專利名稱：豬解耦聯(lián)蛋白3的基因組基因及其應(yīng)用的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及豬解耦聯(lián)蛋白3的基因組基因及其應(yīng)用，特別涉及豬解耦聯(lián)蛋白3的基因組基因及利用其鑒定瘦肉型豬的方法。
背景技術(shù)：
近年來ob-，db，tub-，Ay-和fat等導(dǎo)致小鼠肥胖的基因的發(fā)現(xiàn)使人們對(duì)動(dòng)物的能量平衡調(diào)節(jié)有了深入的了解。但在人類，除了極少數(shù)病例外，絕大多數(shù)肥胖者并未發(fā)現(xiàn)有這些缺陷基因。因此，調(diào)查人類肥胖相關(guān)基因仍是當(dāng)前肥胖研究的重要方面。解耦聯(lián)蛋白(uncoupling protein，UCP)是在嚙齒動(dòng)物的棕色脂肪(brownadipose tissue，BAT)的線粒體膜上發(fā)現(xiàn)的轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，具有解離呼吸鏈氧化磷酸化耦聯(lián)的功能，將機(jī)體代謝用于合成能量物質(zhì)ATP的能量轉(zhuǎn)化為產(chǎn)生熱量，并對(duì)機(jī)體能量平衡涉及的體重下降、靜止代謝率、脂肪沉積和食物轉(zhuǎn)化效率等性狀具有顯著的影響。
1、UCPs基因家族與分布早在1961-1964年，人們就發(fā)現(xiàn)嚙齒動(dòng)物能利用體內(nèi)褐色脂肪組織(brownadipose tissue，BAT)，對(duì)寒冷刺激、休眠、采食誘導(dǎo)時(shí)，產(chǎn)生熱量維持體溫十分重要。Ricquier通過比較冷熱環(huán)境下小鼠體內(nèi)的變化發(fā)現(xiàn)了一類分子量為32kD的功能未知的蛋白質(zhì)。Nicholls通過標(biāo)記細(xì)胞混合物注入BAT內(nèi)，發(fā)現(xiàn)BAT的線粒體內(nèi)膜存在一質(zhì)子通透性很強(qiáng)的滲透孔，可解離呼吸鏈氧化磷酸化耦聯(lián)作用產(chǎn)生熱量。Lin研究證實(shí)這個(gè)滲透孔是位于線粒體內(nèi)膜的一種蛋白質(zhì)，也就是Ricquier發(fā)現(xiàn)的功能未知的蛋白質(zhì)，由于該蛋白質(zhì)具有解離呼吸鏈氧化磷酸化耦聯(lián)的功能，使BAT中的能量以鈉泵的形式消耗產(chǎn)生熱量，所以將這個(gè)未知蛋白稱為解耦聯(lián)蛋白(uncoupling protein，UCP)。1997年Warden在BAT以外的其他組織中發(fā)現(xiàn)了一種具有UCP功能的蛋白質(zhì)，因此將BAT中存在的UCP稱為UCP1，將新發(fā)現(xiàn)的UCP稱為UCP2；在同一年，Giacobino、Lowell、Reitman分別獨(dú)立發(fā)現(xiàn)了UCP家族的另一成員——UCP3。
以往的觀點(diǎn)認(rèn)為，BAT在成年人或成年動(dòng)物已經(jīng)消失，但近年來的研究表明，戶外工人和長(zhǎng)期飲酒人群的頸動(dòng)脈周圍和心包存在BAT，此外成人的一些部位的脂肪組織檢測(cè)到了UCP1及其mRNA。還有一些研究指出，成人脂肪組織中有大量的棕色脂肪細(xì)胞分布，并表達(dá)UCP。UCP3主要在骨骼肌、脂肪組織(包括白脂和紅脂)中表達(dá)最為顯著。
2、UCP基因的定位與結(jié)構(gòu)UCP3基因定位在人染色體11q13位置。小鼠的UCP3基因定位于7號(hào)染色體距著絲點(diǎn)50cM的位點(diǎn)，大鼠的定位于1號(hào)染色體，豬的定位在9p21-p24位置，牛的UCP3基因定位于BTA15。在人UCP研究中，基因連鎖分析表明，UCP3基因所定位的11q13區(qū)域的微衛(wèi)星標(biāo)記與機(jī)體靜止代謝率緊密連鎖。
豬UCP3是由311個(gè)氨基酸殘基組成的蛋白質(zhì)，豬UCP3的的mRNA序列見Genbank Accession No.AF128837和Damon，M.，Vincent，A.，Lombardi，A.andHerpin，P.First evidence of uncoupling protein-2(UCP-2)and-3(UCP-3)gene expression in piglet skeletal muscle and adipose tissue.JOURNAL Gene246(1-2)，133-141(2000)。
3、UCP與脂肪沉積由于UCP具有氧化磷酸化解耦聯(lián)產(chǎn)生熱量的功能，研究者們推測(cè)UCP對(duì)增重(肥胖)和能量轉(zhuǎn)化效率存在顯著作用。
小鼠UCP3基因定位于7號(hào)染色體，基因連鎖分析表明7號(hào)染色體上存在影響熱量產(chǎn)生、食物轉(zhuǎn)化效率和皮下及性腺脂肪沉積的數(shù)量性狀位點(diǎn)(QuantitativeTraits Loci，QTL)。整合入U(xiǎn)CP3基因的酵母和小鼠肌肉細(xì)胞UCP3含量明顯增高，線粒體質(zhì)子流的通透性也顯著增加，預(yù)示了UCP氧化磷酸化解耦聯(lián)作用對(duì)能量轉(zhuǎn)化效率的影響；同時(shí)研究者們通過突變分析發(fā)現(xiàn)小鼠UCP3基因與肥胖和II型糖尿病和肥胖及能量代謝關(guān)系密切。白喉毒素是真核生物蛋白質(zhì)合成的抑制劑，研究發(fā)現(xiàn)，白喉毒素A鏈的轉(zhuǎn)基因小鼠體內(nèi)UCP含量低，小鼠表現(xiàn)肥胖。
由于UCP3僅分布于骨骼肌和棕色脂肪，人們認(rèn)為它對(duì)調(diào)節(jié)能量代謝、體重、產(chǎn)熱的調(diào)節(jié)十分重要。2000年7月，John在Nature上發(fā)表了采用UCP3基因敲除的小鼠的實(shí)驗(yàn)結(jié)果，這種轉(zhuǎn)基因小鼠，能在骨骼肌中超量的表達(dá)人的UCP3，采食量大但體重小于野生型，采用核磁共振圖象掃描表明脂肪組織減少，血漿葡萄糖降低，胰島素水平降低，葡萄糖清除率提高，這表明骨骼肌的UCP3影響代謝率和葡萄糖動(dòng)態(tài)平衡?？茖W(xué)家們預(yù)言，一旦UCP的功能作用得到確證，UCP將成為人類肥胖控制最有希望的藥物。
Kimm研究了特定基因的特異等位基因?qū)Σ煌N族人的能量消耗的影響，證明美國(guó)黑人婦女的不靜息能量消耗(REE)低于白人婦女，她們?cè)赨CP1、UCP2、UCP3位點(diǎn)分別有2、2、3個(gè)多態(tài)位點(diǎn)，他們發(fā)現(xiàn)美國(guó)黑人婦女UCP3外顯子5的多態(tài)型CC基因型的REE低于TT型。UCP3外顯子5的變異頻率與其他變異在不同種族間存在連鎖不平衡。
