發(fā)明領(lǐng)域本發(fā)明總體涉及用程序性死亡1(pd-1)的拮抗劑治療癌癥。具體而言，本發(fā)明涉及定義預測對pd-1拮抗劑的反應的治療前基因特征，以及使用此類基因特征作為生物標志物來鑒定最可能對用pd-1拮抗劑的療法反應的患者。發(fā)明背景pd-1被認為是在免疫調(diào)節(jié)與外周耐受性的維持中的重要分子。pd-1適度表達于幼稚t、b和nkt細胞上并通過在淋巴細胞、單核細胞和骨髓細胞上的t/b細胞受體信號傳導上調(diào)(1)。兩個pd-1的已知的配體是pd-l1(b7-h1)和pd-l2(b7-dc)，其在各種組織中產(chǎn)生的人類癌癥中表達。在例如卵巢癌、腎癌、結(jié)腸直腸癌、胰腺癌、肝癌和黑色素瘤的大樣本集中，已表明pd-l1表達與預后不良和總體存活減少有關(guān)，而不管后續(xù)的治療(2-13)。類似地，在腫瘤浸潤淋巴細胞上的pd-1表達被發(fā)現(xiàn)標記在乳腺癌和黑色素瘤中的功能障礙性t細胞(14-15)并與腎癌的預后不良有關(guān)(16)。因此，已提出pd-l1表達腫瘤細胞與pd-1表達t細胞相互作用，以減輕t細胞活化并逃避免疫監(jiān)視，從而造成針對腫瘤的免疫反應受損。通過抑制pd-1及pd-l1和pd-l2的一個或兩個之間相互作用而拮抗pd-1活性的幾種單克隆抗體(mab)正處于臨床開發(fā)中用于治療癌癥。這些包括與pd-1結(jié)合的納武單抗(nivolumab)和派姆單抗(pembrolizumab)，以及與pd-l1結(jié)合的mpdl3280a。盡管用這些mab的臨床研究在一些癌癥類型中已產(chǎn)生了持久的抗腫瘤反應，但大量的患者未能表現(xiàn)出抗腫瘤反應。因此，需要診斷工具來鑒定哪些癌癥患者最可能實現(xiàn)臨床受益于用pd-1拮抗劑治療。癌癥研究中的一個活躍領(lǐng)域是鑒定基因集合的腫瘤內(nèi)表達模式，通常被稱為基因特征或分子特征，其為特定類型或亞型的癌癥的特征，并且可能與臨床結(jié)果相關(guān)。發(fā)明概述本發(fā)明的系統(tǒng)和方法基于臨床反應基因集合和均一化基因集合的組合，本文被稱為“基因表達平臺”，其被本發(fā)明人設(shè)計為用于推導具有多種腫瘤類型的與對pd-1拮抗劑的抗腫瘤反應相關(guān)的治療前腫瘤內(nèi)rna表達水平(“基因特征”)的不同的基因集合的工具。本發(fā)明人還考慮，該基因表達平臺將可用于推導一種評分算法，其將特征中的各個基因?qū)ο嚓P(guān)性的相對貢獻加權(quán)，以產(chǎn)生基因特征中的所有基因的均一化rna水平的算術(shù)復合物，本文被稱為“基因特征評分”。通過比較對于具有相同目標腫瘤類型且用pd-1拮抗劑治療的患者組群獲得的基因特征評分和抗腫瘤反應，本發(fā)明人考慮可以選擇截止評分，其根據(jù)具有實現(xiàn)對pd-1拮抗劑的抗腫瘤反應的更高或更低概率來分開患者。特定腫瘤類型的預測性特征評分在本文中被稱為基因特征生物標志物。其腫瘤對于根據(jù)本發(fā)明推導的基因特征生物標志物測試陽性的患者比其腫瘤對于基因特征生物標志物測試陰性的患者更可能受益于用pd-1拮抗劑的療法。因此，在第一個方面，本發(fā)明提供推導對于至少一種目標腫瘤類型預測對pd-1拮抗劑的抗腫瘤反應的基因特征生物標志物的方法。所述方法包括：(a)在診斷具有腫瘤類型的患者組群中從每個患者獲得治療前腫瘤樣品；(b)對于組群中的每個患者，獲得用pd-1拮抗劑治療后的抗腫瘤反應值；(c)對于基因表達平臺中的每種基因測量每個腫瘤樣品中的原始rna水平，其中所述基因表達平臺包含臨床反應基因的集合和均一化基因的集合；(d)對于每個腫瘤樣品，使用測量的均一化基因的rna水平，將臨床反應基因的測量的原始rna水平各自均一化；(e)對于每個腫瘤樣品和目標基因特征中的每種基因，使用該基因的預定義的乘法系數(shù)將均一化的rna表達水平加權(quán)；(f)對于每個腫瘤樣品，添加加權(quán)的rna表達水平以生成基因特征評分；和(g)將所有腫瘤樣品的基因特征評分和組群中所有患者的抗腫瘤反應值進行比較，以選擇分開患者群組以滿足靶標生物標志物臨床效用標準的基因特征評分的截止值。在一個實施方案中，所述方法進一步包括將具有等于或大于所選截止值的基因特征評分的腫瘤類型的任何腫瘤樣品指定為生物標志物陽性，和將具有低于所選截止值的基因特征評分的腫瘤類型的任何腫瘤樣品指定為生物標志物陰性。本發(fā)明人考慮使用本發(fā)明的上述方法推導的基因特征生物標志物可用于各種臨床研究和患者治療設(shè)置，諸如例如，以僅將生物標志物陽性患者選擇性登記入pd-1拮抗劑的臨床試驗，基于生物標志物陽性或陰性狀態(tài)分層pd-1拮抗劑的臨床試驗的分析，或確定患者對于用pd-1拮抗劑治療的合格性。因此，在第二個方面，本發(fā)明提供用于針對腫瘤類型對pd-1拮抗劑的抗腫瘤反應的基因特征生物標志物的存在或不存在測試從診斷具有特定腫瘤類型的患者中移取的腫瘤樣品的方法。所述方法包括：(a)對于基因表達平臺中的每種基因測量腫瘤樣品中的原始rna水平，其中所述基因表達平臺包含臨床反應基因的集合和均一化基因的集合；(b)使用測量的均一化基因的rna水平，將腫瘤類型的預定義的基因特征中的每種臨床反應基因的測量的原始rna水平均一化；(c)使用預定義的乘法系數(shù)來將每個均一化的rna值加權(quán)；(d)添加加權(quán)的rna表達水平以生成基因特征評分；(e)將生成的評分與基因特征和腫瘤類型的參考評分進行比較；和(f)將腫瘤樣品分類為生物標志物陽性或生物標志物陰性；其中如果生成的評分等于或大于參考評分，則將腫瘤樣品分類為生物標志物陽性，且如果生成的評分小于參考評分，則將腫瘤樣品分類為生物標志物陰性。在第三個方面，本發(fā)明提供用于針對腫瘤類型對pd-1拮抗劑的抗腫瘤反應的基因特征生物標志物的存在或不存在測試從診斷具有特定腫瘤類型的患者中移取的腫瘤樣品的系統(tǒng)。所述系統(tǒng)包含(i)用于測量基因表達平臺中的每種基因的原始rna表達水平的樣品分析儀，其中所述基因表達平臺由臨床反應基因的集合和均一化基因的集合組成，和(ii)計算機程序，其用于接收和分析測量的rna表達水平，以(a)使用測量的均一化基因的rna水平，將腫瘤類型的預定義的基因特征中的每種臨床反應基因的測量的原始rna水平均一化；(b)使用預定義的乘法系數(shù)來將每個均一化的rna值加權(quán)；(c)添加加權(quán)的rna表達水平以生成基因特征評分；(d)將生成的評分與基因特征和腫瘤類型的參考評分進行比較；和(e)將腫瘤樣品分類為生物標志物陽性或生物標志物陰性，其中如果生成的評分等于或大于參考評分，則將腫瘤樣品分類為生物標志物陽性，且如果生成的評分小于參考評分，則將腫瘤樣品分類為生物標志物陰性。在本發(fā)明的每個上述方面，基因表達平臺中的臨床反應基因(a)與多于一種腫瘤類型中的對pd-1拮抗劑的抗腫瘤反應單獨相關(guān)，和(b)共同生成在每種腫瘤類型中基本相似的協(xié)方差模式。臨床反應基因集合中的第一基因子集表現(xiàn)出與抗腫瘤反應正相關(guān)的腫瘤內(nèi)rna水平，而臨床反應基因集合中的第二基因子集的腫瘤內(nèi)rna水平與抗腫瘤反應負相關(guān)。在一個實施方案中，臨床反應基因集合包含約57種基因，第一子集包含約51種基因，且第二子集包含約6種基因。在本發(fā)明的任何上述方面的一些實施方案中，所述基因表達平臺包含表1a和1b中列出的57種基因。在本發(fā)明的任何上述方面的一些實施方案中，所述基因表達平臺中的均一化基因的集合包含這樣的基因，其在不同腫瘤類型的多個樣品中單獨表現(xiàn)出低變異性的腫瘤內(nèi)rna水平，且共同表現(xiàn)出跨越不同腫瘤類型中的臨床反應基因的腫瘤內(nèi)表達水平的范圍的范圍的腫瘤內(nèi)rna水平。在一些實施方案中，所述均一化基因集合包含10至12種基因。在本發(fā)明的任何上述方面的一個實施方案中，所述基因表達平臺包含下表1c中列出的11種均一化基因。本發(fā)明人已經(jīng)鑒定了下表2中所示的特異性基因特征，其代表于臨床反應基因中，并且與多種腫瘤類型中對派姆單抗的反應相關(guān)。由于存在這些基因特征中的每一個共同的幾種基因，本發(fā)明人提出可以對于這些特征的每一種以及對于包含表1中的臨床反應基因的2至57種的任何組合的其他基因特征推導預測對pd-1拮抗劑的反應的基因特征生物標志物。因此，在一些實施方案中，在本發(fā)明的方法或系統(tǒng)中評估的基因特征可以包含表1中的臨床反應基因的至少兩種的任何組合，并且可以包表1中的臨床反應基因的3、4、5、6、7、13或18種，或2至57種之間的任何數(shù)字。在一些實施方案中，所述基因特征選自表1a和1b中的57種臨床反應基因、表1a中的51種臨床反應基因和表2中列出的基因特征。在一些實施方案中，所述基因特征是表2中所示的18基因上-下特征。在本發(fā)明的任何上述方面和實施方案中使用的抗腫瘤反應值可用于個體患者中的抗腫瘤反應的任何定量或定性測量，或者可以是已經(jīng)在患者組群中觀察到的抗腫瘤反應率。在用pd-1拮抗劑治療組群的任何時段期間或之后可以獲得抗腫瘤反應值。在另一個實施方案中，所述抗腫瘤反應值是如通過recist1.1或irrc測量的客觀值，諸如部分反應、完全反應或最佳總體反應。在一個實施方案中，所述抗腫瘤反應值是抗腫瘤反應的持續(xù)時間，例如患者具有無進展存活、無病存活或一些其他正在進行的抗腫瘤反應的天數(shù)、月數(shù)或年數(shù)。在另一個實施方案中，所述抗腫瘤反應值是用pd-1拮抗劑治療的患者組群的反應率，諸如客觀反應率(orr)或中值總存活期。在一些實施方案中，在至少2、3、4、5、6、7、8、9或更多劑量的pd-1拮抗劑之后獲得抗腫瘤反應值(個體值或群組反應率)。在其他實施方案中，所述抗腫瘤反應值是針對持續(xù)的抗腫瘤反應，其在基于患者間(onapatientbypatientbasis)最后一次劑量的pd-1拮抗劑之后的任何時間進行評估，例如在施用最后一次劑量之后3、6、9、12、15、18、21或24個月進行評估。本發(fā)明人考慮上述方法和系統(tǒng)可用于推導各種pd-1拮抗劑和腫瘤類型的基因特征生物標志物。在一些實施方案中，所述pd-1拮抗劑是納武單抗或派姆單抗。所述患者組群可以用pd-1拮抗劑作為單一療法或作為包括一種或多種其他癌癥治療的組合療法的一部分來治療。在一些實施方案中，所述腫瘤類型是膀胱癌、結(jié)腸直腸癌、胃癌、頭頸癌、黑色素瘤、非小細胞肺癌、卵巢癌、前列腺癌或腎癌。在一個實施方案中，所述pd-1拮抗劑是派姆單抗，且所述腫瘤類型是肛門癌、膽道癌、膀胱癌、結(jié)腸直腸癌、食管癌、胃癌、頭頸癌、黑色素瘤或卵巢癌。在本發(fā)明的方法和系統(tǒng)的一些實施方案中，每種樣品的臨床反應基因的均一化rna表達水平通過如下獲得：對表1中的每種臨床反應基因和表1中的每種均一化基因進行測量的原始rna水平的log(10)轉(zhuǎn)換，計算均一化基因的log10轉(zhuǎn)換的rna水平的算術(shù)平均值，和從表1中的每種臨床反應基因的log10轉(zhuǎn)換的rna水平減去計算的平均值。在采用表2中的任何特定基因特征的一些實施方案中，測量的rna值通過如下獲得：對特征中的每種臨床反應基因和均一化基因的集合進行測量的原始rna水平的log(10)轉(zhuǎn)換，計算均一化基因的log10轉(zhuǎn)換的rna水平的算術(shù)平均值，和從每種臨床反應基因的log10轉(zhuǎn)換的rna水平減去計算的平均值。在一些實施方案中，均一化基因的集合包含表1c中列出的均一化基因。在一個實施方案中，所述基因特征是表2中所述的5-基因ifng誘導的特征或7-基因mipfs特征。在一個實施方案中，所述基因特征是表2中所述的18-基因上-下特征，并且均一化基因的集合由表1c中列出的10種基因組成。在一個實施方案中，假定目標基因特征(即，具體腫瘤類型的預定義的基因特征)中的每種基因?qū)δ[瘤反應相關(guān)性有同等貢獻，因此將每種基因同等加權(quán)。因此，該基因特征中的每種基因的預定義的乘法系數(shù)為1，并且基因特征中的基因的均一化的rna表達評分可以通過直接加法或通過計算算術(shù)平均值來組合。在另一個實施方案中，特定基因特征中不同基因?qū)鼓[瘤反應相關(guān)性貢獻的程度不同，并且已經(jīng)通過將多變量統(tǒng)計學模型應用于抗腫瘤反應值和對于患者組群測定的均一化基因表達水平來預先定義將這些貢獻差異加權(quán)的系數(shù)。下表3描述用于計算本發(fā)明的幾種基因特征的特征評分的加權(quán)系數(shù)的示例性集合。表3a中鑒定的基因特征由表1中的57種臨床反應基因組成，并且表3b中的基因特征是表2中所述的14-基因上-下和18-基因上-下特征。表3a：57-基因上-下特征的示例評分權(quán)重集合表3b.源自表1的上-下特征的示例評分權(quán)重集合an/a意味著指定基因不被認為是特征的一部分。因此，在一個實施方案中，生成從患者移除的腫瘤樣品的特征評分包括(i)將對于基因特征中的每種基因獲得的均一化rna值乘以來自評分權(quán)重的集合的該基因的系數(shù)，以生成特征中每種基因的加權(quán)rna值，和(ii)添加加權(quán)rna值以產(chǎn)生腫瘤樣品的特征評分，其中當基因特征由表3a中的57上-下特征組成時，則評分權(quán)重集合選自集合1.1、集合1.2、集合2.1、集合2.2、集合2.3和集合2.4，并且當基因特征由表3b中的14-基因上-下特征組成時，則評分權(quán)重集合由表3b的第二列中的權(quán)重組成，并且當基因特征由表3b中的18-基因上-下特征組成時，評分權(quán)重集合由表3b的第三列中的權(quán)重組成。在采用表3a或3b中的評分權(quán)重集合之一以生成特征評分的一些實施方案中，均一化的rna值通過如下獲得：對特征中的每種臨床反應基因和表1c中的每種均一化基因進行測量的原始rna水平的log(10)轉(zhuǎn)換，計算均一化基因的log10轉(zhuǎn)換的rna水平的算術(shù)平均值，和從每種臨床反應基因的log10轉(zhuǎn)換的rna水平減去計算的平均值。在一個實施方案中，由所選截止評分滿足的靶標生物標志物效用標準是組群中的大多數(shù)反應者患者具有等于或大于截止值的基因特征評分，而大多數(shù)無反應者患者具有低于截止值的基因特征。在另一個實施方案中，靶標生物標志物效用標準是患者組群中的反應者患者的至少20％、40％、60％或80％具有等于或大于所選截止評分的基因特征評分。在另一個實施方案中，選擇截止評分以滿足組群中的無反應者患者的至少80％、85％、90％或95％或接近100％具有低于截止評分的基因特征評分的靶標生物標志物效用標準。在另一個實施方案中，靶標生物標志物效用標準是當應用于患者組群中的單獨患者時至少25％、30％、35％或更高的所選截止值的陽性預測值(ppv)和至少90％、93％、96％或更高的陰性預測值(npv)。在一個實施方案中，所述pd-1拮抗劑是派姆單抗或納武單抗，所述基因特征由表1中列出的臨床反應基因中的至少五種組成。在一些實施方案中，所述基因特征選自表2中列出的基因特征，且所述患者已被診斷具有膀胱癌、胃癌、頭頸癌或黑色素瘤。在一些實施方案中，所述pd-1拮抗劑是派姆單抗，所述基因特征是表2中顯示的ifng、pd-l1、擴增的免疫或tcr信號傳導特征，且所述患者已被診斷具有膀胱癌、胃癌、頭頸癌或黑色素瘤。在一些實施方案中，已經(jīng)確定所述基因特征的參考評分以便將對pd-1拮抗劑的反應者組中的至少大多數(shù)與對pd-1拮抗劑的無反應者中的至少大多數(shù)分開。因此，其腫瘤樣品被分類為生物標志物陽性的患者比其腫瘤樣品被分類為生物標志物陰性的患者更可能對pd-1拮抗劑反應或達到更好的反應。在又另一個方面，本發(fā)明提供可用于測定腫瘤樣品以獲得本文所述的任何基因特征的均一化rna表達評分的試劑盒。在一個實施方案中，所述試劑盒包含能夠特異性結(jié)合由表1中的每種基因表達的轉(zhuǎn)錄物的雜交探針的集合和設(shè)計以定量與每種雜交探針形成的特異性雜交復合物的數(shù)目的試劑的集合。在一個實施方案中，所述集合中的每種雜交探針具有獨特的可檢測標記物，并被設(shè)計為與對于臨床反應基因和均一化基因之一獨特的靶序列特異性雜交，從而使得能夠在單一雜交反應中檢測腫瘤樣品中的所有表1基因的轉(zhuǎn)錄物。在一個實施方案中，本發(fā)明的試劑盒還可以包含至少一種對照腫瘤樣品，其可以以與測試腫瘤樣品相同的方式針對臨床反應和均一化基因的表達進行測定。