專利名稱：作為前列腺癌標(biāo)志物的磷酸二酯酶4d7的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及用作前列腺癌標(biāo)志物的磷酸二酯酶4D7(PDE4D7)，以及PDE4D7作為用于診斷、檢測(cè)、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展的標(biāo)志物的應(yīng)用。本發(fā)明也涉及用于診斷、檢測(cè)、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展的組合物，對(duì)應(yīng)的方法和免疫測(cè)定，用于相對(duì)于激素-敏感的前列腺癌而診斷、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)激素-抗性的前列腺癌的方法，對(duì)應(yīng)的免疫測(cè)定，數(shù)據(jù)獲取方法，用于診斷、檢測(cè)、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展的免疫測(cè)定，鑒別個(gè)體對(duì)于前列腺癌治療的適合性(eligibility)的方法，用于分級(jí) (stratify)具有前列腺癌疾病的一個(gè)個(gè)體或一群個(gè)體的免疫測(cè)定，用于分級(jí)具有前列腺癌的個(gè)體的免疫測(cè)定，以及藥物組合物，所述藥物組合物包含直接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物、間接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物、PDE4D7蛋白或其生物活性等效物、編碼和表達(dá)PDE4D7的核酸、對(duì)PDE4D7 miRNA特異性的miRNA抑制劑、脫甲基化劑和/ 或磷酸二酯酶置換因子。
背景技術(shù)：
癌癥是一類疾病，其中一群細(xì)胞表現(xiàn)出失控的生長、侵入，并有時(shí)表現(xiàn)出轉(zhuǎn)移。癌癥的這3種惡性性質(zhì)將它們與良性腫瘤區(qū)別開，所述良性腫瘤是自我限制的，不會(huì)侵入或轉(zhuǎn)移。在發(fā)達(dá)國家，在男性中，3種最常診斷出的癌癥是前列腺癌、肺癌和結(jié)直腸癌。具體地，在歐洲男性中，前列腺癌是最常見的惡性腫瘤。在2002年，在歐洲，據(jù)估計(jì)有225，000 位男性被新診斷出前列腺癌，約83，000人死于該病。已經(jīng)將某些磷酸二酯酶與癌癥發(fā)展相關(guān)聯(lián)。例如，已經(jīng)證實(shí)，磷酸二酯酶PDE7與慢性淋巴細(xì)胞白血病有關(guān)(Zhang L等人，PNAS，2008，105 09) :19532-7)。然而，對(duì)于許多癌癥類型或癌癥進(jìn)展形式，沒有可利用的適當(dāng)標(biāo)志物分子。例如，傳統(tǒng)上通過前列腺-特異性的抗原(PSA)的血清水平，診斷前列腺癌。但是， PSA不是前列腺癌-特異性的，且可以在其它情況下升高，導(dǎo)致大量假陽性(在接受活組織檢查的、具有升高的PSA水平的男性中，約70%沒有發(fā)現(xiàn)癌癥)。此外，存在不可預(yù)測(cè)數(shù)目的假陰性，他們以后在有“正?！盤SA檢驗(yàn)存在下發(fā)展成前列腺癌。因此，需要提供新的且有效的、替代性的診斷前景，其用于檢測(cè)、監(jiān)測(cè)和預(yù)測(cè)前列腺癌。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明滿足了該需要，并提供了裝置和方法，它們?cè)试S診斷和檢測(cè)前列腺癌。上述目的通過用作前列腺癌標(biāo)志物的磷酸二酯酶4D7 (PDE4D7)來實(shí)現(xiàn)。發(fā)明人證實(shí)，磷酸二酯酶4D7在前列腺癌細(xì)胞系和患者衍生出的前列腺組織中被向下調(diào)節(jié)。因而，PDE4D7被視作前列腺癌預(yù)測(cè)的生物標(biāo)志物，和用于分級(jí)某些癌癥監(jiān)督方案以及預(yù)測(cè)和監(jiān)測(cè)前列腺癌進(jìn)展的判斷工具。具體地，發(fā)明人證實(shí)，PDE4D7在激素-抗性的人-衍生的前列腺細(xì)胞系以及對(duì)應(yīng)的人組織樣品中被向下調(diào)節(jié)。因而，基于用作前列腺癌標(biāo)志物的PDE4D7的診斷方法和應(yīng)用可以有利地用于(i)檢測(cè)和診斷危及生命的前列腺癌形式，(ii)預(yù)測(cè)危及生命的前列腺癌形式，(iii)監(jiān)測(cè)癌癥向危及生命的前列腺癌形式的進(jìn)展，和(iv)區(qū)分無痛的和危及生命的癌癥形式。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及用于診斷、檢測(cè)、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展的組合物，所述組合物包含PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物或蛋白的核酸親和配體和/或肽親和配體。在本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述組合物包含被修飾成起造影劑(contrast agent)作用的核酸親和配體或肽親和配體。 在本發(fā)明的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述組合物包含對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物特異性的寡核苷酸集合、對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物特異性的探針、對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物或蛋白特異性的適體、對(duì)PDE4D7蛋白特異性的抗體和/或?qū)DE4D7蛋白特異性的抗體變體。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及PDE4D7作為用于診斷、檢測(cè)、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展的標(biāo)志物的應(yīng)用。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及用于檢測(cè)、診斷、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展的方法，所述方法包括測(cè)定PDE4D7的水平的步驟。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及用于診斷、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)激素-抗性的前列腺癌或向激素-抗性的前列腺癌的進(jìn)展的方法，其中所述方法會(huì)辨別激素-敏感的和激素-抗性的前列腺癌，所述方法包括下述步驟(a)測(cè)定樣品中PDE4D7的水平；(b)測(cè)定樣品中參照基因的表達(dá)水平；(c)將測(cè)得的PDE4D7表達(dá)水平標(biāo)準(zhǔn)化成參照基因的表達(dá)；和對(duì)比標(biāo)準(zhǔn)化的表達(dá)水平和選擇用于排除激素-敏感的前列腺癌的預(yù)定截止值，其中低于截止值的標(biāo)準(zhǔn)化的表達(dá)水平指示著激素-抗性的前列腺癌，其中所述截止值是在約 1至7之間，優(yōu)選約5。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及數(shù)據(jù)獲取方法，其至少包括下述步驟(a)測(cè)試個(gè)體中PDE4D7的表達(dá)；和(b)將在步驟(a)中測(cè)定的表達(dá)與對(duì)照水平相對(duì)比。在本發(fā)明的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述診斷、檢測(cè)、監(jiān)測(cè)、預(yù)測(cè)或數(shù)據(jù)獲取是在從個(gè)體獲得的樣品上進(jìn)行。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及用于檢測(cè)、診斷、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展的免疫測(cè)定，其至少包括下述步驟(a)測(cè)試樣品中PDE4D7的表達(dá)，(b)測(cè)試對(duì)照樣品中PDE4D7的表達(dá)，(c)測(cè)定步驟(a)和(b)中PDE4D7的表達(dá)的差異；和(d)基于在步驟(C)中得到的結(jié)果，確定前列腺癌的存在或階段或前列腺癌的進(jìn)展，其中所述測(cè)試步驟是基于特異性地結(jié)合PDE4D7的抗體的應(yīng)用。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及用于辨別激素-敏感的和激素-抗性的前列腺癌的免疫測(cè)定，所述免疫測(cè)定包括下述步驟(a)測(cè)定樣品中PDE4D7的水平；
(b)測(cè)定樣品中參照基因的表達(dá)水平；(c)將測(cè)得的PDE4D7表達(dá)水平標(biāo)準(zhǔn)化成參照基因的表達(dá)水平；和(d)對(duì)比標(biāo)準(zhǔn)化的表達(dá)水平和選擇用于排除激素-敏感的前列腺癌的預(yù)定截止值，其中低于截止值的標(biāo)準(zhǔn)化的表達(dá)水平指示著激素-抗性的前列腺癌，其中所述截止值是在約1至7之間，優(yōu)選約5。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及鑒別個(gè)體對(duì)于前列腺癌治療的適合性的方法，所述方法包括(a)測(cè)試從個(gè)體獲得的樣品中PDE4D7的表達(dá)；(b)測(cè)試所述樣品中參照基因的表達(dá)，和/或測(cè)試對(duì)照樣品中PDE4D7的表達(dá)；(c)相對(duì)于步驟(b)中對(duì)照樣品中PDE4D7的水平，分類步驟(a)的表達(dá)水平；和(d)在個(gè)體的樣品被分類為具有降低的PDE4D7表達(dá)水平的情況下，將該個(gè)體鑒別為適合接受前列腺癌治療。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及用于分級(jí)具有前列腺癌疾病的一個(gè)個(gè)體或一群個(gè)體的免疫測(cè)定，其包括(a)測(cè)試從個(gè)體獲得的樣品中PDE4D7的表達(dá)；(b)測(cè)試所述樣品中參照基因的表達(dá)，和/或測(cè)試對(duì)照樣品中PDE4D7的表達(dá)；(c)測(cè)定步驟(a)中PDE4D7的表達(dá)與步驟(b)中PDE4D7和/或參照基因的表達(dá)的差異；和(d)在個(gè)體的樣品具有降低的PDE4D7表達(dá)水平的情況下，基于在步驟(c)中得到的結(jié)果，將一個(gè)個(gè)體或一群個(gè)體分級(jí)給前列腺癌治療。在本發(fā)明的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，通過測(cè)量核酸或蛋白水平，或通過測(cè)定 PDE4D7或參照基因的生物活性，完成所述表達(dá)的測(cè)試或測(cè)定，或另外完成。在本發(fā)明的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述方法或免疫測(cè)定包括下述額外步驟將測(cè)得的核酸或蛋白水平或測(cè)得的生物活性與對(duì)照水平相對(duì)比。在本發(fā)明的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述參照基因是持家基因，特別優(yōu)選GAPDH 或PB⑶，或不同的磷酸二酯酶，特別優(yōu)選PDE4D5。在本發(fā)明的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述方法或免疫測(cè)定包括下述額外步驟測(cè)定前列腺特異性的抗原(PSA)的水平。在本發(fā)明的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，如上所述的樣品是組織樣品、尿樣品、尿沉積物樣品、血液樣品、唾液樣品、精液樣品、包含循環(huán)腫瘤細(xì)胞的樣品、或包含前列腺分泌的外核體的樣品。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及藥物組合物，其包含至少一種選自下述的組分(a)直接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物，優(yōu)選PDE4D7酶活性的變構(gòu)激動(dòng)劑；(b)間接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物；(c)PDE4D7蛋白或其生物活性等效物；(d)編碼和表達(dá)PDE4D7的核酸；(e)對(duì) PDE4D7miRNA 特異性的 miRNA 抑制劑；(f)脫甲基化劑；和
(g)磷酸二酯酶置換因子。由于磷酸二酯酶4D7在疾病-相關(guān)的細(xì)胞系中被向下調(diào)節(jié)，PDE4D7本身和調(diào)節(jié) PDE4D7、調(diào)節(jié)PDE4D7表達(dá)或調(diào)節(jié)PDE4D7相互作用的試劑，可以有利地用作藥物。因而，通過抵消觀察到的向下調(diào)節(jié)過程，PDE4D7和/或PDE4D7調(diào)節(jié)劑可以用作藥物，例如用作抵消與低PDE4D7表達(dá)或它的向下調(diào)節(jié)有關(guān)的所有或某些作用的藥物。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及用于治療或預(yù)防前列腺癌的藥物組合物，其包含至少一種選自下述的組分(a)直接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物，優(yōu)選PDE4D7酶活性的變構(gòu)激動(dòng)劑；(b)間接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物；(c)PDE4D7蛋白或其生物活性等效物；(d)編碼和表達(dá)PDE4D7的核酸；(e)對(duì) PDE4D7miRNA 特異性的 miRNA 抑制劑；(f)脫甲基化劑；和(g)磷酸二酯酶置換因子。由于磷酸二酯酶4D7在癌細(xì)胞系中被向下調(diào)節(jié)，PDE4D7本身和調(diào)節(jié)PDE4D7或調(diào)節(jié) PDE4D7表達(dá)或調(diào)節(jié)PDE4D7相互作用的試劑，可以有利地用作藥物，用于治療癌癥，尤其是用于治療前列腺癌。因而，通過抵消觀察到的向下調(diào)節(jié)過程，PDE4D7和/或PDE4D7調(diào)節(jié)劑可以用作藥物，其抵消癌性細(xì)胞中、尤其是前列腺癌細(xì)胞中的低PDE4D7表達(dá)和/或PDE4D7 向下調(diào)節(jié)。在本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，上文所述的前列腺癌治療包括施用上文定義的藥物組合物，或與其它癌癥療法(優(yōu)選放射療法或化學(xué)療法)組合地施用上文定義的藥物組合物。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及治療或預(yù)防癌癥、尤其是前列腺癌的方法，所述方法包括給個(gè)體施用(a)直接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物，優(yōu)選PDE4D7酶活性的變構(gòu)激動(dòng)劑；(b)間接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物；(c)PDE4D7蛋白或其生物活性等效物；(d)編碼和表達(dá)PDE4D7的核酸；(e)對(duì) PDE4D7miRNA 特異性的 miRNA 抑制劑；(f)脫甲基化劑；和/或(g)磷酸二酯酶置換因子。在本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，如上所述的磷酸二酯酶置換因子是肽、肽擬似物、小分子、抗體或適體。在本發(fā)明的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述前列腺癌是激素-抗性的前列腺癌。從下面的詳細(xì)描述，結(jié)合附圖和實(shí)施例，會(huì)明白本發(fā)明的這些和其它特性、特征和目的，所述附圖和實(shí)施例作為例證，證實(shí)了本發(fā)明的原理。描述僅僅為了舉例而給出，不是限制本發(fā)明的范圍。


圖1給出了測(cè)試的樣品的表達(dá)水平的概要。AD是指“依賴于雄激素的”，AS表示 “雄激素敏感的”，且AI是指“獨(dú)立于雄激素的”。樣品“PC346P異種移植物”至“346Flu2” 是細(xì)胞系，樣品吁以95”至“PC374”是異種移植物。圖2描述了與LNCaP相比，標(biāo)準(zhǔn)化成GAPDH的幾種前列腺癌細(xì)胞系和異種移植物中的相對(duì)PDE4D7mRNA表達(dá)。該圖提供了所有研究的樣品(包括細(xì)胞系和異種移植物材料) 的概要。圖3描述了與LNCaP相比，標(biāo)準(zhǔn)化成GAPDH的前列腺癌細(xì)胞系中的相對(duì) PDE4D7mRNA 表達(dá)。圖4描述了與LNCaP相比，標(biāo)準(zhǔn)化成GAPDH的前列腺癌異種移植物中的相對(duì) PDE4D7mRNA 表達(dá)。圖5顯示了表示為前列腺癌細(xì)胞系和異種移植物中的總PDE4DmRNA的百分比的 PDE4D7含量。該圖提供了所有研究的樣品(包括細(xì)胞系和異種移植物材料)的概要。圖6顯示了表示為前列腺癌細(xì)胞系中的總PDE4D mRNA的百分比的PDE4D7含量。圖7顯示了表示為前列腺癌異種移植物中的總PDE4D mRNA的百分比的PDE4D7含量。圖8顯示了人患者組織樣品中人PDE4D7的相對(duì)基因表達(dá)。信息源自共16個(gè)不同的樣品，如表1所示(包括淋巴結(jié)切除的組織)。樣品組“1 =無”被定義為激素-響應(yīng)性的原發(fā)性前列腺腫瘤，樣品組“2 =有”被定義為激素-抗性的前列腺腫瘤。指出了人前列腺組織的人PDE4D7的單個(gè)相對(duì)表達(dá)值。將結(jié)果標(biāo)準(zhǔn)化為GAPDH和PB⑶的表達(dá)。為每個(gè)患者組指出了數(shù)據(jù)相對(duì)數(shù)據(jù)測(cè)量的中位值。圖9顯示了人患者組織樣品中人PDE4D7的相對(duì)基因表達(dá)。信息源自共16個(gè)不同的樣品，如表1所示(包括淋巴結(jié)切除的組織)。樣品組“1”被定義為激素-響應(yīng)性的原發(fā)性前列腺腫瘤，樣品組“2”被定義為激素-抗性的前列腺腫瘤。將結(jié)果標(biāo)準(zhǔn)化為GAPDH和 PBGD的表達(dá)。該圖顯示了人PDE4D7的單個(gè)數(shù)據(jù)相對(duì)表達(dá)測(cè)量的框圖，因此該框包括所有測(cè)量的75%。中間相對(duì)表達(dá)值被指示為2個(gè)彩色框之間的邊界。圖10顯示了人患者組織樣品中人PDE4D7的相對(duì)基因表達(dá)。信息源自共12個(gè)不同的樣品，如表1所示(不包括淋巴結(jié)切除的組織)。樣品組“1 =無”被定義為激素-響應(yīng)性的原發(fā)性前列腺腫瘤，樣品組“2 =有”被定義為激素-抗性的前列腺腫瘤。將結(jié)果標(biāo)準(zhǔn)化為GAPDH和PB⑶的表達(dá)。顯示了人前列腺組織的人PDE4D7的單個(gè)相對(duì)表達(dá)值。給出了每個(gè)患者組的數(shù)據(jù)相對(duì)數(shù)據(jù)測(cè)量的中位值。圖11顯示了人患者組織樣品中人PDE4D7的相對(duì)基因表達(dá)。信息源自共12個(gè)不同的樣品，如表1所示(不包括淋巴結(jié)切除的組織)。樣品組“1”被定義為激素-響應(yīng)性的原發(fā)性前列腺腫瘤，樣品組“2”被定義為激素-抗性的前列腺腫瘤。將結(jié)果標(biāo)準(zhǔn)化為GAPDH 和PB⑶的表達(dá)。該圖顯示了人PDE4D7的單個(gè)數(shù)據(jù)相對(duì)表達(dá)測(cè)量的框圖，因此該框包括所有測(cè)量的75%。中間相對(duì)表達(dá)值被指示為2個(gè)彩色框之間的邊界。圖12顯示了人PDE4D7體內(nèi)表達(dá)對(duì)PC3前列腺癌細(xì)胞的增殖的影響。
具體實(shí)施例方式發(fā)明人已經(jīng)發(fā)現(xiàn)，PDE4D7在某些前列腺癌-相關(guān)的細(xì)胞類型和人患者組織中被強(qiáng)烈地向下調(diào)節(jié)，且因此可以用作前列腺癌的生物標(biāo)志物。PDE4D7以及調(diào)節(jié)PDE4D7或調(diào)節(jié) PDE4D7表達(dá)的試劑可以進(jìn)一步用作藥物，尤其是用于治療前列腺癌。盡管將關(guān)于特定實(shí)施方案描述本發(fā)明，該描述不應(yīng)以限制性的意義進(jìn)行解釋。在詳細(xì)描述本發(fā)明的示例性實(shí)施方案之前，給出對(duì)于理解本發(fā)明而言重要的定義。如在本說明書和所附的權(quán)利要求書中所使用的，單數(shù)形式“一個(gè)”和“一種”也包括各自的復(fù)數(shù)形式，除非上下文另有清楚指示。在本發(fā)明的上下文中，術(shù)語“約”和“大約”表示本領(lǐng)域技術(shù)人員會(huì)理解的準(zhǔn)確度區(qū)間，其仍然確保目標(biāo)特征的技術(shù)效果。該術(shù)語通常表示，從指示的數(shù)值偏離士20%、優(yōu)選士 15%、更優(yōu)選士 10%、甚至更優(yōu)選士5%。應(yīng)當(dāng)理解，術(shù)語“包含”不是限制性的。為了本發(fā)明的目的，術(shù)語“由......組成”
視作術(shù)語“包含......”的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案。如果在下文中將一個(gè)集合定義為至少包含
特定數(shù)目的實(shí)施方案，這是表示，也包括優(yōu)選地僅由這些實(shí)施方案組成的集合。此外，術(shù)語“第一”、“第二”、“第三”或“ (a) ”、“ (b) ”、“ (C) ”、“ (d) ”等在說明書和權(quán)利要求書中用于區(qū)分類似的要素，不一定用于描述先后次序或時(shí)間次序。應(yīng)當(dāng)理解，這樣使用的術(shù)語在適當(dāng)?shù)那闆r下是可互換的，且本文描述的本發(fā)明的實(shí)施方案能夠以不同于本文描述或例證的次序來運(yùn)行。在術(shù)語“第一”、“第二”、“第三”或“(a) ”、“ (b) ”、“(C) ”、“ (d) ”等涉及方法或使用
