專利名稱：：用于分析生物分子的光盤的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
：本發(fā)明涉及用于將關(guān)于聚合物或其他分子特征的信息編碼至光學(xué)可讀基片上的方法和設(shè)備。其特別適用于將多核苷酸序列信息編碼至光盤上。
背景技術(shù)：
：通過改進(jìn)用于表征分子或其生物反應(yīng)的技術(shù)，已經(jīng)在分子研究中取得了部分進(jìn)展。具體地，核酸DNA和RNA的研究已經(jīng)得益于正在發(fā)展中的用于序列分析的技術(shù)和對(duì)雜交事件的研究。作為研究生物分子的可行方法，基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)已經(jīng)伴隨著不斷增加的小型化分析和檢測(cè)儀器和步驟的發(fā)展而發(fā)展起來，這使得可以同時(shí)分析大量樣本。微陣列是最知名的這類"高通量"技術(shù)的實(shí)例。光盤也已經(jīng)被發(fā)展用于生物和化學(xué)樣品的快速多重檢測(cè)和表征。該技術(shù)采用了在音頻和視頻光盤(例如壓縮光盤和DVD)領(lǐng)域中開發(fā)的技術(shù)。將目標(biāo)分子(分析物)置于光盤上或光盤中，并且將光束(最常見的是激光)聚焦于所述光盤表面。然后用檢測(cè)器檢測(cè)從光盤反射的光或者從光盤透射的光。通過對(duì)檢測(cè)光的分析提供關(guān)于所述分析物的信息。這被稱為"光盤實(shí)驗(yàn)室"技術(shù)。W0-A-96/09548、W0-A-98/12559和US6，760，298描述了各實(shí)例。Gustafsonetal，AnalyticalChemistry,Vol.76:Issue2(253—502)，2004中描述了在壓縮光盤上對(duì)蛋白質(zhì)樣本進(jìn)行微流控高通量處理。然而，常規(guī)光盤技術(shù)并非被設(shè)計(jì)用于生物和化學(xué)測(cè)定。大部分目前可用于使用光盤分析生物分子的技術(shù)均試圖在光盤上或光盤中進(jìn)行生物和化學(xué)步驟。所述光盤可含有與所述測(cè)定相關(guān)的信息，但是其主要作用是作為所述生物測(cè)定的常規(guī)載體；光盤和生物測(cè)定技術(shù)之間基本上仍然是獨(dú)立的。W099/35499(Remacle)描述了使用光盤作為用于檢測(cè)目標(biāo)分子的基片表面。其提供了一種盤，所述盤的一個(gè)區(qū)域上結(jié)合有不可切割的捕獲分子。所述捕獲分子提供了這樣一種方法，即將一種或多種目標(biāo)分子從樣本中分離，同時(shí)通過使用激光測(cè)量激光發(fā)射的變化來檢測(cè)結(jié)合的發(fā)生。激光發(fā)射的變化可能是直接由于所述目標(biāo)分子的結(jié)合，也可能是由結(jié)合位點(diǎn)處的局部腐蝕作用導(dǎo)致的。所述公開文本中公開的方法僅容許從反應(yīng)中獲得有限的信息。其可檢測(cè)到結(jié)合事件，但是除了提供關(guān)于目標(biāo)對(duì)所述結(jié)合配體具有親和力的知識(shí)以外它并不能提供其他關(guān)于目標(biāo)特征的信息。根據(jù)W099/35499，目標(biāo)分子與其親和配偶體之間的相互作用導(dǎo)致在所述基片表面產(chǎn)生印記(凸起)，這可以通過激光束來檢測(cè)并且被轉(zhuǎn)換為二進(jìn)制信號(hào)。結(jié)合反應(yīng)可以發(fā)生在所述基片中預(yù)先形成的穴中或者發(fā)生在固定在所述基片上表面上的塑料條上。要么激光束聚焦于所述基片的上表面上，光從高度反射層反射至檢測(cè)器(反射檢測(cè))，要么激光束聚焦于所述基片的底面上，同時(shí)光穿過半反射材料以及用于捕獲和測(cè)量穿過所述基片的光的檢測(cè)器(光透射)。鑒于反應(yīng)發(fā)生在所述盤的相對(duì)較大的區(qū)域中，因此分辨率相對(duì)較低。US2007/0031856(Hong)描述了生物光盤微陣列的加工和使用。所述生物光盤為其7中放置有小的寡核苷酸探針的CD型光盤。所述寡核苷酸為原位微加工或者是使用被稱為旋轉(zhuǎn)覆蓋和剝離的(spin-on-and-peel)技術(shù)制備的。所加工的微陣列用于使用存在于所述目標(biāo)多核苷酸上的熒光發(fā)光標(biāo)簽來檢測(cè)雜交事件。盡管US2007/0031856示出了可以將多核苷酸置于CD型盤中的凹坑(pit)中，但是檢測(cè)中需要使用熒光發(fā)光標(biāo)簽限制了所述生物光盤的應(yīng)用，因?yàn)闊晒庖状銣?。此外，熒光信?hào)會(huì)逐漸變?nèi)?，并且通常需要濾光片和單獨(dú)的檢測(cè)器。US670298(Worthington)描述了用于檢測(cè)分析物的光盤的制備。制備了帶有多層數(shù)據(jù)層的盤，所述數(shù)據(jù)層形成用于接受分析物的穴。生物和化學(xué)反應(yīng)可以在所述分析物區(qū)域中進(jìn)行并且被用于生成可被激光檢測(cè)到的光學(xué)效果。在光盤中進(jìn)行的反應(yīng)不會(huì)改變盤的結(jié)構(gòu)特征。US6342349(Virtanen)描述了基于光盤的裝置，其中放置有分析物特異性的信號(hào)元件。所述信號(hào)元件被固定在光盤上并且被用于捕獲目標(biāo)分析物。如果目標(biāo)分析物結(jié)合，則所述信號(hào)應(yīng)答部分的作用是反射、散射和吸收入射光。因此，所述公開文本描述了一種基于存在定位于光盤上確定位置處的信號(hào)部分的分析物檢測(cè)方法。用于檢測(cè)所述部分的光(激光束)被射到光盤的上表面上，并且用位于所述光盤上方的檢測(cè)器檢測(cè)反射光。盡管這些公開文本中的每一篇均描述了使用光盤的分析物檢測(cè)有用技術(shù)，但是仍然需要有使用高密度光盤的用于檢測(cè)生物反應(yīng)的改良方法，在該方法中，生物分子的具體特征可以被轉(zhuǎn)換為可隨后鑒別的二進(jìn)制信號(hào)。W0-A-04/094664和WO-A-00/39333描述了用于形成"設(shè)計(jì)聚合物"的技術(shù)。設(shè)計(jì)聚合物為編碼與目標(biāo)聚合物相關(guān)信息的多聚體序列，通常為DNA。所述設(shè)計(jì)聚合物通常將含有一系列單體序列，所述單體序列代表了原始目標(biāo)序列上的單個(gè)單體。所述原始序列現(xiàn)在被稱為"經(jīng)放大的"。按照這種方式，獲得一種"被修改的"序列，所述序列的信息獲取具有比原始目標(biāo)的單體更高的分辨力。例如，使用單體的確定序列來代表目標(biāo)的單個(gè)單體使得用戶可以更加準(zhǔn)確地測(cè)定所述目標(biāo)的序列，因?yàn)樗鲈O(shè)計(jì)聚合物的任何錯(cuò)誤測(cè)序均可被更加清楚的檢測(cè)到。盡管設(shè)計(jì)聚合物非常有用，但是提供用于最終讀出設(shè)計(jì)聚合物序列的技術(shù)仍很困難。
發(fā)明內(nèi)容本發(fā)明基于以下認(rèn)識(shí)，即可以對(duì)光學(xué)可讀基片進(jìn)行修改以編碼關(guān)于分析物分子(例如聚合物)特征的信息。然后，所述經(jīng)改變的基片可用在用于解碼所述基片上信息的設(shè)備中。因此，本發(fā)明特別適合用于測(cè)定聚合物的序列，其中所述聚合物的序列可以被編碼到所述基片上用于后續(xù)解碼。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了如下這樣的光盤，即所述光盤可用于以單個(gè)凹坑的分辨率將關(guān)于生物分子的信息編碼到所述光盤上。根據(jù)本發(fā)明的第一方面，一種光學(xué)可讀基片，包括透明固體基片，其上表面上置有反射材料，以及一層涂覆在所述反射材料的上表面之上的化合物。所述化合物為有機(jī)或無機(jī)化合物，并且可以被激光燒蝕以產(chǎn)生凹坑。根據(jù)本發(fā)明的第二方面，一種光學(xué)基片，包括一層反射層和一系列凹坑和平坦區(qū)(land)，其中一個(gè)或多個(gè)凹坑包括結(jié)合有親和配偶體的聚合物分子，所述結(jié)合有親和配偶8體的凹坑具有位于每個(gè)凹坑處或每個(gè)凹坑中的材料，其特征在于不具有所述親和配偶體的凹坑不具有反射層。根據(jù)本發(fā)明的第三方面，一種光學(xué)基片，包括一系列凹坑和平坦區(qū)，其中一個(gè)或多個(gè)凹坑包括結(jié)合有親和配偶體的聚合物分子，其中所述結(jié)合有親和配偶體的凹坑具有位于每個(gè)凹坑處或每個(gè)凹坑中的材料，其特征在于所述光學(xué)基片在所述凹坑底部不含有反射層。根據(jù)本發(fā)明的第四方面，一種光學(xué)基片，包括一層反射層和一系列凹坑和平坦區(qū)，其中一個(gè)或多個(gè)凹坑包括結(jié)合有第二多核苷酸的第一多核苷酸，所述帶有第一和第二多核苷酸的凹坑具有位于每個(gè)凹坑處或每個(gè)凹坑中的材料，其特征在于所述第一多核苷酸包括一系列序列單元，每個(gè)單元包括代表特定特征的多個(gè)核苷酸序列。根據(jù)本發(fā)明的第五方面，一種光學(xué)可讀基片，包括以基本上線性的結(jié)構(gòu)定位于所述基片上不連續(xù)區(qū)域上的多核苷酸，其中多個(gè)寡核苷酸探針在不同區(qū)域連接至所述多核苷酸上。根據(jù)本發(fā)明的第六方面，一種光學(xué)可讀基片，包括一層反射層，所述基片還包括位于所述基片表面且連接有功能化納米顆粒的凹槽(groove)。根據(jù)本發(fā)明的第七方面，本發(fā)明提供了一種用于測(cè)定目標(biāo)分子的多種特征的方法，所述目標(biāo)被定位于含有凹坑和平坦區(qū)的光學(xué)基片上，所述方法包括以下步驟(i)進(jìn)行一系列反應(yīng)以獲取所述目標(biāo)分子的不同特定特征的信息，其中每個(gè)所述反應(yīng)均發(fā)生在不同的凹坑中；(ii)對(duì)所述光學(xué)基片進(jìn)行處理以修改那些其中已經(jīng)發(fā)生了反應(yīng)的凹坑，又或者修改那些其中尚未發(fā)生反應(yīng)的凹坑，以改變所述凹坑的反射特征；(iii)測(cè)量所述凹坑中的反射率，從而測(cè)定所述目標(biāo)的不同特征。根據(jù)本發(fā)明的第八方面，一種用于測(cè)定分子的一系列特征的方法，包括使所述分子在具有反射層的光學(xué)可讀基片表面上或表面處反應(yīng)并且損壞一個(gè)或多個(gè)反應(yīng)位點(diǎn)處的反射層，從而編碼代表所述分子反應(yīng)特征的所述基片上的一個(gè)或多個(gè)可鑒別信號(hào)。根據(jù)本發(fā)明的第九方面，一種用于將關(guān)于聚合物的特征的信息編碼到具有反射層的光學(xué)可讀基片上的方法，包括以下步驟i)將聚合物定位至所述基片的不連續(xù)區(qū)域上；ii)在不連續(xù)的位置獲得所述聚合物的信息；禾口iii)處理所述基片以使得所述反射層在所述獲取信息的位置處受到損壞或改變，又或者在未發(fā)生信息獲取的位置處受到損壞或改變。改變或損壞反應(yīng)/獲取信息的位點(diǎn)處的反射層，使得所述基片可"編碼"用于顯示所述分子/聚合物的信息。