在另一個實施方案中，所述試劑盒包含(1)雜交探針的集合，其能夠特異性結(jié)合由選自表2中所示的基因特征組的基因特征中的每種基因和由表1中列出的每種均一化基因表達的轉(zhuǎn)錄物，和(2)試劑的集合，其被設(shè)計用于定量與每種雜交探針形成的特異性雜交復合物的數(shù)目。在又另一個方面，本發(fā)明提供用于治療具有腫瘤的患者的方法，其包括確定腫瘤對于基因特征生物標志物是陽性還是陰性，且如果所述腫瘤對于所述生物標志物是陽性的，則向所述受試者施用pd-1拮抗劑，且如果所述腫瘤對于所述生物標志物是陰性的，則向所述受試者施用不包括pd-1拮抗劑的癌癥治療，其中所述基因特征生物標志物用于包含表1中的臨床反應基因中的至少兩種的基因特征。在一個實施方案中，所述基因特征選自表2中列出的基因特征。在又另一個方面，本發(fā)明提供藥物組合物，其包含用于受試者中的pd-1拮抗劑，所述受試者具有對于基因特征生物標志物測試陽性的腫瘤，其中所述基因特征生物標志物用于選自表2中列出的基因特征的基因特征。本發(fā)明的又另一個方面是包含藥物組合物和處方信息的藥物產(chǎn)品。所述藥物組合物包含pd-1拮抗劑和至少一種藥學上可接受的賦形劑。所述處方信息指出，所述藥物組合物被指示用于具有對于基因特征生物標志物測試陽性的腫瘤的受試者，其中所述基因特征生物標志物用于選自表2中列出的基因特征的基因特征。附圖簡述圖1顯示表2中列出的mipfs基因特征的多個頭頸腫瘤樣品與表1b中列出的6-基因反相關(guān)基因子集的無監(jiān)督聚類分析的結(jié)果。圖2a、2b、2c、2d、2e、2f、2g、2h和2i顯示多個黑色素瘤腫瘤樣品相比于以下腫瘤類型的多個腫瘤樣品中表1中的57種臨床反應基因中的一些或全部的均一化rna表達水平的成對相關(guān)性的分散圖：頭頸癌(圖2a)、膀胱癌(圖2b)、胃癌(圖2c)、nsclc(圖2d)、結(jié)腸直腸癌(圖2e)、腎癌(圖2f)、前列腺癌(圖2g)、卵巢癌(圖2h)和三陰性乳腺癌(圖2i)。圖3顯示針對治療前腫瘤樣品的薈萃分析中的無進展存活時間和用派姆單抗治療的三個不同癌癥組群中的臨床反應數(shù)據(jù)繪制的表1中的57種臨床反應基因的基因特征所確定的模型推導的基因特征評分。圖4顯示針對表1中列出的57種臨床反應基因的治療前腫瘤樣品確定的模型推導的基因特征評分繪制的用派姆單抗治療的胃癌組群中的反應者和無反應者患者的百分比的柱狀圖。圖5顯示圖4中所示的基于模型的基因特征評分的roc曲線。圖6說明表1中表示的ifng基因特征用于預測頭頸組群中的患者中對派姆單抗的bor的潛在用途，其顯示增加截止評分對具有高于截止值(上小圖)、陽性預測值(ppv，中小圖)和陰性預測值(npv，下小圖)的基因特征評分的組群中患者的患病率的影響。圖7顯示表1的57-基因特征的特征評分的預期borppv概況，所述評分在keynote-012和keynote-028的分層貝葉斯薈萃分析下使用集合1.1的權(quán)重計算。圖8顯示表1的57-基因特征的特征評分的預期bornpv概況，所述評分在keynote-012和keynote-028的分層貝葉斯薈萃分析下使用集合1.1的權(quán)重計算。圖9a和9b是柱狀圖，其顯示在對派姆單抗治療反應(反應者)或沒有反應(無反應者)的食管癌患者中的57基因特征的治療前特征評分的分布，其中使用示例性評分權(quán)重集合1.1(圖9a)或集合2.4(圖9b)計算特征評分。圖10a和10b是柱狀圖，其顯示在對派姆單抗治療反應(反應者)或沒有反應(無反應者)的結(jié)腸直腸癌患者中的57基因特征的治療前特征評分的分布，其中使用示例性評分權(quán)重集合1.1(圖10a)或集合2.4(圖10b)計算特征評分。圖11a和11b是柱狀圖，其顯示在對派姆單抗治療反應(反應者)或沒有反應(無反應者)的肛門癌患者中的57基因特征的治療前特征評分的分布，其中使用集合1.1(圖11a)或集合2.4(圖11b)中鑒定的評分權(quán)重集合計算特征評分。詳細描述i.縮寫.貫穿本發(fā)明的詳細描述和實施例，將使用以下縮寫：bor　　　　　　　最佳總體反應cdr　　　　　　　互補決定區(qū)cho　　　　　　　中國倉鼠卵巢cr　　　　　　　完全反應dfs　　　　　　　無病存活期ffpe　　　　　　福爾馬林-固定、石蠟包埋的fr　　　　　　　框架區(qū)ihc　　　　　　　免疫組織化學或免疫組織化學的irrc　　　　　　免疫相關(guān)的反應標準ncbi　　　　　　國家生物技術(shù)信息中心npv　　　　　　　凈預測值or　　　　　　　總體反應os　　　　　　　總體存活期pd　　　　　　　進行性疾病pd-1　　　　　　程序性死亡1pd-l1　　　　　　程序性細胞死亡1配體1pd-l2　　　　　　程序性細胞死亡1配體2pfs　　　　　　　無進展存活期(pfs)ppv　　　　　　　陽性預測值pr　　　　　　　部分反應q2w　　　　　　　每兩周一個劑量q3w　　　　　　　每3周一個劑量recist　　　　　實體瘤的反應評價標準roc　　　　　　　受試者操作特征sd　　　　　　　穩(wěn)定的疾病vh　　　　　　　免疫球蛋白重鏈可變區(qū)vk　　　　　　　免疫球蛋白κ輕鏈可變區(qū)。ii.定義為了可以更容易地理解本發(fā)明，下文具體定義了某些技術(shù)和科學術(shù)語。除非在本文件中另外特別地定義，在此使用的所有其他的技術(shù)和科學術(shù)語具有本發(fā)明所屬領(lǐng)域普通技術(shù)人員通常理解的意義。如本文，包括所附權(quán)利要求書所用，單詞的單數(shù)形式例如"一"、"一"和"該"包括它們對應的復數(shù)指代，除非文中另外清楚地指明。當用于修飾數(shù)字定義的參數(shù)(例如，本文討論的基因特征的基因特征評分，或pd-1拮抗劑的劑量，或pd-1拮抗劑的治療時間長度)時，“約”是指該參數(shù)可以高于或低于該參數(shù)的規(guī)定數(shù)值的差不多10％。例如，由約10種基因組成的基因特征可以具有9至11種基因。類似地，約2.462的參考基因特征評分包括2.2158和2.708的評分和其之間的任何評分。"施用"和"治療"，當它應用于動物、人、實驗受試者、細胞、組織、器官或生物液體時，是指使外源性藥物、治療劑、診斷劑或組合物與動物、人、受試者、細胞、組織、器官或生物液體接觸。細胞的處理涵蓋使試劑與細胞接觸，以及使試劑與液體接觸，在那里所述液體與細胞接觸。"施用"和"治療"也意指例如通過試劑、診斷劑、結(jié)合化合物，或通過另一個細胞的細胞的體外和離體治療。術(shù)語"受試者"包括任何生物，優(yōu)選動物，更優(yōu)選哺乳動物(例如，大鼠、小鼠、狗、貓、兔)和最優(yōu)選人。如本文所用，術(shù)語"抗體"是指表現(xiàn)出所需生物學或結(jié)合活性的任何形式的抗體。因此，它在廣義上使用并特別地覆蓋，但不限于，單克隆抗體(包括全長單克隆抗體)、多克隆抗體、多特異性抗體(例如，雙特異性抗體)、人源化、完全人抗體、嵌合抗體和駱駝化(camelized)單結(jié)構(gòu)域抗體。"親本抗體"是在用于預定用途的抗體的修飾，諸如用作人治療劑的小鼠中生成的親本抗體的人源化之前，通過使免疫系統(tǒng)暴露于抗原而獲得的抗體。一般來說，基本的抗體結(jié)構(gòu)單元包含四聚體。每個四聚體包括兩個相同的多肽鏈對，每對具有一個"輕"(約25kda)和一個"重"鏈(約50-70kda)。每條鏈的氨基-末端部分包括主要負責抗原識別的約100-110或更多氨基酸的可變區(qū)。重鏈的羧基-末端部分可限定主要地負責效應子功能的恒定區(qū)。典型地，人輕鏈被分類為κ和λ輕鏈。此外，人重鏈典型地被分類為μ、δ、γ、α或ε，且將抗體的同種型分別定義為igm、igd、igg、iga和ige。在輕鏈和重鏈內(nèi)，可變區(qū)和恒定區(qū)由約12或更多個氨基酸的"j"區(qū)連接，其中重鏈也包括約10個以上的氨基酸的"d"區(qū)。一般參見，fundamentalimmunologych.7(paul,w.,編輯,第2版.ravenpress,n.y.(1989)。每個輕/重鏈對的可變區(qū)形成抗體結(jié)合位點。因此，一般來說，完整的抗體具有兩個結(jié)合位點。除了雙功能或雙特異性抗體中，兩個結(jié)合位點一般是相同的。典型地，重鏈和輕鏈二者的可變結(jié)構(gòu)域均包含3個高變區(qū)，也稱為互補決定區(qū)(cdrs)，其位于相對保守的框架區(qū)(fr)內(nèi)。cdrs通常由框架區(qū)對齊，使得能夠結(jié)合特定表位。一般來說，從n-末端至c-末端，輕鏈和重鏈可變結(jié)構(gòu)域二者均包含fr1、cdr1、fr2、cdr2、fr3、cdr3和fr4。氨基酸分配到每個結(jié)構(gòu)域一般根據(jù)以下的定義：sequencesofproteinsofimmunologicalinterest,kabat,等人；nationalinstitutesofhealth,bethesda,md.；第5版；nihpubl.no.91-3242(1991)；kabat(1978)adv.prot.chem.32:1-75；kabat,等人,(1977)j.biol.chem.252:6609-6616；chothia,等人,(1987)jmol.biol.196:901-917或chothia,等人,(1989)nature342:878-883。如本文所用，術(shù)語"高變區(qū)"是指負責抗原-結(jié)合的抗體的氨基酸殘基。高變區(qū)包含來自"互補決定區(qū)"或"cdr"的氨基酸殘基(即在輕鏈可變結(jié)構(gòu)域中的cdrl1、cdrl2和cdrl3，以及在重鏈可變結(jié)構(gòu)域中的cdrh1、cdrh2和cdrh3)。參見，kabat等人(1991)sequencesofproteinsofimmunologicalinterest,第5版.publichealthservice,nationalinstitutesofhealth,bethesda,md.(由序列限定抗體的cdr區(qū))；也參見chothia和lesk(1987)j.mol.biol.196:901-917(由結(jié)構(gòu)限定抗體的cdr區(qū))。如本文所用，術(shù)語"框架"或"fr"殘基是指并非本文定義為cdr殘基的高變區(qū)殘基的那些可變結(jié)構(gòu)域殘基。如本文所用，除非另外指明，"抗體片段"或"抗原結(jié)合片段"是指抗體的抗原結(jié)合片段，即保留特異性地結(jié)合至由全長抗體結(jié)合的抗原的能力的抗體片段，例如，保留一個或多個cdr區(qū)的片段?？贵w結(jié)合片段的實例包括，但不限于，fab、fab'、f(ab')2和fv片段；雙抗體；線性抗體；單鏈抗體分子，例如sc-fv；從抗體片段形成的納米抗體和多特異性抗體。"特異性地結(jié)合至”特定靶蛋白的抗體是，與其他蛋白相比，顯示出優(yōu)先結(jié)合至該靶標的抗體，但這種特異性不需要絕對結(jié)合特異性。如果抗體結(jié)合確定靶蛋白在樣品中的存在，例如，不產(chǎn)生不希望的結(jié)果諸如假陽性，則該抗體對其預定的靶標被認為是"特異性的"?？捎糜诒景l(fā)明的抗體，或其結(jié)合片段，將以結(jié)合非-靶蛋白的親和力的至少兩倍，優(yōu)選地至少10倍，更優(yōu)選至少20-倍，和最優(yōu)選至少100-倍的親和力結(jié)合至靶蛋白。如本文所用，據(jù)說抗體是特異性地結(jié)合至包含給定氨基酸序列，例如成熟人pd-1或人pd-l1分子的氨基酸序列的多肽，如果它結(jié)合至包含該序列但不結(jié)合至缺乏該序列的蛋白的多肽的話。"嵌合抗體"是指其中重鏈和/或輕鏈的部分與源自特定物種(例如人)的抗體或?qū)儆谔囟贵w類或亞類中的對應序列相同或同源的抗體，而所述鏈的其余部分與源自另一個物種(如小鼠)的抗體或?qū)儆诹硪粋€抗體類或亞類,以及這樣抗體的片段中的對應序列相同或同源，只要它們顯示出所需生物學活性?！叭丝贵w”是指僅包含人免疫球蛋白蛋白序列的抗體。人抗體可含有鼠碳水化合物鏈，如果在小鼠，在小鼠細胞，或在源自小鼠細胞的雜交瘤中產(chǎn)生的話。類似地，“小鼠抗體”或“大鼠抗體”是指僅分別包含小鼠或大鼠免疫球蛋白序列的抗體。"人源化抗體"是指含有來自非-人(例如鼠科動物)抗體以及人抗體的序列的抗體形式。這樣的抗體含有源自非-人免疫球蛋白的最小序列。一般來說，人源化抗體將基本上都包含至少一個、通常兩個可變結(jié)構(gòu)域中的全部，其中所有或幾乎所有的高變環(huán)對應于非-人免疫球蛋白的那些，并且所有或幾乎所有的fr區(qū)是人免疫球蛋白序列的那些。人源化抗體任選地還將包含至少一部分免疫球蛋白恒定區(qū)(fc)，通常為人免疫球蛋白的恒定區(qū)。嚙齒動物抗體的人源化形式將一般包含親本嚙齒動物抗體的相同的cdr序列，雖然可包括某些氨基酸取代，以增加親和力，增加人源化抗體的穩(wěn)定性，或為了其他理由。當是指用治療劑諸如pd-1拮抗劑治療的癌癥患者時，“抗腫瘤反應”意指至少一種陽性治療效果，諸如例如癌細胞數(shù)目降低，腫瘤大小減小，癌細胞浸潤至外周器官的速率降低，腫瘤轉(zhuǎn)移率或腫瘤生長率降低或無進展存活期?？梢砸远喾N方式測量癌癥中的陽性治療效果(參見，w.a.weber,j.null.med.50:1s-10s(2009);eisenhauer等人，同上)。在一些實施方案中，使用recist1.1標準、二維irrc或一維irrc評估對pd-1拮抗劑的抗腫瘤反應。在一些實施方案中，抗腫瘤反應是sd、pr、cr、pfs、dfs中的任一種。在一些實施方案中，本發(fā)明的基因特征生物標志物預測具有實體瘤的受試者是否可能實現(xiàn)pr或cr。“二維irrc”是指在wolchokjd等人.guidelinesfortheevaluationofimmunetherapyactivityinsolidtumors:immune-relatedresponsecriteria.clincancerres.2009;15(23):7412–7420中描述的一套標準。這些標準利用靶病灶的二維腫瘤測量，其通過使每個病灶的最長直徑乘以最長垂直直徑(cm2)來獲得?！吧镏委焺币庵敢环N生物分子，諸如抗體或融合蛋白，其阻斷任何生物學通路中的配體/受體信號傳導，這樣的信號傳導支持腫瘤維持和/或生長或抑制抗-腫瘤免疫反應。術(shù)語“癌癥”、“癌性”或“惡性”是指或描述通常特征在于失調(diào)的細胞生長的哺乳動物的生理狀態(tài)。癌癥的實例包括但不限于，癌癥、淋巴瘤、白血病、胚細胞瘤和肉瘤。此類癌癥的更具體的實例包括鱗狀細胞癌、骨髓瘤、小細胞肺癌、非-小細胞肺癌、神經(jīng)膠質(zhì)瘤、霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、急性髓性白血病(aml)、多發(fā)性骨髓瘤、胃腸(道)癌、腎癌、卵巢癌、肝癌、淋巴母細胞性白血病、淋巴細胞性白血病、結(jié)腸直腸癌、子宮內(nèi)膜癌、腎癌、前列腺癌、甲狀腺癌、黑色素瘤、軟骨肉瘤、神經(jīng)母細胞瘤、胰腺癌、多形性膠質(zhì)母細胞瘤、宮頸癌、腦癌、胃癌、膀胱癌、肝細胞瘤、乳腺癌、結(jié)腸癌和頭頸癌?？筛鶕?jù)本發(fā)明治療的特別優(yōu)選的癌癥包括特征在于在測試的組織樣品中pd-l1和pd-l2的一種或兩種的升高的表達的那些癌癥。除非另外指示，否則如本文所用“cdr”或“cdrs”意指免疫球蛋白可變區(qū)中使用kabat編號系統(tǒng)定義的互補決定區(qū)?！盎焺笔强捎糜谥委煱┌Y的化學化合物?；瘜W治療劑的類別包括，但不限于：烷基化劑、抗代謝藥、激酶抑制劑、紡錘體毒劑植物生物堿、細胞毒性/抗腫瘤抗生素、拓撲異構(gòu)酶抑制劑、光敏化劑、抗雌激素和選擇性雌激素受體調(diào)節(jié)劑(serm)、抗孕酮劑、雌激素受體下調(diào)劑(erd)、雌激素受體拮抗劑、促黃體激素釋放激素激動劑、抗雄激素劑、芳香酶抑制劑、egfr抑制劑、vegf抑制劑、抑制參與異常細胞增殖或腫瘤生長的基因表達的反義寡核苷酸?？捎糜诒景l(fā)明治療方法中的化學治療劑包括細胞生長抑制劑和/或細胞毒性劑。如本文所用，“chothia”意指al-lazikani等人,jmb273:927-948(1997)中所述的抗體編號系統(tǒng)?！鞍?comprising)”或變型諸如“包含(comprise)”、“包含(comprises)”或“由...