解例如潰瘍性結(jié)腸炎（UC)。可選地，包含細(xì)胞和流體組分組合物 的實施方案，例如如以上（3)的描述，此處也可用于植入（例如，給予患者）健康或"野生 型"（WT)個體中存在而（患者中）缺少的菌群組分。在可選的實施方案中，流體組分具有 強大的抗孢子活性。
[0090] 在可選的實施方案中，本發(fā)明的組合物和方法可以任何固體或液體形式配制，例 如，配制成藥物、食品或補充配制物，例如膠囊制劑和/或粉狀酸奶制劑（其可以是膠囊 的），從而例如，獲得接受和長期使用。在可選的實施方案中，本發(fā)明的組合物和方法可以配 制成灌腸劑。在可選的實施方案中，本發(fā)明的組合物和方法可以例如以膠囊的形式配制成 口服產(chǎn)品。在可選的實施方案中，本發(fā)明的組合物和方法包括配制物的使用，所述配制物含 有所有糞便組分，即，包含非細(xì)胞"流體組分"，或其復(fù)原的或合成的等同物，而不只是細(xì)菌 細(xì)胞組分。
[0091] 在可選的實施方案中，本發(fā)明的組合物包含各種生物活性分子（BAMs)，其包括菌 群或微生物群的抗炎組分。在可選的實施方案中，所述流體或溶解組分包括在細(xì)胞制劑中 或被添加回細(xì)胞，例如，當(dāng)糞便過濾直至僅有細(xì)胞團塊時。在可選的實施方案中，本發(fā)明的 組合物包含細(xì)胞微生物群的代表，例如，完全或基本上完全的人微生物群，還包含添加的組 分或"添加回"放入到組合物，以便在各種應(yīng)用中給予進一步的效用，更好的功效和/或提 高安全性。例如，在可選的實施方案中，"添加回"的生物活性分子（BAM' s)，包括細(xì)菌分泌 產(chǎn)物，抗炎試劑或其他組合物（例如，由"宿主"腸道分泌的，例如白細(xì)胞介素、細(xì)胞因子、白 細(xì)胞三稀、類花生酸等），抗體（例如，IgAs、IgGs、IgMs、結(jié)合抗原的抗體片段或合成的抗 體樣肽或試劑），益生元，益生菌，抗生物膜試劑或生物膜溶解試劑，和/或抗微生物劑，抗 生素或抗真菌劑。在可選的實施方案中，這些或其他"添加回"的組分可以為人造或純的或 未加工的或濃縮的微生物群的非細(xì)胞"流體組分"，例如，如細(xì)菌分泌產(chǎn)物，如：蘇云金菌素 (其由供體糞便中的芽孢桿菌分泌），細(xì)菌素（由細(xì)菌產(chǎn)生的蛋白質(zhì)毒素，包括大腸桿菌素， troudulixine 或 putaindicine，或小菌素或 subtilosin A)，Ianbiotics (包括乳酸鏈球菌 肽，枯草菌素，表皮素，變鏈素，美殺菌素，阿肽加定和/或肉桂霉素），乳鏈球菌素或相關(guān)的 成孔肽毒素，和/或由微生物群的細(xì)菌或其他微生物所產(chǎn)生的其他抗微生物或抗炎化合物 和/或生物活性分子（BAMs)。在可選的實施方案中，將這些中的一種或所有，或其他添加物 添加至本發(fā)明的組合物，例如，"添加回"至此類最終的配制物接近或更好地模擬正?；蛞?生型人微生物群，或者具有正?；蛞吧腿宋⑸锶旱南嗤匦?，或者是正?；蛞吧腿?微生物群的基本表現(xiàn)。
[0092] 在可選的實施方案中，在用所提取的菌群治療之前，醫(yī)師也可選擇使用瀉藥以減 少菌群的體積，從而使得在空腸中植入更容易。
[0093] 仵詵的其災(zāi)成分
[0094] 冷凝劑