在下一步驟中對(duì)反射層的分析將測(cè)定(解碼)反應(yīng)/獲取信息的位點(diǎn)，所述位點(diǎn)可提供關(guān)于所述分子特征的信息，例如聚合物的序列。根據(jù)本發(fā)明的第十方面，一種用于分析多核苷酸序列的方法，包括i)提供具有反射層的光學(xué)可讀基片，所述基片的不連續(xù)位點(diǎn)上結(jié)合有一系列具有確定序列的寡核苷酸探針，每個(gè)均代表一個(gè)多核苷酸序列；ii)將所述多核苷酸與所述寡核苷酸探針雜交；iii)將標(biāo)簽連接至那些與所述多核苷酸完全互補(bǔ)的寡核苷酸上，所述標(biāo)記能夠改9變或降解反射層，又或者能夠使反射層暴露以進(jìn)行改變或降解；禾口iv)分析所述基片以顯示改變或降解的排列，并且從而顯示所述寡核苷酸的序列。根據(jù)本發(fā)明的第十一方面，一種用于儲(chǔ)存關(guān)于聚合物特征的信息的方法，包括用一系列光學(xué)可讀結(jié)構(gòu)編碼光學(xué)可讀基片，所述光學(xué)可讀結(jié)構(gòu)一起可鑒別所述聚合物的多個(gè)特征。根據(jù)本發(fā)明的第十二方面，提供了一種用于將與聚合物相關(guān)的信息編碼到光學(xué)可讀基片上的方法，所述光學(xué)可讀基片包括一層反射層，所述方法包括將所述聚合物定位于所述基片表面上或鄰近所述基片表面；將納米顆粒定位于與所述聚合物確定部分相對(duì)應(yīng)的基片表面上該部分處；在可促進(jìn)反應(yīng)來改變或損壞不連續(xù)位點(diǎn)處表面的條件下，使所述納米顆粒與所述基片表面接觸，從而改變或損壞反射層或者暴露出反射層以進(jìn)行后續(xù)反應(yīng)來改變或損壞不連續(xù)位點(diǎn)處的反射，從而將關(guān)于所述聚合物的確定部分的信息編碼到基片上。根據(jù)本發(fā)明的第十三方面，提供了一種用于在基片表面上排列(align)聚合物分子的方法，所述表面包括一個(gè)或多個(gè)徑向(radial)凹槽，所述方法包括將所述聚合物的末端區(qū)域連接至凹槽；使所述基片以預(yù)定速度繞一個(gè)軸旋轉(zhuǎn)，籍此所述基片旋轉(zhuǎn)進(jìn)并旋轉(zhuǎn)出一種液體，其中當(dāng)基片旋轉(zhuǎn)出所述液體時(shí)聚合物在所述凹槽中被排列。根據(jù)本發(fā)明的第十四方面，一種用于分析多核苷酸序列的方法，包括i)提供具有反射層的光學(xué)可讀基片，所述基片的不連續(xù)位點(diǎn)上結(jié)合有一系列具有確定序列的寡核苷酸，每個(gè)均代表一個(gè)推定的多核苷酸序列；ii)使所述多核苷酸與兩種或兩種以上寡核苷酸反應(yīng)；iii)將標(biāo)記物連接至那些與所述多核苷酸反應(yīng)的寡核苷酸上，所述標(biāo)記物能夠改變反射層，又或者能夠使反射層暴露以進(jìn)行后續(xù)改變；禾口iv)分析所述基片以顯示改變的排列，并且從而顯示所述寡核苷酸的兩個(gè)或兩個(gè)以上序列。根據(jù)本發(fā)明的第十五方面，提供了一種光學(xué)可讀基片，其上連接有多核苷酸，所述多核苷酸具有一系列確定的序列單元，每個(gè)序列單元均具有至少兩個(gè)核苷酸。根據(jù)本發(fā)明的第十六方面，提供了一種生產(chǎn)用于編碼生物信息的光盤的方法，包括(i)獲得光學(xué)基片，所述光學(xué)基片具有(a)光學(xué)透明基片層；(b)置于所述透明基片上表面的反射材料層；禾口(c)置于所述反射層上面的化合物層，(ii)以確定模式燒蝕所述化合物中預(yù)定凹坑以暴露所述凹坑中的反射材料。參照附圖來描述本發(fā)明，其中圖1示出了可被整合到設(shè)計(jì)聚合物序列中并且將被編碼到基片上的不同序列單元，代表二進(jìn)制代碼；圖2示出了本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案，其中使放大的多核苷酸序列與多個(gè)存在于基片表面上的寡核苷酸探針接觸；圖3和4示出了利用標(biāo)記來降解基片上的反射層；圖5示出了用在本發(fā)明中的設(shè)計(jì)聚合物構(gòu)建體；圖6示出了本發(fā)明的光學(xué)基片的制備；圖7示出了用于將多核苷酸吸收到盤表面上的分子梳技術(shù)；圖8示出了用在本發(fā)明中的光盤的物理特征。圖9至11示出了將納米顆粒定位至存在于光學(xué)基片的凹槽中的凹口(indentation)。圖12至14示出了將納米顆粒定位于所述光學(xué)基片的特定區(qū)域內(nèi)，以及在所述基片表面上特定區(qū)域處形成自組裝單層。圖15示出了光學(xué)基片表面上的不同構(gòu)型，用于將多核苷酸錨定到基片上以進(jìn)行后續(xù)梳理；圖16示出了光盤的三種構(gòu)型，(a)在沉積封閉層之后濕法蝕刻反射層(銀增強(qiáng))；(b)未進(jìn)行濕法蝕刻；和(C)在分析前進(jìn)行蝕刻；圖17示出了通過測(cè)量被封閉并且隨后被蝕刻的凹坑的反射率來獲得的凹坑分辨率；圖18示出了通過測(cè)量未被蝕刻的凹坑的反射率來獲得的凹坑分辨率；圖19示出了通過測(cè)量在分析前被蝕刻的凹坑的反射率來獲得的凹坑分辨率；圖20示出了本發(fā)明的光盤的AFM拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)；圖21示出了在光盤上實(shí)現(xiàn)的銀增強(qiáng)；圖22示出了在蝕刻前和蝕刻后的平坦區(qū)和凹坑圖；圖23示出了盤上單個(gè)凹槽軌跡的盤驅(qū)動(dòng)總和信號(hào)(SUMsignal)與時(shí)間關(guān)系圖；圖24示出了盤上單個(gè)凹槽軌跡的盤驅(qū)動(dòng)總和信號(hào)與時(shí)間關(guān)系圖，來自一個(gè)凹槽的單個(gè)凹坑信號(hào)，所述凹槽帶有由銀封閉且反射體完整的凹坑；圖25示出了盤驅(qū)動(dòng)檢測(cè)器總和信號(hào)沿一個(gè)軌道的示波器(scopetrace)軌跡，所述軌道帶有一個(gè)由銀覆蓋的區(qū)域和一個(gè)未被銀覆蓋的區(qū)域；圖26示出了盤驅(qū)動(dòng)檢測(cè)器總和信號(hào)沿一個(gè)軌道的示波器軌跡，所述軌道帶有一個(gè)由銀覆蓋的區(qū)域；禾口圖27示出了盤上單個(gè)凹槽軌跡的盤驅(qū)動(dòng)總和信號(hào)與時(shí)間關(guān)系圖；具體實(shí)施例方式本發(fā)明使得可以將分子的特征編碼到光學(xué)基片上。然后可以在后續(xù)步驟中解碼(讀取)所編碼的信息。在一個(gè)實(shí)施方案中，通過利用基片上的反射層來進(jìn)行編碼，根據(jù)待研究的分子特征可以以確定的方式破壞所述反射層。破壞反射層會(huì)產(chǎn)生可讀的光學(xué)基片。在另一個(gè)實(shí)施方案中，在所述光學(xué)基片的凹坑中分析所述分子，并且根據(jù)是否已經(jīng)發(fā)生反應(yīng)來對(duì)所述凹坑進(jìn)行修改。因此，可以對(duì)各凹坑進(jìn)行區(qū)分，并且可以獲得單個(gè)凹坑分辨率。這樣就可以基于各個(gè)凹坑的讀出來生成二進(jìn)制數(shù)據(jù)。本發(fā)明優(yōu)選地使得可以將關(guān)于聚合物分子特征的信息編碼至光學(xué)可讀基片上。本發(fā)明的最簡單形式是，使得可以在基片表面獲得聚合物分子的信息，使得可以通過改變基11片來將所述聚合物的特定特征編碼至所述基片上，例如通過在那些獲取聚合物信息的位點(diǎn)處改變或損壞所述基片的放射表面。然后可以通過使用常規(guī)或改進(jìn)的設(shè)備"讀取"基片表面來鑒別所述聚合物的特征。對(duì)所述基片的改變的排列結(jié)果表明了所述聚合物的特征。該方法特別適用于將聚合物的序列編碼到基片上。一旦將信息編碼到光學(xué)可讀基片上，可以使用標(biāo)準(zhǔn)的光學(xué)讀出步驟來讀取該信息。本文所述的方法和設(shè)備均為本發(fā)明的一部分。本發(fā)明可用于分析分子的特征。例如，本發(fā)明可用于通過分子與一個(gè)或多個(gè)位于基片表面上的親和分子的結(jié)合特征來測(cè)定分子的類型。本發(fā)明特別適用于測(cè)定存在于多核苷酸中的特定序列。這可用于分析如下這樣的多核苷酸，即所述多核苷酸已經(jīng)被設(shè)計(jì)用于代表聚合物或多核苷酸上的特定特征。例如，待研究的多核苷酸可以是PCT/GB06/00825中所限定的多核苷酸，所述文獻(xiàn)的內(nèi)容通過引用的方式納入本文。但是，本發(fā)明也可以用于測(cè)定常規(guī)DNA分子的序列，或者用于檢測(cè)在測(cè)定系統(tǒng)中是否存在DNA分子。本發(fā)明中所用的術(shù)語"光學(xué)可讀基片"包括可利用光束來得以被掃描從而使得可分析該基片的任何材料。本領(lǐng)域技術(shù)人員很清楚，可以檢測(cè)到反射或透射光。優(yōu)選的基片為"光盤"。術(shù)語"光盤"在本領(lǐng)域中公知的是指利用激光讀取的存儲(chǔ)裝置。最常見的光盤為壓縮光盤(CD)和數(shù)字視頻光盤(DVD)。光盤技術(shù)的新發(fā)展在于該存儲(chǔ)介質(zhì)不斷增加的存儲(chǔ)能力，例如高清晰度數(shù)字視頻光盤(HD-DVD)。任何上述光盤或者任何其他類型光盤均可用在本發(fā)明中。本文中所用的術(shù)語基片的"光學(xué)特征"是指基片對(duì)其透射或反射的光束的效應(yīng)。光學(xué)特征的變化通常將會(huì)導(dǎo)致在讀取基片時(shí)產(chǎn)生的信號(hào)發(fā)生變化。對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員來說，光盤的結(jié)構(gòu)是顯而易見的。總之，每張光盤均包括至少一層含有光學(xué)透明材料的層(透明基片)，其上涂覆有反射層。對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員來說，適合的光學(xué)透明材料是顯而易見，它們包括塑料、玻璃、云母、硅等。優(yōu)選塑料，特別是聚碳酸酯，因?yàn)檫@些均是用于CD-ROM和DVD讀出器的常規(guī)材料。所述透明層通常為約0.1毫米厚，而所述反射層通常要薄得多，例如厚度在10至100納米之間。所述反射層通常為薄的介電層，但是可以使用其他的反射或半反射材料，例如銀、硅、鋁、碲、硒、鉍、銅，或者任何其他適合的反射材料。所述透明層和反射層還可以包括操作結(jié)構(gòu)，例如用于激光跟軌和自動(dòng)聚焦的抖動(dòng)凹槽和/或用于速度控制的凹坑結(jié)構(gòu)。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述反射材料具有低的反射率或者為半反射的。在那些通過將激光聚焦在光盤底面上(即穿過所述透明層)來測(cè)量反射率的實(shí)施方案中，這是合乎需要的。因此，待表征的分析物位于所述光盤的激光對(duì)側(cè)。對(duì)于低反射或半反射層，優(yōu)選地，所選擇的材料反射低于50%的入射光，更優(yōu)選低于30%的入射光，并且最優(yōu)選低于10%的入射光。光盤上的光學(xué)可讀結(jié)構(gòu)通常被稱為"凹坑"和"平坦區(qū)"。這些可能具有實(shí)際的物理凹坑和平坦區(qū)結(jié)構(gòu)的形狀，但是"凹坑"和"平坦區(qū)"在更廣義上可用于指具有不同反射差異的盤上的不連續(xù)區(qū)域(誦PlayersandDrives,K.F.Ibrahim,Newnes，Oxford,2003)。