步驟的情況下，在步驟之間沒有時(shí)間或時(shí)間間隔相干性，即所述步驟可以同時(shí)進(jìn)行，或在這樣的步驟之間可以存在數(shù)秒、數(shù)分鐘、數(shù)小時(shí)、數(shù)天、數(shù)周、數(shù)月或甚至數(shù)年的時(shí)間間隔，除非在本文上面或下面闡述的說明書中另有指示。應(yīng)當(dāng)理解，本發(fā)明不限于本文描述的特定的方法學(xué)、方案、蛋白、細(xì)菌、載體、試劑等，因?yàn)樗鼈兛梢宰兓?。還應(yīng)當(dāng)理解，本文使用的術(shù)語僅用于描述特定實(shí)施方案的目的，無意限制僅由所附權(quán)利要求書來限定的本發(fā)明的范圍。除非另有定義，在本文中使用的所有技術(shù)和科學(xué)術(shù)語具有與本領(lǐng)域普通技術(shù)人員通常理解相同的含義。如上所述，本發(fā)明在一個(gè)方面涉及用作前列腺癌標(biāo)志物的磷酸二酯酶 4D7 (PDE4D7)。術(shù)語“磷酸二酯酶4D7”或“PDE4D7”是指人磷酸二酯酶PDE4D的剪接變體 7，即人磷酸二酯酶PDE4D7基因，優(yōu)選在Genbank登錄號(hào)AF536976 (版本AF536976. 1,GI 2^01883，截止于2009年3月3日)中定義的序列，更優(yōu)選在SEQ ID NO :1中所述的核苷酸序列(其對(duì)應(yīng)著PDE4D7轉(zhuǎn)錄物的上面指出的Genbank登錄號(hào)的序列)，以及在SEQ ID NO 2中所述的對(duì)應(yīng)的氨基酸序列(其對(duì)應(yīng)著由PDE4D7轉(zhuǎn)錄物編碼的PDE4D7多肽的上面指出的Genbank登錄號(hào)的序列)。該術(shù)語也包括表現(xiàn)出與PDE4D7的高度同源性的核苷酸序列， 例如與在SEQ ID NO :1中所述的序列具有至少75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、 94%、95%、96%、97%、98%或99%同一性的核酸序列，或與在SEQ ID NO :2中所述的序列具有至少 75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99% 同一性的氨基酸序列，或這樣的核酸序列，其編碼與在SEQ ID NO :2中所述的序列具有至少 75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或 99% 同一性的氨基
10酸序列，或這樣的氨基酸序列，其由與在SEQ ID N0:1中所述的序列具有至少75%、80%、 85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或 99% 同一性的核酸序列編碼。本文使用的術(shù)語“人磷酸二酯酶PDE4D7基因”、“PDE4D7基因”或“PDE4D7標(biāo)記基因”是指編碼磷酸二酯酶4D的基因。優(yōu)選地，該術(shù)語是指表達(dá)磷酸二酯酶4D為剪接變體7 的基因，例如在Genbank登錄號(hào)AF536976 (版本AF536976. 1,GI :2四01883，截止于2009年 3月3日)中所定義的或在SEQ ID NO 1中所述的特定外顯子組合。該術(shù)語還表示這樣的 DNA分子，其源自編碼磷酸二酯酶4D剪接變體7的mRNA轉(zhuǎn)錄物，優(yōu)選cDNA分子。本文使用的術(shù)語“標(biāo)志物”或“PDE4D7標(biāo)志物”是指上文定義的基因、遺傳單位或序列(核苷酸序列或氨基酸或蛋白序列)，與對(duì)照水平或狀態(tài)相比，其在癌性細(xì)胞中或在癌性組織中或在包含癌性細(xì)胞或癌性組織或其部分或片段的任意類型的樣品中的表達(dá)水平被改變，優(yōu)選地降低。該術(shù)語也表示所述遺傳單位或序列的任意表達(dá)產(chǎn)物，尤其是PDE4D7mRNA 轉(zhuǎn)錄物，由PDE4D7轉(zhuǎn)錄物或其變體或片段編碼的多肽，以及上文所述的其同源衍生物。本文使用的術(shù)語“表達(dá)水平”表示從確定量的細(xì)胞或確定的組織部分可衍生出的PDE4D7轉(zhuǎn)錄物和/或PDE4D7蛋白的量，優(yōu)選地表示在標(biāo)準(zhǔn)的核酸(例如RNA)或蛋白提取方法中可得到的PDE4D7轉(zhuǎn)錄物和/或PDE4D7蛋白的量。合適的提取方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。本文使用的術(shù)語“對(duì)照水平”(或“對(duì)照狀態(tài)”)是指，使用以前從一位或多位已知其疾病狀態(tài)(例如非癌性的)的受試者收集并儲(chǔ)存的樣品，與實(shí)驗(yàn)樣品同時(shí)和/或在類似的或相當(dāng)?shù)臈l件下可以測(cè)得的表達(dá)水平。術(shù)語“疾病狀態(tài)”或“癌性疾病狀態(tài)”是指在非癌性的細(xì)胞狀態(tài)和(包括)末期癌細(xì)胞狀態(tài)之間的細(xì)胞或分子狀況的任意狀態(tài)或類型。優(yōu)選地，該術(shù)語包括在(且不包括)非癌性的細(xì)胞狀態(tài)和(包括)末期癌細(xì)胞狀態(tài)之間的生物體的不同的癌性增殖/發(fā)展階段或腫瘤發(fā)展水平。這樣的發(fā)展階段可以包括按照Uicc的定義進(jìn)行的惡性腫瘤的TNM(腫瘤、結(jié)節(jié)、轉(zhuǎn)移)分類系統(tǒng)的所有階段，例如0期和I-IV期。 該術(shù)語也包括在 M 0期之前的階段，例如發(fā)展階段，其中本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的癌癥生物標(biāo)志物表現(xiàn)出改變的表達(dá)或表達(dá)模式。如上所述的表達(dá)水平可以優(yōu)選地是上文定義的PDE4D7的表達(dá)水平。替換地或額外地，所述表達(dá)水平也可以是在細(xì)胞中表達(dá)的任意其它合適的基因或遺傳元件的表達(dá)水平，優(yōu)選地在PDE4D7的背景下，例如另一種磷酸二酯酶的表達(dá)水平，持家基因(例如GAPDH 或PB⑶)的表達(dá)水平。在本發(fā)明的上下文中，術(shù)語“癌性的”是指上文定義的癌性的疾病狀態(tài)。在癌性對(duì)照的上下文中，優(yōu)選的對(duì)照水平是惡性的、激素-敏感的腫瘤中的PDE4D7的表達(dá)。在本發(fā)明的上下文中，術(shù)語“非癌性的”是指其中良性和惡性增殖都不可檢測(cè)出的病癥。適合所述檢測(cè)的裝置是本領(lǐng)域已知的。在非癌性對(duì)照的上下文中，優(yōu)選的對(duì)照水平是正常的(即健康的或非癌性的)組織中PDE4D7的表達(dá)，或良性前列腺腫瘤組織中PDE4D7 的表達(dá)。本文使用的術(shù)語“良性前列腺腫瘤”表示這樣的前列腺腫瘤其缺少癌癥的所有3 種惡性性質(zhì)，即不會(huì)以不受限制的、侵入性的方式生長，不會(huì)侵入周邊組織，和不會(huì)轉(zhuǎn)移。通常，良性前列腺腫瘤是指溫和的且非漸進(jìn)性的前列腺瘤形成或腫脹疾病，其缺少癌癥的侵入性質(zhì)。此外，良性前列腺腫瘤通常是被包裹的，因而它們的以惡性形式發(fā)展的能力受到抑制。通過本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任意合適的、獨(dú)立的分子的、組織學(xué)或生理學(xué)方法，可以確定良性腫瘤或健康狀況。
或者，基于分析以前測(cè)定的本發(fā)明的PDE4D7標(biāo)記基因在已知其疾病狀態(tài)的受試者的樣品中的表達(dá)水平所得到的結(jié)果，通過統(tǒng)計(jì)方法，可以確定對(duì)照水平。此外，對(duì)照水平可以源自來自以前測(cè)試的受試者或細(xì)胞的表達(dá)模式的數(shù)據(jù)庫。此外，本發(fā)明的標(biāo)記基因在要測(cè)試的生物樣品中的表達(dá)水平可以與多個(gè)對(duì)照水平相對(duì)比，所述對(duì)照水平從多個(gè)參照樣品測(cè)得。優(yōu)選地，使用從這樣的參照樣品測(cè)得的對(duì)照水平其源自與患者-衍生的生物樣品類似的組織類型。特別優(yōu)選地，使用源自一位或多位受試者的樣品，所述受試者的疾病狀態(tài)是上文定義的非癌性的，即其呈現(xiàn)其中良性和惡性增殖都不可檢測(cè)出的健康狀態(tài)。在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方案中，可以從這樣的參照樣品測(cè)定對(duì)照水平其源自已經(jīng)診斷出遭受前列腺癌(例如激素-不依賴的或激素-抗性的前列腺癌)的受試者。或者，參照樣品可以包含源自細(xì)胞系(例如永生化癌細(xì)胞系)的物質(zhì)，或可以源自組織異種移植物。優(yōu)選地，在根據(jù)本發(fā)明的參照樣品中，可以包含源自前列腺癌細(xì)胞系的物質(zhì)，或源自具有人前列腺組織(尤其是良性和腫瘤-衍生的人前列腺組織)的組織異種移植物的物質(zhì)。優(yōu)選的癌細(xì)胞系的實(shí)例包括細(xì)胞系PC346P、PC346B、LNCaP, VCaP, DuCaP, PC346C、PC3、DU145、PC346CDD、PC346Flul、PC346Flu2。優(yōu)選的異種移植物的實(shí)例包括 PC295、PC310、PC-EW、PC82、PC133、PCi;35、PC324 和 PC374。優(yōu)選地，可以使用細(xì)胞系和異種移植物的整個(gè)集合，例如人PC346集合。進(jìn)一步優(yōu)選的是在Marques等人，2006，Eur. Urol.， 49(2) :245-57中所述的細(xì)胞系和異種移植物。在另一個(gè)優(yōu)選的替代方案中，參照樣品可以源自在臨床環(huán)境中得到的患者組織或組織集合或組織群體。所述樣品可以，例如，從接受手術(shù)的男性患者得到。所述樣品可以源自任意合適的組織類型，例如源自前列腺組織或淋巴結(jié)?；颊呓M織群體的優(yōu)選實(shí)例來自前列腺外科手術(shù)(例如，前列腺切除術(shù))。此外，優(yōu)選地，使用本發(fā)明的PDE4D7標(biāo)志物在具有已知疾病狀態(tài)的人群中的表達(dá)水平的標(biāo)準(zhǔn)值。通過本領(lǐng)域已知的任意方法，可以得到標(biāo)準(zhǔn)值。例如，平均值士2SD(標(biāo)準(zhǔn)差)或平均值士3SD的范圍，可以用作標(biāo)準(zhǔn)值。此外，使用以前從一位或多位已知其疾病狀態(tài)是癌性的受試者(即其已經(jīng)獨(dú)立地被診斷出遭受某些癌癥類型，例如前列腺癌、尤其是激素-依賴性的、激素-敏感的或激素-抗性的前列腺癌)收集并儲(chǔ)存的樣品，與實(shí)驗(yàn)樣品同時(shí)和/或在類似的或相當(dāng)?shù)臈l件下，也可以測(cè)定對(duì)照水平。在本發(fā)明的上下文中，從已知不是癌性的生物樣品測(cè)得的對(duì)照水平，被稱作“正常的對(duì)照水平”。如果從癌性的生物樣品(例如來自獨(dú)立地診斷出前列腺癌、尤其是激素-依賴性的、激素-敏感的或激素-抗性的癌癥的受試者的樣品)測(cè)定對(duì)照水平，它可以命名為 “癌性的對(duì)照水平”。術(shù)語“前列腺癌”是指男性生殖系統(tǒng)中的前列腺的癌癥，當(dāng)前列腺的細(xì)胞突變并開始失控地繁殖時(shí)，發(fā)生該癌癥。通常，前列腺癌與升高的前列腺-特異性的抗原(PSA)水平有關(guān)。在本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案中，術(shù)語“前列腺癌”是指表現(xiàn)出大于4. 0的PSA水平的癌癥。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該術(shù)語是指表現(xiàn)出大于2.0的PSA水平的癌癥。術(shù)語“PSA水平” 表示血液中前列腺特異性的抗原(PSA)的濃度(ng/ml)。術(shù)語“激素-依賴性的前列腺癌”是指，前列腺癌或前列腺癌細(xì)胞系的生長和/或增殖依賴于男性性激素刺激。CN 102549167 A
術(shù)語“激素-敏感的前列腺癌”是指，前列腺癌或前列腺癌細(xì)胞系的生長和增殖對(duì)男性性激素刺激是敏感的。術(shù)語“敏感的”是指這樣的情況在有男性性激素存在下，前列腺癌或前列腺癌細(xì)胞系顯示出生化或細(xì)胞反應(yīng)模式，但是其生長和/或增殖確實(shí)需要男性性激素。術(shù)語“激素-抗性的前列腺癌”是指，前列腺癌或前列腺癌細(xì)胞系的生長和增殖對(duì)男性性激素刺激是抗性的。該術(shù)語還表示不再順從抗-激素(優(yōu)選上文定義的抗-雄激素)給藥的晚期前列腺癌發(fā)展階段。本文使用的術(shù)語“男性性激素”表示雄激素、優(yōu)選睪酮、雄烯二酮、二氫睪酮、脫氫表雄酮、雄烯二醇或雄酮。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及PDE4D7作為用于診斷、檢測(cè)、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展的標(biāo)志物的應(yīng)用。本文使用的術(shù)語“診斷前列腺癌”是指，與上文定義的對(duì)照水平相比，優(yōu)選地與上文定義的正常的對(duì)照水平相比，當(dāng)本發(fā)明的PDE4D7標(biāo)志物的表達(dá)水平被改變、優(yōu)選地被降低或向下調(diào)節(jié)時(shí)，可以認(rèn)為受試者或個(gè)體遭受前列腺癌。術(shù)語“診斷”也表示通過該對(duì)比過程得出的結(jié)論。在本發(fā)明的上下文中，術(shù)語“調(diào)節(jié)”或“調(diào)節(jié)的表達(dá)水平”因而表示表達(dá)水平的變化。當(dāng)PDE4D7基因表達(dá)(例如在要分析的樣品中)與對(duì)照水平相差了例如5^^6^^7%, 8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、40%、50%或超過50%時(shí)，或與對(duì)照水平相差了至少 0. 1倍、至少0. 2倍、至少1倍、至少2倍、至少5倍或至少10倍或更多時(shí)，認(rèn)為表達(dá)水平是 “變化的”。所述對(duì)照水平可以是上文定義的正常的對(duì)照水平或癌性的對(duì)照水平。如果與癌性的對(duì)照水平進(jìn)行對(duì)比，與正常的對(duì)照水平的額外對(duì)比是優(yōu)選的。這樣的額外對(duì)比允許測(cè)定調(diào)節(jié)的趨勢(shì)，即觀察表達(dá)水平的升高或降低。術(shù)語“調(diào)節(jié)”優(yōu)選地是指，實(shí)驗(yàn)樣品與對(duì)照水平相比，PDE4D7標(biāo)志物的表達(dá)水平的降低或向下調(diào)節(jié)，或PDE4D7標(biāo)志物表達(dá)的完全抑制。所述對(duì)照水平可以是上文定義的正常的對(duì)照水平或癌性的對(duì)照水平。在本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述對(duì)照水平是癌性的對(duì)照水平，其源自激素-依賴性的前列腺腫瘤或組織或與其相關(guān)，更優(yōu)選地源自激素-敏感的前列腺腫瘤或組織或與其相關(guān)。在本發(fā)明的上下文中，術(shù)語“降低的表達(dá)水平”或“向下調(diào)節(jié)的表達(dá)水平”或“表達(dá)水平的降低”(它們可以同義地使用)因而表示，要分析的情形(例如可從患者的樣品衍生出的情形)相對(duì)于參考點(diǎn)的PDE4D7表達(dá)水平的降低，所述參考點(diǎn)可以是正常的對(duì)照水平，或可從本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任意合適的癌癥階段(優(yōu)選激素-依賴性的、更優(yōu)選激素-敏感的前列腺腫瘤階段)衍生出的癌性的對(duì)照水平。當(dāng)PDE4D7 基因表達(dá)與對(duì)照水平相比降低了例如5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、 40%、50%或超過50%時(shí)，或與對(duì)照水平相比降低了至少0. 1倍、至少0. 2倍、至少1倍、至少2倍、至少5倍或至少10倍或更多時(shí)，優(yōu)選地與激素-依賴性的或激素-敏感的前列腺腫瘤對(duì)照相比，認(rèn)為表達(dá)水平是“降低的”或“向下調(diào)節(jié)的”。在另一個(gè)實(shí)施方案中，從受試者和上文定義的癌性參照物得到的樣品之間的總基因表達(dá)模式的額外相似性指示，所述受試者正在遭受癌癥。在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方案中， 該診斷可以與其它癌癥生物標(biāo)志物表達(dá)水平的闡明相結(jié)合。例如，可以測(cè)試諸如PSA等生物標(biāo)志物的表達(dá)。
當(dāng)與上文定義的對(duì)照水平(例如上文定義的正常的對(duì)照水平)相比，本發(fā)明的 PDE4D7標(biāo)志物的表達(dá)水平被改變、優(yōu)選地被降低或向下調(diào)節(jié)時(shí)，可以認(rèn)為診斷出癌癥、尤其是前列腺癌。在一個(gè)特別優(yōu)選的實(shí)施方案中，如果與對(duì)照水平相比，優(yōu)選地與源自激素-依賴性的腫瘤對(duì)照或激素-敏感的前列腺腫瘤對(duì)照的對(duì)照表達(dá)水平相比，實(shí)驗(yàn)樣品中上文定義的PDE4D7表達(dá)水平降低了 20 %至80 %的值，優(yōu)選30 %、40 %、50 %、60 %或70 %的值，可以認(rèn)為診斷出前列腺癌。在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，如果與對(duì)照水平相比，實(shí)驗(yàn)樣品中上文定義的PDE4D7表達(dá)水平降低了 20 %至90 %的值，優(yōu)選30 %、40 %、50 %、60 %、70 %或80 % 的值，可以認(rèn)為診斷出激素-抗性的前列腺癌。所述對(duì)照水平可以是正常的對(duì)照水平或癌性的對(duì)照水平，優(yōu)選地可源自激素-依賴性的或激素-敏感的前列腺癌。本文使用的術(shù)語“檢測(cè)前列腺癌”是指，可以測(cè)定癌性疾病或障礙在生物體中的存在，或在生物體中可以鑒別出癌性疾病或障礙。通過對(duì)比本發(fā)明的PDE4D7標(biāo)志物的表達(dá)水平和上文定義的正常的對(duì)照水平，可以測(cè)定或鑒別癌性疾病或障礙。當(dāng)PDE4D7標(biāo)志物的表達(dá)水平與上文定義的癌性的對(duì)照水平類似時(shí)，可以檢測(cè)出癌癥、尤其是前列腺癌。在本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，如果PDE4D7標(biāo)志物的表達(dá)水平與建立的前列腺癌細(xì)胞或細(xì)胞系 (例如上文提及的前列腺癌細(xì)胞系)的癌生的對(duì)照水平類似，可以檢測(cè)出前列腺癌。本文使用的術(shù)語“監(jiān)測(cè)前列腺癌”是指，診斷的或檢測(cè)的癌性疾病或障礙的伴隨物 (accompaniment)，例如在治療過程中，或在特定時(shí)間段內(nèi)，通常在2個(gè)月、3個(gè)月、4個(gè)月、6 個(gè)月、1年、2年、3年、5年、10年期間，或任意其它時(shí)間段。術(shù)語“伴隨物”是指上文定義的疾病的狀態(tài)，具體地，通過在任意類型的周期時(shí)間段中，例如每周、每2周、每月、每2、3、4、 5、6、7、8、9、10、11或12個(gè)月、每1. 5年、每2、3、4、5、6、7、8、9或10年，在任意時(shí)間段內(nèi)，例如分別在 2 周、3 周、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12 個(gè)月、1. 5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15 或 20年內(nèi)，將本發(fā)明的PDE4D7標(biāo)志物在樣品中的表達(dá)水平與上文定義的正常的或癌性的對(duì)照水平(優(yōu)選源自激素-依賴性的腫瘤對(duì)照或激素-敏感的前列腺腫瘤對(duì)照的對(duì)照表達(dá)水平)進(jìn)行對(duì)比，可以檢測(cè)出這些疾病狀態(tài)的變化。癌性的對(duì)照水平可以源自與不同的癌癥發(fā)展階段(例如 M分類系統(tǒng)的0期和I-IV期)相對(duì)應(yīng)的樣品。在本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，該術(shù)語是指診斷的前列腺癌(更優(yōu)選激素-依賴性的和激素-敏感的前列腺癌) 的伴隨物。在另一個(gè)實(shí)施方案中，監(jiān)測(cè)也可以用于激素-抗性的前列腺癌的伴隨物，例如在治療過程中。監(jiān)測(cè)還可以包括檢測(cè)額外的基因或遺傳元件的表達(dá)，例如持家基因如GAPDH 或PB⑶，或其它磷酸二酯酶、優(yōu)選PDE4D5。本文使用的術(shù)語“預(yù)測(cè)前列腺癌”表示，預(yù)測(cè)診斷的或檢測(cè)的癌性疾病的進(jìn)程或結(jié)果，例如在特定時(shí)間段內(nèi)、在治療期間或在治療以后。該術(shù)語也表示測(cè)定從疾病存活或恢復(fù)的機(jī)會(huì)，以及預(yù)測(cè)受試者的預(yù)期存活時(shí)間。具體地，預(yù)測(cè)可以包括，確定受試者在到將來的時(shí)間段內(nèi)存活的可能性，諸如6個(gè)月、1年、2年、3年、5年、10年或任意其它時(shí)間段。本文使用的術(shù)語“前列腺癌的進(jìn)展”是指，在不同的前列腺癌發(fā)展階段之間轉(zhuǎn)換， 例如 Μ分類的0期和I-IV期，或任意其它階段或子階段，從健康狀況開始直到終末癌癥情況。通常，這樣的轉(zhuǎn)換伴有與來自相同個(gè)體的以前的實(shí)驗(yàn)樣品相比，例如與源自激素-依賴性的前列腺腫瘤或腫瘤對(duì)照或激素-敏感的前列腺腫瘤或腫瘤對(duì)照的樣品相比， 實(shí)驗(yàn)樣品中PDE4D7的表達(dá)水平的改變，優(yōu)選降低。如果與來自相同個(gè)體的以前的實(shí)驗(yàn)樣品相比，實(shí)驗(yàn)樣品中上文定義的PDE4D7表達(dá)水平降低了 3% -50%的值、優(yōu)選10%、15%、 20%或25%的值，可以認(rèn)為檢測(cè)出或診斷出前列腺癌的進(jìn)展。在任意時(shí)間段內(nèi)，優(yōu)選地在 1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12 個(gè)月、1. 5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15 或 20 年內(nèi)，可以檢測(cè)出所述改變，即通過對(duì)比在第一個(gè)時(shí)間點(diǎn)時(shí)和在上面指出的時(shí)間段以后的第二個(gè)時(shí)間點(diǎn)時(shí)的 PDE4D7的表達(dá)水平，可以計(jì)算出上面指出的值。在一個(gè)具體的實(shí)施方案中，所述進(jìn)展可以是向激素-抗性的前列腺癌的進(jìn)展。在本發(fā)明的一個(gè)特別優(yōu)選的實(shí)施方案中，術(shù)語“前列腺癌的進(jìn)展”是指從激素-依賴性的或激素-敏感的前列腺癌狀態(tài)轉(zhuǎn)換為激素-抗性的前列腺癌狀態(tài)。如果與來自相同個(gè)體(其已經(jīng)被診斷為遭受激素-敏感的或激素-依賴性的前列腺癌)的以前的實(shí)驗(yàn)樣品相比，實(shí)驗(yàn)樣品中上文定義的PDE4D7表達(dá)水平降低了 3% -50% 的值、優(yōu)選10^^15^^20%或25%的值，可以認(rèn)為檢測(cè)出或診斷出從激素-依賴性的或激素-敏感的前列腺癌狀態(tài)向激素-抗性的前列腺癌狀態(tài)的進(jìn)展。如果與來自其它個(gè)體的實(shí)驗(yàn)樣品、來自組織群體的實(shí)驗(yàn)樣品、來自數(shù)據(jù)庫的值等進(jìn)行對(duì)比，也可以認(rèn)為檢測(cè)出進(jìn)展。在任意時(shí)間段內(nèi)，優(yōu)選地在1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12 個(gè)月、1. 