DNA雜交的靈敏性產(chǎn)生于硅基板的耐性和分子層的耐性的DNA誘發(fā)的變化。Wei等人，《在DNA修飾的硅表面處雜交的直接電學(xué)檢測(DirectelectricaldetectionofhybridizationatDNA-modifiedsiliconsurfaces)》，生物傳感器與生物電子學(xué)(BIOSENSORSANDBIOELECTRONICS)，2004年4月15日；19(9):1013-9。此外，大孔硅可用作電學(xué)傳感器以便實(shí)時、無標(biāo)記檢測DNA雜交，其中僅在基板背側(cè)上進(jìn)行電接觸以允許多孔層完全暴露于DNA。DNA探針與其互補(bǔ)序列的雜交產(chǎn)生阻抗和相角位移的減小，其由在多孔基質(zhì)內(nèi)部的介電常數(shù)的變化和在結(jié)晶硅結(jié)構(gòu)中耗盡層寬度的改變造成。此外，可使用肽核酸(PNA)證實(shí)DNA電荷對響應(yīng)的影響，所述肽核酸為DNA的不帶電類似物。心跳驟停(SCA)心跳驟停(SCA)也被稱作心因性猝死(SCD)，由心臟功能的突然喪失造成。它通常由異常心律引起。SCD在較短時間周期內(nèi)產(chǎn)生，此周期通常小于從癥狀開始1小時。盡管一般來說心血管病癥和具體地說心律失常的管理的當(dāng)前發(fā)展，SCA仍然是對于實(shí)踐臨床醫(yī)生的問題以及主要公共健康問題。在美國，SCA每年占超過300,000個體的損失。相比于肺癌、乳癌或AIDS，每年更多的死亡可歸因于SCA。這呈現(xiàn)在成年群體中每年0.1％到0.2％的發(fā)生率。MyerburgRJ等人，《心跳驟停和心因性猝死(Cardiacarrestandsuddencardiacdeath)》，BraunwaldE編，心血管藥品教科書(ATextbookofCardiovascularMedicine)，第6版，Philadelphia,Saunders,WB.，2001；890-931；美國癌癥學(xué)會(AmericanCancerSociety)，《癌癥事實(shí)和圖片(CancerFactsandFIG.’s)》2003；4；疾病控制中心(CenterforDiseaseControl)2004。在約80％的案例中，SCA發(fā)生于冠狀動脈疾病(“CAD”)的環(huán)境中。大多數(shù)實(shí)例包括心室性心博過速(“VT”)退化到心室顫動(“VF”)和后續(xù)的心搏停止。當(dāng)短暫性神經(jīng)觸發(fā)在不穩(wěn)定心臟上沖擊導(dǎo)致在心臟中正常組織的電活動變得紊亂和混亂時，顫動產(chǎn)生。完全心臟功能障礙獲得。非缺血性心肌病和浸潤性、發(fā)炎性和獲得性瓣膜病占大多數(shù)其它SCA或SCD事件。小百分比的心跳驟停事件發(fā)生在引起遺傳異常的離子通道突變的環(huán)境中，如長期/短期QT綜合征、Brugada綜合征和兒茶酚胺心室性心博過速。這些病狀占少量事件。此外，其它基因異常如肥大心肌病和先天性心臟缺陷如異常冠狀動脈可促使SCA的增加的風(fēng)險。遺傳變異和疾病的關(guān)聯(lián)可隨許多因素的變化而變化，所述因素包括但不限于風(fēng)險等位基因或基因型的頻率、由疾病相關(guān)的等位基因或基因型帶來的相對風(fēng)險、基因分型標(biāo)記和風(fēng)險等位基因之間的相關(guān)度、樣本尺寸、疾病發(fā)病率和樣本群體的基因異源性。為了搜索SNP和患者結(jié)果之間的關(guān)聯(lián)，可從收集自患者的血液樣本分離基因組DNA。在DNA分離之后，可使用本領(lǐng)域的技術(shù)人員已知的基因芯片(例如，Illumina1MMHapMap基因芯片)進(jìn)行全基因組掃描。對于每個基因座，可對每位患者進(jìn)行兩種核酸讀數(shù)，表示在除了關(guān)于男性患者的基因座染色體以外的兩種染色體上的核苷酸變體。在將基因數(shù)據(jù)匯集到電子數(shù)據(jù)庫中之后，可進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。在美國每年ICD植入約250,000個體中，用于包括降低的射血分?jǐn)?shù)(EF)、癥狀性心力衰竭，以及就較輕微程度來說，QRS間隔的延長或其它電生理學(xué)標(biāo)記如信號平均心電圖上的微伏T波交替或晚電位的標(biāo)準(zhǔn)。雖然ICD用于感測和終止危及生命的心律失常具有大于97％的成功率，但僅約25％的接收ICD的患者在植入之后超過4年周期需要對于危及生命的心律失常的治療。因此，用于選擇患者的當(dāng)前標(biāo)準(zhǔn)是相當(dāng)粗糙的，尤其當(dāng)認(rèn)為ICD與包括傳染的各種并發(fā)癥、導(dǎo)聯(lián)故障、設(shè)備故障和不當(dāng)沖擊相關(guān)時。GNAS蛋白質(zhì)和生物標(biāo)記常見遺傳變異可改變個體對特定疾病的易感性。因此，遺傳因素還可調(diào)節(jié)心律失常和SCA的風(fēng)險，并且常見變體的識別可幫助識別處于風(fēng)險的患者。如本文中所述，SCA的潛在遺傳標(biāo)記可定位于編碼G蛋白的基因中。G蛋白由三個亞單元(α、β和γ))組成，并且可與七螺旋跨膜受體(如腎上腺素受體)在與各種生理功能(包括心血管系統(tǒng)的那些功能)相關(guān)的胞內(nèi)信號傳導(dǎo)級聯(lián)中相互作用。因此，G蛋白可涉及受體信號轉(zhuǎn)導(dǎo)，所述受體信號轉(zhuǎn)導(dǎo)涉及心室律動的調(diào)節(jié)。此外，有些證據(jù)已指明G蛋白可直接涉及心房和心室性心律失常的成因。具體地說，GNB3基因由12個定位在染色體位置12p13上的外顯子組成。GNB3SNP為rs5443，其編碼異源三聚G蛋白的β3亞單元。這個基因的廣泛分布的c.825C>T多態(tài)性顯示在cDNA的核苷酸位置825發(fā)生胞嘧啶(C)和胸腺嘧啶(T)之間的交換。已表明，由于G蛋白參與幾乎所有體細(xì)胞中的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)，因此這種多態(tài)性連同對激素和藥物響應(yīng)的變化與動脈高血壓、動脈硬化和肥胖相關(guān)。825T-等位基因的純合體顯示心房細(xì)胞中的離子電流發(fā)生變化并且從而降低心房顫動的風(fēng)險。另外，最近回顧性試點(diǎn)研究的結(jié)果表明GNB3基因的c.825C>T多態(tài)性對具有ICD的患者的危及生命的心律失常傾向可具有改善作用。發(fā)生在GNB3基因中的多態(tài)性與細(xì)胞信號轉(zhuǎn)導(dǎo)的變化相關(guān)，并且與動脈高血壓、動脈硬化和肥胖相關(guān)。VT/VF在CC-純合體中比在TC-雜合體和TT-純合體中更普遍。GNAS基因編碼異源三聚G蛋白的Gαs-亞單元。Gαs(先前刺激G蛋白)的活化激活腺苷環(huán)化酶，導(dǎo)致cAMP水平增加。Gαs通過許多激素受體激活。β1-腎上腺素能受體的活化對心臟尤其重要，因?yàn)槠鋵?dǎo)致正性變時性和變力性。