在嚴(yán)重肥胖和2型糖尿病患者中，發(fā)現(xiàn)了3個(gè)UCP3基因變異外顯子3V102I錯(cuò)義突變，外顯子4R143X無義和外顯子6的剪切多態(tài)，外顯子6的剪切多態(tài)的雜合子個(gè)體(UCP3S/UCP3L)脂肪氧化率下降，呼吸商明顯升高，且嚴(yán)重肥胖個(gè)體UCP3S基因頻率明顯增高。Walder發(fā)現(xiàn)Pima印度人群UCP3基因外顯子3的C/T同義突變。UCP3基因突變?nèi)巳壕哂休^高的靜止代謝率，在老年人群中發(fā)現(xiàn)與肥胖相關(guān)。通過調(diào)節(jié)瘦蛋白(leptin)的活性控制體重，在缺乏食物的情況下，機(jī)體往往動(dòng)用UCP甚至動(dòng)用儲(chǔ)存脂肪維持體溫，在正常情況下，機(jī)體關(guān)閉UCP活性以節(jié)約能量利用。UCP3外顯子6的剪切變異導(dǎo)致剪切結(jié)合(splice junction)和蛋白質(zhì)成熟前終止，這種蛋白缺少第6轉(zhuǎn)膜域，發(fā)生這種變異的個(gè)體，基礎(chǔ)脂肪氧化下降50％。
UCPs由于其在能量代謝和機(jī)體中的特殊地位，受到了許多學(xué)者的重視。UCPs對(duì)不同動(dòng)物類群、不同生長(zhǎng)階段作用的機(jī)理，其他基因的表達(dá)如何與UCPs合并影響動(dòng)物的能量代謝與肥胖，UCPs在特定組織中對(duì)組織特異功能的影響等都需要深入研究。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明的目的是提供豬解耦聯(lián)蛋白3(UCP3)的基因組基因。
本發(fā)明所提供的豬解耦聯(lián)蛋白3的基因組基因，具有下述核苷酸序列之一1)序列表中SEQ ID №1的DNA序列；2)編碼序列表中SEQ ID №8蛋白質(zhì)序列的多核苷酸；3)在高嚴(yán)謹(jǐn)條件下可與序列表中SEQ ID №1限定的DNA序列雜交的核苷酸序列；4)與序列表中SEQ ID №1限定的DNA序列具有90％以上同源性，且編碼相同功能蛋白質(zhì)的DNA序列。
序列表中的序列1由7137個(gè)堿基組成，其開放閱讀框架為自序列1的5′端第1位-7137位堿，包括6個(gè)外顯子和5個(gè)內(nèi)含子，自序列1的5′端第1位-126位堿基為第一外顯子，自序列1的5′端第127位-851位堿基為第一內(nèi)含子，自序列1的5′端第852位-1062位堿基為第二外顯子，自序列1的5′端第1063位-1295位堿基為第二內(nèi)含子，自序列1的5′端第1296位-1496位堿基為第三外顯子，自序列1的5′端第1497位-3005位堿基為第三內(nèi)含子，自序列1的5′端第3006位-3107位堿基為第四外顯子，自序列1的5′端第3018位-3466位堿基為第四內(nèi)含子，自序列1的5′端第3467位-3647位堿基為第五外顯子，自序列1的5′端第3648位-7022位堿基為第五內(nèi)含子，自序列1的5′端第7023位-7137位堿基為第六外顯子。
序列表中的序列8是由311個(gè)氨基酸殘基組成的豬UCP3。
所述高嚴(yán)謹(jǐn)條件可為在0.1×SSPE(或0.1×SSC)，0.1％SDS的溶液中，在65℃下雜交并洗膜。
本發(fā)明的另一個(gè)目的是提供一種鑒定瘦肉型豬的方法。
本發(fā)明所提供的鑒定瘦肉型豬的方法，是檢測(cè)待測(cè)品種豬的種群基因型頻率，如待測(cè)品種豬的種群基因型頻率具有下列情況之一，則待測(cè)品種豬為瘦肉型豬1)AA基因型頻率大于等于0.8小于等于1.0，AB基因型頻率小于等于0.1，BB基因型頻率小于等于0.2；所述基因型是按照如下方法確定確定自SEQ ID NO1的5′端第5631位堿基為C還是T；如自SEQ ID NO1的5′端第5631位堿基為C時(shí)，其純合體的基因型為AA；自SEQ ID NO1的5′端第5631位堿基為T時(shí)，其純合體的基因型為BB；它們的雜合體基因型為AB；2)CC基因型頻率大于等于0.8小于等于1.0，CD基因型頻率小于等于0.1，DD基因型頻率小于等于0.1；所述基因型是按照如下方法確定的確定自序列1的5′端第1073位-1077位堿基是否缺失；如自序列1的5′端第1073位-1077位堿基不缺失，其純合體的基因型為CC；自序列1的5′端第1073位-1077位堿基缺失時(shí)，其純合體的基因型為DD；它們的雜合體基因型為CD；3)EE基因型頻率大于等于0.8小于等于1.0，EF基因型頻率小于等于0.1，F(xiàn)F基因型頻率小于等于0.1；所述基因型是按照如下方法確定確定自SEQ ID NO1的5′端第521位堿基為A還是G；如自序列表中SEQ ID NO1的5′端第521位堿基為A時(shí)，其純合體的基因型為EE；自序列表中SEQ ID NO1的5′端第521位堿基為G時(shí)，其純合體的基因型為FF；它們的雜合體基因型為EF。
可按照如下方法確定自序列1的5′端第1073位-1077位堿基是否缺失用由序列表中SEQ ID №4和SEQ ID №5的核苷酸序列組成的一對(duì)引物對(duì)待測(cè)豬的基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增，如得到的擴(kuò)增產(chǎn)物為一條196bp的條帶，該待測(cè)個(gè)體的自序列1的5′端第1073位-1077位堿基不缺失，則該待測(cè)個(gè)體的基因型是CC；如得到的擴(kuò)增產(chǎn)物為一條191bp的條帶，該待測(cè)個(gè)體的自序列1的5′端第1073位-1077位堿基缺失，則待測(cè)個(gè)體的基因型是DD；如得到擴(kuò)增產(chǎn)物為一條196bp的條帶和一條191bp的條帶，待測(cè)個(gè)體的一對(duì)同源染色體中，一條染色體的自序列1的5′端第1073位-1077位堿基不缺失，另一條染色體的自序列1的5′端第1073位-1077位堿基缺失，則該待測(cè)個(gè)體的基因型是CD。
可按照如下方法確定自SEQ ID NO1的5′端第521位堿基為A還是G用由序列表中SEQ ID №6和SEQ ID №7的核苷酸序列組成的一對(duì)引物對(duì)待測(cè)豬的基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增，用BstXI酶切該P(yáng)CR擴(kuò)增產(chǎn)物，如得到的酶切產(chǎn)物是一條524bp和一條526bp的酶切片段，待測(cè)個(gè)體自SEQ ID NO1的5′端第521位堿基為A，則待測(cè)個(gè)體的基因型是EE；如得到的酶切產(chǎn)物是一條1050bp的酶切片段，待測(cè)個(gè)體自SEQ ID NO1的5′端第521位堿基為G，則待測(cè)個(gè)體的基因型是FF；如得到的酶切產(chǎn)物是一條524bp，一條526bp和一條1050bp的酶切片段，待測(cè)個(gè)體的一對(duì)同源染色體中，一條染色體的自SEQ ID NO1的5′端第521位堿基為A，另一條染色體的自SEQ ID NO1的5′端第521位堿基為G，則待測(cè)個(gè)體的基因型是EF。
所述待測(cè)品種豬的種群可由30-50個(gè)體組成。
本發(fā)明的鑒定瘦肉型豬的方法，對(duì)于豬品種的改良和豬的瘦肉率、肌間脂肪的改善具有重要意義。