盡管在一個(gè)實(shí)施方案中，反射層位于基片的上表面上，在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，在反射層上提供一層保護(hù)層。所述保護(hù)層可用在編碼過程中，籍此在適合的反應(yīng)位點(diǎn)處腐蝕或燒蝕所述保護(hù)層以暴露出反射層，以進(jìn)行后續(xù)蝕刻(損壞)，例如濕法蝕刻。例如，所述保護(hù)層可以是單鏈DNA的自組裝單層，其可被定位于相互作用位點(diǎn)處的外切酶降解。提12及"損壞"反射層時(shí)還意在包括改變反射層。提供單層使得容許采用不同化學(xué)作用來制備所述單層以用于進(jìn)行后續(xù)破壞。然后，使用常規(guī)技術(shù)實(shí)施進(jìn)行對(duì)反射層的后續(xù)蝕刻，以產(chǎn)生對(duì)反射層的明確的破壞。例如，可以使用濕法蝕刻，采用化學(xué)物腐蝕反射層。當(dāng)所述基片為盤時(shí)，本發(fā)明的盤可包括至少一個(gè)容許液體被運(yùn)輸進(jìn)該盤的液流通路，例如當(dāng)在光盤旋轉(zhuǎn)時(shí)施加的離心力下時(shí)液體被運(yùn)輸進(jìn)盤內(nèi)。在壓縮光盤上對(duì)生物樣品進(jìn)行微流控加工在本領(lǐng)域中是已知的，例如如在上述Gustafsonetal.中所描述的。所述液流通路容許液體樣品(例如含有聚合物的樣品)分布于盤中。對(duì)技術(shù)人員來說顯而易見的是，液流通路的配置應(yīng)使得樣品能與盤的正確區(qū)域接觸。所述液流通路可以位于盤上的任意位置。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述基片為盤，并且可以使用DVD和HD-DVD盤制備中采用的常規(guī)技術(shù)來制備。所述盤可以包括跟軌凹槽，其可在最后的讀出階段被激光束所利用。還提供了其上將發(fā)生反應(yīng)的數(shù)據(jù)道。與常規(guī)光盤不同的是，本發(fā)明的盤還可以在跟軌凹槽(通常約為100m長且200nm深)中包括其他凹口，所述凹口可用于在數(shù)據(jù)道范圍內(nèi)排列(梳理)多核苷酸(第二多核苷酸)。這在圖8中示出。所述盤是使用常規(guī)沖壓技術(shù)制備的，其中母盤是利用注塑制備的，然后將其用作印模來制備拷貝。所述基片的頂層通常為反射層。這通常為金屬層，其是被使用常規(guī)的濺鍍技術(shù)敷設(shè)到基片表面上的。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述光盤包括透明固體基片(例如聚碳酸酯)和置于所述透明基片上表面之上的反射材料(反射層)，并且還包括一層涂覆于所述反射材料的上表面上的化合物層，即所述反射材料被夾在所述化合物層和所述透明層之間。這不同于化合物被夾在反射層和光學(xué)透明材料之間的常規(guī)可錄寫CD或DVD。如下文所述，當(dāng)將這種新的構(gòu)造用在本發(fā)明的方法中時(shí)，其是有益的。所述化合物提供了一層這樣的保護(hù)層，所述保護(hù)層可以暴露以便例如進(jìn)行燒蝕，從而在光盤上形成預(yù)定的凹坑。所述凹坑可能會(huì)使反射層暴露。殘余的化合物層將會(huì)在光盤上形成"平坦區(qū)"。采用具有這種構(gòu)型的光盤來實(shí)施本發(fā)明的優(yōu)選方法會(huì)非常有利。在某些優(yōu)選的方法中，本發(fā)明意在將其中已經(jīng)發(fā)生反應(yīng)的凹坑與其中并未發(fā)生反應(yīng)的凹坑加以區(qū)分。達(dá)到該目的的一種方式是修改其中已經(jīng)發(fā)生反應(yīng)的凹坑，或者修改其中并未發(fā)生反應(yīng)的凹坑。在一個(gè)實(shí)施方案中，通過破壞或移除反射層來實(shí)現(xiàn)修改。對(duì)那些其中經(jīng)發(fā)生反應(yīng)(又或者其中并未發(fā)生反應(yīng))的凹坑進(jìn)行處理以便封閉到達(dá)所述凹坑的通路。然后，可以在未封閉的凹坑中進(jìn)行蝕刻(例如濕法蝕刻)以便破壞或移除反射材料。在該實(shí)施方案中，所述有機(jī)化合物層是耐蝕刻的，保護(hù)光盤的其余表面免遭所述蝕刻處理。這在圖16a和b中以及圖17和18中示出。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述化合物為有機(jī)染料，例如CibaIRGAPHORultragreenMX。備選的耐蝕刻有機(jī)化合物包括染料聚合物?？梢允褂贸Ｒ?guī)技術(shù)將這些物質(zhì)旋轉(zhuǎn)覆蓋在光盤上。優(yōu)選地，所述化合物易于被激光處理，以產(chǎn)生凹坑?？梢赃@種方式燒蝕的化合物對(duì)于技術(shù)人員來說是顯而易見的。具體地，通常將用可以吸收可見UV光并且可被這種光移除的材料來形成所述化合物層。同時(shí)用輸出低于100mW的激光來提供可見光或UV光，優(yōu)選低于50mW，更優(yōu)選低于20mW。由常規(guī)的可錄寫CD盤可獲知適合的材料。用于所13述化合物層的材料通常耐受用于蝕刻反射層的技術(shù)。例如，所述化合物層將是抗?jié)穹ㄎg刻的或者抗酸蝕刻的。在一個(gè)實(shí)施方案中，凹坑在化合物層和對(duì)應(yīng)的反射層中形成以暴露凹坑中的透明基片(圖16c和圖19)。其好處是光可穿透未被封閉的凹坑，但是當(dāng)凹坑被封閉時(shí)光會(huì)被反射。該構(gòu)造可以通過以下方法來獲得，即通過燒蝕化合物層中的凹坑，然后在進(jìn)行分析前實(shí)施濕法蝕刻以移除所有凹坑中暴露的反射材料。在又一個(gè)實(shí)施方案中，所述凹坑是在化合物層中形成，暴露出未被改變的反射層。那么就不需要進(jìn)行濕法蝕刻。在該實(shí)施方案中，所述化合物層不必是耐蝕刻的。術(shù)語"燒蝕"是指處理化合物層，以用激光在光盤的表面燒出確定的凹坑?？墒褂萌魏芜m合的設(shè)備進(jìn)行燒蝕。優(yōu)選地，所述燒蝕是使用半導(dǎo)體激光二極管進(jìn)行的。所述光學(xué)激光的功率通常將低于50mW，更優(yōu)選低于20mW。燒蝕時(shí)間根據(jù)用于所述化合物層的材料而變化。通常，燒蝕時(shí)間低于每個(gè)凹坑1Ps。在燒蝕過程中，可以利用盤上的操作結(jié)構(gòu)實(shí)施激光跟軌。跟軌和聚焦可以利用由反射層反射的光來實(shí)施。由所述燒蝕過程形成的凹坑的深度將取決于化合物層的厚度，通?？蓪?shí)現(xiàn)的深度為5nm至100nm。本發(fā)明提供了具有3或4個(gè)距外表面(opensurface)不同"高度水平"的盤。存在帶有反射材料和染料的無凹槽(off-groove)水平；帶有反射材料和染料的凹槽(on-groove)水平；帶有反射材料的凹槽水平(其中染料被燒蝕)；以及不帶有額外材料的凹槽水平(染料被燒蝕并且反射層被破壞)。所生產(chǎn)的光盤將用于鑒別分子例如聚合物分子的特征。當(dāng)光盤包含凹坑時(shí)，將例如通過固定化將所述分子定位至凹坑中。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述分子為聚合物分子，例如多核苷酸，并且被結(jié)合至親和配偶體以鑒別其一個(gè)或多個(gè)特征。與親和配偶體的結(jié)合也可被用于將其他試劑定位至凹坑內(nèi)，以便有效地封閉凹坑避免暴露于其他材料，或者以便改變凹坑的反射性質(zhì)用于進(jìn)行后續(xù)檢測(cè)。如上文所述，本發(fā)明特別適合于測(cè)定聚合物的序列信息。本發(fā)明容許將所述聚合物的各個(gè)單體編碼到光學(xué)基片上。與依賴于通過雜交測(cè)序的方法不同，可以"編址(address)"所述聚合物序列的一個(gè)非常小的部分，即編碼到基片上。然而，由于本發(fā)明還提供了位置的信息，因此可以根據(jù)表明所述序列片段的地址屬于預(yù)定地址模式的哪部分來說出所述序列部分屬于目標(biāo)序列上的哪部分。最簡單的地址模式是這樣一種模式，其中代表目標(biāo)序列的堿基(base)-l、堿基-2等等的地址被沿著激光軌道線性排列。使用凹坑時(shí)，可以是每個(gè)凹坑中含有一個(gè)單體。由于目標(biāo)序列的堿基在盤上按特定模式排列，可以僅僅基于所述地址(或凹坑)在該模式中的位置來測(cè)定由凹坑(從1/2個(gè)堿基至5個(gè)堿基)所鑒別的序列片段屬于目標(biāo)序列中的哪部分。每個(gè)目標(biāo)序列均可以用相對(duì)較低數(shù)目的地址來加以鑒別(例如根據(jù)每個(gè)堿基2位(bit)的方法，測(cè)定24個(gè)堿基的序列需要48個(gè)地址)。—種實(shí)現(xiàn)這種測(cè)序策略的方法是放大目標(biāo)分子，并且將它們分布至所述光學(xué)基片表面上的不同位置(預(yù)制陣列地址)，其中每個(gè)位置都是經(jīng)預(yù)制的使得其可以獲得目標(biāo)分子中一個(gè)或多個(gè)特定堿基位置的信息。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述預(yù)制陣列的表面模式被制備成這樣一種形式，即所述形式容許使用數(shù)據(jù)存儲(chǔ)技術(shù)作為讀出手段。這將通常需要將所述模式制成二進(jìn)制的并且排列成具有有效信息。在一個(gè)特別優(yōu)選的實(shí)施方案中，本發(fā)明的光盤包括一層反射層和一系列凹坑(pit)和平坦區(qū)(land)，其中一個(gè)或多個(gè)凹坑包括結(jié)合有親和配偶體的聚合物分子，所述結(jié)合有親和配偶體的凹坑具有位于每個(gè)凹坑處或每個(gè)凹坑中的材料，并且其中不具有所述親和配偶體的凹坑不具有反射層。在另一個(gè)特別優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述光盤包括一系列凹坑和平坦區(qū)，其中一個(gè)或多個(gè)凹坑包括結(jié)合有親和配偶體的聚合物分子，其中所述結(jié)合有親和配偶體的凹坑具有位于每個(gè)凹坑處或每個(gè)凹坑中的材料，其特征在于所述光盤在所述凹坑底部不含有反射層。在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，本發(fā)明的光盤包括一層反射層以及一系列凹坑和平坦區(qū)，其中一個(gè)或多個(gè)凹坑包括結(jié)合有第二多核苷酸的第一多核苷酸，所述帶有第一和第二多核苷酸的凹坑具有位于凹坑處或凹坑中的材料，其特征在于所述第一多核苷酸包括一系列序列單元，每個(gè)單元包括代表特定特征的多個(gè)核苷酸序列，W0-A-04/094664和W0-A-00/39333中公開了這類多核苷酸，所述文獻(xiàn)的內(nèi)容通過引用的方式納入本文。用于封閉凹坑的材料可以是可有效封閉凹坑避免與其它試劑接觸的材料。因?yàn)榭蓪?duì)光盤進(jìn)行處理以進(jìn)行濕法蝕刻，從而破壞反射層，所述材料優(yōu)選地耐受所選的濕法蝕刻加工。在其他實(shí)施方案中，未發(fā)生濕法蝕刻，因此所述材料不必是耐濕法蝕刻的。但是，可以選擇能夠改變凹坑反射性質(zhì)的材料，以便幫助區(qū)分各凹坑。金屬材料特別適用于該目的。例如通過增強(qiáng)技術(shù)將金屬材料選擇性地沉積于凹坑處。