5、2、3、4、5、6、 7、8、9、10、15或20年內(nèi)，可以檢測(cè)出所述改變，即通過對(duì)比在第一個(gè)時(shí)間點(diǎn)時(shí)和在上面指出的時(shí)間段以后的第二個(gè)時(shí)間點(diǎn)時(shí)的PDE4D7的表達(dá)水平，可以計(jì)算出上面指出的值。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及發(fā)展前列腺癌、更優(yōu)選激素-抗性的前列腺癌的傾向的診斷和檢測(cè)。在本發(fā)明的上下文中，“發(fā)展前列腺癌的傾向”和具體地“發(fā)展激素-抗性的前列腺癌的傾向”是發(fā)展前列腺癌、尤其是激素-抗性的前列腺癌的風(fēng)險(xiǎn)的狀態(tài)。優(yōu)選地，在上文定義的PDE4D7表達(dá)水平低于上文定義的癌性的對(duì)照水平(例如源自明顯地遭受激素-敏感的前列腺癌的受試者的組織或樣品的參照表達(dá)水平)的情況下，可能存在發(fā)展激素-抗性的前列腺癌的傾向。本文使用的術(shù)語“低于”是指，與癌性的對(duì)照水平相比，PDE4D7的表達(dá)水平降低了約40% -80 %，優(yōu)選地降低了約50%?；蛘?，在下述情況下，可能存在在本發(fā)明的上下文中的發(fā)展癌癥的傾向其中給出了上文定義的PDE4D7表達(dá)水平，且其中另外的、替代性的癌癥標(biāo)志物(例如PSA)沒有表現(xiàn)出表達(dá)水平或表達(dá)模式的改變。合適的其它的癌癥標(biāo)志物是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。因而，如果觀察到上述情形之一，可以認(rèn)為診斷出或檢測(cè)出向前列腺癌、尤其是激素-抗性的前列腺癌的傾向。可以將實(shí)驗(yàn)生物樣品的表達(dá)水平和對(duì)照水平之間的差異標(biāo)準(zhǔn)化為其它對(duì)照核酸的表達(dá)水平，所述其它對(duì)照核酸例如，已知其表達(dá)水平不隨細(xì)胞的癌性或非癌性狀態(tài)而變化的持家基因。除了別的以外，示例性的對(duì)照基因包括肌動(dòng)蛋白、甘油醛3-磷酸脫氫酶(GAPDH)、膽色素原脫氨酶(PBGD)和核糖體蛋白Ρ1。還可以使用其它的磷酸二酯酶，優(yōu)選地使用在不同的腫瘤階段表現(xiàn)出不變的表達(dá)模式的人磷酸二酯酶，進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。優(yōu)選的磷酸二酯酶是PDE4D5或PDE4D家族的任意其它同種型，例如PDE4D1、PDE4D2、PDE4D3、PDE4D4、 PDE4D6、PDE4D8 或 PDE4D9。在本發(fā)明的上下文中，術(shù)語“診斷”和“預(yù)測(cè)”還意在包括預(yù)測(cè)和可能性分析。用作標(biāo)志物的PDE4D7因此可以在臨床上用于做出關(guān)于治療模態(tài)的決定，包括治療性干預(yù)或診斷標(biāo)準(zhǔn)，諸如疾病的監(jiān)督。根據(jù)本發(fā)明，可以提供用于檢查受試者的狀態(tài)的中間結(jié)果。這樣的中間結(jié)果可以與其它信息相組合，以輔助醫(yī)生、護(hù)士、或其它從業(yè)人員診斷受試者遭受該疾病?；蛘?，本發(fā)明可以用于檢測(cè)受試者-衍生的組織中的癌性細(xì)胞，并給醫(yī)生提供有用的信息，以診斷受試者遭受該疾病。根據(jù)本發(fā)明要診斷、監(jiān)測(cè)的受試者或個(gè)體，或要在其中檢測(cè)或預(yù)測(cè)前列腺癌、前列腺癌的進(jìn)展、或向前列腺癌的傾向的受試者或個(gè)體，是動(dòng)物，優(yōu)選哺乳動(dòng)物，更優(yōu)選人類。特別優(yōu)選的是，在使用PDE4D7作為診斷、檢測(cè)、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展的標(biāo)志物的背景下，使用本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的分子成像工具，例如磁共振成像 (MRI)和/或磁光子共振成像(MPI)技術(shù)。例如，在允許在線檢測(cè)人受試者內(nèi)的診斷標(biāo)志物的方案(如MRI或MPI)中，PDE4D7可以用作用于診斷、檢測(cè)、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展的標(biāo)志物。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及一種組合物，其用于診斷、檢測(cè)、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)個(gè)體中前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展或向前列腺癌的傾向。根據(jù)本發(fā)明的組合物可以包含PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物或蛋白的核酸親和配體或肽親和配體。本文使用的術(shù)語“PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物的核酸親和配體”表示，能夠特異性地結(jié)合源自PDE4D的剪接變體7的PDE4D7轉(zhuǎn)錄物或DNA分子的核酸分子，甚至更優(yōu)選在SEQ ID NO 1中描述的DNA序列，或在SEQ ID NO 1中描述的序列的互補(bǔ)DNA序列或?qū)?yīng)的RNA分子。所述核酸親和配體還可以能夠特異性地結(jié)合這樣的DNA序列其與在SEQ ID N0:1中所述的序列具有至少 75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或99%同一性，或編碼與在SEQ ID NO :2中所述的序列具有至少75%、80%、85%、90%、 91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%同一性的氨基酸序列的DNA序列，或所述序列的任意片段。本文使用的術(shù)語“PDE4D7蛋白的肽親和配體”表示能夠特異性地結(jié)合PDE4D7蛋白的肽分子。所述肽分子可以優(yōu)選地能夠特異性地結(jié)合這樣的蛋白或多肽其包含在SEQ ID NO :2中所述的氨基酸序列。所述肽親和配體還可以能夠特異性地結(jié)合這樣的蛋白或多肽其包含由與在SEQ ID NO :1中所述的序列具有至少75%、80%、85%、90%、91%、92%、 93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%同一性的DNA序列編碼的氨基酸序列，或包含與在 SEQ ID NO :2 中所述的序列具有至少 75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、 95196197198%或99%同一性的氨基酸序列的蛋白或多肽，或所述序列的任意片段。 術(shù)語“肽”表示包含超過2個(gè)氨基酸的任意類型的氨基酸序列，例如多肽結(jié)構(gòu)、蛋白結(jié)構(gòu)或其功能衍生物。此外，所述肽可以與其它化學(xué)部分或官能團(tuán)相組合。本文使用的術(shù)語“表達(dá)產(chǎn)物”表示通過PDE4D基因的表達(dá)所產(chǎn)生的PDE4D7轉(zhuǎn)錄物或mRNA分子。更優(yōu)選地，該術(shù)語是指上文定義的加工過的PDE4D轉(zhuǎn)錄物，例如通過在SEQ ID NO 1中所述的序列。在本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明的組合物包含選自下述的核酸親和配體和肽親和配體對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物特異性的寡核苷酸集合、對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物特異性的探針、對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物或?qū)DE4D7蛋白特異性的適體、對(duì)PDE4D7蛋白特異性的抗體和對(duì) PDE4D7蛋白特異性的抗體變體。例如，本發(fā)明的組合物可以包含對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物特異性的寡核苷酸集合和/ 或?qū)DE4D7表達(dá)產(chǎn)物特異性的探針。本文使用的術(shù)語“對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物特異性的寡核苷酸”表示與PDE4D的剪接變體7的有義鏈或反義鏈互補(bǔ)的核苷酸序列。優(yōu)選地，所述寡核苷酸與在SEQ ID NO 1中描述的DNA序列互補(bǔ)，或與在SEQ ID NO 1中描述的序列的互補(bǔ)DNA序列互補(bǔ)。所述寡核苷酸序列還可以與下述DNA序列互補(bǔ)其與在SEQ ID NO :1中所述的序列具有至少 75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或99%同一性，或編碼與在SEQ ID NO :2中所述的序列具有至少75%、80%、85%、90%、 91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或 99% 同一性的氨基酸序列。所述寡核苷酸可以具有本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任意合適的長度和序列，其可以從 SEQ ID NO :1的序列或它的互補(bǔ)序列衍生出。通常，所述寡核苷酸可以具有8至60個(gè)核苷酸、優(yōu)選 10 至；35 個(gè)核苷酸的長度，更優(yōu)選 11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、 25、沈、27、觀、29、30、31、32或33個(gè)核苷酸的長度。在本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的軟件工具的幫助下，可以定義對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物特異性的寡核苷酸序列。在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方案中，所述寡核苷酸序列可以與位于PDE4D7基因的外顯子1或外顯子2中的序列互補(bǔ)，與位于PDE4D7基因的外顯子1和外顯子2之間的邊界中的序列互補(bǔ)，或與僅位于PDE4D7基因的外顯子2中的序列互補(bǔ)，優(yōu)選地與PDE4D7的271 個(gè)獨(dú)特核苷酸(即42個(gè)在外顯子1的3’末端處的核苷酸，和2 個(gè)PDE4D的外顯子2的 5’_端核苷酸)區(qū)段互補(bǔ)。例如，可用作正向引物的寡核苷酸可以位于PDE4D7基因的外顯子1和外顯子2之間的邊界處，可用作反向引物的寡核苷酸可以位于PDE4D7基因的外顯子 2中。在本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，寡核苷酸集合具有在SEQ ID NO :3和SEQ ID NO 4中所述的序列。進(jìn)一步優(yōu)選的是，具有或包含在SEQ ID NO :7和/或SEQ ID NO 8中所述的序列的寡核苷酸。本文使用的術(shù)語“對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物特異性的探針”是指，與PDE4D的剪接變體7的有義鏈或反義鏈互補(bǔ)的核苷酸序列。優(yōu)選地，所述探針與在SEQ ID NO :1中描述的 DNA序列互補(bǔ)，或與在SEQ ID NO :1中描述的序列的互補(bǔ)DNA序列互補(bǔ)。所述探針還可以與下述DNA序列互補(bǔ)其與在SEQ ID NO :1中所述的序列具有至少75%、80%、85%、90%、 91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99% 同一性，或編碼與在 SEQ ID NO :2 中所述的序列具有至少 75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或99%同一性的氨基酸序列。所述探針可以具有本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任意合適的長度和序列，其可以從SEQ ID NO :1的序列或它的互補(bǔ)序列衍生出。通常，所述探針可以具有6至300個(gè)核苷酸、優(yōu)選 15 至 60 個(gè)核苷酸的長度，更優(yōu)選 20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、 36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50個(gè)核苷酸的長度。在本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的軟件工具的幫助下，可以定義對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物特異性的探針序列。在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方案中，所述探針序列可以與位于PDE4D7基因的外顯子1 或外顯子2中的序列互補(bǔ)，優(yōu)選地與PDE4D7的271個(gè)獨(dú)特核苷酸(即42個(gè)在外顯子1的 3’末端處的核苷酸，和2 個(gè)PDE4D的外顯子2的5’-端核苷酸)區(qū)段互補(bǔ)。如果所述探針要用于定量PCR反應(yīng)，例如實(shí)時(shí)PCR，可以將所述探針設(shè)計(jì)成，使它位于正向和反向引物的結(jié)合位置之間的位置。優(yōu)選地，可以將所述探針設(shè)計(jì)成，使它位于引物寡核苷酸之一附近。更優(yōu)選地，它可以位于正向引物附近。在本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述探針具有在SEQ ID NO :5或SEQ ID NO 9中所述的序列。本發(fā)明的組合物可以額外地或替換地包含對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物或蛋白特異性的適體。本文使用的術(shù)語“對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物特異性的適體”表示能夠特異性地結(jié)合PDE4D的剪接變體7的短的核酸分子，例如RNA、DNA、PNA、CNA、HNA、LNA或ANA或本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任意其它合適的核酸形式，優(yōu)選源自PDE4D的剪接變體7的DNA分子。更優(yōu)選地，所述核酸適體分子可以特異性地結(jié)合在SEQ ID NO :1中描述的DNA序列或其雙鏈衍生物。根據(jù)本發(fā)明的核酸適體還可以結(jié)合與PDE4D7轉(zhuǎn)錄物相對(duì)應(yīng)的RNA分子，優(yōu)選與SEQ ID N0:1所述的DNA序列相對(duì)應(yīng)的RNA分子。所述核酸適體另外可以能夠特異性地結(jié)合這樣的DNA序列其與在SEQ ID NO 1 中所述的序列具有至少 75%,80%,85%,90%,91%,92%,93%,94%,95%,96%,97%, 98%或99%同一性，或編碼與在SEQ ID NO :2中所述的序列具有至少75%、80 %、85 %、 90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或 99% 同一性的氨基酸序列，或與這些序列相對(duì)應(yīng)的RNA分子。通過特異性地結(jié)合僅存在于所述剪接變體中的序列，例如外顯子2，或在PDE4D的外顯子1和外顯子2之間的外顯子邊界，可以賦予核酸適體對(duì)PDE4D的剪接變體7的特異性。在本發(fā)明的一個(gè)具體實(shí)施方案中，通過特異性地結(jié)合位于PDE4D7的271個(gè)獨(dú)特核苷酸 (即42個(gè)在外顯子1的3’末端處的核苷酸，和2 個(gè)PDE4D的外顯子2的5’-端核苷酸) 區(qū)段內(nèi)的序列，可以賦予核酸適體對(duì)PDE4D的剪接變體7的特異性。根據(jù)本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任意合適的方法，例如通過體外選擇或SELEX方法，可以制備核酸適體。優(yōu)選地，根據(jù)在Ellington和&ostak，1990，Nature, 346 :818-822中提供的指南，可以制備和/或設(shè)計(jì)核酸適體。根據(jù)本發(fā)明的核酸適體另外可以與其它部分(例如相互作用部分如生物素或酶官能團(tuán)如核酶元件)相組合。本文使用的術(shù)語“對(duì)PDE4D7蛋白特異性的適體”表示能夠特異性地結(jié)合PDE4D7蛋白并與其相互作用的短肽。所述肽適體可以優(yōu)選地能夠特異性地結(jié)合這樣的蛋白或多肽 其包含在SEQ ID NO :2中所述的氨基酸序列。所述肽適體還可以能夠特異性地結(jié)合這樣的蛋白或多肽其包含由與在SEQ ID而1中所述的序列具有至少75%、80%、85%、90%、 91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%同一性的DNA序列編碼的氨基酸序列，或其包含與在SEQ ID NO :2中所述的序列具有至少75%、80%、85%、90%、91%、92%、 93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%同一性的氨基酸序列。通常，肽適體是可變的肽環(huán)，其包含例如10-20個(gè)氨基酸。在本發(fā)明的背景下，所述肽適體可以優(yōu)選地在一端或兩端連接到支架結(jié)構(gòu)上。所述支架結(jié)構(gòu)可以是具有良好溶解度性質(zhì)的任意分子，優(yōu)選蛋白。合適的支架分子是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。要用在本發(fā)明的背景下的一種優(yōu)選的支架分子是細(xì)菌蛋白硫氧還蛋白-A。所述適體肽環(huán)可以優(yōu)選地插入支架分子的還原活性部位內(nèi)?；蛘?，葡萄球菌蛋白A及其結(jié)構(gòu)域和這些結(jié)構(gòu)域的衍生物，諸如蛋白Z或脂質(zhì)運(yùn)載蛋白可以用作在本發(fā)明的上下文中的支架結(jié)構(gòu)。根據(jù)本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任意合適的方法，例如通過酵母雙雜種方案，可以制備肽適體。在本發(fā)明的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述組合物可以包含或可以額外地包含對(duì) PDE4D7蛋白特異性的抗體，優(yōu)選單克隆或多克隆抗體。也優(yōu)選的是，抗體變體或片段，如單鏈抗體、雙特異抗體、微體(minibody)、單鏈Fv片段(sc (Fv))、sc (Fv) 2抗體、基于單克隆 PDE4D7特異性的抗體的Fab片段或F(ab，)2片段、小模塊免疫藥物(SMIP)、結(jié)合域免疫球蛋白融合蛋白、駱駝源化的抗體(camelized antibodies)、含有Vhh的抗體等。所述抗體可以是單價(jià)的、二價(jià)的、三價(jià)的或多價(jià)的。所述抗體可以來自任意來源，例如鼠、人、或嵌合的或人源化的鼠抗體。在本發(fā)明的一個(gè)具體的實(shí)施方案中，可商業(yè)得到的抗-PDE4D7抗體如 NB300-652 (Novus Biologicals, Inc.)或 GTX14629 (GeneTex，Inc.)可以包含在所述組合物中，或可以診斷地使用。根據(jù)本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任意合適的方法，可以生產(chǎn)抗體。通過用選擇的抗原免疫動(dòng)物，可以生產(chǎn)多克隆抗體，而使用例如K0hler和Milstein開發(fā)的雜交瘤技術(shù) ( KohleriP Milstein, 1976, Eur. J. Immunol.，6 :511-519)，可以生產(chǎn)具有確定的特異性的單克隆抗體?？梢杂貌煌臉?biāo)志物標(biāo)記如上文所述的親和配體，或可以通過用不同標(biāo)志物標(biāo)記的第二親和配體來檢測(cè)，以允許檢測(cè)、顯影和/或定量。這可以使用任意合適的標(biāo)記來實(shí)現(xiàn)，使用本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任意合適的技術(shù)或方法，可以將所述標(biāo)記綴合到能夠與 PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物或PDE4D7蛋白相互作用的親和配體上，或綴合到任意第二親和配體上。術(shù)語“第二親和配體”表示能夠結(jié)合上文定義的親和配體(如果用于具有2個(gè)相互作用親和配體的系統(tǒng)的背景下，即“第一親和配體”)的分子。結(jié)合相互作用優(yōu)選地是特異性的結(jié)合?？梢跃Y合到第一和/或第二親和配體上的標(biāo)記的實(shí)例包括熒光染料或金屬(例如熒光素、羅丹明、藻紅蛋白、熒光胺)、發(fā)色染料(例如視紫質(zhì))、化學(xué)發(fā)光的化合物(例如魯米諾、咪唑)和生物發(fā)光的蛋白(例如螢光素、螢光素酶)、半抗原(例如生物素)。在一個(gè)特別優(yōu)選的實(shí)施方案中，可以用熒光標(biāo)記(如6-FAM、HEX、ΤΕΤ、ROX、Cy3、 Cy5、德克薩斯紅或羅丹明)和/或同時(shí)用猝滅標(biāo)記(如TAMRA、Dabcyl、黑洞猝滅劑、BHQ-I 或BHQ-幻來標(biāo)記要用作探針(尤其是上文定義的對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物特異性的探針)的親和配體。多種其它有用的熒光劑和生色團(tuán)描述在Stryer，1968，Science，162 :5沈_533。 還可以用酶(例如辣根過氧化物酶、堿性磷酸酶、β -內(nèi)酰胺酶)、放射性同位素(例如咕、 ^、^、^、^、^、 、^、 、呷^⑶^⑶嚴(yán)^^^他、^^或18ρ)或顆粒(例如金)，標(biāo)記親和配體。使用不同的化學(xué)反應(yīng)，例如胺反應(yīng)或硫醇反應(yīng)，可以將不同類型的標(biāo)記綴合到親和配體上。但是，也可以使用除了胺和硫醇以外的其它反應(yīng)基團(tuán)，例如醛、羧酸和谷氨酰胺。在本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明的核酸親和配體或肽親和配體可以被修飾成起造影劑作用。本文使用的術(shù)語“造影劑”表示這樣的分子化合物，其能夠與PDE4D7標(biāo)志物特異性地相互作用，且其可以通過放在人或動(dòng)物體外的儀器檢測(cè)到。優(yōu)選地，這樣的造影劑適用
于磁共振成像(MRI)或磁光子成像(MPI)。術(shù)語“與......特異性地相互作用”表示分子化
合物的下述性質(zhì)其與存在于人或動(dòng)物體內(nèi)的細(xì)胞的細(xì)胞表面上的PDE4D7標(biāo)志物的相互作用優(yōu)先于由這樣的細(xì)胞表達(dá)的其它蛋白。也可以命名為造影劑組合物的優(yōu)選造影劑能夠特異性地檢測(cè)具有SEQ ID NO 1的核苷酸序列或SEQ ID NO 2的氨基酸序列的分子，或上文定義的其衍生物或同源變體。優(yōu)選的造影劑是上文定義的對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物或PDE4D7蛋白特異性的適體以及上文定義的對(duì)PDE4D7蛋白特異性的抗體。除了它們的能夠特異性地識(shí)別PDE4D7標(biāo)志物的性質(zhì)以外，造影劑通常另外包含