圖1為PCR擴(kuò)增得到的UCP3第2內(nèi)含子片段電泳2為UCP3內(nèi)含子1的A395G突變的基因型檢測(cè)具體實(shí)施方式
下述實(shí)施例中的實(shí)驗(yàn)方法，如無特別說明，均為常規(guī)方法。
下述實(shí)施例中的百分含量，如無特別說明，均為質(zhì)量百分含量。
實(shí)施例1、豬UCP3的基因組基因的獲得引物設(shè)計(jì)與PCR反應(yīng)依據(jù)已報(bào)道的小鼠、人UCP3基因序列設(shè)計(jì)引物，以大約克豬的基因組DNA為模板，分別利用引物對(duì)UCP3 exon 1F 5’-tctccttggacctcctct-3’和UCP3 exon 1R 5’-CTGCAGGCGGACCTTG-3’，UCP3intron 1F 5‘-GGCAGAGCCCCTGGGAC-3’和UCP3 intron 1R 5’-GATCCCTTGGGCGTGTA-3’，UCP3 exon 2F 5’-ATCCAGGGGGAGAACCA-3’和UCP3 exon2R 5’-CTTTCCACAGGCCCCGGAC-3’，UCP3 intron 3F 5’-ACTATGGACGCCTACAGAACC-3’和UCP3 intron 3R 5’-CATAGGTCACCATCTCGGC-3’，UCP3 exon 4F 5’-ATTCTGCCCAACATCACG-3’和UCP3 exon 4R 5’-CCTTTATAGAAGGCTGTG-3’，UCP3intron 5F 5’-GGTGAAGACCCGGTACAT-3’和UCP3 intron 5R 5’-GCAAAAAGGAAGGTGTGAA-3’，UCP3 exon 6F 5’-ATTCACACCTTCCTTTTT-3’和UCP3exon 6R 5’-TGGCCTTATGTGCGCGGAC-3’進(jìn)行PCR擴(kuò)增，對(duì)所得的PCR產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序，與豬UCP3的mRNA序列(Genbank Accession No.AF128837；Damon，M.，Vincent，A.，Lombardi，A.and Herpin，P.First evidence of uncouplingprotein-2(UCP-2)and-3(UCP-3)gene expression in piglet skeletal muscleand adipose tissue.JOURNAL Gene 246(1-2)，133-141(2000))比對(duì)，拼接得到豬UCP3的基因組基因序列(序列1)，序列表中的序列1由7137個(gè)堿基組成，其開放閱讀框架為自序列1的5′端第1位-7137位堿，包括6個(gè)外顯子和5個(gè)內(nèi)含子，自序列1的5′端第1位-126位堿基為第一外顯子，自序列1的5′端第127位-851位堿基為第一內(nèi)含子，自序列1的5′端第852位-1062位堿基為第二外顯子，自序列1的5′端第1063位-1295位堿基為第二內(nèi)含子，自序列1的5′端第1296位-1496位堿基為第三外顯子，自序列1的5′端第1497位-3005位堿基為第三內(nèi)含子，自序列1的5′端第3006位-3107位堿基為第四外顯子，自序列1的5′端第3018位-3466位堿基為第四內(nèi)含子，自序列1的5′端第3467位-3647位堿基為第五外顯子，自序列1的5′端第3648位-7022位堿基為第五內(nèi)含子，自序列1的5′端第7023位-7137位堿基為第六外顯子。編碼具有序列表中序列8的氨基酸殘基序列的蛋白質(zhì)豬UCP3。序列表中的序列8由311個(gè)氨基酸殘基組成。
實(shí)施例2、利用豬UCP3基因的第5內(nèi)含子多態(tài)性鑒定瘦肉型豬實(shí)驗(yàn)動(dòng)物瘦肉型豬品種長(zhǎng)白豬、杜洛克、大約克；肥胖型(脂肪型)豬品種民豬、金華豬、榮昌豬、藏豬和野豬。
1、PCR擴(kuò)增豬UCP3基因的第5內(nèi)含子片段按常規(guī)方法分別提取上述品種豬各30個(gè)個(gè)體的基因組DNA，在引物U3I5S1F5’-ACCTGCGCCGTTCCAACC-3’(序列2)和U3I5S1R5’-AGCTCAGCTTGCGGTGCCGC-3’(序列3)的引導(dǎo)下，按照如下條件PCR擴(kuò)增豬UCP3基因的第5內(nèi)含子片段。
PCR反應(yīng)體系10×擴(kuò)增緩沖液 1.5ul4dNTP混合物，(42.5mmol/L) 1.2ul引物(10pmol/ul)1.5ul基因組DNA(100ng/ul)1ulTaq DNA聚合酶(3u/ul) 1ulddH2O 8.8ul總體積 15ul反應(yīng)條件94℃預(yù)變性5分鐘；循環(huán)條件(94℃變性30秒，60℃退火30秒，72℃延伸1分)，30個(gè)循環(huán)；72℃延伸7分鐘；4℃保存。
2、14％非變性聚丙烯酰胺凝膠(30ml體積，0.1cm膠條)制作及電泳清洗制膠用的玻璃板，烘干后，用0.8％瓊脂糖封閉玻璃板和膠條間的縫隙。
配制30ml 14％的丙稀酰胺膠工作液30％丙烯酰胺14.0ml，50％甘油4ml，5×TBE 6ml，10％過硫酸銨210ul，TEMED 12ul，加入純水6ml，混合后迅速灌膠。
當(dāng)膠灌至離玻璃板上沿0.1cm時(shí)停止灌膠，插入梳子，室溫聚合半小時(shí)。隨時(shí)觀察凝膠聚合情況，并補(bǔ)加丙烯酰胺。凝膠聚合好后，向電泳槽加入1×TBE，用注射器沖洗加樣孔。預(yù)電泳10分鐘，同時(shí)準(zhǔn)備點(diǎn)樣。
取1.5ul PCR產(chǎn)物置于PCR管中，加入5ul變性緩沖液(SSCP上樣緩沖液配比(10ml體積)98％去離子甲酰胺 9.8ml，2％甘油0.2ml，0.01mol/L EDTA(pH8.0)，0.025％溴酚蘭，二甲苯青0.025％)，98℃變性10分鐘，迅速冰浴10分鐘，用微量注射器點(diǎn)樣。140伏，電泳14-16小時(shí)，結(jié)束電泳。將凝膠置于70％乙醇中，水浴震蕩器緩慢搖勻固定10-15分鐘。去離子水洗膠2遍，每次2分鐘，洗去乙醇，用200ml染色液(200ml銀染液NH3H2O 2ml；3.6％NaOH 4.ml；20％AgNO33.6ml；加去離子水至200ml)染色30分鐘，去離子水洗膠3遍，每次2分鐘，洗去多余的染色液；200ml顯色液(200ml顯色液1％檸檬酸鈉 1ml；甲醛100ul；加去離子水至200ml。)顯色30分鐘，倒掉顯色液，去離子水洗掉多余的顯色液，保鮮膜封好，掃描照相。
然后按照常規(guī)方法進(jìn)行PCR產(chǎn)物的純化，克隆和測(cè)序，測(cè)序結(jié)果表明該P(yáng)CR產(chǎn)物是豬UCP3基因的第5內(nèi)含子的第1898-2215位堿基(即自序列1的5′端第5545位-5862位堿基)；豬UCP3基因的第5內(nèi)含子的第1984位堿基(即自序列1的5′端第5631位堿基)處存在C、T兩個(gè)等位基因，即為多態(tài)性位點(diǎn)。如自序列表中SEQ ID NO1的5′端第5631位堿基為C時(shí)，其純合體的基因型為AA；自序列表中SEQ ID NO1的5′端第5631位堿基為T時(shí)，其純合體的基因型為BB；它們的雜合體基因型為AB。