[0095] 在可選的實施方案中，隨著本發(fā)明組合物（包括本發(fā)明的包含任何微生物群或包 含F(xiàn)MT的組合物）的輸注，例如，隨著經(jīng)結(jié)腸鏡輸注或通過灌腸劑輸注（尤其是進入到潰 瘍性結(jié)腸炎患者的結(jié)腸），或隨著口服給藥，還可使用或給予冷凝劑。例如，當(dāng)推動患者復(fù) 原時，所輸注的流體向下移動至乙狀結(jié)腸，然后進入直腸；這使患者感到極端緊急至許多患 者雖然臥床或雖然被到洗手間仍不能控制流體而經(jīng)歷大便失禁的程度。為預(yù)防這種情況， 本發(fā)明包括使用添加冷凝劑，例如，包括竹芋粉或植物淀粉，如粉末狀面粉，粉末狀馬鈴薯 或馬鈴薯淀粉，可吸收的聚合物（例如可吸收的改性聚合物(AMP?)，EndoClot，Santa Clara，CA)，和/或玉米粉或玉米淀粉。這快速吸收水分，產(chǎn)生凝膠基質(zhì)并保持所輸注的微 生物群在盲腸中凝固數(shù)小時而避免前進到直腸。
[0096] 益生菌和益生元
[0097] 在可選的實施方案中，還包括在本發(fā)明組合物（例如，流體制劑實施方案，高度過 濾的或基本上純化的微生物群和流體制劑混合，或"粗略地"不完全地或中等程度過 濾的微生物群-包含菌群樣品，和/或培養(yǎng)的微生物群實施方案）或用于實施本發(fā)明組合 物的添加劑，包括一種或多種益生元，如菊粉、乳果糖、洋薊、菊苣、燕麥、大麥、各種豆科植 物、大蒜、甘藍(lán)菜、豆類或flacks提取物，并且有時益生元可包括草藥。
[0098] 其中任選地，所述益生菌包括培養(yǎng)或糞便提取的微生物或細(xì)菌，或細(xì)菌組分，并且 任選地，所述細(xì)菌或細(xì)菌組分包含或源自擬桿菌、厚壁菌、乳酸桿菌、雙歧桿菌、大腸桿菌、 糞鏈球菌以及等同物。
[0099] 在可選的實施方案中，添加劑可包括菌群組分，如擬桿菌、厚壁菌、芽孢桿菌（例 如，蘇云金芽孢桿菌）或其任何組合。在可選的實施方案中，所培養(yǎng)的組分添加回菌群從而 加強或擴大特定的屬或物種，例如擬桿菌、厚壁菌、孢桿菌屬或蘇云金芽孢桿菌。有時益生 菌可作為單一培養(yǎng)組分而被包括在內(nèi)。它們可避免使所培養(yǎng)的組分增加，因為它們失去了 其植入特征。
[0100] 抗生素，抗微生物劑
[0101] 在可選的實施方案中，抗生素和/或其他抗微生物劑包括在本發(fā)明的組合物中， 例如，添加回本發(fā)明的流體配制物或制劑，或本發(fā)明的細(xì)胞制劑。在可選的實施方案中，抗 微生物劑或抗生素為一種或多種糖肽抗生素或包含一種或多種糖肽抗生素，其中任選地， 所述糖肽抗生素為萬古霉素，替考拉寧（例如，TARG0CID?)，特拉萬星（例如VIBATIV?)， 博來霉素（例如，BLEN0XANE?)，雷莫拉寧或的卡拉寧；或非達(dá)霉素，慶大霉素，新霉素，鏈 霉素，巴龍霉素，卡那霉素，利福昔明（例如，腸道緩釋（EIR)利福昔明）或其他利福霉 素（包括，例如利福霉素衍生物利福平（rifampicin/rifampin)，利福布汀，利福噴汀和利 福拉齊），或袢霉素，格爾德霉素，安絲菌素或抗原生動物劑，如硝唑尼特（例如，DAX0N?、 DEXIDEX?、KIDONAX?、MITAFAR?、PACOVANTON?、PARAMIX?)、呋喃唑酮（例如，F(xiàn)UR0X0NE?、 DEPENDAL-M?)、硝基咪唑或甲硝咪唑（例如，5-硝基咪唑、FLAGYL?)、硝呋齊特（例如，AMB ATROL?，ANTINAL?，BACIFURANE?，DIAFURYL?)或鉍（例如，水楊酸亞鉍），還包括各種類別 的抗生素，如青霉素（例如，青霉素 G、普魯卡因青霉素、芐星青霉素或青霉素 V)、大環(huán)內(nèi)酯 類（例如，紅霉素、克拉霉素、地紅霉素（例如，DYNABAC?)、羅紅霉素（例如，XTHROCIN?、 R0XL-150?、ROXO?、SURLID?)、泰利霉素（例如，KETEK?)或阿奇霉素，如 ZITHROMAX?、 AZITHROCIN?)、四環(huán)素、頭孢菌素、碳青霉烯（例如，亞胺培南、美羅培南如M0NAN?、 MER0NEM?)、單菌霉素、林肯酰胺或克林霉素（例如，DALACIN?)、噻諾酮（例如，氟噻諾酮） 和/或磺胺、弗氏菌素（例如，NE0BI0TIC?)或其等同物或其組合物。