通過使用的特定檢測(cè)技術(shù)可以檢測(cè)到的另一種分子。本文使用的術(shù)語“修飾成起......的
作用”因而表示本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任意合適的修飾，其可能是必要的，以便允許將所述造影劑用于分子成像方法中，尤其是用于MRI或MPI中。例如，如果將熒光光譜法用作檢測(cè)方法，這樣的分子可以包含熒光團(tuán)作為可檢測(cè)的標(biāo)志物分子，其可以在特定波長激發(fā)。或者，可以采用放射性標(biāo)記，例如如上文所述的放射性同位素。關(guān)于適合MRI的根據(jù)本發(fā)明的優(yōu)選造影劑，所述造影劑(諸如上述的抗體)可以包含可通過MRI檢測(cè)到的標(biāo)志物分子。這樣的可檢測(cè)的標(biāo)記包括例如USPIOS和19Fluor。在本發(fā)明的一個(gè)具體的實(shí)施方案中，組合物可以另外包含助劑如PCR緩沖劑、 dNTPs、聚合酶、離子(如二價(jià)陽離子或單價(jià)陽離子)、雜交溶液、第二親和配體(如例如第二抗體)、檢測(cè)染料和基于上文定義的任意親和配體或造影劑進(jìn)行檢測(cè)必需的任意其它合適的化合物或液體，這是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及上文定義的PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物或蛋白的核酸親和配體或肽親和配體用于制備組合物的應(yīng)用，所述組合物如上文所述用于診斷、檢測(cè)、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)個(gè)體中的前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展或向前列腺癌的傾向。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及上文定義的對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物特異性的寡核苷酸集合和/或?qū)DE4D7表達(dá)產(chǎn)物特異性的探針用于制備組合物的應(yīng)用，所述組合物如上文所述用于診斷、檢測(cè)、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)個(gè)體中的前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展或向前列腺癌的傾向。在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及上文定義的對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物或蛋白特異性的適體用于制備組合物的應(yīng)用，所述組合物如上文所述用于診斷、檢測(cè)、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)個(gè)體中的前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展或向前列腺癌的傾向。在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及上文定義的對(duì)PDE4D7蛋白特異性的抗體或?qū)DE4D7蛋白特異性的抗體變體用于制備組合物的應(yīng)用，所述組合物如上文所述用于診斷、檢測(cè)、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)個(gè)體中的前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展或向前列腺癌的傾向。在本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，上文定義的組合物是診斷組合物。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及用于檢測(cè)、診斷、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展或向前列腺癌的傾向的診斷試劑盒，其包含對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物特異性的寡核苷酸集合、對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物特異性的探針和/或?qū)DE4D7表達(dá)產(chǎn)物或蛋白特異性的適體和/ 或?qū)DE4D7蛋白特異性的抗體和對(duì)PDE4D7蛋白特異性的抗體變體。通常，本發(fā)明的診斷試劑盒包含一種或多種藥物，所述藥物允許上文定義的 PDE4D7的特異性檢測(cè)。根據(jù)本發(fā)明，診斷試劑盒的藥物或成分可以包含在一個(gè)或多個(gè)容器或單獨(dú)的實(shí)體中。所述藥物的性質(zhì)由試劑盒的目標(biāo)檢測(cè)方法決定。在預(yù)期在PDE4D7mRNA 表達(dá)水平進(jìn)行檢測(cè)(即通過PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物)的情況下，要包含的藥物可以是上文定義的對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物特異性的寡核苷酸集合和/或?qū)DE4D7表達(dá)產(chǎn)物特異性的探針，它們可以任選地根據(jù)本領(lǐng)域已知的方法進(jìn)行標(biāo)記，例如使用上文所述的標(biāo)記。額外地或替換地， 可以包含對(duì)PDE4D7表達(dá)生產(chǎn)特異性的適體。在預(yù)期在PDE4D7蛋白水平進(jìn)行檢測(cè)的情況下，要包含的藥物可以是抗體或化合物，其含有如上文所述的對(duì)PDE4D7蛋白特異性的抗體或抗體變體的抗原結(jié)合片段。額外地或替換地，可以包含對(duì)PDE4D7蛋白特異性的適體?；蛘?，診斷試劑盒可以包含上文定義的造影劑。使用與PDE4D7特異性地相互作用的其它化合物，例如特異性的底物或配體，也可以檢測(cè)特異性蛋白的存在。優(yōu)選地，本發(fā)明的診斷試劑盒含有PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物或PDE4D7蛋白的檢測(cè)劑。這樣的檢測(cè)劑包括例如，緩沖液、標(biāo)記物或洗滌液等。此外，所述試劑盒可以包含一定量的已知的核酸分子或蛋白，其可以用于試劑盒的校準(zhǔn)，或用作內(nèi)部對(duì)照。通常，用于檢測(cè)PDE4D7 表達(dá)產(chǎn)物的診斷試劑盒可以包含助劑如PCR緩沖劑、dNTPs、聚合酶、離子(如二價(jià)陽離子或單價(jià)陽離子)、雜交溶液等。用于檢測(cè)PDE4D7蛋白的診斷試劑盒也可以包含助劑如第二親和配體(例如第二抗體)、檢測(cè)染料和本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的進(jìn)行蛋白檢測(cè)必需的任意其它合適的化合物或液體。這樣的成分是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的，且可以隨進(jìn)行的檢測(cè)方法而變化。另外，所述試劑盒可以包含說明書活頁，和/或可以提供關(guān)于得到的結(jié)果的關(guān)聯(lián)性的信息。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及用于檢測(cè)、診斷、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)個(gè)體中前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展的方法，所述方法至少包括下述步驟測(cè)定樣品中PDE4D7的水平。術(shù)語“測(cè)定 PDE4D7的水平”表示測(cè)定PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物(例如PDE4D7轉(zhuǎn)錄物)的存在或量，和/或測(cè)定PDE4D7蛋白的存在和/或量。術(shù)語“PDE4D7的水平”因而表示PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物(例如 PDE4D7轉(zhuǎn)錄物)的存在或量，和/或PDE4D7蛋白的存在或量的測(cè)定。通過本領(lǐng)域已知的任意方式，可以完成PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物(例如PDE4D7轉(zhuǎn)錄物)或PDE4D7蛋白的存在或量的測(cè)定。在本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，通過測(cè)量核酸或蛋白水平，或通過測(cè)定PDE4D7 的生物活性，完成PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物(例如PDE4D7轉(zhuǎn)錄物)和/或PDE4D7蛋白的存在或量的測(cè)定。因而，通過包含下述內(nèi)容的方法，可以測(cè)定PDE4D7表達(dá)水平檢測(cè)由PDE4D7基因編碼的mRNA，檢測(cè)由PDE4D7轉(zhuǎn)錄物編碼的PDE4D7蛋白，和/或檢測(cè)PDE4D7蛋白的生物活性。例如，可以如下評(píng)價(jià)PDE4D7表達(dá)的核酸水平的測(cè)量通過在瓊脂糖或聚丙烯酰胺凝膠中分離從樣品得到的核酸分子(例如RNA或cDNA)，隨后與上文定義的PDE4D7特異性的寡核苷酸探針雜交?；蛘?，可以如下測(cè)定表達(dá)水平標(biāo)記從樣品得到的核酸，隨后在測(cè)序凝膠上分離。可以將核酸樣品放在凝膠上，使得患者和對(duì)照或標(biāo)準(zhǔn)核酸處于相鄰的泳道中。 可以通過目檢或借助于光密度計(jì)，對(duì)比表達(dá)水平。用于檢測(cè)mRNA或表達(dá)產(chǎn)物的方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。通常，RNA印跡分析可以用于這樣的目的?；蛘撸梢栽贒NA陣列或微陣列方案中，檢測(cè)PDE4D7表達(dá)的核酸水平。通常，優(yōu)選地使用熒光標(biāo)記處理和標(biāo)記源自要測(cè)試的受試者的樣品核酸。隨后，這樣的核酸分子可以用于雜交方案中，所述雜交方案使用固定化的與本發(fā)明的PDE4D7標(biāo)記基因相對(duì)應(yīng)的捕獲探針，或已知的生物標(biāo)志物或癌標(biāo)記基因。適合進(jìn)行微陣列分析的方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。在一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)設(shè)置中，DNA陣列或微陣列包含固定化的高密度探針，以檢測(cè)多個(gè)基因。在陣列上的探針與標(biāo)記基因序列的一個(gè)或多個(gè)部分互補(bǔ)，或與標(biāo)記基因的整個(gè)編碼區(qū)互補(bǔ)。在本發(fā)明中，可以將任意類型的PDE4D7相關(guān)的多核苷酸用作DNA陣列的探針，只要所述多核苷酸允許在PDE4D7表達(dá)和其它基因表達(dá)之間的特異性區(qū)分。通常，cDNA、PCR產(chǎn)
21物和寡核苷酸可以用作探針。優(yōu)選地，包含PDE4D的剪接變體7的特定部分的探針可以用作探針。除了 PDE4D7表達(dá)的測(cè)定以外，還可以進(jìn)行其它基因(例如其它生物標(biāo)志物或癌標(biāo)記基因)表達(dá)的測(cè)定?；贒NA陣列或微陣列的檢測(cè)方法通常包括下述步驟(1)從樣品分離mRNA，并任選地將mRNA轉(zhuǎn)化成cDNA，隨后標(biāo)記該RNA或cDNA。在微陣列技術(shù)手冊(cè)中，描述了用于分離 RNA、將它轉(zhuǎn)化成cDNA的方法和用于標(biāo)記核酸的方法。(2)使來自步驟1的核酸與標(biāo)記基因的探針雜交?？梢杂弥T如熒光染料Cy3(紅)或Cy5(藍(lán))等染料，標(biāo)記來自樣品的核酸。 通常，用不同的染料來標(biāo)記對(duì)照樣品。(3)檢測(cè)來自樣品的核酸與探針的雜交，并至少定性地、更特別地定量地測(cè)定樣品中PDE4D7和/或研究的其它標(biāo)記基因的mRNA的量?；谛盘?hào)強(qiáng)度的差異，可以估測(cè)樣品和對(duì)照之間表達(dá)水平的差異。通過適當(dāng)?shù)能浖?，但不限于由例如Affymetrix提供的軟件，可以測(cè)量和分析它們。與使用的標(biāo)記基因相對(duì)應(yīng)的、印跡在DNA陣列上的探針的數(shù)目沒有限制。另外，標(biāo)記基因可以由2個(gè)或更多個(gè)探針來表示，所述探針與基因的不同部分雜交。為每個(gè)選擇的標(biāo)記基因，設(shè)計(jì)探針。這樣的探針通常是包含5-50個(gè)核苷酸殘基的寡核苷酸。通過PCR或化學(xué)方法，可以合成更長的DNA。用于合成這樣的寡核苷酸并將它們應(yīng)用在基底上的方法是微陣列領(lǐng)域眾所周知的。除了標(biāo)記基因以外的基因也可以印跡在DNA陣列上。例如，可以將其表達(dá)水平不顯著改變的基因的探針印跡在DNA陣列上，以標(biāo)準(zhǔn)化試驗(yàn)結(jié)果，或?qū)Ρ榷鄠€(gè)陣列或不同試驗(yàn)的試驗(yàn)結(jié)果。或者，可以在定量RT-PCR方案中，優(yōu)選地在反轉(zhuǎn)錄PDE4D7mRNA轉(zhuǎn)錄物以后的實(shí)時(shí) PCR方案中，檢測(cè)PDE4D7表達(dá)的核酸水平。通常，作為第一步，根據(jù)本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任意合適的方法，將轉(zhuǎn)錄物逆轉(zhuǎn)錄成cDNA分子。隨后可以基于如上所述得到的第一個(gè)DNA 鏈，進(jìn)行定量或?qū)崟r(shí)PCR方案。優(yōu)選地，Taqman或分子信標(biāo)探針(作為這類主要基于FRET的探針)可以用于定量PCR檢測(cè)。在兩種情況下，所述探針、優(yōu)選上文定義的PDE4D7探針用作內(nèi)部探針，它們與側(cè)接目標(biāo)區(qū)域的一對(duì)相對(duì)引物(優(yōu)選上文定義的PDE4D7寡核苷酸集合)一起使用。在擴(kuò)增目標(biāo)區(qū)段以后，所述探針可以選擇性地結(jié)合在引物位點(diǎn)之間的鑒別序列處的產(chǎn)物，從而造成FRET信號(hào)傳遞的增加(與靶物頻率的增加有關(guān))。優(yōu)選地，要用于根據(jù)本發(fā)明的定量PCR方案中的Taqman探針可以包含約22_30 個(gè)堿基的上面定義的PDE4D7寡核苷酸，其在兩端用FRET對(duì)進(jìn)行標(biāo)記。通常，5'末端具有更短波長的熒光團(tuán)諸如熒光素(例如FAM)，3'末端通常用更長波長的熒光猝滅劑(例如 TAMRA)或無熒光的猝滅劑化合物(例如黑洞猝滅劑)進(jìn)行標(biāo)記。優(yōu)選地，要用于定量PCR 的探針(尤其是上文定義的PDE4D7探針)在與報(bào)道分子染料鄰近的5'末端處不具有鳥嘌呤(G)，以便避免所述探針在被降解以后報(bào)道分子熒光的猝滅。要用于根據(jù)本發(fā)明的定量PCR方案中的分子信標(biāo)探針優(yōu)選地使用FRET相互作用來檢測(cè)和定量PCR產(chǎn)物，每個(gè)探針具有5'熒光標(biāo)記的末端和3'猝滅劑-標(biāo)記的末端。 所述探針結(jié)構(gòu)的該發(fā)夾或莖-環(huán)構(gòu)型優(yōu)選地包含具有2個(gè)短自結(jié)合末端的莖，和具有約 20-30個(gè)堿基的長內(nèi)靶-特異性區(qū)域的環(huán)。也可以用于本發(fā)明背景下的替代性的檢測(cè)機(jī)理涉及僅由環(huán)結(jié)構(gòu)制成的探針，其沒有短的互補(bǔ)莖區(qū)域。也可以用于本發(fā)明背景下的定量PCR的一個(gè)替代性的基于FRET的方案是基于結(jié)合靶物上的相鄰部位的2個(gè)雜交探針的使用，其中第一個(gè)探針具有在3’末端處的熒光供體標(biāo)記，第二個(gè)探針具有在其5’末端處的熒光受體標(biāo)記。通過本領(lǐng)域已知的任意合適的檢測(cè)技術(shù)，可以測(cè)量PDE4D7蛋白或其任意片段、同源物或源于其的衍生物的蛋白水平。優(yōu)選地，可以免疫學(xué)地測(cè)定PDE4D7和其衍生物的蛋白水平，例如通過使用對(duì)PDE4D7蛋白特異性的抗體，優(yōu)選上文定義的抗體。或者，可以使用上文定義的抗體變體或片段。本發(fā)明也預(yù)見到使用肽親和配體，如上文定義的對(duì)PDE4D7蛋白特異性的適體。可以測(cè)定PDE4D7蛋白的蛋白水平，例如，通過在聚丙烯酰胺凝膠上從樣品分離蛋白，隨后在蛋白印跡分析中使用特異性地結(jié)合抗體，鑒別PDE4D7蛋白?；蛘撸ㄟ^二維凝膠電泳系統(tǒng)，可以分離蛋白。二維凝膠電泳是本領(lǐng)域眾所周知的，且通常包含沿著第一維的等電聚焦，繼之以沿著第二維的SDS-PAGE電泳。2維SDS-PAGE凝膠的分析，可以通過測(cè)定凝膠上的蛋白印跡的強(qiáng)度來進(jìn)行，或可以使用免疫檢測(cè)來進(jìn)行。在其它實(shí)施方案中，通過質(zhì)譜法，分析蛋白樣品。在本發(fā)明的背景下，可以將PDE4D7特異性的抗體放在支持物上，并固定化。隨后可以將源自要分析的樣品或組織的蛋白與抗體相混合。然后可以進(jìn)行檢測(cè)反應(yīng)，例如使用上文定義的第二親和配體，優(yōu)選使用特異性的抗體?？梢栽诒景l(fā)明的背景下使用(尤其是用于本發(fā)明的診斷目的)的免疫試驗(yàn)包括，例如，使用諸如蛋白印跡等技術(shù)的競(jìng)爭性的和非競(jìng)爭性的試驗(yàn)系統(tǒng)，放射免疫測(cè)定如 RIA(放射相關(guān)的免疫測(cè)定)、ELISA(酶聯(lián)免疫吸附測(cè)定)、“夾心”免疫測(cè)定、免疫沉淀測(cè)定、 沉淀素反應(yīng)、凝膠擴(kuò)散沉淀素反應(yīng)、免疫擴(kuò)散測(cè)定、凝集測(cè)定(例如膠乳凝集反應(yīng))、補(bǔ)體結(jié)合測(cè)定、免疫放射分析、熒光免疫測(cè)定例如FIA(熒光-相關(guān)的免疫測(cè)定)、化學(xué)發(fā)光免疫測(cè)定、電化學(xué)發(fā)光免疫測(cè)定(ECLIA)和蛋白A免疫測(cè)定。這樣的測(cè)定是常規(guī)的，且是本領(lǐng)域技術(shù)人員眾所周知的。此外，通過競(jìng)爭性的結(jié)合測(cè)定，可以測(cè)定抗體與抗原的結(jié)合親和力和抗體-抗原相互作用的解離速率(off-rate)。競(jìng)爭性的結(jié)合測(cè)定的一個(gè)實(shí)例是放射免疫測(cè)定，其包括 在有遞增量的未標(biāo)記的抗原存在下，用合適的抗體溫育標(biāo)記的抗原(例如，咕或125I)，并檢測(cè)與標(biāo)記的抗原結(jié)合的抗體。通過任意合適的分析方案，例如通過斯卡恰特作圖分析，可以從數(shù)據(jù)測(cè)定目標(biāo)抗體對(duì)特定抗原的親和力和結(jié)合解離速率。使用放射免疫測(cè)定，也可以測(cè)定與第二抗體的競(jìng)爭。在該情況下，可以在有遞增量的未標(biāo)記的第二抗體存在下，用綴合到標(biāo)記的化合物(例如，咕或1251)上的合適的抗體溫育抗原。另外，對(duì)PDE4D7蛋白特異性的適體(優(yōu)選地如上文所定義)可以用于檢測(cè)PDE4D7 蛋白的方法中?？梢詢?yōu)選地標(biāo)記這樣的適體，以便允許檢測(cè)蛋白-配體相互作用。通過采用對(duì)PDE4D7的對(duì)應(yīng)的一種或多種功能特異性的分子或酶測(cè)定，可以測(cè)定 PDE4D7的生物活性。優(yōu)選地，可以使用基于磷酸二酯酶對(duì)cAMP的轉(zhuǎn)化的讀出系統(tǒng)。合適的技術(shù)是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，可以與抑制其它PDE4D剪接變體、其它PDE4同種型和/或其它PDE(優(yōu)選能夠進(jìn)行cAMP的轉(zhuǎn)化的其它PDE)的活性相組合地，進(jìn)行測(cè)定PDE4D7的生物活性的試驗(yàn)。通過本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任意合適的方式，優(yōu)選地通過使用合適的反義核苷酸、siRNA分子或miRNA分子，更優(yōu)選地通過特異性地雜交反義核苷酸、特異性的siRNA或miRNA分子，可以進(jìn)行這樣的活性抑制。
在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，可以在特異性的PDE4D7抑制劑輔助下，測(cè)試PDE4D7 的生物活性。可以與例如基于cAMP底物的轉(zhuǎn)化的讀出系統(tǒng)相組合地，使用這樣的抑制劑。 要使用的典型的PDE4D7抑制劑包括反義分子、siRNA分子或miRNA分子。還可以在包含組織學(xué)的或細(xì)胞生物學(xué)的操作的方法中，檢測(cè)PDE4D7的水平。通常，可以使用視覺技術(shù)(諸如光學(xué)顯微術(shù)或免疫熒光顯微術(shù))以及流式細(xì)胞術(shù)或發(fā)光測(cè)定法。例如，通過從上文定義的樣品中取出要測(cè)試的細(xì)胞，可以檢測(cè)或測(cè)定PDE4D7蛋白在細(xì)胞中的存在。組織切片或活組織檢查樣品也可以用于這些方法中。隨后，可以應(yīng)用PDE4D7 的親和配體，優(yōu)選抗體或適體。通常，這樣的親和配體被標(biāo)記，優(yōu)選被上文定義的熒光標(biāo)記所標(biāo)記。這樣的操作允許檢測(cè)PDE4D7，進(jìn)行它的定量，且另外，允許測(cè)定其分布和相對(duì)表達(dá)水平。這樣的操作包括使用顯影方法。合適的顯影方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。要使用的典型方法包括熒光測(cè)定、發(fā)光測(cè)定技術(shù)和/或酶技術(shù)。通常如下檢測(cè)和/或定量熒光 通過將熒光標(biāo)記暴露于特定波長的光，然后檢測(cè)和/或定量發(fā)射的特定波長的光。通過在化學(xué)反應(yīng)過程中形成的發(fā)光，可以檢測(cè)和/或定量發(fā)光地標(biāo)記的親和配體的存在。酶反應(yīng)的檢測(cè)是由于從化學(xué)反應(yīng)產(chǎn)生的樣品中的顏色漂移(color shift)。在一個(gè)更優(yōu)選的實(shí)施方案中，通過合適的分子成像技術(shù)，例如磁共振成像(MRI) 或磁光子成像(MPI)，和/或通過使用合適的造影劑，例如上文定義的造影劑，可以測(cè)定 PDE4D7的水平。在一個(gè)更優(yōu)選的實(shí)施方案中，本發(fā)明的用于檢測(cè)、診斷、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展的方法包括下述額外步驟將測(cè)得的核酸或蛋白水平或測(cè)得的生物活性與對(duì)照水平相對(duì)比。本文使用的術(shù)語“對(duì)照水平”表示，PDE4D7標(biāo)志物或其它合適的標(biāo)志物在上文定義的癌性對(duì)照或非癌性對(duì)照中的表達(dá)。根據(jù)必要性，可以調(diào)節(jié)對(duì)照水平的狀態(tài)、性質(zhì)、 量和條件。優(yōu)選地，可以使用非癌性的對(duì)照水平。本文使用的術(shù)語“對(duì)比”表示評(píng)估、計(jì)算、 評(píng)價(jià)或處理數(shù)據(jù)的任意合適的方法。在另一個(gè)實(shí)施方案中，作為另一個(gè)額外的步驟，可以基于對(duì)比步驟的結(jié)果，確定前列腺癌的存在或階段或前列腺癌的進(jìn)展。在PDE4D7作為前列腺癌標(biāo)志物的背景下，在根據(jù)上文提供的對(duì)應(yīng)定義的所述方法中，可以診斷或預(yù)測(cè)前列腺癌，或可以診斷或預(yù)測(cè)前列腺