上述各個(gè)基因型在瘦肉型豬品種(長(zhǎng)白豬、杜洛克、大約克)與肥胖型豬品種(民豬、金華豬及榮昌豬)的基因型分布存在顯著差異(表1)；如待測(cè)豬品種的種群中AA基因型頻率大于等于0.8小于等于1.0，AB基因型頻率小于等于0.1，BB基因型頻率小于等于0.2，則該待測(cè)豬品種為瘦肉型豬品種。
本實(shí)施例說明UCP3基因第5內(nèi)含子的第1984位堿基突變與豬的脂肪沉積、能量代謝有密切的聯(lián)系。
表1.第5內(nèi)含子各個(gè)基因型在8個(gè)豬品種中的分布

實(shí)施例3、利用UCP3基因第2內(nèi)含子的11-15缺失多態(tài)性鑒定瘦肉型豬實(shí)驗(yàn)動(dòng)物瘦肉型豬品種長(zhǎng)白豬、杜洛克、大約克；肥胖型(脂肪型)豬品種民豬、金華豬、榮昌豬、藏豬和野豬。
用引物UCP3intron2F5’-CACGCCCAAGGGATCGGACC-3’(序列4)和UCP3intron2R5’-CTGTCCCTCCAGGGCCAGGG-3’(序列5)，PCR擴(kuò)增UCP3基因第2內(nèi)含子片段。其擴(kuò)增條件、PCR擴(kuò)增產(chǎn)物電泳及測(cè)序條件同實(shí)施例1。電泳結(jié)果如圖1所示，表明獲得的PCR產(chǎn)物有兩種，一種大小為196bp，另一種大小為191bp。測(cè)序結(jié)果表明196bp的PCR產(chǎn)物是豬UCP3基因的第2外顯子的第192位堿基-第2內(nèi)含子的第176位堿基(即自序列1的5′端第1043位-1238位堿基)，191bp的PCR產(chǎn)物是豬UCP3基因第2內(nèi)含子的第11-15位堿基(即自序列1的5′端第1073位-1077位堿基)缺失；UCP3基因第2內(nèi)含子的第11-15位堿基(即自序列1的5′端第1073-1077位堿基)處存在缺失多態(tài)性位點(diǎn)。如自序列1的5′端第1073-1077位堿基不缺失時(shí)，其純合體的基因型為CC，用UCP3intron2F和UCP3intron2R得到擴(kuò)增產(chǎn)物為一條196bp的條帶；自序列1的5′端第1073位-1077位堿基缺失時(shí)，其純合體的基因型為DD，用UCP3intron2F和UCP3intron2R得到擴(kuò)增產(chǎn)物為一條191bp的條帶；它們的雜合體基因型為CD，用UCP3intron2F和UCP3intron2R得到擴(kuò)增產(chǎn)物為一條196bp的條帶和一條191bp的條帶。圖1中，1、5、8、11、14是CC基因型，2、12、15、16、17、18、19、20、21、22泳道是DD基因型，3、4、6、7、9、10、13泳道是CD基因型。
UCP3基因第2內(nèi)含子各個(gè)基因型在8個(gè)豬品種中的分布情況如表2所示，表2.UCP3基因第2內(nèi)含子各個(gè)基因型在8個(gè)豬品種中的分布

表2表明瘦肉型的長(zhǎng)白豬、大約克和杜洛克與中國(guó)肥胖型民豬、金華豬及榮昌豬的基因型分布存在顯著差異；如待測(cè)豬品種的種群中CC基因型頻率大于等于0.8小于等于1.0，DD基因型頻率小于等于0.1，CD基因型頻率小于等于0.1，則該待測(cè)豬品種為瘦肉型豬品種。
本實(shí)施例說明UCP3基因第2內(nèi)含子的第11-15位堿基的缺失與豬的脂肪的沉積、能量的代謝有密切的聯(lián)系。
實(shí)施例4、利用UCP3基因第1內(nèi)含子的395位堿基的多態(tài)性鑒定瘦肉型豬實(shí)驗(yàn)動(dòng)物瘦肉型豬品種長(zhǎng)白豬、杜洛克、大約克；肥胖型(脂肪型)豬品種民豬、金華豬、榮昌豬、藏豬和野豬。
利用引物UCP3 intron 1F 5’-ATGGTTGGACTGAAGCCTT-3’(序列6)和UCP3intron 1R 5’-CCGATCCCTTGGGCGTGTA-3’(序列7)PCR擴(kuò)增UCP3基因第1內(nèi)含子片段。其擴(kuò)增條件、PCR擴(kuò)增產(chǎn)物電泳及測(cè)序條件同實(shí)施例1。電泳結(jié)果表明獲得的PCR產(chǎn)物大小為1050bp。
然后按照常規(guī)方法進(jìn)行PCR產(chǎn)物的純化，克隆和測(cè)序，測(cè)序結(jié)果表明該P(yáng)CR產(chǎn)物是豬UCP3基因的第1外顯子的第1位堿基到第2外顯子的第199位堿基(即自序列1的5′端第1位-1050位堿基)；豬UCP3基因的第1內(nèi)含子的第395位堿基(即自序列1的5′端第521位堿基)處存在A、G兩個(gè)等位基因，即為多態(tài)性位點(diǎn)。如自序列表中SEQ ID NO1的5′端第521位堿基為A時(shí)，其純合體的基因型為EE；自序列表中SEQ ID NO1的5′端第521位堿基為G時(shí)，其純合體的基因型為FF；它們的雜合體基因型為EF。
基因型為EE時(shí)，自序列表中SEQ ID NO1的5′端第519-530位堿基出現(xiàn)限制性內(nèi)切酶BstXI的識(shí)別位點(diǎn)(CCACACCCATGG)，用BstXI酶切該P(yáng)CR擴(kuò)增產(chǎn)物，得到的酶切產(chǎn)物是一條526bp和一條524bp的酶切片段；基因型為FF時(shí)，該P(yáng)CR擴(kuò)增產(chǎn)物無BstXI酶切，得到的酶切產(chǎn)物是一條1050bp的酶切片段；基因型為EF時(shí)，用BstXI酶切該P(yáng)CR擴(kuò)增產(chǎn)物，得到的酶切產(chǎn)物是一條526bp，一條524bp和一條1050bp的酶切片段(圖2)。圖2中1、3、5、6、7、8為FF型，2、9、10、11、13、14、15、16為EE型，4、12為EF型，M為100bp ladder marker。其中，BstXI酶切條件為在10μl上述PCR產(chǎn)物中加入0.5U限制性內(nèi)切酶BstXI，1.5μl 10×酶切緩沖液(Takara公司的內(nèi)切酶BstXI專用10×酶切緩沖液)，37℃溫育4小時(shí)。酶切產(chǎn)物經(jīng)1％瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)。
上述各個(gè)基因型在瘦肉型豬品種(長(zhǎng)白豬、杜洛克、大約克)與肥胖型豬品種(民豬、金華豬及榮昌豬)的基因型分布存在顯著差異(表3)；如待測(cè)豬品種的種群中EE基因型頻率大于等于0.8小于等于1.0，EF基因型頻率小于等于0.1，F(xiàn)F基因型頻率小于等于0.1，則該待測(cè)豬品種為瘦肉型豬品種。
表3.UCP3基因第1內(nèi)含子各個(gè)基因型在8個(gè)豬品種中的分布