特別優(yōu)選銀增強(qiáng)，并且有可用于此的商用試劑盒?？梢园凑障挛乃斒龅倪M(jìn)行選擇性銀增強(qiáng)。還可以使用其他材料。例如，可以將DNA定位于反應(yīng)位點(diǎn)處的凹坑，以在濕法蝕刻過程中起到屏障的作用。還可以使用聚合物，或者將無機(jī)顆粒定位至凹坑中，以提供一層保護(hù)層。芳香硫醇耐蝕刻，因此可以被加入至所述顆粒中以提供一層更加有效的屏障。還可以例如通過使用存在于膠乳顆粒上的親和標(biāo)簽以及存在于凹坑中的聚合物(或其親和配偶體)將膠乳顆粒定位至凹坑中。所述膠乳顆粒將會(huì)形成一層耐濕法蝕刻的薄膜。如果不使用濕法蝕刻來改變凹坑，則可選擇具有改變反射率的能力的所述選擇性地加入至所述凹坑中的材料。例如，可以將功能化的金屬顆粒定位至凹坑中。這些被選擇性地靶向至那些具有聚合物/親和配偶體復(fù)合體的凹坑中。然后可測(cè)量反射率，并且可以對(duì)不同的凹坑(那些帶有和不帶有所述復(fù)合體的凹坑)加以區(qū)分。在又一個(gè)實(shí)施方案中，所述材料改變了反射層以破壞或者移除它，從而改變所述凹坑的反射性質(zhì)。適合的材料包括可以通過電偶腐蝕與銀層(反射層)反應(yīng)的金顆粒。所述金顆粒可以通過功能化基團(tuán)選擇性地耙向所述凹坑。本發(fā)明可以用于研究分子，例如生物分子。所述目標(biāo)分子將通?？梢耘c基片上的一個(gè)或多個(gè)分子相互作用，以便鑒別出該目標(biāo)分子的特征。實(shí)施本發(fā)明的方法以使得可以監(jiān)測(cè)由于對(duì)基片進(jìn)行了后續(xù)改變而導(dǎo)致的所述目標(biāo)分子與基片上的分子之間的相互作用，所述改變是例如通過破壞相互作用位點(diǎn)處的反射層而進(jìn)行的。這可以通過以下方式來實(shí)現(xiàn)，即實(shí)施后續(xù)反應(yīng)來移除未反應(yīng)的分子，并且靶向和改變相互作用位點(diǎn)?，F(xiàn)在以聚合物作為目標(biāo)分子對(duì)本發(fā)明進(jìn)行更詳細(xì)的說明。然而，技術(shù)人員將會(huì)意識(shí)到本發(fā)明的更寬的方面。本發(fā)明是通過以下方式實(shí)現(xiàn)的，即將聚合物定位至基片上以使得可以獲得所述聚合物的信息，例如在將翻譯至所述基片不同區(qū)域的各個(gè)區(qū)域處?？梢允褂萌魏芜m合的技術(shù)將分子定位至基片上以獲取信息。W0-A-01/15154描述了各種用于將生物分子物理性地排列至光盤上的方法。例如使用磁體將順磁珠排列到光學(xué)基片上。所述順磁珠可用于將分析物(分子)定位至光盤上特定的位置處。在US7083920中可以找到用于將分子定位至光盤上的其他方法。在那些利用帶有凹坑和平坦區(qū)的光盤的實(shí)施方案中，必須將目標(biāo)聚合物或者其親和配偶體定位至凹坑內(nèi)。用于將生物分子以及其他分子和試劑以可尋址和有序方式沉積于或連接至固體表面位點(diǎn)上的方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的，所述生物分子以及其他分子和試劑具有與光盤(例如CD、DVD和HDDVD)上光學(xué)可讀結(jié)構(gòu)的大小相當(dāng)?shù)倪m合大小[MicrosystemsTechnologyinChemistryandLifeSciences.A.Manz，H.Becker(eds.)，Springer,Berlin1999immobilisationofDNAonChips,VolI&II，C.Wittman(ed.)，Springer,Berlin,2005;lmmungold-Silve:rStaining，M.A.Hayat(ed.)，CRC，1995]。這類編址方法包括，例如微接觸印刷、掃描探針微影術(shù)(lithography)、電子束微影術(shù)、UV或光微影術(shù)、納米移植和浸筆納米微影術(shù)。所述分子或試劑可以被共價(jià)地偶聯(lián)至固體表面，或者所述結(jié)合可以是物理性質(zhì)的，例如范德華結(jié)合、氫鍵合、離子結(jié)合、偶極結(jié)合、疏水相互作用或其他類型的物理吸收。所述結(jié)合還可以是核酸雜交或者生物素/抗生物素蛋白鏈菌素偶聯(lián)。所述結(jié)合可以包括硅氧烷鍵、酯鍵、酰胺鍵或硫醇鍵。所述結(jié)合反應(yīng)可以包括亞磷酰胺反應(yīng)物。所述結(jié)合還可以包括自組裝的單層。用于在這類位點(diǎn)上進(jìn)行化學(xué)反應(yīng)的方法是公知的。這類反應(yīng)包括，例如將DNA和/或RNA鏈雜交到寡核苷酸陣列上、使用熒光試劑標(biāo)記分子、生物素/抗生物素蛋白鏈菌素偶聯(lián)、抗體/抗原結(jié)合、使用抗生物素蛋白鏈菌素_金或蛋白A-金的金標(biāo)記、金和銀增強(qiáng)、免疫金_銀染色，以及不同酶促反應(yīng)。可以利用凹坑中提供的功能化基團(tuán)將聚合物或親和配偶體定位至所述凹坑中。例如，可以利用平坦區(qū)(有機(jī)化合物層)和凹坑(暴露出的反射層或透明基片)之間的化學(xué)差異以選擇性地在所述凹坑中提供官能團(tuán)。在一個(gè)實(shí)施方案中，以基本上線性的結(jié)構(gòu)將所述聚合物排列到基片表面上，這使得可以沿著所述聚合物的序列在不同位置獲取聚合物信息，使得可以對(duì)所述基片表面以及與所述聚合物的被獲取信息部分對(duì)應(yīng)的區(qū)域進(jìn)行破壞。然而，在其他實(shí)施方案中，可以通過與一個(gè)連接至所述基片表面的分子之間的特異性相互作用將所述聚合物定位至基片表面，同時(shí)將該相互作用編碼至所述基片表面上以便表明和表征所述特異性相互作用。在這種情況下，所述聚合物不必被以線性結(jié)構(gòu)定位。本文所用的術(shù)語"聚合物"是指任何包含多個(gè)單體單元的分子。優(yōu)選地，所述聚合物為生物聚合物，最優(yōu)選多核苷酸或多肽。這些術(shù)語是本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的。本文中所用的術(shù)語"基本上線性的"是指當(dāng)位于基片上時(shí)，所述聚合物在聚合物末端之間循沿一條直線。可以使用任何常規(guī)技術(shù)將所述聚合物定位至基片上。所述聚合物可以被直接定位至基片表面上以便隨后獲取信息，或者所述聚合物可以經(jīng)由一個(gè)或多個(gè)中間分子來被間接定位。所述一個(gè)或多個(gè)中間分子可作為所述獲取信息步驟的一部分而被使用，即一個(gè)或多個(gè)所述中間分子可以同時(shí)用于定位聚合物及獲取聚合物的信息。然后可以通過破壞所述聚16合物和所述一個(gè)或多個(gè)中間分子之間的定位相互作用位點(diǎn)處的反射層，來鑒別并且表征這些位點(diǎn)。或者，所述一個(gè)或多個(gè)中間分子可以用于將所述聚合物結(jié)合或栓在基片上，但是不去獲取所述聚合物的信息。術(shù)語"獲取信息"在本文中用于定義所述聚合物和另一個(gè)分子之間的特異性相互作用。所述相互作用可以是結(jié)合事件，例如多核苷酸(作為聚合物)和互補(bǔ)多核苷酸(作為其他分子)之間的雜交事件。所述獲取信息事件是特異性針對(duì)所述聚合物或其一部分的，即存在一種以某種方式依賴于所述聚合物序列的相互作用。因此，可以表征所述相互作用，從而顯示所述聚合物的序列信息。在一個(gè)實(shí)施方案中，使用多核苷酸作為聚合物來實(shí)施本發(fā)明。所述多核苷酸可以是"設(shè)計(jì)聚合物"，并且包括一個(gè)具有確定多核苷酸序列單元的序列，被稱為具有二進(jìn)制代碼，即每個(gè)序列單元代表"1"或"0"，通過核苷酸序列中的差異來加以區(qū)分。這在圖1中示出，圖1示出了在每個(gè)序列單元位置"bit(位)位置"處，位于該位置處的"0"和"1"序列除中間的兩個(gè)核苷酸之外其余序列均相同，這兩個(gè)核苷酸表征了"0"或"1"。所述設(shè)計(jì)聚合物是按照以下方式形成的，知道每個(gè)位處的公共序列，但是不知道每個(gè)位的序列是0序列還是1序列。0或1序列的位信息用于表征不同分子的信息，即0和1位的順序表征了原始目標(biāo)多核苷酸的序列。本發(fā)明可用于表征在每個(gè)位處存在的是"0"位還是"1"位。所述目標(biāo)多核苷酸可以被設(shè)計(jì)成包括內(nèi)部參照，其將被編碼至光學(xué)基片上。WO-A-2006/092588描述了將內(nèi)部參照摻入到多核苷酸中，所述文獻(xiàn)的內(nèi)容通過引用的方式納入本文。通過存在于光學(xué)基片上的寡核苷酸來檢測(cè)所述"參照序列"，并且將所述參照序列與多核苷酸之間的相互作用編碼至基片上。所述參照序列可用于鑒別序列信息的起點(diǎn)，這可用在最終讀出步驟中以使得所述讀出技術(shù)開始掃描。所述對(duì)照序列還可用于質(zhì)量控制，以確保已經(jīng)進(jìn)行了正確的測(cè)序?？梢允褂妙A(yù)制的預(yù)形成有凹坑和平坦區(qū)的光盤來進(jìn)行對(duì)目標(biāo)聚合物的不同特征的測(cè)定。將所述目標(biāo)定位于具有凹坑和平坦區(qū)的光學(xué)基片上，并且進(jìn)行下述步驟(i)進(jìn)行一系列反應(yīng)以獲取所述目標(biāo)分子的不同特定特征的信息，其中每個(gè)所述反應(yīng)均發(fā)生在不同的凹坑中；(ii)對(duì)所述光學(xué)基片進(jìn)行處理以修改那些其中已經(jīng)發(fā)生了反應(yīng)的凹坑，又或者修改那些其中尚未發(fā)生反應(yīng)的凹坑，以改變所述凹坑的反射特征；(iii)測(cè)量所述凹坑中的反射率，從而測(cè)定所述目標(biāo)的不同特征。通過使所述目標(biāo)分子與另一分子反應(yīng)來進(jìn)行步驟(i)，所述另一分子在目標(biāo)分子具有特定特征時(shí)會(huì)與其結(jié)合?？梢酝ㄟ^在反應(yīng)之前或之后使金屬顆粒與所述另一分子結(jié)合來將金屬顆粒定位在凹坑處或凹坑內(nèi)。所述金屬顆粒的作用是指導(dǎo)金屬增強(qiáng)，從而選擇性地在那些含有反應(yīng)分子的凹坑處或凹坑中沉積一層金屬層?？梢允菇饘兕w粒與所述另一分子結(jié)合，從而使得在所述另一分子與目標(biāo)結(jié)合時(shí)將其定位?；蛘?，如果所述另一分子被固定在凹坑中，并且所述目標(biāo)被引入到盤上以與所述另一分子反應(yīng)，則可以使用所述金屬顆粒來標(biāo)記所述目標(biāo)。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述金屬顆粒是在目標(biāo)和所述另一分子之間反應(yīng)之后加入的。例如，如果所述目標(biāo)為多核苷酸并且所述另一分子為引物序列，則可是進(jìn)行聚合物17酶反應(yīng)以將標(biāo)記的核苷酸摻入到新生鏈上。這僅在已經(jīng)發(fā)生結(jié)合反應(yīng)時(shí)才會(huì)發(fā)生。結(jié)果應(yīng)該是改變了那些其中已經(jīng)發(fā)生了反應(yīng)的凹坑?？梢詫?duì)光盤進(jìn)行進(jìn)一步修改，以便從那些并未發(fā)生反應(yīng)的凹坑中移除反射層。如上文所述，這可以通過濕法蝕刻來實(shí)現(xiàn)。或者，可以在進(jìn)行反應(yīng)前移除所有凹坑中的反射層。