癌的進(jìn)展。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及用于檢測(cè)、診斷、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展的方法，所述方法至少包括下述步驟(a)在從至少一個(gè)疑似遭受前列腺癌的個(gè)體得到的至少一個(gè)樣品中，測(cè)試PDE4D7 表達(dá)產(chǎn)物或PDE4D7蛋白的表達(dá)；(b)在從至少一個(gè)沒有遭受癌癥的個(gè)體得到的至少一個(gè)對(duì)照樣品中，測(cè)試PDE4D7 表達(dá)產(chǎn)物或PDE4D7蛋白的表達(dá)；(c)測(cè)定步驟(a)和(b)的表達(dá)的差異；和(d)基于在步驟(C)中得到的結(jié)果，確定前列腺癌的存在或階段或前列腺癌的進(jìn)展。在一個(gè)實(shí)施方案中，該診斷方法的步驟a)、b)、C)和/或d)可以在人或動(dòng)物體外進(jìn)行，例如在從患者或個(gè)體得到的樣品中進(jìn)行。
在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及用于診斷、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)激素抗性前列腺癌或向激素抗性前列腺癌的進(jìn)展的方法，其中所述方法會(huì)辨別激素-敏感的和激素-抗性的前列腺癌，所述方法包括下述步驟(a)測(cè)定樣品中PDE4D7的水平；(b)測(cè)定樣品中參照基因的表達(dá)水平；(c)將測(cè)得的PDE4D7表達(dá)水平標(biāo)準(zhǔn)化成參照基因的表達(dá)水平；和(d)對(duì)比標(biāo)準(zhǔn)化的表達(dá)水平和選擇用于排除激素-敏感的前列腺癌的預(yù)定截止值，其中低于截止值的標(biāo)準(zhǔn)化的表達(dá)水平指示著激素-抗性的前列腺癌。其中所述截止值是在約1至7之間，優(yōu)選約5?；谌缟衔乃龅暮怂帷⒌鞍谆蚧钚运?，可以測(cè)定PDE4D7的水平。優(yōu)選的是，測(cè)定PDE4D7轉(zhuǎn)錄物和/或蛋白的量。另外，可以測(cè)定樣品中參照基因的水平。本文使用的術(shù)語“參照基因”表示選擇的生物體中的任意合適的基因，例如任意穩(wěn)定表達(dá)的和可連續(xù)檢測(cè)的基因、基因產(chǎn)物、表達(dá)產(chǎn)物、蛋白或蛋白變體。該術(shù)語也包括基因產(chǎn)物諸如表達(dá)的蛋白、 肽、多肽以及它們的修飾變體。本發(fā)明因此也包括源自參照基因的參照蛋白。也包括從參照基因可衍生出的所有種類的轉(zhuǎn)錄物以及其修飾或與其相關(guān)的二級(jí)參數(shù)。替換地或額外地， 其它參照參數(shù)也可以用于參照目的，例如代謝濃度、細(xì)胞大小等。優(yōu)選地，可以在相同樣品中進(jìn)行表達(dá)，即在相同樣品中測(cè)定PDE4D7和參照基因的水平。如果在相同樣品中進(jìn)行測(cè)試，可以進(jìn)行本文所述的單個(gè)檢測(cè)或多路檢測(cè)方案。優(yōu)選地，對(duì)于多路檢測(cè)，可以使用具有SEQ ID NO :7、8和9的序列的寡核苷酸和探針。為了進(jìn)行多路檢測(cè)，可以調(diào)整引物和/或探針寡核苷酸的濃度。此外，可以調(diào)整(例如，與生產(chǎn)商的指示相比，增加或減少)其它成分(如緩沖劑、離子等)的濃度和存在。在本發(fā)明的一個(gè)具體的實(shí)施方案中，可以測(cè)定超過一個(gè)參照基因或穩(wěn)定表達(dá)的基因的表達(dá)。例如，可以測(cè)定2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、15、20、30或更多個(gè)參照基因的表達(dá)。 這樣的測(cè)量的結(jié)果可以單獨(dú)地計(jì)算，或可以組合以便得到平均表達(dá)指數(shù)。此外，可以測(cè)定參照基因表達(dá)模式，和/或用作后續(xù)步驟的基礎(chǔ)。這樣的模式可以是基于已知的基因在特定癌癥(尤其是前列腺癌階段或狀態(tài))中的表達(dá)行為。此外，可以將表達(dá)結(jié)果與來自參照情況或數(shù)據(jù)庫的已知結(jié)果相對(duì)比。該對(duì)比可以額外地包括標(biāo)準(zhǔn)化步驟，以便提供結(jié)果的統(tǒng)計(jì)關(guān)聯(lián)性。在本發(fā)明的一個(gè)替代實(shí)施方案中，作為測(cè)定樣品中參照基因的表達(dá)水平的替代方案，可以測(cè)定另一種癌癥標(biāo)志物或非穩(wěn)定表達(dá)的基因的表達(dá)。例如，可以測(cè)定下述基因的表達(dá)已知其在激素抗性前列腺癌過程中減少，或已知其在激素-敏感的前列腺癌過程中增加。在另一個(gè)實(shí)施方案中，還可以進(jìn)行兩種表達(dá)測(cè)定，即測(cè)定參照基因和另一種癌癥或生物標(biāo)記基因的表達(dá)。根據(jù)本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任意合適的方法，例如根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化統(tǒng)計(jì)方法如標(biāo)準(zhǔn)分?jǐn)?shù)、Student氏T-檢驗(yàn)、Student化的殘余檢驗(yàn)、標(biāo)準(zhǔn)化的矩檢驗(yàn)或系數(shù)變動(dòng)檢驗(yàn)，可以標(biāo)準(zhǔn)化表達(dá)結(jié)果。通常，這樣的檢驗(yàn)或?qū)?yīng)的公式(它們是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的)可以用于標(biāo)準(zhǔn)化表達(dá)數(shù)據(jù)，以區(qū)分基因表達(dá)水平的真實(shí)變動(dòng)和由測(cè)量過程引起的變動(dòng)?；谠诓襟E(a)和(b)中得到的表達(dá)結(jié)果和/或在步驟(C)中得到的標(biāo)準(zhǔn)化結(jié)CN 102549167 A果，可以對(duì)比PDE4D7表達(dá)的截止值。截止值(低于它的PDE4D7表達(dá)水平指示著激素-抗性的前列腺癌，從而排除激素-敏感的前列腺癌或腫瘤形式)是在下述范圍內(nèi)約0. 75至
8.0.75 至 7. 5,0. 75 至 7,0. 75 至 6. 5,0. 75 至 6,0. 75 至 6,0. 75 至 5. 5,0. 75 至 5. 5、1. 0 至
8.1.25 至 8、1. 5 至 8,1. 75 至 8、2 至 8,2. 25 至 8,2. 5 至 8,2. 75 至 8、3 至 8,3. 25 至 8,3. 5 至8、3. 75至8、4至8、4. 25至8、4. 5至8、4. 75至8、或5至8。更優(yōu)選的是約5的截止值， 例如 4. 9,4. 8,4. 7,4. 6,4. 5,4. 4,4. 3,4. 2,4. 1 或 5. 9,5. 8,5. 7,5. 6,5. 5,5. 4,5. 3,5. 2 或 5.1。在一個(gè)特別優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述截止值與作為參照基因的持家基因一起使用。甚至更優(yōu)選地，所述截止值與作為參照基因的GAPDH和/或PB⑶一起使用。在本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述截止值是血液樣品(例如血清或血漿樣品)、尿樣品或尿沉積物樣品中PDE4D7的截止值。在本發(fā)明的一個(gè)特別優(yōu)選的實(shí)施方案中， 所述截止值是尿樣品中PDE4D7蛋白或多肽或上文定義的其任意衍生物的截止值。在本發(fā)明的另一個(gè)特別優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述截止值是尿包含的細(xì)胞中PDE4D7蛋白或多肽或上文定義的其任意衍生物的截止值，或從尿包含的細(xì)胞分泌出的外核體的截止值。在本發(fā)明的一個(gè)甚至更優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述截止值是尿沉積物樣品中上文定義的PDE4D7蛋白或多肽或其任意衍生物的截止值，和尿沉積物樣品中含有的細(xì)胞的的截止值，或尿沉積物樣品中含有的細(xì)胞所分泌的外核體的截止值。如果測(cè)量的和/或標(biāo)準(zhǔn)化的PDE4D7表達(dá)高于指示的截止值，這可以視作下述指征所述個(gè)體沒有遭受激素-抗性的前列腺癌。所述值可以額外地指示，所述個(gè)體遭受除了激素-抗性的前列腺癌以外的前列腺癌，尤其是激素-依賴性的前列腺癌或激素-敏感的前列腺癌。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及一種數(shù)據(jù)獲取方法，該方法至少包括下述步驟(a)測(cè)試個(gè)體中PDE4D7的表達(dá)；和(b)將在步驟(a)中測(cè)定的表達(dá)與對(duì)照水平相對(duì)比。根據(jù)上文定義的步驟，可以測(cè)試PDE4D7的表達(dá)。優(yōu)選地，作為測(cè)量PDE4D7的核酸或蛋白水平，或通過測(cè)定PDE4D7的生物活性，更優(yōu)選地根據(jù)上文所述的這樣的測(cè)量的選項(xiàng)，可以進(jìn)行測(cè)試?？梢栽趥€(gè)體內(nèi)(即在體內(nèi))或在個(gè)體外(即離體或在體外)進(jìn)行測(cè)試。在數(shù)據(jù)獲取方法的上下文中使用的術(shù)語“對(duì)照水平”表示，在上文定義的癌性對(duì)照或非癌性對(duì)照中PDE4D7標(biāo)志物或其它合適的標(biāo)志物的表達(dá)。根據(jù)必要性，可以調(diào)節(jié)對(duì)照水平的狀態(tài)、 性質(zhì)、量和條件。優(yōu)選地，可以使用非癌性的對(duì)照水平。更優(yōu)選地，可以使用源自激素-敏感的前列腺癌階段的對(duì)照水平。根據(jù)任意合適的評(píng)估、計(jì)算、評(píng)價(jià)或處理數(shù)據(jù)的方法，可以進(jìn)行表達(dá)與對(duì)照水平的對(duì)比，具體地，目的在于檢測(cè)2個(gè)數(shù)據(jù)集之間的差異。另外可以進(jìn)行差異顯著性的統(tǒng)計(jì)評(píng)價(jià)。合適的統(tǒng)計(jì)方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。通過本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的合適的信息學(xué)或計(jì)算機(jī)方法或工具，可以儲(chǔ)存、積累或處理得到的數(shù)據(jù)和信息，和/ 或以適當(dāng)方式呈現(xiàn)，以便允許從業(yè)人員使用數(shù)據(jù)進(jìn)行一個(gè)或多個(gè)后續(xù)推論或結(jié)論步驟。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及用于檢測(cè)、診斷、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展的免疫測(cè)定，其至少包括下述步驟(a)測(cè)試從個(gè)體獲得的樣品中PDE4D7的表達(dá)，(b)測(cè)試對(duì)照樣品中PDE4D7的表達(dá)，(c)測(cè)定步驟(a)和(b)中PDE4D7的表達(dá)的差異；和
(d)基于在步驟(C)中得到的結(jié)果，確定前列腺癌的存在或階段或前列腺癌的進(jìn)展。所述免疫測(cè)定優(yōu)選地是基于使用特異性地結(jié)合PDE4D7的抗體，例如一種或多種本文提及的PDE4D7抗體?；蛘?，可以使用任意其它合適的試劑，或與任意其它合適的試劑組合地，進(jìn)行所述免疫測(cè)定。例如，所述測(cè)定可以與核酸的檢測(cè)或本文所述的酶測(cè)試方法相組合。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及用于辨別激素-敏感的和激素-抗性的前列腺癌的免疫測(cè)定，所述方法包括下述步驟(a)測(cè)定樣品中PDE4D7的水平；(b)測(cè)定樣品中參照基因的表達(dá)水平；(c)將測(cè)得的PDE4D7表達(dá)水平標(biāo)準(zhǔn)化成參照基因的表達(dá)；和(d)對(duì)比標(biāo)準(zhǔn)化的表達(dá)水平和選擇用于排除激素-敏感的前列腺癌的預(yù)定截止值，其中低于截止值的標(biāo)準(zhǔn)化的表達(dá)水平指示著激素-抗性的前列腺癌，其中所述截止值是約1至7。優(yōu)選地，截止值是約5。優(yōu)選地，基于如上文所述的蛋白或活性水平，可以測(cè)定PDE4D7的水平。優(yōu)選的是， 在PDE4D7特異性的抗體(例如一種或多種本文所述的PDE4D7抗體)的幫助下，測(cè)定PDE4D7 蛋白的量。或者，可以用任意其它合適的試劑，或與其它實(shí)體的測(cè)定組合地，進(jìn)行免疫測(cè)定。 例如，所述測(cè)定可以與核酸的存在或量的檢測(cè)或本文所述的酶測(cè)試方法相組合。另外，可以測(cè)定樣品中上文定義的參照基因的水平。關(guān)于參照基因的檢測(cè)，可以測(cè)定基因的表達(dá)產(chǎn)物(即蛋白)的量，優(yōu)選地，在本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的一種或多種合適的抗體幫助下?；蛘?，使用任意其它合適的試劑，或與核酸的存在或量的檢測(cè)或本文所述的酶測(cè)試方法組合地，進(jìn)行參照基因的測(cè)定?；谠诓襟E(a)和(b)中得到的表達(dá)結(jié)果和/或在步驟(C)中得到的標(biāo)準(zhǔn)化結(jié)果，可以對(duì)比PDE4D7表達(dá)的截止值。截止值(在免疫測(cè)定中低于它的PDE4D7表達(dá)水平指示著激素-抗性的前列腺癌，從而排除激素-敏感的前列腺癌或腫瘤形式)是在下述范圍內(nèi)約 0. 75 至 8,0. 75 至 7. 5,0. 75 至 7,0. 75 至 6. 5,0. 75 至 6,0. 75 至 6,0. 75 至 5. 5,0. 75 至 5. 5、1.0 至 8、1. 25 至 8、1. 5 至 8、1. 75 至 8、2 至 8、2. 25 至 8、2. 5 至 8、2. 75 至 8、3 至 8、 3. 25至8、3. 5至8、3. 75至8、4至8、4. 25至8、4. 5至8、4. 75至8、或5至8。更優(yōu)選地，截止值是約 5，例如 4. 9,4. 8,4. 7,4. 6,4. 5,4. 4,4. 3,4. 2,4. 1 或 5. 9,5. 8,5. 7,5. 6,5. 5,5. 4、 5. 3、5· 2 或 5. 1。所述截止值可以是下文所述的血液樣品(例如血清或血漿樣品)、尿樣品或尿沉積物樣品等中的PDE4D7的截止值。如果測(cè)量的和/或標(biāo)準(zhǔn)化的PDE4D7表達(dá)高于指示的截止值，這可以視作下述指征所述個(gè)體沒有遭受激素-抗性的前列腺癌。所述值可以另外指示，所述個(gè)體遭受除了激素-抗性的前列腺癌以外的前列腺癌，尤其是激素-依賴性的前列腺癌或激素-敏感的前列腺癌。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及鑒別個(gè)體對(duì)于前列腺癌治療的適合性的方法，所述方法包括(a)測(cè)試從個(gè)體獲得的樣品中PDE4D7的表達(dá)；
(b)測(cè)試所述樣品中參照基因的表達(dá)，和/或測(cè)試對(duì)照樣品中PDE4D7的表達(dá)；(c)相對(duì)于步驟(b)中的水平，分類步驟(a)的表達(dá)水平；和(d)在個(gè)體的樣品被分類為具有降低的PDE4D7表達(dá)水平的情況下，將該個(gè)體鑒別為適合接受前列腺癌治療。PDE4D7的水平可以取決于如上文所述的核酸、蛋白或活性水平。優(yōu)選的是，測(cè)定 PDE4D7轉(zhuǎn)錄物和/或蛋白的量。另外，可以測(cè)定樣品中上文所述的參照基因的水平。可以在用于測(cè)定PDE4D7的相同樣品中進(jìn)行參照基因表達(dá)的測(cè)試。如果在相同樣品中進(jìn)行測(cè)試， 可以進(jìn)行單個(gè)檢測(cè)或多路檢測(cè)方案。優(yōu)選地，對(duì)于多路檢測(cè)，可以使用具有SEQ ID NO 7,8 和9的序列的寡核苷酸和探針。為了進(jìn)行多路檢測(cè)，可以調(diào)整引物和/或探針寡核苷酸的濃度。此外，可以調(diào)整(例如，與生產(chǎn)商的指示相比，增加或減少)其它成分(如緩沖劑、離子等)的濃度和存在?；蛘?，可以在不同的樣品(優(yōu)選上文定義的對(duì)照樣品)中測(cè)試參照基因的表達(dá)。優(yōu)選地，這樣的對(duì)照樣品可以是來自與實(shí)驗(yàn)樣品相同的個(gè)體的對(duì)照樣品，或源自不同來源或個(gè)體的對(duì)照樣品。對(duì)照樣品另外可以是源自相同組織(優(yōu)選前列腺組織)的樣品，或源自不同組織類型的樣品。優(yōu)選的替代性的組織類型的實(shí)例是間質(zhì)前列腺組織、膀胱上皮組織和尿道上皮組織。此外，可以將實(shí)驗(yàn)樣品的參照基因表達(dá)測(cè)試和對(duì)照樣品的PDE4D7表達(dá)測(cè)試相組
口 O在另一個(gè)實(shí)施方案中，也可以測(cè)定對(duì)照樣品中參照基因的表達(dá)。在測(cè)試超過一個(gè)樣品中參照基因的表達(dá)的情況下，可以根據(jù)本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任意合適的統(tǒng)計(jì)方法， 對(duì)比和/或平均或標(biāo)準(zhǔn)化得到的表達(dá)結(jié)果。本文使用的術(shù)語“相對(duì)于步驟(b)中的水平，分類步驟(a)的表達(dá)水平”是指，對(duì)比實(shí)驗(yàn)樣品中PDE4D7的表達(dá)和對(duì)照樣品中PDE4D7的表達(dá)，例如在相對(duì)于合適的標(biāo)準(zhǔn)化參照物進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化以后。根據(jù)對(duì)比的結(jié)果，將實(shí)驗(yàn)樣品指示為提供與對(duì)照樣品類似的表達(dá)， 與對(duì)照樣品相比增加的表達(dá)，或與對(duì)照樣品相比減少的表達(dá)。該術(shù)語另外表示，對(duì)比實(shí)驗(yàn)樣品中PDE4D7的表達(dá)和相同實(shí)驗(yàn)樣品中參照基因的表達(dá)，例如在相對(duì)于作為標(biāo)準(zhǔn)化參照物的另一個(gè)基因進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化以后。根據(jù)對(duì)比的結(jié)果，將實(shí)驗(yàn)樣品指示為提供與參照基因類似的表達(dá)，與參照基因相比增加的表達(dá)，或與參照基因相比減少的表達(dá)。根據(jù)表達(dá)結(jié)果的分類，當(dāng)PDE4D7表達(dá)水平降低時(shí)，可以將個(gè)體視作適合前列腺癌治療。在下述情況下，認(rèn)為表達(dá)水平“降低”當(dāng)實(shí)驗(yàn)樣品中的PDE4D7基因表達(dá)比對(duì)照樣品中的 PDE4D7 表達(dá)降低了例如 5%,6%,7%,8%,9%,10% ,15%,20%,25%,30%,40%,50% 或超過50%時(shí)，或比對(duì)照樣品中的PDE4D7表達(dá)降低了至少0. 1倍、至少0. 2倍、至少1倍、 至少2倍、至少5倍、或至少10倍或更多時(shí)；或當(dāng)PDE4D7基因表達(dá)比對(duì)照樣品中的參照基因表達(dá)降低了例如 5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、40%、50%或超過 50%時(shí)，或比參照基因的表達(dá)降低了至少0. 1倍、至少0. 2倍、至少1倍、至少2倍、至少5 倍或至少10倍或更多時(shí)。在一個(gè)具體的實(shí)施方案中，還可以根據(jù)其它基因或標(biāo)志物(例如持家基因)的表達(dá)，標(biāo)準(zhǔn)化或調(diào)節(jié)參照基因的表達(dá)。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及用于分級(jí)具有前列腺癌疾病的一個(gè)個(gè)體或一群個(gè)體的免疫測(cè)定，其包括(a)測(cè)試從個(gè)體獲得的樣品中PDE4D7的表達(dá)；