構(gòu)成”貫穿說明書和權(quán)利要求書中以包括性意義使用，即指定所述特征的存在，但不排除可以實質(zhì)上增強本發(fā)明的任何實施方案的操作或效用的進一步特征的存在或添加，除非上下文由于明確的語言或必要的含義而另有要求。如貫穿說明書和權(quán)利要求書所用，"基本由...組成"和變型諸如"基本上由...組成"或"基本上由...組成"，指包括任何敘述的要素或要素組，和任選包含性質(zhì)類似或不同于所述要素的其他的要素，所述要素實質(zhì)上不改變特定劑量方案、方法或組合物的基本或新的特性。作為非限制性實例，如果將基因特征評分定義為由指定的基因列表組成的基因集合的復合rna表達評分，則技術(shù)人員將理解，該基因特征評分可以包括對于一種或多種額外基因、優(yōu)選不超過三種額外基因確定的rna水平，如果此類包含物實質(zhì)上不影響預測能力。如本文所用的“框架區(qū)”或“fr”意指排除cdr區(qū)的免疫球蛋白可變區(qū)。"同源性"是指兩個多肽序列在優(yōu)化比對時，它們之間的序列相似性。當兩個比較的序列二者的位置被同一氨基酸單體亞基所占據(jù)，例如如果兩個不同的abs的輕鏈cdr的位置被丙氨酸占據(jù)，則兩個abs在該位置上是同源的。同源性的百分比是由兩個序列共享的同源位置數(shù)除以被比較的位置總數(shù)×100。例如，當序列被最佳比對時，如果兩個序列的10個位置中的8個為匹配或同源的，則兩個序列為80%同源的。一般來說，當兩個序列經(jīng)比對以給出最大百分比同源性時，進行比較。例如，可通過blast算法進行比較，其中選擇該算法的參數(shù)以給出各序列相對于相應的參考序列的整個長度之間的最大匹配。以下參考文獻涉及常常用于序列分析的blast算法：blastalgorithms:altschul,s.f.,等人,(1990)j.mol.biol.215:403-410;gish,w.,等人,(1993)naturegenet.3:266-272;madden,t.l.,等人,(1996)meth.enzymol.266:131-141;altschul,s.f.,等人,(1997)nucleicacidsres.25:3389-3402;zhang,j.,等人,(1997)genomeres.7:649-656;wootton,j.c.,等人,(1993)comput.chem.17:149-163;hancock,j.m.等人,(1994)comput.appl.biosci.10:67-70;alignmentscoringsystems:dayhoff,m.o.,等人,"amodelofevolutionarychangeinproteins."于atlasofproteinsequenceandstructure,(1978)vol.5,suppl.3.m.o.dayhoff(ed.),pp.345-352,natl.biomed.res.found.,washington,dc;schwartz,r.m.,等人,"matricesfordetectingdistantrelationships."于atlasofproteinsequenceandstructure,(1978)vol.5,suppl.3."m.o.dayhoff(ed.),pp.353-358,natl.biomed.res.found.,washington,dc;altschul,s.f.,(1991)j.mol.biol.219:555-565;states,d.j.,等人,(1991)methods3:66-70;henikoff,s.,等人,(1992)proc.natl.acad.sci.usa89:10915-10919;altschul,s.f.,等人,(1993)j.mol.evol.36:290-300;alignmentstatistics:karlin,s.,等人,(1990)proc.natl.acad.sci.usa87:2264-2268;karlin,s.,等人,(1993)proc.natl.acad.sci.usa90:5873-5877;dembo,a.,等人,(1994)ann.prob.22:2022-2039;andaltschul,s.f."evaluatingthestatisticalsignificanceofmultipledistinctlocalalignments."于theoreticalandcomputationalmethodsingenomeresearch(s.suhai,ed.),(1997)pp.1-14,plenum,newyork。"分離的抗體"和“分離的抗體片段”是指純化狀態(tài)并且在這樣的上下文中意指指定的分子基本上不含其他生物學分子諸如核酸、蛋白、脂質(zhì)、碳水化合物或其他物質(zhì)諸如細胞碎片和生長培養(yǎng)基。一般來說，術(shù)語"分離的"并不意味著指完全不存在這樣的物質(zhì)或不存在水、緩沖劑或鹽，除非它們以基本上干擾如本文描述的結(jié)合化合物的實驗或治療應用的量存在。如本文所用，“kabat”意指由elvina.kabat首創(chuàng)的免疫球蛋白比對和編號系統(tǒng)((1991)sequencesofproteinsofimmunologicalinterest,第5版.publichealthservice,nationalinstitutesofhealth,bethesda,md.)。如本文所用，"單克隆抗體"或“mab”或“mab”，是指基本上同質(zhì)的抗體群體，即構(gòu)成群體的抗體分子在氨基酸序列中是相同的，除了可以少量存在的可能天然存在的突變。相比之下，傳統(tǒng)的(多克隆)抗體制備物典型地包括許多不同的抗體，所述抗體在它們的可變結(jié)構(gòu)域，特別是它們的cdrs(其對不同的表位經(jīng)常是特異性的)中具有不同的氨基酸序列。修飾詞"單克隆的"表明如從基本上同質(zhì)的抗體群體獲得的抗體的特征，并且不被解釋為需要通過任何具體方法生產(chǎn)抗體。例如，根據(jù)本發(fā)明要使用的單克隆抗體可通過由kohler等人(1975)nature256:495首次描述的雜交瘤方法制得，或可通過重組dna方法(參見，例如美國專利號4,816,567)制得。"單克隆抗體"也可使用在例如clackson等人(1991)nature352:624-628和marks等人(1991)j.mol.biol.222:581-597中描述的技術(shù)，從噬菌體抗體庫中分離出來。也參見presta(2005)j.allergyclin.immunol.116:731。當是指對用pd-1拮抗劑治療的特異性抗腫瘤反應時，“無反應者”意味著患者沒有表現(xiàn)出抗腫瘤反應?！肮押塑账帷笔侵竿ǔｉL度為5-100個連續(xù)堿基，最常見長度為10-50、10-40、10-30、10-25、10-20、15-50、15-40、15-30、15-25、15-20、20-50、20-40、20-30或20-25個連續(xù)堿基的核酸。"患者"是指需要治療或正參與臨床試驗、流行病學研究或用作對照的任何單個人受試者。"pd-1拮抗劑"意指任何阻斷在癌癥細胞上表達的pd-l1與在免疫細胞(t細胞、b細胞或nkt細胞)上表達的pd-1的結(jié)合并且還優(yōu)選地阻斷在癌癥細胞上表達的pd-l2與免疫-細胞表達的pd-1的結(jié)合的化學化合物或生物學分子。對pd-1及其配體的替代名稱或同義詞包括：用于pd-1的pdcd1、pd1、cd279和sleb2；用于pd-l1的pdcd1l1、pdl1、b7h1、b7-4、cd274和b7-h；和用于pd-l2的pdcd1l2、pdl2、b7-dc、btdc和cd273。在其中待治療人個體的本發(fā)明的任何各個方面和實施方案中，pd-1拮抗劑阻斷人pd-l1結(jié)合至人pd-1，并優(yōu)選地阻斷人pd-l1和pd-l2二者結(jié)合至人pd-1。人pd-1氨基酸序列可在ncbi基因座號:np_005009中發(fā)現(xiàn)。人pd-l1和pd-l2氨基酸序列可分別在ncbi基因座號:np_054862和np_079515中發(fā)現(xiàn)?？捎糜诒景l(fā)明的任何各個方面和實施方案中的pd-1拮抗劑包括單克隆抗體(mab)，或其抗原結(jié)合片段，其特異性地結(jié)合至pd-1或pd-l1，并優(yōu)選地特異性地結(jié)合至人pd-1或人pd-l1。mab可以是人抗體、人源化抗體或嵌合抗體，并可包括人恒定區(qū)。在一些實施方案中，恒定區(qū)選自igg1、igg2、igg3和igg4恒定區(qū)，和在優(yōu)選的實施方案，人恒定區(qū)是igg1或igg4恒定區(qū)。在一些實施方案中，抗原結(jié)合片段選自fab、fab'-sh、f(ab')2、scfv和fv片段。結(jié)合至人pd-1并可用于本發(fā)明的各個方面和實施方案中的mabs的實例，被描述于us7521051、us8008449和us8354509。可用作本發(fā)明的各個方面和實施方案的pd-1拮抗劑的特異性抗-人pd-1mabs包括：派姆單抗，一種具有在whodruginformation,vol.27,no.2,第161-162頁(2013)中描述的結(jié)構(gòu)的人源化igg4mab，納武單抗(bms-936558)，一種具有在whodruginformation,vol.27,no.1,第68-69頁(2013)中描述的結(jié)構(gòu)的人igg4mab；pidilizumab(ct-011，也稱為hbat或hbat-1)；和wo2008/156712中描述的人源化抗體h409a11、h409a16和h409a17。可用于本發(fā)明的各個方面和實施方案中的任一個的其他pd-1拮抗劑包括派姆單抗生物類似物或派姆單抗變體。如本文所用，“派姆單抗生物類似物”是指(a)由除merckandco.,inc.或其子公司以外的實體銷售且(b)由任何國家的監(jiān)管機構(gòu)批準用于作為派姆單抗生物類似物銷售的生物產(chǎn)品。在一個實施方案中，派姆單抗生物類似物包含作為藥物物質(zhì)的派姆單抗變體。在一個實施方案中，派姆單抗生物類似物具有與派姆單抗相同的氨基酸序列。如本文所用，“派姆單抗變體”意指包含重鏈和輕鏈序列的單克隆抗體，所述重鏈和輕鏈序列與派姆單抗中的那些相同，除了具有在位于輕鏈cdr之外的位置處的3個、2個或1個保守氨基酸取代和位于重鏈cdr之外的位置處的6個、5個、4個、3個、2個或1個保守氨基酸取代，例如，變體位置位于fr區(qū)或恒定區(qū)中。換句話說，派姆單抗和派姆單抗變體包含相同的cdr序列，但是由于分別在其全長輕鏈和重鏈序列中的不超過3個或6個其他位置處具有保守氨基酸取代而彼此不同。派姆單抗變體與派姆單抗就以下特性而言基本上相同：與pd-1的結(jié)合親和力和阻斷pd-l1和pd-l2中的每一種與pd-1結(jié)合的能力。結(jié)合至人pd-l1，且可用于本發(fā)明的任何各個方面和實施方案中的mabs的實例，被描述于wo2013/019906、w02010/077634a1和us8383796中?？捎米髟诒景l(fā)明的各個方面和實施方案中的pd-1拮抗劑的特異性抗-人pd-l1mabs包括mpdl3280a(atezolizumab)、bms-936559、medi4736、msb0010718c(avelumab)和分別包含wo2013/019906的seqidno:24和seqidno:21的重鏈和輕鏈可變區(qū)的抗體。可用于本發(fā)明的任何各個方面和實施方案中的其他pd-1拮抗劑包括免疫粘附素(immunoadhesin)，其特異性地結(jié)合至pd-1或pd-l1，并優(yōu)選地特異性地結(jié)合至人pd-1或人pd-l1，例如含有細胞外或融合于恒定區(qū)諸如免疫球蛋白分子的fc區(qū)的pd-l1或pd-l2的pd-1結(jié)合部分的融合蛋白。特異性地結(jié)合至pd-1的免疫粘附素的實例被描述于wo2010/027827和wo2011/066342中?？稍诒景l(fā)明的治療方法、藥物和應用中用作pd-1拮抗劑的特異性融合蛋白包括amp-224(也稱為b7-dcig)，其是pd-l2-fc融合蛋白并結(jié)合至人pd-1。如本文所用，“探針”意指這樣的寡核苷酸，其能夠在嚴格雜交條件下與由表1中列出的目標基因表達的轉(zhuǎn)錄物特異性雜交，并且在一些優(yōu)選實施方案中，在嚴格雜交條件下與表1中對于目標基因列出的特定轉(zhuǎn)錄物特異性雜交。如本文所用，“recist1.1反應標準”意指在eisenhauer等人,e.a.等人,eur.jcancer45:228-247(2009)中對靶病灶或非靶病灶提出的定義，適當時基于其中反應被測量的上下文而定。如本文所用，“參考ifn-γ基因特征評分”意指ifn-γ基因特征的評分，其已被確定以便將反應者中的至少大多數(shù)與具有與測試受試者相同的腫瘤類型且已經(jīng)用pd-1拮抗劑治療的受試者參考群體中的無反應者中的至少大多數(shù)分開。優(yōu)選地，參考群體中的反應者中的60％、70％、80％或90％的至少任一者將具有高于所選參考評分的ifn-γ基因特征評分，而對于參考群體中的無反應者中的60％、70％、80％、90％或95％的至少任一者的ifn-γ基因特征評分將低于所選參考評分。在一些實施方案中，參考評分的陰性預測值大于陽性預測值。在一些優(yōu)選實施方案中，參考群體中的反應者被定義為如通過recist1.1標準所測量實現(xiàn)部分反應(pr)或完全反應(cr)的受試者，且無反應者被定義為未實現(xiàn)任何recist1.1臨床反應。在具體優(yōu)選實施方案中，參考群體中的受試者用與被認為用于測試受試者的療法實質(zhì)上相同的抗pd-1療法治療，即使用相同或?qū)嵸|(zhì)上相似的劑量方案施用相同的pd-1拮抗劑。當是指本文所述的腫瘤或任何其他生物材料時，“樣品”意指已經(jīng)從受試者中移取的樣品；因此，本文所述的測試方法無一在受試者中或其上進行。當是指對用pd-1拮抗劑治療的特異性抗腫瘤反應時，“反應者”意味著患者表現(xiàn)出抗腫瘤反應?！俺掷m(xù)反應”意指在停止用治療劑或本文描述的組合療法治療后的持續(xù)治療效果。在一些實施方案，持續(xù)反應具有與治療持續(xù)時間至少相同的持續(xù)時間，或至少為治療持續(xù)時間的1.5、2.0、2.5或3倍。"組織切片"是指組織樣品的一部分或一片，例如從正常組織或腫瘤的樣品切下的一片薄的組織。如本文所用，"治療"或"治療"癌癥意指向患有癌癥或診斷患有癌癥的受試者施用pd-1拮抗劑其他治療劑，以達到至少一種積極治療效果，諸如例如，減少癌細胞的數(shù)目，減少腫瘤大小或腫瘤負擔，減少癌細胞浸潤進入外周器官的速率，或減少腫瘤轉(zhuǎn)移或腫瘤生長的速率。癌癥的積極治療效果可以許多方式維持(參見，w.a.weber,j.null.med.50:1s-10s(2009);eisenhauer等人，同上)。在一些優(yōu)選實施方案中，使用recist1.1標準或irrc評估對pd-1拮抗劑的反應。在一些實施方案中，通過治療有效量實現(xiàn)的治療是pr、cr、pfs、dfs、or或os中的任一種。在一些優(yōu)選實施方案中，本發(fā)明的基因特征生物標志物預測具有實體瘤的受試者是否可能實現(xiàn)pr或cr。有效治療癌癥患者的本文所述的療法的劑量方案可根據(jù)因素諸如患者的疾病狀態(tài)、年齡和體重，和療法引起受試者的抗-癌反應的能力而變化。雖然本發(fā)明的治療方法、藥物和用途的實施方案不能在每一受試者中有效獲得積極治療效果，但在統(tǒng)計學上有意義的數(shù)目的受試者中應該達到這樣的效果，如通過本領(lǐng)域已知的任何統(tǒng)計學檢驗諸如student’st-檢驗、卡方檢驗(chi2-test)，根據(jù)mann和whitney的u-檢驗、kruskal-wallis檢驗(h-檢驗)、jonckheere-terpstra-檢驗和wilcoxon-檢驗所測定。"腫瘤"當其應用于診斷患有，或懷疑患有癌癥的受試者時，是指任何大小的惡性或潛在惡性腫瘤或組織腫塊，并包括原發(fā)性腫瘤和繼發(fā)性腫瘤。實體瘤是通常不含有囊腫或液體區(qū)的組織的異常生長或腫塊。不同類型的實體瘤以形成它們的細胞的類型來命名。實體瘤的實例是肉瘤、癌和淋巴瘤。白血病(血癌)一般不形成實體瘤(國立癌癥研究所，癌癥術(shù)語詞典)。"腫瘤負擔"，也稱為"腫瘤負荷"，是指分布于整個身體的腫瘤物質(zhì)的總量。腫瘤負擔是指整個身體的癌細胞的總數(shù)或腫瘤的總大小，包括淋巴結(jié)和骨髓。