在反應(yīng)之后，"讀"光盤以提供那些其中已經(jīng)發(fā)生反應(yīng)的凹坑和其中并未發(fā)生反應(yīng)的凹坑的信號(hào)讀出。在一個(gè)實(shí)施方案中，可通過首先將多個(gè)寡核苷酸探針固定在基片上來獲取多核苷酸的信息。所述寡核苷酸均是特異性針對(duì)所述多核苷酸的特定序列的，并且因此可以特異性地結(jié)合至所述多核苷酸的特定序列，即不會(huì)發(fā)生錯(cuò)配。對(duì)于獲取多核苷酸設(shè)計(jì)聚合體的信息的情況，將所述寡核苷酸排列在基片上，并且知道每個(gè)0位或1位的共有的"位"序列。如圖2所示，0和1位的寡核苷酸均存在于基片上的不同部分。與所述多核苷酸上各個(gè)序列互補(bǔ)的寡核苷酸將會(huì)雜交。因此，僅僅那些與所述多核苷酸完全互補(bǔ)的寡核苷酸才會(huì)全部雜交?？梢允褂萌魏纬Ｒ?guī)技術(shù)來將所述寡核苷酸置于光盤之上。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，可以通過使寡核苷酸具有一個(gè)與多核苷酸(第二多核苷酸)雜交的區(qū)域放置所述寡核苷酸，所述多核苷酸被吸收到光學(xué)基片的表面上并且以基本線性的結(jié)構(gòu)排列。這在圖2中示出。所述第二多核苷酸具有確定的序列，意在使得所述寡核苷酸雜交至基片上的特定已知區(qū)域處，同時(shí)不容許發(fā)生與目標(biāo)多核苷酸的交叉雜交?？梢允褂帽绢I(lǐng)域技術(shù)人員已知的技術(shù)來將所述第二多核苷酸置于基片表面之上。具體地，使用GuanandLee，PNAS，2005;102:18321-18325中公開的分子梳技術(shù)的變化方案來將所述第二多核苷酸置于基片之上，該文獻(xiàn)的內(nèi)容以援引的方式納入本說明書。在該技術(shù)中，可以將大的多核苷酸分子以高度有序的結(jié)構(gòu)排列，以形成伸展的納米序列陣列。為實(shí)現(xiàn)梳理，使DNA溶液流進(jìn)基片表面。在本發(fā)明中，所述基片表面包括定位于特定位點(diǎn)處的不連續(xù)的單個(gè)(第二)多核苷酸。這可以通過以下方式來實(shí)現(xiàn)，即使用與GuanandLee中DNA的量相比稀得多的量的DNA。對(duì)于技術(shù)人員來說，用于連接第二多核苷酸的其他方法將是顯而易見的。為進(jìn)行所述梳理步驟，可能需要將所述DNA(聚合物)的末端區(qū)域錨定到載體表面上。優(yōu)選地，在梳理之后，錨定所述DNA(聚合物)的每個(gè)末端?？梢酝ㄟ^以下方式來實(shí)現(xiàn)錨定，即使用常規(guī)化學(xué)來在所述DNA和載體表面之間產(chǎn)生共價(jià)連接。在一個(gè)實(shí)施方案中，末端區(qū)域的錨定發(fā)生在所述基片上特定位置處的一個(gè)孔中。所述孔可具有適合的連接分子以產(chǎn)生錨定。通過這種方式，可以預(yù)先確定所述DNA分子在基片上的位置。所述第二多核苷酸應(yīng)為任何適合的大小，通常大小為50KB至300KB，更優(yōu)選的大小為約200KB。對(duì)于研究設(shè)計(jì)聚合物多核苷酸的情況，設(shè)計(jì)所述第二多核苷酸使得代表每個(gè)"位"序列(0和1)的寡核苷酸可以在所述目標(biāo)多核苷酸的每個(gè)位處雜交。因此，與所述第二多核苷酸雜交的寡核苷酸將會(huì)被正確地排列到基片上，以使得可以正確地表征寡核苷酸與所述目標(biāo)多核苷酸之間的相互作用，從而顯示所述目標(biāo)多核苷酸的序列以及該序列相對(duì)于其他被鑒別序列的位置?！┮呀?jīng)制備了基片，則使所述目標(biāo)多核苷酸與其接觸，使得所述目標(biāo)與所述寡核苷酸之間的反應(yīng)得以進(jìn)行。可以使用任何適合的方法使所述目標(biāo)多核苷酸與基片/寡核苷酸接觸。在一個(gè)實(shí)施方案中，使用滾環(huán)擴(kuò)增來在基片表面上合成所述目標(biāo)多核苷酸。WO-A-2008/032058中對(duì)此進(jìn)行了描述，其內(nèi)容通過引用的方式納入本文。滾環(huán)擴(kuò)增包括通過在互補(bǔ)引物(內(nèi)部寡核苷酸)上進(jìn)行聚合酶延伸來擴(kuò)增環(huán)狀DNA即"所述設(shè)計(jì)聚合物"。該過程生成所述環(huán)狀DNA的連環(huán)化拷貝。這在圖2中示出。所得的"超級(jí)設(shè)計(jì)聚合物"意在使所述"位"序列之間的分離更大，使得可以利用基片表面上的分隔開的寡核苷酸來獲得所述位序列的信息。例如，可以利用第一寡核苷酸來獲得所述設(shè)計(jì)聚合物的拷貝1中的第一位序列的信息(0和1)。在所述設(shè)計(jì)聚合物的拷貝2中獲得所述第二位序列的信息，等等。因此，可以將所述寡核苷酸很好地分離，使得可以在后續(xù)的編碼步驟中實(shí)現(xiàn)更好的區(qū)分。該過程的下一步是改變基片以使其編碼關(guān)于所述多核苷酸(目標(biāo)多核苷酸)和所述寡核苷酸之間結(jié)合事件的信息。這通常可以很容易地通過以下的方式來實(shí)現(xiàn)，即改變每個(gè)結(jié)合相互作用位點(diǎn)處的反射層，以使得相互作用位點(diǎn)處的反射層被破壞，但是在那些對(duì)應(yīng)于未結(jié)合寡核苷酸的位點(diǎn)處的反射層未發(fā)生改變。這可以通過各種方式來實(shí)現(xiàn)。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，當(dāng)使用寡核苷酸來獲取所述目標(biāo)多核苷酸的信息時(shí)，對(duì)那些與所述多核苷酸結(jié)合的寡核苷酸進(jìn)行標(biāo)記，并且標(biāo)記物可以與反射層相互作用以例如通過降解來破壞反射層。這在圖3和4中示出；其中所述標(biāo)記為可以與銀反射層相互作用以在確定位點(diǎn)腐蝕銀層的金顆粒。如圖3中所示，可將所述標(biāo)記物直接連接到所述寡核苷酸上或者經(jīng)由連接分子將其栓在所述寡核苷酸上?？梢栽谒鱿嗷プ饔玫墓押塑账崤c所述目標(biāo)多核苷酸雜交后，將所述標(biāo)記物引入到所述寡核苷酸上。因此，所述寡核苷酸可以包括能夠在后續(xù)步驟中捕獲標(biāo)記物的親和分子。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述寡核苷酸包括可供與所述多核苷酸相互作用(獲取信息)的末端，其中在與所述多核苷酸雜交時(shí)，所述末端在相鄰的位置處雜交。這容許使用連接酶來連接所述末端以產(chǎn)生環(huán)狀寡核苷酸。那些未與所述多核苷酸完全互補(bǔ)的寡核苷酸不能通過連接酶來連接，并且因此所述末端會(huì)暴露在后續(xù)的核酸酶攻擊下。后續(xù)核酸酶反應(yīng)的目的在于從基片上移除那些未與所述多核苷酸完全互補(bǔ)的寡核苷酸。在上述實(shí)施方案中，該過程使得用戶可以在每個(gè)位處區(qū)分"0"和"1"位?？梢允褂贸Ｒ?guī)方法來進(jìn)行核酸酶降解?？梢允褂眠m合的外切酶(例如ExoI和ExoII)來降解未連接的寡核苷酸。所述反應(yīng)方法可如Szemesetal;NucleicAcidsRes.，2005;33(8):70中所述，所述文獻(xiàn)的內(nèi)容通過引用的方式納入本文。在與所述多核苷酸反應(yīng)之前，可以提供帶有親和標(biāo)簽的寡核苷酸，以使得隨后可以連接用于降解反射層的標(biāo)記物。例如，可以提供帶有一個(gè)或多個(gè)生物素分子的寡核苷酸。然后，生物素可以在隨后標(biāo)記步驟中與其親和配偶體抗生物素蛋白或抗生物素蛋白鏈菌素反應(yīng)，所述親和配偶體連接到用于降解反射層的標(biāo)記物上。移除那些未與所述多核苷酸反應(yīng)的寡核苷酸提供了一種用于使得所述降解標(biāo)記物僅連接到相互作用的特定區(qū)域的便捷方法。所述降解標(biāo)記物的后續(xù)連接使得可以降解反射層，從而改變光學(xué)基片以編碼關(guān)于所述目標(biāo)多核苷酸的有用信息?！N降解反射層的方法是利用電偶腐蝕，籍此當(dāng)接觸時(shí)一種金屬(標(biāo)記物)會(huì)腐蝕另一種金屬(反射層)。可以使用適合的電化學(xué)條件來實(shí)現(xiàn)所述降解。當(dāng)所述兩種金屬在存在電極的條件下接觸時(shí)，由于金屬上的不同電極電勢(shì)而產(chǎn)生電流反應(yīng)。電極提供了一種離子遷移的手段，籍此金屬離子可以從陽極移動(dòng)至陰極，導(dǎo)致陽極金屬腐蝕。在本發(fā)明中，可以使用金納米顆粒作為所述寡核苷酸上的標(biāo)記物，并且可使用銀作為反射層。在接觸時(shí)，在適合的電極中，將會(huì)發(fā)生銀層的腐蝕，對(duì)應(yīng)于那些寡核苷酸與目標(biāo)多核苷酸反應(yīng)的位點(diǎn)。這在圖4中示出。金納米顆粒通常的大小為直徑約5nm，經(jīng)由連接分子以及生物素/抗生物素蛋白鏈菌素鍵連接到寡核苷酸上。所述連接分子將具有適合的大小以使得所述金可以在確定區(qū)域內(nèi)與反射層接觸。待進(jìn)行的反應(yīng)可以在盤的凹槽中發(fā)生。可以使用任何常規(guī)手段來在反應(yīng)之前將聚合物或其它試劑放置到凹槽中。如上文所述，對(duì)DNA來說，可以使用分子梳技術(shù)來排列DNA。在另一個(gè)實(shí)施方案中，可以將功能化的納米珠以確定排列形式放置到基片之上，提供了便利的聚合物結(jié)合位點(diǎn)。例如，Yinetal，J.Am.Chem.Soc.2001;123(3b):8717-8729(其內(nèi)容通過引用的方式納入本文)公開了一種可借助其來將膠體顆粒聚集到具有確定大小(well-defined)聚集體中的技術(shù)。這可以通過以下方式來實(shí)現(xiàn)，即使用一種布置成某種圖案的光致抗蝕劑(patternedphotoresist)，通過使納米顆粒在液體流中流過所述光致抗蝕劑來將所述納米顆粒限制在光致抗蝕劑中。目前許多組織使用該系統(tǒng)來基于預(yù)制凸紋圖案在基片表面上產(chǎn)生物理模板，以指揮和引導(dǎo)膠體顆粒的生長。下列文獻(xiàn)公開了適合的技術(shù)Y.N.Xiaetal.，Adv.Funct.Mater.，13(2003)，907;A.vanBlaaderenetal.，F(xiàn)arad.Disc.，123(2003)，107;A.vanBlaaderen，Mat.Res.Soc.Bull.，29(2004)，85;A.vanBlaaderenetal.，Nature,385(1997)，321;J.P.Hoogenboometal.，NanoLett.，4(2004)，205;禾口K.H.Linetal.，Phys.Rev.Lett.，85(2000)，1770(上述每篇文獻(xiàn)的內(nèi)容均通過引用的方式納入本文)。本發(fā)明可以利用這些技術(shù)來在基片表面上明確的位置中提供功能化的小珠，所述小珠的作用是作為所述聚合物或其它試劑的連接點(diǎn)。在一個(gè)實(shí)施方案中，如圖9和10中所示，基片中凹槽在確定的位置有凹口(indent)以整合進(jìn)一個(gè)或多個(gè)納米珠。所述納米珠在離心力下流過基片，以使得所述納米珠被包埋到凹口中。—旦所述納米珠處于適合的位置，它們即發(fā)揮作用經(jīng)由功能化連接分子結(jié)合聚合物(或其它試劑)或者拴住所述聚合物(或其它試劑)。