GNAS的幾種體細(xì)胞突變導(dǎo)致罕見的內(nèi)分泌疾病。還存在沉默c.393C>T-多態(tài)性，其被認(rèn)為影響對β-阻滯劑的響應(yīng)。在基因GNAS的啟動子和內(nèi)含子-1中的一系列多態(tài)性近期已被描述；這改變轉(zhuǎn)錄速率和蛋白表達(dá)(c.-1211G>A,c.2291T>C)。發(fā)生在GNAS基因中的多態(tài)性與來自異質(zhì)-三聚G蛋白的Gαs-亞單元的編碼相關(guān)。Gαs的活化激活腺苷環(huán)化酶，導(dǎo)致cAMP增加。Gαs通過許多激素受體激活。β1-腎上腺素能受體的活化對心臟尤其重要，并且可導(dǎo)致正性變時性和變力性。對于Gαq-蛋白的基因GNAQ編碼傳遞信號通過α1-腎上腺素受體(去甲腎上腺素)、內(nèi)皮素受體以及一些其它受體。Gαq直接調(diào)節(jié)許多離子通道。Gαq在心臟中的過度表達(dá)導(dǎo)致心肌肥大，而Gαq(加Gα11)的基因敲除抵消壓力誘發(fā)的肥大。三種新型多態(tài)性近期已經(jīng)在基因GNAQ的啟動子中被描述；這造成Gαq蛋白表達(dá)的更改--c.-909/-908GC>TT、c.-382G>A和c.-387G>A。發(fā)生在GNAQ基因中的多態(tài)性編碼異質(zhì)-三聚G蛋白Gαq-亞單元。Gαq-蛋白傳遞信號通過α1-腎上腺素受體(去甲腎上腺素)、內(nèi)皮素受體和類似的受體。Gαq直接調(diào)節(jié)許多離子通道。Gαq在心臟中的超表達(dá)導(dǎo)致心肌肥大。本文提供一種對于在尤其是“s路徑”G蛋白GNAS的G蛋白上發(fā)現(xiàn)的單核苷酸多態(tài)性(SNP)的具體描述。此類G蛋白質(zhì)通過接收胞外信號的受體激活。相關(guān)G蛋白偶聯(lián)受體為β1腎上腺素受體，其大部分在心臟組織中表達(dá)。如本文中所述的，β1受體為通過腎上腺素和密切相關(guān)的去甲腎上腺素激活的三個β腎上腺素受體中的一個。(去甲)腎上腺素((Nor)epinephrine)也被稱為(去甲)腎上腺素((nor)adrenaline)，并且為人體激素和神經(jīng)傳遞素。腎上腺素經(jīng)由β1受體激活GNAS和具有多個效應(yīng)的下游級聯(lián)，所述效應(yīng)包括心跳速率增加(變速性效應(yīng))、心肌收縮性增加(肌力效應(yīng))和心臟房室的(AV)節(jié)點(diǎn)中的電導(dǎo)率增加(變導(dǎo)效應(yīng))。這三種效應(yīng)造成增加的心輸出量。外源性化合物(即，例如經(jīng)由靜脈內(nèi)注射給藥至身體而非通過身體自身產(chǎn)生的化合物)還可激活或抑制β1腎上腺素受體。此類化合物被稱為激動劑或拮抗劑。β腎上腺素激動劑的實(shí)例為異丙腎上腺素(商標(biāo)名Medihaler-Iso或Isuprel)。β腎上腺素受體的拮抗劑被稱作β阻滯劑，其實(shí)例為醋丁洛爾(Sectral/Prent)、比索洛爾(Concor)和美托洛爾(Lopressor)。激動劑充當(dāng)心臟刺激劑，例如以治療心動過緩(緩慢心跳速率)，而拮抗劑減弱腎上腺素的效應(yīng)并且用于處理心律失常，防止額外的心臟病發(fā)作和治療高血壓。DISCOVERY方法DISCOVERY的目的是確定在編碼G蛋白亞單元的三個基因中七種單核苷酸多態(tài)性(SNP)中的任一種是否預(yù)測在具有植入式心律轉(zhuǎn)復(fù)除顫器(ICD)而無先前VT病史的患者中的心室快速心律失常(VT)。研究試圖確定遺傳多態(tài)性是否可用一級預(yù)防ICD識別處于VT風(fēng)險的患者。與心室快速心律失常相關(guān)的多態(tài)性使用《在植入式心律轉(zhuǎn)復(fù)/除顫器患者中診斷數(shù)據(jù)對疾病管理的影響以及基因組學(xué)與心室快速心律失常的關(guān)聯(lián)(diagnosticdatainfluenceondiseasemanagementandrelationofgenomicstoventriculartachyarrhythmiasinimplantablecardioverter/defibrillatorpatients)》(“DISCOVERY”)研究(Wieneke等人，12EUROPACE，歐洲心臟病學(xué)會(EuropeanSocietyofCardiology)，2010，第424-429頁，其內(nèi)容以全文引用的方式并入)的終點(diǎn)來確定。具體地說，DISCOVERY研究設(shè)計(jì)由以下組成：介入研究，具有ICD植入所有參與患者、血液取樣、編程需要和跟蹤窗口；“歐洲”多中心非隨機(jī)預(yù)期；在整個歐洲十二個國家中的91個中心處參與的1,223名患者的樣本尺寸。具有所有檢測的快速性心律失常事件的電子裝置訊問文件在基礎(chǔ)和所有跟蹤訪問處收集。滿足限定的主要終點(diǎn)定義的所有檢測的心律失常通過一組具有心律失常分類專門知識的個體裁定。裁定心律失常的個體對遺傳信息并不知情。采集血液樣本以分析在編碼G蛋白亞單元的3個基因中7種SNP中的基因型--在GNB3中的C825T，在GNAQ中的GC(909/908)TT、G(382)A和G(387)A以及在GNAS中的C393T、C2273T和T2291C。從植入時間直接從裝置收集心律失常數(shù)據(jù)。中值跟蹤時間是575天，其中四分位范圍為364天到730天。單變量和多變量Cox回歸用于確定在預(yù)測第一持續(xù)VT(≥18跳，≥150bpm)的時間中遺傳和所選擇的非遺傳變量的預(yù)測強(qiáng)度。因?yàn)閂T/VF事件通過植入裝置治療，所以并不能完全理解在無治療的情況下事件是否應(yīng)已為致死的。作為確定事件是否應(yīng)已為致死的替代方案，通過其周期長度將事件分類為三個區(qū)域。緩慢區(qū)域心律失常被定義為VT循環(huán)長度>300ms和≤400ms，中間區(qū)域心律失常被定義為VT循環(huán)長度>240ms和≤300ms，并且快速區(qū)域心律失常被定義為VT循環(huán)長度≤240ms。對于落入三個區(qū)域中的每個中的事件進(jìn)行單獨(dú)時間事件分析。在緩慢區(qū)域中存在具有至少一種事件的242名患者，在中間區(qū)域中存在具有至少一種事件的100名患者，并且在快速區(qū)域中存在具有至少一種事件的52名患者。存在1145名基因分型并且具有裁定的事件、平均年齡為62的患者，963名男性(84％)，638名具有缺血性病史的受試者和373名具有非缺血性心肌病病史的受試者。在群體中等位基因頻率對于C393T是51％T和對于C2273T是37％T，并且均處于哈迪-溫伯格平衡中。作為研究的一部分，參與編碼G蛋白亞單元的候選基因多態(tài)性與心室性心律失常在接收ICD作為一級預(yù)防的患者中的發(fā)生相關(guān)。另外，進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)研究以尋找SNP與心室性心律失常的關(guān)聯(lián)。