腫瘤負擔可通過本領(lǐng)域已知的各種方法，例如通過在從受試者中取出后，例如使用卡尺測量腫瘤的尺寸，或同時在體內(nèi)使用成像技術(shù)，例如超聲波、骨掃描、計算機斷層掃描(ct)或磁共振成像(mri)掃描來確定。術(shù)語"腫瘤大小"是指可測量為腫瘤的長度和寬度的腫瘤總大小。腫瘤大小可通過本領(lǐng)域已知的各種方法，例如通過在從受試者中取出后，例如使用卡尺測量腫瘤的尺寸，或同時在體內(nèi)使用成像技術(shù)，例如骨掃描、超聲波、ct或mri掃描來確定。“一維irrc”是指在nishinom,giobbie-hurdera,garganom,sudam,ramaiyanh,hodifs.developingacommonlanguagefortumorresponsetoimmunotherapy:immune-relatedresponsecriteriausingunidimensionalmeasurements.clincancerres.2013;19(14):3936–3943)中描述的一套標準。這些標準利用每個病灶的最長直徑(cm)。如本文所用，“可變區(qū)”或“v區(qū)”意指在不同的抗體之間的序列中是可變的igg鏈的片段。它延伸到在輕鏈中的kabat殘基109和在重鏈中的kabat殘基113。iii.基因表達平臺的組成本發(fā)明人已經(jīng)構(gòu)建了上述表1中列出的57種臨床反應基因和11種均一化基因的基因表達平臺，并已進一步鑒定了上述表2中顯示的7種基因特征，其在臨床反應基因集合中表示，并與多種腫瘤類型中對派姆單抗的反應相關(guān)。由于存在這些基因特征中的每一個共同的幾種基因，本發(fā)明人提出可以對于這些特征的每一種以及對于包含表1中的臨床反應基因的2至57種的任何組合的其他基因特征推導預測對pd-1拮抗劑的反應的基因特征生物標志物。通過測量表1中每種基因的rna水平，然后對于僅每種目標基因特征中的基因從均一化的rna水平計算特征評分，單個基因表達分析系統(tǒng)可用于生成和評估不同基因特征和不同腫瘤類型的基因特征評分，以推導對pd-1拮抗劑的抗腫瘤反應的候選生物標志物。然而，本發(fā)明人考慮可以構(gòu)建包含臨床反應基因集合和均一化基因集合的其他基因表達平臺，其提供與表1中顯示的平臺非常相似的功能性，條件是平臺中的基因集合滿足所有以下標準：(1)臨床反應基因集合中的基因(a)與多于一種腫瘤類型中的對pd-1拮抗劑的抗腫瘤反應單獨相關(guān)，和(b)共同生成在每種腫瘤類型中基本相似的協(xié)方差模式；(2)臨床反應基因集合由約50至約60種基因組成，且臨床反應基因中的約90％表現(xiàn)出與抗腫瘤反應正相關(guān)的腫瘤內(nèi)rna水平，且臨床反應基因中的約10％表現(xiàn)出與抗腫瘤反應負相關(guān)的腫瘤內(nèi)rna水平；(3)均一化基因集合中的基因在不同腫瘤類型的多個樣品中單獨表現(xiàn)出低變異性的腫瘤內(nèi)rna水平，且共同表現(xiàn)出跨越不同腫瘤類型中的臨床反應基因的腫瘤內(nèi)表達水平的范圍的范圍的腫瘤內(nèi)rna水平；且(4)均一化基因集合由約10至約12種管家基因組成?？梢宰裱旅鎸嵤├?中描述的方法構(gòu)建此類替代基因表達平臺?？捎糜诒景l(fā)明的方法和系統(tǒng)中的替代基因表達平臺包含表1中至少40、45、50或55種臨床反應基因和不在表1中的一種或多種額外臨床反應基因。在一個實施方案中，所述臨床反應基因集合包含表1中55至57之間的任何數(shù)目的臨床反應基因，且所述均一化基因集合包含表1中的至少9種均一化基因和不在表1中的至少一種管家基因。iv.基因特征評分的基于模型的推導可以通過使用整個臨床反應基因集合或其任何子集作為輸入?yún)f(xié)變量的集合至多變量統(tǒng)計模型來推導基因特征評分，所述多變量統(tǒng)計模型將使用擬合的模型系數(shù)(例如，邏輯或cox回歸中的線性預測因子)來確定特征評分。多變量策略的一個具體實例是使用彈性網(wǎng)建模(zou&hastie,2005,j.r.statistsoc.b67(2):301-320;simon等人,2011,j.statisticalsoftware39(5):1-13)，其為使用套索和脊回歸的罰分之間的雜合體的罰分的回歸方法，其具有交叉驗證來選擇罰分參數(shù)。因為預計大多數(shù)(如果不是全部)臨床反應基因的rna表達水平是預測性的，所以在一個實施方案中，l1罰分參數(shù)可以設(shè)置得非常低，其有效地運行脊回歸。多變量方法可以使用組合跨越癌癥適應癥的數(shù)據(jù)的薈萃分析或可以在單一癌癥適應癥內(nèi)應用。在任一情況下，分析將使用特征基因的均一化腫瘤內(nèi)rna表達水平作為輸入預測因子，其中抗腫瘤反應作為因變量。此分析的結(jié)果算法上定義了來自模型擬合中使用的患者的腫瘤樣品以及來自未來患者的腫瘤樣品的特征評分，作為預期預測抗腫瘤反應的特征基因的均一化rna表達水平的乘法系數(shù)的數(shù)值組合?；蛱卣髟u分由特征基因的線性組合來確定，如在調(diào)整參數(shù)的選定值處的彈性網(wǎng)模型系數(shù)的最終估計值所規(guī)定。具體地，對于給定的腫瘤樣品，將每種基因的估計系數(shù)乘以腫瘤樣品中該基因的均一化rna表達水平，然后將所得產(chǎn)物相加以產(chǎn)生該腫瘤樣品的特征評分。除彈性網(wǎng)之外的基于多變量模型的策略也可用于確定基因特征評分。此類基于模型的特征評分的替代方案是使用簡單的平均方法，例如，每種腫瘤樣品的特征評分將被定義為被認為與抗腫瘤反應正相關(guān)的那些特征基因的該樣品的均一化rna表達水平的平均值減去被認為與抗腫瘤反應負相關(guān)的那些特征基因的該樣品的均一化rna表達水平的平均值。v.本發(fā)明的基因特征和生物標志物的效用使用本文所述的系統(tǒng)和方法推導的基因特征和基因特征生物標志物可用于鑒定最可能實現(xiàn)臨床得益于用pd-1拮抗劑治療的癌癥患者。該效用支持在各種研究和商業(yè)應用中使用此類生物標志物，包括但不限于其中基于患者是否對于基因特征生物標志物檢測陽性或陰性來選擇他們的pd-1拮抗劑的臨床試驗，用于確定患者的基因特征評分或用于將患者分類為基因特征生物標志物陽性或陰性的診斷方法和產(chǎn)品，涉及基于患者的基因特征評分或生物標志物狀態(tài)來定制患者的藥物療法的個性化治療方法，以及用于治療基因特征生物標志物測試陽性的患者的包含pd-1拮抗劑的藥物組合物和藥物產(chǎn)品。本文請求保護的任何研究和商業(yè)應用的效用不要求基因特征生物標志物測試陽性的100％的患者實現(xiàn)對pd-1拮抗劑的抗腫瘤反應；其也不需要診斷方法或試劑盒在確定每個受試者中的生物標志物的存在或不存在中具有特定程度的特異性或靈敏度，其也不需要本文請求保護的診斷方法在對于每個受試者預測該受試者是否可能對pd-1拮抗劑具有有益反應中具有100％精確度。因此，本發(fā)明人在本文意欲術(shù)語“測定(determine)”、“測定(determining)”和“預測”不應當被解釋為需要確定或特定的結(jié)果；相反，這些術(shù)語應當被解釋為意味著請求保護的方法為至少大多數(shù)受試者提供精確的結(jié)果，或者任何給定受試者的結(jié)果或預測更可能是正確的，而非不正確的。優(yōu)選地，由本發(fā)明的診斷方法提供的結(jié)果的準確度是技術(shù)人員或管理機構(gòu)會認為適合于其中使用該方法的特定應用的精確度。類似地，請求保護的藥物產(chǎn)品和治療方法的效用不要求在每個癌癥患者中產(chǎn)生請求保護的或期望的效果；所有需要的是，臨床醫(yī)生當應用他或她與所有適用規(guī)范一致的專業(yè)判斷時，決定根據(jù)請求保護的方法或用請求保護的組合物或藥物產(chǎn)品實現(xiàn)治療給定患者的請求保護的效果的機會。a.針對基因特征和生物標志物鑒定腫瘤樣品在從受試者移取的腫瘤組織的樣品中測定基因特征評分。腫瘤可以是原發(fā)性的或復發(fā)性的，并且可以是任何類型(如上所述)，任何分期(例如，分期i、ii、iii或iv或其他分期系統(tǒng)的等效方案)和/或組織學。受試者可以具有任何年齡、性別、治療史和/或緩解的程度和持續(xù)時間。所述腫瘤樣品可以通過多種程序獲得，包括但不限于手術(shù)切除、抽吸或活檢?？梢詫⒔M織樣品切片作為新鮮樣品測定；或者，組織樣品可以被冷凍用于進一步切片。在一些優(yōu)選實施方案中，通過固定和包埋在石蠟等中來保存組織樣品。腫瘤組織樣品可以通過常規(guī)方法固定，其中固定長度取決于組織樣品的大小和使用的固定劑。中性緩沖的福爾馬林、戊二醛、布林試劑和多聚甲醛是固定劑的非限制性實例。在優(yōu)選實施方案中，組織樣品用福爾馬林固定。在一些實施方案中，將固定的組織樣品也包埋在石蠟中以制備ffpe組織樣品。通常，將組織樣品固定，并通過上升系列的醇脫水，滲透并用石蠟或其他切片介質(zhì)包埋，使得可以將組織樣品進行切片?；蛘?，首先將腫瘤組織樣品切片，然后固定各個切片。在一些優(yōu)選實施方案中，使用約3-4毫米、且優(yōu)選4微米的ffpe組織切片測定腫瘤的基因特征評分，將所述ffpe組織切片在顯微鏡載片上封固和干燥。一旦已經(jīng)獲得腫瘤組織的合適樣品，就將其分析以針對表1中的每種基因或從其中推導的基因特征定量rna表達水平。如本文所用的短語“測定基因的rna表達水平”是指檢測和定量從該基因轉(zhuǎn)錄的rna。術(shù)語“rna轉(zhuǎn)錄物”包括從基因轉(zhuǎn)錄的mrna和/或其特異性剪接變體和/或此類mrna和剪接變體的片段。在一些實施方案中，表1基因的rna轉(zhuǎn)錄物包含表1中所列的靶區(qū)域。本領(lǐng)域技術(shù)人員將理解，可以使用多種方法從組織樣品中分離rna用于分析。例如，可以通過在異硫氰酸胍中均質(zhì)化和酸性酚-氯仿萃取而從冷凍組織樣品分離rna。商業(yè)試劑盒可用于從ffpe樣品分離rna。如果腫瘤樣品是載玻片上的ffpe組織切片，則可能對全細胞裂解物而不是分離的總rna進行基因表達分析。這些裂解物可以如下面實施例1中所述制備。本領(lǐng)域技術(shù)人員還意識到可用于檢測和定量分離的rna或全細胞裂解物內(nèi)rna轉(zhuǎn)錄物水平的幾種方法。定量檢測方法包括但不限于陣列(即微陣列)，定量實時pcr(rt-pcr)，多重測定，核酸酶保護測定和northern印跡分析。通常，此類方法采用與待檢測的每種轉(zhuǎn)錄物的一部分互補的標記探針。用于這些方法中的探針可以容易地基于已知的基因序列和由其表達的轉(zhuǎn)錄物設(shè)計。在一些實施方案中，設(shè)計用于檢測表1中的基因的轉(zhuǎn)錄物的探針以便與表1中鑒定的該基因的靶區(qū)域特異性雜交。探針的合適標記物是眾所周知的，且包括例如熒光、化學發(fā)光和放射性標記物。在一些實施方案中，針對表1中的基因的表達或從其推導的基因特征測定腫瘤樣品，采用使用基于核酸序列的擴增(nasba)與分子信標檢測分子的組合實時檢測和定量rna水平。nasba描述于例如comptonj.,nature350(6313):91-92(1991)。nasba是一種單步等溫rna特異性擴增方法。通常，所述方法涉及以下步驟：將rna模板提供給反應混合物，其中第一引物在模板的3'端附接至其互補位點；逆轉(zhuǎn)錄酶合成相反的互補dna鏈；rna酶h破壞rna模板(rna酶h僅破壞rna-dna雜合體中的rna，但不破壞單鏈rna)；第二引物附接至dna鏈的3'末端，且逆轉(zhuǎn)錄酶合成dna的第二鏈；且t7rna聚合酶結(jié)合雙鏈dna并產(chǎn)生可在步驟1中再次使用的互補rna鏈，使得反應是循環(huán)的。在其他實施方案中，測定形式是基于flap內(nèi)核酸酶的形式，諸如invader?測定法(thirdwavetechnologies)。在使用入侵者方法的情況下，制備含有對靶位點3'的區(qū)域特異性的序列的入侵者探針和含有對模板的靶位點5'的區(qū)域特異性的序列和不相關(guān)的flap序列的主要探針。然后允許切割酶在這些探針、靶分子以及含有與flap序列互補的序列的fret探針和用熒光染料和猝滅劑兩者標記的自身互補序列存在的情況下起作用。當主要探針與模板雜交時，入侵者探針的3'末端穿透靶位點，并且該結(jié)構(gòu)被切割酶切割，導致flap的解離。flap結(jié)合至fret探針，且熒光染料部分被切割酶切割，導致熒光的發(fā)射。在還有其他實施方案中，測定形式采用用支鏈dna(quantigene?,panomics)或hybridcapture?(digene)的直接mrna捕獲。適合于測量本發(fā)明的基因表達平臺中的基因表達的陣列技術(shù)的一個實例是由htgmolecular,tucsonarizona銷售且由martel,r.r.,等人,assayanddrugdevelopmenttechnologies1(1):61-71,2002描述的arrayplate?測定技術(shù)。簡而言之，該技術(shù)將核酸酶保護測定與陣列檢測相組合。微板孔中的細胞進行核酸酶保護測定。在結(jié)合靶向的mrna種類的探針存在的情況下裂解細胞。在添加si核酸酶后，過量的探針和未雜交的mrna被降解，使得僅保留mrna:探針雙鏈體。堿性水解破壞雙鏈體的mrna組分，使探針完整。添加中和溶液后，將處理的細胞培養(yǎng)板的內(nèi)容物轉(zhuǎn)移至另一個arrayplate?，其被稱為程序化的arrayplate?。arrayplates?在每個孔的底部含有16-元件陣列。每個陣列元件含有從一個測定至下一個測定保持相同的位置特異性錨定寡核苷酸。16個錨中的每一個的結(jié)合特異性用稱為程序性接頭寡核苷酸的寡核苷酸修飾，所述程序性接頭寡核苷酸在一個末端與錨互補，并且另一個末端與核酸酶保護探針互補。在雜交反應期間，通過固定的程序性接頭捕獲從培養(yǎng)板轉(zhuǎn)移的探針。捕獲的探針通過與檢測接頭寡核苷酸雜交來標記，所述檢測接頭寡核苷酸進而用并入過氧化物酶的檢測綴合物來標記。所述酶被提供有化學發(fā)光底物，并且酶產(chǎn)生的光被捕獲在數(shù)字圖像中。在陣列元件的光強度是原始細胞中存在的相應靶mrna的量的量度。通過進一步實例的方式，dna微陣列可用于測量基因表達。簡而言之，dna微陣列，也稱為dna芯片，是以定義模式布置在固定支持物上的dna片段(諸如合成寡核苷酸)的微觀陣列，其中它們易于通過標準雜交方法進行分析(參見schena,bioessays18:427(1996))。示例性微陣列及其制造和使用的方法記載于t.r.hughes等人,naturebiotechnology9:342-347(2001)。許多不同的微陣列構(gòu)型及其產(chǎn)生方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的，且公開于美國專利號：5,242,974;5,384,261;5,405,783;5,412,087;5,424,186;5,429,807;5,436,327;5,445,934;5,556,752;5,405,783;5,412,087;5,424,186;5,429,807;5,436,327;5,472,672;5,527,681;5,529,756;5,545,531;5,554,501;5,561,071;5,571,639;5,593,839;5,624,711;5,700,637;5,744,305;5,770,456;5,770,722;5,837,832;5,856,101;5,874,219;5,885,837;5,919,523;6,022,963;6,077,674;和6,156,501;shena,等人,tibtech6:301-306,1998;duggan,等人,nat.genet.2:10-14,1999;bowtell,等人,nat.genet.21:25-32,1999;lipshutz,等人,nat.genet.21:20-24,1999;blanchard,等人,biosensorsandbioelectronics77:687-90,1996;maskos,等人,nucleicacidsres.2:4663-69,1993;和hughes,等人,nat.biotechnol.79:342-347,2001。