在梳理技術(shù)中，這有益于將聚合物正確地排列到基片表面之上。除可用于排列聚合物之外，所述納米珠還可以用于生成含有多個(gè)寡核苷酸拷貝的局部區(qū)域，例如生成寡核苷酸的局部自組裝單層。這在圖11中示出。如圖11中所示，可以使用納米珠將DNA分子(例如沿一個(gè)凹槽)排列到基片之上，然后所述DNA分子可以在基片上特定位置與各個(gè)寡核苷酸結(jié)合以獲取信息?？梢灾苽涿總€(gè)寡核苷酸的拷貝，并且利用常規(guī)化學(xué)(例如經(jīng)由親和相互作用)將其定位。例如如上文所述，然后可以使用所述經(jīng)定位的寡核苷酸來獲取目標(biāo)的信息。如上文所述，DNA的每個(gè)經(jīng)定位的組均可限定目標(biāo)上的一個(gè)特定序列或"位"區(qū)域。圖ll還示出了另一個(gè)方案，其中可以利用額外的功能化小珠來將寡核苷酸的拷20貝排列到基片表面上。如圖12中所示，所述被包埋的小珠可用于錨定第一個(gè)較大的"定位"小珠。所述定位小珠被定位于盤的凹槽中。移除未結(jié)合的小珠，然后引入第二個(gè)小珠并且將其錨定到第一個(gè)定位小珠上(如圖13中所示)。所述第一和第二小珠具有親和分子，所述親和分子使得小珠相繼排列。以相同方式加入額外的小珠，同時(shí)移除未結(jié)合的小珠(如圖14中所示)。將所述小珠功能化以使得在對(duì)應(yīng)于每個(gè)小珠的區(qū)域形成自組裝單層。因此，通過控制小珠的順序和類型，可以產(chǎn)生確定的寡核苷酸單層(如圖14中所示)。圖15c示出了使用納米珠來錨定DNA分子，隨后通過梳理來排列所述DNA。圖15(a)和(b)中示出了其他梳理方法，其中DNA連接到基片上預(yù)制的其他結(jié)構(gòu)上?？梢允褂盟鼋Y(jié)構(gòu)來排列所述聚合物(DNA)，籍此將所述聚合物錨定到結(jié)構(gòu)的一側(cè)，并且通過流體溶液的作用使其在結(jié)構(gòu)的表面從一側(cè)向另一側(cè)排列。在另一種梳理技術(shù)中，可以將盤的各個(gè)凹槽或區(qū)域置于密封的環(huán)境中，并且選擇性地進(jìn)行開封以進(jìn)行梳理。梳理之后，再次密封所述凹槽或區(qū)域，以使得可以對(duì)其他凹槽/區(qū)域進(jìn)行梳理?！┧龌呀?jīng)被編碼上信息，則可以使用標(biāo)準(zhǔn)的光讀取器來讀取基片。這些在本領(lǐng)域中是公知的。還可以使用定制的讀取器，例如帶有多個(gè)激光或改進(jìn)的信號(hào)處理硬件。應(yīng)該意識(shí)到，可使用根據(jù)各種標(biāo)準(zhǔn)(CD、DVD和HD-DVD)的光盤和對(duì)應(yīng)的讀取器硬件來實(shí)現(xiàn)本發(fā)明。使用時(shí)，通過使激光入射到金屬表面或軌道中的其他結(jié)構(gòu)來讀取盤。所述激光被選擇性地從金屬表面反射，使得在已經(jīng)移除了表面的區(qū)域中，激光被散射而非被鏡面反射。安排置于適當(dāng)位置的檢測(cè)器來監(jiān)測(cè)在盤旋轉(zhuǎn)時(shí)接收到的從表面選擇性反射的光，并且因此產(chǎn)生電輸出信號(hào)。放大信號(hào)并且利用適合的電子儀器對(duì)其進(jìn)行整形。通過對(duì)信號(hào)波形進(jìn)行整形來使信號(hào)清楚以進(jìn)行后續(xù)處理。為改善信號(hào)質(zhì)量并且將少錯(cuò)誤，因此需要改變波整形電子儀器。在對(duì)信號(hào)進(jìn)行整形之后，進(jìn)行解調(diào)并且將其輸出至數(shù)字-模擬轉(zhuǎn)換器以進(jìn)行下游處理。任選地，可以對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行錯(cuò)誤檢測(cè)和修正過程?？墒褂迷S多不同的技術(shù)來達(dá)到該目的，但是這些技術(shù)可能不同于盤讀取器所用的標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)，因?yàn)樵诠獗P表面放置了聚合物。但是，可將所述聚合物以預(yù)定的方式排列，以便可以使用錯(cuò)誤檢測(cè)和修正技術(shù)，例如與校驗(yàn)位或奇偶檢驗(yàn)位組合使用。由于存在多種用于光盤的標(biāo)準(zhǔn)編碼格式(例如NRZ和NRZI)，可以在這些與所述設(shè)計(jì)聚合物編碼之間進(jìn)行簡單的軟件轉(zhuǎn)化，以與所使用的硬件相符合。為了解譯所生成的數(shù)據(jù)，可以直接使用常規(guī)HDDVD光驅(qū)的光頭。但是，需要將所述驅(qū)動(dòng)器的讀通道與通過測(cè)試點(diǎn)由該光驅(qū)產(chǎn)生的總和信號(hào)斷開?？梢詫⑦@些信號(hào)輸入到檢測(cè)器中，所述檢測(cè)器可以解譯出反射率的變化。在一個(gè)特別優(yōu)選的實(shí)施方案中，將激光直接投射到光盤的底部，即激光首先穿過透明材料，然后射到反射材料上。使用置于光盤底部的檢測(cè)器來測(cè)量反射率。因此，激光從未進(jìn)入所述分析物室或凹坑，換言之，相對(duì)于所述激光和激光檢測(cè)器，所述分析物位于光盤的另一側(cè)。已經(jīng)發(fā)現(xiàn)這是有好處的，因?yàn)楣獗P的上表面或其上的介質(zhì)含有污染或具有各種折射率的材料，所述污染或具有各種折射率的材料可能會(huì)干擾信號(hào)或激光束的聚焦。此外，在某些情況下，存在位于光盤的頂部上的微流室。這種微流室可能會(huì)含有具有各種光學(xué)性質(zhì)的物理結(jié)構(gòu)，導(dǎo)致對(duì)激光束的擾動(dòng)或干擾。下述實(shí)施例舉例說明了本發(fā)明21實(shí)施例1讀取生物分子中編碼的信息時(shí)使用的帶有凹坑的光盤制備光盤，用于讀出生物分子中編碼的信息。采用用于光學(xué)介質(zhì)(如CD和DVD)的標(biāo)準(zhǔn)制備方法和儀器(光盤生產(chǎn)線)來制備原始盤(rawdisc)，由聚碳酸酯基片、反射層和染料涂層構(gòu)成。首先使用標(biāo)準(zhǔn)HDDVD生產(chǎn)線(E-Jet注塑機(jī))的注塑模件來制備0.6mm厚的HDDVD聚碳酸酯基片。制備帶有標(biāo)準(zhǔn)凹槽結(jié)構(gòu)的HDDVD基片。使用光盤和半導(dǎo)體工業(yè)中使用的標(biāo)準(zhǔn)濺鍍方法將25nm厚的ZnS_Si02介電反射層濺鍍到聚碳酸酯基片上。將光活性染料聚合物涂料(IgaphourUltragreenCD-Rdye，Ciba)旋轉(zhuǎn)涂覆到介電薄膜上，在產(chǎn)生一層凹槽中為40nm厚并且在凹槽之間的平坦區(qū)上為6nm厚的薄膜。使用ODU-1000(ManualType)光盤驅(qū)動(dòng)器單元(PulstecIndustrial，Co.)燒(燒蝕)盤。通常使用設(shè)置為12mW的ODU-100光盤驅(qū)動(dòng)器的405nm激光來將盤燒成帶有由周期性重復(fù)的凹坑和平坦區(qū)構(gòu)成的圖案，通常3-6T長的凹坑間隔有6-llT的平坦區(qū)。HDDVD最小凹坑長度為2T，相當(dāng)于0.204ym。在激光遠(yuǎn)端的反射層中形成凹坑，穿過聚碳酸酯和反射層，導(dǎo)致在暴露于激光照射的位置處的染料被燒蝕，在染料中形成物理凹坑。移除染料后，暴露出凹坑底部的介電反射層，同時(shí)凹坑的凹坑底部沒有顯著量的染料殘余。實(shí)施例2在帶有凹坑特征的光盤上對(duì)生物分子進(jìn)行銀增強(qiáng)使用帶有凹坑的光盤將生物分子結(jié)合到盤表面，然后進(jìn)行銀增強(qiáng)處理以在生物分子的位置處形成銀，所述光盤由聚碳酸酯基片、ZnS-Si02反射層和Ultragreen染料構(gòu)成。生物分子1:帶有熒光團(tuán)和lnmAu顆粒的抗生物素蛋白鏈菌素為了說明光盤上的銀增強(qiáng)，使用標(biāo)記有l(wèi)nmAu的抗生物素蛋白鏈菌素(SA_Au)作為測(cè)試分子。還是由生產(chǎn)商提供的熒光團(tuán)來標(biāo)記SA-Au(FluoroNanogold-Str印tavidin-Alexa，Cat#7316，Invitrogen)，以用于利用熒光顯微鏡來檢測(cè)所述生物分子。將5ill濃度為7*1011分子/ml的SA_Au溶液滴置于盤的染料涂層上，用所述生物分子孵育盤表面。在孵育75分鐘后，將盤用MilliQ水沖洗，然后干燥。利用熒光顯微鏡進(jìn)行的觀察顯示SA-Au分子連接至表面上，并且SA-Au均勻地分布于盤表面。將用SA-Au孵育的盤區(qū)域以及一個(gè)未用SA-Au孵育的周圍區(qū)域與銀增強(qiáng)溶液(Prod#L24929，Invitrogen)接觸。將銀增強(qiáng)溶液在盤上留置20分鐘，然后用MilliQ水沖洗，在然后將盤干燥。所述銀增強(qiáng)過程在用SA-Au孵育的區(qū)域中導(dǎo)致銀沉積，但是在未用SA-Au孵育的區(qū)域中未導(dǎo)致銀沉積。結(jié)果表明銀沉積特異性地發(fā)生在帶有金標(biāo)記的生物分子的區(qū)域中。還通過Veeco的Dimension系統(tǒng)原子力顯微鏡來研究在帶有Ultragreen染料和凹坑特征的盤上進(jìn)行銀增強(qiáng)過程后的結(jié)果(圖20)。除用光學(xué)顯微鏡觀察之外，AFM研究顯示了銀增強(qiáng)后在生物分子(SA-Au)位置處的特異性銀沉積。在AFM照片中，銀似乎是由銀粒構(gòu)成的顆粒物質(zhì)，并且在進(jìn)行銀增強(qiáng)后僅在帶有SA-Au的區(qū)域中發(fā)現(xiàn)銀粒(圖20c、d)。圖20a)示出了生物分子孵育或銀增強(qiáng)處理?？梢钥吹奖P中的凹槽，并且染料涂層是平滑的。b)示出了在凹槽中燒出凹坑會(huì)導(dǎo)致凹坑中的染料涂層被移除。該表面未與生物分子接觸或者未受到銀增強(qiáng)。c)示出了與銀增強(qiáng)溶液接觸但未用SA-Au孵育的帶有凹坑的區(qū)域。未檢測(cè)到銀。d)示出了用SA-Au孵育，然后與銀增強(qiáng)溶液接觸的區(qū)域。處理的結(jié)果為獲得被小銀粒所涂覆的表面，看上去似乎是盤表面上的粗燥背景。銀粒同時(shí)覆蓋了平坦區(qū)和凹坑。生物分子2:用抗生物素蛋白鏈菌素和lOnmAu顆粒標(biāo)記的多生物素化DNA使用生物化學(xué)中的標(biāo)準(zhǔn)偶聯(lián)方案和純化方法，將用lOnmAu顆粒標(biāo)記的抗生物素蛋白鏈菌素(Prod#S9059，Sigma)與多生物素化DNA偶聯(lián)(DNA-SA-Au)。首先按照供應(yīng)商的推薦用多聚賴氨酸(PLL)(Prod#P4832，Sigma)涂覆所述盤的染料涂層，然后將DNA-SA-Au孵育到PLL處理的Ultragreen染料涂層上，所述DNA-SA-Au形式為濃度為1.8X1012分子/ml的5ill液滴。作為陰性對(duì)照，將所述盤用5ill的MilliQ水滴、多生物素化DNA孵育，并且使用SA-Au溶液作為陽性對(duì)照。在孵育75分鐘后，將盤用MilliQ水沖洗，然后干燥。然后將盤用銀增強(qiáng)溶液處理20分鐘，隨后沖洗并且干燥所述盤。所述銀增強(qiáng)過程導(dǎo)致在DNA-SA-Au(圖21c)和(圖21d)孵育的位置處形成銀沉積，可見到所述孵育液滴形狀的灰變。在用MilliQ水(圖21a)或多生物素化DNA(圖21b)孵育的區(qū)域處未檢測(cè)到銀沉積。