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(b)測(cè)試所述樣品中參照基因的表達(dá)，和/或測(cè)試對(duì)照樣品中PDE4D7的表達(dá)；(c)測(cè)定步驟(a)中PDE4D7的表達(dá)與步驟(b)中PDE4D7和/或參照基因的表達(dá)的差異；和(d)在個(gè)體的樣品具有降低的PDE4D7表達(dá)水平的情況下，基于在步驟(c)中得到的結(jié)果，將一個(gè)個(gè)體或一群個(gè)體分級(jí)給前列腺癌治療?？梢詢?yōu)選地通過如上文所述測(cè)定PDE4D7蛋白的量或測(cè)定PDE4D7活性水平，測(cè)試 PDE4D7的表達(dá)。優(yōu)選的是，在PDE4D7特異性的抗體(例如一種或多種本文所述的PDE4D7抗體)的幫助下，測(cè)定PDE4D7蛋白的量?；蛘?，可以用任意其它合適的試劑，或與其它實(shí)體的測(cè)定組合地，進(jìn)行免疫測(cè)定。例如，所述測(cè)定可以與核酸的存在或量的檢測(cè)或本文所述的酶測(cè)試方法相組合。另外，可以測(cè)定樣品中上文所述的參照基因的水平。在用于測(cè)定PDE4D7 的相同樣品中，可以測(cè)試參照基因的表達(dá)。如果在相同樣品中進(jìn)行測(cè)試，可以進(jìn)行單個(gè)檢測(cè)或平行的或多路的檢測(cè)方案。優(yōu)選地，對(duì)于平行的或多路的檢測(cè)，可以使用差別地標(biāo)記的第一抗體或第二抗體?；蛘撸梢栽诓煌臉悠?優(yōu)選上文定義的對(duì)照樣品)中測(cè)試參照基因的表達(dá)。優(yōu)選地，這樣的對(duì)照樣品可以是來自與實(shí)驗(yàn)樣品相同的個(gè)體的對(duì)照樣品，或源自不同來源或個(gè)體的對(duì)照樣品。對(duì)照樣品另外可以是源自相同組織(優(yōu)選前列腺組織)的樣品，或源自不同組織類型的樣品。優(yōu)選的替代性的組織類型的實(shí)例是間質(zhì)前列腺組織、膀胱上皮組織和尿道上皮組織。此外，可以將實(shí)驗(yàn)樣品的參照基因表達(dá)測(cè)試和對(duì)照樣品的PDE4D7表達(dá)測(cè)試相組合。在另一個(gè)實(shí)施方案中，也可以測(cè)定對(duì)照樣品中參照基因的表達(dá)。在測(cè)試超過一個(gè)樣品中參照基因的表達(dá)的情況下，可以根據(jù)本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任意合適的統(tǒng)計(jì)方法， 對(duì)比和/或平均或標(biāo)準(zhǔn)化得到的表達(dá)結(jié)果。本文使用的術(shù)語“測(cè)定步驟(a)中PDE4D7的表達(dá)與步驟(b)中PDE4D7和/或參照基因的表達(dá)的差異”是指，對(duì)比實(shí)驗(yàn)樣品中PDE4D7的表達(dá)和對(duì)照樣品中PDE4D7的表達(dá)，例如在相對(duì)于合適的標(biāo)準(zhǔn)化參照物進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化以后。根據(jù)對(duì)比的結(jié)果，將實(shí)驗(yàn)樣品指示為提供與對(duì)照樣品類似的表達(dá)，與對(duì)照樣品相比增加的表達(dá)，或與對(duì)照樣品相比減少的表達(dá)。 該術(shù)語另外表示，替換地或額外地，對(duì)比實(shí)驗(yàn)樣品中PDE4D7的表達(dá)和相同實(shí)驗(yàn)樣品中參照基因的表達(dá)，例如在相對(duì)于作為標(biāo)準(zhǔn)化參照物的另一個(gè)基因進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化以后。根據(jù)對(duì)比的結(jié)果，將實(shí)驗(yàn)樣品指示為提供與參照基因類似的表達(dá)，或表達(dá)的差異。所述差異可以是，與參照基因相比增加的表達(dá)，或與參照基因相比減少的表達(dá)。本文使用的術(shù)語“將一個(gè)個(gè)體或一群個(gè)體分級(jí)給前列腺癌治療”是指，根據(jù)上文所述的表達(dá)實(shí)驗(yàn)的結(jié)果，尤其是根據(jù)遇到的PDE4D7表達(dá)水平和參照基因或不同樣品中 PDE4D7表達(dá)水平的差異，將個(gè)體鑒別為屬于一組類似的個(gè)體，所述個(gè)體的最佳治療形式是前列腺癌治療，優(yōu)選針對(duì)激素抗性前列腺癌的治療。根據(jù)表達(dá)差異的測(cè)定，當(dāng)PDE4D7表達(dá)水平降低時(shí)，可以將個(gè)體鑒別為屬于一組類似的個(gè)體，所述個(gè)體的最佳治療形式是前列腺癌治療。在下述情況下，認(rèn)為表達(dá)水平“降低”當(dāng)實(shí)驗(yàn)樣品中的PDE4D7基因表達(dá)比對(duì)照樣品中的 PDE4D7 表達(dá)降低了例如 5%,6%,7%,8%,9%,10%,15%,20%,25%,30%,40%, 50%或超過50%時(shí)，或比對(duì)照樣品中的PDE4D7表達(dá)降低了至少0. 1倍、至少0. 2倍、至少1 倍、至少2倍、至少5倍、或至少10倍或更多時(shí)；或當(dāng)PDE4D7基因表達(dá)比對(duì)照樣品中的參照基因表達(dá)降低了例如 5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、40%、50%，或超過50%時(shí)，或比參照基因的表達(dá)降低了至少0. 1倍、至少0. 2倍、至少1倍、至少2倍、至少 5倍或至少10倍或更多時(shí)。在一個(gè)具體的實(shí)施方案中，還可以根據(jù)其它基因或標(biāo)志物(例如持家基因)的表達(dá)，標(biāo)準(zhǔn)化或調(diào)節(jié)參照基因的表達(dá)。認(rèn)為適合前列腺癌治療或被分級(jí)給上文所述的前列腺癌治療的個(gè)體，可以接受本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任意合適的治療性前列腺癌處理。通常，由于降低的PDE4D7表達(dá)而被認(rèn)為適合前列腺癌治療或被分級(jí)給對(duì)應(yīng)的治療組的個(gè)體，可以視作遭受激素-抗性的前列腺癌或易于在將來(例如在將來的I-M個(gè)月)發(fā)展激素-抗性的前列腺癌?？梢杂酶鶕?jù)本發(fā)明的藥物組合物(例如如下文定義的)治療對(duì)應(yīng)地鑒別的或分級(jí)的個(gè)體。在另一個(gè)實(shí)施方案中，可以與其它癌癥療法組合地，用根據(jù)本發(fā)明的藥物組合物治療對(duì)應(yīng)地鑒別的個(gè)體。 術(shù)語“其它癌癥療法”表示本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任意類型的癌癥療法。優(yōu)選的是關(guān)于激素-抗性的前列腺癌已知的癌癥治療形式。該術(shù)語包括，例如，化學(xué)療法、放射療法、外科手術(shù)、抗體治療等所有合適的形式?；蛘?，可以單獨(dú)地用一種或多種癌癥療法(諸如化學(xué)療法、放射療法、外科手術(shù)、 抗體治療等)，治療對(duì)應(yīng)地鑒別的或分級(jí)的個(gè)體。優(yōu)選的是通常用于前列腺癌的癌癥療法， 更優(yōu)選用于激素-抗性的前列腺癌的癌癥療法。在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方案中，如上文所述的適合性的分類方法或分級(jí)的免疫測(cè)定也可以用于監(jiān)測(cè)個(gè)體的治療，例如被分類為遭受激素-抗性的前列腺癌的個(gè)體。可以隨著表達(dá)測(cè)定，在延長的時(shí)間段內(nèi)進(jìn)行所述監(jiān)測(cè)方法，例如在治療期間中或在治療期間以后， 進(jìn)行 1、2、3、4、5、6、7、8、9、10 周、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10 個(gè)月或 1、2、3 或更多年?？梢砸院线m的間隔，例如每周、每2周、每3周、每月、每2個(gè)月、每3個(gè)月、每6個(gè)月、每12個(gè)月等，進(jìn)行測(cè)定步驟。在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方案中，根據(jù)監(jiān)測(cè)過程的結(jié)果，可以以任意合適的方式，調(diào)節(jié)(例如加強(qiáng)或減弱)或改變上文所述的任意治療方案。根據(jù)上文定義的步驟，可以測(cè)試PDE4D7的表達(dá)。優(yōu)選地，作為測(cè)量PDE4D7蛋白水平，更優(yōu)選地根據(jù)上文所述的這樣的測(cè)量的選項(xiàng)，可以進(jìn)行測(cè)試?？梢允褂蒙衔亩x的對(duì)照，作為對(duì)照或?qū)φ諛悠贰Ｔ谝粋€(gè)特別優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述測(cè)試步驟可以基于使用特異性地結(jié)合PDE4D7的抗體，例如可商業(yè)得到的抗-PDE4D7抗體如NB300-652或GTX146^。在 PDE4D7作為癌癥標(biāo)志物的背景下，根據(jù)上文提供的對(duì)應(yīng)的定義，可以診斷或預(yù)測(cè)癌癥，或可以在所述免疫測(cè)定中診斷或預(yù)測(cè)癌癥的進(jìn)展，或可以鑒別個(gè)體對(duì)前列腺癌的適合性，或可以在免疫測(cè)定中分級(jí)一個(gè)個(gè)體或一群個(gè)體。因此，通過測(cè)量核酸或蛋白水平，或通過測(cè)定 PDE4D7的生物活性，可以測(cè)試或測(cè)定PDE4D7的表達(dá)，或可以額外地進(jìn)行所述測(cè)試或測(cè)定。 關(guān)于參照基因，可以進(jìn)行類似的測(cè)量。在本發(fā)明的一個(gè)特別優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述參照基因是持家基因或不同的磷酸二酯酶。在人生物體中，“持家基因”的實(shí)例包括β -肌動(dòng)蛋白、甘油醛3-磷酸脫氫酶 (GAPDH)、膽色素原脫氨酶(PBGD)和核糖體蛋白Pl以及其它。除了這些基因以外，任意其它合適的基因可以用作持家基因，只要所述基因在穩(wěn)定的、未修飾的水平顯示出表達(dá)或轉(zhuǎn)錄，尤其是在不同的癌癥發(fā)展階段中，更優(yōu)選地在前列腺癌發(fā)展的不同階段，更優(yōu)選地在激素-敏感的前列腺癌向激素抗性的前列腺癌狀態(tài)轉(zhuǎn)變過程中。特別優(yōu)選的是，GAPDH的基因或轉(zhuǎn)錄物或表達(dá)產(chǎn)物或蛋白。更特別優(yōu)選的是，PBGD的基因或轉(zhuǎn)錄物或表達(dá)產(chǎn)物或蛋白。 持家基因的表達(dá)數(shù)據(jù)，可以從相同個(gè)體的一個(gè)或多個(gè)樣品得到，或從更多個(gè)個(gè)體得到，例如 2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、50、100、1000、5. 000、10. 000 或更多個(gè)個(gè)體。表達(dá)數(shù)據(jù)也可以從數(shù)據(jù)庫得到，或從本領(lǐng)域技術(shù)人員可利用的數(shù)據(jù)集合得到。本文使用的術(shù)語“不同的磷酸二酯酶”表示除了 PDE4D7以外的其它磷酸二酯酶。 這樣的適合作為參照基因的磷酸二酯酶應(yīng)當(dāng)是穩(wěn)定表達(dá)的，并在選擇的生物體中提供可連續(xù)檢測(cè)的基因產(chǎn)物、表達(dá)產(chǎn)物、蛋白或蛋白變體。特別優(yōu)選的是，PDE4D家族的磷酸二酯酶， 例如 PDE4D1、PDE4D2、PDE4D3、PDE4D4、PDE4D5、PDE4D6、PDE4D8 和 PDE4D9。更優(yōu)選的是， PDE4D5磷酸二酯酶。因此，使用GAPDH、PB⑶和尤其是PDE4D5的標(biāo)準(zhǔn)化和/或?qū)Ρ龋梢詢?yōu)選地用于上述的基于截止值的診斷方法和免疫測(cè)定、鑒別個(gè)體的方法、或用于辨別或分級(jí)個(gè)體的免疫測(cè)定?？梢栽趩为?dú)的反應(yīng)中，或特別優(yōu)選地在多路反應(yīng)中，進(jìn)行對(duì)應(yīng)的測(cè)定步驟。為了進(jìn)行多路檢測(cè)，可以調(diào)整引物和/或探針寡核苷酸的濃度。此外，可以調(diào)整(例如，與生產(chǎn)商的指示相比，增加或減少)其它成分(如緩沖劑、離子等)的濃度和存在。在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方案中，基于如上文所述的PDE4D7的表達(dá)來鑒別個(gè)體適合前列腺癌治療的方法，另外可以與基于一種或多種不同生物標(biāo)志物的表達(dá)的一種或多種類似的鑒別方法相組合。優(yōu)選的是，測(cè)定前列腺特異性的抗原(PSA)的水平。因而，如果遇到的PSA的水平是10、20、30 或優(yōu)選地高于5. 0，可以認(rèn)為個(gè)體遭受激素-抗性的前列腺癌，或可能在不久的將來(即在將來的1、2、3、4、5、6、12個(gè)月內(nèi))發(fā)展激素-抗性的前列腺癌。在本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，在從個(gè)體獲得的樣品上，進(jìn)行如上所述的診斷、 檢測(cè)、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)。本文使用的術(shù)語“從個(gè)體獲得的樣品”是指通過本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的合適的方法從個(gè)體得到的任意生物材料。應(yīng)當(dāng)優(yōu)選地以臨床上可接受的方式，更優(yōu)選地以保存核酸(尤其是RNA)或蛋白的方式，收集在本發(fā)明的背景下使用的樣品。所述生物樣品可以包括身體組織和液體，諸如血液、汗液、痰或唾液、精液和尿、以及糞便或大便樣品。此外，所述生物樣品可以含有源自細(xì)胞群體的細(xì)胞提取物或細(xì)胞群體， 所述細(xì)胞群體包括上皮細(xì)胞，優(yōu)選癌性上皮細(xì)胞或源自疑似癌性的組織的上皮細(xì)胞。甚至更優(yōu)選地，所述生物樣品可以含有源自腺組織的細(xì)胞群體，例如，所述樣品可以源自男性個(gè)體的前列腺。另外，如果必要，可以從得到的身體組織和液體純化細(xì)胞，然后用作生物樣品。可以合并樣品，尤其是在初步處理以后。但是，也可以使用未合并的樣品。在本發(fā)明的一個(gè)具體的實(shí)施方案中，也可以對(duì)生物樣品的內(nèi)容物進(jìn)行富集步驟。 例如，可以使樣品接觸對(duì)某些細(xì)胞類型(例如用磁性顆粒功能化的前列腺細(xì)胞)的細(xì)胞膜或細(xì)胞器特異性的配體。隨后可以將磁性顆粒濃縮的物質(zhì)用于上文或下文所述的檢測(cè)和分析步驟。在本發(fā)明的一個(gè)具體的實(shí)施方案中，可以得到和/或使用活組織檢查或切除術(shù)樣品。這樣的樣品可以包含細(xì)胞或細(xì)胞裂解物。此外，通過流體或液體樣品(例如血液、尿、汗液等)的過濾過程，可以富集細(xì)胞， 例如腫瘤細(xì)胞。這樣的過濾過程也可以與上文所述的基于配體特異性的相互作用的富集步驟相組合。在本發(fā)明的一個(gè)特別優(yōu)選的實(shí)施方案中，樣品可以是組織樣品、尿樣品、尿沉積物樣品、血液樣品、唾液樣品、精液樣品、包含循環(huán)腫瘤細(xì)胞的樣品、或包含前列腺分泌的外核體的樣品。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及一種藥物組合物，其包含至少一種選自下述的組分 (a)直接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物，優(yōu)選PDE4D7酶活性的變構(gòu)激動(dòng)劑；(b)間接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物；(c)PDE4D7蛋白或其生物活性等效物；(d)編碼和表達(dá)PDE4D7的核酸；(e)對(duì)PDE4D7miRNA特異性的miRNA抑制劑；(f)脫甲基化劑；和(g) 磷酸二酯酶置換因子，優(yōu)選肽、肽擬似物、小分子、抗體或適體。本文使用的術(shù)語“直接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7活性的化合物”表示這樣的化合物 其能夠通過與PDE4D7的直接相互作用，增加PDE4D7活性，以降解cAMP。這樣的化合物可以是PDE4D7的任意直接相互作用物，其對(duì)PDE4D7的催化活性具有正面影響。這樣的化合物可以優(yōu)選地是PDE4D7的催化活性的變構(gòu)激動(dòng)劑，例如同位變構(gòu)調(diào)節(jié)劑。優(yōu)選的PDE4D7變構(gòu)激動(dòng)劑是cAMP或cAMP類似物。本發(fā)明預(yù)見到的其它直接地刺激的化合物是離子，優(yōu)選生物活性的單價(jià)和二價(jià)陽離子，如Ca2+、Mg2+。本文使用的術(shù)語“間接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7活性的化合物”表示這樣的化合物 其能夠通過與PDE4D7的直接相互作用物的相互作用(“間接相互作用物”)，或通過不涉及與PDE4D7的相互作用的間接工作途徑，增加PDE4D7活性，以降解cAMP。這樣的化合物可以是PDE4D7的相互作用物的任意直接相互作用物。由PDE4D7的相互作用物的直接相互作用物傳遞的效果可以是正面的(如果PDE4D7的相互作用物自身對(duì)PDE4D7活性具有正面作用)或負(fù)面的(如果PDE4D7的相互作用物對(duì)PDE4D7活性具有負(fù)面作用)。通常，正面地起作用的間接相互作用物可以刺激直接相互作用物的激動(dòng)作用，例如通過抑制不是由PDE4D7 賦予的cAMP降解過程，通過增加cAMP生產(chǎn)等，引起變構(gòu)效應(yīng)地起作用的化合物(如cAMP 或其類似物)的濃度的增加?；蛘?，這樣的正面地起作用的間接相互作用物可以引起直接結(jié)合蛋白的結(jié)合行為的調(diào)整，導(dǎo)致增加的PDE4D7活性。通常，起負(fù)面作用的間接相互作用物可能對(duì)PDE4D7的抑制劑具有抑制作用。這樣的相互作用物的實(shí)例是降解PDE4D7抑制劑的酶活性，或能夠結(jié)合和猝滅PDE4D7抑制劑的蛋白。或者，這樣的相互作用物可以抑制導(dǎo)致PDE4D7降解的活性， 例如蛋白水解酶抑制劑。其它實(shí)例和它們的實(shí)現(xiàn)是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的?；蛘?，可以由活化、保護(hù)或維持內(nèi)源PDE4D7基因的表達(dá)的化合物，傳遞對(duì)PDE4D7 活性的間接刺激。這樣的化合物的實(shí)例是PDE4D7特異性的轉(zhuǎn)錄因子、PDE4D7特異性的mRNA 穩(wěn)定化活性或PDE4D7剪接因子。其它實(shí)例和它們的實(shí)現(xiàn)是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。在藥物組合物中包含的“PDE4D7蛋白”可以是上文定義的PDE4D7蛋白。具體地，它可以是由人磷酸二酯酶PDE4D的剪接變體7編碼的蛋白，更優(yōu)選地，它可以具有在Genbank 登錄號(hào)AF536976(版本AF536976. 1,GI :2四01883，截止于2009年3月3日)中定義的氨基酸序列，甚至更優(yōu)選地，它可以具有在SEQ ID NO :2中所述的氨基酸序列。在該背景下使用的“PDE4D7蛋白”也包括這樣的氨基酸序列其與在SEQ ID NO :2中所述的序列具有至少 60%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99% 同一性，或由與在SEQ ID NO :1中所述的序列具有至少60%、70%、75%、80%、85%、90%、 91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或 99% 同一性的核苷酸序列編碼。PDE4D7 的同源變體，尤其是上述的那些，優(yōu)選地具有PDE4D7功能性，即能夠降解cAMP。在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方案中，PDE4D的同源變體在細(xì)胞內(nèi)或在組織類型內(nèi)可以額外地或替換地具有與 PDE4D7類似或相同的定位模式。在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，PDE4D7的同源變體和PDE4D7之間的區(qū)域或同源性可以局限于蛋白的C-端部分。例如，所述同源變體可以包含存在于PDE4D7中的N-端結(jié)構(gòu)域，且蛋白的剩余部分與PDE4D7具有上文指出的同源性程度。同源變體的N-端部分可以包含源自 PDE4D7 的氨基酸 1-120、1-110、1-100、1-90、1-80、1-70、1-60、1-50、1-40、1-30、 1-20 或 1-10。本文使用的術(shù)語“PDE4D7的生物活性等效物”表示能夠執(zhí)行所有或大部分PDE4D7 功能的PDE4D7蛋白。優(yōu)選地，它是指能夠降解cAMP的蛋白。在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方案中， PDE4D7的生物活性等效物在細(xì)胞內(nèi)或在組織類型內(nèi)可以額外地或替換地具有與PDE4D7類似或相同的定位模式。PDE4D7的生物活性等效物還可以包含上文定義的PDE4D7變體。通過本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任意合適的方法，可以重組地生產(chǎn)根據(jù)本發(fā)明的 PDE4D7或PDE4D7的生物活性等效物。因而，本發(fā)明也包括用于生產(chǎn)PDE4D7或PDE4D7的生物活性等效物的方法。因此，本發(fā)明預(yù)見到含有編碼PDE4D7或上文定義的PDE4D7的生物活性等效物的多核苷酸的載體，宿主細(xì)胞，和通過重組技術(shù)生產(chǎn)PDE4D7或PDE4D7的生物活性等效物。合適的載體可以是，例如，噬菌體、質(zhì)粒、病毒或逆轉(zhuǎn)錄病毒載體。逆轉(zhuǎn)錄病毒載體可以是復(fù)制活性的或復(fù)制缺陷的。在后一種情況下，通常僅在互補(bǔ)的宿主細(xì)胞中進(jìn)行病毒繁殖?？梢詫⒕幋aPDE4D7或PDE4D7的生物活性等效物的多核苷酸連接到含有選擇標(biāo)記 (用于在宿主中繁殖)的載體上?？梢詫?duì)應(yīng)的多核苷酸插入物可操作地連接到適當(dāng)?shù)膯?dòng)子上，所述啟動(dòng)子諸如噬菌體λ PL啟動(dòng)子、大腸桿菌laC、trp、phoA和tac啟動(dòng)子、SV40 早期和晚期啟動(dòng)子以及逆轉(zhuǎn)錄病毒LTRs的啟動(dòng)子或PSA啟動(dòng)子。其它合適的啟動(dòng)子是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。表達(dá)構(gòu)建體另外可以含有轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)、終止位點(diǎn)、和在轉(zhuǎn)錄的區(qū)域中的用于翻譯的核糖體結(jié)合部位。由所述構(gòu)建體表達(dá)的轉(zhuǎn)錄物的編碼部分優(yōu)選地包括在起始和終止密碼子處的翻譯起始密碼子(UAA、UGA或UAG)，其適當(dāng)?shù)匚挥谝g的多肽的末端。所述多肽或蛋白可以是糖基化的，或可以是未-糖基化的，或可以以其它方式進(jìn)行修飾。另外，多肽或蛋白還可以包括最初的修飾的甲硫氨酸殘基，在有些情況下，作為宿主介導(dǎo)的過程的結(jié)果。此外，可以如下修飾所述多肽、蛋白或肽乙?；⒕垡叶蓟?、 hesylation、甲酰化、磷酸化、酰胺化、用已知的的保護(hù)基/阻斷基衍生化、特異性的化學(xué)裂解、蛋白水解性裂解、連接到細(xì)胞配體或其它蛋白上、或hapylati0n(即與富含甘氨酸的高氨基酸聚合物(HAP)融合)等。通過本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的適當(dāng)技術(shù)，可以進(jìn)行這樣的修飾。另外，所述多肽、肽或變體可以含有一種或多種非經(jīng)典的氨基酸。另外，使用本領(lǐng)域已知的技術(shù)，例如通過使用肽合成儀，可以化學(xué)地合成本發(fā)明的 PDE4D7或PDE4D7的生物活性等效物。在上文定義的藥物組合物中包含的“編碼和表達(dá)PDE4D7的核酸”表示，包含可表達(dá)的PDE4D7基因任意合適的載體元件，例如如上文所述的。優(yōu)選地，這樣的載體元件可以包括在 Genbank 登錄號(hào)AF536976 (版本 AF536976. 1，GI :2四01883，截止于 2009 年 3 月 3 日)中定義的序列，更優(yōu)選在SEQ ID NO 1中所述的核苷酸序列。這樣的載體元件還可以包括表現(xiàn)出與PDE4D7的高度同源性的核苷酸序列，例如與在SEQ ID NO 1中所述的序列具有至少 60%,70%,75%,80%,85%,90%,91%,92%,93%,94%,95%,96%,97%,98% 或99%同一性的核酸序列，或編碼與在SEQ ID N0:2中所述的序列具有至少60^^70%, 75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或 99% 同一性的氨基酸序列的核酸序列?；蛘?，所述載體可以包含PDE4D的基因組序列，優(yōu)選在ENSEMBL數(shù)據(jù)庫入口 ENSG00000113448(版本 ENSG00000113448. 