序列表<160>8<210>1<211>7137<212>DNA<213>野豬屬豬(Sus scrofa domestica Brisson)<400>1atggttggac tgaagccttc agacgtgcct cccaccatgg ctgtgaagtt cctgggggca 60ggcacagcag cctgttttgc tgacctcctc acctttccac tggacacagc caaggtccgc120ctgcaggtag gtgccctttg gccaaaggtc actgttccca gaggggaggg gtcgagtccg180ccaccagggc ccccgggccc tctgcctgct ggtcctcaag aagggccctg agcagcccag240tcgccccgcg tcccaccgcc ccatcaccat cgcccaagac caaaggagct taactccttg300gcttgacgag ccaggtcccc ccttgccctg ctctgtaaac cataaagtga agtccacaca360aggaagctct ctgggagctt ggacaagcca ctgacgactc tcagtgagca aacgacaccg420ccctgccatg ctccctaagg atcaaatgcc acaccatgtc catctaaaag ctggaaactg480acaccagtct ggtttttttt ttttggtctt tttcagggcc acacccatgg catatggagg540ttcccaggct aggggtccca ttggatctgt agccacctgc ctacaccaca gccacagcat600ctcaggatct gggccacatc tgcaaactac accacagctc acagcaacac caggtcctta660acccactgag cgaggccagg gattgaacct gcgtcctcat ggatgctagt caggtttgct720aactgctgag ccaggacagg aacgccacga acctgtcatt tttactggga tgcgaccctg780cgatcacgct ggtctgaggt ccagccccgt ccacccccac tcagctcctt actgcagggt840gtgtccctca gatccagggg gagaaccagg cggtccagac ggcccggagc gcccagtacc900gcggggtgct gggcaccatt ctcaccatgg tgcgcaacga gggcccccgc agcccctaca960acgggctggt ggccggcctg cagcgccaga tgagcttcgc ctccatccgc atcggcctct 1020acgactccgt caagcagctc tacacgccca agggatcgga ccgtgagtgc agagggcagg 1080gcgggggggc aggatccagg ctgtgggtca ggggccaggg cagagggcag ggcagactca 1140agaggcagag ctgggccgcg ggaggctggc accagacgcc catgaggagc ctcggcctcc 1200atcaaggagg ctctggaacc ctggccctgg agggacagca cgaggcccag ggacatgctg 1260
gacagccgaa catggtccat ccctcgcctc ttcagactcc agcatcacca cccggatttt1320ggcgggctgc accacggggg ccatggcagt gacctgcgcc cagcccacgg acgtggtgaa1380ggttcgattc caggccagca tacacgccgg gcccgggagc aacaggaagt acagcgggac1440tatggacgcc tacagaacca tcgccaggga ggaaggggtc cggggcctgt ggaaaggtag1500gtccggactc caggctgggg gacttcggca gcgctttccc ttcccaaggg ctggcggcag1560ggaccgagca atggggagcc cccagcaggt ctactcctgc gattctaaac caacacccta1620cccatcccag catccctgcc acgctgccct gagttccctt caatgtgcca acccttggcc1680atgcgcaggg ctgcgaggag acagaaatga aaagaggccg cccttgtggc tctcacagtg1740acacagaggg gatgggacgt gtccaggagc agccgttcca cggggcagga cgtgctgggc1800tcacgtggag gcgcagagcc agaggcggga gaggctacgg gctgggggaa gcagttcaac1860cgctggacct caaaggcccc gtgggctccc ggtgtgtgga gatgggagga aggggcgagc1920ccagcaaagg cctaaggggt gacagcagag caccggctaa gaacaggcca ctgggggcag1980ctgcccagag gagggggctt gcttcagagc aaagctgcag gcttccctac gtgtctaagt2040agtgaccacc tcaacacatg ctggagtctc tcccacatgg ggccagggct caggaatcgt2100gcagaagcag ggatccacct gcatcagttt tttttttttt tttttttttt ttgcttttta2160gggccgaacc tgcagcatat ggaggttccc aggctaaggg tcgaattgca gccacagctg2220cccgcctaca ccacagccat agcaacgcag gatccaagcc gagtctgcaa cctacaccac2280agctcatggc aatgccagat ccttaaccca ctgagcgagc cagggatcga agctgcatct2340tcatggacat tagtcgggtt catttccact gagccatgat gggaactcct cacagcctta2400ctttcagtgg gccctcccag ggcccagccc tcttctgaga ccagggtttg gtcttgatgc2460tccaggagcc ctgccaaggt ttcattctgt ccctattcca ggagcccagc cttcttcttc2520caaaaaaaag gctgcctttt ctggctctag ccaggtctcc gggaggcatt gtttttcctt2580tctttctttc ttttttccac cctgcagcat atggagttct tgggccaggg gtcagatcca2640agccacactg tgacctatgc tgtgacacca cccgatcctt aacccactgt gcagggctgg2700ggatcagatc tgcatcccgg tgctccagag acgcctccta tcccattgtg ccacagtggg2760aactccgaga catagtttaa tttcaataga tgttgcatgt tatcctccaa aatgctgccc2820aaacacacac aagaaggcct ctttgtctct aagacagaca cggataatct gagtgttttt2880aaacatccgg aagcaaagcg tgggatctac ctgacgtggg ctcctctgag accacgtccc2940ccaaactggg gcctgtgacc ttgcagccgg gggcccactt ttcctcttcc ccccttccct3000gacaggaatt ctgcccaaca tcacgaggaa tgccatcgtg aactgtgccg agatggtgac3060ctatgatgtc atcaaggaga aggtgctaga ctaccacctg ctcacgggtg agcccctggg3120
