本申請要求2014年10月8日提交的美國序列號62/061,553和2015年4月8日提交的美國序列號62/144,682的優(yōu)先權，其全部內(nèi)容通過引用并入本文。序列表本申請包含已經(jīng)以ascii格式電子提交的序列表，并且通過引用將其整體并入本文。所述的ascii拷貝于2015年10月7日創(chuàng)建，命名為n2067-7057wo_sl.txt，大小為219,221字節(jié)。本發(fā)明涉及癌癥生物標志及其用途。
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：許多患有b細胞惡性腫瘤的患者通過標準治療無法治愈。此外，傳統(tǒng)治療方案往往具有嚴重的副作用。在癌癥免疫治療方面已經(jīng)做了嘗試，但是幾個障礙使得臨床有效性的目標難以實現(xiàn)。雖然已經(jīng)鑒定了數(shù)百種所謂的腫瘤抗原，但它們通常來源于自身，因此其免疫原性差。此外，腫瘤使用幾種機制來使自己對免疫攻擊的起始和傳播具有敵意。使用嵌合抗原受體(car)修飾的自體t細胞(cart)療法的最新發(fā)展在利用免疫系統(tǒng)的力量治療b細胞惡性腫瘤和其他癌癥中顯示出有希望的結果，所述療法依賴于將t細胞重定向到癌細胞如b細胞惡性腫瘤上的合適的細胞表面分子(參見，例如，sadelainetal.,cancerdiscovery3:388-398(2013))。例如，結合cd19(即“ctl019”)的cart的臨床結果已經(jīng)在慢性淋巴細胞白血病(cll)患者和兒童急性淋巴細胞白血病(all)患者中建立完全緩解方面顯示出希望(參見例如kalosetal.,scitranslmed3:95ra73(2011),porteretal.,nejm365:725-733(2011),gruppetal.,nejm368:1509-1518(2013))。除了遺傳修飾的t細胞上的嵌合抗原受體識別和破壞靶細胞的能力之外，成功的治療性t細胞療法需要具有增殖，隨著時間的推移而持續(xù)存在，并進一步監(jiān)測白血病細胞逃逸的能力。t細胞的變異表型狀態(tài)，無論是處于無能，抑制或衰竭狀態(tài)，都會對car轉化的t細胞的功效產(chǎn)生影響。為了有效，car轉化的患者t細胞需要保持并保持響應于car抗原而增殖的能力。因此，需要一種使用生物標志用于與car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法差別診斷和治療癌癥有關的方法。特別地，在具有血液癌癥(例如cll和all)的受試者中對于car表達細胞療法(例如用ctl019或其他cd19car表達細胞的car表達細胞療法)的治療應答的有效預測子存在未滿足的需求。發(fā)明概述本公開內(nèi)容涉及與癌癥(例如，血液癌癥如慢性淋巴細胞性白血病(cll)和急性淋巴細胞白血病(all))臨床相關的分析物，分析物譜或標志(例如，基因表達，流式細胞術和/或蛋白質(zhì)表達譜)的鑒定和用途。在一些實施方案中，本公開提供了基因的身份，其在轉錄和蛋白質(zhì)水平上的表達與cll和all進展相關，例如作為預測對嵌合抗原受體(car)表達細胞療法(例如，包含表達與cd19結合的car的細胞(例如，免疫效應細胞或細胞群)(本文中也稱為“car19”或“cd19car”表達細胞)的療法)的應答的方式。在某些實施方案中，評估了cd19car表達細胞基因集特征中的一種或多種，表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20中列出的生物標志，cd27生物標志，cd45ro生物標志，pd-1生物標志，lag-3生物標志，tim-3生物標志，il2ra生物標志，il21生物標志，cd4生物標志，cd8生物標志，th1+輔助t細胞基因集特征，th2+輔助t細胞基因集特征，記憶t細胞(例如，cd8+記憶t細胞，例如初始t細胞(tn)，例如，記憶干細胞(tscm)，例如，中央記憶t細胞(tcm)，例如，效應記憶t細胞(tem))基因集特征及其組合。這些基因表達譜可以應用于癌癥的診斷和/或預后，例如血液癌癥如cll和all，并且特別可用于預測在診斷患有癌癥(例如諸如cll或all的血液癌癥)的受試者中，受試者是否有利地應答car療法(例如，如本文所述的cd19car療法，例如ctl019療法)。與現(xiàn)有預后方法中使用的臨床參數(shù)或生物化學標志相比，本文公開的基因的表達譜構成了血液癌癥進展(例如，cll和all進展)的更穩(wěn)健的特征，并提供了選擇適當?shù)闹委煼桨傅母煽康姆侵饔^基礎。除此之外，本公開提供了新的基因特征(例如在轉錄和蛋白質(zhì)水平)及其使用方法，其預測例如在癌癥，例如血液癌癥如cll和all中受試者對表達car,例如cd19car的細胞(例如，cd19car-表達細胞，例如本文所述的t細胞，nk細胞，例如ctl019)療法的應答。本公開至少部分地表明，例如在轉錄和蛋白質(zhì)水平上的表達譜和基因特征可用于區(qū)分在癌癥(例如，諸如cll和all的血液癌癥)中對包含car表達細胞(例如，表達car的免疫效應細胞，例如t細胞或nk細胞)(也在本文中稱為“car表達細胞療法”)的療法的應答者，部分應答者，非應答者，復發(fā)者或非復發(fā)者。在一個實施方案中，car表達細胞是cd19car表達細胞。在一個實施方案中，該療法是ctl019療法。在實施方案中，本文公開的表達譜和基因特征在癌癥(例如，血液癌癥如cll和all)中區(qū)分表達car(或cd19car)的細胞應答者，表達car(或cd19car)的細胞部分應答者或表達car(或cd19car)的細胞非應答者(例如，ctl019應答者，ctl019部分應答者和ctl019非應答者)；或表達car(或cd19car)的細胞復發(fā)者或表達car(或cd19car)的細胞非復發(fā)者(例如，ctl019-復發(fā)者或ctl019-復發(fā)者)。本公開包括鑒定預測受試者對car表達細胞療法，例如cd19car表達細胞療法如ctl019的應答的新基因特征。因此，本文公開了用于鑒定，評估和/或治療患有癌癥的受試者的方法，系統(tǒng)，組合物和試劑盒。示例性的癌癥包括但不限于b細胞急性淋巴細胞白血病(b-all)，t細胞急性淋巴細胞白血病(t-all)，急性淋巴細胞白血病(all)，慢性骨髓性白血病(cml)，慢性淋巴細胞白血病(cll)，b細胞前髓細胞性白血病，母細胞性漿細胞樣樹突狀細胞瘤，伯基特淋巴瘤，彌漫性大b細胞淋巴瘤，濾泡淋巴瘤，毛細胞白血病，小細胞或大細胞濾泡淋巴瘤，惡性淋巴增生性病癥，malt淋巴瘤，套細胞淋巴瘤(mcl)，邊緣區(qū)淋巴瘤，多發(fā)性骨髓瘤，骨髓發(fā)育不良和骨髓增生異常綜合征，非霍奇金淋巴瘤，霍奇金淋巴瘤(hl)，漿母細胞淋巴瘤，漿細胞樣樹突狀細胞腫瘤和瓦爾登斯特隆巨球蛋白血癥。在一個實施方案中，癌癥是all。在另一個實施方案中，癌癥是cll。在一個實施方案中，癌癥與cd19表達相關。因此，一方面，本發(fā)明的特征在于評估患有癌癥例如血液癌癥的受試者的方法。該方法包括獲得受試著對包含car表達細胞(例如，多個(例如，群體)car(例如car19-)表達細胞)的療法的應答者或復發(fā)者狀態(tài)的值(例如，如本文所述的應答者或復發(fā)者狀態(tài)的值)，其中所述值指示受試者對car表達細胞療法的應答性或復發(fā)狀態(tài)。在相關方面，本發(fā)明的特征在于評估或監(jiān)測患有癌癥例如血液癌癥的受試者中car表達細胞療法的有效性的方法。該方法包括獲得受試者對包含car表達細胞(例如，多個(例如，群體)car(例如car19-)表達細胞)的療法的應答者或復發(fā)者狀態(tài)的值(例如，如本文所述的應答者或復發(fā)者狀態(tài)的值)，其中所述值表示car表達細胞療法的有效性，從而評估受試者中car表達細胞療法的有效性。另一方面，本發(fā)明的特征在于治療患有癌癥例如血液癌癥的受試者的方法。該方法包括如果受試者被鑒定為對包含car表達細胞(例如，多個(例如，群體)car(例如car19-)表達細胞)的療法應答(例如，被鑒定為完全應答者，部分應答者或非復發(fā)者)，那么向受試者施用治療有效劑量的car表達細胞療法，其中所述鑒定包括應答者或復發(fā)者狀態(tài)的值(例如，如本文所述的應答者或復發(fā)者狀態(tài)的值)。在相關方面，本發(fā)明的特征在于在受試者中治療癌癥例如血液癌癥的方法。該方法包括獲得受試者對包含car表達細胞(例如，多個(例如，群體)car(例如car19-)表達細胞)的療法的應答者或復發(fā)者狀態(tài)的值(例如，如本文所述的應答者或復發(fā)者狀態(tài)的值)；和響應所述值，治療所述癌癥。在本文所述的用途的任何方法和組合物的實施方式中，應答者或復發(fā)者狀態(tài)的值包括以下的一，二，三，四，五，六，七或更多(全部)個的度量:(i)受試者，例如來自受試者的樣品(例如，單采血液成分術樣品或car表達細胞產(chǎn)物樣品)中例如cd4+或cd8+t細胞群體中cd27和/或cd45ro-(例如，cd27+cd45ro-)免疫效應細胞的水平或活性；(ii)受試者，例如來自受試者的樣品(例如，單采血液成分術樣品或car表達細胞產(chǎn)物樣品)中一種，兩種，三種或更多(例如，全部)靜息teff細胞，靜息treg細胞，較年輕的t細胞(例如較年輕的cd4或cd8細胞或γ/δt細胞)，或早期記憶t細胞或其組合的水平或活性；(iii)受試者，例如來自受試者的樣品(例如，單采血液成分術樣品或生產(chǎn)的car表達細胞產(chǎn)物樣品)中活化的teff細胞，活化的treg細胞，較老t細胞(例如較老的cd4或cd8細胞)或晚期記憶t細胞或其組合的一種，兩種，三種或更多種(例如，全部)的水平或活性；(iv)受試者，例如來自受試者的樣品(例如，單采血液成分術樣品或制造的car表達細胞產(chǎn)物樣品)中免疫細胞耗盡標志物例如一種，兩種或更多種免疫檢查點抑制劑(例如，pd-1，tim-3和/或lag-3)的水平或活性；(v)表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表16，表17，表18，表20，圖2b中列出的生物標志，pd-1，lag-3，tim-3，cd57，cd27，cd122，cd62l，klrg1或cd19car表達細胞基因集特征的一種，兩種，三種，四種，五種，十種，二十種或更多種的水平或活性；(vi)car表達細胞產(chǎn)物樣品(例如表達car19的細胞產(chǎn)品樣品(例如，ctl019))中的細胞因子水平或活性(例如，細胞因子所有組成成分的質(zhì)量)，其中細胞因子選自表16中所列細胞因子的一種，兩種，三種，四種，五種或更多種(或全部)；(vii)car表達細胞產(chǎn)物樣品中car表達細胞的轉導效率；或(viii)受試者，例如來自受試者的樣品(例如，單采血液成分術樣品或表達car的細胞產(chǎn)品樣品，例如表達car19的細胞產(chǎn)品樣品(例如，ctl019))的cd27+pd-1-細胞的量，例如大于或等于1x107個細胞的量。一方面，本發(fā)明提供了用于治療受試者的car表達細胞療法(例如，cd19cart細胞，例如ctl019細胞)，其中例如在用car核酸轉導或轉染之前或之后，根據(jù)本文的方法已經(jīng)測定了car表達細胞。在相關方面，本發(fā)明提供car表達細胞療法(例如，cd19cart細胞，例如ctl019細胞)，用于治療已被鑒定為對包含car表達細胞群體(例如，表達car19的細胞群體)的療法有應答的受試者(例如，鑒定為完全應答者，部分應答者或非復發(fā)者)。使用的組合物可以包含本文所述的(i)-(viii)的一，二，三，四，五，六，七或更多(全部)個的度量。備選地，或與本文公開的用途的方法和組合物組合，響應于所述值，執(zhí)行以下的一個，二個，三個，四個，五個，六個，七個或更多個(例如全部):將受試者鑒定為完全應答者，部分應答者或非應答者，或復發(fā)者或非復發(fā)者；對例如應答者或非復發(fā)者施用car表達細胞療法；施用改變劑量的car表達細胞療法；改變car表達細胞療法的時間表或時間過程；將另外的活性劑，例如檢查點抑制劑，例如本文所述的檢查點抑制劑與car表達細胞療法組合施用于例如非應答者或部分應答者；在用car表達細胞療法治療之前，向非應答者或部分應答者施用增加受試者中較年輕t細胞數(shù)量的療法；例如，對于被鑒定為非應答者或部分應答者的受試者，修改car表達細胞療法的方法，例如制造方法，例如在引入編碼car的核酸之前富集較年輕的t細胞，或增加轉導效率；例如對于非應答者或部分應答者或復發(fā)者施用替代療法，例如特定癌癥類型的護理標準；或者如果受試者是或被鑒定為非應答者或復發(fā)者，則減少treg細胞群體和/或treg基因特征，例如通過cd25消耗或施用環(huán)磷酰胺，抗gitr抗體，mtor抑制劑或其組合中的一種或多種。在某些實施方案中，用抗gitr抗體預治療受試者。在某些實施方案中，在輸注或重新輸注之前，用抗gitr抗體治療受試者。在一些實施方案中，受試者是患有cll的患者。在另一方面，本發(fā)明的特征在于鑒定患有癌癥的受試者應答包含car表達細胞(例如，多個(例如，群體)car(例如car19-)表達細胞)的治療的增加或減少的可能性的方法或測定法。該方法包括:(1)提供，例如獲取來自所述受試者的樣品；(2)確定樣品中表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14(例如，ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1，lag-3，tim-3，cd57，cd27，cd122，cd62l，klrg1中列出的一種或多種生物標志的水平或活性；其中所確定的水平與參考水平之間的差異，例如統(tǒng)計學顯著差異是預測受試者對car表達細胞療法的應答性；和(3)(任選地)將所述受試者鑒定為對car表達細胞療法的完全應答者，部分應答者，非應答者，復發(fā)者或非復發(fā)者。在另一方面，本發(fā)明的特征在于用于治療患有癌癥的受試者的方法，包括:通過確定例如，相對于參考水平，來自受試者的樣品中表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14(例如，ccl20，il-17a和/或il-6),圖2b，表17，表18，表20，pd-1，lag-3，tim-3，cd57，cd27，cd122，cd62l，klrg1或cd19car表達細胞基因集特征中一種或多種生物標志的水平或活性,來確定受試者是否對car表達細胞療法(例如，表達car19的療法，例如ctl019)具有增加的應答可能性或降低的復發(fā)可能性；和向受試者施用治療有效劑量的car表達細胞療法。在另一方面，本發(fā)明的特征在于治療患有癌癥的受試者的方法，包括:(1)通過獲取來自受試者的樣品(例如，單采血液成分術樣品或制備的表達car的產(chǎn)品樣品)中的本文表(例如表17)中一種或多種標志的水平或活性的值，確定受試者對car表達細胞療法是否具有增加的復發(fā)可能性，其中一種或多種生物標志基因的水平或活性相對于參考水平的差異，例如統(tǒng)計學顯著性差異表明對car表達細胞療法增加的復發(fā)可能性；和(2)對于具有增加的復發(fā)可能性的受試者，減少treg細胞群體和/或減少treg基因特征；和(3)向受試者施用治療有效劑量的car表達細胞療法。本發(fā)明的附加特征和實施方案包括以下一個或多個:在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，免疫細胞具有耗盡的表型，例如共表達至少兩種耗盡標志，例如共表達pd-1和tim-3。在其他實施方案中，免疫細胞具有耗盡的表型，例如共表達至少兩種耗盡標志，例如共表達pd-1和lag-3。在本文公開的任何方法，系統(tǒng)，使用組合物和試劑盒的某些實施方案中，car表達細胞療法包含多個(例如，一群)car表達免疫效應細胞，例如多個(例如，一群)t細胞或nk細胞，或其組合。在一個實施方案中，car表達細胞療法是car19療法(例如，ctl019療法)。在一個實施方案中，car表達細胞療法包括ctl019或由ctl019組成。在一個實施方案中，car表達細胞是ctl019產(chǎn)物。在一個實施方案中，car表達細胞是t細胞。在一個實施方案中，car表達細胞是nk細胞。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，(i)-(viii)中的一種或多種的度量是從受試者獲得的單采血液成分術樣品?？梢栽谳斪⒒蛟佥斪⒅霸u估單采血液成分術樣品。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，(i)-(viii)中的一種或多種的度量從制備的car表達細胞產(chǎn)物樣品，例如表達car19的細胞產(chǎn)品樣品(例如ctl019)獲得。可以在輸注或再輸注之前評估所制備的car表達細胞產(chǎn)物。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，在接受car表達細胞療法之前，期間或之后評估受試者。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，血液癌癥是all或cll。受試者可以是人類患者。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，細胞，例如免疫效應細胞群體(例如，表達本文所述的car分子的細胞)與免疫檢查點分子的抑制劑組合施用，所述免疫檢查點分子選自pd1,pd-l1,pd-l2,ctla4,tim3,ceacam(例如，ceacam-1,ceacam-3和/或ceacam-5),lag3,vista,btla,tigit,lair1,cd160,2b4,cd80,cd86,b7-h3(cd276),b7-h4(vtcn1),hvem(tnfrsf14或cd270),kir,a2ar,i類mhc，ii類mhc，gal9，腺苷，tgfr(例如tgfrβ)，或其組合的一種或多種。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，受試者接受用活性劑例如mtor抑制劑和/或檢查點抑制劑的同時治療。在一些實施方案中，受試者在car表達細胞療法后接受用活性劑例如，mtor抑制劑和/或檢查點抑制劑的治療。在一些實施方案中，在啟動car表達細胞療法之前，受試者接受用活性劑例如mtor抑制劑和/或檢查點抑制劑的預治療。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，treg細胞群體和/或treg基因特征在收集用于制造的細胞之前被減少。在一些實施方案中，在car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法之前，treg細胞群體和/或treg基因特征被減少。在一些實施方案中，通過施用環(huán)磷酰胺，抗gitr抗體，mtor抑制劑或其組合來減少treg細胞群體和/或treg基因特征。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，應答者或復發(fā)者狀態(tài)的值包括基因特征和生物標志的組合的度量。在一些實施方案中，應答者或復發(fā)者狀態(tài)的值包括cd19car表達細胞基因集特征，以及以下的一種或多種的組合的度量:表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20中列出的生物標志，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,或klrg1。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，該方法還包括基于(i)-(viii)中的一個或多個的度量，將受試者鑒定為應答者(例如，完全或部分應答者)，非應答者，復發(fā)者或非復發(fā)者。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，(i)-(viii)中的一個或多個的度量評估基因表達，流式細胞術或蛋白質(zhì)表達中的一種或多種的譜。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，表達譜包括基于從單采血液成分術樣品或制備的cd19car表達細胞產(chǎn)物(例如，ctl019)獲得的所選基因的mrna表達水平的一種或多種基因特征。在一個實施方案中，表達譜包括表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表16，表17，表18，表20，圖2b中所列的生物標志，pd-1，lag-3，tim-3，cd57，cd27，cd122，cd62l，klrg1或cd19car表達細胞基因集特征的一種，二種，三種，四種，五種，十種，二十種或更多種。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，cd8+t細胞的水平或活性使用指示樣品中cd8+t細胞百分比的分布或特征進行評價。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，cd27+cd45ro-免疫效應細胞的水平或活性使用指示樣品中cd27+cd45ro-免疫效應細胞百分比的譜圖或特征進行評價。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，使用根據(jù)表1a，1b，3,4,5,6或圖2b中所列的一，二，三，四，五，十，二十，五十，六十，七十，一百或更多種生物標志或基因集評估例如(i)，(ii)或(v)中的水平或活性。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，例如，使用流式細胞術評估一種或兩種或以上的免疫檢查點抑制劑的水平或活性，作為car表達細胞群體(例如，car19+細胞群體)中pd-1+/lag-3+細胞百分比的指標。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，例如使用流式細胞術評估了一種，兩種或更多種免疫檢查點抑制劑的水平或活性，作為car表達細胞群體(例如，car19+細胞群體)中的pd-1+/tim-3+細胞百分比的指標。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，列于表7a，表7b，表8和圖2b中一，二，三，四，五，十，二十，五十，六十，七十，一百或更多種生物標志或基因集的水平或活性預測受試者對car19+細胞產(chǎn)物(例如ctl019)的應答。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，應答者或復發(fā)者狀態(tài)的值包括本文所列，例如本文的表中所列的具有給定fdrp值的生物標志的一種，二種，三種，四種，五種，十種，二十種或更多種(例如，所有)的水平或活性的度量。在一些實施方案中，fdrp值低于0.2,0.1,0.05,0.02,0.01,0.005,0.002,或0.001。在一些實施方案中，fdrp值低于0.1或0.01。在一些實施方案中，生物標志是表1a，表1b，表16，表17，表18或表20中列出的生物標志，或其組合。在一些實施方案中，該度量包括表1a中具有低于0.2,0.1,0.05,0.02,0.01,0.005,0.002,或0.001的閾值的p值的所有生物標志的度量。在一些實施方案中，該度量包括表1b中具有低于閾值0.2,0.1,0.05,0.02,0.1,0.005,0.002或0.001的p值的所有生物標志的度量。在一些實施方案中，該度量包括表16中具有低于0.2,0.1,0.05,0.02,0.01,0.005,0.002,或0.001的閾值的p值的所有生物標志的度量。在一些實施方案中，該度量包括表17中具有低于0.2,0.1,0.05,0.02,0.01,0.005,0.002,或0.001的閾值的p值的所有生物標志的度量。在一些實施方案中，該度量包括表18中具有低于0.2,0.1,0.05,0.02,0.01,0.005,0.002,或0.001的閾值的p值的所有生物標志的度量。在一些實施方案中，該度量包括表20中具有低于0.2,0.1,0.05,0.02,0.01,0.005,0.002,或0.001的閾值的p值的所有生物標志的度量。在一些實施方案中，該度量包括具有所述閾值的p值的所有生物標志的度量。在一些實施方案中，該度量包括具有低于閾值的p值的1，2，3，4，5，10，20，50或100種生物標志的度量。在一些實施方案中，該度量包括具有低于閾值的p值的至少1，2，3，4，5，10，20，50或100種生物標志的度量。在一些實施方案中，該度量包括具有低于閾值的p值的1-5,5-10,10-20,20-50,或50-100種生物標志的度量。在一些實施方案中，與非應答者相比，在表中被指定為“cr”的表7b的生物標志在完全應答者中上調(diào)。在一些實施方案中，與完全應答者相比，在表中被指定為“nr”的表7b的生物標志在非應答者中被上調(diào)。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，生物標志是表8中列出的分泌的或細胞表面生物標志。例如，可以通過流式細胞術測量生物標志。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，與非應答者相比，應答者(例如，完全應答者)具有或被鑒定為具有gzmk，ppf1bp2或初始t細胞的一種或兩種或以上(全部)的更高的水平或活性。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，與應答者相比，非應答者具有或被鑒定為具有il22,il-2ra,il-21,irf8,il8,ccl17,ccl22,效應t細胞或調(diào)節(jié)性t細胞的一種，二種，三種，四種，五種，六種，七種或更多(例如，全部)的更高的水平或活性。在本文公開的用途的任何方法和組合物的實施方案中，復發(fā)者與非復發(fā)者相比是具有或被鑒定為具有一種或多種(例如，2,3,4或全部)以下基因的增加的表達水平:mir199a1,mir1203,uc021ovp,itm2c,和hla-dqb1和/或與非復發(fā)者相比具有一種或多種(例如，2,3,4,5,6,7,8,9,10,11或全部)以下基因的降低的表達水平的患者:ppial4d,ttty10,txlng2p,mir4650-1,kdm5d,usp9y,prky,rps4y2,rps4y1,ncrna00185,sult1e1,和eif1ay。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，與參考值,例如，非應答者cd8+t細胞的百分比相比，完全應答者具有或被鑒定為具有更大，例如，統(tǒng)計學上更大的cd8+t細胞百分比。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，完全應答者與參考值，例如，非應答者cd27+cd45ro-免疫效應細胞數(shù)目相比具有或被鑒定為具有更大的百分比(例如5％,6％,7％,10％,15％,20％,25％,27％,30％,35％,或40％或更多數(shù)量)cd27+cd45ro-免疫效應細胞(例如在cd8+群體中)。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，完全應答者或部分應答者與參考值(例如非應答者cd4+t細胞的百分比)相比具有或被鑒定為具有更大，例如，統(tǒng)計學上顯著的更大百分比的cd4+t細胞。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，完全應答者與參考值(例如非應答者的靜息teff細胞，靜息的treg細胞，較年輕的t細胞(例如，較年輕的cd4或cd8細胞)或早期記憶t細胞)相比具有或被鑒定為具有更大百分比的一種，兩種，三種或更多(例如全部)靜息teff細胞，靜息的treg細胞，較年輕的t細胞(例如，較年輕的cd4或cd8細胞或γ/δt細胞))或早期記憶t細胞或其組合。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，非應答者具有或鑒定為具有與參考值(例如，應答者活化的teff細胞，活化的treg細胞，較老的t細胞(例如較老的cd4或cd8細胞)或晚期記憶t細胞的數(shù)目)相比更大百分比的一種，兩種，三種或更多(例如全部)活化的teff細胞，活化的treg細胞，較老的t細胞(例如較老的cd4或cd8細胞)或晚期記憶t細胞或其組合。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，非應答者具有或被鑒定為具有更大百分比的免疫細胞耗盡標志，例如一種，兩種或更多種免疫檢查點抑制劑(例如pd-1，tim-3和/或lag-3)。在一個實施方案中，非應答者與來自應答者的表達pd-1或lag-3的免疫效應細胞的百分比相比較，具有或被鑒定為具有更大百分比的pd-1或lag-3表達免疫效應細胞(例如cd4+t細胞和/或cd8+t細胞)(例如，car表達cd4+細胞和/或cd8+t細胞)。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，非應答者具有或被鑒定為具有更大百分比的具有耗盡表型的免疫細胞，例如共表達至少兩種耗盡標志，例如共表達pd-1和tim-3的免疫細胞。在其他實施方案中，非應答者具有或被鑒定為具有更大百分比的具有耗盡表型的免疫細胞，例如共表達至少兩種耗盡標志，例如共表達pd-1和lag-3的免疫細胞。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，非應答者與應答者(例如，完全應答者)相比具有或被鑒定為對于car表達細胞療法，在car表達細胞群體(例如，car19+細胞群體)中具有更大百分比的pd-1+/lag-3+細胞。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，部分應答者具有或被鑒定為在car表達細胞群體(例如，car19+細胞群體)中具有比應答者更高百分比的pd-1+/lag-3+細胞。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，非應答者具有或被鑒定為在car表達細胞群體(例如，car19+細胞群體)中具有pd1+car+的耗盡表型和共表達lag3。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，非應答者具有或被鑒定為與應答者(例如，完全應答者)相比在car表達細胞群體(例如，car19+細胞群體)中具有更大百分比的pd-1+/tim-3+細胞。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，部分應答者具有或被鑒定為在car表達細胞群體(例如，car19+細胞群體)中具有比應答者更高百分比的pd-1+/tim-3+細胞。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，單采血液樣品中cd8+cd27+cd45ro-t細胞的存在是對car表達細胞療法(例如car19療法(例如ctl019療法))的受試者應答的陽性預測指標。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，單采血液樣品中高百分比的pd1+car+和lag3+或tim3+t細胞是對car表達細胞療法(例如car19療法(例如ctl019療法))的受試者應答的不良預后預測指標。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，car19療法的應答者(例如，完全應答者)具有或被鑒定為具有表9的生物標志譜。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，car19療法的非應答者具有或被鑒定為具有包含一種或多種pd-1+免疫效應細胞,tim-3+免疫效應細胞，lag-3+免疫效應細胞，klrg1+免疫效應細胞，cd27-免疫效應細胞，活化的teff細胞，活化的treg細胞，活化的th1，活化的th2細胞，刺激的記憶細胞或晚期t細胞，或其組合的生物標志。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，car19療法的非應答者具有或被鑒定為具有表10的生物標志譜。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，klrg1，cd57，cd27，cd122或cd62l的一種，兩種，三種，四種或更多(全部)的表達預示著患者對ctl019療法的應答。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，非復發(fā)者是具有b-all的患者，并且具有或被鑒定為具有靜息teff細胞或靜息treg細胞特征的一個或多個表達譜(例如，蛋白質(zhì)或基因表達譜)或基因特征。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，復發(fā)者是具有b-all的患者，并且具有或被鑒定為具有活化的teff細胞或活化的treg細胞特征的一個或多個表達譜(例如蛋白質(zhì)或基因表達譜)或基因特征。在任何上述使用的方法和組合物的一些實施方案中，treg細胞(例如，活化的treg細胞)具有一種或多種(例如，至少10,20,30,40,50,60,70，或全部)以下生物標志的上調(diào)的表達:aim2,alas1,batf,c5orf32,ccl17,cd40lg,chac2,csf1,ctsl1,ebna1bp2,edaradd,emp1,epas1,fabp5,fam40b,fkbp4,fosl1,gclm,gk,gpr56,hmox1,hspd1,hspe1,ikbip,il10,il13,il15ra,il1rn,il2ra,il3,il4,il5,il9,kcnk5,lta,manf,mir1182,mir155,mir155hg,myof,ndufaf1,nln,nme1,nme1-nme2,panx2,pdia6,pgam4,ppil1,pppde2,prdx4,prkar1b,psmd1,psmd11,pus7,rbbp8,slc27a2,slc39a14,slc43a3,srxn1,stip1,stt3a,tbx21,tnfrsf11a,tnfrsf1b,tnfrsf8,tnfrsf9,txn,uck2,vdr,vtrna1-3,wdr12,ywhag,zdhhc16或znf282。上調(diào)的表達可以例如在刺激16小時后測量。可以例如通過測量所指定的基因的rna水平來確定上調(diào)的表達。在任何上述使用的方法和組合物的一些實施方案中，teff細胞(例如，活化的teff細胞)具有一種或多種(例如，至少10,20,30,40,50,60,70,或全部)以下生物標志的上調(diào)的表達:aim2,alas1,b4galt5,batf,c3orf26,c4orf43,ccl3,ccl4,cct3,cct7,cd40lg,chac2,csf2,ctnna1,ebna1bp2,edaradd,eef1e1,eif2b3,eif2s1,fabp5,fam40b,fkbp4,fosl1,gfod1,glrx2,hspd1,hspe1,ifng,il15ra,il21,il2ra,il3,kcnk5,kiaa0020,larp4,lrp8,lta,manf,mir1182,mir155,mir155hg,mtch2,myof,ndufaf1,nln,nme1,nme1-nme2,otud7b,pam,pdia6,pea15,pfkm,pgam1,pgam4,ppil1,prdx4,prss23,psmd1,psmd11,psmd14,ptrh2,pus7,rbbp8,rpf2,rpp25,sfxn1,slc27a2,slc39a14,slc43a3,sord,spr,srxn1,stip1,stt3a,tbx21,tmcc2,tmem165,tnfrsf9,txn,txndc5,uck2,vdr,wdr12,ywhag,或zdhhc16。上調(diào)的表達可以例如在刺激16小時后測量?？梢岳缤ㄟ^測量所指定的基因的rna水平來確定上調(diào)的表達。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，復發(fā)者是具有b-all的患者，并且具有或被鑒定為具有一種或多種蛋白質(zhì)或基因表達譜，其包含根據(jù)表7a，表7b或圖2b或一種，兩種，三種，四種，五種，十種或更多種基因，或其組合。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，復發(fā)者具有或被鑒定為具有一種或多種treg細胞生物標志或其組合的升高的水平。在一些實施方案中，所述復發(fā)者具有或被鑒定為具有以下基因中的一種或多種(例如，至少10,20,30,40,50,60,70,或全部)的上調(diào)的表達:aim2,alas1,batf,c5orf32,ccl17,cd40lg,chac2,csf1,ctsl1,ebna1bp2,edaradd,emp1,epas1,fabp5,fam40b,fkbp4,fosl1,gclm,gk,gpr56,hmox1,hspd1,hspe1,ikbip,il10,il13,il15ra,il1rn,il2ra,il3,il4,il5,il9,kcnk5,lta,manf,mir1182,mir155,mir155hg,myof,ndufaf1,nln,nme1,nme1-nme2,panx2,pdia6,pgam4,ppil1,pppde2,prdx4,prkar1b,psmd1,psmd11,pus7,rbbp8,slc27a2,slc39a14,slc43a3,srxn1,stip1,stt3a,tbx21,tnfrsf11a,tnfrsf1b,tnfrsf8,tnfrsf9,txn,uck2,vdr,vtrna1-3,wdr12,ywhag,zdhhc16,或znf282。在某些實施方案中，所述復發(fā)者具有或被鑒定為具有以下基因中的一種或多種(例如，至少10,20,25種或全部)的上調(diào)表達:c5orf32,ccl17,csf1,ctsl1,emp1,epas1,gclm,gk,gpr56,hmox1,ikbip,il10,il13,il1rn,il4,il5,il9,mir155,panx2,pgam4,prkar1b,tnfrsf11a,tnfrsf1b,tnfrsf8,vtrna1-3,或znf282。上調(diào)的表達可以例如在刺激16小時后測量?？梢岳缤ㄟ^測量所指定的基因的rna水平來確定上調(diào)的表達。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，復發(fā)者具有或被鑒定為具有一種或多種teff細胞生物標志或其組合的升高的水平。在一些實施方案中，所述復發(fā)者具有或被鑒定為具有以下基因中的一種或多種(例如，至少10,20,30,40,50,60,70,或全部)的上調(diào)表達:aim2,alas1,b4galt5,batf,c3orf26,c4orf43,ccl3,ccl4,cct3,cct7,cd40lg,chac2,csf2,ctnna1,ebna1bp2,edaradd,eef1e1,eif2b3,eif2s1,fabp5,fam40b,fkbp4,fosl1,gfod1,glrx2,hspd1,hspe1,ifng,il15ra,il21,il2ra,il3,kcnk5,kiaa0020,larp4,lrp8,lta,manf,mir1182,mir155,mir155hg,mtch2,myof,ndufaf1,nln,nme1,nme1-nme2,otud7b,pam,pdia6,pea15,pfkm,pgam1,pgam4,ppil1,prdx4,prss23,psmd1,psmd11,psmd14,ptrh2,pus7,rbbp8,rpf2,rpp25,sfxn1,slc27a2,slc39a14,slc43a3,sord,spr,srxn1,stip1,stt3a,tbx21,tmcc2,tmem165,tnfrsf9,txn,txndc5,uck2,vdr,wdr12,ywhag,或zdhhc16。在某些實施方案中，所述受試者具有或被鑒定為具有以下基因中的一種或多種(例如，至少10,20,25種或全部)的上調(diào)表達:b4galt5,c3orf26,c4orf43,ccl3,ccl4,cct3,cct7,csf2,ctnna1,eef1e1,eif2b3,eif2s1,gfod1,glrx2,il21,il2ra,il3,kiaa0020,larp4,lrp8,otud7b,pam,pea15,pfkm,pgam1,pgam4,prss23,psmd1,psmd11,psmd14,ptrh2,rpf2,sord,spr,tmcc2,tmem165,或txndc5。上調(diào)的表達可以例如在刺激16小時后測量?？梢岳缤ㄟ^測量所指定的基因的rna水平來確定上調(diào)的表達。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，應答者(例如，完全或部分應答者)具有以下譜中的一個，兩個，三個或更多個(或全部):(i)與參考值，例如非應答者cd27+免疫效應細胞的數(shù)目相比具有更多數(shù)目的cd27+免疫效應細胞；(ii)與參考值，例如非應答者cd8+t細胞的數(shù)目相比具有更多數(shù)目的cd8+t細胞；(iii)與參考值例如，表達一種或多種檢查點抑制劑(例如選自pd-1，lag-3，tim-3或klrg-1或組合的檢查點抑制劑)的細胞的非應答者數(shù)目的相比，具有表達一種或多種檢查點抑制劑的免疫細胞數(shù)目較少；或(iv)與參考值，例如，靜息teff細胞，靜息treg細胞，初始cd4細胞，未刺激的記憶細胞或早期記憶t細胞的非應答者數(shù)目相比，具有更多數(shù)目的一種，兩種，三種，四種或更多(全部)靜息teff細胞，靜息treg細胞，初始cd4細胞，未刺激的記憶細胞或早期記憶t細胞或其組合。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，例如(vi)的細胞因子水平或活性選自細胞因子ccl20/mip3a,il17a,il6,gm-csf,ifnγ,il10,il13,il2,il21,il4,il5,il9或tnfα,或其組合的一種，二種，三種，四種，五種，六種，七種，八種，或更多種(或全部)。細胞因子可以選自il-17a,ccl20,il2,il6,或tnfa的一種，兩種，三種，四種或更多種(全部)。在一個實施方案中，細胞因子的增加的水平或活性選自il-17a和ccl20之一或兩者，指示增加的應答性或減少的復發(fā)。在一些實施方案中，在t細胞活化后測量細胞因子水平。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，例如(vii)中15％或以上的轉導效率表示增加的應答性或減少的復發(fā)。在本文公開的用途的任何方法和組合物的一些實施方案中，例如(vii)中小于15％的轉導效率表示減少的應答性或增加的復發(fā)。在另一方面，本發(fā)明的特征在于一種鑒定對包括car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)的療法(例如，cd19car表達細胞療法，例如本文所述，例如ctl019療法)的可能的應答者(例如，完全應答者或部分應答者，非復發(fā)者)的方法。在一個實施方案中，應答者狀態(tài)(例如，對包含car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)的療法的完全應答者，部分應答者，非應答者，復發(fā)者或非復發(fā)者)通過測量如下的一種或多種來確定:cd19car表達細胞基因集特征，表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20中列出的生物標志，cd27生物標志，cd45ro生物標志，pd-1生物標志，lag-3生物標志，tim-3生物標志，il2ra生物標志，il21生物標志，cd4生物標志，cd8生物標志，th1+輔助t細胞基因集特征，th2+輔助t細胞基因集特征，記憶t細胞(例如，cd8+記憶t細胞，例如初始t細胞(tn)，例如記憶干細胞(tscm)例如中央記憶t細胞(tcm)，例如效應記憶t細胞(tem))基因集特征及其組合。在一個實施方案中，完全應答者(cr)具有例如如表9所描述的cd27+,cd45ro-,pd-1-,lag-3-,和tim-3-的兩種，三種，四種或更多種(例如全部)。在一個實施方案中，非應答者(nr)具有例如如表10所述的cd27-cd45ro+,pd-1+,lag-3+,和tim-3+的兩種，三種或更多種(例如全部)。在一個實施方案中，應答者或復發(fā)者狀態(tài)(例如，對car表達細胞療法的完全應答者，部分應答者，非應答者，復發(fā)者或非復發(fā)者)通過評估，例如測量二，三，四，五，六，七，八，九，十，十五或更多種以下的來確定:cd19car表達細胞基因集特征，表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20中列出的生物標志，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,和klrg1。在一個實施方案中，本文公開的用途的任何方法和組合物可以在施用car表達細胞療法之前使用。在一些實施方案中，所提供的方法可以在car表達細胞療法之前，同時或期間使用。在一個實施方案中，本文公開的用途的任何方法和組合物可用于將具有癌癥例如血液癌癥，例如cll或all的受試者鑒定為對包含car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)的療法，例如cd19car表達細胞療法的治療具有增加或降低的應答可能性。該方法包括:(1)從受試者獲取樣品(例如，從受試者的血液獲得的單采血液成分術樣品；和/或例如制造的產(chǎn)品樣品，例如遺傳工程化t細胞)；(2)確定樣品中表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1，lag-3，tim-3，cd57，cd27，cd122，cd62l和klrg1中列出的一種或多種生物標志(例如2,3,4,5,10,15或更多)的水平(例如，量或活性)；和(3)(任選地)將確定的一個或多個標志的水平與參考水平進行比較；以及(4)將該受試者鑒定為car表達細胞療法的完全應答者，部分應答者，非應答者，復發(fā)者或非復發(fā)者。在實施方案中，所確定的水平與參考水平相比之間的差異，例如統(tǒng)計學顯著性差異預測受試者對car表達細胞療法的應答性。在一方面，所提供的方法包括(1)獲取樣品(例如，從受試者的血液獲得的單采血液成分術樣品；和/或例如制造的產(chǎn)品樣品，例如遺傳工程化t細胞，例如制造的cd19car表達細胞產(chǎn)物)；(2)獲取，例如確定樣品的基因特征；和(3)(任選地)將基因特征與參考基因特征進行比較；其中所確定的基因特征中的一種或多種生物標志的表達水平的差異，例如統(tǒng)計學顯著差異預測受試者對car表達細胞療法的應答性。在一個實施方案中，基因特征包括選自表1a，表1b，表2，表3，表4，表5，表6，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1，lag-3，tim-3，cd57，cd27，cd122，cd62l，klrg1和其組合的一種或多種標志。在一個實施方案中，樣品是選自血液，血漿或血清樣品的生物樣品。在一個具體實施方案中，生物樣品是血液樣品。在一個實施方案中，樣品是單采血液成分術樣品，例如從受試者的血液獲得的免疫效應細胞(例如，t細胞)。在一個實施方案中，樣品是制成的產(chǎn)品樣品，例如，遺傳工程化的t細胞，例如制造的cd19car表達細胞產(chǎn)物。在一方面，提供了用于確定具有癌癥，例如血液癌癥諸如例如，cll或all的受試者對包含car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法，例如本文所述的cd19car表達細胞療法的治療的應答性的方法。該方法包括:確定在治療前獲得的樣品中表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1，lag-3，tim-3，cd57，cd27，cd122，cd62l和klrg1中列出的一種或多種生物標志(例如2,3,4,5,10,15或更多種)的水平或活性；其中樣品中一種或多種標志的水平(例如，量或活性)相對于預定值的差異(例如，統(tǒng)計學顯著差異)指示對表達car的細胞的增加的應答性。在一個實施方案中，樣品是選自血液，血漿或血清樣品的生物樣品。在一個具體實施方案中，生物樣品是血液樣品。在一個實施方案中，樣品是單采血液成分術樣品，例如從受試者的血液獲得的t細胞。在一個實施方案中，樣品是制造的產(chǎn)品樣品，例如,基因工程t細胞，例如從受試者的血液獲得，例如制造的car表達細胞產(chǎn)物，例如制造的cd19car表達細胞產(chǎn)物。在一個實施方案中，提供了用于評估患有癌癥例如血液癌癥，例如cll或all的受試者的方法，包括獲取受試者的應答者或者復發(fā)者狀態(tài)的值，包括測量以下的一種或多種(例如，2,3,4,5,10,15或更多種):表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20中列出的生物標志，cd27生物標志，cd45ro生物標志，pd-1生物標志，lag-3生物標志，tim-3生物標志，il2ra生物標志，il21生物標志，cd4+生物標志，cd8+生物標志，th1+輔助t細胞基因集特征，th2+輔助t細胞基因集特征，記憶t細胞(例如cd8+記憶t細胞，例如，初始t細胞(tn)，例如記憶干細胞(tscm)，例如中央記憶t細胞(tcm)，例如效應記憶t細胞(tem))基因集特征，以及cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)基因集特征，從而評估受試者。在一個實施方案中，方法包括測量下列一種或多種:表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20中所列的生物標志，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,klrg1和cd19car表達細胞基因集特征。在一個實施方案中，方法包括測量以下一種或多種:表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20中所列的生物標志，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,klrg1,和cd19car表達細胞基因集特征，用于評估具有cll的受試者。在另一個實施方案中，方法包括測量以下一種或多種:表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20中所列的生物標志，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,klrg1,和cd19car表達細胞基因集特征，用于評估具有all的受試者。在一個實施方案中，該方法包括測量選自血液，血漿或血清樣品的生物樣品中以下一種或多種(例如2,3,4,5,10,15或更多種):表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20中列出的生物標志，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,klrg1，或cd19car表達細胞基因集特征。在一個具體實施方案中，生物樣品是血液樣品。在一個實施方案中，樣品是單采血液成分術樣品，例如從受試者的血液獲得的t細胞。在一個實施方案中，樣品是制造的產(chǎn)品樣品，例如?；蚬こ蘴細胞，例如從受試者的血液獲得，例如制造的car表達細胞產(chǎn)物，例如制造的cd19car表達細胞產(chǎn)物。在一個實施方案中，提供了用于在患有癌癥的受試者中評估或監(jiān)測car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法(例如，cd19car表達細胞療法)的有效性的方法，包括獲取受試者的應答者或者復發(fā)者狀態(tài)的值，包括測量以下的一種或多種(例如，2,3,4,5,10,15或更多種):表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20中列出的生物標志，cd27生物標志，cd45ro生物標志，pd-1生物標志，lag-3生物標志，tim-3生物標志，il2ra生物標志，il21生物標志，cd4生物標志，cd8生物標志，th1+輔助t細胞基因集特征，th2+輔助t細胞基因集特征，記憶t細胞(例如cd8+記憶t細胞，例如，初始t細胞(tn)，例如記憶干細胞(tscm)，例如中央記憶t細胞(tcm)，例如效應記憶t細胞(tem))基因集特征，以及cd19car表達細胞基因集特征，從而評估或監(jiān)測受試者中car表達細胞療法的有效性。在一個實施方案中，所述方法包括測量下列一種或多種(例如，2,3,4,5,10,15或更多種):表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20中所列的生物標志，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,klrg1,或cd19car表達細胞基因集特征。在一個實施方案中，方法包括測量以下一種或多種(例如，2,3,4,5,10,15或更多種):表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20中所列的生物標志，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,klrg1,或cd19car表達細胞基因集特征，用于評估或監(jiān)測具有cll的受試者中car表達細胞療法的有效性。在另一個實施方案中，方法包括測量以下一種或多種(例如，2,3,4,5,10,15或更多種):表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20中所列的生物標志，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,klrg1或cd19car表達細胞基因集特征，用于評估或監(jiān)測具有all的受試者中car表達細胞療法的有效性。在一個實施方案中，該方法包括測量選自血液，血漿或血清樣品的生物樣品中以下一種或多種(例如，2,3,4,5,10,15或更多種):表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20中所列的生物標志，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,klrg1或cd19car表達細胞基因集特征。在一個實施方案中，生物樣品是血液樣品。在一個實施方案中，樣品是單采血液成分術樣品，例如從受試者的血液獲得的t細胞。在一個實施方案中，樣品是制造的產(chǎn)品樣品，例如，基因工程t細胞，例如從受試者的血液獲得。在一個實施方案中，提供了用于提供對car表達細胞療法(例如本文所述的cd19car表達細胞療法)在患有癌癥的受試者中的成功率的預測方法，所述方法包括以下步驟:提供來自受試者的生物樣品；確定表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如，ccl20，il-17a和/或il-6)和表17中列出的一種或多種(例如2,3,4,5,10,15或更多種)基因的表達水平，以獲得樣品的基因表達模式；并基于獲得的基因表達模式，為受試者提供預后。在一個實施方案中，生物樣品包括但不限于血液，血漿或血清樣品。在一個具體實施方案中，生物樣品是血液樣品。在一個實施方案中，樣品是單采血液成分術樣品，例如從受試者的血液獲得的t細胞。在一個實施方案中，受試者具有cll。在一個實施例中，受試者具有all。另一方面，提供了治療患有癌癥例如血液癌癥的受試者的方法。在一個實施方案中，提供了用于治療患有癌癥的受試者的方法，確定受試者在表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)和表17中所列一種或多種(例如2,3,4,5,10,15或更多種)標志的表達水平相對于參考水平是否具有差異，例如統(tǒng)計學顯著性差異，并且如果在測定的水平和參考水平之間存在差異，例如統(tǒng)計學顯著性差異，則向受試者施用治療有效劑量的car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)，從而治療受試者。在一個實施方案中，其中在測定的水平和參考水平之間存在差異，例如統(tǒng)計學顯著性差異，所述方法包括在輸注到受試者之前修飾car表達細胞產(chǎn)物。在一個實施方案中，其中在所測定的水平和參考水平之間存在差異，例如統(tǒng)計學顯著性差異，所述方法包括在輸注到受試者之前修飾car表達細胞產(chǎn)物的制造。在一個實施方案中，如果在所測定的水平和參考水平之間存在差異，例如統(tǒng)計學顯著性差異，則該方法包括調(diào)整car表達細胞輸注劑量以實現(xiàn)抗癌作用。在一個實施方案中，本文所述的治療方法包括確定受試者是否具有對car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法例如本文所述的cd19car表達細胞療法的應答的增加的可能性，通過相對于參考水平比較來自受試者的樣品中表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15和表16(例如，ccl20，il-17a和/或il-6)中的一種或多種(例如2,3,4,5,10,15或更多種)標志的水平，其中在一個或多個標志基因表達水平相對于參考水平的差異，例如統(tǒng)計學顯著性差異表明增加的應答可能性；并向受試者施用治療有效劑量的car表達細胞，從而治療受試者。在一個實施方案中，樣品選自血液，血漿或血清樣品。在一個實施方案中，樣品是單采血液成分術樣品，例如從受試者的血液獲得的t細胞。在一個實施方案中，本文所述的治療方法還包括從受試者獲得樣品；確定樣品中表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,和klrg1中的一種或多種(例如2,3,4,5,10,15或更多種)標志的水平；比較表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,和klrg1中的一種或多種標志的測定的水平與參考水平；并且如果受試者在樣品中表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,和klrg1中的一種或多種標志的測定的水平與參考水平的比較中被鑒定為具有差異(例如，統(tǒng)計學顯著性差異)，則施用治療有效劑量的car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)。在一個實施方案中，本文所述的治療方法包括或進一步包括獲取受試者的應答者或復發(fā)者狀態(tài)的值，其包括測量以下的一種或多種(例如2,3,4,5,10,15或更多種):表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20中列出的生物標志，cd27生物標志，cd45ro生物標志，pd-1生物標志，lag-3生物標志，tim-3生物標志，il2ra生物標志，il21生物標志，cd4生物標志，cd8生物標志,th1+輔助t細胞基因集特征，th2+輔助t細胞基因集特征，記憶t細胞(例如，cd8+記憶t細胞，例如初始t細胞(tn)，例如記憶干細胞(tscm)，例如中樞記憶t細胞(tcm)，例如效應記憶t細胞(tem))基因集特征，以及cd19car表達細胞基因集特征，并響應于應答者或復發(fā)者狀態(tài)的確定，執(zhí)行一，二，三,四個或更多個:將受試者鑒定為完全應答者，部分應答者或非應答者；施用car表達細胞療法；選擇或改變car表達細胞療法的劑量；選擇或改變car表達細胞療法的時間表或時間過程；例如對非應答者或部分應答者施用與car表達細胞療法組合的另外的活性劑，例如檢查點抑制劑，例如本文所述的檢查點抑制劑或激酶抑制劑，例如本文描述的激酶抑制劑；在用car表達細胞療法治療之前向非應答者或部分應答者施用增加受試者中初始t細胞數(shù)量的療法；修改car表達細胞療法的制備方法，例如對于被鑒定為非應答者或部分應答者的受試者,例如在引入編碼car的核酸之前富集初始t細胞；或選擇備選療法，例如對于非應答者，部分應答者或復發(fā)者，例如針對特定癌癥(例如，如本文所述)的護理標準；從而治療受試者的癌癥。系統(tǒng)在另一方面，本公開提供了用于預測受試者對car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法，例如cd19car表達細胞療法，例如本文描述的cd19car表達細胞療法的應答的試劑盒。該試劑盒包含至少一種特異性檢測一組基因(例如，2,3,4,5,10,15或更多的基因)的水平或活性的試劑，所述基因選自表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,和/或klrg1；以及使用試劑盒的說明書，例如用于預測受試者對car表達細胞療法的應答。在一些實施方案中，所述使用說明書規(guī)定，如果所檢測的表達水平中的一種或多種不同于，例如大于參考水平，則受試者更可能對car表達細胞療法產(chǎn)生積極應答。在一些實施方案中，所述使用說明書規(guī)定，如果所檢測的表達水平中的一種或多種小于參考水平，則受試者更可能對car表達細胞療法產(chǎn)生積極應答。在一些實施方案中，如果pd-1，lag-3或tim-3或其任何組合的水平或活性小于參考值，則受試者更可能對該療法有積極應答。在某些實施方案中，特異性檢測所述組基因的表達水平的至少一種試劑包含與從基因(例如cdna或寡核苷酸)表達的mrna互補的核酸探針。核酸探針可以固定在基質(zhì)表面上或可以在溶液中。該組試劑可以檢測由所述組基因編碼的多肽，例如表面多肽的表達。在一個實施方案中，核酸探針包含與表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18列出的生物標志，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,和/或klrg1的核酸序列互補的約10,15,20,25,30,35,40,45,50或100個核酸殘基的核酸。試劑盒還可以包含以下一種或多種:提取緩沖液/試劑和方案，擴增緩沖液/試劑和方案，雜交緩沖液/試劑和方案，以及標記緩沖液/試劑和方案。在某些實施方案中，試劑盒還包含至少一種cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)基因集特征。在一個實施方案中，試劑盒還包含參考標準。在一個實施方案中，受試者具有cll。在一個實施例中，受試者具有all。在一個實施方案中，受試者具有b細胞all。在一方面，本公開的特征在于包含至少一種試劑的反應混合物，所述試劑特異性檢測選自表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1，lag-3，tim-3，cd57，cd27，cd122，cd62l和/或klrg1的一組基因(例如，2,3,4,5,10,15或更多的基因)的表達水平，和生物樣品。在一個實施方案中，樣品選自血液，血漿或血清樣品。在一個實施方案中，樣品是單采血液成分術樣品，例如從受試者的血液獲得的t細胞。在一個實施方案中，樣品包含car表達細胞，例如cart表達細胞，例如cart19細胞。在某些實施方案中，特異性檢測所述組基因的表達水平的至少一種試劑包含與從基因(例如cdna或寡核苷酸)表達的mrna互補的核酸探針。核酸探針可以固定在基質(zhì)表面上或可以在溶液中。該組試劑可以檢測由所述組基因編碼的多肽，例如表面多肽的表達。在一個實施方案中，核酸探針包含與表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20中列出的生物標志，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,和/或klrg1的核酸序列互補的約10,15,20,25,30,35,40,45,50或100個核酸殘基的核酸。反應混合物還可以包含以下一種或多種:提取緩沖液/試劑，擴增緩沖液/試劑，雜交緩沖液/試劑和標記緩沖液/試劑。在另一方面，本公開描述了用于評價受試者中的癌癥的系統(tǒng)。所述系統(tǒng)包括至少一個有效連接到存儲器的處理器，所述至少一個處理器在執(zhí)行時被配置為執(zhí)行本文所述的任何一個或多個步驟。在另一方面，本公開描述了用于評估受試者中的癌癥的系統(tǒng)。