描述在各種應用中使用陣列的方法的專利包括：美國專利號5,143,854;5,288,644;5,324,633;5,432,049;5,470,710;5,492,806;5,503,980;5,510,270;5,525,464;5,547,839;5,580,732;5,661,028;5,848,659;和5,874,219;其公開內(nèi)容通過引用并入本文。在一個實施方案中，可在固相支持物上合成寡核苷酸陣列。示例性的固相支持物包括玻璃、塑料、聚合物、金屬、類金屬、陶瓷、有機物等。采用芯片掩蔽技術(shù)和光防護化學，可產(chǎn)生核酸探針的有序陣列。這些陣列，例如稱為“dna芯片”或非常大規(guī)模的固化聚合物陣列(“vlsipstm”陣列)，在約1平方厘米到幾個平方厘米面積的基板上可包含數(shù)百萬個指定探針區(qū)域，從而并入幾個到幾百萬個探針(參見例如，美國專利5,631,734)。為了比較表達水平，在足以使靶核酸與陣列上的探針之間的結(jié)合的條件下使標記的核酸與陣列接觸。在一個實施方案中，可選擇雜交條件以提供所需的雜交特異性水平；也就是說，足以使標記的核酸與微陣列上的探針之間發(fā)生雜交的條件。雜交可在允許基本上特異性雜交的條件下進行。核酸的長度和gc含量將決定熱熔點，因此獲得探針與靶核酸的特異性雜交所必需的雜交條件。這些因素是本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的，也可在測定中測試。核酸雜交的通用指導可參見tijssen,等人(laboratorytechniquesinbiochemistryandmolecularbiology,vol.24:hybridizationwithnucleicacidprobes,p.tijssen,編輯;elsevier,n.y.(1993))。上述方法將導致在陣列表面形成標記的靶核酸的雜交模式。所得標記的核酸的雜交模式可顯現(xiàn)或者可以多種方法檢測，基于靶核酸特定的標記來選擇特定的檢測方法。代表性的檢測方法包括：閃爍計數(shù)、放射自顯影、熒光測量、比色測定、光發(fā)射測量、光散射等。一種此檢測方法采用市售的陣列掃描儀(affymetrix,santaclara,calif.)，例如，417?陣列儀、418?陣列掃描儀或agilentgenearray?掃描儀。該掃描儀由裝有界面及易用軟件工具的計算機系統(tǒng)所控制。輸出結(jié)果可直接輸入多種軟件應用或直接由其讀取。示例性掃描裝置描述于例如美國專利號5,143,854和5,424,186。用于測量表1中列出的基因的轉(zhuǎn)錄物豐度的優(yōu)選測定方法利用由nanostring?technologies(seattle,washingtonusa)銷售的ncounter?分析系統(tǒng)。由geiss等人,naturebiotechnol.2(3):317-325(2008)描述的該系統(tǒng)利用一對探針，即捕獲探針和報告探針，其各自包含與待檢測的轉(zhuǎn)錄物互補的35至50堿基序列。所述捕獲探針額外包括與固定標簽(例如，允許復合物被固定用于數(shù)據(jù)收集的親和力標簽)偶聯(lián)的短的共同序列。所述報告探針額外包括可檢測的信號或標記物，例如，與顏色編碼的標簽偶聯(lián)。在雜交后，從樣品除去過量的探針，并將雜交的探針/靶復合物比對，并經(jīng)由藥筒中的親和力或其他標簽進行固定。然后分析樣品，例如使用數(shù)字分析儀或適用于此目的的其他處理器。通常，將每種轉(zhuǎn)錄物上的顏色編碼的標簽進行計數(shù)，并對于每種靶轉(zhuǎn)錄物制表，以產(chǎn)生樣品中每種轉(zhuǎn)錄物的表達水平。該系統(tǒng)允許使用由nanostring設(shè)計的捕獲和報告探針在單次多重測定中測量數(shù)百種獨特基因轉(zhuǎn)錄物的表達。在測量本文所述的表1中的臨床反應基因的表達中，將腫瘤樣品中每種基因的絕對表達與對照進行比較；例如，所述對照可以分別是受試者合并物中每種基因的平均表達水平。然而，為了增加比較的靈敏度，優(yōu)選以多種方式轉(zhuǎn)換表達水平值。本文描述的基因表達平臺中的臨床反應基因的原始表達值可以通過以下任何進行均一化：通過管家基因的集合的平均rna水平，通過依賴于百分位數(shù)(例如第75百分位數(shù))的全局均一化來針對共同參考分布百分位數(shù)均一化，或本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的其他生物相關(guān)的均一化方法。例如，每種臨床反應基因的表達水平可以通過基因表達平臺中所有基因的平均rna表達水平或通過均一化基因(例如管家基因)的集合的平均表達水平來均一化。因此，在一個實施方案中，基因表達平臺中的基因由探針的集合表示，并且每種基因的rna表達水平通過跨越所有表示的基因(即跨越本文描述的基因表達平臺中的所有臨床反應和均一化基因)的平均值或中值表達水平來均一化。在一個具體實施方案中，通過除以基因表達平臺中的所有基因的rna表達的中值或平均水平來進行均一化。在另一個實施方案中，臨床反應基因的rna表達水平通過均一化基因的集合的表達的平均或中值水平進行均一化。在一個具體實施方案中，所述均一化基因包含管家基因。在另一個具體實施方案中，通過將測量的水平除以均一化基因的中值或平均表達水平來實現(xiàn)臨床反應基因的測量的rna表達水平的均一化。如果將基因特征中的單個基因的表達水平與腫瘤樣品合并物中的相同基因的表達進行比較，則基因特征評分的靈敏度可增加。優(yōu)選地，與樣品合并物中每種特征基因的平均值或中值表達水平進行比較。這具有加重樣品中的基因和整個合并物中的基因之間的表達的相對差異的作用，使得比較比單獨使用絕對表達水平更靈敏且更可能產(chǎn)生有意義的結(jié)果。表達水平數(shù)據(jù)可以以任何方便的方式進行轉(zhuǎn)換；優(yōu)選地，所有基因的表達水平數(shù)據(jù)在取平均值或中值之前進行對數(shù)轉(zhuǎn)換。在與合并物進行比較時，可以使用兩種方法。首先，可以將樣品中的特征基因的表達水平與合并物中的那些基因的表達水平進行比較，其中源自樣品的核酸和源自合并物的核酸在單個實驗過程期間雜交。此方法要求為每個比較或有限數(shù)目的比較生成新的核酸合并物，并且所述新的核酸合并物因此受可用核酸的量的限制。或者，并且優(yōu)選地，合并物中的表達水平(無論是否是均一化的和/或轉(zhuǎn)換的)存儲在計算機上或計算機可讀介質(zhì)上，以用于與來自樣品的各個表達水平數(shù)據(jù)(即，單通道數(shù)據(jù))進行比較。當將受試者的腫瘤樣品與標準品或?qū)φ者M行比較時，將樣品中的特定基因的表達值與標準品或?qū)φ罩性摶虻谋磉_值進行比較。對于本發(fā)明的基因特征中的每種基因，針對單個樣品中相對于標準品或?qū)φ盏谋磉_值生成log(10)比率。通過確定特征中基因的平均log(10)比率來計算基因特征的評分。如果測試樣品的基因特征評分等于或大于該基因特征的預定閾值，則該樣品被認為對于基因特征生物標志物是陽性的。預定閾值還可以是樣品集合或用作標準品或?qū)φ盏暮喜悠分械脑摶蛱卣鞯脑u分的平均值、中值或百分位數(shù)。本領(lǐng)域技術(shù)人員將認識到，除了log(10)比率之外，其他差異表達值可用于計算特征評分，只要該值表示基因的轉(zhuǎn)錄物豐度的客觀測量。實例包括但不限于：xdev、誤差加權(quán)的log(比率)和平均值減去的log(強度)。獲得組織樣品、從其中制備一個或多個組織切片用于測定基因表達、進行測定和將結(jié)果評分的每個步驟可以由分開的個體在不同的位置進行。例如，外科醫(yī)生可以通過活檢來從癌癥患者的腫瘤獲得組織樣品，然后將組織樣品送到病理實驗室，并且實驗室中的技術(shù)人員可以固定組織樣品，然后制備一個或多個載片用于測定，每個載片具有單個組織切片。載片可以在制備后立即測定，或存儲用于將來測定。制備組織切片的實驗室可以進行測定或?qū)⑤d片送到不同的實驗室以進行測定。針對基因特征將載片評分的技術(shù)人員可以對診斷實驗室工作，或者可以是獨立承攬人?；蛘?，單個診斷實驗室從受試者的醫(yī)師或外科醫(yī)生獲得組織樣品，然后進行制備組織切片、測定載片和計算組織切片的基因特征評分中涉及的所有步驟。在一些實施方案中，參與制備組織切片和針對基因特征或基因特征生物標志物測定組織切片的個體不知道正在測試其樣品的受試者的身份；即，在送至實驗室之前，以某種方式使實驗室接受的樣品隱名。例如，所述樣品可以僅用編號或一些其他代碼(“樣品id”)來標識，并將測定的結(jié)果報告給使用樣品id來排序測試的一方。在優(yōu)選的實施方案中，僅個體或個體的醫(yī)師知道受試者的身份和受試者的組織樣品之間的關(guān)聯(lián)。在一些實施方案中，在已獲得測試結(jié)果之后，診斷實驗室生成測試報告，其可以包含以下結(jié)果中的任何一種或兩種：組織樣品是生物標志物陽性或陰性，腫瘤樣品的基因特征評分和該基因特征的參考評分。測試報告還可以包括在測定中分析其表達的基因的列表。在其他實施方案中，所述測試報告還可以包括如何解釋結(jié)果用于預測受試者是否可能對pd-1拮抗劑反應的指導。例如，在一個實施方案中，如果測試的腫瘤樣品來自黑色素瘤且具有等于或高于預定閾值的基因特征評分，則測試報告可以指示受試者具有與對用pd-1拮抗劑治療的反應或更好反應相關(guān)的評分，而如果基因特征評分低于閾值，則測試報告指示該患者具有與對用pd-1拮抗劑治療無反應或反應不良相關(guān)的評分。在一些實施方案中，所述測試報告是由診斷實驗室制備的書面文件，并作為硬拷貝或經(jīng)由電子郵件發(fā)送至患者或患者的醫(yī)師。在其他實施方案中，所述測試報告由計算機程序產(chǎn)生，并顯示在醫(yī)師辦公室內(nèi)的視頻監(jiān)視器上。測試報告也可以包含將測試結(jié)果直接地口頭傳遞給患者或患者的醫(yī)師或醫(yī)師辦公室中的經(jīng)授權(quán)的人員。類似地，測試報告可以包含醫(yī)師在患者的文件中做出的測試結(jié)果的記錄。針對本文描述的基因表達平臺或基因特征中的基因的表達測定腫瘤樣品可以使用為此目的專門設(shè)計的試劑盒進行。在一個實施方案中，所述試劑盒包含能夠與表1中列出的靶轉(zhuǎn)錄物的集合雜交的寡核苷酸探針的集合。在另一個實施方案中，所述試劑盒包含能夠與表1c中的18基因上-下特征中的基因和均一化基因的表1中列出的靶轉(zhuǎn)錄物的集合雜交的寡核苷酸探針的集合。寡核苷酸探針的集合可以包含在固體表面上的寡核苷酸的有序排列，所述固體表面諸如微芯片、二氧化硅珠(諸如來自illumina,sandiego,ca的beadarray技術(shù))或載玻片(參見例如，wo98/20020和wo98/20019)。在一些實施方案中，所述寡核苷酸探針以液體或干燥形式提供于一種或多種組合物中。本發(fā)明試劑盒中的寡核苷酸能夠與多核苷酸(諸如例如，rna轉(zhuǎn)錄物或由其生成的cdna)的靶區(qū)域特異性地雜交。如本文所用，特異性雜交是指，在特定雜交條件下，寡核苷酸與靶區(qū)域形成反向平行的雙鏈結(jié)構(gòu)，而在相同雜交條件下，當與所述多核苷酸一起孵育時，不會與非靶區(qū)域形成這樣的結(jié)構(gòu)。試劑盒中每種寡核苷酸的組成和長度將取決于含有靶區(qū)域的轉(zhuǎn)錄物的性質(zhì)以及待用寡核苷酸進行的測定的類型，并且由技術(shù)人員容易地確定。在一些實施方案中，試劑盒中的每種寡核苷酸是其靶區(qū)域的完美互補序列。如果一個分子的每個核苷酸與另一個分子的對應位置處的核苷酸互補，則稱寡核苷酸是另一個核酸分子的“完美”或“完全”互補序列。盡管完美地互補的寡核苷酸對于檢測表1基因的轉(zhuǎn)錄物而言是優(yōu)選的，但考慮從完全互補性的偏離，其中這樣的偏離不會阻止分子與如上面定義的靶區(qū)域特異性地雜交。例如，寡核苷酸探針可以在其5'末端或3'末端處具有一個或多個不互補的核苷酸，且探針的剩余部分與靶區(qū)域完全互補?；蛘?，不互補的核苷酸可以散布在探針中，只要所得探針仍然能夠與靶區(qū)域特異性地雜交。在一些優(yōu)選的實施方案中，在嚴謹?shù)碾s交條件下，試劑盒中的每種寡核苷酸與其靶區(qū)域特異性地雜交。嚴謹?shù)碾s交條件是序列-依賴性的，且根據(jù)環(huán)境而變化。通常，將嚴謹?shù)臈l件選擇為，比特定序列在確定的離子強度和ph下的熱解鏈點(tm)低約5℃。tm是50%的與靶序列互補的探針與靶序列平衡地雜交時的溫度(在定義的離子強度、ph和核酸濃度下)。由于靶序列通常過量存在，在tm，50%的探針被平衡地占據(jù)。通常，嚴謹?shù)臈l件包括：對于短寡核苷酸探針(例如，10-50個核苷酸)而言，至少約0.01-1.0m鈉離子濃度(或其他鹽)的鹽濃度，在ph7.0-8.3，且溫度是至少約25℃。通過加入去穩(wěn)定劑諸如甲酰胺，也可以實現(xiàn)嚴謹?shù)臈l件。例如，5xsspe(750mmnacl、50mm磷酸鈉、5mmedta、ph7.4)和25-30℃溫度的條件適合于等位基因-特異性的探針雜交。其他嚴謹?shù)臈l件可見于：molecularcloning:alaboratorymanual,sambrook等人,coldspringharborpress,coldspringharbor,ny(1989),第7、9和11章，以及nucleicacidhybridization,apracticalapproach,haymes等人,irlpress,washington,d.c.,1985。嚴謹?shù)碾s交條件的一個非限制性實例包括：在4x氯化鈉/檸檬酸鈉(ssc)中在約65-70℃雜交(或者可替代地，在4xssc+50%甲酰胺中在約42-50℃雜交)，隨后在1xssc中在約65-70℃的一次或多次洗滌。高度嚴謹?shù)碾s交條件的一個非限制性實例包括：在1xssc中在約65-70℃雜交(或者可替代地，在1xssc+50%甲酰胺中在約42-50℃雜交)，隨后在0.3xssc中在約65-70℃的一次或多次洗滌。降低嚴謹性的雜交條件的一個非限制性實例包括：在4xssc中在約50-60℃雜交(或者可替代地，在6xssc+50%甲酰胺中在約40-45℃雜交)，隨后在2xssc中在約50-60℃的一次或多次洗滌。本發(fā)明也意圖涵蓋具有在上面列舉的值之間的范圍(例如，在65-70℃或在42-50℃)的嚴謹性條件。在雜交和洗滌緩沖液中，可以用sspe(1xsspe是0.15mnac1,10mmnah2po4和1.25mmedta,ph7.4)替換ssc(1xssc是0.15mnacl和15mm檸檬酸鈉)；在雜交結(jié)束后，每次洗滌進行15分鐘。預測長度小于50個堿基對的雜合體的雜交溫度應當比雜合體的解鏈溫度(tm)低5-10℃，其中tm根據(jù)下述方程來確定。對于長度小于18個堿基對的雜合體，tm(℃)=2(a+t堿基的數(shù)目)+4(g+c堿基的數(shù)目)。對于長度在18至49個堿基對之間的雜合體，tm(℃)=81.5+16.6(log10[na+])+0.41(%g+c)-(600/n)，其中n是雜合體中的堿基數(shù)目，且[na+]是雜交緩沖液中鈉離子的濃度(1xssc的[na+]=0.165m)。本發(fā)明試劑盒中的寡核苷酸可以包括核糖核苷酸、脫氧核糖核苷酸和無環(huán)的核苷酸衍生物和其他功能上等效的衍生物的任何磷酸化狀態(tài)。或者，所述寡核苷酸可以具有無磷酸酯的主鏈，所述主鏈可以包含連接諸如羧甲基、乙酰胺化物（acetamidate）、氨基甲酸酯、聚酰胺(肽核酸(pna))等(varma,于molecularbiologyandbiotechnology,acomprehensivedeskreference,meyers編,第617-20頁,vchpublishers,inc.,1995)。使用本領(lǐng)域已知的任何合適的方法，通過化學合成，可以制備寡核苷酸，或者可以從生物樣品衍生寡核苷酸，例如，通過限制性消化。根據(jù)本領(lǐng)域已知的任何技術(shù)，寡核苷酸可以含有可檢測的標記物，包括使用放射性標記物、熒光標記物、酶標記物、蛋白、半抗原、抗體、序列標簽等。試劑盒中的寡核苷酸可以作為分析物特異性的試劑(asr)來生產(chǎn)和銷售，或可以是批準的診斷裝置的構(gòu)成組分。本發(fā)明的試劑盒還可以含有其他試劑，諸如雜交緩沖液和試劑，以檢測何時已發(fā)生與特異性靶分子的雜交。檢測試劑可以包括生物素-或熒光-標記的寡核苷酸和/或酶-標記的抗體以及當受酶作用時產(chǎn)生可檢測的信號的一種或多種底物。技術(shù)人員將理解，用于執(zhí)行測定的寡核苷酸和試劑的集合將提供在分開的容器中，所述容器放在試劑盒容器中（如果適當?shù)脑挘?