實(shí)施例3使用染料涂層和銀作為蝕刻封閉劑，蝕刻凹坑中的反射層首先使用光盤生產(chǎn)線生產(chǎn)帶有HDDVD聚碳酸酯基片、25nm厚ZnS_Si02反射層和Ultragreen染料涂層的光盤，然后將加上凹坑圖案。使用間隔14T平坦區(qū)的標(biāo)準(zhǔn)6T凹坑脈沖以半標(biāo)準(zhǔn)寫速(0.5X，相當(dāng)于3.3m/s)來使凹坑暴露，產(chǎn)生實(shí)際間隔7T平坦區(qū)的3T凹坑。由于局部燒蝕穿過染料涂層，導(dǎo)致凹坑暴露出下面的反射層，使得蝕刻劑可以接觸到反射層。為進(jìn)行蝕刻，使盤表面與1%的H3P04溶液接觸60秒，然后將其用MilliQ水沖洗并且干燥。對(duì)蝕刻前后的凹坑進(jìn)行的AFM研究表明移除了凹坑中的介電反射層(圖22)，同時(shí)染料涂層保持完整，起到了蝕刻掩模的作用。還將與圖22d中示出的銀涂層類似的銀涂層與1%的!1304蝕刻劑接觸，但是通過光學(xué)顯微鏡或AFM未檢測(cè)到對(duì)銀的作用。實(shí)施例4使用光盤驅(qū)動(dòng)器來區(qū)分帶有銀沉積和不帶有銀沉積的凹坑備選實(shí)施例1:當(dāng)蝕刻未封閉的凹坑中的反射層并且讀出時(shí)用銀作為蝕刻封閉劑制備帶有25nm厚ZnS_Si02反射層和Ultragreen染料涂層的HDDVD聚碳酸酯基片，然后加上凹坑圖案。使用間隔14T平坦區(qū)的標(biāo)準(zhǔn)6T凹坑脈沖以半標(biāo)準(zhǔn)寫速(3.31m/s)暴露凹坑，產(chǎn)生間隔7T平坦區(qū)的3T凹坑。將一滴大小約為2-3mm的SA_Au液滴(與實(shí)施例2中所述的條件相同)置于盤上，以將SA-Au局部連接到盤表面上。將所述液滴在盤上保留75分鐘，然后將其用MilliQ水洗掉，并且將盤干燥。然后將SA-Au涂覆區(qū)域以及周圍區(qū)域(大小為數(shù)厘米)用銀增強(qiáng)溶液處理20分鐘。所述銀增強(qiáng)導(dǎo)致在帶有SA-Au的區(qū)域中產(chǎn)生可見的銀沉積。使用銀沉積作為用于防止銀涂覆凹坑中的反射層被蝕刻的蝕刻封閉物。通過用1%的H3P04蝕刻劑覆蓋包含SA-Au的區(qū)域以及銀增強(qiáng)區(qū)域60秒，來完成蝕刻。然后將盤用MilliQ水沖洗并且干燥。23當(dāng)使用0DU-1000(ManualType)光盤驅(qū)動(dòng)單元(PulstecIndustrial,Co.)以正常速度(1X，相當(dāng)于6.61m/s)讀取盤上軌道時(shí)，對(duì)比經(jīng)蝕刻凹坑的反射率與用銀封閉的凹坑的反射率。所述軌道穿過經(jīng)蝕刻區(qū)域、帶有銀的區(qū)域以及未被蝕刻或未帶銀區(qū)域。首先，經(jīng)蝕刻凹坑的示波器軌跡顯示，與帶有完整介電反射層(未被蝕刻)的凹坑相比，反射率明顯下降(圖23)。此外，銀覆蓋平坦區(qū)的反射率低于未被銀覆蓋的平坦區(qū)的反射率(圖23)。圖23和24的總和信號(hào)在表1中示出，表明可以在單個(gè)凹坑水平上對(duì)帶有銀的凹坑和不帶有銀的凹坑進(jìn)行區(qū)分。總和信號(hào)備選實(shí)施例1<table>tableseeoriginaldocumentpage24</column></row><table>表1:帶有經(jīng)蝕刻反射層的凹坑以及帶有銀封閉層和完整反射層的凹坑的平均總和信號(hào)。當(dāng)用銀覆蓋時(shí)，平坦區(qū)和凹坑的總和信號(hào)均下降。備選實(shí)施例2:完整反射層上的銀沉積以與備選實(shí)施例1中相同的方式制備帶有凹坑的盤，包括SA-Au孵育，以及隨后的銀增強(qiáng)，但不包括所述蝕刻過程。使用0DU-1000(ManualType)光盤驅(qū)動(dòng)單元從帶有銀沉積的區(qū)域(圖25)和不帶有銀沉積的區(qū)域(圖26)收集反射數(shù)據(jù)。與不帶銀的凹坑和平坦區(qū)相比，當(dāng)加入銀時(shí)，凹坑和平坦區(qū)中的反射率均會(huì)下降?？梢栽趩蝹€(gè)平坦區(qū)或凹坑水平上檢測(cè)到平坦區(qū)和凹坑中反射率變化(圖25和26)。凹坑和平坦區(qū)的平均總和信號(hào)在表2中示出，表明可以在單個(gè)凹坑水平上對(duì)帶有銀的凹坑和不帶有銀的凹坑進(jìn)行區(qū)分?？偤托盘?hào)備選實(shí)施例2<table>tableseeoriginaldocumentpage24</column></row><table>表2:帶有銀的具備完整反射層的凹坑和不帶有銀的具備完整反射層的凹坑的總和信號(hào)備選實(shí)施例3:在孵育和銀沉積之前蝕刻反射層以與備選實(shí)施例1中所述相同的方式制備帶有凹坑的盤，所述盤由聚碳酸酯基片、反射層和染料涂層構(gòu)成。與圖22中所示的方法類似，然后通過將1%的!1304蝕刻劑溶液加入至盤表面留置60秒來蝕刻所述盤，導(dǎo)致所有與所述蝕刻劑接觸的凹坑中反射層均被移除。然后將所述盤的一個(gè)小區(qū)域用1Pl的SA-Au溶液液滴孵育，所述SA-Au溶液與備選實(shí)施例1中示出的溶液類似。使用0DU-1000(ManualType)光盤驅(qū)動(dòng)器單元來收集帶有銀沉積的區(qū)域和不帶有銀沉積的區(qū)域的反射數(shù)據(jù)(圖27)。與不帶有銀的凹坑和平坦區(qū)相比，當(dāng)在表面上存在銀時(shí)，凹坑和平坦區(qū)中的反射率均會(huì)下降?？稍趩蝹€(gè)平坦區(qū)或凹坑水平上檢測(cè)到平坦區(qū)和凹坑中的反射率變化(圖27)。圖27的平均總和信號(hào)在表3中示出，證明了可以在單個(gè)凹坑水平上區(qū)分帶有銀的凹坑和不帶有銀的凹坑?？偤托盘?hào)備選實(shí)施例3<table>tableseeoriginaldocumentpage25</column></row><table>表3:不帶有銀的不具備反射層的凹坑和帶有銀的不具備反射層的凹坑的總和《號(hào)權(quán)利要求一種光學(xué)可讀基片，包括透明固體基片，其上表面上置有一種反射材料，還包括一層涂覆在所述反射材料的上表面之上并且可以燒蝕的化合物層。2.權(quán)利要求1所述的基片，其中所述化合物是耐蝕刻的。3.權(quán)利要求1或2所述的基片，其中所述化合物為染料。4.權(quán)利要求3所述的基片，其中所述染料為Ultragreen。5.前述權(quán)利要求任一項(xiàng)所述的基片，其中所述化合物層中形成凹坑，且在所述凹坑中暴露出所述反射層。6.權(quán)利要求1至4任一項(xiàng)所述的基片，其中所述化合物層和對(duì)應(yīng)的反射層中形成凹坑以在所述凹坑中暴露出所述透明基片。7權(quán)利要求5或6所述的基片，其中將聚合物分子固定在一個(gè)或多個(gè)所述凹坑中。8.權(quán)利要求7所述的基片，其中所述聚合物分子為多核苷酸。9.權(quán)利要求7或8所述的基片，其中所述聚合物分子具有結(jié)合于其上的親和配偶體。10.權(quán)利要求9所述的基片，當(dāng)其從屬于權(quán)利要求5時(shí)，其中帶有結(jié)合于所述聚合物分子上的親和配偶體的那些凹坑具有被損壞的反射層。11.權(quán)利要求9或10所述的基片，其中所述親和配偶體具有一個(gè)或多個(gè)連接于其上的金屬顆粒。12.權(quán)利要求9所述的基片，當(dāng)從屬于權(quán)利要求5時(shí)，其中不含結(jié)合于所述聚合物分子上的親和配偶體的那些凹坑具有損壞的反射層。13.權(quán)利要求9至12任一項(xiàng)所述的基片，其中所述含有結(jié)合的親和配偶體的凹坑包括封閉所述凹坑的材料，由此防止所述凹坑底部與添加的試劑接觸。14.權(quán)利要求13所述的基片，其中所述封閉材料為金屬材料。15.—種光學(xué)可讀基片，包括一層反射層和一系列凹坑和平坦區(qū)，其中一個(gè)或多個(gè)凹坑包括結(jié)合有親和配偶體的聚合物分子，所述結(jié)合有親和配偶體的凹坑具有位于每個(gè)凹坑處或每個(gè)凹坑中的材料，其特征在于不具有所述親和配偶體的凹坑不具有反射層。16.—種光學(xué)可讀基片，包括一系列凹坑和平坦區(qū)，其中一個(gè)或多個(gè)凹坑包括結(jié)合有親和配偶體的聚合物分子，其中所述結(jié)合有親和配偶體的凹坑具有位于每個(gè)凹坑處或每個(gè)凹坑中的材料，其特征在于所述光學(xué)基片在所述凹坑底部不含有反射層。17.—種光學(xué)可讀基片，包括一層反射層和一系列凹坑和平坦區(qū)，其中一個(gè)或多個(gè)凹坑包括結(jié)合有第二多核苷酸的第一多核苷酸，所述帶有第一和第二多核苷酸的凹坑具有位于每個(gè)凹坑處或每個(gè)凹坑中的材料，其特征在于所述第一多核苷酸包括一系列序列單元，每個(gè)單元包括代表特定特征的多個(gè)核苷酸序列。18.—種光學(xué)可讀基片，包括以基本上線性的結(jié)構(gòu)定位于所述基片上不連續(xù)區(qū)域上的多核苷酸，其中多個(gè)寡核苷酸探針在不同區(qū)域連接至所述多核苷酸上。19.權(quán)利要求18所述的基片，其中所述多核苷酸具有一系列確定的序列單元，其中每個(gè)序列單元具有至少2個(gè)核苷酸。20.權(quán)利要求18或19所述的基片，其中所述寡核苷酸探針被親和標(biāo)簽標(biāo)記，以使得可以將那些與所述多核苷酸連接的寡核苷酸用可降解所述反射層的標(biāo)記物來加以標(biāo)記。21.—種光學(xué)可讀基片，包括一層反射層，所述基片還包括位于所述基片表面且連接有功能化納米顆粒的凹槽。22.權(quán)利要求21所述的基片，其中所述納米顆粒排列成許多確定的聚集體。23.權(quán)利要求21或22所述的基片，其中所述納米顆粒結(jié)合至聚合物分子上。24.權(quán)利要求21至23任一項(xiàng)所述的基片，其中所述凹槽包括其中放置了一個(gè)或多個(gè)納米顆粒的凹口區(qū)域。25.前述權(quán)利要求任一項(xiàng)所述的基片，其中所述基片為光盤。26.前述權(quán)利要求任一項(xiàng)所述的基片，其中所述反射層為介電層。27.權(quán)利要求15至17任一項(xiàng)所述的基片，其中所述反射層置于光學(xué)透明材料的上表面之上。28.權(quán)利要求27所述的基片，其中所述平坦區(qū)是由置于所述反射層上表面之上的化合物構(gòu)成，所述化合物能夠被燒蝕。29.權(quán)利要求15至17、27和28任一項(xiàng)所述的基片，其中所述位于凹坑處或凹坑中的材料為金屬材料。30.權(quán)利要求29所述的基片，其中所述金屬材料為銀。31.—種用于測(cè)定目標(biāo)分子的一種或多種特征的方法，所述目標(biāo)被定位于一種含有凹坑和平坦區(qū)的光學(xué)基片上，所述方法包括以下步驟(i)進(jìn)行一個(gè)或多個(gè)反應(yīng)以獲取所述目標(biāo)分子的特定特征信息，其中每個(gè)所述反應(yīng)均發(fā)生在不同的凹坑中；(ii)對(duì)所述光學(xué)基片進(jìn)行處理以修改那些其中已經(jīng)發(fā)生了反應(yīng)的凹坑，又或者修改那些其中尚未發(fā)生反應(yīng)的凹坑，以改變所述凹坑的反射特征；(iii)測(cè)量所述凹坑的反射率，從而測(cè)定所述目標(biāo)的一種或多種不同特征。32.