該系統(tǒng)包括有效連接到存儲器的至少一個處理器，所述至少一個處理器在執(zhí)行時被配置為:獲得應答者或復發(fā)者狀態(tài)的值，其包含測量以下一個，兩個，三個，四個，五個，六個，七個或更多(全部)個:(i)在樣品(例如，單采血液成分術樣品或制造的car-表達細胞產(chǎn)物樣品)中例如cd4+或cd8+t細胞群體中cd27和/或cd45ro-(例如，cd27+cd45ro-)免疫效應細胞的水平或活性；(ii)在樣品(例如，單采血液成分術樣品或制造的car-表達細胞產(chǎn)物樣品)中一種，兩種，三種或更多(例如，全部)靜息的teff細胞，靜息的treg細胞，更年輕的t細胞(例如較年輕的cd4或cd8細胞或γ/δt細胞)，早期記憶t細胞或其組合的水平或活性；(iii)在樣品(例如，單采血液成分術樣品或制造的car-表達細胞產(chǎn)物樣品)中活化的teff細胞，活化的treg細胞，較老的t細胞(例如較老的cd4或cd8細胞)或晚期記憶t細胞或其組合的一種，兩種，三種或更多種(例如，全部)的水平或活性；(iv)在樣品(例如，單采血液成分術樣品或制造的car-表達細胞產(chǎn)物樣品)中的免疫細胞耗盡標志(例如，一種，兩種或更多種免疫檢查點抑制劑(例如，pd-1，tim-3和/或lag-3))的水平或活性；(v)表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表16，表17，表18，表20，圖2b，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,klrg1,或cd19car表達細胞基因集特征中列出的一種，兩種，三種，四種，五種，十種，二十種或更多種生物標志的水平或活性；(vi)car表達細胞產(chǎn)物樣品(例如表達car19的細胞產(chǎn)品樣品(例如，ctl019))中的細胞因子水平或活性(例如，細胞因子所用組成成分的質(zhì)量)，其中細胞因子選自表16中所列的一種，兩種，三種，四種，五種或更多種(或全部)的細胞因子；(vii)在制備的car表達細胞產(chǎn)物樣品中car表達細胞的轉導效率；或(viii)受試者，例如來自受試者的樣品(例如，單采血液成分術樣品或car表達細胞產(chǎn)物樣品，例如表達car19的細胞產(chǎn)品樣品(例如，ctl019))中cd27+pd-1-細胞的量，例如大于或等于1x107個細胞的量。應答于確定應答者狀態(tài)的值的測定，執(zhí)行一個，兩個，三個，四個，五個，六個，七個或更多(例如全部):將受試者鑒定為完全應答者，部分應答者，非應答者，復發(fā)者或非復發(fā)者；建議施用car表達細胞療法；建議選擇或改變car表達細胞療法的劑量；建議選擇或改變car表達細胞療法的時間表或時間過程；建議例如向非應答者或部分應答者施用與car表達細胞療法組合的額外活性劑,例如,檢查點抑制劑，例如，本文所述的檢查點抑制劑，建議在用car表達細胞療法治療之前，向非應答者或部分應答者施用增加受試者中初始t細胞數(shù)量的療法；建議修改car表達細胞療法的制造方法，例如對于被鑒定為非應答者或部分應答者的受試者，例如在引入編碼car的核酸之前富集初始t細胞；建議在輸注到患者體內(nèi)前修飾car表達細胞產(chǎn)品；建議調(diào)整car表達細胞輸注劑量以達到臨床療效；建議例如對于非應答者或部分應答者或復發(fā)者，施用備選療法；建議選擇備選療法，例如對于非應答者或部分應答者，例如特定癌癥類型的護理標準，或如果受試者是或被鑒定為非應答者或復發(fā)者，建議降低treg細胞群體和/或treg基因特征，例如通過cd25消耗，施用環(huán)磷酰胺，抗gitr抗體，mtor抑制劑或其組合。在一個實施方案中，該值包括測量cd19car表達細胞基因集特征以及以下一種或多種(例如2,3,4,5,10,15或更多)的組合:表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20中列出的生物標志，cd27生物標志，cd45ro生物標志，pd-1生物標志，lag-3生物標志，tim-3生物標志，il2ra生物標志，il21生物標志，cd4生物標志，cd8生物標志，th1+輔助t細胞基因集特征，th2+輔助t細胞基因集特征和記憶t細胞(例如，cd8+記憶t細胞，例如初始t細胞(tn)，例如記憶干細胞(tscm)，例如中樞記憶t細胞(tcm)，例如效應記憶t細胞(tem))基因集特征；并且響應于確定應答者狀態(tài)的值，執(zhí)行以下一個，二個，三個，四個或更多個:將所述受試者鑒定為完全應答者，部分應答者或非應答者；建議car表達細胞療法；建議選擇或改變car表達細胞療法的劑量；建議備選療法，建議組合療法，例如與car表達細胞療法的組合，建議或改變car表達細胞療法的制造方法。在一個實施方案中，所述至少一個處理器在執(zhí)行時被配置為:獲取應答者狀態(tài)的值，所述應答者狀態(tài)的值包括測量cd19car表達細胞基因集特征和一種或多種(例如2,3,4，5,10,15或更多)以下的的組合:表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20中列出的生物標志，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l和klrg1；并且響應于應答者狀態(tài)的值的確定，執(zhí)行以下一個，二個，三個，四個或更多個:將所述受試者鑒定為完全應答者，部分應答者或非應答者；建議car表達細胞療法；建議選擇或改變car表達細胞療法的劑量；建議備選療法，例如，對特定癌癥(例如，如本文所述)的護理標準；建議組合療法，例如與car表達細胞療法的組合，建議或改變例如本文所述的car表達細胞療法的制造方法。制造方法在另一方面，本發(fā)明的特征在于評估car表達細胞產(chǎn)物(例如表達car19的細胞產(chǎn)品樣品(例如ctl019))的效力的方法。該方法包括獲取以下一個，兩個，三個，四個，五個，六個，七個，八個或更多(例如全部)的值:(i)car表達細胞產(chǎn)物，例如cd4+或cd8+t細胞群體中cd27和/或cd45ro-(例如cd27+cd45ro-)免疫效應細胞的水平或活性；(ii)在car表達細胞產(chǎn)物中靜息的teff細胞，靜息的treg細胞，較年輕的t細胞(例如較年輕的cd4或cd8細胞或γ/δt細胞)，或早期記憶t細胞或其組合的一個，兩個，三個或更多(例如，全部)的水平或活性；(iii)在car表達細胞產(chǎn)物中活化的teff細胞，活化的treg細胞，較老t細胞(例如較老的cd4或cd8細胞)或晚期記憶t細胞或其組合的一個，兩個，三個或更多個(例如，全部)的水平或活性；(iv)car表達細胞產(chǎn)物中的免疫細胞耗盡標志，例如一種，兩種或更多種免疫檢查點抑制劑(例如pd-1，tim-3和/或lag-3)的水平或活性；(v)表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表16，表17，表18，表20，圖2b中列出的生物標志，pd-1，lag-3，tim-3，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,klrg1或cd19car表達細胞基因集特征的一種，兩種，三種，四種，五種，十種，二十種或更多種的水平或活性；(vi)car表達細胞產(chǎn)物樣品(例如car19表達細胞產(chǎn)物樣品(例如，ctl019))中的細胞因子水平或活性，其中所述細胞因子選自一種，兩種，三種，四種，五種或更多種(或全部)表16中列出的細胞因子；(vii)產(chǎn)物中car表達細胞的轉導效率；(viii)受試者，例如來自受試者的樣品(例如，單采血液成分術樣品或表達car的細胞產(chǎn)品樣品，例如表達car19的細胞產(chǎn)品樣品(例如，ctl019))中cd27+pd-1-細胞的量，例如大于或等于1x107個細胞的量；或(ix)treg細胞或細胞群體的水平或活性，其中(i),(ii),(vi),(vii),(viii)或其任何組合的增加表明car表達細胞產(chǎn)物的效力增加，其中(iii),(iv),(ix)或其任何組合的增加表明car表達細胞產(chǎn)物的效力降低。在相關方面，本發(fā)明的特征在于優(yōu)化car表達細胞產(chǎn)物(例如表達car19的細胞產(chǎn)品樣品(例如ctl019))的制造方法。該方法包括:(1)獲得包含car表達細胞(例如，表達car的免疫效應細胞群體)的樣品；(2)體外激活car表達細胞；(3)通過確定以下的一個，二個，三個，四個，五個，六個，七個，八個或更多個(例如全部)，評估活化的car表達細胞的效力:(i)car表達細胞產(chǎn)物，例如cd4+或cd8+t細胞群體中cd27和/或cd45ro-(例如cd27+cd45ro-)免疫效應細胞的水平或活性；(ii)在car表達細胞產(chǎn)物中靜息的teff細胞，靜息的treg細胞，年輕的t細胞(例如較年輕的cd4或cd8細胞或γ/δt細胞)，或早期記憶t細胞或其組合的一個，兩個，三個或更多(例如，全部)的水平或活性；(iii)在car表達細胞產(chǎn)物中活化的teff細胞，活化的treg細胞，較老t細胞(例如較老的cd4或cd8細胞)或晚期記憶t細胞或其組合的一種，兩種，三種或更多種(例如，全部)的水平或活性；(iv)car表達細胞產(chǎn)物中的免疫細胞耗盡標志例如一種，兩種或更多種免疫檢查點抑制劑(例如pd-1，tim-3和/或lag-3)的水平或活性；(v)表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表16，表17，表18，表20，圖2b中列出的生物標志，pd-1，lag-3，tim-3，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,klrg1或cd19car表達細胞基因集特征的一種，兩種，三種，四種，五種，十種，二十種或更多種的水平或活性；(vi)car表達細胞產(chǎn)物樣品(例如car19表達細胞產(chǎn)物樣品(例如，ctl019))中的細胞因子水平或活性，其中所述細胞因子選自一種，兩種，三種，四種，五種或更多種(或全部)表16中列出的細胞因子；(vii)產(chǎn)物中car表達細胞的轉導效率；(viii)受試者，例如來自受試者的樣品(例如，單采血液成分術樣品或表達car的細胞產(chǎn)品樣品，例如表達car19的細胞產(chǎn)品樣品(例如，ctl019))中cd27+pd-1-細胞的量，例如大于或等于1x107個細胞的量；或(ix)treg細胞或細胞群體的水平或活性，其中(i),(ii),(vi),(vii),(viii)或其任何組合的增加表明car表達細胞產(chǎn)物的效力增加，其中(iii),(iv),(ix)或其任何組合的增加表明car表達細胞產(chǎn)物的效力降低。在相關方面，本文公開了car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)產(chǎn)品(例如cd19car表達細胞，例如本文所述的cd19car表達細胞，例如，ctl019)以確定產(chǎn)品的效力或功效的制造方法。在一個實施方案中，所提供的方法包括從受試者例如血液，血清或血漿樣品提供生物樣品的步驟；確定表1a，1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l和klrg1中所列的一種或多種(例如2,3,4,5,10,15或更多)基因的表達水平，以獲得樣品的基因表達模式；(任選地)將獲得的基因表達模式與預定值進行比較；以及確定所獲得的值和所述預定值之間的差異。在一個實施方案中，確定的差異被記錄在質(zhì)量控制記錄中。在一些實施方案中，本文公開的任何方法還包括富集，例如分離具有(i),(ii),(vi),(vii),(viii)，或其任何組合的增加，或(iii)，(iv)，(ix)或其任何組合的減少的細胞。在另一方面，本發(fā)明的特征在于制造產(chǎn)品樣品的方法，所述產(chǎn)品樣品為例如基因工程化的t細胞，例如從受試者的血液獲得，例如制造的car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)產(chǎn)物，例如cd19car表達細胞產(chǎn)物，例如本文所述的cd19car表達細胞產(chǎn)物，例如ctl019)。在一個實施方案中，該方法包括:提供制造的產(chǎn)品樣品，例如基因工程化的t細胞，例如從受試者的血液獲得的，例如制造的car表達細胞產(chǎn)物，例如cd19car表達細胞產(chǎn)物，例如本文所述的cd19car表達細胞產(chǎn)物，例如ctl019)；(i)獲得從car表達細胞產(chǎn)物分泌的細胞因子表達譜(例如表14，表15或表16(例如ccl20，il-6和/或il-17a))；和/或(ii)獲得產(chǎn)品中car表達細胞的轉導效率的度量；基于確定的細胞因子水平或轉導效率(或兩者)鑒定適合于施用的car表達細胞產(chǎn)物；和任選地，選擇用于施用于受試者的car表達細胞產(chǎn)物，從而制造car表達細胞產(chǎn)物。在前述制造方法的某些實施方案中，細胞因子選自ccl20/mip3a,il17a,il6,gm-csf,ifnγ,il10,il13,il2,il21,il4,il5,il9或tnfα或其組合的一種，兩種，三種，四種，五種，六種，七種，或更多種(或全部)。在一個實施方案中，細胞因子選自il-17a,ccl20,il2,il6,或tnfa的一種，兩種，三種，四種或更多種(全部)。例如，細胞因子可以選自:il-17a和ccl20中的一種或兩種；ccl20/mip3a和il17a的一種或兩種；或ccl20/mip3a，il17a和il6的一種或兩種或全部。在一個實施方案中，細胞因子是ccl20/mip3a。在另一個實施方案中，細胞因子是il17a。在另一個實施方案中，細胞因子是il6。在前述制造方法的某些實施方案中，15％或以上的轉導效率表示增加的效力。在其它實施方案中，小于15％的轉導效率表明降低的效力。在某些實施方案中，任何上述制備方法還包括例如通過cd25消耗，gitr消耗或mtor抑制減少treg細胞的數(shù)目(例如，消耗)。備選或組合地，制造方法還包括使樣品例如單采血液成分術樣品樣品與抗gitr抗體接觸。在某些實施方案中，在體外激活后評估(i)，(ii)或(iii),(iv),(v),(vi),(vii),(viii),(ix)任一個的任何上述制備方法或其任何組合(例如，全部)。在一個實施方案中，細胞因子譜包括ccl20(也稱為mip3a)，il-17a,il-6,gm-csf,ifnγ,il-10,il-13,il-2,il-21,il-4,il-5,il-9和tnfα的一種或多種(例如一種，二種，三種，四種，五種，六種或更多種)。在一個實施方案中，細胞因子譜包括ccl20。在一個實施方案中，細胞因子譜包括il-17a。在一個實施方案中，細胞因子譜包括il-6。在一個實施方案中，細胞因子譜包括ccl20，il-17a和il-6的兩種或更多種(例如全部三種)。在一個實施方案中，所述方法還包括確定由car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)產(chǎn)物分泌的表14，表15或表16(例如，ccl20，il-17a和/或il-6)的一種或多種細胞因子的表達水平。在一個實施方案中，表14，表15或表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)的一種或多種細胞因子的分泌是應答于一種或多種靶腫瘤抗原對car表達細胞產(chǎn)物刺激。在一個實施方案中，本文所述的細胞因子特征或水平指示car表達細胞產(chǎn)物的效力。在一個實施方案中，本文所述的細胞因子特征是對血液癌癥(例如cll和all)中的car表達細胞產(chǎn)物的應答的標志。在一個實施方案中，本文所述的細胞因子特征或水平預測受試者對car表達細胞產(chǎn)物的應答。在一個實施方案中，表16中所述的細胞因子特征或水平預測受試者對car表達細胞產(chǎn)物的應答。在一個實施方案中，il-17a和ccl-20表達水平預測受試者對car表達細胞產(chǎn)物的應答。在一個實施方案中，該方法還包括以下一個或多個(例如，一個，兩個，三個或全部):獲得血液樣品，例如從受試者的血液獲得的t細胞群體；例如通過本文所述的方法激活t細胞群體；使用包含編碼car(例如本文所述的car,例如本文所述的cd19car,例如，ctl019)的核酸的載體例如轉導來自t細胞群體的細胞，遺傳工程化來自t細胞群體的細胞；擴增包含經(jīng)遺傳工程化的t細胞(例如通過本文所述的方法，例如用編碼car,例如，本文所述的car,例如本文所述的cd19car的核酸轉導的細胞)的t細胞群體。在一個實施方案中，本文所述的car轉導效率指示受試者對血液癌癥(例如cll和all)中的car表達細胞療法的應答。在一個實施方案中，本文所述的car轉導效率預測了受試者對血液疾病(例如cll和all)中car表達細胞療法的應答。在一個實施方案中，本文所述的細胞因子特征或水平用于在輸注于患者之前改善和/或修飾car表達細胞產(chǎn)物(例如，cd19car表達細胞產(chǎn)物，例如ctl019)。在一個實施方案中，本文所述的細胞因子特征或水平用于評估制造的car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)產(chǎn)物。在一個實施方案中，本文所述的細胞因子特征或水平提供制造方法優(yōu)化中的終點。在一個實施方案中，任何上述制備方法包括將比較結果記錄在用于car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)制劑(例如，如本文所述的制備的cd19car表達細胞制劑，例如ctl019)的質(zhì)量控制記錄中的步驟。在一個實施方案中，所述方法還包括從被鑒定為部分應答者或非應答者的受試者獲得t細胞的制劑，并增加所述制劑中初始t細胞的數(shù)量。在一個實施方案中，所述方法還包括將編碼car的核酸引入所述t細胞制劑中。在一個實施方案中，該方法還包括從被鑒定為部分應答者或非應答者的受試者獲得免疫效應細胞(例如t細胞)的制劑，并隨后用增加受試者中初始t細胞數(shù)量的活性劑治療，例如，受試者已經(jīng)用激酶抑制劑例如mtor抑制劑(例如本文所述)和/或檢查點抑制劑(例如本文所述)進行治療。在一個實施方案中，所述方法還包括將編碼car的核酸引入所述制劑的多種免疫效應細胞(例如t細胞)中。在一個實施方案中，car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)產(chǎn)物是cd19car表達細胞，例如本文所述的cd19car表達細胞，例如ctl019。在另一方面，本公開提供了一種或多種基因特征或表達譜，其區(qū)分癌癥，例如血液癌癥(例如all和cll)中car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)治療的復發(fā)者和car表達細胞治療的非復發(fā)者。在一個實施方案中，本文所述的一種或多種基因特征或表達譜可以使得能夠改進制成品，從而降低患者復發(fā)的可能性。在一個實施方案中，本文所述的基因特征用于修飾制成品的治療應用，從而降低患者復發(fā)的可能性。在一個實施方案中，本文所述的一種或多種基因特征或表達譜在car表達細胞治療(例如，cd19car表達細胞治療，例如ctl019治療)之前在受試者中進行鑒定，其預測car表達細胞治療的復發(fā)。在一個實施方案中，本文所述的一種或多種基因特征或表達譜在單采血液成分術樣品中被鑒定。在一個實施方案中，本文所述的一種或多種基因特征或表達譜在骨髓樣品中被鑒定。在一個實施方案中，本文所述的一種或多種基因特征或表達譜在輸注前在制備的car表達細胞產(chǎn)物(例如cd19car表達細胞產(chǎn)物，例如ctl019)中被鑒定。在一個實施方案中，在單采血液成分術前或在制備car表達細胞產(chǎn)物期間降低受試者中的treg水平或基因特征顯著降低了受試者復發(fā)的風險。在一個實施方案中，在用于car表達細胞產(chǎn)物制造的細胞收集之前,受試者用一種或多種減少treg細胞的療法預治療，從而降低受試者對car表達細胞治療(例如，ctl019治療)復發(fā)的風險。在一個實施方案中，降低treg細胞的方法包括但不限于向受試者施用環(huán)磷酰胺，抗gitr抗體，cd25-耗盡，mtor抑制劑或其組合中的一種或多種。施用環(huán)磷酰胺，抗gitr抗體，cd25耗盡，mtor抑制劑或其組合中的一種或多種可以在car表達細胞產(chǎn)物的輸注之前，期間或之后進行。在一個實施方案中，在收集用于car表達細胞產(chǎn)物制造的細胞之前，將受試者用環(huán)磷酰胺預治療，從而降低受試者對car表達細胞治療(例如ctl019治療)復發(fā)的風險。在一個實施方案中，在收集用于car表達細胞產(chǎn)物制造的細胞之前，用抗gitr抗體預治療受試者，從而降低受試者對car表達細胞治療(例如ctl019治療)復發(fā)的風險。在一個實施方案中，修飾car表達細胞制備方法，以在制備car表達細胞產(chǎn)物(例如ctl019產(chǎn)物)之前消耗treg細胞。在一個實施方案中，在制備car表達細胞產(chǎn)物(例如ctl019產(chǎn)物)之前，使用cd25消耗來消耗treg細胞。因此，在一些實施方案中，該方法還包括:a.提供免疫效應細胞(例如，t細胞或nk細胞)群體；和b.從群體中除去t調(diào)節(jié)細胞，從而提供t調(diào)節(jié)消耗的細胞群；其中在將編碼car的核酸引入群體之前進行步驟a)和b)。在該方法的實施方案中，t調(diào)節(jié)細胞包含cd25+t細胞，并使用抗cd25抗體或其片段從細胞群體中除去?？筩d25抗體或其片段可以與基質(zhì)例如珠綴合。在其它實施方案中，由步驟(b)提供的t調(diào)節(jié)耗盡細胞群含有少于30％,25％,20％,15％,10％,5％,4％,3％,2％,1％的cd25+細胞。在其他實施方案中，所述方法還包括從表達不包含cd25的腫瘤抗原的群體中移除細胞，以在將編碼car的核酸引入群體之前提供t調(diào)節(jié)性耗盡的和腫瘤抗原耗盡的細胞群體。腫瘤抗原可以選自cd19,cd30,cd38,cd123,cd20,cd14或cd11b，或其組合。在其它實施方案中，所述方法還包括從表達檢查點抑制劑的群體中移除細胞，以在將編碼car的核酸引入群體之前提供t調(diào)節(jié)耗盡的和抑制性分子耗盡的細胞群。抑制性分子，例如檢查點抑制劑，可以選自pd1,pd-l1,pd-l2,ctla4,tim3,ceacam(e.g.,ceacam-1,ceacam-3和/或ceacam-5),lag3,vista,btla,tigit,lair1,cd160,2b4,cd80,cd86,b7-h3(cd276),b7-h4(vtcn1),hvem(tnfrsf14或cd270),kir,a2ar,i類mhc，ii類mhc，gal9，腺苷和tgfr(例如，tgfrβ)，例如，如本文所述。本文公開的其它實施方案包括提供免疫效應細胞群。提供的免疫效應細胞群可以基于cd3，cd28，cd4，cd8，cd45ra和/或cd45ro中的一種或多種的表達來選擇。在某些實施方案中，提供的免疫效應細胞群是cd3+和/或cd28+。在該方法的某些實施方案中，所述方法進一步包括在已經(jīng)引入編碼car的核酸分子之后擴增細胞群。在實施方案中，細胞群擴增8天或更短的時間。在某些實施方案中，細胞群在培養(yǎng)物中擴增5天，并且所得細胞比在相同培養(yǎng)條件下在培養(yǎng)物中擴增9天的相同細胞更有效。在其他實施方案中，細胞群在培養(yǎng)物中擴增5天，并且與在相同培養(yǎng)條件下培養(yǎng)物中擴增9天的相同細胞相比，在抗原刺激時，顯示出細胞倍增至少增加1倍，2倍，3倍或4倍。在其他實施方案中，細胞群在培養(yǎng)物中擴增5天，并且與在相同培養(yǎng)條件下培養(yǎng)物中擴增9天的相同細胞相比，所得細胞表現(xiàn)出更高的促炎ifn-γ和/或gm-csf水平。在其它實施方案中，通過在刺激cd3/tcr復合物相關信號的活性劑和/或刺激細胞表面上的共刺激分子的配體的存在下培養(yǎng)細胞來擴增細胞群。該活性劑可以是與抗cd3抗體或其片段，和/或抗-cd28抗體或其片段綴合的珠。在其他實施方案中，細胞群在包括一種或多種白細胞介素的合適培養(yǎng)基中擴增，所述白細胞介素導致在14天擴增期中細胞至少增加200倍，250倍，300倍或350倍，如通過流式細胞術測量。在其他實施方案中，細胞群在存在il-15和/或il-7的情況下擴增。在某些實施方案中，該方法還包括在適當?shù)臄U增期后冷凍保存細胞群。在其他實施方案中，本文公開的制備方法還包括使免疫效應細胞群與編碼端粒酶亞基(例如htert)的核酸接觸。編碼端粒酶亞基的核酸可以是dna。在其它實施方案中，本文公開的制備方法還包括在包含2％hab血清的血清中培養(yǎng)免疫效應細胞群。在本文所述的任何方法、系統(tǒng)和試劑盒中，cd19car可以包含表12所述的抗cd19結合結構域，或cdr,例如表12中描述的抗cd19結合結構域的一個或多個(例如全部)hccdr1，hccdr2，hccdr3，lccdr1，lccdr2和lccdr3。在一個實施方案中，car可以包含以下之一或多個:前導序列，例如本文例如在表11中所述的前導序列；抗cd19結合結構域，例如本文,例如表12所述的抗cd19結合結構域；鉸鏈區(qū)，例如本文所述的鉸鏈區(qū)，例如表11中所述的鉸鏈區(qū)；跨膜結構域，例如本文,例如表11所述的跨膜結構域；和細胞內(nèi)信號傳導結構域(例如共刺激結構域和/或一級信號傳導結構域，例如本文例如表11中所述的共刺激結構域，和/或本文例如表11中所述的一級信號傳導結構域)。在一個實施方案中，cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)是表13中所述的ctl019或cd19car。盡管與本文所述類似或等同的方法和材料可以用于本發(fā)明的實踐或測試中，但是合適的方法和材料在下面描述。本文提及的所有出版物，專利申請，專利和其他參考文獻(例如，序列數(shù)據(jù)庫參考號)通過引用整體并入本文。例如，本文中提及的所有genbank，unigene和entrez序列，例如在本文的任何表中，例如表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表14，表17，表18和表20中的任何一個通過引用并入本文。除非另有說明，本文規(guī)定的序列登錄號，包括本文中任何表格，例如表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表14，表17，表18和表20中的任何一個，參考截至2014年10月8日的數(shù)據(jù)庫條目。當一個基因或蛋白質(zhì)引用多個序列登錄號時，包含所有序列變體。此外，材料，方法和實施例僅是說明性的而不是限制性的。標題，子標題或編號或字母元素，例如(a)，(b)，(i)等僅僅是為了便于閱讀而呈現(xiàn)。在本文件中使用標題或編號或字母元素不要求以字母順序執(zhí)行步驟或元素，或者步驟或元素必須彼此離散。本發(fā)明的其他特征，目的和優(yōu)點將從說明書和附圖以及權利要求書中變得顯而易見。附圖說明圖1描繪了示例性模型，其說明了在單采血液成分術中對t細胞進行的全基因組ctl019rnaseq分析以及針對21個cll和7個all樣品的ctl019制造之后的發(fā)現(xiàn)。該模型證明完全應答者(cr)的表達模式具有比非應答者(nr)更年輕的t細胞表型。記憶t細胞亞組在cr與nr之間差異富集，cr顯示與t記憶干細胞的相似性。圖2a描繪了在本文所述的全基因組ctl019rnaseq分析中分析的樣品數(shù)目的示例性直方圖。p＝產(chǎn)品；a＝單采血液成分術。圖2b是示出分析的概述的示例性示意圖。簡言之，對于每個基因集，應用3組統(tǒng)計模型來確定cll產(chǎn)物cr,pr和nr之間的元基因是否在統(tǒng)計學上是不同的。cr更像靜息teff細胞，而nr更像是活化的teff細胞。ctl019nr樣品比cr樣品處于更激活的狀態(tài)。圖3描繪了記憶t細胞前體和子集的示例性示意圖。不希望受特定理論的約束，ctl019樣品中記憶t細胞的狀態(tài)可能是應答的主要成分。圖4描述了說明tscm對tcm上調(diào)的基因集的元基因得分的示例性結果。x軸是應答組的樣品，其中a＝單采血液成分術和p＝產(chǎn)物。y軸是歸一化的元基因表達得分。富含cllcr(例如ctl019cr)的基因集也富含急性淋巴細胞白血病(alls)。all和cllcrs富集t干細胞(tscm)子集特異性基因，而cllpr和nrs富集在t中心記憶(tcm)子集基因中。在單采血液成分術中也可以看到與產(chǎn)品樣品相同的模式。所有表達模式與cllcr最相似，并且在靜息/未刺激/早期記憶t細胞的方向上更加極端。圖5a描繪了ctl019樣品的主要成分分析(pca)的示例性結果。該示例性pca結果示出了crs，all和正常樣品與pr和nr分開聚類。圖5b描繪了來自ctl019的pca和單采血液成分術樣品的示例性結果。該示例性pca結果說明，crs，all和正常樣品與prs和nrs以及從單采血液成分術聚類分開聚類。圖6描繪了描述單采血液成分術和產(chǎn)品樣品的免疫表型分型的示例性示意圖。圖7a和7b描繪了鑒定產(chǎn)品樣品中的應答的相關性的示例性多色流式細胞術分析結果。分析了來自cll患者的36個制備的ctl019樣品。樣品包括5個cr,8個pr,19個nr和3個待決的樣品。圖7a描述了說明cd4+細胞百分比和患者應答的示例性結果。圖7b描述了說明cd8+細胞百分比和患者應答的示例性結果。圖8a，圖8b，圖8c和圖8d描述了在t細胞上pd1和car19表達的示例性流式細胞術分析。圖8a和8b是代表性的流式細胞術譜圖，其證實在來自對car表達細胞治療的完全應答者(cr)或非應答者(nr)的受試者的cd4+t細胞上pd-1和car19表達的分布。圖8c是顯示來自對car表達細胞治療具有不同應答的受試者組的cd4+t細胞群體中pd1細胞百分比的圖。圖8d是顯示來自具有對car表達細胞治療的不同應答的受試者組的cd8+t細胞群體中pd1細胞的百分比的圖。圖9a和圖9b描繪了對作為car表達細胞治療的完全應答者(cr)或非應答者(nr)的受試者的t細胞上的pd1，car19和lag-3表達的示例性流式細胞術分析。圖9c描述了顯示來自對car表達細胞治療具有不同應答的受試者組的pd1和lag-3表達的分布的示例性結果。非應答者(nr)產(chǎn)物比cr具有更高百分比的pd1+car19+lag3+t細胞。這些數(shù)據(jù)表明nr產(chǎn)物顯示出pd1+car+的耗盡表型和lag3的共表達。圖10a和圖10b描繪了來自作為car表達細胞治療的完全應答者(cr)或非應答者(nr)的受試者的t細胞上的pd1，car19和tim-3表達的示例性流式細胞術分析。圖10c描述了顯示來自具有對car表達細胞治療具有不同應答的受試者組的pd1和tim-3表達的分布的示例性結果。非應答者(nr)產(chǎn)物比cr具有更高百分比的car19+pd1+tim3+細胞。這些數(shù)據(jù)表明nr產(chǎn)物表現(xiàn)出pd1+car+的耗盡表型和tim3的共表達。圖11描述了說明car產(chǎn)物中的cd27水平與患者應答相關的示例性結果。與pr和nr相比，crscd8+細胞顯示較高百分比的cd27+細胞。圖12描繪了確定單采血液成分術樣品中的應答相關性的示例性多色流式細胞術分析結果。分析了26例來自cll患者的單采血液成分術樣品。樣品包括4例cr,6例pr,14例nr和1例患者未入院。圖13描繪了示例性多色流式細胞術分析結果，其示出了較年輕的t細胞表型與對ctl019治療的應答之間的相關性。這些數(shù)據(jù)表明，cd8+cd45ro-在cd8+t細胞中的百分比預測了哪些cll患者將經(jīng)歷對ctl019的完全應答。圖14描繪了在ctl019治療之前人類患者中單采血液成像術的示例性分析。示例性結果說明，雖然患者1000-00045呈現(xiàn)非常少的t細胞，但是27％的t細胞是cd8+cd27+cd45ro-。圖15描繪了ctl019治療的患者應答(患者1000-00045)的示例性結果。cd8+cd27+cd45ro-t細胞是ctl019治療的患者應答的陽性預測子。這些示例性結果說明，單采血液成分術中良好的預后表型是高百分比的cd8+cd27+cd45ro-t細胞(初始或tscm表型)。ctl019產(chǎn)物的不良預后表型是高百分比的pd1+car+和lag3+或tim3+t細胞(耗盡的表型)。圖16描繪了計算機系統(tǒng)的示例性框圖，可以在其上實施各個方面和實施方案。圖17描繪了顯示刺激的ctl019產(chǎn)物和cll患者中細胞因子表達的雙重聚類的示例性熱圖。兩個聚類(聚類1和聚類3)幾乎完全由cr和pr組成，而其他兩個聚類(聚類2和聚類4)主要包含nr。平均來說，crs/prs與nrs的細胞因子表達水平較高。頂部小圖顯示熱圖圖像的紅色通道，中間小圖顯示藍色通道，底部小圖顯示綠色通道。圖18描繪了統(tǒng)計學顯著的細胞因子(例如ccl20/mip3a，il2，tnfα，il17a和il6)的對數(shù)歸一化表達的示例性結果，以區(qū)分cll患者中的cr,pr和nr。圖19a示出了示例性散點圖，其顯示了il17a(y軸)和ccl20(x軸)表達的對數(shù)歸一化相關性。虛線表示將nr與cr/pr分離的分類邊界。每個點代表cll患者，交叉陰影(nr)，黑色(pr)和白色(cr)代表臨床反應。相關系數(shù)由“r”(例如0.928的相關系數(shù))和使用“p值”(例如，對應的p值為1.36e-09)的相關p值表示。圖19b示出了ccl20與car+細胞百分比的相關性的示例性散點圖，相關系數(shù)為0.395，相應的p值為0.0761。每個點代表cll患者，交叉陰影(nr)，黑色(pr)和白色(cr)代表臨床反應。相關系數(shù)用“r”表示，相關性的相應的p值用“p值”表示。圖19c示出了顯示il17a與car+細胞百分比的相關性的示例性散點圖，相關系數(shù)為0.278，相應的p值為0.222。每個點代表cll患者，交叉陰影(nr)，黑色(pr)和白色(cr)代表臨床反應。相關系數(shù)用“r”表示，相關性的相應的p值用“p值”表示。圖20描繪了與非復發(fā)者，完全應答者(cr)相比，treg基因在復發(fā)者(r)中具有高表達水平的示例性結果(p＝0.000215)。x軸是應答組的樣品，其中cr＝完全應答者，r＝復發(fā)者。y軸是歸一化的元基因表達得分。圖21描繪了示例性散點圖，顯示了完全應答者(cr)(白色)，部分應答者(pr)(黑色)和非應答者(nr)(陰影)在收獲前的car+細胞百分比(即轉導率)。在收獲前測量轉導效率并與受試者應答(例如cr,pr或nr)相關。實線表示將大多數(shù)非應答者與應答者分開的15％轉導效率。不希望受到特定理論的約束，這些數(shù)據(jù)表明預收獲的car轉導率是對cll中car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)治療的應答的標志。圖22是描繪輸注的cd27+pd1-cart細胞數(shù)與治療應答之間關系的柱狀圖。圖23是描繪輸注的cd27+pd1-cart細胞數(shù)與治療應答之間的關系的散點圖。定義除非另有定義，本文使用的所有技術和科學術語具有與本發(fā)明所屬領域的普通技術人員通常理解的相同的含義。術語“一個”是指物體的語法對象中的一個或多于一個(即至少一個)。作為示例，“元素”是指一個元素或多于一個元素。當涉及諸如量，持續(xù)時間等的可測量值時，術語“約”意在包括±20％的變化或在某些情況下±10％，或在某些情況下±5％，或在某些情況下為±1％，或在某些情況下為指定值的±0.1％，因為這些變化適用于實施公開的方法。本文使用的術語“獲取”是指通過“直接獲取”或“間接獲得”物理實體或值，獲得物理實體(例如，樣品，多肽，核酸或序列)或值，例如數(shù)值的占有。“直接獲取”是指執(zhí)行方法(例如，執(zhí)行合成或分析方法)以獲得物理實體或值。“間接獲取”是指從另一方或來源(例如，直接獲取物理實體或值的第三方實驗室)接收物理實體或值。直接獲取物理實體包括執(zhí)行包括物理物質(zhì)(例如起始材料)的物理變化的方法。示例性變化包括從兩種或更多種起始材料制造物理實體，剪切或分裂物質(zhì)，分離或純化物質(zhì)，將兩個或更多個分離的實體組合成混合物，進行包括斷裂或形成共價或非共價鍵的化學反應。直接獲取值包括執(zhí)行包括樣品或其他物質(zhì)的物理變化的方法，例如，執(zhí)行包括物質(zhì)，例如樣品，分析物或試劑的物理變化的分析過程(有時在本文中稱為“物理分析”)，執(zhí)行分析方法，例如包括以下一個或多個的方法:從另一物質(zhì)中分離或純化物質(zhì)，例如分析物或其片段或其其他衍生物；將分析物或其片段或其他衍生物與另一物質(zhì)例如緩沖液，溶劑或反應物組合；或通過在分析物的第一和第二個原子之間破壞或形成共價鍵或非共價鍵來改變分析物或其片段或其它衍生物的結構；或者通過改變試劑或其片段或其他衍生物的結構，例如通過在試劑的第一和第二原子之間破壞或形成共價或非共價鍵。正如本文中使用的那樣，術語“抗體”是指源于特異性地結合抗原的免疫球蛋白分子的蛋白質(zhì)或多肽序列。抗體可以為多克隆的或單克隆的、多鏈或單鏈、或完整的免疫球蛋白，并且可以來源于天然來源或重組來源?？贵w可以為免疫球蛋白分子的四聚體。本文所述的生物標志的術語“改變的表達水平”(例如，表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16，表18，表20中列出的生物標志，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,klrg1,和cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)基因特征)指測試樣品,例如來自患有癌癥(例如，諸如all和cll的血液癌癥)的患者的樣品中標志的表達水平的增加(或減少)大于或小于用于評估表達的測定法的標準誤。在實施方案中，所述改變可以是對照樣品(例如，來自不患有相關疾病的健康受試者的樣品)中生物標志的表達水平或幾個對照樣品中的平均表達水平的至少兩倍，至少三倍，至少四倍，至少五倍，或至少十倍或以上更大或更小?？梢栽诘鞍踪|(zhì)或核酸(例如mrna)水平上確定“改變的表達水平”。術語“抗體片段”是指保留與抗原的表位特異性地相互作用(例如，通過結合、空間位阻、穩(wěn)定化/去穩(wěn)定化、空間分布)的能力的抗體的至少一部分?？贵w片段的實例包括，但不限于fab，fab'、f(ab')2、fv片段、scfv抗體片段、二硫鍵-連接的fvs(sdfv)、由vh和ch1結構域組成的fd片段、線性抗體、單域抗體比如sdab(vl或vh)、camelidvhh結構域、由抗體片段(例如包括在鉸鏈區(qū)通過二硫鍵連接的兩個fab片段的二價片段)形成的多特異性抗體和抗體的分離的cdr或其它表位結合片段?？乖Y合片段也可以被摻入單域抗體、最大抗體、微小抗體、納米抗體、胞內(nèi)抗體、雙抗體、三抗體、四抗體、v-nar和雙-scfv(參見，例如hollinger和hudson，naturebiotechnology23:1126-1136,2005)。抗原結合片段也可以接枝到基于多肽的支架，比如iii型纖連蛋白(fn3)(參見美國專利號:6,703,199，其描述了纖連蛋白多肽微小抗體)。術語“scfv”是指包含至少一個包括輕鏈的可變區(qū)抗體片段和至少一個包括重鏈的可變區(qū)的抗體片段的融合蛋白，其中所述輕鏈和重鏈可變區(qū)是經(jīng)由短的柔性多肽接頭鄰接的，并且能夠以單鏈多肽形式表達，且其中所述scfv保留其所來源的完整抗體的特異性。除非指定，否則如正如本文中使用的那樣，scfv可以以任何順序(例如相對于多肽的n-末端和c末端)具有所述的vl和vh可變區(qū)，scfv可以包括vl-接頭-vh或可以包括vh-接頭-vl。術語“抗體重鏈”是指以其天然存在的構象存在的抗體分子中兩種類型的多肽鏈中較大的一個，其通常決定抗體所屬的類別。術語“抗體輕鏈”是指以其天然存在的構象存在于抗體分子中兩種類型的多肽鏈中中較小的一個。kappa(κ)和lambda(λ)輕鏈是指兩種主要的抗體輕鏈同種型。本文所用的術語“互補決定區(qū)”或“cdr”是指抗體可變區(qū)內(nèi)的賦予抗原特異性和結合親和力的氨基酸序列。例如，通常，每個重鏈可變區(qū)中有三個cdr(例如，hcdr1，hcdr2和hcdr3)，以及每個輕鏈可變區(qū)中有三個cdr(lcdr1，lcdr2和lcdr3)。給定cdr的精確氨基酸序列邊界可以使用許多眾所周知的方案中的任何一種來確定，包括由kabatetal.(1991),“sequencesofproteinsofimmunologicalinterest,”5thed.publichealthservice,nationalinstitutesofhealth,bethesda,md(“kabat”編號方案),al-lazikanietal.,(1997)jmb273,927-948(“chothia”編號方案)描述的方案或其組合。在kabat編號方案下，在一些實施方案中，重鏈可變結構域(vh)中的cdr氨基酸殘基編號為31-35(hcdr1)，50-65(hcdr2)和95-102(hcdr3)；輕鏈可變結構域(vl)中的cdr氨基酸殘基編號為24-34(lcdr1)，50-56(lcdr2)和89-97(lcdr3)。在chothia編號方案下，在一些實施方案中，vh中的cdr氨基酸編號為26-32(hcdr1)，52-56(hcdr2)和95-102(hcdr3)；并且vl中的cdr氨基酸殘基編號為26-32(lcdr1)，50-52(lcdr2)和91-96(lcdr3)。在組合的kabat和chothia編號方案中，在一些實施方案中，cdr對應于作為kabatcdr,chothiacdr或兩者的一部分的氨基酸殘基。例如，在一些實施方案中，cdr對應vh，例如哺乳動物vh，例如人vh中的氨基酸殘基26-35(hcdr1),50-65(hcdr2),和95-102(hcdr3)；和vl，例如哺乳動物vl，例如人vl中的氨基酸殘基24-34(lcdr1)，50-56(lcdr2)和89-97(lcdr3)。術語“抗癌作用”是指可以通過多種手段表現(xiàn)的生物效應，包括但不限于例如腫瘤體積減小、癌細胞數(shù)量減少、轉移數(shù)量減少、預期壽命增加、癌細胞增殖減少、癌細胞存活率降低或與癌性病癥有關的各種生理學癥狀的改善?！翱拱┳饔谩币部梢酝ㄟ^肽、多核苷酸、細胞和抗體預防癌癥首次出現(xiàn)的能力。術語“抗癌作用”是指可以通過各種手段表現(xiàn)的生物學效應，包括但不限于例如腫瘤體積減小、腫瘤細胞數(shù)量減少、腫瘤細胞增殖減少或腫瘤細胞存活率降低。術語“同種異體的”是指來源于與將導入物質(zhì)的個體相同物種的不同動物的任何物質(zhì)。當一個或更多個基因座的基因不相同時，兩個或多個個體被認為是彼此同種異體的。在某些方面，來自相同物種的個體的同種異體物質(zhì)可以在遺傳上是足夠不同的而以在抗原性上相互作用。.本文所用的術語“單采血液成分術”是指體外方法，供體或患者的血液通過該方法從供體或患者中移出并通過分離出選擇的特定成分的裝置并將其余部分，例如通過再輸血返回供體或患者的循環(huán)。因此，在“單采血液成分術樣品”的上下文中，是指使用單采血液成分術獲得的樣品。術語“自體”是指從同一個體獲得的任何材料，該材料后來被重新引入該個體?！吧飿酥尽被颉皹酥尽笔墙?jīng)歷表達改變的基因，mrna或蛋白質(zhì)，所述改變與癌癥(例如血液癌癥，例如all和cll)的進展或對治療的反應性相關。與從受試者的基線或先前值、不同時間間隔的受試者、癌癥患者群體的平均值或中值、健康對照或健康受試群體(例如對照)獲得的樣品的量和/或活性相比，從患有癌癥的受試者獲得的生物樣品(例如，血液，血漿或血清樣品)中的改變可以是量和/或活性的改變；表達和/或活性的這種改變與具有癌癥疾病狀態(tài)的受試者(例如，血液癌癥如all和cll)對car表達細胞(例如，表達car的免疫效應細胞(例如，表達car的t細胞，nk細胞)治療，例如cd19car表達細胞治療的應答性相關聯(lián)。例如，與從對照受試者獲得的生物樣品相比，從患有或懷疑患有癌癥的受試者獲得的生物樣品中，預測對治療劑應答性的本發(fā)明的標志可以具有改變的表達水平，蛋白質(zhì)水平，或蛋白質(zhì)活性。術語“癌癥”是指特征為異常細胞的不受控制生長的疾病。癌細胞可以局部擴散或穿過血流和淋巴系統(tǒng)至身體的其他部分。各種癌癥的實例是本文描述的，包括但不限于乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌、宮頸癌、皮膚癌、胰腺癌、結腸直腸癌、腎癌、肝癌、腦癌、淋巴瘤、白血病、肺癌等。癌癥包括但不限于b細胞急性淋巴細胞白血病(b-all)，t細胞急性淋巴細胞白血病(t-all)，急性淋巴細胞白血病(all)，慢性骨髓性白血病(cml)，慢性淋巴細胞白血病(cll)，b細胞早幼粒細胞白血病，母細胞性漿細胞樣樹突狀細胞瘤，伯基特淋巴瘤，彌漫性大b細胞淋巴瘤，濾泡淋巴瘤，毛細胞白血病，小細胞或大細胞濾泡淋巴瘤，惡性淋巴細胞增生癥，malt淋巴瘤，外套細胞淋巴瘤(mcl)，邊緣區(qū)淋巴瘤，多發(fā)性骨髓瘤，骨髓發(fā)育不良和骨髓增生異常綜合征，非霍奇金淋巴瘤，霍奇金淋巴瘤，漿母細胞淋巴瘤，漿細胞樣樹突狀細胞腫瘤和瓦爾登斯特隆巨球蛋白血癥。在一個實施方案中，癌癥與cd19表達相關。術語“腫瘤”和“癌癥”在本文中可互換使用，例如，這兩個術語包括實體和液體腫瘤。如本文所用，術語“癌癥”或“腫瘤”包括惡化前，以及惡性癌癥和腫瘤。術語“與癌癥相關的抗原”或“腫瘤抗原”可互換地是指與正常細胞相比全部地或以片段形式(例如mhc/肽)優(yōu)選在癌細胞表面上被表達的分子(通常為蛋白質(zhì)、碳水化合物或脂質(zhì))，并且其用于將藥理學活性劑優(yōu)先靶向癌細胞。在某些實施方式中，腫瘤抗原為由正常細胞和癌細胞表達的標志，例如譜系標志例如在b細胞上的cd19。在某些實施方式中，與癌癥相關的抗原為在癌細胞中與正常細胞相比過表達的細胞表面分子，例如與正常細胞相比1倍過表達、2倍過表達、3倍或以上過表達。在某些實施方式中，與癌癥相關的抗原為癌細胞中被不適當?shù)睾铣傻募毎砻娣肿?，例如，與正常細胞上被表達的分子相比含有缺失、添加或突變的分子。在某些實施方式中，腫瘤抗原應當全部或以片段形式(例如，mhc/肽)被專一性地表達在癌細胞的細胞表面上，而不是在正常細胞的表面上合成或表達。在某些實施方式中，本發(fā)明的car包括包含結合mhc呈遞肽的抗原結合結構域(例如，抗體或抗體片段)的car。通常，來源于內(nèi)源蛋白質(zhì)的肽填充主要組織相容性復合體(mhc)的i類分子的口袋，并且被cd8+t淋巴細胞上的t細胞受體(tcrs)識別。i類mhc復合體由全部有核細胞組成型表達。在癌癥中，病毒特異性和/或腫瘤特異性肽/mhc復合體代表免疫療法的獨特類型的細胞表面靶點。已經(jīng)描述了在人類白細胞抗原(hla)-a1或hla-a2的情形中來源于病毒或腫瘤抗原的tcr-樣抗體靶向肽(參見，例如sastry等人,jvirol.201185(5):1935-1942；sergeeva等人,blood,2011117(16):4262-4272；verma等人,jimmunol2010184(4):2156-2165；willemsen等人,genether20018(21):1601-1608；dao等人,scitranslmed20135(176):176ra33；tassev等人,cancergenether201219(2):84-100)。例如，tcr-樣抗體可以從篩選庫比如人scfv噬菌體展示文庫鑒別。如本文所用，術語“cd19”是指分化簇19蛋白，其是可在白血病前體細胞上檢測的抗原決定簇。人和鼠氨基酸和核酸序列可以在公共數(shù)據(jù)庫中找到，例如genbank，uniprot和swiss-prot。例如，人cd19的氨基酸序列可以作為uniprot/swiss-prot登錄號p15391找到，編碼人cd19的核苷酸序列可以在登錄號nm_001178098中找到。如本文所用，“cd19”包括包含突變的蛋白質(zhì)，例如全長野生型cd19的點突變，片段，插入，缺失和剪接變體。cd19在大多數(shù)b系癌癥上表達，包括例如急性成淋巴細胞白血病，慢性淋巴細胞白血病和非霍奇金淋巴瘤。表達cd19的其他細胞在“與cd19的表達相關的疾病”的定義中提供。它也是b細胞祖細胞的早期標志。參見例如nicholsonetal.,mol.immun.34(16-17):1157-1165(1997)。一方面，car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)的抗原結合部分識別并結合cd19蛋白的細胞外結構域內(nèi)的抗原。一方面，cd19蛋白在癌細胞上表達。在一個實施方案中，cd19具有野生型序列，例如野生型人類序列。在另一個實施方案中，cd19具有突變序列，例如突變?nèi)诵蛄行g語“嵌合抗原受體”或“car”是指一組多肽，在最簡單的實施方案中通常有兩種，其當在免疫效應細胞中時，提供細胞對靶細胞(通常為癌細胞)的特異性，并產(chǎn)生細胞內(nèi)信號。在一些實施方案中，car包含至少一個細胞外抗原結合結構域，跨膜結構域和胞質(zhì)信號傳導結構域(本文中也稱為“細胞內(nèi)信號傳導結構域”)，其包含衍生自如下所定義的刺激分子和/或共刺激分子的功能性信號傳導結構域。在一些實施方案中，該組多肽在相同的多肽鏈中(例如，包含嵌合融合蛋白)。在一些實施方案中，該組多肽彼此不連續(xù)，例如在不同的多肽鏈中。在一些方面，該組多肽包括二聚化開關，其在二聚化分子的存在下可將多肽彼此偶聯(lián)，例如可將抗原結合結構域偶聯(lián)至胞內(nèi)信號傳導結構域。一方面，car的刺激分子是與t細胞受體復合物相關的ζ鏈。在一個方面，細胞質(zhì)信號傳導結構域包含一級信號傳導結構域(例如，cd3-ζ的一級信號傳導結構域)。在一個方面，細胞質(zhì)信號傳導結構域還包含一個或多個衍生自如下定義的至少一種共刺激分子的功能性信號傳導結構域。一方面，共刺激分子選自4-1bb(即cd137)，cd27，icos和/或cd28。一方面，car包含嵌合融合蛋白，其包含細胞外抗原識別結構域，跨膜結構域和包含衍生自刺激分子的功能性信號傳導結構域的細胞內(nèi)信號傳導結構域。一方面，car包含嵌合融合蛋白，其包含細胞外抗原識別結構域，跨膜結構域和細胞內(nèi)信號傳導結構域，細胞內(nèi)信號傳導結構域包含衍生自共刺激分子的功能性信號傳導結構域和衍生自刺激分子的功能性信號傳導結構域。一方面，car包含嵌合融合蛋白，其包含細胞外抗原識別結構域，跨膜結構域和細胞內(nèi)信號傳導結構域，細胞內(nèi)信號傳導結構域包含衍生自一個或多個共刺激分子的功能性信號傳導結構域和衍生自刺激分子的功能性信號傳導結構域。一方面，car包括嵌合融合蛋白，其包含細胞外抗原識別結構域，跨膜結構域和細胞內(nèi)信號傳導結構域，細胞內(nèi)信號傳導結構域包含至少兩個衍生自一個或多個共刺激分子的功能性信號傳導結構域和衍生自刺激分子的功能性信號傳導結構域。在一個方面，car包含car融合蛋白的氨基末端(n-ter)上任選的前導序列。在一個方面，car進一步包含在細胞外抗原識別結構域的n末端的前導序列，其中前導序列任選地在細胞加工過程中從抗原識別結構域(例如scfv)切除，并將car定位于細胞膜。在一個實施方案中，car是ctl019。包含抗體或其抗體片段的car組合物的部分可以多種形式存在，其中抗原結合結構域被表達為連續(xù)多肽鏈的一部分，包括例如單結構域抗體片段(sdab)，單鏈抗體(scfv)和人源化抗體(harlowetal.,1999,in:usingantibodies:alaboratorymanual,coldspringharborlaboratorypress,ny；harlowetal.,1989,in:antibodies:alaboratorymanual,coldspringharbor,newyork；houstonetal.,1988,proc.natl.acad.sci.usa85:5879-5883；birdetal.,1988,science242:423-426)。一方面，本發(fā)明的car組合物的抗原結合結構域包含抗體片段。另一方面，car包含含有scfv的抗體片段。如本文所用，術語“結合結構域”或“抗體分子”是指包含至少一個免疫球蛋白可變結構域序列的蛋白質(zhì)，例如免疫球蛋白鏈或其片段。術語“結合結構域”或“抗體分子”包括抗體和抗體片段。在一個實施方案中，抗體分子是多特異性抗體分子，例如，其包含多個免疫球蛋白可變結構域序列，其中多個免疫球蛋白可變結構域序列的第一免疫球蛋白可變結構域序列具有對第一表位的結合特異性和多個免疫球蛋白可變結構域序列的第二免疫球蛋白可變結構域序列具有對第二表位的結合特異性。在一個實施方案中，多特異性抗體分子是雙特異性抗體分子。雙特異性抗體對不超過兩種抗原具有特異性。雙特異性抗體分子的特征在于對第一表位具有結合特異性的第一免疫球蛋白可變結構域序列和對第二表位具有結合特異性的第二免疫球蛋白可變結構域序列。包含抗體或其抗體片段的本發(fā)明car的部分可以以多種形式存在，其中抗原結合結構域被表達為連續(xù)多肽鏈的一部分，包括例如單結構域抗體片段(sdab)，單鏈抗體(scfv)，人源化抗體或雙特異性抗體(harlowetal.,1999,in:usingantibodies:alaboratorymanual,coldspringharborlaboratorypress,ny；harlowetal.,1989,in:antibodies:alaboratorymanual,coldspringharbor,newyork；houstonetal.,1988,proc.natl.acad.sci.usa85:5879-5883；birdetal.,1988,science242:423-426)。一方面，本發(fā)明的car組合物的抗原結合結構域包含抗體片段。另一方面，car包含含有scfv的抗體片段。短語“與cd19表達相關的疾病”包括但不限于與cd19(例如，野生型或突變型cd19)表達相關的疾病或與表達或在任何時間表達cd19的細胞相關的病癥，包括，例如增殖性疾病如癌癥或惡性腫瘤或癌前病癥例如骨髓發(fā)育不良，骨髓增生異常綜合征或白血病前期；或與表達cd19的細胞相關的非癌癥相關適應證。為了避免疑問，與cd19表達相關的疾病可以包括與目前不表達cd19的細胞相關的病癥，例如因為cd19表達已被下調(diào)，例如由于用靶向cd19的分子例如，cd19car治療，但從前表達cd19。一方面，與cd19的表達相關的癌癥是血液癌癥。一方面，血液癌癥是白血病或淋巴瘤。一方面，與cd19的表達相關的癌癥包括癌癥和惡性腫瘤，包括但不限于例如一種或多種急性白血病，包括但不限于例如急性骨髓性白血病(aml)，b細胞急性淋巴細胞白血病(“b-all”)，t細胞急性淋巴細胞白血病(“t-all”)，急性淋巴細胞白血病(all)；一種或多種慢性白血病，包括但不限于例如慢性骨髓性白血病(cml)，慢性淋巴細胞性白血病(cll)。與cd19表達相關的額外癌癥或血液病包括但不限于例如b細胞早幼粒細胞白血病，母細胞性漿細胞樣樹突狀細胞瘤，伯基特淋巴瘤，彌漫性大b細胞淋巴瘤，濾泡淋巴瘤，毛細胞白血病，小細胞或大細胞濾泡淋巴瘤，惡性淋巴細胞增生癥，malt淋巴瘤，套細胞淋巴瘤(mcl)，邊緣區(qū)淋巴瘤，多發(fā)性骨髓瘤，骨髓發(fā)育不良和骨髓增生異常綜合征，非霍奇金淋巴瘤，霍奇金淋巴瘤，漿母細胞淋巴瘤，漿細胞樣樹突狀細胞腫瘤，瓦爾登斯特倫巨球蛋白血癥，骨髓增生性腫瘤；組織細胞病變(例如，肥大細胞病癥或母細胞性漿細胞樣樹突狀細胞瘤)；肥大細胞疾病，例如系統(tǒng)性肥大細胞增多癥或肥大細胞白血??；b細胞淋巴細胞性白血病，漿細胞骨髓瘤和“白血病前期”，它們是通過骨髓血液細胞的無效生產(chǎn)(或發(fā)育不良)聯(lián)合在一起的血液病癥的多樣化集合，等。與cd19表達相關的其它疾病包括但不限于例如與cd19表達相關的非典型和/或非經(jīng)典癌癥，惡性腫瘤，癌前病癥或增殖性疾病。與cd19表達相關的非癌癥相關適應證包括但不限于例如自身免疫性疾病(例如狼瘡)，炎癥性病癥(變態(tài)反應和哮喘)和移植。在一些實施方案中，表達腫瘤抗原的細胞表達或在任何時候表達編碼腫瘤抗原的mrna。在一個實施方案中，表達腫瘤抗原的細胞產(chǎn)生腫瘤抗原蛋白(例如野生型或突變型)，并且腫瘤抗原蛋白可以以正常水平或降低的水平存在。在一個實施方案中，表達腫瘤抗原的細胞在一點產(chǎn)生可檢測水平的腫瘤抗原蛋白質(zhì)，隨后基本上不產(chǎn)生可檢測的腫瘤抗原蛋白。在其它實施方案中，該疾病是cd19陰性癌癥，例如cd19陰性復發(fā)性癌癥。在一些實施方案中，表達腫瘤抗原(例如cd19)的細胞表達或在任何時候表達了編碼腫瘤抗原的mrna。在一個實施方案中，表達腫瘤抗原(例如cd19)的細胞產(chǎn)生腫瘤抗原蛋白(例如野生型或突變型)，并且腫瘤抗原蛋白可以以正常水平或降低的水平存在。在一個實施方案中，表達腫瘤抗原(例如cd19)的細胞在一點產(chǎn)生可檢測水平的腫瘤抗原蛋白質(zhì)，隨后基本上不產(chǎn)生可檢測的腫瘤抗原蛋白。術語“共刺激分子”是指與共刺激配體特異性結合從而介導t細胞的共刺激應答，例如但不限于增殖的t細胞上的同源結合配偶體。共刺激分子是有效免疫應答所需的除抗原受體或其配體之外的細胞表面分子。共刺激分子包括但不限于i類mhc分子，tnf受體蛋白，免疫球蛋白樣蛋白，細胞因子受體，整聯(lián)蛋白，信號淋巴細胞活化分子(slam蛋白)，激活nk細胞受體，btla，toll配體受體，ox40,cd2,cd7,cd27,cd28,cd30,cd40,cds,icam-1,lfa-1(cd11a/cd18),4-1bb(cd137),b7-h3,cds,icam-1,icos(cd278),gitr,baffr,light,hvem(lightr),kirds2,slamf7,nkp80(klrf1),nkp44,nkp30,nkp46,cd19,cd4,cd8alpha,cd8beta,il2rbeta,il2rgamma,il7ralpha,itga4,vla1,cd49a,itga4,ia4,cd49d,itga6,vla-6,cd49f,itgad,cd11d,itgae,cd103,itgal,cd11a,lfa-1,itgam,cd11b,itgax,cd11c,itgb1,cd29,itgb2,cd18,lfa-1,itgb7,nkg2d,nkg2c,tnfr2,trance/rankl,dnam1(cd226),slamf4(cd244,2b4),cd84,cd96(tactile),ceacam1,crtam,ly9(cd229),cd160(by55),psgl1,cd100(sema4d),cd69,slamf6(ntb-a,ly108),slam(slamf1,cd150,ipo-3),blame(slamf8),selplg(cd162),ltbr,lat,gads,slp-76,pag/cbp,cd19a,和與cd83特異性結合的配體。共刺激胞內(nèi)信號傳導結構域是指共刺激分子的細胞內(nèi)部分。胞內(nèi)信號傳導結構域可以包括衍生其的分子的全部細胞內(nèi)部分或全部天然胞內(nèi)信號傳導結構域、或其功能片段。如本文所使用的，“應答者或復發(fā)者狀態(tài)的值”包括預測受試者對治療(例如，包含或由如本文所述car表達細胞療法組成的治療)的應答性或復發(fā)的測量(例如，水平)。在一些實施方案中，該測量是定性的或定量的。在一些實施方案中，應答者或復發(fā)者狀態(tài)的值是完全應答者，部分應答者，非應答者，復發(fā)者或非復發(fā)者。在一些實施方案中，應答者或復發(fā)者狀態(tài)的值是作為完全應答者，部分應答者，非應答者，復發(fā)者或非復發(fā)者的概率。在一些實施方案中，可以基于如本文所述的(i)-(viii)中任何一項的測量來確定應答者或復發(fā)者狀態(tài)的值。關于應答性，如果受試者中癌癥(例如，血液癌癥，例如癌細胞生長，增殖和/或存活)參數(shù)被延遲或減少可檢測的量，例如約5％,10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％或更多(如通過任何適當?shù)臏y量，例如質(zhì)量，細胞計數(shù)或體積測定)，那么受試者應答治療。在一個實例中，如果與不施用治療的預期壽命相比，受試者經(jīng)歷預期壽命延長約5％,10％,20％,30％,40％,50％或更高，則受試者應答治療。在另一個實例中，如果受試者具有增加的無病生存期，總生存期或增加的進展時間，則受試者應答治療?？梢允褂脦追N方法來確定患者是否應答治療，包括例如nccn腫瘤學臨床實踐指南(nccn)提供的標準。例如，在b-all的上下文中，完全應答或完全應答者可以涉及以下一種或多種:<5％bm胚細胞，>1000個嗜中性粒細胞/anc(/l),>10萬血小板(/l)，無循環(huán)胚細胞或髓外疾病(無淋巴結病，脾腫大，皮膚/牙齦浸潤/睪丸質(zhì)量/cns受累)，三線造血，無復發(fā)持續(xù)4周。部分應答者可能涉及以下一種或多種:bm胚細胞≥50％減少，>1000個嗜中性粒細胞/anc(/l)，>100,000血小板(/l)。非應答者可以顯示疾病進展，例如bm胚細胞中>25％。本文所用的“完全應答者”是指具有疾病例如癌癥的患者，其對治療表現(xiàn)出完全應答，例如完全緩解。例如使用nccn或chesonetal,jclinoncol17:1244(1999)和chesonetal.,“revisedresponsecriteriaformalignantlymphoma”,jclinoncol25:579-586(2007)(兩者均通過引用完整并入本文)，可以確定完全應答，如本文所述。本文所用的“部分反應者”是指具有疾病例如癌癥的受試者，其對治療表現(xiàn)出部分應答，例如部分緩解?？梢岳缡褂胣ccn或本文所述的cheson標準來鑒定部分應答。本文所用的“非應答者”是指具有疾病例如癌癥的受試者，其不顯示對治療的應答，例如患者具有穩(wěn)定的疾病或進行性疾病?？梢岳缡褂胣ccn或本文所述的cheson標準來鑒定非應答者。本文所用的術語“復發(fā)”是指在初始應答期(例如，完全應答或部分應答)之后，例如在用療法例如癌癥療法進行的先前治療之后再次出現(xiàn)疾病(例如癌癥)。初始應答期可能涉及癌細胞水平低于某一閾值，例如低于20％,15％,10％,5％,4％,3％,2％,或1％。再次出現(xiàn)可能涉及癌細胞升高到一定閾值以上的水平，例如高于20％,15％,10％,5％,4％,3％,2％,或1％。例如，在b-all的上下文中，再次出現(xiàn)可能涉及例如在完全應答之后血液，骨髓(>5％)或任何髓外部位中的胚細胞的再次出現(xiàn)。在這種情況下，完全應答可能涉及<5％的bm胚細胞。更一般地，在一個實施方案中，應答(例如，完全應答或部分應答)可以涉及不存在可檢測的mrd(最小殘留疾病)。在一個實施方案中，初始應答期持續(xù)至少1,2,3,4,5或6天；至少1，2，3或4周；至少1，2，3，4，6，8，10或12個月；或至少1，2，3，4或5年。在一些實施方案中，包括cd19抑制劑(例如cd19car療法)的療法可能復發(fā)或對治療頑固。復發(fā)或抗性可以由cd19損失(例如，抗原損失突變)或降低cd19水平的其它cd19改變引起(例如由cd19陰性克隆的克隆選擇引起)。攜帶這種cd19損失或改變的癌癥在本文被稱為“cd19陰性癌癥”或“cd19陰性復發(fā)癌癥”)。應當理解，cd19陰性癌癥不需要100％的cd19損失，而是足夠減少cd19療法的有效性，使得癌癥復發(fā)或變得難治。在一些實施方案中，cd19陰性癌癥來自cd19car療法。在一些實施方案中，cd19陰性多發(fā)性骨髓瘤可以用cd19car表達療法來治療，例如，如2015年4月7日提交的pct/us2015/024671中所述(例如，第9和90段及其中的實施例6)，其全部內(nèi)容通過引用并入本文。在一些實施方案中，cd19陰性癌癥可以用表達car的療法例如cd123car表達療法來治療，例如如2015年8月19日提交的pct/us2015/045898中所述(例如，第26頁，第30頁和其中的實施例7)，其通過引用整體并入。術語“內(nèi)源性”是指來自或產(chǎn)生于生物，細胞，組織或系統(tǒng)內(nèi)的任何物質(zhì)。術語“有效量”或“治療有效量”在本文中可互換使用，并且是指有效實現(xiàn)特定生物學結果的本文所述的化合物，制劑，材料或組合物的量。術語“外源性”是指從生物，細胞，組織或系統(tǒng)外面引入或產(chǎn)生的任何物質(zhì)。術語“表達”是指由啟動子驅動的特定核苷酸序列的轉錄和/或翻譯。如在scfv的上下文中使用的那樣，術語“柔性的多肽接頭”或“接頭”是指由比如單獨或聯(lián)合使用的甘氨酸和/或絲氨酸殘基的氨基酸組成的肽接頭，其將可變的重鏈和可變的輕鏈區(qū)域連接在一起。在一種實施方式中，柔性的多肽接頭為gly/ser接頭且包含氨基酸序列(gly-gly-gly-ser)n，其中n為等于或大于1的正整數(shù)。例如，n＝1、n＝2、n＝3.n＝4、n＝5、n＝6、n＝7、n＝8、n＝9和n＝10(seqidno:28)。在一種實施方式中，柔性的多肽接頭包括但不限于(gly4ser)4(seqidno:29)或(gly4ser)3(seqidno:30)。在另一種實施方式中，接頭包括多個重復的(gly2ser)、(glyser)或(gly3ser)(seqidno:31)。在本發(fā)明的范圍內(nèi)也包括被描述在wo2012/138475中的接頭，將其并入本文作為參考。本文中可互換使用的術語“同源性”或“同一性”是指兩個多核苷酸序列之間或兩個多肽序列之間的序列相似性，同一性是更嚴格的比較。短語“百分比同一性或同源性”和“％同一性或同源性”是指在兩個或多個多核苷酸序列或兩個或多個多肽序列的比較中發(fā)現(xiàn)的序列相似性的百分比?！靶蛄邢嗨菩浴笔侵冈趦蓚€或更多個多核苷酸序列之間的堿基對序列(通過任何合適的方法測定)的百分比相似性。兩個或更多個序列可以是從0-100％任一點相似的，或其間的任何整數(shù)值。同一性或相似性可以通過比較每個序列中的位置來確定，可以為了比較目的而比對所述序列。