，以保持生物或化學活性，并實現(xiàn)在測定中的適當使用。在其他實施方案中，試劑盒中的每種寡核苷酸探針和所有其他試劑已經(jīng)在設(shè)計用于定量ffpe腫瘤切片中的表1中的基因或表2中的基因特征中的基因和表1ｃ中的均一化基因的腫瘤rna表達水平的測定中針對最佳性能進行質(zhì)量測試。在一些實施方案中，所述試劑盒包括描述如何從定量的rna表達水平計算基因特征評分的指導手冊。b.藥物組合物、藥物產(chǎn)品和治療方案待通過本文描述的任何方法和產(chǎn)品治療的個體是被診斷具有腫瘤的人受試者，并且受試者腫瘤的樣品是可獲得的或可獲得用于測試使用本文所述的基因表達平臺推導的基因特征生物標志物的存在或不存在。可以在受試者暴露于一種或多種治療性治療方案(諸如例如pd-1拮抗劑、化學治療劑、放射療法)之前和/或之后從受試者收集腫瘤組織樣品。因此，可以在一段時間內(nèi)從受試者收集腫瘤樣品。所述腫瘤樣品可以通過多種程序獲得，包括但不限于手術(shù)切除、抽吸或活檢。醫(yī)師可以使用基因特征評分作為指導，以決定如何治療已被診斷具有易于用pd-1拮抗劑或其他化學治療劑治療的癌癥類型的患者。在開始用pd-1拮抗劑或其他化學治療劑開始治療之前，醫(yī)師通常將安排診斷測試以確定從患者移除的腫瘤組織樣品對于基因特征生物標志物是陽性還是陰性。然而，設(shè)想，醫(yī)師可以在向個體施用第一劑量的pd-1拮抗劑或其他化學治療劑之后的任何時間安排第一次或隨后的診斷測試。在一些實施方案中，醫(yī)師可以正在考慮是否用適合用于其腫瘤對基因特征生物標志物測試陽性的患者的藥物產(chǎn)品治療患者。例如，如果報告的評分等于或高于與對用pd-1拮抗劑治療的反應或更好反應相關(guān)的預先指定的閾值評分，則用包括至少pd-1拮抗劑(任選地與一種或多種化學治療劑組合)的治療方案治療患者，并且如果報告的基因特征評分低于與對用pd-1拮抗劑治療無反應或反應不良相關(guān)的預先指定的閾值評分，則用不包括任何pd-1拮抗劑的治療方案治療患者。在決定如何使用基因特征測試結(jié)果來治療任何個體患者中，醫(yī)師還可以考慮其他相關(guān)情況，諸如患者的癌癥分期、重量、性別和總體狀況，包括將這些因素和基因特征生物標志物測試結(jié)果的組合輸入有助于指導醫(yī)生選擇療法和/或具有該療法的治療方案的模型。醫(yī)師可以選擇用包括pd-1拮抗劑和一種或多種額外治療劑的組合療法方案來治療生物標志物測試陽性的患者。另外的治療劑可以是，例如化學治療劑、生物治療劑(包括但不限于針對vegf、egfr、her2/neu、vegf受體、其他生長因子受體、cd20、cd40、cd-40l、gitr、ctla-4、ox-40、4-1bb和icos的抗體)、免疫原性劑(例如，減弱的癌細胞、腫瘤抗原、抗原遞呈細胞諸如用腫瘤衍生的抗原或核酸脈沖的樹突狀細胞、免疫刺激細胞因子(例如，il-2、ifnα2、gm-csf)，和用編碼免疫刺激細胞因子(例如但不限于gm-csf)的基因轉(zhuǎn)染的細胞?；焺┑膶嵗ㄍ榛瘎┲T如噻替派和環(huán)磷酰胺；烷基磺酸酯諸如白消安、英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡；氮雜環(huán)丙烷類諸如苯佐替派(benzodopa)、卡波醌、美妥替哌(meturedopa)和烏瑞替派(uredopa)；乙撐亞胺類和甲基蜜胺類包括六甲蜜胺(altretamine)、三亞乙基蜜胺(triethlenemelamine)、三亞乙基磷酰胺、三亞乙基硫代磷酰胺和三甲基蜜胺(trimethylolomelamine)；多聚乙酰類(acetogenins)(特別是布拉它辛(bullatacin)和布拉它辛酮(bullatacinone))；喜樹堿(包括合成的類似物托泊替康)；苔蘚抑素(bryostatin)；callystatin；cc-1065(包括其阿多來新(adozelesin)、卡折來新(carzelesin)和比折來新(bizelesin)合成類似物)；隱藻素(cryptophycin)(特別是隱藻素1和隱藻素8)；多拉司他汀(dolastatin)；多卡米星(duocarmycin)(包括合成類似物，kw-2189和cbi-tmi)；軟珊瑚醇(eleutherobin)；水鬼蕉堿(pancratistatin)；珊瑚類二萜(sarcodictyin)；海綿素(spongistatin)；氮芥類諸如苯丁酸氮芥、萘氮芥(chlornaphazine)、膽磷酰胺(cholophosphamide)、雌莫司汀、異環(huán)磷酰胺、二氯甲基二乙胺、氧化二氯甲基二乙胺鹽酸鹽、美法侖、新恩比興(novembichin)、苯乙酸氮芥膽甾醇酯(phenesterine)、潑尼氮芥、曲磷胺、尿嘧啶氮芥；亞硝基脲類，諸如卡莫司汀、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀、洛莫司汀、尼莫司汀、雷莫司汀(ranimustine)；抗生素，諸如烯二炔抗生素類(例如，加利車霉素(calicheamicin)，特別是加利車霉素γ1i和加利車霉素phii1，參見例如agnew,chem.intl.ed.engl.,33:183-186(1994)；達內(nèi)霉素(dynemicin)，包括達內(nèi)霉素a；雙磷酸鹽類，諸如氯膦酸(clodronate)；埃斯波霉素(esperamicin)；以及新制癌菌素發(fā)色團和相關(guān)色蛋白烯二炔類抗生素發(fā)色團)、阿克萊諾霉素(aclacinomysin)、放線菌素d、奧瑟霉素(authramycin)、偶氮絲氨酸(azaserine)、博萊霉素(bleomycin)、放線菌素c、carabicin、洋紅霉素(caminomycin)、嗜癌霉素(carzinophilin)、色霉素(chromomycinis)、更生霉素、道諾霉素、地托比星(detorubicin)、6-二氮雜-5-氧代-l-正亮氨酸、多柔比星(包括嗎啉代-多柔比星、氰基嗎啉代-多柔比星、2-吡咯啉子基(pyrrolino)-多柔比星和脫氧多柔比星)、表柔比星、依索比星、伊達比星、麻西羅霉素、絲裂霉素類諸如絲裂霉素c、麥考酚酸、諾加霉素、橄欖霉素、培洛霉素(peplomycin)、泊非霉素(potfiromycin)、嘌呤霉素、三鐵阿霉素(quelamycin)、羅多比星(rodorubicin)、鏈霉黑素、鏈脲菌素、殺結(jié)核菌素、烏苯美司(ubenimex)、凈司他丁(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin)；抗代謝藥，諸如甲氨蝶呤和5-氟尿嘧啶(5-fu)；葉酸類似物，諸如二甲葉酸、甲氨蝶呤、蝶羅呤(pteropterin)、三甲曲沙；嘌呤類似物，諸如氟達拉濱、6-巰基嘌呤、硫咪嘌呤(thiamiprine)、硫鳥嘌呤；嘧啶類似物，諸如安西他濱、阿扎胞苷(6-azacitidine)、6-氮尿苷、卡莫氟、阿糖胞苷、雙脫氧尿苷、去氧氟尿苷(doxifluridine)、依諾他濱(enocitabine)、氟尿苷(floxuridine)；雄激素類，諸如二甲睪酮、屈他雄酮丙酸鹽、環(huán)硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)、睪內(nèi)酯；抗腎上腺藥，諸如氨基格魯米特、米托坦、曲洛司坦(trilostane)；葉酸補充劑，諸如亞葉酸；醋葡醛內(nèi)酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷；氨基乙酰丙酸；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；貝塔布辛(bestrabucil)；比生群(bisantrene)；伊達曲仙(edatraxate)；德弗法明(defofamine)；秋水仙胺(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；伊弗尼辛(elfornithine)；依利醋銨；埃博霉素(epothilone)；依托格魯(etoglucid)；硝酸鎵；羥基脲；香菇多糖；氯尼達明(lonidamine)；美登素生物堿類(maytansinoids)，諸如美坦辛(maytansine)和安絲菌素(ansamitocins)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌達醇(mopidamol)；二胺硝吖啶(nitracrine)；噴司他??；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星；洛索蒽醌(losoxantrone)；鬼臼酸(podophyllinicacid)；2-乙基酰肼；丙卡巴肼(procarbazine)；雷佐生(razoxane)；根霉素；西左非蘭(sizofuran)；鍺螺胺(spirogermanium)；細交鏈孢菌酮酸(tenuazonicacid)；三亞胺醌(triaziquone)；2,2′,2″-三氯代三乙胺；單端孢霉烯類毒素(trichothecenes)(特別是t-2毒素、verracurina,桿孢菌素(roridin)a和蛇形菌素(anguidine))；烏拉坦(urethan)；長春地辛(vindesine)；達卡巴嗪(dacarbazine)；甘露醇氮芥(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴衛(wèi)矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；gacytosine；阿糖胞苷(“ara-c”)；環(huán)磷酰胺；噻替派(thiotepa)；紫杉烷(taxoid)，例如紫杉醇和多西他賽；苯丁酸氮芥；吉西他濱；6-硫鳥嘌呤；巰基嘌呤；甲氨蝶呤；鉑類似物，諸如順鉑和卡鉑；長春堿；鉑；依托泊苷(vp-16)；異環(huán)磷酰胺；米托蒽醌；長春新堿；長春瑞濱；二鹽酸米托蒽醌注射液(novantrone)；替尼泊苷；依達曲沙；道諾霉素；氨基蝶呤；卡培他濱(xeloda)；伊班膦酸鹽(ibandronate)；cpt-11；拓撲異構(gòu)酶抑制劑rfs2000；二氟甲基鳥氨酸(dmfo)；維a酸類，諸如維a酸；卡培他濱；以及上述任何藥物的藥學上可接受的鹽、酸和衍生物。也包括用來調(diào)節(jié)或抑制作用于腫瘤的激素的抗-激素劑，諸如抗-雌激素和選擇性雌激素受體調(diào)節(jié)劑(serms)，包括例如他莫昔芬、雷洛昔芬、屈洛昔芬、4-羥基他莫昔芬、曲沃昔芬(trioxifene)、那洛昔芬(keoxifene)、ly117018、奧那司酮(onapristone)和托瑞米芬(toremifene)(fareston)；抑制芳香酶的芳香酶抑制劑，其調(diào)節(jié)腎上腺中雌激素的產(chǎn)生，諸如例如4(5)-咪唑類、氨基格魯米特、醋酸甲地孕酮、依西美坦(exemestane)、福美坦(formestane)、法倔唑(fadrozole)、伏氯唑(vorozole)、來曲唑和阿那曲唑(anastrozole)；和抗-雄激素類，諸如氟他胺(flutamide)、尼魯米特(nilutamide)、比卡魯胺(bicalutamide)、亮丙瑞林和戈舍瑞林；以及上述任何藥物的藥學上可接受的鹽、酸或衍生物。用于治療生物標志物陽性患者的組合療法中的每種治療劑可或者單獨或者根據(jù)標準制藥實踐以藥物(在此也稱為藥用組合物)施用，所述藥物包含治療劑和一種或多種藥學上可接受的載體、賦形劑和稀釋劑。用于治療生物標志物陽性患者的組合療法中的每種治療劑可共同(即，在同一藥物中)、同時(即，分開的藥物以任何次序，在一個緊接著另一個之后施用)或以任何次序依次施用。當在組合療法中的治療劑在不同的劑型(一種藥劑是片劑或膠凝劑且另一種藥劑是無菌液體)中和/或按照不同的給藥時間表施用(例如至少每日施用的化學治療劑和以較低頻率施用，諸如每周1次、每兩周1次或每三周1次施用的生物治療劑)時，依次施用是特別是有用的。在一些實施方案中，組合療法中的至少一種治療劑使用相同的劑量方案(治療的劑量、頻率和持續(xù)時間)施用，該方案通常在所述藥劑用作治療相同的癌癥的單一療法時使用。在其他實施方案中，患者接受組合療法中的至少一種治療劑比當該藥劑用作單一療法時的總量更低，如較小的劑量、較低頻率的劑量，和/或較短的治療持續(xù)時間。用于治療生物標志物陽性患者的組合療法中的每種治療劑可經(jīng)口服或胃腸外施用，包括靜脈內(nèi)、肌內(nèi)、腹膜內(nèi)、皮下、直腸、局部和透皮施用途徑?；颊呖稍谑中g(shù)以除去腫瘤之前或之后施用pd-1拮抗劑，并可在放射療法之前、期間或之后使用。在一些實施方案中，將pd-1拮抗劑施用于先前未用生物治療劑或化療劑治療，即未接受過治療(treatment-na?ve)的患者。在其他實施方案中，將pd-1拮抗劑施用于在用生物治療劑或化療劑的先前治療后不能獲得持續(xù)反應，即經(jīng)歷過治療的患者。包含pd-1拮抗劑的療法通常被用來治療大到足以通過觸診或通過本領(lǐng)域熟知的成像技術(shù)，諸如mri、超聲波或cat掃描發(fā)現(xiàn)的腫瘤。在一些優(yōu)選的實施方案中，療法被用來治療具有至少約200mm3、300mm3、400mm3、500mm3、750mm3或至多1000mm3的尺寸的晚期腫瘤。選擇包含pd-1拮抗劑的療法的劑量方案(在此也稱為施用方案)取決于幾個因素，包括實體的血清或組織轉(zhuǎn)換率、癥狀的水平、實體的免疫原性和所治療個體中的靶細胞、組織或器官的可及性。優(yōu)選地，劑量方案使遞送給患者的與可接受水平的副作用一致的pd-1拮抗劑的量最大化。因此，劑量量和給藥頻率部分取決于特定pd-1拮抗劑，待使用的任何其他治療劑，和所治療的癌癥的嚴重性，和患者特征。選擇適當劑量的抗體、細胞因子和小分子的指導是可獲得的。參見，例如wawrzynczak(1996)antibodytherapy,biosscientificpub.ltd,oxfordshire,uk;kresina(ed.)(1991)monoclonalantibodies,cytokinesandarthritis,marceldekker,newyork,ny;bach(ed.)(1993)monoclonalantibodiesandpeptidetherapyinautoimmunediseases,marceldekker,newyork,ny;baert等人(2003)newengl.j.med.348:601-608;milgrom等人(1999)newengl.j.med.341:1966-1973;slamon等人(2001)newengl.j.med.344:783-792;beniaminovitz等人(2000)newengl.j.med.342:613-619;ghosh等人(2003)newengl.j.med.348:24-32;lipsky等人(2000)newengl.j.med.343:1594-1602;physicians'deskreference2003(physicians'deskreference,第57版);medicaleconomicscompany;isbn:1563634457;第57版(november2002)。適當?shù)膭┝糠桨傅拇_定可通過臨床醫(yī)師，例如使用本領(lǐng)域已知或懷疑影響治療或預測影響治療的參數(shù)或因素進行，并將取決于例如，患者的臨床史(例如先前療法)，待治療的癌癥的類型和分期和對組合療法中的一種或多種治療劑的反應的生物標志物。與pd-1拮抗劑組合使用的生物治療劑可通過連續(xù)輸注，或通過每隔一段時間的劑量施用，例如每日一次、每隔日一次、每周3次或每周一次、每兩周一次、每三周一次、每月一次、每兩月一次等。總每周劑量一般為至少0.05μg/kg、0.2μg/kg、0.5μg/kg、1μg/kg、10μg/kg、100μg/kg、0.2mg/kg、1.0mg/kg、2.0mg/kg、10mg/kg、25mg/kg、50mg/kg體重或更多。參見，例如yang等人(2003)newengl.j.med.349:427-434;herold等人(2002)newengl.j.med.346:1692-1698;liu等人(1999)j.neurol.neurosurg.psych.67:451-456;portielji等人(20003)cancerimmunol.immunother.52:133-144。