[0102] 在可選的實施方案中，抗微生物劑或抗生素為或者包含以下一種或多種：氨基糖 苷類抗生素（例如，慶大霉素、新霉素、鏈霉素、巴龍霉素和/或卡那霉素）、酰胺醇、袢霉素、 β -內(nèi)酰胺類（β -內(nèi)酰胺）、碳青霉烯、頭孢菌素、頭霉素、單菌霉素、氧頭孢烯、林肯酰胺 抗生素（例如，克林霉素、林可霉素）、大環(huán)內(nèi)酯類抗生素（例如，阿奇霉素、克拉霉素、地紅 霉素、紅霉素）、糖肽類抗生素（例如，萬古霉素、替考拉寧、特拉萬星、博來霉素、雷莫拉寧 和/或的卡拉寧）、多肽類抗生素（例如，放線菌素，如放線菌素 D ;桿菌肽；枯草菌肽）、四 環(huán)素、或2,4-二氨基嘧啶類抗生素、棒曲霉素（又稱為展青霉素，蘋果菌素，（31&化￡〇1·!^!!， claviform， expansine， clavatin， expansin， gigantin， leucopin， patuline 或patulin) 或其等同物或其組合物。
[0103] 在可選的實施方案中，本發(fā)明的方法包括用抗生素和/或其他抗微生物劑預(yù)先治 療，共同治療（同時治療）和/或后續(xù)治療，所述抗生素和/或其他抗微生物劑包括，例如 萬古霉素、利福昔明、甲硝噠唑或任何類別的抗生素，從而抑制特定病原體，例如正在被治 療的病原體。
[0104] 防腐劑，冷凍保護劑，凍干保護劑
[0105] 在可選的實施方案中，可向本發(fā)明的任何組合物（例如，流體制劑實施方案，高度 過濾或基本上純化的微生物群和流體制劑混合物，或包含"粗"過濾、"不完全"過濾或中等 程度過濾的微生物群的糞便樣品，和/或培養(yǎng)的微生物群實施方案）添加各種防腐劑、冷凍 保護劑和/或凍干保護劑，包括，例如各種多糖或糖類（如蔗糖、果糖、乳糖、甘露醇）、甘油、 聚乙二醇（PEG)、海藻糖、甘氨酸、葡萄糖、葡聚糖和/或赤蘚糖醇。在可選的實施方案中， 其他可使用的冷凍保護劑為乙烯乙二醇、1，2-丙二醇、甲基溶纖劑、二甲基甲酰胺、或二甲 基亞砜甲醇。在可選的實施方案中，這些冷凍保護劑的含量為約1%至約50%，但是通常約 5%至約15%就足夠了。
[0106] 由于耐受冷凍和/或凍干或噴霧干燥，在可選的實施方案中，本發(fā)明的任何組合 物存在不同類型的可制造的終產(chǎn)品。在可選的實施方案中，本發(fā)明的產(chǎn)品或配制物為流體 并且可被新鮮用作灌腸劑。在可選的實施方案中，考慮到添加冷凍保護劑，本發(fā)明的產(chǎn)品或 配制物被冷凍并且保存在例如-80度供隨后使用。
[0107] 生物膜破壞化合物
[0108] 在可選的實施方案中，將生物膜破壞化合物添加到本發(fā)明的組合物或配制物（例 如，流體制劑實施方案，高度過濾或基本上純化的微生物群和流體制劑混合物，或包含"粗" 過濾，"不完全"過濾或中等程度過濾的微生物群的糞便樣品，和/或培養(yǎng)的微生物群實施 方案），或用于實施本發(fā)明的方法。在可選的實施方案中，在實施本發(fā)明的方法時，在給予本 發(fā)明組合物或配制物之前或期間（共同給予）給予生物膜破壞化合物，或者與本發(fā)明組合 物或配制物共同配制（例如，在多層片劑或膠囊中）或單獨配制來給予生物膜破壞化合物。 在可選的實施方案中，將破壞生物膜用于從結(jié)腸結(jié)膜分離粘著的包含多糖/DNA的層（被稱 為"生物膜"），從而獲得可更好地接受引入的野生型和/或培養(yǎng)的菌群組分和本發(fā)明組合 物的植入的粘膜。