研究的主要終點(diǎn)被定義為在bpm>150處最大周期長度為400ms的持續(xù)心室性心律失常的發(fā)生。選擇這個以包括大多數(shù)真實(shí)心律失常同時舍棄大多數(shù)錯誤檢測。所有參與的患者接收具有心臟CompassTM的單或雙腔ICD用于記錄長期臨床傾向。在研究過程期間存在13名具有裝置變化的患者。這些變化中的大多數(shù)并不導(dǎo)致單/雙腔狀態(tài)的變化，導(dǎo)致這些的變化在裝置變化之前并不具有VT事件也不具有VT事件。入選標(biāo)準(zhǔn)包括：具有長期臨床傾向的市場審批通過的美敦力公司(Medtronic)的單或雙腔ICD的第一次植入；根據(jù)目前AHA/ACC/ESC指南需要ICD植入用于一級預(yù)防的受試者；受試者愿意且能夠遵從臨床調(diào)查計(jì)劃；受試者預(yù)期保持可供用于跟蹤訪問；受試者在植入10天內(nèi)已經(jīng)簽署知情同意書；以及為了此研究植入系統(tǒng)為對于患者的第一ICD植入物。排除標(biāo)準(zhǔn)包括：懷孕的女性或未進(jìn)行可靠形式的節(jié)育的潛在的妊娠女性；參與可混淆本研究的結(jié)果的并發(fā)研究的受試者；年齡<18歲的受試者或處于如地方法律限定的需要的最低年齡的受試者；預(yù)期壽命<2年的受試者；心臟移植后或等待心臟移植的受試者；預(yù)期展現(xiàn)較差順從性的受試者；以及具有已知與離子通道病變相關(guān)的癥候群如長期或短期QT綜合征、Brugada綜合征和兒茶酚胺心室性心博過速(CPTV)的受試者。在研究中患者的參與和排除示出在圖4中。25名患者從研究中排除，因?yàn)樗麄兇_實(shí)符合排除標(biāo)準(zhǔn)，且53名患者從最終分析中排除，因?yàn)閿?shù)據(jù)集不完整?；颊咦裱?75天的平均時間周期，其中四分位范圍為364-730，在ICD植入之后6、12、18和24個月臨床訪問。在每個跟蹤期間，詢問裝置并且儲存所有數(shù)據(jù)用于后續(xù)分析。在研究期間不知情事件-審查委員會回顧和分類由裝置所記錄的所有報告的自發(fā)心律失常。每個事件的審核由至少兩名有經(jīng)驗(yàn)的心臟病科專家獨(dú)立進(jìn)行。在初始植入過程期間從每個患者收集血液樣本。20mL血液樣本被收集并且直接運(yùn)送到在德國的核心實(shí)驗(yàn)室。在研究終止時根據(jù)基于經(jīng)修飾的聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的方法進(jìn)行候選基因多態(tài)性的基因分型。首先對樣本分析在基因GNB3、GNAQ和GNAS中的七種SNP。對于各種SNP的預(yù)測能力的分析，靈敏性、特異性以及正和負(fù)預(yù)測值被計(jì)算為心室性心律失常的預(yù)測值≥400ms?；趯τ谄谕L(fēng)險分層檢驗(yàn)的正預(yù)測值(PPV)的精確性需要確定樣本尺寸。具有+/-5％最大寬度的95％置信區(qū)間被認(rèn)為適合于PPV的精確性。假設(shè)實(shí)際PPV為40％，386名患者的樣本尺寸需要達(dá)到這種水平的精確性。本文中，二分法連同如由Johnson和Kotz所描述的比例置信區(qū)間公式一起使用。DISCOVERY有足夠的動力來評估在多于三分之一的所有患者中表達(dá)的標(biāo)記。由于患有心律失常的386名患者需要達(dá)到主要終點(diǎn)，所以至少3×386＝1158名具有ICD植入的主要指示的患者參與。研究的次要目的是評估作為對死亡、心臟死亡和心房心律失常的預(yù)測值的在基因GNB3、GNAS和GNAQ中SNP和其它包含影響心臟離子通道的活性的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)元件的SNP的PPV。另一次要目的是評估對于遺傳標(biāo)記、作為PE、死亡、心臟死亡和心房心律失常的預(yù)測值的基礎(chǔ)和FU數(shù)據(jù)的最佳組合的PPV。另外的次要目的包括評估編程變化的頻率，包含AF-預(yù)防和AF-治療算法；評估ICD-系統(tǒng)診斷的使用，如傾斜狀態(tài)、阻抗、起搏閾值和感測產(chǎn)生醫(yī)療后果；評估基于ICD的患者診斷的使用，包括心律失常、IEGM、心臟頻率、起搏％和心臟指南，產(chǎn)生醫(yī)療后果；以及評估起搏-參數(shù)編程變化的頻率和所得醫(yī)療后果。研究的次要終點(diǎn)是基于關(guān)于死亡CRF的信息的死亡/總括性死亡率，和基于如由不良事件裁定委員會(AdverseEventAdjudicationCommittee，AEAC)所裁定的關(guān)于死亡CFR的死亡分類的心臟死亡。另外的次要終點(diǎn)包括通過ICD使用SVT或AT/AF事件記錄并且基于在FUCRFIII中的裝置事件的調(diào)查員分類以及使用心臟指南數(shù)據(jù)由兩個不知情的單獨(dú)的醫(yī)生裁定的心房心律失常作為文檔。另外次要終點(diǎn)包括AF-預(yù)防和AF-治療算法的編程變化，和醫(yī)療后果，其包括住院、醫(yī)療干預(yù)、藥物、手術(shù)和ICD-編程變化。研究的基礎(chǔ)包含針對DISCOVERY合格標(biāo)準(zhǔn)的患者篩選；告知患者和獲得適當(dāng)簽署和注明日期的同意書；記錄患者人口資料、醫(yī)療史、心血管狀態(tài)和病史、心律失常病史、物理評估(包括LV射血分?jǐn)?shù)、12-導(dǎo)聯(lián)ECG)、NYHA型和心血管藥劑；和用于基因組學(xué)分析的血液檢驗(yàn)。在住院期間在植入之前收集基礎(chǔ)血液檢驗(yàn)。然后將試劑盒提供到核心實(shí)驗(yàn)室。關(guān)于植入物，對于ICD植入的外科手術(shù)由醫(yī)生斷定。建議在10J安全界限處進(jìn)行心室除顫測試；然而，調(diào)查員不使用他或她的優(yōu)選方法。最終裝置編程儲存在儲存-至-磁盤文件上，并且出現(xiàn)在植入后一天或多天，但在釋放患者之前，如以下表1中所示。表1跟蹤包括FU持續(xù)時間、癥狀、住院、心臟復(fù)律、儲存-至-磁盤文件和心律失常的分類。對于在FU訪問期間所采取的醫(yī)療決策，診斷的使用是探索裝置相關(guān)的診斷如電池狀態(tài)、感測、起搏閾值和阻抗，以及患者相關(guān)聯(lián)診斷如心律失常/IEGM、心臟頻率、起搏％和心臟指南。不良事件報告包括嚴(yán)重不良裝置反應(yīng)(SeriousAdverseDeviceEffect，SADE)、ADE，如果還沒有采取適當(dāng)?shù)男袆踊蜻€沒有做出干預(yù)或如果環(huán)境還不是很適當(dāng)，所述ADE已經(jīng)產(chǎn)生SAE的后果特性中的任一種并且已經(jīng)可導(dǎo)致這些后果中的任一種。另外，嚴(yán)重過程相關(guān)的AE為由于對于臨床調(diào)查特定的任何過程(包括系統(tǒng)的植入或改變)而產(chǎn)生的SAE。