相同的正常雜交條件下不與無關(guān)的核酸分子形成穩(wěn)定雙鏈體。在雜交反應(yīng)中，通過使兩條互補(bǔ)的核酸鏈退火來實(shí)現(xiàn)雙鏈體的形成?？赏ㄟ^調(diào)節(jié)雜交反應(yīng)發(fā)生的雜交條件(通常被稱為雜交嚴(yán)格性)使雜交反應(yīng)高度特異，從而，除非兩條核酸鏈含有基本上或完全互補(bǔ)的一定數(shù)目的特定序列核苷酸，否則兩條核酸鏈之間的雜交將不形成穩(wěn)定雙鏈體，例如在正常嚴(yán)格性條件下保留雙鏈性(double-strandedness)區(qū)域的雙鏈體。對于任何給出的雜交反應(yīng)，“正常雜交或正常嚴(yán)格性條件”易于確定。參加，例如，Ausubel等人，Current Protocols in MolecularB1logy, John ffiley&Sons, Inc., New York，或 Sambrook 等人，Molecular Cloning:ALaboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press。本文使用的術(shù)語“雜交”指的是任何下述過程，通過所述過程核酸鏈通過堿基配對與互補(bǔ)鏈結(jié)合。
[0025]如果核酸與參考核酸序列在中度至高度嚴(yán)格性雜交和洗滌條件下特異性相互雜交，那么可認(rèn)為這兩種序列“選擇性可雜交”。中度和高度嚴(yán)格性雜交條件是已知的(參見，例如，Ausubel,等人，Short Protocols in Molecular B1logy,第 3 版，Wiley&Sons
1995和 Sambrook 等人，Molecular Cloning:A Laboratory Manual,第 3 版，2001 ColdSpring Harbor, N.Y.)。高度嚴(yán)格性條件的一個(gè)實(shí)例包括在約42C下在50%甲酰胺、5X SSC、5X Denhardt氏溶液、0.5% SDS和100 μ g/mL變性運(yùn)載體DNA中雜交，隨后在室溫下在2XSSC和0.5% SDS中洗滌2次并在42°C下在0.1X SSC和0.5% SDS中額外洗滌2次。
[0026]本文所使用的術(shù)語“雙鏈體(duplex) ”或“雙鏈化的(duplexed) ”描述了兩個(gè)堿基配對(即，雜交在一起)的互補(bǔ)多核苷酸。
[0027]本文所使用的術(shù)語“擴(kuò)增”指的是合成與模板核酸的一條鏈或兩條鏈互補(bǔ)的核酸分子的過程。擴(kuò)增核酸分子典型地包括:使模板核酸變性，使引物與模板核酸在低于引物熔解溫度的溫度下退火，以及酶促地從引物延伸以產(chǎn)生擴(kuò)增產(chǎn)物?？蛇M(jìn)行一次變性、退火和延伸步驟中的每一個(gè)。然而，一般進(jìn)行變性、退火和延伸步驟多次以使擴(kuò)增產(chǎn)物的量增加，通常指數(shù)增加，盡管本發(fā)明的方法不需要指數(shù)擴(kuò)增。擴(kuò)增典型地需要脫氧核糖核苷三磷酸、DNA聚合酶和合適緩沖液和/或有利于聚合酶最佳活性的輔助因子的存在。術(shù)語“擴(kuò)增產(chǎn)物”指的是由本文所定義的擴(kuò)增過程產(chǎn)生的核酸序列。
[0028]術(shù)語“測定”、“測量”、“評價(jià)”、“評估”、“試驗(yàn)”和“分析”在本文中可互換使用，其指的是任何形式的測量，并包括測定要素是否存在。這些術(shù)語包括定性和/或定量測定二者。評估可為相對或絕對?！霸u估其存在”包括測定存在的某種物質(zhì)的量，以及測定其是否存在。