8，Ensembl release 53-March 2009)中定義的序列，其對(duì)應(yīng)著SEQ ID NO :6，或可從Genbank登記號(hào)AC008934(版本AC008934. 5，GI 17386235，截止于 2009 年 3 月 24 日)與 Genbank 登記號(hào) AC034234 (版本 AC034234. 4，GI 18390182，截止于2009年3月M日)的組合衍生出的序列，或可從Wang等人，2003，Cell Signal. ,15(9) :883-91衍生出的序列。更優(yōu)選地，所述載體可以包含在SEQ ID NO :6中定義的PDE4D的基因組序列。此外，在本發(fā)明的載體中可以包含上文定義的PDE4D7的生物活性等效物。編碼PDE4D7的多核苷酸可以優(yōu)選地連接到載體上，所述載體含有用于在人細(xì)胞中繁殖的選擇標(biāo)記。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述多核苷酸插入物可以可操作地連接到 PSA啟動(dòng)子上。在本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案中，上文定義的編碼和表達(dá)PDE4D7的核酸可以由活的治療劑來提供。術(shù)語“活的治療劑”是指，在任意合適的活載體中表達(dá)上文定義的PDE4D7 或PDE4D7的生物活性等效物。因此，本發(fā)明涉及對(duì)應(yīng)的多核苷酸，其適合在活的細(xì)胞中表達(dá)。本發(fā)明也涉及含有這樣的多核苷酸的載體、適當(dāng)?shù)乃拗骷?xì)胞、和通過重組技術(shù)在所述宿主細(xì)胞中生產(chǎn)多肽。術(shù)語“活載體”是指本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任意適當(dāng)?shù)幕畹乃拗骷?xì)胞或病毒。適當(dāng)?shù)乃拗鞯拇硇缘膶?shí)例包括、但不限于細(xì)菌細(xì)胞諸如大腸桿菌或乳桿菌屬、真菌細(xì)胞諸如酵母細(xì)胞、原生動(dòng)物、昆蟲細(xì)胞或動(dòng)物細(xì)胞。優(yōu)選地，該術(shù)語是指減毒的細(xì)菌、減毒的真菌細(xì)胞或減毒的原生動(dòng)物。適當(dāng)?shù)牟《镜拇硇缘膶?shí)例包括腺病毒、反轉(zhuǎn)錄病毒或慢病毒群體中的病毒，優(yōu)選腺病毒、反轉(zhuǎn)錄病毒或慢病毒群體中的減毒病毒。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，可以使用益生的細(xì)菌細(xì)胞，尤其是益生的大腸桿菌或乳桿菌屬細(xì)胞。更優(yōu)選地，可以使用大腸桿菌Nissle 1973的細(xì)胞，甚至更優(yōu)選干酪乳桿菌(LactcAacillus casei)或 Lactobacillus zeae 393 的細(xì)胞。在上文定義的藥物組合物中包含的“對(duì)PDE4D7miRNA特異性的miRNA抑制劑”表示這樣的核酸分子其編碼與PDE4D7miRNA或微RNA分子互補(bǔ)的核酸序列。本文使用的術(shù)語“互補(bǔ)”表示miRNA抑制劑核酸(有義分子)和miRNA(反義分子)之間完全互補(bǔ)，沒有任何錯(cuò)配，以及下述情況其中所述核酸與miRNA分子相比含有任意堿基錯(cuò)配和/或額外的或缺少的核苷酸。在其它實(shí)施方案中，所述2個(gè)分子包含一個(gè)或多個(gè)堿基錯(cuò)配，或它們的核苷酸總數(shù)存在差異(由于添加或刪除)。在其它實(shí)施方案中，所述“互補(bǔ)的”miRNA抑制劑核酸分子包含至少10個(gè)連續(xù)核苷酸，所述核苷酸顯示出與在miRNA分子中包含的序列的完全互補(bǔ)性。通常，miRNA抑制劑核酸分子是天然存在的DNA-或RNA分子或合成的核酸分子， 其在序列中包含一個(gè)或多個(gè)修飾的核苷酸，所述核苷酸可以屬于相同類型或一個(gè)或多個(gè)不同類型。
例如，本發(fā)明預(yù)見到，這樣的miRNA抑制劑核酸分子包含至少一個(gè)核糖核苷酸主鏈單位和至少一個(gè)脫氧核糖核苷酸主鏈單位。此外，miRNA抑制劑核酸分子可以含有RNA 主鏈的一種或多種修飾，成為2' -0-甲基或2' -0-甲氧基乙基(也稱作“2' -0-甲基化”)，其阻止在培養(yǎng)基中的核酸酶降解，且重要的是，也阻止RNA-誘導(dǎo)的沉默復(fù)合物核酸酶的內(nèi)切核酸水解性裂解(endonucleolytic cleavage)，導(dǎo)致miRNA的不可逆抑制。另一種可能的修飾(其在功能上等同于2' -0-甲基化)包括鎖定的核酸(LNA)，其代表上文定義的含有一個(gè)或多個(gè)LNA核苷酸單體的核酸類似物。要在本發(fā)明的背景下使用的另一類miRNA表達(dá)沉默劑包括稱作“antagomirs”的化學(xué)地工程化的寡核苷酸，其代表綴合到膽固醇上的單鏈RNA分子。所述分子可以包含19 至25個(gè)核苷酸。優(yōu)選地，所述分子包含20、21、22、23或?qū)€(gè)核苷酸。更優(yōu)選地，所述分子包含23個(gè)核苷酸(其它細(xì)節(jié)可以參見Krutzfeldt等人，2005，Nature, 438 :685-689)。在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方案中，可以以要導(dǎo)入組織或細(xì)胞中的表達(dá)載體的形式， 提供上文定義的miRNA抑制劑?；蛘?，這樣的載體也可以導(dǎo)入上文定義的活的治療劑中。通常，可以從以轉(zhuǎn)染或瞬時(shí)表達(dá)載體的形式提供的轉(zhuǎn)基因，生產(chǎn)RNA。例如，競(jìng)爭性的miRNA抑制劑可以作為從強(qiáng)啟動(dòng)子表達(dá)的轉(zhuǎn)錄物來提供，其含有超過一個(gè)、優(yōu)選多個(gè)與目標(biāo)微RNA的串聯(lián)結(jié)合部位。在m^ert等人，2007，Nat. Methods, 4 =721-726中描述的“微 RNA海綿”是該技術(shù)的一個(gè)例證性的、非限制性實(shí)例。在上文定義的藥物組合物中包含的“脫甲基化劑”表示這樣的藥物其能夠脫甲基化染色質(zhì)結(jié)構(gòu)，優(yōu)選啟動(dòng)子區(qū)域、更優(yōu)選PDE4D7啟動(dòng)子。要用在本發(fā)明的背景下的脫甲基化劑的實(shí)例是5-氮雜-2'-脫氧胞苷和5-氮雜胞苷，其會(huì)重新活化被結(jié)構(gòu)性染色質(zhì)變化 (其涉及DNA甲基化)不適當(dāng)?shù)爻聊幕?，且其可以逆轉(zhuǎn)這些變化，并因此恢復(fù)基本的細(xì)胞途徑。這通常會(huì)導(dǎo)致基因再表達(dá)和轉(zhuǎn)化的狀態(tài)的某些方面的逆轉(zhuǎn)。5-氮雜胞苷和5-氮雜-2'-脫氧胞苷通常會(huì)如下滅活DNA胞嘧啶C5-甲基轉(zhuǎn)移酶當(dāng)結(jié)合到該甲基轉(zhuǎn)移酶上時(shí)，在DNA中的5-氮雜-2'-脫氧胞苷殘基和酶之間形成穩(wěn)定的復(fù)合物，從而模仿穩(wěn)定的過渡狀態(tài)中間體。在根據(jù)本發(fā)明的藥物組合物中可以包含的另一種藥物(單獨(dú)地，或與5-氮雜-2'-脫氧胞苷和/或5-氮雜胞苷組合地)是曲古抑菌素A(TSA)。在上文定義的藥物組合物中包含的“磷酸二酯酶置換因子”表示這樣的化合物其能夠干擾或破壞磷酸二酯酶(尤其是PDE4D7)與相互作用配偶體或相互作用物的相互作用。這樣的過程可能最終導(dǎo)致，在PDE重分布之前和之后，PDE(尤其是PDE4D7)結(jié)合不同的相互作用配偶體。這樣的新的相互作用配偶體可以分離PDE (尤其是PDE4D7)，并相應(yīng)地調(diào)節(jié)細(xì)胞行為，例如引起對(duì)受體結(jié)合或其它下游活性的影響。在這樣的置換反應(yīng)中可能涉及的、和/或能夠分離PDE(尤其是PDE4D7)的蛋白配偶體的實(shí)例是錨定蛋白如AKAP、支架蛋白如DISCI、β -抑制蛋白或RACKl、調(diào)節(jié)蛋白如XAP2/AIP/ARA9、cAMP結(jié)合蛋白如PKA-R 亞基或EPAC或受體如β 1-腎上腺素受體、以及酶如ERK。優(yōu)選的磷酸二酯酶置換因子是肽、肽擬似物、小分子、抗體和適體。在磷酸二酯酶置換因子的背景下，“肽”表示存在于磷酸二酯酶分子(尤其是 PDE4D7)中或代表該分子的氨基酸區(qū)段，或上文定義的相互作用蛋白或分離蛋白。在肽中包含的氨基酸區(qū)段可以具有5-100個(gè)氨基酸、優(yōu)選10-50個(gè)氨基酸、更優(yōu)選20-30個(gè)氨基酸的長度。所述區(qū)段可以與PDE或相互作用物蛋白或其一部分完全相同，或可以包含序列變化。 例如，所述肽序列可以包含在所有位置的最多25%處的修飾的氨基酸殘基，優(yōu)選不會(huì)改變分子的結(jié)構(gòu)性質(zhì)或結(jié)合性質(zhì)的修飾。在肽中存在的氨基酸序列或者可以代表PDE或相互作用物蛋白的空間結(jié)構(gòu)域，并相應(yīng)包含在分子的一級(jí)序列中不鄰近的氨基酸區(qū)段的并排。
在磷酸二酯酶置換因子的背景下，“肽擬似物”是指設(shè)計(jì)成模仿肽的小蛋白-樣鏈。 這樣的肽擬似物可以源自現(xiàn)有肽(例如上文定義的肽)的修飾，以便改變分子的性質(zhì)。肽擬似物可以源自改變分子的穩(wěn)定性或結(jié)合能力的修飾。這些修飾通常包括對(duì)非天然存在的肽的改變。例如，根據(jù)本發(fā)明的肽擬似物可以具有改變的肽主鏈，或可以包含非天然的氨基酸。優(yōu)選地，根據(jù)本發(fā)明的肽擬似物可以表示磷酸二酯酶分子，尤其是PDE4D7，或上文定義的相互作用蛋白或分離蛋白。
在本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案中，肽擬似物可以阻斷PDE (尤其是PDE4D7)和它的相互作用物之間的相互作用。在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方案中，肽擬似物可以增強(qiáng)PDE(尤其是 PDE4D7)和它的相互作用物之間的相互作用。
用于制備肽擬似物的方法和技術(shù)以及用于測(cè)試肽擬似物的試驗(yàn)，是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。
在磷酸二酯酶置換因子的背景下，“小分子”表示這樣的小有機(jī)化合物其優(yōu)選地生物活性的，即生物分子，但是優(yōu)選地不是聚合物。這樣的有機(jī)化合物可以具有任意合適的形式或化學(xué)性質(zhì)。所述化合物可以是天然化合物，例如次級(jí)代謝物，或已經(jīng)設(shè)計(jì)并從新制備的人工化合物。在本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案中，小分子能夠阻斷PDE(尤其是PDE4D7)和它的相互作用物之間的相互作用。在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方案中，小分子可以增強(qiáng)PDE(尤其是 PDE4D7)和它的相互作用物之間的相互作用。用于鑒別和制備小分子的方法和技術(shù)以及用于測(cè)試小分子的試驗(yàn)，是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。
在磷酸二酯酶置換因子的背景下，“抗體”或“適體”表示上文定義的PDE4D7特異性的抗體或抗體變體或片段，或上文定義的PDE4D7特異性的適體，其具有干擾或破壞PDE (尤其是PDE4D7)和它的一種或多種相互作用物之間的相互作用的能力?；蛘?，該術(shù)語也可以表示這樣的抗體或適體其結(jié)合如上文所述的PDE4D7相互作用物中的任意一種或多種，同樣具有干擾或破壞PDE(尤其是PDE4D7)和它的一種或多種相互作用物之間的相互作用的能力。用于生產(chǎn)或測(cè)試抗體或適體的方法已經(jīng)在上文中描述，和/或是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。
在本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案中，所述藥物組合物可以另外包含對(duì)癌細(xì)胞有活性的額外化合物，例如本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的細(xì)胞毒性的化合物或其它化療或放療化合物。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明也預(yù)見到篩選程序和方法，其用于鑒別上文定義的對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物或蛋白特異性的適體、直接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物、PDE4D7酶活性的變構(gòu)激動(dòng)劑、對(duì)PDE4D7miRNA特異性的miRNA抑制劑、antagomir、PDE4D7特異性的脫甲基化劑、PDE4D7特異性的磷酸二酯酶置換因子、PDE4D7特異性的肽擬似物和PDE4D7特異性的小分子或藥物。這樣的篩選程序可以包括下述步驟(a)生產(chǎn)細(xì)胞，所述細(xì)胞表達(dá)PDE4D7作為多肽，所述多肽作為分泌型蛋白或在細(xì)胞膜上，或作為細(xì)胞內(nèi)組分，(b)使在步驟(a)中生產(chǎn)的多肽接觸實(shí)驗(yàn)樣品，所述實(shí)驗(yàn)樣品可能含有相互作用分子，例如對(duì)PDE4D7蛋白特異性的適體、直接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物、直接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物、PDE4D7酶活性的變構(gòu)激動(dòng)劑、PDE4D7特異性的磷酸二酯酶置換因子、PDE4D7特異性的肽擬似物或PDE4D7特異性的小分子或藥物；和(c)通過觀察PDE4D7的結(jié)合和/或活性的抑制或調(diào)節(jié)，鑒別相互作用分子。
或者，這樣的篩選程序可以包括下述步驟(a)使實(shí)驗(yàn)樣品接觸一個(gè)或多個(gè)表達(dá) PDE4D7作為轉(zhuǎn)錄物的細(xì)胞，所述實(shí)驗(yàn)樣品可能含有直接地或間接地相互作用的分子，例如對(duì)PDE4D7轉(zhuǎn)錄物特異性的適體、對(duì)PDE4D7miRNA特異性的miRNA抑制劑、antagomir、 PDE4D7特異性的脫甲基化劑、PDE4D7特異性的磷酸二酯酶置換因子、PDE4D7特異性的肽擬似物或PDE4D7特異性的小分子或藥物，(b)檢測(cè)所述序列的表達(dá)水平；和(c)通過觀察 PDE4D7的結(jié)合或表達(dá)水平的調(diào)節(jié)或降低，鑒別相互作用分子。
本發(fā)明也包括通過上文所述的篩選程序或方法可得到的或已經(jīng)得到的對(duì) PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物或蛋白特異性的適體、直接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物、PDE4D7 酶活性的變構(gòu)激動(dòng)劑、對(duì)PDE4D7miRNA特異性的miRNA抑制劑、antagomir、PDE4D7特異性的脫甲基化劑、PDE4D7特異性的磷酸二酯酶置換因子、PDE4D7特異性的肽擬似物和PDE4D7 特異性的小分子或藥物。
在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及上文定義的藥物組合物，其用于治療或預(yù)防癌癥，尤其是用于治療前列腺癌，優(yōu)選地用于治療激素-抗性的前列腺癌。
此外，在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及下述物質(zhì)用于制備藥物組合物的應(yīng)用，所述藥物組合物用于治療或預(yù)防癌癥、尤其是前列腺癌，優(yōu)選地用于治療激素-抗性的前列腺癌 (a)直接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物，優(yōu)選PDE4D7酶活性的變構(gòu)激動(dòng)劑；(b)間接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物；(c)PDE4D7蛋白或其生物活性等效物；(d)編碼和表達(dá)PDE4D7的核酸；(e)對(duì)PDE4D7miRNA特異性的miRNA抑制劑；(f)脫甲基化劑；和/ 或(g)磷酸二酯酶置換因子，優(yōu)選肽、肽擬似物、小分子、抗體或適體。
在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及治療或預(yù)防癌癥、尤其是前列腺癌、優(yōu)選地治療激素-抗性的前列腺癌的方法，所述方法包括給個(gè)體施用，具體地給遭受癌癥或預(yù)測(cè)會(huì)發(fā)展癌癥的個(gè)體施用(a)直接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物，優(yōu)選PDE4D7酶活性的變構(gòu)激動(dòng)劑；(b)間接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物；(c)PDE4D7蛋白或其生物活性等效物；(d)編碼和表達(dá)PDE4D7的核酸；(e)對(duì)PDE4D7miRNA特異性的miRNA抑制劑；(f) 脫甲基化劑；和/或(g)磷酸二酯酶置換因子，優(yōu)選肽、肽擬似物、小分子、抗體或適體。
在本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的不同的遞送系統(tǒng)的幫助下，例如，通過包囊在脂質(zhì)體中、 微粒、微膠囊、能夠表達(dá)所述化合物的重組細(xì)胞、受體-介導(dǎo)的胞吞作用、將核酸構(gòu)建為逆轉(zhuǎn)錄病毒或其它載體的一部分等，可以將根據(jù)本發(fā)明的藥物組合物施用給患者、受試者或個(gè)體。導(dǎo)入方法可以是局部的、腸內(nèi)的或腸胃外的，且可以包括真皮內(nèi)的、肌肉內(nèi)的、腹膜內(nèi)的、靜脈內(nèi)的、皮下的、鼻內(nèi)的、吸入的、硬膜外的和口服的途徑。通過任意方便的途徑，例如通過輸注或快速濃注，通過經(jīng)上皮內(nèi)襯或粘膜皮膚內(nèi)襯(例如，口腔粘膜、直腸粘膜和腸粘膜等)的吸收，或通過吸入，可以施用所述組合物，且可以與其它生物活性劑一起施用。給藥可以是全身的或局部的。一種優(yōu)選的局部給藥方法是通過直接注射。
在另一個(gè)實(shí)施方案中，可以將藥物組合物直接地遞送給內(nèi)臟器官、體腔等，其中使用成像裝置來直接引導(dǎo)注射針到達(dá)目標(biāo)部位。還可以在外科手術(shù)的同時(shí)，將藥物組合物施用給患病部位。在另一個(gè)實(shí)施方案中，可以在控釋系統(tǒng)中遞送所述組合物。
優(yōu)選地，所述藥物組合物是適合口服、局部或全身給藥的形式。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，局部地、口服地或全身地施用所述藥物組合物。
在本發(fā)明的一個(gè)具體的實(shí)施方案中，可以在分級(jí)個(gè)體的免疫測(cè)定以后，或在已經(jīng)進(jìn)行如上文所述的鑒別個(gè)體的前列腺癌適合性的方法以后，尤其是在分類個(gè)體為具有降低的PDE4D7水平以后，施用藥物組合物。
在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述藥物組合物包含治療有效量的上文定義的本發(fā)明的藥物組合物的成分和藥學(xué)上可接受的載體。術(shù)語“藥學(xué)上可接受的”是指，被管理機(jī)構(gòu)或其它通常公認(rèn)的用于動(dòng)物(更具體地，人)的藥典批準(zhǔn)。術(shù)語“載體”表示與治療劑一起施用的稀釋劑、佐劑、賦形劑或介質(zhì)。這樣的載體是藥學(xué)上可接受的，即在采用的劑量和濃度，對(duì)受體是無毒的。
通常，所述成分單獨(dú)供給，或在單位劑型中混合在一起，例如，作為干燥的低壓凍干粉末或無水濃縮物，其在密封的容器(諸如指示活性劑的量的安瓿或藥囊)中。
本發(fā)明的藥物組合物可以配制成中性形式或鹽形式。
優(yōu)選地，所述藥物組合物可以直接施用，或與本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任意合適的佐劑組合地施用。本發(fā)明的組合物可以施用給動(dòng)物，優(yōu)選哺乳動(dòng)物。本文使用的“哺乳動(dòng)物”意在具有與本領(lǐng)域普通技術(shù)人員的通常理解相同的含義。具體地，“哺乳動(dòng)物”包括人類。
術(shù)語“施用”是指治療上有效劑量的前述組合物的給藥。“治療有效量”是指產(chǎn)生預(yù)期效果的劑量，優(yōu)選地，該效果是PDE4D7的誘導(dǎo)和增強(qiáng)。精確劑量取決于治療目的，且可由本領(lǐng)域技術(shù)人員使用已知的技術(shù)來確定。如本領(lǐng)域已知的和上面描述的，針對(duì)全身或局部遞送、年齡、體重、一般健康狀況、性別、飲食、給藥時(shí)間、藥物相互作用和病癥的嚴(yán)重性進(jìn)行調(diào)整，可能是必要的，且可以由本領(lǐng)域技術(shù)人員通過例行試驗(yàn)來確定。
可以根據(jù)預(yù)期的劑量方案、預(yù)期的使用持續(xù)時(shí)間、組合物的所有成分的精確量和比例、和本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的其它因素和參數(shù)，進(jìn)一步調(diào)節(jié)根據(jù)本發(fā)明的藥物組合物中的活性成分或化合物的濃度。
根據(jù)本發(fā)明的活性劑或化合物可以單獨(dú)施用，或與其它治療聯(lián)合施用。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，本發(fā)明的藥物組合物可以與抗-激素治療(例如抗-雄激素治療)聯(lián)合施用。
本發(fā)明的藥物組合物還可以包含本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任意合適的防腐劑。
此外，根據(jù)本發(fā)明的制劑還可以包含具有下述作用的化合物抗氧化作用、自由基清除劑、抗紅斑作用、抗炎作用或抗變應(yīng)性作用，以便補(bǔ)充或增強(qiáng)它們的作用。
在本發(fā)明的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，可以將上文定義的藥物組合物的活性組分融合到合適的載體蛋白上，例如融合到Ig Fc受體蛋白或聚合的Ig受體上。優(yōu)選地，可以提供上文定義的PDE4D7或其生物活性等效物，作為融合蛋白。所述融合配偶體可以提供在 N-或C-端。
如果要以活細(xì)胞或上文定義的活的治療劑的形式施用根據(jù)本發(fā)明的藥物組合物， 可以以本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任意合適的形式，將轉(zhuǎn)化的和制備的細(xì)胞施用給患者。優(yōu)選地，可以以包含微生物(例如如上所述的乳桿菌屬，量為IO2-IO12細(xì)胞，優(yōu)選IO3-IO8細(xì)胞) 的組合物的形式，施用活的治療劑。38
在本發(fā)明的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，根據(jù)技術(shù)人員的知識(shí)，可以適當(dāng)?shù)卣{(diào)節(jié)藥物組合物或藥物中2種或更多種成分之間的比例。