嚴(yán)重不良事件(SAE)被描述為導(dǎo)致死亡；導(dǎo)致受試者的健康狀況嚴(yán)重惡化：產(chǎn)生危及生命的疾病或損傷，產(chǎn)生對身體結(jié)構(gòu)或身體功能的永久性損害，需要患者住院或延長現(xiàn)有住院，或產(chǎn)生醫(yī)療或手術(shù)干預(yù)以預(yù)防對身體結(jié)構(gòu)或身體功能的永久性損害；或?qū)е绿壕狡?、胎兒死亡或先天性異?；蛳忍烊毕莸牟涣际录?。檢測的心室或過速室性心律失常應(yīng)不被視為不良事件，不管治療還是不治療，因?yàn)樗鼈儤?gòu)成研究的目的并且報告為研究終點(diǎn)。根據(jù)缺失兩次連續(xù)跟蹤訪問、通常未能完全要求過程、失去跟蹤或不再遵循入選/排除標(biāo)準(zhǔn)，從研究中抽離患者。DISCOVERY主要終點(diǎn)多變量分析在Discovery研究中研究在編碼G蛋白亞單元的3個基因中的七種SNP--在GNB3中的C825T，在GNAQ中的GC(-909/-908)TT、G(-382)A和G(-387)A以及在GNAS中的C393T、C2273T和T2291C。在DISCOVERY研究中的所有SNP，7個觀測的基因型分布無一者偏離哈迪-溫伯格平衡，并且全部具有匹配對于白種人群所報告的那些的發(fā)病率測量值。在GNAS基因中的兩種SNP，C393T和C2273T，是VT發(fā)生率的顯著單變量預(yù)測值。對于具有每個基因型的患者的第一VT事件的時間的卡普蘭-梅爾曲線示出在圖5中。在包括非持續(xù)VT的病史、左心室射血分?jǐn)?shù)、QRS持續(xù)時間、性別和非缺血性心肌病病史的多變量模型中，兩種SNP保持顯著(對于C393T，HR＝1.3，似然比p＝0.046，并且對于C2273T，HR＝1.4，似然比p＝0.027)。在超過7次比較的用于控制族系誤差率的基于排列的方法中，C2273T保持顯著，并且C393T接近顯著性(p<0.1)。在分析群體內(nèi)，適當(dāng)?shù)剡B接2個顯著的GNASSNP(相關(guān)度＝-0.277；D'＝0.369)并且彼此間隔9752個核苷酸定位?；仡櫺詠喗M分析指示，在具有缺血性心肌病病史的患者亞組中，僅C393TTT基因型保持為VT顯著預(yù)測值(HR＝2.1，p<0.0052)，而在具有非缺血性心肌病病史的受試者中，僅C2273TTT基因型保持VT的顯著預(yù)測值(HR＝1.76，p＝0.0006)。在不受限于任何特定理論的情況下，據(jù)相信，在DISCOVERY研究內(nèi)，當(dāng)患有缺血性疾病的受試者具有比患有非缺血性疾病的受試者更低的VT事件的發(fā)生率時，對于C393T具有TT基因型的缺血性患者具有增加的VT風(fēng)險直到他們具有與非缺血性患者類似的VT風(fēng)險的時刻。在非缺血性患者中，并不出現(xiàn)C393T基因型效應(yīng)。不管心肌病病因，對于C2273T基因型存在增加VT風(fēng)險。本文所述的GNASSNP(例如，SEQIDNO.1和SEQIDNO.2)可影響GNAS蛋白的表達(dá)水平，這通常反過來可影響心臟再同步治療(CRT)的療效。因?yàn)镃RT在β-阻滯劑上操作，并且因?yàn)椴辉谧罴薛?阻滯劑治療上患者具有較高CRT非-響應(yīng)的風(fēng)險，所以在不受限于任何特定理論的情況下，消弱β-阻滯劑響應(yīng)的GNAS的突變也可影響CRT響應(yīng)。因而，在本發(fā)明的第一方面到第十三方面的任何實(shí)施例中，如本文中所述的SNP可為CRT和/或ICD治療的療效的預(yù)測值。DISCOVERY研究示出獨(dú)立于其它臨床風(fēng)險因素的遺傳風(fēng)險分層器，并且首次引入心律失常的新型G蛋白介導(dǎo)機(jī)制。主要研究目的是探索在編碼G蛋白亞單元的3個基因中7種SNP中的任一種是否預(yù)測心律失常的時間。因?yàn)镈ISCOVERY為表示并接收ICD的初始植入物的指南的受試者的預(yù)期研究，所以在植入后跟蹤受試者24個月，并且血液樣本用于分析在編碼G蛋白亞單元的3個基因中的7種SNP中的基因型--在GNB3中的C825T，在GNAQ中的GC(-909/-908)TT、G(-382)A和G(-387)A以及在GNAS中的C393T、C2273T和T2291C。所有自發(fā)心室性心博過速(VT)事件由于ICD植入物而保存在裝置中，并且由包括至少兩個醫(yī)生的單獨(dú)的不知情委員會裁定。根據(jù)兩年跟蹤的結(jié)果進(jìn)行單變量分析，其中對每種SNP進(jìn)行Cox回歸，用設(shè)定成次要等位基因的數(shù)量的值建模為序數(shù)變量。對每種SNP計(jì)算風(fēng)險比和經(jīng)Bonferroni調(diào)整的p值。具體地說，單變量和多變量Cox回歸用于確定第一裁定VT的時間的預(yù)測強(qiáng)度(<400毫秒，>150bpm)。研究的結(jié)果示出C2273T(rs12481583)可為心室性心博過速(VT)的時間的顯著單變量預(yù)測值，并且C393T(rs7121)足夠接近以獲得另外的研究(經(jīng)Bonferroni調(diào)整的p值＝0.0649)。在包括非持續(xù)VT(NSVT)的病史、左心室射血分?jǐn)?shù)(LVEF)、QRS持續(xù)時間、性別和非缺血性心肌病病史的多變量模型中，C393T的TT基因型變得顯著(HR＝1.291，p＝0.0467)，并且C2273T的TT基因型保持顯著(HR＝1.402，p<0.0273)。進(jìn)行對數(shù)似然檢驗(yàn)以比較具有SNP標(biāo)記和不具有SNP標(biāo)記的最終模型。當(dāng)非標(biāo)記模型與具有表明患者具有對于C393T或C2273T的基因型TT的變量的模型相比較時，p值為0.00055。GNASc.393C>T(TT)與單倍型相距約10,000個核苷酸，并且被適當(dāng)連接。這些結(jié)果與Frey等人，歐洲心臟雜志(2011)一致。Frey出版物公開在冠狀動脈旁路移植(CABG)之后患者的研究。在該群體中，C2273TSNP在預(yù)測1年心血管相關(guān)死亡率的的單倍型中，其中*3單倍型是保護(hù)性的并且*1單倍型是3個單倍型中最風(fēng)險的。在DISCOVERY中，C2273TSNP的C等位基因與總括性死亡率和心臟相關(guān)死亡率的風(fēng)險相關(guān)。在DISCOVERY群體內(nèi)，C2273TT等位基因?qū)е略黾拥腣T/VF風(fēng)險，而C等位基因同時導(dǎo)致死亡率和心臟相關(guān)死亡率風(fēng)險。在不受限于本發(fā)明的任何特定理論的情況下，據(jù)相信，對于兩種基因中的任一種的TT基因型指示增加的VT/VF風(fēng)險。埃森試點(diǎn)研究(EssenPilotStudy)，《通過基因分型G蛋白3亞單元(GNB3)C825T多態(tài)性更好的識別受益于植入式心律轉(zhuǎn)復(fù)除顫器的患者(BetteridentificationofpatientswhobenefitfromimplantablecardioverterdefibrillatorsbygenotypingtheGprotein3subunit(GNB3)C825Tpolymorphism)》，Wieneke等人，德國杜伊斯堡-埃森大學(xué)藥物遺傳學(xué)學(xué)院和心臟病學(xué)系(InstituteofPharmacogeneticsandDepartmentofCardiology,UniversityofDuiburg-Essen,Germany)，包括82名患者，23名已經(jīng)歷至少1種事件，總共75種事件。