[0029]術(shù)語“使用”具有其常規(guī)含義，并因而表示利用(例如付諸運(yùn)行)方法或組合物以實(shí)現(xiàn)目的。例如，如果使用程序來創(chuàng)建文件，那么執(zhí)行程序以建立文件，所述文件通常是程序的輸出。在另一個(gè)實(shí)例中，如果使用計(jì)算機(jī)文件，那么通常訪問、讀取該文件并利用其中儲(chǔ)存的信息來實(shí)現(xiàn)目的。類似地，如果使用特定標(biāo)示(例如條碼)，那么通常讀取所述特定標(biāo)示以識(shí)別例如與該特定標(biāo)示相關(guān)的物體或文件。
[0030]本文所使用的術(shù)語“Tm”指的是寡核苷酸雙鏈體中一半的雙鏈體保持雜交且一半的雙鏈體解離成單鏈時(shí)的熔解溫度。寡核苷酸雙鏈體的^可通過實(shí)驗(yàn)被測定或使用下式預(yù)測 -Tm= 81.5+16.6 (log 10 [Na+]) +0.41 (G+C 部分)-(60/N)，其中 N 是鏈長，[Na+]小于 IM0參見 Sambrook 和 Russell (2001 ；Molecular Cloning:A Laboratory Manual,第 3版，ColdSpring Harbor Press, Cold Spring Harbor N.Y.,第 10 章)。存在用于預(yù)測寡核昔酸雙鏈體的Tm的其它公式，一個(gè)公式可以或多或少地適合于給定的條件或條件集合。
[0031]本文所使用的術(shù)語“游離于溶液(free in solut1n) ”描述了不受另一分子束縛或限制的分子，例如多核苷酸。
[0032]對于基因組，術(shù)語“區(qū)分(partit1ning) ”指的是將基因組的一部分與基因組的其余部分分開以產(chǎn)生與基因組的其余部分分離的產(chǎn)物。術(shù)語“區(qū)分”涵蓋富集。
[0033]本文所使用的術(shù)語“基因組區(qū)域”指的是基因組(例如動(dòng)物或植物基因組例如人類、猴子、大鼠、魚或昆蟲或植物的基因組)的區(qū)域。在某些情況下，可使用參考基因組區(qū)域(即已知核苷酸序列的基因組區(qū)域，例如其序列被存儲(chǔ)在NCBI的Genbank數(shù)據(jù)庫或其它數(shù)據(jù)庫中的染色體區(qū)域)來設(shè)計(jì)本文所述方法中使用的寡核苷酸。這種寡核苷酸可被用于使用含測試基因組的樣品的試驗(yàn)中，其中所述測試基因組含有寡核苷酸的結(jié)合位點(diǎn)。
[0034]本文所使用的術(shù)語“基因組序列”指的是出現(xiàn)在基因組中的序列。
[0035]本文所使用的術(shù)語“基因組片段”指的是基因組(例如動(dòng)物或植物基因組例如人類、猴子、大鼠、魚或昆蟲或植物的基因組)的區(qū)域。基因組片段可以是完整染色體或染色體片段。基因組片段可連接有銜接子(在這種情況下，它具有與片段的一端或兩段相連接的銜接子)或未連接銜接子。
[0036]在某些情況下，可使用參考基因組區(qū)域(即已知核苷酸序列的基因組區(qū)域，例如其序列被存儲(chǔ)在NCBI的Genbank數(shù)據(jù)庫或其它數(shù)據(jù)庫中的染色體區(qū)域)來設(shè)計(jì)本文所述方法中使用的寡核苷酸。這種寡核苷酸可被用于使用含測試基因組的樣品的試驗(yàn)中，其中所述測試基因組含有寡核苷酸的結(jié)合位點(diǎn)。