當比較的序列中的位置被相同的核苷酸堿基或氨基酸占據(jù)時，則該位置處的分子是相同的。多核苷酸序列之間的相似性或同一性程度是多核苷酸序列共有位置上相同或匹配核苷酸數(shù)量的函數(shù)。多肽序列的同一性程度是多肽序列共有位置上相同氨基酸數(shù)量的函數(shù)。多肽序列的同源性或相似性程度是多肽序列共有位置上的氨基酸數(shù)量的函數(shù)。本文所用的術語“基本同源性”是指至少50％，至少60％，至少65％，至少70％，至少75％，至少80％，至少85％，至少90％，至少95％或以上的同源性。非人(例如，鼠抗體)的“人源化”形式是嵌合免疫球蛋白，免疫球蛋白鏈或其片段(如fv,fab,fab',f(ab')2或抗體的其他抗原結合子序列)，其含有來自非人免疫球蛋白的最小序列。在大多數(shù)情況下，人源化抗體及其抗體片段是人免疫球蛋白(受體抗體或抗體片段)，其中來自接受者的互補決定區(qū)(cdr)的殘基被來自非人物種例如小鼠，大鼠或兔(供體抗體)的具有所希望的特異性，親和力和容量的cdr的殘基所取代。在一些情況下，人免疫球蛋白的fv構架區(qū)(fr)殘基被相應的非人殘基代替。此外，人源化抗體/抗體片段可以包含在受體抗體中以及輸入的cdr或構建序列中均不存在的殘基。這些修飾可以進一步改進和優(yōu)化抗體或抗體片段性能。通常，人源化抗體或其抗體片段將包含基本上所有的至少一個，通常為兩個可變結構域，其中所有或基本上所有的cdr區(qū)對應于非人免疫球蛋白的cdr區(qū)域，fr區(qū)的全部或重要部分是人免疫球蛋白序列的部分。人源化抗體或抗體片段還可包含至少一部分免疫球蛋白恒定區(qū)(fc)，通常為人免疫球蛋白的恒定區(qū)。更多細節(jié)參見jonesetal.,nature,321:522-525,1986；reichmannetal.,nature,332:323-329,1988；presta,curr.op.struct.biol.,2:593-596,1992。本文使用的術語“免疫效應細胞”是指涉及免疫應答，例如涉及促進免疫效應應答的細胞。免疫效應細胞的實例包括t細胞，例如α/βt細胞和γ/δt細胞，b細胞，自然殺傷(nk)細胞，自然殺傷t(nk-t)細胞，肥大細胞和骨髓來源的吞噬細胞。如本文所用的術語“免疫效應功能或免疫效應應答”是指例如增強或促進靶細胞免疫攻擊的免疫效應細胞的功能或應答。例如，免疫效應功能或應答是指促進靶細胞殺死或生長或增殖的抑制的t或nk細胞的特性。在t細胞的情況下，主要刺激和共刺激是免疫效應功能或應答的實例。術語“效應功能”是指細胞的特化功能。例如，t細胞的效應功能可以是細胞溶解活性或輔助活性，包括分泌細胞因子。術語“4-1bb”是指具有作為genbankacc.no.aaa62478.2提供的氨基酸序列的tnfr超家族的成員，或來自非人物種例如小鼠，嚙齒動物，猴，猿等的等同殘基；“4-1bb共刺激結構域”定義為genbankaccno.aaa62478.2的氨基酸殘基214-255，或非人物種例如小鼠，嚙齒動物，猴，猿等的等同殘基。一方面，“4-1bb共刺激結構域”是以seqidno:14提供的序列或來自非人物種例如小鼠，嚙齒動物，猴，猿等的等同殘基。如本文所用的術語“細胞內(nèi)信號傳導結構域”是指分子的細胞內(nèi)部分。細胞內(nèi)信號傳導結構域可產(chǎn)生促進含有car的細胞例如表達car的細胞，例如t細胞或nk細胞的免疫效應功能的信號。例如在car表達細胞中，免疫效應功能的實例包括溶細胞活性和輔助活性，包括細胞因子的分泌。在實施方案中，細胞內(nèi)信號結構域轉導效應子功能信號并引導細胞執(zhí)行專門的功能。盡管可以使用整個細胞內(nèi)信號傳導結構域，但在許多情況下，不需要使用整個鏈。在使用細胞內(nèi)信號傳導結構域的截短部分的程度上，可以使用這種截短部分代替完整鏈，只要其轉導效應子功能信號。因此術語細胞內(nèi)信號傳導結構域意在包括足以轉導效應子功能信號的細胞內(nèi)信號傳導結構域的任何截短部分。在一個實施方案中，細胞內(nèi)信號傳導結構域可以包含一級細胞內(nèi)信號傳導結構域。示例性一級細胞內(nèi)信號傳導結構域包括衍生自負責初次刺激或抗原依賴性刺激的分子的那些細胞內(nèi)信號傳導結構域。在一個實施方案中，細胞內(nèi)信號傳導結構域可以包含共刺激細胞內(nèi)結構域。示例性共刺激細胞內(nèi)信號傳導結構域包括衍生自負責共刺激信號或抗原獨立刺激的分子的那些。例如，在car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)的情況下，一級細胞內(nèi)信號傳導結構域可以包含t細胞受體的細胞質(zhì)序列，并且共刺激的細胞內(nèi)信號傳導結構域可以包含來自共受體或共刺激分子的細胞質(zhì)序列。一級細胞內(nèi)信號傳導結構域可以包含已知為基于免疫受體酪氨酸的活化基序或itam的信號傳導基序。含有一級細胞質(zhì)信號傳導序列的itam的實例包括但不限于衍生自cd3ζ，fcrγ，fcrβ，cd3γ，cd3δ，cd3ε，cd5，cd22，cd79a，cd79b，cd278(“icos”),fcεri,cd66d,cd32,dap10和dap12的那些。如本文所用，“體外轉錄的rna”是指已經(jīng)在體外合成的rna，優(yōu)選mrna。通常，體外轉錄的rna是從體外轉錄載體產(chǎn)生的。體外轉錄載體包含用于產(chǎn)生體外轉錄的rna的模板。術語“分離的”是指從自然狀態(tài)改變或去除。例如，天然存在于活體動物中的核酸或肽不是“分離的”，但是與其天然狀態(tài)的共存材料部分或完全分離的相同的核酸或肽是“分離的”。分離的核酸或蛋白質(zhì)可以基本上純化的形式存在，或者可以存在于非天然環(huán)境例如宿主細胞中。術語“慢病毒”是指逆轉錄病毒科的屬。慢病毒在逆轉錄病毒中是獨特的，因為能夠感染非分裂細胞；它們可以將大量遺傳信息遞送到宿主細胞的dna中，因此它們是基因遞送載體最有效的方法之一。hiv，siv和fiv都是慢病毒的例子。術語“慢病毒載體”是指衍生自慢病毒基因組的至少一部分的載體，特別包括miloneetal.,mol.ther.17(8):1453–1464(2009)提供的自身滅活的慢病毒載體?？梢栽谂R床中使用的慢病毒載體的其它實例包括但不限于例如來自oxfordbiomedica的基因遞送技術，來自lentigen的lentimaxtm載體系統(tǒng)等。非臨床類型的慢病毒載體也是可獲得的，并且是本領域技術人員已知的。當與mtor抑制劑(例如變構mtor抑制劑，例如rad001或雷帕霉素或催化性mtor抑制劑)一起使用時，術語“低的免疫增強劑量”是指部分但不是完全抑制mtor活性(例如，通過抑制p70s6激酶活性測量)的mtor抑制劑的劑量。本文討論了例如通過抑制p70s6激酶評估m(xù)tor活性的方法。該劑量不足以導致完全的免疫抑制，但足以增強免疫應答。在一個實施方案中，mtor抑制劑的低的免疫增強劑量導致pd-1陽性免疫效應細胞例如t細胞或nk細胞數(shù)量的減少，和/或pd-1陰性免疫效應細胞，例如t細胞或nk細胞數(shù)量的增加，或pd-1陰性免疫效應細胞，例如t細胞或nk細胞/pd-1陽性免疫效應細胞，例如t細胞或nk細胞的比例增加。通常，術語“初始t細胞”是指包含沒經(jīng)歷抗原的細胞的免疫細胞，例如作為記憶細胞前體的免疫細胞。在一些實施方案中，初始t細胞可以被分化，但尚未遇到其同源抗原，因此是活化的t細胞或記憶t細胞。在一些實施方案中，初始t細胞可以通過cd62l,cd27,ccr7,cd45ra,cd28和cd127的表達以及不存在cd95或cd45ro同種型來表征。在某些實施方案中，初始t細胞是如本文所述的一種更年輕的t細胞。術語“較少耗盡的”或“較少耗盡的表型”是指具有免疫細胞耗盡標志，例如，pd1，tim3和lag3的減少(例如，缺乏)的表達的免疫效應細胞。在一些實施方案中，較少耗盡的細胞可以是如本文所述的更年輕的t細胞。術語“核酸”或“多核苷酸”是指單鏈或雙鏈形式的脫氧核糖核酸(dna)或核糖核酸(rna)或其dna或rna的組合及其聚合物。術語“核酸”包括基因，cdna或mrna。在一個實施方案中，核酸分子是合成的(例如化學合成的)或重組的。除非特別限定，否則該術語包括含有天然核苷酸的類似物或衍生物的核酸，其具有與參考核酸相似的結合特性并且以類似于天然存在的核苷酸的方式進行代謝。除非另有說明，特定的核酸序列還隱含地包括其保守修飾的變體(例如簡并密碼子取代)，等位基因，直向同源物，snp和互補序列以及明確指出的序列。特別地，簡并密碼子取代可以通過產(chǎn)生序列來實現(xiàn)，所述序列中一個或多個所選(或全部)密碼子的第三位置被混合堿基和/或脫氧肌苷殘基取代(batzeretal.,nucleicacidres.19:5081(1991)；ohtsukaetal.,j.biol.chem.260:2605-2608(1985)；和rossolinietal.,mol.cell.probes8:91-98(1994))。在本發(fā)明的上下文中，使用通常存在的核酸堿基的以下縮寫?！癮”表示腺苷，“c”表示胞嘧啶，“g”表示鳥苷，“t”表示胸苷，“u”表示尿苷。“核酸”“標志”或“生物標志”是由如本文所述的標志編碼或與所述標志對應的核酸(例如，dna，mrna，cdna)。例如，這樣的標志核酸分子包括dna(例如，基因組dna和cdna)，其包含任何所述核酸序列的全部或部分序列，或該序列的互補或雜交片段。標志核酸分子還包括包含本文所述的任何核酸序列的全部或部分序列或這種序列的互補序列的rna，其中所有胸苷殘基被尿苷殘基替代?！皹酥镜鞍住笔怯杀景l(fā)明的標志編碼或對應的蛋白質(zhì)。標志蛋白包含由本文所述的任何序列編碼的蛋白質(zhì)的全部或部分序列，或其片段。術語“蛋白質(zhì)”和“多肽”在本文中可互換使用?；虍a(chǎn)物的“過表達”或“顯著更高水平的表達”是指測試樣品中的表達水平或拷貝數(shù)大于用于評估表達水平的測定法的標準誤。在實施方案中，過表達可以是對照樣品中基因的表達水平或幾個對照樣品中基因產(chǎn)物的平均表達水平的至少兩倍，至少三倍，至少四倍，至少五倍，至少十倍或更多倍。術語“肽”，“多肽”和“蛋白質(zhì)”可互換使用，是指由肽鍵共價連接的氨基酸殘基組成的化合物。蛋白質(zhì)或肽必須含有至少兩個氨基酸，并且可以包含蛋白質(zhì)或肽序列的氨基酸的最大數(shù)目沒有限制。多肽包括包含通過肽鍵彼此連接的兩個或更多個氨基酸的任何肽或蛋白質(zhì)。如本文所用，該術語是指兩個短鏈，其也在本領域中通常被稱為肽，寡肽和寡聚體，例如長鏈，其在本領域中通常稱為蛋白質(zhì)，其中存在很多類型?！岸嚯摹卑ɡ缟锘钚云危旧贤吹亩嚯?，寡肽，同二聚體，異二聚體，多肽的變體，修飾的多肽，衍生物，類似物，融合蛋白等。多肽包括天然肽，重組肽或其組合。如本文所用，“多聚(a)”是通過聚腺苷酸化連接到mrna的一系列腺苷。在用于瞬時表達的構建體的一些實施方案中，多聚a在50和5000之間(seqidno:34)(例如，2000；seqidno:32)，例如64(seqidno:37)，例如大于100(例如，150，seqidno:33)，例如大于400(seqidno:38)。多聚(a)序列可以被化學修飾或酶促修飾以調(diào)節(jié)mrna功能，如定位，穩(wěn)定性或翻譯效率。術語“探針”是指能夠選擇性結合特定目標分子，例如本發(fā)明的標志的任何分子。探針可以由本領域技術人員合成，或衍生自適當?shù)纳镏苿?。為了檢測靶分子，可以將探針專門設計成如本文所述進行標記。可用作探針的分子的實例包括但不限于rna，dna，蛋白質(zhì)，抗體和有機單體。術語“啟動子”是指由細胞的合成機器識別，或引入合成機器，啟動多核苷酸序列的特異性轉錄所需的dna序列。術語“啟動子/調(diào)節(jié)序列”是指與啟動子/調(diào)節(jié)序列有效連接的基因產(chǎn)物的表達所需的核酸序列。在一些情況下，該序列可以是核心啟動子序列，并且在其他情況下，該序列也可以包括基因產(chǎn)物表達所需的增強子序列和其他調(diào)控元件。啟動子/調(diào)節(jié)序列可以是例如以組織特異性方式表達基因產(chǎn)物的序列。本文所用的術語“預防”是指預防或保護性治療疾病或疾病狀態(tài)。范圍:在本公開內(nèi)容中，本發(fā)明的各個方面可以以范圍形式呈現(xiàn)。應當理解，范圍形式的描述僅僅是為了方便和簡潔，并且不應被解釋為對本發(fā)明的范圍的僵化限制。因此，對范圍的描述應被考慮為具體公開了所有可能的子范圍以及該范圍內(nèi)的各個數(shù)值。例如，從1到6的范圍的描述應被認為具體公開了諸如1至3，1至4，1至5，2至4，2至6，3至6等，以及該范圍內(nèi)的個別數(shù)字，例如1,2,2.7,3,4,5,5.3,和6。作為另一實例，諸如95-99％同一性的范圍包括具有95％，96％，97％，98％或99％的同一性的某物，并且包括諸如96-99％,96-98％,96-97％,97-99％,97-98％和98-99％同一性。無論范圍的廣度如何，這都適用。術語“重組抗體”是指使用重組dna技術產(chǎn)生的抗體，例如由噬菌體或酵母表達系統(tǒng)表達的抗體。該術語還應解釋為通過合成編碼抗體的dna分子產(chǎn)生的抗體并且所述dna分子表達抗體蛋白或指定抗體的氨基酸序列，其中dna或氨基酸序列已經(jīng)使用本領域可獲得和熟知的重組dna或氨基酸序列技術獲得。本文所用的“難治的”是指對治療不應答的疾病，例如癌癥。在實施方案中，難治性癌癥可以在治療開始之前或開始時耐受治療。在其它實施方案中，難治性癌癥在治療期間可變得抗性。難治性癌癥也被稱為耐藥性癌癥。在實施方案中，參考或對照水平或活性是受試者中的水平和/或活性，例如從以下中的一個或多個獲得的樣品:對于受試者的基線或先前值(例如，在用car-表達細胞治療前)；在不同的時間間隔的受試者；癌癥患者人群的平均值或中值；健康的對照；或健康受試者群體(例如，對照)?！皹悠贰?，“組織樣品”，“患者樣品”，“患者細胞或組織樣品”或“樣本”均指從受試者或患者的組織或體液獲得的生物樣品。組織樣品的來源可以是來自新鮮的，冷凍和/或保存的器官，組織樣品，活組織檢查或抽吸物的固體組織；血液或任何血液成分(如血清，血漿)；體液如尿液，腦脊液，全血，血漿和血清。樣品可以包括非細胞級分(例如尿，血漿，血清或其它非細胞體液)。在一個實施方案中，樣品是尿樣。在其他實施方案中，從個體獲得樣品的體液包含血液(例如全血)。在一個實施方案中，樣品是從受試者獲得的全血樣品。在某些實施方案中，可以進一步處理血液以獲得血漿或血清。在一個實施方案中，樣品是從受試者的血液中獲得的單采血液成分術樣品。在一個實施方案中，樣品是制造的產(chǎn)品樣品，例如從受試者的血液獲得的經(jīng)遺傳工程化的t細胞，例如制備的car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)產(chǎn)物，例如制造的cd19car表達細胞產(chǎn)物。在另一個實施方案中，樣品含有組織，細胞(例如，外周血單核細胞(pbmc))。例如，樣品可以是細針活檢樣品，歸檔樣品(例如，具有已知診斷和/或治療史的歸檔樣品)，組織學切片(例如，冷凍或福爾馬林固定的切片，例如，長期存儲后)等。術語樣品包括從生物樣品獲得和/或衍生的任何材料，包括從樣品純化或加工的多肽和核酸(例如，基因組dna，cdna，rna)。樣品的純化和/或加工可以包括提取，濃縮，抗體分離，分選，濃縮，固定，加入試劑等中的一種或多種。樣品可以含有天然不與天然組織混合的化合物，如防腐劑，抗凝劑，緩沖劑，固定劑，營養(yǎng)物，抗生素等。本文所用的術語“產(chǎn)品”或“制造的產(chǎn)品”是指包含遺傳工程化細胞(例如，免疫效應細胞)的制造的組合物，所述細胞為例如細胞群，其中多個細胞被工程化以表達car,例如本文描述的car。制造的產(chǎn)品可以是任何基因工程化的免疫效應細胞(例如，t細胞，nk細胞)，例如從受試者的血液獲得的遺傳工程化的免疫效應細胞，例如制造的car表達細胞產(chǎn)物，例如制造的cd19car表達細胞產(chǎn)物。在一個實施方案中，可以從活化的冷凍保存的擴增的細胞群(例如擴增的免疫效應細胞群)獲得工程化以表達car的細胞(例如，免疫效應細胞)。術語“信號傳導結構域”是指蛋白質(zhì)的功能部分，其通過在細胞內(nèi)傳遞信息來調(diào)節(jié)細胞活性起作用，經(jīng)由確定的信號途徑通過產(chǎn)生第二信使或通過應答這樣的信使而作為效應子發(fā)揮功能實現(xiàn)所述調(diào)節(jié)細胞活性。如果生物標志的量比正常水平的量分別大于或小于用于評估該量的測定法的標準誤的量，或所述量的至少兩，三，四，五，十倍或更多倍，則受試者中的生物標志，例如基因產(chǎn)物(例如，本文所述的一種或多種生物標志)的表達量“顯著”高于或低于該標志的正常量?；蛘撸绻摿勘葮酥菊Ａ糠謩e高或低至少約1.5，2，至少約3，至少約4，或至少約5倍或更高或更低，則受試者中的標志的量可被認為“顯著”高于或低于正常量。術語“特異性結合”是指識別并結合存在于樣品中的同源結合配偶體蛋白的抗體或配體，但所述抗體或配體基本上不識別或結合樣品中的其他分子。術語“刺激”是指由刺激分子(例如，tcr/cd3復合物)與其同源配體結合誘導的主要應答，從而介導信號轉導事件，例如但不限于通過tcr/cd3復合物的信號轉導。刺激可以介導某些分子的改變的表達，例如tgf-β的下調(diào)和/或細胞骨架結構的重組等。術語“刺激分子”是指由t細胞表達的分子，其提供一級細胞質(zhì)信號傳導序列，所述序列以刺激方式為t細胞信號通路的至少一些方面調(diào)節(jié)tcr復合物的主要活化。在一個方面，主要信號是通過例如tcr/cd3復合物與裝載肽的mhc分子的結合引發(fā)的，并導致t細胞應答的介導，包括但不限于增殖，激活，分化等。以刺激方式起作用的一級細胞質(zhì)信號傳導序列(也稱為“一級信號傳導結構域”)可以包含被稱為基于免疫受體酪氨酸的激活基序或itam的信號基序。在本發(fā)明中特別使用的包含細胞質(zhì)信號傳導序列的itam的實例包括但不限于衍生自cd3ζ，共同fcrγ(fcer1g)，fcγriia，fcrβ(fcεr1bb)，cd3γ，cd3δ，cd3ε，cd79a，cd79b，dap10和dap12的那些。在本發(fā)明的特定car中，本發(fā)明的任何一種或多種car中的細胞內(nèi)信號傳導結構域包含細胞內(nèi)信號傳導序列，例如cd3-ζ的一級信號傳導序列。在本發(fā)明的特定car中，cd3-ζ的一級信號傳導序列是作為seqidno:18(突變體cd3ζ)提供的序列或來自非人物種，例如小鼠，嚙齒動物，猴，猿等的等同殘基。在本發(fā)明的特定car中，cd3-ζ的一級信號傳導序列是作為seqidno:20(野生型人cd3ζ)中提供的序列，或來自非人物種，例如小鼠，嚙齒動物，猴子，猿猴等的等同殘基。術語“受試者”旨在包括可以引發(fā)免疫應答的活生物體(例如哺乳動物，人)。在一個實施方案中，受試者是哺乳動物。在一個實施方案中，受試者是人。在一個實施方案中，受試者是患者。本文所用的術語“治療”是指治療。通過減輕，抑制，緩解或消除疾病狀態(tài)獲得治療效果。術語“轉染的”或“轉化的”或“轉導的”是指將外源核酸轉移或引入宿主細胞的過程。“轉染的”或“轉化的”或“轉導的”細胞是用外源核酸轉染，轉化或轉導的細胞。細胞包括原代受試者細胞及其后代。如本文所用，“瞬時”是指非整合轉基因表達數(shù)小時，數(shù)天或數(shù)周，其中表達時間段小于如果整合到基因組中或包含在宿主細胞中的穩(wěn)定的質(zhì)粒復制子中時基因表達的時間段。術語“跨膜結構域”是指跨越質(zhì)膜的多肽。在一個實施方案中，其將細胞外序列(例如開關結構域，細胞外識別元件，例如抗原結合結構域，抑制性反配體結合結構域或共刺激ecd結構域)連接到細胞內(nèi)序列，例如開關結構域或細胞內(nèi)信號傳導結構域?？缒そY構域可以包括與跨膜區(qū)相鄰的一個或多個另外的氨基酸，例如與衍生跨膜的蛋白質(zhì)的細胞外區(qū)域相關的一個或多個氨基酸(例如，細胞外區(qū)的1,2,3,4,5,6,7,8,9,10個，多達15個氨基酸)和/或與衍生跨膜蛋白的蛋白質(zhì)的細胞內(nèi)區(qū)域相關的一個或多個另外的氨基酸(例如，細胞內(nèi)區(qū)域的1,2,3,4,5,6,7,8,9,10個，多達15個氨基酸)。本文公開了跨膜結構域的實例。正如本文中使用的那樣，術語“治療(treat、treatment、treating)”是指由于施用一種或多種療法(例如一種或多種治療劑比如本發(fā)明的car)減慢或改善增生性病癥的進展、嚴重程度和/或持續(xù)時間，或改善增生性病癥的一種或多種癥狀(例如，一種或多種可辨別的癥狀)。在特定實施方式中，術語“治療”是指改善增生性病癥的至少一種可測量的物理參數(shù)比如腫瘤生長，不必是患者可辨別的。在其它實施方案中，術語“治療”是指通過例如穩(wěn)定可辨別的癥狀以物理方式、通過例如穩(wěn)定物理參數(shù)以生理學方式或兩者抑制增生性病癥的進展。在其它實施方案中，術語“治療”是指減小或穩(wěn)定腫瘤尺寸或癌細胞計數(shù)。產(chǎn)品(例如，本文所述的標志)的“低表達”或“顯著較低的表達水平”是指測試樣品中的表達水平大于用于評估表達的測定的標準誤，例如，比對照樣品中基因的表達水平，或幾種對照樣品中基因產(chǎn)物的平均表達水平少至少1.5倍，2倍，至少3倍，至少4倍，至少5倍，或至少10倍或更多倍。術語“異種的”是指源自不同物種的動物的移植物。如本文所用，術語“年輕t細胞”或“較年輕t細胞”是指包含較少分化表型的免疫效應細胞，例如較年輕的細胞，例如年輕t細胞。在一些實施方案中，較年輕的t細胞可以是初始t細胞(tn)。在一些實施方案中，年輕t細胞的特征可以是cd62l的表達，以及不存在cd25，cd44或cd45ro同種型。在一些實施方案中，較年輕的t細胞可以是記憶干細胞(tscm)。在一些實施方案中，較年輕的t細胞可以是中央記憶t細胞(tcm)。與tn,tscm和tcm相關的表型標志在例如maus,m.etal.(2014)annu.rev.immunol.32:189-225中公開(參見例如圖3)，將其通過引用并入本文。tn的示例性表型包括以下一種或多種(或全部):cd45ra+,cd45ro-,cd62l高,ccr7高,cd95-,cd122-,cd27高,cd28+,cd57-,klrg-1-或長端粒長度(或兩種，三種，四種，五種，六種，七種，八種，九種或全部前述tn標志的任一組合)。tscm的示例性表型包括以下一種或多種(或全部):cd45ra+,cd45ro-,cd62l高,ccr7高,cd95+,cd122+,cd27高,cd28高,cd57-,klrg-1-或長端粒長度(或兩種，三種，四種，五種，六種，七種，八種，九種或全部前述tscm標志的任一組合)。tcm的示例性表型包括以下一種或多種(或全部):cd45ra-,cd45ro高,cd62l高,ccr7+,cd95+,cd122高,cd27+,cd28高,cd57-,klrg-1-/+或長/中間端粒長度(或兩個，三個，四個，五個，六個，七個，八個，九個或所有前述tcm標記的任何組合)。如本文所用，術語“較老的t細胞”是指包含更耗盡表型的免疫效應細胞。在一些實施方案中，較老的t細胞可以是效應記憶t細胞(tem)。在其它實施方案中，較老的t細胞可以是效應t細胞(teff)。在其它實施方案中，較老的t細胞具有耗盡的表型。與tem,teff和耗盡的t細胞相關的表型標志在例如maus,m.etal.(2014)annu.rev.immunol.32:189-225中公開(參見例如圖3)，將其通過引用并入本文。tem的示例性表型包括以下一種或多種(或全部):cd45ra-/+,cd45ro高,cd62l-,ccr7-,cd95-,cd122高,cd27-/+,cd28-/+,cd57低,klrg-1+或中間端粒長度(或兩個，三個，四個，五個，六個，七個，八個，九個或所有前述tem標志的任何組合)。teff的示例性表型包括以下一種或多種(或全部):cd45ra-/+,cd45ro+,cd62l-,ccr7-,cd95高,cd122-/+,cd27-,cd28-,cd57+,klrg-1高，或短/中等端粒長度(或兩個，三個，四個，五個，六個，七個，八個，九個或全部上述teff標志的任何組合)。耗盡的t細胞表型的示例性表型包括以下的一種或多種(或全部):cd45ra-/+,cd45ro+,cd62l-,ccr7-,cd95高,cd122低,cd27-,cd28-,cd57高,klrg-1高，或短端粒長度(或兩種，三種，四種，五種，六種，七種，八種，九種，或全部上述標志的任何組合)。術語“ζ”或備選地“ζ鏈”，“cd3-ζ”或“tcr-ζ”定義為作為genbankacc.no.bag36664.1提供的蛋白質(zhì)，或來自非人物種例如小鼠，嚙齒動物，猴，猿等的等同殘基，以及“ζ刺激結構域”或備選地“cd3-ζ刺激結構域”或“tcr-ζ刺激結構域”定義為足以在功能上傳遞t細胞活化所需的初始信號的ζ鏈的胞質(zhì)結構域的氨基酸殘基。在一個方面，ζ的胞質(zhì)結構域包含genbankacc.no.bag36664.1的殘基52至164或作為其功能直向同源物的來自非人物種例如小鼠，嚙齒動物，猴，猿等的等同殘基。在一個方面，“ζ刺激結構域”或“cd3-ζ刺激結構域”是作為seqidno:18提供的序列。一方面，“ζ刺激結構域”或“cd3-ζ刺激結構域”是作為seqidno:20所提供的序列。以下進一步詳細描述本發(fā)明的各個方面。在整個說明書中列出了其他定義。某些實施方式詳述本文提供了預測患有癌癥的受試者(例如，血液癌癥如慢性淋巴細胞白血病(cll)和急性成淋巴細胞白血病(all))對治療的應答的生物標志。一方面，本文提供了預測具有cll和all的受試者中對表達car的細胞，例如cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)(例如本文所述的cd19car表達細胞例如ctl019)的應答的生物標志。提供了用于診斷和監(jiān)測癌癥治療(例如，血液癌癥如all和cll)的方法，其基于檢測來自患有或懷疑患有癌癥的患者的樣品中的某些生物標志。此外，可以使用一種或多種這樣的生物標志的表達來區(qū)分有利地應答car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法的受試者(例如，“完全應答者”或“cr”)與不應答car表達細胞療法的受試者(例如，“非應答者”或“nr”)和對car表達細胞療法具有部分應答的受試者(例如“部分應答者”或“pr”)。使用生物標志評估疾病進展和預測受試者對car表達細胞療法的應答在一個實施方案中，表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如，ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,klrg1和/或cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)基因特征中的1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,15,20或更多種基因可以與本公開的方法一起使用以獲得疾病進展值。疾病進展值可以用于例如評估治療癌癥(例如，血液癌癥例如all和cll)的療法的有效性。在一個實施方案中，表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如，ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,和/或klrg1和/或cd19car表達細胞基因特征中的1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,15,20或更多種基因用于將受試者分類為car表達細胞療法的完全應答者，部分應答者或非應答者(例如cd19car表達細胞療法，例如ctl019)。在一個實施方案中，表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如，ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,和/或klrg1，和/或cd19car表達細胞基因特征中的1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,15,20或更多基因用于預測受試者對car表達細胞療法(例如，本文所述的cd19car表達細胞療法，例如ctl019)的應答性。受試者對于本文公開的任何方法和試劑盒，被治療的受試者或獲得該值的受試者是在任何治療階段的具有癌癥或具有癌癥風險的受試者。示例性的癌癥包括但不限于b細胞急性淋巴性白血病(b-all)，t-細胞急性淋巴性白血病(t-all)，慢性骨髓性白血病(cml)，慢性淋巴細胞白血病(cll)，b細胞幼淋巴細胞白血病，母細胞性漿細胞樹突狀細胞瘤，伯基特淋巴瘤，彌漫性大b細胞淋巴瘤，濾泡淋巴瘤，毛細胞白血病，小細胞或大細胞濾泡淋巴瘤，惡性淋巴增生性病癥，malt淋巴瘤，套細胞淋巴瘤(mcl)，邊緣區(qū)淋巴瘤，多發(fā)性骨髓瘤，骨髓發(fā)育不良和骨髓增生異常綜合征，非霍奇金淋巴瘤，霍奇金淋巴瘤，漿母細胞淋巴瘤，漿細胞樣樹突狀細胞腫瘤和瓦爾登斯特倫巨球蛋白血癥。在一個實施方案中，癌癥是血液癌癥。在一個實施方案中，癌癥是all。在另一個實施方案中，癌癥是cll。在一個實施方案中，癌癥與cd19表達相關。在一個實施方案中，受試者已接受額外治療的預治療，例如已被鑒定為部分應答者或非應答者，并且隨后已經(jīng)用額外的治療進行了預治療的受試者。在一個實施方案中，受試者接受用mtor抑制劑的預治療。在一個實施方案中，mtor抑制劑以本文所述的劑量或給藥方案施用。在一個實施方案中，在用car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)治療之前，向受試者施用低的免疫增強劑量的mtor抑制劑。在一個實施方案中，在施用本文所述的car表達細胞，例如t細胞之前開始施用低的免疫增強劑量的mtor抑制劑，例如變構抑制劑，例如rad001或催化抑制劑。在一個實施方案中，car細胞在足夠的時間或足量劑量的mtor抑制劑后施用，使得pd1陰性免疫效應細胞(例如t細胞)的水平或pd1陰性免疫效應細胞(例如t細胞)/pd1陽性的免疫效應細胞(例如t細胞)的比例至少暫時增加了。在一個實施方案中，待工程化以表達car的細胞，例如t細胞在足夠的時間之后，或在足量施用mtor抑制劑的低的免疫增強劑量之后被收獲，使得受試者中或從受試者收獲的pd1陰性免疫效應細胞(例如t細胞)的水平，或pd1陰性免疫效應細胞(例如t細胞)/pd1陽性免疫效應細胞(例如t細胞)的比例已至少瞬時增加了。在一個實施方案中，受試者已經(jīng)接受使用檢查點抑制劑例如本文所述的檢查點抑制劑的預治療。抑制性分子例如檢查點分子的實例包括pd1,pd-l1,pd-l2,ctla4,tim3,ceacam(例如ceacam-1，ceacam-3和/或ceacam-5)，lag3,vista,btla,tigit,lair1,cd160,2b4,cd80,cd86,b7-h3(cd276),b7-h4(vtcn1),hvem(tnfrsf14或cd270),kir,a2ar,i類mhc，ii類mhc，gal9，腺苷和tgfr(例如，tgfrβ)。在實施方案中，抑制性核酸，例如抑制性核酸，例如dsrna，例如sirna或shrna；或例如抑制性蛋白質(zhì)或系統(tǒng)，例如，聚類的規(guī)則間隔的短回文重復序列(crispr)，轉錄激活劑樣效應核酸酶(talen)或鋅指內(nèi)切核酸酶(zfn)，如本文所述，可以用于抑制調(diào)控或調(diào)節(jié)，例如抑制car表達細胞中的t細胞功能的分子的表達。在一個實施方案中，所述活性劑是本文所述的shrna，例如shrna。在一個實施方案中，檢查點分子的抑制劑可以是例如結合檢查點分子的抗體或抗體片段。例如，該活性劑可以是結合pd1，pd-l1，pd-l2(例如，如本文所述)或ctla4的抗體或抗體片段(例如，伊匹木單抗(也稱為mdx-010和mdx-101，并以上市；bristol-myerssquibb；tremelimumab(可得自pfizer的igg2單克隆抗體，以前稱為ticilimumab，cp-675,206))。在一個實施方案中，該活性劑是與tim3結合的抗體或抗體片段，例如，如本文所述。在一個實施方案中，該活性劑是與lag3結合的抗體或抗體片段，例如，如本文所述。在一個實施方案中，該活性劑是結合ceacam的抗體或抗體片段，例如如本文所述。在一個實施方案中，受試者接受car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)療法(例如本文所述的cd19car表達細胞療法，例如ctl019)與另外的療法的組合。在一個實施方案中，受試者接受mtor抑制劑，例如本文所述的mtor抑制劑與car表達細胞療法的組合。在一個實施方案中，mtor抑制劑以本文所述的劑量和/或給藥方案施用。在一個實施方案中，受試者接受檢查點抑制劑，例如本文所述的檢查點抑制劑與car表達細胞療法的組合。在一個實施方案中，檢查點抑制劑以本文所述的劑量和/或給藥方案施用。在一個實施方案中，受試者接受激酶抑制劑，例如本文所述的激酶抑制劑。在一個實施方案中，激酶抑制劑以本文所述的劑量和/或給藥方案施用。在一個實施方案中，受試者已被鑒定為非應答者，并且受試者接受除了car表達細胞療法之外的療法，例如特定癌癥類型的護理治療標準。在一個實施方案中，受試者接受一種或多種抗cd20抗體或其功能性片段(例如，奧那霉素，利妥昔單抗，奧比妥珠單抗)，抗-cd52抗體或其功能片段(例如，阿侖珠單抗)，烷化劑(例如，氮芥烷化劑，例如鹽酸苯達莫司汀，氯氮芥，環(huán)磷酰胺)，激酶抑制劑(例如本文所述的激酶抑制劑，例如本文所述的btk抑制劑或本文所述的膦酰肌醇-3(phosphonositide-3)激酶抑制劑)。在一個實施方案中，受試者接受干細胞移植。生物標志評估ctl019生物標志的分析與受試者對car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法(例如，本文所述的cd19car表達細胞療法，例如ctl019)的應答相關的基因產(chǎn)物的表達和/或活性水平和癌癥疾病進展(例如，血液癌癥如cll和all)的分析導致鑒定新的cd19car表達細胞基因特征。例如，本發(fā)明提供了評估來自表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如，ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,和包含cd19car表達細胞基因特征的klrg1的一，二，三，四，五，六，七，八，九，十，十五，二十，二十五，三十，三十五，四十，四十五，五十，一百或更多種基因的表達水平的方法。表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如，ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,和/或klrg1列出了與部分應答者和非應答者相比，由完全應答者差異表達的基因(例如，蛋白質(zhì)生物標志)。在一些實施方案中，本公開的方法可用于確定受試者對用car表達細胞療法(例如，本文所述的cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法，例如ctl019)治療的應答性，其中相對于參考(例如，癌癥患者群體的中值)(例如，血液癌癥如cll和all)，健康的無癌癥受試者群體的中值，受試者樣品中非應答者或部分應答者群體的中值，本文公開的標志的量，例如表達和/或活性具有統(tǒng)計學顯著差異，則疾病越有可能應答car表達細胞療法。在一個實施方案中，本公開提供了鑒定患有癌癥的受試者(例如，血液癌癥如cll和all)為具有對包含car表達細胞療法(例如，本文所述的cd19car表達細胞療法，例如ctl019)具有增加或降低的應答可能性的方法或測定方法，所述方法包括:(1)從受試者獲取樣品；(2)確定樣品中表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,和klrg1中所列的一種或多種(例如2,3,4,5,6,7,8,9,10,15或更多)標志的水平；和(3)將確定的一種或多種標志的水平與參考水平進行比較；其中所確定的水平與參考水平之間的差異，例如統(tǒng)計學上顯著的差異預測受試者對car表達細胞療法的應答性；和(4)將該受試者鑒定為對car表達細胞療法的完全應答者，部分應答者或非應答者。在一個實施方案中，樣品是血液，血漿或血清樣品。在一個實施方案中，樣品是單采血液成分術樣品，例如從受試者的血液獲得的t細胞。在一個實施方案中，樣品是制造的產(chǎn)品樣品，例如從受試者的血液獲得的經(jīng)遺傳工程化的t細胞，例如制造的car表達細胞產(chǎn)物，例如制造的cd19car表達細胞產(chǎn)物。在一個實施方案中，本公開提供了鑒定患有癌癥的受試者的方法或測定法，所述癌癥包括但不限于b細胞急性淋巴細胞白血病(b-all)，t細胞急性淋巴細胞白血病(t-all)，急性淋巴細胞白血病(all)，慢性骨髓性白血病(cml)，慢性淋巴細胞白血病(cll)，b細胞前髓細胞性白血病，母細胞性漿細胞樣樹突狀細胞瘤，伯基特淋巴瘤，彌漫性大b細胞淋巴瘤，濾泡淋巴瘤，毛細胞白血病，小細胞或大細胞濾泡淋巴瘤，惡性淋巴增生性病癥，malt淋巴瘤，套細胞淋巴瘤(mcl)，邊緣區(qū)淋巴瘤，多發(fā)性骨髓瘤，骨髓發(fā)育不良和骨髓增生異常綜合征，非霍奇金淋巴瘤，霍奇金淋巴瘤，漿母細胞淋巴瘤，漿細胞樣樹突狀細胞腫瘤和瓦爾登斯特隆巨球蛋白血癥。在一個實施方案中，癌癥是血液癌癥。在一個實施方案中，癌癥是all。在另一個實施方案中，癌癥是cll。在一個實施方案中，癌癥與cd19表達相關。在一個實施方案中，car表達細胞療法包括本文所述的car表達細胞療法，例如ctl019。在一個實施方案中，car表達細胞療法由本文所述的car表達細胞療法，例如ctl019組成。在一個實施方案中，本公開提供了鑒定具有癌癥(例如，血液癌癥如cll和all)的受試者對包含car表達細胞療法(例如，本文所述的cd19car表達細胞療法，例如ctl019)的治療具有增加或降低的應答可能性的方法或測定方法，所述方法包括:(1)從受試者獲取樣品；(2)確定樣品的基因特征；和(3)將確定的基因特征與參考基因特征進行比較；其中例如與預定值相比，在確定的基因特征中的一種或多種標志的表達水平的差異，例如，統(tǒng)計學顯著差異預測受試者對car表達細胞療法的應答性。在一個實施方案中，本公開提供了確定具有癌癥(例如，血液癌癥如cll和all)的受試者對包含表達car的細胞(例如表達cd19car的細胞，例如本文所述的cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)，例如ctl019)的治療的應答性的方法或測定法，所述方法包括:確定治療前獲得的樣品中表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l和klrg1中列出的一種或多種標志的水平；其中所述樣品中一種或多種標志的表達水平相對于預定值的統(tǒng)計學顯著差異指示對所述car表達細胞的增加的應答性。本文提供的方法特別可用于鑒定在開始car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法(例如，療法前)或治療方案早期，可能應答car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法(例如，本文所述的cd19car表達細胞療法，例如ctl019)的患者。在一些實施方案中，在開始療法前至少2周，至少1個月，至少3個月，至少6個月或至少1年測量受試者中生物標志的表達或活性。在一些實施方案中，生物標志的表達或活性在療法開始前6個月內(nèi)測量。因此，在一些實施方案中，在療法開始前6個月，5個月，4個月，3個月，2個月，1個月，2周，1周，6天，5天，4天，3天，2天，或1天測量生物標志的表達或活性。在其他實施方案中，在開始療法后(例如1個月，2個月，3個月，3.5個月，4個月，4.5個月，5個月，5.5個月，6個月)確定生物標志的表達或活性。在一個實施方案中，本發(fā)明提供了評估患有癌癥的受試者(例如，血液癌癥如cll和all)的方法，其包括:獲取受試者的應答者狀態(tài)的值，其包括以下的一個或多個的度量:表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如，ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，cd27生物標志，cd45ro生物標志，pd-1生物標志，lag-3生物標志，tim-3生物標志，il2ra生物標志，il21生物標志，cd4生物標志，cd8生物標志，th1+輔助t細胞基因集特征，th2+輔助t細胞基因集特征，記憶t細胞(例如，cd8+記憶t細胞，例如初始t細胞(tn)，例如記憶干細胞(tscm)，例如中央記憶t細胞(tcm)，例如效應記憶t細胞(tem))基因集特征，以及cd19car表達細胞基因集特征中列出的一種或多種(例如2,3,4,5,6,7,8,9,10,15,20,25,30,35,40,45,50或更多)生物標志，從而評估受試者。在一個實施方案中，本公開提供了評估患有癌癥(例如，血液癌癥，例如cll和all)的受試者的方法，包括獲取受試者的應答者狀態(tài)的值，其包括以下一個或多個(例如，2,3,4,5,6,7,8,9,10,15,20,25,30,35,40,45,50或更多)的度量:表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,klrg1中列出的生物標志,和cd19car表達細胞基因集特征，從而評估受試者。在一個實施方案中，本公開提供了評價或監(jiān)測患有癌癥的受試者中car表達細胞療法的有效性的方法，包括:獲取受試者的應答者狀態(tài)的值，其包括以下的一個或多個的度量:表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如，ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，cd27生物標志，cd45ro生物標志，pd-1生物標志，lag-3生物標志，tim-3生物標志，il2ra生物標志，il21生物標志，cd4生物標志，cd8生物標志，th1+輔助t細胞基因集特征，th2+輔助t細胞基因集特征，記憶t細胞(例如，cd8+記憶t細胞，例如初始t細胞(tn)，例如記憶干細胞(tscm)，例如中央記憶t細胞(tcm)，例如效應記憶t細胞(tem))基因集特征，以及cd19car表達細胞基因集特征中列出的生物標志，從而評估或監(jiān)測car療法在該受試者中的有效性。在一個實施方案中，本公開提供評估或監(jiān)測car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法(例如本文所述的cd19car表達細胞療法，例如ctl019)在患有癌癥(例如，血液癌癥如cll和all)的受試者中的有效性的方法，包括:獲取受試者的應答者狀態(tài)值，其包括測量以下一個或多個(例如2,3,4,5,6,7,8,9,10,15,20,25,30,35,40,45,50或更多):表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如，ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,klrg1中列出的生物標志,和cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)基因集特征，從而評估或監(jiān)測car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)療法在受試者中的有效性。在一個實施方案中，應答者狀態(tài)的值包括基因特征和生物標志的組合的度量。在一個實施方案中，應答者狀態(tài)的值包括cd19car表達細胞基因集特征，以及以下的一種或多種的組合的度量:表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20中列出的生物標志，cd27生物標志，cd45ro生物標志，pd-1生物標志，lag-3生物標志，tim-3生物標志，il2ra生物標志，il21生物標志，cd4生物標志，cd8生物標志，th1+輔助t細胞基因集特征，th2+輔助t細胞基因集特征，和記憶t細胞(例如，cd8+記憶t細胞，例如初始t細胞(tn)，例如記憶干細胞(tscm)，例如中央記憶t細胞(tcm)，例如效應記憶t細胞(tem))基因集特征。在一個實施方案中，應答者狀態(tài)的值包括cd19car表達細胞基因集特征，以及以下的一種或多種的組合的度量:表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,和klrg1中列出的生物標志。在一個實施方案中，應答者狀態(tài)的值包括表1a，表1b，表7a，表7b中列出的一種或多種生物標志，以及以下的一種或多種的組合的度量:cd27生物標志，cd45ro生物標志，pd-1生物標志，lag-3生物標志，tim-3生物標志，il2ra生物標志，il21生物標志，cd4生物標志，cd8生物標志，th1+輔助t細胞基因集特征，th2+輔助t細胞基因集特征，和記憶t細胞(例如，cd8+記憶t細胞，例如初始t細胞(tn)，例如記憶干細胞(tscm)，例如中央記憶t細胞(tcm)，例如效應記憶t細胞(tem))基因集特征，和cd19car-表達細胞基因集特征。在一個實施方案中，應答者狀態(tài)的值包括表1a，表1b，表7a，表7b中列出的一種或多種生物標志，以及cd57，cd27，cd122，cd62l和klrg1中的一種或多種的組合的度量。在一個實施方案中，cd19car表達細胞基因特征包括至少5,6,7,8,9或10個包含cd19car表達細胞基因特征的基因的表達值。在一個實施方案中，基因的表達值包括轉錄參數(shù)的值，例如由該基因編碼的mrna的水平。在一個實施方案中，蛋白質(zhì)的表達值包括翻譯參數(shù)的值，例如蛋白質(zhì)的水平。在一個實施方案中，所提供的方法還包括從受試者獲得樣品，其中所述樣品包含細胞或組織級分。在一個實施方案中，細胞級分包含血液。在一個實施方案中，生物標志和/或基因特征的度量在car表達細胞療法(例如，本文所述的cd19car表達細胞療法，例如ctl019)之前，同時或期間獲得。在一個實施方案中，生物標志和/或基因特征的度量在開始car表達細胞療法(例如，本文所述的cd19car表達細胞療法，例如ctl019)前少于6個月，5個月，4個月，3個月，2個月，1個月，2周，1周，6天，5天，4天，3天，2天獲得。本文所述的方法還可以用于監(jiān)測受試者對car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)治療(例如，本文所述的cd19car表達細胞治療，例如ctl019)的陽性應答。這種方法可用于早期檢測對療法的耐受性或預測受試者中的疾病是否進展。在這樣的實施方案中，確定生物標志的表達或活性，例如至少每周，至少每2周，至少每月，至少每2個月，至少每3個月，至少每4個月，至少每5個月，至少每6個月，至少每7個月，至少每8個月，至少每9個月，至少每10個月，至少每11個月，至少每年，至少每18個月，至少每2年，至少每3年，至少每5年或以上。還考慮到生物標志的表達或活性是不規(guī)則間隔的，例如在治療3個月，治療6個月和治療7個月時可以在受試者中檢測生物標志。因此，在一些實施方案中，在本領域技術人員對受試者的監(jiān)護治療認為必要時，測定生物標志的表達或活性。本文所述的方法可用于治療任何患有癌癥(例如，血液癌癥如cll和all)的受試者。一方面，本發(fā)明涉及在受試者中治療癌癥(例如，血液癌癥如cll和all)的方法。在一個實施方案中，本公開提供了治療癌癥的方法，包括但不限于b細胞急性淋巴細胞白血病(b-all)，t細胞急性淋巴細胞白血病(t-all)，急性淋巴細胞白血病(all)，慢性骨髓性白血病(cml)，慢性淋巴細胞白血病(cll)，b細胞早幼粒細胞白血病，母細胞性漿細胞樣樹突細胞瘤，伯基特淋巴瘤，彌漫性大b細胞淋巴瘤，濾泡淋巴瘤，毛細胞白血病，小細胞或大細胞濾泡型淋巴瘤，惡性淋巴細胞增生性病癥，malt淋巴瘤，套細胞淋巴瘤(mcl)，邊緣區(qū)淋巴瘤，多發(fā)性骨髓瘤，骨髓發(fā)育不良和骨髓增生異常綜合征，非霍奇金淋巴瘤，霍奇金淋巴瘤，漿母細胞淋巴瘤，漿細胞樣樹突細胞腫瘤和瓦爾登斯特隆巨球蛋白血癥。在一個實施方案中，本發(fā)明提供了治療all的方法。在另一個實施方案中，本發(fā)明提供了治療cll的方法。在一個實施方案中，本發(fā)明提供了治療與cd19表達相關的癌癥的方法。在一個實施方案中，所提供的方法包括如果受試者被鑒定為相對于參考水平,在例如表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l和klrg1中列出的一種或多種標志的表達水平具有差異，例如統(tǒng)計學顯著差異，那么向受試者施用表達car的細胞，例如，cart細胞，例如cd19cart細胞，例如ctl019產(chǎn)品，使得治療受試者中癌癥(例如，血液癌癥如all和cll)。如上所述，可通過公開的方法治療的癌癥的實例是與cd19表達相關的癌癥。一方面，與cd19表達相關的癌癥是血液癌癥。一方面，血液癌癥是白血病或淋巴瘤。一方面，與cd19的表達相關的癌癥包括癌癥和惡性腫瘤，包括但不限于例如一種或多種急性白血病，包括但不限于例如b細胞急性淋巴細胞白血病(b-all)，t細胞急性淋巴細胞白血病(t-all)，急性淋巴細胞白血病(all)，一種或多種慢性白血病，包括但不限于例如慢性骨髓性白血病(cml)，慢性淋巴細胞性白血病(cll)。與cd19表達相關的額外癌癥或血液學狀況包括但不限于例如b細胞早幼粒細胞白血病，母細胞性漿細胞樣樹突狀細胞瘤，伯基特淋巴瘤，彌漫性大b細胞淋巴瘤，濾泡淋巴瘤，毛細胞白血病，小細胞或大細胞濾泡型淋巴瘤，惡性淋巴細胞增生性病癥，malt淋巴瘤，套細胞淋巴瘤(mcl)，邊緣區(qū)淋巴瘤，多發(fā)性骨髓瘤，骨髓發(fā)育不良和骨髓增生異常綜合征，非霍奇金淋巴瘤，霍奇金淋巴瘤，漿母細胞淋巴瘤，漿細胞樣樹突細胞腫瘤，瓦爾登斯特隆巨球蛋白血癥和“白血病前期”，其是通過骨髓血細胞的無效生產(chǎn)(或發(fā)育不良)聯(lián)合起來的血液學狀況的多樣化集合，等。此外，與cd19表達相關的疾病包括但不限于例如與cd19表達相關的非典型和/或非經(jīng)典癌癥，惡性腫瘤，癌前病癥或增殖性疾病。在一個實施方案中，本公開提供了治療患有癌癥(例如，諸如all和cll的血液癌癥)的受試者的方法，包括:通過相對于參考水平比較來自受試者的樣品中表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,和klrg1中的一個或多個(例如2,3,4,5,6,7,8,9,10,15,20,25,30,35,40,45,50或更多)標志的水平，確定受試者是否具有增加的對car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法(例如，本文所述的cd19car表達細胞療法例如ctl019)的應答的可能性，其中一種或多種標志基因的表達水平相對于參考水平的統(tǒng)計學顯著差異水平表明增加的應答可能性；和向受試者施用治療有效劑量的car表達細胞療法。在一個實施方案中，本公開提供了治療患有癌癥的受試者(例如，諸如all和cll的血液癌癥)的方法，其包括:從受試者獲取樣品；確定樣品中表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如，ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l和klrg1中的一種或多種標志的水平；比較表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如，ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l和klrg1中的一種或多種標志的測定的水平與參考水平；和如果樣品中表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l和klrg1中的一種或多種標志的確定水平和參考水平比較中受試者被鑒定為具有統(tǒng)計學顯著差異，則施用治療有效劑量的car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法(例如本文所述的cd19car表達細胞療法，例如ctl019)。在一個實施方案中，本公開提供了治療受試者中癌癥(例如，血液癌癥如all和cll)的方法，其包括:獲取該受試者的應答者狀態(tài)的值，其包括以下中的一個或多個的度量:表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20中列出的生物標志，cd27生物標志，cd45ro生物標志，pd-1生物標志，lag-3生物標志，tim-3生物標志，il2ra生物標志，il21生物標志，cd4生物標志，cd8生物標志，th1+輔助t細胞基因集特征，th2+輔助t細胞基因集特征，記憶t細胞(例如，cd8+記憶t細胞，例如初始t細胞(tn)，例如記憶干細胞(tscm)例如中心記憶t細胞(tcm)，例如效應記憶t細胞(tem))基因集特征，以及cd19car表達細胞基因集特征，以及響應于應答者狀態(tài)的確定，執(zhí)行以下一個，兩個，三個，四個或更多個:將受試者鑒定為完全應答者，部分應答者或非應答者；施用car表達細胞療法(例如本文所述的cd19car表達細胞療法，例如ctl019)；選擇或改變car表達細胞療法的劑量；選擇或改變car表達細胞療法的時間表或時間過程；將另外的試劑與car表達細胞療法，例如檢查點抑制劑，例如本文所述的檢查點抑制劑組合施用于例如非應答者或部分應答者；在用car表達細胞療法治療之前，向非應答者或部分應答者施用增加受試者中初始t細胞數(shù)量的療法；例如對于被鑒定為非應答者或部分應答者的受試者，修飾car表達細胞療法的制備過程，例如在引入編碼car的核酸之前富集初始t細胞；或例如對于非應答者或部分應答者選擇替代療法；或者選擇替代療法，例如本文所述的替代治療，例如癌癥的護理治療標準；從而治療受試者的癌癥。在一個實施方案中，本公開提供了在受試者中治療癌癥(例如，血液癌癥，例如all和cll)的方法，其包括:獲得受試者的應答者狀態(tài)的值，其包括以下中的一個或多個的度量:表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,klrg1和cd19car表達細胞基因集特征中列出的生物標志，并且響應于應答者狀態(tài)的確定，執(zhí)行以下一，二，三，四個或更多個:將受試者鑒定為完全應答者，部分應答者或非應答者；施用car表達細胞療法(例如本文所述的cd19car表達細胞療法，例如ctl019)；選擇或改變car表達細胞療法的劑量；選擇或改變car表達細胞療法的時間表或時間過程；對例如非應答者或部分應答者施用另外的活性劑與car表達細胞療法，例如檢查點抑制劑，例如本文所述的檢查點抑制劑的組合；在用car表達細胞療法治療之前向非應答者或部分應答者施用增加受試者中初始t細胞數(shù)量的療法；例如對于被鑒定為非應答者或部分應答者的受試者，修飾car表達細胞療法的制備過程，例如在向t細胞引入編碼car的核酸之前富集初始t細胞；或例如對于非應答者或部分應答者選擇替代療法，例如癌癥的護理治療標準；或選擇替代的car表達細胞療法；從而治療受試者的癌癥。在一些實施方案中，將來自受試者的樣品中確定的生物標志的量定量為絕對測量(例如，ng/ml)。絕對測量可以很容易地與參考值或截斷值進行比較。例如，可以確定代表疾病進展狀態(tài)的截斷值；高于截斷值(即對于隨著癌癥例如血液癌癥如all和cll進展增加表達的生物標志)或低于截斷值(即對于隨著癌癥例如血液癌癥如all和cll進展減少表達的生物標志)的任何絕對值可能是疾病進展?；蛘?，確定生物標志的相對量。在一個實施方案中，通過將患有癌癥的受試者中的一種或多種生物標志的表達和/或活性與參考參數(shù)中的生物標志的表達進行比較來確定相對量。在一些實施方案中，從以下中的一個或多個獲得參考參數(shù):受試者的基線或先前值，不同時間間隔的受試者，癌癥受試者(例如，患者)群體的平均值或中值，健康對照或健康的受試者群體。本公開還涉及預測醫(yī)學領域，其中診斷測定法，藥物基因組學和監(jiān)測臨床試驗用于預測目的，從而預防性地治療個體。因此，本公開的一個方面涉及用于確定對應于本文所述的一種或多種標志的多肽或核酸的量，結構和/或活性的測定法，以便確定患有癌癥(例如，血液癌癥如cll和all)的個體或患有癌癥(例如，血液癌癥如cll和all)的風險的個體是否將更可能應答car表達細胞療法(例如本文所述的cd19car表達細胞療法，例如，ctl019)。因此，一方面，本公開提供了一種用于確定患有癌癥的受試者(例如，血液癌癥如cll和all)是否可能應答表達car的細胞(例如所描述的cd19car表達細胞，例如ctl019)的方法。在另一方面，本公開涉及一種預測疾病時間過程的方法。在另一方面，該方法涉及用于預測疾病時間過程中重要事件(例如，再次發(fā)生或緩解)的概率的方法。在某些實施方案中，該方法包括檢測與本文所述的治療的應答性相關的生物標志的組合，并確定受試者是否可能應答治療。在一方面，本公開提供了一種用于在具有癌癥(例如，血液癌癥如all和cll)的受試者中提供car表達細胞療法(例如本文所述的cd19car表達細胞療法，例如ctl019)的成功率的預后的方法，所述方法包括以下步驟:提供來自受試者的生物樣品；確定表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l和klrg1中列出的一種或多種(例如2,3,4,5,6,7,8,9,10,15,20或更多)基因的表達水平，以獲得樣品的基因表達模式；和基于獲得的基因表達模式，為受試者提供預后。在一個實施方案中，確定該組基因的表達水平的步驟還包括檢測從所述基因表達的mrna的表達。在一個實施方案中，所提供的方法還包括步驟，其中確定mrna的表達包括將所述mrna暴露于與所述mrna互補的核酸探針。在一個實施方案中，確定該組基因的表達水平的步驟還包括檢測由所述基因編碼的多肽的表達。在一個實施方案中，提供的方法包括基于提供的預后來為受試者選擇car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法(例如，本文所述的cd19car表達細胞療法，例如ctl019)。在一些實施方案中，所述方法包括評估生物樣品，例如來自受試者，例如已被診斷患有或被懷疑患有癌癥(例如，血液癌癥如cll或all，例如，呈現(xiàn)cll或all的癥狀)的患者的樣品，以檢測表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,和klrg1和cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)基因特征中1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,15或更多種基因的表達和/或活性的變化。篩選方法的結果及其解釋預測患者的疾病進展(例如癌癥，例如血液癌癥，例如all或cll的進展)。根據(jù)本發(fā)明，表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,和klrg1以及cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)基因特征中1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,15或更多種基因的表達或活性相對于癌癥患者群體的平均值或中值或健康的無癌癥受試者群體的平均值或中值的改變指示癌癥(例如，血液癌癥如all和cll)進展。在另一個實施方案中，一個或多個改變，例如生物標志表達的改變以預定的間隔(例如，第一時間點和至少在隨后的時間點)進行評估。在一個實施方案中，通過確定受試者疾病過程中的重大事件之間的時間來測量時間過程，其中測量預測受試者是否具有長的時間過程。在另一個實施方案中，重大事件是從診斷到死亡的進展。在另一個實施方案中，重大事件是從診斷到惡化疾病的進展?；虮磉_檢測方法還可以測定生物標志表達水平。本文描述的標志的表達可以通過用于檢測轉錄的分子或蛋白質(zhì)的表達的多種已知方法中的任何一種進行評估。這些方法的非限制性實例包括用于檢測分泌蛋白，細胞表面蛋白，細胞質(zhì)蛋白或核蛋白的免疫學方法，蛋白質(zhì)純化方法，蛋白質(zhì)功能或活性測定法，核酸雜交方法，核酸逆轉錄方法和核酸擴增方法。在某些實施方案中，特定基因的活性的特征在于基因轉錄物(例如mrna)的度量，翻譯的蛋白質(zhì)量的度量或基因產(chǎn)物活性的度量。可以通過多種方式監(jiān)測標志表達，包括檢測mrna水平，蛋白質(zhì)水平或蛋白質(zhì)活性，其中任何一種都可以使用標準技術進行測量。檢測可以涉及基因表達水平的定量(例如，基因組dna，cdna，mrna，蛋白質(zhì)或酶活性)，或者可以是基因表達水平的定性評估，特別是與對照水平相比較。正在檢測的水平的類型從上下文中將是清楚的。使用核酸雜交技術檢測和/或定量基因轉錄物(由其制備的mrna或cdna)的方法是本領域技術人員已知的(參見例如sambrook等人，同上)。例如，用于評估cdna的存在，不存在或數(shù)量的一種方法涉及如上所述的southern轉移。簡言之，分離mrna(例如，使用酸性胍鹽-苯酚-氯仿提取方法，sambrook等人，同上)，并逆轉錄以產(chǎn)生cdna。然后任選地將cdna消化并在緩沖液中的凝膠上運行并轉移到膜中。然后使用對靶cdna特異性的核酸探針進行雜交。這種診斷和預后測定法的一般原理包括制備含有標志和探針的樣品或反應混合物,在適當條件下和足夠使得所述標志和探針相互作用并結合的時間內(nèi)進行所述制備，從而形成復合物，其可以在反應混合物中除去和/或檢測。這些測定法可以以各種方式進行。例如，進行這種測定的一種方法將涉及將標志或探針錨定在固相支持體(也稱為基質(zhì))上，以及在反應結束時檢測錨定在固相上的靶標志/探針復合物。在這種方法的一個實施方案中，待測定標志的存在和/或濃度的來自受試者的樣品可以錨定在載體或固相支持體上。在另一個實施方案中，相反的情況是可能的，其中探針可以錨定到固相，并且來自受試者的樣品可以作為測定的未錨定組分反應。為了用上述方法進行測定，將非固定化組分加入其上錨定第二組分的固相中。反應完成后，可以在形成的任何復合物將固定在固相上的條件下除去(例如通過洗滌)未復合的組分。錨定到固相的標志/探針復合物的檢測可以用本文概述的許多方法完成。在另一個實施方案中，當探針是未錨定的測定組分時，其可以被標記以便直接或間接地用本文討論的并且本領域技術人員熟知的可檢測標記檢測和讀出測定。也可以直接檢測標志/探針復合物形成，而無需進一步操作或標記任一組分(標志或探針)，例如通過利用熒光能量轉移技術(參見例如lakowicz等，美國專利號5,631,169；stavrianopoulos等人，美國專利號4,868,103)。選擇第一個“供體”分子上的熒光標記，使得當用適當波長的入射光激發(fā)時，其發(fā)射的熒光能量將被第二個“受體”分子上的熒光標記吸收，“受體”分子由于吸收的能量能夠發(fā)出熒光?；蛘?，“供體”蛋白質(zhì)分子可以簡單地利用色氨酸殘基的天然熒光能量。選擇發(fā)射不同波長的光的標記，使得“受體”分子標記可以與“供體”的不同。由于標簽之間能量轉移的效率與分離分子的距離有關，因此可以評估分子之間的空間關系。在分子之間發(fā)生結合的情況下，測定中“受體”分子標記的熒光發(fā)射應該是最大的?？梢酝ㄟ^本領域公知的標準熒光檢測手段(例如，使用熒光計)方便地測量fet結合事件。在另一個實施方案中，可以通過利用諸如實時生物分子相互作用分析(bia)的技術完成測定探針識別標志的能力而無需標記測定組分(探針或標志)(參見例如sjolander,s.andurbaniczky,c.,1991,anal.chem.63:2338-2345andszaboetal.,1995,curr.opin.struct.biol.5:699-705)。如本文所用，“bia”或“表面等離振子共振”是用于實時研究生物特異性相互作用的技術，而不標記任何相互作用體(例如biacore)。結合表面上的質(zhì)量變化(指示結合事件)導致表面附近的光的折射率的改變(表面等離振子共振(spr)的光學現(xiàn)象))，導致可檢測的信號，其可以用作生物分子之間的實時反應的指示?；蛘?，在另一個實施方案中，類似的診斷和預后測定可以用標志和探針作為溶質(zhì)在液相中進行。在這種測定中，通過許多標準技術中的任何一種將復合的標志和探針與未復合的組分分離，所述技術包括但不限于:差速離心，層析，電泳和免疫沉淀。在差速離心中，可以通過一系列離心步驟將標志/探針復合物與未復合的測定組分分離，這是由于基于不同大小和密度對復合物的不同沉降平衡(參見例如rivas,g.,andminton,a.p.,1993,trendsbiochemsci.18(8):284-7)。也可以使用標準層析技術將復合分子與未復合的分子分離。例如，凝膠過濾層析基于大小分離分子，并且通過利用柱形式的合適的凝膠過濾樹脂，例如，相對較大的復合物可以與相對較小的未復合的組分分離。類似地，與未復合的組分相比，標志/探針復合物的相對不同的電荷性質(zhì)可以被利用以區(qū)分復合物與未復合組分，例如通過利用離子交換層析樹脂。這樣的樹脂和層析技術是本領域技術人員公知的(參見例如heegaard,n.h.,1998,j.mol.recognit.winter11(1-6):141-8；hage,d.s.,andtweed,s.a.jchromatogrbbiomedsciappl1997oct10；699(1-2):499-525)。