TT/CT與CC導(dǎo)致HR3,9(95％Cl1,6-9,7)。比較具有和不具有C393T(rs7121)TT基因型(p＝0.002)或TTGNAS基因型(p＝0.0002)中任一種的模型的對數(shù)似然檢驗(yàn)可表明可能的顯著模型改進(jìn)。在具有缺血性心肌病病史的受試者亞組內(nèi)，C393T(rs7121)TT基因型保持為VT的時間的顯著預(yù)測值(HR＝1.76，p<0.0006)，而在具有非缺血性心肌病病史的受試者中，C2273TTT基因型保持VT的時間的顯著預(yù)測值(HR＝1.8，p＝0.05)。因而，GNAS基因包含2種SNP，其改進(jìn)VT的時間預(yù)測超出其它已知和可疑的臨床因素。在DISCOVERY研究的遺傳學(xué)部分中，在接收ICD用于一級預(yù)防的患者體內(nèi)，參與編碼G蛋白亞單元的候選基因多態(tài)性心室性心律失常的發(fā)生相關(guān)。檢驗(yàn)的七種特異性SNP在表2中列出。表2作為DISCOVERY研究的一部分檢驗(yàn)的SNP患者為從其收集血液樣本的一級預(yù)防患者。在兩年之后，進(jìn)行跟蹤以確定患者是已經(jīng)歷VT/VF事件(“事件組”)還是未經(jīng)歷VT/VF事件(“對照組”)。VT/VF是指心室性心博過速(VT)和心室顫動(VF)。VT為源自心室(心臟的底部室)的增加的心跳速率。VT可導(dǎo)致VF，其為造成非正常收縮的心臟心室的不協(xié)調(diào)的收縮。反過來，如果不立即治療，這可導(dǎo)致心搏停止(平線)或完全停止血液循環(huán)，這可導(dǎo)致患者在幾分鐘內(nèi)死亡。由于VT或VF的死亡可通常被稱作心因性猝死(SCD)或心跳驟停(SCA)。如本文中所述的，1,145一級預(yù)防患者最終包含于具有裝置訊問信息的基因分型患者分析群體中，以確認(rèn)任何潛在的VT/VF事件。圖1示出了研究設(shè)計(jì)，它包括不具有先前致死的心律失常病史但由于致死的心律失常的高風(fēng)險指示ICD植入物的患者的參與。圖4指示研究執(zhí)行細(xì)節(jié)。其中，在研究跟蹤周期期間，848名是對照組(無VT/VF事件，如由不知情醫(yī)生裁定所確定的)的一部分，而297名在事件組(VT/VF事件確實(shí)出現(xiàn))中。在研究過程中對每一患者測量的變量包括：年齡、性別、LVEF(％)、NYHA型、QRS持續(xù)時間(毫秒)、心肌病病因(缺血性/非缺血性心肌病)、非持續(xù)心室性心博過速(NSVT)病史、心房顫動病史、室性早搏(PVC)病史、暈厥病史、糖尿病病史、β阻滯劑使用、抗心律失常藥物的使用、利尿劑的使用、ACE抑制劑的使用、強(qiáng)心苷的使用、antilipidemics的使用、GNASc.393C>T(CC/CT與TT)和GNASc.2273C>T。這些變量中的每個的發(fā)病率和具有每個變量的經(jīng)歷VT事件的患者數(shù)連同對于每個變量的p值示出在表3中。表3使用如表4中所示的單變量和多變量分析來分析所收集的關(guān)于1,145名患者的數(shù)據(jù)。如在本發(fā)明的第一方面到第十三方面中所使用和本領(lǐng)域普通技術(shù)人員所理解，多變量分析意指同時分析所有所測量變量。在本發(fā)明的DISCOVERY研究中，對于多變量分析實(shí)施Cox回歸。包括于多變量模型中變量包括：年齡、性別、LVEF(％)、NYHA型、QRS持續(xù)時間(毫秒)、心肌病病因(缺血性/非缺血性心肌病)、非持續(xù)心室性心博過速(NSVT)病史、心房顫動病史、室性早搏(PVC)病史、暈厥病史、糖尿病病史、β阻滯劑使用、抗心律失常藥物的使用、GNASc.393C>T(CC/CT與TT)和GNASc.2273C>T(CC/CT與TT)。表4單變量和多變量分析結(jié)果的匯總進(jìn)行單變量分析，其中同時對對照和事件組比較單個變量。計(jì)算每個變量的風(fēng)險比(HR)。具體地說，HR被定義為對于對照和事件組之間的變量的風(fēng)險率的比。舉例來說，在表4中，對于NSVT的HR為1.8，意指在本研究過程中，當(dāng)患者已經(jīng)歷非持續(xù)心室性心博過速(NSVT)時，患者經(jīng)歷VT/VF事件的機(jī)會(在事件組中死亡的機(jī)會)為比未經(jīng)歷VT/VF事件的患者(在對照組中死亡)高1.8倍。HR為風(fēng)險的相對測量而不是絕對測量。提供于表4中的變量的詳細(xì)描述如下：(1)“NSVT”為非持續(xù)心室性心博過速。對于“快速心臟”來自希臘的一般心博過速被定義為心跳速率快于100次跳動每分鐘(bpm)的正常平均速率。NSVT被定義為以超過120bpm的速率并且持續(xù)小于30秒三次或更多次連續(xù)跳動。心博過速可為無癥狀的。如果它為致病性的(造成疾病癥狀)，那么它被稱為快速性心律失常。心室快速性心律失常為源自左心室的致病性心博過速。(2)“LVEF”是指左心室射血分?jǐn)?shù)，并且指當(dāng)跳動時心臟實(shí)際上泵送出的在左心室中血液總體積的百分比。人類心臟由四個單獨(dú)室(右心房和右心室以及左心房和左心室)組成。心房接收來自循環(huán)的血液并且將它泵送到心室中。更強(qiáng)大的心室將血液泵送到循環(huán)中。心臟的右側(cè)接收來自身體其余部分的血液，并且將它泵送到肺中。心臟的左側(cè)接收來自肺的當(dāng)前氧合血液，并且朝向身體的其余部分泵送它。如果在缺血性患者中LVEF<40％，那么NSVT已經(jīng)與SCD的增加的風(fēng)險相關(guān)，建議進(jìn)一步的檢驗(yàn)以確定ICD是否應(yīng)被植入。(3)“QRS持續(xù)時間”是指在典型人類心電圖的一部分中QRS波群的瞬時長度。一般來說，心電圖具有五個偏轉(zhuǎn)或波峰和波谷，命名為P、Q、R、S和T。R是指特征高波峰，并且Q和S為分別緊接在這個波峰之前和之后的波谷。Q、R和S在彼此之后快速出現(xiàn)，并且被稱作QRS波群。QRS持續(xù)時間(通常0.06秒-0.12秒)可隨心博過速而縮短。應(yīng)注意，與正常心律相比，具有VT的QRS持續(xù)時間有時可更長。(4)“HF病因--缺血性”是指心力衰竭(HF)的原因(病因)，在這種情況下局部缺血(缺血性心肌病)。局部缺血是血液流向組織的限制并且在本發(fā)明的第一方面到第十三方面中在心肌背景內(nèi)。將報告缺血性心肌病病史的患者與報告非缺血性心肌病病史的患者和報告無心肌病病史的患者相比。(5)“性別(男性)”：DISCOVERY研究為男性(相對于女性)是否賦予心室快速性心律失常的增加的風(fēng)險。(6)“GNASc.393C>T(TT)”是指在GNAS基因(rs7121)中的遺傳多態(tài)性。