[0037]本文所使用的術(shù)語“親和標(biāo)簽”指的是可被用來使連接有親和標(biāo)簽的分子與不含所述親和標(biāo)簽的其它分子分開的部分?！坝H和標(biāo)簽”是特異性結(jié)合對(即兩種分子，其中一種分子通過化學(xué)或物理方式與另一分子特異性結(jié)合)的成員。特異性結(jié)合對的互補(bǔ)成員在本文中被稱為“捕獲劑”，其可被固定化(例如，至色譜支持物、珠子或平面表面)以產(chǎn)生與所述親和標(biāo)簽特異性結(jié)合的親和色譜支持物。換言之，“親和標(biāo)簽”可與“捕獲劑”結(jié)合，其中親和標(biāo)簽與捕獲劑特異性結(jié)合，從而促進(jìn)連接有親和標(biāo)簽的分子與不含所述親和標(biāo)簽的其它分子分開。
[0038]本文所使用的術(shù)語“生物素部分”指的是親和劑，包括生物素或生物素類似物例如脫硫生物素、氧化生物素、2’-亞氨基生物素、二氨基生物素、生物素亞砜、生物胞素等。生物素部分與鏈霉親和素結(jié)合的親和力為至少10_8M。生物素親和劑還可包括連接子(linker)，例如-LC-生物素、-LC-LC-生物素、-SLC-生物素或-PEGn-生物素，其中η為3_12。
[0039]本文所使用的術(shù)語“末端核苷酸”指的是位于核酸分子5’或3’末端的核苷酸。核酸分子可以是雙鏈(即，雙鏈化的)或單鏈形式。
[0040]本文所使用的術(shù)語“連接”指的是酶促催化地結(jié)合第一 DNA分子5’末端的末端核苷酸與第二 DNA分子3’末端的末端核苷酸。
[0041]“多個(gè)/種”包含至少2個(gè)成員。在某些情況下，多個(gè)/種可具有至少10個(gè)、至少100、至少100、至少10，000、至少100，000、至少106、至少107、至少18或至少10 9或更多個(gè)
/種成員。
[0042]如果兩種核酸“互補(bǔ)”，那么它們在高度嚴(yán)格性條件下相互雜交。術(shù)語“完美互補(bǔ)”被用來描述下述雙鏈體，其中一種核酸的每個(gè)堿基與另一種核酸中的互補(bǔ)核苷酸堿基配對。在許多情況下，互補(bǔ)的兩種序列具有至少10 (例如至少12或15)個(gè)互補(bǔ)的核苷酸。
[0043]術(shù)語“消化”旨在表示下述過程，通過所述過程核酸被酶(例如核酸內(nèi)切酶或核酸外切酶，例如限制酶)切割。為了消化核酸，使酶與核酸在適合限制酶起作用的條件下接觸。適合市售限制酶活性的條件是已知的并且購買后隨這些酶被提供。
[0044]“寡核苷酸結(jié)合位點(diǎn)”指的是靶多核苷酸中與寡核苷酸雜交的位點(diǎn)。如果寡核苷酸“提供”引物的結(jié)合位點(diǎn)，那么引物可與該寡核苷酸或其互補(bǔ)物雜交。
[0045]本文所使用的術(shù)語“分開”指的是物理分開兩種要素(例如，根據(jù)尺寸或親和力，等)以及降解一種要素而留下完整的另一要素。
[0046]術(shù)語“靶序列”指的是未被修飾基因組以及已被修飾(例如片段化的和/或連接銜接子的)或復(fù)制的基因組中的序列。與靶基因組序列雜交的寡核苷酸與基因組序列堿基配對。含有靶序列的基因組片段的長度可在0.5kb至超過500kb的范圍內(nèi)或更長，例如5kb至 10kb0
[0047]本文所使用的術(shù)語“參考染色體區(qū)域”指的是已知核苷酸序列的染色體區(qū)域，例如其序列被存儲(chǔ)在NCBI的Genbank數(shù)據(jù)庫或其它數(shù)據(jù)庫中的染色體區(qū)域。
[0048]本文所使用的術(shù)語“鏈”指的是由通過共價(jià)鍵(例如磷酸二酯鍵)共價(jià)連接在一起的核苷酸構(gòu)成的核酸。
[0049]在細(xì)胞中，DNA通常以雙鏈形式存在，并因而具有兩條互補(bǔ)的核酸鏈，在本文中被稱為“頂”和“底”鏈。在某些情況下，染色體區(qū)域的互補(bǔ)鏈可被稱為“正”鏈和“負(fù)”鏈、“第一”鏈和“第二”鏈、“編碼”鏈和“非編碼”鏈、“Watson”鏈和“Crick”鏈或者“正義”鏈和“反義”鏈。鏈被分