還可以使用凝膠電泳來將復合的測定組分與未結合的組分分離(參見例如ausubeletal.,ed.,currentprotocolsinmolecularbiology,johnwiley&sons,newyork,1987-1999)。在這種技術中，蛋白質(zhì)或核酸復合物例如根據(jù)大小或電荷分離。為了維持電泳過程中的結合相互作用，非變性凝膠基質(zhì)材料和不存在還原劑的條件是典型的。對于特定測定及其組分的適當條件對于本領域技術人員來說是眾所周知的。在一個具體實施方案中，可以使用本領域已知的方法，通過原位和體外形式來確定生物樣品中對應于標志的mrna的水平。術語“生物樣品”旨在包括從受試者分離的組織，細胞，生物流體及其分離物，以及存在于受試者內(nèi)的組織，細胞和流體。許多表達檢測方法使用分離的rna。對于體外方法，不針對mrna的分離而選擇的任何rna分離技術可以用于從細胞中純化rna(參見例如ausubeletal.,ed.,currentprotocolsinmolecularbiology,johnwiley&sons,newyork1987-1999)。此外，使用本領域技術人員熟知的技術，例如chomczynski(1989，美國專利號4,843,155)的單步rna分離方法可以容易地處理大量的組織樣品。分離的核酸可用于雜交或擴增測定，包括但不限于southern或northern分析，聚合酶鏈反應分析和探針陣列。用于檢測mrna水平的一種診斷方法包括使分離的mrna與可與被檢測的基因編碼的mrna雜交的核酸分子(探針)接觸。核酸探針可以是例如全長cdna或其部分，例如長度至少為7,15,30,50,100,250或500個核苷酸，并且足以在嚴格條件下與編碼本發(fā)明標志的mrna或基因組dna特異性雜交的寡核苷酸。本文描述了用于診斷測定的其它合適的探針。mrna與探針的雜交表明正在表達所討論的標志。在一種形式中，將mrna固定在固體表面上并與探針接觸，例如通過在瓊脂糖凝膠上運行分離的mrna并將mrna從凝膠轉移到膜(例如硝酸纖維素)上。在備選形式中，將探針固定在固體表面上，并且將mrna與探針接觸，例如在affymetrix基因芯片陣列中。技術人員可以容易地調(diào)整已知的mrna檢測方法，以用于檢測由本文所述的標志編碼的mrna的水平。探針可以是編碼蛋白質(zhì)的核酸序列的全長或小于全長。經(jīng)驗測試較短探針的特異性。示例性的核酸探針的長度為20個堿基或更長(對于選擇用于核酸雜交的核酸探針序列的方法參見例如sambrook等人)。雜交部分的顯現(xiàn)允許定性測定cdna的存在或不存在。用于確定樣品中相應于本發(fā)明的標志的轉錄物水平的備選方法涉及核酸擴增方法，例如通過rtpcr(mullis，1987，美國專利號4,683,202中所述的實驗實施方案)，連接酶鏈反應(barany,1991,proc.natl.acad.sci.usa,88:189-193)，自持續(xù)序列復制(guatellietal.,1990,proc.natl.acad.sci.usa87:1874-1878)，轉錄擴增系統(tǒng)(kwohetal.,1989,proc.natl.acad.sci.usa86:1173-1177)，q-beta復制酶(lizardietal.,1988,bio/technology6:1197)，滾環(huán)復制(lizardi等人，美國專利號5,854,033)或任何其它核酸擴增方法，隨后使用本領域技術人員熟知的技術檢測擴增的分子。熒光rtpcr也可用于本發(fā)明的方法。在熒光rtpcr中，定量是基于熒光信號的量，例如taqman和sybrgreen。如果這樣的分子以非常低的數(shù)量存在，則這些檢測方案對于檢測核酸分子是特別有用的。如本文所用，擴增引物被定義為可以退火到基因的5'或3'區(qū)域的一對核酸分子(分別為正負鏈，反之亦然)，并且其間包含短區(qū)域。通常，擴增引物長度為約10至30個核苷酸，并且側翼是長度為約50至200個核苷酸的區(qū)域。在合適的條件下并且使用合適的試劑，這樣的引物允許擴增包含側翼為引物的核苷酸序列的核酸分子。對于原位方法，mrna在檢測前不需要從細胞中分離出來。在這種方法中，使用已知的組織學方法制備/加工細胞或組織樣品。然后將樣品固定在支持體(通常為載玻片)上，然后與可以與編碼標志的mrna雜交的探針接觸。作為基于標志的絕對表達水平進行測定的備選方案，可以基于標志的歸一化表達水平進行測定。通過將其表達與不是標志的基因(例如組成型表達的持家基因)的表達進行比較來校正標志的絕對表達水平，使表達水平歸一化。合適的歸一化基因包括持家基因，例如肌動蛋白基因或上皮細胞特異性基因。該歸一化允許將一個樣品(例如，受試者樣品)中的表達水平與另一個樣品(例如健康受試者)或來自不同來源的樣品之間進行比較?；蛘?，表達水平可以作為相對表達水平提供。為了確定標志的相對表達水平，在測定所討論的樣品的表達水平之前，可以測定10個或更多個正常對癌癥分離物或甚至50個或更多個樣品的標志的表達水平?？梢源_定在較大數(shù)量的樣品中測定的每種基因的平均表達水平，并且這可以用作標志的基線表達水平。然后將為測試樣品(絕對表達水平)確定的標志的表達水平除以為該標志獲得的平均表達值。這提供了相對表達水平。在某些實施方案中，在基線測定中使用的樣品將來自具有癌癥(例如，血液癌癥如all和cll)的受試者的樣品與來自相同組織類型的健康受試者的樣品。細胞來源的選擇取決于相對表達水平的使用。使用在正常組織中發(fā)現(xiàn)的表達作為平均表達得分有助于驗證所測定的標志是否對組織特異，所述細胞來源于所述組織(相對于正常細胞)。另外，隨著更多的數(shù)據(jù)被累積，可以修改平均表達值，提供基于累積數(shù)據(jù)的改進的相對表達值。來自正常細胞的表達數(shù)據(jù)提供了分級癌癥疾病狀態(tài)的嚴重性的手段。在另一個實施方案中，通過從受試樣品中的細胞制備基因組dna或mrna/cdna(即轉錄的多核苷酸)并通過將基因組dna或mrna/cdna與參照多核苷酸雜交來評估標志的表達，所述參照多核苷酸是包含標志的多核苷酸的互補序列，及其片段。任選地，在與參考多核苷酸雜交之前，可以使用多種聚合酶鏈式反應方法中的任何一種來擴增cdna。同樣可以使用定量pcr(qpcr)檢測一種或多種標志的表達，以評估標志的表達水平?；蛘撸梢允褂脵z測本發(fā)明標志的突變或變體(例如單核苷酸多態(tài)性，缺失等)的許多已知方法中的任何一種來檢測受試者中突變標志的發(fā)生。在相關實施方案中，將從樣品獲得的轉錄的多核苷酸的混合物與基質(zhì)接觸，所述基質(zhì)固定有與至少部分(例如，至少7，至少10，至少15，至少15，至少20，至少25，至少30，至少40，至少50，至少100，至少500個或更多個核苷酸殘基)本文所述的標志互補或同源的多核苷酸。如果與本文所述的標志互補或與同源的多核苷酸在底物上是可差別檢測的(例如，使用不同的發(fā)色團或熒光團可檢測或固定到不同的選定位置)，則可以使用單個基質(zhì)(例如，固定在選定位置的多核苷酸的“基因芯片”微陣列)同時評估多種標志的表達水平。當使用涉及一個核酸與另一個核酸雜交的評估標志表達的方法時，雜交可以在嚴格的雜交條件下進行。在另一個實施方案中，利用評估標志表達的方法的組合。因為組合物，試劑盒和方法依賴于檢測本文所述的一種或多種標志的表達水平的差異，在某些實施方案中，標志的表達水平顯著大于用于評估在來自患有癌癥(例如，諸如all和cll的血液癌癥)的受試者的生物樣品的至少一種或參考物(例如，來自健康受試者，例如，無癌癥的受試者的生物樣品)中表達的方法的最小檢測限。核酸分子和探針本公開的一個方面涉及對應于本文所述的一種或多種標志的分離的核酸分子，包括編碼對應于本文所述的一種或多種標志的多肽或這種多肽的一部分的核酸。核酸分子包括存在于本文鑒定的基因組區(qū)域中的那些核酸分子。分離的核酸分子還包括足以用作雜交探針以鑒定對應于本文所述標志的核酸分子的核酸分子，包括編碼對應于本文所述標志的多肽的核酸分子和此類核酸分子的片段，例如適合用作pcr引物用于擴增或突變核酸分子的那些。核酸分子可以是使用核苷酸類似物產(chǎn)生的dna分子(例如cdna或基因組dna)和rna分子(例如mrna)和dna或rna的類似物。核酸分子可以是單鏈或雙鏈的；在某些實施方案中，核酸分子是雙鏈dna?！胺蛛x的”核酸分子是與存在于核酸分子的天然來源中的其它核酸分子分離的。在某些實施方案中，“分離的”核酸分子不含天然側翼于衍生所述核酸的生物的基因組dna中核酸的序列(即位于核酸的5'和3'端的序列)(例如蛋白質(zhì)編碼序列)。術語“基本上不含其它細胞材料或培養(yǎng)基”包括核酸分子的制劑，其中所述分子與從所述細胞分離的細胞組分分離或重組產(chǎn)生。因此，基本上不含細胞材料的核酸分子包括核酸分子的制劑，其具有小于約30％，小于約20％，小于約10％或小于約5％(以干重計)的其他細胞材料或培養(yǎng)基。如果需要，可以使用標準分子生物學技術和本文所述的數(shù)據(jù)庫記錄中的序列信息分離核酸分子，例如本文鑒定的標志基因產(chǎn)物。使用這些核酸序列的全部或部分，可以使用標準雜交和克隆技術分離核酸分子(例如，如sambrooketal.,ed.,molecularcloning:alaboratorymanual,2nded.,coldspringharborlaboratorypress,coldspringharbor,ny,1989中所述)?？梢允褂胏dna，mrna或基因組dna作為模板和合適的寡核苷酸引物根據(jù)標準pcr擴增技術擴增核酸分子。如此擴增的核酸分子可以克隆到合適的載體中，并通過dna序列分析進行表征。此外，對應于本發(fā)明的核酸分子的全部或一部分的寡核苷酸可以通過標準合成技術制備，例如使用自動化dna合成儀?；诒景l(fā)明的核酸分子的序列的探針可用于檢測對應于本文所述的一種或多種標志的轉錄物(例如mrna)或基因組序列。探針包含與其連接的標記基團，例如放射性同位素，熒光化合物，酶或酶輔因子。這樣的探針可以用作用于鑒定錯誤表達蛋白質(zhì)的細胞或組織的診斷測試試劑盒的一部分，例如通過測量來自受試者的細胞樣品中編碼所述蛋白質(zhì)的核酸分子的水平，例如檢測mrna水平或確定編碼所述蛋白質(zhì)的基因是否已突變或缺失。多肽檢測測量本文描述的生物標志的方法包括但不限于:蛋白質(zhì)印跡，免疫印跡，酶聯(lián)免疫吸附測定(elisa)，放射免疫測定(ria)，免疫沉淀，表面等離振子共振，化學發(fā)光，熒光偏振，磷光，免疫組織化學分析，液相色譜質(zhì)譜(lc-ms)，基質(zhì)輔助激光解吸/電離飛行時間(maldi-tof)質(zhì)譜，微細胞計數(shù)，微陣列，顯微術，熒光激活細胞分選(facs)，磁激活細胞分選(macs)，流式細胞術，激光掃描細胞計數(shù)，血液學分析儀和基于蛋白質(zhì)性質(zhì)的測定，包括但不限于dna結合，配體結合或與其它蛋白質(zhì)配偶體的相互作用。也可以通過檢測或定量表達的多肽來檢測和/或定量標志蛋白的活性或水平?？梢酝ㄟ^本領域技術人員公知的多種方法中的任何一種來檢測和定量多肽。這些可以包括分析生物化學方法，如電泳，毛細管電泳，高效液相層析(hplc)，薄層層析(tlc)，超擴散層析等，或各種免疫學方法，如液體或凝膠沉淀素反應，免疫擴散(單或雙倍)，免疫電泳，放射免疫測定(ria)，酶聯(lián)免疫吸附測定(elisa)，免疫熒光測定，western印跡，免疫組織化學等。技術人員可以容易地調(diào)整用于確定血清樣品中一種或多種生物標志的表達水平的已知蛋白質(zhì)/抗體檢測方法。用于檢測多肽的另一種試劑是能夠結合對應于本文所述標志的多肽的抗體，例如具有可檢測標記的抗體。抗體可以是多克隆或單克隆抗體?？梢允褂猛暾贵w或其片段(例如fab或f(ab')2)。關于探針或抗體，術語“標記的”旨在包括通過將可檢測物質(zhì)與探針或抗體偶聯(lián)(即，物理連接)來直接標記探針或抗體以及通過與直接標記的另一種試劑的反應性間接標記探針或抗體。間接標記的實例包括使用熒光標記的二級抗體檢測一級抗體，并用生物素終止標記dna探針，以便其可用熒光標記的鏈霉親和素檢測。在另一個實施方案中，抗體是被標記的，例如放射性標記的，生色團標記的，熒光團標記的或酶標記的抗體。在另一個實施方案中，使用抗體衍生物(例如，與底物綴合或與蛋白質(zhì)-配體對(例如生物素-鏈霉親和素)的蛋白質(zhì)或配體綴合的抗體)或抗體片段(例如，單鏈抗體，分離的抗體高變區(qū)等)，其與對應于標志的蛋白質(zhì)(例如由對應于標志的可讀框編碼的蛋白質(zhì)或經(jīng)歷其正常翻譯后修飾的全部或部分的蛋白質(zhì))特異性結合?？梢允褂帽绢I域技術人員熟知的技術來分離來自細胞的蛋白質(zhì)。所使用的蛋白質(zhì)分離方法可以是例如在harlow和lane(harlowandlane,1988,antibodies:alaboratorymanual,coldspringharborlaboratorypress,coldspringharbor,newyork)中描述的那些。在一種形式中，抗體或抗體片段可用于諸如western印跡或免疫熒光技術的方法中以檢測所表達的蛋白質(zhì)。在這種用途中，可以將抗體或蛋白質(zhì)固定在固相支持體上。合適的固相支持體或載體包括能夠結合抗原或抗體的任何支持體。眾所周知的支持體或載體包括玻璃，聚苯乙烯，聚丙烯，聚乙烯，葡聚糖，尼龍，淀粉酶，天然和改性纖維素，聚丙烯酰胺，輝長巖和磁石。在另一個實施方案中，使用免疫測定法檢測多肽。如本文所用，免疫測定法是利用抗體特異性結合分析物的測定法。因此，免疫測定法通過檢測多肽與抗體的特異性結合來表征，而不是使用其他物理或化學性質(zhì)來分離，靶向和定量分析物。使用許多公知的免疫結合測定法中的任一種來檢測和/或定量多肽(參見例如美國專利號4,366,241；4,376,110；4,517,288和4,837,168)。關于一般免疫測定法的綜述，另見asai(1993)methodsincellbiologyvolume37:antibodiesincellbiology,academicpress,inc.newyork；stites&terr(1991)basicandclinicalimmunology7thedition。在另一個實施方案中，使用測定技術檢測和/或定量多肽。測定將微小的顏色編碼的珠粒分離成例如不同的組，每組都用用于特定生物測定的試劑包被，從而以多路方式捕獲和檢測來自樣品的特定分析物。可以使用基于珠的熒光細胞計數(shù)法將測定技術與多路elisa測定進行比較，以檢測分析物，如生物標志。本公開還包括用于檢測生物樣品，例如含有組織，全血，血清，血漿，頰刮，唾液，腦脊液，尿液，糞便和骨髓的樣品中對應于本文所述標志的多肽或核酸的存在的試劑盒。這樣的試劑盒可用于確定受試者是否患有或具有增加的患癌(例如，血液癌癥如cll和all)風險。例如，試劑盒可以包含能夠檢測生物樣品中對應于本文所述標志的多肽的多肽或編碼所述多肽的mrna的標記化合物或試劑，以及用于測定樣品中多肽或mrna的量的工具(例如，結合多肽的抗體或與編碼多肽的dna或mrna結合的寡核苷酸探針)。試劑盒還可以包括解釋使用試劑盒獲得的結果的說明書。因此，本公開內(nèi)容包括用于評估患有癌癥(例如，血液癌癥如cll和all)的受試者的疾病進展的試劑盒。在一個實施方案中，試劑盒可用于評估癌癥的疾病進展，所述癌癥包括但不限于b細胞急性淋巴細胞白血病(b-all)，t細胞急性淋巴細胞白血病(t-all)，急性淋巴細胞白血病(all)，慢性骨髓性白血病(cml)，慢性淋巴細胞白血病(cll)，b細胞早幼粒細胞白血病，母細胞性漿細胞樣樹突細胞瘤，伯基特淋巴瘤，彌漫性大b細胞淋巴瘤，濾泡淋巴瘤，毛細胞白血病，小細胞或大細胞濾泡淋巴瘤，惡性淋巴細胞增生癥，malt淋巴瘤，套細胞淋巴瘤，邊緣區(qū)淋巴瘤，多發(fā)性骨髓瘤，骨髓發(fā)育不良和骨髓增生異常綜合征，非霍奇金淋巴瘤，霍奇金淋巴瘤，漿母細胞淋巴瘤，漿細胞樣樹突狀細胞腫瘤和瓦爾登斯特隆巨球蛋白血癥。在一個實施方案中，本公開提供了用于評估具有血液癌癥的受試者的疾病進展的試劑盒。在一個實施方案中，本公開提供了用于評估具有all的受試者的疾病進展的試劑盒。在另一個實施方案中，本公開提供了用于評估具有cll的受試者的疾病進展的試劑盒。在一個實施方案中，本公開提供了用于評估具有與cd19表達相關的癌癥的受試者的疾病進展的試劑盒。在一個實施方案中，本公開提供了用于評估和表征具有血液癌癥的受試者對表達car的細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法(例如，如本文所述的cd19car表達細胞療法，例如ctl019)的應答者狀態(tài)(例如，完全應答者，部分應答者或非應答者)的試劑盒。在一個實施方案中，本公開提供了用于評估和表征具有all的受試者對car表達細胞療法(例如，如本文所述的cd19car表達細胞療法，例如ctl019)的應答者狀態(tài)(例如，完全應答者，部分應答者或非應答者)的試劑盒。在一個實施方案中，本公開提供了用于評估和表征具有cll的受試者對car表達細胞療法(例如，如本文所述的cd19car表達細胞療法，例如ctl019)的應答者狀態(tài)(例如，完全應答者，部分應答者或非應答者)的試劑盒。用于與對應于本文所述標志的多肽結合的合適試劑包括抗體，抗體衍生物，抗體片段等。用于與核酸(例如基因組dna，mrna，剪接的mrna，cdna等)結合的合適的試劑包括互補核酸。例如，核酸試劑可包括固定于基質(zhì)的寡核苷酸(標記或未標記的)，未與基質(zhì)結合的標記寡核苷酸，pcr引物對，分子信標探針等。試劑盒可以任選地包含用于執(zhí)行本文所述方法的其它組分。作為示例，試劑盒可以包含適于退火互補核酸或將抗體與其特異性結合的蛋白質(zhì)結合的液體(例如，ssc緩沖液)，一個或多個樣品室，描述本發(fā)明的方法的性能的指導材料，用于比較本文所述的生物標志的表達水平的參考樣品等。本發(fā)明的試劑盒可以包含可用于測定標志的蛋白質(zhì)水平或蛋白質(zhì)活性的試劑。在一個實施方案中，提供了用于提供患有癌癥(例如，血液癌癥如cll和all)的受試者中car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法(例如本文所述的cd19car表達細胞療法，例如ctl019)的成功率的預后的試劑盒，所述試劑盒包含:特異性檢測表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20中列出的基因，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,和klrg1以及cd19car表達細胞基因集特征的一種或多種(例如2,3,4,5,6,7,8,9,10,15,20,25,30,35,40,50或更多種)的表達水平的一組試劑；和使用所述試劑盒的說明書；其中所述使用說明書規(guī)定，如果所檢測的表達水平中的一種或多種大于參考水平，則所述受試者更可能積極應答car表達細胞療法。在一個實施方案中，該組試劑檢測由所述組的基因表達的mrna的表達。在一個實施方案中，該組試劑包含與所述組基因表達的mrna互補的核酸探針。在一個實施方案中，與mrna互補的核酸探針是cdna或寡核苷酸。在一個實施方案中，與mrna互補的核酸探針固定在基質(zhì)表面上。在一個實施方案中，該組試劑檢測由所述組基因編碼的多肽的表達。治療劑，組合物和施用本文描述的方法可用于評估表達car的細胞的應答者狀態(tài)。在一個實施方案中，細胞表達car分子，所述car分子包含抗原結合結構域(例如，特異性結合腫瘤抗原的抗體或抗體片段)，跨膜結構域和細胞內(nèi)信號傳導結構域(例如，細胞內(nèi)信號傳導結構域，其包含共刺激結構域和/或一級信號傳導結構域)。在一個實施方案中，抗原結合結構域包含本領域已知的靶向或特異性結合本文所述的任何腫瘤抗原的任何抗體或其片段，例如scfv。例如，腫瘤抗原是bcma(也稱為tnfrsf17，腫瘤壞死因子受體超家族，成員17或b細胞成熟抗原)，cd33，cll-1(也稱為c型凝集素樣結構域家族1或clecl1)或密蛋白-6(cldn6)?？贵w或其片段可以是鼠，人源化或完全人的抗體或其片段，例如scfv。在一個實施方案中，car包含抗體或抗體片段，其包含本文所述的抗-cd19結合結構域(例如，本文所述特異性結合cd19的鼠或人源化抗體或抗體片段)，本文所述的跨膜結構域，以及本文所述的細胞內(nèi)信號傳導結構域(例如，包含本文所述的共刺激結構域和/或一級信號傳導結構域的細胞內(nèi)信號傳導結構域)?？乖Y合結構域在一個方面，本發(fā)明的car包含靶特異性的結合元件，另外稱為抗原結合結構域。部分的選擇取決于定義靶細胞表面的配體的類型和數(shù)量。例如，可以選擇抗原結合結構域以識別在特定疾病狀態(tài)有關的靶細胞上起細胞表面標志作用的配體。因此，可以作為本發(fā)明的car中抗原結合結構域的配體的細胞表面標志的實例包括那些與病毒，細菌和寄生蟲感染，自身免疫性疾病和癌癥細胞相關的細胞表面標志。在一個方面中，可通過將特異性結合所需抗原的抗原結合結構域工程化為car的方式，將car介導的t細胞應答導向目的抗原。在一個方面中，包含抗原結合結構域的car的部分包含靶向腫瘤抗原，例如，本文所述的腫瘤抗原的抗原結合結構域?？乖Y合結構域可以是結合如下抗原的任何結構域:包括但不限于單克隆抗體、多克隆抗體、重組抗體、人抗體、人源化抗體及其功能性片段，包括但不限于單結構域抗體，比如重鏈可變結構域(vh)、輕鏈可變結構域(vl)和駱駝科來源的納米抗體的可變結構域(vhh)，且結合本領域已知的備選的支架以抗原結合結構域形式(比如重組纖連蛋白結構域、t細胞受體(tcr)或其片段，例如單鏈tcr等)起作用。在某些情況下，抗原結合結構域來源于與car的最終用處相同的物種是有利的。例如，為了用于人類，car的抗原結合結構域包含人類或人源化的用于抗體或抗體片段的抗原結合結構域的殘基可能是有利的。本領域的任何已知的cd19car,例如任何已知cd19car的cd19抗原結合結構域均可根據(jù)本發(fā)明使用。例如，lg-740；美國專利號8,399,645中描述的cd19car；美國專利號7,446,190；xuetal.,leuklymphoma.201354(2):255-260(2012)；cruzetal.,blood122(17):2965-2973(2013)；brentjensetal.,blood,118(18):4817-4828(2011)；kochenderferetal.,blood116(20):4099-102(2010)；kochenderferetal.,blood122(25):4129-39(2013)；and16thannumeetamsocgencellther(asgct)(may15-18,saltlakecity)2013,abst10。可以使用car表達細胞靶向的示例性靶抗原包括但不限于cd19，cd123，egfrviii，間皮素等，如例如wo2014/130635，wo2014/130657，和wo2015/090230中所述，其各自的全部內(nèi)容通過引用并入本文。在一個實施方案中，特異性結合cd19的cart細胞具有usan名稱tisagenlecleucel-t。ctl019通過t細胞的基因修飾來制備，其經(jīng)由用自失活的復制缺陷型慢病毒(lv)載體轉導通過穩(wěn)定插入介導，所述載體含有ef-1α啟動子控制下的ctl019轉基因。ctl019可以是轉基因陽性和陰性t細胞的混合物，其基于轉基因陽性t細胞的百分比遞送給受試者。在其它實施方案中，car表達細胞可以特異性結合人cd19，例如，可以包括根據(jù)wo2014/153270(并入本文作為參考)的表3的car分子或抗原結合結構域(例如，人源化抗原結合結構域)。在其它實施方案中，car表達細胞可以特異性結合cd123，例如，可以包括根據(jù)wo2014/130635(并入本文作為參考)的表1-2的car分子(例如car1-car8任一個)或抗原結合結構域。在其它實施方案中，car表達細胞可以特異性結合egfrviii，例如可以包括根據(jù)wo2014/130657(其通過引用并入本文)的表2或seqidno:11的car分子或抗原結合結構域。在其它實施方案中，car表達細胞可以特異性結合間皮素，例如可以包括根據(jù)wo2015/090230(其通過引用并入本文)的表2-3的car分子或抗原結合結構域。在一個實施方案中，抗原結合結構域包含來自上文所列抗體的一個，兩個或三個(例如全部三個)重鏈cdr:hccdr1，hccdr2和hccdr3，和/或一個，二個，三個(例如，全部三個)輕鏈cdr:lccdr1，lccdr2和lccdr3。在一個實施方案中，抗原結合結構域包含上文列出或描述的抗體的重鏈可變區(qū)和/或可變輕鏈區(qū)。在一些實施方案中，腫瘤抗原是在2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675中描述的腫瘤抗原，其全部內(nèi)容通過引用并入本文。在一些實施方案中，腫瘤抗原選自以下一種或多種:cd19；cd123；cd22；cd30；cd171；cs-1(也被稱為cd2子集1，cracc，slamf7，cd319，和19a24)；c型凝集素樣分子-1(cll-1或clecl1)；cd33；表皮生長因子受體變體iii(egfrviii)；神經(jīng)節(jié)苷脂g2(gd2)；神經(jīng)節(jié)苷脂gd3(aneu5ac(2-8)aneu5ac(2-3)bdgalp(1-4)bdglcp(1-1)cer)；tnf受體家族成員b細胞成熟(bcma)；tn抗原((tnag)或(galnacα-ser/thr))；前列腺特異性膜抗原(psma)；受體酪氨酸激酶樣孤兒受體1(ror1)；fms樣酪氨酸激酶3(flt3)；腫瘤相關的糖蛋白72(tag72)；cd38；cd44v6；癌胚抗原(cea)；上皮細胞粘附分子(epcam)；b7h3(cd276)；kit(cd117)；白介素13受體亞基α-2(il-13ra2或cd213a2)；間皮素；白介素11受體α(il-11ra)；前列腺干細胞抗原(psca)；蛋白酶絲氨酸21(testisin或prss21)；血管內(nèi)皮生長因子受體2(vegfr2)；路易斯(y)抗原；cd24；血小板衍生生長因子受體β(pdgfr-β)；階段特異性胚胎抗原-4(ssea-4)；cd20；葉酸受體α；受體酪氨酸蛋白激酶erbb2(her2/neu)；細胞表面相關的粘蛋白1(muc1)；表皮生長因子受體(egfr)；神經(jīng)細胞粘附分子(ncam)；prostase；前列腺酸性磷酸酶(pap)；突變的延伸因子2(elf2m)；肝配蛋白b2；成纖維細胞活化蛋白α(fap)；胰島素樣生長因子1受體(igf-i受體)，碳酸酐酶ix(caix)；蛋白酶體(prosome，macropain)亞基，β型，9(lmp2)；糖蛋白100(gp100)；由斷點簇區(qū)(bcr)和alelson鼠白血病病毒癌基因同源物1(ab1)組成的癌基因融合蛋白(bcr-abl)；酪氨酸酶；肝配蛋白a型受體2(epha2)；巖藻糖基gm1；唾液酸基路易斯粘附分子(sle)；神經(jīng)節(jié)苷脂gm3(aneu5ac(2-3)bdgalp(1-4)bdglcp(1-1)cer)；轉谷氨酰胺酶5(tgs5)；高分子量黑素瘤相關抗原(hmwmaa)；鄰乙?；鵪d2神經(jīng)節(jié)苷脂(oacgd2)；葉酸受體β；腫瘤血管內(nèi)皮標記1(tem1/cd248)；腫瘤血管內(nèi)皮標記7相關的(tem7r)；claudin6(cldn6)；促甲狀腺激素受體(tshr)；g蛋白偶聯(lián)受體c類5組，成員d(gprc5d)；x染色體開放閱讀框61(cxorf61)；cd97；cd179a；間變性淋巴瘤激酶(alk)；聚唾液酸；胎盤特異性1(plac1)；globohglycoceramide的己糖部分(globoh)；乳腺分化抗原(ny-br-1)；uroplakin2(upk2)；甲型肝炎病毒細胞受體1(havcr1)；腎上腺素受體β3(adrb3)；pannexin3(panx3)；g蛋白偶聯(lián)受體20(gpr20)；淋巴細胞抗原6復合物，基因座k9(ly6k)；嗅覺受體51e2(or51e2)；tcrγ交替閱讀框蛋白(tarp)；腎母細胞瘤蛋白(wt1)；癌/睪丸抗原1(ny-eso-1)；癌癥/睪丸抗原2(lage-1a)；黑素瘤相關抗原1(mage-a1)；ets易位變異基因6，位于染色體12p(etv6-aml)；精子蛋白17(spa17)；x抗原家族，成員1a(xage1)；血管生成素結合細胞表面受體2(tie2)；黑素瘤癌睪丸抗原-1(mad-ct-1)；黑素瘤癌睪丸抗原-2(mad-ct-2)；fos相關抗原1；腫瘤蛋白質(zhì)p53(p53)；p53突變體；prostein；存活蛋白；端粒酶；前列腺癌腫瘤抗原-1(pcta-1或半乳凝素8)，由t細胞識別的黑素瘤抗原1(melana或mart1)；大鼠肉瘤(ras)突變體；人端粒酶逆轉錄酶(htert)；肉瘤易位斷點；細胞凋亡的黑素瘤抑制劑(ml-iap)；erg(跨膜蛋白酶，絲氨酸2(tmprss2)ets融合基因)；n-乙酰葡糖胺基轉移酶v(na17)；配對盒蛋白pax-3(pax3)；雄激素受體；細胞周期蛋白b1；v-myc鳥髓細胞瘤病病毒癌基因神經(jīng)母細胞瘤衍生的同源物(mycn)；ras同源物家族成員c(rhoc)；酪氨酸酶相關蛋白2(trp-2)；細胞色素p4501b1(cyp1b1)；ccctc結合因子(鋅指蛋白)樣(boris或印記位點的調(diào)節(jié)物的兄弟)，由t細胞識別的鱗狀細胞癌抗原3(sart3)；配對盒蛋白pax-5(pax5)；proacrosin結合蛋白sp32(oy-tes1)；淋巴細胞特異性蛋白酪氨酸激酶(lck)；a激酶錨定蛋白4(akap-4)；滑膜肉瘤，x斷點2(ssx2)；高級糖化終產(chǎn)物受體(rage-1)；腎uibiguitous1(ru1)；腎uibiguitous2(ru2)；legumain；人類乳頭瘤病毒e6(hpve6)；人類乳頭瘤病毒e7(hpve7)；腸羧基酯酶；突變的熱休克蛋白70-2(muthosp70-2)；cd79a；cd79b；cd72；白細胞相關免疫球蛋白樣受體1(lair1)；iga受體的fc片段(fcar或cd89)；白細胞免疫球蛋白樣受體亞家族a成員2(lilra2)；cd300分子樣家族成員f(cd300lf)；c型凝集素結構域家族12成員a(clec12a)；骨髓基質(zhì)細胞抗原2(bst2)；含有egf樣模塊粘蛋白樣激素受體樣2(emr2)；淋巴細胞抗原75(ly75)；磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3(gpc3)；fc受體樣5(fcrl5)；與免疫球蛋白λ樣多肽1(igll1)。cd19car構建體鼠cd19car構建體描述于pct公開wo2012/079000中，其通過引用并入本文，鼠cd19car和scfv構建體的氨基酸序列示于下表2中。表2:小鼠cd19car構建體包含人源化抗cd19scfv結構域的cd19car構建體描述于pct公開wo2014/153270中，其通過引用并入本文。在一個實施方案中，抗原結合結構域包含抗cd19抗體或其片段，例如scfv。例如，抗原結合結構域包含表12中列出的可變重鏈和可變輕鏈。連接可變重鏈和可變輕鏈的接頭序列可以是例如本文所述的任何接頭序列，或者備選地，可以為gstsgsgkpgsgegstkg(seqidno:45)。表12:抗cd19抗體結合結構域任何已知的cd19car,例如本領域中任何已知cd19car的cd19抗原結合結構域可以根據(jù)本公開使用。例如，lg-740；在美國專利號8,399,645中描述的cd19car；xuetal.,leuklymphoma.201354(2):255-260(2012)；cruzetal.,blood122(17):2965-2973(2013)；brentjensetal.,blood,118(18):4817-4828(2011)；kochenderferetal.,blood116(20):4099-102(2010)；kochenderferetal.,blood122(25):4129-39(2013)；and16thannumeetamsocgencellther(asgct)(may15-18,saltlakecity)2013,abst10。在一個實施方案中，抗原結合結構域包含來自上述抗體的一個，兩個或三個(例如全部三個)重鏈cdr:hccdr1，hccdr2和hccdr3，和/或一個，二個，三個(例如，全部三個)輕鏈cdr:lccdr1，lccdr2和lccdr3。在一個實施方案中，抗原結合結構域包含上文列出或描述的抗體的重鏈可變區(qū)和/或可變輕鏈區(qū)。在一個實施方案中，針對cd22的抗原結合結構域是抗原結合部分，例如，例如,hasoetal.,blood,121(7):1165-1174(2013)；wayneetal.,clincancerres16(6):1894-1903(2010)；katoetal.,leukres37(1):83-88(2013)；creativebiomart(creativebiomart.net):mom-18047-s(p)中描述的抗體的cdr。在一個實施方案中，針對cd20的抗原結合結構域是抗體利妥昔單抗，ofatumumab，奧瑞珠單抗，veltuzumab或ga101的抗原結合部分，例如cdr。在一個實施方案中，針對ror1的抗原結合結構域是在例如,hudeceketal.,clincancerres19(12):3153-3164(2013)；wo2011159847；和us20130101607中描述的抗體的抗原結合部分，例如，cdr。雙特異性car在一個實施方案中，多特異性抗體分子為雙特異性抗體分子。雙特異性抗體具有對不超過兩個抗原的特異性。雙特異性抗體分子的特征在于對第一表位具有結合特異性的第一免疫球蛋白可變結構域序列，和對第二表位具有結合特異性的第二免疫球蛋白可變結構域序列。在一個實施方案中，第一和第二表位在同一個抗原，例如，相同的蛋白質(zhì)(或多聚體蛋白質(zhì)的亞基)上。在一個實施方案中，第一和第二表位重疊。在一個實施方案中，第一和第二表位不重疊。在一個實施方案中，第一和第二表位是在不同的抗原，例如，不同的蛋白質(zhì)(或多聚體蛋白質(zhì)的不同亞基)上。在一個實施方案中，雙特異性抗體分子包含對第一表位具有結合特異性的重鏈可變結構域序列和輕鏈可變結構域序列和對第二表位具有結合特異性的重鏈可變結構域序列和輕鏈可變結構域序列。在一個實施方案中，雙特異性抗體分子包含對第一表位具有結合特異性的半抗體和對第二表位具有結合特異性的半抗體。在一個實施方案中，雙特異性抗體分子包含具有對第一表位的結合特異性的半抗體，或其片段，和具有對第二表位的結合特異性的半抗體，或其片段。在一個實施方案中，雙特異性抗體分子包含具有對第一表位的結合特異性的scfv或其片段和具有對第二表位的結合特異性的scfv或其片段。在某些實施方案中，抗體分子是多特異性(例如，雙特異性或三特異性)抗體分子。用于產(chǎn)生雙特異性或異二聚體抗體分子以及雙特異性抗體分子的各種構型的方案描述于例如2015年3月13日提交的wo2015/142675的第455-458段中，其全部內(nèi)容通過引用并入本文。在一個方面，雙特異性抗體分子的特征在于第一免疫球蛋白可變結構域序列，例如scfv，其對cd19具有結合特異性，例如包含本文所述的scfv，或包含來自本文所述的scfv的輕鏈cdr和/或重鏈cdr以及對不同抗原上的第二表位具有結合特異性的第二免疫球蛋白可變結構域序列。嵌合tcr一方面，本發(fā)明的抗體和抗體片段(例如，cd19抗體和片段)可以被移植到t細胞受體(“tcr”)鏈(例如tcrα或tcrβ鏈)的一個或多個恒定結構域，以產(chǎn)生嵌合tcr。不受理論束縛，相信嵌合tcr將在抗原結合后通過tcr復合物發(fā)出信號。例如，本文公開的scfv可以移植到恒定結構域，例如tcr鏈(例如tcrα鏈和/或tcrβ鏈)的細胞外恒定結構域，跨膜結構域和胞質(zhì)結構域的至少一部分。作為另一個實例，抗體片段，例如本文所述的vl結構域可以移植到tcrα鏈的恒定結構域，并且抗體片段，例如本文所述的vh結構域可以移植到恒定tcrβ鏈的恒定結構域(或者，vl結構域可以被移植到tcrβ鏈的恒定結構域，并且vh結構域可以被移植到tcrα鏈上)。作為另一個實例，抗體或抗體片段的cdr可以移植到tcrα和/或β鏈中以產(chǎn)生嵌合tcr。例如，本文公開的lcdr可以移植到tcrα鏈的可變結構域中，并且本文公開的hcdr可以移植到tcrβ鏈的可變結構域，反之亦然。這樣的嵌合tcr可以例如通過本領域已知的方法產(chǎn)生(例如，willemsenraetal,genetherapy2000；7:1369–1377；zhangtetal,cancergenether2004；11:487–496；aggenetal,genether.2012apr；19(4):365-74)。非抗體支架在實施方案中，抗原結合結構域包含非抗體支架，例如纖連蛋白，錨蛋白，結構域抗體，脂質(zhì)運載蛋白，小模塊免疫藥物，maxybody，蛋白a或affilin。非抗體支架具有結合細胞上的靶抗原的能力。在實施方案中，抗原結合結構域是在細胞上表達的天然存在的蛋白質(zhì)的多肽或其片段。在一些實施方案中，抗原結合結構域包含非抗體支架。可以使用多種非抗體支架，只要所得到的多肽包含至少一個特異性結合靶細胞上的靶抗原的結合區(qū)即可。非抗體支架包括:纖連蛋白(novartis，ma)，錨蛋白(molecularpartnersag,zurich,switzerland)，結構域抗體(domantis，ltd.，cambridge，ma和ablynxnv，zwijnaarde，belgium)，脂質(zhì)運載蛋白(pierisproteolabag，freising，germany)，小型模塊化免疫藥物(trubionpharmaceuticalsinc.,seattle,wa)，maxybodies(avidia，inc.，mountainview，ca)，蛋白a(affibodyag，sweden)和affilin(γ-晶體蛋白或泛素)(scilproteinsgmbh，halle，germany)。在一個實施方案中，抗原結合結構域包含結合靶細胞表面上的反配對的分子的胞外結構域或其反配體結合片段?？缒そY構域在實施方案中，本文所述的car包含與細胞外序列(例如細胞外識別元件)融合的跨膜結構域，其可以包含抗原結合結構域。在一個實施方案中，跨膜結構域是與car中的一個結構域天然結合的跨膜結構域。在一個實施方案中，跨膜結構域是不與car中的一個結構域天然結合的跨膜結構域。跨膜結構域可以包括與跨膜區(qū)相鄰的一個或多個另外的氨基酸，例如與衍生跨膜的蛋白質(zhì)的細胞外區(qū)域相關的一個或多個氨基酸(例如，細胞外區(qū)的1,2,3,4,5,6,7,8,9,10個至多達15個氨基酸)和/或一個或多個與衍生跨膜蛋白的蛋白質(zhì)的細胞內(nèi)區(qū)域相關的另外的氨基酸(例如，細胞內(nèi)區(qū)域的1,2,3,4,5,6,7,8,9,10個至多達15個氨基酸)。在實施方案中，跨膜結構域是使與其它元件例如其他跨膜結構域的相互作用最小化的跨膜結構域。在一些情況下，跨膜結構域使得這些結構域與相同或不同表面膜蛋白的跨膜結構域的結合最小化，例如以最小化與受體復合物的其它成員的相互作用?？梢酝ㄟ^選擇或修飾已知跨膜結構域的氨基酸取代來獲得合適的實例。在一個實施方案中，跨膜結構域能夠促進與細胞表面上的另一種car的同二聚化?？缒そY構域可以包含天然存在的或非天然存在的合成序列。當天然存在時，跨膜結構域可以衍生自任何膜結合的或跨膜蛋白。適用于本文所述分子的跨膜區(qū)域可衍生自以下的任何一種或多種:例如t細胞受體的α，β或ζ鏈，cd28，cd3ε，cd45,cd4,cd5,cd8,cd9,cd16,cd22,cd33,cd37,cd64,cd80,cd86,cd134,cd137,cd154。在一些實施方案中，跨膜結構域可以至少包括例如kirds2,ox40,cd2,cd27,lfa-1(cd11a,cd18),icos(cd278),4-1bb(cd137),gitr,cd40,baffr,hvem(lightr),slamf7,nkp80(klrf1),nkp44,nkp30,nkp46,cd160,cd19,il2rbeta,il2rgamma,il7rα,itga1,vla1,cd49a,itga4,ia4,cd49d,itga6,vla-6,cd49f,itgad,cd11d,itgae,cd103,itgal,cd11a,lfa-1,itgam,cd11b,itgax,cd11c,itgb1,cd29,itgb2,cd18,lfa-1,itgb7,tnfr2,dnam1(cd226),slamf4(cd244,2b4),cd84,cd96(tactile),ceacam(例如,ceacam-1,ceacam-3和/或ceacam-5),crtam,ly9(cd229),cd160(by55),psgl1,cd100(sema4d),slamf6(ntb-a,ly108),slam(slamf1,cd150,ipo-3),blame(slamf8),selplg(cd162),ltbr,pag/cbp,nkg2d,nkg2c,或cd19的跨膜區(qū)。在一個實施方案中，跨膜結構域衍生自cd8。在一個實施方案中，跨膜結構域衍生自cd28。一方面，跨膜結構域是來自作為seqidno:12或seqidno:42提供的序列的跨膜結構域。在一個實施方案中，序列，例如鉸鏈或間隔區(qū)序列可以設置在跨膜結構域和與其融合的另一個序列或結構域之間。在實施方案中，也可以使用多種人鉸鏈(也稱為“間隔區(qū)”)，例如包括但不限于人ig(免疫球蛋白)鉸鏈。任選地，長度為2至10個氨基酸的短的寡肽或多肽接頭可以形成car的跨膜結構域與另一結構域(例如細胞內(nèi)信號傳導結構域或共刺激結構域)之間的連接。甘氨酸-絲氨酸雙聯(lián)體提供了特別合適的接頭。在一個方面，鉸鏈或間隔區(qū)是作為seqidno:4，seqidno:6或seqidno:8提供的氨基酸序列。在一個方面，鉸鏈或間隔區(qū)包含kir2ds2鉸鏈。在一個實施方案中，跨膜結構域可以是非天然存在的序列，在這種情況下可以主要包含疏水性殘基，如亮氨酸和纈氨酸。在一個實施方案中，將在跨膜結構域的每個末端發(fā)現(xiàn)苯丙氨酸，色氨酸和纈氨酸三聯(lián)體。任選地，長度為2至10個氨基酸的短的寡肽或多肽接頭可以形成car的跨膜結構域和細胞質(zhì)區(qū)域之間的連接。甘氨酸-絲氨酸雙聯(lián)體提供了特別合適的接頭。例如，一方面，接頭包含ggggsggggs(seqidno:10)的氨基酸序列。在一些實施方案中，接頭由ggtggcggaggttctggaggtggaggttcc(seqidno:11)的核苷酸序列編碼。細胞質(zhì)結構域car的細胞質(zhì)結構域或區(qū)域包括胞內(nèi)信號傳導結構域。胞內(nèi)信號傳導結構域通常負責其中已經(jīng)引入car的免疫細胞的正常效應子功能中至少一個的活化。用于本發(fā)明的car的胞內(nèi)信號傳導結構域的實例包括共同作用以在抗原受體銜接之后引發(fā)信號轉導的t細胞受體(tcr)和共同受體的細胞質(zhì)序列，以及這些序列的任何衍生物或變體和具有相同功能性能力的任何重組序列。眾所周知通過單獨的tcr產(chǎn)生的信號不足以完全活化t細胞，并且也需要二級和/或共刺激信號。因此，t細胞活化可以被稱為是由兩個不同種類的細胞質(zhì)信號傳導序列介導的:通過tcr引發(fā)抗原依賴性一級活化的那些(一級胞內(nèi)信號傳導結構域)以及以抗原獨立方式起作用以提供二級或共刺激信號的那些(二級細胞質(zhì)結構域，例如共刺激結構域)。一級信號傳導結構域一級信號傳導結構域以刺激方式或以抑制方式調(diào)節(jié)tcr復合體的一級活化。以刺激方式起作用的一級胞內(nèi)信號傳導結構域可以含有信號傳導基序，其被稱為基于免疫受體酪氨酸的活化基序或itam。在本發(fā)明中特別使用的含有一級細胞內(nèi)信號傳導結構域的itam的實例包括tcrζ，fcrγ，fcrβ，cd3γ，cd3δ，cd3ε，cd5，cd22，cd79a，cd79b，cd278(也稱為“icos”)，fcεri，dap10，dap12和cd66d。在一個實施方案中，本發(fā)明的car包含細胞內(nèi)信號傳導結構域，例如cd3-ζ的一級信號傳導結構域，例如本文所述的cd3-ζ序列。在一種實施方式中，一級信號傳導結構域包含修飾的itam結構域，例如與天然itam結構域相比具有改變的(例如，增強或降低的)活性的突變itam結構域。在一種實施方式中，一級信號傳導結構域包含含有修飾的itam的一級胞內(nèi)信號傳導結構域，例如含有優(yōu)化的和/或截短的itam的一級胞內(nèi)信號傳導結構域。在一種實施方式中，一級信號傳導結構域包含一個、兩個、三個、四個或更多個itam基序。在本發(fā)明中特別使用的含有一級細胞內(nèi)信號傳導結構域的分子的其它實例包括dap10，dap12和cd32的那些。一級細胞內(nèi)信號傳導結構域包含主要刺激分子(例如cd3zeta-genbankacc.no.bag36664.1)的功能片段或類似物。一級細胞內(nèi)信號傳導結構域可以包含整個細胞內(nèi)區(qū)域或細胞內(nèi)區(qū)域的片段，當與其融合的抗原結合結合域結合同源抗原時，其足以產(chǎn)生細胞內(nèi)信號。在實施方案中，一級細胞內(nèi)信號傳導結構域與天然存在的主要刺激分子，例如人(genbankaccno.bag36664.1)或其他哺乳動物，例如非人類物種，例如嚙齒動物，猴，猿或鼠細胞內(nèi)主要刺激分子的整個細胞內(nèi)區(qū)域或細胞內(nèi)區(qū)域的片段具有至少70,75,80,85,90,95,98或99％的序列同一性，所述片段足以產(chǎn)生細胞內(nèi)信號。在實施方案中，一級細胞內(nèi)信號傳導結構域與seqidno:18或seqidno:20具有至少70,75,80,85,90,95,98,或99％的序列同一性。在實施方案中，一級細胞內(nèi)信號傳導結構域與天然存在的人類主要刺激分子(例如本文公開的天然存在的人類主要刺激分子)的整個細胞內(nèi)區(qū)域或細胞內(nèi)區(qū)域的足以產(chǎn)生細胞內(nèi)信號的片段的相應殘基具有至少70,75,80,85,90,95,96,97,98,或99％同一性，或者相差不超過30,25,20,15,10,5,4,3,2,或1個氨基酸殘基。共刺激信號傳導結構域car的胞內(nèi)信號傳導結構域可以包含cd3-ζ信號傳導結構域本身，或者其可以與用于本發(fā)明的car的上下文中的任何其它期望的胞內(nèi)信號傳導結構域組合。例如，car的胞內(nèi)信號傳導結構域可以包括cd3ζ鏈部分和共刺激信號傳導結構域。共刺激信號傳導結構域是指包括共刺激性分子的胞內(nèi)結構域的car的部分。在一個實施方案中，細胞內(nèi)結構域被設計為包含cd3-zeta的信號傳導結構域和cd28的信號傳導結構域。在一個方面，細胞內(nèi)結構域被設計成包含cd3-zeta的信號傳導結構域和icos的信號傳導結構域。共刺激性分子是淋巴細胞對抗原的有效應答所需的除抗原受體或其配體以外的細胞表面分子。這些分子的實例包括i類mhc分子，tnf受體蛋白，免疫球蛋白樣蛋白，細胞因子受體，整聯(lián)蛋白，信號傳導淋巴細胞活化分子(slam蛋白)，激活nk細胞受體，btla，toll配體受體，ox40,cd2,cd7,cd27,cd28,cd30,cd40,cds,icam-1,lfa-1(cd11a/cd18),4-1bb(cd137),b7-h3,cds,icam-1,icos(cd278),gitr,baffr,light,hvem(lightr),kirds2,slamf7,nkp80(klrf1),nkp44,nkp30,nkp46,cd19,cd4,cd8alpha,cd8beta,il2rbeta,il2rgamma,il7ralpha,itga4,vla1,cd49a,itga4,ia4,cd49d,itga6,vla-6,cd49f,itgad,cd11d,itgae,cd103,itgal,cd11a,lfa-1,itgam,cd11b,itgax,cd11c,itgb1,cd29,itgb2,cd18,lfa-1,itgb7,nkg2d,nkg2c,tnfr2,trance/rankl,dnam1(cd226),slamf4(cd244,2b4),cd84,cd96(tactile),ceacam1,crtam,ly9(cd229),cd160(by55),psgl1,cd100(sema4d),cd69,slamf6(ntb-a,ly108),slam(slamf1,cd150,ipo-3),blame(slamf8),selplg(cd162),ltbr,lat,gads,slp-76,pag/cbp,cd19a,和與cd83特異性結合的配體等。例如，cd27共刺激已經(jīng)被證明在體外增強人類car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)的擴增，效應子功能和存活，并在體內(nèi)增強人t細胞的持久性和抗腫瘤活性(songetal.blood.2012；119(3):696-706)。此類共刺激分子的其它實例包括cds,icam-1,gitr,baffr,hvem(lightr),slamf7,nkp80(klrf1),nkp44,nkp30,nkp46,cd160,cd19,cd4,cd8alpha,cd8beta,il2rbeta,il2rgamma,il7ralpha,itga4,vla1,cd49a,itga4,ia4,cd49d,itga6,vla-6,cd49f,itgad,cd11d,itgae,cd103,itgal,cd11a,lfa-1,itgam,cd11b,itgax,cd11c,itgb1,cd29,itgb2,cd18,lfa-1,itgb7,tnfr2,trance/rankl,dnam1(cd226),slamf4(cd244,2b4),cd84,cd96(tactile),ceacam1,crtam,ly9(cd229),cd160(by55),psgl1,cd100(sema4d),cd69,slamf6(ntb-a,ly108),slam(slamf1,cd150,ipo-3),blame(slamf8),selplg(cd162),ltbr,lat,gads,slp-76,pag/cbp,nkg2d和nkg2c。可以使本發(fā)明的car的細胞質(zhì)部分之內(nèi)的胞內(nèi)信號傳導序列以隨機或指定順序彼此連接。任選地，例如長度在2和10個氨基酸(例如，2、3、4、5、6、7、8、9或10個氨基酸)之間的短的寡肽或多肽接頭可以在胞內(nèi)信號傳導序列之間形成連接。在一種實施方式中，甘氨酸-絲氨酸二聯(lián)體可用作合適的接頭。在一種實施方式中，單個氨基酸例如丙氨酸、甘氨酸可用作合適的接頭。在一個方面，胞內(nèi)信號傳導結構域被設計成包含兩個或多個，例如2、3、4、5個或多個共刺激信號傳導結構域。在一種實施方式中，兩個或多個，例如2、3、4、5個或多個共刺激信號傳導結構域被接頭(例如本文所述的接頭)分子分開。在一種實施方式中，胞內(nèi)信號傳導結構域包含兩個共刺激信號傳導結構域。在某些實施方式中，接頭分子為甘氨酸殘基。在某些實施方式中，接頭為丙氨酸殘基。共刺激結構域包括共刺激分子(例如，icos，cd28或4-1bb)的功能片段或類似物。其可以包含整個細胞內(nèi)區(qū)域或細胞內(nèi)區(qū)域的足以產(chǎn)生細胞內(nèi)信號的片段，例如當其融合的抗原結合結構域結合同源抗原時。在實施方案中，共刺激結構域與如本文所述的天然存在的共刺激分子，例如人或其它哺乳動物，例如非人類物種，例如嚙齒動物，猴，猿或鼠的細胞內(nèi)共刺激分子的整個細胞內(nèi)區(qū)域或細胞內(nèi)區(qū)域的足夠產(chǎn)生細胞內(nèi)信號的片段具有至少70％，75％，80％，85％，90％，95％，98％或99％的序列同一性。在實施方案中，共刺激結構域與seqidno:14,seqidno:16,seqidno:40,或seqidno:44具有至少70％,75％,80％,85％,90％,95％,98％,或99％的序列同一性。在實施方案中，共刺激信號傳導結構域與天然存在的人共刺激分子，例如本文公開的天然存在的人共刺激分子的整個細胞內(nèi)區(qū)域的相應殘基或細胞內(nèi)區(qū)域的足以產(chǎn)生細胞內(nèi)信號的片段具有至少70,75,80,85,90,95,96,97,98,或99％的同一性，或者相差不超過30,25,20,15,10,5,4,3,2,或1個氨基酸殘基。本文描述的任何car可以包括表11中列出的一種或多種組分。表11.car的多種成分的序列(aa-氨基酸，na-編碼相應蛋白質(zhì)的核酸)car的組合在一個方面，本文所述表達car的細胞可以進一步包括第二car,例如,第二car,其包括例如對相同靶標或不同靶標不同的抗原結合結構域(例如，除本文所述的癌癥相關抗原的靶標或不同的本文所述的癌癥相關抗原，例如cd19，cd33，cll-1，cd34，flt3或葉酸受體β)。在一個實施方案中，第二car包括針對與所述癌癥相關抗原相同的癌癥細胞類型表達的靶標的抗原結合結構域。在一種實施方式中，表達car的細胞包括靶向第一抗原且包括具有共刺激信號傳導結構域而不是一級信號傳導結構域的胞內(nèi)信號傳導結構域的第一car,和靶向第二、不同的抗原且包括具有一級信號傳導結構域而不是共刺激信號傳導結構域的胞內(nèi)信號傳導結構域的第二car。盡管不希望被理論束縛，將共刺激信號傳導結構域(例如4-1bb、cd28、icos、cd27或ox-40)置于第一car上，并且將一級信號傳導結構域例如cd3ζ置于第二car上可以將car活性限制為表達兩個靶的細胞。在一種實施方式中，表達car的細胞包含第一癌癥相關抗原car,其包括結合本文所述的靶抗原的抗原結合結構域、跨膜結構域和共刺激結構域，和第二car,其靶向不同的靶抗原(例如，相同癌細胞類型上表達的抗原作為第一靶抗原)，并且包括抗原結合結構域，跨膜結構域和一級信號傳導結構域。在另一個實施方案中，car表達細胞包含第一car和第二car,第一car包括結合本文中所描述的靶抗原的抗原結合結構域，跨膜結構域和一級信號傳導結構域，第二car靶向第一靶抗原(例如，相同癌細胞類型上表達的抗原作為第一靶抗原)以外的抗原并且包括抗原的抗原結合結構域，跨膜結構域和共刺激信號傳導結構域。在一種實施方式中，表達car的細胞包含本文所述car(例如，cd19car)和抑制性car。在一種實施方式中，抑制性car包含結合正常細胞(例如也表達cll的正常細胞)而不是癌細胞上發(fā)現(xiàn)的抗原的抗原結合結構域。在一個實施方案中，抑制性car包含抑制性分子的抗原結合結構域，跨膜結構域和細胞內(nèi)結構域。例如，抑制性car的胞內(nèi)結構域可以是pd1,pd-l1,pd-l2,ctla4,tim3,ceacam(例如,ceacam-1,ceacam-3和/或ceacam-5),lag3,vista,btla,tigit,lair1,cd160,2b4,cd80,cd86,b7-h3(cd276),b7-h4(vtcn1),hvem(tnfrsf14或cd270),kir,a2ar,i類mhc，ii類mhc，gal9，腺苷和tgfr(例如tgfrβ)的胞內(nèi)結構域。在一種實施方式中，當表達car的細胞包括兩個或多個不同的car時，不同的car的抗原結合結構域可以是這樣的，使得所述抗原結合結構域彼此不相互作用。例如，表達第一和第二car的細胞可以具有第一car的抗原結合結構域，例如呈片段形式，例如scfv，其不與第二car的抗原結合結構域形成締合，例如第二car的抗原結合結構域是vhh。在某些實施方式中，當存在于細胞表面上時，所述第一car的抗原結合結構域與其同源抗原的結合不會受所述第二car的存在而實質(zhì)性降低。在某些實施方式中，在所述第二car的存在下，所述第一car的抗原結合結構域與其同源抗原的結合是在不存在所述第二種car下所述第一car的抗原結合結構域與其同源抗原的結合的85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％。在某些實施方式中，當存在于細胞表面上時，所述第一car和第二car的抗原結合結構域彼此締合少于如果兩者都為scfv抗原結合結構域時。在某些實施方式中，所述第一car和所述第二car的抗原結合結構域彼此締合少于如果兩者都為scfv抗原結合結構域時的85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％。car表達細胞本文描述的car在細胞，例如免疫效應細胞，例如t細胞上表達。例如，將本文所述的car的核酸構建體轉導至t細胞。在實施方案中，表達本文所述的car的細胞是體外轉錄的rnacart細胞。細胞，例如t細胞的來源在擴增和遺傳修飾或其它修飾之前，可以從受試者獲得細胞來源，例如免疫效應細胞，例如t細胞或nk細胞。受試者的實例包括人，猴，黑猩猩，狗，貓，小鼠，大鼠及其轉基因物種。t細胞可以從許多來源獲得，包括外周血單核細胞，骨髓，淋巴結組織，臍帶血，胸腺組織，來自感染部位的組織，腹水，胸腔積液，脾組織和腫瘤。在一些實施方案中，將如本部分所述獲得的細胞進行本文所述的測定，例如測定一種或多種生物標志。在本發(fā)明的某些方面，免疫效應細胞例如t細胞或nk細胞可以使用本領域技術人員已知的多種技術的任一種(比如ficolltm分離)從受試者收集的血液單位獲得。在一個方面，通過單采血液成分術成分術，從個體的正在循環(huán)的血液獲得細胞。單采血液成分術成分術的產(chǎn)物通常含有淋巴細胞，包括t細胞、單核細胞、粒細胞、b細胞、其它有核白細胞、紅細胞和血小板。在一個方面，可以洗滌通過單采血液成分術成分術收集的細胞以除去血漿級分，并任選地將細胞置于適合的緩沖液或培養(yǎng)基中用于后續(xù)加工步驟。在一個實施方案中，用磷酸緩沖鹽水(pbs)洗滌細胞。在一個備選的實施方案中，洗滌溶液不含鈣，且可以不含鎂或可以不含許多(即使不是全部)二價陽離子。在不存在鈣下的初始活化步驟可以導致放大的活化。如本領域普通技術人員應當容易地理解的，洗滌步驟可以通過本領域技術人員已知的方法完成，比如通過根據(jù)制造商的說明使用半自動化的“流通”離心機(例如，cobe2991細胞處理器、baxtercytomate、或haemoneticscellsaver5)。在洗滌之后，可以將細胞再懸浮在多種生物相容性緩沖液中，比如例如不含ca、不含mgpbs、plasmalytea、或含或不含緩沖劑的其它鹽溶液。備選地，可以除去單采血液成分術成分術樣品的不期望組分，并將細胞直接再懸浮在培養(yǎng)基中。認識到本申請的方法可以利用包含5％或更少，例如2％的人ab血清的培養(yǎng)基條件，并采用公知的培養(yǎng)基條件和組合物，例如在smithetal.,“exvivoexpansionofhumantcellsforadoptiveimmunotherapyusingthenovelxeno-freectsimmunecellserumreplacement”clinical&translationalimmunology(2015)4,e31；doi:10.1038/cti.2014.31中所述。在一個方面，通過溶解紅細胞和例如通過離心穿過percolltm梯度或逆流離心機淘析耗盡單核細胞，從外周血淋巴細胞中分離t細胞。本文描述的方法可以包括，例如，使用例如本文所述的負選擇技術，選擇免疫效應細胞，例如，t細胞的特定亞群，其是t調(diào)節(jié)細胞耗盡的群體，cd25+耗盡的細胞。在一個實施方案中，調(diào)節(jié)性t耗盡細胞群包含少于30％,25％,20％,15％,10％,5％,4％,3％,2％,1％cd25+細胞。在一個實施方案中，使用抗cd25抗體或其片段，或cd25結合配體il-2從所述群體去除調(diào)節(jié)性t細胞，例如，cd25+t細胞。在一個實施方案中，所述抗cd25抗體或其片段，或cd25結合配體綴合到基質(zhì)，例如，珠子，或以其它方式涂布在基質(zhì)，例如，珠子上。在一個實施方案中，所述抗cd25抗體或其片段綴合到如本文所述基質(zhì)上。在一個實施方案中，使用來自miltenyitm的cd25耗盡試劑從所述群體去除所述調(diào)節(jié)性t細胞，例如，cd25+t細胞。在一個實施方案中，細胞對cd25耗盡試劑的比率為1e7細胞對20ul,或1e7細胞對15ul,或1e7細胞對10ul,或1e7細胞對5ul,或1e7細胞對2.5ul,或1e7細胞對1.25ul。在一個實施方案中，例如，對于調(diào)節(jié)性t細胞，例如，cd25+耗盡，使用大于500萬個細胞/ml。在進一步的方面，使用600，700，800，或900百萬個細胞/ml的細胞濃度。在一個實施方案中，待被耗盡的免疫效應細胞群體包含大約6x109個cd25+t細胞。在其它方面中，待被耗盡的免疫效應細胞群體包括約1x109到1x1010cd25+t細胞，和兩者之間的任何整數(shù)值。在一個實施方案中，所得的群體t調(diào)節(jié)耗盡的細胞具有2x109t調(diào)節(jié)細胞，例如，cd25+細胞，或更少(例如，1x109,5x108,1x108,5x107,1x107,或更少的cd25+細胞)。在一個實施方案中，使用clinimac系統(tǒng)，利用耗盡管路設置，例如,管路162-01，從所述群體去除所述調(diào)節(jié)性t細胞，例如，cd25+細胞。在一個實施方案中，clinimac系統(tǒng)在耗盡設置上，例如，depletion2.1上運行。不希望被特定理論束縛，在單采血液成分術前或在制備car表達細胞的過程中，降低受試者中免疫細胞的負調(diào)節(jié)因子的水平(例如，減少不需要的免疫細胞，例如treg細胞的數(shù)量)可以降低受試者復發(fā)的風險。在一個實施方案中，患者在用于car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)產(chǎn)品制造的細胞收集之前，用一種或多種減少treg細胞的療法進行預治療，從而降低患者對car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)治療(例如，ctl019治療)復發(fā)的風險。耗盡treg細胞的方法是本領域已知的。減少treg細胞的方法包括但不限于環(huán)磷酰胺，抗gitr抗體，cd25耗盡及其組合。在一些實施方案中，制造方法包括在制造car表達細胞之前減少treg細胞的數(shù)目(例如，耗盡)。例如，制造方法包括用抗gitr抗體和/或抗cd25抗體(或其片段，或cd25-結合配體)接觸樣品，例如，單采血液成分術分離樣品，例如，以在制造car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)產(chǎn)品前耗盡treg細胞。在一個實施方案中，在收集用于car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)產(chǎn)物制造的細胞之前，將患者用環(huán)磷酰胺預治療，從而降低患者對car表達細胞治療(例如，ctl019治療)復發(fā)的風險。在一個實施方案中，在收集用于car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)產(chǎn)品制造的細胞之前，用抗gitr抗體預治療患者，從而降低患者對car表達細胞治療(例如ctl019治療)復發(fā)的風險。在一個實施方案中，修飾car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)制造方法以在制備car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)產(chǎn)物(例如ctl019產(chǎn)物)之前消耗treg細胞。在一個實施方案中，在制備car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)產(chǎn)物(例如ctl019產(chǎn)品)之前，使用cd25消耗來消耗treg細胞。本文描述的方法可以包括一個以上的選擇步驟，例如，一個以上的耗盡步驟。例如，使用針對負選擇的細胞特有的表面標志的抗體的組合，通過負選擇對t細胞群體的富集可以實現(xiàn)。一種方法是通過負磁免疫粘附或流式細胞術進行細胞分選和/或選擇，所述負磁免疫粘附或流式細胞術使用針對存在于負選擇的細胞上的細胞表面標志的單克隆抗體的混合物。例如，為了通過負選擇富集cd4+細胞，單克隆抗體混合物可包括針對cd14，cd20，cd11b，cd16，hla-dr,和cd8的抗體。本文描述的方法可以進一步包括從群體中除去表達腫瘤抗原，例如不包含cd25的腫瘤抗原，例如，cd19，cd30，cd38，cd123，cd20，cd14或cd11b的細胞，從而提供t調(diào)節(jié)性耗盡的，例如，cd25+耗盡的和腫瘤抗原耗盡的細胞群體，其適用于表達car,例如，本文所述的car。在一個實施方案中，腫瘤抗原表達細胞與t調(diào)節(jié)性，例如，cd25+細胞同時除去。例如，抗cd25抗體或其片段，以及抗腫瘤抗原抗體，或其片段，可以連接到相同的基質(zhì)，例如，珠子，其可被用來除去細胞或抗cd25抗體或其片段，或抗腫瘤抗原抗體，或其片段可以附著到單獨的小珠，其混合物可以用來除去細胞。在其他實施方案中，去除t調(diào)節(jié)細胞，例如，cd25+細胞，和去除腫瘤抗原表達細胞是順序的，并且可以例如以任一順序發(fā)生。還提供了一些方法，其包括從群體中除去細胞，所述細胞表達檢查點抑制劑，例如，本文所述的檢查點抑制劑，例如，一種或多種pd1+細胞，lag3+細胞，和tim3+細胞，以由此提供t調(diào)節(jié)耗盡的，例如，cd25+耗盡的細胞，和檢查點抑制耗盡的細胞，例如，pd1+，lag3+和/或tim3+耗盡的細胞。