ctccaggcag actccacagc cctcccacag cccgggggga acctgggccc cctggagtgg3180gcaccaccca caggcaactg ggctttaaaa ggagtagggg gaggcagagc gcccagtcca3240acacccgggc catcattctg atgactagga aagcagccgg gacaggaggc cagagacctg3300ggctccgggc tggcaccgct catccctgag cgctgcgaga gacttagaaa gcccatcctc3360atgctccggg aatccagtga cattagggac acacacaccc cccccagaaa gcaagggccc3420ctccctctcc cagccggatg tttcctcttc ccctcccccg atgcagacaa cctgccctgc3480cactttgtct ctgccttcgg agctggcttc tgtgccaccg tggtggcctc cccagtggat3540gtggtgaaga cccggtacat gaactcgccc cccggccagt accagaaccc tctggactgc3600atgctgaaga tggtgaccca ggagggcccc acagccttct ataaagggtg agcccgcctc3660cccctcccgc cctcggtccc cgcctagact gtgcctatca cggtccatct caaaaagtgg3720accaggagtt cccgtcgtgg ctcagcagaa acgaaccgga ctagtatcca tgaggacgca3780ggttcgatcc ctggccccgc tcagtgagtt agggatccag cattgctgtg agctgcagtg3840tacatcacag acgtggctcg gaccctgcgt tgctatggct gtggtgtaga ccggcagcta3900tagctctgag tcaacctcca gcctgggaac ttccatatgc tgcaggtgtg gccccgaaaa3960gaaaaactgt aaaaagtgga ccaagtccga tttgcaaagt cggggaggct tatctgaggg4020aagggtatcc aggcataggt caaagtgcca tcagcaacca cgctggatgg gggagaggag4080agaggtggtt ggtaaccctg acccactgcc ttcacggtga gtcactgtca gcagctcaag4140gacccaacgt gttcatgctt ccttgcttca tttttcaccc cccaccgcac ctgcggtgtg4200ttcaagttgc tagaccaggg atcgaatcca cagcgcagcc gcagagaccc cagccgctgc4260agtaaccata ctgatcctta acctgctgtg gcaccaaaaa ctccctgatc tt gcctcttt4320gtcttggctg ttcccgatcc tcagctctga atgcctctcc tacctctaca tcgtagccat4380ccttccagac ttgttcaaat gctgcctcct ccccaacact ctcaggtgta aattttccct4440tcctgtgaat gtaatgcttc ctcgataccc ttttcatggt atctaccgct tcctaccctt4500ttgtttgttt ttgcttttta aggccacatc catggcttat ggaggttccc aggctagggg4560tcgaatcaga gctgcagctg ctggcctatg ccacagccac agccatgcca gatccttaac4620ccactgagcg aagccaggga ttgaacctgc atcttcatgg atgctagtca ggttcgttaa4680cagctgagcc acgacgggaa ctccaccact ccctacttta tattattata gctttttttt4740ttttgtcttt ttgtcttttt gctatttctt gggctgctcc cgtggcatat ggaggttccc4800aggctagggg tccaattgga gctatagcca ccagcctaca ccagagccac agcaactcag4860gatctgagcc acatctgtga cctacacccc aggtcatggc aatgccagat ccttaaccca4920ctgagcatgg ccagggatcg aacccgcaac ctcatggttc ccagtcggat tcgttaacca4980
ctgcaccatg acgggaactc caccagttcc tactttatat tatatattct agcttttttt5040tttttttttt tgtctttttg ctatttcttt gggccgctcc tgcggcatat ggaggttccc5100aggctagggg tcaaatcgga gctgtagcca ccggcctacg ccagagccac agcaatgcag5160gatctgagcc gcgtctgcaa cctacaccac agctcacggc aacgccagat cattaaccca5220ctgagcaagg gcagggactg aacccgcaat tttatggtcc ctagtcggat tcgttaacca5280ctgcgccacg acgggaactc ctattctagc atttttatgt tgaaattatc ctccgtgcta5340gagggcaaac tcctggcagc gaaggactgg agcttatacg gttgaccttg aacgacacga5400aggttagggg cacggacccc aggcagctga aaacacacgt acaacaacga ctcgctggcc5460ctccctgcat gcagttcctc cacttcgtca gatcccagca actgcagatc gtgtagtatt5520tagcatttac tgtcgaaaga caagacctgc gccgttccaa cccgggtggt tcaagggtca5580gctgtaccca tcgcccatgt cccagagtcc ccacctccag gccatcaccc cgtaacgcag5640gtacccctaa gtcatcgagc