[0109] 在可選的實施方案中，還可使用其他生物膜破壞組分或生物膜破壞劑，例如酶， 如脫氧核糖核酸酶（DNase)，N-乙酰半胱氨酸，海藻酸裂解酶，糖苷水解酶分散蛋白B ;群 體感應(yīng)抑制劑，例如核糖核酸III抑制肽，山柑藤（Salvadora persica)提取物，感受態(tài)刺 激肽，棒曲霉素和青霉酸；肽-cathelicidin-衍生肽，小裂解肽，PTP-7 (小裂解肽，例如， 參見 Kharidia(2011)J.Microbiol.49(4):663-8，Epub 2011 S 印 2)，一氧化氮，新乳劑 (neo-emulsions);臭氧，裂解性菌體，乳鐵蛋白，木糖醇水凝膠，合成的鐵螯合劑，蔓越莓 組分，姜黃素，銀納米粒子，乙酰基-11-酮-β -乳香酸（AKBA)，大麥咖啡組分，益生菌，西奈 芬凈，S-腺苷甲硫胺酸，S-腺苷-高半胱氨酸，Delisea呋喃酮，N-磺?；呓z氨酸內(nèi)醋和 /或大環(huán)內(nèi)酯類抗生素或其任何組合。
[0110] 在可選的實施方案中，在給予本發(fā)明組合物之前和期間，給予生物膜破壞組分或 生物膜破壞劑，例如，F(xiàn)MT，無論在任何形式或配制物中，這都可發(fā)生，例如作為膠囊劑。
[0111] 在可選的實施方案中，在用本發(fā)明組合物治療之前、期間和/或治療之后，添加生 物膜破壞劑。在可選的實施方案中，單獨或組合使用生物膜破壞劑。
[0112] 在可選的實施方案中，生物膜破壞劑包括特定的酶和降解物質(zhì)，包括N-乙酰半胱 氨酸，脫氧核糖核酸酶（DNase)。其他包括海藻酸鹽，裂解酶和糖苷水解酶分散蛋白，核糖核 酸III抑制肽（RIP)，山柑藤提取物，感受態(tài)刺激肽（CSP)，棒曲霉素（PAT)和青霉酸（PA)/ EDTA ;Cathelicidin-衍生肽，小裂解肽，PTP-7, 一氧化氮，氯已定，聚乙烯吡咯酮碘（PI)， 納米乳，裂解性噬菌體，乳鐵蛋白/木糖醇水凝膠，合成的鐵螯合劑，蔓越莓組分，姜黃素， 乙?；?11-酮-β -乳香酸（AKBA)，大麥咖啡（BC)組分，銀納米粒子，阿奇霉素，克拉霉素， 慶大霉素，鏈霉素，以及還有乙二胺四乙酸二鈉。結(jié)腸的臭氧吹入法也可用于破壞生物膜。
[0113] 單位劑塑以及配制物、畬物和涕送裁體
[0114] 在可選的實施方案中，隨著過濾，可以通過例如，噴霧干燥或等同物，例如在惰性 氣體中噴霧干燥或在相似條件下冷凍干燥，進一步處理本發(fā)明的組合物（例如，流體制劑 實施方案，高度過濾或基本上純化的微生物群和流體制劑混合物，或包含"粗"過濾，"不完 全"過濾或中等程度過濾的微生物群的糞便樣品，和/或培養(yǎng)的微生物群實施方案），因而 最終為粉末狀產(chǎn)品。在可選的實施方案中，將組合物制造、標(biāo)記或配制成液體，懸浮液，噴 霧，凝膠，凝膠片，半固體，片劑，或小袋，膠囊劑，錠劑，可咀嚼或可吮吸的單位劑型，或任何 藥學(xué)上可接受的配制物或制劑。在可選的實施方案中，將本發(fā)明的組合物包含于食物或飲 料（例如，酸奶、冰淇淋、奶昔），飼料，營養(yǎng)補充劑或食品補充劑或飼料補充劑（例如，液體、 半固體或固體）等。