GNAS是指人類GNAS復(fù)合基因座(Entrez基因ID2778)。GNAS基因編碼G蛋白α亞單元，即所謂的“s”信號傳導(dǎo)路徑的一部分(其余為“q”和“i/o”路徑)。G蛋白質(zhì)由稱為α、β和γ的由單獨(dú)的基因編碼的三個亞單元組成，并且被偶聯(lián)到檢測來自細(xì)胞外信號的胞外受體。GNAS的α亞單元為活化元件。響應(yīng)于胞外信號，激活α亞單元，并且反過來激活G蛋白和下游信號級聯(lián)，最終導(dǎo)致例如細(xì)胞中的生理變化。從一個人類個體到下一個，可存在遺傳密碼的小差異。這些被稱作單核苷酸多態(tài)性或SNP。此類SNP可造成編碼的蛋白突變或沉默(不造成突變)，或改變基因的表達(dá)水平。GNASc.393是指如從序列的開始(起點(diǎn))所測量的在GNAS基因的cDNA的序列中的特異性核苷酸。C>T是指觀測的實(shí)際變異。參考(“正?！?序列包含在位置393的“C”，但在具有多態(tài)性的個體中，反而發(fā)現(xiàn)“T”。由于人類具有兩個拷貝的每種基因，一個源自父體，一個來自母體(在男性中，性染色體X和Y顯著異常)，SNP的三種不同“圖譜”在任何個體中都是可能的：兩個C或CC、兩個T或TT，一個C和一個T或CT。在本發(fā)明的第一方面到第十三方面中，因此確定是否具有TT圖譜(相對于CC或CT)攜有心室快速性心律失常的增加的風(fēng)險。(7)“單倍型*2的拷貝”-單倍型是指通常以域形式在一起遺傳的一組SNP(即，它們在統(tǒng)計(jì)上彼此相關(guān))。因而，如果一個或少數(shù)SNP的序列是已知的，那么可推斷存在于同一域中的其它SNP的序列。舉例來說，如果SNP2273(即，rs12481583)和SNP2291(即，rs6026584)的基因型是已知的，那么可推斷存在于同一域中的6個其它SNP的序列。值得注意的是，這其它6種SNP的dbSNP標(biāo)識符是rs6123837、Del1340、rs6026580、rs6092704、rs12481574和rs15754。因而，確定SNP2273(即，rs12481583)和2291(即，rs6026584)的序列具有與確定在這個域中的所有八種SNP的序列的相同值，因?yàn)榭蓮?273和2291序列推斷其余值。此外，在本發(fā)明的第一方面到第十三方面中的相關(guān)度存在于2273和/或2291SNP的序列一致性和生物效應(yīng)之間。與單倍型相關(guān)生物效應(yīng)并不一定由這些特異性SNP引起，但可是由于在單倍型域中的其它序列。因而，依賴于此類單倍型的識別的方法被本發(fā)明的第一方面到第十三方面涵蓋。這意味著確定SNP2273和2291的序列具有與確定在這個域中的所有八種SNP的序列的相同值，因?yàn)榭蓮?273和2291序列推斷其余值。值得注意的是，八個變異區(qū)可作為域傳遞。因此，具有高似然性，一個個體可接收來自每個父體的一組8個變體，因?yàn)榇嬖诳稍谝黄疬z傳的這些變體的3個潛在組。每個個體將接收這組變體(一來自各個父體)的兩個拷貝。緊接于這些序列數(shù)字示出每組序列的發(fā)生率。作為實(shí)例，第一組變體被稱作*1單倍型，并且其發(fā)生率為32.5％因?yàn)閿?shù)字不恰好總計(jì)為100％，所以除在表5中列出的三個之外，還可存在其它低的發(fā)生率的單倍型。表5如圖6所示，“單倍型*2”為可指示對于2273的“C”配置以及對于2291的“C”的任意名稱。在這種特定情況下，其它可能的單倍型可為*1(對于2273的C和對于2291的T)和*3(對于2273的T和對于2291的C)。對于2273的T和對于2291的T的理論第四選擇方案似乎并不出現(xiàn)在群體研究內(nèi)。在表5中，Del1340可由對于CGTGGTTTCTTTTTTTTTTTTTTTT[-TTTTTTT/TTTTTTTTT]GTCCTCCTCAAGGTGGGAGGGGGGA(SEQIDNO.13)的rs35813452表示，其中負(fù)標(biāo)志(-)表示缺失，并且TTTTTTT或TTTTTTTTT進(jìn)一步表示可能的缺失。圖6還示出本發(fā)明的第一方面到第十三方面的GNASSNP單倍型。圖6的左圖示出在來自表5的以域形式在一起遺傳的GNAS基因中的八種SNP。rs12481583是指c.2273C>T，并且rs6026584是指c.2291T>C。三個最右側(cè)的SNP(rs13433254、Del3638和rd3730164)不是域的一部分，如由在圖6中單倍型以下的倒三角形指示。SNPrs7121c.393C>T，也是本發(fā)明的第一方面到第十三方面的一部分，并不是該域的一部分，并且獨(dú)立于在域1單倍型中的八種SNP(參見表6)遺傳。對于SNP的三個單倍型(配置)在研究群體中報告，標(biāo)記*1、*2和*3，其中發(fā)生頻率分別為0.325、0.260和0.356。在不受限于本發(fā)明的任何特定理論的情況下，應(yīng)注意三個數(shù)字并不共計(jì)為1.0或100％，因?yàn)榭纱嬖诹硗獾暮苌俪霈F(xiàn)的單倍型。右圖概述可在個體中出現(xiàn)的對于2273和2291SNP的序列的所有可能組合。舉例來說，具有*1/*1的個體可接收來自每個父體的*1域，并且將具有對于2273的兩個C和對于2291的兩個T。具有*1/*3的個體可接收來自一個父體的*1域和來自其它父體的*3域，并且將具有對于2273的一個C和一個T以及對于2291的一個T和一個C。七種SNP(編碼G蛋白亞單元的3個基因：在GNB3中的C825T，在GNAQ中的GC(-909/-908)TT、G(-382)A和G(-387)A以及在GNAS中的C393T、C2273T和T2291C)的單變量分析產(chǎn)生對于7種SNP中的兩種(即GNASc.393C>T和GNASc.2273C>T)的顯著的p值(分別為0.0048和0.0019)，如表6中所示。在研究期間每種SNP的發(fā)生率示出在表7中。表6關(guān)于在單變量分析之后SNP的結(jié)果的匯總--以分類變量的形式建模的SNP表7表8提供p值序數(shù)分析，其中每種SNP已經(jīng)被認(rèn)為具有其中序數(shù)值示出為次要等位基因的數(shù)目的數(shù)值。因此，GNASc.###X>Y的表示法指示Y為次要等位基因和序數(shù)值。舉例來說，GNASc.393C>T為其中CC＝0，CT＝1和TT＝2，導(dǎo)致0.00901的原始p值。具體地說，C393T基因型可被設(shè)定為具有三個類別(CC、CT、TT)的類別變量。或者，C393T基因型可被設(shè)定為連續(xù)(序數(shù))變量，如對于表8和表9的分析的情況。序數(shù)值可被認(rèn)為表示次要(較不常見)等位基因的數(shù)目。由于T為次要等位基因，所以序數(shù)編碼將為CC＝0、CT＝1TT＝2。序數(shù)基因型以連續(xù)(相對于類別)變量形式被擬合在Cox回歸中。表8關(guān)于在單變量分析之后SNP的結(jié)果的匯總--以序數(shù)變量的形式建模的SNP表10示出對于建模為C393T和C2273T的隱性TT的SNP的序數(shù)分析。