atcaggccct gtgctgagca tgtcacagct attatctcaa5700cgccccctgg actggaccgt gttctccgca tttaccgaag ggaccgcgac tcaggtcgag5760agacctgtcc aggttcacag actcttggag cagcagagcc aggctcaaac ccagaaggtc5820gcacgccacc cccacgagcg aggcggcacc gcaagctgag ctctctgcgc agccccctca5880cctccaccag ggagggccga tgtctggcgc ccagggttcg agtagacccg acaggcacac5940acggtctcaa ccctgggatg gtgtcacaga gccggttcag ccgacagttg tcccctgtaa6000ccgccctgtc ccgcacgctt cagctgtggc cccttgcctc gggtgttctt tcccttggca6060gacattccct cggtgccccg gggggttggg ccccgtgtgc gcggagcttc ccgaggattt6120gccgacaggg gccccgggag cctgtgctgg gctgcaggtc cctgccgtcc tcgcgacgcc6180tccgtgaggc agatgccgtc ctggtcctcg tggtacacag cagtaaaccg aggctgggga6240agatgaagct caagttcaca aaacttcaac tgaaactggt caagctaggg tttgaaccca6300ggtctgagcc tagagttcaa attcgttgtc cccatgctac gctccctgcg aggagcccag6360gctgaggcct cacggagcgg ccttggtggg agggaggttg tggtgcccaa atcaagcccc6420acaggccaag accaaggagc caggcaagga gagggggtta caccagggag gaggagggac6480gcgggcacag gagcaggagg gtcaggctgg caggagccga gaggaccagg aggggatctg6540cagagagcga agcggaggag ggcaggtggg acgctcccag ctgcgctgtc ccaggacagg6600gaggctctct ggagagtagc taagcttgct gtcacctggg acccccgcgg ggctggcatt6660caggccctaa atgagccact taggctgtaa atgagcccag aaatggcctg cggtggggtg6720gagtcaggtg attttaactg agctactcaa cctgttactc aacctgttgc tgaacaaccc6780ccgccccacc gtccctaccc gatagaaccg agagaatgaa ccgtctgcca ccgtccccca6840
gctcacaatg ctggtttcct tttgtgattc caacctctgc ccgagttcct tccatagagg 6900agaaaaagac cccacgatct cagaagatgc ccgggactga gccagggcaa agcctcgggc 6960tgtaacaccc agagaggggg gcgcggggtc cacccccctg accacgtgtc tcttcctctc 7020agattcacac cttccttttt gcgcttggga agctggaacg tggtgatgtt tgtaagctac 7080gagcagctga aacgggcctt gatgaaagtc cagatgctgc gggaatctcc gttttga 7137<210>2<211>18<212>DNA<213>人工序列<220>
<223>
<400>2acctgcgccg ttccaacc 18<210>3<211>20<212>DNA<213>人工序列<220>
<223>
<400>3agctcagctt gcggtgccgc20<210>4<211>20<212>DNA<213>人工序列
<220>
<223>
<400>4cacgcccaag ggatcggacc 20<210>5<211>20<212>DNA<213>人工序列<220>
<223>
<400>5ctgtccctcc agggccaggg 20<210>6<211>19<212>DNA<213>人工序列<220>
<223>
<400>6atggttggac tgaagcctt 19<210>7<211>19<212>DNA<213>人工序列
<220>
<223>
<400>7ccgatccctt gggcgtgta19<210>8<211>311<212>PRT<213>野豬屬豬(Sus scrofa domestica Brisson)<400>1Met Val Gly Leu Lys Pro Ser Asp Val Pro Pro Thr Met Ala Val Lys1 5 10 15Phe Leu Gly Ala Gly Thr Ala Ala Cys Phe Ala Asp Leu Leu Thr Phe20 25 30Pro Leu Asp Thr Ala Lys Val Arg Leu Gln Ile Gln Gly Glu Asn Gln35 40 45Ala Val Gln Thr Ala Arg Ser Ala Gln Tyr Arg Gly Val Leu Gly Thr50 55 60Ile Leu Thr Met Val Arg Asn Glu Gly Pro Arg Ser Pro Tyr Asn Gly65 70 75 80Leu Val Ala Gly Leu Gln Arg Gln Met Ser Phe Ala Ser Ile Arg Ile85 90 95Gly Leu Tyr Asp Ser Val Lys Gln Leu Tyr Thr Pro Lys Gly Ser Asp100 105 110His Ser Ser Ile Thr Thr Arg Ile Leu Ala Gly Cys Thr Thr Gly Ala115 120 125Met Ala Val Thr Cys Ala Gln Pro Thr Asp Val Val Lys Val Arg Phe130 135 140