[0115] 例如，可將本發(fā)明的組合物制造、標(biāo)記或配制成例如，如美國專利申請出版號 20100297031所述的口腔崩解片。本發(fā)明的組合物可以為如美國專利號（USPN)6, 979, 674 ; 6, 245, 740所述的多元醇/稠化油懸浮液。本發(fā)明的組合物可以為如美國專利申請出版 號20100289164和USPN 7, 799, 341所述膠囊化的，例如封裝入透明基質(zhì)中?？蓪⒈景l(fā)明 的組合物制造、標(biāo)記或配制成例如，如美國專利申請出版號20100285164所述的賦形劑顆 粒，例如包含纖維素物質(zhì)，如與二氧化硅密切相關(guān)的微晶纖維素，崩解劑和多元醇，糖或多 元醇/糖混合物?？蓪⒈景l(fā)明的組合物制造、標(biāo)記或配制成例如，如美國專利申請出版物 20100278930號所述的口腔崩解劑?？蓪⒈景l(fā)明的組合物制造、標(biāo)記或配制成例如，如美國 專利申請出版號20100247665所述的球形顆粒，例如，包含結(jié)晶纖維素和/或粉末狀纖維 素?？蓪⒈景l(fā)明的組合物制造、標(biāo)記或配制成例如，如美國專利申請出版號20100233278所 述的快速崩解的固體制劑，例如用作口腔崩解固體制劑。可將本發(fā)明的組合物制造、標(biāo)記或 配制成用于口服的固體制劑，包含黃蓍膠和多聚磷酸或其鹽，例如，如美國專利申請出版物 20100226866 號所述。
[0116] 本發(fā)明的組合物可使用例如，如美國專利申請出版號20100222311所述的水溶性 多羥基化合物、羥基羧酸和/或多羥基羧酸來制造、標(biāo)記或配制?？蓪⒈景l(fā)明的組合物制 造、標(biāo)記或配制成錠劑，或可咀嚼和可吮吸的片劑或其他單位劑型，例如，如美國專利申請 出版號20100184785所述。
[0117] 可將本發(fā)明的組合物制造、標(biāo)記或配制成例如，如美國專利申請出版號 20100178349所述的聚結(jié)物形式?？蓪⒈景l(fā)明的組合物制造、標(biāo)記或配制成例如，如美國專 利申請出版號20060275223所述的凝膠或糊劑形式?？蓪⒈景l(fā)明的組合物制造、標(biāo)記或配 制成例如，如USPN 7, 846, 475或USPN 7, 763, 276所述的軟膠囊形式，。
[0118] 本發(fā)明組合物中所使用的多元醇可以為微粒化的多元醇，例如，如美國專利申 請出版號20100255307所述，例如具有20-60 μ m的粒徑分布（d5(l)，且流動性低于或等于 5s/100g 或低于 5s/100g。
[0119] 逐漸或延遲釋放的配制物
[0120] 在可選的實施方案中，本發(fā)明提供了配制用于腸道延遲或逐漸釋放的組合物，其 包含至少一種用延遲釋放的組合物或配制物，包衣或包裝配制的活性劑（例如，本發(fā)明的 配制物或藥物制劑）。在可選的實施方案中，將本發(fā)明的配制物或藥物制劑設(shè)計或配制成用 于植入活菌，或遞送活性成分（例如，本發(fā)明的流體制劑）至末端小腸和/或結(jié)腸。因此， 對于這一實施方案，重要的是允許活菌穿過危險區(qū)，例如胃酸和胰酶和膽汁，并且有活力無 損傷的到達(dá)和植入末端小腸尤其是結(jié)腸。在可選的實施方案中，本發(fā)明的配制物或藥物制 劑為流體配制物，包含微生物群的本發(fā)明配制物和/或其冷凍或凍干形式。在可選的實施 方案中，優(yōu)選膠囊化形式，全部都為粉末狀。
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