示例性檢查點抑制劑包括b7-h1,b7-1,cd160,p1h,2b4,pd1,tim3,ceacam(例如，ceacam-1，ceacam-3和/或ceacam-5)，lag3，tigit，ctla-4，btla和lair1。在一個實施方案中，檢查點抑制劑表達細胞與t調(diào)節(jié)，例如，cd25+細胞同時被去除。例如，抗cd25抗體或其片段，以及抗檢查點抑制劑抗體，或其片段，可以附著到相同的珠子，所述珠子可以被用來除去細胞，或抗cd25抗體，或其片段，以及抗檢查點抑制劑抗體，或其片段可以附著到單獨的珠子，所述珠子的混合物可以用來除去細胞。在其他實施方案中，去除t調(diào)節(jié)細胞，例如，cd25+細胞，和除去檢查點抑制劑表達細胞是順序的，并且可以例如以任一順序發(fā)生。本文中所描述的方法可以包括正選擇步驟。例如，通過用抗-cd3/抗-cd28(例如3×28)-綴合的珠(比如m-450cd3/cd28t)培養(yǎng)足以正選擇期望的t細胞的時期可以分離t細胞。在一個實施方案中，所述時期為約30分鐘。在一個進一步的實施方案中，所述時期范圍為30分鐘至36小時或更長及其中所有整數(shù)值。在一個進一步的實施方案中，所述時期為至少1、2、3、4、5或6小時。在仍然另一個實施方案中，所述時期為10至24小時，例如，24小時。在與其它細胞類型相比存在很少t細胞的任何情形中，比如從腫瘤組織或免疫功能受損的個體分離浸潤腫瘤的淋巴細胞(til)，可以使用較長的培養(yǎng)時間以分離t細胞。進一步，使用較長的培養(yǎng)時間可以提高俘獲cd8+t細胞的效率。因此，通過僅縮短或延長時間使t細胞結合cd3/cd28珠和/或通過增加或降低珠與t細胞的比率(如本文進一步描述的)，在培養(yǎng)開始或在該過程的其它時間點可以優(yōu)選地選擇t細胞的亞群。另外，通過增加或降低珠或其它表面上抗-cd3和/或抗-cd28抗體的比率，可以在培養(yǎng)開始或在其它期望時間點優(yōu)選地選擇t細胞的亞群。在一種實施方式中，可以選擇表達下述的一種或多種的t細胞群:ifn-γ、tnfα、il-17a、il-2、il-3、il-4、il-5,il-6,il-9,il-21,ccl20,gm-csf、il-10、il-13、粒酶b和穿孔蛋白或其它適合的分子例如其它細胞因子。用于篩選細胞表達的方法可以例如通過pct公開號wo2013/126712中描述的方法確定。在一個實施方案中，t細胞群體表達細胞因子ccl20，il-17a，il-6及其組合。對于通過正選擇或負選擇分離期望的細胞群，細胞的濃度和表面(例如，粒子，比如珠)可以變化。在某些方面，可能期望顯著地降低其中珠和細胞混合在一起的體積(例如，提高細胞的濃度)，以確保細胞和珠的最大接觸。例如，在一個方面，使用100億個細胞/ml、90億/ml、80億/ml、70億/ml、60億/ml,或50億/ml的濃度。在一個方面，使用10億個細胞/ml的濃度。在仍然一個方面，使用來自7.5、8、8.5、9、9.5或10千萬個細胞/ml的細胞濃度。在進一步的方面，可以使用1.25億或1.50億個細胞/ml的濃度。使用高濃度可以引起細胞產(chǎn)率提高、細胞活化和細胞擴增。進一步，使用高細胞濃度能夠更有效地捕獲可能弱表達目的靶抗原的細胞，比如cd28-陰性t細胞，或者從其中存在許多腫瘤細胞的樣品(例如，白血病血液、腫瘤組織等)更有效地捕獲細胞。這樣的細胞群可以具有治療價值，并且將是期望得到的。例如，使用高濃度的細胞能夠更有效地選擇通常具有較弱cd28表達的cd8+t細胞。在一個相關的方面，可能期望使用較低的細胞濃度。通過顯著地稀釋t細胞和表面(例如，粒子比如珠)的混合物，使粒子和細胞之間的相互作用最小化。這選擇表達大量的期望結合粒子的抗原的細胞。例如，cd4+t細胞表達較高水平的cd28，并且在稀濃度中比cd8+t細胞更有效地被捕獲。在一個方面，使用的細胞濃度為5×106/ml。在其它方面，使用的濃度可以為約1×105/ml至1×106/ml及其中任何整數(shù)值。在其它方面，可以在2-10℃或在室溫下在旋轉器中以可變速率培養(yǎng)細胞可變的時間長度。也可以在洗滌步驟之后冷凍用于刺激的t細胞。不希望受到理論的束縛，冷凍和隨后的解凍步驟通過在細胞群中除去粒細胞及在一定程度上除去單核細胞來提供更均勻的產(chǎn)物。在除去血漿和血小板的洗滌步驟之后，將細胞懸浮在冷凍液中。雖然許多冷凍液和參數(shù)是本領域已知的且將適用于該情形，但是一種方法包括使用含有20％dmso和8％人血清白蛋白的pbs，或含有10％葡聚糖和5％葡萄糖、20％人血清白蛋白和7.5％dmso、或31.25％plasmalyte-a、31.25％葡萄糖5％、0.45％nacl、10％葡聚糖40和5％葡萄糖、20％人血清白蛋白和7.5％dmso的培養(yǎng)基，或含有例如hespan和plasmalyte的其它合適的細胞冷凍培養(yǎng)基，然后將細胞以1°/分鐘的速率冷凍至-80℃并貯存在液氮貯槽的汽相中?？梢允褂每刂评鋬龅钠渌椒ㄒ约霸?20℃下或在液氮中立即不受控制的冷凍。在某些方面，將冷藏保存的細胞解凍并如本文所述洗滌，并且允許在室溫下靜置1小時，之后使用本發(fā)明的方法活化。本發(fā)明的上下文中還涉及在可能需要如本文所述的擴增細胞之前的時間從受試者收集血樣或單采血液成分術成分術產(chǎn)物。因而，要擴增的細胞來源可以在任何必須的時間點收集，并且分離和冷凍期望的細胞比如t細胞用于隨后用于許多將受益于免疫效應細胞療法的疾病或病癥(如本文所述那些)的免疫效應細胞療法中。在一個方面，血樣或單采血液成分術成分術是從一般健康受試者采集的。在某些方面，血樣或單采血液成分術成分術是從處于發(fā)展為疾病的風險中但還沒有發(fā)展為疾病的一般健康受試者采集的，并且分離和冷凍目的細胞用于隨后使用。在某些方面，t細胞可以擴增、冷凍和在隨后時間使用。在某些方面，可以在診斷如本文所述的特定疾病之后不久但在任何治療之前，從患者采集樣品。在一個進一步的方面，在許多相關的治療模式之前，從受試者的血樣或單采血液成分術成分術分離細胞，所述治療模式包括但不限于用如下活性劑治療:比如那他珠單抗(natalizumab)、艾法珠單抗(efalizumab)、抗病毒劑、化療、放射、免疫抑制劑比如環(huán)孢菌素、硫唑嘌呤、甲氨蝶呤、麥考酚酯和fk506、抗體、或其它免疫燒蝕劑(immunoablativeagents)比如campath、抗cd3抗體、環(huán)磷酰胺、氟達拉濱、環(huán)孢菌素、fk506、雷帕霉素、麥考酚酸、類固醇、fr901228和照射。在本發(fā)明的一個進一步的方面，在給受試者留下功能性t細胞的治療之后直接從患者獲得t細胞。在這點上，已經(jīng)觀察到在一些癌癥治療之后，特別地用損害免疫系統(tǒng)的藥物治療之后，在患者通常從治療恢復期間的治療后不久，獲得的t細胞的質(zhì)量可能是最佳的或對其在離體擴增的能力有所改善。同樣地，在使用本文所述方法離體處理之后，這些細胞可以對于增強移植和體內(nèi)擴增處于優(yōu)選的狀態(tài)。因此，在本發(fā)明的上下文之內(nèi)預期在該恢復期收集血細胞，包括t細胞、樹突細胞或造血譜系的其它細胞。進一步，在某些方面，可以使用轉移(例如，用gm-csf轉移)和調(diào)節(jié)方案產(chǎn)生受試者中的條件，其中特別地在治療之后的定義時間窗期間，特定細胞類型的再增殖、再循環(huán)、再生和/或擴增是有利的。示例性的細胞類型包括t細胞、b細胞、樹突細胞及免疫系統(tǒng)的其它細胞。在一個實施方案中，表達car分子，例如，本文所述的car分子的免疫效應細胞，是從已接受了低的免疫增強劑量的mtor抑制劑的受試者獲得的。在一個實施方案中，免疫效應細胞，例如，t細胞的群體被工程化以表達car,在足夠的時間之后被收獲，或低的免疫增強劑量的mtor抑制劑的足夠給藥后被收獲，以使得受試者中或從受試者收獲的pd1陰性免疫效應細胞，例如，t細胞的水平，或pd1陰性免疫效應細胞(例如，t細胞)/pd1陽性免疫效應細胞(例如，t細胞)的比率至少暫時增加了。在其他實施方案中，已經(jīng)或將被工程化以表達car的免疫效應細胞，例如，t細胞群，可以通過用一定量的mtor抑制劑接觸離體處理，所述mtor抑制劑增加pd1陰性免疫效應細胞，例如，t細胞的數(shù)目，或增加pd1陰性免疫效應細胞(例如，t細胞)/pd1陽性免疫效應細胞(例如，t細胞)的比率。在一個實施方案中，t細胞群體是二酰甘油激酶(dgk)缺陷的。dgk缺陷型細胞包括不表達dgkrna或蛋白質(zhì)，或具有降低的或抑制的dgk活性的細胞?？赏ㄟ^遺傳方法來生成dgk缺陷的細胞，例如，施用rna干擾劑，例如，sirna，shrna，mirna，以減少或防止dgk表達。備選地，可通過用本文所述dgk抑制劑處理來產(chǎn)生dgk缺陷型細胞。在一個實施方案中，t細胞群體是ikaros缺陷的。ikaros缺陷型細胞包括不表達ikarosrna或蛋白質(zhì)的細胞，或具有降低的或抑制的ikaros活性的細胞，可通過遺傳方法來生成ikaros缺陷的細胞，例如，施用rna干擾劑，例如，sirna,shrna,mirna，以減少或防止ikaros表達。備選地，可以通過用ikaros抑制劑，例如，來那度胺處理來產(chǎn)生ikaros缺陷的細胞。在實施方案中，t細胞群體是dgk缺陷和ikaros缺陷的，例如，不表達dgk和ikaros，或具有降低或抑制的dgk和ikaros活性。此類dgk和ikaros缺陷的細胞可通過任何本文所述的方法產(chǎn)生。同種異體的car在本文所述的實施方案中，免疫效應細胞可以是同種異體的免疫效應細胞，例如t細胞。例如，細胞可以是同種異體t細胞，例如功能性t細胞受體(tcr)和/或人類白細胞抗原(hla)(例如i類hla和/或ii類hla)表達不足的同種異體t細胞。缺乏功能性tcr的t細胞可以例如工程化以使得其在其表面上不表達任何功能性tcr,工程化以使其不表達包括功能性tcr的一個或更多個亞基(例如，被工程化使得它不表達(或表現(xiàn)出降低的表達)tcrα，tcrβ，tcrγ，tcrδ，tcrε和/或tcrζ)，或工程化以使得其在其表面產(chǎn)生非常少的功能性tcr。備選地，t細胞可以表達基本上受損的tcr,例如通過表達突變或截短的形式的一個或更多個tcr的亞基。術語“基本上受損的tcr”是指該tcr不會在宿主中引發(fā)不利的免疫反應。本文所述的t細胞可以例如工程化以使得其在表面上不表達功能性hla。例如，本文所述的t細胞可以工程化以使得細胞表面表達hla(例如1類hla和/或ii類hla)下調(diào)。在一些實施方案中，hla的下調(diào)可以通過減少或消除β-2微球蛋白(b2m)的表達來實現(xiàn)。在某些實施方式中，t細胞可以缺乏功能性tcr和功能性hla(例如i類hla和/或ii類hla)。缺乏功能性tcr和/或hla表達的修飾的t細胞可以通過任何合適的方法獲得，包括一個或更多個tcr或hla的亞基的基因敲除(knockout)或基因敲減(knockdown)。例如，t細胞可以包括使用sirna、shrna、簇狀的規(guī)則間隔的短回文重復序列(crispr)、轉錄活化因子樣效應物核酸酶(talen)或鋅指核酸內(nèi)切酶(zfn)的tcr和/或hla的基因敲減。在某些實施方式中，同種異體細胞可以是不表達或以低水平表達抑制性分子的細胞，例如通過本文所述任何方法。例如，細胞可以是不表達或以低水平表達抑制性分子的細胞，例如可以降低表達car的細胞建立免疫效應物應答的能力。抑制性分子的實例包括pd1、pd-l1、ctla4、tim3、ceacam(例如，ceacam-1、ceacam-3和/或ceacam-5)、lag3、vista、btla、tigit、lair1、cd160、2b4、cd80，cd86，b7-h3(cd276)，b7-h4(vtcn1)，hvem(tnfrsf14或cd270)，kir,a2ar,i類mhc，ii類mhc，gal9，腺苷和tgfr(例如tgfrβ)。抑制性分子的抑制，例如通過在dna、rna或蛋白水平的抑制，可以優(yōu)化表達car的細胞性能。在實施方案中，可以使用如本文所述的抑制性核酸，例如抑制性核酸，例如dsrna例如sirna或shrna，簇狀的規(guī)則間隔的短回文重復序列(crispr)、轉錄活化因子樣效應物核酸酶(talen)或鋅指核酸內(nèi)切酶(zfn)。sirna和shrna抑制tcr或hla在一些實施方案中，可以使用靶向編碼tcr和/或hla和/或本文所述的抑制性分子(例如pd1，pd-l1，pd-l2，ctla4，tim3，ceacam(例如ceacam-1，ceacam-3和/或ceacam-5)，lag3,vista,btla,tigit,lair1,cd160,2b4,cd80,cd86,b7-h3(cd276),b7-h4(vtcn1),hvem(tnfrsf14或cd270),kir,a2ar,i類mhc，ii類mhc，gal9，腺苷和tgfrβ)的核酸的sirna或shrna來抑制細胞例如t細胞中tcr表達和/或hla表達。用于sirna和shrna以及示例性shrna的表達系統(tǒng)描述于例如2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675的第649和650段，其全部內(nèi)容通過引用并入本文。抑制tcr或hla的crispr如本文中使用的“crispr”或“tcr和/或hla的crispr”或“抑制tcr和/或hla的crispr”是指簇狀的規(guī)則間隔的短回文重復序列組或包括該重復序列組的系統(tǒng)。正如本文中使用的那樣，“cas”是指crispr-相關的蛋白?！癱rispr/cas”系統(tǒng)指來源于crispr和cas的系統(tǒng)，其可用于沉默或突變在細胞，例如t細胞中tcr和/或hla基因,和/或本文所述的抑制性分子(例如pd1，pd-l1，pd-l2，ctla4，tim3，ceacam(例如ceacam-1，ceacam-3和/或ceacam-5)，lag3,vista,btla,tigit,lair1,cd160,2b4,cd80,cd86,b7-h3(cd276),b7-h4(vtcn1),hvem(tnfrsf14orcd270),kir,a2ar,i類mhc，ii類mhc，gal9，腺苷和tgfrβ)。crispr/cas系統(tǒng)及其用途描述于例如2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675的第651-658段中，其全部內(nèi)容通過引用并入本文。抑制tcr和/或hla的talen“talen”或“hla和/或tcr的talen”或“抑制hla和/或tcr的talen”是指轉錄激活子樣效應子核酸酶，其是一種在細胞中，例如t細胞中可用于編輯hla和/或tcr基因的人工核酸酶，和/或本文所述的抑制性分子(例如pd1,pd-l1,pd-l2,ctla4,tim3,ceacam(例如ceacam-1，ceacam-3和/或ceacam-5)，lag3,vista,btla,tigit,lair1,cd160,2b4,cd80,cd86,b7-h3(cd276),b7-h4(vtcn1),hvem(tnfrsf14或cd270)，kir,a2ar,i類mhc，ii類mhc，gal9，腺苷，和tgfrβ)。talen及其用途描述于例如2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675的第659-665段，其全部內(nèi)容通過引用并入本文。抑制hla和/或tcr的鋅指核酸酶“zfn”或“鋅指核酸酶”或“hla和/或tcr的zfn”或“抑制hla和/或tcr的zfn”是指細胞，例如t細胞中中的鋅指核酸酶，一種可用于編輯hla和/或tcr基因和/或本文所述的抑制性分子(例如pd1,pd-l1,pd-l2,ctla4,tim3,ceacam(例如ceacam-1，ceacam-3和/或ceacam-5)，lag3,vista,btla,tigit,lair1,cd160,2b4,cd80,cd86,b7-h3(cd276),b7-h4(vtcn1),hvem(tnfrsf14或cd270),kir,a2ar,i類mhc，ii類mhc，gal9，腺苷，和tgfrβ)的人工核酸酶。zfn及其用途描述于例如2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675的第666-671段，其全部內(nèi)容通過引用并入本文。端粒酶表達雖然不希望受任何特定理論的束縛，在一些實施方案中，由于在t細胞端粒縮短，治療性t細胞具有在患者中短期持久性；相應地，用端粒酶基因轉染能延長t細胞的端粒和改善患者中t細胞的持久性。見carljune,“adoptivetcelltherapyforcancerintheclinic”,journalofclinicalinvestigation,117:1466-1476(2007)。因此，在一個實施方案中，免疫效應細胞，例如，t細胞，異位表達端粒酶亞基，例如，端粒酶催化亞基，例如，tert，例如，htert。在一些方面，本公開內(nèi)容提供了生產(chǎn)car表達細胞的方法，其包括將細胞與編碼端粒酶亞基，例如，端粒酶催化亞基，例如，tert，例如，htert的核酸接觸。該細胞可以在與編碼car的構建體接觸之前，同時或之后與所述核酸接觸。在一個方面，本公開內(nèi)容描述了制備免疫效應細胞(例如，t細胞，nk細胞)群的方法。在一個實施方案中，該方法包括:提供免疫效應細胞(例如，t細胞或nk細胞)群，將免疫效應細胞群與編碼car的核酸接觸；和將免疫效應細胞群與編碼端粒酶亞基例如,htert的核酸在允許car和端粒酶表達的條件下接觸。在一個實施方案中，編碼端粒酶亞基的核酸是dna。在一個實施方案中，編碼端粒酶亞基的核酸包含能夠驅動端粒酶亞基的表達的啟動子。在實施方案中，htert具有genbank蛋白質(zhì)idaac51724.1的氨基酸序列((meyersonetal.,“hest2,theputativehumantelomerasecatalyticsubunitgene,isup-regulatedintumorcellsandduringimmortalization”cellvolume90,issue4,22august1997,pages785–795)如在本文的seqidno:82中給出。在一個實施方案中，htert具有與seqidno:82的序列有至少80％,85％,90％,95％,96％,97％,98％,或99％同一性的序列。在一個實施例中，htert具有seqidno:82的序列。在一個實施方案中，htert包含n末端、c-末端、或兩端的缺失(例如，不超過5，10，15，20，或30個氨基酸的缺失)。在一個實施方案中，htert包含n末端、c-末端、或兩端的轉基因氨基酸序列(例如，不超過5，10，15，20，或30個氨基酸)。在一個實施方案中，htert由如在本文seqidno:83中給出的genbank登錄號af018167的核酸序列編碼(meyersonetal.,“hest2,theputativehumantelomerasecatalyticsubunitgene,isup-regulatedintumorcellsandduringimmortalization”cellvolume90,issue4,22august1997,pages785–795)。在一個實施方案中，htert由具有與seqidno:83的序列有至少80％，85％，90％，95％，96％，97％，98％，或99％同一性的序列的核酸編碼。在一個實施方案中，htert是由seqidno:83的核酸編碼。免疫效應細胞(例如，t細胞)的活化和擴增通?？梢允褂美缑绹鴮＠?,352,694；6,534,055；6,905,680；6,692,964；5,858,358；6,887,466；6,905,681；7,144,575；7,067,318；7,172,869；7,232,566；7,175,843；5,883,223；6,905,874；6,797,514；6,867,041；和美國專利公開號20060121005中所述的方法進行免疫效應細胞如t細胞的活化和擴增。在一些實施方案中，在活化之前，期間或之后，或在擴增之前，期間或之后，免疫效應細胞進行如本文所述的測定(例如，測定一種或多種生物標志)。通常，免疫效應細胞的群體可以通過與連接有刺激cd3/tcr復合體相關的信號的活性劑和刺激t細胞表面上的共刺激性分子的配體的表面接觸進行擴增。特別地，可以如本文所述的刺激t細胞群，比如通過與抗-cd3抗體或其抗原結合片段、或固定在表面上的抗-cd2抗體接觸，或通過與鈣離子載體協(xié)同與蛋白激酶c活化劑(例如苔蘚抑素)接觸。為了共刺激t細胞表面上的輔助分子，使用結合輔助分子的配體。例如，可以在適于刺激t細胞增殖的條件下，使t細胞群與抗-cd3抗體和抗cd28抗體接觸。為了刺激cd4+t細胞或cd8+t細胞的增殖，可以使用抗-cd3抗體和抗-cd28抗體。可以如本領域已知的其它常用方法那樣使用抗-cd28抗體的實例，包括9.3、b-t3、xr-cd28(diaclone,france)(berg等人,transplantproc.30(8):3975-3977,1998；haanen等人,j.exp.med.190(9):13191328,1999；garland等人,j.immunolmeth.227(1-2):53-63,1999)。在某些方面，可以通過不同的方案提供用于t細胞的初次刺激信號和共刺激信號。例如，提供每種信號的活性劑可以在溶液中或被偶聯(lián)至表面。當與表面偶聯(lián)時，可以把所述活性劑偶聯(lián)到相同的表面(即，“順式”形式)或單獨的表面(即，“反式”形式)。備選地，可以把一種活性劑偶聯(lián)到表面，且另一種活性劑可以在溶液中。在一個方面，提供共刺激信號的活性劑與細胞表面結合，且提供一級活化信號的活性劑在溶液中或被偶聯(lián)至表面。在某些方面，兩種活性劑都可以在溶液中。在一個方面，活性劑可以呈可溶性形式，然后被交聯(lián)至表面，比如表達將會與該活性劑結合的fc受體或抗體或其它結合劑的細胞。在這點上，關于人工抗原呈遞細胞(aapcs)，參見例如美國專利申請公開號:20040101519和20060034810，考慮其在本發(fā)明中用于活化和擴增t細胞。在一個方面，把兩種活性劑都固定在珠上，在相同的珠上，即“順式”，或在不同的珠上，即“反式”。例如，提供一級活化信號的活性劑是抗cd3抗體或其抗原結合片段，并且提供共刺激信號的活性劑是抗-cd28抗體或其抗原結合片段；并且兩種活性劑以等同的分子數(shù)量被共同固定在相同珠上。在一個方面，使用與所述珠結合的每種抗體的1:1的比率，用于cd4+t細胞擴增和t細胞生長。在本發(fā)明的某些方面，使用與所述珠結合的抗cd3:cd28抗體的比率，使得與使用1:1的比率觀察的擴增相比，觀察到t細胞擴增的增加。在一個特別的方面，與使用1:1的比率觀察的擴增相比，觀察到約1至約3倍的增加。在一個方面，與所述珠結合的cd3:cd28抗體的比率范圍為100:1至1:100及其中所有整數(shù)值。在一個方面，與粒子結合的抗-cd28抗體比抗cd3抗體多，即cd3:cd28的比率小于1。在某些方面，與珠結合的抗cd28抗體與抗cd3抗體的比率大于2:1。在一個特別的方面，使用1:100的與珠結合的抗體的cd3:cd28比率。在一個方面，使用1:75的與珠結合的抗體的cd3:cd28比率。在一個進一步的方面，使用1:50的與珠結合的抗體cd3:cd28比率。在一個方面，使用1:30的與珠結合的抗體的cd3:cd28比率。在一個優(yōu)選的方面，使用1:10的與珠結合的抗體的cd3:cd28比率。在一個方面，使用的與珠結合的抗體的1:3cd3:cd28比率。在還有一個方面中，使用3:1的與珠結合的抗體cd3:cd28比率。可以使用1:500至500:1及其間任何整數(shù)值的粒子與細胞的比率來刺激t細胞或其它靶細胞。正如本領域普通技術人員可以容易地理解的那樣，粒子與細胞的比率可以取決于相對于靶細胞的粒子尺寸。例如，小尺寸珠可能僅結合少數(shù)細胞，而較大珠可結合許多細胞。在某些方面，細胞與粒子的比率范圍為1:100至100:1及其中任何整數(shù)值，并且在進一步的方面，也可以使用包括1:9至9:1的及其中任何整數(shù)值的比率來刺激t細胞。導致t細胞刺激的抗-cd3-和抗-cd28偶聯(lián)的粒子與t細胞的比率可以如上所述變化，然而某些合適值包括1:100、1:50、1:40、1:30、1:20、1:10、1:9、1:8、1:7、1:6、1:5、1:4、1:3、1:2、1:1、2:1、3:1、4:1、5:1、6:1、7:1、8:1、9:1、10:1和15:1，一個合適的比率為至少1:1的粒子/t細胞。在一個方面，使用1:1或更小的粒子與細胞的比率。在一個特別的方面，合適的粒子:細胞比率為1:5。在進一步的方面，粒子與細胞的比率可以根據(jù)刺激的天數(shù)變化。例如，在一個方面，在第一天，粒子與細胞的比率為1:1至10:1，并且此后每天或每隔一天向細胞中加入另外的粒子，直到10天，最終比率為1:1至1:10(基于加入當天的細胞計數(shù))。在一個特別的方面，在刺激的第一天，粒子與細胞的比率為1:1，并在刺激的第三天和第五天調(diào)節(jié)為1:5。在一個方面，以每日或每隔一天為基準加入粒子至刺激的第一天最終比為1:1，且在刺激的第三天和第五天為1:5。在一個特別的方面，在刺激的第一天，粒子與細胞的比率為2:1，并在刺激的第三天和第五天調(diào)節(jié)為1:10。在一個方面，以每日或每隔一天為基準加入粒子至刺激的第一天最終比為1:1，且在刺激的第三天和第五天為1:10。本領域技術人員應當理解多種其它比率都可以適用于本發(fā)明。特別地，比率將根據(jù)粒徑及細胞尺寸和類型而變化。在一個方面，在第一天，最典型的使用比率為約1:1、2:1和3:1左右。在進一步的方面，將細胞比如t細胞與活性劑包被的珠混合，接著分離珠和細胞，然后培養(yǎng)細胞。在備選的方面，在培養(yǎng)之前，活性劑-包被的珠和細胞沒有分離，而是一起培養(yǎng)。在一個進一步的方面，首先通過施加力(比如磁力)濃縮珠和細胞，導致細胞表面標志的連接增加，從而誘導細胞刺激。例如，可以通過允許附著了抗-cd3和抗-cd28的順磁性的珠(3x28珠)與t細胞接觸來連接細胞表面蛋白。在一個方面，將細胞(例如104至109個t細胞)和珠(例如，比率1:1的m-cd3/cd28t順磁性的珠)在緩沖液中混合，緩沖液例如為pbs(不含二價陽離子，比如鈣和鎂)。此外，本領域普通技術人員可以容易地理解可以使用任何細胞濃度。例如，樣品中靶細胞可能非常少，且僅占樣品的0.01％，或全部樣品(即，100％)可以包含目的靶細胞。因此，任何細胞數(shù)量都在本發(fā)明的上下文之內(nèi)。在某些方面，可能期望顯著減少其中粒子和細胞混合在一起的體積(即，增加細胞濃度)，以確保細胞和粒子的最大接觸。例如，在一個方面，使用約100億個細胞/ml、90億/ml、80億n/ml、70億/ml、60億/ml、50億/ml、或20億個細胞/ml的濃度。在一個方面，使用大于1億個細胞/ml的濃度。在一個方面，使用1.0、1.5、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0、4.5或5.0千萬個細胞/ml的濃度。在仍然一個方面，使用從7.5、8、8.5、9、9.5或10千萬個細胞/ml的細胞濃度。在進一步的方面，可以使用1.25億或1.50億個細胞/ml的濃度。使用高濃度可以引起細胞產(chǎn)率提高、細胞活化和細胞擴增。進一步，使用高細胞濃度允許更有效地捕獲可能弱表達目的靶抗原的細胞，比如cd28-陰性t細胞。這樣的細胞群可以具有治療價值，并且在某些方面將是期望得到的。例如，使用高濃度的細胞能夠更有效地選擇通常具有弱cd28表達的cd8+t細胞。在一個實施方案中，通過例如本文所述的方法擴增用編碼car,例如，本文所述的car的核酸轉導的細胞。在一個實施方案中，將細胞在培養(yǎng)中擴增幾個小時(例如，約2，3，4，5，6，7，8，9，10，15，18，21小時)到約14天(例如，1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13或14天)。在一個實施方案中，細胞被擴增4至9天。在一個實施方案中，細胞被擴增8天或更短，例如，7,6或5天。在一個實施方案中，所述細胞，例如，本文所述的cd19car細胞在培養(yǎng)中擴增5天，所得細胞比相同的培養(yǎng)條件下培養(yǎng)擴增9天的相同的細胞更有效。效力可以通過例如，由不同的t細胞的功能，例如增殖，靶細胞殺傷，細胞因子的產(chǎn)生，活化，遷移，或它們的組合來定義。在一個實施方案中，相比于在相同培養(yǎng)條件下擴增9天的相同細胞，擴增了5天的細胞，例如，本文所述的cd19car細胞顯示細胞倍增的至少1、2、3或4倍增加。在一個實施方案中，所述細胞，例如，表達本文所述的cd19car的細胞培養(yǎng)擴增了5天，并且相比于在相同培養(yǎng)條件下擴增9天的相同細胞，所得的細胞顯示出更高的促炎細胞因子產(chǎn)生，例如，ifn-γ和/或gm-csf的水平。在一個實施方案中，相比于在相同培養(yǎng)條件下擴增9天的相同細胞，擴增了5天的細胞，例如，本文所述的cd19car細胞顯示出促炎細胞因子產(chǎn)生，例如，ifn-γ和/或gm-csf的水平以pg/ml計至少1、2、3、4、5、10倍或更多倍的增加。也可能需要幾個刺激循環(huán)，使得t細胞的培養(yǎng)時間可以為60天或以上。適于t細胞培養(yǎng)的條件包括合適的培養(yǎng)基(例如,極限必需培養(yǎng)基或rpmi培養(yǎng)基1640或x-vivo15,(lonza))，其可以含有增殖和生存所必需的因子，包括血清(例如胎牛血清或人血清)、白介素-1(il-2)、胰島素、ifn-γ、il-4、il-7、gm-csf、il-10、il-12、il-15、tgfβ和tnf-α或本領域技術人員已知用于細胞生長的任何其它添加劑。用于細胞生長的其它添加劑包括，但不限于表面活性劑、plasmanate和還原劑比如n-乙?；腚装彼岷?-巰基乙醇。培養(yǎng)基可以包括rpmi1640、aim-v、dmem、mem、α-mem、f-12、x-vivo15和x-vivo20、optimizer,具有加入的氨基酸、丙酮酸鈉和維生素、無血清或補充有適合量的血清(或血漿)或定義的激素組、和/或足以使t細胞生長和擴增的量的細胞因子?？股兀缜嗝顾睾玩溍顾?，僅包括在實驗培養(yǎng)物中，而不在輸注到受試者中的細胞培養(yǎng)物中。靶細胞保持在載體生長必需的條件下，例如適合的溫度(例如37℃)和氣氛(例如，空氣加5％co2)。在一個實施方案中，將細胞在合適的培養(yǎng)基(如，本文中所描述的培養(yǎng)基)中擴增，所述培養(yǎng)基包括導致細胞在14天的擴增期間增加至少200倍(例如，200倍，250倍，300倍，350倍)的一種或多種白介素，例如，如通過本文所述的方法如流式細胞術測定。在一個實施方案中，將細胞在il-15和/或il-7(例如il-15和il-7)存在下擴增。在實施方案中，本文描述的方法，例如，car表達細胞的制造方法，包括例如，用抗cd25抗體或其片段，或cd25-結合配體il-2從細胞群體除去調(diào)節(jié)性t細胞，例如，cd25+t細胞。從細胞群體除去調(diào)節(jié)性t細胞，例如，cd25+t細胞的方法在本文中描述。在實施方案中，這些方法，例如，制造方法，進一步包括將細胞群(例如，其中調(diào)節(jié)性t細胞，例如cd25+t細胞已耗盡的細胞群；或已預先接觸抗cd25抗體，或其片段，或cd25-結合配體的細胞群)與il-15和/或il-7接觸。例如，細胞群(例如，已經(jīng)預先接觸抗cd25抗體，其片段，或cd25-結合配體的細胞群)在il-15和/或il-7的存在下擴增。在一些實施方案中，在制造car表達細胞期間，本文所述的car表達細胞與包含白介素-15(il-15)多肽，白介素15受體α(il-15ra)多肽，或il-15多肽和il-15ra多肽例如,hetil-15的組合的組合物離體接觸。在實施方案中，本文所述的car表達細胞與包含il-15多肽的組合物在制造car表達細胞期間例如，離體接觸。在實施方案中，本文所述的car表達細胞與包含il-15多肽和il-15ra多肽的組合的組合物在制造car表達細胞期間，例如，離體接觸。在實施方案中，本文所述的car表達細胞與包含hetil-15的組合物在制造car表達細胞期間，例如，離體接觸。在一個實施方案中，本文描述的car表達細胞與包含hetil-15的組合物在離體擴增期間接觸。在一個實施方案中，本文描述的car表達細胞與包含il-15多肽的組合物在離體擴增期間接觸。在一個實施方案中，本文描述的car表達細胞與包含il-15多肽和il-15ra多肽的組合物在離體擴增期間接觸。在一個實施方案中，接觸導致淋巴細胞亞群例如，cd8+t細胞的存活和增殖。在一個實施方案中，在包含血清的培養(yǎng)基中培養(yǎng)細胞(例如擴增，刺激和/或轉導)。血清可以是例如人ab血清(hab)。在一些實施方案中，hab血清以約2％，約5％，約2-3％，約3-4％，約4-5％或約2-5％存在。如本文實施例15所示，2％和5％血清各自是允許t細胞多倍擴增的合適水平。此外，如smithetal.,“exvivoexpansionofhumantcellsforadoptiveimmunotherapyusingthenovelxeno-freectsimmunecellserumreplacement”clinical&translationalimmunology(2015)4,e31；doi:10.1038/cti.2014.31所示，含有2％人ab血清的培養(yǎng)基適用于t細胞的離體擴增。已經(jīng)暴露于不同刺激時間的t細胞可以顯示出不同的特征。例如，典型的血液或單采血液成分術成分術外周血單核細胞產(chǎn)物具有大于細胞毒性或抑制t細胞群(tc,cd8+)的輔助t細胞群(th,cd4+)。通過刺激cd3和cd28受體的離體t細胞擴增產(chǎn)生t細胞群，該細胞群在約第8-9天前主要由th細胞組成，而在約第8-9天之后，t細胞群包括越來越大的tc細胞群。因此，根據(jù)治療的目的，向受試者輸注主要包括th細胞的t細胞群可能是有利的。類似地，如果已經(jīng)分離了tc細胞的抗原特異性亞組，則使該亞組在更大程度上擴增可能是有益的。進一步，除了cd4和cd8標志之外，其它表型標志顯著變化，但大部分在細胞擴增過程中可再重現(xiàn)。因此，這樣的可重現(xiàn)性使能夠針對特定目的裁剪活化的t細胞產(chǎn)物。在一些實施方案中，可以基于例如ccl20,gm-csf,ifnγ,il-10,il-13,il-17a,il-2,il-21,il-4,il-5,il-6,il-9,tnfα和/或其組合中的一種或多種的蛋白質(zhì)表達水平來選擇用編碼car(例如本文所述的car)的核酸轉導的細胞用于施用。在一些實施方案中，可以基于例如ccl20，il-17a，il-6及其組合的蛋白質(zhì)表達水平來選擇用編碼car(例如本文所述的car)的核酸轉導的細胞用于施用。一旦構建本文所述的car,則可以使用多種試驗來評價分子的活性，比如但不限于在抗原刺激后擴增t細胞的能力、在不存在再刺激下維持t細胞擴增和在適合的體外和動物模型中的抗癌活性。用于評價car的效應的試驗在下文進一步詳細描述?？梢允褂迷鷗細胞中car表達的western印跡分析來檢測單體和二聚體的存在，例如，如2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675的第695段所述，其通過引用整體并入本文。可以通過流式細胞測量術測量抗原刺激后car+t細胞的體外擴增。例如，用αcd3/αcd28aapc刺激cd4+和cd8+t細胞的混合物，接著在要被分析的啟動子的控制下用表達gfp的慢病毒載體轉導。示例性的啟動子包括cmvie基因、ef-1α、泛素c或磷酸甘油激酶(pgk)啟動子。在第6天，通過流式細胞測量術測量cd4+和/或cd8+t細胞亞組中培養(yǎng)物的gfp熒光。參見，例如milone等人,moleculartherapy17(8):1453-1464(2009)。備選地，在第0天，用αcd3/αcd28包被的磁珠刺激cd4+和cd8+t細胞的混合物，并在第1天使用表達car的雙順反子慢病毒載體用car轉導以及使用2a核醣體跳躍序列用egfp轉導。在抗-cd3和抗-cd28抗體(k562-bbl-3/28)的存在下，用本文所述的癌癥相關抗原+k562細胞(如本文所述的k562癌癥相關抗原),野生型k562細胞(k562野生型)或表達hcd32和4-1bbl的k562細胞再刺激培養(yǎng)物，之后洗滌。每隔一天，向培養(yǎng)物中加入100iu/ml的外源性il-2。通過流式細胞術，使用基于珠的計數(shù)對gfp+t細胞計數(shù)。參見，例如milone等人,moleculartherapy17(8):1453-1464(2009)。也可以測量在不存在再刺激下保持的car+t細胞擴增。參見，例如milone等人,moleculartherapy17(8):1453-1464(2009)。簡而言之，在第0天用αcd3/αcd28包被的磁珠刺激，并在第1天用指定的car轉導，在培養(yǎng)的第8天，使用coultermultisizeriii粒子計數(shù)器、nexcelomcellometervision或milliporescepter測量平均t細胞體積(fl)。動物模型也可用于測量car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)活性，例如，如2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675的第698段所述，其通過引用全部并入本文?？梢栽u估劑量依賴性car治療應答，例如，如2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675的第699段所述，其全部內(nèi)容通過引用并入本文。之前已經(jīng)描述了細胞增殖和細胞因子產(chǎn)生的評估，例如如2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675的第700段所述，其全部內(nèi)容通過引用并入本文。在另一個實施方案中，細胞(例如，t細胞，nk細胞)群體(例如car表達細胞)產(chǎn)物，例如cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞))細胞產(chǎn)物，例如，ctl019細胞)的效力使用組的細胞因子來評估以確定細胞因子表達水平。細胞(例如，t細胞，nk細胞)群體(例如，制造的car表達細胞)細胞產(chǎn)物，例如cd19car表達細胞產(chǎn)物，例如ctl019細胞)在體外通過表達cd19的k562(k562-19)細胞活化，所述k562細胞在cll中模擬表達cd19的b細胞。在細胞(例如，t細胞，nk細胞)活化后，在共培養(yǎng)的細胞培養(yǎng)基中測量細胞因子表達譜，并且活化細胞(例如，car表達細胞產(chǎn)物，例如cd19car表達細胞產(chǎn)物，例如ctl019細胞)的效力與不同細胞因子的表達相關，所述細胞因子包括但不限于ccl-20/mip-3a,gm-csf,ifnγ,il-10,il-13,il-17a,il-2,il-21,il-4,il-5,il-6,il-9,tnfα和/或其組合。在一個實施方案中，關于細胞(例如，t細胞，nk細胞)群體的效力(例如，殺死腫瘤細胞)，細胞因子表達水平是有信息的。在一個實施方案中，本文所述的細胞因子表達水平用于在患者中輸注前改善細胞(例如，t細胞，nk細胞)群體(例如，表達car的細胞產(chǎn)物，例如cd19car表達細胞產(chǎn)物，例如ctl019細胞)。在一個實施方案中，本文所述的細胞因子表達水平在制備過程的優(yōu)化期間提供終點。細胞毒性可以通過標準的51cr釋放測定來評估，例如，如2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675的第701段所述，其全部內(nèi)容通過引用并入本文。成像技術可用于評估荷瘤動物模型中car的特異性運輸和增殖，例如，如2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675的段落702所述，其全部內(nèi)容通過引用并入本文。其他測定法，包括本文實施例部分中描述的那些以及本領域已知的那些也可用于評估本文所述的car。備選地或與本文公開的方法組合，公開了用于以下一種或多種的方法和組合物:檢測和/或定量car表達細胞(例如體外或體內(nèi)(例如臨床監(jiān)測))；免疫細胞擴增和/或活化；和/或car特異性選擇，其涉及使用car配體。在一個示例性實施方案中，car配體是結合car分子，例如結合car的細胞外抗原結合結構域的抗體(例如，結合抗原結合結構域的抗體，例如抗獨特型抗體；或結合細胞外結合結構域的恒定區(qū)的抗體)。在其它實施方案中，car配體是car抗原分子(例如本文所述的car抗原分子)。一方面，公開了一種用于檢測和/或定量car表達細胞的方法。例如，car配體可用于在體外或體內(nèi)檢測和/或定量car表達細胞(例如，臨床監(jiān)測患者中car表達細胞或對患者給藥)。該方法包括:提供car配體(任選地，標記的car配體，例如包括標簽，珠，放射性或熒光標記的car配體)；獲取car表達細胞(例如，獲取含有car表達細胞的樣品，例如制造樣品或臨床樣品)；在發(fā)生結合的條件下使car表達細胞與car配體接觸，從而檢測存在的car表達細胞的水平(例如，量)。car表達細胞與car配體的結合可以使用標準技術如facs，elisa等檢測。另一方面，公開了擴增和/或激活細胞(例如免疫效應細胞)的方法。該方法包括:提供car表達細胞(例如，第一car表達細胞或瞬時表達car細胞)；在發(fā)生免疫細胞擴增和/或增殖的條件下使所述car表達細胞與car配體例如本文所述的car配體接觸，從而產(chǎn)生活化和/或擴增的細胞群體。在某些實施方案中，car配體存在于基質(zhì)(例如，固定化或附著到基質(zhì)，例如非天然存在的基質(zhì))上。在一些實施方案中，基質(zhì)是非細胞基質(zhì)。非細胞基質(zhì)可以是選自例如板(例如，微量滴定板)，膜(例如硝酸纖維素膜)，基質(zhì)，芯片或珠粒的固相支持體。在實施方案中，car配體存在于基質(zhì)中(例如，在基質(zhì)表面上)。car配體可以固定，連接或共價或非共價結合(例如交聯(lián))至基質(zhì)。在一個實施方案中，將car配體連接(例如共價連接)到珠粒上。在上述實施方案中，免疫細胞群可以在體外或離體擴增。該方法還可以包括在car分子的配體存在下培養(yǎng)免疫細胞群體，例如使用本文所述的任何方法。在其它實施方案中，擴增和/或活化細胞的方法還包括添加第二刺激分子例如cd28。例如，car配體和第二刺激分子可固定在基質(zhì)例如一個或多個珠粒上，從而提供增加的細胞擴增和/或活化。另一方面，提供了一種用于選擇或富集car表達細胞的方法。該方法包括使car表達細胞與本文所述的car配體接觸；并基于car配體的結合選擇細胞。在其它實施方案中，提供了用于消耗，減少和/或殺死car表達細胞的方法。該方法包括使car表達細胞與本文所述的car配體接觸；并基于car配體的結合靶向細胞，從而減少car表達細胞的數(shù)量和/或殺死car表達細胞。在一個實施方案中，car配體與毒性劑(例如毒素或細胞消融性藥物)偶聯(lián)。在另一個實施方案中，抗獨特型抗體可以引起效應細胞活性，例如adcc或adc活性?？梢栽诒疚墓_的方法中使用的示例性抗car抗體描述于例如wo2014/190273和jenaetal.,“chimericantigenreceptor(car)-specificmonoclonalantibodytodetectcd19-specifictcellsinclinicaltrials”,plosmarch20138:3e57838,，其內(nèi)容通過引用并入。在一些方面和實施方案中，本文的組合物和方法針對t細胞的特定子集進行了優(yōu)化，例如，如2015年7月31日提交的美國序列號pct/us2015/043219中所述，其內(nèi)容通過引用全部并入本文。在一些實施方案中，與對照t細胞(例如表達相同構建體的不同類型的t細胞(例如，cd8+或cd4+))相比，t細胞的優(yōu)化子集顯示增強的持續(xù)性。在一些實施方案中，cd4+t細胞包含本文所述的car,所述car包含適于cd4+t細胞(例如，優(yōu)化，例如導致增強的持久性)的細胞內(nèi)信號傳導結構域，例如icos結構域。在一些實施方案中，cd8+t細胞包含本文所述的car,所述car包含適于cd8+t細胞(例如，優(yōu)化，例如導致增強的持久性)的細胞內(nèi)信號傳導結構域，例如4-1bb結構域，cd28結構域或icos結構域以外的另一共刺激結構域。在一些實施方案中，本文所述的car包含本文所述的抗原結合結構域，例如包含抗原結合結構域的car。在一方面，本文描述了治療受試者，例如患有癌癥的受試者的方法。該方法包括向所述受試者施用有效量的:1)包含car(carcd4+)的cd4+t細胞其包含:抗原結合結構域，例如本文所述的抗原結合結構域；跨膜結構域和細胞內(nèi)信號傳導結構域，例如第一共刺激結構域，例如icos結構域；和2)包含car(carcd8+)的cd8+t細胞，其包含:抗原結合結構域，例如本文所述的抗原結合結構域；跨膜結構域；和細胞內(nèi)信號傳導結構域，例如第二共刺激結構域，例如4-1bb結構域，cd28結構域或除icos結構域之外的另一共刺激結構域；其中carcd4+和carcd8+彼此不同。任選地，所述方法還包括施用:3)包含car(第二carcd8+)的第二cd8+t細胞，其包含:抗原結合結構域，例如本文所述的抗原結合結構域；跨膜結構域和細胞內(nèi)信號傳導結構域，其中第二carcd8+包含不存在于carcd8+上的細胞內(nèi)信號傳導結構域，例如共刺激信號傳導結構域，并且任選地不包含icos信號傳導結構域。rna轉染本文公開了用于產(chǎn)生體外轉錄的rnacar的方法。rnacar及其使用方法描述于例如2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675的第553-570段，其全部內(nèi)容通過引用并入本文。在一個實施方案中，體外轉錄的rnacar可以作為瞬時轉染的形式引入細胞。rna可以具有3'utr,5'utr,或兩者。5'utr可以包含kozak序列。rna可以包含ires。rna可以包含5'帽。rna可以包含多聚a序列?？梢允褂冒瑔幼?，例如t7，t7或sp6啟動子的dna模板來產(chǎn)生rna?？梢允褂迷S多不同方法中的任何一種將rna引入靶細胞，所述方法為例如可商購的方法，包括但不限于電穿孔，genepulserii，multiporator,使用脂質(zhì)轉染的陽離子脂質(zhì)體介導的轉染，聚合物包封，肽介導的轉染，或諸如“基因槍”的生物射彈顆粒遞送系統(tǒng)。非病毒遞送方法在一些方面，非病毒方法可用于將編碼本文描述的car的核酸遞送至細胞或組織或受試者。合適的非病毒遞送方法包括轉座子(例如，sleepingbeauty，piggybac和基于pt2的轉座子)。例如在2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675(其全部內(nèi)容通過引用并入本文)的第571-579段中描述了示例性的非病毒遞送方法和使用該方法的方法。制造/生產(chǎn)方法一方面，本文公開了制備根據(jù)本發(fā)明的car表達細胞的方法(例如，在“細胞來源”和“細胞的活化和擴增”)中。在一個實施方案中，提供了制造car表達細胞的方法。該方法包括:提供car表達細胞(例如，多種car表達免疫效應細胞，例如t細胞或nk細胞)的制備(例如，本文所述的cd19car表達細胞，例如，ctl019)；獲得表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,和klrg1中列出的一種或多種基因的水平(例如，確定表達水平)值以獲得樣品的基因表達模式；(任選地)將獲得的基因表達模式與基因表達的歷史記錄進行比較；確定獲得的和歷史的基因表達之間的差異；和在質(zhì)量控制記錄中記錄確定的差異。在一個實施方案中，所提供的方法包括提供如本文所述的car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)制劑(例如，cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞),例如ctl019)；確定樣品中表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,和klrg1中列出的一種或多種基因的表達水平，以獲得基因表達模式(例如，基因特征)；將基因特征與患者對car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法(例如本文所述的cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法，例如ctl019)相關聯(lián)；并且在輸入患者之前基于基因特征和患者應答的相關性優(yōu)化car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)制劑。在一個實施方案中，所提供的方法包括獲得car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)應答抗原識別而分泌的細胞因子的水平(例如，確定表達水平)的值，所述細胞因子為例如表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20中列出的一種或多種細胞因子。在一個實施方案中，所提供的方法包括測定響應于抗原識別，由car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)分泌的一種或多種細胞因子ccl20/mip3a，il-17a，il-6和/或其組合的表達水平。在一個實施方案中，所提供的方法還包括在效力測定中整合由car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)分泌的細胞因子，例如表14，表15和表16所列的一種或多種細胞因子。在一個實施方案中，所提供的方法進一步包括在效力測定中整合細胞因子ccl20/mip3a，il-17a，il-6和/或其組合。在一個實施方案中，所提供的方法包括效力測定中由car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)分泌的細胞因子的整合，例如表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)和表17中列出的一種或多種細胞因子，以及確定如本文所述的car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)制劑(例如，cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)，例如ctl019)是否可能具有臨床效果。在一個實施方案中，ccl20/mip3a，il-17a，il-6和/或其組合用于效力測定以確定如本文所述car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)制劑(例如，cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)，例如ctl019)是否可能具有臨床效果。在一個實施方案中，所提供的方法還包括調(diào)節(jié)car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)輸注劑量以達到臨床療效。在一個實施方案中，所提供的方法包括提供來自患有癌癥的受試者的血液樣品，例如t細胞樣品的步驟。在一個實施方案中，所提供的方法還包括將獲得的基因表達模式差異與參考樣品的差異進行比較的步驟。在一個實施方案中，參考樣品是來自不同批次的產(chǎn)生治療性car表達細胞制劑的細胞的car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)制劑(例如本文所述的cd19car表達細胞，例如ctl019)。在一個實施方案中，參考樣品是具有制備的car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)產(chǎn)物(例如本文所述的cd19car表達細胞，例如ctl019)的健康供體樣品。在一個實施方案中，參考樣品是具有制備的cd19car表達細胞產(chǎn)物(例如ctl019產(chǎn)物)的健康供體樣品。在一個實施方案中，所提供的方法還包括將治療性car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)制劑的比較結果記錄在質(zhì)量控制記錄中的步驟。在一個實施方案中，將確定的差異與參考樣品的歷史記錄進行比較。在一個實施方案中，car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)制劑是cd19car表達細胞(例如ctl019)制劑。在一個實施方案中，car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)制劑包含cd19car表達細胞(例如ctl019)制劑。在一個實施方案中，car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)制劑由cd19car表達細胞(例如ctl019)制劑組成。一方面，提供了一種方法，包括:提供來自患有癌癥的受試者的血液樣品，例如t細胞樣品；確定表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1,lag-3,tim-3,cd57,cd27,cd122,cd62l,或klrg1中列出的一種或多種基因的表達水平，以獲得樣品的基因表達模式；將獲得的基因表達模式與參考值的基因表達模式，例如基因表達的歷史記錄進行比較；確定獲得的值和參考值之間的差異；和在質(zhì)量控制記錄中記錄確定的差異。該方法可以包括將獲得的基因表達模式差異與參考樣品的基因表達模式差異進行比較的步驟。在一些實施方案中，本文公開的方法還包括在用細胞(例如本文所述的免疫效應細胞)處理后施用t細胞消耗劑，從而減少(例如，消耗)car表達細胞(例如，cd19car表達細胞)。這樣的t細胞消耗劑可用于有效地消耗car表達細胞(例如cd19car表達細胞)以減輕毒性。在一些實施方案中，根據(jù)本文的方法制備car表達細胞，例如根據(jù)本文方法測定(例如，在轉染或轉導之前或之后)。在一些實施方案中，在施用細胞，例如本文所述的免疫效應細胞群后1，2，3，4或5周施用t細胞消耗劑。在一個實施方案中，t細胞消耗劑是例如通過誘導抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(adcc)和/或補體誘導的細胞死亡而消耗car表達細胞的活性劑。例如，本文所述的car表達細胞也可以表達由能夠誘導細胞死亡(例如adcc或補體誘導的細胞死亡)的分子識別的抗原(例如，靶抗原)。例如，本文所述的car表達細胞還可以表達能夠被抗體或抗體片段靶向的靶蛋白(例如受體)。這些靶蛋白的實例包括但不限于epcam，vegfr,整聯(lián)蛋白(例如整聯(lián)蛋白ανβ3,α4,αι3/4β3,α4β7,α5β1,ανβ3,αν)，tnf受體超家族的成員(例如trail-r1，trail-r2)，pdgf受體，干擾素受體，葉酸受體，gpnmb,icam-1,hla-dr,cea,ca-125,muc1,tag-72,il-6receptor,5t4,gd2,gd3,cd2,cd3,cd4,cd5,cd11,cd11a/lfa-1,cd15,cd18/itgb2,cd19,cd20,cd22,cd23/lge受體，cd25,cd28,cd30,cd33,cd38,cd40,cd41,cd44,cd51,cd52,cd62l,cd74,cd80,cd125,cd147/basigin,cd152/ctla-4,cd154/cd40l,cd195/ccr5,cd319/slamf7和egfr及其截短形式(例如，保留一個或多個胞外表位但是缺乏細胞質(zhì)結構域內(nèi)的一個或多個區(qū)域的形式)。在一些實施方案中，car表達細胞共表達car和靶蛋白，例如天然表達靶蛋白或被工程化以表達靶蛋白。例如，細胞，例如免疫效應細胞群體可以包括包含car核酸(例如本文所述的car核酸)和編碼靶蛋白的核酸的核酸(例如載體)。在一個實施方案中，t細胞消耗劑是cd52抑制劑，例如抗cd52抗體分子，例如阿侖珠單抗。在其他實施方案中，細胞，例如免疫效應細胞群，表達如本文所述的car分子(例如cd19car)和由t細胞消耗劑識別的靶蛋白。在一個實施方案中，靶蛋白是cd20。在靶蛋白是cd20的實施方案中，t細胞消耗劑是抗cd20抗體，例如利妥昔單抗。在任何上述方法的進一步實施方案中，所述方法還包括將細胞例如造血干細胞或骨髓移植到哺乳動物中。另一方面，本發(fā)明的特征在于在細胞移植之前對哺乳動物進行調(diào)理的方法。該方法包括向哺乳動物施用有效量的包含car核酸或多肽例如cd19car核酸或多肽的細胞。在一些實施方案中，細胞移植是干細胞移植，例如造血干細胞移植或骨髓移植。在其它實施方案中，在細胞移植之前對受試者進行調(diào)理包括減少受試者中靶表達細胞，例如表達cd19的正常細胞或表達cd19的癌細胞的數(shù)量。編碼car的核酸構建體編碼一種或多種car構建體的核酸分子可以引入如本文所述免疫效應細胞(例如，t細胞)中。一方面，提供核酸分子作為信使rna轉錄物。一方面，提供核酸分子作為dna構建體。在一些實施方案中，將本文所述的核酸引入已經(jīng)通過本文所述的方法測定的細胞中，例如已經(jīng)測定了一種或多種生物標志。在一些實施方案中，通過本文所述的方法測定了包含本文所述的核酸的細胞，例如已經(jīng)測定了一種或多種生物標志。本文所述的核酸分子可以是dna分子，rna分子或其組合。在一個實施方案中，核酸分子是編碼如本文所述的car多肽的mrna。在其它實施方案中，核酸分子是包含任何上述核酸分子的載體。核酸分子可以編碼例如本文所述的car分子，并且可以包含例如本文所述，例如表11，表12或表13中的核酸序列。編碼所需分子的核酸序列可以使用本領域已知的重組方法獲得，例如通過從表達該基因的細胞篩選文庫，通過從已知包含該基因的載體衍生基因，或使用標準技術通過從含有該基因的細胞和組織直接分離?；蛘?，可以合成產(chǎn)生，而不是克隆目的基因。還描述了其中插入本公開的核酸的載體。衍生自逆轉錄病毒如慢病毒的載體是實現(xiàn)長期基因轉移的合適工具，因為它們允許轉基因的長期穩(wěn)定整合及其在子細胞中的增殖。慢病毒載體相對于衍生自癌逆轉錄病毒例如鼠白血病病毒的載體具有增加的優(yōu)點，因為它們可以轉導非增殖細胞，例如肝細胞。它們還具有低免疫原性的附加優(yōu)點。逆轉錄病毒載體也可以是例如γ逆轉錄病毒載體。γ逆轉錄病毒載體可以包括例如啟動子，包裝信號(ψ)，引物結合位點(pbs)，一個或多個(例如兩個)長末端重復序列(ltr)和目的轉基因，例如編碼car的基因。γ逆轉錄病毒載體可能缺乏病毒結構基因，如gag，pol和env。示例性的γ逆轉錄病毒載體包括鼠白血病病毒(mlv)，脾臟病灶形成病毒(sffv)和骨髓增生性肉瘤病毒(mpsv)以及從其衍生的載體。其他γ逆轉錄病毒載體描述于例如tobiasmaetzigetal.,“gammaretroviralvectors:biology,technologyandapplication”viruses.2011jun；3(6):677–713。在另一個實施方案中，包含編碼本發(fā)明所需car的核酸的載體是腺病毒載體(a5/35)。在另一個實施方案中，編碼car的核酸的表達可以使用轉座子如睡美人，crispr,cas9和鋅指核酸酶來實現(xiàn)。參見下面的juneetal.2009naturereviewsimmunology9.10:704-716,，通過引用將其并入本文。總之，編碼car的天然或合成核酸的表達通常通過將編碼car多肽或其部分的核酸有效連接至啟動子，并將構建體摻入表達載體中來實現(xiàn)。載體可以適用于復制和整合真核生物。典型的克隆載體含有轉錄和翻譯終止子，起始序列和可用于調(diào)節(jié)所需核酸序列表達的啟動子。表達構建體也可以使用標準的基因遞送方案用于核酸免疫和基因治療。用于基因遞送的方法是本領域已知的。參見例如美國專利號5,399,346,5,580,859,5,589,466,，其全部內(nèi)容通過引用并入本文。在另一個實施方案中，本發(fā)明提供了一種基因治療載體。核酸可以克隆到多種類型的載體中。例如，可以將核酸克隆到載體中，包括但不限于質(zhì)粒，噬菌粒，噬菌體衍生物，動物病毒和粘粒。特別感興趣的載體包括表達載體，復制載體，探針產(chǎn)生載體和測序載體。此外，表達載體可以以病毒載體的形式提供給細胞。病毒載體技術在本領域中是眾所周知的，并且描述于例如sambrooketal.,2012,molecularcloning:alaboratorymanual,volumes1-4,coldspringharborpress,ny)和其他病毒學和分子生物學手冊?？捎米鬏d體的病毒包括但不限于逆轉錄病毒，腺病毒，腺伴隨病毒，皰疹病毒和慢病毒。通常，合適的載體包含在至少一個生物體中起作用的復制起點，啟動子序列，方便的限制性內(nèi)切核酸酶位點和一個或多個可選擇標志(例如wo01/96584；wo01/29058和美國專利號6,326,193)。已經(jīng)開發(fā)了許多基于病毒的系統(tǒng)用于將基因轉移到哺乳動物細胞中。例如，逆轉錄病毒為基因遞送系統(tǒng)提供了便利的平臺?？梢允褂帽绢I域已知的技術將所選擇的基因插入載體并包裝在逆轉錄病毒顆粒中。然后可以將重組病毒分離并在體內(nèi)或離體遞送至受試者的細胞。許多逆轉錄病毒體系是本領域已知的。在一些實施方案中，使用腺病毒載體。許多腺病毒載體是本領域已知的。在一個實施方案中，使用慢病毒載體。額外的啟動子元件，例如增強子調(diào)節(jié)轉錄起始的頻率。通常，它們位于起始位點上游30-110bp的區(qū)域，盡管已經(jīng)顯示了許多啟動子在起始位點的下游含有功能元件。啟動子元件之間的間隔通常是柔性的，因此當元件相對于彼此倒置或移動時，啟動子功能被保留。在胸苷激酶(tk)啟動子中，在活性開始下降之前，啟動子元件之間的間距可以增加到50bp。取決于啟動子，似乎單獨的元件可以協(xié)同或獨立地起作用以激活轉錄。示例性啟動子包括cmvie基因，ef-1α，泛素c或磷酸甘油激酶(pgk)啟動子。能夠在哺乳動物t細胞中表達car轉基因的啟動子的實例是ef1a啟動子。天然ef1a啟動子驅動延伸因子-1復合體的α亞基的表達，其負責將氨?；鵷rna酶促遞送至核糖體。ef1a啟動子已被廣泛用于哺乳動物表達質(zhì)粒，已被證明能有效驅動克隆到慢病毒載體中的轉基因的car表達。參見，例如，miloneetal.,mol.ther.17(8):1453–1464(2009)。一方面，ef1a啟動子包含seqidno:11提供的序列。啟動子的另一個例子是立即早期巨細胞病毒(cmv)啟動子序列。該啟動子序列是能夠驅動與其有效連接的任何多核苷酸序列的高水平表達的強組成型啟動子序列。然而，也可以使用其他組成型啟動子序列，包括但不限于猿猴病毒40(sv40)早期啟動子，小鼠乳腺腫瘤病毒(mmtv)，人免疫缺陷病毒(hiv)長末端重復(ltr)啟動子，momulv啟動子，禽白血病病毒啟動子，eb病毒立即早期啟動子，勞斯肉瘤病毒啟動子，以及人基因啟動子，例如但不限于肌動蛋白啟動子，肌球蛋白啟動子，延伸因子-1α啟動子，血紅蛋白啟動子和肌酸激酶啟動子。此外，本發(fā)明不應限于使用組成型啟動子。也可以考慮誘導型啟動子作為本發(fā)明的一部分。誘導型啟動子的使用提供了分子開關，其能夠啟動當期望這種表達時有效連接的多核苷酸序列的表達，或者當不需要表達時關閉表達。誘導型啟動子的實例包括但不限于金屬硫蛋白啟動子，糖皮質(zhì)激素啟動子，孕酮啟動子和四環(huán)素啟動子。啟動子的另一個例子是磷酸甘油酸激酶(pgk)啟動子。在實施方案中，當與野生型pgk啟動子序列比較時，截短的pgk啟動子(例如，具有一個或多個，例如1,25,10,100,200,300或400個核苷酸缺失的pgk啟動子)可能是需要的。載體還可以包括例如促進分泌的信號序列，聚腺苷酸化信號和轉錄終止子(例如，來自牛生長激素(bgh)基因))，允許附加型復制和在原核生物中復制的元件(例如sv40起點和cole1或本領域已知的其他元件)和/或允許選擇的元件(例如，氨芐青霉素抗性基因和/或zeocin標志)。為了評估car多肽或其部分的表達，待引入細胞的表達載體還可以含有選擇性標記基因或報道基因或兩者，以便于從細胞群體中鑒定和選擇試圖通過病毒載體轉染或感染的表達細胞。在其他方面，選擇標記可以攜帶在單獨的dna片段上并用于共轉染過程。選擇性標記和報告基因都可以側翼為適當?shù)恼{(diào)控序列以使得能夠在宿主細胞中表達。有用的選擇性標記包括例如抗生素抗性基因，例如neo等。報告基因用于鑒定潛在轉染的細胞并用于評估調(diào)節(jié)序列的功能。報告基因描述于例如在2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675的第599段中，其全部內(nèi)容通過引用并入本文。在實施方案中，載體可以包含編碼car,例如本文所述的car,例如cd19car和第二種car,例如抑制性car或特異性結合除了cd19外的抗原的car的兩種或更多種核酸序列。在這樣的實施方案中，編碼car的兩種或更多種核酸序列由相同框架中的單個核酸分子和作為單個多肽鏈編碼。在這方面，兩種或更多種car可以例如被一個或多個肽切割位點分開。(例如，自切割位點或細胞內(nèi)蛋白酶的底物)。肽切割位點的實例包括t2a，p2a，e2a或f2a位點。將基因引入細胞并表達的方法是本領域已知的。在表達載體的上下文中，可以通過本領域任何方法將載體容易地引入宿主細胞，例如哺乳動物，細菌，酵母或昆蟲細胞。