在采用抗-人pd-1mab作為pd-1拮抗劑的一些實施方案中，給藥方案將包括在整個療程中，以約14天(±2天)或約21天(±2天)或約30天(±2天)的時間間隔，以1、2、3、5或10mg/kg的劑量施用抗-人pd-1mab。在采用抗-人pd-1mab作為pd-1拮抗劑的其他實施方案中，給藥方案將包括以約0.005mg/kg至約10mg/kg的劑量(隨著患者內(nèi)的劑量遞增)施用抗-人pd-1mab。在其他遞增劑量實施方案中，劑量之間的時間間隔將進行性縮短，例如在第一個和第二個劑量之間為約30天(±2天)，在第二個和第三個劑量之間為約14天(±2天)。在某些實施方案中，對于第二個劑量之后劑量，給藥時間間隔將是約14天(±2天)。在某些實施方案中，受試者將靜脈內(nèi)(iv)輸注施用包含本文描述的任何pd-1拮抗劑的藥物，并且這種施用可以是采用pd-1拮抗劑作為單一療法方案或作為組合療法的一部分的治療方案的一部分。在本發(fā)明的一個優(yōu)選實施方案中，pd-1拮抗劑是納武單抗，其以選自以下的劑量靜脈內(nèi)施用：1mg/kgq2w、2mg/kgq2w、3mg/kgq2w、5mg/kgq2w、10mgq2w、1mg/kgq3w、2mg/kgq3w、3mg/kgq3w、5mg/kgq3w和10mgq3w。在本發(fā)明的另一個優(yōu)選實施方案中，pd-1拮抗劑是派姆單抗，其以選自以下的劑量在液體藥物中施用：200mgq3w、1mg/kgq2w、2mg/kgq2w、3mg/kgq2w、5mg/kgq2w、10mgq2w、1mg/kgq3w、2mg/kgq3w、3mg/kgq3w、5mg/kgq3w和10mgq3w或這些劑量中任一種的等效物(例如，派姆單抗的pk模型估計200mgq3w的固定劑量提供了與用2mg/kgq3w獲得的那些一致的暴露)。在一些特別優(yōu)選的實施方案中，派姆單抗作為液體藥物施用，其包含在10mm組氨酸緩沖液(ph5.5)中的25mg/ml派姆單抗、7%(w/v)蔗糖、0.02%(w/v)聚山梨醇酯80，并在30分鐘的時間段內(nèi)通過iv輸注施用選擇劑量的藥物。與任何其他治療劑組合的派姆單抗的最佳劑量可以通過劑量遞增來鑒定。本發(fā)明也提供藥物，其包含如上所述的pd-1拮抗劑和藥學上可接受的賦形劑。當pd-1拮抗劑是生物治療劑，例如mab時，所述拮抗劑可在cho細胞中使用常規(guī)細胞培養(yǎng)和收獲/純化技術(shù)來生產(chǎn)。在一些實施方案中，包含作為pd-1拮抗劑的抗-pd-1抗體的藥物可作為液體制劑提供或通過在使用之前用注射用無菌水重構(gòu)凍干粉末而制備。wo2012/135408描述了適合用于本發(fā)明的包含派姆單抗的液體和凍干藥物的制備。在一些優(yōu)選實施方案中，包含派姆單抗的藥物提供在含有約50mg派姆單抗的玻璃小瓶中。本發(fā)明的這些和其他方面，包括下面列出的示例性具體實施方案，將從本文中含有的教導顯而易見。vi.本發(fā)明的示例性具體實施方案1.推導對于至少一種目標腫瘤類型預測對pd-1拮抗劑的抗腫瘤反應的基因特征生物標志物的方法，其包括：(a)在診斷具有腫瘤類型的患者組群中從每個患者獲得治療前腫瘤樣品；(b)對于組群中的每個患者，獲得用pd-1拮抗劑治療后的抗腫瘤反應值；(c)對于基因表達平臺中的每種基因，測量每個腫瘤樣品中的原始rna水平，其中所述基因表達平臺包含約50至約60種基因的臨床反應基因集合和約10至約12種管家基因的均一化基因集合，且其中所述臨床反應基因中的約90％表現(xiàn)出與抗腫瘤反應正相關(guān)的腫瘤內(nèi)rna水平，且所述臨床反應基因中的約10％表現(xiàn)出與抗腫瘤反應負相關(guān)的腫瘤內(nèi)rna水平；(d)對于每個腫瘤樣品，使用測量的均一化基因的rna水平，將臨床反應基因的測量的原始rna水平各自均一化；(e)對于每個腫瘤樣品和目標基因特征中的每種基因，使用該基因的預定義的乘法系數(shù)將均一化的rna表達水平加權(quán)；(f)對于每個患者，添加加權(quán)的rna表達水平以產(chǎn)生所述組群中每個患者的基因特征評分；和(g)將所有腫瘤樣品的基因特征評分和組群中所有患者的抗腫瘤反應值進行比較，以選擇分開患者群組以滿足靶標生物標志物臨床效用標準的基因特征評分的截止值。2.實施方案1的方法，其還包括將具有等于或大于所選截止值的基因特征評分的腫瘤類型的任何腫瘤樣品指定為生物標志物陽性，和將具有低于所選截止值的基因特征評分的腫瘤類型的任何腫瘤樣品指定為生物標志物陰性。3.針對腫瘤類型對pd-1拮抗劑的抗腫瘤反應的基因特征生物標志物的存在或不存在測試從診斷具有特定腫瘤類型的患者中移取的腫瘤樣品的方法，其包括：(a)對于基因表達平臺中的每種基因，測量腫瘤樣品中的原始rna水平，其中所述基因表達平臺包含約50至約60種基因的臨床反應基因集合和約10至約12種管家基因的均一化基因集合，且其中所述臨床反應基因中的約90％表現(xiàn)出與抗腫瘤反應正相關(guān)的腫瘤內(nèi)rna水平，且所述臨床反應基因中的約10％表現(xiàn)出與抗腫瘤反應負相關(guān)的腫瘤內(nèi)rna水平；(b)使用測量的均一化基因的rna水平，將腫瘤類型的預定義的基因特征中的每種臨床反應基因的測量的原始rna水平均一化，其中所述預定義的基因特征由所述臨床反應基因中的至少2種組成；(c)使用預定義的乘法系數(shù)來將每個均一化的rna值加權(quán)；(d)添加加權(quán)的rna表達水平以生成基因特征評分；(e)將生成的評分與基因特征和腫瘤類型的參考評分進行比較；和(f)將腫瘤樣品分類為生物標志物陽性或生物標志物陰性；其中如果生成的評分等于或大于參考評分，則將腫瘤樣品分類為生物標志物陽性，且如果生成的評分小于參考評分，則將腫瘤樣品分類為生物標志物陰性。4.用于針對腫瘤類型對pd-1拮抗劑的抗腫瘤反應的基因特征生物標志物的存在或不存在測試從診斷具有特定腫瘤類型的患者中移取的腫瘤樣品的系統(tǒng)，其包括(i)用于測量基因表達平臺中的每種基因的原始rna表達水平的樣品分析儀，其中所述基因表達平臺由臨床反應基因的集合和均一化基因的集合組成，和(ii)計算機程序，其用于接收和分析測量的rna表達水平，以(a)使用測量的均一化基因的rna水平，將腫瘤類型的預定義的基因特征中的每種臨床反應基因的測量的原始rna水平均一化；(b)使用預定義的乘法系數(shù)來將每個均一化的rna值加權(quán)；(c)添加加權(quán)的rna表達水平以生成基因特征評分；(d)將生成的評分與基因特征和腫瘤類型的參考評分進行比較；和(e)將腫瘤樣品分類為生物標志物陽性或生物標志物陰性，其中如果生成的評分等于或大于參考評分，則將腫瘤樣品分類為生物標志物陽性，且如果生成的評分小于參考評分，則將腫瘤樣品分類為生物標志物陰性。5.上述實施方案中任一項的方法或系統(tǒng)，其中所述基因表達平臺包含表1中至少40、45、50或55種臨床反應基因和不在表1中的一種或多種額外臨床反應基因。6.上述實施方案中任一項的方法或系統(tǒng)，其中所述臨床反應基因集合包含表1中55和57之間的任何數(shù)目的臨床反應基因，且所述均一化基因集合包含表1中的至少9種均一化基因和不在表1中的至少一種管家基因。7.上述實施方案中任一項的方法或系統(tǒng)，其中所述臨床反應基因集合由表1a和表1b中的57種臨床反應基因組成。8.上述實施方案中任一項的方法或系統(tǒng)，其中所述均一化基因集合由表1c中的基因組成。9.上述實施方案中任一項的方法或系統(tǒng)，其中所述抗腫瘤反應值選自部分反應、完全反應、最佳總體反應、無進展存活的持續(xù)時間、無病存活的持續(xù)時間、客觀反應率和中值總體存活期。10.上述實施方案中任一項的方法或系統(tǒng)，其中所述抗腫瘤反應值是如通過recist1.1或irrc測量的部分反應或完全反應。11.上述實施方案中任一項的方法或系統(tǒng)，在所述患者已經(jīng)用選自2、3、4、5、6、7、8、9和10的多個劑量的pd-1拮抗劑治療后獲得抗腫瘤反應值。12.上述實施方案中任一項的方法或系統(tǒng)，其中所述pd-1拮抗劑是納武單抗、派姆單抗、派姆單抗生物類似物或派姆單抗變體。13.上述實施方案中任一項的方法或系統(tǒng)，其中在每q3w施用至少四個200mg劑量的派姆單抗之后獲得抗腫瘤反應值。14.上述實施方案中任一項的方法或系統(tǒng)，其中所述目標基因特征或預定義的基因特征選自表2中列出的基因特征。15.上述實施方案中任一項的方法或系統(tǒng)，其中所述腫瘤類型是膀胱癌、乳腺癌、透明細胞腎癌、頭/頸鱗狀細胞癌、肺鱗狀細胞癌、惡性黑色素瘤、非小細胞肺癌(nsclc)、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、腎細胞癌、小細胞肺癌(sclc)、脂肪肉瘤、三陰性乳腺癌、急性淋巴細胞白血病(all)、急性骨髓性白血病(aml)、慢性淋巴細胞白血病(cll)、慢性骨髓性白血病(cml)、彌漫性大b細胞淋巴瘤(dlbcl)、ebv陽性dlbcl、原發(fā)性縱隔大b細胞淋巴瘤、t細胞/組織細胞豐富的大b細胞淋巴瘤、濾泡性淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤(hl)、套細胞淋巴瘤(mcl)、多發(fā)性骨髓瘤(mm)、骨髓細胞白血病-1蛋白(mcl-1)、骨髓增生異常綜合征(mds)、非霍奇金淋巴瘤(nhl)、布基特氏淋巴瘤或小淋巴細胞淋巴瘤(sll)。16.上述實施方案中任一項的方法或系統(tǒng)，其中所述腫瘤類型是膀胱癌、結(jié)腸直腸癌、胃癌、頭頸癌、黑色素瘤、非小細胞肺癌、卵巢癌、前列腺癌或腎癌。17.上述實施方案中任一項的方法或系統(tǒng)，其中所述腫瘤類型是膀胱癌、胃癌、頭頸癌或黑色素瘤。18.上述實施方案中任一項的方法或系統(tǒng)，其中所述臨床反應基因集合由表1a和1b中的57種臨床反應基因組成，所述均一化基因集合由表1c或表1d中的基因組成，并且每種臨床反應基因的預定義的乘法系數(shù)是(i)整數(shù)1或(ii)表3a中的集合1.1、集合1.2、集合2.2、集合2.3和集合2.4中所示的相應評分權(quán)重。19.測試從患者移取的腫瘤樣品以生成與對pd-1拮抗劑的抗腫瘤反應相關(guān)的基因特征的特征評分的方法，其中所述方法包括：(a)對于基因特征中的每種基因測量腫瘤樣品中的原始rna水平，其中所述基因特征選自表3b中所述的14-基因上-下特征和18-基因上-下特征；(b)使用表1c中所述的均一化基因的測量的rna水平將所選特征中的每種基因的測量的原始rna水平進行均一化；(c)將每種均一化rna值乘以表3b中對于所選特征所述的對應的評分權(quán)重以生成加權(quán)的rna表達值；和(d)添加加權(quán)的rna表達值以生成基因特征評分。20.實施方案18或19的方法，其中所述pd-1拮抗劑是納武單抗、派姆單抗、派姆單抗生物類似物或派姆單抗變體。21.實施方案18至20中任一項的方法，其中所述抗腫瘤反應是無進展存活、部分反應或完全反應。22.實施方案18至21中任一項的方法，其中所述腫瘤樣品來自選自肛門癌、膽管癌、膀胱癌、結(jié)腸直腸癌、食管癌、胃癌、頭頸癌、卵巢癌和三陰性乳腺癌的癌癥。23.實施方案22的方法，其中所述癌癥在用除了pd-1拮抗劑之外的療法治療所述患者之后進展。24.實施方案1至23中任一項的方法或系統(tǒng)，其中所述pd-1拮抗劑是派姆單抗。25.用于定量基因特征中的基因表達的試劑盒，其中所述試劑盒包含能夠與選自以下的靶轉(zhuǎn)錄物的集合雜交的寡核苷酸探針的集合：(a)表1a、1b和1c中列出的靶轉(zhuǎn)錄物(b)下表2.1中列出的靶轉(zhuǎn)錄物表2.1實施例實施例1.從ffpe組織分離總rna和隨后使用nanostringncounter?系統(tǒng)的基因表達分析。本實施例描述了用于分析下列實施例中討論的ffpe腫瘤樣品中的基因表達的方法。從ffpe組織的載片分離總rna，用于在nanostringncounter?基因表達平臺(nanostringtechnologies,seattle,wa)上分析。在rna提取之前，將整個組織切片從載片中大量切除/刮下，并轉(zhuǎn)移至含有200μl100％乙醇的1.5ml標記的eppendorf管中。對于每種樣品都使用新鮮的手術(shù)刀，以避免交叉污染的可能性。然后將樣品脫蠟并使用推薦的方案在ffpe組織的ambion?recoveralltm總核酸分離試劑盒(目錄號am1975)中用蛋白酶消化。使用上述ambionrecoveralltm試劑盒(目錄號am1975)并遵循制造商推薦的說明書進行總rna提取。將總rna儲存在-80℃，直到使用nanostringncounter?系統(tǒng)進行基因表達譜分析。實施例2.本發(fā)明的優(yōu)選的基因表達平臺的構(gòu)建。本文的發(fā)明人基于該組基因能夠預測不同腫瘤類型對派姆單抗治療的臨床結(jié)果的證據(jù)累積，為表1中顯示的基因表達平臺選擇了57種臨床反應基因。從680種基因(657種候選臨床反應基因和23種管家基因)的發(fā)現(xiàn)集合鑒定所述基因。候選臨床反應基因源自以下來源：1)源自人類腫瘤的大集合的基因表達數(shù)據(jù)庫的來自與pd-l1共表達的免疫特征的基因；2)已知參與t細胞生物學、免疫調(diào)節(jié)、腫瘤浸潤淋巴細胞(tils)和腫瘤相關(guān)巨噬細胞(tams)的細胞標志物的基因；和3)具有對用小鼠抗小鼠pd-1mab治療響應的同基因腫瘤小鼠模型的特征。從nanostring獲得用于測定腫瘤樣品中該680發(fā)現(xiàn)基因集合的基因表達的探針的代碼集。黑色素瘤組群的腫瘤樣品中680發(fā)現(xiàn)集合的治療前基因表達水平的分析導致生成被稱為“pd-l1”、“ifng”和“擴增的免疫”特征的三種基因特征，其顯示與對派姆單抗的抗腫瘤反應的統(tǒng)計學顯著相關(guān)性。在第二個黑色素瘤組群中的證實假設(shè)測試表明，這三種特征各自顯示與對派姆單抗治療的抗腫瘤反應的統(tǒng)計學顯著相關(guān)性。680-基因發(fā)現(xiàn)基因集合的進一步分析表明，參與抗原呈遞和t細胞受體(tcr)信號傳導的基因似乎是黑色素瘤樣品中最具預測性特征中的一些，其實現(xiàn)一些臨床終點的低錯誤發(fā)現(xiàn)率(fdr)。這些發(fā)現(xiàn)用于定義待添加至先前三種特征的額外特征，其用于在來自參與派姆單抗的臨床試驗的患者組群的治療前頭頸(h&n)腫瘤樣品的獨立集合中進一步測試。在測試h&n腫瘤樣品之前，通過去除一些未發(fā)現(xiàn)有助于預測黑色素瘤患者的抗腫瘤反應的能力的個別基因來精煉先前定義的基因特征(“pd-l1”、“ifng”和“擴增的免疫”)。在該精煉之后，這三種特征由上表2的相應列中顯示的基因組成。h&n研究的主要目標是進一步檢驗抗腫瘤反應和精煉的基因特征之間的相關(guān)性。在h&n腫瘤的獨立集合中的假設(shè)檢驗證實，所有這些特征都是對派姆單抗的抗腫瘤反應的預測因子，如下表4中所示。表4：頭頸癌中表2中所列的基因特征中的4種的假設(shè)檢驗結(jié)果。這四種預先指定的基因特征以及680基因發(fā)現(xiàn)集合中的657種候選臨床反應基因的集合中的個體成員基因的分析顯示對于頭頸癌中的許多基因的一些非常低的估計錯誤發(fā)現(xiàn)率。因此，本文的發(fā)明人著手通過使用其他腫瘤類型的治療前基因表達數(shù)據(jù)和派姆單抗治療后的抗腫瘤反應數(shù)據(jù)來捕獲額外的高度相關(guān)基因。最初，本發(fā)明人使用僅來自黑色素瘤和頭頸組群的治療前基因表達和治療后反應數(shù)據(jù)來鑒定用于原型臨床反應基因集合的51種基因的集合。以下列方式獲得這51種基因。通過采用顯示與臨床結(jié)果的正相關(guān)的所有基因的集合來選擇基因，所述臨床結(jié)果或者：1.對于以下臨床結(jié)果量度中的所有三種，對于h&n的發(fā)現(xiàn)基因集合實現(xiàn)估計fdr≤25％：最大%腫瘤收縮、最佳總體反應(bor)和pfs；或者2.對于以下臨床結(jié)果量度中的所有三種，對于黑色素瘤的發(fā)現(xiàn)基因集合實現(xiàn)估計fdr≤33％：bor、pfs和os；或者3.包括在如表2中所示的pd-l1、ifng、擴增的免疫或tcr信號傳導特征中。然后將該51種基因的初步集合作為膀胱和胃癌組群中預先指定的臨床反應基因集合進行測試，并且發(fā)現(xiàn)與發(fā)現(xiàn)基因集合中的其余基因相比在相關(guān)性的統(tǒng)計學顯著性方面顯著不同。