結(jié)果展示對于GNASc.393C>T和c.2273C>T的低p值。表9變量HRP值GNASc.393C>T1.4240.0042GNASc.2273C>T1.5620.0022在參與后24個月的對于每個基因VT發(fā)生率示出在表10中。兩種SNP與VT的增加的風(fēng)險相關(guān)。在多重比較的校正之后，GNASc.2273保持顯著，而GNASc.393是邊緣型顯著的。當(dāng)在相同GNAS基因上時，這些SNP表現(xiàn)出相對獨(dú)立。與似乎具有同樣的VT發(fā)生率的CC和CT基因型相比，TT基因型似乎具有VT的增加的發(fā)生率的事實(shí)，表明它是隱性特性。相同數(shù)據(jù)示出為在圖5中的卡普蘭-梅爾曲線。對于具有在C393T中的TT基因型的305名患者(26.6％)24個月時VT/VF發(fā)生率，卡普蘭-梅爾估計(jì)值是41.1％(34.7％-48.1％的95％置信區(qū)間)，而在具有CC/CT基因型的患者中的發(fā)生率是30.9％(27.3％-34.9％的95％置信區(qū)間)。對于具有在C2273T中的TT基因型的156名患者(13.6％)24個月時VT/VF發(fā)生率，卡普蘭-梅爾估計(jì)值是45.3％(36.7％-54.8％的95％置信區(qū)間)，而對于具有CC/CT基因型的患者是31.6％(28.2％-35.3％的95％置信區(qū)間)。這種增加的風(fēng)險在調(diào)節(jié)非遺傳共變量之后保持顯著，所述共變量包括非持續(xù)VT病史、缺血性心肌病病因、左心室射血分?jǐn)?shù)、QRS持續(xù)時間和性別，如表4中所示。表10對與C393T和C2273TSNP相關(guān)的數(shù)據(jù)進(jìn)行進(jìn)一步分析。具體地說，分析兩種SNP的每個變異對于事件的發(fā)生率的聯(lián)合效應(yīng)，其中具有缺血性心肌病病史的患者與具有非缺血性心肌病病史的患者分開，如圖8中所示。圖8對應(yīng)于表11和表12。具體地說，因?yàn)榉侨毖孕募〔?HF病因)病史是多變量模型(表4)中的顯著變量，所以對具有缺血性心肌病和非缺血性心肌病病史患者進(jìn)行單獨(dú)亞組分析。表11在多變量分析之后結(jié)果的匯總--報告對于GNASc.393的缺血性心肌病的病史的患者變量HRp值NSVT2.0120.0003抗心律失常藥物0.4260.0161GNASc.393C>T(TT)2.078<.0001表12在多變量分析之后結(jié)果的匯總--報告對于GNASc.2273的非缺血性心肌病的病史的患者變量HRp值NSVT1.9750.0004LVEF0.9830.0253GNASc.2273C>T(TT)1.7960.0109圖8示出在具有缺血性心肌病病史的受試者中的心律失常事件，作為事件(心律失常)的發(fā)生率相對于對于每個基因的風(fēng)險天數(shù)的卡普蘭-梅爾曲線。如圖8和對應(yīng)的表11所示，GNASc.393C>T(TT)在多變量分析中是顯著的(HR＝2.078，p值＝p<.0001)。對于具有每個基因型組合的受試者的總體和缺血性或非缺血性亞組計(jì)數(shù)數(shù)據(jù)提供在表13中。這些數(shù)據(jù)與圖7至圖8結(jié)合。某些患者并不報告任何心肌病病史。因此，應(yīng)理解缺血性和非缺血性患者的數(shù)目不必總計(jì)為在基因型組內(nèi)的患者的總體數(shù)目。表13具有每個基因型組合受試者的亞組計(jì)數(shù)C393TC2273T總體缺血性非缺血性CCCC1708563CCCT945330CCTT20108CTCC21012861CTCT28215888CTTT613317TTCC754525TTCT1528647TTTT753828如表11中所示，GNASc.393C>T(TT)在缺血性患者的亞組中的多變量分析中是非常顯著的(p<0.001)。這些是NSVT(非持續(xù)心室性心博過速)發(fā)生，非遺傳因素，和對于GNASc.393C>TSNP的“TT”基因型的存在，遺傳因素。對于NSVT的HR為1.895，其指示對于NSVT為正的患者在“事件”組中死亡機(jī)會比在“對照”組中死亡高幾乎2×。對于GNAS393SNP的HR為1.291，指示當(dāng)患者具有這種SNP的TT變型時，經(jīng)歷心室性心律失常的1.291x增加的機(jī)會。因而，該發(fā)現(xiàn)可指示GNASc.393C>TSNP的TT變體的存在作為心室性心律失常的預(yù)測值。所研究的兩種SNP在多變量模型中保持顯著。對于預(yù)測值，許多VT的其它潛在的預(yù)測值超出p<0.05范圍。表6還示出在GNAS基因中SNPc.393C>T和c.2273C>T的TT變體都是VT/VF事件的顯著預(yù)測值。這可指示GNASc.393C>T和c.2273C>TSNP的TT變體的存在作為心室性心律失常的預(yù)測值。然而，在缺血性與非缺血性心肌病的患者病史的具體背景下，兩種SNP(C393T和C2273T)的預(yù)測值可不同。舉例來說，圖8示出在具有缺血性心肌病病史的群體中，在表示缺血性C393TCC/CT患者和缺血性C393TTT患者的卡普蘭-梅爾曲線之間存在可辨別的分離，其中C393TTT患者具有VT/VF事件的相對較高風(fēng)險。非缺血性患者中C393T基因型之間不存在可辨別的分離。圖9示出具有對于C2273T的TT基因型的患者具有VT/VF的增加的風(fēng)險，而不管心肌病病因。對于C393T或C2273T(粗線)的TT序列的發(fā)生可與對于每個組合呈現(xiàn)約相同的增加發(fā)生率速率相關(guān)，與可具有較低發(fā)生率的CC/TT和TT/CC的可能異常相關(guān)。相比之下，具有尤其不包括對于任一SNP的TT序列(細(xì)線)的其它組合中的任一種的患者示出較低發(fā)生率速率。在非缺血性群體中，圖8，三個長虛線(C2273T的TT變體)示出較高事件發(fā)生率，但其它線(C393T的變體)中的任一種未示出。單倍型和單倍型對通過C2291T和C2273TSNP識別，如以下表14和表15中所示和如本文和圖6中所述。表14單倍型表15單倍型對對于C393T/C2273T基因型的從第一快速VT或上次訪問的時間的事件的發(fā)生率示出在圖7中。對于在任一基因上組合的TT的從第一快速VT或上次訪問的時間的事件的發(fā)生率示出在圖9中。與由在Frey等人中的單倍型所報告的患者群體相比，表15說明本發(fā)明的第一方面到第十三方面的患者群體具有類似單倍型分布。SNP的一種現(xiàn)象是連鎖不平衡，它是指特異性等位基因在不同基因組位置處與通過隨機(jī)變化應(yīng)預(yù)期的相比更頻繁地一起出現(xiàn)的傾向。如果等位基因(或單倍型)的任何特定組的頻率為其個體群體頻率的乘積，那么在給定基因座處等位基因被稱為處于完全平衡。若干種統(tǒng)計(jì)測量可用于定量這種關(guān)系。兩個基因座之間連鎖不平衡的計(jì)算示出它們不是獨(dú)立的，然而僅發(fā)現(xiàn)弱的相關(guān)度(r＝-0.2770825)。DISCOVERY設(shè)計(jì)論文指示G-1211A應(yīng)在SNP基因分型中。