例如，表達載體可以通過物理，化學或生物手段轉移到宿主細胞中，例如在2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675的段落601-603中描述的那些手段，其通過引用全部并入本文。在使用非病毒遞送系統(tǒng)的情況下，示例性遞送載體是脂質(zhì)體。預期使用脂質(zhì)制劑將核酸引入宿主細胞(體外，離體或體內(nèi))，并描述于例如2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675的第604-605段，其全部內(nèi)容通過引用并入本文。不管用于將外源核酸引入宿主細胞或以其他方式將細胞暴露于本發(fā)明的抑制劑的方法，為了確認宿主細胞中重組dna序列的存在，可以進行多種測定。此類測定包括例如本領域技術人員熟知的“分子生物學”測定，例如southern和northern印跡，rt-pcr和pcr；“生物化學”測定，例如通過免疫學手段(elisa和western印跡)檢測特定肽的存在或不存在，或通過本文所述的測定來鑒定屬于本發(fā)明范圍內(nèi)的活性劑。治療方法一方面，本公開提供了治療與本文所述的腫瘤抗原表達相關的疾病的方法。在一些實施方案中，通過本文所述的方法測定免疫效應細胞，例如測定一種或多種生物標志，并將細胞作為本文所述治療的一部分施用于受試者。例如，免疫效應細胞可以作為本文所述的組合療法的一部分施用。在一個方面，本公開提供了通過向需要其的受試者提供經(jīng)工程化以表達car的免疫效應細胞(例如，t細胞，nk細胞)來治療癌癥(例如，血液癌癥，例如all和cll)的方法。在一個實施方案中，待治療的癌癥是b細胞惡性腫瘤。在一個實施方案中，待治療的癌癥是all(急性淋巴細胞白血病)，cll(慢性淋巴細胞白血病)，dlbcl(彌漫性大b細胞淋巴瘤)，mcl(套細胞淋巴瘤)或mm(多發(fā)性骨髓瘤)。在一個方面，本公開提供了通過向需要其的受試者提供經(jīng)工程化以表達cd19car的免疫效應細胞(例如，t細胞，nk細胞)來治療癌癥(例如，血液癌癥，例如all和cll)的方法，其中癌細胞表達cd19。在一個實施方案中，待治療的癌癥是b細胞惡性腫瘤。在一個實施方案中，待治療的癌癥是all(急性淋巴細胞白血病)，cll(慢性淋巴細胞白血病)，dlbcl(彌漫性大b細胞淋巴瘤)，mcl(套細胞淋巴瘤)，霍奇金淋巴瘤或mm(多發(fā)性骨髓瘤)。在一個方面，本公開提供了通過向需要其的受試者提供經(jīng)工程化以表達cd22car的免疫效應細胞(例如，t細胞，nk細胞)來治療癌癥(例如，血液癌癥，例如all和cll)的方法，其中癌細胞表達cd22。在一個實施方案中，待治療的癌癥是b細胞惡性腫瘤。在一個實施方案中，待治療的癌癥是all(急性淋巴細胞白血病)，cll(慢性淋巴細胞白血病)，dlbcl(彌漫性大b細胞淋巴瘤)，mcl(套細胞淋巴瘤)，霍奇金淋巴瘤或mm(多發(fā)性骨髓瘤)。在一個方面，本公開提供了通過向需要其的受試者提供經(jīng)工程化以表達cd20car的免疫效應細胞(例如，t細胞，nk細胞)來治療癌癥(例如，血液癌癥，例如all和cll)的方法，其中癌細胞表達cd20。在一個實施方案中，待治療的癌癥是b細胞惡性腫瘤。在一個實施方案中，待治療的癌癥是all(急性淋巴細胞白血病)，cll(慢性淋巴細胞白血病)，dlbcl(彌漫性大b細胞淋巴瘤)，mcl(套細胞淋巴瘤)，霍奇金淋巴瘤或mm(多發(fā)性骨髓瘤)。在一個方面，本公開提供了通過向需要其的受試者提供經(jīng)工程化以表達ror1car的免疫效應細胞(例如，t細胞，nk細胞)來治療癌癥(例如，血液癌癥，例如all和cll)的方法，其中癌細胞表達ror1。在一個實施方案中，待治療的癌癥是b細胞惡性腫瘤。在一個實施方案中，待治療的癌癥是all(急性淋巴細胞白血病)，cll(慢性淋巴細胞白血病)，dlbcl(彌漫性大b細胞淋巴瘤)，mcl(套細胞淋巴瘤)，霍奇金淋巴瘤或mm(多發(fā)性骨髓瘤)。本公開內(nèi)容包括一種細胞療法，其中免疫效應細胞(例如，t細胞，nk細胞)被遺傳修飾(例如，通過慢病毒載體的轉導)以表達car,并且將car表達細胞輸注到需要其的受體中。輸注的細胞能夠殺死受體中的腫瘤細胞。與抗體療法不同，car修飾的免疫效應細胞(例如，t細胞，nk細胞)能夠在體內(nèi)復制，導致長期持續(xù)性，其可導致持續(xù)的腫瘤控制。使用慢病毒載體產(chǎn)生的car表達細胞(例如，t細胞或nk細胞)將具有穩(wěn)定的car表達。在各個方面，施用于患者或其后代的免疫效應細胞(例如，t細胞，nk細胞)在t細胞施用于患者后在患者中持續(xù)至少四個月，五個月，六個月，七個月，八個月，九個月，十個月，十一個月，十二個月，十三個月，十四個月，十五個月，十六個月，十七個月，十八個月，十九個月，二十個月，二十一個月，二十二個月，二十三個月，二年，三年，四年，或五年。本發(fā)明還包括一種細胞療法，其中免疫效應細胞(例如，t細胞，nk細胞)被修飾，例如通過體外轉錄的rna修飾，以瞬時表達car,并且將表達car的細胞輸注到需要其的受體中。通過carrna轉導產(chǎn)生的表達car的細胞(例如，t細胞，nk細胞)(例如通過轉染或電穿孔)在轉導后瞬時表達rnacar4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15天。輸注的細胞能夠殺死受體中的腫瘤細胞。因此，在各個方面，施用于患者的免疫效應細胞(例如，t細胞，nk細胞)在t細胞施用于患者后持續(xù)至少一個月，例如三周，兩周，一周。在一個方面，本公開通過向需要其的受試者提供經(jīng)工程化以表達car,例如本文描述的car的免疫效應細胞(例如，t細胞，nk細胞)，提供了治療癌癥(例如，血液癌癥，例如all和cll)的方法。在一個實施方案中，本公開提供了通過向需要其的受試者提供經(jīng)工程化以表達car的免疫效應細胞(例如，t細胞，nk細胞)來治療癌癥(例如，血液癌癥，例如all和cll)的方法，所述car特異性靶向或結合本文所述的腫瘤抗原(或癌癥相關抗原)，其中所述受試者已被鑒定為應答者或部分應答者。在其它實施方案中，所述方法通過向受試者提供除car療法之外的癌癥療法，例如向受試者提供作為該特定類型癌癥的護理標準的治療，提供治療作為部分應答者或非應答者的受試者的癌癥(例如，血液癌癥如all和cll)的方法。在再一個實施方案中，治療方法包括對被鑒定為部分應答者或非應答者的受試者，在施用car表達細胞，例如本文所述的car表達細胞之前，改變car表達細胞的制造以富集初始t細胞。在一個實施方案中，將免疫效應細胞(例如，t細胞，nk細胞)工程化以表達cd19car,用于治療患有癌癥(例如血液癌癥，例如all和cll)的受試者，其中癌細胞表達cd19。在一個實施方案中，待治療的癌癥是all或cll。要在免疫效應細胞中表達的cd19car分子可以包含本領域任何抗cd19抗原結合結構域(例如表12中提供的那些)與本文所述的任何car結構域組合以產(chǎn)生完整的car構建體。例如，完整的car構建體是表13中列出的car。表13提供了使用表12中列出的多種car結構域(例如，跨膜和細胞內(nèi)信號傳導結構域)和表12中列出的抗cd19抗原結合結構域產(chǎn)生的示例性完整cd19car構建體。命名氨基酸序列(aa)，并命名核酸序列(nt)。表13.cd19car構建體cd19相關疾病和/或病癥一方面，本公開提供了用car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法來治療癌癥例如與cd19表達相關的癌癥的方法。示例性的癌癥包括但不限于例如，一種或多種急性白血病，包括但不限于例如b細胞急性淋巴細胞白血病(“b-all”)，t細胞急性淋巴細胞白血病(“t-all”)，急性淋巴細胞白血病(all)；一種或多種慢性白血病，包括但不限于例如慢性骨髓性白血病(cml)，慢性淋巴細胞性白血病(cll)。與cd19表達相關的額外癌癥或血液病癥包括但不限于例如b細胞早幼粒細胞白血病，母細胞性漿細胞樣樹突狀細胞瘤，伯基特淋巴瘤，彌漫性大b細胞淋巴瘤，濾泡淋巴瘤，毛細胞白血病，小細胞或大細胞濾泡淋巴瘤，惡性淋巴細胞增生癥，malt淋巴瘤，套細胞淋巴瘤(mcl)，邊緣區(qū)淋巴瘤，多發(fā)性骨髓瘤，骨髓發(fā)育不良和骨髓增生異常綜合征，非霍奇金淋巴瘤，霍奇金淋巴瘤，漿母細胞淋巴瘤，漿細胞樣樹突狀細胞腫瘤，瓦爾登斯特隆巨球蛋白血癥和“白血病前期”，其是通過骨髓血細胞的無效生產(chǎn)(或發(fā)育不良)聯(lián)合起來的血液病癥的多樣化集合等。此外，與cd19表達相關的疾病包括但不限于例如與cd19表達相關的非典型和/或非經(jīng)典癌癥，惡性腫瘤，癌前病癥或增殖性疾病。在一個實施方案中，本公開提供了治療cll的方法。在另一個實施方案中，本公開提供了治療all的方法。在另一個實施方案中，本公開提供了治療b細胞all的方法。一方面，本公開提供了用car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)(例如，如本文所述的cd19car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)，例如ctl019)治療具有癌癥(例如，血液癌癥如all和cll)的應答者(例如，完全應答者和部分應答者)的方法。在一個實施方案中，本公開提供了用car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)與另一種治療劑(例如，本文所描述的另一種治療劑,例如，另一種car,例如本文所述的另一種car,例如抑制性car,例如本文所述的抑制性car,激酶抑制劑(例如，本文所述的激酶抑制劑，例如mtor抑制劑，btk抑制劑)，檢查點抑制劑，例如本文所述的檢查點抑制劑，護理標準療法等)組合治療應答者(例如，完全應答者和部分應答者)的方法。所述組合可以是與例如本文所述的任何活性劑。在一個實施方案中，在car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)治療(例如，初始的car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)治療)后，部分應答者通過任一種本文描述的方法，例如cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)基因集特征測試，并且如果狀態(tài)沒有改變和/或降級到例如非應答者，那么對受試者施用替代療法，例如特定癌癥的護理標準。一方面，本公開提供了用car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)(例如如本文所述cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)，例如ctl019)治療具有癌癥(例如，血液癌癥如all和cll)的非應答者的方法。在一個實施方案中，本公開提供了用car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)與另一種治療劑(例如本文所述的另一種治療劑，例如，另一種car,例如，本文所述的另一種car,例如抑制性car,例如本文所述的抑制性car,激酶抑制劑(例如，本文所述的激酶抑制劑，例如mtor抑制劑，btk抑制劑)，檢查點抑制劑，例如本文所述的檢查點抑制劑，護理標準療法等)組合治療非應答者的方法。所述組合可以是例如任何本文所述的活性劑。在一個實施方案中，在car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)治療(例如，初始的car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)治療)之后，通過以下任何一種本文描述的方法，例如cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)基因集特征測試非應答者，并且如果狀態(tài)已經(jīng)改變和/或被升級到例如部分應答者，例如，完全應答者，那么對受試者施用本文所述的替代療法。在一個實施方案中，本公開提供了治療癌癥(例如，血液癌癥，例如all或cll)的方法，其包括以下步驟:(1)鑒定部分應答者受試者和/或非應答者受試者，(2)對部分應答者受試者和/或非應答者受試者例如以本文所述的劑量和/或給藥方案施用本文所述的mtor抑制劑，例如rad001和雷帕霉素；和(3)例如在施用mtor抑制劑之后，施用car(例如，本文所述的cd19car,例如ctl019)，從而治療癌癥。在一個實施方案中，所述方法還包括將mtor抑制劑和/或car與本文所述的一種或多種檢查點抑制劑，例如pd1抑制劑組合施用。在一個實施方案中，本公開提供了治療癌癥(例如，血液癌癥，例如all或cll)的方法，其包括以下步驟:(1)鑒定部分應答者受試者(例如患者)和/或非應答者受試者(例如，患者)，(2)通過選擇較少消耗和/或更初始的t細胞群體來富集部分應答者受試者和/或非應答者受試者的t細胞群體，(3)引入(例如通過轉化，轉導，感染，電穿孔等)car(例如，本文所述的cd19car,例如ctl019)到所述富集的t細胞群體中，從而轉化受試者的t細胞群體；和(4)將表達car的t細胞群體施用于部分應答者和/或非應答者受試者，從而治療癌癥。在一個實施方案中，本公開提供了治療癌癥(例如，血液癌癥，例如all或cll)的方法，其包括以下步驟:(1)鑒定部分應答者受試者(例如患者)和/或非應答者受試者(例如，患者)，(2)在較晚的時間段對初始t細胞和/或較少耗盡的表型重新評估部分應答者受試者和/或非應答者受試者(例如，患者)，和(3)例如，如果受試者具有初始t細胞的增加和/或較少耗盡的表型，那么施用car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法(例如，如本文所述的cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)，例如ctl019)，從而治療癌癥。在一個實施方案中，較晚的時間段包括至少1小時，至少2小時，至少3小時，至少4小時，至少5小時，至少6小時，至少7小時，至少8小時，至少9小時，至少10小時，至少11小時，至少12小時，至少1天，至少2天，至少3天，至少4天，至少5天，至少6天，至少1周，至少2周，至少3周，至少1個月，至少2個月，至少3個月，至少4個月，至少5個月，至少6個月，至少7個月，至少8個月，至少9個月，至少10個月，至少11個月，至少1年，至少2年，至少3年，至少4年，至少5年，至少6年，至少7年，至少8年，至少9年，至少10年，或11年或以上。在一個實施方案中，本公開提供了治療癌癥(例如，血液癌癥例如all或cll)的方法，其包括以下步驟:(1)鑒定部分應答者和/或非應答者；和(2)用替代療法，例如針對特定癌癥的護理標準(例如，all或cll的護理標準)治療。在一個實施方案中，在沒有用car治療的情況下，部分應答者僅被護理標準(例如，血液癌癥如all或cll的護理標準)治療。在一個實施方案中，在不用car治療的情況下，非應答者僅用護理標準(例如，血液癌癥例如all或cll的護理標準)治療。在一個實施方案中，cll的護理標準包括但不限于本文所述的示例性療法，例如表a中所述，以及其組合。表a:cll的示例性療法在一個實施方案中，cll的護理標準包括(1)放射療法，(2)化學療法，(3)手術(例如，去除脾臟)，(4)靶向療法，(5)干細胞移植及其組合。在一個實施方案中，護理標準包括外部放射療法。在一個實施方案中，護理標準包括內(nèi)部放射療法(例如，密封在例如直接放置在癌癥中或癌癥附近的針頭,導線或導管中的放射性物質(zhì))。在一個實施方案中，all的護理標準包括但不限于本文所述的示例性療法，例如表b所述，以及其組合。表b:all的示例性療法在一個實施方案中，all的護理標準包括(1)化療，(2)放療，(3)干細胞移植，(4)生物治療，(5)靶向治療及其組合。在一個實施方案中，護理標準包括但不限于氟達拉濱與環(huán)磷酰胺(fc)；氟達拉濱與利妥昔單抗(fr)；氟達拉濱，環(huán)磷酰胺和利妥昔單抗(fcr)；環(huán)磷酰胺，多柔比星，長春新堿和潑尼松(chop)；及其組合?？紤]使用的一般化學治療劑包括但不限于阿那曲唑比卡魯胺(bicalutamide)硫酸博來霉素鹽(bleomycinsulfate)白消安(busulfan)白消安注射劑卡培他濱n4-戊氧基羰基-5-脫氧-5-氟胞嘧啶核苷、卡鉑卡莫司汀苯丁酸氮芥順鉑克拉屈濱環(huán)磷酰胺(或)、阿糖胞苷、胞嘧啶阿糖胞苷阿糖胞苷脂質(zhì)體注射劑達卡巴嗪更生霉素(actinomycind,cosmegan)、柔紅霉素鹽酸鹽柔紅霉素檸檬酸鹽脂質(zhì)體注射劑地塞米松、多西他賽多柔比星鹽酸鹽依托泊苷氟達拉濱磷酸鹽5-氟尿嘧啶氟他胺tezacitibine、吉西他濱(二氟脫氧胞嘧啶核苷(difluorodeoxycitidine))、羥基脲伊達比星異環(huán)磷酰胺依立替康l-天冬酰胺酶甲酰四氫葉酸鈣、美法侖6-巰基嘌呤甲氨蝶呤米托蒽醌麥羅塔(mylotarg)、紫杉醇phoenix(yttrium90/mx-dtpa)、噴司他丁、聚苯丙生(polifeprosan)20與卡莫司汀植入物枸櫞酸它莫西芬替尼泊苷6-硫代鳥嘌呤、塞替派(thiotepa)、替拉扎明(tirapazamine)用于注射的托泊替康鹽酸鹽長春堿長春新堿長春瑞濱和其組合。在一個實施方案中，化學療法包括抗代謝物，包括但不限于葉酸拮抗劑(本文中也稱為抗葉酸劑)，嘧啶類似物，嘌呤類似物和腺苷脫氨酶抑制劑):甲氨蝶呤5-氟尿嘧啶氟尿苷阿糖胞苷(tarabinepfs)，6-巰嘌呤())，6-硫鳥嘌呤(thioguanine)，磷酸氟達拉濱噴司他丁培美曲塞雷替曲塞克拉屈濱氯法拉濱阿糖胞苷脂質(zhì)體(也稱為liposomalara-c,depocyttm)；地西他濱羥基脲(droxiatm和myloceltm)；巰嘌呤，普拉曲坦(folotyntm)，卡培他濱奈拉濱阿扎胞苷和吉西他濱合適的抗代謝物包括，例如5-氟尿嘧啶氟尿苷卡培他濱培美曲塞雷替曲塞和吉西他濱及其組合。在一個實施方案中，嘌呤類似物是氟達拉濱。在一個實施方案中，化療包括烷化劑，包括但不限于氮芥(nitrogenmustards)、乙烯亞胺衍生物、烷基磺酸鹽、亞硝基脲和三氮烯)∶尿嘧啶氮芥(aminouraciluracilnitrogen)、氮芥(chlormethine)環(huán)磷酰胺(revimmunetm)、異環(huán)磷酰胺美法侖苯丁酸氮芥哌泊溴烷(pipobroman)三乙撐三聚氰胺(triethylenemelamine)三乙撐硫代磷酰胺(triethylenethiophosphoramine)、替莫唑胺塞替派白消安卡莫司汀洛莫司汀鏈佐星(streptozocin)和達卡巴嗪和其組合。另外的示例性的烷化劑包括，不限于奧沙利鉑替莫唑胺(和)；更生霉素(也稱為放線菌素-d，)；美法侖(也稱為l-pam、l-溶肉瘤素和苯基丙氨酸氮芥，)；六甲蜜胺(也稱為六甲蜜胺(hmm),)；卡莫司汀苯達莫司汀(bendamustine)白消安(和)；卡鉑洛莫司汀(也稱為ccnu,)；順鉑(也稱為cddp、和)；苯丁酸氮芥環(huán)磷酰胺(and)；達卡巴嗪(也稱為dtic、dic和咪唑甲酰胺、)；六甲蜜胺(也稱為六甲蜜胺(hmm),)；異環(huán)磷酰胺prednumustine；丙卡巴肼氮芥(mechlorethamine)(也稱為氮芥(nitrogenmustard)、氮芥(mustine)和甲氯乙胺(mechloroethamine)鹽酸鹽、)；鏈佐星塞替派(也稱為硫代磷酰胺(thiophosphoamide)、tespa和tspa,)；環(huán)磷酰胺和苯達莫司汀hcl和其組合。在一個實施方案中，烷化劑是苯達莫司汀。在一個實施方案中，烷化劑是環(huán)磷酰胺。在一個實施方案中，化學治療劑是激酶抑制劑，例如酪氨酸激酶抑制劑，包括但不限于鹽酸埃羅替尼n-[4-(3-氨基-1h-吲唑-4-基)苯基]-n'-(2-氟-5-甲基苯基)脲(也稱為abt869，可從genentech得到)；蘋果酸舒尼替尼波舒替尼(4-[(2,4-二氯-5-甲氧基苯基)氨基]-6-甲氧基-7-[3-(4-甲基哌嗪-1-基)丙氧基]喹啉-3-腈，也稱為ski-606，并在美國專利號6,780,996中描述)；達沙替尼帕唑帕尼索拉非尼zactima(zd6474)；和伊馬替尼或甲磺酸伊馬替尼(和)。在一個實施方案中，激酶抑制劑是選自ibrutinib(pci-32765)；gdc-0834；rn-486；cgi-560；cgi-1764；hm-71224；cc-292；ono-4059；cnx-774；和lfm-a113的btk抑制劑。在一個實施方案中，激酶抑制劑是選自以下的cdk4抑制劑:aloisinea；flavopiridol或hmr-1275，2-(2-氯苯基)-5,7-二羥基-8-[(3s,4r)-3-羥基-1-甲基-4-哌啶基]-4-chromenone；crizotinib(pf-02341066；2-(2-氯苯基)-5,7-二羥基-8-[(2r,3s)-2-(羥甲基)-1-甲基-3-吡咯烷基]-4h-1-苯并吡喃–4-酮鹽酸鹽(p276-00)；1-甲基-5-[[2-[5-(三氟甲基)-1h-咪唑-2-基]-4-吡啶基]氧基]-n-[4-(三氟甲基)苯基]-1h-苯并咪唑-2-胺(raf265)；吲地磺胺(e7070)；roscovitine(cyc202)；palbociclib(pd0332991)；dinaciclib(sch727965)；n-[5-[[(5-叔丁基唑-2-基)甲基]硫基]噻唑-2-基]哌啶-4-甲酰胺(bms387032)；4-[[9-氯-7-(2,6-二氟苯基)-5h-嘧啶并[5,4-d][2]苯并氮雜-2-基]氨基]-苯甲酸(mln8054)；5-[3-(4,6-二氟-1h-苯并咪唑-2-基)-1h-吲唑-5-基]-n-乙基-4-甲基-3-吡啶甲胺(ag-024322)；4-(2,6-二氯苯甲酰氨基)-1h-吡唑-3-羧酸n-(哌啶-4-基)酰胺(at7519)；4-[2-甲基-1-(1-甲基乙基)-1h-咪唑-5-基]-n-[4-(甲基磺?；?苯基]-2-嘧啶胺(azd5438)；和xl281(bms908662)。在一個實施方案中，激酶抑制劑是選自cgp052088；4-氨基-3-(對氟苯基氨基)-吡唑并[3,4-d]嘧啶(cgp57380)；cercosporamide；etc-1780445-2；和4-氨基-5-(4-氟苯胺基)-吡唑并[3,4-d]嘧啶的mnk抑制劑。在一個實施方案中，靶向療法包括但不限于抗cd20抗體或其功能性片段，例如利妥昔單抗(和)；托西莫單抗和ofatumumab及其組合。在一個實施方案中，靶向療法包括但不限于抗cd52抗體或其功能性片段，例如阿侖珠單抗在一個實施方案中，生物療法包括免疫療法。示例性的蒽環(huán)類藥物包括但不限于多柔比星(和)；博來霉素柔紅霉素(鹽酸多柔比星，道諾霉素和鹽酸紅比霉素，)；柔紅霉素脂質(zhì)體(柔紅霉素檸檬酸脂質(zhì)體，)；米托蒽醌(dhad，)；表柔比星(ellencetm)；伊達比星(idamycin)；絲裂霉素c格爾德霉素；除莠霉素；ravidomycin；去乙酰拉維霉素(desacetylravidomycin)及其組合。在一個實施方案中，干細胞移植包括自體干細胞移植。在一個實施方案中，干細胞移植包括同種異體干細胞移植。在一個實施方案中，干細胞移植包括同種異體骨髓移植。在一個實施方案中，干細胞移植包括造血干細胞移植(hsct)。在一個實施方案中，造血干細胞衍生自各種組織，包括但不限于骨髓，外周血，臍帶血及其組合。在一個實施方案中，所提供的方法包括確定受試者是否被鑒定為在表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15和表16中列出的一種或多種標志或pd-1生物標志，lag-3生物標志，tim-3生物標志，cd57生物標志，cd27生物標志，cd122生物標志，cd62l生物標志和klrg1生物標志的表達水平相對于參考水平具有統(tǒng)計學顯著差異，并對受試者施用治療有效劑量的car表達細胞，例如t細胞或nk細胞。在一個實施方案中，car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)是本文所述的cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)，例如ctl019。一方面，本公開提供了治療與cd19表達相關的疾病的方法。一方面，本發(fā)明提供了治療疾病的方法，其中部分腫瘤對于cd19是陰性的，并且部分腫瘤對于cd19是陽性的。例如，所提供的方法可用于治療已經(jīng)經(jīng)歷與cd19升高的表達相關的疾病治療的受試者，其中經(jīng)歷了升高水平的cd19的治療的受試者表現(xiàn)出與升高水平的cd19相關的疾病。在一個方面，提供的方法包括含有有效連接到啟動子以在哺乳動物細胞(例如，t細胞或nk細胞)中表達的cd19car的載體。一方面，所提供的方法包括表達cd19car的重組細胞(例如，t細胞或nk細胞)用于治療cd19表達腫瘤的方法，其中表達cd19car的重組t細胞稱為cd19car表達細胞。在一個方面，根據(jù)提供的方法施用的cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)能夠使腫瘤細胞與其表面上表達的至少一種cd19car接觸，使得car表達細胞靶向腫瘤細胞并且腫瘤的生長被抑制。一方面，本公開的特征在于抑制表達cd19的腫瘤細胞生長的方法，其包括使腫瘤細胞與本文所述的cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)接觸，使得表達car細胞響應于抗原而被激活并靶向癌細胞，其中腫瘤的生長被抑制。一方面，本公開內(nèi)容包括一種細胞療法，其中t細胞被遺傳修飾以表達car,并且將car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)輸注到需要其的受體。輸注的細胞能夠殺死受體中的腫瘤細胞。與抗體療法不同，car修飾的細胞(例如，t細胞或nk細胞)能夠在體內(nèi)復制，導致長期持續(xù)性，其可導致持續(xù)的腫瘤控制。在各方面，在將細胞施用于患者后，施用于患者的細胞或其后代在患者中持續(xù)至少四個月，五個月，六個月，七個月，八個月，九個月，十個月，十一個月，十二個月，十三個月，十四個月，十五個月，十六個月，十七個月，十八個月，十九個月，二十個月，二十一個月，二十二個月，二十三個月，兩年，三年，四年，或五年。。本公開還包括一種細胞療法，其中細胞(例如，t細胞，nk細胞)被修飾(例如通過體外轉錄的rna)以瞬時表達嵌合抗原受體(car)并且car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)被輸注到需要其的受體。輸注的細胞能夠殺死受體中的腫瘤細胞。因此，在各個方面，在向患者施用細胞(例如，t細胞，nk細胞)之后，施用于患者的細胞存在少于一個月，例如三周，兩周，一周。不希望受任何特定理論的約束，由car修飾的細胞(例如，t細胞，nk細胞)引起的抗腫瘤免疫應答可能是主動或被動免疫應答，或者可能是由于直接對間接免疫應答。一方面，car轉導的t細胞應答表達cd19的人類癌細胞而表現(xiàn)出特異性促炎細胞因子分泌和有效的溶細胞活性，抵抗可溶性cd19抑制，介導旁觀者殺死并介導已建立的人腫瘤的消退。例如，cd19表達腫瘤的異質(zhì)區(qū)域內(nèi)的少抗原腫瘤細胞可能會對cd19重定向的t細胞的間接破壞敏感，所述cd19重定向的t細胞先前已經(jīng)針對相鄰的抗原陽性癌細胞反應。一方面，本文所述的完全人car修飾的細胞(例如，t細胞，nk細胞)可以是用于哺乳動物中離體免疫和/或體內(nèi)療法的一種疫苗。一方面，哺乳動物是人。關于離體免疫，在將細胞施用于受試者之前，以下至少一種在體外發(fā)生:i)擴增細胞，ii)將編碼car的核酸引入細胞，或iii)冷凍保存細胞。離體程序在本領域中是眾所周知的，并且在下面更全面地討論。簡而言之，用表達本文公開的car的載體從受試者(例如人)分離細胞并進行遺傳修飾(即，在體外轉導或轉染)。car修飾的細胞可以施用于哺乳動物受體以提供治療益處。哺乳動物受體可以是人，并且car修飾的細胞可以相對于受體是自體的?；蛘撸鄬τ谑荏w，細胞可以是同種異體的，同基因的或異種的。血液癌癥血液癌癥狀況是影響血液，骨髓和淋巴系統(tǒng)的癌癥類型，如白血病和惡性淋巴組織增生癥。白血病可分為急性白血病和慢性白血病。急性白血病可進一步分為急性骨髓性白血病(aml)和急性淋巴細胞白血病(all)。慢性白血病包括慢性骨髓性白血病(cml)和慢性淋巴細胞白血病(cll)。其他相關病癥包括骨髓增生異常綜合征(mds，以前稱為“白血病前期”)，這是通過骨髓細胞無效產(chǎn)生(或發(fā)育異常)和轉化為aml的風險聯(lián)合起來的血液病癥的多樣化集合。淋巴瘤是從淋巴細胞發(fā)育的一組血細胞腫瘤。示例性淋巴瘤包括非霍奇金淋巴瘤和霍奇金淋巴瘤。本公開提供了治療癌癥的組合物和方法。一方面，癌癥是血液癌癥，包括但不限于白血病或淋巴瘤。一方面，本發(fā)明的car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)可用于治療癌癥和惡性腫瘤，例如但不限于例如急性白血病，包括但不限于例如b細胞急性淋巴細胞白血病(“b-all”)，t細胞急性淋巴細胞白血病(“t-all”)，急性淋巴細胞白血病(all)；一種或多種慢性白血病，包括但不限于慢性骨髓性白血病(cml)，慢性淋巴細胞白血病(cll)；額外的血液癌癥或血液病癥，包括但不限于例如b細胞早幼粒細胞白血病，母細胞性漿細胞樣樹突狀細胞瘤，伯基特淋巴瘤，彌漫性大b細胞淋巴瘤，濾泡淋巴瘤，毛細胞白血病，小細胞或大細胞-濾泡淋巴瘤，惡性淋巴細胞增生癥，malt淋巴瘤，套細胞淋巴瘤(mcl)，邊緣區(qū)淋巴瘤，多發(fā)性骨髓瘤，骨髓發(fā)育不良和骨髓增生異常綜合征，非霍奇金淋巴瘤，霍奇金淋巴瘤，漿母細胞淋巴瘤，漿細胞樣樹突狀細胞腫瘤，瓦爾登斯特倫巨球蛋白血癥和“白血病前期”，其是通過骨髓細胞無效產(chǎn)生(或發(fā)育異常)等聯(lián)合起來的血液病癥的多樣化集合。與cd19表達相關的其他疾病包括但不限于例如表達cd19的非典型和/或非經(jīng)典癌癥，惡性腫瘤，癌前病癥或增殖性疾病。本公開還提供了抑制增殖或減少表達cd19的細胞群體的方法，所述方法包括使包含表達cd19的細胞的細胞群與本文所描述的結合cd19表達細胞的cd19car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)接觸。在具體方面，本公開提供了抑制表達cd19的癌細胞的群體增殖或減少所述群體的方法，所述方法包括使表達cd19的癌細胞群體與結合cd19表達細胞的本文所述的cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)接觸。一方面，本公開提供了抑制表達cd19的癌細胞群體的增殖或減少該群體的方法，所述方法包括使表達cd19的癌細胞群體與本文所述的cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)接觸，所述cd19car表達細胞結合cd19表達細胞。在某些方面，相對于陰性對照，抗cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)將在有骨髓性白血病或與cd19表達細胞相關的另一種癌癥的受試者或動物模型中細胞和/或癌細胞的數(shù)量，數(shù)目，量或百分比減少至少25％，至少30％，至少40％，至少50％，至少65％，至少75％，至少85％，至少95％或至少99％。在一個方面，受試者是人。本公開還提供了用于預防，治療和/或控制與cd19表達細胞相關的疾病(例如，表達cd19的血液癌癥或非典型癌癥)的方法，所述方法包括向需要的受試者施用本文所述的car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)，其結合cd19表達細胞。在一個方面，受試者是人。與cd19表達細胞相關的病癥的非限制性實例包括自身免疫性病癥(例如狼瘡)，炎癥性病癥(例如變態(tài)反應和哮喘)和癌癥(例如表達cd19的血液癌癥或非典型癌癥)。本公開還提供了用于預防，治療和/或控制與cd19表達細胞相關的疾病的方法，所述方法包括向需要的受試者施用本文所述的cd19car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)，其結合cd19表達細胞。在一個方面，受試者是人。本公開提供了用于預防與cd19表達細胞相關的癌癥(例如，血液癌癥例如all和cll)復發(fā)的方法，所述方法包括向需要其的受試者施用本文所述的cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)，其結合cd19表達細胞。在一個方面，所述方法包括向需要其的受試者施用有效量的與表達cd19的細胞結合的本文所述的cd19car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)與有效量的另一種療法的組合。組合療法應當理解，如上文和本文所述的任何癌癥療法可以與一種或多種另外的療法組合施用以治療和/或減輕本文所述的癌癥的癥狀。藥物組合物可以與一種或多種其它療法或治療劑同時施用，在其他療法之前或之后施用。在一個實施方案中，本文所述的car表達細胞可以與其它已知的活性劑和療法組合使用。如本文所用，“組合”施用是指在受試者患有病癥的過程中將兩種(或更多種)不同的治療遞送給受試者，例如，在受試者被診斷所述病癥之后和在病癥已經(jīng)治愈或消除或者由于其他原因治療已經(jīng)停止之前，遞送兩種或多種治療。在一些實施方案中，當?shù)诙N治療遞送開始時，一種治療的遞送仍然發(fā)生，從而在給藥方面存在重疊。這在本文中有時被稱為“同時”或“同時遞送”。在其他實施方案中，一種治療的遞送在另一種治療的遞送開始之前結束。在任一情況的一些實施方案中，由于組合施用，治療更有效。例如，第二種治療更有效，例如，用較少的第二種治療看到等同效果，或者與沒有第一種治療的情況下施用第二種治療所看到的或者用第一種治療所看到的類似情況相比，第二種治療可以更大程度地減輕癥狀。在一些實施方案中，遞送使得癥狀或與該病癥相關的其他參數(shù)的減少大于在不存在另一種的情況下遞送的一種治療所觀察到的減少。兩種治療的效果可以是部分相加的，全部相加的或大于相加的。遞送可以使得當遞送第二種治療時仍然可以檢測到遞送的第一種治療的效果。本文所述的car表達細胞和至少一種另外的治療劑可以同時或在相同或分開的組合物中或順序施用。為了順序施用，可以首先施用本文所述的car表達細胞，并且可以其次施用另外的活性劑，或者可以顛倒施用順序。car療法和/或其它治療劑，程序或方式可以在活躍病癥期間或在緩解期或不太活躍的疾病期間施用。car療法可以在其他治療之前，與治療同時，治療后或病癥的緩解期間施用。當組合施用時，可以以比單獨使用的每種活性劑(例如，作為單一療法)的量或劑量更高，更低或相同的量或劑量來施用car療法和另外的活性劑(例如第二或第三活性劑)或全部。在某些實施方案中，car療法，額外的活性劑(例如，第二或第三活性劑)或全部的施用量或劑量低于(例如，至少20％，至少30％，至少40％或至少50％)單獨使用的每種活性劑(例如作為單一療法)的量或劑量。在其它實施方案中，導致希望的效果(例如癌癥治療)的car療法，額外活性劑(例如第二或第三活性劑)或全部的量或劑量低于(例如，低至少20％，至少30％，至少40％，或至少50％)實現(xiàn)相同治療效果所需的單獨使用的每種活性劑(例如作為單一療法)的量或劑量。在另外的方面，本文所述的car表達細胞可以與手術，化學療法，放射，免疫抑制劑如環(huán)孢菌素，硫唑嘌呤，甲氨蝶呤，霉酚酸酯和fk506，抗體或其它免疫燒蝕劑如campath，抗cd3抗體或其他抗體療法，細胞毒素，氟達拉濱，環(huán)孢菌素，fk506，雷帕霉素，霉酚酸，類固醇，fr901228，細胞因子和放射肽疫苗組合用于治療方案，如izumotoetal.2008jneurosurg108:963-971所述。在一個實施方案中，本文所述的car表達細胞可以與化學治療劑組合使用。示例性化學治療劑包括在2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675(其全部內(nèi)容通過引用并入本文)的第873-874段所述的那些以及它們的組合。示例性的烷化劑包括但不限于2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675(其全部內(nèi)容通過引用并入本文)的第875段所述的那些以及它們的組合。示例性的mtor抑制劑包括但不限于rad001，坦羅莫司；雷達羅莫司(ridaforolimus)(正式稱為deferolimus、(1r,2r,4s)-4-[(2r)-2[(1r,9s,12s,15r,16e,18r,19r,21r,23s,24e,26e,28z,30s,32s,35r)-1,18-二羥基-19,30-二甲氧基-15,17,21,23,29,35-六甲基-2,3,10,14,20-五氧代-11,36-二氧雜-4-氮雜三環(huán)[30.3.1.04,9]六(三十烷)-16,24,26,28-四烯-12-基]丙基]-2-甲氧基環(huán)己基二甲基亞膦酸酯，也稱為ap23573和mk8669，且描述在pct公開號wo03/064383中)；依維莫司(或rad001)；雷帕霉素(ay22989,)；simapimod(cas164301-51-3)；emsirolimus，(5-{2,4-雙[(3s)-3-甲基嗎啉-4-基]吡啶并[2,3-d]嘧啶-7-基}-2-甲氧基苯基)甲醇(azd8055)；2-氨基-8-[反式-4-(2-羥基乙氧基)環(huán)己基]-6-(6-甲氧基-3-吡啶基)-4-甲基吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(8h)-酮(pf04691502,cas1013101-36-4)；和n2-[1,4-二氧代-4-[[4-(4-氧代-8-苯基-4h-1-苯并吡喃-2-基)嗎啉鎓-4-基]甲氧基]丁基]-l-精氨?；拾滨；?l-α-天冬氨?；鵯-絲氨酸-(seqidno:91)，內(nèi)鹽(sf1126,cas936487-67-1)，xl765及其組合。示例性免疫調(diào)節(jié)劑包括但不限于2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675(其通過引用整體并入本文)的第882段所述的那些以及它們的組合。示例性的蒽環(huán)類藥物包括但不限于2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675(其通過引用整體并入本文)的第883段所述的那些以及它們的組合。示例性長春花生物堿類包括但不限于2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675(其通過引用整體并入本文)的第884段所述的那些以及它們的組合。示例性的蛋白酶體抑制劑包括但不限于2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675(其通過引用整體并入本文)的第884段所述的那些以及它們的組合。在一些實施方案中，本文所述的car表達細胞與溶瘤病毒組合施用。在實施方案中，溶瘤病毒能夠選擇性地復制并觸發(fā)癌細胞的死亡或減緩癌細胞的生長。在某些情況下，溶瘤病毒對非癌細胞沒有影響或影響最小。溶瘤病毒包括但不限于溶瘤性腺病毒，溶瘤性單純皰疹病毒，溶瘤性逆轉錄病毒，溶瘤性細小病毒，溶瘤性痘苗病毒，溶瘤性辛比斯病毒，溶瘤性流感病毒或溶瘤性rna病毒(例如，溶瘤性呼腸孤病毒，溶瘤性新城疫病毒(ndv)，溶瘤性麻疹病毒或溶瘤性水皰性口炎病毒(vsv))。在一個實施方案中，本文所述的表達car的細胞與減少treg細胞群的分子組合施用于受試者。減少treg細胞的數(shù)量(例如，耗盡)的方法在本領域中是已知的，并且包括，例如，cd25耗盡，環(huán)磷酰胺給藥，調(diào)節(jié)gitr功能。不希望受理論的束縛，但相信在單采血液成分術成分術前或施用所述的car表達細胞前，降低受試者中treg細胞的數(shù)目減少了腫瘤微環(huán)境中不希望的免疫細胞(例如，treg細胞)的數(shù)目并降低了受試者復發(fā)的風險。在一個實施方案中，本文所述的car表達細胞與靶向gitr和/或調(diào)節(jié)gitr功能，諸如gitr激動劑和/或耗盡調(diào)節(jié)性t細胞(tregs)的gitr抗體的分子組合施用于受試者。在實施方案中，表達本文所述的car細胞與環(huán)磷酰胺組合施用于受試者。在一個實施方案中，gitr結合分子和/或調(diào)節(jié)gitr功能的分子(例如，gitr激動劑和/或treg耗盡gitr抗體)在施用car表達細胞之前施用。例如，在一個實施方案中，gitr激動劑可以在細胞的單采血液成分術成分術之前施用。在實施方案中，在施用(例如，輸注或重新輸注)car表達細胞之前或細胞的單采血液成分術成分術之前，將環(huán)磷酰胺施用于受試者。在實施方案中，在施用(例如，輸注或重新輸注)car表達細胞之前或細胞的單采血液成分術成分術之前，將環(huán)磷酰胺和抗gitr抗體施用給受試者。在一個實施方案中，受試者患有癌癥(例如，實體癌或血液癌癥如all或cll)。在一個實施方案中，受試者患有cll。在實施方案中，受試者患有all。在實施方案中，受試者患有實體癌，例如，本文所述的實體癌。示例性的gitr激動劑包括但不限于gitr融合蛋白和抗-gitr抗體(例如，二價抗gitr抗體)，比如例如美國專利號∶6,111,090、歐洲專利號:090505b1、美國專利號:8,586,023、pct公開號∶wo2010/003118和2011/090754中描述的gitr融合蛋白，或例如在美國專利號∶7,025,962、歐洲專利號∶1947183b1、美國專利號:7,812,135、美國專利號:8,388,967、美國專利號:8,591,886、歐洲專利號:ep1866339、pct公開號:wo2011/028683、pct公開號:wo2013/039954、pct公開號:wo2005/007190、pct公開號:wo2007/133822、pct公開號:wo2005/055808、pct公開號:wo99/40196、pct公開號:wo2001/03720、pct公開號:wo99/20758、pct公開號:wo2006/083289、pct公開號:wo2005/115451、美國專利號∶7,618,632和pct公開號:wo2011/051726中所述的抗gitr抗體。在一個實施方案中，將本文所述的car表達細胞，例如cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)(例如ctl019)與gitr激動劑，例如本文所述的gitr激動劑組合施用于受試者，例如被鑒定為部分應答者或非應答者的受試者。在一個實施方案中，在car表達細胞之前施用gitr激動劑。例如，在一個實施方案中，gitr激動劑可以在細胞的單采血液成分術之前施用。在一個實施方案中，受試者患有癌癥(例如，血液癌癥例如all和cll)。在一個實施方案中，受試者患有all。在一個實施方案中，受試者患有cll。在一個實施方案中，將本文所述的car表達細胞，例如cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)(例如ctl019)與mtor抑制劑(例如本文所述的mtor抑制劑)，例如雷帕霉素信號傳導途徑的靶標，例如rad001組合施用于受試者，例如被鑒定為部分應答者或非應答者的受試者。在一個實施方案中，在car表達細胞之前施用mtor抑制劑。例如，在一個實施方案中，mtor抑制劑可以在細胞的單采血液成分術之前施用。在一個實施方案中，受試者患有癌癥(例如，血液癌癥例如all和cll)。在一個實施方案中，受試者患有all。在一個實施方案中，受試者患有cll。激酶抑制劑在一個實施方案中，本文所述的car表達細胞可以與激酶抑制劑例如cdk4抑制劑，btk抑制劑，mnk抑制劑，mtor抑制劑，itk抑制劑等組合用于治療方案中。在一個實施方案，受試者是完全應答者，并且對受試者施用治療方案，其包括將本文所述的car表達細胞與激酶抑制劑(例如本文所述的激酶抑制劑)組合施用，例如以本文所述的劑量或給藥方案施用。在一個實施方案中，受試者是部分應答者或非應答者，并且對受試者施用治療方案，其包括將本文所述的car表達細胞與激酶抑制劑(例如本文所述的激酶抑制劑)組合施用，例如，以本文所述的劑量或給藥方案施用。在一個實施方案中，激酶抑制劑是cdk4抑制劑，例如本文所述的cdk4抑制劑，例如cdk4/6抑制劑，比如例如6-乙?；?8-環(huán)戊基-5-甲基-2-(5-哌嗪-1-基-吡啶-2-基氨基)-8h-吡啶并[2,3-d]嘧啶-7-酮鹽酸鹽(也稱為palbociclib或pd0332991)。在一種實施方式中，激酶抑制劑為btk抑制劑，例如本文所述btk抑制劑，比如例如ibrutinib。在一種實施方式中，激酶抑制劑為mtor抑制劑，例如本文所述mtor抑制劑，比如例如雷帕霉素、雷帕霉素類似物、osi-027。mtor抑制劑可以為例如mtorc1抑制劑和/或mtorc2抑制劑，例如本文所述mtorc1抑制劑和/或mtorc2抑制劑。在一種實施方式中，激酶抑制劑為mnk抑制劑，例如本文所述mnk抑制劑，比如例如4-氨基-5-(4-氟苯氨基)-吡唑并[3,4-d]嘧啶。mnk抑制劑可以為例如mnk1a、mnk1b、mnk2a和/或mnk2b抑制劑。.在一種實施方式中，激酶抑制劑為cdk4抑制劑，選自阿洛新a(aloisinea)；夫拉平度(flavopiridol)或hmr-1275,2-(2-氯苯基)-5,7-二羥基-8-[(3s,4r)-3-羥基-1-甲基4-哌啶基]-4-色酮(chromenone)；crizotinib(pf-02341066；2-(2-氯苯基)-5,7-二羥基-8-[(2r,3s)-2-(羥基甲基)-1-甲基-3-吡咯烷基]-4h-1-苯并吡喃-4-酮鹽酸鹽(p276-00)；1-甲基-5-[[2-[5-(三氟甲基)-1h-咪唑-2-基]-4-吡啶基]氧基]-n-[4-(三氟甲基)苯基]-1h-苯并咪唑-2-胺(raf265)；indisulam(e7070)；roscovitine(cyc202)；palbociclib(pd0332991)；dinaciclib(sch727965)；n-[5-[[(5-叔丁基唑-2-基)甲基]硫代]噻唑-2-基]哌啶-4-甲酰胺(bms387032)；4-[[9-氯-7-(2,6-二氟苯基)-5h-嘧啶并[5,4-d][2]苯并氮雜-2-基]氨基]-苯甲酸(mln8054)；5-[3-(4,6-二氟-1h-苯并咪唑-2-基)-1h-吲唑-5-基]-n-乙基-4-甲基-3-吡啶甲胺(ag-024322)；4-(2,6-二氯苯甲酰氨基)-1h-吡唑-3-羧酸n-(哌啶-4-基)酰胺(at7519)；4-[2-甲基-1-(1-甲基乙基)-1h-咪唑-5-基]-n-[4-(甲基磺?；?苯基]-2-嘧啶胺(azd5438)；和xl281(bms908662)。在一種實施方式中，激酶抑制劑為cdk4抑制劑，例如palbociclib(pd0332991)，并且palbociclib以每日約50mg、60mg、70mg、75mg、80mg、90mg、100mg、105mg、110mg、115mg、120mg、125mg、130mg、135mg(例如，75mg、100mg或125mg)的劑量施用一段時間，例如28天周期的第14-21天每日施用，或21天周期的第7-12天每日施用。在一種實施方式中，施用1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12個或更多個周期的palbociclib。在一個實施方案中，激酶抑制劑是選自ibrutinib(pci-32765)；gdc-0834；rn-486；cgi-560；cgi-1764；hm-71224；cc-292；ono-4059；cnx-774；和lfm-a13的btk抑制劑。在一個實施方案中，激酶抑制劑是btk抑制劑，例如ibrutinib(pci-32765),ibrutinib以每天約250mg，300mg，350mg，400mg，420mg，440mg，460mg，480mg，500mg，520mg，540mg，560mg，580mg，600mg(例如，250mg，420mg或560mg)的劑量施用一段時間，例如21天周期每日施用，或例如28天周期每日施用。在一個實施方案中，施用1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12或更多個周期的ibrutinib。在一種實施方式中，激酶抑制劑為mtor抑制劑，選自坦羅莫司；雷達羅莫司(1r,2r,4s)-4-[(2r)-2[(1r,9s,12s,15r,16e,18r,19r,21r,23s,24e,26e,28z,30s,32s,35r)-1,18-二羥基-19,30-二甲氧基-15,17,21,23,29,35-六甲基-2,3,10,14,20-五氧代-11,36-二氧雜-4-氮雜三環(huán)[30.3.1.04,9]三十六碳-16,24,26,28-四烯-12-基]丙基]-2-甲氧基環(huán)己基二甲基亞膦酸酯，也稱為ap23573和mk8669；依維莫司(rad001)；雷帕霉素(ay22989)；simapimod(5-{2,4-雙[(3s)-3-甲基嗎啉-4-基]吡啶并[2,3-d]嘧啶-7-基}-2-甲氧基苯基)甲醇(azd8055)；2-氨基-8-[反式-4-(2-羥基乙氧基)環(huán)己基]-6-(6-甲氧基3-吡啶基)-4-甲基吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(8h)-酮(pf04691502)；和n2-[1,4-二氧代-4-[[4-(4-氧代-8-苯基-4h-1-苯并吡喃-2-基)嗎啉鎓-4-基]甲氧基]丁基]-l-精氨?；拾滨；?l-α-天冬氨?；鵯-絲氨酸，內(nèi)鹽(sf1126)；和xl765。在一種實施方式中，激酶抑制劑為mtor抑制劑，例如雷帕霉素，并且雷帕霉素每日以約3mg、4mg、5mg、6mg、7mg、8mg、9mg、10mg(例如6mg)的劑量施用一段時間，例如21天周期每日施用，或28天周期每日施用。在一個實施方案中，施用了1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12或更多個周期的雷帕霉素。在一個實施方案中，激酶抑制劑是mtor抑制劑，例如依維莫司，并且依維莫司以每天約2mg,2.5mg,3mg,4mg,5mg,6mg,7mg,8mg,9mg,10mg,11mg,12mg,13mg,14mg,15mg(例如10mg)的劑量施用一段時間，例如28天周期每日施用。在一個實施方案中，施用依維莫司,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12或更多個周期。在一種實施方式中，激酶抑制劑為mnk抑制劑，選自cgp052088；4-氨基-3-(對-氟苯基氨基)-吡唑并[3,4-d]嘧啶(cgp57380)；cercosporamide；etc-1780445-2；和4-氨基-5-(4-氟苯氨基)-吡唑并[3,4-d]嘧啶。在本文的方法，用途和組合物的一些實施方案中，btk抑制劑是國際申請wo/2015/079417中描述的btk抑制劑，其全部內(nèi)容通過引用并入本文。例如，在一些實施方案中，btk抑制劑是式(i)的化合物或其藥學上可接受的鹽；其中，r1是氫，任選被羥基取代的c1-c6烷基；r2是氫或鹵素；r3是氫或鹵素；r4是氫；r5是氫或鹵素；或r4和r5彼此連接并代表鍵，-ch2-,-ch2-ch2-,-ch＝ch-,-ch＝ch-ch2-；-ch2-ch＝ch-；或-ch2-ch2-ch2-；r6和r7彼此獨立地表示h，任選被羥基取代的c1-c6烷基，任選被鹵素或羥基取代的c3-c6環(huán)烷基或鹵素；r8,r9,r,r’,r10和r11彼此獨立地代表h或任選被c1-c6烷氧基取代的c1-c6烷基；或r8,r9,r,r’,r10和r11中的任何兩個與它們所結合的碳原子一起可以形成3-6元飽和碳環(huán)；r12是氫或任選被鹵素或c1-c6烷氧基取代的c1-c6烷基；或r12和r8,r9,r,r’,r10或r11中的任何一個與它們所結合的原子一起可以形成4,5,6或7元的氮雜環(huán)，該環(huán)可以任選地被鹵素，氰基，羥基，c1-c6烷基或c1-c6烷氧基取代；n為0或1；和r13是任選被c1-c6烷基，c1-c6烷氧基或n,n-二-c1-c6烷基氨基取代的c2-c6烯基；任選被c1-c6烷基或c1-c6烷氧基取代的c2-c6炔基；或任選被c1-c6烷基取代的c2-c6環(huán)氧烷基(alkenyloxide)。低的免疫增強劑量的mtor抑制劑本文描述的方法可以使用低的免疫增強劑量的mtor抑制劑，例如變構mtor抑制劑，包括諸如rad001的rapalog。施用低的免疫增強劑量的mtor抑制劑(例如，不足以完全抑制免疫系統(tǒng)但足以改善免疫功能的劑量)可以優(yōu)化受試者中免疫效應細胞(例如t細胞或car表達細胞)的性能。用于測量mtor抑制，劑量，治療方案和合適的藥物組合物的方法描述于2014年11月13日提交的美國專利申請?zhí)?005/0140036中，其通過引用并入本文。在一個實施方案中，施用低的免疫增強劑量的mtor抑制劑可導致以下一種或多種:i)pd-1陽性免疫效應細胞數(shù)量的減少；ii)pd-1陰性免疫效應細胞數(shù)量的增加；iii)pd-1陰性免疫效應細胞/pd-1陽性免疫效應細胞的比例的增加；iv)初始t細胞數(shù)量的增加；v)例如在記憶t細胞，例如記憶t細胞前體上一種或多種以下標志的表達的增加:cd62lhigh,cd127high,cd27+,和bcl2；vi)例如在記憶t細胞，例如記憶t細胞前體上klrg1的表達的降低；或vii)記憶t細胞前體，例如具有以下特征的任何一種或組合的細胞的數(shù)量的增加:增加的cd62lhigh，增加的cd127high，增加的cd27+，減少的klrg1和增加的bcl2；并且其中例如與未治療的受試者相比，前述例如，i)，ii)，iii)，iv)，v)，vi)或vii)任何一種例如至少短暫地發(fā)生。在另一個實施方案中，例如與未處理的car表達細胞或未經(jīng)治療的受試者相比，施用低的免疫增強劑量的mtor抑制劑導致例如在培養(yǎng)物或受試者中car表達細胞的增加或延長的增殖。在實施方案中，增加的增殖與car表達細胞數(shù)量的增加相關。在另一個實施方案中，例如與未處理的car表達細胞或未經(jīng)治療的受試者相比，施用低的免疫增強劑量的mtor抑制劑導致例如在培養(yǎng)物或受試者中car表達細胞對癌細胞增加的殺傷。在實施方案中，癌細胞的增加的殺傷與腫瘤體積的減少有關。在一個實施方案中，表達car分子(例如本文所述的car分子)的細胞與低的免疫增強劑量的mtor抑制劑(例如變構mtor抑制劑，例如rad001或催化mtor抑制劑)組合施用。例如，施用低的免疫增強劑量的mtor抑制劑可以在施用本文所述的car表達細胞之前開始，在施用本文所述的car表達細胞之前完成；在施用本文所述的car表達細胞的同時啟動；與本文所述的car表達細胞的施用重疊；或在施用本文所述的car表達細胞后繼續(xù)?；蛘呋蛄硗?，施用低的免疫增強劑量的mtor抑制劑可以優(yōu)化待工程化以表達本文所述的car分子的免疫效應細胞。在這樣的實施方案中，在從受試者收獲被工程化以表達本文所述的car分子的免疫效應細胞例如t細胞或nk細胞之前，開始或完成施用低的免疫增強劑量的mtor抑制劑，例如變構抑制劑，例如rad001或催化抑制劑。在另一個實施方案中，例如，在施用于受試者之前，可以在低的免疫增強劑量的mtor抑制劑的存在下培養(yǎng)待工程化以表達本文所述的car分子的免疫效應細胞，例如t細胞或nk細胞(例如在從受試者收獲之后)，或表達car的免疫效應細胞，例如t細胞或nk細胞。在一個實施方案中，向所述受試者施用低的免疫增強劑量的mtor抑制劑包括例如每周一次，例如以即時釋放劑型施用0.1至20,0.5至10,2.5至7.5,3至6或約5mg的rad001或其生物等同劑量。在一個實施方案中，對受試者施用低的免疫增強劑量的mtor抑制劑包括例如每周一次，例如以持續(xù)釋放劑型施用0.3至60,1.5至30,7.5至22.5,9至18或約15mg的rad001或其生物等同劑量。在一個實施方案中，mtor抑制劑的劑量與以下相關或提供以下:至少5但不超過90％，至少10但不超過90％，至少15但不超過90％，至少20但不超過90％，至少30但不超過90％，至少40但不超過90％，至少50但不超過90％，至少60但不超過90％，至少70但不超過90％，至少5但不超過80％，至少10但不超過80％，至少15但不超過80％，至少20但不超過80，至少30但不超過80％，至少40但不超過80％，至少50但不超過80％，至少60但不超過80％，至少5但不超過70％，至少10但不超過70％，至少15但不超過70％，至少20但不超過70％，至少30但不超過70％，至少40但不超過70％，至少50但不超過70％，至少5但不超過60％，至少10但不超過60％，至少15但不至少60％，至少20％但不超過60％，至少30％但不超過60％，至少40％但不超過60％，至少5％但不超過50％，至少10％超過50％，至少15但不超過50％，至少20但不超過50％，至少30但不超過50％，至少40但不超過50％，至少5不超過40％，至少10但不超過40％，至少15但不超過40％，至少20但不超過40％，至少30但不超過40％，至少35但不超過40％，至少5但不超過30％，至少10但不超過30％，至少15但不超過30％，至少20但不超過30％，至少25但不超過30％的mtor抑制。mtor抑制的程度可以傳達或者對應于p70s6激酶抑制的程度，例如，mtor抑制的程度可以通過p70s6激酶活性的降低水平來確定，通過例如p70s6激酶底物的磷酸化的降低。可以通過多種方法評價mtor抑制水平，例如通過boulay測定法測量p70s6激酶活性，如美國專利申請?zhí)?005/01240036中所述，其通過引用并入本文，或如美國專利7,727,950中所述，其通過引用并入本文；通過蛋白質(zhì)印跡法測定磷酸化s6的水平；或評估pd1陰性免疫效應細胞與pd1陽性免疫效應細胞比例的變化。正如本文中所使用的那樣,術語“mtor抑制劑”是指在細胞中抑制所述的mtor激酶的化合物或配體或其藥學上可接受的鹽。在一種實施方式中，mtor抑制劑是別構抑制劑。別構的mtor抑制劑包括中性的三環(huán)化合物雷帕霉素(西羅莫司)、與雷帕霉素有關的化合物,即與雷帕霉素具有結構和功能相似性的化合物，包括例如,雷帕霉素衍生物、雷帕霉素類似物(也被稱為雷帕系物)和抑制mtor活性的其它大環(huán)內(nèi)酯化合物。在一種實施方式中，mtor抑制劑是催化性抑制劑。已知雷帕霉素是由吸水鏈霉菌生產(chǎn)的大環(huán)內(nèi)酯抗生素，其具有式a中所示的結構。參見，例如,mcalpine,j.b.等人,j.antibiotics(1991)44:688；schreiber,s.l.等人,j.am.chem.soc.(1991)113:7433；u.s.patentno.3,929,992。有許多種為雷帕霉素提出的編號方案。為了避免混亂,當本文中給具體的雷帕霉素類似物命名時,參考雷帕霉素，利用式a的編號方案給出名稱?？捎糜诒景l(fā)明中的雷帕霉素類似物例如是o-取代的類似物，其中雷帕霉素的環(huán)己基環(huán)上的羥基被or1替代，其中r1是羥基烷基、羥基烷氧基烷基、?；被榛虬被榛?；例如rad001,也被稱為依維莫司,如us5,665,772和wo94/09010中描述，將其內(nèi)容并入作為參考。其它合適的雷帕霉素類似物包括在第26-或28-位取代的那些。所述的雷帕霉素類似物可以是前面提到的類似物的差向異構體,特別是在第40,28或26位取代的并且可以任選地進一步被氫化的類似物的差向異構體,例如如us6,015,815、wo95/14023和wo99/15530中描述的那樣，將其內(nèi)容并入作為參考,例如abt578也被稱為zotarolimus或在us7,091,213、wo98/02441和wo01/14387中描述的雷帕霉素類似物，將其內(nèi)容并入作為參考,例如ap23573，也被稱為ridaforolimus。適用于本發(fā)明中的來自us5,665,772的雷帕霉素類似物的例子包括但不限于:40-o-芐基-雷帕霉素,40-o-(4’-羥基甲基)芐基-雷帕霉素,40-o-[4’-(1,2-二羥基乙基)]芐基-雷帕霉素,40-o-烯丙基-雷帕霉素,40-o-[3’-(2,2-二甲基-1,3-二氧戊環(huán)-4(s)-基)-丙-2’-烯-1’-基]-雷帕霉素,(2’e,4’s)-40-o-(4’,5’-二羥基戊-2’-烯-1’-基)-雷帕霉素,40-o-(2-羥基)乙氧基羰基甲基-雷帕霉素,40-o-(2-羥基)乙基-雷帕霉素,40-o-(3-羥基)丙基-雷帕霉素,40-o-(6-羥基)己基-雷帕霉素,40-o-[2-(2-羥基)乙氧基]乙基-雷帕霉素,40-o-[(3s)-2,2-二甲基二氧戊環(huán)-3-基]甲基-雷帕霉素,40-o-[(2s)-2,3-二羥基丙-1-基]-雷帕霉素,40-o-(2-乙酰氧基)乙基-雷帕霉素,40-o-(2-煙酰氧基)乙基-雷帕霉素,40-o-[2-(n-嗎啉代)乙酰氧基]乙基-雷帕霉素,40-o-(2-n-咪唑基乙酰氧基)乙基-雷帕霉素,40-o-[2-(n-甲基-n’-哌嗪基)乙酰氧基]乙基-雷帕霉素,39-o-去甲基-39,40-o,o-亞乙基-雷帕霉素,(26r)-26-二氫-40-o-(2-羥基)乙基-雷帕霉素,40-o-(2-氨基乙基)-雷帕霉素,40-o-(2-乙酰氨基乙基)-雷帕霉素,40-o-(2-煙酰胺基乙基)-雷帕霉素,40-o-(2-(n-甲基-咪唑并-2’-基乙氧甲酰氨基)乙基)-雷帕霉素,40-o-(2-乙氧基羰基氨基乙基)-雷帕霉素,40-o-(2-甲苯磺酰氨基乙基)-雷帕霉素和40-o-[2-(4’,5’-二乙氧羰基-1’,2’,3’-三唑-1’-基)-乙基]-雷帕霉素?？捎糜诒景l(fā)明中的其它雷帕霉素類似物是其中雷帕霉素的環(huán)己基環(huán)上的羥基和/或在第28位的羥基被羥基酯基替代的類似物,例如,在usre44,768中發(fā)現(xiàn)的雷帕霉素類似物,例如坦羅莫司?？捎糜诒景l(fā)明中的其它雷帕霉素類似物包括其中在第16位的甲氧基被另一個取代基替代的那些,優(yōu)選地(任選地羥基取代的)炔基氧基,芐基,正甲氧基芐基或氯代芐基和/或其中在第39位的甲氧基與所述的第39位的碳一起被缺失，使得雷帕霉素的環(huán)己基環(huán)變成缺少所述的第39位的甲氧基的環(huán)戊基環(huán)的那些；例如如wo95/16691和wo96/41807中描述的那樣，將其內(nèi)容并入作為參考?？梢赃M一步修飾所述的類似物，使得雷帕霉素第40位的羥基被烷基化和/或所述的第32位的羰基被還原。來自wo95/16691的雷帕霉素類似物包括但不限于:16-去甲氧基-16-(戊-2-炔基)氧基-雷帕霉素,16-去甲氧基-16-(丁-2-炔基)氧基-雷帕霉素,16-去甲氧基-16-(炔丙基)氧基-雷帕霉素,16-去甲氧基-16-(4-羥基-丁-2-炔基)氧基-雷帕霉素,16-去甲氧基-16-芐基氧基-40-o-(2-羥基乙基)-雷帕霉素,16-去甲氧基-16-芐基氧基-雷帕霉素,16-去甲氧基-16-正-甲氧基芐基-雷帕霉素,16-去甲氧基-40-o-(2-甲氧基乙基)-16-戊-2-炔基)氧基-雷帕霉素,39-去甲氧基-40-脫氧-39-甲?；?42-去甲-雷帕霉素,39-去甲氧基-40-脫氧-39-羥基甲基-42-去甲-雷帕霉素,39-去甲氧基-40-脫氧-39-羧基-42-去甲-雷帕霉素,39-去甲氧基-40-脫氧-39-(4-甲基-哌嗪-1-基)羰基-42-去甲-雷帕霉素,39-去甲氧基-40-脫氧-39-(嗎啉-4-基)羰基-42-去甲-雷帕霉素,39-去甲氧基-40-脫氧-39-[n-甲基,n-(2-吡啶-2-基-乙基)]氨基甲酰基-42-去甲-雷帕霉素和39-去甲氧基-40-脫氧-39-(對-甲苯磺酰基亞肼基甲基)-42-去甲-雷帕霉素。來自wo96/41807的雷帕霉素類似物包括但不限于:32-脫氧-雷帕霉素,16-o-戊-2-炔基-32-脫氧-雷帕霉素,16-o-戊-2-炔基-32-脫氧-40-o-(2-羥基-乙基)-雷帕霉素,16-o-戊-2-炔基-32-(s)-二氫-40-o-(2-羥基乙基)-雷帕霉素,32(s)-二氫-40-o-(2-甲氧基)乙基-雷帕霉素和32(s)-二氫-40-o-(2-羥基乙基)-雷帕霉素。另一種合適的雷帕霉素類似物是如us2005/0101624中描述的umirolimus，將該文獻并入本文作為參考。rad001,另外被稱為依維莫司具有化學名稱(1r,9s,12s,15r,16e,18r,19r,21r,23s,24e,26e,28e,30s,32s,35r)-1,18-二羥基-12-{(1r)-2-[(1s,3r,4r)-4-(2-羥基乙氧基)-3-甲氧基環(huán)己基]-1-甲基乙基}-19,30-二甲氧基-15,17,21,23,29,35-六甲基-11,36-二氧雜-4-氮雜-三環(huán)[30.3.1.04,9]三十六烷-16,24,26,28-四烯-2,3,10,14,20-五酮。別構的mtor抑制劑的另外的例子包括西羅莫司(雷帕霉素,ay-22989),40-[3-羥基-2-(羥基甲基)-2-甲基丙酸酯]-雷帕霉素(也被稱為坦羅莫司或cci-779)和ridaforolimus(ap-23573/mk-8669)。其它別構的mtor抑制劑的例子包括zotarolimus(abt578)和umirolimus。備選地或此外,已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了催化性的、atp-競爭性的mtor抑制劑直接靶向所述的mtor激酶結構域并且靶向mtorc1和mtorc2兩者。