已經(jīng)證實已經(jīng)鑒定臨床反應基因的高度預測性基因集合，進行薈萃分析研究，以使用來自用派姆單抗治療的三種腫瘤類型的治療前基因表達和臨床反應數(shù)據(jù)來精煉該集合：胃、膀胱和頭頸。聚焦于pfs作為抗腫瘤反應的量度，使用頭頸、膀胱和胃組群，進行整個680基因發(fā)現(xiàn)平臺的薈萃分析，其將來自這些組群的數(shù)據(jù)匯總在一起，以理解最相關(guān)的基因。臨床反應基因的最終基因集合通過如下獲得：1)首先通過p-值排序從薈萃分析中去除10種基因，其為沒有出現(xiàn)在前100種最相關(guān)的特征中的初步51-基因列表的部分，并且也不是基因b2m或表2中任何特征的成員基因(在胃組群中到測試時已經(jīng)鑒定的特征)和2)添加在所有三種適應癥中通過多變量分析鑒定的16種新的預測基因。因此，鑒定57種基因的最終集合，向其中添加11種管家基因以得到表1中所示的68-基因表達平臺。臨床反應基因集合中反相關(guān)基因子集的存在旨在起到兩個作用：作為基因特征的潛在成員和作為對照以檢查與對pd-1拮抗劑的抗腫瘤反應相關(guān)的關(guān)鍵免疫模式如預期的那樣起作用。通過在頭頸癌組群中的對表1b中列出的負相關(guān)基因子集和表2中列出的mipfs7-基因特征進行基因表達模式的無監(jiān)督聚類分析來評估該對照功能的效用。結(jié)果顯示于圖1中。通過在69個黑色素瘤腫瘤針對其他癌癥類型的多發(fā)性腫瘤中分析所有表1臨床反應基因或那些基因中的37個子集的均一化rna表達水平的協(xié)方差模式來研究該平臺推導其他腫瘤類型的基因特征和基因特征生物標志物的潛在效用。分析的患者腫瘤樣品和表1臨床反應基因的數(shù)目顯示于下表5中。37基因子集由以下組成：ccl5、ccr5、cd2、cd27、cd274、cd276、cd3e、cd3g、cd4、ctag1b、cxcl10、cxcl9、egfr、grap2、gzmb、gzmk、hla-dra、hla-e、ido1、ifng、ikzf3、il10r、il2rb、il2rg、irf8、lag3、lck、p2ry8、pdcd1lg2、psmb10、slc2a1、stat1、tigit、tnfrsf14、tnfsf13b、tslp和zap70。通過表1中11種均一化基因的平均值將rna表達水平進行均一化。表5：黑色素瘤相比于其他腫瘤類型中的臨床反應基因的rna表達水平的協(xié)方差的評估。其他腫瘤類型腫瘤樣品的數(shù)目臨床反應基因的數(shù)目頭頸癌4357膀胱癌2957胃癌3357非小細胞肺癌5837結(jié)腸直腸癌5537腎癌6637前列腺癌2857卵巢癌4837三陰性乳腺癌10857如圖2a至2i中所表明，對于所檢查的表1臨床反應基因，協(xié)方差模式在很大程度上得到保留。實施例3.使用表1的基因表達平臺的基因特征評分的基于模型的推導。對于40個頭頸癌患者、29個膀胱癌患者和33個胃癌患者，對表1中的57臨床反應基因集合的治療后pfs時間和均一化的治療前腫瘤內(nèi)rna表達水平進行coxpfs彈性網(wǎng)薈萃分析。l1罰分被設(shè)置為0.001，以便在模型中包括所有57種臨床反應基因(有效地是脊回歸)，并且使用交叉驗證來選擇l2罰分的值。除了項目捕獲pfs分布中的指標特異性差異和患者表現(xiàn)狀態(tài)的指標特異性影響，該模型還包括57種基因中的每一種的系數(shù)。在擬合該回歸之前，管家均一化基因表達水平以其平均值為中心，并通過其標準偏差(在每個癌癥指標中)進行標度。在圖3的x-軸上繪制的最終特征評分是來自交叉驗證擬合的危險函數(shù)的“線性預測因子”：有效地管家均一化基因(為中心和標度)的線性組合，其中加權(quán)由57種基因的估計模型系數(shù)指示(以及在相同圖中繪制不同指標所必需的指標特異性模型項)。圖3顯示對于薈萃分析中使用的患者針對其pfs時間繪制的模型-推導的基因特征評分。還通過組群中的反應者狀態(tài)比較胃組群的上述推導的基因特征評分，并且結(jié)果顯示于圖4中。圖5顯示在該胃癌組群中該基于模型的基因特征的潛在截止值的roc曲線。roc曲線下的面積為0.86，并且基于與(曲線上標記的)youden指數(shù)相關(guān)的統(tǒng)計值的截止值為：57％的ppv，95％的npv，和高于42％的截止值的患病率。然后可以在每種指標中使用由模型擬合指定的57種基因的線性組合，以通過使用抗腫瘤反應量度之一或經(jīng)由如下文實施例4中所討論的受試者操作特征(roc)曲線估計臨床效用概況來選擇適當?shù)慕刂怪?。一旦使用這種基于模型的方法估計，基因特征中的每種基因的權(quán)重可以被用作系統(tǒng)的一部分，以便在未重新擬合模型的情況下(即權(quán)重被認為是固定的)計算未來患者的基因特征評分。實施例4.在推導自本發(fā)明的基因表達平臺的基因特征評分上的截止值的推導。圖6顯示當潛在截止值被設(shè)置為越來越大的值時使用最佳總體反應(bor)作為抗腫瘤反應值的頭頸癌中的ifng特征的基因特征評分的估計的臨床診斷效用概況。ifng特征評分的經(jīng)驗分布和描述反應給出的特征評分的概率的邏輯回歸模型的組合用于計算ppv(具有≥截止值的特征評分的患者中的反應率)、npv(具有<截止值的特征評分的患者中的無反應率)和特征評分≥截止值的患者的患病率的概況。該概況可用于理解選擇給定截止值的含義。所以，例如，ifng基因特征評分的臨床效用概況表明，~0.3的截止值將達到~90%npv，~40%ppv，并且導致h/n患者的~25%的生物標志物高亞組患病率。或者，~0.10的截止值將達到~92%npv，~33%ppv，和~40%的生物標志物高亞組患病率。roc曲線分析可以與該臨床效用的評估相組合，以幫助選擇截止值，并理解選擇反應者和排除無反應者用于用pd-1拮抗劑治療的靈敏度和特異性。本實施例表明如何可以利用表2中列出的基因特征、諸如ifng基因特征來產(chǎn)生評分，并設(shè)定區(qū)分癌癥患者是否更可能受益于用pd-1拮抗劑治療的截止值。如實施例3中所述的基于模型的基因特征評分也可以是向這種效用分析的輸入。實施例5.表1的基因表達平臺的示例性評分方法的推導。本實施例描述了表3中列出的特征評分權(quán)重的兩個集合的推導和效用。每個評分權(quán)重集合具有在其各自的薈萃分析中包括的重疊的癌癥組織學。對于兩個集合，對評分方法的輸入是表1中的57種個體臨床反應基因的均一化rna表達水平的集合。測量的(例如，原始)rna水平通過如下均一化：對特征中的每種臨床反應基因和表1c中的每種均一化基因進行測量的原始rna水平的log(10)轉(zhuǎn)換，計算均一化基因的log10轉(zhuǎn)換的rna水平的算術(shù)平均值，和從每種臨床反應基因的log10轉(zhuǎn)換的rna水平減去計算的平均值，并且這些均一化值(在指標內(nèi)沒有進一步均一化)是彈性網(wǎng)擬合的輸入。此外，在下面所有情況下，使用的彈性網(wǎng)模型包括組織學、基線表現(xiàn)狀態(tài)以及組織學和基線表現(xiàn)狀態(tài)之間的相互作用的項(并且在模型估計期間，將彈性網(wǎng)下應用的罰分也應用于這些項)。使用來自mk-3475-012/keynote-012(以下稱為keynote-012)的具有頭頸(h&n)癌、胃癌和膀胱癌的患者推導評分方法的第一集合。本研究是一項1b期多組群研究，其正在研究派姆單抗(mk-3475)在具有晚期三陰性乳腺癌(tnbc)(組群a)、h＆n癌癥(組群b和b2)、晚期尿路上皮癌(組群c)或晚期胃癌(組群d)的患者中的安全性、耐受性和抗腫瘤活性。所有用于推導該評分算法的第一集合的患者均用10mg/kg派姆單抗治療，每2周iv施用一次。使用來自keynote-012的具有h＆n癌、胃癌、膀胱和三陰性乳腺癌的患者以及來自mk-3475-028/keynote-028(以下稱為keynote-028)的具有肛門癌、膽管癌、結(jié)腸直腸癌、食管癌和卵巢癌的患者推導評分方法的第二集合。keynote-028是一項1b期研究，其被設(shè)計為評估施用于具有不可治愈的晚期pd-l1陽性實體瘤的參與者的派姆單抗的效力和安全性。keynote-028中的患者用10mg/kg派姆單抗治療，每2周iv施用一次。評分集合1的描述：集合1.1.在彈性網(wǎng)擬合下推導的線性組合，其在具有交叉驗證以確定l2罰分的無進展存活期(pfs)的cox薈萃分析中使用固定低水平的l1罰分。將在l1和l2罰分的選定值處來自最終coxpfs模型擬合的回歸系數(shù)針對它們相應的基因相乘，然后將所得加權(quán)值相加以產(chǎn)生特征評分。回歸系數(shù)的這些值，即權(quán)重，列于表3a中的集合1.1下。集合1.2.在彈性網(wǎng)擬合下推導的線性組合，其在具有交叉驗證以確定l2罰分的最佳總體反應(bor)的邏輯回歸薈萃分析中使用固定低水平的l1罰分。將在l1和l2罰分的選定值處來自最終邏輯模型擬合的回歸系數(shù)針對它們相應的基因的均一化rna表達水平相乘，然后將所得加權(quán)值相加以產(chǎn)生特征評分。回歸系數(shù)的這些值，即權(quán)重，列于表3a中的集合1.2下。使用來自keynote-012的三個癌癥組群(h&n、胃和膀胱)鑒定集合1.1和1.2中的回歸系數(shù)。為了測試這些評分權(quán)重集合可以生成預測對派姆單抗的抗腫瘤反應的特征評分的假設(shè)，應用這些評分權(quán)重集合來計算來自57基因特征的均一化rna值的特征評分，其已經(jīng)在派姆單抗治療之前對于從keynote-028患者取出腫瘤樣品進行確定。如表6中所示，使用評分權(quán)重集合1.1或1.2獲得的特征評分在具有各種癌癥的來自keynote-028的獨立患者集合中是預測性的。這些結(jié)果表明，使用集合1.1或集合1.2中的評分權(quán)重計算的特征評分將可用于推導其他癌癥類型的基因特征生物標志物。表6：keynote-028患者中的57-基因特征評分的統(tǒng)計學顯著性在從keynote-028獲得臨床反應數(shù)據(jù)前推導評分集合1。為了探索對這些加權(quán)集合的潛在改進，使用來自keynote-012和keynote-028的所有癌癥類型和臨床反應數(shù)據(jù)來鑒定和分析額外的評分集合。該分析中使用的來自keynote-012的臨床反應數(shù)據(jù)集合包括在患者已接受更多派姆單抗劑量后獲得的數(shù)據(jù)，而不是用于推導評分集合1的臨床反應數(shù)據(jù)集。下面描述使用該分析推導的評分集合。評分集合2的描述：集合2.1.在彈性網(wǎng)擬合下推導的線性組合，其在cox無進展存活(pfs)薈萃分析中使用固定低水平的l1罰分，且使用交叉驗證以確定l2罰分。將在l1和l2罰分的選定值處來自最終coxpfs模型擬合的回歸系數(shù)針對它們相應的基因的均一化rna表達水平相乘，然后將所得加權(quán)值相加以產(chǎn)生特征評分?；貧w系數(shù)的這些值，即權(quán)重，列于表3a中的集合2.1下。集合2.2.在彈性網(wǎng)擬合下推導的線性組合，其在最佳總體反應的邏輯回歸薈萃分析中使用固定低水平的l1罰分，且使用交叉驗證以確定l2罰分。將在l1和l2罰分的選定值處來自最終邏輯模型擬合的回歸系數(shù)針對它們相應的基因的均一化rna表達水平相乘，然后將所得加權(quán)值相加以產(chǎn)生特征評分?；貧w系數(shù)的這些值，即權(quán)重，列于表3a中的集合2.2下。在預期大多數(shù)基因與多種癌癥類型對用派姆單抗治療的抗腫瘤反應相關(guān)的前提下，使用低水平的l1罰分來推導評分集合1.1、1.2、2.1和2.2旨在允許所有57種臨床反應基因的表達水平作為特征評分的一部分。用于鑒定反應的穩(wěn)健的“交叉組織學”預測因子的替代策略是進一步減少來自表1的用于生成特征評分的臨床反應基因的集合。將該方法應用于具有來自keynote-012和keynote-028的多種癌癥類型的患者的組合臨床反應數(shù)據(jù)，以搜索表1臨床反應基因的特定子集，以及其在所有研究的癌癥類型中顯示穩(wěn)健的預測值的特征評分。通過如下所述的評分權(quán)重集合2.3和2.4的推導來說明該方法。集合2.3.在彈性網(wǎng)擬合下推導的線性組合，其在cox無進展存活(pfs)薈萃分析中使用交叉驗證來確定l1和l2罰分。將在l1和l2罰分的選定值處來自最終coxpfs模型擬合的回歸系數(shù)針對它們相應的基因的均一化rna表達水平相乘，然后將所得加權(quán)值相加以產(chǎn)生特征評分?；貧w系數(shù)的這些值，即權(quán)重，列于表3a中的集合2.3下和表3b中的第2列中。集合2.4.在彈性網(wǎng)擬合下推導的線性組合，其在邏輯回歸薈萃分析中使用交叉驗證來確定l1和l2罰分。將在l1和l2罰分的選定值處來自最終邏輯模型擬合的回歸系數(shù)針對它們相應的基因的均一化rna表達水平相乘，然后將所得加權(quán)值相加以產(chǎn)生特征評分。回歸系數(shù)的這些值，即權(quán)重，列于表3a中的集合2.4下和表3b中的第3列中。如從表3b中的基因特征的檢查顯而易見，主要地，通過pfs和bor回歸保留相同的基因，所述pfs和bor回歸分別產(chǎn)生集合2.3和2.4的權(quán)重，其顯示主要使用任一臨床終點來選擇相同的基因。不應將其他臨床反應基因上的零權(quán)重解釋為意味著這些基因的表達水平不與臨床結(jié)果單獨強烈相關(guān)，只是關(guān)于當所有基因都同時競爭以顯示預測值時改善罰分的pfs回歸薈萃分析設(shè)置中的預測，它們似乎沒有超出用非零系數(shù)的那些來添加額外值。實施例6.使用評分權(quán)重集合計算的特征評分的臨床效用。為了說明使用加權(quán)系數(shù)生成的特征評分的臨床效用，圖7和8顯示使用集合1.1權(quán)重計算的作為特征評分上的推定截止值的函數(shù)的預期ppv和npv概況(在指標之間平均化)的估計值。使用組合的keynote-028和keynote-012數(shù)據(jù)的分層貝葉斯薈萃分析來計算這些預期概況，其中實曲線顯示ppv的預期值的估計值(如通過較后中值捕獲)，且高于和低于曲線的虛線表明預期值上的90％可信區(qū)間的上限和下限。圖6和7中的ppv和npv概況說明可能如何使用集合1.1權(quán)重計算的特征評分的潛在截止值和通過此類截止值暗示的臨時效用量度(諸如ppv和npv)之間的預期關(guān)系來支持選擇最小特征評分作為將患者指定為生物標志物陽性的截止值。這種截止值可以以預先指定的方式應用于癌癥適應癥，其中沒有或幾乎沒有收集到將基因表達水平與對用pd-1拮抗劑治療的臨床反應相關(guān)聯(lián)的數(shù)據(jù)。例如，這些預期臨床效用概況的薈萃分析估計表明對于多種癌癥類型有用的單一截止評分的兩種一般可能性：?“低”截止值，其有利于npv，預期ppv接近30％，同時保持預期npv接近90％。?“高”截止值，其有利于ppv，預期ppv接近40％，同時保持預期npv接近85％。表3中列出的每個加權(quán)集合可以用于使用由此確定的特征評分來對一種或多種癌癥類型進行臨床效用概況的類似分析。圖9至11顯示三種不同癌癥(食道、結(jié)腸直腸和肛門)的派姆單抗反應狀態(tài)的特征評分的分布，其中使用集合1.1或集合2.4中的評分權(quán)重來計算特征評分。這些數(shù)據(jù)說明特征評分在對派姆單抗治療的反應者和無反應者之間如何具有不同的分布?？梢酝ㄟ^檢查ppv和npv概況以及使用每個候選截止評分選擇的患者的隱含患病率來為這些癌癥類型中的任何一種或所有選擇預測性截止特征評分。參考文獻。本文引用的所有參考文獻通過引用并入本文，如同各個獨立的出版物、數(shù)據(jù)庫條目(如，genbank序列或geneid條目)、專利申請或?qū)＠貏e地和單獨地指明通過引用并入本文的程度一樣。申請人這種通過引用并入的陳述，根據(jù)37c.f.r.§1.57(b)(1)，意欲涉及各個或每一個獨立的出版物、數(shù)據(jù)庫條目(例如，genbank序列或geneid條目)、專利申請或?qū)＠?，其每一篇被清楚地鑒定為符合37c.f.r.§1.57(b)(2)，即使這樣的引用不是與通過引用并入的專門陳述直接相鄰。包括在說明書中的通過引用并入的專門陳述，如果有的話，不以任何方式弱化這種通過引用并入的一般概述。本文參考文獻的引用并不視為承認所述參考文獻是涉及現(xiàn)有技術(shù)的，也不構(gòu)成對這些出版物或文件的內(nèi)容或日期的任何承認。當前第1頁12