然而，由于它與C2273T處于完全連鎖不平衡，并且后者更易于基因分型，對基因型C2273T作出決策。圖10示出基因的位置和其之間的距離。在C393T或C2273T中T等位基因的純合性(TH)與1.58的HR相關(guān)，如圖16中所示(p＝0.0001)。TH的增量值通過比較具有所有具有和不具有TH的非SNP共變量的模型來評估，并且發(fā)現(xiàn)為統(tǒng)計(jì)顯著的(p＝0.00055)。與在兩個基因座中的僅一者處具有TT基因型的患者相比，在C393T和C2273T二者處具有TT基因型的患者并不具有增加的風(fēng)險。如本文中所闡釋，因?yàn)橹委烿T/VF事件，所以不可能完全理解在無治療情況下事件是否應(yīng)已為致死的。一種用于確定發(fā)作性癥狀是否應(yīng)已為致死的替代方案為通過其周期長度(或?qū)?yīng)的每分鐘跳動次數(shù))對其進(jìn)行分類。對于落入三個區(qū)域中的每個中的事件進(jìn)行單獨(dú)時間事件分析。緩慢區(qū)域被定義為VT周期長度>300ms和≤400ms；中間區(qū)域被定義為VT周期長度>240ms和≤300ms；并且快速區(qū)域被定義為VT周期長度≤240ms。對于每個區(qū)域的卡普蘭-梅爾曲線示出在圖11至圖13中。如圖11至圖13所示，在任一區(qū)域中具有TT基因型的患者中，在所有區(qū)域中心律失常的風(fēng)險顯著增加。TH是在緩慢區(qū)域(p＝0.0071；HR＝1.42)和快速區(qū)域(p＝0.0084；HR＝2.08)中事件發(fā)生率的統(tǒng)計(jì)顯著預(yù)測值，并且接近在中間區(qū)域(p＝0.0564；HR＝1.47)中的事件發(fā)生率顯著預(yù)測值。還確定第一治療事件的時間。事件被分類為休克、僅ATP或任何治療。對于每個治療的卡普蘭-梅爾曲線示出在圖14至圖16中。如圖11至圖16所示，在任一區(qū)域中TT基因型的存在與心律失常的58％增加的風(fēng)險相關(guān)；這種效應(yīng)與心律失常周期長度或所研究的治療無關(guān)。應(yīng)理解，上述實(shí)施例和實(shí)例僅示意表示本發(fā)明的原理的許多具體實(shí)施例中的一些。作為本發(fā)明的一方面的實(shí)施例的一部分公開的任何特征可單獨(dú)或組合包括于本發(fā)明的方面中。在不脫離本發(fā)明的范圍的情況下，可由本領(lǐng)域的技術(shù)人員容易地設(shè)計(jì)多種其它形式。SEQUENCELISTING<110>Medtronic,Inc.Soykan,OrhanNahey,TaraLande,Jeffrey<120>METHODSANDCOMPOSITIONSFORSCD,CRT,CRT-D,ORSCATHERAPYIDENTIFICATIONAND/ORSELECTION<130>C00007108.WOU4_MED-10021/PCT<160>13<170>PatentInversion3.5<210>1<211>51<212>DNA<213>Homosapiens<220><221>y<222>(26)..(26)<223>yist/uorc<400>1agaaccagttcagagtggactacatyctgagtgtgatgaacgtgcctgact51<210>2<211>51<212>DNA<213>Homosapiens<220><221>y<222>(26)..(26)<223>yist/uorc<400>2ttgcctctggcctaggaatctgcagyttaagccagtgacacaatattttgc51<210>3<211>51<212>DNA<213>Homosapiens<220><221>y<222>(26)..(26)<223>yist/uorc<400>3tctgcagcttaagccagtgacacaayattttgcatttttaaatggtgattc51<210>4<211>51<212>DNA<213>Homosapiens<220><221>r<222>(26)..(26)<223>risgora<400>4gccgccaggcgcacggcgtaggggarcctcgcaggcggcggcggcggcggc51<210>5<211>51<212>DNA<213>Homosapiens<220><221>r<222>(26)..(26)<223>risgora<400>5ctctcgccgccaggcgcacggcgtargggagcctcgcaggcggcggcggcg51<210>6<211>52<212>DNA<213>Homosapiens<220><221>ky<222>(26)..(26)<223>kisgort/uandyiscort/u<400>6ctgagtgtgatgaacgtgcctgactkyccagcccgggagccgcgcgggcgag52<210>7<211>51<212>DNA<213>Homosapiens<220><221>y<222>(26)..(26)<223>yist/uorc<400>7agagcatcatctgcggcatcacgtcygtggccttctccctcagtggccgcc51<210>8<211>51<212>DNA<213>Homosapiens<220><221>r<222>(26)..(26)<223>risgora<400>8tggtcttctcggtgcgcagcccctcrtgggtgctcaacttcctgctgcaga51<210>9<211>51<212>DNA<213>Homosapiens<220><221>y<222>(26)..(26)<223>yist/uorc<400>9ttttttttttttttttttttgtcctyctcaaggtgggaggggggattgaga51<210>10<211>51<212>DNA<213>Homosapiens<220><221>m<222>(26)..(26)<223>misaorc<400>10ccttgataatttggctatctgaatamatttgtgaatttgctaggttaagac51<210>11<211>51<212>DNA<213>Homosapiens<220><221>r<222>(26)..(26)<223>risgora<400>11agtatgcgtataacttgatttcaaartataaatctggaaaagtctagaatc51<210>12<211>51<212>DNA<213>Homosapiens<220><221>s<222>(26)..(26)<223>sisgorc<400>12tcagtttccacatttatgaaatgtgsctgaaaaattattttaagatcattg51<210>13<211>59<212>DNA<213>Homosapiens<220><221>misc_feature<222>(26)..(34)<223>canbeabsentorttttttt<400>13cgtggtttctttttttttttttttttttttttttgtcctcctcaaggtgggagggggga59當(dāng)前第1頁1 2 3 當(dāng)前第1頁1 2 3