這些也是比諸如雷帕霉素的別構的mtor抑制劑更加有效的mtorc1的抑制劑,因為它們調(diào)控雷帕霉素抗性的mtorc1輸出，例如4ebp1-t37/46磷酸化和帽依賴性翻譯。催化性抑制劑包括:bez235或2-甲基-2-[4-(3-甲基-2-氧代-8-喹啉-3-基-2,3-二氫-咪唑并[4,5-c]喹啉-1-基)-苯基]-丙腈,或單甲苯磺酸鹽形式。bez235的合成被描述在wo2006/122806中；ccg168(另外被稱為azd-8055,chresta,c.m.等人,cancerres,2010,70(1),288-298)，它具有化學名稱{5-[2,4-雙-((s)-3-甲基-嗎啉-4-基)-吡啶并[2,3d]嘧啶-7-基]-2-甲氧基-苯基}-甲醇；3-[2,4-雙[(3s)-3-甲基嗎啉-4-基]吡啶并[2,3-d]嘧啶-7-基]-n-甲基苯甲酰胺(wo09104019)；3-(2-氨基苯并[d]噁唑-5-基)-1-異丙基-1h-吡唑并[3,4-d]嘧啶-4-胺(wo10051043和wo2013023184)；n-(3-(n-(3-((3,5-二甲氧基苯基)氨基)喹喔啉-2-基)氨磺?；?苯基)-3-甲氧基-4-甲基苯甲酰胺(wo07044729和wo12006552)；pki-587(venkatesan,a.m.,j.med.chem.,2010,53,2636-2645)，它具有化學名稱1-[4-[4-(二甲基氨基)哌啶-1-羰基]苯基]-3-[4-(4,6-二嗎啉代-1,3,5-三嗪-2-基)苯基]脲；gsk-2126458(acsmed.chem.lett.,2010,1,39-43)，它具有化學名稱2,4-二氟-n-{2-甲氧基-5-[4-(4-噠嗪基)-6-喹啉基]-3-吡啶基}苯磺酰胺；5-(9-異丙基-8-甲基-2-嗎啉代-9h-嘌呤-6-基)嘧啶-2-胺(wo10114484)；(e)-n-(8-(6-氨基-5-(三氟甲基)吡啶-3-基)-1-(6-(2-氰基丙烷-2-基)吡啶-3-基)-3-甲基-1h-咪唑并[4,5-c]喹啉-2(3h)-亞基)氰胺(wo12007926)。催化性的mtor抑制劑的進一步例子包括8-(6-甲氧基-吡啶-3-基)-3-甲基-1-(4-哌嗪-1-基-3-三氟甲基-苯基)-1,3-二氫-咪唑并[4,5-c]喹啉-2-酮(wo2006/122806)和ku-0063794(garcia-martinezjm等人,biochemj.,2009,421(1),29-42。ku-0063794是哺乳動物雷帕霉素靶(mtor)的特異性的抑制劑)。wye-354是催化性的mtor抑制劑的另一個例子(yuk等人(2009).biochemical,cellular,andinvivoactivityofnovelatp-competitiveandselectiveinhibitorsofthemammaliantargetofrapamycin.cancerres.69(15):6232-6240)。根據(jù)本發(fā)明，有用的mtor抑制劑還包括前述任何一種的前藥、衍生物、藥學上可接受的鹽或其類似物。可以基于本領域中成熟的方法,基于本文中描述的特定劑量,配制mtor抑制劑,例如rad001用于遞送。特別地，美國專利6,004,973(并入本文作為參考)提供了可以與本文中描述的mtor抑制劑一起使用的制劑的例子。抑制分子抑制劑/檢查點抑制劑在一個實施方案中，可以對受試者施用增強car表達細胞活性的活性劑。例如，在一個實施方案中，活性劑可以是抑制檢查點分子的活性劑。在一些實施方案中，檢查點分子，例如程序性死亡1(pd1)可以降低car表達細胞裝載免疫效應應答的能力。抑制性分子例如檢查點分子的實例包括pd1,pd-l1,pd-l2,ctla4,tim3,ceacam(e.g.,ceacam-1,ceacam-3和/或ceacam-5),lag3,vista,btla,tigit,lair1,cd160,2b4,cd80,cd86,b7-h3(cd276),b7-h4(vtcn1),hvem(tnfrsf14或cd270),kir,a2ar,i類mhc，ii類mhc，gal9，腺苷和tgfr(例如，tgfrβ)。在實施方案中，本文所述的car表達細胞包含開關共刺激受體，例如wo2013/019615中所述，其通過引用整體并入本文。本文描述的方法可以包括car表達細胞與檢查點抑制劑組合施用。在一個實施方案中，受試者是完全應答者。在另一個實施方案中，受試者是部分應答者或非應答者，并且例如在一些實施方案中，檢查點抑制劑在car表達細胞之前施用，例如在施用car表達細胞前兩周，12天，10天，8天，一周，6天，5天，4天，3天，2天或1天前施用。在一些實施方案中，檢查點抑制劑與car表達細胞同時施用。檢查點分子的抑制，例如通過在dna，rna或蛋白質(zhì)水平的抑制，可以優(yōu)化car表達細胞性能。在實施方案中，抑制性核酸，例如如本文所述的抑制性核酸，例如dsrna，例如sirna或shrna，聚簇的規(guī)則間隔的短回文重復序列(crispr)，轉錄激活子樣效應子核酸酶(talen)或鋅指內(nèi)切核酸酶(zfn)可以用來抑制car表達細胞中檢查點分子的表達。在一個實施方案中，抑制劑是shrna。在一個實施方案中，檢查點分子在car表達細胞內(nèi)被抑制。在這些實施方案中，抑制檢查點分子表達的dsrna分子與編碼car的組分(例如所有組分)的核酸連接。在一個實施方案中，抑制信號的抑制劑可以是例如結合檢查點分子的抗體或抗體片段。例如，該活性劑可以是結合pd1，pd-l1，pd-l2或ctla4的抗體或抗體片段(例如，伊匹木單抗(也稱為mdx-010和mdx-101)，并以上市；bristol-myerssquibb)；tremelimumab(可得自pfizer的igg2單克隆抗體，以前稱為ticilimumab，cp-675,206)。在一個實施方案中，該活性劑是與tim3結合的抗體或抗體片段。在一個實施方案中，該活性劑是結合lag3的抗體或抗體片段。在一個實施方案中，該活性劑是與ceacam結合的抗體或抗體片段。pd1是cd28受體家族的抑制成員，該家族還包括cd28，ctla-4，icos和btla。pd1在活化的b細胞，t細胞和髓系細胞上表達(agataetal.1996int.immunol8:765-75)。已經(jīng)顯示pd1，pd-l1和pd-l2的兩個配體在與pd1結合時下調(diào)t細胞活化(freemaneta.2000jexpmed192:1027-34；latchmanetal.2001natimmunol2:261-8；carteretal.2002eurjimmunol32:634-43)。pd-l1在人類癌癥中是豐富的(dongetal.2003jmolmed81:281-7；blanketal.2005cancerimmunol.immunother.54:307-314；konishietal.2004clincancerres10:5094)。通過抑制pd1與pd-l1的局部相互作用可以逆轉免疫抑制。pd1，pd-l1和pd-l2的抗體，抗體片段和其他抑制劑在本領域是可獲得的，并且可以與本文所述的car,例如本文所述的cd19car組合使用。例如，nivolumab(也稱為bms-936558或mdx1106；bristol-myerssquibb)是完全人igg4單克隆抗體，其特異性阻斷pd1。在us8,008,449和wo2006/121168中公開了nivolumab(克隆5c4)和與pd1特異性結合的其它人單克隆抗體。pidilizumab(ct-011；curetech)是結合pd1的人源化igg1k單克隆抗體。pidilizumab和其他人源化抗pd1單克隆抗體公開在wo2009/101611中。蘭布魯珠單抗(lambrolizumab)(也稱為mk03475；默克)是與pd1結合的人源化igg4單克隆抗體。蘭布魯珠單抗和其他人源化抗pd1抗體公開在us8,354,509和wo2009/114335中。mdpl3280a(genentech/roche)是與pd-l1結合的人fc優(yōu)化的igg1單克隆抗體。mdpl3280a和pd-l1的其它人單克隆抗體公開在美國專利號7,943,743和美國公開號20120039906中。其它抗pd-l1結合劑包括yw243.55.s70(重鏈和輕鏈可變區(qū)顯示在wo2010/077634中的seqidno20和21)和mdx-1105(也稱為bms-936559，以及例如wo2007/005874中公開的抗pd-l1結合劑)。amp-224(b7-dcig；amplimmune；例如wo2010/027827和wo2011/066342中公開的)是阻斷pd1和b7-h1之間的相互作用的pd-l2fc融合可溶性受體。其它抗pd1抗體包括amp514(amplimmune)等，例如us8,609,089,us2010028330,和/或us20120114649中公開的抗pd1抗體。在一個實施方案中，抗pd-1抗體或其片段是標題為“antibodymoleculestopd-1andusesthereof”的us2015/0210769(其全部內(nèi)容通過引用并入本文)中所述的抗pd-1抗體分子。在一個實施方案中，抗pd-1抗體分子包含來自選自以下任何一種的抗體的重鏈和輕鏈可變區(qū)的至少一個，二個，三個，四個，五個或六個cdr(或統(tǒng)稱為所有cdr):bap049-hum01,bap049-hum02,bap049-hum03,bap049-hum04,bap049-hum05,bap049-hum06,bap049-hum07,bap049-hum08,bap049-hum09,bap049-hum10,bap049-hum11,bap049-hum12,bap049-hum13,bap049-hum14,bap049-hum15,bap049-hum16,bap049-clone-a,bap049-clone-b,bap049-clone-c,bap049-clone-d,或bap049-clone-e；或如us2015/0210769的表1所述，或由表1中的核苷酸序列編碼，或與任一前述序列基本相同的序列(例如，至少80％,85％,90％,92％,95％,97％,98％,99％或以上的同一性)；或密切相關的cdr,例如相同或具有至少一個氨基酸改變但不超過兩個，三個或四個改變(例如，取代，缺失或插入，例如保守取代)的cdr。在另一個實施方案中，抗pd-1抗體分子包含來自本文所述抗體的至少一個，兩個，三個或四個可變區(qū)，例如選自bap049-hum01,bap049-hum02,bap049-hum03,bap049-hum04,bap049-hum05,bap049-hum06,bap049-hum07,bap049-hum08,bap049-hum09,bap049-hum10,bap049-hum11,bap049-hum12,bap049-hum13,bap049-hum14,bap049-hum15,bap049-hum16,bap049-clone-a,bap049-clone-b,bap049-clone-c,bap049-clone-d,或bap049-clone-e任一個的抗體；或如us2015/0210769的表1所述，或由表1中的核苷酸序列編碼；或與任一前述序列基本相同(例如，至少80％,85％,90％,92％,95％,97％,98％,99％或更高同一性)的序列。tim3(t細胞免疫球蛋白-3)也負調(diào)節(jié)t細胞功能，特別是在分泌ifn-g的cd4+t輔助1細胞和cd8+t細胞毒性1細胞中，并在t細胞消耗中發(fā)揮關鍵作用。抑制tim3與其配體如galectin-9(gal9)，磷脂酰絲氨酸(ps)和hmgb1之間的相互作用可增加免疫應答。tim3及其配體的抗體，抗體片段和其他抑制劑在本領域是可獲得的，并且可以與本文所述的cd19car組合使用。例如，靶向tim3的抗體，抗體片段，小分子或肽抑制劑結合tim3的igv結構域以抑制與其配體的相互作用。抑制tim3的抗體和肽公開在wo2013/006490和us20100247521中。其他抗tim3抗體包括rmt3-23的人源化形式(公開于ngiowetal.,2011,cancerres,71:3540-3551)和克隆8b.2c12(公開于monneyetal.,2002,nature,415:536-541)。在us20130156774中公開了抑制tim3和pd-1的雙特異性抗體。在一個實施方案中，抗tim3抗體或其片段是標題為“antibodymoleculestotim3andusesthereof,”的美國專利2015/0218274(其全部內(nèi)容通過引用并入本文)中所述的抗tim3抗體分子。在一個實施方案中，抗tim3抗體分子包括來自抗體的重鏈和輕鏈可變區(qū)的至少一個，二個，三個，四個，五個或六個cdr(或統(tǒng)稱為所有cdr)，所述抗體選自abtim3,abtim3-hum01,abtim3-hum02,abtim3-hum03,abtim3-hum04,abtim3-hum05,abtim3-hum06,abtim3-hum07,abtim3-hum08,abtim3-hum09,abtim3-hum10,abtim3-hum11,abtim3-hum12,abtim3-hum13,abtim3-hum14,abtim3-hum15,abtim3-hum16,abtim3-hum17,abtim3-hum18,abtim3-hum19,abtim3-hum20,abtim3-hum21,abtim3-hum22,abtim3-hum23的任一個；或如us2015/0218274的表1-4所述；或由表1-4中的核苷酸序列編碼；或與任何前述序列基本相同(例如至少80％,85％,90％,92％,95％,97％,98％,99％或更高同一性)的序列或密切相關的cdr,例如，相同或具有至少一個氨基酸改變但不超過兩個，三個或四個改變(例如，取代，缺失或插入，例如保守取代)的cdr。在另一個實施方案中，抗tim3抗體分子包含來自本文所述抗體的至少一個，兩個，三個或四個可變區(qū)，所述抗體例如選自abtim3,abtim3-hum01,abtim3-hum02,abtim3-hum03,abtim3-hum04,abtim3-hum05,abtim3-hum06,abtim3-hum07,abtim3-hum08,abtim3-hum09,abtim3-hum10,abtim3-hum11,abtim3-hum12,abtim3-hum13,abtim3-hum14,abtim3-hum15,abtim3-hum16,abtim3-hum17,abtim3-hum18,abtim3-hum19,abtim3-hum20,abtim3-hum21,abtim3-hum22,abtim3-hum23的任一個；或如us2015/0218274的表1-4所述；或由表1-4中的核苷酸序列編碼；或與前述任何序列基本相同(例如，至少80％,85％,90％,92％,95％,97％,98％,99％或更高同一性)的序列。在其它實施方案中，增強car表達細胞活性的活性劑是ceacam抑制劑(例如ceacam-1，ceacam-3和/或ceacam-5抑制劑)。在一個實施方案中，ceacam的抑制劑是抗ceacam抗體分子。示例性的抗ceacam-1抗體描述于wo2010/125571,wo2013/082366,wo2014/059251和wo2014/022332中，例如單克隆抗體34b1,26h7和5f4；或其重組形式，如例如us2004/0047858，us7,132,255和wo99/052552中所述。在其它實施方案中，抗ceacam抗體結合ceacam-5，如例如zhengetal.plosone.2010sep2；5(9).pii:e12529(doi:10:1371/journal.pone.0021146)所述，或與例如wo2013/054331和us2014/0271618中所述的ceacam-1和ceacam-5交叉反應。不希望被理論束縛，認為癌胚抗原細胞粘附分子(ceacam)如ceacam-1和ceacam-5至少部分地介導抗腫瘤免疫應答的抑制(參見例如，markeletal.jimmunol.2002mar15；168(6):2803-10；markeletal.jimmunol.2006nov1；177(9):6062-71；markeletal.immunology.2009feb；126(2):186-200；markeletal.cancerimmunolimmunother.2010feb；59(2):215-30；ortenbergetal.molcancerther.2012jun；11(6):1300-10；sternetal.jimmunol.2005jun1；174(11):6692-701；zhengetal.plosone.2010sep2；5(9).pii:e12529)。例如，ceacam-1已經(jīng)被描述為tim-3的異嗜性配體，并且在tim-3介導的t細胞耐受和消耗中起作用(參見例如wo2014/022332；huang,etal.(2014)naturedoi:10.1038/nature13848)。在實施方案中，已經(jīng)顯示了ceacam-1和tim-3的共阻斷增強異種移植結腸直腸癌模型中的抗腫瘤免疫應答(參見例如wo2014/022332；huang,etal.(2014),supra)。在其它實施方案中，ceacam-1和pd-1的共同阻斷降低了t細胞耐受性，例如在wo2014/059251中所述。因此，ceacam抑制劑可以與本文所述的其它免疫調(diào)節(jié)劑(例如抗pd-1和/或抗tim-3抑制劑)一起使用以增強針對癌癥(例如黑素瘤，肺癌(例如，nsclc)，膀胱癌，結腸癌，卵巢癌和本文所述的其它癌癥)的免疫應答。lag3(淋巴細胞激活基因-3或cd223)是在活化的t細胞和b細胞上表達的細胞表面分子，其已被證明在cd8+t細胞耗盡中起作用。lag3及其配體的抗體，抗體片段和其他抑制劑在本領域是可獲得的，并且可以與本文所述的cd19car組合使用。例如，bms-986016(bristol-myerssquib)是靶向lag3的單克隆抗體。imp701(immutep)是拮抗劑lag3抗體，imp731(immutep和glaxosmithkline)是耗竭性lag3抗體。其他lag3抑制劑包括imp321(immutep)，其是lag3的可溶性部分和與ii類mhc分子結合并激活抗原呈遞細胞(apc)的ig的重組融合蛋白。例如在wo2010/019570中公開了其它抗體。在一些實施方案中，增強car表達細胞活性的活性劑可以是例如包含第一結構域和第二結構域的融合蛋白，其中第一結構域是檢查點分子或其片段，第二結構域是與陽性信號相關的多肽，例如包含如本文所述的細胞內(nèi)信號傳導結構域的多肽(本文也稱為抑制性car或icar)。在一些實施方案中，與陽性信號相關的多肽可以包括cd28，cd27，icos的共刺激結構域，例如cd28，cd27和/或icos的細胞內(nèi)信號傳導結構域和/或例如，本文所述cd3ζ的一級信號傳導結構域。在一個實施方案中，融合蛋白由表達car的相同細胞表達。在另一個實施方案中，融合蛋白由不表達car,例如cd19car的細胞，例如t細胞表達。在一個實施方案中，檢查點分子，例如本文所述的檢查點分子的細胞外結構域(ecd)，例如編程性死亡1(pd1)，可以融合到本文所述的跨膜結構域和細胞內(nèi)信號傳導結構域，例如，包含共刺激信號傳導結構域，例如41bb,ox40，cd28，cd27和/或例如cd3ζ的一級信號傳導結構域的細胞內(nèi)信號傳導結構域。在一個實施方案中，抑制性car,例如pd1car可以與另一car,例如cd19car(例如，cd19rcar)組合使用。在一個實施方案中，pd1rcar(或pd1car)改善了t細胞的持續(xù)性。抑制分子的實例包括pd1,pd-l1,pd-l2,ctla4,tim3,ceacam(例如，ceacam-1,ceacam-3和/或ceacam-5),lag3,vista,btla,tigit,lair1,cd160,2b4,cd80,cd86,b7-h3(cd276),b7-h4(vtcn1),hvem(tnfrsf14或cd270),kir,a2ar,i類mhc，ii類mhc，gal9，腺苷和tgfr(例如tgfrβ)。在一個實施方案中，抑制性分子car包含第一多肽(例如抑制性分子如pd1,pd-l1,pd-l2,ctla4,tim3,ceacam(例如ceacam-1，ceacam-3和/或ceacam-5)，lag3,vista,btla,tigit,lair1,cd160,2b4,cd80,cd86,b7-h3(cd276),b7-h4(vtcn1),hvem(tnfrsf14或cd270)，kir,a2ar,i類mhc，ii類mhc，gal9，腺苷和tgfr(例如，tgfrβ)或這些任何一種的片段(例如，這些任何一種的至少一部分細胞外結構域)，以及第二多肽(其是本文所述的細胞內(nèi)信號傳導結構域(例如，包含共刺激結構域(例如，41bb，cd27或cd28，例如本文所述)和/或一級信號傳導結構域(例如本文所述的cd3ζ信號傳導結構域))。在一個實施方案中，抑制性分子car包含融合到跨膜結構域的pd1的細胞外結構域(ecd)和細胞內(nèi)信號傳導結構域如41bb和cd3ζ(本文也稱為pd1car)。在一個實施方案中，pd1car改善了細胞car表達細胞的持久性。在一個實施方案中，pd1car包含seqidno:44所示的pd1的細胞外結構域。在一個實施方案中，pd1car包含seqidno:40的氨基酸序列。在一個實施方案中，pd1car包含作為seqidno:41提供的氨基酸序列。在一個實施方案中，pd1car,例如本文所述的pd1car由以seqidno:42提供的核酸序列，或至少包含編碼pd1細胞外結構域的核酸序列(以seqidno:101提供)編碼。在實施方案中，抑制性細胞外結構域與天然存在的人抑制分子，例如本文公開的天然存在的人類主要刺激分子具有至少70,75,80,85,90,95,96,97,98,或99％的同一性，或與所述天然存在的人抑制分子的相應殘基相差不超過30,25,20,15,10,5,4,3,2,或1個氨基酸殘基。在一個實施方案中，編碼抑制調(diào)節(jié)或調(diào)整例如抑制t細胞功能的分子表達的dsrna分子的核酸分子有效連接到啟動子，例如h1-或u6衍生的啟動子，使得抑制調(diào)節(jié)或調(diào)整例如抑制t細胞功能的分子表達的dsrna分子被表達，例如在表達car的細胞內(nèi)表達。參見例如tiscorniag.,“developmentoflentiviralvectorsexpressingsirna,”chapter3,ingenetransfer:deliveryandexpressionofdnaandrna(eds.friedmannandrossi).coldspringharborlaboratorypress,coldspringharbor,ny,usa,2007；brummelkamptr,etal.(2002)science296:550–553；miyagishim,etal.(2002)nat.biotechnol.19:497–500。在一個實施方案中，編碼抑制調(diào)節(jié)或調(diào)整，例如抑制t細胞功能的分子表達的dsrna分子的核酸分子存在于相同的載體上，例如包含編碼car的組件，例如所有組件的核酸分子的慢病毒載體上。在這樣的實施方案中，編碼抑制調(diào)節(jié)或調(diào)整，例如抑制t細胞功能的分子表達的dsrna分子的核酸分子位于載體上，例如慢病毒載體上，編碼car的組件，例如所有組件的核酸的5’-或3’。編碼抑制調(diào)節(jié)或調(diào)整，例如抑制t細胞功能的分子表達的dsrna分子的核酸分子可以以與編碼car的組件，例如所有組件的核酸相同或不同的方向轉錄。在一個實施方案中，編碼抑制調(diào)節(jié)或調(diào)整，例如抑制t細胞功能的分子表達的dsrna分子的核酸分子存在于除包含編碼car的組件，例如所有組件的核酸分子的載體之外的載體上。在一個實施方案中，編碼抑制調(diào)節(jié)或調(diào)整，例如抑制t細胞功能的分子表達的dsrna分子的核酸分子在表達car的細胞內(nèi)瞬時表達。在一個實施方案中，編碼抑制調(diào)節(jié)或調(diào)整，例如抑制t細胞功能的分子表達的dsrna分子的核酸分子穩(wěn)定地整合到car表達細胞的基因組中。在一個實施方案中，調(diào)節(jié)或調(diào)整例如抑制t細胞功能的分子是pd-1。在實施方案中，增強car表達細胞(例如抑制性分子的抑制劑)的活性的活性劑與同種異體car,例如本文所述的同種異體car(例如，在本文的同種異體car部分中描述)組合施用。自然殺傷細胞受體(nkr)car在一個實施方案中，本文所述的car分子包含自然殺傷細胞受體(nkr)的一種或多種組分，從而形成nkr-car。nkr組分可以是來自以下任何自然殺傷細胞受體的跨膜結構域，鉸鏈結構域或細胞質(zhì)結構域:殺傷細胞免疫球蛋白樣受體(kir)，例如kir2dl1,kir2dl2/l3,kir2dl4,kir2dl5a,kir2dl5b,kir2ds1,kir2ds2,kir2ds3,kir2ds4,dir2ds5,kir3dl1/s1,kir3dl2,kir3dl3,kir2dp1,和kir3dp1；自然細胞毒性受體(ncr)，例如nkp30，nkp44，nkp46；免疫細胞受體的信號傳導淋巴細胞活化分子(slam)家族，例如cd48,cd229,2b4,cd84,ntb-a,cracc,blame,和cd2f-10；fc受體(fcr)，例如cd16和cd64；和ly49受體，例如ly49a，ly49c。本文所述的nkr-car分子可與銜接子分子或細胞內(nèi)信號傳導結構域，例如dap12相互作用。包含nkr組分的car分子的示例性構型和序列描述在國際公開號wo2014/145252中，其內(nèi)容通過引用并入本文。分裂car在一些實施方案中，car表達細胞使用分裂car。分裂car方法在出版物wo2014/055442和wo2014/055657中有更詳細的描述，其通過引用并入本文。簡而言之，分裂car系統(tǒng)包括表達具有第一抗原結合結構域和共刺激結構域(例如41bb)的第一car的細胞，并且該細胞還表達具有第二抗原結合結構域和胞內(nèi)信號傳導結構域(例如，cd3ζ)的第二car。當細胞遇到第一抗原時，共刺激結構域被激活，并且細胞增殖。當細胞遇到第二抗原時，胞內(nèi)信號傳導結構域被激活，細胞殺傷活性開始。因此，car表達細胞僅在兩種抗原存在下完全活化。調(diào)節(jié)嵌合抗原受體的策略有多種方式可以調(diào)節(jié)car活性。在一些實施方案中，其中可以控制car活性的可調(diào)節(jié)car(rcar)是期望的，以優(yōu)化car療法的安全性和功效。有多種方式可以調(diào)節(jié)car活性。例如，使用例如融合到二聚化結構域的胱天蛋白酶的可誘導性凋亡(見例如，distasaetal.,nengl.j.med.2011nov.3；365(18):1673-1683)，可以在本發(fā)明的car療法中用作安全開關。在一個實施方案中，表達本發(fā)明的car的細胞(例如，t細胞或nk細胞)還包含可誘導的凋亡開關，其中人胱天蛋白酶(例如胱天蛋白酶9)或修飾形式融合到人類fkb蛋白的修飾形式，其允許條件二聚化。在小分子如rapalog(例如ap1903，ap20187)的存在下，可誘導的胱天蛋白酶(例如胱天蛋白酶9)被激活并導致表達本發(fā)明的car的細胞(例如，t細胞或nk細胞)的快速凋亡和死亡?；陔滋斓鞍酌傅目烧T導凋亡開關(或這種開關的一個或多個方面)的實例已經(jīng)在例如us2004040047；us20110286980；us20140255360；wo1997031899；wo2014151960；wo2014164348；wo2014197638；wo2014197638中進行了描述；所有這些文獻都通過引用并入本文。在另一個實例中，car表達細胞還可以表達誘導型胱天蛋白酶-9(icaspase-9)分子，其在施用二聚體藥物(例如，rimiducid(也稱為ap1903(bellicumpharmaceuticals)或ap20187(ariad))時導致胱天蛋白酶-9的激活和細胞凋亡。icaspase-9分子含有在cid存在下介導二聚化的二聚化(cid)結合結構域的化學誘導劑。這導致car表達細胞的可誘導和選擇性消耗。在一些情況下，icaspase-9分子由與car編碼載體分開的核酸分子編碼，在一些情況下，icaspase-9分子由與car編碼載體相同的核酸分子編碼。icaspase-9可以提供安全開關，以避免car表達細胞的任何毒性。參見例如songetal.cancergenether.2008；15(10):667-75；clinicaltrialid.no.nct02107963；和distasietal.n.engl.j.med.2011；365:1673-83。用于調(diào)節(jié)本發(fā)明的car療法的備選策略包括利用失活或關閉car活化的小分子或抗體，例如，通過缺失car表達細胞，例如通過誘導抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(adcc)。例如，本文所述的car表達細胞還可以表達由能夠誘導細胞死亡，例如adcc或補體誘導的細胞死亡的分子識別的抗原。例如，本文所述的car表達細胞也可以表達能夠被抗體或抗體片段靶向的受體。這些受體的實例包括epcam，vegfr,整聯(lián)蛋白(例如整聯(lián)蛋白αvβ3，α4，αι3/4β3，α4β7，α5β1，ανβ3，αν)，tnf受體超家族成員(例如trail-r1，trail-r2)，pdgf受體，干擾素受體，葉酸受體，gpnmb,icam-1,hla-dr,cea,ca-125,muc1,tag-72,il-6受體，5t4,gd2,gd3,cd2,cd3,cd4,cd5,cd11,cd11a/lfa-1,cd15,cd18/itgb2,cd19,cd20,cd22,cd23/lge受體，cd25,cd28,cd30,cd33,cd38,cd40,cd41,cd44,cd51,cd52,cd62l,cd74,cd80,cd125,cd147/basigin,cd152/ctla-4,cd154/cd40l,cd195/ccr5,cd319/slamf7,和egfr及其截短形式(例如，保留一個或多個細胞外表位但缺少胞質(zhì)結構域內(nèi)一個或多個區(qū)域的形式)。例如，本文所述的car表達細胞還可以表達截短的表皮生長因子受體(egfr)，其缺少信號傳導能力，但保留由能夠誘導adcc的分子(例如西妥昔單抗)識別的表位，使得施用西妥昔單抗誘導adcc并隨后消耗car表達細胞(參見例如wo2011/056894和jonnalagaddaetal.,genether.2013；20(8)853-860)。另一個策略包括表達高度緊密的標記/自殺基因，該基因將結合利妥昔單抗的本文描述的car表達細胞中的cd32和cd20抗原的靶表位組合，導致car表達細胞的選擇性消耗，例如通過adcc(參見例如philipetal.,blood.2014；124(8)1277-1287)。用于消耗本文所述的car表達細胞的其它方法包括施用campath，其是單克隆抗cd52抗體，該抗體選擇性結合并靶向成熟淋巴細胞例如car表達細胞，例如通過誘導adcc進行破壞。在其它實施方案中，可以使用car配體例如抗獨特型抗體選擇性靶向car表達細胞。在一些實施方案中，抗獨特型抗體可以引起效應細胞活性，例如adcc或adc活性，從而減少car表達細胞的數(shù)量。在其它實施方案中，car配體，例如抗獨特型抗體可以偶聯(lián)至誘導細胞殺傷的試劑，例如毒素，從而減少car表達細胞的數(shù)量。或者，car分子本身可以被配置為使得可以調(diào)節(jié)活性，例如開啟和關閉活性，如下所述。在其它實施方案中，本文所述的car表達細胞還可以表達由t細胞消耗劑識別的靶蛋白。在一個實施方案中，靶蛋白是cd20，t細胞消耗劑是抗cd20抗體，例如利妥昔單抗。在這樣的實施方案中，一旦需要減少或消除car表達細胞，例如減輕car誘導的毒性，則施用t細胞消耗劑。在其它實施方案中，t細胞消耗劑是如本文實施例中所述的抗cd52抗體，例如阿侖珠單抗。在其它實施方案中，rcar包含一組多肽，在最簡單的實施方案中通常為兩個，其中本文所述的標準car的組分，例如抗原結合結構域和胞內(nèi)信號傳導結構域分配在分開的多肽或成員上。在一些實施方案中，該組多肽包括二聚化開關，其在二聚化分子的存在下可將多肽彼此偶聯(lián)，例如可將抗原結合結構域偶聯(lián)至胞內(nèi)信號傳導結構域。在一個實施方案中，本發(fā)明的car利用二聚化開關，如在例如wo2014127261(其通過引用并入本文)中所描述的二聚化開關。本文和例如2015年3月13日提交的國際公開號wo2015/090229(其全部內(nèi)容通過引用并入本文)的第527-551段提供了這種可調(diào)節(jié)car的附加描述和示例性結構。在一些實施方案中，rcar涉及開關結構域，例如fkbp開關結構域，如seqidno：92所示，或包含具有與frb結合能力的fkbp的片段，例如如seqidno：93所示。在一些實施方案中，rcar涉及包含frb序列的開關結構域，例如如seqidno：94所示，或突變型frb序列，例如seqidno：95-100的任一個中所示。car與趨化因子受體的共同表達在實施方案中，本文所述的car表達細胞進一步包含趨化因子受體分子。趨化因子受體ccr2b或cxcr2在t細胞中的轉基因表達增強了對分泌ccl2-或cxcl1的實體瘤(包括黑素瘤和神經(jīng)母細胞瘤)的運輸(craddocketal.,jimmunother.2010oct；33(8):780-8和kershawetal.,humgenether.2002nov1；13(16):1971-80)。因此，不希望受理論束縛，認為在car表達細胞中表達的識別由腫瘤例如實體瘤分泌的趨化因子的趨化因子受體，可以改善car表達細胞歸巢到腫瘤中，促進car表達細胞浸潤到腫瘤，并增強car表達細胞的抗腫瘤功效。趨化因子受體分子可以包含天然存在的或重組的趨化因子受體或其趨化因子結合片段。適于在本文所述的car表達細胞中表達的趨化因子受體分子包括cxc趨化因子受體(例如cxcr1,cxcr2,cxcr3,cxcr4,cxcr5,cxcr6,或cxcr7)，cc趨化因子受體(例如ccr1,ccr2,ccr3,ccr4,ccr5,ccr6,ccr7,ccr8,ccr9,ccr10,或ccr11)，cx3c趨化因子受體(例如cx3cr1)，xc趨化因子受體(例如xcr1)或其趨化因子結合片段。在一個實施方案中，基于腫瘤分泌的趨化因子選擇要用本文所述的car表達的趨化因子受體分子。在一個實施方案中，本文所述的car表達細胞進一步包含，例如表達ccr2b受體或cxcr2受體。在一個實施方案中，本文所述的car和趨化因子受體分子在相同的載體上或在兩個不同的載體上。在本文所述的car和趨化因子受體分子在相同載體上的實施方案中，car和趨化因子受體分子各自由兩種不同的啟動子控制，或者在同一啟動子的控制下。分裂car在一些實施方案中，car表達細胞使用分裂car。分裂car方法在出版物wo2014/055442和wo2014/055657中有更詳細的描述，其通過引用并入本文。簡而言之，分裂car系統(tǒng)包括表達具有第一抗原結合結構域和共刺激結構域(例如41bb)的第一car的細胞，并且該細胞還表達具有第二抗原結合結構域和胞內(nèi)信號傳導結構域(例如，cd3ζ)的第二car。當細胞遇到第一抗原時，共刺激結構域被激活，并且細胞增殖。當細胞遇到第二抗原時，胞內(nèi)信號傳導結構域被激活，細胞殺傷活性開始。因此，car表達細胞僅在兩種抗原存在下完全活化。藥物組合物和治療藥物組合物可以包含與一種或多種藥學上可接受的或生理上可接受的載體、稀釋劑或賦形劑組合的表達car的細胞,例如,許多表達car的細胞(正如本文中描述的那樣)。這樣的組合物可以包含緩沖液例如中性的緩沖鹽水、磷酸緩沖鹽水以及諸如此類；碳水化合物例如葡萄糖、甘露糖、蔗糖或葡聚糖、甘露醇；蛋白質(zhì)；多肽或氨基酸例如甘氨酸；抗氧化劑；螯合劑例如edta或谷胱甘肽；佐劑(例如氫氧化鋁)；和防腐劑。例如，可以把組合物配制成用于靜脈內(nèi)施用。可以以合適的方式把本公開的藥物組合物施用到將要被治療(或預防)的疾病。施用的數(shù)量和頻度將由這樣的因素決定，如患者的狀況以及患者的疾病類型和嚴重程度,然而合適的劑量可以由臨床試驗來確定。在一個實施方案中，藥物組合物基本上不含，例如沒有可檢測水平的污染物，例如在2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675(其通過引用全部并入本文)的第1009段中描述的污染物。當指示“免疫學上有效量”,“抗腫瘤有效量”,“抑制腫瘤有效量”或“治療有效量”時,將要被施用的本發(fā)明的組合物的精確數(shù)量可以由醫(yī)師在考慮個體在年齡、體重、腫瘤大小、感染或轉移的程度以及患者(受試者)的狀況的情況下確定。一般地可以聲明:可以以104至109個細胞/kg體重(在一些實例中105至106個細胞/kg體重,包括這些范圍內(nèi)所有的整數(shù)值)的劑量，施用包含本文中描述的免疫效應細胞(例如，t細胞、nk細胞)的藥物組合物。也可以以這些劑量多次施用所述的t細胞組合物?？梢酝ㄟ^免疫療法中通常已知的輸注技術來施用所述的細胞(參見，例如,rosenberg等人,neweng.j.ofmed.319:1676,1988)。在一些實施方案中，car細胞(例如cd19car細胞)的劑量包含約1x106,1.1x106,2x106,3.6x106,5x106,1x107,1.8x107,2x107,5x107,1x108,2x108,或5x108個細胞/kg。在一些實施方案中，car細胞(例如，cd19car細胞)的劑量包含至少約1x106,1.1x106,2x106,3.6x106,5x106,1x107,1.8x107,2x107,5x107,1x108,2x108,或5x108個細胞/kg。在一些實施方案中，car細胞(例如cd19car細胞)的劑量包含多達約1x106,1.1x106,2x106,3.6x106,5x106,1x107,1.8x107,2x107,5x107,1x108,2x108,或5x108個細胞/kg。在一些實施方案中，car細胞(例如，cd19car細胞)的劑量包含約1.1x106–1.8x107個細胞/kg。在一些實施方案中，car細胞(例如，cd19car細胞)的劑量包含約1x107,2x107,5x107,1x108,2x108,5x108,1x109,2x109,或5x109個細胞。在一些實施方案中，car細胞(例如，cd19car細胞)的劑量包含至少約1x107,2x107,5x107,1x108,2x108,5x108,1x109,2x109,或5x109個細胞。在一些實施方案中，car細胞(例如，cd19car細胞)的劑量包含多達約1x107,2x107,5x107,1x108,2x108,5x108,1x109,2x109,或5x109個細胞。在某些方面中,可能希望的是:給受試者施用活化的免疫效應細胞(例如，t細胞、nk細胞)，然后隨后再次抽血(或者進行單采血液成分術成分術),按照本公開活化從中得到的免疫效應細胞(例如，t細胞、nk細胞),并且再給所述的患者輸注這些活化的并且擴增的免疫效應細胞(例如，t細胞、nk細胞)。每隔幾個星期可以進行這種方法多次。在某些方面中,可以從10cc至400cc的抽血中活化所述的免疫效應細胞(例如，t細胞、nk細胞)。在某些方面中,從20cc,30cc,40cc,50cc,60cc,70cc,80cc,90cc,或100cc的抽血中活化所述的免疫效應細胞(例如，t細胞、nk細胞)。所述主題組合物的施用可以以常規(guī)方式進行,包括通過氣霧劑吸入、注射、攝入、輸液、植入或移植。可以以下列方式給患者施用本文中描述的組合物:經(jīng)動脈方式,皮下方式,皮內(nèi)方式,腫瘤內(nèi)方式,節(jié)內(nèi)方式,髓內(nèi),肌肉內(nèi)方式,通過靜脈內(nèi)(i.v.)注射或腹膜內(nèi)方式。在一個方面中，通過皮內(nèi)或皮下注射給患者施用本文所述的t細胞組合物。在一個方面中，通過靜脈內(nèi)注射施用本文所述的t細胞組合物?？梢园阉龅拿庖咝毎?例如，t細胞、nk細胞)組合物直接注射到腫瘤、淋巴結或感染位點。在一種特定的示例性的方面中,受試者可以經(jīng)受白細胞去除術,其中將白細胞收集，富集或離體耗盡以選擇和/或分離目的細胞,例如,t細胞?？梢酝ㄟ^本領域中已知的方法把這些t細胞分離物擴增和處理，使得可以引入本文所述的一種或更多種car構建體,從而產(chǎn)生本公開的cart細胞。需要其的受試者隨后可以經(jīng)受采用高劑量化療然后外周血干細胞移植的標準治療。在某些方面中,在所述的移植之后或與所述的移植同時，受試者接受本文所述的擴增的car細胞的輸注。在另外一個方面中,在外科手術之前和之后，施用所述的擴增的細胞。上述將要給患者施用的治療的劑量將會隨被治療的狀況的精確性質(zhì)和所述治療的接受者而變化。可以根據(jù)本領域公認的實踐進行用于人施用的劑量的定標。例如,對于成年患者，campath劑量一般將會在1至大約100mg的范圍,通常每日施用，持續(xù)1至30天的一段時間。合適的每日劑量是1至10mg/天，然而在一些實例中，可以使用最多40mg/天的更大劑量(在美國專利號6,120,766中描述的)。在一種實施方式中,把所述的car引入到免疫效應細胞(例如，t細胞、nk細胞)中,例如利用體外轉錄,并且所述的受試者(例如人)接受本發(fā)明的car免疫效應細胞(例如，t細胞、nk細胞)的初次施用,以及本發(fā)明的car免疫效應細胞(例如，t細胞、nk細胞)的一次或更多次隨后的施用,其中所述的一次或更多次隨后的施用是在先前的施用之后15天以內(nèi),例如14,13,12,11,10,9,8,7,6,5,4,3,或2天內(nèi)被施用的。在一種實施方式中,每個星期給所述的受試者(例如人)超過一次施用本文所述的car免疫效應細胞(例如，t細胞、nk細胞),例如每個星期施用2,3或4次本發(fā)明的car免疫效應細胞(例如，t細胞、nk細胞)。在一種實施方式中,每個星期所述的受試者(例如人受試者)接受超過一次car免疫效應細胞(例如，t細胞、nk細胞)的施用(例如每個星期2,3或4次施用)(在本文中也被稱為循環(huán)),隨后一個星期不施用car免疫效應細胞(例如，t細胞、nk細胞),然后給所述的受試者施用一次或更多次car免疫效應細胞(例如，t細胞、nk細胞)的額外施用(例如每個星期超過一次的car免疫效應細胞(例如，t細胞、nk細胞)的施用)。在另一種實施方式中,所述的受試者(例如人受試者)接受超過一個循環(huán)的car免疫效應細胞(例如，t細胞、nk細胞),并且每個循環(huán)之間的時間少于10,9,8,7,6,5,4,或3天。在一種實施方式中,每隔一天施用car免疫效應細胞(例如，t細胞、nk細胞)，每個星期持續(xù)3次施用。在一種實施方式中,施用本文所述的car免疫效應細胞(例如，t細胞、nk細胞)持續(xù)至少2,3,4,5,6,7,8或更多個星期。一方面，使用慢病毒病毒載體如慢病毒產(chǎn)生如本文所述的car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)，例如cd19car表達細胞，例如ctl019。以這種方式產(chǎn)生的car表達細胞可以具有穩(wěn)定的car表達。一方面，car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)在轉導后瞬時表達car載體4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15天。car的瞬時表達可以通過rnacar載體遞送來實現(xiàn)。一方面，通過電穿孔將carrna轉導入細胞。使用瞬時表達car細胞例如t細胞(特別是攜帶鼠scfv的car表達細胞(例如t細胞，nk細胞))治療的患者中可能出現(xiàn)的潛在問題是多次治療后的過敏反應。不受這個理論的限制,相信這樣的過敏反應可能是由正在發(fā)展體液抗car應答,即具有抗ige同種型的抗car抗體的患者引起的。認為當在暴露于抗原中有10到14天的間斷時，患者的產(chǎn)生抗體的細胞發(fā)生從igg同種型(它不引起過敏反應)到ige同種型的類別轉換。如果在短暫的car治療的過程期間，患者處于產(chǎn)生抗car抗體應答(例如通過rna轉導產(chǎn)生的那些)的高風險下,car表達細胞(例如，t細胞、nk細胞)輸注間斷不應該持續(xù)超過10至14天。在任何上述方法的一些實施方案中，所述方法還包括向哺乳動物(例如，具有癌癥的哺乳動物，例如根據(jù)本文的方法為或被鑒定為應答者，完全應答者，部分應答者，非應答者，復發(fā)者或非復發(fā)者的哺乳動物)施用一個或多個劑量的細胞(例如，包含本文所述的含有car核酸或car多肽的免疫細胞)。在一些實施方案中，一個或多個劑量的car細胞(例如，cd19car細胞)包含至少約1x106,5x106,1x107,2x107,5x107,1x108,2x108,5x108,1x109,2x109,或5x109個細胞。在一個實施方案中，施用多達10,9,8,7,6,5,4,3或2個劑量的細胞。在其它實施方案中，將一個，兩個，三個，四個，五個或六個劑量的細胞，例如以一，二，三，四或更多周的治療間隔施用于哺乳動物。在一個實施方案中，在兩周內(nèi)施用多達6個劑量。劑量可以相同或不同。在一個實施方案中，最初施用較低劑量，隨后是一個或多個較高劑量。在一個示例性實施方案中，較低劑量為約1x105至1x109個細胞/kg,或1x106至1x108細胞/kg；并且較高劑量為約2x105至2x109細胞/kg或2x106至2x108細胞/kg，接著為3-6次劑量的約4x105至4x109細胞/kg或4x106至4x108細胞/kg。在一個實施方案中，在一次或多次淋巴細胞減少療法(例如淋巴濾除化療)后施用一次或多次劑量的細胞。在一個實施方案中，淋巴濾除療法包括化療(例如環(huán)磷酰胺)。在一個實施方案中，一次或多次劑量之后是細胞移植，例如同種異體造血干細胞移植。例如，同種異體造血干細胞移植發(fā)生在約20至約35天，例如約23至33天之間。生物聚合物遞送方法在一些實施方案中，本文公開的一種或多種car表達細胞可經(jīng)由生物聚合物支架(例如生物聚合物植入物)施用或遞送至受試者。生物聚合物支架可以支持或增強本文所述的car表達細胞的遞送，擴增和/或分散。生物聚合物支架包含生物相容性(例如，基本上不誘導炎性或免疫應答)和/或可天然存在或合成的可生物降解的聚合物。示例性生物聚合物描述于例如在2015年3月13日提交的國際申請wo2015/142675(其全部內(nèi)容通過引用并入本文)的段落1004-1006中。示例性計算機系統(tǒng)多種計算機系統(tǒng)可以被特別配置以利用在潛在的癌癥應答者狀態(tài)指標(例如，如本文所述的all和cll應答者狀態(tài)指標，例如完全應答者，部分應答者，非應答者)上返回的信息。在一些實施方案中，計算機系統(tǒng)可以確定和呈現(xiàn)關于與癌癥(例如血液癌癥)諸如all和cll的多種生物標志和/或指標相關的置信水平的信息。例如，計算機系統(tǒng)可以評估對受試者進行的測試是否指示完全應答者，部分應答者或非應答者的基因特征以及與受試者應答者分類相關聯(lián)的置信度。在進一步的實例中，該系統(tǒng)可以提供關于增加與預測的應答者分類相關聯(lián)的置信度的指示和/或建議。例如，該系統(tǒng)可以被配置為評估任何測試和測試的癌癥生物標志和/或指標，已為受試者對已被鑒定為現(xiàn)有數(shù)據(jù)的獨立和/或加性的另一特征進行了所述測試。在一個實施方案中，該系統(tǒng)可以被配置為評估任何測試和測試的生物標志和/或癌癥指標(例如，血液癌癥，例如cll和all)，已經(jīng)為受試者針對被鑒定為現(xiàn)有數(shù)據(jù)的獨立和/或加性的另一特征進行了所述測試。該系統(tǒng)可以確定額外的生物標志和/或指標(例如，基因特征)何時將增加與例如應答者分類的變化相關聯(lián)的置信度。該系統(tǒng)可以相應地建議測試任何鑒定的特征。在一些實施方案中，可以提供用于鑒定，評估和/或治療患有癌癥(例如，血液癌癥如all和cll)的受試者的交互式系統(tǒng)。在一個實施方案中，可以提供用于鑒定，評估和/或治療患有癌癥(例如，血液癌癥如all和cll)的受試者的交互式系統(tǒng)。根據(jù)一個實施方案，系統(tǒng)可以被配置為接受關于受試者評估的置信度的用戶輸入。響應用戶輸入的置信度，系統(tǒng)可以將測試特征確定為包括在評估模型中。在一個實例中，系統(tǒng)包括用于受試者(例如，患者)群體中疾病活動的獨立指標的說明。該系統(tǒng)可以被配置為基于使用什么獨立指標來估計確定疾病活動或預測未來疾病活動的置信度。該系統(tǒng)可以被進一步配置為確定和/或建議所確定的獨立指標的各種組合，以提高評估的置信度。根據(jù)另一方面，計算機系統(tǒng)可以被特別地配置為評估癌癥(例如血液癌癥，例如all和cll)的指標。在一個實施方案中，計算機系統(tǒng)可以被特別地配置為評估all和/或cll的指標。該系統(tǒng)可以被配置為生成多變量模型，其中多變量模型排除相關的指標。在一些實例中，系統(tǒng)可以被配置為響應于評估具有一個或多個指標的受試者(例如，患者)群體內(nèi)的返回的測試結果來鑒定相關的指標。例如，系統(tǒng)可以執(zhí)行回歸模型分析來控制多種參數(shù)，包括例如受試者年齡，種族，性別以及其他指標的存在。響應消除相關的指標，系統(tǒng)可以生成一個或多個獨立指標的模型。在一些實施方案中，系統(tǒng)可以被配置為選擇一個或多個獨立指標的各種組合，并且可以進一步訪問評估(包括例如直接評估組合)以呈現(xiàn)關于與各自選擇相關聯(lián)的置信水平的信息。系統(tǒng)選擇的模型可用于通過確定的置信水平來產(chǎn)生疾病活動的預期變化。在一個實施方案中，本公開提供了用于評價受試者中的癌癥(例如，血液癌癥如all和cll)的系統(tǒng)，其包括:有效連接到存儲器的至少一個處理器，所述至少一個處理器在執(zhí)行時被配置為:獲得應答者狀態(tài)的值，其包括cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)基因集特征的度量和以下中的一種或多種的組合:表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20中列出的生物標志，cd27生物標志，cd45ro生物標志，pd-1生物標志，lag-3生物標志，tim-3生物標志，il2ra生物標志，il21生物標志，cd4生物標志，cd8生物標志，th1+輔助t細胞基因集特征，th2+輔助t細胞基因集特征和記憶t細胞(例如，cd8+記憶t細胞，例如初始t細胞(tn)，例如記憶干細胞(tscm)，例如中樞記憶t細胞(tcm)，例如效應記憶t細胞(tem))基因集特征；和響應于應答者狀態(tài)的值的確定，執(zhí)行一個，兩個，三個，四個或更多個:將受試者鑒定為完全應答者，部分應答者或非應答者；建議car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法(例如本文所述的cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法，例如ctl019)；建議選擇或改變car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)療法的劑量；或替代療法，例如針對特定癌癥的護理標準。在一個實施方案中，本發(fā)明提供了一種用于評估受試者中的癌癥(例如，血液癌癥如all和cll)的系統(tǒng)，其包括:至少一個處理器，其有效連接到存儲器，所述至少一個處理器在執(zhí)行時被配置為:獲得應答者狀態(tài)的值，其包括cd19car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)基因集特征的度量和以下的一種或多種的組合:表1a，表1b，表7a，表7b，表8，表9，表10，表14，表15，表16(例如ccl20，il-17a和/或il-6)，表17，表18，表20，pd-1，lag-3，tim-3，cd57，cd27，cd122，cd62l和klrg1中列出的生物標志；并且響應于應答者狀態(tài)的值的確定，執(zhí)行一個，二個，三個，四個或更多個:將所述受試者鑒定為完全應答者，部分應答者或非應答者；建議car表達細胞療法(例如本文所述的cd19car表達細胞療法，例如ctl019)；建議選擇或改變car表達細胞療法的給藥；或替代療法。圖16是分布式計算機系統(tǒng)200的框圖，其中可以實施根據(jù)本公開的各個方面和功能。分布式計算機系統(tǒng)200可以包括一個或多個計算機系統(tǒng)。例如，如所示，分布式計算機系統(tǒng)200包括三個計算機系統(tǒng)202,204和206。如所示，計算機系統(tǒng)202,204和206通過通信網(wǎng)絡208互連并且可以通過通信網(wǎng)絡208交換數(shù)據(jù)。網(wǎng)絡208可以包括任何通信網(wǎng)絡，計算機系統(tǒng)可以通過其交換數(shù)據(jù)。為了通過網(wǎng)絡208交換數(shù)據(jù)，計算機系統(tǒng)202,204和206以及網(wǎng)絡208可以使用多種方法，協(xié)議和標準，包括令牌環(huán)，以太網(wǎng)，無線以太網(wǎng)，藍牙，無線電信令，紅外線信令，tcp/ip,udp,http,ftp,snmp,sms,mms,ss2,json,xml,rest,soap,corbaiiop,rmi,dcom和web服務。根據(jù)一些實施方案，可以單獨和/或組合在計算機系統(tǒng)202,204和206上執(zhí)行用于鑒定，治療或預防癌癥(例如，血液癌癥如all和cll)的所討論的功能和操作。例如，計算機系統(tǒng)202,204和206支持例如參與協(xié)作操作，其可以包括分析在患者群體上捕獲的治療數(shù)據(jù)。在一個備選方案中，單個計算機系統(tǒng)(例如，202)可以分析在受試者(例如，患者)群體上捕獲的治療數(shù)據(jù)，以開發(fā)表征模型和/或鑒定疾病活動的獨立指標。計算機系統(tǒng)202,204和206可以包括個人計算設備諸如蜂窩電話，智能電話，平板電腦等的，并且還可以包括臺式計算機，膝上型計算機等。根據(jù)本公開的多個方面和功能可以被實現(xiàn)為在包括圖16所示的計算機系統(tǒng)202的一個或多個計算機系統(tǒng)中執(zhí)行的專用硬件或軟件。在一個實施方案中，計算機系統(tǒng)202是專門配置為執(zhí)行上面討論的過程和/或操作的計算設備。例如，該系統(tǒng)可以向終端用戶呈現(xiàn)用戶界面，其呈現(xiàn)與生物標志和/或遺傳指標相關的治療信息，診斷信息和置信水平以及其他選項。如所示，計算機系統(tǒng)202包括至少一個處理器210(例如，單核或多核處理器)，存儲器212，總線214，輸入/輸出接口(例如，216)和存儲裝置(storage)218。處理器210可以包括一個或多個微處理器或其他類型的控制器，并且可以執(zhí)行操作數(shù)據(jù)(例如，處理數(shù)據(jù)，測試數(shù)據(jù)等)的一系列指令。如所示，處理器210由互連元件(例如，總線214)連接到包括存儲器212的其它系統(tǒng)組件。存儲器212和/或存儲裝置218可以用于在計算機系統(tǒng)202的運行期間存儲程序和數(shù)據(jù)。例如，存儲器212可以是相對高性能的易失性隨機存取存儲器，例如動態(tài)隨機存取存儲器(dram)或靜態(tài)存儲器(sram)。此外，存儲器212可以包括用于存儲數(shù)據(jù)的任何設備，諸如磁盤驅動器或其他非易失性存儲設備，諸如閃速存儲器，固態(tài)或相變存儲器(pcm)。在另外的實施方案中，關于鑒定，治療或預防受試者中的癌癥(例如，all和/或cll)所討論的功能和操作可以體現(xiàn)在應用程序中，該應用程序在計算機系統(tǒng)202上從存儲器212和/或存儲裝置218執(zhí)行。計算機系統(tǒng)202還包括一個或多個接口216，例如輸入設備，輸出設備和組合輸入/輸出設備。接口216可以接收輸入，提供輸出或兩者。存儲裝置218可以包括計算機可讀和可計算機可寫的非易失性存儲介質(zhì)，在所述存儲介質(zhì)中存儲定義要由處理器執(zhí)行的程序的指令。存儲系統(tǒng)218還可以包括記錄在介質(zhì)上或介質(zhì)中的信息，并且該信息可以由應用程序處理?？梢耘c多種實施方案一起使用的介質(zhì)可以包括例如光盤，磁盤或閃存，ssd等。此外，本發(fā)明不限于特定的存儲系統(tǒng)或存儲器系統(tǒng)。雖然計算機系統(tǒng)202作為示例被示為一種類型的計算機系統(tǒng)，其上可以實施用于鑒定，治療或預防受試者的癌癥(例如，血液癌癥如all和cll)的各種功能，但是本發(fā)明不限于在圖16所示的計算機系統(tǒng)上實現(xiàn)。可以在具有不同于圖16所示的結構或組件的一個或多個計算機上實施根據(jù)本發(fā)明的多個方面和功能。在一些實施方案中，計算機系統(tǒng)202可以包括操作系統(tǒng),其管理包括在計算機系統(tǒng)202中的硬件組件(例如，輸入/輸出設備，觸摸屏，照相機等)的至少一部分。一個或多個處理器或控制器諸如處理器210可以執(zhí)行操作系統(tǒng)，其可以是可從microsoftcorporation獲得的基于windows的操作系統(tǒng)(例如，windowsnt，me，xp，vista，2,8或者rt)，來自applecomputer的操作系統(tǒng)(例如，macos，包括systemx)，許多基于linux的操作系統(tǒng)發(fā)行版之一(例如，可從redhatinc.獲得的enterpriselinux操作系統(tǒng))，可從sunmicrosystems獲取的solaris操作系統(tǒng)或可從多種來源獲取的unix操作系統(tǒng)。可以使用許多其他操作系統(tǒng)，包括為個人計算設備(例如，ios，android等)設計的操作系統(tǒng)，并且實施方案不限于任何特定的操作系統(tǒng)。根據(jù)一個實施方案，處理器和操作系統(tǒng)一起定義可以在其上執(zhí)行應用程序的計算平臺。此外，可以在非編程環(huán)境(例如，以html，xml或其他格式創(chuàng)建的文檔，其當在瀏覽器程序的窗口中查看時，呈現(xiàn)圖形用戶界面的方面或執(zhí)行其他功能)中實現(xiàn)用于鑒定，治療或預防癌癥(例如，血液癌癥如all和cll)的多種功能。此外，根據(jù)本公開的方面的多種實施方案可以被實現(xiàn)為已編程或非編程組件，或其任何組合。因此，本公開不限于特定的編程語言，并且也可以使用任何合適的編程語言。實施例通過參考下列實驗實施例進一步詳細描述本發(fā)明。提供這些實施例僅僅是為了舉例說明的目的,并不意圖是限定性的，除非另有說明。因此,無論如何不應把本發(fā)明解釋為限定到下列實施例,而是應該把本發(fā)明解釋成包括任何以及所有的變化，這些變化作為本文中所提供的教導的結果而變成顯而易見的。沒有進一步描述，相信本領域普通技術人員可以使用前面描述和以下說明性實施例來制備和利用本發(fā)明的化合物并實施所要求保護的方法。以下工作實施例具體指出了本發(fā)明的各個方面，而不應被解釋為以任何方式限制本公開的其余部分。實施例1:使用全基因組rnaseq和無偏特征選擇鑒定慢性淋巴樣白血病(cll)和急性淋巴細胞白血病(all)中預測受試者對cd19car表達細胞療法的應答的新的轉錄基因特征本實施例描述了鑒定慢性淋巴樣白血病(cll)和急性淋巴細胞白血病(all)中預測患者對cd19car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)療法(例如ctl019療法)的應答的新的轉錄基因特征，用于本發(fā)明。其中，本實施例描述了在重新輸注之前，基于單采血液成分術和制備的cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)產(chǎn)物樣品(例如，ctl019)中所選擇的基因的mrna表達水平的新的基因特征。特別地，本實施例描述了用于根據(jù)本發(fā)明用途的發(fā)現(xiàn)新基因特征的無偏特征選擇方法，所述新基因特征預測患者對cll和all中cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法(例如ctl019)的應答。已經(jīng)鑒定了基于重新輸注前的單采血液成分術和制備的cd19car表達細胞產(chǎn)物樣品中的mrna表達水平的新型基因特征，其預測患者對慢性淋巴樣白血病(cll)和急性淋巴細胞白血病(all)中cd19car表達細胞療法的應答。在生產(chǎn)的產(chǎn)品樣品的全基因組rnaseq研究中發(fā)現(xiàn)了鑒定的特征，所述樣品包括7個all受試者樣品和21個cll受試者樣品。從具有對cd19car表達細胞療法的完全應答的受試者(例如患者)取出all受試者樣品(總共7個)。cll受試者樣品(共21個)分層如下:從2例ctl019治療的完全應答者(crs)的患者，6例部分應答者(pr)患者，13例非應答者(nrs)患者中獲取生物樣品。然后在上述患者的一個子集中研究基因特征，其中在單采血液成分術時采集樣品。發(fā)現(xiàn)并且在實施例2中進一步描述了區(qū)分制造的產(chǎn)品和單采血液成分術樣品中的應答者和非應答者的幾種基因特征。獲得了具有制造產(chǎn)品的健康供體樣品(即，參考樣品)并用作參考水平。然后使用如下多種數(shù)據(jù)分析方法發(fā)現(xiàn)了新型基因特征:1)無偏特征選擇；2)基因集分析；和3)所選擇的目的基因的差異表達分析?；蚣治?2)和差異表達分析(3)在實施例2中進一步詳細討論。通過確定哪些基因在cr和nr之間以及cr和pr之間差異表達，發(fā)現(xiàn)了從無偏特征選擇得到的新基因特征。如果差異表達具有統(tǒng)計學顯著性，fdrp值截斷值為0.1，則將基因定義為差異表達。cr與nr比較(n＝128)和cr與pr比較(n＝34)的基因列表列于表1a-b。不希望受到特定理論的約束，這些數(shù)據(jù)表明，單采血液成分術或cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)產(chǎn)物(例如ctl019)中t細胞的分化狀態(tài)與受試者應答(即，cr,pr或nr)相關。來自cr的t細胞的基因特征處于更加未刺激/未分化的狀態(tài)。此外，記憶t細胞亞群在cr與nr之間差異富集，其中cr與初始t細胞(tn)和t記憶干細胞(tscm)顯示相似性。圖3)顯示了說明初始t細胞(tn)通過記憶t細胞子集階段發(fā)展成效應記憶t細胞(tem)的示例性示意圖。與非應答者相比，ctl019療法的完全應答者具有顯著較高的cd8+t細胞的百分比，所述細胞表達共刺激分子cd27但缺乏抗原經(jīng)歷的t細胞標志cd45ro。在一個實施方案中，該區(qū)分的閾值是cd8+群體中的7％cd27+cd45ro-細胞。在一個實施方案中，完全應答者被定義為cd8+群體中7％或更多的cd27+cd45ro-細胞。不希望受特定理論的束縛，ctl019樣品中記憶t細胞的狀態(tài)可能是應答的主要成分(圖3)。這些數(shù)據(jù)表明，cr更像是靜息的teff細胞，靜息的treg細胞，初始cd4細胞，未刺激的記憶細胞和早期記憶t細胞，而nr更像是活化的teff細胞，活化的treg細胞，活化的th1和th2細胞，刺激的記憶細胞和晚期t記憶細胞。表1a:完全應答者(cr)與非應答者(nr)的比較表1b:完全應答者(cr)與部分應答者(pr)的比較實施例2:使用基因集分析和差異表達分析來鑒定預測慢性淋巴樣白血病(cll)和急性淋巴細胞白血病(all)中受試者對cd19car表達細胞療法的應答的新的轉錄基因特征本實施例描述了根據(jù)本發(fā)明使用的預測cll和all中患者對cd19car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)療法(例如ctl019)的應答的新的轉錄基因特征的鑒定。特別地，本實施例描述了根據(jù)本發(fā)明使用的發(fā)現(xiàn)新基因特征的基因集分析方法。除此之外，本實施例描述了基于基因集分析的新基因特征，其預測了患者對cd19car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)療法(例如，ctl019)的應答。對實施例1中描述的基因集和來自三個附加數(shù)據(jù)集的基因集進行基因集分析。圖2a描繪了比較在全基因組ctl019rnaseq分析中分析的樣品數(shù)量的示例性直方圖。p＝產(chǎn)品；a＝單采血液成分術。基因集來自(1)基于szabo等人(本文所述)的基因集的額外的實驗；(2)由abbasetal.在genomeresearch2005發(fā)表的基因集；和(3)gattinoni等人在naturemedicine2011發(fā)表的基因集。這些基因集中的每一個在下面進一步詳細描述。在基因集分析中使用的szabo等人基因集在表2中提供。從pbmc(來自5個正常供體，男性，18-28歲，沒有已知的變態(tài)反應或感染)純化人cd4+t細胞。分離cd4+cd25+(treg)和cd4+cd25-(t效應)t細胞，并用抗cd3/cd28刺激0或16小時，得到4個條件:(1)treg0小時；(2)treg16小時；(3)t效應子0小時；和(4)t效應子16小時。