Gln Ala Ser Ile His Ala Gly Pro Gly Ser Asn Arg Lys Tyr Ser Gly145 150 155 160Thr Met Asp Ala Tyr Arg Thr Ile Ala Arg Glu Glu Gly Val Arg Gly165 170 175Leu Trp Lys Gly Ile Leu Pro Asn Ile Thr Arg Asn Ala Ile Val Asn180 185 190Cys Ala Glu Met Val Thr Tyr Asp Val Ile Lys Glu Lys Val Leu Asp195 200 205Tyr His Leu Leu Thr Asp Asn Leu Pro Cys His Phe Val Ser Ala Phe210 215 220Gly Ala Gly Phe Cys Ala Thr Val Val Ala Ser Pro Val Asp Val Val225 230 235 240Lys Thr Arg Tyr Met Asn Ser Pro Pro Gly Gln Tyr Gln Asn Pro Leu245 250 255Asp Cys Met Leu Lys Met Val Thr Gln Glu Gly Pro Thr Ala Phe Tyr260 265 270Lys Gly Phe Thr Pro Ser Phe Leu Arg Leu Gly Ser Trp Asn Val Val275 280 285Met Phe Val Ser Tyr Glu Gln Leu Lys Arg Ala Leu Met Lys Val Gln290 295 300Met Leu Arg Glu Ser Pro Phe305 310
權(quán)利要求
1.豬解耦聯(lián)蛋白3的基因組基因，具有下述核苷酸序列之一1)序列表中SEQ ID №1的DNA序列；2)編碼序列表中SEQ ID №8蛋白質(zhì)序列的多核苷酸；3)在高嚴(yán)謹(jǐn)條件下可與序列表中SEQ ID №1限定的DNA序列雜交的核苷酸序列；4)與序列表中SEQ ID №1限定的DNA序列具有90％以上同源性，且編碼相同功能蛋白質(zhì)的DNA序列。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的豬解耦聯(lián)蛋白3的基因組基因，其特征在于所述豬解耦聯(lián)蛋白3的基因組基因具有序列表中SEQ ID №1的DNA序列。
3.一種鑒定瘦肉型豬的方法，是檢測(cè)待測(cè)品種豬的種群基因型頻率，如待測(cè)品種豬的種群基因型頻率具有下列情況之一，則待測(cè)品種豬為瘦肉型豬1)AA基因型頻率大于等于0.8小于等于1.0，AB基因型頻率小于等于0.1，BB基因型頻率小于等于0.2；所述基因型是按照如下方法確定確定自SEQ ID NO1的5′端第5631位堿基為C還是T；如自SEQ ID NO1的5′端第5631位堿基為C時(shí)，其純合體的基因型為AA；自SEQ ID NO1的5′端第5631位堿基為T時(shí)，其純合體的基因型為BB；它們的雜合體基因型為AB；2)CC基因型頻率大于等于0.8小于等于1.0，CD基因型頻率小于等于0.1，DD基因型頻率小于等于0.1；所述基因型是按照如下方法確定的確定自序列1的5′端第1073位-1077位堿基是否缺失；如自序列1的5′端第1073位-1077位堿基不缺失，其純合體的基因型為CC；自序列1的5′端第1073位-1077位堿基缺失時(shí)，其純合體的基因型為DD；它們的雜合體基因型為CD；3)EE基因型頻率大于等于0.8小于等于1.0，EF基因型頻率小于等于0.1，F(xiàn)F基因型頻率小于等于0.1；所述基因型是按照如下方法確定確定自SEQ ID NO1的5′端第521位堿基為A還是G；如自序列表中SEQ ID NO1的5′端第521位堿基為A時(shí)，其純合體的基因型為EE；自序列表中SEQ ID NO1的5′端第521位堿基為G時(shí)，其純合體的基因型為FF；它們的雜合體基因型為EF。
4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于可按照如下方法確定自序列1的5′端第1073位-1077位堿基是否缺失用由序列表中SEQ ID №4和SEQ ID№5的核苷酸序列組成的一對(duì)引物對(duì)待測(cè)豬的基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增，如得到的擴(kuò)增產(chǎn)物為一條196bp的條帶，該待測(cè)個(gè)體的自序列1的5′端第1073位-1077位堿基不缺失，則該待測(cè)個(gè)體的基因型是CC；如得到的擴(kuò)增產(chǎn)物為一條191bp的條帶，該待測(cè)個(gè)體的自序列1的5′端第1073位-1077位堿基缺失，則待測(cè)個(gè)體的基因型是DD；如得到擴(kuò)增產(chǎn)物為一條196bp的條帶和一條191bp的條帶，待測(cè)個(gè)體的一對(duì)同源染色體中，一條染色體的自序列1的5′端第1073位-1077位堿基不缺失，另一條染色體的自序列1的5′端第1073位-1077位堿基缺失，則該待測(cè)個(gè)體的基因型是CD。
5.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于可按照如下方法確定自SEQ IDNO1的5′端第521位堿基為A還是G用由序列表中SEQ ID №6和SEQ ID №7的核苷酸序列組成的一對(duì)引物對(duì)待測(cè)豬的基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增，用BstXI酶切該P(yáng)CR擴(kuò)增產(chǎn)物，如得到的酶切產(chǎn)物是一條524bp和一條526bp的酶切片段，待測(cè)個(gè)體自SEQ ID NO1的5′端第521位堿基為A，則待測(cè)個(gè)體的基因型是EE；如得到的酶切產(chǎn)物是一條1050bp的酶切片段，待測(cè)個(gè)體SEQ ID NO1的自5′端第521位堿基為G，則待測(cè)個(gè)體的基因型是FF；如得到的酶切產(chǎn)物是一條524bp，一條526bp和一條1050bp的酶切片段，待測(cè)個(gè)體的一對(duì)同源染色體中，一條染色體的自SEQ ID NO1的5′端第521位堿基為A，另一條染色體的自SEQ ID NO1的5′端第521位堿基為G，則待測(cè)個(gè)體的基因型是EF。
6.根據(jù)權(quán)利要求3、4或5所述的方法，其特征在于所述待測(cè)品種豬的種群由30-50個(gè)體組成。
全文摘要
本發(fā)明公開了豬解耦聯(lián)蛋白3的基因組基因及其應(yīng)用。豬解耦聯(lián)蛋白3的基因組基因，是具有序列表中SEQ ID №1的DNA序列或編碼序列表中SEQ ID №8蛋白質(zhì)序列的多核苷酸。利用豬解耦聯(lián)蛋白3的基因組基因鑒定瘦肉型豬的方法，是檢測(cè)待測(cè)品種豬的種群基因型頻率，如待測(cè)品種豬的種群基因型頻率具有下列情況之一，則待測(cè)品種豬為瘦肉型豬1)AA基因型頻率大于等于0.8小于等于1.0，AB基因型頻率小于等于0.1，BB基因型頻率小于等于0.2；2)CC基因型頻率大于等于0.8小于等于1.0，CD基因型頻率小于等于0.1，DD基因型頻率小于等于0.1；3)EE基因型頻率大于等于0.8小于等于1.0，EF基因型頻率小于等于0.1，F(xiàn)F基因型頻率小于等于0.1。
文檔編號(hào)C12N15/12GK1687414SQ20051007104
公開日2005年10月26日 申請(qǐng)日期2005年5月23日 優(yōu)先權(quán)日2005年5月23日
發(fā)明者趙興波, 酈漢杰, 李艷華 申請(qǐng)人:中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)