可以任選地采用合適的試驗(yàn)，以輔助鑒別本發(fā)明的藥物組合物的成分的最佳比例和/或劑量范圍。要在制劑中采用的上文定義的藥物組合物的成分的精確劑量和成分之間的比例取決于給藥途徑、疾病或障礙的確切類型、以及其它因素，且應(yīng)當(dāng)根據(jù)從業(yè)人員的判斷和每位患者的情況來決定。從源自體外或(動(dòng)物)模型實(shí)驗(yàn)系統(tǒng)的劑量-響應(yīng)曲線，可以推知有效劑量或成分比例。
典型的劑量可以例如在0. 001-1000 μ g范圍內(nèi)；但是，預(yù)見到低于或高于該示例性范圍的劑量，特別是考慮到前述因素。
在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及藥物試劑盒，其用于治療或預(yù)防癌癥、尤其是前列腺癌，所述藥物試劑盒包含至少一種選自下述的組分(a)直接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物，優(yōu)選PDE4D7酶活性的變構(gòu)激動(dòng)劑；(b)間接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物；(c)PDE4D7蛋白或其生物活性等效物；(d)編碼和表達(dá)PDE4D7的核酸；(e)對(duì) PDE4D7miRNA特異性的miRNA抑制劑；(f)脫甲基化劑；和(g)磷酸二酯酶置換因子。
可以在施用上文定義的藥物組合物的背景下，使用藥物試劑盒。具體地，根據(jù)本發(fā)明的試劑盒可以用于治療或預(yù)防癌癥、尤其是前列腺癌。
根據(jù)本發(fā)明，藥物試劑盒的成分可以包含在一個(gè)或多個(gè)容器或單獨(dú)的實(shí)體中。它們可以優(yōu)選地配制成藥物組合物或藥物，更優(yōu)選地，可以如在上文中在本發(fā)明的藥物組合物的上下文中已經(jīng)描述的，配制它們，例如它們可以包含合適的藥用載體等。特別優(yōu)選的是，上文在本發(fā)明的藥物組合物的上下文中所述的局部給藥用制劑。根據(jù)本發(fā)明的藥物試劑盒還可以任選地包含文件，其指示使用或采用藥物試劑盒和它的組分。優(yōu)選地，在本發(fā)明的藥物試劑盒中包含的說明書可以含有推薦的治療選項(xiàng)、劑量方案等。所述藥物試劑盒還可以包含說明書活頁，和/或可以提供關(guān)于用途、劑量等的額外信息。
根據(jù)本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任意合適的劑量方案，可以將本發(fā)明的藥物試劑盒施用給患者。藥物試劑盒或試劑盒組分可以優(yōu)選地每周施用1次，更優(yōu)選地每周施用2次、3 次、4次、5次、或6次，最優(yōu)選地每天1次或每天2次或更頻繁，除非另外指出。在治療過程中，可以以遠(yuǎn)遠(yuǎn)更長的時(shí)間間隔施用劑量，且在需要時(shí)，可以以遠(yuǎn)遠(yuǎn)更短的時(shí)間間隔施用， 例如，每天幾次。在一個(gè)優(yōu)選的情況下，使用本文所述的方法和本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的其它方法，可以監(jiān)測(cè)對(duì)治療的響應(yīng)，且因此可以優(yōu)化劑量，例如，在時(shí)間、量和/或組成方面進(jìn)行優(yōu)化。通過定期評(píng)估，可以監(jiān)測(cè)發(fā)展。還預(yù)見到，在共同治療方案中采用藥物試劑盒，即與其它藥劑或藥物共同施用，所述其它藥劑或藥物例如抗生素、抗病毒藥或IgG或IgA免疫球蛋白、抗癌藥，優(yōu)選抗-激素藥，更優(yōu)選上文提及的抗-雄激素。
在另一個(gè)具體的方面，本發(fā)明涉及一種試劑盒，其包含上文定義的用于測(cè)定 PDE4D7的表達(dá)的成分以及上文定義的用于治療前列腺癌(尤其是激素-抗性的前列腺癌) 的藥物試劑盒的成分。
在本發(fā)明的另一個(gè)特別優(yōu)選的實(shí)施方案中，要診斷、檢測(cè)、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)的癌癥，或要診斷、檢測(cè)、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)其進(jìn)展的癌癥，或要用上述的藥物組合物治療的癌癥，或通過根據(jù)本發(fā)明的治療方法治療的癌癥，是前列腺癌。
在本發(fā)明的另一個(gè)特別優(yōu)選的實(shí)施方案中，要診斷、檢測(cè)、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)的癌癥，或要診斷、檢測(cè)、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)其進(jìn)展的癌癥，或要用上述的藥物組合物治療的癌癥，或通過根據(jù)本發(fā)明的治療方法治療的癌癥，是激素-抗性的前列腺癌。術(shù)語“激素-抗性的前列腺癌”是指，前列腺癌或前列腺癌細(xì)胞系的生長和增殖對(duì)男性性激素刺激是抗性的。該術(shù)語也表示不再順從抗-激素(優(yōu)選上文定義的抗-雄激素)給藥的晚期前列腺癌發(fā)展階段。
通常，前列腺癌進(jìn)展伴有從內(nèi)分泌控制向旁分泌控制和最終的自分泌控制的依賴性轉(zhuǎn)移，且認(rèn)為該復(fù)雜的過程是在細(xì)胞控制的分子水平發(fā)生的變化的結(jié)果。由于在該階段的腫瘤的轉(zhuǎn)移傳播的可能性，激素-抗性的前列腺癌是根據(jù)本發(fā)明(具體地根據(jù)上面提供的實(shí)施方案)的診斷和治療的主要靶標(biāo)。
為了例證目的，提供了下面的實(shí)施例和圖。因而應(yīng)當(dāng)理解，所述實(shí)施例和圖不應(yīng)解釋為限制性的。本領(lǐng)域的技術(shù)人員能夠清楚地預(yù)見到本文所述原理的其它修飾。
實(shí)施例
t施仿I丨1-定量RT-PCR測(cè)丨定人細(xì)胞,系禾口人會(huì)目織異禾中移棺物
從圖1所示的細(xì)胞系和人組織異種移植物(關(guān)于其它細(xì)節(jié)，也參見Marques等人， 2006，Eur. Urol. ,49(2) J45-57)，分離出RNA，并通過標(biāo)準(zhǔn)程序轉(zhuǎn)錄成cDNA。針對(duì)PDE4D7的表達(dá)水平，測(cè)試樣品“PC346P異種移植物”至“346Flu2”(它們是細(xì)胞系)以及樣品“P(^95” 至“PC374” (它們是異種移植物)的制備的cDNA。
qRT-PCR.材料和方法
用DNA酶處理RNA樣品，以確保沒有DNA污染。在cDNA合成之前，用DNA酶I ( Vitrogen)在37°C處理RNA樣品30min。然后按照生產(chǎn)商的指導(dǎo)，用Superscript Vilo(In Vitrogen)處理1 μ g RNA樣品，以合成第一鏈DNA用于qPCR分析。然后用RNA酶Hl在 37°C 處理 DNA 樣品 30min。
將得到的DNA稀釋至終濃度50-60ng/l·! 1，將其中的5μ 1加入96-孔光學(xué)反應(yīng)板的每個(gè)反應(yīng)孔中。
使用ABI Prism 7300機(jī)器，以15 μ 1的反應(yīng)體積，根據(jù)下述方法，進(jìn)行定量PCR反應(yīng)
7. 5μ 1 Platinum qPCR SuperMix-UDG，含有 ROX(InVitrogen)
2. 2μ1無核酸酶的水
0. 1 μ 1 1 OOpmo 1/ μ 1 探針
0. 1 μ 1 lOOpmol/μ 1 正向弓 I 物
0. 1 μ 1 lOOpmol/μ 1 反向弓 I 物
每個(gè)反應(yīng)孔中的總體積是15 μ 1，包括cDNA。
在下述方案下，PCR自身運(yùn)行40個(gè)循環(huán)
階段重復(fù)溫度(°c)時(shí)間1 1502秒2 1952秒3 409515秒601分鐘40CN 102549167 A
qRT-PCR 引物和探針(TAQMAN)
使用下面的寡核苷酸引物和探針，進(jìn)行PDE4D7的RT-PCR
正向引物5，-TGCCTCTGAGGAAACACTAC-3，(SEQ ID NO 3)，反向引物 5，-GCTGAATA TTGCGACATGAAAG-3，(SEQ ID NO :4)，產(chǎn)生長度 101 的產(chǎn)物。
使用序列5，-CCAGTAATGAAGAGGAAGACCCTTTCCGC-3，(SEQ ID NO :5)，作為探針。
將探針集合設(shè)計(jì)成靶向PDE同種型的獨(dú)特N-端區(qū)域。將擴(kuò)增子設(shè)計(jì)成在Taqman 測(cè)定(ABI Prism技術(shù))的最佳范圍內(nèi)。一式四份地進(jìn)行所有試驗(yàn)，以使數(shù)據(jù)完整性最大化。 還包括GAPDH參照探針，用于對(duì)比所有連續(xù)數(shù)據(jù)。
qRT-PCR 數(shù)據(jù)分析
進(jìn)行-ddCt方案，以便標(biāo)準(zhǔn)化和對(duì)比不同的RT-PCR實(shí)驗(yàn)。通過手工域觀察(manual threshold observation)，得到Ct值，其中每個(gè)探針集合以相當(dāng)?shù)男手笖?shù)地放大。具體地，進(jìn)行下述步驟
1.)計(jì)算參照物和目標(biāo)基因之間的循環(huán)數(shù)目(Ct)的差異(從目標(biāo)基因減去 GAPDH)，得到實(shí)驗(yàn)樣品(ES) dCt。
2.)選擇一個(gè)樣品作為標(biāo)準(zhǔn)品以針對(duì)(LNCaP) (C)進(jìn)行對(duì)比，并計(jì)算它的dCt。
3.)通過dCt (ES) -dCt (C) = ddCt，可以導(dǎo)出循環(huán)數(shù)目差異的變化。
4.)通過2-ddCt，可以導(dǎo)出最終的可比較的表達(dá)值，以便考慮在每個(gè)循環(huán)之后的 DNA倍增，從而顯示mRNA的量與LNCaP的對(duì)比。
該操作產(chǎn)生相對(duì)于LNCaP (其具有1的值)的值，即認(rèn)為> 1的任意值是表達(dá)的增加，認(rèn)為< 1的值是表達(dá)的降低。
因此假定，所有PCR反應(yīng)的延伸效率是在特定范圍內(nèi)，產(chǎn)生1的值。
用于標(biāo)準(zhǔn)化和對(duì)比不同的RT-PCR實(shí)驗(yàn)的百分比方案
對(duì)于每個(gè)探針集合，得到Ct (循環(huán)數(shù)目)值。這如下產(chǎn)生找到與它們的指數(shù)期中的擴(kuò)增曲線相交的基線。根據(jù)在每個(gè)實(shí)驗(yàn)中得到的曲線，動(dòng)態(tài)地產(chǎn)生該基線。然后從GAPDH 標(biāo)準(zhǔn)品的Ct值中減去GOI的Ct (相交或循環(huán)(cycle))值。
根據(jù)式Ct (GAPDH) -Ct (GOI) = dCt (假定GOI Ct值總是大于參照基因)，dCt值產(chǎn)生負(fù)數(shù)，即-dCt值?；诿總€(gè)循環(huán)的倍增效應(yīng)，根據(jù)比較表達(dá)值=2-dCt，確定絕對(duì)值。
由于從該計(jì)算得到非常小的值，為了處理目的，將值乘以1000。
通過該方案得到的PDE4D7的表達(dá)水平如圖2_7所示。具體地，圖2_4涵蓋了根據(jù)-ddCt方案標(biāo)準(zhǔn)化的不同的人前列腺癌細(xì)胞系和異種移植物(參見圖1)中的PDE4D7CDNA的相對(duì)表達(dá)，而圖5_7涵蓋了與單個(gè)細(xì)胞系或異種移植物組織材料中的總PDE4D表達(dá)相比，標(biāo)準(zhǔn)化的不同的人前列腺癌細(xì)胞系和異種移植物(參見圖1)中的 PDE4D7cDNA的相對(duì)表達(dá)。
從圖2-7可以看出，大多數(shù)雄激素-依賴性的或雄激素-敏感的相對(duì)于雄激素-不依賴的細(xì)胞系(圖3和6)或人異種移植物(圖4和7)之間，PDE4D7的表達(dá)(或轉(zhuǎn)錄)水平是顯著不同的。圖2和5顯示了細(xì)胞系和異種移植物的組合的結(jié)果。
根據(jù)圖2-7所示的結(jié)果，人前列腺癌細(xì)胞系和組織中PDE4D7的轉(zhuǎn)錄依賴于給定的細(xì)胞類型中雄激素受體活性的狀態(tài)。在存在AR和細(xì)胞對(duì)雄激素/激素刺激的敏感性的情況下，可以觀察到顯著的PDE4D7轉(zhuǎn)錄，而在沒有活性AR存在下，PDE4D7轉(zhuǎn)錄是非常少的，即基本上不存在。
實(shí)施例2-使用人組織樣品的定量RT-PCR測(cè)定
與激素-耐受性的/閹割-抗性的患者相比，在源自激素-敏感的/響應(yīng)性的患者的前列腺癌組織中，評(píng)價(jià)了人PDE4D7的相對(duì)基因表達(dá)。
材料和方法
在下面的表1中，給出了在PDE基因表達(dá)實(shí)驗(yàn)的qPCR測(cè)量中使用的樣品的細(xì)節(jié)
表1 在實(shí)驗(yàn)中使用的患者信息
權(quán)利要求
1.用作前列腺癌標(biāo)志物的磷酸二酯酶4D7(PDE4D7)。
2.一種用于診斷、檢測(cè)、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)癌癥或前列腺癌的進(jìn)展的組合物，其包含PDE4D7 表達(dá)產(chǎn)物或蛋白的核酸親和配體和/或肽親和配體。
3.如權(quán)利要求2所述的組合物，其中所述核酸親和配體或肽親和配體被修飾成起造影劑作用。
4.如權(quán)利要求2所述的組合物，其中所述親和配體是對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物特異性的寡核苷酸集合、對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物特異性的探針、對(duì)PDE4D7表達(dá)產(chǎn)物或?qū)DE4D7蛋白特異性的適體、對(duì)PDE4D7蛋白特異性的抗體和/或?qū)DE4D7蛋白特異性的抗體變體。
5.PDE4D7作為標(biāo)志物的應(yīng)用，所述標(biāo)志物用于診斷、檢測(cè)、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展。
6.一種用于檢測(cè)、診斷、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展的方法，所述方法至少包括下述步驟測(cè)定樣品中PDE4D7的水平。
7.一種用于診斷、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)激素-抗性的前列腺癌或向激素-抗性的前列腺癌的進(jìn)展的方法，其中所述方法辨別激素-敏感的和激素-抗性的前列腺癌，所述方法包括下述步驟(a)測(cè)定樣品中PDE4D7的水平；(b)測(cè)定樣品中參照基因的表達(dá)水平；(c)將測(cè)得的PDE4D7表達(dá)水平標(biāo)準(zhǔn)化成參照基因的表達(dá)；和(d)對(duì)比標(biāo)準(zhǔn)化的表達(dá)水平和選擇用于排除激素-敏感的前列腺癌的預(yù)定截止值，其中低于截止值的標(biāo)準(zhǔn)化的表達(dá)水平指示著激素-抗性的前列腺癌，其中所述截止值是在約 1至7之間，優(yōu)選約5。
8.一種數(shù)據(jù)獲取方法，其至少包括下述步驟(a)測(cè)試個(gè)體中PDE4D7的表達(dá)；和(b)將在步驟(a)中測(cè)定的表達(dá)與對(duì)照水平相對(duì)比。
9.一種用于檢測(cè)、診斷、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展的免疫測(cè)定，其至少包括下述步驟(a)測(cè)試樣品中PDE4D7的表達(dá)，(b)測(cè)試對(duì)照樣品中PDE4D7的表達(dá)，(c)測(cè)定步驟(a)和(b)中PDE4D7的表達(dá)的差異；和(d)基于在步驟(c)中得到的結(jié)果，確定前列腺癌的存在或階段或前列腺癌的進(jìn)展，其中所述測(cè)試步驟是基于特異性地結(jié)合PDE4D7的抗體的應(yīng)用。
10.一種用于辨別激素-敏感的和激素-抗性的前列腺癌的免疫測(cè)定，其包括下述步驟(a)測(cè)定樣品中PDE4D7的水平；(b)測(cè)定樣品中參照基因的表達(dá)水平；(c)將測(cè)得的PDE4D7表達(dá)水平標(biāo)準(zhǔn)化成參照基因的表達(dá)水平；和(d)對(duì)比標(biāo)準(zhǔn)化的表達(dá)水平和選擇用于排除激素-敏感的前列腺癌的預(yù)定截止值，其中低于截止值的標(biāo)準(zhǔn)化的表達(dá)水平指示著激素-抗性的前列腺癌，其中所述截止值是在約 1至7之間，優(yōu)選約5。
11.一種鑒別個(gè)體對(duì)于前列腺癌治療的適合性的方法，所述方法包括(a)測(cè)試從個(gè)體獲得的樣品中PDE4D7的表達(dá)；(b)測(cè)試所述樣品中參照基因的表達(dá)，和/或測(cè)試對(duì)照樣品中PDE4D7的表達(dá)；(c)相對(duì)于步驟(b)中的水平，分類步驟(a)的表達(dá)水平；和(d)在個(gè)體的樣品被分類為具有降低的PDE4D7表達(dá)水平的情況下，將該個(gè)體鑒別為適合接受前列腺癌治療。
12.一種用于分級(jí)具有前列腺癌疾病的一個(gè)個(gè)體或一群個(gè)體的免疫測(cè)定，其包括(a)測(cè)試從個(gè)體獲得的樣品中PDE4D7的表達(dá)；(b)測(cè)試所述樣品中參照基因的表達(dá)，和/或測(cè)試對(duì)照樣品中PDE4D7的表達(dá)；(c)測(cè)定步驟(a)中PDE4D7的表達(dá)與步驟(b)中PDE4D7和/或參照基因的表達(dá)的差異；禾口(d)在個(gè)體的樣品具有降低的PDE4D7表達(dá)水平的情況下，基于在步驟(c)中得到的結(jié)果，將一個(gè)個(gè)體或一群個(gè)體分級(jí)給前列腺癌治療。
13.如權(quán)利要求6-8或11中任一項(xiàng)所述的方法、或如權(quán)利要求9、10或12所述的免疫測(cè)定，其中通過測(cè)量核酸或蛋白水平，或通過測(cè)定PDE4D7或參照基因的生物活性，完成所述表達(dá)的測(cè)試或測(cè)定，或額外完成所述表達(dá)的測(cè)試或測(cè)定。
14.如權(quán)利要求13所述的方法或免疫測(cè)定，其中所述方法或免疫測(cè)定包括下述額外步驟將測(cè)得的核酸或蛋白水平或測(cè)得的生物活性與對(duì)照水平相對(duì)比。
15.如權(quán)利要求7、11、13或14中任一項(xiàng)所述的方法、或如權(quán)利要求10或12-14中任一項(xiàng)所述的免疫測(cè)定，其中所述參照基因是持家基因，優(yōu)選GAPDH或PBGD，或不同的磷酸二酯酶，優(yōu)選PDE4D5。
16.如權(quán)利要求7、11、13、14或15中任一項(xiàng)所述的方法、或如權(quán)利要求10、12、13、14或 15中任一項(xiàng)所述的免疫測(cè)定，其中所述方法或免疫測(cè)定包括下述額外步驟測(cè)定前列腺特異性的抗原(PSA)的水平。
17.如權(quán)利要求6、7、11、13、14或15中任一項(xiàng)所述的方法、或如權(quán)利要求9、10、12、13、 14或15中任一項(xiàng)所述的免疫測(cè)定，其中所述樣品是組織樣品、尿樣品、尿沉積物樣品、血液樣品、唾液樣品、精液樣品、包含循環(huán)腫瘤細(xì)胞的樣品、或包含前列腺分泌的外核體的樣品。
18.一種藥物組合物，其包含至少一種選自下述的組分(a)直接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物，優(yōu)選PDE4D7酶活性的變構(gòu)激動(dòng)劑；(b)間接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物；(c)PDE4D7蛋白或其生物活性等效物；(d)編碼和表達(dá)PDE4D7的核酸；(e)對(duì)PDE4D7miRNA特異性的miRNA抑制劑；(f)脫甲基化劑；和(g)磷酸二酯酶置換因子，優(yōu)選肽、肽擬似物、小分子、抗體或適體。
19.一種用于治療或預(yù)防前列腺癌的藥物組合物，其包含至少一種選自下述的組分(a)直接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物，優(yōu)選PDE4D7酶活性的變構(gòu)激動(dòng)劑；(b)間接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物；(c)PDE4D7蛋白或其生物活性等效物；CN 102549167 A(d)編碼和表達(dá)PDE4D7的核酸；(e)對(duì)PDE4D7miRNA特異性的miRNA抑制劑；(f)脫甲基化劑；和(g)磷酸二酯酶置換因子，優(yōu)選肽、肽擬似物、小分子、抗體或適體。
20.如權(quán)利要求11或13-16中任一項(xiàng)所述的方法、或如權(quán)利要求12-16中任一項(xiàng)所述的免疫測(cè)定，其中所述前列腺癌治療包括施用如權(quán)利要求16所述的藥物組合物，或與其它癌癥療法、優(yōu)選放射療法或化學(xué)療法相組合地施用如權(quán)利要求16所述的藥物組合物。
21.如權(quán)利要求1所述的磷酸二酯酶，如權(quán)利要求2-4中任一項(xiàng)所述的組合物，如權(quán)利要求5所述的應(yīng)用，如權(quán)利要求6、11、13-17或20中任一項(xiàng)所述的方法，如權(quán)利要求9、 12-17或20中任一項(xiàng)所述的免疫測(cè)定，或如權(quán)利要求19所述的藥物組合物，其中所述前列腺癌是激素-抗性的前列腺癌。
全文摘要
本發(fā)明涉及用作前列腺癌標(biāo)志物的磷酸二酯酶4D7(PDE4D7)，以及PDE4D7作為用于診斷、檢測(cè)、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展的標(biāo)志物的應(yīng)用。本發(fā)明也涉及用于診斷、檢測(cè)、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展的組合物，對(duì)應(yīng)的方法和免疫測(cè)定，用于相對(duì)于激素-敏感的前列腺癌而診斷、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)激素-抗性的前列腺癌的方法，對(duì)應(yīng)的免疫測(cè)定，數(shù)據(jù)獲取方法，用于診斷、檢測(cè)、監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)前列腺癌或前列腺癌的進(jìn)展的免疫測(cè)定，鑒別個(gè)體對(duì)于前列腺癌治療的適合性的方法，用于分級(jí)具有前列腺癌疾病的一個(gè)個(gè)體或一群個(gè)體的免疫測(cè)定，用于分級(jí)具有前列腺癌的個(gè)體的免疫測(cè)定，以及藥物組合物，所述藥物組合物包含直接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物、間接地刺激或調(diào)節(jié)PDE4D7的活性的化合物、PDE4D7蛋白或其生物活性等效物、編碼和表達(dá)PDE4D7的核酸、對(duì)PDE4D7miRNA特異性的miRNA抑制劑、脫甲基化劑和/或磷酸二酯酶置換因子。
文檔編號(hào)C12N9/16GK102549167SQ201080033823
公開日2012年7月4日 申請(qǐng)日期2010年5月11日 優(yōu)先權(quán)日2009年5月12日
發(fā)明者D·J·P·亨德森, M·D·豪斯利, R·霍夫曼 申請(qǐng)人:格拉斯哥大學(xué)校董會(huì), 皇家飛利浦電子股份有限公司