每個條件都得出兩個基因集:一組基因，其表達水平在該條件下相對于所有其他基因被上調(diào)和另一組基因，其表達水平在該條件下相對于所有其他基因被下調(diào)。通過倍數(shù)變化截斷值確定每個基因集中的基因數(shù)(參見表2)。表2:靜息和活化時treg和teff中上調(diào)或下調(diào)的基因組成的基因集(szabo數(shù)據(jù)集)在0小時時與teff相比較在treg中下調(diào)的根據(jù)表2的示例性基因包括abcb1,acsl6,adamts10,add2,aif1,aif1,aif1,aif1,ak5,akr1e2,als2cl,ank3,ankrd55,apba2,areg,athl1,axin2,b4galnt4,bach2,bcl7a,bend5,bhlhe40,bpgm,c10orf47,c16orf54,c1orf228,c2orf89,ca6,cachd1,cacna1i,ccl5,cela1,chd7,chi3l2,col18a1,col6a1,cr2,cyb561,cysltr1,d4s234e,dact1,dennd5a,dhrs3,dlg4,dll1,dpysl4,dsc1,edar,emr1,emr4p,enc1,epha1,fcgbp,fhit,gadd45g,gipc3,gipc3,gpr125,gpr160,h1f0,hdgfrp3,hipk2,ifitm5,kcnq1,klf5,klhl29,krt72,krt73,lass6,lrrc24,man1c1,me3,mmp28,mtus1,nbl1,nell2,neo1,nkg7,nlrp6,nme4,nog,nosip,npas2,nrcam,obscn,osbpl5,pcsk5,pdzd4,pecam1,pllp,plxdc1,ppfibp2,prkar1b,ptk2,rhob,rmrp,rnf157,satb1,scml4,sdk2,sec14l2,sec14l2,slc15a3,slc22a17,slc22a23,slc40a1,sntb1,sorbs3,sox8,st6galnac1,tcf7,tcf7,themis,tmigd2,vipr1,wnt10b,wnt7a,znf467,znf516,和znf609。在16小時時與teff相比較在treg中下調(diào)的根據(jù)表2的示例性基因包括il2,tnfsf8,nell2,g0s2,irf8,ifng,igfbp4,gpr125,cd200,gpr81,add2,il21,snord86,tmcc2,c1orf228,slc15a3,il22,lrrn3,gpr171,faslg,gzmh,nhs,mcoln2,bach2,tagap,mpzl2,pragmin,dact1,cxcl10,slamf6,phgdh,csf2,prss23,uhrf1,plac8,ism1,btla,cdc20,gfod1,hsd11b1,me3,znf704,dhrs3,cxcl13,ccnd1,nbl1,crtam,map6d1,h1f0,cdt1,ccl4,lif,cd84,trat1,mir155,slamf7,aif1,aif1,aif1,aif1,prg4,vwce,chek1,sh2d4a,mcm10,rhou,npas2,nfix,stap1,dtl,c16orf59,csda,gins2,fam117b,abcb1,clc,phex,gdf10,rab13,bcl7a,mamld1,shf,lpin2,ahi1,ccnd3,hdgfrp3,mir155hg,pvr,cdca5,rras2,sipa1l2,rasl10b,gal,snord88c,snord18b,cdc6,srd5a3,orc6l,b3gnt5,ank3,mcm2,mir25,rhobtb3,tnf,tert,csdap1,ccdc64,cdc25a,znf367,mcm7,casp10,lta,mcm4,aff3,fmnl2,tnfrsf21,axin2,chd7,fabp5,xrcc2,cgref1,ccl4l1,ccl4l2,b4galnt4,dscc1,cd97,ptprk,rad54l,epb41l3,myo1b,orc1l,chml,zwint,mad2l1,ndst1,c11orf82,begain,cd55,和fabp5l3。在teff中16小時對0小時下調(diào)的根據(jù)表2的示例性基因包括abca7,abcg1,abtb1,accs,adamts10,add3,ak5,als2cl,amt,ankrd55,anxa1,aqp3,areg,arl4c,arrdc2,arrdc3,bbc3,bcl9l,bin2,bnip3l,btg1,btn3a1,c10orf110,c11orf21,c11orf35,c14orf181,c16orf54,c16orf74,c17orf108,c1orf162,c1qtnf6,c20orf111,c20orf112,c5orf39,c5orf41,c5orf41,cacna1i,caps,cbx4,ccnl1,cdc14a,cdc42bpg,cecr1,cfp,chi3l2,cited4,clk1,crip2,csgalnact1,ctsf,ctsw,cxcr4,cyth4,dchs1,ddit3,ddx60l,disc1,disc1,disc1,disc1,dpep2,dpyd,dusp1,dusp8,edar,emr4p,epha4,ephx1,ephx2,ermn,erp27,evi2b,fam13a,fam13aos,fam46c,fam65b,fbxo32,fhit,flt3lg,fos,fosb,frat1,fyb,gabarapl1,gabarapl3,gadd45b,golga7b,gpa33,gprasp1,grasp,gstm2,gzma,gzmk,hbp1,herpud2,hist1h1c,hist1h3a,hpcal4,hsd17b11,id1,idua,ier2,ifi44,il10ra,il11ra,irf2bp2,irs2,itga6,jmy,jun,junb,jund,kcnq1,kiaa1370,kiaa1683,klf2,klf3,klf4,klf5,klf6,klhl24,klhl3,klrb1,krt72,krt73,lime1,loc100128071,loc100289511,loc282997,loc283070,loc338799,loc728392,ltbp3,mal,map2k6,mds2,megf6,megf6,mfge8,mir1909,mmp28,moap1,mxd4,myadm,mylip,myo15b,nfkbiz,nlrc3,nlrp1,nog,nr1d2,nr1d2,nr3c2,p2ry8,pbxip1,pcsk5,pde4d,pdzd4,per1,pgam2,pgcp,phf1,phf1,pik3ip1,pik3r5,pim1,pion,plcd1,plch2,plcl1,plekhb1,plk2,plxdc1,pnrc1,ppp1r15a,prosapip1,rab37,rap1gap2,rarres3,rasa3,rasgrp2,rem2,rgs1,rgs2,rnf125,samd3,scml4,sec31b,sigirr,sik1,slc2a3,slc2a4rg,slc2a4rg,slc9a9,slfn5,smad7,smpd1,snora11,sorl1,sox4,sult1b1,syne1,sytl1,tcea3,tcf7,tcf7,tcp11l2,themis,tmc8,tmem63a,tmem71,tmigd2,tnfaip3,tnnt3,tp53inp2,tpm2,trank1,trib2,tsc22d3,tspan18,tspan18,tspan32,tssk3,txk,txnip,unc84b,utrn,vipr1,vsig1,vsig1,whamm,wnt10b,wnt7a,xaf1,xylt1,xylt1,ypel2,ypel3,ypel5,zbp1,zbtb10,zfp36,zfp36l2,zmat1,znf331,和znf815。在tregvteff中在16hfc時上調(diào)的根據(jù)表2的示例性基因包括zbtb32,lrrc32,stambpl1,snx10,loc389333,znf193,gcnt1,fas,gk3p,ntrk1,freq,il1r1,cradd,gna15,rab33a,il18r1,cx3cr1,tnfrsf1b,apobec3g,foxp3,sept11,cd70,il1rl1,nipa1,panx2,chst2,nedd9,acot9,pdgfa,mast4,tnfrsf8,phlpp1,il2rb,ctla4,sytl3,zc3h12c,ptprj,ubash3b,metrnl,prdm1,sept3,tnfrsf18,wnt10a,ccr8,c18orf1,csf1,cd80,galnt4,galnt4,il1rl2,adprh,znf282,apobec3c,hs3st3b1,epas1,rbks,kat2b,c9orf167,tymp,il1rap,c2cd4a,cd68,abhd4,mical2,c6orf145,dusp16,lrig1,cask,epsti1,tnfrsf12a,igsf3,spats2l,spats2l,maf,cd58,klhdc7b,zbtb38,layn,il1r2,hip1,itgb8,itgb8,ikzf2,lgmn,xirp1,gpr19,samd9l,prf1,jakmip1,mgc29506,adam8,hlf,col9a2,ndrg1,samhd1,akap5,rnf213,rnf213,apaf1,stx1a,ssh1,ssh1,ccrl2,ccr6,csf2rb,havcr2,klf5,mx1,acta2,oas3,emp1,ctnnal1,mgc12916,ccl17,fosl2,sat1,trpv2,pric285,socs2,etv7,tigit,rasal1,optn,mgst2,gpr68,myo1g,ptpla,tnfrsf11a,anxa2,irf5,c14orf139,capn2,lfng,il12rb1,myo1e,glrx,dennd3,anxa2p2,nqo1,c10orf128,antxr2,antxr2,slc26a11,flvcr2,prex1,slc2a8,cdkn2a,tmem149,syt11,tox,tox2,fut7,anxa2p1,fam129b,dfnb31,tmprss6,il1rn,isg15,cdkn1b,fam129a,tst,hdac9,tmem110,smpd1,cdkn1a,c17orf67,anxa2p3,mpst,irf7,lmcd1,snx24,hmox1,atp2b4,fcer2,hpgd,rasgrp4,fam164a,ifi6,fam110c,xkrx,pbx4,ntng2,cst7,basp1,c14orf49,glipr1,dhrs2,twist1,spsb1,cyth4,cadm1,itih4,loc541471,cga,loc645166,parp12,ninj2,mical1,oas1,hla-drb4,lgals3,oasl,coro2a,hla-drb3,kiaa1370,herc6,stac,msc,ccr5,suox,rhoc,hla-dqb2,pde4a,loc100302650,xaf1,fcrl3,rtkn2,glipr2,hla-drb1,il13,p2ry10,il10,cxcr6,lsp1,acp5,slc1a4,fxyd7,trib2,lmna,hla-dpa1,meox1,lgals1,hla-drb5,il10ra,hla-dra,card16,il5,rgs1,hla-dqa2,akr1c3,il4,hla-dma,gpr55,aqp3,mustn1,p2ry8,fank1,il9,ccng2,adam12,loc654342,il17a,ppp2r2b,和fam46c。在tregvteff中在0hfc時上調(diào)的根據(jù)表2的示例性基因包括c12orf75,selplg,swap70,rgs1,prr11,spats2l,spats2l,tshr,c14orf145,casp8,syt11,actn4,anxa5,glrx,hla-dmb,pmch,rab11fip1,il32,fam160b1,shmt2,frmd4b,ccr3,tnfrsf13b,ntng2,cldnd1,bard1,fcer1g,tyms,atp1b1,gjb6,fgl2,tk1,slc2a8,cdkn2a,skap2,gpr55,cdca7,s100a4,gdpd5,pmaip1,acot9,cep55,sgms1,adprh,akap2,hdac9,ikzf4,card17,vav3,obfc2a,itgb1,ciita,setd7,hla-dma,ccr10,kiaa0101,slc14a1,pttg3p,dusp10,fam164a,pyhin1,myo1f,slc1a4,mybl2,pttg1,rrm2,tp53inp1,ccr5,st8sia6,tox,bfsp2,itpripl1,ncaph,hla-dpb2,syt4,ninj2,fam46c,ccr4,gbp5,c15orf53,lmcd1,mki67,nusap1,pde4a,e2f2,cd58,arhgef12,loc100188949,fas,hla-dpb1,selp,wee1,hla-dpa1,fcrl1,ica1,cntnap1,oas1,mettl7a,ccr6,hla-drb4,anxa2p3,stam,hla-dqb2,lgals1,anxa2,pi16,dusp4,layn,anxa2p2,ptpla,anxa2p1,znf365,lair2,loc541471,rasgrp4,bcas1,uts2,miat,prdm1,sema3g,fam129a,hpgd,ncf4,lgals3,ceacam4,jakmip1,tigit,hla-dra,ikzf2,hla-drb1,fank1,rtkn2,trib1,fcrl3,和foxp3。在teff中在16小時對0小時上調(diào)的根據(jù)表2的示例性基因包括aars,abcf2,acot7,actl6a,ahsa1,aim2,aimp2,alas1,aldh1b1,ankrd13b,apol1,armcx3,asphd2,b3gnt5,b4galt2,b4galt5,batf,batf3,bcat2,bcl2l1,bop1,btla,bysl,c11orf75,c15orf23,c15orf63,c16orf59,c17orf79,c17orf96,c1orf163,c3orf26,c4orf43,c8orf30a,c9orf64,cad,cbr1,ccdc56,ccdc86,ccl20,ccl3,ccl3l1,ccl3l3,ccl4,ccl4l1,ccl4l2,ccnb1,ccnd2,cct3,cct5,cct6a,cct7,cd109,cd200,cd274,cd3eap,cd40lg,cd82,cdc20,cdc45l,cdc6,cdk4,cdt1,cenpm,cetn3,chac2,chek1,cisd1,cish,cks1b,copb2,coro1c,csf2,ctnna1,ctps,cttn,dars2,dcaf12,dctpp1,dhcr24,dkc1,dtl,e2f1,ebna1bp2,ece2,edaradd,eef1e1,egr2,eif2b3,eif2s1,eif5b,eif6,eno1,espl1,exosc3,exosc4,f5,f5,fabp5,fabp5l3,fads1,fam40b,farsa,faslg,fdps,fkbp4,fkbp4,fosl1,freq,g0s2,g3bp1,gale,gar1,gart,gem,gemin6,gemin7,gfod1,gins1,gins2,glrx2,gng8,gnpda1,gpatch4,gpn3,gpr171,gtf2h2d,hivep3,hmgcs1,hn1l,hnrnpab,hspd1,hspe1,hyal2,iars,ier3,ifng,ifrd2,igfbp4,il12rb2,il15ra,il17f,il2,il21,il22,il2ra,il3,irf4,irf8,isoc2,kcnk5,keap1,kiaa0020,kiaa0664,lag3,laptm4b,larp4,lif,loc286016,loc344967,loc442308,loc728402,lrp8,lsm2,lta,lyar,manf,matk,mcm10,mcm2,mcm3,mcm4,mettl13,mir1182,mir155,mir155hg,mir621,mpv17l2,mpzl2,mrm1,mrpl12,mrpl15,mrpl17,mrpl35,mrpl51,mrps17,mrps23,mrto4,mtch2,mthfd1l,mthfd2,myof,nab2,ndfip2,ndufaf1,nfe2l3,nfkbil2,nln,nme1,nme1-nme2,nolc1,nop16,nptx1,nt5dc2,nudcd1,nup43,nup62,otud7b,pacsin3,paics,pak1ip1,pam,pdcd1,pdcd2l,pdia4,pdia6,pea15,pfas,pfdn6,pfdn6,pfkm,pfkp,pgam1,pgam4,phb,phf6,pkm2,plagl2,pnpo,pold2,pole2,polr3k,pop1,ppil1,ppp1r14b,prdx1,prdx3,prdx4,prmt1,prmt5,prss23,psat1,psma3,psma5,psma6,psmb3,psmb5,psmd1,psmd11,psmd14,ptgfrn,ptms,ptrh1,ptrh2,pus7,pycr1,pycrl,rars,rbbp8,rcc1,rpf2,rpp25,rrp1,rrp9,ruvbl1,ruvbl2,samd4a,scd,sdc4,sectm1,seh1l,sema7a,sft2d1,sfxn1,sh2d2a,shf,shmt2,sipa1l2,slamf1,slc1a5,slc27a2,slc27a4,slc29a1,slc38a5,slc39a14,slc43a3,slc6a9,slco4a1,snora18,snord17,sord,spr,sqle,srm,srxn1,stip1,stt3a,taldo1,tap1,tbkbp1,tbl3,tbx21,timm8b,timm8b,tipin,tmcc2,tmem165,tmem194a,tmem208,tmem97,tnf,tnfaip8l2,tnfrsf4,tnfrsf9,tnfsf14,tomm40,tpi1,trip10,trip13,ttll12,tuba1b,tubb,tubb,tubb,tubg1,txn,txndc5,ube2t,uck2,ugdh,uhrf1,umps,utp6,vdac1,vdr,wars,wdr12,wdr18,wdr3,wdr4,wdr77,yif1a,ywhag,zbed2,zdhhc16,znf593,znf607,和zwint。在treg中16h對0hfc8上調(diào)的根據(jù)表2的示例性基因包括aars,acot7,agrn,ahsa1,aim2,aimp2,alas1,aldh1b1,apol1,apol2,b4galt2,batf,batf3,bcl2a1,bcl2l1,bop1,bysl,c17orf96,c2cd4a,c5orf32,c9orf64,ccdc86,ccl17,ccl20,cct5,cd3eap,cd40lg,cd68,cd7,cdk2ap2,cdk4,chac2,chpf,cisd1,cish,copb2,crim1,csf1,ctla4,ctsl1,cttn,dctpp1,dhcr24,ebi3,ebna1bp2,ece2,edaradd,egr2,emp1,eno1,epas1,exosc4,fabp5,fah,fam40b,farsa,fkbp4,fkbp4,flt1,flt1,fosl1,freq,g6pd,gale,gart,gclm,gem,gk,gnpda1,gpr56,hivep3,hmgcs1,hmox1,hn1l,hspa1a,hspa1b,hspd1,hspe1,hyal2,ier3,ifrd2,ikbip,il10,il12rb2,il13,il15ra,il17a,il1r1,il1r2,il1rl2,il1rn,il2ra,il3,il4,il4i1,il5,il9,irf4,kcnk5,lag3,laptm4b,lif,loc344967,loc389333,loc442308,lrrc32,lrrc61,lta,lyar,manf,matk,metrnl,mettl13,mgc29506,mical2,mir1182,mir155,mir155hg,mlec,mrpl12,mrto4,mthfd1l,myof,nab2,ndfip2,ndufaf1,nkg7,nln,nme1,nme1-nme2,nop16,npm3,nudcd1,paics,panx2,pdcd1,pdgfa,pdia4,pdia6,pfas,pgam4,phb,pnpo,pop1,ppil1,pppde2,prdx1,prdx3,prdx4,prkar1b,prmt1,prmt5,psat1,psmb5,psmd1,psmd11,ptgfrn,ptrh1,pus7,pycr1,rasal1,rbbp8,rcc1,sc4mol,scd,sdc4,sectm1,seh1l,sema7a,setp11,serpine2,serpinh1,sh2d2a,slc16a13,slc16a3,slc1a5,slc27a2,slc27a4,slc29a1,slc38a5,slc39a1,slc39a14,slc43a3,slco4a1,socs1,sphk1,spint1,sqle,srm,srxn1,stip1,stt3a,tbkbp1,tbx21,tmprss6,tnf,tnfrsf11a,tnfrsf12a,tnfrsf18,tnfrsf1b,tnfrsf4,tnfrsf8,tnfrsf9,tnfsf14,tomm40,trip10,ttll12,tubb,tubb,tubb,txn,tymp,uck2,ugdh,vdr,vtrna1-3,wars,wdr12,wdr4,wdr77,xirp1,ywhag,zbed2,zbtb32,zdhhc16,和znf282。在16h時上調(diào)的treg基因的示例性列表包括aim2,alas1,batf,c5orf32,ccl17,cd40lg,chac2,csf1,ctsl1,ebna1bp2,edaradd,emp1,epas1,fabp5,fam40b,fkbp4,fosl1,gclm,gk,gpr56,hmox1,hspd1,hspe1,ikbip,il10,il13,il15ra,il1rn,il2ra,il3,il4,il5,il9,kcnk5,lta,manf,mir1182,mir155,mir155hg,myof,ndufaf1,nln,nme1,nme1-nme2,panx2,pdia6,pgam4,ppil1,pppde2,prdx4,prkar1b,psmd1,psmd11,pus7,rbbp8,slc27a2,slc39a14,slc43a3,srxn1,stip1,stt3a,tbx21,tnfrsf11a,tnfrsf1b,tnfrsf8,tnfrsf9,txn,uck2,vdr,vtrna1-3,wdr12,ywhag,zdhhc16,和znf282。可以例如通過測量所指定的基因的rna水平來確定上調(diào)的表達。在16h時上調(diào)的teff基因的示例性列表包括aim2,alas1,b4galt5,batf,c3orf26,c4orf43,ccl3,ccl4,cct3,cct7,cd40lg,chac2,csf2,ctnna1,ebna1bp2,edaradd,eef1e1,eif2b3,eif2s1,fabp5,fam40b,fkbp4,fosl1,gfod1,glrx2,hspd1,hspe1,ifng,il15ra,il21,il2ra,il3,kcnk5,kiaa0020,larp4,lrp8,lta,manf,mir1182,mir155,mir155hg,mtch2,myof,ndufaf1,nln,nme1,nme1-nme2,otud7b,pam,pdia6,pea15,pfkm,pgam1,pgam4,ppil1,prdx4,prss23,psmd1,psmd11,psmd14,ptrh2,pus7,rbbp8,rpf2,rpp25,sfxn1,slc27a2,slc39a14,slc43a3,sord,spr,srxn1,stip1,stt3a,tbx21,tmcc2,tmem165,tnfrsf9,txn,txndc5,uck2,vdr,wdr12,ywhag,和zdhhc16。abbas基因集比較了17種免疫細胞類型的表達譜，并鑒定了相對于其他細胞類型在特定細胞類型中唯一表達的基因。包括在基因集分析中的選定的abbas基因集列在表3中，并且包括初始和靜息cd4+t細胞，初始和靜息cd8+t細胞，在12小時輔助th1，在48小時輔助th1，在12小時輔助th2，在48小時輔助th2，記憶t靜息(初始)細胞和記憶t活化細胞。表3:由基因上調(diào)或下調(diào)的靜息和活化的t細胞亞型組成的基因集(abbas數(shù)據(jù)集)gattinoni基因集比較了各種cd8+記憶t細胞亞組的表達譜。具體來說，從健康供體分離免疫細胞，并純化以下cd8+t記憶子集:tn(初始)，tscm(記憶干細胞)，tcm(中央記憶)，tem(效應記憶)。通過比較所有成對的組(例如tscm對tn)和通過鑒定從tn→tscm→tcm→tem按順序在四種條件中逐步增加或減少的那些基因，定義了基因集?；蚣治鲋锌紤]的來自gattinoni等人的選擇的基因集在表4中列出。表4:由基因上調(diào)或下調(diào)的靜息和活化的t細胞亞型組成的基因集(gattinoni數(shù)據(jù)集)評估每個基因集(例如all和cllrnaseq基因集，szabo基因集，abbas基因集和gattinoni基因集)，以下列方式確定其與受試者應答(即cr,pr或nr)的關聯(lián):計算每個受試者的元基因(meta-gene)，其中將受試者j的元基因得分定義為其中xij是對于給定基因集，受試者j中基因i的表達值n＝1,..,g；μ(xj)是受試者j中基因1,…,g的平均值；和σ(xj)是受試者j中基因1,…,g的標準差。將3組統(tǒng)計模型應用于每個基因集，以確定元基因在cll產(chǎn)物cr,pr和nr之間是否在統(tǒng)計學上是不同的。圖2b給出了說明該方法的示意圖。cr更像是靜息的teff細胞，而nr更像是活化的teff細胞。ctl019nr樣品比cr樣品處于更活化的狀態(tài)。被發(fā)現(xiàn)顯著改變并預測患者對cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法(例如ctl019)的應答的基因集列于表5中。表5:在cll樣品中富集的基因集圖3描繪了記憶t細胞前體和子集的示例性示意圖。不希望受特定理論的約束，ctl019樣品中記憶t細胞的狀態(tài)可能是應答的主要組成部分。對于實施例1中所述的制造產(chǎn)品研究中的患者的一個子集，也在通過單采血液成分術收集的t細胞上進行了全基因組rnaseq。在這14個單采血液成分術樣品(2個cr,3個pr和9個nrs)中評估了上述基因集。被發(fā)現(xiàn)顯著改變并預測患者對ctl019療法的應答的基因集列于表5。在7個all生產(chǎn)的產(chǎn)品cr樣品和4個all單采血液成分術cr樣品上進行全基因組rnaseq。如上對于cll樣品所述，為all樣品計算每個基因集的元基因得分。在表6中列出了具有與產(chǎn)品和單采血液成分術樣品(all→cllcr→cllpr→cllnr)中的預期應答模式相關的元基因分數(shù)的基因集。表6中標有*的基因集也與單采血液成分術樣品中的應答相關。表6:與產(chǎn)品all和cll樣品上應答相關的基因集(all→cllcr→cllpr→cllnr)表6基因集下調(diào)的tregvsteff0h(fc3p<0.05)*下調(diào)的tregvsteff16h(fc3p<0.05)上調(diào)的tregvsteff0h(fc4p<0.05)*上調(diào)的tregvsteff16h(fc4p<0.05)tcmvstem向下基因集tcmvstem向上基因集tnvstcm向下基因集*tnvstcm向上基因集*tnvstem向下基因集*tnvstem向上基因集*tscmvstcm向下基因集*tscmvstcm向上基因集*tscmvstem向上基因集*tscmvstn向下基因集*tscmvstn向上基因集*逐漸向下*逐漸向上*下調(diào)的cd8vscd4初始t細胞*上調(diào)的初始cd4vs12h活化的th1上調(diào)的初始cd4vs48h活化的th1上調(diào)的初始cd4vs12h活化的th2上調(diào)的初始cd4vs48h活化的th2*下調(diào)的th1vsth212h活化的例如，與tcm相比，發(fā)現(xiàn)tscm中上調(diào)的基因組成的基因集的元基因得分與單采血液成分術和產(chǎn)品樣品中的應答相關，圖4。來自健康供體樣品與制成品的元基因得分作為參考點被包含在該圖中。x軸是應答組的樣品，其中a＝單采血液成分術和p＝產(chǎn)品。y軸是歸一化的元基因表達得分。在cllcr(例如ctl019cr)中富集的基因集也富集在急性淋巴細胞白血病(alls)中。all和cllcrs都富含t干細胞(tscm)子集特異性基因，而cllpr和nrs富含t中心記憶(tcm)子集基因。在單采血液成分術中可以看到與產(chǎn)品樣品中相同的模式。all表達模式與cllcr最相似，并且在靜息/未刺激/早期記憶t細胞的方向上甚至更加極端。圖5a描繪了ctl019樣品的主要成分分析(pca)的示例性結果。該示例性pca結果示出了crs，all和正常樣品與pr和nr分開聚類。圖5b描繪了來自ctl019和單采血液成分術樣品的pca的示例性結果。該示例性pca結果說明，crs，all和正常樣品與prs和nrs以及與單采血液成分術聚類分開聚類。圖6描繪了描述單采血液成分術和產(chǎn)品樣品的免疫表型分型的示例性示意圖。對分類為完全應答者(cr)，部分應答者(pr)，非應答者(nr)或待決的生產(chǎn)的ctl019產(chǎn)品(例如，從cll患者獲得的基因工程化的表達car19的t細胞)評估免疫檢查點抑制劑分子，如pd-1，lag3和tim3的表達。通過流式細胞術分析來自對car表達細胞療法具有不同應答的cll患者的cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)(例如，制成品)，以確定cd4+和cd8+t細胞的百分比。cd19car表達細胞來自:應答car表達細胞療法(cr)的患者(n＝5)；部分應答car表達細胞療法的患者(n＝8)，不應答car表達細胞療法(nr)的患者(n＝19)；和待決，例如尚未分配到組(na)的患者(n＝3)。根據(jù)本領域已知的流式細胞術分析的標準方法，將細胞用特異性識別cd4，cd8，car19分子和免疫檢測點分子pd-1，lag3和tim3的抗體以及與熒光素綴合的第二抗體進行標記。通過流式細胞術分析軟件確定每種標志例如cd4+，cd8+等的表達，并進一步分析亞群(例如cd4+t細胞，cd8+t細胞或表達car19的t細胞)的免疫檢查點分子pd-1，lag3和tim3的表達。使用上述方法和分析，確定每個應答組中每個患者的cd4表達細胞和cd8表達細胞的百分比。如上所述，分析了來自cll患者的36個制備的ctl019樣品，并且包括5個cr,8個pr,19nr和3個待決樣品。圖7a描述了說明cd4+細胞百分比和患者應答的示例性結果。部分應答者顯示cd4+細胞的統(tǒng)計學顯著性較高百分比。圖7b描述了說明cd8+細胞百分比和患者應答的示例性結果。完全應答者被顯示具有統(tǒng)計學上顯著大百分比的cd8+細胞。用于確定表面標志表達的流式細胞術譜圖分析的實例示于圖8a和8b。使用流式細胞術測定表達cd4+的細胞，并進一步分析car19和pd-1表達，使得譜圖的x軸表示car19表達(左上(q5)和左下(q8)象限顯示car19陰性cd4+細胞，而右上(q6)和右下(q7)象限顯示表達car19的cd4+細胞)，y軸顯示pd-1表達(左下(q8)和右(q7)象限顯示pd-1陰性cd4+細胞，左上(q5)和右(q6)象限顯示表達pd-1的cd4+細胞)。在來自car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)應答者的cd4+群體中，44.7％的cd4+細胞總體表達pd-1，并且約22.3％的car19表達細胞為pd-1陽性，而27.2％的car19表達細胞是pd-1陰性的(圖8a)。相比之下，在非應答者的cd4+群體中，car19表達細胞總體顯著減少(與cr中49.5％相比約15.3％)，14.7％的car19表達細胞是pd-1陽性，而僅0.64％為pd-1陰性的(圖8b)。圖8a和圖8b中的譜圖間的比較表明，與car表達細胞應答者(約44.7％)相比，來自非應答者的高得多的百分比的cd4+細胞表達pd-1(約92.9％)。使用上述方法和分析，測定每個應答組中每個患者的cd4+群體和cd8+群體的pd-1表達(pd-1+)細胞百分比。與應答car療法(cr)的患者相比，非應答者在cd4+(圖8c)和cd8+(圖8d)群體中顯示具有更大百分比的pd-1+細胞；cd4+和cd8+群體的平均pd-1百分比的增加是統(tǒng)計學顯著的。部分應答者(pr)在cd4+(圖8c)和cd8+(圖8d)群體中顯示出比應答者(cr)更高的pd-1+細胞百分比。進行進一步分析以確定來自具有對car療法的不同應答的患者的表達pd-1，lag3和tim3的細胞的分布。cd4+群體中pd-1，lag3和tim3表達的代表性細胞譜分析顯示在圖9和圖10。首先分析細胞群體car19+表達。然后分析car19+群體的pd-1和lag3表達(圖9)或pd-1和tim-3表達(圖10)。在來自car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)應答者的lag3+群體中，36.1％的car19+細胞總體表達pd-1，約7.3％的lag3表達細胞為pd-1陽性，而5.9％的lag3表達細胞為pd-1陰性(圖9)。相比之下，在來自非應答者的car19+群體中，lag3表達細胞總體顯著增加(與cr中13.2％相比約69.7％)，67.3％的lag3表達細胞為car19+陽性，只有2.41％為pd-1陰性(圖9)。圖9中cr和nr流式細胞術譜之間的比較顯示，與car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)應答者(約7.3％)相比，高得多的百分比的來自非應答者的lag3+細胞表達pd-1(約67.3％)。使用上述方法和分析，確定每個應答組中每個患者的car19+群體的pd-1和lag-3表達(pd-1+/lag-3+)細胞的百分比。與應答car療法(cr)的患者相比，非應答者在car19+群體中顯示出更大百分比的pd-1+/lag-3+細胞(圖9)；car19+群體的平均pd-1/lag-3百分比的增加是統(tǒng)計學顯著的。在car19+(圖9)群體中部分應答者(pr)表現(xiàn)出比應答者(cr)更高的pd-1+/lag-3+細胞百分比。在一個實施方案中，nr產(chǎn)物表現(xiàn)出pd1+car+的耗盡表型和lag3的共表達。接下來，分析car19+群體的pd-1和tim-3表達(圖10)。在來自car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)應答者的tim+群體中，28.5％的car19+細胞總體表達pd-1(圖10)。相比之下，在來自非應答者的car19+群體中，tim3+/pd1+細胞顯著增加，83.3％的car19+表達細胞為tim3+/pd1+(圖10)。使用上述方法和分析，確定每個應答組中每個患者的car19+群體的pd-1和tim-3表達(pd-1+/tim-3+)細胞的百分比。與應答car療法(cr)的那些相比，非應答者在car19+群體中顯示出更大百分比的pd-1+/tim-3+細胞(圖10)；car19+群體的平均pd-1/tim-3百分比增加是統(tǒng)計學顯著的。在car19+(圖10)群體中部分應答者(pr)表現(xiàn)出比應答者(cr)更高的pd-1+/tim-3+細胞百分比。在一個實施方案中，nr產(chǎn)物表現(xiàn)出pd1+car+的耗盡表型和tim3的共表達使用流式細胞術測定表達cd4+和cd8+的細胞，進一步分析cd27+表達。使用上述方法和分析，為每個應答組中每個患者測定cd4+群體和cd8+群體的cd27表達(cd27+)細胞百分比。與非應答者(nr)相比，完全應答者(cr)和部分應答者(pr)在cd4+(圖11a)和cd8+(圖11b)群體中顯示出更大百分比的cd27+細胞；cd4+和cd8+群體平均cd27百分比的增加是統(tǒng)計學顯著的。在cd4+(圖11a)群體中部分應答者(pr)表現(xiàn)出比完全應答者(cr)更高百分比的cd27+細胞。在cd8+(圖11b)群體中，完全應答者(cr)表現(xiàn)出比部分應答者(pr)更高百分比的cd27+細胞。在一個實施方案中，car產(chǎn)品中的cd27水平與患者應答相關。在一個實施方案中，與pr和nr相比，crscd8+細胞顯示更高百分比的cd27+細胞。圖12描繪了鑒定單采血液成分術樣品中的應答相關性的示例性多色流式細胞術分析結果。分析了來自cll患者的26個單采血液成分術樣品。樣品包括4例cr,6例pr,14例nr并且1例患者未輸注。圖13描繪了示例性多色流式細胞術分析結果，其示出了較年輕的t細胞表型與對ctl019療法的應答之間的相關性。這些數(shù)據(jù)表明，cd27+cd45ro-在cd8+t細胞中的百分比預測了哪些cll患者將經(jīng)歷對ctl019的完全應答。圖14描繪了在ctl019療法之前人類患者中單采血液成分術的示例性分析。示例性結果說明，雖然患者1000-00045呈現(xiàn)非常少的t細胞，但是27％的t細胞是cd8+cd27+cd45ro-。圖15描繪了患者對ctl019療法的應答(患者1000-00045)的示例性結果。cd8+cd27+cd45ro-t細胞是患者對ctl019療法應答的陽性預測因子。這些示例性結果表明，單采血液成分術中良好的預后表型是高比例的cd8+cd27+cd45ro-t細胞(年輕表型)。ctl019產(chǎn)物中的不良預后表型是高百分比的pd1+car+和lag3+或tim3+t細胞(耗盡的表型)。將上述分析中的重要基因集細化為基因集內(nèi)的基因亞組，其在allcr/cllcr和cllnr之間顯著差異表達，并且遵循從all→cllcr→cllpr→clln的增加或減少的預期表達模式。顯著差異表達的基因的示例性列表列于表7a中。表7a是生物標志的示例性列表，所述標志的表達值預測患者對ctl019療法的應答。通過選擇作為細胞表面標志的基因，進一步精制表7a以產(chǎn)生流式細胞術生物標志基因小組。預測患者對ctl019療法的應答的示例性細胞表面基因如表8所示。表7a:預測患者對ctl019療法的應答的示例性基因表7a中最重要的基因定義為具有1)allcr/cllcr和cllnr之間大于2的絕對倍數(shù)變化和2)應答和表達相關性的p值小于0.01。在下表7b中列出的三十四種基因符合這一標準，并在四個額外平臺上測量這些基因的表達，以比較和驗證rnaseq的發(fā)現(xiàn)。這四個平臺是openarray，fluidigm，nanostring和qpcr。該跨平臺比較實驗的結果證實了本文所述的結果和結論。表7b還指出相對于非應答者，完全應答者(cr)中每種基因是否上調(diào)，或者相對于完全應答者在非應答者(nr)中是否上調(diào)。公開各基因序列的示例性出版物也在表7b中給出，并且每個出版物通過引用整體并入，包括其中的所有核酸和蛋白質(zhì)序列。表7b.從表7a中選擇的基因也評估了在mausetal.(annu.rev.immunol.2014)中描述并且并未納入gattinoni基因集的區(qū)分記憶t細胞亞群的細胞表面標志。除此之外，klrg1被鑒定為一種基因，其在單采血液成分術樣品中的表達從all→cllcr→cllpr→cllnr增加。klrg1表達值預測患者對ctl019療法的應答。至少cd57，cd27，cd122和cd62l被鑒定為產(chǎn)品樣品中的應答的生物標志。cd57，cd27，cd122和cd62l表達值預測患者對ctl019療法的應答。在一個實施方案中，完全應答者(cr)基因特征包括表9中描述的一種或多種生物標志譜。表9:完全應答者對car19療法的示例性生物標志譜在一個實施方案中，非應答者(nr)基因特征包括表10中描述的一種或多種生物標志譜。表10:非應答者對car19療法的示例性生物標志譜基于生物學的理解，來自無偏的特征選擇的基因、基因集和選擇的目的基因的組合可以用來進一步區(qū)分nr,pr,和cr。以前描述的工作在35個cll受試者樣品的研究中得到了擴展。這組35名受試者包括在先前的研究中的21名cll受試者，總共5個cr,9個pr和21個nr。在這項研究中收集并與對照珠過夜培養(yǎng)制造的cd19car表達細胞產(chǎn)物樣品。已經(jīng)鑒定出預測患者應答的基于mrna表達水平的新基因特征。cr對nr比較(n＝185)的基因列表于表18列出。表18.cr與nr比較的基因列表進行基因集分析以預測患者對cd19car表達細胞療法(例如ctl019)的應答。對實施例1中描述的基因集，以及實施例2中描述的三個附加數(shù)據(jù)集的基因集(szabo等人，abbas等人，以及gattinoni等人)進行基因集分析。評估每個基因集以確定其與受試者應答(即cr,pr或nr)的關聯(lián)，如實施例2所述。發(fā)現(xiàn)顯著改變并預測患者對cd19car表達細胞療法(例如，ctl019)的應答的基因集列于表19。表19.預測患者對car療法的應答的基因集基因集來源crsnrstregvsteff0hszaboteff0htreg0htregvsteff16hszaboteff16htreg16hteff16hvs0hszaboteff0hteff16htreg16hvs0hszabotreg0htreg16h初始cd4vs12hactth2abbas初始cd4th2初始cd4vs48hactth2abbas初始cd4th2初始cd4vs12hactth1abbas初始cd4th1未刺激的對刺激的記憶abbas未刺激的刺激的逐漸向下gattinoni早期晚期將上述分析中的重要基因集細化為基因集中在cr和nr之間顯著差異表達的基因亞組。顯著差異表達的基因的示例性列表列于表20中。表20是生物標志的示例性列表，所述生物標志的表達值預測患者對ctl019療法的應答。通過設置更嚴格的fdr,可以將表20進一步細化為高置信度生物標志的較小的列表。例如，使用0.10的fdr將導致265個基因的列表，并且0.01的fdr將導致27個基因的列表。表20.用于預測患者對car療法的應答的示例性生物標志實施例3:預后性的基于流式細胞術的測定法開發(fā)預后性基于流式細胞術的測定法來篩選患有癌癥的受試者(例如，具有血液癌癥，例如all和cll的患者)用于car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法，例如如本文所述的cd19car表達細胞療法，例如ctl019療法。在一些實施方案中，受試者正在參與臨床試驗。從患者分離樣品(例如，血液樣品)，并進行基于熒光流式細胞術的測定法，篩選實施例1和2中描述的一種或多種細胞表面或分泌的生物標志。測量的標志的示例性列表包括但不限于表8中所列的基因，例如通過流式細胞術(如果細胞表面表達)，或通過elisa(如果是分泌的)測量所述標志，并且其表達值預測患者對car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)療法，例如本文描述的cd19car表達細胞療法，如ctl019療法的應答。表8:預測患者對car表達細胞療法的應答的測量的示例性標志實施例4:預測類成員資格的分類器基于生物學理解，來自無偏特征選擇的基因、基因集和所選感興趣的基因的組合用于進一步區(qū)分完全應答者與部分應答者和非應答者。在一個實施方案中，來自無偏特征選擇的基因、基因集和所選感興趣的基因的組合用于進一步區(qū)分復發(fā)者與非復發(fā)者。在一個實施方案中，基于所有基因構建分類器以預測類成員資格。在一個實施方案中，類成員資格的預測進一步區(qū)分了nr,pr和cr。在一個實施方案中，類成員資格的預測進一步區(qū)分復發(fā)者與非復發(fā)者。備選地或另外，構建使用預定重要特征的子集的分類器。重要特征包括但不限于富集的元基因，元基因中顯著差異表達的基因的子集，及其組合。實施例5:預測car表達細胞效力的細胞因子表達特征本實施例描述了預測在慢性淋巴樣白血病(cll)和急性淋巴細胞白血病(all)中，患者對car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法(例如，cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法，例如ctl019療法)的應答的示例性細胞因子表達特征的鑒定，用于本發(fā)明。除此之外，本實施例描述了新的細胞因子表達特征，其基于體外活化后分泌的細胞因子譜來預測制備的car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)細胞產(chǎn)物的效力。在一個實施方案中，本文所述的新的細胞因子表達特征預測制備的car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)產(chǎn)物殺死靶腫瘤細胞的效力。在一個實施方案中，本文所述的新的細胞因子表達特征與cll中患者對car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法(例如cd19car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)療法，例如ctl019car表達細胞療法)的應答相關，以在輸注患者之前改善car表達細胞產(chǎn)物。在一個實施方案中，本文所述的新的細胞因子表達特征用于評估制造的car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)產(chǎn)物(例如cd19car表達細胞產(chǎn)物，例如ctl019產(chǎn)物)。在一個實施方案中，本文所述的新的細胞因子表達特征提供了制造方法優(yōu)化中的終點。已經(jīng)基于在重新輸注之前制造的cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)產(chǎn)物樣品中的細胞因子蛋白表達水平鑒定了新的細胞因子表達特征，其預測在慢性淋巴樣白血病(cll)中患者對cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法的應答。在從21個cll受試者樣品制備的制成品樣品的細胞因子蛋白質(zhì)表達研究中發(fā)現(xiàn)了鑒定的特征。cll受試者樣品(共21例)分層如下:ctl019制成品來源于6名ctl019療法的完全應答者(cr)患者，5名部分應答者(pr)患者，10名非應答者(nr)。使用13種細胞因子的小組發(fā)現(xiàn)了生產(chǎn)的產(chǎn)品中區(qū)分應答者和非應答者的幾種細胞因子表達特征。在腫瘤細胞殺傷測定中評估來自21名cll患者的ctl019制造產(chǎn)品的效力。簡言之，制造的ctl019產(chǎn)物在體外通過表達cd19的k562(k562-19細胞)“活化”。不希望被特定理論束縛，表達cd19的k562細胞(例如k562-19細胞)模擬cll患者中白血病的表達cd19的b細胞。工程化ctl019細胞以鑒定和殺傷在其細胞表面上表達cd19抗原的細胞，并且k562-19細胞的ctl019介導的殺傷作為評估腫瘤細胞的ctl019介導的殺傷效力的代理。在ctl019產(chǎn)物激活后，使用細胞因子的小組在共培養(yǎng)的培養(yǎng)基中測量細胞因子蛋白表達譜。測量示例性細胞因子的表達譜，并且ctl019細胞產(chǎn)物的效力與不同細胞因子的表達相關。在該分析中考慮的示例性細胞因子在表14中提供。表14:示例性細胞因子細胞因子entrezid官方基因符號ccl-20/mip-3a6364ccl20gm-csf1437csf2ifnγ3458ifngil-103586il10il-133596il13il-17a3605il17ail-23558il2il-2159067il21il-43565il4il-53567il5il-63569il6il-93578il9tnfα7124tnf然后使用多種數(shù)據(jù)分析方法發(fā)現(xiàn)新的細胞因子表達譜，所述方法包括1)雙聚類分析；和2)單變量分析。從測定法得到的細胞因子表達數(shù)據(jù)進行對數(shù)歸一化，并進行雙重聚類分析(使用完全連鎖方法進行分層聚類)。在刺激的ctl019產(chǎn)物和cll患者中細胞因子表達的雙聚類分析產(chǎn)生四個主要聚類(截止距離≤1.0，導致如圖17所示的4個聚類)，并鑒定了cr/pr和nr的不同亞組。在刺激的ctl019產(chǎn)物和cll患者中細胞因子表達的雙重聚類的示例性熱圖示于圖17。令人驚訝的是，兩個聚類(聚類1和聚類3)幾乎完全由cr和pr組成，而其他兩個聚類(聚類2和聚類4)主要包含nr。平均來說，crs/prs對nrs中細胞因子表達水平較高(圖17)。接下來，進行使用anova(方差分析)的3組單變量分析，其比較cr與pr與nr。使用0.05的p值截斷值確定統(tǒng)計學顯著性。不同細胞因子區(qū)別crs，prs和nrs的統(tǒng)計學顯著性(例如，p值)列于表15中。表15:使用anova在3組單變量分析中不同細胞因子區(qū)分crs，pr和nrs的統(tǒng)計學顯著性細胞因子p-值ccl20/mip3a0.001838il-17a0.001857il-60.006017tnfα0.013499il-20.034397il-210.055684il-50.075396il-100.08935il-90.098761ifnγ0.137263gm-csf0.191839il-40.197774il-130.222134單變量分析的3組模型鑒定了5種細胞因子，如il-17a，ccl-20/mip3a，il-6，il-2和tnfα，作為cll患者中對ctl019療法應答的統(tǒng)計學顯著標志(圖18和表15)。在cll患者中區(qū)分crs，pr和nrs的統(tǒng)計學顯著細胞因子的對數(shù)歸一化表達的示例性結果示于圖18。通過流式細胞術評估制造的ctl019產(chǎn)物以確定car+細胞的百分比。在單變量分析的3組模型中鑒定的5種細胞因子進一步與制備的ctl019產(chǎn)物每一種中car+細胞的百分比相關。表16中提供了細胞因子表達(來自上文討論的小組)和car+細胞的百分比(通過流式細胞術測定)的示例性相關系數(shù)和相應的p值。表16:細胞因子表達和car+細胞百分比的相關系數(shù)和相應的p值細胞因子相關系數(shù)p.值il-17a0.2783490.221794il-100.3903180.08024ccl20/mip3a0.3952730.076147il-50.4947580.022598il-40.5259820.014321tnfα0.5392760.011642gm-csf0.5882620.005032il-60.6318410.002122ifnγ0.6607380.001112il-20.6616080.001089il-210.6743780.0008il-90.708580.000324il-137.53e-018.19e-05ctl019產(chǎn)物中car+細胞的百分比表示轉導效率。在cll中，收獲前水平下car+細胞的百分比區(qū)分應答者(例如完全應答者和部分應答者)與非應答者(nr)。圖21描繪了示例性散點圖，其顯示了在收獲前完全應答者(cr)(紅色)，部分應答者(pr)(藍色)和非應答者(nr)(紅色)的car+細胞百分比(即轉導率)。在收獲前測量轉導效率并與受試者應答(例如cr,pr或nr)相關。實線表示將大多數(shù)非應答者與應答者分開的15％轉導效率。不希望受到特定理論的束縛，這些數(shù)據(jù)表明，收獲前car轉導效率是cll中car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)療法的應答標志。進行il17a與ccl20細胞因子表達的相關性分析，并通過散點圖分析評估其與臨床應答的關聯(lián)。圖19a示出了示例性散點圖，其顯示il17a(y軸)和ccl20(x軸)表達的對數(shù)歸一化相關性，相關系數(shù)為0.928，相應p值為1.36e-09。虛線表示將nr與cr/pr分離的分類邊界。圖19a中的每個點代表cll患者，交叉陰影(nr)，黑色(pr)和白色(cr)代表臨床應答。圖19a中的分類邊界顯示，il-17a和ccl20的組合幾乎分離了所有的nr與cr/pr,并且pr又與cr分開聚類。其中，這些數(shù)據(jù)表明表16中列出的一種或多種細胞因子的car+細胞表達預測臨床應答。令人驚訝的是，il-17a和ccl-20的表達水平與ctl019產(chǎn)品中car+細胞的百分比(代表轉導效率)不相關。不希望受特定理論的束縛，這些數(shù)據(jù)表明il-17a和ccl-20細胞因子表達水平在以幾種方式制造的car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)(例如制造的cd19car表達細胞產(chǎn)物)的效力方面具有信息性(例如，預測應答)。首先，細胞因子特征與cll中對ctl019car表達細胞療法的患者應答相關。因此，本文所述的細胞因子特征可以用于在患者中輸注之前改善和/或修飾car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)產(chǎn)物(例如，cd19car表達細胞產(chǎn)物，例如ctl019)，以具有較高的臨床療效。其次，本文所述的細胞因子特征可用于評估制造的car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)產(chǎn)物，從而提供制造方法優(yōu)化中的終點。在一個實施方案中，本文所述的細胞因子特征限定car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)產(chǎn)物的效力。在一個實施方案中，本文所述的細胞因子特征是對血液癌癥(例如cll或all)中的car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)產(chǎn)物的應答的標志。在一個實施方案中，本文所述的細胞因子特征預測對car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)產(chǎn)物的受試者應答。在一個實施方案中，表16中所述的細胞因子特征預測對car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)產(chǎn)物的受試者應答。在一個實施方案中，il-17a和ccl-20表達水平預測對car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)產(chǎn)物的受試者應答。實施例6:鑒定預測b細胞急性淋巴細胞白血病(b-all)中對cd19car表達細胞療法的受試者復發(fā)的因子本實施例描述了鑒定在b細胞急性淋巴細胞白血病(b-all)中預測對cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法(例如，ctl019療法)的患者復發(fā)的轉錄基因特征，根據(jù)本發(fā)明使用。其中，本實施例描述了基于cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)治療(例如，ctl019)(單采血液成分術或者骨髓)之前患者中或在重新輸注之前在制備的cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)產(chǎn)物樣品(例如，ctl019)中所選基因的mrna表達水平的新基因特征。在一個實施方案中，本實施例描述了將b-all中ctl019療法的復發(fā)者與b-all中ctl019療法的非復發(fā)者區(qū)別開的新基因特征。本實施例描述了用于本發(fā)明的無偏特征選擇以發(fā)現(xiàn)預測b-all中cd19car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)療法(例如ctl019)的受試者復發(fā)的新基因特征的方法。本實施例還描述了根據(jù)本發(fā)明使用的發(fā)現(xiàn)新基因特征的基因集分析方法。鑒定了在重新輸注之前基于制備的cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)產(chǎn)物樣品中的mrna表達水平的新基因特征，其預測b細胞急性淋巴細胞白血病(b-all)中cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)療法的受試者復發(fā)。在包括7個b-all受試者樣品的制造的產(chǎn)品樣品的全基因組rnaseq研究中發(fā)現(xiàn)了鑒定的特征。b-all受試者樣品(共7個)分層如下：生物樣品取自ctl019治療后4個未復發(fā)的受試者(“非復發(fā)者”)，ctl019治療后3個復發(fā)的受試者(“復發(fā)者”)。發(fā)現(xiàn)了在制造的產(chǎn)品樣品中區(qū)分應答者和非應答者以及復發(fā)者和非復發(fā)者的幾種基因特征，并在下面進一步描述。然后使用多種數(shù)據(jù)分析方法:1)無偏特征選擇；2)基因集分析；和3)所選擇的感興趣的基因的差異表達分析發(fā)現(xiàn)新的基因特征。通過確定哪些基因在復發(fā)者與非復發(fā)者的2組比較之間差異表達，發(fā)現(xiàn)了來自無偏特征選擇的新基因特征，所述2組比較比較了3名復發(fā)者與4名非復發(fā)者。如果差異表達在2組比較中具有統(tǒng)計學顯著性并且fdrp值截斷值為0.25，則將基因定義為差異表達。復發(fā)者相對于非復發(fā)者比較的基因列表(n＝17)列于表17中。應用兩組統(tǒng)計模型來確定元基因在組間是否有統(tǒng)計學差異，與圖2b中所示的方法相似。圖2b描繪了在完全應答者(cr)，部分應答者(pr)和非應答者(nr)中活化的teff相對于靜息teff細胞中上調(diào)的基因的示例性熱圖。不希望受特定理論的限制，這些數(shù)據(jù)表明cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)產(chǎn)物(例如ctl019)中t細胞的分化狀態(tài)與受試者應答(即cr,pr或nr)相關，并預測b-all中cd19car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)治療(例如ctl019治療)的受試者復發(fā)。如實施例1所述，完全應答者基因特征更像靜息的treg和teff細胞。除此之外，復發(fā)者的基因特征(例如，ctl019治療復發(fā)的完全應答者)含有在靜息時在treg相對于teff細胞中上調(diào)的基因。不希望受特定理論的約束，這些數(shù)據(jù)表明，b-all中car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)治療(例如ctl019)的復發(fā)者與car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)治療(例如ctl019)非復發(fā)者相比具有更高水平的treg。圖21描繪了示例性結果，其示出了相對于非復發(fā)者，treg在復發(fā)者(r)中差異富集，例如，與完全應答者(cr)(例如非復發(fā)者)相比，復發(fā)者表達高水平的treg基因。公開各基因序列的示例性出版物或序列號也在表17中給出，并且每個出版物通過引用整體(包括其中的所有核酸和蛋白質(zhì)序列)并入。表17:預測ctl019治療的患者復發(fā)的示例性基因基因集分析產(chǎn)生了許多基因特征，其預測b-all中ctl019治療的受試者復發(fā)。以下基因在復發(fā)者中顯示出升高的水平和非復發(fā)者中降低的水平:mir199a1,mir1203,uc021ovp,itm2c,和hla-dqb1。以下基因在復發(fā)者中顯示出降低的水平和非復發(fā)者中升高的水平:ppial4d,ttty10,txlng2p,mir4650-1,kdm5d,usp9y,prky,rps4y2,rps4y1,ncrna00185,sult1e1,和eif1ay。特別地，本實施例描述了根據(jù)本發(fā)明使用的發(fā)現(xiàn)新基因特征的基因集分析方法。除此之外，本實施例描述了基于基因集分析的新基因特征，其可預測在b-all中cd19car表達細胞(例如t細胞，nk細胞)治療(例如ctl019)的患者復發(fā)。對表17所示的基因集進行基因集分析，并用實施例2中所述的基因集進行基因集分析，例如基因集來源于(1)基于szabo等人(本文所公開)的基因集的另外的實驗；(2)由abbasetal.ingenomeresearch2005發(fā)表的基因集；和(3)gattinonietal.innaturemedicine2011公開的基因集。在實施例2中詳細描述了szabo，abbas和gattinoni各自的基因集。由szabo定義并在本分析中考慮的基因集列于實施例2的表2中。由abbas定義并在本分析中考慮的基因集列于實施例2的表3中。由gattinoni定義并在本分析中考慮的基因集列于實施例2的表4中。評估各基因集(例如，b-allrnaseq基因集，szabo基因集，abbas基因集和gattinoni基因集)，以下列方式確定其與受試者應答(即，復發(fā)者或非復發(fā)者)的關聯(lián):計算每個受試者的元基因，其中受試者j的元基因分數(shù)定義為其中xij是對于給定基因集，受試者j中基因i的表達值，n＝1,..,g；μ(x，j)是受試者j中基因1,…,g的平均值；和σ(x，j)是受試者j中基因1,…,g的標準差。將2組統(tǒng)計模型應用于每個基因集，以確定元基因在復發(fā)者和非復發(fā)者的所制備的ctl019產(chǎn)物之間是否是統(tǒng)計學上不同的。闡明該方法的示意圖在圖2b給出。在szabo，abbas和gattinoni基因集中，有一個在復發(fā)者和非復發(fā)者之間顯著差異富集的基因集。該基因集來自szabo系列，并且包含treg相對于teff細胞在靜息時上調(diào)的基因，并與ctl019治療的患者復發(fā)相關。具體來說，該基因集被發(fā)現(xiàn)富集于復發(fā)者，表明復發(fā)者與非復發(fā)者相比具有較高水平的tregs。例如，與teff細胞相比，由treg中上調(diào)的基因組成的基因集的元基因得分與產(chǎn)品樣品中的患者復發(fā)相關(參見圖20)。圖20描繪了示例性結果(p＝0.000215)，其闡述與非復發(fā)者，完全應答者(cr)相比，treg基因在復發(fā)者(r)中具有高表達水平。x軸是應答組的樣品，其中cr＝完全應答者，r＝復發(fā)者。y軸是歸一化的元基因表達得分。在一個實施方案中，本文所述的基因特征用于使制造的產(chǎn)品改進，從而降低患者復發(fā)的可能性。在一個實施方案中，本文所述的基因特征用于修飾制成品的治療應用，從而降低患者復發(fā)的可能性。在一個實施方案中，本文所述的基因特征在car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)治療(例如，cd19car表達細胞治療，例如ctl019治療)之前在受試者中鑒定，其預測car表達細胞(如t細胞，nk細胞)治療的復發(fā)。在一個實施方案中，本文所述的基因特征在單采血液成分術樣品中鑒定。在一個實施方案中，本文所述的基因特征在骨髓樣品中被鑒定。在一個實施方案中，本文所述的基因特征在制備的car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)產(chǎn)物(例如cd19car表達細胞產(chǎn)物，例如ctl019)中在輸注前鑒定。不希望受特定理論的束縛，這些數(shù)據(jù)表明，在單采血液成分術前或在制備car表達細胞(例如，t細胞，nk細胞)產(chǎn)品期間降低患者中的treg特征顯著降低了患者復發(fā)的風險。實施例7:注入患者的cd27+pd1-cart細胞數(shù)量預測對療法的應答為29名cll患者(8名完全應答者和21名非應答者)確定了ctl019輸注產(chǎn)品中cd27+pd1-細胞數(shù)。輸注的cd27+pd1-cart細胞數(shù)和治療應答之間的關系如圖22中的條形圖和圖23中的散點圖所示。每個患者的閾值設置為1x107個cart細胞。在完全應答者和非應答者之間觀察到統(tǒng)計學顯著差異(p<0.0001)。該實驗表明cll患者對cart19免疫療法的完全緩解與較高數(shù)目的輸注的cd27+pd1-cart細胞相關。等同方案通過考慮本文公開的本發(fā)明的說明書或實踐，本發(fā)明的其它實施方案對于本領域技術人員將是顯而易見的。雖然已經(jīng)參考具體方面公開了本發(fā)明，但是顯而易見的是，在不脫離本發(fā)明的真實精神和范圍的情況下，本領域技術人員可以設計出本發(fā)明的其它方面和變型。所附權利要求旨在被解釋為包括所有這些方面和等同變型。當前第1頁12