權(quán)利要求31所述的方法，其中步驟(i)是通過以下方式實(shí)施只要所述目標(biāo)分子具有一種特定的特征，使所述目標(biāo)分子與一種結(jié)合至所述目標(biāo)分子的另一分子進(jìn)行反應(yīng)，將金屬顆粒定位于凹坑處或凹坑中，并且實(shí)施金屬強(qiáng)化以選擇性地在那些含有反應(yīng)分子的凹坑處或凹坑中沉積一層金屬層。33.權(quán)利要求31或32所述的方法，其中所述光學(xué)基片在凹坑底部包括一層反射層。34.權(quán)利要求33所述的方法，其中在步驟(ii)之后將其中已經(jīng)發(fā)生反應(yīng)的那些凹坑中的發(fā)射層移除。35.權(quán)利要求34所述的方法，其中所述反射層通過濕法蝕刻移除。36.權(quán)利要求31所述的方法，其中所述光學(xué)基片在凹坑底部不包括反射層。37.權(quán)利要求31至36任一項(xiàng)所述的方法，其中所述目標(biāo)分子為多核苷酸。38.權(quán)利要求37所述的方法，其中所述多核苷酸包括一系列序列單元，每個(gè)單元包括代表特定特征的多個(gè)核苷酸序列。39.權(quán)利要求31至38任一項(xiàng)所述的方法，其中所述凹坑系列代表二進(jìn)制數(shù)據(jù)。40.權(quán)利要求31至39任一項(xiàng)所述方法，其中所述基片包括第一光學(xué)透明固體材料層，其上表面置有一層反射層并且其中所述平坦區(qū)由有機(jī)化合物構(gòu)成。41.權(quán)利要求40所述的方法，其中所述基片為如權(quán)利要求15至17和27至30任一項(xiàng)所限定的基片。42.權(quán)利要求40或41所述的方法，其中對(duì)反射率的測(cè)量通過以下方式實(shí)現(xiàn)，即將一束激光束聚焦于所述透明基片層的底面，并且測(cè)量反射光。43.權(quán)利要求31至42任一項(xiàng)所述的方法，其中一個(gè)或多個(gè)所述凹坑包括固定于其中的寡核苷酸分子。44.權(quán)利要求31至43任一項(xiàng)所述的方法，其中所述凹坑通過燒蝕形成。45.權(quán)利要求31至44任一項(xiàng)所述的方法，用于測(cè)定目標(biāo)多核苷酸的序列。46.權(quán)利要求31至45任一項(xiàng)所述的方法，其中所述凹坑長度為100nm至5ym。47.—種用于測(cè)定分子的一系列特征的方法，包括使所述分子在具有反射層的光學(xué)基片表面上或表面處反應(yīng)，并且損壞或改變反應(yīng)處的反射層，從而編碼代表所述分子的反應(yīng)特征的所述光學(xué)基片上的可鑒別信號(hào)。48.權(quán)利要求47所述的方法，其中所述分子為聚合物。49.一種用于將聚合物特征的信息編碼到具有反射層的光學(xué)可讀基片上的方法，包括以下步驟i)將所述聚合物定位至所述基片的不連續(xù)區(qū)域上；ii)在不連續(xù)的位置獲得所述聚合物的信息；禾口iii)處理所述基片以使得所述反射層在所述獲取信息的位置處受到損壞或改變，又或者在未發(fā)生信息獲取的位置處受到損壞或改變。50.權(quán)利要求48或49所述的方法，其中所述聚合物為多核苷酸。51.權(quán)利要求50所述的方法，其中所述基片包括多個(gè)具有確定序列的寡核苷酸探針，其上可雜交所述多核苷酸。52.權(quán)利要求51所述的方法，其中通過使一部分所述寡核苷酸與被吸收至所述基片表面之上的第二多核苷酸雜交，而將所述一部分所述寡核苷酸定位于所述基片上。53.權(quán)利要求50至52任一項(xiàng)所述的方法，其中所述多核苷酸包括一系列確定序列單元，每個(gè)序列單元均代表特定的特征。54.權(quán)利要求51或52所述的方法，其中將所述寡核苷酸探針用親和標(biāo)簽標(biāo)記，以使得隨后可以用可降解反射層的標(biāo)記物來對(duì)那些與所述多核苷酸雜交的寡核苷酸進(jìn)行標(biāo)記，從而在那些與目標(biāo)雜交的位置處將所述反射層局部降解。55.權(quán)利要求54所述的方法，其中所述反射層為銀并且所述標(biāo)記為金納米顆粒。56.權(quán)利要求51至55任一項(xiàng)所述的方法，其中所述多核苷酸雜交至所述寡核苷酸的末端，并且此時(shí)與所述多核苷酸互補(bǔ)的寡核苷酸以末端相鄰位置雜交。57.權(quán)利要求56所述的方法，其中隨后將每個(gè)與所述多核苷酸互補(bǔ)的寡核苷酸的末端連接在一起。58.權(quán)利要求57所述的方法，其中將與所述多核苷酸不互補(bǔ)并且未經(jīng)歷連接反應(yīng)的寡核苷酸用核酸酶降解。59.權(quán)利要求58所述的方法，其中在核酸酶處理后，將未降解的寡核苷酸與可在雜交位置處降解反射層的標(biāo)記接觸。60.權(quán)利要求47至59任一項(xiàng)是所述的方法，其中使用激光來掃描所述光學(xué)基片以鑒別所述反射層的破損或改變。61.權(quán)利要求59所述的方法，其中在降解之后用激光掃描所述基片以檢測(cè)反射層的降解模式，從而測(cè)定雜交位點(diǎn)和所述多核苷酸的序列。62.—種用于分析多核苷酸序列的方法，包括i)提供具有反射層的光學(xué)可讀基片，所述基片的不連續(xù)位點(diǎn)上結(jié)合有一系列具有確定序列的寡核苷酸探針，每個(gè)均代表所述多核苷酸的序列；ii)將所述多核苷酸與所述寡核苷酸探針雜交；iii)將標(biāo)記物連接至那些與所述多核苷酸完全互補(bǔ)的寡核苷酸上，所述標(biāo)記物能夠損壞或改變反射層，又或者能夠使反射層暴露以進(jìn)行后續(xù)改變；禾口iv)分析所述基片以顯示破損/改變的排列，并且從而顯示所述多核苷酸的序列。63.權(quán)利要求62所述的方法，其中所述寡核苷酸為如權(quán)利要求54或56所定義的寡核苷酸。64.權(quán)利要求62或63所述的方法，其中所述多核苷酸包括一系列序列單元，每個(gè)單元包括代表特定特征的多個(gè)核苷酸序列，其中鑒別出所述序列單元即鑒別出所述特征。65.權(quán)利要求64所述的方法，其中所述序列單元代表二進(jìn)制代碼，每個(gè)單元代表1或0。66.權(quán)利要求62至65任一項(xiàng)所述的方法，其中通過使所述寡核苷酸與第二多苷酸雜交而將其定位于所述基片上的不同位點(diǎn)，所述第二多核苷酸被吸收又或者被定位于所述基片表面上。67.權(quán)利要求62至66任一項(xiàng)所述的方法，其中所述反射層為銀并且所述標(biāo)記為金，其中所述金標(biāo)記與所述銀層的接觸導(dǎo)致所述銀層的降解。68.權(quán)利要求62至67任一項(xiàng)所述的方法，其中步驟(iv)是通過用激光掃描所述基片來實(shí)施的。69.—種用于儲(chǔ)存聚合物特征信息的方法，包括用一系列光學(xué)可讀結(jié)構(gòu)編碼光學(xué)可讀基片，所述光學(xué)可讀結(jié)構(gòu)一起可鑒別所述聚合物的多個(gè)特征。70.權(quán)利要求69所述的方法，其中所述基片包括一層反射層，并且所述光學(xué)可讀結(jié)構(gòu)是所述反射層的破損。71.權(quán)利要求69或70所述的方法，其中所述聚合物為具有一系列確定序列單元的多核苷酸，所述確定序列單元具有至少2個(gè)核苷酸，其中每個(gè)序列單元均被編碼在所述光學(xué)可讀基片上。72.—種用于在基片表面上排列聚合物分子的方法，包括將所述聚合物的末端區(qū)域連接至所述基片表面；使所述基片以預(yù)定速度繞一個(gè)軸旋轉(zhuǎn)，籍此所述基片旋轉(zhuǎn)進(jìn)并旋轉(zhuǎn)出一種液體，其中當(dāng)基片旋轉(zhuǎn)出所述液體時(shí)聚合物被排列。73.權(quán)利要求72所述的方法，其中所述液體在其表面具有電荷。74.權(quán)利要求72或73所述的方法，其中所述聚合物為多核苷酸。75.權(quán)利要求73所述的方法，其中所述多核苷酸的大小超過100kb。76.權(quán)利要求31至75任一項(xiàng)的方法，其中所述基片為光盤。77.權(quán)利要求76所述的方法，其中所述盤包括多個(gè)數(shù)據(jù)道。78.—種用于分析多核苷酸序列的方法，包括i)提供具有反射層的光學(xué)可讀基片，所述基片的不連續(xù)位點(diǎn)上結(jié)合有一系列具有確定序列的寡核苷酸，每個(gè)均代表一個(gè)推定的多核苷酸序列；ii)使所述多核苷酸與兩種或兩種以上寡核苷酸反應(yīng)；iii)將標(biāo)記物連接至那些與所述多核苷酸反應(yīng)的寡核苷酸上，所述標(biāo)記物能夠改變反射層，又或者能夠使反射層暴露以進(jìn)行后續(xù)改變；禾口iv)分析所述基片以顯示改變的排列，并且從而顯示所述寡核苷酸的兩個(gè)或兩個(gè)以上序列。79.—種生產(chǎn)用于編碼生物信息的光盤的方法，包括(i)獲得光學(xué)基片，所述光學(xué)基片具有(a)光學(xué)透明基片層；(b)置于所述透明基片上表面反射材料層；禾口(c)置于所述反射層上面的化合物層，所述化合物能夠被燒蝕；(ii)用確定模式燒蝕所述化合物中預(yù)定凹坑，以暴露所述凹坑中的反射材料。80.權(quán)利要求79所述的方法，還包括將目標(biāo)聚合物或其親和配偶體固定在所述凹坑中。81.—種用于測(cè)定聚合物序列的方法，所述聚合物被定位于包括凹坑和平坦區(qū)的光學(xué)基片上，所述方法包括(i)進(jìn)行一個(gè)或多個(gè)反應(yīng)以獲得所述聚合物的信息，從而鑒別所述聚合物的各個(gè)單體，每個(gè)反應(yīng)均是在不同凹坑中進(jìn)行的；(ii)根據(jù)是否已經(jīng)發(fā)生反應(yīng)來修改所述凹坑；禾口(iii)通過表征所述凹坑來鑒別所述序列。82.—種用于編碼關(guān)于分析物的信息的方法，包括使分析物在光學(xué)基片上反應(yīng)，以使得根據(jù)是否已經(jīng)發(fā)生反應(yīng)來從物理上改變所述基片，其中每個(gè)反應(yīng)均發(fā)生在所述基片的不同區(qū)域上；禾口測(cè)定所述基片中的變化從而測(cè)定所述分析物的信息，其特征在于通過測(cè)量反射率的變化來測(cè)定所述基片中的變化，其中將入射光照射到所述基片的底面，遠(yuǎn)離所述反應(yīng)位點(diǎn)，并且在所述基片的底面上捕獲反射光。全文摘要本發(fā)明描述了可以用于在其上分析聚合物分子的光盤。本發(fā)明提供了一種用于測(cè)定目標(biāo)分子的多種特征的方法，所述目標(biāo)被定位于含有凹坑和平坦區(qū)的光學(xué)基片上，所述方法包括以下步驟(i)進(jìn)行一系列反應(yīng)以獲取所述目標(biāo)分子的不同特定特征的信息，其中每個(gè)所述反應(yīng)均發(fā)生在不同的凹坑中；(ii)對(duì)所述光學(xué)基片進(jìn)行處理以修改那些其中已經(jīng)發(fā)生了反應(yīng)的凹坑，又或者修改那些其中尚未發(fā)生反應(yīng)的凹坑，以改變所述凹坑的反射特征；和(iii)測(cè)量所述凹坑中的反射率，從而測(cè)定所述目標(biāo)的不同特征。文檔編號(hào)B01L3/00GK101754814SQ200880025478公開日2010年6月23日申請(qǐng)日期2008年6月12日優(yōu)先權(quán)日2007年6月12日發(fā)明者A·漢寧,J·布賴喬佛遜,J·朗奎斯特,P·萊克斯奧,R·A·萊昂納,R·J·朗曼申請(qǐng)人:靈維泰控股股份公司